Le présent travail de recherche a pour objet de concevoir, de développer et d'expérimenter un outil de mesure de la performance des systèmes de management environnemental (SME) des entreprises. S'il existe déjà différents outils de mesure de cette dernière, ceux-ci différent selon les contingences des entreprises (l'environnement de ces dernières étant par nature différent), sont difficilement (voire pas du tout) transposables d'une entreprise à l'autre et interdisent toute comparaison interentreprises (voire inter-sites au sein d'une même entreprise) des SME mis en oeuvre. L'apport de la démarche de modélisation et d'ingénierie proposée réside ainsi dans la formalisation d'une méthode de mesure de la performance des SME reposant sur l'amélioration de la mesure dela conformité règlementaire des entreprises. De la méthode découle un outil opérationnel ayant vocation à être utilisé par l'ensemble des entreprises, ce, quelle que soit leur forme (centralisée ou décentralisée sur de nombreux sites), leur branche d'activité, le nombre de salariés, etc. Cet outil propose de mesurer la performance du SME au travers de ses principales dimensions, notamment, la maîtrise de la conformité règlementaire, normative et interne, l'analyse environnementale et enfin l'élaboration d'un plan d'actions correctives et proactives ainsi que le suivi de sa mise en oeuvre, ce dans une perspective d'amélioration continue. L'originalité de cette démarche réside dans la prise en compte des interrelations existant entre ces différentes dimensions en vue d'enrichir les systèmes classiques de mesure de la performance. / The current research aims to conceive, develop and experiment a tool to measure performance in environmental management systems (EMS). Although different tools already exist, they differ from one company to another depending on contingencies (their environment being different), are difficult (and sometimes impossible) to apply from one firm to another and prevent from making inter-firms (or inter-sites within the same company) comparisons between different EMS. The contribution of the modelling and engineering approach developed in this thesis lies in the formalisation of a new method of measurement of performance in EMS based on the improvement of the measure of regulatory compliance in companies.This specific method leads to the introduction of an operational tool aiming to be used by all companies, whatever their structures (centralised or decentralised over different sites), their activity, their amount of employees, etc. This tool offers to measure the EMS performance, in a continuous perspective of improvement, through its key dimensions, and in particular through, the mastering of regulatory (normative and internal) compliance, the environmental analysis and the elaboration of a planning for proactive andcorrective actions as well as the follow-up of its implementation. Overall, the novelty of this approach results from the particular emphasise put on interrelations existing between those different dimensions in order to enhance standard systems of performance measurement.

L’huître creuse Crassostrea gigas est le produit aquacole le plus commercialisé dans le monde. Cependant, en France et dans d’autres régions du monde, des mortalités estivales massives affectent de façon alarmante les populations naturelles et cultivées de cette espèce, surtout aux stades juvéniles. Ces évènements sembleraient être liés à un déséquilibre entre les acteurs de la triade hôte – agent pathogène – environnement, favorisant l’affaiblissement des mécanismes de défense de l’hôte, et par conséquent, l’apparition et/ou l’augmentation de maladies. Parmi les facteurs environnementaux pouvant contribuer à ce déséquilibre, les contaminants chimiques sont connus pour moduler les capacités de défense de divers organismes aquatiques. Les phénoloxydases (PO) sont les enzymes-clés d’une cascade biochimique responsable de la production de mélanine et sont impliquées dans les défenses immunitaires et dans la reconnaissance du non-soi chez les invertébrés. Récemment, une activité de type PO a été détectée chez C. gigas, et a été proposée comme biomarqueur potentiel de la contamination chimique. Cependant, de nombreuses inconnues existent quant aux différents types d’activité PO présents chez C. gigas, et à leur implication dans les mécanismes de défense chez cette espèce. Dans ce contexte général,les objectifs de cette thèse ont été d’ 1) identifier les différents types de PO présents dans différents tissus de l’huître 2)évaluer le potentiel des PO en tant que biomarqueurs dans des expériences d’exposition in vivo à des contaminants organiques, 3) évaluer le potentiel des PO en tant que biomarqueurs dans des études de biosurveillance in situ. Nous avons pu montrer, pour la première fois chez cette espèce, l’existence de deux types d’activité PO : une activité catécholase et une activité laccase. De plus, nous avons pu mettre en évidence in vitro un effet bactéricide lié à l’activité des PO contre deux souches pathogènes de l’huître, Vibrio splendidus et V. aesturianus, dont leur présence a été fréquemment associée aux phénomènes de mortalités estivales. Enfin, grâce à une analyse multi-biomarqueurs sur différents tissus de C. gigas,l’ensemble des résultats ont permis de proposer que les PO pourraient être utilisées comme biomarqueurs de stress environnemental, plutôt que de contamination, dans la surveillance de la qualité des eaux côtières et estuariennes. / The Pacific oyster Crassostrea gigas is the leading aquaculture product at the worldwide level. However, massive summer mortalities affect dramatically cultivated and natural oyster populations, especially at young life stages. These events could be linked to an unbalance between the different actors of the triad host – pathogen agent – environment, which could favour a weakening of defence mechanisms in the host, and consequently, the emergence and/or increase of diseases. Among environmental factors that could contribute to this unbalance, chemical contaminants are known to modulate defence capacities in different aquatic organisms. Phenoloxidases (POs) are the key enzymes of a biochemical cascade responsible for the production of melanin and are implicated in immune defences and in self/non-self recognition in invertebrates.Recently, a PO-like activity was detected in C. gigas, and was suggested as a potential biomarker of chemical contamination. However, little is known on the different PO activities present in C. gigas, and on their implication indefence mechanisms in this species. In this general context, the aims of this work were to 1) identify the different types of PO present in different tissues of C. gigas 2) evaluate their potential as biomarkers in experiments of in vivo exposure to organic contaminants, 3) evaluate their potential as biomarkers in in situ biomonitoring studies. We showed, for the first time in this species, the existence of two PO-type activities: a catecholase activity and a laccase activity. Moreover, we observed an in vitro bactericidal effect associated to PO activities against two oyster pathogens, Vibrio splendidus and V.aesturianus, which have often been associated to massive summer mortalities in oysters. Finally, based on a multiple biomarkeranalysis in different tissues of C. gigas, results suggest that POs could be used as biomarkers of environmental stress, rather than of contamination, for biomonitoring studies in coasts and estuaries.

Les maladies à tiques posent un problème majeur que se soit du point de vue de la santé animale ou de la santé humaine. Parmi ces pathologies, la borréliose de Lyme est la maladie à transmission vectorielle la plus fréquente de l’Hémisphère Nord et, en France, l’Alsace représente l’une des régions avec la plus forte incidence. Ce travail de thèse a eu pour objectif d’évaluer les densités en nymphes ainsi que les taux d’infection à Borrelia burgdorferi sl et Anaplasma phagocytophilum dans cette région. Nous avons comparé nos résultats à ceux établis dans cette même région en 2003 et 2004. De plus nous avons étudié les facteurs environnementaux potentiellement responsables de la variabilité inter-site de la densité en nymphes et également cartographié le risque de borréliose de Lyme en Alsace. Notre travail, qui pour l’instant a été conduit en Alsace, tend à s’étendre à d’autres régions de France. Il nous paraît pertinent de poursuivre les études de terrains sur certains sites pris en compte dans ce travail de façon à objectiver les tendances observées dans notre région. / Vector-borne diseases are today a major threat for human and animal health. Among those diseases, Lyme borreliosis is the most frequent vector-borne disease occurring in the Northern hemisphere, and the numbers of humans affected have been increasing in some parts of the world. In France, Lyme borreliosis is endemic to several regions including the Alsace region.The aim of this work was to investigate nymph densities and infection prevalence of Borrelia burgdoferi sl and Anaplasma phagocytophilum in this region. We compared our results to those obtained by Ferquel et al. in 2003 and 2004. We studied environmental factors involved in inter-site nymph density variability and mapped Lyme borreliosis nymph density in Alsace.For instance our work that has been conducted in Alsace, is now extended in other region of France. It will be interesting to validate our results with data from other area.

La dissolution biogénique réalisée par les microperforants constitue une des principales forces de destruction des récifs coralliens. Ce processus, stimulé par certains facteurs du changement global comme l'acidification, est encore peu connu et donc mal intégré dans les modèles de prédiction du devenir des récifs. Pour mieux comprendre ce processus et sa dynamique temporelle, des blocs de squelette corallien ont été exposés, sur un récif en Nouvelle-Calédonie, aux microperforants entre 1 et 12 mois et au cours de six séries temporelles; trois commençant en été et trois en hiver. Ainsi, les taux de dissolution biogénique ainsi que la diversité et l'abondance des microperforants ont été déterminés. En parallèle, un suivi de paramètres externes, abiotiques et biotiques, a été réalisé. Cette étude a mis en avant i/ trois étapes dans le processus de dissolution biogénique, décrites par un modèle logistique de croissance, contrôlées par les espèces microperforantes et par l'intensité du broutage ; ii/ les interactions entre les paramètres externes et la dynamique des successions de communautés microperforantes décrites dans un modèle conceptuel ; iii/ l'influence de paramètres externes sur la dynamique temporelle de la dissolution biogénique. Ainsi, Ostreobium quekettii, l'agent le plus actif dans la dissolution biogénique, est recruté plus rapidement et la dissolution biogénique augmente lorsque les squelettes sont exposés à des températures plus élevées ou soumis à une augmentation des nutriments. Ces résultats suggéreraient, dans le contexte du changement global, une accélération de la dissolution biogénique fragilisant d'autant plus les récifs coralliens. / Biogenic dissolution of carbonates due to microborers is one of the main destructive forces in coral reefs. Unfortunately this biogeochemical process received low attention and thus is considered as negligible by prediction models of coral reefs future while this process seems to be stimulated by global change factors such as acidification. In this context, dead coral skeletons were exposed, on a reef in New Caledonia, to microborers for six temporal series from 1 to 12 months of exposure (three started in summer and three in winter). Study of coral blocks allowed to determine together biogenic dissolution rates, the diversity and the abundance of microborers. In parallel, external biotic and abiotic parameters were recorded monthly and/or continuously. This experiment highlighted for the first time; I/ three steps in the temporal dynamics of the biogenic dissolution, described by a growth logistic models, driven by microborer communities and grazing intensity; II/ The interactions between microboring community successions and external parameters described by a conceptual model; III/ the influence of external parameters on the dynamic of biogenic dissolution. Thus, results showed an early installation of Ostreobium quekettii, the main agent of the biogenic dissolution and an increase of this process due to higher seawater temperature or nutrients. This suggests, in the context of global change, an acceleration of the biogenic dissolution weakening even more coral reef ecosystems.

Cette thèse pose un regard environnemental sur la migration internationale des Haïtiens au Canada en relevant les types de changements environnementaux qui affectent les populations urbaines et rurales tout en analysant l’interaction de ces éléments avec des facteurs non-environnementaux (politiques, économiques et sociaux). Pour cela, nous avons procédé à une collecte de données de type qualitative, dont des entrevues semi-structurées avec des informateurs clés (huit personnes), des groupes de discussion (20 participants) et des entrevues individuelles (sept participants). Cette recherche met ainsi en évidence qu’aucun participant n’a immigré uniquement à cause d’enjeux environnementaux, soulignant de la sorte qu’une telle décision résulte de l’interaction entre divers facteurs environnementaux et non-environnementaux difficilement distinguable les uns des autres. Ainsi, nous favorisons une analyse inclusive lors de l’étude de la migration environnementale en proposant le concept de « migration environnementale inter-active ». En second lieu, cette thèse se penche sur le rôle des classes sociales et des réseaux sociaux dans les stratégies d’immigration et souligne que les choix de destinations ainsi que les stratégies d’immigration (étudiants, travailleurs qualifiés, réunification familiale, demandeurs d’asile et réfugié) varient selon ces deux facteurs, surtout lorsque la destination est le Canada.

Mon travail de thèse a porté sur l'étude des mécanismes contrôlant la progression du cycle cellulaire et le devenir des cellules progénitrices dans différents tissus. Sortie du cycle cellulaire et différenciation cellulaire pendant la formation du muscle du membre Nous avons montré que la sortie du cycle cellulaire, régulée par les inhibiteurs de kinases cycline-dépendantes (CDKI) et la différentiation musculaire contrôlée par les facteurs myogéniques (MRF), peuvent être découplées génétiquement pendant la formation du muscle. Nous avons identifié une séquence régulant l'expression de CDKI, spécifique au muscle, activée par les MRF dans les myoblastes et réprimée par la voie Notch dans les progéniteurs, permettant de contrôler la balance entre amplification des progéniteurs et établissement du muscle squelettique. Contrôle de la croissance des dérivés de crête neurale craniale Bien que Pax3 et Pax7 soient essentiels pour la formation de la crête neurale, leurs rôles durant le développement craniofacial restent inconnus. À l'aide de mutants murins pour Pax3/7 présentant des fentes faciales, nous avons montré que ces défauts sont liés à la surexpression de la voie de signalisation régulée par le récepteur Aryl hydrocarbon (AhR, récepteur à la dioxine). L'augmentation de l'activité d'AhR pousse les cellules mésenchymateuses faciales hors du cycle cellulaire alors que son inhibition restaure la prolifération de ces cellules, permettant la fermeture de la face des mutants Pax3/7 et démontrant qu'une interaction entre une voie de signalisation impliquée dans la réponse au stress environnemental et les gènes régulés par Pax3/7 est nécessaire pendant le développement craniofacia. / This thesis aims to decipher how Pax3 and Pax7 transcription factors control cell cycle progression of progenitor cells in different tissues.Cell cycle regulation of Pax3+ myogenic progenitors during limb muscle developmentWe showed that cell cycle exit, mediated by the cyclin-dependent kinases inhibitors (CDKI), and muscle differentiation, controlled by the myogenic regulatory factors (MRF), can be genetically uncoupled during development. We dissected a functional interplay between Notch signalling and both MRF and CDKI activities, for maintaining the cycling status of the progenitor cells. Further, we identified a CDKI, muscle-specific DNA regulatory element, activated by the MRF in myoblasts but repressed by Notch signalling in progenitor cells, controlling the equilibrium between amplification of the progenitor pool and the establishment of functional muscle.Control of Pax3+ neural crest derivatives growth, and maintenance during craniofacial developmentAlthough studies showed Pax3 and Pax7 to be essential during early neural crest development, their role during craniofacial formation is unknown. Using Pax3/7 mutant mice displaying facial clefts, we uncovered that these defects are associated with an up-regulation of the Aryl hydrocarbon Receptor (AhR, the receptor to dioxin) signalling pathway. In Pax3/7 mutants, increased AhR activity drives facial mesenchymal cells out of the cell cycle, while inhibiting AhR rescues the cycling status of these cells and the facial closure of Pax3/7 mutants. Our results identify a molecular link between an environmental stress response pathway and a Pax3/7 downstream gene regulatory network during normal craniofacial development.

Les virus sont les entités biologiques les plus abondantes et diversifiées sur Terre et leur diversité est encore très peu connue. Récemment, la métagénomique virale a facilité l'exploration de cette diversité. Néanmoins, la plupart des viromes environnementaux générés à ce jour proviennent de régions tempérées et la plupart des viromes humains proviennent d’échantillons de selles, sang ou de prélèvements oro-naso-pharyngés. L'objectif de mon travail de thèse était d’apporter de nouvelles connaissances sur les communautés virales d’environnements et d’échantillons humains les moins étudiés en utilisant une approche de métagénomique virale.La première partie de cette thèse est une revue des principaux outils d'analyse des métagénomes viraux. La deuxième partie présente la première étude de métagénomique virale dans le désert du Sahara. Dans la troisième partie de ma thèse, je présente de viromes associés a l'Homme: i) le premier métagénome viral issu d'un coprolithe humain du Moyen Âge; ii) la première étude de métagénomique virale sur de liquides péricardiques provenant de patients atteints d’une péricardite infectieuse d'origine inconnue; iii) une analyse fonctionnelle de métagénomes viraux précédemment publiés associés aux expectorations de patients atteints de mucoviscidose qui décrit les gènes de résistance aux antibiotiques portés par les bactériophages dans ces patients.Ce travail présente ainsi des données inédites sur certaines communautés virales peu étudiées et confirme le potentiel de la métagénomique virale pour étudier la diversité virale, révéler la présence de virus inattendus ou inconnus et comprendre leur rôle dans leur écosystème d’origine. / Viruses are the most abundant and diverse organisms but little is known about their diversity. Recently, viral metagenomics has allowed performing broad unselective exploration of uncultivated viral communities, bypassing the limits of classical viral detection tools. However, most viral metagenomes are generated from temperate regions (for environmental studies) or from modern stool samples, sera/blood and naso-/oro- pharyngeal samples (for human-associated studies). Therefore, the purpose of my thesis is to study viral communities in the least investigated environments or human samples, using viral metagenomics.The first part of my thesis is a review of the main computational tools for the analysis of viral metagenomes. The second part of my thesis presents the first viromes generated from the Sahara desert. In the third part, I investigate human-associated viral communities: i) the first virome from a human coprolite; ii) the first viromes generated from human pericardial fluids, in idiopathic pericarditis cases; ii) a functional-level investigation of previously described viral metagenomes from cystic fibrosis patient sputa that focuses on antimicrobial resistance genes carried by bacteriophages to better understand the emergence of multidrug-resistance bacteria in the airways of cystic fibrosis patients.This thesis work provides original data on unexplored viral communities and shows the potential of viral metagenomics to give insights on viral diversity, reveal the presence of expected and unexpected viruses and decipher their role in the ecosystem.

Le droit applicable aux études d’impact environnemental a considérablement évolué depuis sa création par la loi sur la protection de la nature du 10 juillet 1976. D’un droit fondé sur une nature cloisonnée, on se retrouve en 2017 avec un droit souple et négocié, fondé sur une approche systémique et dynamique des interrelations entre l’homme et son environnement. Les échanges de connaissances par le biais de l’expertise offrent progressivement un espace de négociation où les intérêts économiques et la réalité scientifique en viennent à fusionner, donnant naissance à une conception modernisée de la nature : celle de l’évaluation de la biodiversité par les services qu’elle rend à l’homme. Pourtant, la complexité de la nature dépasse l’appréhension que l’homme peut en avoir. Dès lors, bien que les procédures juridiques applicables aux études d’impact environnemental reflètent encore les limites imposées par le pouvoir de l’économie sur la nature, le droit ouvre néanmoins une brèche grâce aux développements d’outils numériques qui pourrait permettre de rééquilibrer les forces en présence. La naissance d’une négociation écologique où les expertises scientifiques profanes, la participation du public et la création d’une connaissance commune de la nature influenceraient également la décision publique est alors peut-être en pleine émergence. / The law applicable to environmental impact assessments has evolved considerably since its creation by the Nature Protection Act of 10 July 1976. From a right based on a segregated nature to a right based on a systemic and dynamic approach of the interrelations between man and his environment, we work in 2017 with a flexible and negotiated right. Knowledge exchange through expertise gradually opens up a space for negotiation where economic interests and scientific reality merge, giving rise to a modernized conception of nature: the assessment of biodiversity by Services it renders to man. However, the complexity of nature surpasses the apprehension that man can have. Therefore, although the legal procedures applicable to environmental impact assessments still reflect the limits imposed by the economic power over nature, the law nevertheless opens up a breach through the development of digital tools that could equilibrate forces. The emergence of an ecological negotiation in which secular scientific expertise, public participation and the creation of a common knowledge of biodiversity would also influence public decision-making may well be emerging.

Entre 2013 et 2017, le projet d’oléoduc Énergie Est a été l’un des plus importants enjeux économique, politique et environnemental des années 2010. Initié pendant le gouvernement conservateur de Stephen Harper et annulé sous le gouvernement libéral de Justin Trudeau, c’est le plus ambitieux projet d’oléoduc de l’histoire du Canada. S’il n’a jamais traversé les provinces d’ouest en est, il est passé au travers de deux gouvernements fédéraux différents ayant leur discours environnemental propre. Or, avec la croissance soutenue de l’exploitation des sables bitumineux et l’édification de nouveaux oléoducs au pays, c’est à se demander si leurs discours sont réellement distincts. Pour réaliser cette étude du discours environnemental fédéral, il a fallu combiner l’analyse du discours avec un cadre théorique permettant de rendre compte de l’impact de l’exploitation des sables bitumineux sur le gouvernement à Ottawa. C’est ainsi que nous en sommes venus à une élaboration conceptuelle combinant une analyse de l’espace, de l’État et de l’histoire canadienne jointes à l’approche de l’analyse du discours. Le résultat de cette thèse est qu’il existe à la fois des similitudes et des dissemblances entre les discours des deux gouvernements. Malgré qu’ils s’amenaient au Parlement en se présentant comme une alternative environnementale sérieuse, les libéraux ont été contraints par des facteurs économiques et politiques hérités du précédent gouvernement conservateur lui-même influencé par une histoire économique canadienne particulière. Énergie Est est un cas éclairant sur la problématique du développement économique au temps des changements climatiques.

La santé et la fertilité des vaches laitières sont au cœur des préoccupations de la filière professionnelle dans un objectif d’efficience, de quantité et de qualité de la production de lait. La mise en place d’une lactation performante se superpose aux profonds changements hormonaux et métaboliques de la période postpartum, se traduisant par une balance énergétique négative. Les conséquences en sont souvent une altération de la fertilité et une immunodépression qui accroit la susceptibilité aux pathologies. Dans les élevages, il existe encore une grande variabilité d’état général et de performances chez les vaches laitières malgré la sélection génomique. Il est proposé que des modifications de la méthylation de l’ADN puissent contribuer à cette variabilité phénotypique individuelle. En effet, la méthylation de l’ADN, en tant que processus épigénétique, est impliquée dans la régulation transcriptionnelle des gènes, et présente une certaine plasticité face aux contraintes environnementales. Nous avons fait l’hypothèse que des signatures épigénétiques portées par les cellules du sang, pourraient refléter l’état de santé des vaches et pourraient être modifiées en réponse à différents facteurs intrinsèques (parité, stades physiologiques…) et aux contraintes environnementales. Ces signatures ont été recherchées dans une population de cellules du sang particulière : les monocytes. Ces cellules, accessibles par prélèvements sanguins et purification en présence d’un anticorps spécifique, constituent la première ligne de réponse d’immunité innée face aux infections aigües participant à la dégradation de l’état de santé des vaches en postpartum. Pour tester l’hypothèse de signatures épigénétiques monocytaires, une analyse du méthylome par « Reduced Representation Bisulfite Sequencing », (RRBS) dans diverses situations d’élevage a été réalisée. En utilisant des ADN génomiques de vaches incluses dans plusieurs protocoles, 22 banques ont été construites et séquencées. Leur analyse a été réalisée en utilisant un pipeline d’analyses bioinformatique et biostatistique développé au laboratoire.En moyenne 1 250 000 CpG sont pris en considération et permettent l’identification et la localisation de cytosines différentiellement méthylées (DMC) : i) 27143 DMC en comparant les méthylomes de différents types cellulaires (monocytes versus fibroblastes et PBMC) ii) 4788 DMC en réponse à un challenge nutritionnel basé sur la distribution du complément alimentaire GENIAL®, fabriqué et distribué en élevage par nos partenaires PILARDIERE et XR-Repro. iii) 2615 et 4616 DMC en réponse au challenge infectieux pour le groupe de vaches témoins et le groupe en restriction alimentaire respectivement (protocole coordonné par Christine Leroux et José Pires (RUMINFLAME, INRA, Theix) combinant une restriction alimentaire et un challenge immunitaire, par injection de LipoPolySaccharide). iv) 4420 DMC issues de la comparaison entre méthylomes de vaches à génome constant (issues du transfert nucléaire, clones) et de vaches à génome variable mais de même âge et élevées dans les mêmes conditions que les clones. Pour certaines régions différentiellement méthylées (DMR) ciblant le promoteur de gènes, le statut de méthylation a été confirmé par conversion bisulfite et pyroséquençage. L’expression des gènes associés a été étudiée. Une anti corrélation significative est observée entre méthylation et expression signant la fonctionnalité de ces régions.En comparant les 11 méthylomes monocytaires, il est montré que 21% des CpG sont extrêmement stables et ne présentent qu’une faible variation de méthylation entre échantillons ( 20%). L’ensemble de ces informations peut être pris en considération pour la conception d’un outil d’épigénotypage. A l’avenir, il serait aussi possible d’utiliser cet outil en routine afin d’appréhender les variations du méthylome monocytaire dans différentes conditions d’élevage. / In dairy breeding, the health and fertility of cows are the main concern with the aims to maintain milk quantity and quality and to reduce the interval between calving in a high competitive economical context. Postpartum period is marked by major hormonal and metabolic changes that affect productivity, immune responses and fertility. The consequences of immune response deterioration are an increasing susceptibility to diseases (mastitis, metritis, endometritis…). Genomic selection in livestock improves the performance of the population but does not exclude phenotypic variability at the level of livestock and the individual. It is proposed that DNA methylation could contribute to this individual phenotype variability. Indeed, DNA methylation is an epigenetic process involved in transcriptional regulation of genes displaying certain plasticity in front of environmental constraints.We assumed the epigenetic signatures carried by blood cells, could reflect overall health and could be modified in response to intrinsic factors (parity, stages …) and to environmental changes. These signatures were researched in a particular blood cells subpopulation: the monocytes. These cells, obtained by blood sampling and purification with a specific antibody, are the first line of defense against acute infections participating in health status deterioration of postpartum cows.To test the monocyte epigenetic signatures hypothesis, monocyte methylome were analyzed by « Reduced Representation Bisulfite Sequencing » (RRBS), in various breeding conditions. Using genomic DNA form cows included in several protocols, 22 libraries were constructed and sequenced. Their analyses were accomplished using a « homemade » pipeline which integrates bioinformatics and biostatistics analyses. On average, 1 250 000 CpGs were analyzed in order to identify differentially methylated cytosines (DMCs): i) 27143 DMC by comparison between different cells types (monocytes versus fibroblasts and PBMC) ii) 4788 DMCs in response to nutritional challenge based on the dietary supplement, GENIAL®, produced and distributed in breeding by our partner PILARDIERE and XR-Repro (in collaboration with Marion Boutinaud, INRA, Rennes). iii) 2615 and 4616 DMCs in response to infectious challenge with LipoPolySaccharide injection for control cows group fed normal diet and for dietary restriction cows group, respectively (collaboration with Christine Leroux and José Pires, RUMINFLAME, INRA, Theix; and Gilles Foucras (ENVT, Toulouse)). iv) 4420 DMCs from the comparison between constant genomic cow (Somatic cell nuclear transfer, clones) and variable genomic cows but with the same age and raised in the same conditions than clones.From DMCs, we identified differentially methylated regions (DMRs) defined as region with at least 3 DMCs inside 100 bp. For some DMRs targeting gene promoter, the methylation status was validated by bisulfite conversion and pyrosequencing. Gene associated expression were also investigated. A significant negative correlation has been observed between methylation and expression, highlighting the functional relevance of these DMRs in gene transcription control.By comparing the 11 monocyte methylomes, 21% of CpGs present a remarkable constant methylation level with weak variability between samples (20%).Taking together, these data can provide a list of relevant DMCs for an epigenetic tool conception. In the future, it would be possible to use this tool for a routine analysis in order to grasp monocyte methylome variations in different breeding management.