L’urbanisation est reconnue comme la cause principale de l’homogénéisation biotique à grande échelle. L’objectif de ce mémoire de maîtrise est de comprendre cette relation à une échelle locale dans une perspective d’assemblage des communautés. Des inventaires floristiques ont été effectués dans quatre microhabitats (haies, bases de mur, clôtures entretenues et non entretenues) et un mesohabitat (friches) répartis le long de trois niveaux locaux d’urbanisation dans les villes de Montréal et Québec. La richesse taxonomique et fonctionnelle ainsi que la diversité bêta taxonomique et fonctionnelle ont été comparées parmi les traitements (villes, niveaux locaux d’urbanisation, habitats). Nos résultats indiquent que l’urbanisation ne mène pas à l’homogénéisation régionale ou locale des communautés, et ce, dans la mesure où il n’y avait ni convergence dans la composition taxonomique entre les deux villes ni changement de diversité bêta le long du gradient d’urbanisation. Cependant, la ville la plus urbanisée (Montréal) présentait une diversité bêta inférieure à la ville la moins urbanisée (Québec), tandis que les habitats avec un niveau d’entretien faible étaient habituellement moins homogènes que les habitats avec un niveau d’entretien élevé. Finalement, nos résultats soulignent la nécessité d'établir des stratégies de conservation de la flore indigène dans les habitats semi-naturels en milieu urbain, puisque les espèces indigènes étaient fonctionnellement plus diversifiées entre les villes et au sein de celles-ci que l’étaient les espèces exotiques. / Urbanization is recognized as an important driver of broad scale biotic homogenization. This study aim is to understand this relation at local scale while integrating concepts of community assembly. Species plant composition was surveyed along three levels of local urbanization in four microhabitats (hedgerows, wall bases, maintained and unmaintained fences) and in one mesohabitat (wastelands) within Montréal and Québec cities. We compared species and functional richness as well as taxonomic and functional beta diversity among treatments (cities, local levels of urbanization, habitats). Our results did not support homogenization associated with urbanization at either large or local scales, as we did not find any convergence in plant composition between cities nor any change of beta diversity along the urbanization gradient within cities. However, the overall most urbanized city (Montréal) had lower beta diversity than the less urbanized one (Québec) while highly managed habitats were usually more homogeneous than the less managed ones. Finally, our results stress the need to establish conservation strategies of native flora in semi-natural habitats in urban areas since we demonstrated that native species in wastelands were functionally more diverse between cities than exotic species.

La hausse de l’urbanisation et la hausse d’introduction des espèces exotiques qui l’accompagne sont parmi les plus grands risques pour la biodiversité. Les espèces exotiques peuvent non seulement affecter la diversité alpha et réduire les populations d’espèces indigènes, mais également entrainer des changements de la biodiversité bêta. Toutefois, ces phénomènes sont complexes et la littérature sur le sujet présente des résultats variés. C’est pourquoi le but de cette recherche est d’étudier l’influence des espèces exotiques et envahissantes sur la diversité alpha et bêta de 61 boisés urbains de la grande région de Montréal. Nos résultats ont montré que les espèces envahissantes ont un effet plus grand que les espèces non envahissantes sur la diversité alpha. Elles sont toutes deux associées à une hausse de la richesse totale et de la diversité alpha. Toutefois, une hausse du couvert des espèces envahissantes est associée à une diminution de la richesse et du couvert des espèces indigènes. Nos résultats ont également montré qu’un grand couvert en espèces envahissantes provoque des changements significatifs de la diversité bêta en réduisant la différence entre les sites. À l’opposé, lorsque la richesse en espèces exotiques est grande, nous avons observé une différenciation en espèces indigènes qui serait expliquée par la diminution de leur richesse. Pour finir, nous avons constaté que les espèces exotiques et envahissantes sont associées à un changement significatif de la composition en espèces. Nos résultats suggèrent que les espèces exotiques, tout particulièrement les espèces envahissantes, sont associées à des changements importants de la diversité des boisés urbains. Toutefois, des études supplémentaires sont nécessaires pour confirmer si elles sont responsables de ces changements ou simplement le symptôme de perturbations sous-jacentes. / Urbanization and exotic species introduction associated with it are among the most important causes of the current biodiversity crisis. These disturbances are associated with a decrease in native species alpha diversity and with changes in beta diversity worldwide. However, those changes are complex, and studies on this subject show mixed results. Consequently, the impact of exotic species on native flora is still up for debate. In this context, we aimed to study the relationship between exotic and invasive species on the diversity of 61 forest patches in the Metropolitan region of Montreal. Our analysis showed that invasive species had slightly more impact on native diversity than non-invasive ones. However, the effects of invasive and non-invasive species were similar. They both added to the total richness, and their richness was associated with an increase of alpha diversity. They were also associated with a decrease in native species cover and the invasive species with a reduction of native richness. We also found that a high cover in exotic species, especially invasive ones induced homogenization in urban forest patches. However, at high richness, they tend to induce differentiation in native species beta diversity, caused by a decrease in native species richness. Finally, we found that exotic species induce significant changes to the species composition of the forest patches. Our results suggest that exotic species, especially invasive ones, are associated with significant changes in urban forest diversity. However, further research is needed to verify if they are direct actors in those changes or symptoms of underlying disturbances.

Titre de l'écran-titre (visionné le 27 novembre 2023) / Le 3 mars 2023, la Convention sur le commerce international des espèces de faune et de flore menacées d'extinction (CITES) fêtait son 50ᵉ anniversaire. Elle a été adoptée au début des années 1970, alors que se développaient les théories en matière de protection de l'environnement d'une part et de développement économique d'autre part. Malgré l'importance du commerce des espèces sauvages pour certains peuples autochtones et communautés locales, les préoccupations économiques n'ont pas été prises en compte dans l'élaboration du texte de la Convention. En effet, la CITES réglemente le commerce des espèces menacées d'extinction en les inscrivant à l'une de trois Annexes : les espèces inscrites à l'Annexe I ne peuvent pas être commercialisées pour des fins commerciales, alors que celles inscrites à l'Annexe II et à l'Annexe III peuvent l'être avec la présentation d'un permis. Ce mécanisme par annexe - et la réglementation par permis - fait écho aux conventions internationales portant sur la faune et la flore africaines qui avaient été adoptées au début du XXᵉ siècle par les anciens pays colonisateurs pour protéger les espèces dans les colonies. Dès la mise en œuvre de la Convention, les pays en développement se sont vus désavantagés. En effet, un nombre important d'espèces à haute valeur commerciale ont été inscrites à l'Annexe I, interdisant ainsi toute transaction commerciale. À la CoP1 (1976), les États parties se sont penchés sur des critères pour amender les Annexes, adoptant une approche prudente basée sur les données biologiques et commerciales. Malgré les tentatives de mettre en place des mesures de conciliation pour permettre le commerce de certaines espèces sous condition, le nombre d'espèces inscrites à l'Annexe I a continué d'augmenter, limitant ainsi les revenus que pouvaient tirer les peuples autochtones et les communautés locales du commerce de ces espèces. Avec l'avènement du développement durable au début des années 1990, les discussions aux Conférences des Parties ont porté sur l'utilisation durable et l'importance économique des espèces pour certains peuples autochtones et communautés locales. Ces discussions ont mené aux modifications des critères d'amendement des Annexes pour prendre en compte - en partie - le point de vue des pays en développement en matière de développement économique. Ces critères ont mené à un nombre moins important d'inscriptions à l'Annexe I, mais ont perpétué l'importance des données scientifiques et commerciales pour l'inscription d'une espèce, écartant ainsi toute prise en compte des répercussions économiques sur les peuples autochtones et les communautés locales. Compte tenu de ces désavantages économiques, plusieurs États ont tenté d'incorporer l'utilisation durable des espèces sauvages et les moyens d'existence des peuples autochtones et des communautés locales au sein des critères d'amendement des Annexes I et II de la CITES. Or, ces requêtes découlent entre autres du fait que la CITES ne prévoit pas de mécanisme de financement officiel pour aider les pays en développement à mettre en œuvre la Convention. En effet, bien que ce soit le Secrétariat qui gère les fonds reçus, les projets subventionnés dépendent de la volonté des donateurs - pays occidentaux et organisations non gouvernementales - qui accordent des fonds pour des projets spécifiques. Au cours des dernières années, ces fonds ont été alloués principalement à la lutte contre le commerce illégal. Aucune compensation n'a été versée aux peuples autochtones ou aux communautés locales pour la perte de revenus associés à une réglementation accrue du commerce des espèces sauvages ou pour leur permettre de développer de nouveaux moyens d'existence. Dans ce contexte, les dernières discussions à la CITES ont porté sur un mécanisme de participation pour les peuples autochtones et les communautés locales. Malgré les déclarations internationales sur l'importance de cette participation, les États parties à la CITES n'ont pas accepté de formaliser de processus, préférant s'en remettre aux mécanismes existants, c'est-à-dire la consultation nationale en amont des Conférences des Parties, l'inclusion de représentants des peuples autochtones et communautés locales au sein des délégations étatiques ou leur participation en tant qu'observateurs. Encore une fois, ces mécanismes ne sont pas à l'avantage des pays en développement, qui ne possèdent pas les ressources humaines et financières pour mener ce genre de consultation de grande envergure. De plus, des changements aux documents constitutifs de la CITES devraient être adoptés pour réellement permettre aux représentants de peuples autochtones et communautés locales de participer pleinement aux processus décisionnels de la CITES. Malgré ses décennies, la CITES est toujours une convention qui perpétue la vision occidentale en matière de conservation des espèces. Alors que plusieurs instruments internationaux adoptés dans les années 1990 ont incorporé des mécanismes financiers et de participation des peuples autochtones et des communautés locales, les États Parties à la CITES ont refusé - et continuent de refuser - de prendre en compte de manière officielle leurs préoccupations dans le processus d'inscription des espèces aux Annexes. Alors que le commerce illégal d'espèces sauvages est à son plus fort et que celles-ci continuent à décliner à vue d'œil - malgré l'adoption de mesures restrictives des dernières décennies, il est primordial d'impliquer les peuples autochtones et les communautés locales dans le processus décisionnel en matière de conservation et de réglementation du commerce international des espèces de faune et de flore menacées d'extinction. / On March 3, 2023, the Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Fauna and Flora (CITES) celebrated its 50ᵗʰ anniversary. It was adopted in the early 1970s at a time when theories of environmental protection on the one hand and economic development on the other were evolving. Despite the importance of wildlife trade to some indigenous peoples and local communities, economic concerns are not reflected in the text of the Convention. Indeed, CITES regulates trade in endangered species by listing them in one of three Appendices: species listed in Appendix I cannot be traded for commercial purposes, while those listed in Appendix II and III can be traded with the presentation of a permit. This appendix mechanism - and the regulation by permit - echoes the international conventions on African fauna and flora that were adopted in the early 20ᵗʰ century by former colonial countries to protect species in their colonies. Once the Convention was implemented, developing countries were at a disadvantage. Indeed, a significant number of species of high commercial value were listed in Appendix I, thus prohibiting any commercial transactions. At CoP1 (1976), State Parties discussed criteria for amending the Appendices, taking a cautious approach based on biological and trade data. Despite attempts to put in place conciliatory measures to allow trade in some species under conditions, the number of species listed in Appendix I continued to increase, limiting the income that indigenous peoples and local communities could earn from trade in these species. With the advent of sustainable development in the early 1990s, discussions at the Conferences of the Parties focused on the sustainable use and economic importance of species to some indigenous peoples and local communities. These amended criteria led to fewer listings in Appendix I but perpetuated the importance of scientific and commercial data for listing a species, thereby discounting any consideration of economic impacts on indigenous peoples and local communities. Considering these economic disadvantages, several States have attempted to incorporate the sustainable use of wildlife and the livelihoods of indigenous peoples and local communities into the criteria for amendment of Appendices I and II of CITES. These requests arise from the fact that CITES does not provide a formal financial mechanism. Although the Secretariat manages the funds received, the projects funded depend on the willingness of donors - Western countries and non-governmental organizations - to provide funds for specific projects. In recent years, these funds have been allocated mainly to the fight against illegal trade. No compensation has been paid to indigenous peoples or local communities for the implementation of the Convention or the loss of income associated with increased regulation of the wildlife trade or to enable them to develop new livelihoods. In this context, recent discussions at CITES have focused on a participatory mechanism for indigenous peoples and local communities. Despite international statements on the importance of this participation, CITES Parties have not agreed to formalize a process, preferring to rely on existing mechanisms, i.e., national consultation prior to Conferences of the Parties, inclusion of indigenous peoples' and local communities' representatives in state delegations or their participation as observers. Once again, these mechanisms are not to the advantage of developing countries, which do not have the human and financial resources to carry out this type of large-scale consultation or to include representatives in delegations. In addition, changes to the CITES governing documents should be adopted to truly enable representatives of indigenous peoples and local communities to fully participate in CITES decision-making processes. Despite its decades, CITES is still a convention that perpetuates the Western vision of species conservation. While many of the instruments adopted at the international level in the 1990s incorporated financial and participatory mechanisms for indigenous peoples and local communities, CITES Parties have refused - and continue to refuse - to take their concerns into account in the listing process. At a time when the illegal trade in wildlife is at its peak and species continue to decline dramatically - despite the adoption of restrictive measures over the past few decades - it is critical to involve indigenous peoples and local communities in the decision-making process for the conservation and regulation of international trade in endangered species of fauna and flora.

Ce travail de thèse porte sur le développement et la comparaison d'outils numériques pour la simulation d'écoulements compressibles réactifs turbulents. Les objectifs de cette étude sont doubles : il s'agit d'une part de tester l'approche de la Simulation des Grandes Échelles Implicite (MILES) et d'autre part de doter le laboratoire d'une plate-forme de simulation numérique performante, évolutive, robuste et précise. Pour cela, deux programmes d'approches et de portées différentes ont été élaborés.<br />Le premier code, basé sur des schémas aux différences finies compactes centrées d'ordre 6, très précis et non dissipatifs, permet la simulation numérique directe (DNS) d'écoulements 3D turbulents sans chocs, en géométrie cartésienne. Ce code n'introduit pas de dissipation numérique et sert de référence pour tester l'approche MILES.<br />Le second code s'appuie sur l'utilisation de méthodes récentes à capture de chocs : les schémas WENO. La formulation aux différences finies des schémas WENO d'ordre 3 à 11 est implémentée dans un code bidimensionnel. Le pouvoir de résolution des schémas WENO des différents ordres est évalué par analyse linéaire. Les problèmes spécifiques au cas multi-espèces sont mis en évidence et la positivité des fractions massiques est respectée grâce à la méthode de Larrouturou. Les différentes reconstructions ainsi que l'ordre du schéma sont évalués sur une série de cas test.<br />Les deux codes font l'objet d'une comparaison sur la simulation d'une flamme 1D laminaire de prémélange et d'un jet 2D turbulent réactif H2/air. Enfin, les potentialités du schéma WENO sont démontrées sur une onde de détonation puis sur une interaction réactive onde de choc/bulle d'hydrogène.

Les SIV infectant les chimpanzés et les gorilles sont les précurseurs des virus de l'immunodéficience humaine de type 1. Les quatre groupes du VIH-1 sont le résultat de quatre transmissions virales des grands singes à l'Homme. Des méthodes non invasives ont permis d'identifier le réservoir des VIH-1 M et N dans deux communautés de chimpanzés (Ptt) au Cameroun et de montrer que les gorilles (Ggg) sont infectés par un SIV proche des VIH-1 O et P. Si le SIVgor n'a jamais été détecté chez les chimpanzés, la phylogénie montre que les Ptt ont transmis ce virus aux gorilles. Par une méthode pluridisciplinaire, nous avons étudié les caractéristiques de l'infection SIVgor en milieu naturel. Nous avons prospecté 13 sites au Cameroun et 2 en RCA. Au total, 2120 fèces de gorilles et 442 de chimpanzés ont été collectées. L'infection SIVgor a été détectée dans 3 sites Camerounais et les prévalences varient entre 3,2% et 4,6%, résultats plus faibles que ceux retrouvés chez les chimpanzés. Nous avons ensuite montré que plusieurs groupes sociaux de Ggg dont les domaines vitaux se chevauchent sont infectés et que les prévalences SIV dans les groupes peuvent dépasser 25%. Les virus touchant les gorilles du même groupe sont génétiquement proches montrant des liens épidémiologiques. Enfin, un suivi de l'infection réalisé de 2004 à 2009 sur un site a permis de découvrir un foyer d'infection, 2 cas de séroconversions et de retrouver une femelle gorille infectée à 5 ans d'intervalle. Dans ce site, la prévalence SIV est stable et le nombre de femelles infectées est plus important que le nombre de mâles. La structure sociale des gorilles et leur comportement peuvent alors expliquer en partie la répartition et la prévalence du SIVgor, ainsi que les différences avec l'infection chez les chimpanzés.Cette étude multidisciplinaire montre la faisabilité du suivi de l'infection SIV chez les gorilles en milieu naturel. Si le SIVgor est pathogène, le suivi pourra s'avérer essentiel chez cette espèce menacée d'extinction. / SIV infecting chimpanzees and gorillas are the precursors of the Human Immunodeficiency Virus type 1. The four groups of HIV-1 are the results of four different viral transmissions from apes to humans. Using non invasive methods we discovered the reservoir of HIV-1 M and N in two communities of chimpanzees (Ptt) in Cameroon and found that Gorillas (Ggg) are infected by a SIV close to HIV-1 O and P. While SIVgor has not yet been detected in chimpanzees, phylogeny shows that Ptt transmitted this virus to Ggg. Using a multidisciplinary approach, we studied the characteristics of the infection in wild living gorillas. We prospected 13 sites in Cameroon and 3 in CAR. 2120 fecal samples of gorillas and 442 of chimpanzees were collected. SIVgor infection was detected in 3 sites in Cameroon and the prevalence ranges from 3.2% to 4.6%, lower than in chimpanzees. Several social groups of gorillas with overlapping home-ranges were infected and the prevalence within group could exceed 25%. Viruses of the same group are genetically close, showing epidemiologic links. In a follow up study between 2004 and 2009 on one site, we discovered a focus of infection with 2 cases of seroconvertion and we re-sampled one infected female 5 years after. In this site, the prevalence of SIVgor is stable and the number of infected females is higher than the males. The social structure of gorillas and their behavior can partly explain for the repartition and prevalence of SIVgor, as well as the differences with the infection in chimpanzees. This multidisciplinary study proves the feasibility of a follow up study in wild living gorillas. If SIVgor turns out to be pathogenic, a follow up will be essential for this endangered species.

Les spumavirus (SV) sont des rétrovirus exogènes de la sous-famille des Spumavirinae appartenant à la famille des Retroviridae. L’infection naturelle chez les primates non humains (PNH) est décrite dans la nature et en captivité, avec 75 à 100% de singes adultes infectés. Chez les PNH, la transmission des SV se fait à travers des morsures très graves. Par ailleurs, ces virus ont été isolés chez des travailleurs de zoo, exposés aux animaux infectés dans le cadre de leur travail. Récemment, des études ont aussi montré l’infection dans le milieu naturel chez des chasseurs au Cameroun. Cependant, aucune pathologie n’a jamais pu être associée à l’infection par ces virus. Au Gabon, les infections par des SV n’ont été que très peu étudiées. Les objectifs de cette thèse sont donc :1) D’évaluer au Gabon, la prévalence des SV dans la colonie de Mandrills en captivité au centre de primatologie (CDP) du CIRMF, ainsi que dans la nature chez un grand nombre d’espèces de primates non humains ;2) De caractériser sur le plan moléculaire les souches SV circulant au Gabon ;3) D’identifier chez des personnes mordues par un PNH des cas de transmission interespèces.Dans la première partie de ce travail, nous avons montré que 83% (70/84) des mandrills du CDP (38 males et 46 femelles) et 60% (9/15) des mandrills sauvages étaient infectés par le SV. L’infection augmentait avec l’âge et la différence entre les males et les femelles n’était pas significative (84% et 82%, respectivement). Un fragment de 425pb de l’integrase a été amplifié dans 60/69 et 53 nouvelles séquences ont été isolées. L’analyse phylogénétique a mis en évidence la circulation de 11 souches différentes dans la colonie, toutes étroitement liées sauf une. La confirmation de ces résultats à l’aide de séquences de virus chez des mandrills sauvages démontre l’existence de deux groupes de mandrills (nord et sud) localisés de part et d’autre du fleuve Ogooué. En plus, nous avons étudié 497 échantillons de plasma et tissus prélevés chez 13 espèces simiennes dans la nature. L’analyse sérologique a montré l’infection par SV chez 10.8% (31/286). Le fragment de l’integrase a été caractérisé dans 38/497 échantillons, avec la description de nouvelles infections naturelles chez les C. solatus, C. nictitans et C. cephus. Dans la deuxième partie, nous avons décrit l’infection chez 20% (4/20) des travailleurs du CDP. La caractérisation moléculaire a été faite chez deux d’entre eux: l’un a été mordu il y a 10 ans par un mandrill clairement identifié, et l’autre par un macaque 25 ans auparavant. En milieu naturel, nous avons testé 78 personnes mordues par un PNH. Au total, 19 personnes mordues (24%) étaient séropositives pour le SV. Sur ces 19 individus, 15 séquences virales ont été obtenues dont 12 de gorilles, 2 de chimpanzés et une de cercopithèque. Ces résultats montrent que les PNH du Gabon sont infectés par les SV et que la transmission inter espèces des SV intervient chez des personnes mordues par ces animaux. / Foamy viruses are members of the Spumavirus genus of the Retroviridae family. These complex exogenous retroviruses are highly prevalent in several animal species, including nonhuman primates (NHP). The seroprevalence of antibodies to Simian foamy virus (SFVs) in captive adult NHP populations can reach 75-100%. SFV infection has been reported in people occupationally exposed to nonhuman primates in zoos. Recently, naturally acquired SFV infections were described in a group of hunters living in Cameroon, central Africa.In Gabon, foamy viruses are less studied. In our study, we evaluated the natural history of SFV in a free-ranging colony of mandrills (CIRMF primate center) and in mandrills living in natura in Gabon (central Africa). We also determined the SFV prevalence in a series of 497 NHP living in different parts of Gabon. Lastly, we investigated the possible transmission of SFVs to humans.First, SFV infection was determined by specific serological (Western blot) and molecular (nested PCR of the integrase region in the polymerase gene) assays. Seropositivity for SFV was found in 70/84 (83%) captive and 9/15 (60%) wild-caught mandrills. The 425-bp SFV integrase fragment was detected in peripheral blood DNA from 53 captive and 8 wild-caught mandrills.Sequence and phylogenetic studies demonstrated the presence of two distinct strains of mandrill SFV, one clade including SFVs from mandrills living in the northern part of Gabon and the second consisting of SFV from animals living in the south. Among the NHP, 10.8% (31/286) of the plasma/sera were SFV seropositive. Integrase gene was characterized in 38 samples with novel SFVs in several species of Cercopithecus.Second, the presence of SFV was also evaluated in 20 people who worked closely with mandrills and other NHP. Integrase region of 425 bp was found in 2/20 (10%) humans. One man who had been bitten 10 years earlier by a mandrill and another bitten 22 years earlier by a macaque were found to be SFV-infected, both at the Primate Centre. Comparative sequence analysis of the virus from the first man and from the mandrill showed nearly identical sequences, indicating genetic stability of SFV over time. The second man had a sequence close to SFVmac sequences. Of the 78 people, mostly hunters, who had been bitten or scratched by NHPs, 19 were SFV seropositive, with 15 cases confirmed by PCR. All but one were infected with ape SFV. We thus found novel SFV strains in NHPs in Gabon and high interspecies transmission of SFVs from gorilla bites.

La mucoviscidose est une maladie génétique autosomique causée par une mutation dans le gène CFTR (Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator). Mon travail s’est décomposé en deux parties principales : d’une part j’ai réalisé une revue de la littérature sur l’analyse des génomes bactériens isolés de patients mucoviscidosiques comparativement aux génomes des mêmes espèces isolées dans d’autrescontextes et d’autre part j’ai analysé les génomes de trois espèces bactériennes (Microbacterium yannicii, Chryseobacterium oranimense et Haemophilus parahaemolyticus). L’analyse exhaustive des génomes bactériens issus de patients atteints de mucoviscidose a révélé une extraordinaire évolution de ces génomes en fonction du temps et des traitements reçus par ces patients qui témoigne de la capacité qu’ont ces bactéries à s’adapter à leur écosystème notamment par l’acquisition de nouveaux gènes par transfert latéral de gènes. Ce travail montre l’extraordinaire plasticité des génomes bactériens dans un milieu donné et à ce titre le poumon de patients atteints de mucoviscidose représente un modèle unique pour comprendre l’évolution des génomes bactériens. De plus, notre travail a permis d’identifier leurs mécanismes moléculaires de résistance aux antibiotiques. Les travaux à venir sur l’étude des métagénomes de prélèvements chez ces patients pourrait permettre de répondre à ces questions dans le futur. La découverte de nouvelles espèces et / ou émergentes va nous permettre d’avoir une image plus complète de la mucoviscidose qui pourrait conduire à une meilleure connaissance de la maladie et donc à une meilleure prise en charge thérapeutique. / Cystic fibrosis is an autosomal genetic disorder caused by a mutation in the CFTR (Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator) gene. Pulmonary infection is the major problem faced by patients with cystic fibrosis. My work is divided into two main parts: first I made a review of the literature on the analysis of bacterial genomes isolated from CF patients compared to the genomes of the same species isolated in autrescontextes and other part I analyzed the genomes of three species of bacteria (Microbacterium yannicii, Chryseobacterium oranimense and Haemophilus parahaemolyticus). The comprehensive analysis of bacterial genomes from cystic fibrosis patients revealed an extraordinary evolution of these genomes with time and treatment received by these patients reflects the ability of these bacteria to adapt to their particular ecosystem the acquisition of new genes by lateral gene transfer. This work shows the extraordinary plasticity of bacterial genomes in a given environment and as the lungs of patients with cystic fibrosis represents a unique model for understanding the evolution of bacterial genomes. In addition, our work has identified their molecular mechanisms of resistance to antibiotics. Future work on the study of metagenomes sampling in these patients could help to answer these questions in the future. The discovery of new species and / or emerging will allow us to have a more complete picture of cystic fibrosis which could lead to a better understanding of the disease and thus a better therapeutic management.

Les différents génotypes de Coronavirus canins (CCoV-I/II) et félins (FCoV-I/II) sont phylogénétiquement proches, suggérant des transmissions inter-espèces entre chiens et chats. Lors d’analyses de séquences menées sur des chats infectés, des souches félines atypiques ont pu être mises en évidence, contenant un gène S de type FCoV-I, un gène N de type CCoV-I, ainsi que la présence du gène ORF3, spécifique à CCoV-I. Dans ces souches, le gène ORF3 est présent avec une ou deux délétions toujours identiques, conduisant à la synthèse de protéines tronquées gp3-Δ1 et gp3-Δ2. Les délétions de protéines accessoires étant déjà impliquées dans les transmissions inter-espèces, une étude de caractérisation de la protéine gp3 et de ses différentes formes a été menée. Les trois protéines s’oligomérisent de manière covalente et sont retenues dans le réticulum endoplasmique, en absence de signal spécifique de rétention. Les délétions influencent le niveau d’expression des protéines en cellules félines, où seule l’expression de gp3-Δ1 est visible, alors qu’elles conservent toutes une expression optimale en cellules canines. En l’absence de souches de Coronavirus cultivables en laboratoire contenant le gène ORF3, des cellules canines exprimant l’une des protéines gp3 ont été infectées par une souche CCoV-II. Dans ce modèle, les protéines gp3 ne modifient pas le cycle viral. Dans un contexte d’émergence de nouveaux Coronavirus, la compréhension des mécanismes moléculaires de changement d’hôte est cruciale et les Coronavirus félins et canins peuvent représenter un modèle d’étude utile. / The different genotypes of canine (CCoV-I/II) and feline (FCoV-I/II) Coronaviruses share a close phylogenetic relationship, suggesting inter-species transmissions between cats and dogs. Through sequence analyses of cat samples, atypical FCoV strains, harbouring an S gene related to FCoV-I, an N gene close to the CCoV-I cluster and the ORF3 gene, peculiar to CCoV-I, were discovered. This ORF3 gene was systematically truncated in feline samples, displaying either one or two identical deletions, leading to the translation of gp3-Δ1 and gp3-Δ2. As deletions in accessory proteins have already been involved in host-switch, studies of the different variants of gp3 were conducted. Results demonstrate that all proteins oligomerize through covalent bonds and are retained in the ER, without any specific retention signal. Deletions influence the expression level with a proper expression of the three proteins in canine cells, whereas only gp3-Δ1 expression is sustained in feline cells. As no isolates of Coronavirus harbouring the ORF3 gene exists, cells expressing the different gp3 proteins have been infected with a CCoV-II strain. In this model, the gp3 proteins do not influence the viral life cycle. In the light of emergence of new Coronaviruses, investigations on their molecular mechanisms during the host-switch are crucial and canine and feline Coronaviruses could represent a useful model.

Dans un contexte d'effondrement global de la biodiversité, concilier le développement des activités industrielles et agricoles, génératrices de richesses, avec la préservation du patrimoine naturel constitue un enjeu majeur. Les acteurs économiques de nos sociétés sont ainsi légalement astreints à éviter, réduire et compenser leurs impacts sur les espèces protégées. Ils se trouvent cependant démunis lorsque les connaissances mobilisables sur ces espèces sont insuffisantes pour évaluer l'ampleur de ces impacts ou pour mettre en place des mesures d'évitement et de compensation réellement efficaces. C'est notamment le cas sur les cours d'eau, écosystèmes soumis à de nombreuses pressions du fait de leurs usages par les sociétés humaines (i.e. ressource en eau et nourriture, transport, production d'énergie, loisirs). L'objet de ce travail de thèse est donc d'améliorer la connaissance de trois espèces d'Odonates protégées par la Directive Habitats Faune Flore et inféodées aux cours d'eau : la Cordulie à corps fin Oxygastra curtisii (Dale, 1834), le Gomphe de Graslin Gomphus graslinii Rambur, 1842 et la Cordulie splendide Macromia splendens (Pictet, 1843), afin de mieux appréhender les impacts de l'anthropisation des cours d'eau sur leurs populations. Nous avons cherché en particulier à (1) améliorer la prise en compte de ces espèces dans les études d'impacts, la gestion des cours d'eau et au sein des sites Natura 2000 où elles sont présentes via la proposition d'un protocole standardisé de suivi, (2) évaluer les conséquences de l'artificialisation de leurs habitats, notamment le réchauffement de l'eau, sur leur phénologie et leur morphologie, et (3) caractériser et évaluer l'impact des ouvrages hydrauliques présents sur les cours d'eau, considérant d'une part les petits ouvrages que sont les chaussées liées à d'anciennes minoteries ou à d'autres usages et, d'autre part, les ouvrages hydroélectriques de plus grandes dimensions. Ce travail est centré sur la région Midi-Pyrénées, région qui héberge encore des populations de ces trois espèces. Il a été réalisé en partenariat étroit entre le Conservatoire d'Espaces Naturels de Midi-Pyrénées, structure animatrice du Plan régional d'actions en faveur des Odonates, et le laboratoire d'Ecologie fonctionnelle EcoLab afin d'assurer un transfert direct des connaissances scientifiques acquises vers les gestionnaires, les aménageurs et les services de l'état en charge de la préservation de la biodiversité. / In a context of global biodiversity crisis, reconciling the development of wealth-generating industry and agriculture with nature conservation is a crucial issue. Economic stakeholders are legally obliged to apply the mitigation hierarchy doctrine and thus "avoid, mitigate, and compensate" for their project's impacts. However, for invertebrate protected species, and particularly dragonfly species, basic knowledge on their ecology and population dynamics is lacking. It is thus difficult to accurately anticipate the impacts and propose efficient avoidance and compensation measures. This is particularly true on rivers, which are ecosystems under high pressure owing to their utility for human beings (e.g. water and food resources, transport, energy production, leisure). The aim of this work is to improve knowledge of three protected riverine species of dragonflies: the Orange-spotted emerald Oxygastra curtisii (Dale, 1834), the Pronged clubtail Gomphus graslinii Rambur, 1842, and the Splendid cruiser Macromia splendens (Pictet, 1843), and to provide better assessment methods to evaluate the impacts of the anthropisation of streams on their populations. We sought in particular (1) to improve environmental impact assessments and management of these species within Natura 2000 sites by proposing a standardised survey protocol, (2) to assess the consequences of habitat change, especially water temperature warming, on their phenology and morphology, and (3) to describe and evaluate the impacts of weirs and hydroelectric dams on their populations. This work took place in the Midi-Pyrénées region in southern France, where populations of these three species are still present. It was carried out in close partnership with the Conservatoire d'Espaces Naturels de Midi-Pyrénées, which coordinates the Regional Action Plan for Odonata, and the Functional Ecology Laboratory EcoLab to ensure direct transfer of the scientific knowledge acquired to the ecosystems managers, economic stakeholders and public authorities responsible for biodiversity conservation.

Les biofilms en industries agroalimentaires (IAA) représentent un problème récurrent aux conséquences économiques et de sécurité sanitaire. Le développement de surfaces photoactives aux propriétés antibactériennes pourrait faciliter leur élimination. Une solution serait de déposer une couche mince de dioxyde de titane (TiO2) sur des matériaux rencontrés dans les IAA. Les objectifs de cette thèse ont donc été d’optimiser des couches minces de TiO2 aux propriétés antibactériennes et d’étudier les mécanismes impliqués dans la photocatalyse. Les dépôts sont réalisés par pulvérisation cathodique radiofréquence dans différentes conditions (température, PO2, durée), d’abord sur substrat de verre puis sur acier inoxydable 316La caractérisation des couches minces par microscopie à balayage, diffraction des rayons X, a montré des différences dues au changement de substrat. Les différentes optimisations ont conduit à l’obtention de couches minces possédant une activité photocatalytique et des propriétés antibactériennes sur des souches représentatives de la flore retrouvée dans les IAA de la filière « viande » : L. monocytogenes, Y. enterocolitica et P. fragi. Des diminutions de la population bactérienne entre 1,5Log et 3Log ont été observées. La production d’espèces réactives de l’oxygène (H2O2, ¿OH, O2-¿) a été étudiée par des méthodes spectrocolorimétriques. L’H2O2 à la surface de la couche mince serait converti en ¿OH. L’étude des mécanismes de réponse de L. monocytogenes face à la photocatalyse des couches minces a été initiée par une approche transcriptomique, en suivant l’exp / Biofilms in food industries represent a recurrent problem with economic and health safety implications. The development of photoactive surfaces with antibacterial properties could facilitate their elimination. One solution would be to deposit a thin layer of titanium dioxide (TiO2) on conventional materials used in food plants. The objectives of this thesis were the optimization of thin films of TiO2 with antibacterial properties and to study the mechanisms involved in photocatalysis. Deposits were made by radio-frequency sputtering under different conditions (temperature, oxygen partial pressure, duration), first on a glass substrate and then on 316 stainless steel. Characterization of thin layers by scanning microscopy, diffraction of X-ray, showed differences due to substrate changeTiO2 thin layers obtained either on glass or stainless steel showed photocatalytic and antibacterial properties on representative strains of the flora found in the meat industry: Listeria monocytogenes, Yersinia enterocolitica and Pseudomonas fragi. Decreases in the bacterial population between 1.5Log and 3Log were observed. The production of reactive oxygen species (ROS) was studied by spectrocolorimetric methods. It seems that H2O2 on the surface is converted in another ROS, ¿OH. Finally, the study of the bacterial response mechanisms to photocatalysis, especially for L. monocytogenes, was initiated by a transcriptomic approach by following the expression of genes involved in the response to oxidative stress. However, the method used requires an optimization in order to be used for the bac