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Identification of proteins from the marine red macroalga Hypnea musciformis by proteomic analysis / IdentificaÃÃo de proteÃnas da macroalga marinha vermelha Hypnea musciformis por anÃlise proteÃmica

Fernando Edson Pessoa do Nascimento 29 August 2014 (has links)
CoordenaÃÃo de AperfeÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / We currently live in a fierce competition in the research development of new biotechnology products, the marine environment can be seen as a source of functional biotechnological materials. Recent studies show that within the marine environment algae stand out as organisms with great biotechnological potential by having in its composition various bioactive molecules that have diverse and intense biological activities, among all algal groups in this study emphasize the of red algae, which the kind of study is red seaweed Hypnea musciformis (Wulfen). JV Lamouroux belongs to the order Gigartinales and Hypneaceae family, abundant on the coast of CearÃ. Biotechnological and scientific works are carried out with this species, in this sense, the main objective of this work is to identify and characterize proteins existing in this organism through a proteomics approach, is a new area in science that allows bioprospect a set of proteins in an organism by using analytical tools because under specific physiological conditions the biological functioning of the system can be reflected by the proteome analysis of the same, and thus the functional gene expression. Considering the lack of studies on proteomics in seaweed and in particular the carragenÃfita Hypnea musciformis, this paper aims to develop methods for separating proteins from protein extract of Hypnea musciformis and identify the proteins expressed by the organism. In this work we have established a methodology for separating proteins of this organism from a fractionated extract with ammonium sulfate and by mass spectrometry to identify proteins of some kelp, thus being of fundamental importance for the enrichment of macroalgae in the proteomics literature marine. The results of this work are consistent with our objective was the identification of three proteins by mass spectrometry using electrospray ionization type protein fraction of 20-40% and the identification of some proteins by Mascot / Atualmente vivemos em uma acirrada competiÃÃo na pesquisa de desenvolvimento de novos produtos biotecnolÃgicos, o ambiente marinho pode ser visto como uma fonte de materiais biotecnolÃgicos funcionais. Recentemente, estudos demostram que dentro do ambiente marinho as algas se destacam como organismos com grande potencial biotecnolÃgico por possuirem em sua composiÃÃo vÃrias molÃculas bioativas que apresentam diversas e intensas atividades biolÃgicas. Dentre todos os grupos algais, neste trabalho enfatizamos o das algas vermelhas, a qual a espÃcie de estudo à a alga marinha vermelha Hypnea musciformis (Wulfen). J. V. Lamouroux pertence à ordem Gigartinales e a famÃlia Hypneaceae, abundante no litoral do CearÃ. Trabalhos biotecnolÃgicos e cientÃficos sÃo realizados com esta espÃcie, neste sentido o objetivo principal deste trabalho e identificar e caracterizar proteÃnas existente neste organismo atravÃs de uma abordagem proteÃmica, que à uma Ãrea recente na ciÃncia, que permite bioprospectar um conjunto de proteÃnas presentes num organismo atravÃs do uso de ferramentas analÃticas, pois, em condiÃÃes fisiolÃgicas especÃficas, o funcionamento do sistema biolÃgico pode ser refletido por anÃlise do proteoma do mesmo, e assim a sua expressÃo gÃnica funcional. Considerando a carÃncia de estudos sobre proteÃmica em algas marinhas e em especial da carragenÃfita Hypnea musciformis, o presente trabalho tem como objetivo principal desenvolver metodologias de separaÃÃo de proteÃnas de extrato protÃico de Hypnea musciformis e identificar as proteÃnas expressas pelo organismo. Neste trabalho conseguimos estabelecer uma metodologia de separaÃÃo de proteÃnas deste organismo a partir de um extrato fracionado com sulfato de amÃnio e atravÃs de espectrometria de massas, identificar algumas proteÃnas da alga marinha. Desta forma, sendo de fundamental importÃncia para o enriquecimento na literatura de proteomica de macroalgas marinhas. Os resultados deste trabalho que estÃo de acordo com o nosso objetivo foi a identificaÃÃo de 3 proteÃnas por tÃcnica de espectrometria de massas utilizando ionizaÃÃo do tipo eletrospray da fraÃÃo protÃica 20-40% e a identificaÃÃo de algumas proteÃnas atravÃs do Mascot
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Analise da composição quimica de propolis brasileira por espectrometria de massas / Analysis of the chemical composition of Brazilian propolis by mass epectrometry

Sawaya, Alexandra Christine Helena Frankland, 1958- 08 November 2006 (has links)
Orientadores: Marcos Nogueira Eberlin, Maria Cristina Marcucci Ribeiro / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-08-07T02:59:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sawaya_AlexandraChristineHelenaFrankland_D.pdf: 1255664 bytes, checksum: 590eb73bc0e239bc517bb37afcab9c89 (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: A própolis é uma resina obtida de plantas que as abelhas utilizam, acrescida de cera, para proteger sua colméia contra a entrada de correntes de ar, de predadores e de microrganismos. A composição química e fontes vegetais de própolis obtida das abelhas Apis mellifera de regiões de clima temperado como Europa e América do Norte, já foi estudada, constando da literatura pesquisada. Com o objetivo de determinar a composição química e fontes vegetais de própolis brasileira, foram feitos vários estudos, utilizando a espectrometria de massas com ionização por eletrospray (ESI-MS). Inicialmente, extratos etanólicos de própolis (EEP) de Apis mellifera do sul, sudeste e nordeste do Brasil, bem como EEP provenientes da Bulgária, Inglaterra, Finlândia, América do Norte e Moçambique, foram analisados diretamente por ESI-MS e seus espectros comparados por quimiometria. A seguir, EEP de A. mellifera do sul e sudeste do Brasil foram analisados por ESI-MS e comparados com extratos de plantas sugeridas como fontes vegetais de própolis destas regiões. Cromatografia liquida foi acoplada a espectrometria de massas para isolar e identificar compostos encontrados nos EEP e nos extratos de plantas. Em outro estudo, amostras de um tipo de própolis de A mellifera do nordeste brasileiro foram analisadas, permitindo identificar uma fonte vegetal e alguns compostos com atividade antioxidante. Dois estudos foram realizados com própolis de abelhas nativas. Inicialmente, EEP da abelha nativa brasileira (Tetragonisca angustula) provenientes do sul, sudeste e nordeste do Brasil foram comparados entre si, com EEP de A. mellifera destas regiões e com extratos de plantas visitadas por T. angustula, permitindo a identificação da fonte vegetal desta própolis. Depois, EEP de diversas espécies de abelhas nativas sem ferrão de cinco regiões do Brasil foram comparadas entre si e com extratos de plantas e EEP de A. mellifera das mesmas regiões, determinando padrões na composição de própolis de abelhas nativas. Os resultados obtidos contribuíram para um melhor conhecimento da variável composição química de própolis brasileira e de suas fontes vegetais / Abstract: Propolis is a resin, collected from plants, which bees mix with wax and use to protect their hives against air currents, predators and microorganisms. The chemical composition and plant origins of propolis obtained from Apis mellifera bees from temperate regions such as Europe and North America, have already been studied and can be found in literature. With the objective of determining the chemical composition and plant origins of Brazilian propolis, several studies were carried out, using electrospray ionization mass spectrometry (ESI-MS). Initially, ethanolic extracts of propolis (EEP) of Apis mellifera bees from the south, southeast and northeast of Brazil, as well as EEP from Bulgaria, England, Finland, North America and Mozambique, were analyzed by direct insertion ESI-MS and the results analyzed by chemometric analysis. Next, EEP from A. mellifera from the south and southeast of Brazil were analyzed by ESI-MS and their MS fingerprints compared to those of extracts of plants that were previously indicated as plant sources of propolis from those regions. Liquid chromatography was used in-line with mass spectrometry to isolate and identify components of the EEP and plant extracts. In another study, samples of one type of A mellifera propolis from the northeast of Brazil were analyzed, identifying their main plant source and some compounds with antioxidant activity. Two studies were carried out with propolis from native Brazilian stingless bees. Initially EEP of the native bee (Tetragonisca angustula) from the south, southeast and northeast of Brazil were compared with each other, with EEP of A. mellifera from the same regions and with extracts of plants visited by T. angustula, allowing us to identify the main plant source of this type of propolis. Next, EEP of several species of native stingless bees from five regions in Brazil were also compared with plant extracts and EEP of A. mellifera from the same regions, identifying patterns in the composition of propolis from native Brazilian stingless bees. The results obtained contributed to a grater understanding of the variable composition of Brazilian propolis and its plant sources / Doutorado / Quimica Analitica / Doutor em Ciências
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Identification of proteins from the marine red macroalga Hypnea musciformis by proteomic analysis / Identificação de proteínas da macroalga marinha vermelha Hypnea musciformis por análise proteômica

Nascimento, Fernando Edson Pessoa do January 2014 (has links)
NASCIMENTO, Fernando Edson Pessoa do. Identificação de proteínas da macroalga marinha vermelha Hypnea musciformis por análise proteômica. 2014. 62 f. : Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Ceará, Centro de Ciências Agrárias, Departamento de Engenharia de Pesca, Fortaleza-CE, 2014 / Submitted by Nádja Goes (nmoraissoares@gmail.com) on 2016-07-14T13:19:27Z No. of bitstreams: 1 2014_dis_fepnascimento.pdf: 1476110 bytes, checksum: a37b0bfbc43de7460d0259fd1a190bb2 (MD5) / Approved for entry into archive by Nádja Goes (nmoraissoares@gmail.com) on 2016-07-14T13:19:45Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_dis_fepnascimento.pdf: 1476110 bytes, checksum: a37b0bfbc43de7460d0259fd1a190bb2 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-14T13:19:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_dis_fepnascimento.pdf: 1476110 bytes, checksum: a37b0bfbc43de7460d0259fd1a190bb2 (MD5) Previous issue date: 2014 / Atualmente vivemos em uma acirrada competição na pesquisa de desenvolvimento de novos produtos biotecnológicos, o ambiente marinho pode ser visto como uma fonte de materiais biotecnológicos funcionais. Recentemente, estudos demostram que dentro do ambiente marinho as algas se destacam como organismos com grande potencial biotecnológico por possuirem em sua composição várias moléculas bioativas que apresentam diversas e intensas atividades biológicas. Dentre todos os grupos algais, neste trabalho enfatizamos o das algas vermelhas, a qual a espécie de estudo é a alga marinha vermelha Hypnea musciformis (Wulfen). J. V. Lamouroux pertence à ordem Gigartinales e a família Hypneaceae, abundante no litoral do Ceará. Trabalhos biotecnológicos e científicos são realizados com esta espécie, neste sentido o objetivo principal deste trabalho e identificar e caracterizar proteínas existente neste organismo através de uma abordagem proteômica, que é uma área recente na ciência, que permite bioprospectar um conjunto de proteínas presentes num organismo através do uso de ferramentas analíticas, pois, em condições fisiológicas específicas, o funcionamento do sistema biológico pode ser refletido por análise do proteoma do mesmo, e assim a sua expressão gênica funcional. Considerando a carência de estudos sobre proteômica em algas marinhas e em especial da carragenófita Hypnea musciformis, o presente trabalho tem como objetivo principal desenvolver metodologias de separação de proteínas de extrato protéico de Hypnea musciformis e identificar as proteínas expressas pelo organismo. Neste trabalho conseguimos estabelecer uma metodologia de separação de proteínas deste organismo a partir de um extrato fracionado com sulfato de amônio e através de espectrometria de massas, identificar algumas proteínas da alga marinha. Desta forma, sendo de fundamental importância para o enriquecimento na literatura de proteomica de macroalgas marinhas. Os resultados deste trabalho que estão de acordo com o nosso objetivo foi a identificação de 3 proteínas por técnica de espectrometria de massas utilizando ionização do tipo eletrospray da fração protéica 20-40% e a identificação de algumas proteínas através do Mascot / We currently live in a fierce competition in the research development of new biotechnology products, the marine environment can be seen as a source of functional biotechnological materials. Recent studies show that within the marine environment algae stand out as organisms with great biotechnological potential by having in its composition various bioactive molecules that have diverse and intense biological activities, among all algal groups in this study emphasize the of red algae, which the kind of study is red seaweed Hypnea musciformis (Wulfen). JV Lamouroux belongs to the order Gigartinales and Hypneaceae family, abundant on the coast of Ceará. Biotechnological and scientific works are carried out with this species, in this sense, the main objective of this work is to identify and characterize proteins existing in this organism through a proteomics approach, is a new area in science that allows bioprospect a set of proteins in an organism by using analytical tools because under specific physiological conditions the biological functioning of the system can be reflected by the proteome analysis of the same, and thus the functional gene expression. Considering the lack of studies on proteomics in seaweed and in particular the carragenófita Hypnea musciformis, this paper aims to develop methods for separating proteins from protein extract of Hypnea musciformis and identify the proteins expressed by the organism. In this work we have established a methodology for separating proteins of this organism from a fractionated extract with ammonium sulfate and by mass spectrometry to identify proteins of some kelp, thus being of fundamental importance for the enrichment of macroalgae in the proteomics literature marine. The results of this work are consistent with our objective was the identification of three proteins by mass spectrometry using electrospray ionization type protein fraction of 20-40% and the identification of some proteins by Mascot
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Inovação no diagnóstico da hanseníase = potencial método não invasivo associado à espectrometria de massas de alta resolução = Innovation in leprosy diagnosis: potential non-invasive method associated to high resolution mass spectrometry / Innovation in leprosy diagnosis : potential non-invasive method associated to high resolution mass spectrometry

Lima, Estela de Oliveira, 1981- 03 May 2015 (has links)
Orientador: Rodrigo Ramos Catharino / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-27T08:28:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lima_EsteladeOliveira_D.pdf: 1997369 bytes, checksum: 4ea7a216a988228e6353f9295da72214 (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: A Hanseníase é uma doença infecciosa e crônica causada pelo Mycobacterium leprae. Este patógeno infecta principalmente macrófagos e células de Schwann e apresenta alta distribuição pela pele e nervos periféricos. Clinicamente, a forma mais comum de identificação da doença é a presença de espessamento de nervos e lesões hipocrômicas com perda de sensibilidade, entretanto, 30% dos pacientes infectados podem não apresentar manifestação clínica típica. Atualmente, o teste considerado padrão ouro no diagnóstico da Hanseníase é a baciloscopia, diretamente dependente de biópsia de pele, um método invasivo e com baixa sensibilidade para as formas mais brandas da doença. O desenvolvimento de um método rápido, sensível e não invasivo seria de grande importância para o diagnóstico assertivo da hanseníase. Portanto, o objetivo deste trabalho foi identificar marcadores lipídicos em pacientes com Hanseníase diretamente a partir de "imprint" de pele, usando a espectrometria de massas como estratégia analítica. Para a coleta do "imprint" de pele, uma placa de sílica foi levemente pressionada contra a pele dos pacientes ou dos indivíduos saudáveis (grupo controle). Os lipídeos adsorvidos pela placa de sílica foram extraídos e submetidos à ionização por eletroctrospray e infusão direta em espectrômetro de massas de alta resolução (ESI-HRMS). Todas as amostras foram diferenciadas por análise estatística multivariada baseada na plataforma de lipidômica, o que ajudou a eleger marcadores de diferentes classes de lipídeos. As análises identificaram leucotrieno E4, glicosilceramida, fosfatidilserina, phthiocerol e ácido ?-smegma micólico como marcadores do grupo com hanseníase, diferentemente do grupo de indivíduos saudáveis, cujos marcadores identificados pertencem às classes de fosfolipídeos e gangliosídeos, próprios da constituição natural da pele. Os resultados encontrados indicam que o "imprint" de pele em placa de sílica, associado à ESI-HRMS, é promissor como método rápido e sensível para o diagnóstico da Hanseníase. Assim sendo, o método desenvolvido apresenta grande potencial para auxiliar na redução da cadeia de transmissão da Hanseníase, uma vez que quanto mais precoce for o diagnóstico, mais cedo se inicia o tratamento / Abstract: Leprosy is a chronic infectious disease caused by Mycobacterium leprae, which primarily infects macrophages and Schwann cells, presenting higher distribution on skin and peripheral nerves. Clinically, the most common form of identification is through the observation of anesthetic lesions; however, up to 30% of infected patients may not present this clinical manifestation. Currently, the gold standard diagnostic test for leprosy is based on skin lesion biopsy, which is invasive and presents low sensibility for suspect cases. Therefore, the development of a fast, sensible and noninvasive method that identifies infected patients would prove helpful for assertive diagnosis. The aim of this work was to identify lipid markers in leprosy patients directly from skin imprints, using a mass spectrometric analytical strategy. For skin imprint samples, a 1 cm2 silica plate was gently pressed against patients¿ or healthy volunteers¿ skin. Imprinted silica lipids were extracted and submitted to direct-infusion electrospray ionization high-resolution mass spectrometry (ESI-HRMS). All samples were differentiated using a lipidomics-based data workup employing multivariate data analysis, which helped electing markers from distinct lipid classes. Results indicated that phospholipds, sphingolipids and mycolic acids, which were absent in healthy control subjects, clearly presented different intensities when compared to patients¿ samples. Results indicate that silica plate skin imprinting associated with ESI-HRMS is a promising fast and sensible leprosy diagnostic method, even for patients without clinical skin manifestations. With an early leprosy diagnosis, an early and effective treatment can be feasible and thus the chain of leprosy transmission can be abbreviated / Doutorado / Fisiopatologia Médica / Doutora em Ciências

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