Orientador: Otto Bismarck Fazzano Gadig / Resumo: A raia elétrica cega Benthobatis kreffti é endêmica do Altântico Sul Ociedental e apresenta distribuição restrita desde o sul até o sudeste Brasileiros, ocorrendo em profundidades entre 400 e 600 m. Apesar de seu extremo endemismo, sua biologia é virtualmente desconhecida, especialmente no que diz respeito à porção norte de sua distribuição. O objetivo deste trabalho foi estudar a estrutura populacional e biologia reprodutiva desta espécie, no talude continental do estado de São Paulo. Os indivíduos foram capturados em julho e agosto de 2003 e dezembro de 2007 no cruzeiro científico Soloncy Moura, o qual operou em 492-501 m de profundidade entre os municípios de Santos e Cananéia. Quanto à composição de captura, B. kreffti foi o condricte mais capturado, seguido por Gurgesiella dorsalifera. Os demais foram Hydrolagus matallanasi, Dipturus sp. e Torpedo, sp. Quanto à estrutura em tamanho, fêmeas diferem de machos por apresentarem maiores comprimentos (máximo de 299 mm em fêmeas e 256 mm em machos). A razão sexual total foi diferente de 1:1, bem como para indivíduos adultos. Nos outros estágios de maturidade considerados (imaturo e em desenvolvimento), não houve diferença significativa. A relação comprimento-peso e o tamanho onde 50% da população encontra-se maduro (LT50) também foram diferentes entre os sexos, em favor das fêmeas. Fêmeas apresentaram LT50 de 191 mm enquanto machos maturam em 176 mm. A fecundidade uterina foi de três embriões por fêmea, com embriões nascendo en... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The blind electric ray Benthobatis kreffti is endemic to the South West Atlantic and has a restricted distribution, from south and southeast Brazil, occurring in 400-600 m depth. Despite its endemism, its biology is virtually unknown, especially concerning the north extreme of its distribution. For this reason, the aim of this work was to study the population structure and reproductive biology of B. kreffti off São Paulo State continental slope. Individuals were captured in July and August of 2003 and December 2007 during the scientific cruise Soloncy Moura, operating in 492-501 m depth between Santos and Cananéia municipalities. Benthobatis kreffti was the most captured chondrichthyan, followed by Gurgesiella dorsalifera. Other chondrichthyan captured were: Hydrolagus matallanasi, Dipturus sp and Torpedo sp.. Concerning size structure, females were larger than males (females: 299 mm; males: 256 mm total length). Total sex ratio was different from 1:1, as well as for adult individuals. At other maturity stages considered (immature and developing), no differences were observed. The length-weight relationship and size at 50 % maturity (LT50) were also different between sexes, biased toward females. Female´s LT50 was 191 mm, while in males, LT50 was 176 mm total length. Uterine fecundity was three embryos/ female, with size at birth estimated in 90-100 mm total length (about1/3 of the total length recorded for this species). / Mestre

Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Resumo: A seleção de animais geneticamente superiores com base na informação genômica tem sido uma tendência crescente e promissora em programas de melhoramento. No entanto, os principais métodos de predição genômica envolvem modelos paramétricos, que em sua maioria, assumem somente variância aditiva para o efeito dos marcadores, ignorando-se possíveis relações não-lineares. A consideração de tais efeitos pode ser importante para melhorar a habilidade de predição em características com arquitetura genética complexa. Recentemente, tem crescido o interesse em métodos de predição semi e não paramétricos. Dentro desse contexto, os métodos de aprendizagem de máquina tais como Redes Neurais Artificiais (ANN), “Random Forest” (RF) e “Support Vector Machines” (SVM) são alternativas interessantes. Os objetivos do presente estudo foram: i) Comparar o desempenho preditivo do modelo “Genomic Best Linear Unbiased Predictor” (GBLUP) e de métodos de aprendizagem de máquina em populações simuladas de bovinos de corte, apresentando diferentes níveis para efeitos de dominância; ii) Investigar a habilidade de predição de diferentes métodos de aprendizagem de máquina para predição genômica de características reprodutivas em bovinos da raça Nelore; iii) Desenvolver um estudo de associação genômica ampla (GWAS) utilizando a metodologia “Random Forest”, a fim de buscar genes candidatos para idade ao primeiro parto em novilhas da raça Nelore. No primeiro estudo, o genoma simulado compreendeu um painel de SN... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The selection of genetically superior animals based on genomic information has been an increasing and promising trend in breeding programs. However, the main methods used for genome-enabled prediction involve parametric models that mostly assume only additive variance for markers effects, ignoring possible nonlinear relationships. Accounting for such effects may be important to improve the predictive ability for traits with complex genetic architecture. The interest in semi and non-parametric prediction methods has recently increased. Within this context, machine learning methods such as Artificial Neural Networks (ANN), Random Forest (RF) and Support Vector Machines (SVM) are an interesting alternative. The aims of the present study were: i) To compare the predictive performance of Genomic Best Linear Unbiased Predictor (GBLUP) and machine learning methods in simulated beef cattle populations presenting different degrees of dominance; ii) To investigate the predictive ability of different machine learning for genome-enabled prediction of reproductive traits in Nellore cattle and compare their performance with parametric approaches (GBLUP and BLASSO); iii) To perform a genome-wide association study (GWAS) using the Random Forest approach for scanning candidate genes for age at first calving in Nellore heifers. In the first study, the simulated genome comprised 50k single nucleotide polymorphisms (SNPs) and 300 QTL (Quantitative Trait Loci), both biallelic and randomly distrib... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Francisco Manoel de Souza Braga / Banca: Leandro Müller Gomiero / Banca: Lilian Casatti / Banca: Mauricio Cetra / Banca: Lucia Ap. de Fatima Mateus / Resumo: O objetivo geral do presente estudo foi analisar a biologia e o ciclo de vida de Astyanax cf. scabripinnis paranae no ribeirão Grande, um riacho de cabeceira localizado no Parque Estadual da Serra do Mar (PESM), Núcleo Santa Virgínia, SP. Os exemplares foram coletados mensalmente de janeiro a dezembro em 2004 e 2006, utilizando-se redes de espera, redinha de mão e covo. Foram coletados dados de temperatura da água, oxigênio dissolvido e pH. Dados de pluviosidade, umidade relativa e temperatura do ar foram obtidos junto à Estação Meteorológica do PESM. Os peixes foram fixados em formalina a 10% e conservados em álcool 70%. No laboratório foram mensurados quanto ao comprimento total e padrão, peso e registrados os graus de repleção estomacal, de gordura acumulada, o sexo e os estádios de maturação gonadal. As correlações entre as variáveis ambientais e os meses de coletas foram verificadas por uma análise de componentes principais, que indicou uma separação entre períodos mais chuvosos (outubro a abril) e menos chuvosos (maio a setembro). A dieta foi analisada pelo grau de preferência alimentar. Diferenças no consumo de itens autóctones e alóctones e possíveis mudanças ontogenéticas ao longo do desenvolvimento da espécie foram verificadas por uma análise de correspondência. Para o estudo da reprodução foram analisadas as variações nos estádios de maturação, relação gonadossomática, grau de gordura acumulada, condição corporal, fecundidade e tipo de desova. O comprimento médio de primeira maturação gonadal foi estimado pelo ajuste não-linear e a condição corporal foi avaliada por modelos de análise de covariância. A fecundidade foi estimada pelo método volumétrico e relacionada ao comprimento padrão, ao peso total, ao peso das gônadas e à relação gonadossomática. No estudo do crescimento, a separação das coortes... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The present study aimed to analyze the biology and ecology of Astyanax cf. scabripinnis paranae in the Ribeirão Grande, a headwater stream located in the Parque Estadual da Serra do Mar (PESM), Núcleo Santa Virgínia, SP. The fishes were sampled monthly from January to December in 2004 and 2006, using gillnets, sieves and funnel traps. Temperature, dissolved oxygen and pH of the water were measured. Pluviometric data, relative humidity and temperature of the air were obtained in the Meteorological Station of PESM. The fishes were fixed in 10% formalin and conserved in 70% alcohol. In the laboratory they were measured as for the total and standard length, weighed and registered the degrees of stomach repletion, of accumulated fat, the sex and the stadiums of gonad maturation. The correlation structure among the environmental variables measured in the sampling collections was verified by a principal components analysis (PCA), which indicated a separation among rainier (October to April) and the less rainy periods (May to September). Differences in the consumption of autochthonous and allochthonous items and possible ontogenetic changes along the specimens development were verified by a correspondence analysis (CA). For the study of the reproduction the variations were analyzed at the maturation stadiums, gonadossomatic relationship, degrees of accumulated fat, corporal condition, fecundity and spawning type. The mean length of first gonad maturation was assessed by a no-linear adjustment. The corporal condition was evaluated by analysis of covariance. The fecundity was estimate by the volumetric method and related to the standard length, to the total weight, to the gonad weight and to the gonadossomatic relationship. In the study of the fish growth, the cohorts' separation and their mean lengths were obtained using the package "MIXDIST" and the Bhattacharya method... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

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No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_DinamicaPopulacionalCamarao.pdf: 1487593 bytes, checksum: 1448cba46f8b91ed66792fc19bd028cd (MD5) Previous issue date: 2006 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os camarões do gênero Macrobrachium, pertencentes à família Palaemonidae, são muito utilizados tanto na aqüicultura como explorados através da pesca comercial. Dentre as espécies do gênero, M. amazonicum destaca-se por ser largamente consumido, apresentar carne saborosa e possuir larga distribuição geográfica. Considerando a importância sócio-econômica deste recurso para o Estado do Pará, este trabalho tem o objetivo de descrever a dinâmica populacional e avaliar o estoque do camarão cascudo M. amazonicum da Ilha do Combú (Pará). A coleta de dados ocorreu entre os meses de março de 2002 a fevereiro de 2003 (exceto agosto) onde aproximadamente 500 gramas de camarão eram obtidos mensalmente. Em laboratório, os indivíduos eram medidos (comprimento total e comprimento da carapaça) e pesados (peso total). Para a determinação da fecundidade, depois de removida a massa ovígera, os ovos foram transferidos para uma solução com água na qual foram retiradas alíquotas para a contagem dos ovos sob um microscópio estereoscópio. Para a determinação dos parâmetros populacionais foi utilizado o Programa FISAT (Fish Stock Assessment Tools). As fêmeas alcançam comprimento máximo menor que os machos, porém seus comprimentos médios mensais foram superiores ao longo de todo o ano. Ocorreu uma proporção significativa favorável, às fêmeas nos meses de julho, setembro, janeiro e fevereiro e nas classes de comprimento 2,5-2,9 cm e 6,5 a 9,4 cm. A fecundidade mostrou uma relação linear com o comprimento total onde o número de ovos variou de 40 a 3.375 ovos/fêmea. Evidenciou-se 3 coortes para a espécie que nascem entre dezembro-janeiro/02, setembro-outubro/02 e abril-maio/03. Considerando diversas metodologias, os parâmetros de crescimento foram similares entre si, na qual o K para os machos foi maior e variou entre 0,7 a 1,36 cm/mês e nas fêmeas variou entre 0,66 a 0,91 cm/mês. O L∞ (para a maioria das metodologias) também foi superior para os machos (12,37 a 17,66 cm) quando comparado com as fêmeas (12,66 a 14,14 cm). Os valores estimados da mortalidade total Z pela curva de captura foram maiores nos machos (valores entre 3,15 e 6,13) quando comparado com as fêmeas (valores de 3,86 a 6,89) o mesmo ocorreu para o método de Beverton e Holt, para machos (valores entre 5,43 a 9,31) e fêmeas (valores de 4,43 a 4,92). O tamanho de primeira captura (Lc), foi maior nas fêmeas (5,88 cm) quando comparados com os machos (4,25 cm). A EMSY (taxa de exploração para a obtenção do rendimento máximo sustentável) de machos e fêmeas está abaixo de E (taxa de explotação atual) indicando uma sobrepesca dos estoques de M. amazonicum na Ilha do Combú. / Shrimps of genus Macrobrachium, family Palaemonidae, are largely utilized for aquaculture and also are explored by commercial fisheries. Amongst the species of this genus, M. amazonicum is largely consumed, shows valued meat and is largely distributed. Considering the social-economic importance of this resource in the State of Pará, this study has the objective of describing the population dynamics and assesses the stock of barky shrimp M. amazonicum in island of the Combú (Pará). Data was collect from March 2002 to February 2003 (except august) where approximately 500 grams of shrimp were monthly obtained. In laboratory, individuals were measured (total length and length of carapace) and weighted (total weight). For determining the fecundity, after removed the eggs mass, were transferred to a water solution were they were counted under a microscopy. For the determination of the population parameters, it was utilized the Program FISAT (Fish Stock Assessment Tools). Females showed smaller maximum length when compared to males, although their average mensal lengths through all year were superior to those of males. It was registered a significant positive sexual proportion to females in July, September, January and February and for the length classes 2.5-2.9 cm and 6.5 to 9.4 cm. The fecundity showed a positive linear relation with the total length and the number of eggs varied from 40 to 3375 eggs/female. It was registered 3 cohorts for the species which were born in December-January/02, September-October/02 and April-May/03. Considering the different methodologies, growth parameters were similar between them and K for males was superior when compared to females and varied from 0.7 to 1.35 cm/month. For females K varied from 0.66 to 0.91 cm/month. L∞ (for most methodologies) was also superior for males (12.37 to 17.66 cm) when compared to females (12.66 to 14.14 cm). Estimated values of total mortality Z for the capture curve had been bigger in the higher for males (values from 3.15 to 6.13) than for females (values from 3.86 to 6.89) the same occurred for method of Beverton and Holt, males (values between 5.43 to 9.31). The length at first capture (Lc) was superior for females (5.88 cm) than for males (4.25 cm). The EMSY (explotation rate for the maximum sustainable yield) for males and females is below the E (exploitation rate) indicating that M. amazonicum of island of the Combú is over-exploited.

Made available in DSpace on 2011-05-04T12:36:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010 / Informações coletadas em um censo demográfico podem dizer muito a respeito das condições de vida de uma população e são amplamente utilizadas na formulação e implementação das políticas públicas sociais. Quanto maior a qualidade dos dados censitários, mais fidedigno será o painel da realidade da população. Baseando-se em microdados do Censo Demográfico 2000, o presente estudo trata de descrever as freqüências de domicílios cujos responsáveis se auto classificaram como indígenas e que foram classificadas como coletivo ou improvisado pelos recenseadores na área rural dos municípios brasileiros. Para este tipo de classificação não são coletados dados que caracterizam os domicílios, tais como perfil socioeconômico e condições de saneamento. Na análise para os grupos de cor / raça, os indígenas foram os que tiveram as maiores freqüências de domicílios classificados como coletivos (4,4 por cento) em relação aos não indígenas (0,1 por cento). A classificação como coletivo foi mais freqüente na macrorregião Centro Oeste, especificamente no estado de Mato Grosso (mais de 40 por cento deste tipo de classificação ocorreu em apenas cinco municípios de MT). Os domicílios indígenas classificados como improvisados (3,5 por cento) também foram superiores aos não-indígenas (1,3 por cento) e ao contrário dos coletivos, ocorreram em diferentes regiões do Brasil, com destaque para municípios da macrorregião Sul (6,6 por cento) e o estado de Mato Grosso do Sul (17,9 por cento). Para os municípios que estavam fora dos limites da Amazônia Legal houve 1,5 mais domicílios indígenas classificados como improvisados do que na Amazônia Legal. Nestes municípios constatou-se que quanto mais desenvolvido, maiores foram as proporções medianas de domicílios indígenas improvisados, e que neles estavam as menores extensões de terras indígenas. Foi possível concluir que há necessidade de um censo específico, com treinamento adequado dos recenseadores, para que sejam levadas em consideração as diferenças e particularidades de cada comunidade indígena. Acredita-se que somente ao considerar a diversidade étnica que há no Brasil, será possível diminuir as desigualdades e conseqüentemente, a invisibilidade demográfica e epidemiológica que insistem em acompanhar os indígenas. / Census data can say a lot about the living conditions of a population and are widely used in the formulation and implementation of public social policies. The higher the quality of census data, the more reliable will be the picture of the reality of the population. Based on microdata from the 2000 Demographic Census, this study describes the frequency of households whose heads self-classified as indigenous and which were classified as collective or improvised by the enumerators in rural municipalities. For households in these categories, additional data are not collected to characterize the households with respect to such aspects as socioeconomic profile and sanitation. In the analysis of color and race categories, indigenous people were those with the highest frequency of households classified as collective (4.4%) compared to non-indigenous people (0.1%). Classification as a collective was more frequent in the Central-West macro-region, specifically in the state of Mato Grosso (over 40% of households classified as collective nationally occurred in only five municipalities of MT). The number of indigenous households classified as improvised (3.5%) was also higher than for non-Indigenous households (1.3%). Unlike collective households, improvised households occurred in different regions of Brazil, especially in municipalities in the South macro-region (6.6% ) and in the state of Mato Grosso do Sul (17.9%). There were 1.5 times more households classified as improvised in municipalities located inside than outside the Legal Amazon. In this region, it was found that the more developed the municipality, the greater the median proportions of indigenous improvised households and the smaller the area of indigenous lands. It was concluded that there is need for a specific census, with proper training of enumerators, to take into consideration the differences and particularities of each indigenous community. It is believed that merely considering the ethnic diversity of Brazil will reduce inequalities and, therefore, the demographic and epidemiological invisibility that stubbornly accompanies indigenous people.