Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:53Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-08-10Bitstream added on 2014-06-13T19:22:41Z : No. of bitstreams: 1 morais_ats_dr_sjrp.pdf: 1276143 bytes, checksum: 62a89d8b555ac92b5faf4baa19e4db2f (MD5) / O vírus da Febre Amarela (YFV) pertence ao gênero Flavivirus e causa uma importante doença. Nos últimos anos, uma alarmante ressurgência da circulação viral e expansão do vírus em áreas endêmicas têm sido detectadas na África e América do Sul. NS5 é uma proteína viral não estrutural com duas atividades essenciais para a replicação viral, uma de metiltransferase e outra de RNA Polimerase dependente de RNA (RdRp). Para o melhor entendimento dos mecanismos de replicação viral, interações entre NS5 e proteínas celulares têm sido amplamente estudadas. Assim, os objetivos desse estudo foram caracterizar a interação da proteína NS5 e eIF3L, avaliar a função de eIF3L na replicação do vírus da febre amarela, e caracterizar estruturalmente a proteína eIF3L. Métodos. Para identificar a interação de NS5 YFV com eIF3L, foi realizado ensaios em sistema duplo-híbrido usando RdRp NS5 YFV contra eIF3L. Para o mapeamento da interação, foram construídos mutantes deletantes de RNApol e analisados em sistema duplo-híbrido. A região de interação de RNApol foi segmentada em três fragmentos e analisada na presença de eIF3L. Para mapear os resíduos de NS5 críticos para a interação, foi realizada mutagênese sítio-dirigida no segmento 3 de ID. A interação foi analisada em ensaios in vitro e em cultura de células de mamíferos. A significância de eIF3L para a replicação do YFV foi investigada usando superexpressão de eIF3L em células BHK21-RepYF17D LucNeoIres. A proteína eIF3L foi purificada usando uma combinação de cromatografia de afinidade e de exclusão molecular para subsequente caracterização estrutural. Resultados. Nesse estudo, foi caracterizada a interação de NS5 com o fator eucariótico de início de tradução... / Yellow fever virus (YFV) belongs to the Flavivirus genus and causes an important disease. An alarming resurgence of viral circulation and expansion of the YFV endemic zones have been detected in Africa and South America in recent years. NS5 is a viral protein that contains the methyltransferase and RNA-dependent RNA polymerase domains, which are essential during viral replication. Interactions among NS5 and cellular proteins have been studied for the understanding of viral replication. The aim of this study was to characterize the interaction of NS5 protein with EIF3L and evaluate the role of EIF3L in yellow fever replication. Methods. To identify the interaction of YFV NS5 with cellular proteins, we performed a two-hybrid screen using YFV NS5 RdRp domain as bait and a human cDNA library. For mapping the interaction, RNApol deletions mutants were performed and analyses in two-hybrid system. The RNApol region of interaction was segmented in three fragments and analyses into yeast containing eIF3L. To map residues of NS5 that are critical for its interaction, we performed a site-direct mutagenesis in segment 3 of ID. The interaction was confirmed in vitro assays and by in vivo coimmunoprecipitations. The significance of eIF3L for replication of YFV was investigated using overexpression of eIF3L in BHK21-RepYF17D LucNeoIres cells. eIF3L was purified using a combination of affinity and subsequent size exclusion chromatography for subsequent structural characterization. Results. In this work we describe and characterize the interaction of NS5 with the translation factor eIF3L. The interaction between NS5 and eIF3L was confirmed by in vitro binding and in vivo coimmunoprecipitation assays. This interaction occurs in a region (Interaction Domain of RNApol domain) that is conserved in several... (Complete abstract click electronic access below)

Orientador: Carlos Augusto Araújo Valadão / Banca: Antonio Carlos Alessi / Banca: Irene Rosemir Pelá / Resumo: A endotoxemia é uma afecção importante nas diversas espécies animais decorrente da ação de lipopolissacarídeos liberados na circulação durante o choque séptico, os quais ativam a cascata inflamatória induzindo a síntese e liberação de citocinas (TNF, IL-1, IL-6), capazes de produzir febre. É bastante comum, em eqüinos, quadros de cólica gastrintestinal devido à intoxicação por amitraz (AMZ), um acaricida formamidínico. A compactação de cólon é uma das conseqüências dessa intoxicação principalmente, pela ação desta substância sobre receptores adrenérgicos a-2. Sabendo-se que as substâncias agonistas de receptores a-2 produzem um aumento do tônus vagal e que a estimulação das fibras vagais, aferentes e eferentes reduz a liberação de TNF-a, o objetivo deste estudo foi avaliar os efeitos do AMZ sobre a febre, quando administrado antes da indução experimental de endotoxemia com LPS ou da administração de IL-1ß. Foram utilizados, em duas fases experimentais, 40 coelhos machos, raça Branco da Nova Zelândia, com peso entre 2,5 e 3,5 kg. Na primeira fase, para determinação da dose hipnótica 50% do AMZ (DHA50%), os animais foram separados em 4 grupos iguais de cinco animais (G1, G2, G3, G4). Na segunda fase experimental os animais foram divididos em 8 grupos iguais (GI, GII, GIII, GIV, GV, GVI, GVII, GVIII), compostos de cinco animais cada, os quais foram pré-tratados com salina (NaCl 0,9%), AMZ (0,3 mg.kg-1) ou DMSO e desafiados com salina, LPS(1,5 æg.kg-1) ou IL-1ß (100 ng.kg-1). A DHA50% e DSHA, para coelhos, foi 0,55 mg.kg-1 e 0,3 mg.kg-1, respectivamente. A febre observada no grupo AMZ-LPS foi inferior àquela demonstrada pelo grupo sal-LPS e superior àquela anotada no grupo DMSO-LPS. Concluiu-se que o AMZ, na dose de 0,3 mg.kg-1, diminui a intensidade da resposta febril ao LPS, mas o DMSO demonstra maior efetividade sobre a febre induzida por LPS. O AMZ não bloqueia a febre causada pela IL-1ß. / Abstract: Endotoxemia is an important condition in several species being induced by lipopolysaccharides. Released into the bloodstream during the septic shock, they activate the inflammatory cascade leading to syntheses and release of cytokines (TNF, IL-1, IL-6) which are able to produce fever. Colic in horses is frequently observed after treatment with amitraz, a formamidine pesticide. Large colon impactation is one of the consequences of intoxication, mainly by acting on a-2-adrenergic receptors. As a-2 agonists has been proven to produce an increase of the vagus tone, ant that the stimulation of afferent and efferent vagus has been shown to reduced TNF release, the main goal of this study was to evaluate the effects of amitraz over fever when administered before induction of experimental endotoxemia with LPS or IL-1ß administration. Forty male rabbits of the New Zealand white breed weighing 2.5-3.5 kg were used. The present study consisted of two experimental phases. In the first phase, to determine the 50% hypnotic dose of amitraz (DHA50%), the rabbits were divided into four groups (n=5). In the second phase, the rabbits were divided into eight groups (n=5). They were submited to treatment with saline (NaCl 0,9%), AMZ (0.3 mg.kg-1) or DMSO 10 minutes before intravenous injection of saline, LPS (1.5 mg.kg-1) or IL-1ß (100 ng.mg.kg-1). The DHA50% and DSHA for rabbits was 0.55 mg.kg-1 and 0.3 mg.kg-1, respectively. The results demonstrated that the fever observed in AMZ-LPS group was comparatively lower than the fever induced in the group sal-LPS and higher than the fever induced in the group DMSO-LPS. Therefore, It was concluded that amitraz, at the dose of 0,3 mg/kg, decreases the intensity of febrile response to LPS, despite the fact that DMSO is more effective over fever induced by LPS. On the other hand, amitraz does not interfere with the febrile response induced by intravenous administration of IL-1ß. / Mestre

Introdução: especula-se que os instrumentos e produtos químicos em cuja composição esteja o mercúrio sejam banidos para o uso comercial ou industrial devido à toxicidade deste metal ao meio ambiente e aos seres vivos. Como no nosso meio usa-se predominantemente o termômetro axilar de mercúrio para aferir a temperatura corporal, se de fato este termômetro deixar de ser usado, precisamos saber qual(is) termômetro(s) poderá(ão) substitui-lo; recentemente foram postos no mercado os termômetros eletrônicos instantâneos, como o auricular e o cutâneo frontal e já existia há mais tempo o axilar eletrônico; estes termômetros são confiáveis para substituírem os de mercúrio? Objetivo: avaliar a concordância entre os termômetros eletrônicos axilar e instantâneos (auricular e cutâneo frontal) com os termômetros eletrônico retal e axilar de mercúrio, este com três e cinco minutos de permanência, na aferição da temperatura corporal de crianças. Métodos: foi realizado um estudo transversal com amostra de conveniência de crianças internadas ou em consulta nas áreas pediátricas do Hospital de Clínicas de Porto Alegre. Foi aferida a temperatura corporal dos pacientes participantes do estudo com a utilização quase simultânea de cinco tipos de termômetros: axilar de mercúrio, axilar eletrônico, cutâneo frontal eletrônico, auricular eletrônico e termômetro retal eletrônico. O termômetro axilar de mercúrio foi avaliado com tempo de permanência de três e de cinco minutos. Os dados foram sumarizados em média e desvio padrão. Foi empregado o teste de Bland e Altman para avaliar a concordância entre os termômetros. Resultados: foram avaliadas 20 crianças febris e 43 eutérmicas, com idades entre um mês e dois anos incompletos, totalizando 633 aferições da temperatura corporal. A idade média dos participantes foi 7,5 meses (DP 5,7 meses), 55% deles eram do sexo masculino. Nenhuma criança foi rejeitada e também não houve recusa por parte dos responsáveis em autorizar a participação no estudo. O estudo mostrou que houve boa concordância entre os termômetros axilar de mercúrio aos três minutos e axilar eletrônico, com média das diferenças das temperaturas (MDT) de -0,027°C e intervalo de confiança de 95% (IC95%) de -0,062°C a 0,116°C; entre os termômetros eletrônico retal e axilar de mercúrio aos três minutos, com MDT de 0,096°C e IC95% de -0,175°C a 0,211ºC; e entre os termômetros eletrônico retal e axilar de mercúrio aos cinco minutos, com MDT de 0,038°C e IC95% de -0,149°C a 0,073°C. Houve apenas concordância parcial entre os termômetros eletrônicos retal e axilar, com MDT de -0,123°C e IC95% de 0,030°C a -0,245°C. Conclusões: os resultados indicaram o termômetro axilar eletrônico como o de melhor concordância nas aferições da temperatura corporal de crianças com hipertermia ou normotermia quando comparado com os termômetros axilar de mercúrio e eletrônico retal. Os termômetros eletrônicos instantâneos (auricular e cutâneo frontal) não mostraram boa concordância com termômetro eletrônico retal nem com o termômetro axilar de mercúrio. / Introduction: It is said that chemical products and instruments whose composition have mercury will be banned for commercial or industrial use due to the toxicity of this metal for the environment and beings. Since in our field the axillary mercury thermometer is mainly used for reading the body temperature, and if this thermometer is really banned, we need to know what thermometer(s) will replace it; recently, we can find instant electronic thermometers such as the ear and frontal ones in the market, and for longer, there have been the axillary electronic thermometer; are these thermometers reliable to replace the mercury one? Objective: to evaluate the agreement of the axillary electronic and instant (ear and frontal) thermometers with the rectal electronic and axillary mercury thermometers, the axillary mercury one staying three to five minutes, when reading the body temperature of children. Method: A transversal study was carried out with convenience sampling of hospitalized children or children with medical appointments in the pediatric areas of Hospital de Clínicas de Porto Alegre. The body temperature of the subject patients was taken with the use, almost simultaneously, of five types of thermometers: axillary mercury, axillary electronic, frontal electronic, ear electronic and rectal electronic. The axillary mercury thermometer was evaluated by staying three to five minutes. The data was stated by average and standard deviation. The Bland-Altman test was applied to evaluate the agreement between the thermometers. Result: 20 feverish children and 43 euthermic children, between the ages of one month to two incomplete years, were evaluated, totaling 633 body temperatures taken. The average age of the subjects was 7.5 months (5.7 standard deviation), 55% were male. No child was rejected and there was also no refusal by the responsible for the children to authorize their participation in the study. The study has shown that there is a good agreement between the axillary mercury thermometer at three minutes and the axillary electronic one, with an average of difference in temperature of -0.027°C and confidence interval of 95% (95%CI) of -0.062°C to 0.116°C; between the rectal electronic thermometer and the axillary mercury one at three minutes, with an average of difference in temperature of 0.096°C and 95%CI of -0.175°C to 0.211°C; and between the rectal electronic thermometer and the axillary mercury one at five minutes, with an average of difference in temperature of 0.038°C and 95%CI of 0.149°C to 0.073°. There was only partial agreement between the rectal and axillary electronic thermometers, with an average of difference in temperature of -0.123°C and 95%CI of 0.030°C and -0.245°C. Conclusion: the results have shown that the electronic axillary thermometer has the best agreement in reading the body temperature of children with hyperthermia or normothermia when compared with the axillary mercury and electronic rectal thermometers. The instant electronic thermometers (ear and frontal) have not shown good agreement with either the rectal electronic thermometer or the axillary mercury thermometer.

Introdução: especula-se que os instrumentos e produtos químicos em cuja composição esteja o mercúrio sejam banidos para o uso comercial ou industrial devido à toxicidade deste metal ao meio ambiente e aos seres vivos. Como no nosso meio usa-se predominantemente o termômetro axilar de mercúrio para aferir a temperatura corporal, se de fato este termômetro deixar de ser usado, precisamos saber qual(is) termômetro(s) poderá(ão) substitui-lo; recentemente foram postos no mercado os termômetros eletrônicos instantâneos, como o auricular e o cutâneo frontal e já existia há mais tempo o axilar eletrônico; estes termômetros são confiáveis para substituírem os de mercúrio? Objetivo: avaliar a concordância entre os termômetros eletrônicos axilar e instantâneos (auricular e cutâneo frontal) com os termômetros eletrônico retal e axilar de mercúrio, este com três e cinco minutos de permanência, na aferição da temperatura corporal de crianças. Métodos: foi realizado um estudo transversal com amostra de conveniência de crianças internadas ou em consulta nas áreas pediátricas do Hospital de Clínicas de Porto Alegre. Foi aferida a temperatura corporal dos pacientes participantes do estudo com a utilização quase simultânea de cinco tipos de termômetros: axilar de mercúrio, axilar eletrônico, cutâneo frontal eletrônico, auricular eletrônico e termômetro retal eletrônico. O termômetro axilar de mercúrio foi avaliado com tempo de permanência de três e de cinco minutos. Os dados foram sumarizados em média e desvio padrão. Foi empregado o teste de Bland e Altman para avaliar a concordância entre os termômetros. Resultados: foram avaliadas 20 crianças febris e 43 eutérmicas, com idades entre um mês e dois anos incompletos, totalizando 633 aferições da temperatura corporal. A idade média dos participantes foi 7,5 meses (DP 5,7 meses), 55% deles eram do sexo masculino. Nenhuma criança foi rejeitada e também não houve recusa por parte dos responsáveis em autorizar a participação no estudo. O estudo mostrou que houve boa concordância entre os termômetros axilar de mercúrio aos três minutos e axilar eletrônico, com média das diferenças das temperaturas (MDT) de -0,027°C e intervalo de confiança de 95% (IC95%) de -0,062°C a 0,116°C; entre os termômetros eletrônico retal e axilar de mercúrio aos três minutos, com MDT de 0,096°C e IC95% de -0,175°C a 0,211ºC; e entre os termômetros eletrônico retal e axilar de mercúrio aos cinco minutos, com MDT de 0,038°C e IC95% de -0,149°C a 0,073°C. Houve apenas concordância parcial entre os termômetros eletrônicos retal e axilar, com MDT de -0,123°C e IC95% de 0,030°C a -0,245°C. Conclusões: os resultados indicaram o termômetro axilar eletrônico como o de melhor concordância nas aferições da temperatura corporal de crianças com hipertermia ou normotermia quando comparado com os termômetros axilar de mercúrio e eletrônico retal. Os termômetros eletrônicos instantâneos (auricular e cutâneo frontal) não mostraram boa concordância com termômetro eletrônico retal nem com o termômetro axilar de mercúrio. / Introduction: It is said that chemical products and instruments whose composition have mercury will be banned for commercial or industrial use due to the toxicity of this metal for the environment and beings. Since in our field the axillary mercury thermometer is mainly used for reading the body temperature, and if this thermometer is really banned, we need to know what thermometer(s) will replace it; recently, we can find instant electronic thermometers such as the ear and frontal ones in the market, and for longer, there have been the axillary electronic thermometer; are these thermometers reliable to replace the mercury one? Objective: to evaluate the agreement of the axillary electronic and instant (ear and frontal) thermometers with the rectal electronic and axillary mercury thermometers, the axillary mercury one staying three to five minutes, when reading the body temperature of children. Method: A transversal study was carried out with convenience sampling of hospitalized children or children with medical appointments in the pediatric areas of Hospital de Clínicas de Porto Alegre. The body temperature of the subject patients was taken with the use, almost simultaneously, of five types of thermometers: axillary mercury, axillary electronic, frontal electronic, ear electronic and rectal electronic. The axillary mercury thermometer was evaluated by staying three to five minutes. The data was stated by average and standard deviation. The Bland-Altman test was applied to evaluate the agreement between the thermometers. Result: 20 feverish children and 43 euthermic children, between the ages of one month to two incomplete years, were evaluated, totaling 633 body temperatures taken. The average age of the subjects was 7.5 months (5.7 standard deviation), 55% were male. No child was rejected and there was also no refusal by the responsible for the children to authorize their participation in the study. The study has shown that there is a good agreement between the axillary mercury thermometer at three minutes and the axillary electronic one, with an average of difference in temperature of -0.027°C and confidence interval of 95% (95%CI) of -0.062°C to 0.116°C; between the rectal electronic thermometer and the axillary mercury one at three minutes, with an average of difference in temperature of 0.096°C and 95%CI of -0.175°C to 0.211°C; and between the rectal electronic thermometer and the axillary mercury one at five minutes, with an average of difference in temperature of 0.038°C and 95%CI of 0.149°C to 0.073°. There was only partial agreement between the rectal and axillary electronic thermometers, with an average of difference in temperature of -0.123°C and 95%CI of 0.030°C and -0.245°C. Conclusion: the results have shown that the electronic axillary thermometer has the best agreement in reading the body temperature of children with hyperthermia or normothermia when compared with the axillary mercury and electronic rectal thermometers. The instant electronic thermometers (ear and frontal) have not shown good agreement with either the rectal electronic thermometer or the axillary mercury thermometer.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-11-03T13:53:07Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 664018 bytes, checksum: e3743e1d181dd4da20fc02f450f2313d (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-03T13:53:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 664018 bytes, checksum: e3743e1d181dd4da20fc02f450f2313d (MD5) Previous issue date: 2004-12-03 / O Programa Nacional de Erradicação da Febre Aftosa foi implantado em 1992, com vistas em erradicar essa doença do Brasil. Os benefícios diretos foram evitar perdas produtivas, registrada principalmente na bovinocultura, e retirar barreiras sanitárias que impactavam, diretamente, as exportações de produtos de origem pecuária, em especial, a carne bovina in natura. Com o propósito de identificar a viabilidade do Programa, medir riscos inerentes a esse processo e identificar o rumo desta política pública, foi realizada a análise custo-benefício econômica, utilizando o software @risk, versão 3.5. Observou-se, no caso brasileiro, que os benefícios de perdas produtivas evitadas na bovinocultura de corte e leiteira e na suinocultura não pagam a erradicação da febre aftosa, o que faz com que as exportações de carne bovina in natura sejam variáveis que determinam a viabilidade do Programa. Portanto, verificou-se que a erradicação da febre aftosa foi viável em quatro dos cinco cenários-erradicação propostos neste trabalho. A análise de sensibilidade ratifica a importância das variáveis de exportação para o resultado final do Programa. No entanto, à medida que o cenário se tornava menos otimista, a busca pela eficiência dos custos do Programa tornava-se essencial, quando comparada às variáveis de exportação. De acordo com o registro do modelo, o atraso na suspensão da vacinação reduzia, significativamente, o resultado final do Programa, e o atraso no acesso ao Pacific Rim ou a variação da cota cedida por esse mercado pouco o impactavam. Na simulação Latin Hypercube verificou-se que, nos três cenários mais otimistas, não havia riscos inerentes ao processo de erradicação; no Cenário 4, no qual se previu elevada queda na demanda mundial de carne bovina in natura, esse risco era baixo; por fim, no cenário menos otimista, o risco era alto. Concluiu-se que a implementação do Programa apresentou benefícios expressivos e de baixo risco, razão de ser aconselhável a manutenção deste. Contudo, problemas relativos à efetivação do Programa nos Circuitos Pecuários Norte e Nordeste devem ser equacionados, para que os benefícios econômicos sejam apropriados de forma sustentável, no longo prazo. / The National Program of Foot and Mouth Disease's Eradication was implanted in 1992 with the purpose of eliminate that disease from Brazil. The direct benefits intended went to avoid the productive losses, mainly, for the bovine livestock and to remove sanitary barriers that impact directly the products' exportation from cattle origin, especially, the in natura bovine meat. With the purpose of identifying the viability of the Program, measuring risks inherent to that process, as well as identifying the direction in which such a public politics is taking, the economical cost-benefit analysis was accomplished with the use of the software @risk, version 3.5. It was observed, in the brazilian case, that the benefits for productive losses avoided in the bovine meat, pig meat and dairy systems don't pay the foot and mouth disease eradication, turning the in natura bovine meat exportation as the variable that determine the viability of the Program. Therefore, it was identified that the foot and mouth disease eradication is viable in four of five scenery-eradication proposed by that work. The sensibility analysis ratifies the importance of the export variables for the result of the Program. However, as the scenery becomes less optimistic, the search for the cost-efficiency is turning more important when compared to the export variables. In agreement with the model, the delay in the suspension of the vaccination reduces the result of the Program significantly, as well as the delay in the access to Pacific Rim or the variation of the quota in that market has a little impact in the same. In the Latin Hypercube simulation, it was verified that in the three more optimistic sceneries, the risks doesn't exist in eradication process. In the Scenery 4, where high fall was foreseen in in natura bovine meat world demand, the risk is low and, finally, in the less optimistic scenery, the risk is high. The conclusion is that the benefits of the implementation of the Program are high, and de risk is low, being advisable the maintenance of this. However, problems of the Program in the North Cattle Circuits and Northeast should be resolved if the maintainable economic benefits are appropriate in a long term. / Dissertação importada do Alexandria

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:23Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-05-27. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:25:27Z : No. of bitstreams: 1 Publico-00268a.pdf: 1567152 bytes, checksum: edde41fc5183eb2ec3800911222b1493 (MD5). Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:25:27Z : No. of bitstreams: 2 Publico-00268a.pdf: 1567152 bytes, checksum: edde41fc5183eb2ec3800911222b1493 (MD5) Publico-00268b.pdf: 2029279 bytes, checksum: 0ce31c253ab625a6b402e5c0b4abffe0 (MD5) / O vírus da febre aftosa (FMDV), um patógeno que afeta animais no mundo todo, possui um RNA genômico de fita simples que, após infectar a célula, é imediatamente traduzido numa única poliproteína. Esta poliproteína produzida é processada durante a síntese em várias proteínas maduras através de peptidases codificadas pelo próprio vírus. A primeira clivagem da poliproteína viral é realizada pela Lbpro entre sua própria região C-terminal e a região N-terminal da proteína VP4. Lbpro também cliva especificamente dois homólogos dos fatores eucarióticos de iniciação (eIF) 4G, resultando na supressão da translação proteica do hospedeiro realizadas através dos mRNAs cap-dependentes. Consequentemente, o RNA do FMDV, que inicia a tradução via IRES, e não requer o eIF4G intacto, pode usar livremente a maquinaria de síntese protéica do hospedeiro para tradução viral. Nós usamos uma série de peptídeos fluorogênicos desenhados especificamente para examinar a especificidade por substratos, efeitos do pH e força iônica sobre a atividade catalítica da Lbpro e sua mutante sLbpro. Comparadas com outras cisteínos peptidases, como a papaína e catepsinas, Lbpro e sLbpro possuem muitas caracteríticas únicas como alta sensibilidade à sais e um sítio de ligação ao substrato muito específico, extendendo-se até a posição P7. Análises de dados estruturais mostraram que Lbpro liga os resíduos P1-P3 do substrato em uma conformação extendida, enquanto os resíduos P4-P7 são ligados numa curta hélice 310. A especificidade da Lbpro, revelada através dos peptídios substituídos pode ser explicada para todas as posições, exceto para P5. / Foot-and-mouth disease virus (FMDV), a global animal pathogen, possesses a single-stranded RNA genome that, on release into the infected cell, is immediately translated into a single polyprotein. This polyprotein product is cleaved during synthesis by proteinases contained within it into the mature viral proteins. The first cleavage is performed by the leader protease (Lbpro) between its own C-terminus and the N-terminus of VP4. Lbpro also specifically cleaves the two homologues of the cellular eukaryotic initiation factor (eIF) 4G, resulting in shut-off of host capdependent mRNA translation. Consequently, FMDV RNA, which initiates translation via IRES, and does not require intact eIF4G, can freely use the host protein synthesis machinery for viral protein synthesis. We used a panel of specifically designed fluorogenic peptides to examine the substrate specificity, effects of pH and ionic strength on Lbpro activity and of its shorter mutant sLbpro. Compared with other cysteine peptidases, how papain and the cathepsins, Lbpro and sLbpro possesses several unusual characteristics, including a high sensitivity to salt and a very specific substrate binding site extending up to P7. Indeed, almost all substitutions investigated were detrimental to Lbpro and sLbpro activity. Analysis of structural data showed that Lbpro binds residues P1 to P3 in an extended conformation whereas residues P4 to P7 are bound in a short 310 helix. The specificity of Lbpro as revealed by the substituted peptides could be explained for all positions except P5. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-03-26T18:51:42Z No. of bitstreams: 1 nieli_rc_faria_ioc_mt_0004_2010.pdf: 2864802 bytes, checksum: c145add19e57c3ab4fb2c9dd01632d8e (MD5) / Made available in DSpace on 2012-03-26T18:51:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 nieli_rc_faria_ioc_mt_0004_2010.pdf: 2864802 bytes, checksum: c145add19e57c3ab4fb2c9dd01632d8e (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz / A epidemiologia do dengue mudou dramaticamente nos últimos 50 anos, especialmente nas regiões tropicais do mundo. No Brasil, o dengue tem sido um problema de saúde pública desde a sua introdução nos anos 80. Estudos filogenéticos constituem uma ferramenta importante para monitor a introdução e a dispersão dos vírus, assim como predizer as potenciais conseqüências epidemiológicas destes eventos. Com o objetivo de realizar a caracterização molecular e análise filogenética de cepas de DENV-2 isoladas no país durante vinte anos de circulação viral, cepas isoladas de pacientes infectados e apresentando diferentes manifestações clínicas (n=34), representantes de seis estados do país (RJ, ES, BA, RN, CE e RS), do período compreendido entre 1990 e 2010 foram seqüenciadas. Em 25 cepas foi realizado o sequenciamento dos genes C/prM/M/E e em 9 foi realizado o sequenciamento completo do genoma (região codificante). A análise da similaridade entre os DENV-2 com cepas de referência identificou a formação de dois grupos epidemiologicamente distintos: um formado por cepas isoladas entre os anos de 1990 a 2003 e outro por cepas entre 2007 e 2010. Todas as cepas analisadas neste estudo possuem uma asparagina (N) em E390, previamente caracterizada como um provável determinante genético desencadeador de FHD detectado em cepas de origem asiática. Não foram observadas diferenças consistentes entre as seqüências dos genes codificantes das cepas dos diferentes casos clínicos de dengue, sugerindo que a gravidade da doença seja multifatorial e que, não se deve apenas as diferenças observadas no genoma viral. Os resultados obtidos referentes à caracterização do genoma completo dos DENV-2 de diferentes casos clínicos não apontaram diferenças consistentes que pudessem estar associadas a um quadro mais grave da doença. Sugere- se, porém, que a ocorrência de infecção secundária tenha sido um fator de risco ao desenvolvimento dos casos graves e fatais. A análise filogenética baseada no sequenciamento parcial ou completo do genoma caracterizou DENV-2 como pertencentes ao genótipo do Sudeste Asiático, porém com uma segregação em duas linhagens distintas sustentada por um “bootstrap” de 100%. A análise filogenética independente de cada gene sugeriu com um suporte de “bootstrap” de 100% que todos os genes estruturais (C, prM/M e E) e não–estruturais (NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B e NS5) podem ser utilizados para a genotipagem dos DENV-2. Contudo, a árvore filogenética baseada na análise de prM/M foi incapaz de discriminar corretamente a segregação do genótipo do Sudeste Asiático nas duas linhagens distintas. Ficou caracterizado que as cepas do período pré-emergência (1990-2003) pertencem ao genótipo do Sudeste Asiático, Linhagem I e as cepas isoladas após a re-emergência deste sorotipo em 2007, pertencem ao genótipo Sudeste Asiático, Linhagem II. O percentual de similaridade destas cepas com a cepa isolada na República Dominicana em 2001 combinado ao percentual de divergência com as cepas introduzidas no país na década de 90 sugere que estes vírus não sofreram uma evolução local, e sim uma introdução no país de uma linhagem viral distinta provavelmente importada do Caribe. / Dengue epidemiology has changed dramatically in the last 50 years, especially in the tropical regions of the world. In Brazil, dengue has been a major public health problem since its introduction in the 80`s. Phylogenetic studies constitute an valuable tool to monitor the introduction and spread of viruses as well as to predict the potential epidemiological consequences of such events. Aiming to perform the molecular characterization and phylogenetic analysis of DENV-2 during twenty years of viral activity in the country, viral strains isolated from patients presenting different disease manifestations (n=34), representing six states of the country (RJ, ES, BA, RN, CE e RS), from 1990 to 2010 were sequenced. Partial genome sequencing (genes C/prM/M/E) was performed in 25 DENV-2 strains and full-length genome sequencing (coding region) was performed in 9 strains. The percentage of similarity among the DENV-2 strains in this study and reference strains available in Genbank identified two groups epidemiologically distinct: one represented by strains isolated from 1990 to 2003 and one from strains isolated from 2007 to 2010. All DENV-2 strains analyzed in this study presented an aspargin (N) in E390, previously identified as a probable genetic marker of virulence observed in DHF strains from Asian origin. No consistent differences were observed on coding region from the different clinical manifestations analyzed, suggesting that if the disease severity has multifactorial, it is not only due to the differences observed on genome region viral. The results obtained by the DENV-2 full-length genome sequencing did not point out consistent differences related to a more severe disease either. However, it is suggested that secondary infections may be implicated as a risk factor for a more severe disease and fatal outcome. Phylogenetic analysis based on the partial or complete genome sequencing has characterized the brazilian DENV-2 from this study as belonging to the Southeast Asian genotype, however a distinction of two clades within this genotype has been identified and supported by a bootstrap of 100%. The phylogeny based on the analysis of individual genes suggested with a bootstrap of 100% that all structural (C, prM/M and E) and non- structural genes (NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B and NS5) may be used for DENV-2 genotyping. However, the phylogenetic tree generated from the analysis of the prM/M gene was unable to correctly discriminate the two clades observed for the Southeast Asian genotype. It was established that strains circulating prior DENV-2 emergence (1990-2003) belong to Southeast Asian genotype, clade I and strains isoladed after DENV-2 emergence in 2007 belong to Southeast Asiant genotype, clade II. The percentage of identity of the latter with the Dominican Republic strain isolated in 2001 combined to the percentage of divergence with the strains first introduced in the country in the 90 ́s suggests that those viruses did not evolved locally but were due to a new viral clade introduction in the country from the Caribbean.

Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-04-11T19:36:18Z No. of bitstreams: 1 felipe_m_moliterno_ioc_mt_0007_2009.pdf: 2717925 bytes, checksum: afddb3c07e8f7e48e8657f9f303a8050 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-04-11T19:36:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 felipe_m_moliterno_ioc_mt_0007_2009.pdf: 2717925 bytes, checksum: afddb3c07e8f7e48e8657f9f303a8050 (MD5) Previous issue date: 2009 / Hospital de Ensino Alcides Carneiro, Petropolis, RJ, Brasil / Objetivos: Descrever os dados epidemiológicos, clínicos e laboratoriais dos casos confirmados e compatíveis de Febre Maculosa Brasileira (FMB), no período de janeiro de 2004 a dezembro de 2008, no Estado do Rio de Janeiro. Material e métodos: O desenho do estudo foi do tipo relato de série de casos, individuado, retrospectivo, observacional e seccional baseado na coleta de dados secundários dos casos suspeitos de FMB no Estado do Rio de Janeiro no período de 2004 a 2008. Os dados alimentados em planilhas Excel Microsoft Office XP foram analisados como freqüências e tabelas. Os dados foram expressos, para variáveis qualitativas e quantitativas, como freqüências absolutas e como média mais ou menos (±) desvio padrão, respectivamente. Gráficos foram elaborados como histogramas de freqüências absolutas ou percentuais. O teste do Chi-quadrado, com correção de Yates e de Fisher foi aplicado para comparação de freqüências de exposição a diferentes variáveis nos pacientes. Resultados: Dos 850 casos suspeitos de FMB no estado do Rio de Janeiro (RJ) no período de 2004 a 2008, 28 casos foram confirmados e 29 compatíveis. Foi comprovada em 14 municípios. Ocorreram 20 óbitos, 18 de casos confirmados e 02 de compatíveis. A ocorrência de FMB foi maior no sexo masculino (61%), com faixa etária média de 27 anos, com maior freqüência em adultos (46,4%), seguido das crianças com 28,6%, adolescentes com 17,8% e idosos com 7,2%. Os casos confirmados se apresentaram de duas formas: surtos e casos esporádicos. Dois surtos, Itaipava em setembro de 2005 e Resende em maio de 2006, foram identificados. As manifestações clínicas descritas nos casos confirmados foram: febre, em 26 casos (100%) cefaléia, em 19 (73%); mialgia, em 20 (76%); exantema, em 17 (65%); petéquias, em 15 (57%); manifestações hemorrágicas, em 9 (34%); choque, em 11 (42%); coma, em 12 (46%); dor abdominal, em 14 (50%); e convulsão, em 10 (38%). A história de contato com o carrapato foi avaliada em apenas 10 (50%) dos 20 casos fatais. Destes, 9 (90%) tinham contato confirmado. A letalidade dentre os casos confirmados (18/28, 64%) foi significativamente superior a de casos compatíveis (2/29, 7%), com p < 0,001 e OR = 24,3 (IC 4,2-185,6). Cloranfenicol demonstrou efeito protetor (OR 0,14, IC 0,02 -1,0, p<0,05). Conclusão: A FMB apresentou ampla distribuição geográfica no Estado do Rio de Janeiro. As manifestações clínicas mais prevalentes foram concordantes com a literatura e a clínica inespecífica dificultou o diagnóstico com outras doenças febris. Seis casos foram associados à medicina do viajante. Considerando o critério de caso de FMB (Ministério da Saúde, 2008), a letalidade de 64% foi a mais elevada das últimas três décadas no país. / Objectives: The aim of the study was to describe the epidemiological, clinical and laboratory data on confirmed and compatible cases of Brazilian Spotted Fever (BSF) which occurred in the State of Rio de Janeiro (RJ) between January 2004 and December 2008. Methods: The study design was of a case series report, individualized, retrospective, cross- sectional, based on secondary data collected from suspected cases of BSF in the State of Rio de Janeiro presenting from 2004 to 2008. Data was plotted on Excel Microsoft R and analysed as frequencies, tables and graphs. Qualitative and quantitative variables were expressed as frequency and average ± standard deviation. EpiInfo Statcalc was used to calculate chi-square test with Fisher’s and Yates’ correction to compare exposure frequencies between subgroups of patients. Results: Of the 850 suspected cases of BSF in the State of Rio de Janeiro between 2004 and 2008, 28 were confirmed and 29 were compatible. BSF was confirmed in 14 municipalities in the State of RJ in the last 5 years. Death occurred in 20, of which 18 were confirmed and 2 compatible cases. BSF was more frequent in males (61%); the mean age of all patients was 27 years, being more frequent in adults (46.4%); it also involved children (28.6%), adolescents (17.8%) and elderly patients (7.2%). Confirmed cases occurred sporadically or in small outbreaks. Two outbreaks were identified, one in Itaipava, municipality of Petrópolis, in September 2005, and one in Resende, in May 2006. Clinical manifestations in the 26 confirmed cases were: fever (100%), headache 19 (73%), myalgia 20 (76%), rash 17 (65%), petechiae 15 (57%), haemorragic phenomena 9 (34%), shock 11 (42%), coma 12 (46%), abdominal pain 14 (50%) and seizures 10 (38%). Tick bite was investigated in only 10 (50%) from 20 fatal cases. Nine (90%) of them had a tick bite history confirmed.Mortality in confirmed cases (18/28, 64%) was significantly higher than in BSF compatible cases (2/29, 7%), with a p value < 0,001 and OR = 24.3 (CI 4.2-185.6). Chloramphenicol treatment showed a protective effect for death (OR 0.14, CI 0.02 -1.0, p < 0,05). Conclusions: BSF showed a wide geographical distribution in the State of Rio de Janeiro and the clinical features were similar to those seen in the literature. Six cases were associated with the travel medicine. The 64% lethality rate found, based on the diagnostic criteria Ministry of Health 2008 diagnostic criteria, was the highest reported in the last 3 decades in Brazil.

Made available in DSpace on 2012-05-07T14:40:38Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 000011.pdf: 3402351 bytes, checksum: 815d847349c1018a30585a34805422bf (MD5) Previous issue date: 2008 / Em Pernambuco, o primeiro surto de dengue ocorreu em 1987, pelo sorotipo 1. Em 1995, após sete anos sem notificação da doença, ocorreu nova epidemia causada pelo sorotipo 2. Em 2002, após a introdução do sorotipo 3, circularam simultaneamente os três sorotipos. Nesta tese são apresentados aspectos epidemiológicos, clínicos e laboratoriais das epidemias de dengue ocorridas no período de 1987 a 2006. Procedeu-se a caracterização molecular dos vírus dengue pelo seqüenciamento da junção dos genes E/NS1 para os sorotipos 1 e 2 e prM/M/E para o sorotipo 3. Análises filogenéticas realizadas identificaram os genótipos América/África, Sudeste Asiático e India Subcontinental para os sorotipos 1, 2 e 3, respectivamente. De 1987 a 2006 foram notificados 380.492 casos, com 612 casos confirmados de dengue hemorrágica e 33 óbitos. A taxa de incidência de casos aumentou de 134/100.000 para 1.438/100.000 habitantes, em 1995 e 2002, respectivamente. Adultos, entre 20 e 49 anos foram os mais atingidos inclusive pela dengue hemorrágica; a partir de 2003 aumentaram os casos entre menores de 15 anos. A razão entre casos do sexo masculino e feminino se manteve constante em 1:1,5. Dos casos notificados, 40,7 por cento eram do sexo masculino e 59,3 por cento do feminino (p0,0001). Casos de dengue hemorrágica foram registrados a partir de 1996. A razão entre dengue hemorrágica e dengue clássica foi 1:618 e a taxa de mortalidade de 5,4 por cento (1996 a 2006). Entre 225 casos de dengue hemorrágica analisados foram identificados 96/225 (42,7 por cento) casos de infecções primárias e 129/225 (57,3 por cento) de secundária (p0,05). A Região Metropolitana do Recife e o Agreste apresentaram as maiores taxas de incidência de casos de dengue. A análise laboratorial de 91.480 casos suspeitos confirmou 48.300 casos (52,8 por cento), por pelo menos um dos testes: isolamento de vírus, detecção do RNA viral, presença de anticorpos IgM e/ou aumento de quatro vezes no título de anticorpos inibidores da hemaglutinação. Os principais sinais e sintomas referidos pelos 48.300 casos confirmados foram: febre, cefaléia, dor retro-orbitária, mialgia e artralgia. As manifestações hemorrágicas mais freqüentes na forma grave da doença foram petéquias, metrorragia, sangramento gengival, epistaxe, melena e hematêmese. Trinta e dois pacientes apresentaram manifestações neurológicas sob a forma de encefalite, meningoencefalite e Guillian Barré. Formas graves e casos fatais foram observados pelos sorotipos 1, 2 e 3 e ocorreram tanto em casos de infecção primária como em secundária. Foi identificado apenas um genótipo para cada um dos três sorotipos que circularam no estado no período estudado

Submitted by Priscila Nascimento (pnascimento@icict.fiocruz.br) on 2012-11-16T11:43:38Z No. of bitstreams: 1 mauro-franca-da-silva.pdf: 1113117 bytes, checksum: 4721a993f32ab60140b4d0cf8c0f704f (MD5) / Made available in DSpace on 2012-11-16T11:43:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 mauro-franca-da-silva.pdf: 1113117 bytes, checksum: 4721a993f32ab60140b4d0cf8c0f704f (MD5) Previous issue date: 2007 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / O vírus atenuado da febre amarela, subcepa 17DD, é utilizado por Bio-Manguinhos para a produção da vacina contra a febre amarela. Esta vacina tem sido utilizada para a imunização humana com um excelente histórico de eficácia e segurança. Entretanto, nos últimos anos, devido à ocorrência de alguns casos de eventos adversos associados ao vírus vacinal cepa 17D e subcepa 17DD, apontou-se a necessidade de desenvolvimento de uma vacina inativada. Para a implementação desta nova vacina torna-se necessário o desenvolvimento de métodos de quantificação de antígenos virais. Diferentes metodologias de quantificação podem ser utilizadas na produção de vacinas inativadas, sendo as mais comuns o teste imunoenzimático (ELISA) e o teste de dose-resposta. O presente estudo teve como objetivo o estabelecimento de um ELISA visando à detecção do antígeno do vírus da febre amarela inativado. Para este propósito, foram obtidos estoques de partículas virais da subcepa 17DD, a partir de culturas de células Vero, os quais foram purificados e quantificados por métodos bioquímicos e virológicos clássicos, respectivamente. Para o desenvolvimento do teste utilizamos diferentes anticorpos como capturana fase sólida. Os resultados obtidos para os testes utilizando o anticorpo 2D12 como captura mostraram um limite de detecção do antígeno no ELISA foi de 2,21 log 10 PFU/0,1mL e (1,55 µg/0,1mL). A partir deste valor, foi estabelecido um controle positivo contendo o vírus 17DD atenuado com título de 3,06 log10 PFU/mL e (29µg/0,1mL). Os resultados mostram, também, que o ELISA foi capaz de detectar o vírus 17DD inativado por formaldeído até a diluição 1:16 (52,9 µg/0,1mL). Baseado nos resultados obtidos acredita-se que o desenvolvimento de um teste de ELISA para detecção e quantificação do antígeno 17DD possa representar umimportante avanço tecnológico no controle da produção de uma vacina inativada contraa febre amarela. / The attenuated 17DD substrain of yellow fever virus is used in Bio-Manguinhos for yellow fever vaccine production. This vaccine has been used for human immunization with an excellent history of efficacy and safety. However, in the latest years, the occurrence of adverse events associated with 17D and 17DD substrain pointed to the necessity of developing technologies for the production of an inactivated vaccine. The implementation of this new vaccine will require methods for antigen quantification. Different methodologies of quantification can be used, being the most commonlyused the Enzyme-Linked Immunosorbent Assay (ELISA) and dose response test.The aim of this study was the establishment of an ELISA for the detection of inactivated yellow fever virus antigen. For this purpose, 17DD virus was obtained from Vero cell cultures, purified and quantified by biochemical and virological classical methods, respectively. The results showed that ELISA test using the 2D12 capture antibody presented a limit of 2,21 log10PFU/0.1mL of viral titer and (1,55 µg viral protein/0.1mL). Based on this value, a positive control was established which contained the attenuated 17DD substrain of yellow fever virus with a titer of 2,95log 10 PFU/mL and (29 µg/0.1mL). The results also showed that the ELISA was able to detect 17DD virus inactivated by formaldehyde up the dilution 1:16 (52,9 µg protein/0,1mL). The development of an ELISA test for the detection and quantification of 17DD antigen can represent an important step in the production control of the inactivated vaccine against of yellow fever.