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Asociación de variabilidad genética y fenótipica de Escherichia coli enteropatógena (EPEC) con cuadros de diarrea en niños menores de un año

Contreras García, Carmen Adriana January 2010 (has links)
Escherichia coli enteropatogéna (EPEC) se encuentra entre una de las principales causantes de diarrea en niños de países en vías de desarrollo, estas bacterias pueden ser calsificadas en típicas (tEPEC) y atípicas (aEPEC) dependiendo de la presencia o ausencia de un plásmido llamado EAF (E. coli adherence factor), respectivamente. El objetivo de este estudio fue describir la diversidad alélica de genes de virulencia de EPEC, el fenotipo, y su relación con las características clínicas. Se analizaron 120 cepas de EPEC aisladas de un estudio de cohorte en niños menores de un año en Lima. Utilizando la técnica de PCR-RFLP se caracterizaron los alelos de los genes eae (intimina), bfpA (proteína bundlina del bundle-forming pilus) y perA (plasmid encoded regulator). El fenotipo de EPEC fue evaluado mediante la precipitacion de proteínas secretadas (EspA, EspB, EspD y EspC), el ensayo de adherencia y el ensayo de polimerización de actina (FAS). Las cepas aEPEC (eae+, bfp-) fueron más comunes, tanto en casos de diarrea (54/74, 73%) como en controles (40/46, 87%). Del total de cepas evaluadas se encontraron 13 alelos del gen eae; los más frecuentes fueron: beta (34/120, 28%), theta (24/120, 20%), kappa (14/120, 12%) y mu (8/120, 7%). Se encontraron 5 alelos de bfpA; los más frecuentes fueron: beta1/7 (10/26), alpha (7/26) y beta5 (3/26). El alelo gamma del gen eae fue el más frecuente entre los episodios de diarrea de larga duración (> 7 días) que en los de menos duración (3/26, 12% vs. 0/48, 0%, p menor 0.05). Por otro lado, el alelo kappa del gen eae está relacionado con un puntaje cliníco más severos en comparación a otros alelos (p menor 0.05). De los cuatro patrones de adherencia encontrados LA (adherencia localizada); LAL (similar a la LA); DA (adherencia difusa) y IS/NA (bacterias aisladas/no adherencia), el patrón LA se encontró muy frecuente en las tEPEC (eae+, bfpA+) versus las aEPEC dentro de los casos de diarrea (6/8, 75% vs. 2/38, 5%, p menor 0.05), mientras el patrón IS/NA estuvo relacionado a las aEPEC versus las tEPEC en los casos de diarrea (26/38, 68% vs. 1/8, 13%, p menor 0.05). Se encontró que la polimerización de actina estuvo más relacionada a las tEPEC que a las cepas aEPEC en los casos de diarrea (6/8, 75% vs. 1/38, 3%, p menor 0.05). / Enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) strains are amongst the major causes of infantile diarrhea in developing countries and can be classified as typical (tEPEC) atypical (aEPEC), depending on the presence or absence of the E. coli adherence factor plasmid (pEAF), respectively. The aim of this study was to describe the allelic diversity of critical virulence EPEC genes, phenotype; and the association of these results with clinical characteristics. 120 EPEC strains isolated from a cohort diarrhea study in Peruvian children were characterized for the allele of eae (intimin), bfpA (bundling pilin protein of bundle-forming pilus) and perA (plasmid encoded regulator) genes by PCR-restriction fragment length polymorphism. The EPEC phenotype was evaluated using, the protein precipitation assay (EspA, EspB, EspD y EspC), the adherence and the actin polymerization assay (FAS). aEPEC strains (eae+, bfp-) were the most common pathotype in diarrhea (54/74, 73%) and control samples from children without diarrhea (40/46, 87%). Overall there were 13 eae alleles; the most common were beta (34/120, 28%), theta (24/120, 20%), kappa (14/120, 12%) and mu (8/120, 7%). There were 5 bfpA alleles; the most common were beta1/7 (10/26), alpha3 (7/26) and beta5 (3/26). There were 3 perA alleles: beta (8/16), alpha (7/16) and gamma (1/16). The gamma-intimin allele was more frequently found in diarrhea episodes of longer duration (>7 days) than shorter (3/26, 12% vs. 0/48, 0%, p less than 0.05). The kappa-intimin allele had the highest clinical severity score in comparison to other alleles (p less than 0.05). Of the four adherence patterns found: LA (localized adherence); LAL (LA-like); DA (diffuse adherence) and IS/NA (isolated strain/ not adherence); LA pattern was more related to tEPEC (eae+, bfpA+) than aEPEC in diarrhea cases (6/8, 75% vs. 2/38, 5%, p less than 0.05). The IS/NA pattern was related to aEPEC compared to tEPEC in diarrhea cases (26/38, 68% vs. 1/8, 13%, p less than 0.05). We found that the actin polimerization (P) was significantly associated to tEPEC in both, diarrhea (6/8, 75% vs. 1/38, 3%, p less than0.05).
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Caracterização de prováveis genes do sistema de secreção tipo III em Escherichia coli de adesão difusa

Lorenzoni, Márcio Mandelli 07 1900 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, 2009. / Submitted by Raquel Viana (tempestade_b@hotmail.com) on 2010-04-12T19:24:52Z No. of bitstreams: 1 2009_MarcioMandelliLorenzoni.pdf: 3831224 bytes, checksum: 3001c54fd129f0a73cc6293a06a30627 (MD5) / Approved for entry into archive by Daniel Ribeiro(daniel@bce.unb.br) on 2010-05-06T19:42:00Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_MarcioMandelliLorenzoni.pdf: 3831224 bytes, checksum: 3001c54fd129f0a73cc6293a06a30627 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-05-06T19:42:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_MarcioMandelliLorenzoni.pdf: 3831224 bytes, checksum: 3001c54fd129f0a73cc6293a06a30627 (MD5) Previous issue date: 2009-07 / As Escherichia coli de adesão difusa (DAEC) correspondem a um grupo heterogêneo e pouco caracterizado quando comparado aos demais patotipos de E. coli. O fato de algumas linhagens descritas serem patogênicas e outras não geram dúvidas sobre a classificação precisa deste grupo. Contribui para isso, o fato de ainda não existir qualquer marcador molecular específico para genes de virulência de DAEC. Alguns patógenos da mucosa intestinal fazem uso do Sistema de Secreção Tipo Três (TTSS) para a injeção de proteínas efetoras em células alvo. Neste trabalho, utilizando linhagens de DAEC isoladas de crianças diarréicas do DF, realizamos experimentos de PCR com iniciadores definidos a partir de genes do TTSS da linhagem E23468/69 de EPEC. Assim, foram sintetizados iniciadores dirigidos às seqüências rorf1, cesAB, escR, escT e sepQ. Análises de similaridade revelaram escores de até 100% entre alguns dos produtos obtidos e linhagens de EPEC, EHEC, STEC. Foi possível identificar o fragmento de DNA referente ao provável gene escR completo, bem como de seqüências de DNA extremamente conservadas da rorf1, cesAB, escT e sepQ. Os produtos das amplificações correspondentes aos prováveis genes do TTSS foram clonados, para a criação de um banco de seqüências, visando futuras análises. Devido ao êxito na detecção de alguns prováveis genes do TTSS em nossas amostras e, uma vez que a expressão de genes do TTSS ainda não foi relatada em DAEC, experimentos visando analisar a expressão desses prováveis genes foram realizados por meio de RT-PCR, empregando RNA isolado de linhagens de DAEC em culturas submetidas a condições de indução dos genes do TTSS. Tal abordagem nos permitiu demonstrar que houve transcrição dos prováveis genes escN, escR e escT, apesar dos resultados divergirem um pouco em relação às amostras e genes testados. Nossas análises indicaram claramente a presença e a expressão dos prováveis genes do TTSS em duas das amostras de DAEC analisadas. Estudos complementares deverão ser realizados a fim de avaliarmos a funcionalidade deste sistema de secreção e os resultados obtidos certamente contribuirão na elucidação dos mecanismos de virulência deste ainda controverso patotipo. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The diffusely adhering Escherichia coli (DAEC) is a heterogeneous group and less characterized when compared to other pathotypes of E. coli. The fact that some strains are pathogenic and others not, creates doubts about the exact classification of this group. Contributes to it, the lack of molecular markers corresponding to the virulence genes of DAEC. Some intestinal pathogens use the Type Three Secretion System (TTSS) to inject effector proteins into target cells. In this study, using strains of DAEC originated from diarrheic children of DF, we performed PCR experiments employing primers based on genes of the TTSS of EPEC strain E23468/69, directed to the sequences rorf1, cesAB, escR, escT and sepQ. DNA analyses revealed similarity scores of 100% between some of the products and EPEC, EHEC and STEC strains. It was possible to detect the presence of a DNA fragment corresponding to the complete escR gene, as well as highly conserved DNA sequences homologous to rorf1, cesAB, escT, and sepQ. The amplification products corresponding to the probable TTSS genes were cloned in order to create a database of sequences, to be submitted to further analyses. The success obtained in detecting probable TTSS genes in our samples and, since the expression of genes of the TTSS has not yet been reported in DAEC, experiments were performed in order to examine the expression of these candidate genes by means of RNA extraction and reverse transcription procedures of cultures grown under TTSS genes induction conditions. This approach allowed us to conclude that the escN, escR and escT genes were transcribed, although the results differ somewhat among the samples and genes tested. Our analyses clearly showed the presence and expression of TTSS genes in two samples of DAEC. Additional studies should be conducted to assess the functionality of this secretion system, and the results certainly help in elucidating the mechanisms of virulence of this still controversial pathotype.
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Asociación de variabilidad genética y fenótipica de Escherichia coli enteropatógena (EPEC) con cuadros de diarrea en niños menores de un año

Contreras García, Carmen Adriana January 2010 (has links)
Escherichia coli enteropatogéna (EPEC) se encuentra entre una de las principales causantes de diarrea en niños de países en vías de desarrollo, estas bacterias pueden ser calsificadas en típicas (tEPEC) y atípicas (aEPEC) dependiendo de la presencia o ausencia de un plásmido llamado EAF (E. coli adherence factor), respectivamente. El objetivo de este estudio fue describir la diversidad alélica de genes de virulencia de EPEC, el fenotipo, y su relación con las características clínicas. Se analizaron 120 cepas de EPEC aisladas de un estudio de cohorte en niños menores de un año en Lima. Utilizando la técnica de PCR-RFLP se caracterizaron los alelos de los genes eae (intimina), bfpA (proteína bundlina del bundle-forming pilus) y perA (plasmid encoded regulator). El fenotipo de EPEC fue evaluado mediante la precipitacion de proteínas secretadas (EspA, EspB, EspD y EspC), el ensayo de adherencia y el ensayo de polimerización de actina (FAS). Las cepas aEPEC (eae+, bfp-) fueron más comunes, tanto en casos de diarrea (54/74, 73%) como en controles (40/46, 87%). Del total de cepas evaluadas se encontraron 13 alelos del gen eae; los más frecuentes fueron: beta (34/120, 28%), theta (24/120, 20%), kappa (14/120, 12%) y mu (8/120, 7%). Se encontraron 5 alelos de bfpA; los más frecuentes fueron: beta1/7 (10/26), alpha (7/26) y beta5 (3/26). El alelo gamma del gen eae fue el más frecuente entre los episodios de diarrea de larga duración (> 7 días) que en los de menos duración (3/26, 12% vs. 0/48, 0%, p menor 0.05). Por otro lado, el alelo kappa del gen eae está relacionado con un puntaje cliníco más severos en comparación a otros alelos (p menor 0.05). De los cuatro patrones de adherencia encontrados LA (adherencia localizada); LAL (similar a la LA); DA (adherencia difusa) y IS/NA (bacterias aisladas/no adherencia), el patrón LA se encontró muy frecuente en las tEPEC (eae+, bfpA+) versus las aEPEC dentro de los casos de diarrea (6/8, 75% vs. 2/38, 5%, p menor 0.05), mientras el patrón IS/NA estuvo relacionado a las aEPEC versus las tEPEC en los casos de diarrea (26/38, 68% vs. 1/8, 13%, p menor 0.05). Se encontró que la polimerización de actina estuvo más relacionada a las tEPEC que a las cepas aEPEC en los casos de diarrea (6/8, 75% vs. 1/38, 3%, p menor 0.05). / Enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) strains are amongst the major causes of infantile diarrhea in developing countries and can be classified as typical (tEPEC) atypical (aEPEC), depending on the presence or absence of the E. coli adherence factor plasmid (pEAF), respectively. The aim of this study was to describe the allelic diversity of critical virulence EPEC genes, phenotype; and the association of these results with clinical characteristics. 120 EPEC strains isolated from a cohort diarrhea study in Peruvian children were characterized for the allele of eae (intimin), bfpA (bundling pilin protein of bundle-forming pilus) and perA (plasmid encoded regulator) genes by PCR-restriction fragment length polymorphism. The EPEC phenotype was evaluated using, the protein precipitation assay (EspA, EspB, EspD y EspC), the adherence and the actin polymerization assay (FAS). aEPEC strains (eae+, bfp-) were the most common pathotype in diarrhea (54/74, 73%) and control samples from children without diarrhea (40/46, 87%). Overall there were 13 eae alleles; the most common were beta (34/120, 28%), theta (24/120, 20%), kappa (14/120, 12%) and mu (8/120, 7%). There were 5 bfpA alleles; the most common were beta1/7 (10/26), alpha3 (7/26) and beta5 (3/26). There were 3 perA alleles: beta (8/16), alpha (7/16) and gamma (1/16). The gamma-intimin allele was more frequently found in diarrhea episodes of longer duration (>7 days) than shorter (3/26, 12% vs. 0/48, 0%, p less than 0.05). The kappa-intimin allele had the highest clinical severity score in comparison to other alleles (p less than 0.05). Of the four adherence patterns found: LA (localized adherence); LAL (LA-like); DA (diffuse adherence) and IS/NA (isolated strain/ not adherence); LA pattern was more related to tEPEC (eae+, bfpA+) than aEPEC in diarrhea cases (6/8, 75% vs. 2/38, 5%, p less than 0.05). The IS/NA pattern was related to aEPEC compared to tEPEC in diarrhea cases (26/38, 68% vs. 1/8, 13%, p less than 0.05). We found that the actin polimerization (P) was significantly associated to tEPEC in both, diarrhea (6/8, 75% vs. 1/38, 3%, p less than0.05). / Tesis
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Identificación de grupos filogenéticos de Escherichia coli aislado de crías de alpacas (Vicugna pacos) con diarrea

Sicha Romero, Francisco Josimar January 2016 (has links)
Identifica grupos filogenéticos de Escherichia coli aislados a partir de hisopados rectales de neonatos alpacas (Vicugna pacos) con diarrea. El muestreo se realiza con hisopos estériles y es transportado en medio Stuard, el aislamiento en agar Mc Conkey y la identificación por pruebas bioquímicas convencionales. E. coli es aislada de 119 muestras de un total 150 colectadas. La determinación de los grupos filogenéticos se realiza mediante la utilización del método de PCR triplex descrito por Clermont et al. (2000), para clasificar a E. coli en 4 grupos filogenéticos A, B1, B2 y D, basándose en 3 marcadores genéticos chuA, yjaA y TSPE4.C2. Determina que los grupos filogenéticos B1 y D tienen mayor frecuencia con 65.55% y 19.33 %, respectivamente; el grupo filogenético menos frecuente es el B2 con 1.68%. Cabe resaltar que esta es la primera investigación realizada en el Perú para agrupar cepas patógenas de E. coli basado en la agrupación filogenética.
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Expressão de uricase de Bacillus subtilis em Escherichia coli

Pfrimer, Pollyanna 15 February 2007 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2007. / Submitted by Thaíza da Silva Santos (thaiza28@hotmail.com) on 2009-12-15T19:46:20Z No. of bitstreams: 1 2007_PollyannaPfrimer.pdf: 1059709 bytes, checksum: 8164ee6bf9cb611160660a0168601a11 (MD5) / Approved for entry into archive by Lucila Saraiva(lucilasaraiva1@gmail.com) on 2010-01-18T22:07:47Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2007_PollyannaPfrimer.pdf: 1059709 bytes, checksum: 8164ee6bf9cb611160660a0168601a11 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-01-18T22:07:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007_PollyannaPfrimer.pdf: 1059709 bytes, checksum: 8164ee6bf9cb611160660a0168601a11 (MD5) Previous issue date: 2007-02-15 / A uricase, uma enzima que converte ácido úrico em alantoína, é comumente usada em kits comerciais de dosagem de ácido úrico. Com a finalidade de produzir esta enzima em grande escala por técnicas de Engenharia Genética, o gene da uricase de Bacillus subtilis subtilis foi clonado e expresso em Escherichia coli. Para tanto, foi feita uma PCR utilizando-se como template o DNA cromossomal de B. subtilis e primers específicos para amplificação do gene pucLM. O amplicon foi sub-clonado seguindo-se seqüenciamento para a confirmação da seqüência do gene e clonagem do gene pucLM no vetor de expressão pET21a. Esse vetor de expressão permite a fusão do gene da uricase com uma cauda de histidina His . O vetor resultante, pETURI, foi usado para 6x transformar as linhagens de E. coli BL21 DE3? pLysS, BL21 (DE3) C41, BL21 (DE3) C43, BL21 (DE3) PRILL e SURE, e a indução da expressão. Amostras da linhagem de E. coli BL21 DE3? pLysS foram selecionadas para o presente estudo. Essas células foram coletadas em diversos tempos de indução e analisadas por SDS-PAGE, que revelou a presença de uma proteína de indução de ~63 kDa. A espectrometria de massa foi utilizada para determinar a massa molecular da enzima recombinante, tendo detectado um íon com massa molecular de 58,67 kDa. Análises de Western Blot confirmaram a presença da cauda de histidina na proteína de indução e detectaram degradação da enzima recombinante na porção N-terminal. A purificação foi realizada em uma coluna de afinidade Ni-NTA. Ensaios enzimáticos detectaram uma proteína estável com pH ótimo 8,0, temperatura ótima entre 25ºC e 37ºC e atividade uricásica na fração eluída com atividade específica de 39 U/mg. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Uricase, an enzyme that converts uric acid into allantoin, is commonly used in commercial kits for uric acid detection. Aiming to produce this enzyme in industrial scale using Genetic Engineering techniques, the uricase gene of Bacillus subtilis subtilis was cloned and expressed in Escherichia coli. In order to achieve this, a PCR was performed using B. subtilis cromossomal DNA as template and specific primers to amplify the gene pucL. The amplicon was sub-cloned following sequencing to confirm the gene sequence and cloning of the gene pucL in vector of expression pET21a. This vector of expression permits the fusion of the uricase gene with a histidine tag His . The resulting vector, pETURI, was used to transform the strains of 6x E. coli BL21 DE3? pLysS, BL21 (DE3) C41, BL21 (DE3) C43, BL21 (DE3) PRILL, and SURE, and the expression was induced by adding IPTG to the culture media. Samples of E. coli BL21 DE3? pLysS strain were selected to be used in the present study. These cells were collected in several induction times and analyzed by SDS- PAGE, which revealed the presence of a ~63-kDa induction protein. Mass espectrometry was used to determine the molecular mass of the recombinant enzyme, having detected an ion with molecular mass of 58,67 kDa. Western Blot analyses confirmed the presence of the histidine tag in the induction protein and detected degradation of the recombinant enzyme in the N-terminal portion. Purification was carried out in Ni-NTA affinity column. Enzymatic essays detected a stable protein with optimum pH 8.0, optimum temperature ranging from 25ºC and 37ºC, and uricase activity in the eluding fraction with specific activity of 39 U/mg.
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Clonagem e expressão da fimbria K99 de Escherichia coli enterotoxigenica em uma linhagem atenuada 'delta' cya 'delta' crp de Salmonella typhimurium : analise da resposta serica em camundongos BALB/c

Mendonça, Sergio de 24 July 2018 (has links)
Orientador: Wanderley Dias da Silveira / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-24T22:45:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Mendonca_Sergiode_D.pdf: 5307853 bytes, checksum: de9b6f00c4099ec1ab0d2f50163feb4e (MD5) Previous issue date: 1999 / Doutorado / Genetica / Doutor em Ciências Biológicas
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Detección de genes de virulencia específicos y su correlación con la expresión fenotípica en cepas de Escherichia coli diarreogénicas aisladas en Lima-Perú

Roque Alcarraz, Mirtha January 2018 (has links)
Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Determina la correlación entre la presencia de genes de virulencia específicos y su expresión fenotípica en Escherichia coli diarreogénicas, mediante PCR múltiple usando una combinación de 6 pares de cebadores específicos para E.coli diarreogénicas y un medio selectivo nuevo diferencial para el aislamiento de E-coli STEC noO157, EPEC y ETEC. De 100 cepas analizadas, el 31 % correspondieron a E.coli EPEC atípicas, mientras el 5 % fueron típicas porque evidenciaron la presencia del gen eae, y genes eae + bfp respectivamente. De las cepas STEC el 32 % presentaron el gen Stx1, 4 % el gen Stx1 +eae y solo 2 % el gen Stx1+Stx2 y eae. En ETEC el 24 % poseían el gen est que codifica para la enterotoxina termoestable (ST) y 1% poseía los genes est y elt. Los ensayos para determinar la expresión fenotípica de Escherichia coli con genes de virulencia en medios de cultivo diferenciales de Posse nos permitieron identificar Escherichia coli STEC O26 (15%) que crecieron dando colonias purpura como consecuencia de fermentar sacarosa y sorbosa, O111 (14 %) y O103 (1 %) dieron colonias azul purpura por la fermentación de sacarosa y O114 (9 %) que no fermentan sorbosa, así como los serotipos EPEC (36 %) y ETEC (25 %) tampoco fermentaron sorbosa dando colonias rojas. Se determinó que no existe correlación entre la cepas STEC sorbosa negativas y la presencia de genes para la producción de toxinas Shx, así como la presencia de genes est y elt para la producción de enterotoxinas ST y LT en cepas ETEC demostrando que el método de la sorbosa puede ser un marcador fenotípico para la rutina en los laboratorios para la selección de estos patógenos en productos alimenticios, muestras clínicas humanas y de animales. / Tesis
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Diversidade genética, fatores de virulência e perfis de susceptibilidade a antimicrobianos de isolados de Escherichia coli provenientes do útero, da boca e das fezes de cadelas com piometra /

Agostinho, Juliana Maria Avanci. January 2013 (has links)
Orientador: José Moacir Marin / Banca: Janete Apparecida Desidério / Banca: Maria de Fátima Martins / Resumo: A piometra canina é uma enfermidade caracterizada pela inflamação do útero com acúmulo de exsudatos, acometendo principalmente fêmeas adultas. Ocorre na fase lútea do ciclo estral em decorrência de alterações hormonais e infecção bacteriana. É reconhecida como uma das principais causas de morte em cadelas e a Escherichia coli é o principal patógeno associado a esta doença. O objetivo deste estudo foi isolar e identificar cepas de E. coli provenientes de conteúdo intra uterino, boca e fezes de cadelas diagnosticadas com piometra, estudar a prevalência de genes codificadores de fatores de virulência uropatogênicos das cepas obtidas testando ainda a semelhança genética entre as cepas isoladas de conteúdo intra uterino e boca e avaliar a susceptibilidade "in vitro" das bactérias isoladas frente a 12 agentes antimicrobianos. Setenta cepas de E. coli, 25 provenientes do conteúdo intra uterino, 26 provenientes da boca e 19 provenientes das fezes, isoladas de 6 cadelas foram examinadas por PCR. Entre as cepas examinadas, 67 (95,7%) foram positivas para o gene fim, 19 (27,1%) foram positivas para iss, 18 (25,7%) foram positivas para hly , 13 (18,5%) foram positivas para iuc e 12 (17,1%) foram positivas para usp. Três animais apresentaram grande similaridade entre as cepas de E. coli isoladas do conteúdo intra uterino e da boca, através da análise da diversidade genética realizada mediante emprego da técnica REP-PCR, ERIC-PCR e BOX-PCR. Resistência antimicrobiana predominante foi detectada para cefalotina (67,1%), ampicilina (65,7%), tetraciclina (61,4%) e nitrofurantoina (58,5%) entre as cepas isoladas. Resistência a múltiplos antimicrobianos foi detectada em 12 (48,0%) dos isolados do conteúdo intra uterino, em 22 (84,6%) dos isolados da boca e em 14 (73,6%) dos isolados das fezes... / Abstract: Canine pyometra is a disease characterized by the inflammation of the uterus with accumulation of purulent discharge, affecting mainly adult animals. Occurs in the luteus phase of the estrus cycle in result of hormone alterations and generally is associated with bacterial infections. It is recognized as one of the main causes of disease and death in the bitch and Escherichia coli is the major pathogen associated with this disease. The aim of this study was to research, isolation and identification of Escherichia coli strains from intrauterine contents, mouth and feces of bitches diagnosed with pyometra, studying the prevalence of uropathogenic virulence factors genes in strains isolated, still testing the genetic similarity among strains isolated from intrauterine contents and mouth and evaluate the susceptibility "in vitro" of the isolated bacteria to 12 antimicrobial drugs. Seventy E. coli strains, 25 from intrauterine contents, 26 from mouth and 19 from feces isolated from six bitches were examined by PCR. Among the strains 67 (95.7%) were positive for fim, 19 (27.1%) were positive for iss, 18 (25.7%) were positive for hly, 13 (18.5%) were positive for iuc and 12 (17.1%) were positive for usp. Multiple antimicrobial resistance was detected for cephalothin (68.0%), nalidixic acid (56.0%) and ampicillin (56.0%) among the pyomera E. coli isolates. Multidrug resistance was found in 12 (48.0%) of the isolates from pyometra, in 22 (84.6%) of the isolates from mouth and in 14 (73.6%) of the isolates from feces... / Mestre
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Genótipos e filogenia de cepas de Escherichia coli uropatogênicas : detecção de padrões epidemiológicos

Lara, Flaviane Beatriz Marcelino 10 February 2017 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Biologia, Pós-Graduação em Biologia Microbiana, 2017. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2017-05-09T18:52:49Z No. of bitstreams: 1 2017_FlavianeBeatrizMarcelinoLara.pdf: 1346461 bytes, checksum: 01583701368e9d7b308ba6cc5d1928e1 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-05-16T19:46:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_FlavianeBeatrizMarcelinoLara.pdf: 1346461 bytes, checksum: 01583701368e9d7b308ba6cc5d1928e1 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-16T19:46:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_FlavianeBeatrizMarcelinoLara.pdf: 1346461 bytes, checksum: 01583701368e9d7b308ba6cc5d1928e1 (MD5) Previous issue date: 2017-05-16 / Escherichia coli uropatogênica (UPEC) é marcada pela sua versatilidade genética, sendo capaz de causar infecções em diferentes níveis do trato urinário bem como sepse urinária. Este estudo teve por objetivo estudar cepas de E. coli isoladas de casos de infecção do trato urinário (ITU) e sepse urinária (SU) atendidos no Hospital Regional de Ceilândia do Distrito Federal. A presença de 15 preditores genéticos de 3 patotipos de E. coli (UPEC, EAEC e MNEC) foi testada em 401 cepas. Análises filogenéticas baseadas na determinação de filogrupos e de tipos de sequências (sequence type – ST) foram realizadas. Os preditores moleculares de UPEC foram detectados em mais de 70% das cepas. Preditores moleculares de EAEC (aatA e aggR) foram detectados em apenas 2,4% (9/377) das cepas envolvendo dois casos de cistite e um de sepse urinária (SU). Marcadores de UPEC foram estatisticamente associados a diferentes aspectos epidemiológicos e analíticos da uropatogênese. Os marcadores fyuA (sistema sideróforo), chuA (sistema sideróforo), vat (toxina vacuolizante) e pic (mucinase) foram estatisticamente associados (p < 0,05) aos casos de infecção adquiridos na comunidade. Cepas positivas para csgA (fímbria curli), chuA (sistema sideróforo) ou ag43 (adesina de agregação) mostraram associação estatística com os casos de SU. Cepas positivas para pap (pilus associado a pielonefrite) foram associadas a piúria (p = 0,000) e a presença de muco nas amostras de urina (p = 0,003). Cepas com genótipo fyuA-pap-csgA (p = 0,020) ou pap-csgA-ag43 (p = 0,000) foram associadas a casos de SU e predominantes no filogrupo D. Análises filogenéticas mostraram que duas das três cepas híbridas EAEC/UPEC estudadas foram posicionadas em um clado característico de cepas de UPEC compartilhado por cepas de filogrupo D e ST3 (filogrupo D-ST3). A outra cepa EAEC/UPEC foi classificada como filogrupo A-ST478 e posicionada em um clado distinto juntamente com uma cepa comensal. Nossos resultados endossam a heterogeneidade genética de cepas uropatogênicas mostrando padrões moleculares especificos associados a casos de SU (cepas de filogrupo D e genótipo fyuA-pap-csgA ou pap-csgA-ag43), como também a participação de cepas híbridas EAEC/UPEC de linhagens extraintestinais (filogrupo D-ST3) e intestinais (filogrupo A-ST478) como uropatógenos. / Uropathogenic Escherichia coli (UPEC) is marked by its genetic diversity and is responsible for infections in different levels of the urinary tract as well as urinary sepsis. This work aimed to study E. coli strains isolated from cases of urinary tract infections (UTI) and urosepsis that were attended in the Hospital Regional de Ceilândia in the Brazilian Federal District. Four hundred one strains were tested for the presence of 15 genetic predictors of 3 E. coli pathotypes (UPEC, EAEC and MNEC). Phylogenetic analysis based on the determination of phylogroups and sequence type (ST) were carried out. UPEC genetic predictors were detected in more than 70% of the strains. EAEC molecular predictors (aatA and aggR) were detected in only 2.4% (9/377) of the strains that were recovered from two cases of UTI and from one case of US. UPEC markers were statistically associated with distinct epidemiologic and analytic aspects of the uropathogenesis. The markers fyuA (siderophore system), chuA (siderophore system), vat (vacuolating toxin) and pic (mucinase) were statistically associated (p < 0.05) with community-onset infections. Strains positive for csgA (curli fimbria), chuA (siderophore system) or ag43 (aggregation adhesin) were associated with urosepsis cases. pap-positive strains were associated with pyuria (p = 0.000) and the presence of mucous in urine samples (p = 0.003). Strains displaying the genotype fyuA-pap-csgA (p = 0,020) or pap-csgA-ag43 (p = 0.000) were associated with urosepsis cases and were predominant in phylogroup D. Phylogenetic analysis show that two of out three studied hybrid EAEC/UPEC strains were positioned on a characteristic clade of UPEC strains that was shared by strains with phylogroup D and ST3 (phylogroup D-ST3). Another EAEC/UPEC strain was classified as phylogroup A-ST478 and was positioned on a different clade along with a commensal strain. Our findings endorse the genetic heterogeneity displayed by uropathogenic strains showing specific molecular pattern associated with urosepsis cases (strains displaying phylogroup D and genotype fyuA-pap-csgA or pap-csgA-ag43) as well as the participation of hybrid EAEC/UPEC strains from both extraintestinal (phygroup D-ST3) and intestinal lineages as uropathogens.
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Identificación y genotipificación de Escherichia coli productor de toxina tipo shiga (STEC) presente en puestos de venta de carne de pollo en el distrito de San Juan de Miraflores

Lucas López, Juan Raúl, Lucas López, Juan Raúl January 2016 (has links)
Publicación a texto completo no autorizada por el autor / El documento digital no refiere un asesor / Identifica y genotipifica cepas de STEC aisladas en puestos de venta de carne de pollo en un distrito de Lima. Para ello, se tomó hisopados de la superficie de manos, tablas de picar y mesa de expendio de 50 puestos de venta de carne de pollo en el distrito de San Juan de Miraflores, se realizó el aislamiento microbiológico estándar, identificación molecular de los genes stx1, stx2 y eaeA mediante PCR y la subtipificación genética mediante electroforesis en campo pulsatil (PFGE). El 84% (42/50) y 66% (33/50) de los puestos de venta poseían al menos una de las superficies contaminadas con E. coli y STEC, respectivamente. El 42%(63/150) y 25.3%(38/150) de las muestras fueron positivas a E. coli y STEC, respectivamente. 43 de las 63 cepas de E. coli aisladas fueron patógenas por presentar al menos un gen evaluado. 38 cepas fueron STEC y presentaron los genes stx1 (19.1%;12/63), stx2 (14.3%;9/63) y las asociaciones: stx1 y stx2 (12.7%;8/63); stx1, stx2 y eaeA (6.3%;4/63); stx2 y eaeA (4.8%;3/63); y, stx1 y eaeA (3.2%;2/63). También se identificó E. colieaeA (7.9%;5/63). Veintitrés cepas de STEC fueron evaluadas mediante PFGE las cuales no mostraron ser cepas genéticamente idénticas, perose llegaron a establecer cinco clusters y nueve cepas poco relacionadas epidemiológicamente. Se observaron prácticas de higiene deficientes en el puesto de venta y durante el expendio. Se confirma que los puestos de venta de carne de pollo evaluados son una fuente de contaminación de STEC cuyas cepas difícilmente proceden de un origen común. Es presumible que la manipulación en el puesto de venta y el manejo en expendio favorezcan la contaminación de carne de pollo con STEC en nuestro medio, debiendo fortalecerse las medidas de control a este nivel para salvaguardar la salud pública del consumidor. / Tesis

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