<p>Keywords: Immanuel Kant (</p><p>narratives in European naturalism and political anatomy. Yet the concept surfaces in gender historical research on the period in foot notes and cursory remarks. This paper interrogates why epigenesis has been eradicated from the historical consciousness of today’s scholarship on gender politics. By honing in on the weirdness, a term borrowed from Lorraine Daston, in and of Immanuel Kant’s (1724-1804) theory on animal generation I show how an alertness it requires a re-evaluation of views on "political anatomy" taken-for-granted in scholarship, but also of Kant’s philosophy itself. The endeavour is divided into three main sections.</p><p>In the first, I situate the failure of Kant-scholars to, in the words of John H. Zammito, "stabilize" epigenesis by exploring the hitherto unacknowledged peculiarity of Kant’s use racial hybridity to ‘prove’ the theory. In the second, the analysis departs from the notion ‘modern sex difference’ and show that a reading of epigenesis requires a re-thinking of sexed bodily identity in terms of conflict and contradiction. The third section reads this strife in light of Kant’s experience of "astonishment", a cognitive mode, I argue, designed to resolve both physiological and ideological inconsistencies. The antinomy of sex differentiation is in a concluding section juxtaposed with Kant’s phrase "eloquent speechlessness" in which the gender practice activated in the writing of, about, and on epigenesis is compared to the structure informing moral philosophy’s definition of lies.</p>

The notion of the organism has a somewhat ambiguous status in Kant’s philosophy. On the one hand it belongs to natural science, on the other hand it is based on an analogy with the structure of reason. Biology therefore has a peculiar place among the sciences according to Kant: it is a natural science constituted by the use of a regulative maxim. The present study places Kant’s views on biological teleology in the larger context of transcendental idealism. It consists of five essays. The first one treats the notions of things in themselves and appearances, arguing for an interpretation in terms of two aspects or perspectives rather than two worlds. The importance of the discursivity of our cognitive capacity is stressed, as well as the need to separate Kant’s various reflective perspectives. In the second essay this interpretation is applied to the third section of the Groundwork, arguing that this text does not belong to theoretical metaphysics, but rather to the articulation of a specifically practical perspective. The third essay discusses similarities and differences between Kant’s a priori conditions for cognition and conceptions of innate ideas in the rationalist tradition. Kant’s comparison of the system of categories with the biological theory of epigenesis is considered in connection to eighteenth century theories of generation. The comparison is viewed as an analogy rather than as a naturalistic theory of the a priori. In the fourth essay Kant’s account of functional attribution in biology is explicated in the context of the present day debate of the issue. It is claimed that Kant’s neo-Aristotelian approach avoids some of the difficulties in the dominant naturalistic accounts of today. Kant’s view differs from the Aristotelian in that it involves a distinction of levels, making it possible to take functional attributions on the one hand as objective from the standpoint of biology but on the other hand as having a merely regulative status from a philosophical point of view. In the fifth essay an interpretation of the antinomy of teleological judgment in the Critique of Judgment is offered. The antinomy is taken to consist in the dialectical tendency to treat the regulative maxims of teleology and mechanism as constitutive principles. The difference between the discursivity of the human understanding and the idea of a non-discursive understanding, an important theme in Kant’s solution of the antinomy, puts the question of biological teleology in relation to central tenets of transcendental idealism.

Keywords: Immanuel Kant ( narratives in European naturalism and political anatomy. Yet the concept surfaces in gender historical research on the period in foot notes and cursory remarks. This paper interrogates why epigenesis has been eradicated from the historical consciousness of today’s scholarship on gender politics. By honing in on the weirdness, a term borrowed from Lorraine Daston, in and of Immanuel Kant’s (1724-1804) theory on animal generation I show how an alertness it requires a re-evaluation of views on "political anatomy" taken-for-granted in scholarship, but also of Kant’s philosophy itself. The endeavour is divided into three main sections. In the first, I situate the failure of Kant-scholars to, in the words of John H. Zammito, "stabilize" epigenesis by exploring the hitherto unacknowledged peculiarity of Kant’s use racial hybridity to ‘prove’ the theory. In the second, the analysis departs from the notion ‘modern sex difference’ and show that a reading of epigenesis requires a re-thinking of sexed bodily identity in terms of conflict and contradiction. The third section reads this strife in light of Kant’s experience of "astonishment", a cognitive mode, I argue, designed to resolve both physiological and ideological inconsistencies. The antinomy of sex differentiation is in a concluding section juxtaposed with Kant’s phrase "eloquent speechlessness" in which the gender practice activated in the writing of, about, and on epigenesis is compared to the structure informing moral philosophy’s definition of lies.

Several aspects of Drosophila telomere biology indicate that telomere protection can be regulated by an epigenetic mechanism. First, terminally deleted chromosomes can be stably inherited and do not induce damage responses such as apoptosis or cell cycle arrest. Second, the telomere protection proteins HP1 and HOAP localize normally to these chromosomes and protect them from fusions. Third, unprotected telomeres still contain HeT-A sequences at sites of fusions. Taken together these observations support a model in which an epigenetic mechanism mediated by DNA damage response proteins protects Drosophilatelomeres from fusion. Work presented in this thesis demonstrates that the Drosophila proteins ATM and Nbs are required for the regulation of DNA damage responses similar to their yeast and mammalian counterparts. This work also establishes a role for the ATM and ATR DNA damage response pathways in the protection of both normal and terminally deleted chromosomes. Mutations that disrupt both pathways result in a severe telomere fusion phenotype, similar to HP1 and HOAP mutants. Consistent with this phenotype, HOAP localization at atm,atr double mutant telomeres is completely eliminated. Furthermore, telomeric sequences are still present, even at the sites of fusions. These results support a model in which an epigenetic mechanism mediated by DNA damage response proteins protects Drosophila telomeres from fusion.

La méthylation des cytosines de l’ADN est un niveau de contrôle essentiel de la transcription génique. Elle joue un rôle primordial dans plusieurs étapes du développement comme l’inactivation du chromosome X et l’empreinte génomique. De plus, il est de plus en plus évident que la méthylation de l’ADN participe à la cancérogenèse.<p><p>Actuellement, le monde de la méthylation de l’ADN n’en est encore qu’à l'aube de son histoire. En effet, les mécanismes moléculaires la gouvernant sont encore peu connus. La méthylation de l’ADN est caractérisée par deux concept clés :le verrouillage de la transcription des gènes et le ciblage en des régions spécifiques du génome. Au cours de notre travail de thèse de doctorat, nous avons poursuivi les avancées réalisées dans ces deux domaines.<p><p>Dans un premier temps, nous nous sommes attachés à l’étude de la répression transcriptionnelle entraînée par la méthylation de l’ADN. Grâce à plusieurs études récentes, il paraît de plus en plus clair que la méthylation agit de paire avec la structure de la chromatine. Nous avons donc concentré nos recherches sur l’interconnexion de celle-ci avec deux machineries impliquées dans la régulation de son degré de compaction :la désacétylation et la méthylation des histones. Par diverses expérimentations, nous avons démontré un lien étroit entre ces machineries répressives pour l’imposition d’un état silencieux de la transcription.<p><p>Dans la deuxième partie de ce travail, nous avons dirigé notre attention sur le ciblage des Dnmt. Pour cela, nous avons mené deux stratégies de front. La première est une approche ciblée et consiste en l’étude de l’association des Dnmt avec l’oncoprotéine bien connue, Myc. La seconde approche est plus large. Grâce à l’utilisation de la technique du double hybride en levure, nous avons identifié de nouveaux partenaires des Dnmt, dont un qui pourrait s’avéré particulièrement intéressant :le protéine Cart1 (cartilage homeoproteine 1) impliquée dans le développement du système nerveux central.<p><p>En conclusion, notre travail de doctorat devrait permettre une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires de la méthylation de l’ADN ainsi que son implication dans les divers processus physiologiques mais aussi pathologiques auxquels elle participe.<p> / Doctorat en sciences biomédicales / info:eu-repo/semantics/nonPublished

La régulation transcriptionnelle des gènes constitue une étape clef de la biologie cellulaire. Parmi les mécanismes impliqués dans la répression génique, les modifications épigénétiques jouent un rôle fondamental. Deux machineries épigénétiques, la méthylation de l’ADN et les protéines du groupe Polycomb, établissent des profils moléculaires qui permettent de distinguer les formes active et inactive de la chromatine. L’établissement et la maintenance de la répression épigénétique des gènes interviennent dans de nombreux processus liés au développement tant biologiques (inactivation du chromosome X chez les mammifères femelles, empreinte génomique ou encore l’expression de gènes tissus-spécifiques) que pathologiques (cancers). <p><p>Au cours de notre thèse de doctorat, nous nous sommes attachés à l’étude des mécanismes par lesquels la méthylation de l’ADN est ciblée en des régions génomiques précises et participe à la répression de l’expression des gènes. La méthylation de l’ADN est catalysée par des enzymes, appelées méthyltransférases de l’ADN (DNMTs), qui transfèrent des résidus méthyls sur les cytosines. Cette modification chimique covalente constitue un niveau de contrôle transcriptionnel important :il existe une corrélation entre méthylation de l’ADN et répression de l’expression génique au niveau de sites génomiques spécifiques. En outre, il semble de plus en plus clair qu’une méthylation aberrante de l’ADN participe au processus de cancérogenèse. A l’heure actuelle, les mécanismes moléculaires par lesquels la méthylation contribue au développement, à la différenciation et à la répression génique restent peu connus. Les données de la littérature suggèrent l’existence d’un lien étroit entre la méthylation de l’ADN et la structure de la chromatine. Celle-ci est notamment régulée par des modifications post-traductionnelles des histones. Il apparaît de plus en plus évident que la méthylation de l’ADN et les modifications des histones prennent part à une «boucle de répression» assurant le maintien et la propagation d’états épigénétiques répressifs. L’étude des mécanismes de la répression médiée par les DNMTs s’avère donc étroitement liée à celle de la structure de la chromatine.<p><p>Dans ce contexte, notre travail de thèse est basé sur l’hypothèse selon laquelle les deux principaux systèmes épigénétiques, la méthylation de l’ADN et les protéines Polycomb, agiraient de concert. Les protéines Polycomb participent au système de mémoire cellulaire, régulent l’expression et la différenciation, agissent sous forme de complexes multimériques associés à la chromatine et interviennent dans le contrôle de la prolifération cellulaire. Au cours de notre travail, nous nous sommes particulièrement intéressé à la protéine Polycomb EZH2 (Enhancer of Zeste) parce qu’elle possède une activité méthyltransférase d’histone sur les 27 de l’histone H3, impliquée dans la répression transcriptionnelle. <p><p>Dans un premier temps, nous avons mis en évidence un lien mécanistique entre les deux machineries épigénétiques principales, méthylation de l’ADN et protéines du groupe Polycomb. Nous avons montré qu’EZH2 interagit in vivo avec les DNMTs et purifie une activité méthyltransférase de l’ADN in vitro. Des expériences d’immunoprécipitation de la chromatine indiquent que les DNMTs fixent les régions promotrices de gènes cibles de EZH2 et que cette liaison est dépendante de la présence d’EZH2. Par ailleurs, l’analyse des promoteurs cibles d’EZH2 par séquençage au bisulfite suggère qu’EZH2 semble également requise pour la méthylation de l’ADN de ces séquences. Nos résultats permettent l’ébauche d’un modèle où EZH2 agit comme une plateforme de recrutement pour les DNMTs (Viré et al. Nature 2006).<p><p>Dans la deuxième partie de notre travail, nous avons investigué le rôle de MeCP2 dans ce modèle. MeCP2 est une protéine à domaine MBD (methyl-binding domain) qui se fixe sélectivement aux cytosines méthylées. Le recrutement de MeCP2 représente un mécanisme majeur par lequel la méthylation de l’ADN réprime la transcription. Nos données montrent que MeCP2 interagit avec EZH2 in vitro et in vivo et que ces protéines fixent des régions promotrices communes. De plus, le niveau de méthylation des cytosines semble prérequis à la présence d’EZH2. Ce travail suggère que MeCP2 puisse recruter EZH2 à la chromatine et renforcer un état réprimé de la chromatine en agissant comme un pont entre deux modifications épigénétiques essentielles, la méthylation de l’ADN et les proteins Polycomb (Viré et al. soumis). <p>En conclusion, notre travail de doctorat devrait permettre un meilleure compréhension des mécanismes moléculaires de l’épigénétique et plus particulièrement de cerner comment la méthylation de l’ADN est intimement connectée au remodelage de la chromatine, participe à la répression transcriptionnelle, est spécifiquement ciblée au sein du génome et contribue au développement et à la cancérogenèse.<p><p> / Doctorat en Sciences biomédicales et pharmaceutiques / info:eu-repo/semantics/nonPublished

No

Extraintestinal pathogenic Escherichia coli (ExPEC) reside in the enteric tract as a commensal reservoir, but can transition to a pathogenic state by invading normally sterile niches, establishing infection and disseminating to invasive sites like the bloodstream. Macrophages are required for ExPEC dissemination, suggesting the pathogen has developed mechanisms to persist within professional phagocytes. Here, we report that FimX, an ExPEC-associated DNA invertase that regulates the major virulence factor type 1 pili (T1P), is also an epigenetic regulator of a LuxR-like response regulator HyxR. FimX regulated hyxR expression through bidirectional phase inversion of its promoter region at sites different from the type 1 pili promoter and independent of integration host factor (IHF). In vitro, transition from high to low HyxR expression produced enhanced tolerance of reactive nitrogen intermediates (RNIs), primarily through de-repression of hmpA, encoding a nitric oxide-detoxifying flavohaemoglobin. However, in the macrophage, HyxR produced large effects on intracellular survival in the presence and absence of RNI and independent of Hmp. Collectively, we have shown that the ability of ExPEC to survive in macrophages is contingent upon the proper transition from high to low HyxR expression through epigenetic regulatory control by FimX. / Dissertation

It is increasingly recognized by the scientific community that the field of epigenetics is a key step for a better understanding of human biology in both normal and pathological states. Its implication in cancer, and in particular in breast cancer, is now well accepted. Breast cancer, responsible for more than 450,000 deaths worldwide yearly, is a heterogenous disease at the histological and clinical levels as well as at the molecular level. Despite considerable efforts to develop new treatments and improve patient management, patients with a same “profile” of breast cancer can respond differently to therapies and have completely different clinical outcomes. There is therefore a critical need to improve our understanding of breast cancer biology and diversity, in order to find new markers that should provide a better management of patients and the development of new therapies. An increasing number of biologists, pathologists as well as clinicians are currently working towards these goals. During my PhD, we have conducted two studies in order to gain new insights into the contribution of epigenetics in breast cancer biology.<p>In the first study, by performing large genome-scale DNA methylation profiling of numerous breast tumors as well as of normal breast tissues, we first revealed the existence of six groups of breast tumors based on their DNA methylation profiles. Three of these groups showed a strong association with the basal-like, HER2 and luminal A breast cancer subtypes, previously identified by gene expression profiling. Interestingly, the three other groups were found to be a mixture of several gene expression-based subtypes, thus revealing the capacity of DNA methylation profiling to improve breast tumor taxonomy. Second, our study suggests that the establishment of DNA methylation patterns of breast tumors might help to determine their cell type of origin. Finally, we also showed that DNA methylation profiling can reflect the cell type composition of the tumor microenvironment and that a signature of T cell tumoral infiltration is associated with a good prognosis in particular categories of breast cancer patients. <p>In the second study, we revealed the clinical relevance of the KDM5 histone demethylases in breast cancer. The expression of these histone demethylases was deregulated in the analyzed breast tumors as well as in the pre-invasive samples as compared to normal breast samples. This suggests that KDM5 enzymes might be good markers for early diagnosis of breast cancer. Moreover, we showed a prognostic value of the KDM5C histone demethylase.<p>In conclusion, the above data should provide a better understanding of breast cancer biology and diversity, and this should bring new insights to improve breast cancer patient management.<p> / Doctorat en Sciences biomédicales et pharmaceutiques / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Parmi les rétrovirus tumorigènes, les rétrovirus appelés « complexes » dont font partie HTLV-1 chez l’homme et BLV chez le mouton, sont responsables de leucémies lymphoïdes chroniques caractérisées par des pathogenèses similaires. Bien que la contribution essentielle de la protéine Tax dans la leucémogenèse soit bien établie pour ces deux virus, il existe toujours une contreverse quant à l’expression des protéines virales -dont l’oncoprotéine Tax- dans les cellules transformées. Dans le cas de HTLV-1 et BLV, le virus est latent. Une hypothèse attrayante suggère que l’extinction complète du provirus accompagnée du blocage transcriptionnel de l’expression de Tax dans la cellule leucémique serait un élément indispensable au développement de la tumeur en réduisant son immunogénicité. Le silencing viral permettrait à la cellule infectée d’échapper à la reconnaissance par le système immunitaire de l’hôte. <p>Dans la première partie de notre travail, nous avons pu montrer, grâce à l’observation et le suivi de deux moutons infectés par BLV, que l’extinction virale était associée au développement tumoral. Alors que la phase asymptomatique est caractérisée par l’existence de différents clones cellulaires infectés et exprimant le virus, la phase tumorale est caractérisée par l’existence d’un seul clone cellulaire dans lequel l’expression virale est éteinte. Dans le cas du mouton S2531, nous avons mis en évidence que le silencing observé dans la phase tumorale est d’origine génétique. L’extinction de l’expression virale et la domination du clone muté au niveau de la protéine Tax (K303) sont associées à l’émergence de la leucémie et constituent une caractéristique de la phase tumorale. Le deuxième mouton étudié, S267, est caractérisé par la présence de cellules infectées non transformées et transformées au même moment. Par ailleurs, le mouton S267 est caractérisé par une absence de mutations ou délétions au niveau du provirus intégré dans les cellules tumorales. Dans la deuxième partie de notre travail, nous avons pu, grâce à l’établissement de la lignée L267 dans laquelle le silencing viral n’est pas lié à une défection dans la structure génomique du provirus, élucider les mécanismes épigénétiques responsables du silencing. Nous montrons que ce provirus silencieux peut être réactivé in vitro 1) lorsque la protéine Tax sauvage est introduite par transfert rétroviral, 2) après traitement des cellules par la trichostatine A (TSA), un inhibiteur des histones désacétylases, 3) par traitement des cellules à la 5’azacytidine, un agent inhibiteur de DNA méthyltransférases. La réactivation du provirus silencieux lui confère la capacité d’infecter des moutons sains, suggérant que le provirus est complet et exempt de mutation qui pourrait altérer son fonctionnement. Les complexes de désacétylation des histones msin3A et HDAC-1 jouent un rôle important dans l’établissement du silencing viral via la condensation de la chromatine, et ce changement de la structure chromatinienne est lié a un ensemble de modifications ciblant les acides aminés des queues N-terminales des histones H3 et H4 établissant ainsi un code histone pour l’extinction et l’expression du provirus. Enfin, l’étude comparative des profils d’expression génique de cellules B tumorales dans lesquelles le provirus BLV est soit silencieux, soit ré-activé suite à l’expression exogène de Tax a montré que les mécanismes épigénétiques de silencing se superposent même dans le modèle génétique de silencing. De plus le rétablissement de l’expression virale par Tax est associé à une élimination des complexes de désacétylation des histones au niveau du promoteur viral.<p>Nos résultats ouvrent le champ vers l’utilisation de modèle de leucémie ovine dans des essais thérapeutiques basés sur la combinaison du traitement par des inhibiteurs des HDACs et des DNMTs et une immunothérapie ciblant des antigènes tumoraux d’origine virale ou cellulaire. De telles expériences in vivo constitueront un modèle utile pour le traitement l’ATLL et de pathologies prolifératives touchant les cellules B chez l’homme.<p><p> / Doctorat en sciences biomédicales / info:eu-repo/semantics/nonPublished