Made available in DSpace on 2014-06-12T15:52:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2009 / Diferentes algoritmos têm sido usados para agrupar dados de expressão gênica, porém não há um único algoritmo que possa ser considerado o melhor independentemente dos dados a serem analisados. Neste trabalho, aplicamos técnicas de Meta-aprendizado para relacionar características de conjuntos de dados de expressão gênica ao desempenho de algoritmos de agrupamento. No nosso contexto, cada meta-exemplo representa características descritivas de uma base de dados de expressão gênica e um rótulo indicando o algoritmo de agrupamento que obteve os melhores resultados quando aplicado aos dados. Um conjunto destes metaexemplos é fornecido como entrada para um algoritmo de aprendizado (o meta-aprendiz), que, por sua vez, é responsável por adquirir conhecimento relativo às características descritivas e os melhores algoritmos. Neste trabalho, realizamos experimentos em um estudo de caso no qual um meta-aprendiz foi utilizado para discriminar entre três algoritmos de agrupamento candidatos, bem como para extrair conhecimento interpretável a partir dos experimentos. O conhecimento extraído pelo meta-aprendiz foi útil para o entendimento da aplicabilidade de cada algoritmo de agrupamento para problemas específicos

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:54:38Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo1983_1.pdf: 1880375 bytes, checksum: 3e607e8a193587ce0ea6508c676eef4e (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2008 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O volume de dados de expressão gênica vem crescendo exponencialmente nos ultimos anos devido as novas tecnologias da Biologia Molecular, que permitem medir a expressão de milhares de genes ao mesmo tempo. A analise computacional desses dados tem grande importância na Biologia e na Medicina. Ela permite, por exemplo, a descoberta de novas classes de câncer biologicamente e clinicamente significantes e a identificação de novas funções dos genes. As tecnicas de Aprendizado de Maquina não-supervisionado fazem parte da metodologia de analise usada pelos especialistas. Existem diversos algoritmos de agrupamento de dados, cada um procurando particionar os dados de uma maneira especifica. A escolha desse algoritmo e fundamental para a qualidade do agrupamento e, portanto, para a analise adequada dos resultados. Propomos uma metodologia de meta-aprendizado para a escolha dos algoritmos de agrupamento de dados no contexto de dados de expressão gênica de celulas cancergenas. Ate o momento, o meta-aprendizado vinha sendo utilizado apenas no contexto supervisionado. Nesta Dissertação, estendemos esse conceito para problemas não-supervisionados. Usamos bases de dados de diferentes experimentos com microarrays de varios estudos sobre câncer. Extraimos caracteristicas relevantes de cada base de dados a fim de emprega-las no aprendizado de Redes Neurais, k- Vizinhos Mais Proximos e Maquinas de Vetores Suporte, utilizados como meta-aprendizes. Esses metodos foram usados como sistemas de aprendizado para predizer a ordem de desempenho dos algoritmos de agrupamento, bem como selecionar o melhor algoritmo, de acordo com essas caracteristicas. Realizamos um conjunto de experimentos para validar o uso de cada meta-aprendiz. Nesse contexto, mostramos que, em media, os rankings sugeridos pelas Maquinas de Vetores Suporte são significativamente mais correlacionados com o ranking ideal do que aqueles obtidos com o ranking default. Conseguimos realizar um estudo inovador que pode ser expandido para dados de outros contextos, servindo como ponto de partida para novas abordagens

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:54:54Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo91_1.pdf: 688649 bytes, checksum: c8705aa51d4c00966aae21e02d8d5a4d (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2010 / Faculdade de Amparo à Ciência e Tecnologia do Estado de Pernambuco / Lectinas são proteínas ou glicoproteínas de origem não-imune que são capazes de reconhecer e ligar-se a carboidratos de forma especifica e reversível. O isolamento e a caracterização de novas lectinas revelam propriedades que são de importância prática para diferentes áreas da pesquisa biológica. No reino vegetal, estas proteínas são abundantes em sementes, raízes, frutos, flores e folhas. A espécie Eugenia malaccensis L., conhecida popularmente no Brasil como jambo vermelho, tem sido empregado na medicina popular para diversos fins. O objetivo do trabalho foi clonar um gene de lectina em genótipo de E. malaccensis, bem como analisar a expressão gênica em diferentes tecidos da planta pela técnica RT-PCR semiquantitativo e quantitativo (q-PCR). As sequências de genes de lectinas vegetais apresentam domínios protéicos conservados em diferentes espécies. Para a clonagem do gene de lectina de E. malaccensis, foi realizado alinhamento de sequências desse gene de espécies vegetais e obtido o desenho do oligonucleotídeos para as regiões conservadas. Foram realizadas amplificações do gene, a partir do DNA gênomico, por PCR. As reações de PCR foram aplicadas em gel de agarose (1,2%) e os fragmentos obtidos foram purificados e clonados em vetor TOPO TA e sequenciados. O RNA total foi extraído utilizando o reagente Trizol (Invitrogen) dos tecidos de folhas, sementes, raízes e caule e analisado a sua expressão gênica pela técnica RT-PCR semiquantitativo e PCR quantitativo (q-PCR). O conjunto de oligonucleotídeos desenhados para a clonagem do gene da lectina de E. malaccensis, amplificou um fragmento de, aproximadamente, 320 pares de bases (pb) e após o sequenciamento foi comprovada a identidade com outras sequência de genes de lectinas de plantas onde foi identificado um domínio de ligação a maose. Esse gene parcial de lectina foi denominado de EmLec1. A estratégia de clonagem gênica utilizada foi eficiente para o isolamento e caracterização do gene parcial de lectina com ligação a glicose/manose de E. malaccensis (gene EmLec1). A análise de expressão do gene EmLec1 mostrou sua síntese em diferentes tecidos vegetais, como folhas, sementes, raízes e caule em E. malaccensis. Portanto, o presente trabalho promoveu o primeiro relato sobre clonagem de gene parcial de lectina com ligação a glicose/manose de E. malaccensis, sendo o ponto inicial para futuras investigações sobre a sua função biológica

Made available in DSpace on 2014-06-12T16:01:23Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo8461_1.pdf: 682988 bytes, checksum: d7fff8575726440e9671293cfc34d7f6 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2008 / Este trabalho investiga o impacto do uso de comitês de agrupamentos para a análise de dados de expressão gênica. Mais especificamente, é realizada uma comparação dos desempenhos obtidos com algoritmos de combinação (comitês) com aqueles dos algoritmos de agrupamento individuais (algoritmos base). Para isso, são utilizados três métodos de comitês de agrupamento mais estabelecidos na literatura: matriz de co-associação, re-rotulagem e votação e comitês baseados em particionamento de grafos. As técnicas de agrupamento individuais escolhidas para realizar a comparação são: k-médias, mistura finita de gaussianas e o algoritmo hierárquico. Além de representarem diferentes paradigmas de agrupamento, estes algoritmos estão sendo muito utilizados no contexto de expressão gênica. Os resultados obtidos indicam que os algoritmos de comitê conseguem recuperar melhor a estrutura real dos dados, quando comparados aos algoritmos individuais. Outro aspecto observado na análise desenvolvida é que os comitês homogêneos conseguem, em geral, um melhor desempenho do que os comitês heterogêneos. De forma geral, os resultados dos experimentos indicam que, tanto os algoritmos individuais, quanto as técnicas de comitê apresentaram pequenas diferenças entre o número de grupos gerados, para os melhores desempenhos, e o número real de classes existentes nos dados

Submitted by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-04-24T17:32:02Z No. of bitstreams: 1 TESE Larissa Melo do Nascimento.pdf: 4960362 bytes, checksum: 493832b0899c2f0c2bbe63199de0769e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-24T17:32:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TESE Larissa Melo do Nascimento.pdf: 4960362 bytes, checksum: 493832b0899c2f0c2bbe63199de0769e (MD5) Previous issue date: 2016-09-06 / CAPES / As leishmanioses são um conjunto de doenças causadas por protozoários do gênero Leishmania da família Trypanosomatidae. Tais enfermidades atingem populações pobres de países subdesenvolvidos e sua incidência está associada, em parte, à ausência de quimioterápicos efetivos, o que enfatiza a importância de estudos focados na biologia desses patógenos. Nos tripanossomatídeos o controle da expressão gênica ocorre, predominantemente, a nível pós-transcricional, envolvendo a regulação da síntese proteica através dos fatores de iniciação da tradução eucarióticos (eIFs). Em mamíferos, a regulação global da tradução ocorre majoritariamente através do complexo heterotrimérico eIF2 (constituído de eIF2α, eIF2β e eIF2γ), o qual é responsável pela interação com o tRNA iniciador, GTP e a subunidade ribossomal 40S. No presente trabalho, objetivou-se contribuir na caracterização do complexo eIF2 em L infantum. Inicialmente, confirmou-se a expressão constitutiva da subunidade eIF2α durante o crescimento e diferenciação do parasito, bem como, sua associação funcional com a subunidade menor ribossomal. Mais ainda, demonstrou-se sua associação com as subunidades eIF2β e eIF2γ e com os parceiros diretos eIF2B e eIF5, nesse momento confirmando a identificação do complexo eIF2B em Leishmania. Nos tripanossomatídeos, a subunidade eIF2α apresenta uma extensão N-terminal característica, a qual se mostrou importante nas interações com eIF2B, eIF5 e ribonucleoproteínas. Interessantemente, identificou-se um novo parálogo da subunidade eIF2γ, sendo denominado aqui eIF2γ-2. Evolutivamente, o eIF2γ-2 surgiu após provável evento de duplicação exclusivo na família Trypanosomatidae e derivou acumulando características singulares em sua sequência gênica. O eIF2γ-2 é capaz de interagir com eIF2α, eIF2β, na formação de um segundo complexo eIF2 exclusivo de tripanossomatídeos, assim como, com o eIF2B e eIF5. Através de ensaios de deleção e complementação gênica, confirmou-se a essencialidade de eIF2γ e se demonstrou a incapacidade de substituição deste pelo seu parálogo eIF2γ-2. Estes resultados demonstram novos aspectos inéditos na identificação e função do eIF2 dos tripanossomatídeos, não observados em outros organismos. / Leishmaniasis is a group of diseases caused by protozoa from the genus Leishmania of the Trypanosomatidae family. These diseases affect poor people in developing countries and its incidence is associated, in part, to the absence of effective chemotherapy, which emphasizes the importance of studies focused on the biology of these pathogens. In trypanosomatids the control of gene expression occurs predominantly at post-transcriptional level involving the regulation of protein synthesis through the eukaryotic initiation factors (eIFs). In mammals, the global translation regulation is mostly controlled by the heterotrimeric complex eIF2 (formed by eIF2α, eIF2β and eIF2γ), which is responsible for the interaction with the initiator tRNA, GTP and 40S ribosomal subunit. In the present study, by characterizing the eIF2 complex in L infantum, we confirmed the constitutive expression of the eIF2α subunit during the growth and differentiation of the parasite, as well as, their functional association with the minor ribosomal subunit. Furthermore, while demonstrating the association of eIF2α with eIF2β and eIF2γ subunits and with the direct partners eIF2B and eIF5, we confirmed the identification of Leishmania eIF2B complex. Herein, we also showed that eIF2α subunit in trypanosomatids has a unique N-terminal extension that is important for interaction with eIF2B, eIF5 and ribonucleoproteins. Interestingly, a paralog of eIF2γ subunit, named here eIF2γ-2, was identified for the first time. Evolutionarily, the eIF2γ-2 gene arose most likely after a duplication event in the Trypanosomatidae family and further accumulated singular characteristics in its coding sequence. The eIF2γ-2 is able to interact with eIF2α and eIF2β, acting during the formation of a second eIF2 complex exclusive to trypanosomatids, as well as with eIF2B and eIF5. By gene deletion and complementation assays, we confirmed the essentiality of eIF2γ and demonstrated the inability to replace it by eIF2γ-2. Altogether, our data demonstrate novel features of eIF2 function of trypanosomes, not seen in other organisms.

ARAUJO, Antônio Roberto Lucena de, também é conhecido em citações bibliográficas por: LUCENA ARAUJO, Antônio Roberto / Submitted by Pedro Barros (pedro.silvabarros@ufpe.br) on 2018-08-29T20:27:44Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Jéssica Vitória Gadelha de Freitas Batista.pdf: 1325693 bytes, checksum: 4544a28b935d533b1a17b98ce4822801 (MD5) / Approved for entry into archive by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-09-10T19:36:16Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Jéssica Vitória Gadelha de Freitas Batista.pdf: 1325693 bytes, checksum: 4544a28b935d533b1a17b98ce4822801 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-09-10T19:36:16Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Jéssica Vitória Gadelha de Freitas Batista.pdf: 1325693 bytes, checksum: 4544a28b935d533b1a17b98ce4822801 (MD5) Previous issue date: 2017-02-14 / CNPq / A anemia falciforme (AF) é uma doença marcada por grande heterogeneidade clínica. Diante disso, muitos genes são investigados a fim de avaliar sua possível modulação no curso clínico da doença: dentre eles, o KLOTHO (KL), que está envolvido na biologia do óxido nítrico, estresse oxidativo e adesão vascular. Com o objetivo de avaliar o papel de polimorfismos em KL na clínica dos indivíduos com AF, investigamos os SNPs rs211239 (A>G) e rs685417 (G>A) e sua possível associação com algumas complicações clínicas da doença. Também investigamos os níveis de expressão de KL, para avaliar possíveis diferenças entre os genótipos dos SNPs estudados e entre as complicações clínicas analisadas. O estudo foi conduzido por comparação de grupos (casos e controles). Após análise de 703 pacientes, não foram encontradas associações do SNP rs211239 com nenhuma das complicações. Em contrapartida, os portadores dos genótipos GA e AA para o SNP rs685417 apresentaram maior frequência de crises vaso-oclusivas (p=0,006), de doença cerebrovascular (DCV) (p=0,017), maior número de complicações (p=0,029) e menor tempo para desenvolvimento de DCV (p=0,004) quando comparados aos indivíduos com genótipo selvagem (GG). No que concerne aos níveis de expressão, não foram encontradas diferenças entre os diferentes genótipos dos polimorfismos nem com as complicações. Por outro lado, houve diferença entre indivíduos com AF (HbSS) e sem AF (HbAA) (p=0,0001). Dessa forma, pôde-se perceber que os genótipos GA e AA do SNP rs685417 parecem indicar um pior prognóstico ao paciente, embora não tenham se mostrado como fator que altera os níveis de expressão. / Sickle cell anemia (SCA) is a disease characterized by high clinical heterogeneity. Therefore, many genes are investigated in order to evaluate their possible modulation in the clinical course of the disease: among them, KLOTHO (KL), which is involved in the biology of nitric oxide, oxidative stress and vascular adhesion. In order to evaluate the role of KL polymorphisms in the clinical setting of individuals with SCA, we investigated the SNPs rs211239 (A>G) and rs685417 (G>A) and their possible association with some clinical complications of the disease. We also investigated KL expression levels to evaluate possible differences between the genotypes of the studied SNPs and between the clinical complications analyzed. The study was conducted by performing a comparison of groups (cases and controls). The analysis of 703 patients showed no associations of the SNP rs211239 with any of the complications. On the other hand, patients with GA and AA genotypes for the rs685417 SNP had a higher frequency of vaso occlusive crises (p = 0.006), cerebrovascular disease (CVD) (p = 0.017), a greater number of complications (p = 0.029), and a shorter time to develop CVD (p = 0.004) when compared to individuals with wild genotype (GG). Regarding the levels of expression, no differences were found neither between the different genotypes of the polymorphisms nor with the complications. On the other hand, a notable difference was seen between subjects with SCA (HbSS) and without SCA (HbAA) (p = 0.0001). Thus, the genotypes GA and AA of the SNP rs685417 seem to indicate a worse prognosis for the patient, although they have not yet been shown as factors that change levels of expression.

Made available in DSpace on 2018-08-23T21:50:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_12426_Tese - Suzanny Oliveira Mendez.pdf: 3561701 bytes, checksum: 0f0fd989fd5e8dceb41830e39d57ae5c (MD5) Previous issue date: 2018-04-12 / O tabagismo é uma das principais causas de morte evitável do mundo e está relacionado ao surgimento de diversos tipos de tumores, dentre eles o câncer colorretal. Estudos com tumores sólidos mostram que a hipóxia é um importante fator preditor de resposta prognóstica e as vias de hipóxia, estresse oxidativo e imunossupressão podem atuar na progressão tumoral, influenciar a resposta ao tratamento e a resposta imunológica. Uma vez que estas vias podem ter a expressão de seus genes afetada tanto pela exposição à fumaça do cigarro quanto à radioterapia, o presente trabalho buscou investigar a influencia destes fatores de exposição na expressão das proteínas PHD3, HIF-1α, VEGF, RA2A e Foxp3 nos infiltrados intra e peritumorais de câncer colorretal induzido. Para tanto, foram utilizados 53 ratos Wistar, 5 com o intestino saudável como controle negativo (G0) e os 48 ratos restantes foram induzidos à tumorigênese colorretal com 1,2-dimetilhidrazina (DMH) e divididos em 4 grupos, Grupo DMH (G1), Grupo DMH/Radioterapia (G2), Grupo DMH/Fumaça (G3) e Grupo DMH/Fumaça/Radioterapia (G4). A exposição à fumaça do cigarro dos grupos G3 e G4 ocorreu em câmara de inalação e correspondeu a 12 cigarros por dia/grupo durante 20 semanas. Na 21ª semana, os animais do grupo G2 e G4 foram submetidos a três sessões de radioterapia na dose de 700 cGy cada, totalizando 2500 cGy. Na 22ª semana, os animais foram eutanasiados e as lesões fixadas, processadas e coradas com hematoxilina e eosina para diagnóstico. As lesões classificadas como Adenocarcinoma Tubular foram submetidas à Imunohistoquímica para as proteínas PHD3, HIF-1α, VEGF, da via de hipóxia, SOD-1 da via de estresse oxidativo e RA2A e Foxp3 da via de imunossupressão. Todas as amostras tumorais e controles foram analisadas nos infiltrados intra e peritumoral de forma semi-quantitativa e avaliados quanto à exposição à fumaça do cigarro e radioterapia na modulação da expressão destas proteínas. A resposta à radioterapia também foi avaliada pelo índice apoptótico através do anticorpo da caspase-3 clivada nas amostras pertencentes aos grupos G2 e G4. Os resultados mostraram uma relação entre a exposição à fumaça do cigarro e radioterapia com alteração da expressão das proteínas nos infiltrados inflamatórios intra e peritumorais. A expressão das proteínas pode diferir entre os tipos de infiltrado inflamatório, bem como da expressão em células tumorais, mostrando a importância da função diferencial destas células no microambiente tumoral. Além disso, o grupo exposto à fumaça e radioterapia apresentou melhores características histopatológicas em relação à malignidade e melhor resposta terapêutica. Assim concluímos que os ratos expostos à fumaça do cigarro e tratados com radioterapia apresentaram melhores parâmetros histoquímicos dos marcadores de morte celular, inflamação, progressão tumoral, estresse oxidativo e resposta à radioterapia do que os não expostos à fumaça do cigarro. Uma vez que a fumaça é consagrada como indutora de tumor em vários estágios da tumorigênese, e que nossos resultados mostraram características opostas, sugerimos a necessidade de novos estudos que confirmem o real impacto do tabagismo nos processos de tumorigênese, inflamação e na resposta ao tratamento radioterápico.

Made available in DSpace on 2018-08-27T13:37:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_12502_Tese - Lidiane Pignaton Agostini.pdf: 2963143 bytes, checksum: 76cc790c5543c25d309bc0feced39101 (MD5) Previous issue date: 2018-06-27 / O Glifosato [N-(fosfonometil)glicina] é um herbicida pós-emergente, não seletivo e sistêmico. No processo de criação das formulações comerciais de herbicidas a base de glifosato (GBHs, do inglês glyphosate-based herbicides), como o Roundup®, são adicionados surfactantes com o intuito de aumentar a eficiência do composto base. A rota prioritária de degradação do glifosato por micro-organismos no solo resulta na formação do ácido aminometilfosfônico (AMPA). As respostas moleculares ao glifosato têm sido extensivamente estudadas em espécies de plantas e em alguns vertebrados. Em humanos, apesar dos estudos até agora realizados, não se conhece exatamente quais os riscos e mecanismos de atuação que explicariam a toxicidade ao glifosato relatada em alguns experimentos. Sendo assim, a hipótese dessa tese é de que a exposição rápida ao Roundup® e ao AMPA leva à alterações de expressão gênica em importantes processos celulares. Dessa forma, o objetivo desse trabalho é identificar genes diferencialmente expressos (DEGs, do inglês differentially expressed genes) em células mononucleares do sangue periférico (PBMCs, do inglês, peripheral blood mononuclear cells) humano submetidas à exposição rápida com herbicida à base de glifosato (Roundup®) e AMPA. O teste de MTT [3(4,5-dimetiltiazol-2-il)-2,5-difeniltetrazólio brometo], realizado em triplicatas, foi utilizado para avaliar a viabilidade celular e para a escolha das condições de tratamento utilizadas na técnica de microarray (GeneChip® Human Transcriptome Array 2.0, Affymetrix). As condições analisadas foram controle (3 chips), AMPA (10 mM; 3 chips) e Roundup® (0,05%; 2 chips), expostos durante 3 horas. Utilizando um valor de p<0,05 e fold-change de 1,5 foram identificados 5 DEGs no tratamento com o AMPA e 26 no tratamento com Roundup®. As análises de enriquecimento mostraram que os genes com expressão alterada após exposição ao Roundup® estavam associados a 33 processos celulares, principalmente relacionados à regulação destes processos. A plataforma digital Pathview foi utilizada para identificar a atuação dos DEGs após exposição ao Roundup® em diferentes vias. Os genes TNF, LTA, TAB2 e ATM foram relacionados à via de sinalização NF-kappa &#946;; BCL2L11 e ATM à via de sinalização FoxO; SESN3 e ATM à via de sinalização p53; e TNF, BCL2L11 e ATM à apoptose. Dessa forma, os resultados sugerem que o Roundup® altera o padrão de expressão gênica de diversos genes associados com o controle do ciclo celular, regulação de processos celulares e apoptose.

Made available in DSpace on 2018-08-23T21:50:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_12426_Tese - Suzanny Oliveira Mendez.pdf: 3561701 bytes, checksum: 0f0fd989fd5e8dceb41830e39d57ae5c (MD5) Previous issue date: 2018-04-12 / O tabagismo é uma das principais causas de morte evitável do mundo e está relacionado ao surgimento de diversos tipos de tumores, dentre eles o câncer colorretal. Estudos com tumores sólidos mostram que a hipóxia é um importante fator preditor de resposta prognóstica e as vias de hipóxia, estresse oxidativo e imunossupressão podem atuar na progressão tumoral, influenciar a resposta ao tratamento e a resposta imunológica. Uma vez que estas vias podem ter a expressão de seus genes afetada tanto pela exposição à fumaça do cigarro quanto à radioterapia, o presente trabalho buscou investigar a influencia destes fatores de exposição na expressão das proteínas PHD3, HIF-1α, VEGF, RA2A e Foxp3 nos infiltrados intra e peritumorais de câncer colorretal induzido. Para tanto, foram utilizados 53 ratos Wistar, 5 com o intestino saudável como controle negativo (G0) e os 48 ratos restantes foram induzidos à tumorigênese colorretal com 1,2-dimetilhidrazina (DMH) e divididos em 4 grupos, Grupo DMH (G1), Grupo DMH/Radioterapia (G2), Grupo DMH/Fumaça (G3) e Grupo DMH/Fumaça/Radioterapia (G4). A exposição à fumaça do cigarro dos grupos G3 e G4 ocorreu em câmara de inalação e correspondeu a 12 cigarros por dia/grupo durante 20 semanas. Na 21ª semana, os animais do grupo G2 e G4 foram submetidos a três sessões de radioterapia na dose de 700 cGy cada, totalizando 2500 cGy. Na 22ª semana, os animais foram eutanasiados e as lesões fixadas, processadas e coradas com hematoxilina e eosina para diagnóstico. As lesões classificadas como Adenocarcinoma Tubular foram submetidas à Imunohistoquímica para as proteínas PHD3, HIF-1α, VEGF, da via de hipóxia, SOD-1 da via de estresse oxidativo e RA2A e Foxp3 da via de imunossupressão. Todas as amostras tumorais e controles foram analisadas nos infiltrados intra e peritumoral de forma semi-quantitativa e avaliados quanto à exposição à fumaça do cigarro e radioterapia na modulação da expressão destas proteínas. A resposta à radioterapia também foi avaliada pelo índice apoptótico através do anticorpo da caspase-3 clivada nas amostras pertencentes aos grupos G2 e G4. Os resultados mostraram uma relação entre a exposição à fumaça do cigarro e radioterapia com alteração da expressão das proteínas nos infiltrados inflamatórios intra e peritumorais. A expressão das proteínas pode diferir entre os tipos de infiltrado inflamatório, bem como da expressão em células tumorais, mostrando a importância da função diferencial destas células no microambiente tumoral. Além disso, o grupo exposto à fumaça e radioterapia apresentou melhores características histopatológicas em relação à malignidade e melhor resposta terapêutica. Assim concluímos que os ratos expostos à fumaça do cigarro e tratados com radioterapia apresentaram melhores parâmetros histoquímicos dos marcadores de morte celular, inflamação, progressão tumoral, estresse oxidativo e resposta à radioterapia do que os não expostos à fumaça do cigarro. Uma vez que a fumaça é consagrada como indutora de tumor em vários estágios da tumorigênese, e que nossos resultados mostraram características opostas, sugerimos a necessidade de novos estudos que confirmem o real impacto do tabagismo nos processos de tumorigênese, inflamação e na resposta ao tratamento radioterápico.

Com o objetivo de compreender os mecanismos que regulam a formação da simbiose entre fungos micorrízicos arbusculares e raízes de plantas, procurou-se identificar e clonar genes com expressão diferencial na interação através da técnica do"display"diferencial de cDNAs. Raízes de fumo (Nicotiana tabacum) não colonizadas e colonizadas pelo fungo Glomus intraradices foram coletadas, após um período experimental de oito semanas, para a extração de RNA. Em seguida, iniciadores com base na seqüência poliadenílica do RNA mensageiro de eucariotos (oligo-dTs) foram utilizados para a síntese de cDNA. Iniciadores aleatórios ou combinações de iniciadores aleatórios e oligo-dTs foram utilizadas para amplificar, por PCR, a primeira fita de cDNA. Três produtos de amplificação presentes somente em amostras de raízes colonizadas foram identificados e clonados. Os clones foram seqüenciados e suas seqüências comparadas às seqüências de genes conhecidos. O clone NtGil apresentou 55 a 70% e 33 a 66% de identidade em nível de nucleotídeos e aminoácidos, respectivamente, com genes que codificam proteínas acessórias da urease (UreG), de várias bactérias e Arabidopsis. O clone NtGi2 também apresentou alta homologia (55 a 66% em nível de nucleotídeos e 41 a 65% em nível de aminoácidos) com proteínas UreG de várias bactérias. Esse clone é praticamente idêntico à NtGil, diferindo apenas por uma inserção de 74 nucleotídeos, entre as posições 534 e 607. A seqüência de nucleotídeos do clone NtGi3 é idêntica à sequência de NtGil, exceto pelo fato do clone NtGil abranger uma porção maior da região 3’ do gene. A análise da seqüência de aminoácidos deduzida revelou a presença de sítios putativos de N-glicosilação (NYSR e NKTD), de ligação ATP/GTP (GPVGSGKT,"P-loop") e de fosforilação por quinase-tirosina (RELADYIIY). Os sítios de glicosilação e de ligação ATP/GTP são conservados entre as proteínas UreG armazenadas nos bancos de dados. No entanto, o sítio de fosforilação é específico para os cDNAs isolados. Com base nos resultados obtidos, é possível que as proteínas UreG estejam envolvidas no metabolismo do nitrogênio durante a simbiose ou ainda com a infectividade do fungo. / not available