Se determinó las características de la estructura dasométrica y poblacional en bosques de las especies Polylepis canoi y Polylepis rodolfo-vasquezii en la Región Junín, 2016. El método utilizado fue descriptivo-transeccional, de manera que la recolección de datos fue en un solo momento, analizándolos y describiendo el estado actual de los bosques. Se midieron parámetros dasometricos determinando la clasificación diamétrica, altimétrica, densidad, cobertura y distribución espacial para los arboles de las especies: P. rodolfo-vasquezii y P. canoi. La información empleada fue generada a partir de las salidas de campo entre Julio y Diciembre del 2016 en parcelas de 100m2. Los bosques de la especie P. rodolfo-vasquezii se caracterizaron por presentar mayor cantidad de individuos con DAP menores a 15cm, alturas promedio de 2.5m, densidades entre 11–30 ind/ parcela y cobertura entre 41%-77%. Respecto a la especie Polylepis canoi, los árboles se caracterizan por presentar DAP mayores a 15cm, alturas entre 5–7m, densidades entre 4–8 ind/parcela, coberturas promedio 77%-156%.

Tesis por compendio / [ES] El arroz es uno de los cultivos más importantes para la humanidad siendo la principal fuente de calorías para una gran parte de la población mundial. Los continuos cambios en las demandas del sector arrocero y las predicciones de nuevas condiciones climáticas requieren la adaptación del cultivo a través de nuevas variedades. Los avances en investigación en arroz y las herramientas genómicas desarrolladas en los últimos años han permitido la modernización de la mejora de variedades, haciéndola dirigida y rápida. Los programas de mejora suelen realizarse de manera local ya que las plantas de arroz son muy sensibles a las condiciones ambientales, como el fotoperiodo. Por ello se utilizan habitualmente parentales ya adaptados a las regiones de cultivo locales, es decir, variedades que se cultivan en regiones de clima templado. La mayoría de las variedades cultivadas en las zonas templadas son poco o nada sensibles a este. Las regiones de clima templado donde se cultiva arroz albergan suficiente diversidad fenotípica y genotípica por explotar, y su conocimiento y caracterización es conveniente para poder facilitar los programas de mejora que llevan a cabo en estas regiones. En esta tesis se ha generado una colección de 193 variedades de arroz de tipo japonica templada representativas de la diversidad de esta región. También se ha desarrollado un panel de SNPs apto para el genotipado de variedades de tipo japonica con el cual se ha genotipado dicha colección. El análisis de la estructura poblacional de esta colección indica que las variedades cultivadas en clima templado pueden dividirse en cuatro grupos, basándose en el tipo de grano y el origen geográfico. Un grupo está formado por variedades de grano largo, mientras que las de grano medio se dividen en otros tres subgrupos compuestos por un primer grupo de variedades americanas y australianas, un segundo grupo formado por variedades italianas y finalmente un tercer grupo de variedades de origen asiático y variedades antiguas europeas. El análisis de las relaciones genéticas puso de manifiesto que la estructura genética observada está ligada a la historia de la mejora del arroz. Los resultados del análisis de la estructura poblacional han sido de utilidad a la hora de realizar el estudio de asociación, ya que la fuerte estructura poblacional observada podría causar sesgos en las asociaciones llevando a falsos positivos. Se detectó una asociación de 43 SNPs, asociados a la variación en caracteres relacionados con el rendimiento y la floración. Puesto que el fotoperiodo destaca como uno de los principales factores relacionado con la adaptación del cultivo a climas templados, como objetivo de la tesis se ha planteado la identificación de nuevos componentes reguladores de la floración. Con esta finalidad se ha generado, identificado y caracterizado fenotípica y genotípicamente una línea mutante de la variedad Gleva, ampliamente cultivada en nuestro territorio, que presenta un fenotipo de floración temprana. Mediante la combinación del uso de las técnicas Mutmap y Allinone, empleando la secuenciación de genoma completo de plantas en una generación F2 derivada del cruce entre el parental silvestre y el mutante, G123, se ha procedido además a la identificación de la mutación candidata responsable de la variación en el tiempo de floración que resultó ser una deleción en el cromosoma uno en la región en la que sitúa el gen PHOTOSENSITIVITY 13. De este modo se ha encontrado una variación interesante para la mejora y se ha desarrollado una metodología para la rápida identificación de mutaciones. Así pues, durante el desarrollo de esta tesis se han empleado técnicas genómicas para el estudio de caracteres de interés agronómico y su aplicación en la mejora de las variedades cultivadas en nuestra región. / [CA] L'arròs és un dels cultius més importants per a la humanitat seient la principal font de calories per a gran part de la població mundial. Els continus canvis a les demandes del sector arrosser i les prediccions de noves condicions climàtiques requereixen l'adaptació del cultiu a través de noves varietats. Els avanços en la investigació en arròs i les ferramentes genòmiques desenvolupades els darrers anys han permés la modernització de la millora de les varietats, fent-la dirigida i ràpida. Els programes de millora solen realitzar-se de manera local, ja que les plantes d'arròs són molt sensibles a les condicions ambientals, com el fotoperíode. Per això habitualment s'utilitzen parentals ja adaptats a les regions de cultiu locals, és a dir, varietats que es cultiven a les regions de clima temperat. La majoria de les varietats cultivades a les zones temperades són poc sensibles a aquest. Les regions en clima temperat on es cultiva l'arròs albergen suficient diversitat fenotípica i genotípica per explotar, i el seu coneiximent i caracterització es convenient per tal de facilitar els programes de millora en aquestes regions. En aquesta tesi s'ha generat una col¿lecció de 193 varietats d'arròs de tipus japonica temperat representativa de la diversitat d'aquesta regió. Tambè s'ha generat un panel de SNPs apte per al genotipat de varietats tipus japonica amb el qual s'ha genotipat dita col¿lecció. L'analisisl'estructura poblacional d'aquesta col¿lecció indica que les varietats cultivades al clima temperat poden dividir-se en quatre grups, basa'n't-se en el tipus de gra i l'origen geogràfic. Un grup està format per varietats de gra llarg, mentres que les de gra mitja es divideixen en altres tres subgrups composats per un primer grup de varietats americanes i australianes un segon grup es format per varietats italianes i finalment un tercer grup de varietats d'origen asiàtic i varietats antigues europees. L'anàlisi de les relacions genètiques va posar de manifest que l'estructura genètica observada està lligada a l'història de la millora de l'arròs. Els resultats de l'anàlisi de l'estructura poblacional han sigut d'utilitat a l'hora de realizar l'estudi d'associació, ja que la fort estructura poblacional observada podría causar biaixos a les associacions donant lloc a fals positius. Es detectà l'associació de 43 SNP, associats a les variacions en caràcters relacionats amb el rendiment i la floració. Donat que el fotoperiode destaca com un dels principals factors relacionts amb la adaptació del cultiu al clima temperat com objectius de la tesis s'hi ha planteat la identificació de nous components reguladors de la floració para el qual s'ha generat, identificat i caracteritzat fenotípica i genotípicament una línia mutant de la varietat Gleva, àmpliament cultivada al nostre territori, que presenta un fenotip de floració primerenca. Mitjançant la combinació les tècniques Mutmap i Allione, emprant la seqüenciació del genoma sencer de les plantes en una generació F2 derivada del creuament entre els parentals salvatje i el mutant G123 s'ha procedit a més a la identificació de la mutació candidata responsable de la variació en el temps de floració en una generació F2 derivada del encreuament entre el parental silvestre i el mutant, G123. D'aquest mode s'ha trobat una variació interessant per a la millora i s'hi ha desenvolupat una metodologia per a la ràpida identificació de mutacions. Així doncs per al desenvolupament d'aquesta tesi s'hi ha empleat tècniques genòmiques per a l'estudi de caràcters d'interés agronòmic i la seua aplicació a la millora de les varietats cultivades a la nostra regió. / [EN] Rice is one of the most important plants for mankind being the main source of calories for an extensive part of world population. The continuous changes at rice sector and previsions of new climatic conditions require the adaptation of the culture through new varieties. The advances in rice research and genomic tools developed in last past years have allowed the modernization of variety improvement, becoming fast and directed. Breeding programs are often carried on at local level because rice plants are very sensible to environmental conditions, as photoperiod. By this reason adapted to local cultivation regions parentals are usually employed, this means, varieties cultivated at temperate climate. Most of varieties cultivated in temperate areas are a little or non sensible to photoperiod. Temperate climate regions where rice is cultivated hold enough phenotypic and genotypic diversity to explode and it's knowledge and characterization is convenient in order to facilitate the breeding programs carried on this region. In this thesis a collection of 193 japonica temperate varieties representative of the diversity present at temperate regions was generated. Also a panel of SNPs valid to genotype japonica varieties was developed and used to genotype the collection. The structure analysis of the collection showed that the varieties cultivated in temperate climate can be divided in four groups, based on the type of grain and geographical origin. A group was composed of long grain varieties, whilst medium grain varieties are divided into other three subgroups a first group of American and Australian, a second group was formed by Italian varieties and a third group from Asian origin varieties and old European varieties. The analysis of genetic relationships showed that the genetic structure observed is linked to the rice breeding history. The results of the structure analysis were usefull when performing an association study, since the observed strong population structure could cause biased associations producing false positives. Association between 43 SNPs and the variation of traits related with yield and flowering was detected. Since photoperiod stands out as one of the main factors related with cultive adaptation to temperate regions, as an objective of this thesis was the identification of new regulator components of flowering has been proposed. For this objective a mutant line from Gleva variety, widely cultivated across our territory, was generated, identified and characterized. Using a combination of Mutmap and Allione techniques, employing complete genome sequencing of plants in a F2 derivated from a cross between wild parental and the mutant, G123. As a result, an interesting variation for breeding has been found and a fast methodology for mutation identification has been developed. For the development of this thesis genomic techniques for the study of traits of agronomic interest have been used and applied for the breeding of varieties cultivated in our region. / Reig Valiente, JL. (2019). Estudio de polimorfismos asociados a caracteres de interés agronómico en arroz (Oryza sativa L.) mediante técnicas de análisis genómico [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/117993 / Compendio

Las cuencas de pendiente atlántica en el Área Pampeana Austral se encuentran representadas por una serie de arroyos y ríos de mediano porte. Estos nacen en áreas elevadas de los sistemas serranos de Ventania y Tandilia como así también en la Llanura Interserrana Bonaerense. Estas cuencas presentan un diseño paralelo, no existiendo actualmente conexión entre ellas. El patrón hidrogeográfico de esta región es el resultado de una combinación de factores tectónicos, climáticos y cambios en el nivel del mar acaecidos desde el Mioceno. La zona presenta un carácter positivo desde el Mioceno medio y podría haber funcionado como una isla durante la ingresión Entrerriana ocurrida en ese período. Por otra parte, los registros paleoclimáticos de la zona para el Cuaternario tardío sugieren una alternancia entre condiciones áridas y húmedas, asociadas principalmente a las glaciaciones y deglaciaciones. Esto probablemente haya afectado el caudal de muchos de los cursos de agua, llegando incluso a extinguirse los de menor porte durante los períodos más áridos. La fauna de peces presente en estas cuencas representa uno de los últimos elencos de la Subregión Brasílica, resultando particularmente interesante el hecho que la composición íctica de estas cuencas es similar a los sistemas hídricos ubicados más al norte, a pesar de que en la actualidad no existe conexión entre dichas cuencas. No obstante, el conocimiento de la ictiofauna del área y de las posibles causas que llevaron a su aislamiento es aún fragmentario. La filogeografía aplica los algoritmos de la filogenia molecular, sólo que a un nivel intraespecífico. Utiliza como herramienta metodológica el análisis espacial o geográfico de genealogías génicas, a partir del cual se extraen conclusiones acerca de los procesos históricos o recurrentes que causaron esa distribución particular de la variabilidad. A nivel filogeográfico la utilidad del análisis de la Región Control del ADN mitocondrial ha sido probadamente útil en estudios recientes sobre diversos taxa. Los peces de agua dulce constituyen un modelo ideal para ilustrar la forma en que los cambios climático-tectónicos actúan sobre la distribución de la variación genética. Los cuerpos de agua dulce son ampliamente afectados a consecuencia de los cambios ambientales, alterando su cauce en los casos más extremos. Estos procesos tienen una gran influencia sobre la persistencia y la distribución de las especies de peces, modificando marcadamente su dinámica poblacional. Esta situación afortunadamente, queda representada en la composición genética de las poblaciones y puede inferirse en la actualidad. En el presente estudio fueron seleccionadas tres especies de teleósteos, Cnesterodon decemmaculatus, Corydoras paleatus y Jenynsia multidentata debido a que, presentan una amplia distribución en las cuencas en estudio así como un tamaño poblacional abundante. Dichas características son fundamentales a la hora de realizar inferencias sobre la secuencia de colonización, distribución y la persistencia de los linajes de genes. El objetivo general de este proyecto es analizar y comparar el patrón filogeográfico de tres especies de teleósteos codistribuidas en las cuencas de pendiente atlántica en el Área Pampeana Austral. En este contexto, se desea examinar la relación entre este patrón y la historia tectónica, geomorfológica y climática de la región. De esta forma se pretende inferir si las condiciones geológicas y paleoclimáticas han influido en la distribución de los linajes de genes de la ictiofauna del Área Pampeana Austral. Para abordar dichos objetivos se parte de las siguientes hipótesis: 1. Hipótesis de refugios: Las especies de peces de agua dulce presentes en el área de estudio se encontraban allí con anterioridad al último período glaciar, resistiendo las condiciones adversas de éste período en refugios ambientales que formaban parte de estas cuencas. 2. Hipótesis de conectividad y colonización: Las especies colonizaron el sistema a través de paleoconexiones actualmente sumergidas en la plataforma continental. La relación filogenética entre las variantes mitocondriales de cada especie se analizó mediante la construcción de árboles filogenéticos y redes de haplotipos. Se estimó para cada especie la diversidad genética y se llevaron a cabo análisis de demografía histórica. Se obtuvo además para cada especie una descripción de la estructura geográfica mediante el Análisis de la Varianza Molecular. Se examinó la posible existencia de un patrón de aislamiento por distancia analizando la correlación entre flujo génico y distancias geográficas pareadas por especie para el área total analizada. Como resultado de este trabajo se desprenden dos patrones filogeográficos contrastantes: Jenynsia multidentata y Corydoras paleatus presentaron haplogrupos muy divergentes entre sí, confinados en algunos casos sólo a unas pequeñas poblaciones. Por otro lado se encontró un haplotipo ampliamente distribuido, el cual no se relaciona directamente con los haplogrupos divergentes. En contraste, en Cnesterodon decemmaculatus se observaron dos grupos principales con escasa divergencia, y amplia distribución geográfica dentro del área. La escasa divergencia hallada entre los haplotipos de Cnesterodon decemmaculatus podría sugerir que su historia es relativamente reciente dentro del área. Los valores hallados en la diversidad genética, junto con los análisis de demografía histórica indican que las poblaciones de Jenynsia multidentata y Corydoras paleatus, parecen haber permanecido estables a lo largo del tiempo, en contraposición a los resultados evidenciados por Cnesterodon decemmaculatus cuyos resultados sustentan un crecimiento poblacional repentino para dicha especie. De lo expuesto hasta el momento podemos concluir que la presencia de las especies analizadas en el Área Pampeana Austral podría haber sido el producto de procesos demográficos independientes pero complementarios. Por un lado se corrobora la presencia de linajes antiguos en el área, que han subsistido a las condiciones climáticas adversas en posibles refugios ambientales, tal es el caso de Jenynsia multidentata y Corydoras paleatus. Esta situación nos acerca a aceptar la Hipótesis de Refugios al menos para estas dos especies. Por otro lado, se infiere la presencia de linajes recientes, que han colonizado el área gracias al mejoramiento climático y la conexión de la red de drenaje. Tal es el caso de un linaje para Jenynsia multidentata y Corydoras paleatus, y el único linaje hallado para Cnesterodon decemmaculatus. En este sentido se propone aceptar la Hipótesis de Conectividad y colonización para las tres especies. La historia tectónica, geológica y climática de la región ha influenciado en gran parte la distribución de la variación genética en las especies estudiadas, promoviendo en ciertos casos la diferenciación poblacional. Estudios futuros incluyendo mayor cantidad de especies de peces que habitan el área, así como mayor número de marcadores moleculares podría contribuir a ampliar el conocimiento sobre la distribución de la variación genética en los linajes de peces dentro del Área Pampeana Austral.

El gecko, Phyllodactylus sentosus, es endémico del Perú y el único miembro de la Familia Phyllodactylidae considerado amenazado por las leyes peruanas. Se conoce su distribución principalmente por subpoblaciones en siete sitios arqueológicos, aislados entre sí, dentro de la ciudad de Lima. Se analizó la dinámica y estructura poblacional de P. sentosus en la Huaca Pucllana, ubicada en el distrito de Miraflores, Lima, a través de evaluaciones mensuales de captura y recaptura. Se marcaron, midieron e identificaron hembras, machos y juveniles. La población varió estacionalmente y la estructura por clases de tamaño no siguió una distribución normal, la mayor parte de los organismos fueron juveniles y se distribuyeron en las clases de menor tamaño, los adultos presentaron una mayor dispersión y en todos los meses evaluados se registraron hembras, machos y juveniles. Las hembras fueron significativamente más grandes que los machos, por lo que existe dimorfismo sexual de tamaño. La temporada de reproducción fue de noviembre a febrero y de febrero a marzo se dieron la mayor cantidad de nacimientos. P. sentosus mostró una proporción de sexual de 1(♀) : 0,9(♂). Los resultados de este estudio muestran aspectos importantes sobre la historia de vida de P. sentosus, proveyendo información útil para la toma de decisiones sobre el manejo y conservación de esta especie amenazada.The gecko, Phyllodactylus sentosus, is endemic to Peru and is the only member of the family Phyllodactylidae which is deemed threatened under the Peruvian legislation. Its distribution is mainly known in the form of subpopulations in seven separate archaeological sites, not connected with one another, within the city of Lima. The population dynamics and structure of P. sentosus were analyzed in the Huaca Pucllana, a pre-Incan temple, located in the Miraflores district in Lima. The analysis comprised monthly assessments of capture and recapture. Female, male and juvenile geckos were marked, measured and identified. The population varied on a seasonal basis and the size class structure did not follow a normal distribution. Most organisms were juvenile and distributed into the lower size classes. The adults presented a greater spread. Throughout the months of the assessment, females, males and juvenile geckos were recorded. The females were significantly larger than males. Therefore, there is sexual dimorphism in size. The mating season occurred from November through February and most births took place from February through March. P. sentosus showed a sex rate of 1(♀) : 0,9(♂). The results of this study feature important aspects in regard to the life history of P. sentosus, providing useful information for the decision making about the management and conservation of this threatened species.

En este trabajo de Tesis se evalúo de manera extensiva la diversidad genética presente en los maíces nativos de Latinoamérica, combinando datos fenotípicos y genotípicos, con dos propósitos diferentes. El primero, un estudio donde la diversidad genética, las relaciones interpoblacionales y la estructura poblacional de los materiales nativos permitieron ligar aspectos históricos, antropológicos y arqueológicos del maíz para crear una historia consolidada de la migración del maíz desde su centro de origen en Mesoamérica hacia el Caribe y Sudamérica. El segundo, es explorado el potencial de las razas de maíz para proporcionar nuevos alelos favorables para mejoramiento. La evaluación fenotípica y genotípica conjunta de accesiones del Banco de Germoplasma con material mejorado por CIMMYT permitió identificar fuentes de variación alélica importante para algunos caracteres de interés como tolerancia a la sequía. La caracterización de la diversidad genética de los materiales nativos para la conservación y explotación con fines de mejoramiento es un enfoque muy prometedor en particular con el desarrollo constante de nuevas herramientas genéticas. / In this thesis work, the genetic diversity of Latin American maize landraces was evaluated extensively combining phenotypic and genotypic data, for two different purposes. First, to study the genetic diversity, relationships, and population structure of native materials allowing the linkage of historical, anthropological and archaeological data to create a consolidated history of maize migration from its origin center in Mesoamerica towards The Caribbean and South America. Second, to explore the potential of maize landraces to provide new elite alleles for breeding, the phenotypic and genotypic characterization of gene bank accessions compared to improved material from CIMMYT allowed the identification of important sources of allelic variation for traits of interest including drought tolerance. The characterization of native genetic diversity for conservation and exploitation towards breeding is a very promising approach, especially considering on going development of new genetic tools and methodologies

In the present study an amplification and genotyping system for 9 microsatellite loci has been developed and used to genotype brown trout (Salmo trutta) individuals. This system has allowed, on one hand, to efficiently analyze the brown trout population structure from Catalan Pyrenees basins and, on the other, to describe their genetic demography. The complexity of evolutionary processes occurred in the area and the different scale of space-time in which they took place make difficult to draw a general pattern relating structure and genetic demography of brown trout populations in the Catalan Pyrenees. However, results fit with the population structure suggested for the Mediterranean brown trout populations, which consist of small interconnected demes forming metapopulations. In the studied Pyrenean basins, the reproductive strategy and the connectivity between demes mitigate the genetic drift expected from the estimated effective population sizes. / El sistema de 9 loci microsatélites desarrollado en este trabajo resulta muy eficiente para el análisis de la estructura poblacional y la demografía genética de las poblaciones de trucha común (Salmo trutta) en las cuencas del Pirineo. La complejidad de los procesos evolutivos ocurridos durante las glaciaciones del cuaternario en el Pirineo y la diferente escala espacial y temporal en que estos han tenido lugar impiden establecer un patrón general que relacione la estructura poblacional y la demografía genética en las poblaciones de trucha común del Pirineo catalán. Sin embargo, los resultados obtenidos están de acuerdo con la estructura poblacional sugerida para las poblaciones mediterráneas de trucha común, que se consideran constituidas por pequeñas agrupaciones locales interconectadas que constituyen metapoblaciones. En todas las cuencas del Pirineo parece que hay una tendencia a que la estrategia reproductora y la interconexión entre los grupos limiten los efectos perjudiciales de la deriva.

Se ha analizado las causas de la distribución espacial de la variabilidad genética del ADN mitocondrial en poblaciones de trucha común de la cuenca del Duero y de los Pirineos Orientales. En total se han analizado de novo 49 localidades, 13 en la cuenca del río Duero y 36 en los principales ríos del Pirineo oriental. Además se analizaron las fluctuaciones temporales en 14 de las localidades del Pirineo Oriental. Estudios previos indican un marcado contraste de los patrones de diversidad entre ambos territorios.En la cuenca del río Duero los análisis confirmaron la presencia de los dos linajes matriarcales descritos previamente, el linaje Atlántico (AT) y el linaje Duero (DU). Los análisis de la varianza molecular (AMOVA) siguiendo una jerarquía hidrográfica sugirieron una alta estructuración de las poblaciones coincidente con los patrones ictiológicos observados en la cuenca. El linaje DU parece haber estado presente permanentemente en la cuenca interior del Duero, mientras que las zonas más próximas a la desembocadura han padecido diversas colonizaciones de trucha del linaje AT, que reflejarían los cambios climáticos ocurridos en el Cuaternario. Se ha detectado una discrepancia en el límite entre ambos grupos definidos por genes nucleares (alozimas) y el ADN mitocondrial. Estas discrepancias pueden ser debidas a un efecto más severo de la deriva genética en el ADN mitocondrial que en los marcadores nucleares. Sin embargo, en este trabajo se han observado evidencias a favor de selección en el ADN mitocondrial del linaje DU que también explicaría estas discrepancias.El análisis más exhaustivo en las cuencas de los Pirineos orientales, permitió detectar nuevos haplotipos mitocondriales de los linajes Adriático (AD) y Mediterráneo (ME). En esta región, los AMOVAs confirmaron que las diferencias entre poblaciones dentro de río son más importantes que las diferencias entre ríos. No obstante se observó un patrón de aislamiento por distancia en toda la zona, reflejo de la estructuración de las poblaciones en la cuenca del río Ebro. Además, aunque los AMOVAs mostraron que el componente temporal de la variación es inferior al espacial, las fluctuaciones temporales en la comparación matriarcal de las poblaciones resultaron estadísticamente significativas. Estas fluctuaciones están asociadas tanto a la deriva genética como a procesos de flujo génico entre poblaciones próximas. Dentro de las cuencas, los componentes de diferenciación entre afluentes son, en general, superiores a los obtenidos dentro de cada afluente, patrón que parece estar extendido en la trucha común. Los estudios a escala microgeográfica en la Noguera Vallferrera y Noguera Cardós (afluentes del Noguera Pallaresa) reprodujeron este patrón de diferenciación. Los tamaños efectivos y la tasa de migración entre ambos ríos fueron similares a los descritos en poblaciones noratlánticas. Los tamaños efectivos de las hembras (Nef), calculados a partir del ADN mitocondrial fueron menos de la mitad del tamaño efectivo total tanto en la Noguera Vallferrera como en el resto de localidades pirenaicas estudiadas. Estos bajos tamaños efectivos de las hembras serían también responsables de las fluctuaciones temporales observadas. Los ejemplares repoblados parecen hibridar poco con los nativos, pero su presencia podría intensificar indirectamente los procesos de deriva genética y complicar la conservación de los patrimonios genéticos nativos.Con la salvedad de la existencia de selección que favorece a los haplotipos del linaje DU, los procesos poblacionales que regulan la distribución de la variabilidad genética en la cuenca del Duero y en los Pirineos Orientales podrían ser parecidos y caracterizados por la existencia de múltiples demes interconectados a lo largo del curso fluvial. / Brown trout populations from the River Duero basin and from Eastern Pyrenees rivers were analyzed to assess the reasons for contrasting patterns of genetic diversity. Altogether genetic diversity has been analyzed in 49 new collections, 13 from the River Duero basin and 36 from the main rivers of Eastern Pyrenees. Moreover, temporal samples from 14 Pyrenean locations were sampled to analyse temporal stability of the described structure. In these two areas previous studies indicated a strong contrast among diversity patterns in both territories. Results in the Duero basin confirmed the presence of the Atlantic (AT) and the Duero (DU) matriarchal lineages both previously described in this river basin. The analyses of molecular variance (AMOVA) based on the hydrographical hierarchy indicated a high level of population structuring, in accordance with the icthiological pattern observed in this basin. The DU lineage permanently occupied the internal area of the River Duero basin, whereas zones close to the mouth of the river have suffered diverse waves of colonisations of trout belonging to the AT lineage, which would reflect the changes happened in the Quaternary. Discrepancies in the limits between both groups defined by nuclear genes (allozymes) and mitochondrial DNA have been detected. These discrepancies could be due to a more intense effect of genetic drift in mitochondrial DNA than in nuclear markers. Nevertheless, evidences in favour of selection in the mitochondrial DNA of the DU lineage have been described in this work, which also would explain this discrepancy. A detailed analysis of brown trout populations from rivers in the Eastern Pyrenees detected new mitochondrial haplotypes of the Adriatic (AD) and the Mediterranean (ME) lineages. In this region, the AMOVAs indicated that differences between populations within river were larger than differences between rivers. Nevertheless, a pattern of isolation by distance was observed in the whole zone, reflecting population structure within the River Ebro. The AMOVAs showed that the temporal component of the variation is lower than the spatial component, but the temporal fluctuations in the matriarchal comparison of the populations were statistically significant. These fluctuations were associated to both genetic drift and gene flow among close populations. Generally in the river basins, higher differentiation between than within stream was observed. This pattern seems to be widespread in brown trout. The studies on microgeographical scale undertaken in the Noguera Vallferrera and Noguera Cardós (tributaries of Noguera Pallaresa) reproduced the above pattern of differentiation. Effective population sizes and migration rate between both rivers were similar to those described in North-Atlantic populations. In the Noguera Vallferrera as well as in the rest of Pyrenean populations, the female effective sizes (Nef), calculated from mitochondrial DNA were less than a half of the total effective sizes detected. These low female effective sizes also contribute to the observed temporal fluctuations. Hatchery individuals hybridise poorly with the native one, but its presence could indirectly intensify genetic drift and complicate the conservation of the native genetic resources.In spite of selection favouring haplotypes of the DU lineage, population processes controlling the distribution of genetic variability in the Duero and the Eastern Pyrenees river basins could be similar and characterized by the existence of interconnected multiple demes throughout the fluvial course.

Les écosystèmes hydrothermaux profonds hébergent des communautés présentant de fortes biomasses, issues de l’activité chimiotrophique des microorganismes, avec de nombreux exemples d’associations symbiotiques entre ces derniers et les organismes de la mégafaune dominante. La connaissance du cycle de vie de ces espèces, y compris de leurs symbiontes, et de la façon dont elles sont capables de disperser et de coloniser de nouveaux sites est incontournable pour la compréhension du fonctionnement des communautés hydrothermales.Dans cette étude, sont présentées de nombreuses avancées portant sur la distribution, la reproduction, la dispersion et le cycle de vie d’une espèce dominante des écosystèmes hydrothermaux de la dorsale Médio-Atlantique, la crevette alvinocarididé Rimicaris exoculata, et des espèces proches. Les outils méthodologiques utilisés incluent la description morphologique de larves, l’étude de la structure de populations et de leur état de reproduction, des approches moléculaires appliquées à l’identification des espèces via la reconstruction phylogénétique, la génétique populationnelle et l’étude de la diversité bactérienne. La plupart des observations et analyses ont été réalisées grâce aux prélèvements de la mission BICOSE qui s’est déroulée de janvier à février 2014 sur la dorsale Médio-Atlantique.L’analyse morphologique détaillée des premiers stades larvaires (zoé I) de quatre espèces d’Alvinocarididae (R.exoculata, Mirocaris fortunata, Nautilocaris saintlaurentae et Alvinocaris muricola), indique une combinaison de traits caractéristiques de cette famille et unique parmi les crevettes Caridés. Le premier stade larvaire lécithotrophe présente vraisemblablement une durée de développement prolongée, avec une transition vers la planctotrophie au cours des stades ultérieurs. La capture de ces larves près du fond suggère par ailleurs une dispersion bathypélagique. L’étude réalisée sur les populations de R. exoculata des champs hydrothermaux de TAG et Snake Pit met en évidence une ségrégation spatiale des sexes et des stades de vie. Les femelles, les sub-adultes et les juvéniles occupent la paroi des fumeurs actifs, tandis que les mâles se retrouvent majoritairement dispersés à la périphérie inactive des sites. L’identification de plusieurs cohortes d’individus, retrouvées au niveau des habitats des deux champs hydrothermaux indique par ailleurs un recrutement discontinu. Enfin, l’observation, pour la première fois, d’un grand nombre de femelles gravides sur les deux champs hydrothermaux, suggère une reproduction saisonnière, avec quelques différences mineures en terme de fécondité entre les populations des deux champs.Les embryons portés par les femelles jusqu’à l’éclosion des larves sont exposés aux fluides hydrothermaux. Nos résultats, encore partiels, d’analyses par clonage d’assemblages bactériens se développant sur les oeufs au cours de cette phase d’incubation indiquent une spécificité qui pourrait être le reflet d’une fonction symbiotique s’établissant à un stade précoce du cycle de vie de la crevette. La similarité de ces assemblages bactériens avec ceux colonisant le céphalothorax des crevettes adultes, suggère un possible rôle de détoxification et/ou de nutrition.Enfin la découverte, sur TAG, d’importantes « nurseries » de post-larves appartenant à R. chacei, espèce cohabitant avec R. exoculata mais relativement peu abondante, pose la question de l’origine de ce recrutement. Cette question s’inscrit également dans le débat taxonomique récurrent des délimitations d’espèces chez les Alvinocaridiés. Ainsi, de récents travaux de génétique suggèrent que R. chacei pourrait être identique à R. hybisae, une espèce des sites hydrothermaux de la Ride des Caïmans, qui paradoxalement, présente une écologie et un développement symbiotique beaucoup plus similaire à celui de R. exoculata que de R. chacei. Nos analyses de génétique populationnelle et une reconstruction phylogénétique réalisée avec plusieurs gènes […] / Deep-water hydrothermal vent host high-biomass communities based on chemoautotrophy supported by the metabolic activity of free-living and symbiotic bacteria associated to invertebrates, especially megafauna. Knowledge on the mechanisms of dispersal and the life cycle of vent species is essential to our understanding of the vent communities in terms of distribution, structure and temporal variation. In this study, I present some advances regarding the dispersal and life cycle of a dominant species of the Mid-Atlantic Ridge (MAR) vent ecosystems, the alvinocaridid shrimp Rimicaris exoculata, and other related species. The methodological approaches applied include morphological descriptions of larvae, analysis of population biology and reproduction, and molecular genetics for species identification, phylogenetic reconstructions, population genetics and bacterial diversity. Most observations and studies presented here were conducted on samples collected in January-February 2014, during the BICOSE cruise on the MAR.Based on the analysis of Zoea I larvae of four species (R. exoculata, Mirocaris fortunata, Nautilocaris saintlaurentae andAlvinocaris muricola), we conclude that the alvinocaridid first larval stage is lecitotrophic with extended development, allowing large dispersal without external food requirement. A bathypelagical larval dispersal and a shift to a planktotrophic stage during the larval period is proposed. In terms of population biology, collections performed at the TAG and Snake Pit vent fields show variations in the population structure among habitats, according to sex and life stage. Large aggregations of shrimps found close of the vent emission comprise mostly females and young individuals, whereas scattered adults found at the vent periphery were mostly males. Multiple cohorts were found in both vents fields, denoting a discontinuous recruitment. Brooding females were observed in significant numbers close to the vent emission, which contrasts with their constant lack in previous field studies and suggests a seasonal reproduction with a brooding period the winter season. In addition, differences in the reproductive effort were detected between vent fields, including egg number, egg size and proportion of aborted females. The egg surface of R. exoculata is colonized by episymbiotic bacteria. Cloning approaches show that the bacterial assemblages on eggs seem to be specific, suggesting their symbiotic role, and evolve according to the egg development. The bacterial assemblages on eggs and their variation during the embryonic development remind the episymbiotic communities found in the branchial chamber of adults, suggesting similar detoxification or nutrition role. In other Rimicaris species, questions about life cycle, vent connectivity and speciation have been raised recently. Genetic studies suggest that two species with contrasting distribution, morphology and ecology, R. hybisae and R. chacei, are the same species. This question is related also with the source of a massive recruitment of R. chacei found at TAG vent field, despite the low density of adults. Analysis of population genetics and phylogenetic reconstructions with multiple genes show that R. chacei and R. hybisae are separate lineages with recent or undergoing speciation. These species, as R. exoculata and other alvinocaridids, show a genetic population model associated with a migration pool. An extended larval period could contribute to the wide dispersal and high genetic flow between populations. Implications of these findings and perspectives of future research are discussed in terms of additional experiments and field sampling required to characterize the larval period of alvinocaridids, the variations of symbiosis of the different life stages and sexes inhabiting different habitats, the quantitative and functional characterization of the episymbiosis on eggs, and the evolutionary processes associated with the speciation in Rimicaris. / Las emisiones hidrotermales profundas albergan comunidades de elevada biomasa basadas en quimioautotrofía, soportadas por la actividad metabólica de bacterias de vida libre y bacterias simbiontes asociadas a invertebrados marinos, especialmente megafauna. El conocimiento de los mecanismos de dispersión y el ciclo de vida de las especies de ambientes hidrotermales es escencial para comprender los procesos ecológicos de ambientes hidrotermales asociados a la distribución, la estructura comunitaria y la variación temporal. En este estudio, presento algunos avances relacionados a la dispersión y el ciclo de vida de una especie dominante de los sistemas de emision hidrotermal de la dorsal medioatlántica. La aproximaciones metodológicas aplicadas en este estudio incluyen el estudio de la morfología larvaria, el análisis de la biologia poblacional y de la reproducciôn, así como genética molecular con fines de identificación, reconstructión filogenética, genética de poblaciones y análisis de diversidad de bacterias. La mayoría de las observaciones y análisis presentados en el presente estudio fueron realizados con muestras colectadas en enero y febrero de 2014 durante el crucero oceanográfico BICOSE en la dorsal medioatlántica (campos TAG y Snake Pit). El análisis morfológico de la larva Zoea I de cuatro especies (R. exoculata, Mirocaris fortunata, Nautilocaris saintlaurentae y Alvinocaris muricola) permite concluir que el primer estadio larvario de la familia Alvinocarididae es lecitotrôfico con una duración del desarrollo extendida, permitiendo la dispersión a grandes distancias sin requerimiento de una fuente externa de nutrición. Se propone para estas especies una dispersión batipelágica y un cambio a un estadio planctotrófico durante el periodo larvario. En relación a la biología poblacional, fue observada una variación en la estructura poblacional entre hábitats en relación al sexo y el estado de desarrollo.Las agregaciones densas de camarones encontradas cerca de las emisiones hidrotermales están compuestas principales de hembras y juveniles, mientras la mayoría de adultos dispersos encontrados en la periferia de las chimeneas fueron machos. Varias cohortes de tallas fueron identificadas en ambas poblaciones, lo cual denota un reclutamiento discontinuo. Una gran cantidad de hembras ovígeras fueron observadas cerca de la emisión hidrotermal, lo cual contrasta con la casi completa ausencia de hembras ovígeras en muestreos previos y sugiere una reproducción estacional con incubación y desove durante el invierno. La superficie de los huevos de R.exoculata está colonizada por bacterias episimbiontes. Los análisis de clonación muestran que los ensambles bacterianos parecen ser específicos, lo cual sugiere una relación simbiótica. Además estos ensambles cambian en relación al desarrollo embrionario. Los ensambles de bacterias observados en los huevos son similares a las comunidades episimbiontes encontradas en la cámara branquial de los adultos, sugiriendo la ocurrencia de procesos de detoxificación o nutrición similares. En otras especies del género Rimicaris, interrogantes en relación al ciclo de vida, la conectividad entre sistemas hidrotermales y la especiación han surgido recientemente. Estudios genéticos sugieren que dos especies alopátricas y con diferencias en morfología y ecología, R. hybisae y R. chacei representan una especie única. Esta hipótesis se encuentra relacionada además con el origen de un reclutamiento masivo de R. chacei encontrado en el campo TAG, a pesar de la baja densidad de adultos. Análisis de genética poblacional y reconstrucciones filogenéticas utilizando varios genes muestran que R. chacei y R. hybisae son linajes separados producto de una especiación reciente o en proceso. Estas especies, al igual que R. exoculata y otros alvinocarídidos, muestran patrones de conectividad asociados al modelo de migración colectiva (migration pool). Implicaciones de estos hallazgos y perspectivas de futuras […]

En este trabajo de Tesis se evalúo de manera extensiva la diversidad genética presente en los maíces nativos de Latinoamérica, combinando datos fenotípicos y genotípicos, con dos propósitos diferentes. El primero, un estudio donde la diversidad genética, las relaciones interpoblacionales y la estructura poblacional de los materiales nativos permitieron ligar aspectos históricos, antropológicos y arqueológicos del maíz para crear una historia consolidada de la migración del maíz desde su centro de origen en Mesoamérica hacia el Caribe y Sudamérica. El segundo, es explorado el potencial de las razas de maíz para proporcionar nuevos alelos favorables para mejoramiento. La evaluación fenotípica y genotípica conjunta de accesiones del Banco de Germoplasma con material mejorado por CIMMYT permitió identificar fuentes de variación alélica importante para algunos caracteres de interés como tolerancia a la sequía. La caracterización de la diversidad genética de los materiales nativos para la conservación y explotación con fines de mejoramiento es un enfoque muy prometedor en particular con el desarrollo constante de nuevas herramientas genéticas. / In this thesis work, the genetic diversity of Latin American maize landraces was evaluated extensively combining phenotypic and genotypic data, for two different purposes. First, to study the genetic diversity, relationships, and population structure of native materials allowing the linkage of historical, anthropological and archaeological data to create a consolidated history of maize migration from its origin center in Mesoamerica towards The Caribbean and South America. Second, to explore the potential of maize landraces to provide new elite alleles for breeding, the phenotypic and genotypic characterization of gene bank accessions compared to improved material from CIMMYT allowed the identification of important sources of allelic variation for traits of interest including drought tolerance. The characterization of native genetic diversity for conservation and exploitation towards breeding is a very promising approach, especially considering on going development of new genetic tools and methodologies