Orientador: José Moacir Marin / Banca: Janete Apparecida Desidério / Banca: Maria de Fátima Martins / Resumo: A piometra canina é uma enfermidade caracterizada pela inflamação do útero com acúmulo de exsudatos, acometendo principalmente fêmeas adultas. Ocorre na fase lútea do ciclo estral em decorrência de alterações hormonais e infecção bacteriana. É reconhecida como uma das principais causas de morte em cadelas e a Escherichia coli é o principal patógeno associado a esta doença. O objetivo deste estudo foi isolar e identificar cepas de E. coli provenientes de conteúdo intra uterino, boca e fezes de cadelas diagnosticadas com piometra, estudar a prevalência de genes codificadores de fatores de virulência uropatogênicos das cepas obtidas testando ainda a semelhança genética entre as cepas isoladas de conteúdo intra uterino e boca e avaliar a susceptibilidade "in vitro" das bactérias isoladas frente a 12 agentes antimicrobianos. Setenta cepas de E. coli, 25 provenientes do conteúdo intra uterino, 26 provenientes da boca e 19 provenientes das fezes, isoladas de 6 cadelas foram examinadas por PCR. Entre as cepas examinadas, 67 (95,7%) foram positivas para o gene fim, 19 (27,1%) foram positivas para iss, 18 (25,7%) foram positivas para hly , 13 (18,5%) foram positivas para iuc e 12 (17,1%) foram positivas para usp. Três animais apresentaram grande similaridade entre as cepas de E. coli isoladas do conteúdo intra uterino e da boca, através da análise da diversidade genética realizada mediante emprego da técnica REP-PCR, ERIC-PCR e BOX-PCR. Resistência antimicrobiana predominante foi detectada para cefalotina (67,1%), ampicilina (65,7%), tetraciclina (61,4%) e nitrofurantoina (58,5%) entre as cepas isoladas. Resistência a múltiplos antimicrobianos foi detectada em 12 (48,0%) dos isolados do conteúdo intra uterino, em 22 (84,6%) dos isolados da boca e em 14 (73,6%) dos isolados das fezes... / Abstract: Canine pyometra is a disease characterized by the inflammation of the uterus with accumulation of purulent discharge, affecting mainly adult animals. Occurs in the luteus phase of the estrus cycle in result of hormone alterations and generally is associated with bacterial infections. It is recognized as one of the main causes of disease and death in the bitch and Escherichia coli is the major pathogen associated with this disease. The aim of this study was to research, isolation and identification of Escherichia coli strains from intrauterine contents, mouth and feces of bitches diagnosed with pyometra, studying the prevalence of uropathogenic virulence factors genes in strains isolated, still testing the genetic similarity among strains isolated from intrauterine contents and mouth and evaluate the susceptibility "in vitro" of the isolated bacteria to 12 antimicrobial drugs. Seventy E. coli strains, 25 from intrauterine contents, 26 from mouth and 19 from feces isolated from six bitches were examined by PCR. Among the strains 67 (95.7%) were positive for fim, 19 (27.1%) were positive for iss, 18 (25.7%) were positive for hly, 13 (18.5%) were positive for iuc and 12 (17.1%) were positive for usp. Multiple antimicrobial resistance was detected for cephalothin (68.0%), nalidixic acid (56.0%) and ampicillin (56.0%) among the pyomera E. coli isolates. Multidrug resistance was found in 12 (48.0%) of the isolates from pyometra, in 22 (84.6%) of the isolates from mouth and in 14 (73.6%) of the isolates from feces... / Mestre

Utiliza el enfoque Pan-Genómico de la vacunología reversa con el objetivo de obtener en E. coli un candidato vacunal recombinante representativo del pangenoma de Mannheimia haemolytica, que sea “prometedor” para brindar una protección heteróloga contra la pasteurelosis neumónica en alpacas, y poder así ser empleado en el desarrollo futuro de vacunas de tercera generación que ayuden a reducir y a controlar la enfermedad. / Tesis

Establece la variabilidad fenotípica y genotípica de linajes de Escherichia coli aisladas de heces provenientes de crías de alpacas con cuadros entéricos y clínicamente sanas en base a la detección de patrones de restricción utilizando el método de Electroforesis de campos pulsados (PFGE). El estudio de muestreo se realizó en una comunidad campesina del departamento de Huancavelica, donde se seleccionaron 160 crías de alpaca, 90 con cuadros diarreicos y 70 clínicamente sanas, con edades comprendidas entre el mes y los dos meses de edad, a las cuales se les colectó con hisopo estéril una muestra de heces para el aislamiento e identificación de Escherichia coli en el Laboratorio de Microbiología de la Facultad de Medicina Veterinaria de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, posteriormente se seleccionaron aleatoriamente 30 muestras de cada grupo para análisis de sensibilidad y resistencia antimicrobiana y para análisis de PFGE en el Laboratorio de Enteropatógenos y el Laboratorio de Biología Molecular del Instituto Nacional de Salud, donde se procedió a la identificación de clonalidad de las cepas con el fin de obtener un patrón genético de bandas, evidenciando diferencias genotípicas en el dendrograma, permitiendo determinar interrelaciones de las diferentes cepas de Escherichia coli. Con respecto a los resultados de resistencia antimicrobiana se observó que casi la totalidad de las cepas fueron sensibles a la mayoría de los antibióticos empleados, mostrando únicamente resistencia a la nitrofurantoína tanto en E. coli provenientes de crías de alpaca sanas como enfermas; y asimismo, se evidenció alta variabilidad en los patrones de PFGE entre los aislados de E. coli provenientes de crías de alpaca con cuadros diarreicos y las crías sanas, así como la evidencia de patrones de restricción idénticos entre crías sanas y enfermas, concluyendo la participación de Escherichia coli como parte de la flora normal de las alpacas, la alta variabilidad de cepas de E. coli provenientes de crías de alpacas y la alta resistencia a nitrofurantoína tanto en animales sanos como enfermos.

Estudia las cepas de Escherichia coli productoras de BLEE asociadas a la infección de tracto urinario ITUs en el área de Lima metropolitana. Determina la prevalencia y los perfiles de resistencia antimicrobiana. Caracteriza genéticamente las cepas de Escherichia coli uropatogénicas productoras de betalactamasas de espectro extendido causantes de infecciones urinarias comunitarias.

Escherichia coli es el bacilo Gram negativo aislado con mayor frecuencia en las infecciones del tracto urinario en pacientes ambulatorios y hospitalizados. La gravedad de la infección dependerá de los factores de virulencia que tenga y de los mecanismos de resistencia a los antimicrobianos como las betalactamasa de espectro extendido (BLEE) que confieren un perfil de multirresistencia. Se desconocen referencias del perfil de virulencia de las cepas causantes de infecciones del tracto urinario en nuestro medio. Realiza un estudio transversal, prospectivo y descriptivo. La investigación determina la frecuencia de los genes de las adhesinas fimH y afa en cepas de Escherichia coli productoras de BLEE aisladas de urocultivos. Así mismo, describe la resistencia acompañante de las cepas de Escherichia coli productora de BLEE, su distribución por procedencia y grupo etario. Se estudiaron un total de 75 aislados de Escherichia coli productoras de BLEE pertenecientes al cepario obtenido del proyecto TO-06/09 realizado en el INSN durante el periodo octubre - diciembre del 2012 almacenadas en el Instituto de Medicina Tropical “Daniel Alcides Carrión” de la Facultad de Medicina de la UNMSM. A todos los aislados se les realizó la detección genotípica de los genes fimH y afa a través de una PCR convencional. Encuentra que para el gen fimH, se obtuvo una frecuencia de positivos del 98,6 % (74/75), para el gen afa una frecuencia del 8 % (6/75). No se observó una posible asociación entre los factores de virulencia y la edad, ni procedencia. El gen fimH tampoco tuvo asociación con respecto al perfil de resistencia, pero el gen afa si mostró una posible asociación con un antibiótico aminoglucósido. Se halló una alta frecuencia para el gen fimH y una baja frecuencia para el gen afa. No se observó una posible asociación entre los factores de virulencia con las demás variables (edad, procedencia, perfil de resistencia) con excepción de afa y su relación significativa con amikacina. / Tesis

Orientador: Everlon Cid Rigobelo / Banca: Hélio José Montassier / Banca: José Carlos Rende / Resumo: O presente estudo foi realizado no período de janeiro de 2012 a janeiro de 2013 em fazendas leiteiras da região de Dracena, São Paulo. Durante o período, foram coletadas 800 amostras de fezes com suabes retais em vacas leiteiras. Essas amostras foram levadas para o Laboratório de Microbiologia do Campus Experimental de Dracena, onde foram isoladas e identificadas 561 amostras para Escherichia coli. Após o isolamento foram extraídos os DNAs de todas as amostras pelo método da fervura e por PCR o DNA foi amplificado para se detectar a presença dos genes de virulência de E. coli pertencentes ao grupo STEC, produtora de toxina tipo shiga em 446 amostras. De todas as cepas isoladas 90 eram portadoras do gene stx1, 97 do gene stx2, 45 do gene eae, 37 dos genes stx1 e stx2, 110 dos genes stx1 e eae e 67 dos genes stx2 e eae. Foram isoladas também 115 cepas que não eram portadoras de nenhum dos genes de virulência de STECs do estudo. Todos os isolados de E. coli portadores de cada gene de virulência foram avaliados quanto a resistência frente a 10 antimicrobianos. Os percentuais de resistências aos antimicrobianos foram maiores para a lincomicina, penicilina e novobiocina e menores para ampicilina, neomicina e tetraciclina. Foram identificados os sorogrupos, dos quais os mais frequentes entre os isolados portadores do gene de virulência stx1 foram o O119 e O114; do gene de virulência stx2 foram os sorogrupos O9 e O8; e do gene de virulência eae foram os sorogrupos O9, O8 e O127. Todos os isolados de E. coli apresentaram multirresistência e a maioria apresentou maior percentagem de multirresistência contra 2 a 3 e contra 10 antimicrobianos. Não foi verificado estatisticamente relação entre os padrões de virulência e os padrões de resistência aos antimicrobianos entre as amostras / Abstract: The present study was conducted between january 2012 to january 2013 on dairy farms of Dracena city region, São Paulo. During the period, 800 samples of faeces were collected with rectal suabs from dairy cattle cows. Those samples were taken to the laboratory of microbiology of Dracena Experimental Campus, where 561 samples were isolated and identified for Escherichia coli. After the DNA from the samples were extracted by the boiling method and with PCR the genetic material was amplified to detect the presence of virulence genes from STEC, shiga-like toxin producer E. coli, on 446 samples. Of those samples, 90 were carriers of the stx1 gene, 97 of the gene stx2, 45 of the gene eae, 37 of the genes stx1 and stx2, 110 of the genes stx1 and eae, 67 of the genes stx2 and eae. Also were isolated 115 samples that did not carry none of the virulence genes from STECs of the study. All the E. coli isolates of each virulence gene were evaluated for resistence to 10 antibiotics. The percentual of resistence were higher for lincomycin, penicillin and novobiocin and lower for ampicillin, neomycin and tetracycline. A serogroup test was made, of which the most frequent among isolates carrying the virulence gene stx1 were O119 and O114; of the gene stx2 were serogroups O8 and O9; and of the gene eae were the serogroups O9, O8 and O127. All the E. coli isolates presented multirresistence and most isolates presented more percentage of multirresistence against 2 to 3 and against 10 antibiotics. Was not verified statistically relationship between virulence patterns and patterns of antimicrobial resistance among the samples / Mestre

Orientador: Oswaldo Durival Rossi Junior / Banca: Karina Paes Bürguer / Banca: Luiz Augusto do Amaral / Banca: Maria Izabel Merino de Medeiros / Banca: Hinig Isa Godoy Vicente / Resumo: A Escherichia coli O157:H7 é um patógeno emergente, responsável por causar diversos surtos de doenças de origem alimentar no mundo, sendo a ingestão de carne bovina contaminada por conteúdo intestinal dos animais durante as etapas do abate, o principal modo de transmissão da bactéria. Diante do exposto e da escassez de dados sobre a ocorrência do microrganismo no Brasil, foi estudada a presença e a origem ou fonte de contaminação de E. coli O157:H7 e de outros sorotipos patogênicos nas etapas do fluxograma de abate, realizada a confirmação sorológica dos sorotipos e de alguns genes de virulência, a possível origem comum dos isolados no matadouro-frigorífico e na carne, e o comportamento frente à ação de antimicrobianos. Foram colhidas 349 amostras de 9 locais e a bactéria foi isolada pela metodologia convencional, utilizando o ágar CT-SMAC, sendo os isolados caracterizados pela PCR. A PFGE foi utilizada na análise do perfil genético de alguns isolados e 15 antimicrobianos foram utilizados no teste de susceptibilidade. Os resultados mostram a presença de E. coli O157:H7 em 12,0% dos animais e de E. coli não-O157 em 32% deles e em 9,52% das amostras de facas, com destaque para a E. coli O26 presente em 8,0% dos animais e nas facas, e a E. coli O113 em 2,0% dos animais. Foi observado STEC O157:H7 em 12,0% e EPEC O157:H7 em 6,0% dos animais, STEC O26 em 4,76% das facas, EPEC O26 em 8,0% dos animais e 4,76% das facas, e STEC O113 em 2,0% dos animais, sendo relatada pela primeira vez a presença de STEC O26 sorbitol-negativa. Alta porcentagem de similaridade e um clone de E. coli O157:H7 foram encontrados entre amostras de fezes e pele de animais provenientes da mesma fazenda, um clone de E. coli O26 na pele de três animais da mesma fazenda e alta porcentagem de similaridade do sorotipo entre isolados de pele... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Escherichia coli O157:H7 is an emergent pathogen responsible to cause several outbreaks of foodborne disease in the world, and the ingestion of the meat contaminated with animal intestinal contents in the slaughterhouse steps is the main way of the bacteria transmission. Given the above and the paucity of data about the microrganism's occurence in Brazil, the presence and the origin or the source of contamination of E. coli O157:H7 and others pathogenic serotypes, was studied in the flowchart steps of slaughtherhouse, performed serologic confirmation of serotypes and some virulence genes, a possible common origin of the isolates in the slaughterhouse and in the meat, and the behavior to the antimicrobial action. 349 samples were collected from nine locations and the bacterium was isolated by the conventional method using the CT-SMAC agar, and the isolates were characterized by PCR. PFGE was used to analyze the genetic profile of some isolates and 15 antimicrobial were used in the susceptibility test. The results show the presence of E. coli O157: H7 in 12.0% of animals and E. coli non-O157 in 32% of them, and in 9.52% of knives samples, especially E. coli O26 present in 8.0% of animals and knives, and E. coli O113 in 2.0% of animals. STEC O157:H7 was observed in 12.0% and EPEC O157:H7 in 6.0% of animals, STEC O26 in 4.76% knives, EPEC O26 in 8.0% of animals and 4.76% knives, and STEC O113 in 2.0% of animals, being first reported the presence of sorbitol-negative STEC O26. High percentage of similarity and a clone of E. coli O157:H7 were found between animal's skin and stool samples from the same farm, a clone of E. coli O26 in three animal's skin from the same farm and high percentage of serotype similarity between the isolates from skin, external carcass muscle and wastewater from washing carcass, and its presence... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Identifica genotípicamente los FV: Fimbria tipo 1, Fimbria P y α- Hemolisina en E. coli aisladas de urocultivos del Hospital Nacional San Bartolomé. Así mismo, determina la frecuencia de los genes fimH, papE/F y hlyA mediante la técnica de PCR (Reacción en Cadena de la Polimerasa) y describir la susceptibilidad antibiótica acompañante. Estudia un total de 269 aislados de E. coli en urocultivo durante el periodo de febrero y abril del 2015. A todos los aislados se les realizó la detección genotípica de los genes fimH, papE/F y hlyA a través de la técnica de PCR multiplex. Encuenta que de 269 aislados estudiados existe una frecuencia de 90% para el gen fimH, 33,5% para el gen papE/F y 18,2% para el hlyA. También se encuentra una relación entre FV y la susceptibilidad a algunos de los antibióticos evaluados; asi como diferencias significativas entre la susceptibilidad antibiótica de aislados ExPEC BLEE y no BLEE. Concluye en que existe una alta frecuencia del gen fimH, así como presencia de los genes papE/F y hlyA en los aislados de E. coli evidenciando el rol importante que cumple esta adhesina en las ITU. Existe relación entre FV y la susceptibilidad a algunos antibióticos evaluados. / Tesis

Orientador: Luiz Augusto do Amaral / Coorientador: Renato Pariz Maluta / Banca: Karina Paes Bürger / Banca: Maria Izabel Merino de Medeiros / Resumo: Os queijos elaborados a partir de leite cru são muito consumidos no Brasil. No entanto, sua elaboração realizada por pessoas não capacitadas pode resultar em sua contaminação por vários micro-organismos, incluindo Escherichia coli, afetando a qualidade microbiológica do queijo e representando risco potencial para a saúde dos consumidores. Assim, o objetivo deste trabalho foi avaliar as características fenotípicas e genotípicas de estirpes de Escherichia coli isoladas em amostras de queijos elaborados a partir de leite não pasteurizado em três cidades, para avaliar o possível risco potencial deste tipo de queijo para a população humana. Para tanto, 83 queijos foram coletados em cada um dos três diferentes municípios, Uberaba / Minas Gerais (30), Ribeirão Preto / São Paulo (22) e Aracajú / Sergipe (31) no ano de 2010. Os isolados foram cultivados em ágar EMB e, no ano de 2012, analisados o grupo filogenético por PCR, o sorogrupo O por aglutinação, a resistência antimicrobiana por difusão em disco, a presença de genes de resistência antimicrobiana por PCR, e campo pulsado por eletroforese em gel. O número de amostras positivas para E. coli foi maior na cidade de Aracaju (90,32%) e os isolados de E. coli da cidade de Uberaba demonstraram alta resistência antimicrobiana (92,30%). A maior parte dos isolados pertencia ao grupo filogenético A (54,4%) e B1 (44,3%). A resistência aos antimicrobianos foi moderada, sendo que a maior prevalência foi do município de Uberaba (56,7%). Houve isolados com genes de resistência a antimicrobianos, sendo que o gene tetB foi o gene mais comumente encontrado. Os sorotipos mais observados foram O4, O18 e O23, importantes como causadores de doenças extra intestinais, como meningite e infecção do trato urinário. Clones de E. coli foram encontrados em amostras de queijos na... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The cheeses made from raw milk is widely consumed in Brazil. However, preparation is performed by people not trained and can result in contamination by various micro-organisms, including Escherichia coli, affecting the microbiological quality of cheese and representing potential risk to consumer health. The objective of this study was to assess the phenotypic and genotypic characteristics of Escherichia coli strains isolated in samples of cheeses made from unpasteurized milk in three cities, to assess the possible risk potential of this type of cheese for the human population. For this, 83 cheeses were collected in each of three different municipalities, Uberaba / Minas Gerais (30), Ribeirão Preto / São Paulo (22) and Aracaju / Sergipe (31) in 2010. The isolates were cultured on agar and EMB, and in 2012, analyzed the phylogenetic group by PCR, serogroup by agglutination, antimicrobial resistance by disk diffusion, the presence of antimicrobial resistance genes by PCR and pulsed field by gel electrophoresis. The number of samples positive for E. coli was higher in the city of Aracaju (90.32%) and E. coli isolated from Uberaba demonstrated high antimicrobial resistance (92.30%). Most isolates belonging to the phylogenetic group A (54.4%) and B1 (44.3%). Antimicrobial resistance was moderate, and the highest prevalence was at Uberaba (56.7%). There were isolates with antimicrobial resistance genes, and the gene tetB was the gene most commonly found. The serotypes most frequently observed were O4, O18 and O23, important as disease causing extra bowel, such as meningitis and urinary tract infection. E. coli clones were found in samples of cheeses in the same city and in different cities and there was also a high genetic variability, indicating that this type of food can be contaminated at different points during the... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Submitted by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2016-10-19T12:25:32Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_BCM_AssmaaElKhal.pdf: 1644167 bytes, checksum: 7bb691d3e4aacbab44aea2489c898875 (MD5) / Approved for entry into archive by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2016-10-19T12:38:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertacao_BCM_AssmaaElKhal.pdf: 1644167 bytes, checksum: 7bb691d3e4aacbab44aea2489c898875 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-19T12:38:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao_BCM_AssmaaElKhal.pdf: 1644167 bytes, checksum: 7bb691d3e4aacbab44aea2489c898875 (MD5) / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas René Rachou. Belo Horizonte, MG, Brasil / O crescente surgimento de resistência bacteriana aos antibióticos convencionais é um grave problema que precisa ser enfrentado, seja pela descoberta de novas substâncias antimicrobianas, naturais ou sintéticas, ou através da pesquisa de terapias alternativas que sejam economicamente acessíveis. A terapia de fagos é uma dessas alternativas. Trata-se de uma forma de controle biológico, baseado em vírus específicos que infectam e destroem células bacterianas: os bacteriófagos. No entanto, esta é uma fonte terapêutica ainda pouco explorada. Esse trabalho utilizou o cultivo, isolamento e sequenciamento do genoma, além de técnicas de genômica de alto desempenho para isolar e caracterizar o genoma de bacteriófagos específicos para a linhagem enteroinvasiva de Escherichia coli ATCC 43893, visando o entendimento e a definição do ciclo de infecção desses vírus (líticos ou lisogênicos). A metodologia utilizada nessa pesquisa possibilitou o isolamento de 12 vírus. 8 diferentes linhagens virais tiveram seu material genético extraído e purificado, apresentando bom rendimento e quantidade reduzida de DNA bacteriano contaminante. O sequenciamento do genoma desses 8 vírus foi realizado usando a plataforma de nova geração MiSeq. Foi analisada a diversidade genética desses bacteriófagos e verificou-se que são vírus da ordem Caudovirales, sendo 2 da família Siphoviridae e 6 da família Myoviridae. Apenas um deles mostrou potencial de ter ciclo lisogênico, os outros sete vírus não continham nenhum gene que sugerisse isso. Entretanto, apesar dos bacteriófagos isolados não terem apresentado genes relacionados ao ciclo lisogênico, análises mais aprofundadas devem ser realizadas para comprovar que são realmente exclusivamente líticos, já que muitos não apresentam seu genoma completo e mais de 50% dos genes anotados não têm função definida. / serious problem that needs to be faced, either through the discovery of new antimicrobial substances, natural or synthetic, or by searching for alternative therapies that are affordable. The phage therapy is one of those alternatives. It is a form of biological control based on specific viruses that infect and kill bacterial cells: the bacteriophages. However, this therapeutic source is still poorly explored. This study used the cultivation, isolation and sequencing of the genome, as well as high-performance genomic techniques to isolate and characterize the genome of specific bacteriophages for enteroinvasive Escherichia coli ATCC 43893, for the understanding and the definition of the infection cycle (lytic or lysogenic) of these viruses. The methodology used in this study allowed the isolation of 12 viruses. 8 different viral strains had their genetic material extracted and purified, with good yield and reduced amount of contaminating bacterial DNA. The sequencing of the genome of these 8 viruses was conducted using the new generation MiSeq platform. The the genetical diversity of these bacteriophages was analyzed and it was found that the viruses belong to the Caudovirales order, which 2 belong to the Siphoviridae family and 6 to the Myoviridae family. Only one of them showed the potential to have lysogenic cycle, the other seven viruses contained no gene to suggest that. However, despite the isolated bacteriophages have not presented genes related to lysogenic cycle, further analysis should be conducted to demonstrate that they are really exclusively lytic, since many do not have their genome completed and more than 50% of the annotated genes have no defined function.