Bibliography: leaves 218-251 / xviii, [ca. 100] leaves : ill ; 31 cm. / Title page, contents and abstract only. The complete thesis in print form is available from the University Library. / Thesis (Ph.D.)--University of Adelaide, Dept. of Microbiology and Immunology, 1983

Some ill. mounted / Bibliography: leaves 109-129 / xiii, 129, [ca. 60] leaves : ill. (some col.) ; 30 cm. / Title page, contents and abstract only. The complete thesis in print form is available from the University Library. / Thesis (Ph.D.)--University of Adelaide, Dept. of Microbiology and Immunology, 1984

Thesis (M.S.)--Humboldt State University, 2007. / Includes bibliographical references (leaves 24-25). Also available via Humboldt Digital Scholar.

Thesis (M.S.)--Michigan State University. Dept. of Biochemistry and Molecular Biology, 2008. / "Advisor, Todd A. Ciche"--Acknowledgements. Title from PDF t.p. (viewed on Aug. 5, 2009) Includes bibliographical references. Also issued in print.

Membros da família Enterobacteriaceae podem causar meningite associada com infecções hospitalares e/ou secundárias. A terapia empírica utilizada em pacientes com suspeita de meningite é, às vezes, ineficiente, devido à produção de beta-lactamases de espectro estendido (ESBL), que é o mecanismo mais comum de resistência às cefalosporinas de amplo espectro em enterobactérias. O objetivo deste trabalho foi estudar a produção de ESBL e AmpC por enterobactérias isoladas de líquido céfalo-raquidiano e sangue de pacientes com suspeita de meningite da região de Ribeirão Preto, no período de 2000 a 2005. O teste do disco combinado foi utilizado para a detecção fenotípica e a PCR foi utilizada para amplificar genes codificadores de ESBL e AmpC. Três (6,52 %) das 46 enterobactérias isoladas no período estudado foram produtoras de ESBL e abrigavam o gene blaCTX-M-2. As enterobactérias produtoras de ESBL foram: S. marcescens IAL 19, (isolada em Araraquara, 2002), P. mirabilis IAL 29 e E. coli IAL 45 (isoladas em Franca, respectivamente, 2003 e 2004). O gene blaCTX-M-2 foi detectado em três gêneros diferentes, sugerindo que o gene blaCTX-M é endêmicos na região de Ribeirão Preto. Os dados obtidos por este trabalho são importantes porque existem poucos relatos sobre a produção de ESBL por enterobactérias isoladas de líquido céfalo-raquidiano e sangue de pacientes com suspeita de meningite. / Members of Enterobacteriaceae family are cause of cause meningitis associated with nosocomial or secondary infection. The empiric therapy used in patients with suspicion of meningitis is, sometimes, inefficient due to extended-spectrum beta-lactamases (ESBL)- producing, that is the most common mechanism of resistance to cephalosporins in enterobacteria. The main objective of this study was to evaluate ESBL and AmpC-producing Enterobacteriaceae isolated of cerebrospinal fluid and blood from patients with suspicion of meningitis from the region of Ribeirão Preto city, during 2000 to 2005. Combination disk method was used for phenotypic detection and PCR was used to amplify genes encoding ESBL and AmpC. Three (6.52 %) out of 46 enterobacteria isolated in the period studied were detected as ESBL-producing and harbored the blaCTX-M-2 gene. The ESBL-producing enterobacteria were: S. marcescens IAL 19, (isolated in Araraquara city SP - Brazil, 2002), P. mirabilis IAL 29 e E. coli IAL 45 (isolated in Franca city SP- Brazil, respectively, 2003 e 2004). The blaCTX-M-2 gene was detected in three different genera isolated for a long time, suggesting that the blaCTX-M-2 gene is endemic in the region of Ribeirão Preto city. The data generated by this study are important because there are low reports about ESBL-producing enterobacteria isolated of cerebrospinal fluid and blood from patients with suspicion of meningitis.

Orientador: José Moacir Marin / Banca: Marcelo Henrique Napimoga / Banca: Patrícia Amoroso / Banca: Evelon Cid Rigobelo / Banca: Roberto Alves de Oliveira / Resumo: No presente trabalho foram analisadas 111 amostras de queijos Minas Frescal. As análises compreenderam a determinação do Número Mais Provável de coliformes a 35ºC e a 45ºC e pesquisa de E. coli. Os resultados mostraram a presença de coliformes a 45ºC acima dos valores permitidos pela legislação em 30% dos queijos com SIF, 70% dos queijos sem SIF e 61,4% dos queijos temperados. Das Enterobacteriaceae isolados nos queijos Minas Frescal verificou-se presença de E. coli, Proteus, Providencia, Serratia, Klebsiella e Enterobacter. Foram isoladas e identificadas 1.243 E. coli e dessas amostras foram separadas aleatoriamente 330 estirpes, para pesquisar a presença do gene stx1, stx2 e eae, a detecção dos genes codificadores de adesinas (pap, afa e sfa) pela reação em cadeia da polimerase e o teste de sensibilidade aos antimicrobianos. Nenhuma estirpe testada identificou presença de stx e eae não havendo E. coli produtoras de toxina e uma estirpe apresentou o gene afa. Para o teste de sensibilidade as E. coli de todos os queijos testados apresentaram índices de resistência à tetraciclina. Neste trabalho, avaliou-se o efeito inibitório do Origanum vulgare e da Petroselinum sativum testando-os sobre coliformes a 35ºC e a 45ºC do queijo produzido com leite cru e dos queijos produzidos com leite cru acrescidos de E. coli (ATCC 25922). Os resultados dessas plantas no leite cru não promoveram efeito inibitório sobre os coliformes a 35ºC, no entanto, promoveram um efeito inibitório significativo nos coliformes a 45ºC. No leite inoculado com E. coli, os resultados apresentaram efeito inibitório para os coliformes a 35ºC e a 45ºC / Abstract: In the present study, 111 samples of cheese of Fresh "Minas" type were analyzed. The analysis include the determination of the most likely number of coliforms at 35ºC and at 45ºC and research of E. coli. The results showed the presence of coliforms at 45ºC above the values allowed by the legislation in 30% of the cheese with SIF, 70% of the cheese without SIF and 61.4% of the seasoned cheese. Out of the Enterobacteriaceae isolated in the cheese of Fresh "Minas" type and the E. coli, Proteus, Providencia, Serratia, Klebsiella e Enterobacter presence was determinated. 1,234 E. coli were isolated and identified and 330 stocks were randomly separated out of these samples to research the presence of the stx1, stx2 and eae gene, the detection of the adhesine codifier genes (pap, afa and sfa), through the chain reaction of polymerase and the sensibility test to antimicrobials. No tested stock identified the presence of stx and eae, no E. coli toxin productors and a stock showed the afa gene. For the sensibility test, the E. coli of all the tested cheese showed endurance index to tetracycline. In this study, it was evaluated the inhibitory effect of the Origanum vulgare and the Petroselinum sativum by testing them on the coliforms at 35ºC and at 45ºC of the cheesed produced with raw milk and the ones produced with raw milk and E. coli (ATCC 25922). The results of these plants in the raw milk did not provoke inhibitory effect on the coliforms at 35ºC, however, they provoked a significant inhibitory effect in the coliforms at 45ºC. In the milk inoculated with E. coli, the results showed inhibitory effect for the coliforms at 35ºC and at 45ºC / Doutor

Orientador: Carlos Magno Castelo Branco Fortaleza / Resumo: Atualmente, estamos diante de uma notável presença de isolados de enterobactérias resistentes aos carbapenêmicos em um hospital público do município de Bauru-SP desde outubro de 2012. No entanto, não estão disponíveis estudos relacionando a epidemiologia e os fatores associados à aquisição de tais isolados. Este estudo teve como objetivo identificar fatores de risco para aquisição de Enterobactérias Resistentes aos Carbapenêmicos (CRE) em pacientes internados no Hospital Estadual Bauru, os fatores associados ao desenvolvimento de quadro infeccioso em uma coorte de pacientes colonizados por CRE e os fatores preditores de óbito. Foram incluídos pacientes do local de estudo que apresentaram colonização do trato digestório por CRE, de outubro de 2012 a dezembro de 2016, dos quais foram levantados dados clínicos e demográficos. Os isolados foram identificados por métodos fenotípicos e foram testadas as suscetibilidades por concentração inibitória mínima (MIC). Realizamos um estudo de caso-controle que incluiu 427 casos e igual número de controles. Os fatores de risco observados foram queimadura (HR 3,91; IC95% 2,36-6,46; p=<0,001), índice de Charlson (HR 1,12; IC95% 1,05-1,20; p=<0,001), uso prévio de esteróides (HR 2,79; IC95% 1,94-4,02; p=<0,001) e antimicrobianos como as penicilinas/inibidores de beta-lactamases (HR 2,01; IC95% 1,43-2,82; p=<0,001), cefalosporinas de 3ª. e 4ª. gerações (HR 2,45; IC95% 1,75-3,44; p=<0,001), quinolonas (HR 1,70; IC95% 1,75-2,45; p=0,003) e anaero... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Currently, we are facing a remarkable presence of isolates of carbapenem-resistant enterobacteriacea in Bauru city public hospital, São Paulo state, Brazil, since october 2012. However no studies are available relating the epidemiology and the factors associated with acquisition of such isolates. The purpose this study was to identify risk factors for acquisition of Carbapenem Resistant Enterobacteriaceae in patients hospitalized at the Bauru State Hospital, factors associated with the development of infectious disease in a cohort of patients colonized by CLP and factors predicting death. We included patients from the study site who presented colonization of the digestive tract by CRE, from October 2012 to December 2016, from which clinical and demographic data were collected. Isolates were identified by phenotypic methods and susceptibilities were tested by minimum inhibitory concentration (MIC). We performed a case-control study that included 427 cases and an equal number of controls. The risk factors observed were burn (HR 3.91, 95% CI 2.36-6.46, p = 0.001), Charlson index (HR 1.12, 95% CI 1.05-1.20, p = <0.001), previous use of steroids (HR 2.79, 95% CI 1.94-4.02, p = <0.001) and antimicrobials such as penicillins / beta-lactamase inhibitors (HR 2.01, 95% CI, 43-2.82, p = <0.001), cephalosporins of 3rd. and 4ª. (HR 2.45, IC 95% 1.75-3.44, p = 0.001), quinolones (HR 1.70, IC 95% 1.75-2.45, p = 0.003) and anaerobicides (HR 1, 63, 95% CI 1.04-2.56, p = 0.03). The cohort stud... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

ARAÚJO, Rayza Lima. Quantificação de bactérias entéricas em sítios anatômicos e líquido intervalvar de ostras (Crassostrea rhizophorae) e caracterização de isolados de Escherichia coli. 2013. 72 f. : Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Ceará, Centro de Ciências Agrárias, Departamento de Engenharia de Pesca, Fortaleza-CE, 2013 / Submitted by Nádja Goes (nmoraissoares@gmail.com) on 2016-07-21T12:44:56Z No. of bitstreams: 1 2013_dis_rlaraújo.pdf: 1057950 bytes, checksum: 1d6c5772a5e213e790c01a58e0b1adca (MD5) / Approved for entry into archive by Nádja Goes (nmoraissoares@gmail.com) on 2016-07-21T12:45:12Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_dis_rlaraújo.pdf: 1057950 bytes, checksum: 1d6c5772a5e213e790c01a58e0b1adca (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-21T12:45:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_dis_rlaraújo.pdf: 1057950 bytes, checksum: 1d6c5772a5e213e790c01a58e0b1adca (MD5) Previous issue date: 2013 / Fecal coliforms have been described as one of the best indicators of pollution in the aquatic environments by human wastes, and it is widely used as a parameter for classifying areas where oysters are farmed or extracted. Among Enterobacteriaceae members, E. coli stands out as potential pathogenic specie, representing risk for public healthy when associated with consumption of raw or undercooked bivalves. However, little is known about this colonization in the bivalve tissues and/or distribution of these enteric bacteria. The objective of the present study was to: (i) quantify fecal coliforms from body fluid and anatomical sites, separately; (ii) isolate and identify E. coli in oysters commercialized in natura in Praia do Futuro beach, Fortaleza-Ceará; (iii) evaluate the virulence profile and resistance to antimicrobial agents of E. coli isolates. The study covered ten samples, from February to April 2012, by analyzing twelve oysters for sample, divided into a body fluid (intervalvar liquor) and two anatomical sites (mantle and gastrointestinal tract). Fecal coliforms concentration was higher than allowed by legislation nº 12/2001 of ANVISA in three samples, and intervalvar liquor presented higher MPN in six samples. Out of 137 E. coli strains isolated, 19% was resistant to both tetracycline and oxytetracycline, and MAR ranged from 0,250 to 0,625. It is further noted producing expended spectrum beta lactamases strains, however none showed biofilm production. The major frequency resistance to oxytetracycline suggests a selective pressure to mangrove ecosystem microbiota that could be directly affected by farming shrimp activity, practiced in a region next to Parnaíba city, located in Piauí state, where oysters are extracted. In addition, the presence of multiple resistance can be a risk for in natura oyster consumers. / Os coliformes termotolerantes têm sido descritos como um dos melhores indicadores de contaminação de ambientes aquáticos por resíduos humanos, sendo amplamente utilizado como parâmetro para classificação de áreas onde se cultiva ou extrai ostras. Dentre os membros deste grupo, a Escherichia coli se destaca como uma espécie potencialmente patogênica, representando risco para a saúde pública quando associada ao consumo de moluscos bivalves crus ou parcialmente cozidos. Entretanto, pouco é sabido sobre a colonização nos tecidos desses moluscos e/ou distribuição dessas bactérias entéricas. O presente estudo teve como objetivos:(i) quantificar coliformes termotolerantes do fluido corporal e dos sítios anatômicos, separadamente;(ii) isolar e identificar E. coli de amostras de ostras comercializadas in natura na Praia do Futuro, Fortaleza-Ceará;(iii) avaliar o perfil de virulência e resistência a antimicrobianos dos isolados de E. coli. Foram realizadas dez coletas no período de fevereiro a abril de 2012, sendo analisadas dez ostras por coleta, divididas em um fluido corporal (líquido intervalvar) e dois sítios anatômicos (músculo e trato gastrointestinal). Os resultados apontaram três amostras com contagens de coliformes acima do limite estabelecido pela legislação nº 12 de 2001 da ANVISA, tendo o líquido intervalvar apresentado o NMP mais elevado em seis amostras. Das 137 cepas de E. coli isoladas, verificou-se maior incidência de resistência à tetraciclina e oxitetraciclina (19%), com variação do Índice de Múltipla Resistência (MAR) entre 0,250 e 0,625. Observou-se ainda a presença de cepas produtoras de enzimas beta-lactamases de espectro estendido, porém nenhuma das cepas testadas apresentou produção de biofilme. A elevada frequência de resistência à oxitetraciclina sugere uma pressão seletiva sobre a microbiota do ecossistema manguezal, que pode ser afetada diretamente pela atividade de carcinicultura, praticada na região próxima à cidade de Parnaíba, localizada no Estado do Piauí, de onde as ostras são extraídas. Além disso, a presença de múltipla resistência aos antimicrobianos observada pode ser indicativa de risco para os consumidores de ostra in natura.

Made available in DSpace on 2014-09-24T12:58:57Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Tese Liliane Miyuki Seki.pdf: 11573378 bytes, checksum: 779d1d4b49bfc191eafe332410d9730b (MD5) Previous issue date: 2012 / Enterobactérias produtoras de p-Iactamases de espectro estendido (ESBL) e Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC) são reconhecidas mundialmente como importantes problemasde resistência bacteriana nos hospitais. Neste estudo, foi avaliada a prevalência dos genes codificadores de ESBL, bem como a epidemiologia molecular em isolados de hemocultura,em enterobactérias coletadas entre Setembro de 2007 a Setembro de 2008, em cincohospitais localizados no Estado do Rio de Janeiro, Brasil. Das 293 amostras coletadas, 121 foram caracterizadas fenotipicamente como produtores de ESBL sendo a maior prevalência de Klebsiella pneumoniae 63 (52,1%), Enterobacter cloacae 16 (13,2%), Escherichia coli 14 (11,6%), Proteus mtrabtlis 11 (9,1%), Serra tia marcescens 10 (8.3%), Morganella morganii 2 (1.7%), Enterobacter aerogenes 1 (0,8%), Klebsiella oxytoca 1 (0,8%), Providencia stuartii 1 (0,8%), Citrobacter freundii 1 (0,8%), Serratia rubidaea 1 (0,8%). Entre as produtoras de ESBL, 11 amostras de K. pneumoniae e 9 amostras de E cloacae mostraram resistência ou redução de susceptibilidade a pelo menos um dos carbapenemas. A detecção por PCR dos genes de p-Iactamase mostraram que 87,6% produziramblacTX_M, 65,3% blaTEM, 64,5% blaSHVe 9,1% blaxsc- O gene do grupo CTX-M-l foi predominante na maioria das espécies de enterobactérias, exceto para o P. mirabilis, onde 91% das amostras eram do gene do grupo CTX-M-2. Das amostras pertencentes ao grupo CTX-M-l, 88% das K. pneumoniae e 100% das Ecoli foram determinadas como CTX-M-15. A análise do polimorfismo genético, por PFGE, demonstrou a disseminação do gene CTX-M-15 em 10 genótipos para as amostras de K. pneumoniae e de 3 genótipos para Eco/i em diversos hospitais no Rio de Janeiro. (AU)

Enterobactérias como Klebsiella pneumoniae e Enterobacter spp. estão entre as principais causas de infecções hospitalares e estão frequentemente associadas à produção da enzima Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC). A emergência de isolados produtores desta e de outras carbapenemases é um grave problema de saúde pública uma vez que as opções terapêuticas tornam-se extremamente limitadas. As polimixinas frequentemente constituem uma das poucas opções disponíveis, porém têm sido associadas a menor eficácia clínica, maior mortalidade e toxicidade. Além disso, há descrição in vitro da emergência de subpopulações heterorresistentes de isolados expostos a esta droga. Neste contexto, muitos estudos têm avaliado a terapia combinada como alternativa e a utilização das polimixinas com outras classes de antimicrobianos tem mostrado resultados mais eficazes em comparação às monoterapias no tratamento de infecções causadas por bactérias multirresistentes, como aquelas produtoras KPC. Assim, o objetivo deste estudo foi avaliar o desempenho de combinações entre polimixina B (PMB) com a tigeciclina (TGC) e com os carbapenêmicos imipenem (IPM) e meropenem (MEM) contra enterobactérias produtoras de KPC-2 pelo método de Time Kill Curves - TKC (Curva de Tempo-Morte). Os isolados foram previamente caracterizados como produtores de KPC-2 e incluíram seis clones de três espécies distintas, sendo dois isolados de K. pneumoniae (KP), dois de Enterobacter cloacae (EC) e dois de Serratia marcescens (SM), provenientes de banco de amostras. A PMB foi testada em concentrações de 0,5, 1,0 e 2,0 μg/mL, enquanto os carbapenêmicos e TGC foram testados a uma concentração fixa de 4,0 e 1,0 μg/mL, respectivamente. Os tubos contendo o inóculo e antibióticos foram incubados a 35 °C e uma alíquota foi semeada em placa de ágar sangue nos tempos: 0, 0,25, 1, 2, 4, 8, 12 e 24 horas, para a contagem das colônias. Os resultados foram interpretados conforme as seguintes definições: i) atividade bactericida = redução ≥ 3 log10 na contagem total de unidades formadoras de colônia (UFC)/mL comparado ao inóculo inicial; ii) atividade bacteriostática = manutenção ou redução < 3 log10 na contagem total de UFC/mL comparado ao inóculo original; iii) sinergismo = diminuição ≥ 2 log10 na contagem total de UFC/mL entre a combinação de antimicrobianos e o agente mais ativo, após 24 horas de incubação. De acordo com nossos resultados, IPM, MEM e TGC não apresentaram efeito bacteriostático ou bactericida quando testados como única droga contra todos os isolados produtores de KPC-2. Todas as combinações de antibióticos mostraram sinergismo com atividade bactericida ou, pelo menos, um efeito bacteriostático para todos os isolados testados, sendo as combinações mais efetivas aquelas onde a de PMB foi usada nas concentrações de 1,0 e 2,0 μg/mL e combinada aos carbapenêmicos. Embora tenham sido observadas concentrações inibitórias mínimas elevadas para PMB contra os isolados de SM, para ambas as cepas houve sinergismo quando a PMB foi combinada a IPM e MEM. Nossos resultados confirmam a superioridade das combinações de antimicrobianos em comparação às monoterapias e sugerem que, a PMB combinada com carbapenêmicos ou TCG pode ser uma opção terapêutica eficaz para o tratamento de infecções causadas por isolados de enterobactérias produtores de KPC-2. / Enterobacteria such as Klebsiella pneumoniae and Enterobacter spp. are among the leading causes of nosocomial infections and are often associated with Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC) production. The emergence of KPC and other carbapenemases is a serious public health problem due to the limited therapeutic. Polymyxins often constitute one of the few options available, but it have been associated with lower clinical efficacy, toxicity and increased mortality. Moreover, several studies have demonstrated the emergence of heteroresistant subpopulations when isolates are exposed to this drug. In this context, some authors have evaluated the combined therapy as an alternative and the use of polymyxins with other classes of antibiotics have shown to be more effective compared to the monotherapies for the treatment of infections caused by multiresistant bacteria. Therefore, the aim of this study was to evaluate the performance of polymyxin B (PMB) with carbapenems imipenem (IPM) and meropenem (MEM) and tigecycline (TGC) combinations against KPC-2 producing Enterobacteriaceae by Time Kill Curves method. Isolates were previously characterized as KPC-2 producing comprising six distinct clones that included: two K. pneumoniae (KP), two Enterobacter cloacae (EC) and two Serratia marcescens (SM). PMB was tested at concentrations 0,5, 1,0 and 2,0 μg/mL, whereas carbapenems and TGC were tested at a fixed concentration of 4.0 and 1.0 μg/mL, respectively. Tubes with inoculum and antibiotics were incubated at 35 °C and an aliquot was plated on blood agar plates at times: 0, 0.25, 1, 2, 4, 8, 12 and 24 hours for counting colonies. The results were interpreted according to the following definitions: i) bactericidal activity = ≥ 3 log10 reduction in total count of colony forming units (CFU)/mL compared to the initial inoculum; ii) bacteriostatic activity = maintenance or reduction < 3 log10 in total count of CFU/mL compared to the original inoculum; iii) synergism = ≥ 2 log10 decrease in total count of CFU/ml between the combination and the most active antimicrobial agent after 24 hours of incubation. According to our results, IPM, MEM and TGC showed no bacteriostatic or bactericidal effects when tested as a single drug against all KPC-2-producing isolates. All combinations of antibiotics showed synergism with bactericidal activity or at least, a bacteriostatic effect for all the six isolates. The more effective combinations were those that PMB was used at 1,0 and 2,0 μg/mL, combined with carbapenems. Although high minimum inhibitory concentrations were observed for PMB against isolates of SM, for both strains, synergism was observed when PMB was combined with IPM and MEM. Our results confirm the superiority of antimicrobial combinations compared to monotherapies and suggest that PMB combined with carbapenem or TCG can be an effective therapeutic option for the treatment of infections caused by KPC-2-producing Enterobacteriaceae.