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Análise da expressão diferencial em três fases da esporulação de oocistos de Eimeria maxima. / Differential expression analysis of Eimeria maxima oocysts in three phases of sporulation.

Manha, Alessandra Popov dos Santos 10 May 2011 (has links)
Eimeria maxima é uma das principais espécies que causam a coccidiose aviária. Visando uma maior compreensão dos mecanismos moleculares envolvidos na esporulação de oocistos de E. maxima, o perfil da expressão gênica em oocistos não esporulados, parcialmente esporulados e esporulados foi avaliado utilizando a técnica ORESTES. As 20.149 leituras geradas foram pré-processadas, agrupadas, anotadas empregando-se a plataforma Egene e em seguida, analisadas estatisticamente. Um total de 1.207 contigs e 2091 singlets foi gerado. Cerca de 72% dos transcritos foram classificados como proteínas hipotéticas, 20% eram similares a proteínas de função conhecida e 8% eram proteínas conservadas. Após a análise estatística, 32% dos transcritos foram classificados como diferencialmente expressos, dos quais, a maioria (65%) era estágio-específica. Para validação dos perfis de expressão obtidos por ORESTES, a expressão diferencial de um pequeno conjunto de genes foi quantificada por RT-qPCR. Os resultados demonstraram boa correlação entre as duas técnicas. / Eimeria maxima is one of the most important causing agents of poultry coccidiosis. Aiming at obtaining a better understanding of the molecular mechanisms involved in oocyst sporulation of E. maxima, the gene expression profiles of unsporulated, sporulating (sporoblast phase) and sporulated oocyst were studied using the ORESTES methodology. The 20,149 reads generated were pre-processed, grouped, annotated employing the platform Egene and statistically analyzed. A total of 1207 contigs and 2091 singlets were generated. About 72% of the transcripts were classified as hypothetical proteins, 20% were similar to proteins of known function and 8% were conserved proteins. After statistical analysis, 32% of the transcripts were classified as differentially expressed of which 65% were stage-specific. For ORESTES validation, the differential expression was quantified by RT-qPCR to a small set of genes. The results demonstrated a good correlation between the two techniques studied.
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Avaliação dos efeitos do estresse por calor sobre a imunidade de frangos de corte em modelos experimentais de enterite necrótica aviária / Effects of heat stress on immunity of broilers in experimental models of avian necrotic enteritis

Calefi, Atilio Sersun 03 May 2016 (has links)
Doenças, como a enterite necrótica aviária (NE), têm se tornado reemergentes em função não apenas do sistema de criação intensivo de frangos de corte atualmente em uso, como também da restrição imposta ao uso dos aditivos antimicrobianos por diversos países, dentre os quais, aqueles da União Européia. A NE é uma doença que acomete aves de produção e seu agente etiológico primário é o Clostridium perfringens tipo A. Pouco se conhece a respeito dos mecanismos pelos quais o estresse modula o desenvolvimento da NE. O presente trabalho foi realizado para avaliar os efeitos do estresse por calor sobre o desenvolvimento da NE em frangos de corte. Empregou-se, para tal, modelos experimentais de NE em que se usou infecção isolada por C. perfringens e/ou em co-infecção com Eimeria spp. O estresse por calor foi aplicado de forma contínua ou intermitente em longo prazo. Foram propostos sete experimentos; em cinco deles os animais foram criados em câmaras isoladoras e, nos dois restantes, em galpões. Foram feitas avaliações da imunidade sistêmica, de órgãos linfoides secundários e do intestino delgado para determinar os efeitos imunomodulatórios da infecção e/ou do estresse por calor. Para caracterização dos efeitos neuroimunes, fizemos uma análise integrada dos achados imunes, de atividade do Sistema Nervoso Central e/ou de ativação do eixo hipotálamo-hipófise-adrenal (HPA). Foram utilizadas medidas quantitativas e semiquantitativas para avaliar os diferentes graus de lesão tecidual decorrentes do processo infeccioso e/ou parasitário com ou sem estresse por calor. Para analisar os efeitos do estresse no processo infeccioso/parasitário empregamos, também, cultivos microbiológicos e técnicas usadas para determinação da proliferação do C. perfringens e da Eimeria spp. Os resultados mostraram que o estresse por calor: reduziu a inflamação intestinal e o dano tecidual em modelo de NE empregando infecção isolada por C. perfringens preparada em caldo tioglicolato; reduziu a formação de centros germinais esplênicos e intestinais com consequente modulação da produção de imunoglobulinas séricas e secretórias; ativou núcleos do SNC relacionados á atividade do eixo HPA; ativou o eixo cérebro-intestinal; diminuiu a infecção intestinal por Eimeria spp., com consequente redução do desenvolvimento da NE e da lesão tecidual dela resultante; modulou a atividade de sistemas de neurotransmissão central relacionados com o comportamento das aves e ativação do eixo HPA; alterou o perfil neuroquímico cerebral quando em associação com a NE; facilitou o desenvolvimento da infecção por C. perfringens em animais não desafiados por fatores predisponentes da NE; reduziu a lesão tecidual no modelo de co-infecção por C. perfringens e Eimeria spp.; modulou o balanço de citocinas para um padrão Th2 no intestino dos animais infectados ou não; alterou as subpopulações de linfócitos esplênicos e circulantes, bem como a função proliferativa destas células e a resposta das mesmas à expressão de citocinas. Desta forma, concluímos que o estresse por calor e/ou inflamação intestinal de origem infecciosa ou química ativam o eixo HPA por mecanismo que envolve o eixo cérebro-intestinal, reduzindo os sinais clínicos da NE por interferir na patogênese do C. perfringens e da Eimeria spp / Diseases such as necrotic enteritis (NE) are coming back not only as a consequence of the intensive farming procedures now being used but also as a consequence of the restrictions imposed by the European Union countries to the use of antimicrobials as feed additives. NE is a disease that affects poultry production; its primary etiologic agent is Clostridium perfringens type A. Little is known about the mechanisms by which stress modulates the development of NE. Thus, to evaluate the effects of heat stress on NE development, sevenstudies were done using experimental models of NE that used C. perfringens infection per se or in combination with Eimeria spp. Heat stress was used throughout the experiments, being applied continuously or intermittently but always for long-term. Five experiments were performed using animals reared in isolator chambers and two others employing animals reared in sheds. Evaluations of systemic immunity, secondary lymphoid organs and small intestine portions were used to determine the immunomodulatory effects of the infections and/or of the heat stress. Neuroimmune effects were assessed using an integrative approach of the observed immune, Central Nervous System (CNS) and/or hypothalamic-pituitary-adrenal (HPA) axis changes. Quantitative and semi-quantitative techniques were utilized to measure and compare the different degrees of tissue damage resulting from the infectious processes in the presence and absence of heat stress. Microbiological techniques were also used to determine C. perfringens and Eimeria spp. proliferations. Results showed that heat stress: reduced intestinal inflammation and tissue damage in the NE model that used C. perfringens together with thioglycolate broth culture medium intake; reduced the formation of splenic and intestinal germinal centers with subsequent production of serum and secretory immunoglobulins; activated some brain areas related to animals behavior and HPA axis activity; modified the brain-gut axis relationship during NE development; reduced Eimeria spp. infection leading to a subsequent reduction in the NE development and in the scores of tissue injury; together with NE, modified neuronal brain-amine systems activity and, as a consequence, changed animals behavior, HPA axis activity and brain amine systems fuction within some brain areas; predisposed the birds to C. perfringens infection in the presence or absence of NE inducing factors; reduced the tissue damages observed in the course of C. perfringens and Eimeria spp.co-infection; modulated cytokines to a Th2 pattern in animals infected or not; altered the splenic and peripheral blood lymphocytes subpopulations and, changed the proliferative function of immune cells and cytokine expression.Thus, we conclude that the heat stress and/or intestinal inflammation of infectious or chemical origin activate the HPA axis by a mechanism involving the brain-gut axis, reducing the clinical signs of NE by interfering in the pathogenesis of C. perfringens and Eimeria spp
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Avaliação dos efeitos do estresse por calor sobre a imunidade de frangos de corte em modelos experimentais de enterite necrótica aviária / Effects of heat stress on immunity of broilers in experimental models of avian necrotic enteritis

Atilio Sersun Calefi 03 May 2016 (has links)
Doenças, como a enterite necrótica aviária (NE), têm se tornado reemergentes em função não apenas do sistema de criação intensivo de frangos de corte atualmente em uso, como também da restrição imposta ao uso dos aditivos antimicrobianos por diversos países, dentre os quais, aqueles da União Européia. A NE é uma doença que acomete aves de produção e seu agente etiológico primário é o Clostridium perfringens tipo A. Pouco se conhece a respeito dos mecanismos pelos quais o estresse modula o desenvolvimento da NE. O presente trabalho foi realizado para avaliar os efeitos do estresse por calor sobre o desenvolvimento da NE em frangos de corte. Empregou-se, para tal, modelos experimentais de NE em que se usou infecção isolada por C. perfringens e/ou em co-infecção com Eimeria spp. O estresse por calor foi aplicado de forma contínua ou intermitente em longo prazo. Foram propostos sete experimentos; em cinco deles os animais foram criados em câmaras isoladoras e, nos dois restantes, em galpões. Foram feitas avaliações da imunidade sistêmica, de órgãos linfoides secundários e do intestino delgado para determinar os efeitos imunomodulatórios da infecção e/ou do estresse por calor. Para caracterização dos efeitos neuroimunes, fizemos uma análise integrada dos achados imunes, de atividade do Sistema Nervoso Central e/ou de ativação do eixo hipotálamo-hipófise-adrenal (HPA). Foram utilizadas medidas quantitativas e semiquantitativas para avaliar os diferentes graus de lesão tecidual decorrentes do processo infeccioso e/ou parasitário com ou sem estresse por calor. Para analisar os efeitos do estresse no processo infeccioso/parasitário empregamos, também, cultivos microbiológicos e técnicas usadas para determinação da proliferação do C. perfringens e da Eimeria spp. Os resultados mostraram que o estresse por calor: reduziu a inflamação intestinal e o dano tecidual em modelo de NE empregando infecção isolada por C. perfringens preparada em caldo tioglicolato; reduziu a formação de centros germinais esplênicos e intestinais com consequente modulação da produção de imunoglobulinas séricas e secretórias; ativou núcleos do SNC relacionados á atividade do eixo HPA; ativou o eixo cérebro-intestinal; diminuiu a infecção intestinal por Eimeria spp., com consequente redução do desenvolvimento da NE e da lesão tecidual dela resultante; modulou a atividade de sistemas de neurotransmissão central relacionados com o comportamento das aves e ativação do eixo HPA; alterou o perfil neuroquímico cerebral quando em associação com a NE; facilitou o desenvolvimento da infecção por C. perfringens em animais não desafiados por fatores predisponentes da NE; reduziu a lesão tecidual no modelo de co-infecção por C. perfringens e Eimeria spp.; modulou o balanço de citocinas para um padrão Th2 no intestino dos animais infectados ou não; alterou as subpopulações de linfócitos esplênicos e circulantes, bem como a função proliferativa destas células e a resposta das mesmas à expressão de citocinas. Desta forma, concluímos que o estresse por calor e/ou inflamação intestinal de origem infecciosa ou química ativam o eixo HPA por mecanismo que envolve o eixo cérebro-intestinal, reduzindo os sinais clínicos da NE por interferir na patogênese do C. perfringens e da Eimeria spp / Diseases such as necrotic enteritis (NE) are coming back not only as a consequence of the intensive farming procedures now being used but also as a consequence of the restrictions imposed by the European Union countries to the use of antimicrobials as feed additives. NE is a disease that affects poultry production; its primary etiologic agent is Clostridium perfringens type A. Little is known about the mechanisms by which stress modulates the development of NE. Thus, to evaluate the effects of heat stress on NE development, sevenstudies were done using experimental models of NE that used C. perfringens infection per se or in combination with Eimeria spp. Heat stress was used throughout the experiments, being applied continuously or intermittently but always for long-term. Five experiments were performed using animals reared in isolator chambers and two others employing animals reared in sheds. Evaluations of systemic immunity, secondary lymphoid organs and small intestine portions were used to determine the immunomodulatory effects of the infections and/or of the heat stress. Neuroimmune effects were assessed using an integrative approach of the observed immune, Central Nervous System (CNS) and/or hypothalamic-pituitary-adrenal (HPA) axis changes. Quantitative and semi-quantitative techniques were utilized to measure and compare the different degrees of tissue damage resulting from the infectious processes in the presence and absence of heat stress. Microbiological techniques were also used to determine C. perfringens and Eimeria spp. proliferations. Results showed that heat stress: reduced intestinal inflammation and tissue damage in the NE model that used C. perfringens together with thioglycolate broth culture medium intake; reduced the formation of splenic and intestinal germinal centers with subsequent production of serum and secretory immunoglobulins; activated some brain areas related to animals behavior and HPA axis activity; modified the brain-gut axis relationship during NE development; reduced Eimeria spp. infection leading to a subsequent reduction in the NE development and in the scores of tissue injury; together with NE, modified neuronal brain-amine systems activity and, as a consequence, changed animals behavior, HPA axis activity and brain amine systems fuction within some brain areas; predisposed the birds to C. perfringens infection in the presence or absence of NE inducing factors; reduced the tissue damages observed in the course of C. perfringens and Eimeria spp.co-infection; modulated cytokines to a Th2 pattern in animals infected or not; altered the splenic and peripheral blood lymphocytes subpopulations and, changed the proliferative function of immune cells and cytokine expression.Thus, we conclude that the heat stress and/or intestinal inflammation of infectious or chemical origin activate the HPA axis by a mechanism involving the brain-gut axis, reducing the clinical signs of NE by interfering in the pathogenesis of C. perfringens and Eimeria spp
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Mise au point d'un modèle d'infection expérimentale d'entérite nécrotique clinique chez le poulet de chair par des facteurs prédisposants

Bélanger, Mathieu January 2008 (has links)
Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal
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Studien zur Charakterisierung und metaphylaktischen Kontrolle der Eimeria zuernii - Kokzidiose des Kalbes

Bangoura, Berit 26 May 2008 (has links) (PDF)
In den vorliegenden Studien wurde die Eimeria zuernii – Kokzidiose im Hinblick auf den klinischen Verlauf, die Pathophysiologie, die Pathologie und einen metaphylaktischen Behandlungsansatz charakterisiert. Hierfür wurden experimentelle Infektionen an Kälbern durchgeführt, zusätzlich wurden natürlich infizierte Tiere in die Prüfung der Wirksamkeit der Behandlung einbezogen. Die parasitologischen und pathophysiologischen Untersuchungen wurden im Infektionsmodell an insgesamt 41 Kälbern durchgeführt, die in drei Gruppen eingeteilt wurden: eine uninfizierte Kontrollgruppe 1 (n=14), die moderat infizierte Gruppe 2 (150.000 sporulierte E. zuernii – Oozysten pro Kalb, n=11) und die hochdosiert infizierte Gruppe 3 (250.000 sporulierte E. zuernii – Oozysten pro Kalb, n=16). Die Tiere wurden regelmäßig klinisch und ihre Kotproben auf Konsistenz und Parasitenaussscheidung untersucht. Es wurden regelmäßig Blutproben zur Bestimmung hämatologischer und klinisch-chemischer Parameter sowie des Säure-Basen-Status entnommen, und die Tiere wurden wöchentlich gewogen. Die Infektion mit E. zuernii löste bei allen Tieren der Gruppen 2 und 3 nach einer variablen Präpatenzdauer eine Ausscheidung von E. zuernii-Oozysten aus. Im Gegensatz zur uninfizierten Kontrollgruppe entwickelten alle infizierten Tiere Durchfall mit teils hämorrhagischem Charakter, wobei eine deutliche Korrelation zwischen der Oozystenausscheidung und dem Auftreten von Diarrhoe nachgewiesen werden konnte. Klinische Erkrankungen traten häufiger in der hochdosiert infizierten als in der moderat infizierten Gruppe auf. Hierbei standen Exsikkosen und ein vermindertes Allgemeinbefinden im Vordergrund. Ein Tier der hochinfizierten Gruppe erkrankte aufgrund der Kokzidiose infaust. Die Gewichtszunahmen waren in beiden infizierten Gruppen, bezogen auf die Kontrollgruppe 1, signifikant erniedrigt, in der hochdosiert infizierten Gruppe 3 stärker als in der moderat infizierten Gruppe 2. Die Veränderungen bei den untersuchten Blutparametern traten im Allgemeinen dosisabhängig auf. In Gruppe 3 wurden stärkere Abweichungen von den Blutwerten der Kontrollkälber beobachtet als in Gruppe 2. Initial kam es während der Patenz zu einer Leukopenie, welche anschließend in eine Leukozytose überging. Im Zuge der enteralen Blut- und Wasserverluste bildeten sich eine Hämokonzentration sowie eine Retikulozytose heraus, was als Hinweis auf eine regenerative Anämie gewertet wird. Während der Patenz fand eine Umstellung des Organismus auf einen katabolen Stoffwechsel statt, was sich in einer Lipolyse und einem gesteigerten Proteinabbau niederschlug. Außerdem kam es zu einer Störung der Homoiostase. Es lagen Elektrolytverluste über den geschädigten Darm vor, und es entwickelte sich eine respiratorisch kompensierte metabolische Azidose. Die pathologischen Untersuchungen wurden an sechs weiteren moderat infizierten Kälbern (150.000 sporulierte E. zuernii – Oozysten pro Kalb) durchgeführt. In der späten Präpatenz (16 Tage p.i.) zeigten sich nur geringe Läsionen durch die Schizogoniestadien vom kaudalen Jejunum bis zum mittleren Kolon. Zum Höhepunkt der Patenz hin (21 Tage p.i.) wiesen die beiden untersuchten Tiere akute, teils nekrotisierende Enteritiden auf, vor allem im proximalen Kolon sowie im Zäkum. Offenbar verursacht die Gamogonie, welche zu diesem Zeitpunkt vorherrscht, die stärksten Schleimhautschäden und ist damit als Auslöser der Durchfallerscheinungen zu betrachten. Gegen Ende der Patenz, am 26. Tag p.i., lagen noch entzündliche Infiltrationen der Schleimhautabschnitte vom terminalen Ileum bis zum Kolon vor, parallel fanden regenerative und hyperplastische Prozesse statt. Im Infektionsmodell und anschließend unter Feldbedingungen wurde die Effektivität einer einmaligen oralen metaphylaktischen Toltrazurilbehandlung (15 mg pro kg Körpergewicht, Baycox® 5% Suspension) etwa 14 Tage nach der Infektion getestet. Für die Prüfung unter experimentellen Bedingungen wurden 23 Kälber mit einer Dosis von 150.000 sporulierten E. zuernii – Oozysten infiziert. Die Anwendung des Toltrazurils im Feld wurde im Rahmen einer multizentrischen Studie mit fünf Studienbetrieben und insgesamt 208 Kälbern getestet. Es lagen in allen Betrieben Mischinfektionen mit den Pathogenen E. zuernii und E. bovis vor. In jedem der beiden GCP-Versuche wurde etwa die Hälfte der Tiere behandelt, während die andere Hälfte als Negativkontrolle unbehandelt blieb. Durch den Einsatz des Antikokzidiums konnten im Experiment sowie unter Feldbedingungen die Durchfalldauer und –schwere ebenso wie die Dauer und Höhe der Oozystenausscheidung im Vergleich zur unbehandelten Kontrolle signifikant gesenkt werden. Die Gewichtszunahme war in der toltrazurilbehandelten Gruppe unter experimentellen Bedingungen signifikant höher als in der Kontrollgruppe, im Feld ließ sich dieser Effekt nicht zeigen. Damit konnte die E. zuernii – Infektion im zeitlichen Verlauf und im Einfluss auf das Zielorgan Darm und den Gesamtorganismus unter den standardisierten Bedingungen einer experimentellen Infektion dargestellt werden. Es konnte eine Behandlungsmöglichkeit als hochwirksam eingestuft werden, welche durch die frühe, metaphylaktische Anwendung eines Kokzidiostatikums die zu erwartenden Darmläsionen während der späten Schizogonie und der Gamogonie unterbindet.
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Caractérisation d'un facteur de virulence à domaine kinase chez le parasite Apicomplexe Eimeria tenella / Characterization of a virulence factor with kinase domain in Apicomplexan parasite Eimeria tenella

Diallo, Mamadou Amadou 13 December 2016 (has links)
Eimeria tenella est un parasite apicomplexe responsable de la coccidiose aviaire. Il s’agit de l’une des plus importantes maladies parasitaires en élevage avicole. Le génome d’E. tenella code pour 28 protéines appartenant à la famille des ROP kinases. Chez T. gondii, les ROP sont des facteurs de virulence majeurs. Elles sont secrétées dans la cellule hôte et interviennent dans le développement du parasite en détournant les fonctions cellulaires au profit du parasite et en modulant la réponse immune de l’hôte. Parmi les ROP kinases, EtROP17 est l’une des kinases identifiées en protéomique chez le sporozoïte. L'objectif de ma thèse était d'étudier les fonctions de la EtROP17 dans la pathogénicité d’E. tenella. EtROP17 est une kinase active, capable d’autophosphorylation. Son extension N-ter (NTE) est nécessaire à son activité catalytique. En outre, EtROP17 induit un arrêt du cycle cellulaire en phase G1 et bloque l'apoptose en ciblant directement la p53 de la cellule hôte. EtROP17 immunoprécipite de nombreuses protéines des filaments intermédiaires notamment la vimentine et les cytokératines, suggérant ainsi que la kinase agit sur le cytosquelette de la cellule. L’ensemble de ces résultats confirment que EtROP17 est un effecteur de la modulation de la réponse de la cellule hôte au cours de l'infection par E. tenella. / Eimeria tenella is an apicomplexan parasite. It is responsible for cecal coccidiosis which causes severe economic losses in the poultry industry. The kinome of E. tenella comprises 28 putative members of ROP kinase family which is specific to the coccidian clade. In T. gondii, ROP kinases are key virulence factors. They hijack and modulate many cellular functions and pathways, allowing the parasite’s survival and development. EtROP17 is one of the two ROP kinases, EtROP17 and EtROP25, identified in sporozoïte proteomic. The aim of my thesis was to study the functions of EtROP17 in the interaction between the parasite and the host cell. EtROP17 is an active kinase and uses a non-canonical mechanism to phosphorylate its substrate. The N-terminal extension (NTE) is essential for catalytic activity. Moreover, EtROP17 induces cell cycle arrest in G1 phase and blocks apoptosis and cell mortality by directly targeting the host cell’s p53. EtROP17 immunoprecipitates many proteins of the intermediate filaments including vimentine and cytokeratins suggesting that the kinase acts on the cell cytoskeleton. Taken together, these results support that EtROP17 is a bona fide effector for the modulation of the host cell’s response during E. tenella infection.
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Desenvolvimento da plataforma EGene para anotação funcional e integração com banco de dados: aplicação e validação em transcritos de Eimeria spp. de galinha doméstica. / Development of EGene platform for functional annotation and database integration: application and validation on transcript sequences of Eimeria spp. of domestic fowl.

Luiz Thibério Lira Diniz Rangel 19 January 2012 (has links)
Parasitas protozoários do gênero Eimeria causam doenças entéricas na galinha doméstica. Nosso grupo gerou 15.000 sequências ORESTES para cada uma das três mais importantes espécies: E. tenella, E. maxima e E. acervulina. Nesse trabalho relatamos o desenvolvimento de alguns componentes da plataforma EGene (Durham et al. Bioinformatics 21: 2812-2813, 2005) e sua aplicação na anotação funcional de transcritos reconstruídos de Eimeria spp. Análises de ortologia identificaram genes conservados em diferentes parasitas apicomplexas, bem como genes restritos ao gênero Eimeria. Perfis de expressão digital obtidos de contagens de leituras de transcritos montados foram submetidos a análises de agrupamento. Os perfis foram inequivocamente associados com os distintos estágios de desenvolvimento e mostraram uma forte correlação com a ordem desses estágios no clico de vida dos parasitas. Todos os dados de sequenciamento, anotação e análise comparativa foram disponibilizados no portal público The Eimeria Transcript Database (http://www.coccidia.icb.usp.br/eimeriatdb). / Protozoan parasites of the genus Eimeria cause enteric diseases in the domestic fowl. Our group has generated 15,000 ORESTES sequences for each one of the three most important species: E. tenella, E. maxima and E. acervulina. In the present work, we report the development of some components for EGene platform (Durham et al. Bioinformatics 21: 2812-2813, 2005) and their application in the functional annotation of reconstructed transcripts of Eimeria spp. Orthology analyses have identified genes conserved across different apicomplexan parasites, as well as genes restricted to the genus Eimeria. Digital expression profiles obtained from read countings of the assembled transcripts were submitted to clustering analyses. The profiles were unambiguously associated with the distinct developmental stages and strongly correlated with the order of the stages in the parasite life cycle. All sequencing data, annotation and comparative analysis were made available at The Eimeria Transcript Database (http://www.coccidia.icb.usp.br/eimeriatdb), a public web resource.
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Diagnóstico de Eimeria spp em frangos de corte na mesorregião sul do estado de Santa Catarina, por meio da Multiplex PCR / Diagnosis of Eimeria spp in broilers in the southern state of Santa Catarina, by Multiplex PCR

Moraes, Julio Cesar 10 July 2013 (has links)
Made available in DSpace on 2016-12-08T16:24:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGCA13MA115.pdf: 2445554 bytes, checksum: 3ef0e43758000b9d20b09e8f978e7502 (MD5) Previous issue date: 2013-07-10 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The species of the genus Eimeria are responsible for the greatest economic impact among the parasitic diseases that affect broilers. The control of coccidiosis is mainly performed with anticoccidial, however, the development of resistance to these drugs, together with the public opinion against the use of drugs in food, they tend to promote the use of vaccines, increasing the importance of the identification of species of Eimeria circulating. Aiming to identify the species of Eimeria and study the occurrence of these species in poultry farms in the southern state of Santa Catarina, samples were collected (pool of feces) in 21 municipalities, from 251 flocks of broilers aged 28 to 48 days. The oocysts were recovered by techniques of filtration, centrifugation and flotation using supersaturated solution of NaCl and quantified using a Neubauer chamber. The samples were stratified by age of the birds in three intervals (28 to 34, 35 to 41 and 42 to 48). The species were identified by Multiplex PCR technique. Amplicons of the seven species of Eimeria originating from the PCR positive samples have been cloned and sequenced. The occurrence of the genus Eimeria was 96.02%. It was found that in chickens aged 42 to 48 days the average number of oocytes was significantly reduced when compared to the intervals age of 28 to 34, and 35 to 41 days (p<0.05). Were found Eimeria acervulina (63.3%), Eimeria maxima (63,7%), Eimeria tenella (54.6%), Eimeria praecox (25.1%), Eimeria mitis (38.6%), Eimeria necatrix (24.3%) and Eimeria brunetti (13.1%). The average number of species detected by property was 2.96 and was the most frequent combination of E. acervulina, E. maxima and E. tenella (9.16%). The sequencing of the clones confirmed the specificity and effectiveness of the Multiplex PCR technique for identification of species of Eimeria. It can be concluded that in the South of the State, prophylactic measures should consider the control of the seven Eimeria species that parasitize chickens / As espécies do gênero Eimeria são responsáveis pelo maior impacto econômico dentre as doenças parasitárias que acometem frangos de corte. O controle da coccidiose é realizado principalmente com anticoccidianos, porém, o desenvolvimento da resistência a esses fármacos, aliada à opinião pública contra o uso de drogas na ração, tendem a fomentar a utilização de vacinas, aumentando a importância da identificação das espécies de Eimeria circulantes. Com os objetivos de identificar as espécies de Eimeria e estudar a ocorrência destas em instalações avícolas da mesorregião Sul do estado de Santa Catarina, foram coletadas amostras (pool de fezes) em 21 municípios, provenientes de 251 lotes de frangos de corte com idade entre 28 a 48 dias. Os oocistos foram recuperados por meio de técnicas de filtragem, centrifugação e centrífugo-flutuação utilizando solução hipersaturada de NaCl e quantificados utilizando câmara de Neubauer. As amostras foram estratificadas, por idade das aves em três intervalos (28 a 34; 35 a 41 e 42 a 48). As espécies foram identificadas por meio da técnica de Multiplex PCR. Amplicons das sete espécies de Eimeria originados da PCR de amostras positivas foram clonados e sequenciados. A ocorrência do gênero Eimeria foi de 96,02%. Verificou-se que em frangos com idade entre 42 a 48 dias a média do número de oocistos foi significativamente menor quando comparada com os intervalos de idade de 28 a 34 e 35 a 41 dias (P<0,05). Foram encontradas Eimeria acervulina (63,3%), Eimeria maxima (63,7%), Eimeria tenella (54,6%), Eimeria praecox (25,1%), Eimeria mitis (38,6%), Eimeria necatrix (24,3%) e Eimeria brunetti (13,1%). O número médio de espécies detectadas por propriedade foi de 2,96 e a associação mais frequente foi de E. acervulina, E. maxima e E. tenella (9,16%). Por meio do sequenciamento dos clones confirmou-se a especificidade e eficácia da técnica de Multiplex PCR para a identificação das espécies de Eimeria. Concluí-se que na mesorregião Sul do Estado, a adoção de medidas profiláticas deve considerar o controle das sete espécies de Eimeria que parasitam frangos
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Suplementação de glutamina em dietas iniciais para frangos de corte / Glutamine supplementation in starter diets for broilers cutting

LOPES, Karina Ludovico de Almeida Martinez 25 August 2008 (has links)
Made available in DSpace on 2014-07-29T15:13:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Karina_Ludovico.pdf: 553803 bytes, checksum: 19a2e0b50507c2a65264aefc85cf8fb1 (MD5) Previous issue date: 2008-08-25 / The objective of this study was to evaluate the supplementation of glutamine in the diet on performance, digestibility of nutrients and integrity of the intestinal mucosa of broiler chicks. Were conducted three experiments at the Veterinary School of the University Federal of Goias, using broiler chicks, male, with one day of age. In Experiment I and II was evaluated the supplementation of glutamine for chicks subjected to challenges of different intensities with Eimeria acervulina or Eimeria ssp, and in Experiment III evaluated the effect of supplementation of glutamine on diets containing ingredients of animal origin. The performance was determinated by weight, weight gain, feed intake, feed conversion rate and viability. The digestibility of nutrients was assessed with determination of digestibility coefficients of dry matter, crude protein and ether extract. The intestinal integrity was assessed by the villus height, crypt depth and villus:crypt ratio of the small intestine. The data were submitted to the analysis of variance and for the levels of glutamine was used polynomial regression. In Experiment I after the challenge with Eimeria, were observed better digestibility coefficients for dry matter, crude protein and ether extract with glutamine supplementation on 1.0% (P<0.05). For the results of histomorphometry at 14 days of age it was beneficial effect with the supplementation on 1.0% of glutamine (P<0.05) in the villus height and crypt depth in the duodenum. When challenged, the birds presented better results for villus height and crypt depth in the duodenum at 21 days of age, and in the duodenum and ileum at 28 days of age, when fed 1.0% of glutamine in the ration. In Experiment II the glutamine supplementation did not increase the digestibility coefficient of dry matter and fat on the period of this study. Nevertheless there was significant regression for the digestibility for the second period. On 21 days and 28 days of age the challenged birds showed bigger villus height and crypt depth when the birds was supplemented with 1,0% of glutamine on diet. In Experiment III there was positive quadratic effect (P<0,05) for the crude protein coefficient of digestibility with the increasing levels of glutamine in the ration. The birds belonged to the supplemented groups with glutamine presented better results (P<0,05) for villus height and crypt depth in the duodenum compared to the non-supplemented group. The level of 1,0% of glutamine in the diet presented recovery in the integrity of the small intestine on challenged birds, improving the coefficient of crude protein digestibility of the diet. The utilization of ingredients from animal source in diets for broilers in the initial phase did not harm the performance of chicks / Objetivou-se com o presente trabalho avaliar a suplementação de glutamina na ração sobre o desempenho, digestibilidade de nutrientes e integridade da mucosa intestinal de frangos de corte na fase inicial. Foram realizados três experimentos no Aviário Experimental da Escola de Veterinária da Universidade Federal de Goiás, utilizando pintos de corte, machos, com um dia de idade. No Experimento I e II foi avaliada a suplementação de glutamina para pintos de corte submetidos a desafios de diferentes intensidades com Eimeria acervulina, ou Eimeria ssp, e no Experimento III avaliou-se o efeito da suplementação da glutamina em rações contendo ingredientes de origem animal. As características de desempenho avaliadas foram peso, ganho de peso, consumo de ração, conversão alimentar e viabilidade. A digestibilidade dos nutrientes foi avaliada com a determinação dos coeficientes de digestibilidade da matéria seca, proteína bruta e extrato etéreo. A integridade intestinal foi avaliada através da determinação da altura de vilos, profundidade de cripta e relação vilo:cripta do intestino delgado. Os dados foram submetidos à análise de variância e para os níveis de glutamina foi aplicada a regressão polinomial. No Experimento I após o desafio com Eimeria, foram observados melhores coeficientes de digestibilidade para a matéria seca, proteína bruta e extrato etéreo com a suplementação de 1,0% de glutamina (P<0,05). Para os resultados de histomorfometria, aos 14 dias de idade foi observado efeito benéfico com a suplementação de 1,0% de glutamina (P<0,05) na altura do vilo e profundidade de cripta no duodeno. Quando desafiadas, as aves apresentaram melhores resultados para altura do vilo e profundidade de cripta no duodeno aos 21 dias, e melhor altura do vilo e profundidade de cripta no duodeno e íleo aos 28 dias, ao receber 1,0% de glutamina na ração. No Experimento II a suplementação de glutamina não melhorou os coeficientes de digestibilidade da matéria seca e do extrato etéreo nos períodos estudados, no entanto, houve regressão significativa (P<0,05) para o coeficiente de digestibilidade da proteína bruta no primeiro período estudado, e para o coeficiente de digestibilidade da proteína bruta e extrato etéreo no segundo período. Aos 21 e aos 28 dias de idade as aves desafiadas apresentaram maior altura de vilo e profundidade de cripta quando suplementadas com 1% de glutamina na ração (P<0,05). No Experimento III houve efeito quadrático positivo (P<0,05) para o coeficiente de digestibilidade da proteína bruta com o aumento dos níveis de glutamina na ração. As aves dos grupos suplementados com glutamina apresentaram melhores resultados (P<0,05) para altura do vilo e profundidade de cripta, no duodeno, em relação ao grupo não suplementado. Embora a suplementação de glutamina nos níveis estudados não tenha sido eficiente para amenizar os efeitos da coccidiose sobre o desempenho de frangos de corte, a suplementação com 1,0% de glutamina proporcionou recuperação na integridade da mucosa intestinal em aves desafiadas com Eimeria, melhorando o coeficiente de digestibilidade da proteína da ração. A utilização de produtos de origem animal em rações para pintos de corte na fase inicial não prejudica o desempenho das aves.
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Análise da expressão diferencial em três fases da esporulação de oocistos de Eimeria maxima. / Differential expression analysis of Eimeria maxima oocysts in three phases of sporulation.

Alessandra Popov dos Santos Manha 10 May 2011 (has links)
Eimeria maxima é uma das principais espécies que causam a coccidiose aviária. Visando uma maior compreensão dos mecanismos moleculares envolvidos na esporulação de oocistos de E. maxima, o perfil da expressão gênica em oocistos não esporulados, parcialmente esporulados e esporulados foi avaliado utilizando a técnica ORESTES. As 20.149 leituras geradas foram pré-processadas, agrupadas, anotadas empregando-se a plataforma Egene e em seguida, analisadas estatisticamente. Um total de 1.207 contigs e 2091 singlets foi gerado. Cerca de 72% dos transcritos foram classificados como proteínas hipotéticas, 20% eram similares a proteínas de função conhecida e 8% eram proteínas conservadas. Após a análise estatística, 32% dos transcritos foram classificados como diferencialmente expressos, dos quais, a maioria (65%) era estágio-específica. Para validação dos perfis de expressão obtidos por ORESTES, a expressão diferencial de um pequeno conjunto de genes foi quantificada por RT-qPCR. Os resultados demonstraram boa correlação entre as duas técnicas. / Eimeria maxima is one of the most important causing agents of poultry coccidiosis. Aiming at obtaining a better understanding of the molecular mechanisms involved in oocyst sporulation of E. maxima, the gene expression profiles of unsporulated, sporulating (sporoblast phase) and sporulated oocyst were studied using the ORESTES methodology. The 20,149 reads generated were pre-processed, grouped, annotated employing the platform Egene and statistically analyzed. A total of 1207 contigs and 2091 singlets were generated. About 72% of the transcripts were classified as hypothetical proteins, 20% were similar to proteins of known function and 8% were conserved proteins. After statistical analysis, 32% of the transcripts were classified as differentially expressed of which 65% were stage-specific. For ORESTES validation, the differential expression was quantified by RT-qPCR to a small set of genes. The results demonstrated a good correlation between the two techniques studied.

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