La maladie d'Alzheimer (MA) est la maladie neurodégénérative la plus fréquente dans le monde, son incidence augmente au cours des années dû à un vieillissement de la population et à manque de thérapies efficaces. L'étiologie de la maladie est associée à une altération de la mémoire et du comportement ainsi qu'à l'accumulation de la bêta-amyloïde (Aβ) dans le parenchyme et les vaisseaux sanguin du cerveau. Ces dépôts aberrants sont la conséquence d'une altération de l'élimination du peptide. Depuis quelques années des évidences venant des expériences menées en laboratoire montrent que l'injection de certaines molécules ont des effets bénéfiques sur la MA, tant au niveau cognitif que sur la présence d'Aβ. Une de ces molécules est le macrophage-colony stimulating factor (m-CSF) et son récepteur (CSF1R). Cette voie de signalisation a fait l'objet de plusieurs études dans le contexte de la MA or l'implication de son récepteur dans le processus pathologique est peu connu. Les études incluses dans cette thèse de doctorat avaient pour but de mieux comprendre le rôle du CSF1R sur la prolifération et la survie microgliale dans un contexte non-pathologique ainsi que dans un modèle animal de la MA. Plusieurs études indiquent que ce récepteur est primordial pour la survie, l'activation et la prolifération microgliale. Nous avons utilisé une approche du style « perte de fonction » pour étudier le CSF1R. Grâce à un modèle de souris knock-out (KO) inductible, nous avons spécifiquement aboli la transcription du récepteur dans les microglies. Dans un premier temps nous avons comparé les fonctions du CSF1R dans deux modèles. Le premier étant purement prolifératif avec pas ou peu d'inflammation. Le second un modèle inflammatoire. Nous avons observé que les microglies dans le premier modèle étaient capables de proliférer et donc survivaient au KO. Dans le second modèle, les cellules microgliale perdaient leur capacité proliférative mais survivaient. Nous avons pu déduire que le CSF1R au stade adulte n'a vraisemblablement qu'un effet accessoire sur la prolifération et il ne semble pas être impliquer dans la survie microgliale. En utilisant la même approche, nous avons supprimé comme précédemment le CSF1R dans un modèle de souris Alzheimer APP[indice swe/PS1]. Dans cette étude nous montrons là aussi que non seulement le CSF1R n'a pas de rôle sur la survie et la prolifération des microglies, mais en plus on observe une diminution des symptômes associés à la MA. À savoir une diminution du déclin cognitif ainsi que de la charge amyloïde. Ensembles ces données nous montre de nouvelles informations sur CSF1R. Son rôle n'est pas aussi primordial dans certaines fonctions microgliale à l'âge adulte. / Alzheimer's disease (AD) is the most frequent neurodegenerative disease in the world, its incidence increases every year due to the aging of the population and a lack of therapies. AD etiology is associated with an alteration of cognitive functions and aberrant accumulation of amyloid-beta (Aβ) in the parenchyma and blood vessels in the brain. Aβ deposits are due to an impairment of phagocytosis. For many years, experimental evidence shown that injections of different molecules could have beneficial effects on AD course, either cognition or amyloid load. One of these molecules is macrophage-colony stimulating factor (m-CSF) and its receptor (CSF1R). This signaling pathway was extensively studied in AD context, but it remains largely unknown. Studies which are included in thesis, aimed to better understand the role of CSF1R on microglia proliferation and survival in both healthy and AD context. Many studies mentioned that CSF1R has a crucial impact on these functions. We used a "loss of function" approach to study this receptor. We used an inducible knock-out (KO) mice model, where microglia are specifically deleted of CSF1R. In the first time we compared CSF1R function in two models. The first model is a pure proliferative model without or barely without inflammation, the second is a model with a robust inflammatory response. We observed in the first model that microglia were still able to proliferate and survived to the KO, whereas in the second model, microglia were unable to proliferate but they also survived. We deducted that CSF1R at adult stage, has an accessory role on proliferation and has no major impact on microglia survival. Using the same approach, we have deleted the receptor in a mouse model of AD, namely APP[subscript swe/PS1]. Likewise, in this study we have shown that CSF1R was not required for proliferation and survival, moreover we observed an improvement of cognition and a reducing level of amyloid. Altogether, these data provide a new insight on CSF1R functions, its role is not as primordial for microglia as we though.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Le cycle érythrocytaire de Plasmodium falciparum, parasite responsable du paludisme, alterne entre prolifération intense et différenciation sexuée impliquant un contrôle fin de l'expression des gènes. Cependant, les acteurs de la régulation transcriptionnelle sont encore peu décrits.<br />L'étude comparative du transcriptome des clones 3D7 et F12, ne produisant pas de gamétocytes, a permis d'identifier à l'aide d'une bio-puce à ADN thématique, plusieurs gènes différemment exprimés et potentiellement impliqués dans la régulation des événements clés de la vie du parasite.<br />L'annotation de facteurs de transcription et d'éléments de régulation nous a conduit à analyser un facteur spécifique de séquence ADN de la famille <br />Myb des protéines à domaines tryptophane. La protéine PfMyb1 présente dans les extraits nucléaires du parasite est capable de se lier à des motifs "Myb Regulatory Element" identifiés dans des promoteurs plasmodiaux. L'inactivation du gène pfmyb1 par un ARN double brin a montré que ce facteur est essentiel à la survie du parasite et qu'il intervient dans la régulation transcriptionnelle de plusieurs gènes. Puis, deux facteurs spécifiques de structure ADN de la famille "High Mobility Group" des protéines à motif "HMG-box" HMGB ont été caractérisés par leurs propriétés architecturales essentielles au remodelage de la chromatine. Les différences d'activité, de localisation et d'expression de PfHMGB1 et PfHMGB2, lors du développement érythrocytaire, soulignent leur absence de redondance dans le parasite.<br />La caractérisation de ces interactions dynamiques ADN/protéines pourrait fournir de nouvelles stratégies de lutte contre cet important pathogène humain.

Thèse (Ph. D.)--Université Laval, 2009. / Bibliogr.: f. 182-212. Publié aussi en version électronique dans la Collection Mémoires et thèses électroniques.

Tableau d’honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2007-2008. / Facteur de transcription Ikaros / La rétine constitue un modèle très intéressant pour l'étude du développement du système nerveux. Elle origine de cellules neuroépithéliales qui se diviseront et se différencieront pour donner naissance à 6 différents types de neurones et un type de cellule gliale. Au cours du développement, la majorité des cellules progénitrices de la rétine (CPRs) sont multipotentes et quelques unes ont même le potentiel de générer tous les différents types cellulaires de la rétine. Cependant, à des stades plus tardifs, les CPRs perdent alors la compétence qui leur permet de générer les cellules dites précoces et acquièrent la capacité de générer les cellules dites tardives. Il est clair que l'ensemble des types cellulaires est produit dans un ordre bien précis et concomitant, mais les mécanismes moléculaires par lesquels les CPRs changent leur compétence au cours du temps pour générer chaque type de cellule au bon moment restent toutefois inconnus. Le facteur de transcription Ikaros avait été largement étudié dans le système hématopoïétique, cependant son rôle potentiel au niveau du système nerveux n'avait que très peu été exploré. Dans cette étude nous avons investigué l'hypothèse qu'Ikaros puisse contrôler la compétence temporelle des CPRs. Nous avons premièrement observé qu'Ikaros est exprimé dans les CPRs au début du développement tandis qu'à des stades plus avancés son expression devient alors restreinte à une sous-population pour finalement être absente dans l'ensemble des CPRs aux derniers stades du développement de la rétine. De plus, chez la rétine adulte, Ikaros est exprimé dans les neurones différenciés de type précoce. En effectuant une analyse clonale à l'aide de rétrovirus, nous avons montré qu'en induisant l'expression d'Ikaros dans les CPRs à des stades tardifs, où il n'est normalement pas exprimé, il est possible d'induire la production de cellules de type précoce au dépend des cellules produites tardivement. De plus, l'analyse de souris dont le gène Ikaros à été inactivé nous a révélé que plusieurs cellules nées précocement au cours du développement sont manquantes. L'ensemble de ces résultats suggère donc un modèle dans lequel l'expression d'Ikaros est à la fois nécessaire et suffisante pour conférer une compétente temporelle précoce au CPRs. Une fois la diversité cellulaire générée, des vagues d'apoptoses successives ont lieu de manière à éliminer les cellules extranuméraires ou corriger les erreurs de connections. La mort cellulaire programmée ou apoptose est donc un procédé essentiel au développement du système nerveux. Cependant, les régulateurs extracellulaires de cette mort cellulaire developpementale restent toutefois très méconnus. Dans cette thèse, nous avons étudié le rôle de la voie de signalisation du CNTF/LIF durant le développement rétinien in vivo. Nous démontrons que l'exposition au CNTF durant le développement postnatal de la rétine in vivo retarde l'expression de la rhodopsine et résulte en un important déficit spécifique en photorécepteurs. Plus spécifiquement, nous montrons que l'exposition au CNTF induit une augmentation importante de la mort cellulaire des précurseurs postmitotiques des photorécepteurs bâtonnets. De plus, nous montrons que le blocage de la voie du CNTF/LIF durant le développement de la rétine de souris in vivo résulte en une diminution significative de la mort cellulaire developpementale des photorécepteurs. Nous démontrons aussi que la voie CNTF/LIF est responsable de l'apoptose spécifique des photorécepteurs issuent de clones contenant seulement des photorécepteurs sans toutefois affecter les photorécepteurs issuent de clones mixtes. Nous avons observé que la stimulation ou le blocage de la voie du CNTF/LIF contrôle l'expression génique des isoformes neuronale et endotheliale de la synthase d'oxide nitrique (NOS) et la production subséquente d'oxide nitrique (NO) à partir de ces enzymes est responsable de l'apoptose induite par CNTF . Ces résultats suggèrent donc que la voie de signalisation du CNTF/LIF est active au cours du dévelopement rétinien et agit via la régulation de la production d'oxide nitrique afin de moduler la mort cellulaire programmée des précurseurs postmitotiques des photorécepteurs bâtonnets.

La sclérose latérale amyotrophique (SLA) est une maladie mortelle caractérisée par la dégénénérescence des neurones moteurs. La majorité des cas de SLA ont une origine sporadique (SLAs) et les autres sont des cas familiaux (SLAf) étant hérités génétiquement. Une portion des cas de SLAf est associée à des mutations dans le gène codant pour la Cu/Zn superoxyde dismutase (SOD1). La microgliose est une caractéristique pathologique observée dans les tissus des patients atteints de maladies du système nerveux incluant la SLA. La microgliose et la réponse inflammatoire dans le SNC peuvent avoir des effets bénéfiques ou néfastes. Ainsi, l'activation microgliale dans la pathologie de la SLA pourrait promouvoir la survie neuronale mais aussi causer ou exacerber la dégénérescence des motoneurones. Pour déterminer le rôle des microglies et des médiateurs inflammatoires dans la dégénérescence des motoneurones causée par des mutations dans la SOD1, nous avons utilisé les souris 5001 mutantes, modèles de la SLA. Dans un premier temps (chapitre 2), afin de déterminer le rôle de la cytokine TNF-a dans la SLA, nous avons généré des souris exprimant les mutants 5001 G37R ou 5001 G93A dans un contexte où l'expression du TNF-a a été supprimée (souris knock-out). Dans une seconde approche (chapitre 3), par cytométrie de flux, nous avons caractérisé les populations de cellules microgliales dans la moelle épinière des souris transgéniques mutantes 5001 G93A. Dans cette étude, nous avons démontré que l'augmentation du nombre de cellules microgliales dans ce modèle murin est largement attribuable à la prolifération de celles-ci. Subséquemment, nous avons utilisé des souris transgéniques CD11b-TKmut-30, chez lesquelles les microglies en prolifération peuvent être sélectivement éliminées, afin de déterminer le rôle des microglies en prolifération dans la SLA causée par des mutations dans la SOD1. Dans une dernière étude, nous avons tenté d'induire un phénotype neuroprotecteur aux cellules microgliales via l'administration de la cytokine macrophage colony stimulating factor (M-CSF) chez des souris transgéniques 5001 G37R et chez des souris chimériques 5001 G37R ayant subi une transplantation de moelle osseuse sauvage.

Les petites protéines G Arf ont besoin d'un facteur d'échange nucléotidique (GEF) afin de passer de leur forme inactive liée au GDP à leur forme active liée au GTP. GBF1 est la GEF pour Arf1 qui assure, notamment, le recrutement du complexe manteau COPI impliqué dans le transport entre le Golgi précoce et le réticulum endoplasmique. Il a été récemment montré que GBF1 est impliqué dans la livraison de l'Adipose TriGlycéride Lipase (ATGL) sur les corps lipidiques (LDs). ATGL est une enzyme qui catalyse l'hydrolyse des triglycérides en diglycérides. Les travaux présentés dans cette thèse ont eu pour objectif d'étudier et de caractériser l'interaction entre GBF1 et la lipase ATGL. Par des expériences de co-immunoprécipitation dans les cellules de mammifère, les domaines des deux protéines impliquées dans l'interaction ont été identifiés. Par des expériences de pulldown utilisant les protéines exprimées chez E. coli, j'ai montré que ces interactions sont directes. Afin d'approfondir l'étude de l'interaction entre GBF1 et ATGL, j'ai construit des outils permettant l'étude biochimique de GBF1 en purifiant plusieurs de ses domaines. J'ai tout d'abord cherché à mettre au point un test d'activité pour GBF1 afin de tester l'influence de protéines partenaires, dont ATGL, sur son activité. Malgré la purification de différents fragments de GBF1 contenant le domaine Sec7, aucun n'a présenté une activité avec Arf1Δ17 en solution. Le domaine N-terminal de la protéine, avec et sans une mutation empêchant une interaction intramoléculaire, ainsi que les domaines HDS1 et HDS2 de GBF1 ont également été purifiés / Small G proteins Arf require assistance from a Guanine nucleotide exchange factor (GEF) in order to switch between GDP- and GTP-bound forms. GBF1 is the Arf1 GEF that mediates COPI coat complex recruitment to early secretory pathway membranes. COPI is a protein that coats vesicles transporting proteins from the cis side of the Golgi complex back to the rough endoplasmic reticulum. GBF1 was recently shown to mediate delivery of Adipose TriGlyceride Lipase (ATGL) to the surface of lipid droplets (LDs). ATGL is an enzyme catalyzing the initial step in triglyceride hydrolysis in LDs. Thus, the aim of this work was to study interactions between GBF1 and ATGL. By co-immunoprecipitation experiments in mammalian cells, the domains of two proteins involved in the interaction have been identified. By pulldown assays using proteins expressed in bacteria, I showed that these interactions are direct. To further study of the GBF1-ATGL interaction, I developed tools for the biochemical study of GBF1, by purifying several of its domains. I first tried to develop a kinetic essay for GBF1 to test the influence of interacting partners, including ATGL, on its activity. Despite the purification of various GBF1 fragments containing the Sec7 domain, none have activity with Arf1Δ17 in solution. The N-terminal domain of the protein, with and without a mutation disrupting an intramolecular interaction, and the HDS1 and HDS2 domains of GBF1 were also purified.

L'hématopoïèse regroupe les phénomènes menant à la formation des composantes<br />cellulaires du sang. Au cours de ce processus, des cellules précurseurs vont proliférer et se<br />différencier dans les multiples types cellulaires spécialisés. Le développement du système<br />hématopoïétique de la Drosophile et des vertébrés présente de nombreuses similitudes aussi bien<br />au niveau fonctionnel et ontogénique qu'au niveau des gènes qui régulent la formation des<br />cellules sanguines. Chez la Drosophile, au stade embryonnaire, les précurseurs<br />hématopoïétiques, les prohémocytes, vont générer deux types de cellules sanguines, les<br />plasmatocytes et les cellules à cristaux. Nous avons entrepris de caractériser les mécanismes de<br />régulation de l'hématopoïèse embryonnaire chez la Drosophile.<br />Dans un premier temps, nous avons analysé la fonction et le mode d'action du facteur de<br />transcriptions de type GATA Serpent (Srp) au cours de ce processus. Nous avons mis en<br />évidence que le gène serpent code pour deux isoformes qui ont des activités différentielles au<br />cours de ce processus. D'autre part, nous avons montré que l'activité de Srp au cours de<br />l'hématopoïèse est modulée par recrutement de cofacteurs. Ainsi, nous avons montré que Srp est<br />capable de recruter U-Shaped, un cofacteur de type FOG (Friend Of GATA), mais aussi, de<br />former un complexe fonctionnel avec le facteur de transcription de type RUNX, Lozenge. La<br />caractérisation des isoformes de Srp et la mise en évidence de l'interaction de ce facteur GATA<br />avec différents partenaires a permis de mettre en évidence la versatilité des fonctions de srp au<br />cours de l'hématopoïèse.<br />Dans un second temps, nous avons entrepris de caractériser in vivo l'étape de ségrégation<br />des deux populations, plasmatocytes et cellules à cristaux. Nous avons mis en évidence que la<br />ségrégation de ces deux lignages à partir d'une population de prohémocytes bipotents est un<br />processus très dynamique, contrôlé par un mécanisme original en deux étapes. Cette régulation<br />qui fait intervenir les facteurs de transcription lignage-spécifiques Lozenge et Glial-Cell-<br />Missing (Gcm) et Gcm2, contrôle précocement la détermination des précurseurs et tardivement<br />le maintient de l'identité de ces cellules dans les phases de différenciation en cellules à cristaux<br />versus plasmatocytes. De manière intéressante, nous avons montré que la régulation de la<br />ségrégation, ne repose pas sur un antagonisme réciproque entre les facteurs de transcription<br />lignage-spécifiques. Ce mécanisme qui contrôle l'acquisition d'un destin cellulaire diffère donc<br />des processus de régulation de l'hématopoïèse mis en évidence chez les mammifères.

Les petites protéines G Arf ont besoin d'un facteur d'échange nucléotidique (GEF) afin de passer de leur forme inactive liée au GDP à leur forme active liée au GTP. GBF1 est la GEF pour Arf1 qui assure, notamment, le recrutement du complexe manteau COPI impliqué dans le transport entre le Golgi précoce et le réticulum endoplasmique. Il a été récemment montré que GBF1 est impliqué dans la livraison de l'Adipose TriGlycéride Lipase (ATGL) sur les corps lipidiques (LDs). ATGL est une enzyme qui catalyse l'hydrolyse des triglycérides en diglycérides. Les travaux présentés dans cette thèse ont eu pour objectif d'étudier et de caractériser l'interaction entre GBF1 et la lipase ATGL. Par des expériences de co-immunoprécipitation dans les cellules de mammifère, les domaines des deux protéines impliquées dans l'interaction ont été identifiés. Par des expériences de pulldown utilisant les protéines exprimées chez E. coli, j'ai montré que ces interactions sont directes. Afin d'approfondir l'étude de l'interaction entre GBF1 et ATGL, j'ai construit des outils permettant l'étude biochimique de GBF1 en purifiant plusieurs de ses domaines. J'ai tout d'abord cherché à mettre au point un test d'activité pour GBF1 afin de tester l'influence de protéines partenaires, dont ATGL, sur son activité. Malgré la purification de différents fragments de GBF1 contenant le domaine Sec7, aucun n'a présenté une activité avec Arf1Δ17 en solution. Le domaine N-terminal de la protéine, avec et sans une mutation empêchant une interaction intramoléculaire, ainsi que les domaines HDS1 et HDS2 de GBF1 ont également été purifiés / Small G proteins Arf require assistance from a Guanine nucleotide exchange factor (GEF) in order to switch between GDP- and GTP-bound forms. GBF1 is the Arf1 GEF that mediates COPI coat complex recruitment to early secretory pathway membranes. COPI is a protein that coats vesicles transporting proteins from the cis side of the Golgi complex back to the rough endoplasmic reticulum. GBF1 was recently shown to mediate delivery of Adipose TriGlyceride Lipase (ATGL) to the surface of lipid droplets (LDs). ATGL is an enzyme catalyzing the initial step in triglyceride hydrolysis in LDs. Thus, the aim of this work was to study interactions between GBF1 and ATGL. By co-immunoprecipitation experiments in mammalian cells, the domains of two proteins involved in the interaction have been identified. By pulldown assays using proteins expressed in bacteria, I showed that these interactions are direct. To further study of the GBF1-ATGL interaction, I developed tools for the biochemical study of GBF1, by purifying several of its domains. I first tried to develop a kinetic essay for GBF1 to test the influence of interacting partners, including ATGL, on its activity. Despite the purification of various GBF1 fragments containing the Sec7 domain, none have activity with Arf1Δ17 in solution. The N-terminal domain of the protein, with and without a mutation disrupting an intramolecular interaction, and the HDS1 and HDS2 domains of GBF1 were also purified.

La Maladie Thrombo-Embolique Veineuse (MTEV) est une maladie dont les facteurs de risque sont à la fois environnementaux et génétiques. Les facteurs de risque génétiques bien établis sont les déficits en anti-thrombine, en protéine S, en protéine C, la mutation du Facteur V de Leiden (FVL), la mutation du Facteur (F) II G20210A, ainsi que le gène ABO dont les allèles A1 et B augmentent le risque de MTEV par rapport aux allèles A2 et O. Alors qu'une part importante de l'héritabilité de la MTEV reste inexpliquée, les études contemporaines se heurtent à un manque de puissance pour découvrir de nouveaux facteurs génétiques dont les effets sont de plus en plus faibles. En vue d'augmenter la puissance de détection de nouveaux gènes de susceptibilité à la MTEV, j'ai recherché les déterminismes génétiques de deux de ses phénotypes intermédiaires : les taux d'activité plasmatique du FVIII et les taux d'antigénémie de sa protéine de transport, le Facteur de von Willebrand (vWF). Dans un premier temps, j'ai réalisé une analyse de liaison des taux de FVIII et de vWF à partir d'un échantillon de cinq grandes familles franco-canadiennes (totalisant 255 personnes) recrutées via un cas de MTEV avec mutation FVL. Quatre régions liées aux taux de FVIII et/ou vWF ont été identifiées. L'une de ces régions correspondait au locus du gène ABO déjà connu pour influencer les taux de FVIII et vWF. La recherche de gènes candidats au sein des autres signaux de liaison s'est effectuée par l'étude in silico d'une analyse d'association pangénomique de la MTEV incluant 419 cas et 1228 témoins. Deux gènes candidats ont été identifiés : STAB2 et BAI3. J'ai ensuite réalisé des études d'associations de cinq polymorphismes de BAI3. L'un d'entre eux était d'une part associé à une élévation des taux de vWF (résultat obtenu dans un échantillon de 108 familles nucléaires en bonne santé et reproduit dans un échantillon de 916 patients non apparentés atteints de MTEV), et d'autre part associé au risque de survenue de MTEV parmi les sujets non porteurs de mutations FVL et FII de deux échantillons cas-témoins (respectivement 916 cas et 801 témoins, et 250 cas et 607 témoins). Quant à STAB2, durant le courant de ma thèse, deux de ces polymorphismes ont été décrits comme associés aux taux de FVIII et vWF au cours d'une vaste étude d'association pangénomique (GWAS) menée par le consortium CHARGE rassemblant 23 600 personnes. Dans un second temps, j'ai réalisé une méta-analyse de trois GWAS des taux de FVIII et vWF. Ces analyses avaient été conduites avec l'échantillon des cinq grandes familles franco-canadiennes et deux échantillons de 972 et 570 patients atteints de MTEV. Elles étaient ajustées sur les polymorphismes du gène ABO permettant de distinguer les allèles A1, A2, B et O, dans l'optique d'augmenter la puissance des analyses en diminuant la variance résiduelle des phénotypes. Aucun polymorphisme n'était associé ni aux taux de vWF ni à ceux de FVIII après prise en compte de la correction de Bonferroni pour tests multiples (p<10-7). Cependant, parmi les onze gènes qui présentaient des polymorphismes associés aux taux de vWF ou de FVIII avec une significativité p<10-5, de manière intéressante se trouvait STAB2. Cette étude a de plus permis de confirmer les associations nouvellement découvertes de polymorphismes situés dans les gènes VWF, STXBP5 et STX2.