L’objectif de cette thèse est la modélisation, l’analyse mathématique et la simulation numérique de quelques modèles de transmission du VIH-SIDA dans une population sexuellement active donnée en général et en particulier dans celle du Mali. Nous proposons de modèles basés sur les connaissances actuelles de la transmission du virus du VIH. A cet effet, nous présentons trois modèles : un modèle comportemental en épidémiologie, un modèle qui incorpore le rôle des campagnes de sensibilisation en santé publique et un modèle de co-circulation de deux formes recombinantes du VIH-1. Dans le premier modèle, des résultats d’existence et d’unicité de la solution d’un problème parabolique semi-linéaire décrivant l’évolution d’une population soumise à l’infection du VIH sont présentés. La population est divisée en individus dont le risque comportemental est faible et en individus dont les comportement sont très risqués et qui interagissent entre eux. Une variable continue représentant ce risque comportemental est introduit. Le comportement asymptotique en temps du problème est étudié. Certains résultats numériques concernant la répartition de la population selon la variable représentant le risque comportemental sont présentés dans le cas de l’infection du VIH-SIDA au Mali. Dans les deux derniers modèles, nous obtenons une analyse complète de la stabilité de ces modèles à l’aide des techniques de Lyapunov suivant la valeur du taux de reproduction de base . Nous proposons une méthode alternative au taux de reproduction de base qui permet de confiner l’évolution de la maladie dans des limites fixées. Nous illustrons ces modèles par des simulations numériques. Ces dernières sont faites à partir de nos modèles confrontés aux données du Mali concernant la propagation du VIH-SIDA. / The objective of this thesis is the modeling, mathematical analysis and numerical simulation of a few models of transmission of the HIV-AIDS in a sexually active population given in general and in particular in that of Mali. We propose models based on the epidemiology currently known from the transmission of the HIV virus. Thus, we present three models of the transmission of HIV: a individual behavior and epidemiological model, a model that incorporates the role of public health education program on HIV and a mathematical model for the co-circulating into two circulating recombinants forms of HIV-1. In the first model, Somé results of existence and uniqueness of solution of a semilinear,parabolic problem describing the evolution of a population subjected to a disease are presented. The population is divided into individuals whose behavioral risk is low and in individuals whose behavior are very risky and that interact between them. A continuous variable representing a behavioral risk is introduced. The asymptotic in time of the problem is studied, and the existence of a non zero stationary state is proved. Somé numerical results concerning the distribution of the population according to the variable representing a behavioral risk are presented within the disease of the HIV-AIDS in Mali. In the last two models, we obtain a thorough analysis of the stability of these models using the Lyapunov techniques according to the value of the basic reproduction ratio,R0. We propose an alternative method to the basic reproductive rate R0 which allows to confine the evolution of the disease in the fixed limits. Numerical simulations are done to illustrate the behaviour of the model, using data collected in the literature regarding the spread of HIV in Mali.

P. aeruginosa est une bactérie pathogène de l'homme, responsable d'infections nosocomiales chez les patients immunodéprimés. Bien que son évolution au sein d'un patient soit bien décrite, son évolution génomique globale au cours de sa propagation dans un hôpital est très mal connue. Le clone à haut-risque ST395 multirésistant aux antibiotiques a diffusé dans le Centre Hospitalier Regional Universitaire de Besançon entre 1997 et 2008 en infectant ou colonisant plus de 300 patients. Une approche WGS a été utilisée afin d'identifier l'origine de l'épidémie, les caractéristiques ayant aidé à son installation à l'hôpital ainsi que celles à l'origine de sa disparition. Les génomes de 54 isolats représentatifs de l'épidémie ont été séquencés. L’arbre phylogénétique a mis en évidence deux clusters distincts indiquant la présence de deux épidémies parallèles. La datation d'un ancêtre commun en 1979, date de début de la construction de l'hôpital, indiquerait une contamination précoce du réseau d'eau de l'hôpital. Cette hypothèse est soutenue par la présence d'un îlot génomique spécifique de ST395 portant les gènes codant 6 transporteurs du cuivre et associée à une résistance phénotypique à ce métal constituant les tuyaux du réseaux de distribution d'eau potable. Les isolats tardifs présentaient des signatures génomiques d'adaptation à l’infection chronique (altération du lipopolysaccharide et de la porine OprD – objectivées phénotypiquement, et extinction de la surproduction de la pompe d’efflux MexAB-OprM – contrôlée par RT-qPCR) suite à des mutations indépendantes. Certaines de ces mutations ont été associées à une perte de fitness bactérien. Nous émettons l’hypothèse que l’émergence indépendante d’isolats adaptés à l’infection chronique, et ainsi l’accumulation de culs-de-sac épidémiologiques, a participé à l’épuisement de l’épidémie hospitalière de P. aeruginosa ST395. / P. aeruginosa is an opportunistic pathogen responsible of hospital-acquired infections in immunocompromised patients. Although in-host evolution of P. aeruginosa is well documented, little is known about this pathogen evolution during its spread on a hospital scale. The high-risk multidrug resistant clone ST395 spread among more than 300 patients in the University Hospital of Besançon between 1997 and 2008. We used a WGS approach to identify the origin of the outbreak, the features that could have helped its implantation in our hospital and those associated with the end of the epidemics. The genomes of 54 representative isolates were fully sequenced. The phylogenetic tree indicated two distinct clusters corresponding to two parallel outbreaks. The ancestor of the ST395 clone possibly contaminated our hospital water network during its construction in 1979. This hypothesis is supported by the fact that the ST395 strain had a specific genomic island carrying 6 copper transporter genes implicated in copper resistance, correlated with the resistance to this metal which water supply network is made of. The late isolates displayed independent genomic signatures of chronic adaptation in patients (altered LPS and porin OprD, and extinction of MexAB-oprM efflux pump overproduction). Some of these mutations were associated with a decreased in vitro fitness. We hypothesize that the independent emergence of isolates adapted to chronic infection, and thus the accumulation of epidemiological dead-ends, participated to the end of the hospital outbreak of P. aeruginosa ST395.

Etude anthropologique des représentations du corps (épidémie, mort, mal)<br /><br />Deux axes structurent ce travail : les « corps de la peste » elle-même comme identification à la mort et allégorie du mal ; les corps pestiférés figurés. L'étude s'attache à l'imaginaire du mal, de la mort et du sort, à la symbolique et à la réalité épidémiques. La peste a valeur d'un paradigme anthropologique en Occident, celui de la confrontation des populations au mal par le biais de l'épidémie, schème où se joue le vécu corporel, la confrontation à l'irréversible, la mort, l'autre / les autres, l'irrationnel et la faute : autant de figures de l'altérité. Les expressions de l'atteinte et des crises sociales liées aux épidémies, celle de la commensurabilité mal / maladie et de leurs correspondances forment un noyau invariant mais complexe de significations. Il atteste en nous alors que les pestes ont disparu en Occident une sorte de présence de l'inactuel, par la médiation du corps et la matérialité de la chair atteinte.

Bien que le VIH soit devenu une cause majeure de pauvreté et de décès sur le continent africain, la relation entre pauvreté et épidémie du VIH/Sida n'est pas aussi simple qu'elle ne le paraît. En effet, si à l'échelle mondiale les pays les plus touchés sont les pays pauvres, au niveau de l'Afrique Sub-saharienne, les pays les plus affectés sont les plus riches. Ces pays se trouvent également être ceux qui affichent les distributions de revenu les plus inégalitaires. Un autre fait saillant de la distribution de l'épidémie du VIH/Sida en Afrique Sub-saharienne est qu'elle est la région du monde avec la plus grande proportion des femmes infectées. Cette thèse s'intéresse à l'estimation de l'impact des inégalités de revenu et de genre dans la propagation de l'épidémie du VIH/Sida dans les pays d'Afrique au sud du Sahara. A l'aide d'un modèle de panel de données macroéconomiques de 42 pays d'Afrique Sub-saharienne sur la période 1997-2005, nous examinons le lien entre les inégalités de revenu et de genre d'une part et l'évolution de l'épidémie du VIH/Sida d'autre part en tenant compte des autres déterminants traditionnels de l'épidémie. Nos résultats montrent que l'inégalité de revenu favorise la diffusion de l'épidémie du VIH/Sida. Son impact est un impact spécifique qui ne transite pas par la pauvreté ; de plus la relation entre ces deux variables est significative et robuste à des spécifications alternatives du modèle et à une analyse dynamique. Quant à l'inégalité de genre, cette variable, appréhendée par trois indicateurs, joue un rôle important dans l'évolution de l'épidémie du VIH/Sida en Afrique Sub-saharienne. Plus précisément, il apparaît que c'est l'inégalité de genre en matière de revenu et de participation à l'activité économique qui favorise la propagation de l'épidémie au sein de la population jeune (15-24 ans), tandis que la variable de genre déterminante pour l'épidémie au sein de la population adulte dans son ensemble (15-49 ans) est l'inégalité de genre en matière d'éducation.

La surveillance des infections acquises en réanimation (IAR) représente un outil majeur dans la stratégie de lutte contre les infections nosocomiales. Nous avons enrichi la base de données de surveillance REA-RAISIN avec des données médico-administratives du PMSI afin de disposer d’informations sur l’hospitalisation complète et d’analyser des facteurs de risques supplémentaires. L’étude descriptive détaillée des 11 années de notre cohorte a permis de montrer des variations temporelles et les groupes les plus à risque. L’estimation de l’impact de ces IAR sur la mortalité et la durée de séjour nécessite des techniques statistiques multiples afin de prendre en compte les biais dont la durée d’apparition de l’IAR et le risque compétitif. Cet impact dépend du type d’IAR. La mortalité est très impactée par les bactériémies, peu par les pneumopathies et pas par les infections urinaires. L’augmentation de la durée de séjour est la plus importante pour les pneumopathies, suivie des infections urinaires et est modérée pour les bactériémies. L’étude du portage de S. aureus méticillino-résistant est parue insuffisante pour détecter des épidémies. / Monitoring the infection acquired in intensive care units (ICU-AI) is a strategic tool for the control of hospital-associated infections. We enhanced the national surveillance database REA-RAISIN with the local diagnosis-related group database. This allows us to have data on the whole hospitalization and assess additional risk factors. The assessment of the impact of these ICU-AI on mortality and length of stay needs appropriate and multiple statistical analysis to take in account various potential bias, including time-dependent bias and competitive risk. This impact is a function of the kind of IAR. Mortality is most affected by bacteremia, more lightly by pneumonia and stay equivalent for patients with or without urinary tract infections. On the other hand, excess of length of stay was the most important for patients with pneumonia and urinary tract infections but moderate for those with bacteremia.Finally, studying the carriage of methicillin-resistant S. aureus appeared insufficient to detect outbreaks and does not measure the risk associated with SASM carriage.

Cette thèse s'inscrit dans le cadre du projet ANR HOST (Hôpital : Optimisation, Simulation et évitement des Tensions) qui vise à étudier et résoudre le problème de tension aux urgences hospitalières. Le projet cherche premièrement à définir rigoureusement la notion de tension et puis d'utiliser des outils mathématiques pour proposer des solutions qui prennent en compte la complexité du système de santé. Malgré la récurrence des phénomènes de tension, ils sont limités dans le temps et sollicitent par conséquent des solutions à court terme. La difficulté de trouver des solutions efficaces est principalement due à l'incertitude et au dynamisme caractéristique du service des urgences. D'une année à une autre, l'intensité de l'épidémie, et donc le nombre de patients se présentant aux urgences peut varier drastiquement. De plus, pour un même nombre de patients, il est difficile d'estimer correctement la charge de travail qu'il représente. L'objectif de cette thèse est donc de proposer des solutions stratégiques, tactiques et opérationnelles de gestion des ressources en prenant en compte les aléas caractéristiques des urgences. D'un point de vue stratégique nous étudions la distribution optimale de la capacité de travail sur une période épidémique. Ensuite, nous traitons le problème de confection des postes de travail journalier en fonction de la dynamique de la demande. Nous étudions également la possibilité d'affecter des postes d'astreinte aux médecins pendant les périodes épidémiques. Finalement, nous traitons le problème d'affectation des heures supplémentaires aux ressources dans un contexte plus opérationnel. / In France, the problem of overcrowding in Emergency Departments (ED) is particularly relevant today because of increasing admissions and budget restrictions in health establishments. Formally, overcrowding can be defined as a situation where the demand surpasses the service capacity. Studies that have dealt with ED overcrowding have mostly dealt with issues of patient flow management and resource management.Our work focuses on resource management and more particularly on the impact that human resources have on ED overcrowding. In the first part of the study, we formulate the capacity allocation problem in a generic form. As such, we examine the capacity management problem and derive interesting properties for a general demand distribution and a normal demand distribution. Then, we examine the cyclic shift scheduling problem as it exists in ED. This research allows us to examine different cyclic scheduling strategies and answer the question of whether lack of flexibility in the schedules has an impact on the waiting time of patients. We propose an original stochastic linear formulation for the problem that accounts for the non-stationary work demand. After that we evaluate two scheduling mechanisms to reduce overcrowding in EDs: on-call duties and overtime hours. We study the conditions under which these mechanisms can be beneficial. The on-call duties problem is modeled as a two-stage stochastic optimization problem and the overtime management problem as a Markov decision problem.

Made available in DSpace on 2014-08-20T14:23:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Paulo_Sergio_Andrade_Quaresma_Dissertacao.pdf: 1347941 bytes, checksum: b2088fd232151eafe987eab6954df3c5 (MD5) Previous issue date: 2012-04-26 / Au long du temps, l'histoire de l'homme a été fortement marquée par des crises produites par l'incidence de maladies, principalement celles de nature infecto-contagieuse. Dans ce scénario, la variole, dont les registres démontrent qu'elle a provoqué le décès de milliers de personnes depuis l'anciennet é jusqu'à son extinction, dans la seconde moitié du siècle XX, en a le devant de la scène. Avant son éradication, cette maladie a été un problème social et politique, en intervenant dans le quotidien et dans les habitudes de la société. En consonance avec ces faits, la présente étude a l'objectif de retracer un profil historique de la ville du Rio Grande pendant l'épidémie de la variole, entre 1904 et 1905. Dans cette étude on fera l'analyse de l'état sanitaire, des attitudes individuelles et collectives de la population devant le phénomène morbo-infectieux et les stigmates associés à la maladie, à partir du regard des études faites par l'histoire sociale, l'histoire des maladies, de la démographie historique, de la presse et de la littérature. Pour atteindr e ces objectifs, des données quantitatives ont été recueillies dans les livres de décès et d'enterrements de l'Association de Charité de la Santa Casa du Rio Grande, et dans des nouvelles véhiculées par la presse locale de l'époque, puisées dans les archiv es de la Bibliothèque Rio-Grandense. Cette source d'informations aide dans la construction de graphiques et de tableaux, ouvrant à la construction de différentes conjectures et permettant la réalisation de commentaires divers. La dissertation est constituée par trois chapitres: le premier porte sur l'analyse de la présence des maladies au long de l'histoire des civilisations; le deuxième porte sur la structure sanitaire et les incidences d'épidémies au Brésil au long du siècle XIX et le début du siècle XX et le troisième fait une comparaison/rapprochement entre les données quantitatives rassemblées et les matières divulguées dans la presse locale / Ao longo do tempo, a história do homem esteve fortemente marcada por crises geradas em consequência da incidência de doenças, principalmente aquelas de natureza infectocontagiosa. Nesse cenário, tem destaque a varíola, cujos registros demonstram que causou a morte de milhares de pessoas, desde a antiguidade até a sua extinção na segunda metade do século XX. Antes da sua erradicação, essa doença foi um problema social e político, interferindo no cotidiano e nos hábitos da sociedade. Em consonância a esses fatos, o presente estudo tem como objetivo traçar um perfil histórico da cidade do Rio Grande durante a epidemia de varíola entre 1904 e 1905. Neste estudo, far-se-á análise do estado sanitário, das atitudes individuais e coletivas da população diante do morbo infeccioso e os estigmas associados à doença, a partir do olhar dos estudos preconizados pela história social, história das doenças, da demografia histórica, da imprensa e da literatura. Para alcançar esses objetivos, foram recolhidos dados quantitativos nos livros de óbitos e de sepultamentos da Associação de Caridade Santa Casa do Rio Grande e notícias veiculadas na imprensa local da época, junto ao acervo de jornais da Biblioteca Rio -Grandense. Esse manancial de informações auxilia na construção de gráficos e tabelas, abrindo, dessa forma, a possi bilidade de diferentes conjecturas e permitindo a realização de observações diversas. Esta dissertação é constituída por três capítulos: o primeiro analisa a presença das doenças ao longo da história das civilizações; o segundo foca a estrutura sanitária e as incidências de epidemias no Brasil ao longo século XIX e início do século XX; o terceiro faz um cotejo entre os dados quantitativos coletados e as matérias veiculadas na imprensa rio-grandina