Retrovírus endógenos (ERVs) são vírus altamente difundidos no genoma de vertebrados. ERVs surgem quando retrovírus exógenos infectam células germinativas e se disseminam no genoma de seus hospedeiros, transmitindo seu material genético através das gerações por meio de herança mendeliana. ERVs são fundamentais na evolução dos genomas, sendo eles responsáveis por uma parte da diversidade genética de seus hospedeiros. O conhecimento sobre ERVs na família Felidae (Mammalia, Carnivora) estava praticamente restrito ao gato doméstico, e não se conhecia diversidade e padrões de evolução desses retroelementos em outras espécies. Este estudo teve como objetivo investigar diversidade, distribuição e padrões evolutivos de ERVs em espécies de gatos silvestres. Utilizando ferramentas de biologia molecular e bioinformática, foram identificadas e caracterizadas 85 sequências similares a retrovírus endógenos nos representantes das oito espécies brasileiras: Leopardus pardalis, L. wiedii, L. colocolo, L. geoffroyi, L. tigrinus, Puma concolor, P. yagouaroundi e Panthera onca. Encontrou-se uma predominância de ERVs similares a Gammaretrovirus, um padrão característico em muitas espécies de mamíferos. As análises filogenéticas evidenciaram três grupos principais de Gammaretrovirus, cada um evoluindo de maneira peculiar. Em uma visão geral, os ERVs provenientes de diferentes hospedeiros apresentaram-se distribuídos de forma heterogênea nas filogenias, dificultando a constatação de um padrão coevolutivo. No entanto, análises mais detalhadas de algumas sequências demonstraram peculiaridades, como no caso de um grupo de sequências similares a de um ERV oriundo do morcego Myotis lucifugus. Através de análises filogenéticas em comparação com dados obtidos na literatura, sugere-se que a infecção desse retrovírus ocorreu em uma espécie ancestral de felídeo, na segunda metade do Mioceno. Os resultados obtidos permitiram demonstrar que os felídeos neotropicais apresentam ERVs que seguem padrões semelhantes aos descritos a respeito de outros mamíferos, sugerindo também alguns casos de infecções de retrovírus muito similares entre diferentes ordens de mamíferos. / Endogenous retroviruses (ERVs) are widespread viruses in vertebrate genome. ERVs arise when exogenous retrovirus infects germinal cells and spread in the genome of their hosts, transmitting its genetic material throughout the generations by means of Mendelian inheritance. ERVs are fundamental for the evolution of genomes, being responsible for some part of the genetic diversity of their hosts. The knowledge on ERVs in felids (Mammalia, Carnivora, Felidae) was basically restricted to domestic cats, and the diversity and patterns of evolution of these retroviral elements in other species were not known. This study aimed to investigate diversity, distribution and evolutionary patterns of ERVs in wildcat species. Hence, by utilizing molecular biology and bioinformatics tools, 85 endogenous retrovirus-like sequences were identified and characterized in eight representative Brazilian species: Leopardus pardalis, L. wiedii, L. colocolo, L. geoffroyi, L. tigrinus, Puma concolor, P. yagouaroundi and Panthera onca. The analyses of these novel felid ERVs showed the predominance of Gammaretroviruslike sequences, which is a characteristic pattern present in many mammal species. Phylogenetic analyses have evidenced three major groups of Gammaretrovirus, each one evolving in a peculiar manner. ERVs from different hosts were distributed in a mixed way in the phylogenies, differently of a coevolutionary pattern. However, more detailed analyses of some sequences demonstrated peculiarities, as in the case of a group of sequences similar to an ERV from the bat Myotis lucifugus. Notably, through phylogenetic analyses, and in comparison to data obtained in the literature, it may be suggested that some infection by a retrovirus occurred in a felid ancestral species in the second half of the Miocene. Therefore, the results obtained demonstrate that ERVs from Neotropical felids follow patterns which are very similar to the ones described for other mammals, also suggesting some cases of similar retrovirus lineage infecting different mammal orders.

Les syncytines sont des gènes d'enveloppes rétrovirales (env) capturés qui sont essentiels pour l'établissement du placenta chez les mammifères. Il a été proposé que la diversité des syncytines capturées explique pourquoi le placenta est l'organe le plus variable chez les mammifères. Ici nous avons employé deux approches pour étudier le lien entre la capture d'env et l'émergence et la diversité des structures placentaires. D'abord, nous avons étudié la placentation des Hyaenidae, les seuls carnivores à présenter un placenta très invasif hémochorial, comme l'humain. Comme tous les carnivores, les hyènes expriment la syncytin-Car1 précédemment décrite, mais nous avons identifié une nouvelle env, capturée uniquement chez ces dernières, que nous avons nommée Hyena-Env2. Ce nouveau gène est présent au même locus chez toutes les hyènes, ayant été capturé pendant la radiation de la famille. Il est non-fusiogène mais a néanmoins été conservé pendant plus de 10 millions d'années et est exprimé à l'interface materno-fœtale du placenta, ce qui en fait un gène candidat pour expliquer le passage à la placentation hémochoriale qui a eu lieu chez les Hyaenidae. Ensuite, nous avons cherché des gènes syncytine dans le genre non-mammifère Mabuya, des lézards vivipares présentant un type rare de placenta très complexe et proche de celui des mammifères. Nous avons identifié une env qui a été capturée et conservée dans ce genre depuis sa radiation, il y a 25 millions d'années. Ce gène, que nous avons appelé syncytin-Mab1, est capable d'induire la fusion cellule-cellule et est exprimé dans une couche de cellules fusionnées à l'interface materno-fœtale du placenta, deux propriétés canoniques de syncytine. Nous avons aussi identifié le récepteur de syncytin-Mab1, MPZL1, et avons montré que leur interaction induit son activation et sa phosphorylation. L'activation de MPZL1 a été liée à la migration et à l'invasion cellulaire, indiquant que cette interaction env-récepteur pourrait jouer un rôle dans l'invasion placentaire du tissu maternel observée chez les Mabuya. Pour conclure, la caractérisation de ces deux nouvelles env indique que les gènes de type syncytine ont pu jouer un rôle à la fois dans l'émergence du placenta de Mabuya et dans la structure atypique du placenta des hyènes, supportant la notion que la capture d'env est une force évolutive majeure. / Syncytins are captured retroviral envelope genes (env) that are essential for the establishment of placental structures in mammals. The syncytins present in different mammalian families are highly diverse, resulting from distinct capture events, and it has been suggested that this might play a role in making the placenta the most diverse structure in mammals. Here we used two different approaches to investigate the links between env capture and emergence and diversity of placental structures. First, we investigated placentation in Hyaenidae, the only carnivorans that present a highly invasive hemochorial placenta, as is also found in humans. Hyenas express the previously identified syncytin-Car1 gene, as do all carnivorans, but we identified a new hyena-specific captured env that we named Hyena-Env2. This new gene is present at the same locus in all hyenas, having been captured during the radiation of this family. It is non-fusiogenic but still conserved over at least 10 million years of evolution and expressed at the materno-fetal interface in the hyena placenta, making it a candidate gene for explaining the endotheliochorial to hemochorial placental transition that occurred in Hyeanidae. Second, we searched for syncytin-like genes in the non-mammalian Mabuya lizards, which are viviparous and present a rare type of highly complex placenta that is very reminiscent of mammalian placentas. We identified an env gene that was captured and conserved in this genus since its radiation 25 million years ago. This gene, that we named syncytin-Mab1, is able to mediate cell-cell fusion in vitro and is expressed in a fused cell layer at the materno-fetal interface of the placenta in vivo, characteristic features of canonical mammalian syncytin genes. We also identified the cellular gene MPZL1 as the cognate receptor of syncytin-Mab1 and showed that their interaction induces activation and phosphorylation of the former. MPZL1 activation has been linked with cell migration and invasion, indicating that this env-receptor interaction could play a role in the placental invasion of maternal tissues observed in Mabuya. In conclusion, the characterization of these two novel env genes indicates that syncytin-like env might have played a role both in the emergence of the Mabuya placenta and the atypical placental structure of hyenas, reinforcing the notion that env capture is a major driving force in evolution.

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Le cancer est l'une des principales causes de morbidité et de mortalité dans le monde avec environ 14 millions de nouveaux cas et 8,2 millions de décès liés aux cancers selon l'OMS (Organisation Mondiale de la Santé). Le cancer du poumon est le premier cancer diagnostiqué chez l'homme et compte pour 20% du nombre de mort par cancer par an dans le monde. Parmi les cancers pulmonaires, on distingue les cancers à petites cellules et les cancers non à petites cellules. Ce travail a porté sur l'étude des adénocarcinomes pulmonaires lépidiques, un type de cancer non à petites cellules, chez l'homme et l'animal. Chez l'homme, il fait partie des tumeurs pulmonaires rares, pas ou peu lié au tabagisme. Il est similaire cliniquement, radiologiquement et histologiquement à l'adénocarcinome pulmonaire ovin, un cancer du poumon induit par le β-rétrovirus JSRV (Jaagsiekte Sheep RetroVirus) affectant les petits ruminants domestiques. JSRV transforme les cellules épithéliales du parenchyme via son enveloppe oncogénique. Ces tumeurs humaines et animales ne sont pas associées au développement de métastases extra-thoraciques ou pleurales. Le but de notre travail a été d'étudier les évènements moléculaires spécifiques des adénocarcinomes lépidiques humains et animaux par i. l'analyse transcriptomique de l'expression des gènes dans ces deux cancers, ii. la caractérisation de l'adénocarcinome pulmonaire ovin par l'expression des mucines et iii. l'étude d'un rôle putatif des séquences rétrovirales endogènes dans l'induction de l'adénocarcinome lépidique humain. Premièrement, notre étude a porté sur l'analyse en parallèle des mécanismes moléculaires spécifiques des adénocarcinomes lépidiques prédominants par l'analyse des profils d'expression des gènes impliqués dans les voies de signalisation BMI1, NOTCH, Hedgehog et WNT importantes dans le développement du poumon normal et au cours des cancers pulmonaires et dans la voie de l'angiogenèse, permettant la dissémination des cellules tumorales. L'augmentation de l'expression de CDH1 (E-cadherin), acteur crucial de la voie BMI1, et la diminution de l'expression des ligands et récepteurs activateurs de l'angiogenèse VEGF/VEGFR (Vascular Growth Factor), PDGF/PDGFR (Platelet-derived Growth Factor) et ANGPT/TIE (Angiopoietin/Tyrosine kinase with immunoglobulin like and EGF like domains) ont été observées dans ces deux cancers. Lors de l'analyse de l'expression des ARNm et des protéines, nous avons mis en évidence le blocage de la voie principale de l'angiogenèse dans les cancers lépidiques. En effet, l'absence d'expression du ligand VEGFA (Vascular Endothelial Growth Factor A) et de son récepteur VEGFR2 (Vascular Endothelial Growth Factor Receptor 2) a été observée. Ce blocage n'était pas compensé par la surexpression de gènes impliqués dans les voies alternatives d'angiogenèse. Le blocage de la voie de l'angiogenèse explique l'absence de métastases extrathoraciques dans les adénocarcinomes lépidiques chez l'homme et l'animal. Deuxièmement, les adénocarcinomes pulmonaires lépidiques chez l'homme sont subdivisés en deux entités majoritaires : les adénocarcinomes lépidiques prédominants non mucineux et les adénocarcinomes mucineux invasifs. Dans le contexte des analogies entre ces cancers humains et l'adénocarcinome induit par le virus JSRV, nous avons analysé l'expression des mucines dans les cancers animaux. Nous avons montré que sur 37 cancers pulmonaires induits par JSRV, 62% étaient non mucineux, qu'ils sur exprimaient MUC1 (mucin 1, cell surface associated) et que 50% exprimaient MUC5B (mucin 5B, oligomeric mucus/gel-forming). Par ces résultats, nous avons montré que les adénocarcinomes pulmonaires ovins se rapprochaient principalement des adénocarcinomes lépidiques prédominants / Cancer is the main cause of morbidity and mortality worldwide with 14 million new cases and approximately 8.2 million deaths according to the WHO (World Health Organization). Lung cancer is the most diagnosed cancer in men and account for 20% of cancer death in the world annually. Among lung cancers, there are small cell lung cancers and non-small cell lung cancers. My work focused on the lepidic adenocarcinoma, a subtype of nonsmall cell lung cancer, in humans and animals. In humans, it is a rare lung cancer and it is not or rarely linked to tobacco smoking. Lepidic adenocarcinomas share striking clinical, radiological and histopathological similarities with ovine pulmonary adenocarcinomas induced by the β-retrovirus JSRV (Jaagsiekte Sheep RetroVirus) affecting sheep and goats. JSRV transforms epithelial cells of the distal lung through its oncogenic envelope. These human and animal tumors are not associated with pleural or extra thoracic metastases. My work was to study specific molecular events in human and animal lepidic adenocarcinomas by i. a transcriptomic analysis of the gene expression in these two lung cancers, ii. ovine pulmonary adenocarcinoma characterization by mucin expression and iii. the study of a potential role for endogenous retroviral sequences in the induction of human lepidic adenocarcinomas. First, my work focused on the parallel analysis of expression patterns in genes implicated in BMI1, NOTCH, Hedgehog and WNT pathways important for lung development and for lung cancer development and the angiogenesis pathway whose activation leads to cancer cell dissemination. CDH1 (E-cadherin) up regulation and the down regulation of main angiogenic ligand and receptors VEGF/VEGFR (Vascular Endothelial Growth Factor), PDGF/PDGFR (Platelet-derived Growth Factor) and ANGPT/TIE (Angiopoietin/Tyrosine kinase with immunoglobulin like and EGF like domains) were observed. Then, when analyzing lepidic adenocarcinomas mRNA and protein expression, we highlighted the blockade of the main angiogenesis pathway. Indeed, the VEGFA ligand and its receptor VEGFR2 were absent in lepidic adenocarcinomas. Moreover, this blockade was not compensated with angiogenic alternative pathways. These results correlate with the absence of extra thoracic metastases in human and animal lepidic adenocarcinomas. Secondly, human lepidic predominant adenocarcinomas are divided in two groups, non-mucinous lepidic adenocarcinomas and invasive mucinous adenocarcinomas. To characterize ovine pulmonary adenocarcinomas and determine to which one of these two human lepidic adenocarcinomas they are close to, we analyzed mucine expression in animal lung cancer. On 37 JSRV-induced lung cancer, 62% were nonmucinous, 100% expressed MUC1 (mucin 1, cell surface associated) and 50% expressed MUC5B (mucin 5B, oligomeric mucus/gel-forming). These results highlighted that ovine pulmonary adenocarcinomas are closer to non-mucinous lepidic adenocarcinomas

In my doctoral project, I studied the evolution of retroviruses and long-term interactions with their hosts. Retroviruses infect a broad range of species including possibly all vertebrates. They are unique in their ability to efficiently create endogenous retroviruses (ERVs) - viral copies integrated into the host genomes and consequently inherited by successive generations as usual genomic locus. ERVs represent a significant portion of vertebrate genomes and play an important role in a variety of cellular processes and pathologies; however, their sequences are still largely unexplored. The results of my work contributed to the uncovering of ancient evolutionary history of retroviruses. In this regard, I employed the ERV sequences, as they represent "genetic fossils" of viral infections that occurred throughout entire retroviral evolution. By discovery and analysis of ancient ERV lineages, I shed light on the deep history of retroviruses and revealed how the past infections shaped the evolution of vertebrate antiviral defense. In addition to the investigation of retroviral evolution, I also studied process of ongoing endogenization and fixation of newly emerged ERVs in a mammalian host population. In this part of my work, I focused on a unique model of ERV that have been recently invading mule deer genome.

The triggers for the development of multiple sclerosis (MS) have not been fully understood to date. One hypothesis proposes a viral etiology. Interestingly, viral proteins from human endogenous retroviruses (HERVs) may play a role in the pathogenesis of MS. Allelic variants of the HERV-K18 env gene represent a genetic risk factor for MS, and the envelope protein is considered to be an Epstein–Barr virus-trans-activated superantigen. To further specify a possible role for HERV-K18 in MS, the present study examined the immunogenicity of the purified surface unit (SU). HERV-K18(SU) induced envelope-specific plasma IgG in immunized mice and triggered proliferation of T cells isolated from these mice. It did not trigger phenotypic changes in a mouse model of experimental autoimmune encephalomyelitis. Further studies are needed to investigate the underlying mechanisms of HERV-K18 interaction with immune system regulators in more detail.

The shortage of human tissues and organs for allotransplantation can be overcome by xenotransplantation. As a source of organs, the miniature pig is convenient. However, the presence of pathogens transmissible to the recipients, especially porcine endogenous retrovirus (PERV), represents a threat for successfull xenotransplantation. Infectious PERVs contain three classes of envelope glycoprotein. Two classes, PERV-A and PERV-B are polytropic, they can infect human, pig and mink cells in vitro. PERV-C is evolutionary young, ecotropic isolate that can infect pig only. We previously detected a new full-lenght, but replication-defective PERV-A isolate dubbed (MAMBA) with high transcriptional activity in Large-White pig from a Czech breed. To support our results with PERV-MAMBA epigenetic regulation in pig tissues, in vitro DNA methylation essay was accomplished. Methylated or non-methylated reporter plasmids containing provirus 5' LTR were transfected into 293T cells and luciferase activity was measured. In both cases, methylated LTR decreased significantly expression of luciferase. Thus, PERV LTR-driven transcription is sensitive to DNA methylation. We also used PERV-A MAMBA provirus to study recombination between two pig endogenous retroviruses. We prepared 293T and BeWo cell clones harboring PERV-A...

L’herpèsvirus humain (HHV) 6 est un betaherpèsvirus largement répandu, associé à plusieurs maladies neuroinflammatoires, telles que des encéphalites ou la sclérose en plaques (SEP). Cependant, les mécanismes impliqués dans la neuropathologie induite par les deux espèces d’HHV-6, HHV-6A et HHV-B, sont peu connus. De plus, l’absence de modèle d’infection chez le petit animal a ralenti l’étude de la pathogénèse virale. Dans ce contexte, nous avons développé un modèle d’infection par HHV-6 chez des souris transgéniques, qui expriment la protéine CD46 humaine, identifiée comme récepteur cellulaire pour HHV-6. Nous avons pu démontrer une persistance de l’ADN viral d’HHV-6A, mais pas d’HHV-6B, dans le cerveau de souris transgéniques pendant plusieurs mois. De plus nos résultats montrent qu’HHV-6A induit la sécrétion de chimiokines pro-inflammatoires par les cellules neurales murines et provoque l’infiltration de cellules immunitaires dans le cerveau de souris infectées. Enfin, HHV-6A, mais pas HHV-6B, pourrait induire des réponses cellulaires chez les cellules murines via le récepteur de l’immunité innée TLR9 (toll-like receptor 9). En collaboration avec une équipe de Grenoble, nous avons ensuite montré que l’infection par HHV-6A induit l’expression de rétrovirus endogènes humains (HERV) dans des cellules mononuclées et des lignées neurales humaines. Ces HERV, en particulier leurs protéines d’enveloppe qui présentent des propriétés pro-inflammatoires, sont associés à diverses maladies autoimmunes dont la SEP. HHV-6A pourrait donc participer au développement de pathologies inflammatoires via l’induction de ces HERV. L’ensemble de ces travaux supporte ainsi l’existence d’un lien entre l’infection par HHV-6A et la neuroinflammation, et apporte de nouvelles pistes quant aux mécanismes potentiellement impliqués. / Human herpesvirus (HHV) 6 is a widely spread betaherpesvirus, which has been associated to several neuroinflammatory diseases, such as encephalitis or multiple sclerosis (MS). However, the mechanisms explaining the neuropathology induced by the two species of HHV-6, HHV-6A and HHV-6B, remain to be elucidated. Moreover, the lack of small animal model for HHV-6 infection has considerably hampered the study of viral pathogenesis. In this context, we have generated several lines of mice expressing the human CD46 protein, identified as a cellular receptor for HHV-6, and characterized the infection. We demonstrated that DNA of HHV-6A, but not HHV-6B, can persist in the brain of CD46 transgenic mice for several months after intracranial injection. Moreover our results show that HHV-6A induces chemokine secretion by in vitro cultured murine brain cells and provokes leucocyte infiltration in the brain of infected mice. Finally, HHV-6A, but not HHV-6B, could activate cellular responses in murine cells through binding to toll-like receptor 9. In collaboration with the team of P. Marche in Grenoble, we then showed that HHV-6A and HHV-6B infection induce the expression of envelope genes from human endogenous retrovirus W (HERV-W) in human blood mononucleated cells and human neural cell lines. Envelope proteins of HERV-W are known to exhibit strong pro-inflammatory properties and were associated to various autoimmune diseases, including multiple sclerosis. HHV-6A and HHV-6B could therefore participate in the development of inflammatory disorders via the activation of these HERV genes. Altogether this work supports the hypothesis of a link between HHV-6 infection neuroinflammation and opens new perspectives in the study of the mechanisms potentially involved.

Les études des interactions entre cellules hôtes et rétrovirus ont conduit à définir le concept de restriction virale dont les facteurs constituent une part de l'immunité innée des cellules hôtes. Ces facteurs contribuent au contrôle des rétrovirus endogènes (ERV) dont l'émergence peut être associée à certaines pathologies telles que des leucémies ou des immunodéficiences. Chez le porc, certains ERV (PERV) sont réplicatifs, pourtant aucune pathologie ne leur a, à ce jour, été associée. Les mécanismes de restriction virale impliqués dans ce phénomène ont fait l'objet de nombreuses études. Elles n'ont cependant concerné que certains facteurs. Les protéines porcines à motif tripartite (poTRIM) n'ont ainsi fait l'objet que de peu d'études. Pourtant, de nombreux membres de cette famille participent à la restriction virale chez d'autres organismes que le porc. La présente étude s'intéresse par conséquent aux orthologues porcins de ces protéines et à leur relation avec les PERV. L'élaboration d'une stratégie d'expression de ces protéines dans un modèle humain, sensible à l'infection par le PERV nous a permis d'évaluer et de caractériser les effets des TRIM sur le cycle infectieux du PERV. Cette stratégie a mis en évidence une activité de restriction par TRIM8 tandis que TRIM44 semble au contraire agir en faveur de la réplication virale. En ce qui concerne poTRIM11, elle favorise l'entrée du PERV tout en inhibant son expression. L'étude a également confirmé l'insensibilité du PERV vis-à-vis de poTRIM5α. L'ensemble de ces résultats contribuent à la compréhension de la relation entre la réplication des PERV et le contrôle mené par son hôte. / From studies of pathogens and their host interaction has emerged the concept of viral restriction considered to be part of an innate immune system. These factors contribute to the control of endogenous retroviruses (ERV) whose emergence may be associated with several diseases such as leukemia or immunodeficiency. Three subgroups of the porcine ERV-γ-1 group (PERV) are replicative. Nevertheless, these PERVs are not associated with any pathology in the pig. Several studies have been performed on viral restriction mechanism capabilities of the pig but these covered a very limited number of restriction factors. Regarding the porcine tripartite motif-containing (poTRIM) proteins, knowledge is weak although several members of this family have proved to be implicated in the viral restriction of other species. The purpose of this study is to investigate the relationship between these orthologous poTRIMs proteins and replicating PERVs. In order to explore this potential interaction, a TRIM protein expressing model in human cells, known to be sensitive to the PERV infection, has been developed. It has enabled us to assess and characterize potential TRIMs effects on the PERV infection cycle. We equally identified poTRIM8 as a restriction factor. Conversely, poTRIM44 seems to act as an enhancer of the PERV infection, while, TRIM11 displayed ambiguous effects including an enhancer effect of the early infectious stages and an inhibitor activity of the late infectious stages. In this study, we also confirmed the PERV insensitivity to the porcine TRIM5α protein. Finally, this work aims at contributing to the understanding of the relationship between PERV replication and their control leading by the host cells.

Une grande partie du génome des eucaryotes est constituée d’éléments transposables(ET). Ces séquences d’ADN répétées ont la capacité de se déplacer d’un site chromosomiqueà un autre et de multiplier le nombre de leurs copies, pouvant ainsi être la cause d’uneinstabilité génétique. Face à ce potentiel de mutagénèse, un certain nombre de systèmes ontété sélectionnés dans les génomes eucaryotes qui conduisent à une réduction de l’activité desET. Notamment, chez la drosophile, on a récemment mis en évidence des mécanismes derégulation impliquant les modifications d’histones, et une nouvelle classe de petits ARN,appelés piARN, qui contrôlent spécifiquement les éléments transposables dans les tissusreproducteurs.tirant est un rétrotransposon à LTR de la drosophile, de type Gypsy, isolé au sein dulaboratoire dans les populations naturelles de D. simulans, où le nombre de ses copies estvariable entre populations. Cet ET possède la même structure génomique que les rétrovirus.Dans la première partie de cette thèse, j’ai caractérisé un élément tirant actif dans lespopulations naturelles de D. simulans. Je me suis intéressé en particulier au gène de laprotéine d’enveloppe (env), qui confère le caractère infectieux du rétrovirus. La comparaisondes transcrits et de la protéine du gène env entre populations de D. simulans a montré quetirant est actif dans une population, et cette activation est associée à sa mobilisation, alors quedans les autres populations tirant est présent, mais régulé.Dans la deuxième partie de mon travail, je me suis intéressé à l’étude de l’influence detirant sur la structure de la chromatine au niveau de son site d’insertion et à son influence surl’expression des gènes voisins. J’ai étudié trois modifications d’histones dans troispopulations naturelles, dont une où tirant est inséré dans un intron du gène tkv. Les résultatsobtenus montrent que tirant est capable de modifier la structure de la chromatine au niveau deson site d’insertion, mais aussi en amont, par l’hétérochromatinisation d'un promoteur du gènetkv, en affectant ainsi son taux de transcription.Enfin, je me suis intéressé à la régulation post-transcriptionnelle de tirant par lespiARN. Par l’analyse de croisements intraspécifiques entre des souches contenant ou non descopies de tirant dans l’euchromatine, j’ai montré qu’une régulation post-transcriptionnelle parles piARN germinaux qui contrôle tirant dans les cellules folliculaires de l’ovaire. J’ai aussipu montrer une expression variable entre populations des gènes de la voie piARN. / Eukaryotic genomes harbor a wide variety of repeated sequences, such as transposableelements (TE). These sequences are able to move from one chromosomal site to another, tomultiply their number of copies, and can be the cause of a genetic instability. Sophisticatedgenomic defenses have evolved to restrict their activity. In Drosophila, epigeneticmodification such as post-translational histone modifications and RNAi interference areinvolved in TE silencing in reproductive tissues. The silencing of an LTR like element, tirant,has been deeply analyzed in this work. Tirant is a Gypsy like element, isolated in ourlaboratory in natural populations of D. simulans, in which a high level of copy numbervariability is observed between strains.Here, I first describe an active tirant element in natural populations of D. simulans. Ihave focused on the envelope protein gene (env), which confers the infectious behavior to theretrovirus. By comparison of tirant transcripts level and protein localization between naturalpopulations of D.simulans, I showed that tirant is active in one population, and this activationis correlated with its mobilization.I then focused on the effects of TE insertions on chromatin structure and in its influenceon the expression of the nearby genes. I studied three histone modification marks in threenatural populations, in the locus in which tirant was inserted. I show that tirant is associatedwith repressive marks and active marks, which explains the activity of the element. We alsoshowed that tirant modifies the structure of the chromatin at the level of its site of insertion,but also upstream, by the heterochromatinization of the promoter of tkv gene, interfering withthe level of transcription of the gene.Finally, I was interested in the post-transcriptional regulation of tirant involving thepiRNA pathway. By crossing D.simulans strains which contains different copy numbers ofthe tirant element, I showed that tirant is regulated in the follicular cells by the germ linepiRNA pathway. I was also able to show a variable expression between populations of theproteins of the piRNA pathway.