Orientador: Lilian Castiglioni / Banca: Débora Aparecida Pires de Campos Zuccari / Banca: Fernando Rogério Pavan / Banca: Daisy Nakamura Sato / Banca: Margarete Gotardo de Almeida / Resumo: A tuberculose é considerada um problema prioritário de saúde pública. Há cada vez mais evidências de que, a variação das cepas de M. tuberculosis tem um papel importante no resultado da infecção por tuberculose. No presente estudo, além de descrever os aspectos sociodemográficos, clínico-epidemiológicos e bacteriológicos da tuberculose e relacionar com a distribuição de resistência aos fármacos antituberculose, também objetivou-se avaliar a diversidade dos genótipos de isolados de Mycobacterium tuberculosis utilizando as técnicas de Spoligotipyng (Spacer Oligonucleotide Typing) e MIRU-VNTR (Mycobacterial Interspersed Repetitive Units-variable-number tandem repeats). Com relação à resistência aos fármacos, as culturas de MT e os testes de sensibilidade mostram que cepas de pessoas que fizeram tratamento de TB anterior ou infectados pelo HIV apresentaram mais resistência os fármacos quando comparados aos que não apresentavam essas características (p<0,05). Os casos resistentes, em sua maioria, são de origem pulmonar e apresentam baciloscopia positiva. A análise molecular mostrou que das 377 amostras com perfis completos para 14 loci MIRU-VNTR, os loci 10, 16, 23, 26, 27, 31, 39 e 40 tiveram um alto poder discriminatório (0.6), os loci 2, ETRB e Mtub21 foram moderadamente discriminatórios (0.3) e loci 4, 20 e 24, baixo poder discriminatório (0.3). Dos 250 isolados de M. tuberculosis analisados por spoligotyping, 92 diferentes padrões foram observados e diferentes famílias foram identificadas: Haarlem (H), Latin American and Mediterraneam (LAM), T Family, undesignated (U), S lineage e X Family. Significativa variabilidade genética foi observada nos isolados de M. tuberculosis circulantes na região Noroeste Paulista quando analisados por spoligotyping e MIRU-VNTR / Abstract: Tuberculosis is considered a high priority public health problem. There is increasing evidence that the variation in Mycobacterium tuberculosis strains play an important role in the outcome of infections by tuberculosis. Apart from describing sociodemographic, clinical, epidemiological and bacteriological aspects of tuberculosis (TB) and correlating the distribution of resistance to antituberculosis drugs, one objective of this study was to evaluate the diversity of the genotypes of M. tuberculosis isolates using the Spoligotyping (spacer oligonucleotide typing) and MIRU-VNTR (Mycobacterial Interspersed Repetitive Units variable-number tandem repeats) techniques. With respect to drug resistance, cultures of M. tuberculosis and susceptibility tests showed that strains from people previously submitted to TB treatment or infected with HIV have more resistance to drugs compared to those without these characteristics (p <0.05 ). Resistant cases are mostly pulmonary M. tuberculosis, and have positive smear test results. Molecular analysis showed that of the 377 samples, 14 MIRU-VNTR loci had complete profiles; the 10, 16, 23, 26, 27, 31, 39 and 40 loci had high discriminatory power (0.6) the 2, ETRB and Mtub21 loci were moderately discriminatory (0.3) and 4, 20 and 24 loci had low discriminatory power (0.3). Ninety-two different patterns were observed in the 250 M. tuberculosis isolates analyzed by spoligotyping and different families were identified as Haarlem (H), Latin American and Mediterranean (LAM), T Family, undesignated (U), S lineage and X Family. Significant genetic variability was observed in M. tuberculosis isolates circulating in the northwestern region of Sao Paulo State when analyzed by spoligotyping and MIRU-VNTR / Doutor

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia e Biociências / Made available in DSpace on 2012-10-26T03:10:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 290960.pdf: 1513906 bytes, checksum: bc9577e279974bb51b5f0952e2edaa3b (MD5) / Florianópolis possui a segunda maior taxa de incidência de casos de AIDS entre as capitais brasileiras, mas pouco se sabe sobre a epidemiologia molecular do HIV-1 e a prevalência de resistência primária a drogas nesta cidade. Com o intuito de melhor entender a dinâmica da epidemia do HIV-1 na região metropolitana de Florianópolis foram analisadas as regiões genômicas do envelope, protease, transcriptase reversa e integrase do HIV-1 de 82 indivíduos soro-positivos e virgens de tratamento. A forma genética do HIV-1 mais freqüente foi o subtipo C (65,8%), seguido por cepas mosaico BC (18,3%), subtipo B (13,6%), subtipo F1 (1,2%) e uma forma recombinante BCF1 (1,2%). Uma associação estatisticamente significativa entre categorias de exposição e subtipos do HIV-1 foi observada no presente estudo. Mais de 75% das formas recombinantes BC e de sequências subtipo C pertenciam a sujeitos da categoria de exposição heterossexual, enquanto que 73% das sequências subtipo B eram provenientes da categoria HSH. Mutações de resistência a drogas foram observadas em 11% dos indivíduos estudados. O presente estudo confirma a alta prevalência de subtipo C e formas recombinantes BC no estado de Santa Catarina e revela uma diferença significante (?<0,05) na distribuição dos subtipos virais entre as diferentes categorias de exposição, bem como demonstra uma prevalência de mutações de resistência primária maior que a encontrada na maioria das cidades brasileiras.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2013-12-03T17:12:28Z No. of bitstreams: 1 Adriano Fernando. Diversidade molecular do vírus da imunodeficiência humana tipo 1 no Estado da Bahia.pdf: 1800707 bytes, checksum: fd3fd39de36c36138cbe968ca109c794 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-12-03T17:12:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Adriano Fernando. Diversidade molecular do vírus da imunodeficiência humana tipo 1 no Estado da Bahia.pdf: 1800707 bytes, checksum: fd3fd39de36c36138cbe968ca109c794 (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / A análise de sequências genômicas é uma forma poderosa para se estudar a diversidade do HIV-1 e sua expansão nas populações, além de ser crucial para dar suporte à vigilância epidemiológica e ao desenvolvimento de terapias e vacinas eficazes. Neste estudo foram geradas sequências dos genes gag e env do HIV-1 de 61 pacientes infectados em Salvador e do pol de 58 pacientes de Feira de Santana, Bahia, Brasil. A bioinformática foi utilizada para subtipar, genotipar as mutações de resistência, determinar a pressão seletiva e predizer o uso de coreceptor. Em Salvador, 92,6% das amostras foram do subtipo B e 7,4% foram recombinantes BF1. Em Feira de Santana, 67,2% foram do subtipo B, 6,9% F1, 1,7% C e 24,1% BF1. Onze (19,0%) destes isolados apresentaram mutações de resistência. Pacientes infectados pelo B tinham em média 0,4 mutações de resistência e nenhuma mutação deste tipo foi observada em BF1. Com base na caracterização da alça V3 do gene env em 43 amostras de Salvador, foram encontradas 18,2% de variantes brasileiras (B’-GWGR), 46,5% de GPGR e 34,9% de GXGX. O tempo médio de diagnóstico positivo foi de 13 anos para o subtipo B' e 9 anos para o subtipo B (GPGR + GXGX). Setenta e seis por cento destes vírus fazem uso do coreceptor CCR5, enquanto 24% foram classificados como capazes de usar o CXCR4. Encontramos uma associação entre o subtipo B’ e um maior tempo em anos de diagnóstico positivo para HIV-1. As prevalências de subtipo B' e de recombinante B/F1 em Salvador foram menores do que as encontradas em estudos anteriores na Bahia e no Brasil, por outro lado, em Feira de Santana foi encontrada uma alta prevalência de B/F1. / Genomic analysis of sequences is a powerful tool to perform studies in HIV-1 diversity and expansion in the populations and it is crucial to give support to epidemiological surveillance, new therapies and vaccines development. In this study, sequences were generated from gag and env genes from 61 HIV-1 infected patients sampled in Salvador and from pol gene in 58 infected patients sampled in Feira de Santana, Bahia, Brazil. Bioinformatic tools were used to subtype, genotype the resistance mutations, determine the selective pressure and to predict coreceptor use. In Salvador, 92.6% of the samples were subtype B and 7.4% were recombinant BF1. In Feira de Santana, 67.2% of the samples were subtype B, 6.9% were F1, 1.7% was C and 24,1% were recombinant BF1. Eleven (19.0%) of these isolates presented resistance mutations. HIV-1 subtype B infected individuals had, in average, 0.4 resistance mutations by sequence and no mutation was observed in BF1. With regard to V3 loop of gene env, it was found 18.2% of Brazilian variants (B'-GWGR), 46.5% of GPGR and 34.9% of GXGX. The env sequences showed through to negative pressure. The time, in average, since the diagnosis was 13 years among subtype B' and 9 years among subtype B isolates. Seventy-six percent of these viruses use the CCR5 coreceptor, while 24% were able to use CXCR4. We have found an association between subtype B’ and a longer period of time since the HIV positive diagnosis. The prevalence of B’ and B/F1 in Salvador were smaller than the found in previous studies in Bahia state and in Brazil, on the other hand, in Feira de Santana it was found a higher prevalence of B/F1.

Made available in DSpace on 2012-05-07T14:43:59Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 000007.pdf: 1680152 bytes, checksum: 709e25ec35951be347a85e578b3804c5 (MD5) Previous issue date: 2006 / O objetivo deste estudo foi caracterizar a estrutura genética de populações naturais de Ae. albopictus coletadas na Região Metropolitana do Recife, no Rio de Janeiro e Minas Gerais e avaliar o seu papel como possível vetor na transmissão do Dengue. Para a análise de variabilidade genética foram utilizados dois genes do DNA mitocondrial: citocromo c oxidase II (COII) e nicotinamida adenina dinucleotídeo desidrogenase subunidade 4 (ND4). Nesta análise utilizando a técnica de SSCP foi identificado um total de oito haplótipos para o gene COII em 252 amostras analisadas e onze haplótipos para o gene ND4 em um total de 273 amostras. Os resultados sobre a análise da variância molecular (AMOVA) para ambos os genes sugeriram que essas populações estão sob forte influência da deriva genética, pois foi identificada uma alta diferenciação genética entre essas populações. Os resultados mostraram que as populações provenientes do município de Moreno foram as mais polimórficas para os dois genes, pois identificamos nestas populações a maioria dos haplótipos encontrados. O município de Moreno é circundado por uma área de mata onde podem existir populações de Ae. albopictus com uma alta variabilidade genética. As populações do Rio de Janeiro e Minas Gerais foram consideradas idênticas, pois apresentaram os mesmos haplótipos para o gene ND4. A análise do DNA mitocondrial associado à técnica de SSCP, constitui uma ferramenta eficiente na caracterização da estrutura genética de populações naturais. Este marcador também poderá ser útil na epidemiologia molecular para traçar rotas de dispersão desta espécie e monitorar o impacto das intervenções dos programas de controle de uma maneira rápida e precisa. Com a finalidade de investigar o envolvimento deste culicídeo na transmissão do vírus dengue foram coletados espécimes de Ae. albopictus em áreas randômicas e em residências onde foram relatados casos com suspeita de Dengue. Estas amostras foram testadas por RT-PCR e isolamento viral em culturas de células C6/36. Dos 217 pools de Ae. aegypti e Ae. albopictus testados para a detecção do vírus Dengue na técnica de RTPCR, 10 pools foram positivos. Destes, 9 pools foram de Ae. aegypti e apenas um pool de Ae. albopictus proveniente do município de Moreno contendo 2 fêmeas coletadas na fase adulta

Made available in DSpace on 2016-03-01T13:50:53Z (GMT). No. of bitstreams: 2 fernanda_nogueira_ioc_mest_2013.pdf: 11902421 bytes, checksum: a1e7a08b66fce8b693a1ccced0215385 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-04-14 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Este estudo apresenta a fiogenia e caracterização molecular baseados na análise do gene do envelope (E) (1.485 nucleotídeos) dos DENV-1 (n=48) e na região codificante completa (10.176 nucleotídeos) de seis representantes dentre as 48 amostras analisadas, isolados durante as epidemias ocorridas desde a introdução do sorotipo em 1986 até 2011. Possíveis eventos de recombinação genômica também foram analisados. Os resultados baseados na análise do gene E demonstraram que os DENV-1 isolados dos estados do Rio de Janeiro, Espírito Santo, Minas Gerais, Mato Grosso do Sul, Alagoas, Ceará, Piauí e Rio Grande do Norte pertencem ao genótipo V (América/África), mas agrupam-se em clades distintos. Três grupos foram identificados, um datando entre 1986-2002 (linhagem 1a), um segundo grupo representado por vírus isolados entre 2009 e 2011 e uma cepa isolada representativa do ano de 2002 (linhagem 2) e um grupo de cepas isoladas em 2010 e 2011 (linhagem 1b). A linhagem 2 apresentou um alto suporte de bootstrap garantindo a sua separação das outras linhagens. As linhagens 1a e 1b, apesar de se agruparem em ramos distintos, foram caracterizadas no mesmo grupo, com bootstrap acima de 75%. Além disso, as linhagens 1a e 1b foram mais relacionadas com as cepas americanas e a linhagem 2 com as cepas asiáticas. As substituições de aminoácidos (aa) foram observadas nos ectodomínios I e III da proteína E e foram associadas à separação das linhagens Uma substituição em E297 diferenciou a linhagem 1a das linhagens 1b e 2. As alterações observadas em E338, E394 (ectodomínio III), E428 e E430 (região \201Cstem\201D) diferenciaram as linhagens 1a, 1b e 2. A análise da região codificante completa apresentou um elevado número de substituições de aa (n=82), distribuídas entre as seis cepas estudadas, no entanto a cepa representante da linhagem 2 apresentou aproximadamente 50% do total observado. Com exceção do gene C, todos os outros genes analisados (prM/M, E, NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B e NS5) permitiram a classificação genotípica dos DENV-1. Os genes NS3 e NS5 permitiram a separação das linhagens 1 e 2, no entanto, apenas o gene E e a região codificante completa foram capazes de distinguir as linhagens em 1a, 1b e 2. Nenhum evento recombinante foi detectado dentre as amostras do estudo quando comparadas com amostras de referência disponíveis do Genbank, porém uma cepa da linhagem 1a, isolada no estado do Rio de Janeiro em 1988 foi considerada mais relacionada com uma cepa possivelmente recombinante isolada no estado do Paraná no ano de 2001 (amostra de referência AF513110/BR/2001) / This study presents the phylogeny and molecular characterization based on envelope gene (E) analysis of DENV-1 (n=48) isolated during epidemics occurred since this serotype introduction in 1986 to 2011. From those strains, six were fully sequenced (coding region) and possible genomic recombination events were analyzed. The results of the phylogenetic analysis based on the E gene showed that DENV-1 isolates from the states of Rio de Janeiro, Espírito Santo, Minas Gerais, Mato Grosso do Sul, Alagoas, Ceará, Piauí and Rio Grande do Norte belong to genotype V (America/Africa), but grouping in distinct clades. Three groups were identified, one dating from 1986 to 2002 (lineage 1a), a second group isolated between 2009 and 2011 and a representative strain isolated in 2002 (lineage 2) and a group of strains isolated in 2010 and 2011 (lineage 1b). Lineage 2 has a high bootstrap support ensuring their separation from the other lineages. The lineages 1a and 1b, despite in distinct branches, were characterized in a same group supported by a bootstrap of 75%. Furthermore, the lineages 1a and 1b were more closely related to the American strains, while lineage 2 to the Asian strains. Amino acids (aa) substitutions were observed in the ectodomains I and III of the E protein and were associated to the lineages separation. A substitution on E297 differentiated the lineage 1a from the lineages 1b and 2. Changes observed in E338, E394 (ectodomain III), E428 and E430 (stem region) differentiated lineages 1a, 1b and 2. The complete coding region analysis showed a large number of specific aa changes (n=82) distributed among the six strains studied, however lineage 2 presented approximately 50% of the total detected. With the exception of the C gene, all the others genes analyzed allowed the DENV-1 classification into the distinct genotypes. However, only the E gene and the entire coding region were able to group those into the distinct lineages. No recombinant event was detected but a sample belonging to lineage 1a was closely related to the known recombinant strain AF513110/BR/2001

BEZERRA, Cristianne Sousa. Estudo molecular do vírus da hepatite C isolado de pacientes atendidos em hospital de referência em Fortaleza, Ceará. 2006. 135 f. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Médica) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2006. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2012-01-04T15:34:31Z No. of bitstreams: 1 2006_dis_csbezerra.pdf: 2324115 bytes, checksum: 8cad5d585499d64bf372a3d01d1f6561 (MD5) / Approved for entry into archive by Eliene Nascimento(elienegvn@hotmail.com) on 2012-02-02T16:16:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2006_dis_csbezerra.pdf: 2324115 bytes, checksum: 8cad5d585499d64bf372a3d01d1f6561 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-02-02T16:16:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2006_dis_csbezerra.pdf: 2324115 bytes, checksum: 8cad5d585499d64bf372a3d01d1f6561 (MD5) Previous issue date: 2006 / Hepatitis C virus is considered as the main causative agent of non-A non-B hepatitis and has been recognised as the major cause of chronic liver disease worldwide, since its discovery in 1989. It has a positive-sense RNA and belongs to the flavivirus family. The HCV shows considerable sequence variability and its variants can be divided into six main genotypes (numbered from 1 to 6) and several subtypes. The genotypes distribution varies from the geographic area and among risk groups. This study had the main aim to study HCV genotypes distribution in patients from a reference hospital in Fortaleza, Ceara. It was investigated a hundred and twenty patients with anti-HCV positive or clinical history suggesting virus infection. Viral RNA was extracted from patients serum and the virus molecular detection was made by PCR, using specific primers to the 5’ non-coding region of viral genome. Genotyping was based in a RFLP technique, using the restriction enzymes HaeIII, RsaI, MvaI and HinfI. Ninety six patients (80%) were positive in the qualitative test for HCV. The mean age of these patients was 44 years old. Surgery clinical history was the most frequent risk factor, followed by blood transfusion, sexual transmitted disease, drugs use, tattoos, dialysis, and occupacional exposure. The relation between qualitative test result and drug users showed statistical significance, with 96% of drugs users being positive for HCV. There was no significant difference in qualitative test result when we analysed blood transfusions done after or before the year 1993. Clinical symptoms and ALT levels also were not predictive of HCV positive result. Genotype 1 was the most prevalent in the studied population (46,9%), followed by genotype 3 (34,4%) and 2 (8,3%). There was also a molecular characterization of one patient with genotype 4 whereas nine samples were not HCV genotyped and were called as undetermined. The epidemiological characteristics such as age, gender, risk factors, ALT levels and clinical manifestations were related with viral genotypes. The HCV genotypes had a homogeneous distribution, in the majority of cases, among the different categories. A statistical significance was observed only when genotype 1 was related to HCV occupational exposure. Co-infections with more than one viral genotype were not observed. / O vírus da hepatite C é considerado como o principal agente causador de hepatite não-A, não-B e, desde sua descoberta em 1989, tem sido reconhecido como a principal causa de doença crônica do fígado em todo o mundo. O VHC possui um genoma de RNA de sentido positivo e é classificado como um flavivírus. O vírus apresenta considerável variabilidade em sua seqüência e as variantes do VHC podem ser divididas em seis genótipos principais (numerados de 1 a 6) e diversos subtipos. A distribuição dos genótipos varia tanto geograficamente, quanto entre os grupos de risco. Este estudo teve como objetivo analisar a distribuição dos genótipos do VHC entre pacientes atendidos em um hospital de referência em Fortaleza, Ceará. Cento e vinte pacientes com sorologia positiva para anti-VHC ou história clínica sugestiva de infecção pelo vírus foram estudados. O RNA viral foi extraído a partir do soro dos pacientes e a detecção molecular do vírus foi feita por PCR, utilizando iniciadores específicos para a região 5 (linha) não-codificadora do genoma viral. A genotipagem foi baseada em técnica de RFLP utilizando as enzimas de restrição HaeIII, RsaI, MvaI e HinfI. Noventa e seis pacientes (80%) foram positivos no teste qualitativo para VHC. A média de idade desses pacientes foi de 44 anos. História clínica de cirurgia foi o fator de risco mais presente, seguido por transfusão sangüínea, DST, uso de drogas, tatuagem, diálise e exposição ocupacional. A relação entre o resultado do teste qualitativo e o uso de drogas apresentou significância estatística, com 96% dos usuários de drogas positivos para VHC. Não houve diferença significativa no resultado do teste qualitativo quando transfusões sangüíneas feitas antes ou depois de 1993 foram analisadas. Manifestações clínicas ou índices de ALT alterados também não foram preditivos de positividade para VHC. O genótipo 1 foi o mais prevalente na população estudada (46,9%), seguido pelos genótipos 3 (34,4%) e 2 (8,3%). O genótipo 4 viral foi detectado em um paciente. Em nove amostras não foi possível a genotipagem do VHC. Esses casos foram denominados indeterminados. Características epidemiológicas como idade, sexo, fatores de risco, índices de ALT e manifestações clínicas foram relacionadas com os diversos genótipos virais. A distribuição dos genótipos virais entre as categorias estudadas ocorreu de forma homogênea na maioria dos casos. Foi observada significância estatística apenas na relação entre genótipo e exposição ocupacional ao VHC, com predominância do genótipo 1 neste grupo de risco. Não foram observadas co-infecções com mais de um genótipo viral.

MONTENEGRO, Raquel Carvalho. Estudo preliminar da expressão de marcadores moleculares no câncer de estômago ocorridos no estado do Ceará. 2009. 108 f. Dissertação (Mestrado em Farmacologia) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2003. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2012-05-09T16:18:53Z No. of bitstreams: 1 2003_dis_rcmontenegro.pdf: 1140375 bytes, checksum: c0183397faa708970aa142c09486765f (MD5) / Approved for entry into archive by Eliene Nascimento(elienegvn@hotmail.com) on 2012-05-14T16:00:23Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2003_dis_rcmontenegro.pdf: 1140375 bytes, checksum: c0183397faa708970aa142c09486765f (MD5) / Made available in DSpace on 2012-05-14T16:00:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2003_dis_rcmontenegro.pdf: 1140375 bytes, checksum: c0183397faa708970aa142c09486765f (MD5) Previous issue date: 2003 / In search for a better understanding of the biology of tumors, molecular markers related to proliferation, resistance and apoptosis have been intensively studied in the different types of cancer. These markers can help on the elucidation of more specific therapeutic targets for the treatment of various tumors. It was observed that stomach cancer is the second most frequent cause of death in the world. In Brazil, this tumor is among the five major causes of death by cancer and the adenocarcinomas are held responsible for about 95% of all cases. For that matter, the expression of KI-67, PCNA, p53, bcl-2 and c-myc were evaluated independently and in a combined form in stomach adenocarcinomas. Thus, KI-67 and PCNA were confronted in order to determine which one would pose as a better cellular proliferation marker. Finally, a DNA extraction tecnique using CTAB was implemented on tumor tissue as well as the molecular analysis of the p53 gene by SSCP. The positive results were compared with those obtained by the imonohistochemistry analysis. The tumors were collected in surgical procedure, processed and classified histopathologically. The markers were detected by the imunohistochemical method SABP. The DNA was extracted by the CTAB method and the exons 5, 7 and 8/9 of the p53 gene analyzed by SABP. Some of the samples were obtained from biopsy arquives. The age range of the patients was between 61 and 70 years, with 48,1% of the tumors presenting an intestinal origin, 40,7% were diffuse and the other 11,2% were mixed. According to the location, 50% of the tumors were found to be proximal. 41,1% of the tumors were found to be in a low stage (I – IIIA), 44,8% in a high stage (IIIB – IV) and 13,8% were not staged. The imunohistochemical results indicated that KI-67 is the best marker to estimate cellular proliferation in stomach adenocarcinomas. In an independent manner, the tumors showed an 89,3% positivity for KI-67, 62,5% for PCNA, 50% for p53, 60,7% for bcl-2 e 66,7% for c-myc. According to the staging, the difference was significant only to p53 (p = 0,02), with a 66,7% positivity to the tumors in low stage and 16,7% for the ones on a high stage. When evaluated in a combined form, the associations of KI-67+/p53- (p=0,012) (66,67%) and c-myc+/p53- (p=0,02) (63,64%) both for the high stage tumors, were found to be significant. The DNA extraction technique applied to the tumor tissue was found to be satisfactory. For the SSCP analyses, five patients had mutation on the exon 5 (3) and on the exon 7 (2). Based on that, we may conclude that KI-67 is the best marker to access the proliferation of the stomach adenocarcinomas and that there are two proliferation activation pathways: one being dependent and the other independent of the p53 gene. / Na busca de um melhor entendimento da biologia dos tumores, marcadores moleculares relacionados à proliferação, resistência e apoptose têm sido intensamente pesquisados nos diferentes tipos de câncer. Estes marcadores podem auxiliar no estudo de alvos terapêuticos mais específicos para cada tipo de tumor. O câncer de estômago é a segunda causa de óbito mais observado no mundo. No Brasil, este tumor está entre as cinco localizações primárias mais comuns de óbitos por câncer, sendo os adenocarcinomas responsáveis por 95% dos casos. Dessa forma, foi avaliada a expressão dos marcadores KI-67, PCNA, p53, bcl-2 e c-myc de forma independente e combinada em adenocarcinomas gástricos. Também foi avaliado qual dos marcadores, KI-67 ou PCNA, era mais indicado para acessar a proliferação celular. Além disso, foi implantada a técnica de extração de DNA de tecido tumoral com CTAB e análise molecular pelo SSCP do gene p53, sendo os resultados positivos comparados com os resultados da imunohistoquímica. Os tumores foram coletados em cirurgia, processados e classificados histopatologicamente. Os marcadores foram detectados pelo método de imunohistoquímica SABP. Foi realizada a extração de DNA pelo método do CTAB, sendo os éxons 5, 7 e 8/9 do gene p53 analisados por SSCP. Algumas amostras foram obtidas de arquivo de biopsia. A faixa etária dos pacientes encontrava-se entre 61 e 70 anos de idade, com 48,1% dos tumores do tipo intestinal, 40,7% difusos e 11,2% mistos e com 50% localizados no sítio proximal. Em relação ao estadiamento, 41,4% dos tumores apresentavam-se no grau baixo (I – IIIA), 44,8% no altorisco (IIIB – IV) e 13,8% sem estadiamento. De acordo com os achados imunohistoquímicos, os resultados sugerem que o marcador mais indicado para estimar a proliferação celular nos adenocarcinomas gástricos é o KI-67. De forma independente os tumores apresentaram positividade em 89,3% para KI-67, 62,5% para PCNA, 50% para p53, 60,7% para bcl-2 e 66,7% e para c-myc. De acordo com o estadiamento, a diferença foi significativa apenas para p53 (p = 0,02), com positividade de 66,7% nos tumores de baixo risco (I – IIIA) e 16,7% nos de altorisco. Quando avaliadas de forma combinada, as associações significativas foram entre KI-67+/p53- (p=0,012) nos tumores de alto risco (66,67%) e c-myc+/p53- (p=0,02) também nos tumores de altorisco (63,64%). A técnica aplicada para a extração do DNA do tecido tumoral foi satisfatória. Para o SSCP, cinco pacientes apresentaram mutação para o éxon 5 (3) e éxon 7 (2). Com isso, concluímos que o marcador mais indicado para acessar a proliferação é o KI-67 e que existem duas vias de ativação da proliferação nos adenocarcinomas gástricos: uma dependente de p53 e outra independente de p53.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências da Saúde. Programa de Pós-Graduação em Farmácia / Made available in DSpace on 2012-10-26T10:46:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 304535.pdf: 1884982 bytes, checksum: 62bbb5eae1d0cbbbe89e0d4a6a510edd (MD5) / Resumo: A Tuberculose (TB), doença infectocontagiosa causada pelo M. tuberculosis, é um grave problema de saúde pública, sendo responsável por cerca de 1,5 milhões de mortes/ano no mundo. Embora o Estado de Santa Catarina apresente uma das mais baixas taxas de incidência (27,6/100.000 habitantes) do país, alguns municípios, como Itajaí (77,3 casos novos/100.000 habitantes) apresentam taxas iguais e/ou superiores às do Brasil (43/100.000 habitantes) e de outros países, nos quais a situação é muito grave. Em relação ao controle da TB, o Estado de Santa Catarina conta com o Hospital Nereu Ramos (hospital de referência) e com o LACEN/SC (laboratório de referência). A oportunidade de associar informações diagnósticas rápidas e dados de epidemiologia molecular representa um avanço importante no controle da doença. Diante disso, este trabalho teve como objetivos avaliar, por meio da PCR (IS6110 e 16S rRNA), a inclusão de pérolas de vidro como modificação no protocolo de rotina utilizado no Laboratório de Biologia Molecular e Micobactérias/UFSC para tratamento das amostras de escarro; e estudar a epidemiologia molecular de cepas circulantes de M. tuberculosis no Estado de Santa Catarina pela metodologia Spoligotyping. De março/2010 a março/2011 foram obtidos 406 isolados clínicos, sendo que 120 amostras de escarro foram utilizadas para a avaliação do protocolo modificado para tratamento das amostras. A utilização das pérolas de vidro demonstrou um incremento na sensibilidade da PCR para detecção de M. tuberculosis, especialmente nas amostras paucibacilares. Entre os casos incluídos no estudo, 85% dos indivíduos residiam nas regiões do Vale do Itajaí, da Grande Florianópolis e do Nordeste Catarinense, sendo predominante os indivíduos brancos, adultos jovens, do sexo masculino, com baixa escolaridade, desempregados ou com baixa qualificação profissional. Cerca de 50% da população apresentou algum tipo de agravo associado, sendo 23,1% coinfectados com HIV, 37,6% etilistas e 35,2% dependentes químicos. Nas análises pelo Spoligotyping, observou-se grande variedade de genótipos circulantes, dos quais 13,3% ainda não haviam sido descritos no SpolDB4. A linhagem LAM foi a mais frequente (40,1%), seguida da T (23,4%), da Harleem (12,8%), da U (3,7%), da X (2,7%) e da S (1,7%), sendo as subfamílias LAM9 (20,0%), H3 (9,6%) e T2/T3 (8,4%) as mais frequentemente identificadas. Os perfis mais frequentes são similares com cepas circulantes em Portugal, Itália e outros países europeus, o que reflete a influência da colonização do Estado na população de cepas de M. tuberculosis. Algumas subfamílias e SITs (Spoligotyping International Types), encontrados em baixa frequência, ocorreram exclusivamente em certas regiões do Estado. A utilização do protocolo modificado para tratamento das amostras de escarro possibilitou uma melhora no diagnóstico molecular da TB realizado no Laboratório de Biologia Molecular e Micobactérias/UFSC em parceira com o Hospital Nereu Ramos e o LACEN/SC. Além disso, o estudo epidemiológico molecular forneceu, pela primeira vez, dados sobre a estrutura populacional de M. tuberculosis circulantes no Estado de Santa Catarina.

Made available in DSpace on 2015-09-17T15:26:18Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-05-08. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-17T15:45:53Z : No. of bitstreams: 1 000844405_20151231.pdf: 590060 bytes, checksum: cc5b0a59d26777dd45d62d9077d94ade (MD5) Bitstreams deleted on 2016-01-04T10:26:36Z: 000844405_20151231.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-01-04T10:28:28Z : No. of bitstreams: 1 000844405.pdf: 5414366 bytes, checksum: b02494fdb2d981c078e2a3d145e297dd (MD5) / A tuberculose é considerada um problema prioritário de saúde pública. Há cada vez mais evidências de que, a variação das cepas de M. tuberculosis tem um papel importante no resultado da infecção por tuberculose. No presente estudo, além de descrever os aspectos sociodemográficos, clínico-epidemiológicos e bacteriológicos da tuberculose e relacionar com a distribuição de resistência aos fármacos antituberculose, também objetivou-se avaliar a diversidade dos genótipos de isolados de Mycobacterium tuberculosis utilizando as técnicas de Spoligotipyng (Spacer Oligonucleotide Typing) e MIRU-VNTR (Mycobacterial Interspersed Repetitive Units-variable-number tandem repeats). Com relação à resistência aos fármacos, as culturas de MT e os testes de sensibilidade mostram que cepas de pessoas que fizeram tratamento de TB anterior ou infectados pelo HIV apresentaram mais resistência os fármacos quando comparados aos que não apresentavam essas características (p<0,05). Os casos resistentes, em sua maioria, são de origem pulmonar e apresentam baciloscopia positiva. A análise molecular mostrou que das 377 amostras com perfis completos para 14 loci MIRU-VNTR, os loci 10, 16, 23, 26, 27, 31, 39 e 40 tiveram um alto poder discriminatório (0.6), os loci 2, ETRB e Mtub21 foram moderadamente discriminatórios (0.3) e loci 4, 20 e 24, baixo poder discriminatório (0.3). Dos 250 isolados de M. tuberculosis analisados por spoligotyping, 92 diferentes padrões foram observados e diferentes famílias foram identificadas: Haarlem (H), Latin American and Mediterraneam (LAM), T Family, undesignated (U), S lineage e X Family. Significativa variabilidade genética foi observada nos isolados de M. tuberculosis circulantes na região Noroeste Paulista quando analisados por spoligotyping e MIRU-VNTR / Tuberculosis is considered a high priority public health problem. There is increasing evidence that the variation in Mycobacterium tuberculosis strains play an important role in the outcome of infections by tuberculosis. Apart from describing sociodemographic, clinical, epidemiological and bacteriological aspects of tuberculosis (TB) and correlating the distribution of resistance to antituberculosis drugs, one objective of this study was to evaluate the diversity of the genotypes of M. tuberculosis isolates using the Spoligotyping (spacer oligonucleotide typing) and MIRU-VNTR (Mycobacterial Interspersed Repetitive Units variable-number tandem repeats) techniques. With respect to drug resistance, cultures of M. tuberculosis and susceptibility tests showed that strains from people previously submitted to TB treatment or infected with HIV have more resistance to drugs compared to those without these characteristics (p <0.05 ). Resistant cases are mostly pulmonary M. tuberculosis, and have positive smear test results. Molecular analysis showed that of the 377 samples, 14 MIRU-VNTR loci had complete profiles; the 10, 16, 23, 26, 27, 31, 39 and 40 loci had high discriminatory power (0.6) the 2, ETRB and Mtub21 loci were moderately discriminatory (0.3) and 4, 20 and 24 loci had low discriminatory power (0.3). Ninety-two different patterns were observed in the 250 M. tuberculosis isolates analyzed by spoligotyping and different families were identified as Haarlem (H), Latin American and Mediterranean (LAM), T Family, undesignated (U), S lineage and X Family. Significant genetic variability was observed in M. tuberculosis isolates circulating in the northwestern region of Sao Paulo State when analyzed by spoligotyping and MIRU-VNTR

Submitted by ELOISE BRASIL DE MORAES null (eloise.moraes@hotmail.com) on 2016-09-27T17:52:40Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Mestrado Eloise Brasil de Moraes 27092016.pdf: 3256270 bytes, checksum: 552f07ca0be78ccc829982a34ef04bcf (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-09-29T14:30:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 moraes_eb_me_bot.pdf: 3256270 bytes, checksum: 552f07ca0be78ccc829982a34ef04bcf (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-29T14:30:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 moraes_eb_me_bot.pdf: 3256270 bytes, checksum: 552f07ca0be78ccc829982a34ef04bcf (MD5) Previous issue date: 2016-08-31 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Tuberculosis (TB) is a major cause of mortality, and Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis), the causative agent. The study of molecular epidemiology associated with classical epidemiology, provides an understanding of the spread of M. tuberculosis and ads in epidemiological investigation, determining outbreaks and risk factors for transmission in the population. This study aimed to provide a more accurate view of the molecular epidemiology and genetic diversity of M. tuberculosis by MIRU-VNTR technique and get a better understanding of the relevance of the epidemiological and clinical potential of RDRio genotype in municipalities in the state of São Paulo, investigating possible associations with clinical and epidemiological data. Besides this study investigate possible transmission between contacts of patients with TB. Heterogeneity was observed in both regions that were grouped independently in phylogenetic analysis. Nevertheless some specific isolated from both regions showed high genetic similarity. When investigated epidemiological data of these patients 30% were from prisons. This suggests a recent transmission process within the penitentiaries to the general community between these two regions. Although the clustering rate found to be low, we noted in cluster formation the presence again of patients sharing the same genetic profile in different penitentiaries suggesting once more a transmission between distinct prision units. Regarding RDRio deletion was found high statistical significance for the factors and alcohol use by age group, with conflicting data already published in the literature. The results generated interesting questions that should be addressed in the future. / A tuberculose (TB) é uma importante causa de mortalidade, sendo Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis) o agente etiológico. O estudo da epidemiologia molecular associada à epidemiologia clássica propicia a compreensão da disseminação de M. tuberculosis e auxilia na investigação epidemiológica, determinando surtos e fatores de risco para a transmissão na população. Este estudo teve como objetivo fornecer uma visão mais apurada sobre a epidemiologia molecular e a diversidade genética de M. tuberculosis pela técnica de MIRU-VNTR e também obter um melhor entendimento da relevância do potencial epidemiológico e clínico do genótipo RDRio em cepas de municípios do Estado de São Paulo investigando as possíveis associações com dados clínicos e epidemiológicos. Além de investigar uma possível transmissão entre contatos de pacientes com TB. Foi observada uma heterogeneidade nas duas regiões que se agruparam independentemente na análise filogenética. Apesar disso alguns isolados específicos das duas regiões apresentaram alta similaridade genética. Quando investigado dados epidemiológicos desses pacientes 30% deles eram provenientes de unidades prisionais. O que sugere um processo de transmissão recente de dentro das penitenciárias para a comunidade geral entre essas duas regiões. Apesar de a taxa de agrupamento encontrada ser baixa, observamos na formação de cluster a presença novamente de pacientes compartilhando mesmo perfil genético dentro de penitenciárias distintas, sugerindo ainda transmissão entre unidades prisionais diferentes. Com relação à deleção RDRio foi encontrado alta significância estatística para os fatores etilismo e por faixa etária, dados divergentes com os já publicados na literatura. Os resultados geraram perguntas interessantes que devem ser abordados em estudo futuros. / FAPESP: 2013/09538-3