Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-08-04. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:38Z : No. of bitstreams: 1 000828456_20160101.pdf: 422063 bytes, checksum: 8476834ceb55ae5bce2c637566dd5def (MD5) Bitstreams deleted on 2016-01-04T10:26:22Z: 000828456_20160101.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-01-04T10:28:15Z : No. of bitstreams: 1 000828456.pdf: 2122241 bytes, checksum: 622d6ebfa87551ddad978a95d5a84bc8 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A endometriose é uma doença crônica multifatorial, inflamatória, estrógeno-dependente, que afeta entre 8 a 10% das mulheres em idade reprodutiva e caracterizada por tecido similar ao endométrio (glândula e estroma) fora da cavidade uterina. Embora a sua etiologia seja pouco conhecida, evidências recentes indicam que alterações epigenéticas estão envolvidas na sua patofisiologia. Esta hipótese é apoiada pelos achados envolvendo padrões alterados de metilação do DNA em genes específicos, bem como pelos níveis alterados de expressão de componentes da maquinaria epigenética nas lesões endometrióticas, quando comparadas ao endométrio eutópico da mesma paciente ou ao endométrio de mulheres que não apresentam a doença. Assim, um melhor entendimento do papel dos mecanismos epigenéticos na patogênese e progressão da endometriose tem se tornado necessário, podendo contribuir para a identificação de marcadores diagnósticos e para o delineamento de novas abordagens terapêuticas, que trariam benefícios e melhor qualidade de vida para as mulheres que apresentam esta condição. Neste contexto, este estudo buscou a identificação de genes diferencialmente metilados candidatos a biomarcadores na endometriose. Os resultados obtidos foram organizados em dois artigos científicos. O primeiro artigo teve como objetivo investigar o perfil diferencial de metilação do DNA na endometriose intestinal em comparação com amostras pareadas de endométrio eutópico da mesma paciente. Para isso, foi empregada uma abordagem em larga escala baseada em microarranjos contendo 27.800 ilhas CpG, que resultou na identificação de 546 genes hipermetilados e 871 genes hipometilados. A análise in silico para a classificação funcional dos genes diferencialmente metilados permitiu identificar conjuntos de genes com funções de fatores de transcrição, remodeladores da cromatina entre outras classes funcionais. Após a realização de uma ... / The endometriosis is a multi-factorial and chronic disease affecting 5% to 10% of women in reproductive age characterized by endometrium-like tissue (gland and stromma) outside uterine cavity. Although its etiology is poorly understood, recent evidences have indicated that epigenetic alterations are implicated in the pathophysiology. This hypothesis has been supported by findings surrounding altered DNA methylation pattern of specific genes, as well as by altered levels of expression of epigenetic machinery components in endometriotic lesions compared to eutopic endometrium from the same patient or endometrium of women free of disease. Thus, a better understanding of the role of epigenetic mechanisms in the pathogenesis and progression of endometriosis has become necessary and may contribute to the identification of diagnostic markers and for designing new therapeutic approaches that could benefit and improve the quality of life of women with this condition. In this context, this study aimed to identify differentially methylated genes as candidate biomarkers in endometriosis. The results could be organized in two papers. The first study aimed to investigate the profile of differential DNA methylation in intestinal endometriosis compared to eutopic endometrium of paired samples from the same patient. For this, we carried out a large-scale approach based on microarray containing 27,800 CpG islands, resulting in the identification of 546 genes as hypermethylated and 871 genes as hipomethylated. In silico analysis for the functional classification of differentially methylated genes enabled us to identify sets of genes with functions of transcription factors, chromatin remodeling, besides other functional classes. After conducting a comparative assessment with data available in other large-scale studies of literature, it was possible to recognize recurrent alteratons evolving 227 hypermethylated and 322 hypomethylated ...

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-10-09. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:37Z : No. of bitstreams: 1 000830930_20161009.pdf: 528336 bytes, checksum: 2584c6b09449ed93f647987c98b7c1c6 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-10-10T12:18:28Z: 000830930_20161009.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-10-10T12:19:00Z : No. of bitstreams: 1 000830930.pdf: 2248627 bytes, checksum: accddf23493d2bfab5e3f401310fb7d7 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Alterações epigenéticas, incluindo as alterações da metilação do DNA, das modificações de histonas e da atividade de RNAs não codificadores, são eventos frequentes em células tumorais e estão associados às mudanças da estrutura da cromatina e dos níveis de expressão gênica. O gene RASSF1, localizado em 3p21.3, é responsável pela transcrição de sete variantes a partir de regiões promotoras distintas, associadas a duas ilhas CpG. Dentre os transcritos estão RASSF1A e RASSF1C, codificados por regiões promotoras diferentes, e que têm sido descritos na literatura como codificadores de proteínas com funções celulares opostas: RASSF1A é caracterizado como supressor tumoral e é frequentemente silenciado por metilação anormal em vários tipos de câncer, enquanto RASSF1C tem sido associado a atividades oncogênicas, e não há relatos de metilação de ilha CpG associada à sua região promotora. Com a finalidade de investigar uma possível associação entre parâmetros clínicos e histopatológicos em pacientes diagnosticadas com câncer de mama e o padrão de metilação de RASSF1A e RASSF1C, foram analisadas 84 amostras de carcinomas mamários pela técnica de MS-PCR (Methylation-Specific Polymerase Chain Reaction). Para RASSF1A, foi encontrada uma frequência de metilação de 84,5% das amostras, enquanto que para RASSF1C todas as amostras apresentaram alelos exclusivamente não-metilados, o que sugere uma regulação de expressão diferente da observada para RASSF1A. Devido ao fato de 75 das 84 amostras utilizadas serem diagnosticadas como carcinomas ductais invasivos, as análises estatísticas incluíram apenas esse subtipo histológico. Não foi encontrada diferença estatística significativa para as características clínicas/histopatológicas e presença/ausência de metilação de RASSF1A. Foi também analisado o padrão de metilação das ilhas CpGde RASSF1 em 17 linhagens celulares derivadas de carcinomas ... / Alterações epigenéticas, incluindo as alterações da metilação do DNA, das modificações de histonas e da atividade de RNAs não codificadores, são eventos frequentes em células tumorais e estão associados às mudanças da estrutura da cromatina e dos níveis de expressão gênica. O gene RASSF1, localizado em 3p21.3, é responsável pela transcrição de sete variantes a partir de regiões promotoras distintas, associadas a duas ilhas CpG. Dentre os transcritos estão RASSF1A e RASSF1C, codificados por regiões promotoras diferentes, e que têm sido descritos na literatura como codificadores de proteínas com funções celulares opostas: RASSF1A é caracterizado como supressor tumoral e é frequentemente silenciado por metilação anormal em vários tipos de câncer, enquanto RASSF1C tem sido associado a atividades oncogênicas, e não há relatos de metilação de ilha CpG associada à sua região promotora. Com a finalidade de investigar uma possível associação entre parâmetros clínicos e histopatológicos em pacientes diagnosticadas com câncer de mama e o padrão de metilação de RASSF1A e RASSF1C, foram analisadas 84 amostras de carcinomas mamários pela técnica de MS-PCR (Methylation-Specific Polymerase Chain Reaction). Para RASSF1A, foi encontrada uma frequência de metilação de 84,5% das amostras, enquanto que para RASSF1C todas as amostras apresentaram alelos exclusivamente não-metilados, o que sugere uma regulação de expressão diferente da observada para RASSF1A. Devido ao fato de 75 das 84 amostras utilizadas serem diagnosticadas como carcinomas ductais invasivos, as análises estatísticas incluíram apenas esse subtipo histológico. Não foi encontrada diferença estatística significativa para as características clínicas/histopatológicas e presença/ausência de metilação de RASSF1A. Foi também analisado o padrão de metilação das ilhas CpGde RASSF1 em 17 linhagens celulares derivadas de ...

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-09-15. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:37Z : No. of bitstreams: 1 000831296_20150915.pdf: 712631 bytes, checksum: c611834a7a54c590d534dbfa5c08e1dc (MD5) Bitstreams deleted on 2015-09-15T11:21:48Z: 000831296_20150915.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-15T11:22:39Z : No. of bitstreams: 1 000831296.pdf: 1949173 bytes, checksum: beeb683c24b9380e93e17d2eaac28060 (MD5) / O gene SFN (stratifin; 14-3-3sigma) atua como um gene supressor tumoral cuja expressão é induzida em resposta a danos ao DNA, promovendo o bloqueio do ciclo celular no checkpoint G2/M. A inativação ou redução da expressão gênica por hipermetilação de sua ilha CpG foi apontada como um mecanismo comum a vários tipos de cânceres humanos e também foi associada com resposta ao tratamento. O objetivo desse estudo foi caracterizar alterações genéticas e epigenéticas do gene SFN em carcinomas mamários primários e investigar a sua relação com parâmetros clínicos e histopatológicos. Em adição, linhagens derivadas de epitélio mamário normal e de carcinomas mamários foram utilizadas para a caracterização do efeito do número de cópias e do padrão de metilação do DNA na expressão gênica e para o estudo do efeito combinado do tratamento com o agente desmetilante 5-Aza-dC (5-Aza-2'-Desoxicitidina) e da exposição à radiação nas taxas de sobrevivência celular. O padrão de metilação do DNA foi determinado por MS-PCR (Methylation Specific-Polimerase Chain Reaction), após modificação do DNA por bissulfito de sódio, em uma série de 84 carcinomas mamários (76 ductais infiltrantes, 5 lobulares infiltrantes, 1 metaplásico, 1 apócrino e 1 papilífero) , bem como em um painel de 20 linhagens celulares (3 normais e 17 derivadas de carcinomas). O número de cópias foi determinado por qPCR (quantitative Polimerase Chain Reaction) em 82 destas amostras. Os níveis de expressão do transcrito foram avaliados por RT-qPCR em 8 linhagens celulares selecionadas com base no número de cópias, padrão de metilação e o status da proteína p53. O efeito da exposição à radiação ionizante, em uma única dose de 4 Gy em intervalos de tempo de 12, 24, 48 e 72h foi estudado através do ensaio de MTT (3-[4,5-dimethylthiazol-2-yl]-2,5-diphenyltetrazolium bromide) em três linhagens celulares (T47D, MDA-MB-231 e MDA-MB-436) ... / The SFN gene (Stratifin; 14-3-3 sigma) plays roles as a tumor suppressor gene and its expression is induced in response to DNA damage by disabling the cell cycle arrest at the G2/M checkpoint. Inactivation or down-regulation of gene expression levels has been generally attributed to the hypermethylation of its CpG island, identified as a common mechanism in a variety of human cancers, also associated to treatment response. The aim of the present study was to characterize epigenetics and genetics alterations of the SFN gene in primary breast cancer and to investigate the relationship with clinical and histopatological variables. In addition, cell lines derived from normal breast and breast cancer tissues, were employed to identify the effect of copy number dosage and DNA methylation pattern in gene expression, besides the study of combined response to 5-Aza-dC (5-Aza-2'-Deoxycytidine) and radiation exposure on cell survival. After sodium bisulfite modification, the DNA methylation pattern was determined by Methylation-Specific Polymerase Chain Reaction (MS-PCR) in a series of 84 Breast cancer samples (76 infiltrating ductal carcinomas, 5 infiltrating lobular, 1 metaplasic, 1 apocrine and 1 papillary) as well as in a panel of 20 human cell lines (3 derived from normal breast and 17 from breast cancer). SFN copy number was performed using relative quantification, by qPCR (quantitative Polimerase Chain Reaction) in 82 samples. Transcript levels were evaluated by RT-qPCR within a selection of 8 cell lines, based on DNA methylation, SFN copy number dosage and p53 status. Ionizing radiation effect was studied through MTT (3-[4,5-dimethylthiazol-2-yl]-2,5-diphenyltetrazolium bromide) assay, by using a single dose of 4 Gy at different time intervals (12, 24, 48 and 72h) in tree cell lines (T47D, MDA-MB-231 e MDA-MB-436) treated or not with 5-Aza-dC. SFN methylation was observed in 79% of primary breast cancer, while copy number alterations ...

Orientador: Leda Gobbo Bueno / Resumo: A otimização da produção de pintainhos, não implica somente na incubação de ovos férteis. Atualmente, as incubadoras necessitam ter alta produtividade de forma sustentável, incluindo o rendimento de incubação de pintainhos saudáveis com altas taxas de sobrevivência no incubatório e o seu desenvolvimento na fase de cria. Dessa forma, o objetivo do presente estudo foi avaliar a influência da manipulação térmica no rendimento de ovos incubáveis de pesos distintos de matrizes leves na última fase embrionária. O experimento foi realizado em incubatório comercial de poedeiras leves, localizado em Birigui –SP. Utilizou-se 1950 ovos de matrizes leves da linhagem comercial Dekalb White®. Os ovos foram classificados entre diferentes tamanhos e alocados em bandejas de incubação. No período de 19 a 21 dias foram utilizados máquinas de nascedouros posicionadas frontalmente ao corredor central. Na primeira máquina manteve-se os valores de temperatura e umidade do ar padrão do incubatório (37,0°C e 60% UR) e na segunda máquina a temperatura foi ajustada para 37,7°C com 60% UR. Os tratamentos se diferenciaram de acordo com tempo de permanência na segunda máquina, e peso dos ovos (G e M) controles T1(G) e T6(M), 1 hora T2(G) e T7(M), 3 horas T3(G) e T8(M), 6 horas T4(G) e T9(M) e 9 horas T5(G) e T10 (M). Após o nascimento as pintainhas foram transferidas para granja de postura comercial, para avaliar o seu desenvolvimento corporal. Para o estudo usou-se o Delineamento Fatorial 2X5. Os dados f... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre

Submitted by Jorge Ikefuti Filho (ikefutifilho@msn.com) on 2018-07-19T17:43:12Z No. of bitstreams: 1 005-2018-Jorge Ikefuti Filho 19-07-18.pdf: 2256756 bytes, checksum: 138ed3a16f765780a351d182c74252b2 (MD5) / Approved for entry into archive by Fabio Sampaio Rosas null (fabio@dracena.unesp.br) on 2018-07-19T21:11:48Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Ikefuti_filho_j_me_dra.pdf: 2256756 bytes, checksum: 138ed3a16f765780a351d182c74252b2 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-19T21:11:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ikefuti_filho_j_me_dra.pdf: 2256756 bytes, checksum: 138ed3a16f765780a351d182c74252b2 (MD5) Previous issue date: 2018-02-09 / A otimização da produção de pintainhos, não implica somente na incubação de ovos férteis. Atualmente, as incubadoras necessitam ter alta produtividade de forma sustentável, incluindo o rendimento de incubação de pintainhos saudáveis com altas taxas de sobrevivência no incubatório e o seu desenvolvimento na fase de cria. Dessa forma, o objetivo do presente estudo foi avaliar a influência da manipulação térmica no rendimento de ovos incubáveis de pesos distintos de matrizes leves na última fase embrionária. O experimento foi realizado em incubatório comercial de poedeiras leves, localizado em Birigui –SP. Utilizou-se 1950 ovos de matrizes leves da linhagem comercial Dekalb White®. Os ovos foram classificados entre diferentes tamanhos e alocados em bandejas de incubação. No período de 19 a 21 dias foram utilizados máquinas de nascedouros posicionadas frontalmente ao corredor central. Na primeira máquina manteve-se os valores de temperatura e umidade do ar padrão do incubatório (37,0°C e 60% UR) e na segunda máquina a temperatura foi ajustada para 37,7°C com 60% UR. Os tratamentos se diferenciaram de acordo com tempo de permanência na segunda máquina, e peso dos ovos (G e M) controles T1(G) e T6(M), 1 hora T2(G) e T7(M), 3 horas T3(G) e T8(M), 6 horas T4(G) e T9(M) e 9 horas T5(G) e T10 (M). Após o nascimento as pintainhas foram transferidas para granja de postura comercial, para avaliar o seu desenvolvimento corporal. Para o estudo usou-se o Delineamento Fatorial 2X5. Os dados foram submetidos ao teste de hipóteses exato com base na distribuição Binomial para etapa de incubação e algaritimo Neperiano para etapa de crescimento corporal, foi utilizado software Minitab® 17. Como resultados notou-se que para ovos grandes (G), o tempo de permanência de 1 hora (T2), obteve melhores fêmeas comercialmente viáveis e menores índice de mortalidade embrionária na fase tardia e refugagem. Todavia para ovos médios (M) verificou-se melhores resultados com tempo de permanência de 3 e 6 horas (T8 e T9), não houve diferença para etapa de desenvolvimento corporal. / The optimization of the production of chicks does not only imply the incubation of fertile eggs. Currently, incubators need to have high productivity in a sustainable way, including the incubation yield of healthy chicks with high survival rates. Thus, the objective of the present study was to evaluate the influence of thermal manipulation on the yield of hatching eggs of different weights of layer breeds in the last embryonic stage, in the hatchery and its development in the breeding phase.The experiment was carried out in a commercial hatchery of layer breeds, located in Birigui-SP. It used 1950 eggs of layers breeds arrays of commercial line Dekalb White®. The eggs were classified among different sizes and allocated in incubation trays. In the period from 19 to 21 days were used starter machines positioned frontally to the central corridor. In the first machine the temperature and humidity values of the hatchery standard (37,0°C with 60% RH) air were maintained and in the second machine the temperature was adjusted to 37.72 ° C with 60% RH. The treatments were differentiated according to residence time in the second machine, and egg weight (G and M) controls T1 (G) and T6 (M), 1 hour T2 (G) and T7 (M), 3 hours T3 (G) and T8 (M), 6 hours T4 (G) and T9 (M) and 9 hours T5 (G) and T10 (M), After birth the chicks were transferred to the commercial laying nucleus to evaluate their body development. For the study, the 2X5 Factorial Design was used. The data were submitted to the test of exact hypotheses based on the Binomial distribution or incubation stage and Neperian algaritimo for stage of corporal growth, the software Minitab® 17. As results it was noticed that for large eggs (G), the residence time of 1 hour (T2), obtained better commercially viable females and lower embryonic mortality rate in the late phase and shelter. However for medium (M) eggs the best results were observed with residence time of 3 and 6 hours (T8 and T9) there was no difference for the stage of corporal development.

Submitted by DANIELA MOURA DOS SANTOS (danielamouravet@yahoo.com.br) on 2018-06-19T19:03:42Z No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇAO MESTRADO DANIELA SANTOS.pdf: 2591566 bytes, checksum: a364ce81cfb4254048a30be1ce071232 (MD5) / Approved for entry into archive by Neli Silvia Pereira null (nelisps@fcav.unesp.br) on 2018-06-20T16:33:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 santos_dm_me_jabo.pdf: 2591566 bytes, checksum: a364ce81cfb4254048a30be1ce071232 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-20T16:33:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 santos_dm_me_jabo.pdf: 2591566 bytes, checksum: a364ce81cfb4254048a30be1ce071232 (MD5) Previous issue date: 2018-02-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Alterações na organização estrutural da cromatina estão sendo associadas ao desenvolvimento e à fisiopatologia de diversas afecções oftálmicas. Com o advento da epigenética, emergiu o conceito de que parte dessas alterações pode ser revertida por fármacos. Visando-se avaliar a organização estrutural da cromatina em células da conjuntiva palpebral de cães com ceratoconjuntivite seca (CCS), antes e após tratamento com pomada de ciclosporina A (CsA) 0,2%, a presente pesquisa foi dividida em duas fases. Na fase I estudaram-se núcleos de células epiteliais e de linfócitos colhidos da conjuntiva palpebral de cães com e sem CCS. Foram incluídos na pesquisa 64 olhos de 32 cães domésticos, distribuídos em dois grupos: grupo controle, composto por 16 cães saudáveis (32 olhos, valores de Schirmer ≥ 15 mm/min); grupo CCS, abrangendo 16 cães (32 olhos, valores de Schirmer ≤ 10 mm/min) com CCS bilateral nunca antes tratados com imunomoduladores, sem oftalmopatias concorrentes e livres de alterações sistêmicas. As células foram colhidas por citologia esfoliativa e coradas pela reação de Feulgen. Os seguintes parâmetros foram estudados por vídeo-análise de imagens: área nuclear, perímetro nuclear, fator de circularidade relativa do núcleo (RNRF), densidade óptica integrada (IOD = conteúdo de DNA), densidade óptica (OD = compactação de cromatina); e desvio padrão de valores densitométricos (SDtd = textura de cromatina). Os resultados mostraram que a CCS enseja alterações nos parâmetros nucleares das células epiteliais e dos linfócitos da conjuntiva palpebral. Comparativamente aos controles, as células epiteliais foram mais afetadas pela CCS (alterações em área, perímetro, RNRF, IOD, e OD) do que os linfócitos (alterações em OD, apenas). Tanto as células epiteliais quanto os linfócitos do grupo CCS apresentaram cromatina mais descompactada do que as células do grupo controle. Padrões aberrantes de cromatina, como a "snake-like-chromatin", comumente vistos em pacientes humanos, não foram detectados. Na fase II estudou-se se as alterações nucleares detectadas na fase I regrediriam após tratamento local com pomada de CsA 0,2% a intervalos regulares de 12 horas e lacrimomimético a base de ácido poliacrílico 0,2%, instilado localmente a cada 4 horas. O mesmo grupo controle composto por cães hígidos foi adotado e as células também foram colhidas por citologia esfoliativa aos 30 e 60 dias de tratamento. As preparações citológicas foram coradas pela reação de Feulgen ou submetidas ao bandamento AgNOR. Estudaram-se parâmetros de video-análise de imagens relacionados com a funcionalidade da cromatina, notadamente a fração de área nuclear coberta pela cromatina mais condensada (Sc%), a taxa média de absorbância (AAR), e a entropia. Após bandamento AgNOR, estudaram-se os tamanhos das regiões organizadores de nucléolo e as frações de áreas nucleares ocupadas por elas. Os resultados mostraram que o tratamento com CsA e lacrimomimético (30/60 dias) enseja remodelação cromatínica e desfaz parcialmente as alterações associadas à CCS. / Changes in the structural organization of chromatin are being associated with the development and pathophysiology of various ophthalmic conditions. With the advent of epigenetics, the concept emerged that part of these alterations can be reversed by drugs. To evaluate the structural organization of chromatin in palpebral conjunctival cells of dogs with keratoconjunctivitis sicca (KCS), before and after treatment with 0.2% cyclosporine A (CsA) ophthalmic ointment, the present research was divided into two phases. In stage I, epithelial cells and lymphocyte from the palpebral conjunctiva of dogs with and without KCS were studied. The study included 64 eyes of 32 domestic dogs, distributed into two groups: control group, composed of 16 healthy dogs (32 eyes, Schirmer values ≥ 15 mm / min); KCS group, formed of 16 dogs (32 eyes, Schirmer values ≤ 10 mm / min) with bilateral CCS never previously treated with immunomodulatory drugs, and without concurrent ophthalmic or systemic disorders. Cells were collected by brush cytology and stained by the Feulgen reaction. The following parameters were studied by video image analysis: nuclear area, nuclear perimeter, relative nuclear roundness factor (RNRF), integrated optical density (IOD = DNA content), optical density (OD = chromatin compaction). The results showed that KCS causes alterations in the nuclear parameters of the epithelial cells and the lymphocytes from the palpebral conjunctiva. Compared with the control, the epithelial cells were more affected by the disease (alterations in area, perimeter, RNRF, IOD, and OD) than lymphocytes (changes in OD only.) Both epithelial cells and lymphocytes from the KCS group showed more decompressed chromatin than cells from the control group. "Snakelike-chromatin" commonly seen in human patients was not detected. In phase II it was studied whether the nuclear detected in stage I, regress after treatment with 0.2% CsA at regular intervals of 12 h and 0.2% polyacrylic acid-based artificial tears at regular intervals of 4h. The same control group composed of healthy dogs was adopted and cells were collected by brush cytology after 30 and 60 days of treatment. Cytological preparations were stained by the Feulgen reaction or submitted to the AgNOR banding. We studied video image analysis parameters related to the functionality of chromatin, notably the fraction of nuclear area covered by more condensed chromatin (Sc %), the average absorption ratio (AAR), and entropy. After AgNOR banding, the samples were studied for the sizes of the nucleolar organizer regions and the fractions of nuclear areas occupied by them. Results show that treatment with CsA and lacrimomimetic (30/60 days) leads to chromatin remodeling and partially reverses the chromatin changes elicited by KCS.

Submitted by Carolina Rabal Biasetto null (carolinarabal@yahoo.com.br) on 2016-05-18T19:36:08Z No. of bitstreams: 1 Tese_Doutorado_Carolina_Rabal_Biasetto_2016.pdf: 15348096 bytes, checksum: 59245cf961f6aaf1a999156f53853b5d (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-05-20T18:01:57Z (GMT) No. of bitstreams: 1 biasetto_cr_dr_araiq_par.pdf: 1896284 bytes, checksum: 8b4dcb25761fe239f657abc24e10c1e7 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-20T18:01:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 biasetto_cr_dr_araiq_par.pdf: 1896284 bytes, checksum: 8b4dcb25761fe239f657abc24e10c1e7 (MD5) Previous issue date: 2016-04-27 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / A capacidade biossintética dos fungos endofíticos, aliado aos estudos químico e biológicos relatados para Eugenia brasiliensis, motivou a idealização do projeto, a prospecção química, biológica e enzimática em fungos endofíticos associados a folhas, caules e frutos saudáveis de Eugenia brasiliensis e a avaliação do co-cultivo e epigenética em Xylaria cubensis, Diaporthe sp. e Colletotrichum sp., na obtenção de novas substâncias. O isolamento dos fungos endofíticos, resultou em dezessete linhagens de fungos endofíticos, sendo estes cultivados em escala reduzida em meio líquido de batata e dextrose (PDB) e Czapek, a 25 oC, sob modo estático para obtenção dos respectivos extratos brutos em AcOEt. A avaliação metabólica destes extratos foi realizada por CCDC, HPLC-DAD e RMN de 1H, como também a potencialidade enzimática e biológica pela avaliação das atividades antifúngica, anticolinesterásica e citotóxica, sendo que estes extratos demonstraram ser promissores. A prospecção inicial conduziu a seleção de três fungos endofíticos identificados como Xylaria cubensis (Eb_caH_5), Diaporthe sp. (Eb_caS_4), e Colletotrichum sp. (Eb_frmH_1), os quais foram cultivados (escala ampliada) em PDB para isolamento e determinação/elucidação estrutural dos metabólitos secundários. O estudo de Xylaria cubensis, resultou no isolamento de 8 substâncias, sendo da classe dos nucleosídeos, dicetopirazinas, isocumarinas e citocalasinas. De Diaporthe sp. foi isolado e identificado 8 substâncias: duas dicetopiperazinas, ácido nitropropiônico, uracila, tirosol, zygosporina D, pirrolidona (inédita) e alternariol. Colletotrichum sp. resultou no isolamento de 6 substâncias, sendo três dicetopiperazinas, além das substâncias N-(2-feniletil)acetamida, N-acetiltriptamina e metanoato de 2-hidroxibutila 3-indol (inédita). Todas as classes de substâncias produzidas por estes fungos endofíticos apresentam diversas atividades biológicas relatadas na literatura. Destaca-se a atividade fitotóxica da citocalasina D frente a coleóptilos de trigo superior ao herbicida comercial GOAL®. Para verificar a influência na produção metabólica de Xylaria cubensis, Diaporthe sp. e Colletotrichum sp., utilizou-se estratégias como o co-cultivo em meio sólido (PDA) e líquido (PDB) e a epigenética (escala reduzida), nas quais os endófitos mostraram produção metabólica diferente em relação à produção das monoculturas e na ausência do modulador epigenético ácido hidroxâmico suberoilanilida (SAHA), respectivamente. As ferramentas estatísticas, como PCA (Análise de componentes principais) e PLS-DA (Análise discriminante com calibração multivariada por mínimos quadrados parciais) permitiram uma rápida identificação e localização dos perfis metabólicos dos co-cultivos comparados às monoculturas. Estes dados contribuem para o conhecimento dos perfis metabólicos, biológicos e enzimáticos dos fungos endofíticos isolados de Eugenia brasiliensis, bem como suas interações com o hospedeiro. / The biosynthetic capacity of endophytic fungi, allied chemical and biological studies reported to Eugenia brasiliensis motivated the idealization of the project, prospection chemical, biological and enzymatic in endophytic fungi associated with healthy leaves, stems and fruits from Eugenia brasiliensis and evaluation co-culture and epigenetic in Xylaria cubensis, Diaporthe sp. and Colletotrichum sp., in obtaining new substances. The isolation of endophytic fungi resulted in seventeen endophytics fungi, these being cultivated in small scale on potato dextrose broth (PDB) and Czapek at 25 °C under static mode to obtain the corresponding crude extracts in AcOEt. The metabolic evaluation of these extracts was performed by CCDC, HPLC-DAD and 1H NMR, also enzymatic and biological potential were performed by antifungal, cytotoxic, and anticholinesterase activities, and these extracts have shown promise. The preliminary prospection led to the selection of three endophytic fungi identified as Xylaria cubensis (Eb_caH_5), Diaporthe sp. (Eb_caS_4) and Colletotrichum sp. (Eb_frmad_1) which were cultivated (larger scale) in PDB for isolation and determination or structural elucidation of secondary metabolites. The study of Xylaria cubensis resulted in the isolation of eight substances, as follows: nucleoside, diketopiperazines, isocoumarins and cytochalasins class. From Diaporthe sp. was isolated and identified eight substances, as follows: two diketopiperazines, nitropropionic acid, uracil, tyrosol, zygosporin D, pyrrolidone (unpublished) and alternariol. Colletotrichum sp. resulted in the isolation of six substances, three diketopiperazines, besides the substances N-(2-phenylethyl) acetamide, Nβ-acetyltryptamine and 3-hydroxybutan-2-yl-1H-indol-3-ylacetate (unpublished). All classes of substances produced by these endophytic fungi present several biological activities reported in the literature. Noteworthy is the phytotoxic activity of cytochalasin D against wheat coleoptile higher than commercial herbicide GOAL®. To verify the influence on the metabolic production of Xylaria cubensis, Diaporthe sp. and Colletotrichum sp., used strategies such as the co-culture on solid (PDA) and liquid medium (PDB) and epigenetic (small scale), in which endophytes showed an interesting and different metabolic production when compared with the production of monocultures and the absence of epigenetic modulator SAHA, respectively. The statistical tools, such as PCA (Principal component analysis) and PLS-DA (discriminant analysis with multivariate calibration partial least squares) allowed quick identification and location of the metabolic profiles of the co-culture compared monocultures. These data will contribute to the knowledge of the metabolic profiles, biological and enzymatic of endophytic fungi isolated from Eugenia brasiliensis and their interactions with host. / CNPq: 140980/2012-1

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:23Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-07-29Bitstream added on 2014-06-13T18:57:30Z : No. of bitstreams: 1 vieira_bs_me_jabo.pdf: 210260 bytes, checksum: d3afaa3f53192340812b4ef7563a72a4 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Com o objetivo de avaliar a real eficácia do condicionamento térmico precoce em condições de campo, bem como elucidar as respostas adaptativas relacionadas à maior tolerância ao calor, 600 pintainhos de corte machos, da linhagem Cobb-500® , foram distribuídos em um delineamento inteiramente casualizado em esquema fatorial 2X2, sendo os fatores processo de adaptação ao calor (controle e condicionamento térmico) e programa de luz (contínuo e intermitente). Aves condicionadas ao calor ou expostas à luminosidade intermitente ingeriram maior quantidade de água durante todo período de desafio térmico; no entanto, somente o programa de fornecimento intermitente de luz foi eficiente em reduzir a mortalidade final das aves. De fato, frangos submetidos à luminosidade intermitente apresentaram menor relação heterófilo: linfócito ao final do período de criação e ainda concentração plasmática de T4 e temperatura interna menores no início do período de estresse térmico. Frangos condicionados ao calor não apresentaram alteração na composição química da carcaça; porém, a deposição protéica das aves submetidas ao programa de fornecimento intermitente de luminosidade foi reduzida. Tais resultados evidenciam aparente ineficácia do processo de condicionamento térmico precoce em reverter os efeitos deletérios da exposição crônica e cíclica ao calor na fase final de criação. Entretanto, a adoção de um programa de fornecimento intermitente de luminosidade mostrou-se benéfica à maximização da tolerância das aves ao calor. / In order to evaluate the real efficacy of early age thermal conditioning in field conditions and clarify the physiological responses related to greater heat tolerance, 600 male broiler chicks were distributed in a 2X2 factorial design, with the factors - heat adaptation (control and heat conditioning) and light schedule (continuous and intermittent). Heat-conditioned and intermittent-lightexposed broilers drank more water during the final week of experiment; however, only the intermittent light program reduced flock mortality level significantly. In fact, intermittent-light-exposed broilers showed lower T4 plasmatic concentration and body temperature at the beginning of the heat-stress period and reduced heterophil to linfocyte ratio at the end of thermal challenge. Their carcass protein deposition at 42 days was decreased too. These results allow concluding that early age thermal conditioning seems to be inefficient on reducing the impact of chronic and cyclical heat exposure at marketing age. However, intermittent light program improve broiler heat tolerance.

Orientador: Cláudia Apaecida Rainho / Banca: Wellerson Rodrigo Scarano / Banca: Erika Cristina Pavarino / Banca: Adriana Camargo Ferrasi / Banca: Sandro José Conde / Resumo: A endometriose é uma doença crônica multifatorial, inflamatória, estrógeno-dependente, que afeta entre 8 a 10% das mulheres em idade reprodutiva e caracterizada por tecido similar ao endométrio (glândula e estroma) fora da cavidade uterina. Embora a sua etiologia seja pouco conhecida, evidências recentes indicam que alterações epigenéticas estão envolvidas na sua patofisiologia. Esta hipótese é apoiada pelos achados envolvendo padrões alterados de metilação do DNA em genes específicos, bem como pelos níveis alterados de expressão de componentes da maquinaria epigenética nas lesões endometrióticas, quando comparadas ao endométrio eutópico da mesma paciente ou ao endométrio de mulheres que não apresentam a doença. Assim, um melhor entendimento do papel dos mecanismos epigenéticos na patogênese e progressão da endometriose tem se tornado necessário, podendo contribuir para a identificação de marcadores diagnósticos e para o delineamento de novas abordagens terapêuticas, que trariam benefícios e melhor qualidade de vida para as mulheres que apresentam esta condição. Neste contexto, este estudo buscou a identificação de genes diferencialmente metilados candidatos a biomarcadores na endometriose. Os resultados obtidos foram organizados em dois artigos científicos. O primeiro artigo teve como objetivo investigar o perfil diferencial de metilação do DNA na endometriose intestinal em comparação com amostras pareadas de endométrio eutópico da mesma paciente. Para isso, foi empregada uma abordagem em larga escala baseada em microarranjos contendo 27.800 ilhas CpG, que resultou na identificação de 546 genes hipermetilados e 871 genes hipometilados. A análise in silico para a classificação funcional dos genes diferencialmente metilados permitiu identificar conjuntos de genes com funções de fatores de transcrição, remodeladores da cromatina entre outras classes funcionais. Após a realização de uma ... / Abstract: The endometriosis is a multi-factorial and chronic disease affecting 5% to 10% of women in reproductive age characterized by endometrium-like tissue (gland and stromma) outside uterine cavity. Although its etiology is poorly understood, recent evidences have indicated that epigenetic alterations are implicated in the pathophysiology. This hypothesis has been supported by findings surrounding altered DNA methylation pattern of specific genes, as well as by altered levels of expression of epigenetic machinery components in endometriotic lesions compared to eutopic endometrium from the same patient or endometrium of women free of disease. Thus, a better understanding of the role of epigenetic mechanisms in the pathogenesis and progression of endometriosis has become necessary and may contribute to the identification of diagnostic markers and for designing new therapeutic approaches that could benefit and improve the quality of life of women with this condition. In this context, this study aimed to identify differentially methylated genes as candidate biomarkers in endometriosis. The results could be organized in two papers. The first study aimed to investigate the profile of differential DNA methylation in intestinal endometriosis compared to eutopic endometrium of paired samples from the same patient. For this, we carried out a large-scale approach based on microarray containing 27,800 CpG islands, resulting in the identification of 546 genes as hypermethylated and 871 genes as hipomethylated. In silico analysis for the functional classification of differentially methylated genes enabled us to identify sets of genes with functions of transcription factors, chromatin remodeling, besides other functional classes. After conducting a comparative assessment with data available in other large-scale studies of literature, it was possible to recognize recurrent alteratons evolving 227 hypermethylated and 322 hypomethylated ... / Doutor

Orientador: Claudia Aparecida Rainho / Banca: Patrícia Pintor dos Reis / Banca: Enilze Maria de Souza Fonseca Ribeiro / Resumo: Alterações epigenéticas, incluindo as alterações da metilação do DNA, das modificações de histonas e da atividade de RNAs não codificadores, são eventos frequentes em células tumorais e estão associados às mudanças da estrutura da cromatina e dos níveis de expressão gênica. O gene RASSF1, localizado em 3p21.3, é responsável pela transcrição de sete variantes a partir de regiões promotoras distintas, associadas a duas ilhas CpG. Dentre os transcritos estão RASSF1A e RASSF1C, codificados por regiões promotoras diferentes, e que têm sido descritos na literatura como codificadores de proteínas com funções celulares opostas: RASSF1A é caracterizado como supressor tumoral e é frequentemente silenciado por metilação anormal em vários tipos de câncer, enquanto RASSF1C tem sido associado a atividades oncogênicas, e não há relatos de metilação de ilha CpG associada à sua região promotora. Com a finalidade de investigar uma possível associação entre parâmetros clínicos e histopatológicos em pacientes diagnosticadas com câncer de mama e o padrão de metilação de RASSF1A e RASSF1C, foram analisadas 84 amostras de carcinomas mamários pela técnica de MS-PCR (Methylation-Specific Polymerase Chain Reaction). Para RASSF1A, foi encontrada uma frequência de metilação de 84,5% das amostras, enquanto que para RASSF1C todas as amostras apresentaram alelos exclusivamente não-metilados, o que sugere uma regulação de expressão diferente da observada para RASSF1A. Devido ao fato de 75 das 84 amostras utilizadas serem diagnosticadas como carcinomas ductais invasivos, as análises estatísticas incluíram apenas esse subtipo histológico. Não foi encontrada diferença estatística significativa para as características clínicas/histopatológicas e presença/ausência de metilação de RASSF1A. Foi também analisado o padrão de metilação das ilhas CpGde RASSF1 em 17 linhagens celulares derivadas de carcinomas ... / Abstract: Alterações epigenéticas, incluindo as alterações da metilação do DNA, das modificações de histonas e da atividade de RNAs não codificadores, são eventos frequentes em células tumorais e estão associados às mudanças da estrutura da cromatina e dos níveis de expressão gênica. O gene RASSF1, localizado em 3p21.3, é responsável pela transcrição de sete variantes a partir de regiões promotoras distintas, associadas a duas ilhas CpG. Dentre os transcritos estão RASSF1A e RASSF1C, codificados por regiões promotoras diferentes, e que têm sido descritos na literatura como codificadores de proteínas com funções celulares opostas: RASSF1A é caracterizado como supressor tumoral e é frequentemente silenciado por metilação anormal em vários tipos de câncer, enquanto RASSF1C tem sido associado a atividades oncogênicas, e não há relatos de metilação de ilha CpG associada à sua região promotora. Com a finalidade de investigar uma possível associação entre parâmetros clínicos e histopatológicos em pacientes diagnosticadas com câncer de mama e o padrão de metilação de RASSF1A e RASSF1C, foram analisadas 84 amostras de carcinomas mamários pela técnica de MS-PCR (Methylation-Specific Polymerase Chain Reaction). Para RASSF1A, foi encontrada uma frequência de metilação de 84,5% das amostras, enquanto que para RASSF1C todas as amostras apresentaram alelos exclusivamente não-metilados, o que sugere uma regulação de expressão diferente da observada para RASSF1A. Devido ao fato de 75 das 84 amostras utilizadas serem diagnosticadas como carcinomas ductais invasivos, as análises estatísticas incluíram apenas esse subtipo histológico. Não foi encontrada diferença estatística significativa para as características clínicas/histopatológicas e presença/ausência de metilação de RASSF1A. Foi também analisado o padrão de metilação das ilhas CpGde RASSF1 em 17 linhagens celulares derivadas de ... / Mestre