Abordagens funcionais e filogenéticas têm sido amplamente utilizadas no estudo de ecologia de comunidades e têm propiciado um melhor entendimento de como atributos funcionais e sua evolução influenciam padrões ecológicos observados atualmente na natureza. A incorporação da variabilidade intraespecífica em estudos recentes de ecologia de comunidades vegetais tem demonstrado que, apesar de a variabilidade intraespecífica de um atributo ser normalmente menor do que sua variabilidade interespecífica, estudos que consideram a variabilidade intraespecífica inferem mecanismos de organização de comunidades com mais acurácia. Além disso, abordagens analíticas que incluem a variabilidade intraespecífica em estudos de comunidades possibilitam integrar as escalas de populações e comunidades em ecologia. Abordagens filogenéticas recentes permitem a avaliação da interação entre composição filogenética de bancos regionais de espécies e a estrutura filogenética local de comunidades, o que permite a inferência de processos históricos e ecológicos que estruturam comunidades atuais. O objetivo geral desta tese foi avaliar padrões e inferir processos de organização de comunidades de plantas lenhosas da escala local à regional. Para isso, utilizei abordagens baseadas em atributos funcionais para avaliar o nicho de indivíduos (capítulo 2) e das espécies (capítulo 2 e 3) e abordagens filogenéticas para avaliar como a evolução influencia a similaridade funcional entre as espécies (capítulo 3), a formação de bancos de espécies locais (capítulo 3) e regionais (capítulo 4) e a estruturação de comunidades locais (capítulo 4). No capítulo 2, avaliei qual a importância relativa da substituição (turnover) de espécies e da variabilidade intraespecífica nas respostas médias e de dispersão de área foliar específica no nível de comunidade a um gradiente de abertura de dossel em uma metacomunidade de árvores juvenis. Nesse capítulo, concluí que a variabilidade intraespecífica é fundamental para a organização de comunidades lenhosas em florestas e arbustais, pois a área foliar específica dentro da mesma espécie varia conforme o ambiente e o contexto local de espécies interatoras. Essa plasticidade permite o estabelecimento de espécies em uma porção maior do gradiente de abertura do dossel. No capítulo 3, avaliei se espécies ocorrentes tanto na floresta quanto no campo diferem de espécies restritas à floresta ou ao campo quanto a resposta de seus atributos a espécies coocorrentes e ao gradiente ambiental. Concluí que uma ação combinada entre área foliar específica, espessura foliar e densidade de folhagem ajuda a explicar a organização de comunidades de plantas lenhosas em ecótonos floresta-campo. A plasticidade nesses atributos permite a colonização do campo por espécies que também ocorrem na floresta. No capítulo 4, avaliei se há associação entre a estrutura filogenética local (agrupamento ou repulsão) de comunidades de árvores e a distribuição geográfica de grandes linhagens de angiospermas no Neotrópico e Afrotrópico. A conclusão foi que diferenças regionais de composição filogenética entre o Neotrópico e o Afrotrópico são provavelmente um resultado de taxas diferenciais de especiação e extinção que seguiram a separação de Gondwana e atualmente influenciam a estrutura filogenética local de comunidades de árvores de florestas pluviais nos dois reinos. / Functional and phylogenetic approaches have been widely used in community ecology studies and have provided a better understanding of how functional traits and their evolution influence ecological patterns that are currently observed in nature. The incorporation of intraspecific variability in recent plant community ecology studies have demonstrated that, despite intraspecific variability of a given trait extent be usually lower than its interspecific variability, studies that account for intraspecific variability more accurately infer mechanisms of community assembly. Moreover, analytical approaches that incorporate intraspecific variability in community ecology studies enable integrating population and community scales in ecology. Recent phylogenetic approaches permit evaluating the interaction between the phylogenetic composition of regional species pools and local phylogenetic structure of communities, which enables the inference of historical and ecological processes structuring current communities. The general aim of this dissertation was to evaluate and infer assembly processes of woody plant communities from local to regional scales. For this, I used trait-based approaches to assess the niche of individuals (chapter 2) and species (chapter 2 and 3) and community phylogenetics approaches to evaluate how evolution influences the trait similarity between species (chapter 3), the formation of local and regional species pools (chapter 3 and 4, respectively) and the structuring of local communities (chapter 4). In chapter 2, I evaluated what is the relative importance of species turnover and intraspecific variability to the variation in trait mean and spread responses of specific leaf area at the community level across a canopy openness gradient in a tree juvenile metacommunity. In this chapter, I conclude that intraspecific variability is essential to woody community assembly in forests and shrublands, since specific leaf area within the same species varies according to the environment and local context of interacting species. This plasticity permits species establishment in a wider portion of the canopy openness gradient. In chapter 3, I evaluated whether species both in forest and grassland differ from species restricted to either forest or grassland regarding their trait-based responses to co-occurring species and environmental gradient. I concluded that an interplay between specific leaf area, leaf thickness and foliage density help explaining the assembly of woody plant communities in forest-grassland ecotones. The plasticity in these traits enables the colonization of the grassland by species that also occur in the forest. In chapter 4, I evaluated whether there is association between local phylogenetic structure (clustering or overdispersion) of tree communities and geographical distribution of major angiosperm lineages in the Neotropics and Afrotropics. In this chapter, I concluded that regional differences in phylogenetic composition between the Neotropics and Afrotropics are likely an outcome of differential rates of speciation and extinction following the breakup of Gondwana and currently influence local phylogenetic structure of rainforest tree communities in both realms.

Submitted by Onia Arantes Albuquerque (onia.ufg@gmail.com) on 2018-10-15T15:02:15Z No. of bitstreams: 2 Tese - Lucas Lacerda Caldas Zanini Jardim - 2018.pdf: 5066072 bytes, checksum: 4280b5b19a9111a59fea8065049fd5b3 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-10-15T15:25:17Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Lucas Lacerda Caldas Zanini Jardim - 2018.pdf: 5066072 bytes, checksum: 4280b5b19a9111a59fea8065049fd5b3 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-10-15T15:25:17Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Lucas Lacerda Caldas Zanini Jardim - 2018.pdf: 5066072 bytes, checksum: 4280b5b19a9111a59fea8065049fd5b3 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2018-04-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Macroecology studies ecological pattern at large geographical and temporal scales. At these scales, information about hundreds or even thousands of studied species. This lack of information may potentially bias studies’ conclusions related with macroecological processes and patterns. In this thesis, we evaluated phylogenetic imputation methods, their uses and effects in macroecological studies. The first chapter evaluated different methods used to deal with missing data, taking into account different scenarios of species trait evolution, as well as percentage and pattern of missing data. We found that dealing with missing data relies on the specific goals and data of the study. Therefore, we suggested caution while using imputed database. In the second chapter, we tested the island rule effect in body mass and brain volume of primates. To do so, we fitted evolutionary models to those traits and then imputed the body mass and brain volume for Homo floresiensis. We concluded that primates do not follow the island rule and even though our models overestimated, on average, brain and body size of Homo floresiensis, its evolution did not deviate from primates’ evolutionary expectation. Lastly, in the third chapter, we tested existence of Bergmann’s rule in mammals using multiple imputation methods, in addition to considering the consequences of ignoring missing data while testing the rule. We found that ignoring missing data can invert (eg. changing from positive to negative effect) the effect of temperature on body mass, but this bias did not turn the effect statistically significant. Therefore, we concluded that mammals do not follow Bergmann’s rule, when evaluated at the class taxonomic level. Finally, this thesis discussed pros, cons and future research avenues in order to make phylogenetic imputation a more robust tool to deal with missing data in macroecology. / A macroecologia estuda padrões ecológicos em grandes escalas geográficas e temporais, em busca de quais processos moldam esses padrões. Nessas escalas de estudo, há raramente informações completas sobre as centenas ou até milhares de espécies estudadas. Essa ausência de informações tem o potencial de enviesar as conclusões dos estudos sobre padrões e processos macroecológicos. Nessa tese, nós avaliamos métodos de imputação filogenética, a sua aplicação e consequências em estudos macroecológicos. Para avaliar potenciais vieses do uso de banco de dados imputados, no primeiro capítulo, nós aplicamos diferentes métodos utilizados para tratar dados faltantes, sob diferentes cenários de evolução dos atributos das espécies, porcentagem e padrão dos dados faltantes. Nós encontramos que a forma de tratar o dado faltante pode ser dependente dos objetivos e dos dados de cada estudo e, portanto, nós sugerimos cautela ao utilizarmos bancos de dados imputados. No segundo capítulo, nós testamos o efeito da regra de ilha na evolução da massa corpórea e do volume cerebral de primatas. A partir dos melhores modelos evolutivos ajustados a esses atributos, nós imputamos a massa corpórea e volume cerebral de Homo floresiensis. Nós concluímos que primatas não seguem regra de ilha e que apesar de nossos modelos superestimarem, em média, o tamanho do corpo e cérebro de Homo floresiensis, a sua evolução não se desvia do esperado pela evolução de primatas. Por fim, no terceiro capítulo testamos a regra de Bergmann em mamíferos, utilizando métodos de imputação múltipla e avaliamos as consequências de desconsiderar os dados faltantes na detecção da regra. Nós encontramos que testar a regra sem considerar os dados faltantes pode inverter o efeito da temperatura na massa do corpo, mas esse viés não tornou o efeito estatisticamente significante. Portanto, concluímos que mamíferos não seguem a regra de Bergmann, quando toda a classe é avaliada. Por fim, essa tese discutiu vantagens, desvantagens e futuras linhas de pesquisa para tornar a imputação filogenética uma ferramenta mais robusta para tratarmos dados faltantes em macroecologia.

Abordagens funcionais e filogenéticas têm sido amplamente utilizadas no estudo de ecologia de comunidades e têm propiciado um melhor entendimento de como atributos funcionais e sua evolução influenciam padrões ecológicos observados atualmente na natureza. A incorporação da variabilidade intraespecífica em estudos recentes de ecologia de comunidades vegetais tem demonstrado que, apesar de a variabilidade intraespecífica de um atributo ser normalmente menor do que sua variabilidade interespecífica, estudos que consideram a variabilidade intraespecífica inferem mecanismos de organização de comunidades com mais acurácia. Além disso, abordagens analíticas que incluem a variabilidade intraespecífica em estudos de comunidades possibilitam integrar as escalas de populações e comunidades em ecologia. Abordagens filogenéticas recentes permitem a avaliação da interação entre composição filogenética de bancos regionais de espécies e a estrutura filogenética local de comunidades, o que permite a inferência de processos históricos e ecológicos que estruturam comunidades atuais. O objetivo geral desta tese foi avaliar padrões e inferir processos de organização de comunidades de plantas lenhosas da escala local à regional. Para isso, utilizei abordagens baseadas em atributos funcionais para avaliar o nicho de indivíduos (capítulo 2) e das espécies (capítulo 2 e 3) e abordagens filogenéticas para avaliar como a evolução influencia a similaridade funcional entre as espécies (capítulo 3), a formação de bancos de espécies locais (capítulo 3) e regionais (capítulo 4) e a estruturação de comunidades locais (capítulo 4). No capítulo 2, avaliei qual a importância relativa da substituição (turnover) de espécies e da variabilidade intraespecífica nas respostas médias e de dispersão de área foliar específica no nível de comunidade a um gradiente de abertura de dossel em uma metacomunidade de árvores juvenis. Nesse capítulo, concluí que a variabilidade intraespecífica é fundamental para a organização de comunidades lenhosas em florestas e arbustais, pois a área foliar específica dentro da mesma espécie varia conforme o ambiente e o contexto local de espécies interatoras. Essa plasticidade permite o estabelecimento de espécies em uma porção maior do gradiente de abertura do dossel. No capítulo 3, avaliei se espécies ocorrentes tanto na floresta quanto no campo diferem de espécies restritas à floresta ou ao campo quanto a resposta de seus atributos a espécies coocorrentes e ao gradiente ambiental. Concluí que uma ação combinada entre área foliar específica, espessura foliar e densidade de folhagem ajuda a explicar a organização de comunidades de plantas lenhosas em ecótonos floresta-campo. A plasticidade nesses atributos permite a colonização do campo por espécies que também ocorrem na floresta. No capítulo 4, avaliei se há associação entre a estrutura filogenética local (agrupamento ou repulsão) de comunidades de árvores e a distribuição geográfica de grandes linhagens de angiospermas no Neotrópico e Afrotrópico. A conclusão foi que diferenças regionais de composição filogenética entre o Neotrópico e o Afrotrópico são provavelmente um resultado de taxas diferenciais de especiação e extinção que seguiram a separação de Gondwana e atualmente influenciam a estrutura filogenética local de comunidades de árvores de florestas pluviais nos dois reinos. / Functional and phylogenetic approaches have been widely used in community ecology studies and have provided a better understanding of how functional traits and their evolution influence ecological patterns that are currently observed in nature. The incorporation of intraspecific variability in recent plant community ecology studies have demonstrated that, despite intraspecific variability of a given trait extent be usually lower than its interspecific variability, studies that account for intraspecific variability more accurately infer mechanisms of community assembly. Moreover, analytical approaches that incorporate intraspecific variability in community ecology studies enable integrating population and community scales in ecology. Recent phylogenetic approaches permit evaluating the interaction between the phylogenetic composition of regional species pools and local phylogenetic structure of communities, which enables the inference of historical and ecological processes structuring current communities. The general aim of this dissertation was to evaluate and infer assembly processes of woody plant communities from local to regional scales. For this, I used trait-based approaches to assess the niche of individuals (chapter 2) and species (chapter 2 and 3) and community phylogenetics approaches to evaluate how evolution influences the trait similarity between species (chapter 3), the formation of local and regional species pools (chapter 3 and 4, respectively) and the structuring of local communities (chapter 4). In chapter 2, I evaluated what is the relative importance of species turnover and intraspecific variability to the variation in trait mean and spread responses of specific leaf area at the community level across a canopy openness gradient in a tree juvenile metacommunity. In this chapter, I conclude that intraspecific variability is essential to woody community assembly in forests and shrublands, since specific leaf area within the same species varies according to the environment and local context of interacting species. This plasticity permits species establishment in a wider portion of the canopy openness gradient. In chapter 3, I evaluated whether species both in forest and grassland differ from species restricted to either forest or grassland regarding their trait-based responses to co-occurring species and environmental gradient. I concluded that an interplay between specific leaf area, leaf thickness and foliage density help explaining the assembly of woody plant communities in forest-grassland ecotones. The plasticity in these traits enables the colonization of the grassland by species that also occur in the forest. In chapter 4, I evaluated whether there is association between local phylogenetic structure (clustering or overdispersion) of tree communities and geographical distribution of major angiosperm lineages in the Neotropics and Afrotropics. In this chapter, I concluded that regional differences in phylogenetic composition between the Neotropics and Afrotropics are likely an outcome of differential rates of speciation and extinction following the breakup of Gondwana and currently influence local phylogenetic structure of rainforest tree communities in both realms.

Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2016-07-15T14:44:30Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Elâine_Ribeiro_TESE_PPGBV.final_V2.pdf: 8805946 bytes, checksum: 49c5072b57c8b0d0264ac0e02e425dc3 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-15T14:44:30Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Elâine_Ribeiro_TESE_PPGBV.final_V2.pdf: 8805946 bytes, checksum: 49c5072b57c8b0d0264ac0e02e425dc3 (MD5) Previous issue date: 2015-02-25 / FACEPE / Este estudo teve como objetivo investigar quais os efeitos de perturbações antrópicas crônicas (e.g. coleta de madeira e de produtos florestais não madeireiros, pastoreio extensivo, caça e danos causados à vegetação pela introdução de espécies exóticas que ocorrem em áreas remanescentes de floresta) sobre a diversidade taxonômica e filogenética da flora lenhosa da Caatinga. Inicialmente, investigamos como se dá a questão da perturbação crônica da flora e seus efeitos sobre a biodiversidade através da revisão de 51 artigos que tratam do tema. Verificamos que estes estudos, em sua maioria, foram realizados em países em desenvolvimento, cujas populações humanas utilizam a floresta para subsistência e comércio. Os efeitos da perturbação foram acessados principalmente ao nível de populações e comunidades, sendo a coleta de produtos florestais não madeireiros a fonte de impacto mais analisada. Os efeitos sobre a biodiversidade foram em geral negativos, mas efeitos neutros e positivos também foram registrados. O segundo capítulo traz um estudo de caso que verifica a influência das perturbações humanas crônicas sobre a diversidade e composição taxonômica da flora lenhosa da Caatinga, realizado em várias propriedades privadas na cidade de Parnamirim-PE, Brasil. Neste estudo foram amostradas comunidades lenhosas de adultos, jovens e plântulas, e como preditores da perturbação crônica utilizaram-se a densidade de pessoas e animais domésticos (caprinos e bovinos), além de indicadores de acessibilidade às áreas, como a distância ao centro urbano mais próximo, à estrada mais próxima e à propriedade rural mais próxima às parcelas amostradas. Esses preditores tiveram em geral efeitos negativos sobre a diversidade taxonômica independente do estágio ontogenético, sendo a densidade de pessoas e de animais os preditores mais importantes desses efeitos. Verificouse ainda que a composição das espécies nas áreas perturbadas foi distinta, sendo pouco representada pela abundância de espécies de madeira densa nas áreas mais perturbadas. O terceiro e último capítulo verificou como as comunidades lenhosas de adultos, jovens e plântulas da Caatinga, amostradas no capítulo anterior, são afetadas pela perturbação crônica do ponto de vista de diversidade e estrutura filogenética. Neste capítulo, utilizaram-se os mesmos preditores da perturbação citados anteriormente, porém agora combinados em um índice de perturbação crônica. A diversidade de famílias esperadas para história evolutiva da região e a distância média entre os indivíduos dessas comunidades, medida em anos, foi reduzida em ambientes mais perturbados e para todos os estágios ontogenéticos. As comunidades de jovens e de plântulas apresentaram maior grau de parentesco em áreas mais perturbadas, sendo os táxons Euphorbiaceae e Cnidoscolus responsáveis por esse aumento de parentesco. Os resultados desta tese demonstram que as perturbações antrópicas crônicas na Caatinga não podem ser negligenciadas, pois conferem efeitos negativos importantes à diversidade taxonômica e filogenética da flora lenhosa. Dessa forma, estratégias de manejo que conciliem o uso dessas florestas e a manutenção da biodiversidade da Caatinga são urgentes. / The aim of this study was to investigate the effect of chronic anthropogenic disturbances (e.g. harvesting of timber and non-timber forest products, hunting, livestock, and damage to vegetation caused by exotic species that occur in natural remnant forests) on the taxonomic and phylogenetic diversity of wood flora from Brazilian Caatinga. Initially, 51 scientific papers were revised in order to investigate how chronic anthropogenic disturbances affect the flora of natural ecosystems. Most studies were conducted at developing countries, where human populations use forest resources for subsistence and commerce. Chronic disturbance effects were accessed mainly at population and community levels, and harvesting of nontimber forest products was the disturbance source more frequently analyzed in those papers. Effects of the chronic disturbances were in general negative, however positive and neutral effects were also documented. The second chapter brings a case study that evaluates the influence of chronic disturbances on the taxonomic diversity and composition of Caatinga wood flora from private propreties at the municipality of Parnamirim-PE, Brazil. Adult, sapling and seedling of wood plant communities were sampled, and the density of people and livestock (goats and catle) near the plot were used as predictors of chronic disturbance, as well as the distances to the nearest urban centre, road and rural property. In general, these disturbance predictors showed negative effects on taxonomic diversity irrespective to ontogenetic stage. Moreover, the density of people and livestock near the plot were the main predictors of these negative effects. Species composition differed between plots with low and high level of disturbance, especially in relation to hard wood species, which were rare in the plots highly disturbed. The third and last chapter analyzed how the adult, sapling and seedling communities, surveyed previously, were affected by chronic disturbances from the viewpoint of the phylogenetic diversity and structure. In this chapter the chronic disturbance predictors described above were combined into a chronic disturbance index. The diversity of families expected to the local evolutionary history and the mean phylogenetic distance between the individuals were reduced in plots with higher level of disturbance for all ontogenetic stages. Sapling and seeedling communities had higher degree of relatedness in most disturbed sites, being Euphorbiaceas and Cinidoscolus taxa responsible for this increasing in the relatedness degree. Overall, this thesis demonstrates that chronic anthropogenic disturbance at Caatinga could not continue to be neglected, as it imposes deleterious effects to the taxonomic and phylogenetic diversity of wood plant assemblages. Management strategies conciliating forest use and the maintenance of Caatinga biodiversity are urgent.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Biological diversity is a broad, deep and multifaceted concept that describes all variability of living forms on different spatial and temporal scales and levels of organization. Even among species, diversity can assume distinct characters, including a taxonomic, a phylogenetic and a functional one. Semiarid ecosystems such as the Caatinga were poorly addressed from an integrated perspective of its biodiversity. The region possess high biotic variability and undergoes intense pressures from abiotic and anthropogenic factors. With around 500 species known in the biome, birds compose an expressive biological group in the Caatinga, with distinct evolutionary lineages and ecological features. This study aims to understand the evolutionary and ecological aspects of the diversity of birds of the Caatinga and their environmental drivers. Specifically, we aim to (i) summarize the existing knowledge on birds assemblages in the biome, their phylogenetic relationships and ecological (i.e., functional) differences; (ii) investigate the interrelationships among taxonomic, phylogenetic and functional diversity, including their distinct measures; (iii) evaluate the effects of different environmental (climatic and structural) gradients on these different dimensions of bird diversity; and (iv) evaluate the effects of these factors on the functional diversity based on individual traits. We gathered information of 123 birds assemblages from the Caatinga based on the available literature, and used a species-level phylogenetic tree and a set of speciesspecific functional traits to estimate the phylogenetic and functional diversities, respectively. Also, we explored different diversity metrics, aiming to understand their interrelationships and select those less biased by species richness and sampling effort. 523 species composed the regional diversity of the Caatinga. The phylogenetic and functional diversity patterns were coincident regarding spatial distribution and environmental hypothesis, with current climate as the leading factor. Nonetheless, the diversity of individual traits diverged qualitatively and quantitatively from the total functional diversity. These results reinforce the need to intensify the sampling efforts in the Caatinga, allow us to comprehend the effects of environmental conditions on birds assembling in ecological and evolutionary terms and, finally, warns to the problem of selecting ecological traits to describe functional diversity. / Diversidade biológica é um conceito amplo, profundo e multifacetado que descreve toda variabilidade de formas de vida em diferentes escalas espaciais, temporais e níveis de organização. Mesmo entre espécies, a diversidade pode assumir distintos caráteres, incluindo o taxonômico, o evolutivo e funcional. Ecossistemas semiáridos como a Caatinga foram pouco estudados sob uma perspectiva integrada da biodiversidade. A região possui alta variabilidade biótica e sofre intensa pressão de fatores abióticos e antrópicos. Com cerca de 500 espécies conhecidas no bioma, as aves compõem um grupo biológico expressivo da Caatinga, com distintas linhagens evolutivas e características ecológicas. Este trabalho objetiva compreender os aspectos evolutivos e ecológicos da diversidade de aves da Caatinga e seus determinantes ambientais. Especificamente, buscamos (i) sumarizar o conhecimento existente sobre as assembleias de aves do bioma, suas relações filogenéticas e diferenças ecológicas (funcionais); (ii) investigar as inter-relações entre a diversidade taxonômica, filogenética e funcional, incluindo distintas medidas destas; (iii) avaliar os efeitos de diferentes gradientes ambientais (climáticos e estruturais) sobre essas diferentes dimensões da diversidade; e (iv) avaliar os efeitos desses fatores sobre a diversidade funcional de traços individuais. Reunimos informações de 123 assembleias de aves da Caatinga a partir da literatura disponível e utilizamos uma árvore filogenética das espécies e um conjunto de traços funcionais espécie-específicos para estimar a diversidade filogenética e funcional, respectivamente. Ainda, exploramos diferentes métricas de diversidade, a fim de entender suas inter-relações e selecionar aquelas menos enviesadas pela riqueza e esforço amostral. 523 espécies compuseram a diversidade regional da Caatinga. Os padrões de diversidade filogenética e funcional foram coincidentes quanto à distribuição espacial e a hipótese ambiental, tendo o clima atual como fator principal. Entretanto, a diversidade de traços funcionais individuais divergiu qualitativa e quantitativamente da diversidade funcional total. Esses resultados reforçam a necessidade de intensificar os esforços amostrais na Caatinga, permitem compreender o efeito das condições ambientais na formação das assembleias de aves em termos ecológicos e evolutivos, e por fim, alerta para o problema de selecionar traços ecológicos para descrever a diversidade funcional.

Submitted by Cássia Santos (cassia.bcufg@gmail.com) on 2016-05-31T09:35:51Z No. of bitstreams: 2 Tese - Frederico Augusto Martins Valtuille Faleiro - 2016.pdf: 7096330 bytes, checksum: 04cfce04ef128c5bd6e99ce18bb7f650 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-05-31T10:52:51Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Frederico Augusto Martins Valtuille Faleiro - 2016.pdf: 7096330 bytes, checksum: 04cfce04ef128c5bd6e99ce18bb7f650 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-31T10:52:51Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Frederico Augusto Martins Valtuille Faleiro - 2016.pdf: 7096330 bytes, checksum: 04cfce04ef128c5bd6e99ce18bb7f650 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2016-03-07 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The climate changes are one of the major threats to the biodiversity and it is expected to increase its impact along the 21st century. The climate change affect all levels of the biodiversity from individuals to biomes, reducing the ecosystem services. Despite of this, the prediction of climate change impacts on biodiversity is still a challenge. Overcoming these issues depends on improvements in different aspects of science that support predictions of climate change impact on biodiversity. The common practice to predict the climate change impact consists in formulate ecological niche models based in the current climate and project the changes based in the future climate predicted by the climate models. However, there are some recognized limitations both in the formulation of the ecological niche model and in the use of predictions from the climate models that need to be analyzed. Here, in the first chapter we review the science behind the climate models in order to reduce the knowledge gap between the scientific community that formulate the climate models and the community that use the predictions of these models. We showed that there is not consensus about evaluate the climate models, obtain regional models with higher spatial resolution and define consensual models. However, we gave some guidelines for use the predictions of the climate models. In the second chapter, we tested if the predictions of correlative ecological niche models fitted with presence-absence match the predictions of models fitted with abundance data on the metrics of climate change impact on orchid bees in the Atlantic Forest. We found that the presence-absence models were a partial proxy of change in abundance when the output of the models was continuous, but the same was not true when the predictions were converted to binary. The orchid bees in general will decrease the abundance in the future, but will retain a good amount of suitable sites in the future and the distance to gained climatic suitable areas can be very close, despite of great variation. The change in the species richness and turnover will be mainly in the western and some regions of southern of the Atlantic Forest. In the third chapter, we discussed the drawbacks in using the estimations of realized niche instead the fundamental niche, such as overpredicting the effect of climate change on species’ extinction risk. We proposed a framework based on phylogenetic comparative and missing data methods to predict the dimensions of the fundamental niche of species with missing data. Moreover, we explore sources of uncertainty in predictions of fundamental niche and highlight future directions to overcome current limitations of phylogenetic comparative and missing data methods to improve predictions. We conclude that it is possible to make better use of the current knowledge about species’ fundamental niche with phylogenetic information and auxiliary traits to predict the fundamental niche of poorly-studied species. In the fourth chapter, we used the framework of the chapter three to test the performance of two recent phylogenetic modeling methods to predict the thermal niche of mammals. We showed that PhyloPars had better performance than Phylogenetic Eigenvector Maps in predict the thermal niche. Moreover, the error and bias had similar phylogenetic pattern for both margins of the thermal niche while they had differences in the geographic pattern. The variance in the performance was explained by taxonomic differences and not by methodological aspects. Finally, our models better predicted the upper margin than the lower margin of the thermal niche. This is a good news for predicting the effect of climate change on species without physiological data. We hope our finds can be used to improve the predictions of climate change effect on the biodiversity in future studies and support the political decisions on minimizing the effects of climate change on biodiversity. / As mudanças climáticas são uma das principais ameaças à biodiversidade e é esperado que aumente seu impacto ao longo do século XXI. As mudanças climáticas afetam todos os níveis de biodiversidade, de indivíduos à biomas, reduzindo os serviços ecossistêmicos. Apesar disso, as predições dos impactos das mudanças climáticas na biodiversidade é ainda um desafio. A superação dessas questões depende de melhorias em diferentes aspectos da ciência que dá suporte para predizer o impacto das mudanças climáticas na biodiversidade. A prática comum para predizer o impacto das mudanças climáticas consiste em formular modelos de nicho ecológico baseado no clima atual e projetar as mudanças baseadas no clima futuro predito pelos modelos climáticos. No entanto, existem algumas limitações reconhecidas na formulação do modelo de nicho ecológico e no uso das predições dos modelos climáticos que precisam ser analisadas. Aqui, no primeiro capítulo nós revisamos a ciência por detrás dos modelos climáticos com o intuito de reduzir a lacuna de conhecimentos entre a comunidade científica que formula os modelos climáticos e a comunidade que usa as predições dos modelos. Nós mostramos que não existe consenso sobre avaliar os modelos climáticos, obter modelos regionais com maior resolução espacial e definir modelos consensuais. No entanto, nós damos algumas orientações para usar as predições dos modelos climáticos. No segundo capítulo, nós testamos se as predições dos modelos correlativos de nicho ecológicos ajustados com presença-ausência são congruentes com aqueles ajustados com dados de abundância nas medidas de impacto das mudanças climáticas em abelhas de orquídeas da Mata Atlântica. Nós encontramos que os modelos com presença-ausência foram substitutos parciais das mudanças na abundância quando o resultado dos modelos foi contínuo (adequabilidade), mas o mesmo não ocorreu quando as predições foram convertidas para binárias. As espécies de abelhas, de modo geral, irão diminuir em abundância no futuro, mas reterão uma boa quantidade de locais adequados no futuro e a distância para áreas climáticas adequadas ganhadas podem estar bem próximo, apesar da grande variação. A mudança na riqueza e na substituição de espécies ocorrerá principalmente no Oeste e algumas regiões no sul da Mata Atlântica. No terceiro capítulo, nós discutimos as desvantagens no uso de estimativas do nicho realizado ao invés do nicho fundamental, como superestimar o efeito das mudanças climáticas no risco de extinção das espécies. Nós propomos um esquema geral baseado em métodos filogenéticos comparativos e métodos de dados faltantes para predizer as dimensões do nicho fundamental das espécies com dados faltantes. Além disso, nós exploramos as fontes de incerteza nas predições do nicho fundamental e destacamos direções futuras para superar as limitações atuais dos métodos comparativos filogenéticas e métodos de dados faltantes para melhorar as predições. Nós concluímos que é possível fazer melhor uso do conhecimento atual sobre o nicho fundamental das espécies com informação filogenética e caracteres auxiliares para predizer o nicho fundamental de espécies pouco estudadas. No quarto capítulo, nós usamos o esquema geral do capítulo três para testar a performance de dois novos métodos de modelagem filogenética para predizer o nicho térmico dos mamíferos. Nós mostramos que o “PhyloPars” teve uma melhor performance que o “Phylogenetic Eigenvector Maps” em predizer o nicho térmico. Além disso, o erro e o viés tiveram um padrão filogenético similar para ambas as margens do nicho térmico, enquanto eles apresentaram diferentes padrões espaciais. A variância na performance foi explicada pelas diferenças taxonômicas e não pelas diferenças em aspectos metodológicos. Finalmente, nossos modelos melhor predizem a margem superior do que a margem inferior do nicho térmico. Essa é uma boa notícia para predizer o efeito das mudanças climáticas em espécies sem dados fisiológicos. Nós esperamos que nossos resultados possam ser usados para melhorar as predições do efeito das mudanças climáticas na biodiversidade em estudos futuros e dar suporte para decisões políticas para minimização dos efeitos das mudanças climáticas na biodiversidade.

Submitted by Cássia Santos (cassia.bcufg@gmail.com) on 2016-09-16T13:35:24Z No. of bitstreams: 2 Tese - Priscila Lemes de Azevedo Silva - 2014.pdf: 8738399 bytes, checksum: ebb4f9ec58380c199dc16142d8009cac (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-09-16T15:35:18Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Priscila Lemes de Azevedo Silva - 2014.pdf: 8738399 bytes, checksum: ebb4f9ec58380c199dc16142d8009cac (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-16T15:35:18Z (GMT). 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The impact of climate change on biodiversity can be anticipated by spatial prioritization for conservation through the development of dynamic conservation plans. However, it is clear that some species have a more important ecological role than others (due to their biological and life history characteristics) which includes the unique challenge of taking an integrated view of biodiversity in conservation planning into account. The Atlantic Forest is a lush biome which holds 7.7% of the world's known species of amphibians and high concentration of endemic species. However, the Atlantic Forest is also one of the most threatened tropical biomes of the world, mainly due to the loss and fragmentation of natural habitats. This thesis provides proposals for conservation efforts, considering the possible effects of climate change and also the wider aspects of biodiversity. For this, I used the available amphibian data from the Red List of Threatened Species of the International Union for Conservation of Nature, available climate models, information on protected areas by the World Database on Protected Areas, and attributes of species and the phylogenetic tree consistent with specific literature. Chapter 1 highlights a discussion on the impact of climate change and priorities for biodiversity conservation and the importance of including the functional and phylogenetic diversity in conservation efforts. Chapter 2 brings a discussion about available data for conservation studies, as well as the advantages and disadvantages of using maps of extent of occurrence in systematic planning for conservation. Chapter 3 shows the effectiveness of protected areas in maintaining species richness under climate change from consensual projections of species distribution models for amphibians inhabiting of the Atlantic Forest. In this chapter, we identified that protected areas may gain or lose species due to climate change according to the location of the current network of protected areas. Chapter 4 presents an alternative approach to complement the existence of protected areas and incorporates possible changes in species distribution. The prioritization is based mainly on the distribution of species in both present and future scenarios. This chapter outlines a conservation plan that minimizes the effects of climate change on species dispersion. Besides these effects on species dispersion, this solution also minimizes the uncertainty associated with distribution models and prioritizing areas of low uncertainty. Chapter 5 explains the spatial prioritization of conservation, including different aspects of biodiversity, such as: phylogenetic & functional diversity measures and their influence on evolutionary history and underlying ecological processes. The main objective is to identify and compare the places that contain the most information on the taxonomic, phylogenetic and functional diversity, while also indicating the conservation priorities for each biogeographical region of the Atlantic Forest. In conclusion, we present our new and original ideas for conservation and discuss the future prospects and predictions in this area. / Processos globais como a perda de habitat, a superexploração, a invasão de espécies exóticas e as mudanças climáticas estão conduzindo muitas espécies à extinção. Nesse contexto, o desenvolvimento de um planejamento sistemático que indique as áreas mais importantes para a conservação da biodiversidade tem sido amplamente aceito. O estabelecimento de áreas protegidas é a principal estratégia para proteção da biodiversidade e a manutenção dos processos ecossistêmicos devido à viabilidade e ao custo econômico. Todavia, a distribuição das espécies pode ser alterada pelas mudanças climáticas global e, possivelmente, a atual rede de áreas protegidas pode não ser suficiente para representar as espécies no futuro. A priorização espacial para a conservação pode antecipar os impactos das mudanças climáticas sobre a biodiversidade, além de mitigar tais impactos por meio do desenvolvimento de planos dinâmicos de conservação. No entanto, é evidente que algumas espécies têm um papel ecológico mais importante que outras devido às suas características biológicas e à história de vida, portanto, um novo desafio é adotar uma visão integrada da biodiversidade no planejamento da conservação. A Mata Atlântica é um exuberante bioma que detém 7,7% das espécies de anfíbios conhecidas do mundo e grande concentração de espécies endêmicas. Contudo, a Mata Atlântica é também um dos biomas tropicais mais ameaçados do mundo, sobretudo devido à perda e fragmentação dos hábitats naturais. Esta tese fornece propostas para os esforços de conservação, considerando os possíveis efeitos das mudanças climáticas e também os amplos aspectos da biodiversidade. Para tanto, utilizei os dados de anfíbios disponíveis na Lista Vermelha de Espécies Ameaçadas da União Internacional para a Conservação da Natureza para toda a Mata Atlântica,modelos climáticos disponíveis e informações sobre áreas protegidas oferecidas pelo World Database on Protected Areas. Os atributos das espécies e a árvore filogenética estão de acordo coma literatura específica. O capítulo 1 apresenta uma discussão sobre os impactos das mudanças climáticas e as prioridades para a conservação da biodiversidade. Ainda, é discutida a importância de incluir a diversidade funcional e filogenética nos esforços de conservação. O capítulo 2 apresenta os tipos de dados disponíveis para estudos de conservação, além das vantagens e das desvantagens do uso de mapas de extensão de ocorrência no planejamento sistemático para a conservação. O capítulo 3 apresenta a avaliação da eficiência das áreas protegidas em manter a riqueza de espécies no contexto de mudanças climáticas a partir de projeções consensuais dos modelos de distribuição das espécies para anfíbios da Mata Atlântica. Essa avaliação identifica se uma área protegida poderá ganhar ou perder espécies devido às mudanças climáticas considerando a localização da rede atual das áreas protegidas. O capítulo 4 apresenta uma abordagem alternativa para complementar a atual rede de áreas protegidas e incorpora as possíveis mudanças na distribuição das espécies. A priorização baseia-se, principalmente, na distribuição das espécies tanto no presente quanto no futuro e busca minimizar os efeitos dessa mudança na distribuição das espécies a partir de uma medida de dispersão no contexto de mudanças climáticas. Além da medida de dispersão, a solução também minimiza a incerteza associada aos modelos de distribuição, priorizando locais de baixa incerteza. O capítulo 5 apresenta a priorização espacial da conservação, incluindo diferentes aspectos da biodiversidade tal como a diversidade filogenética e funcional cujas medidas inferem tanto a história evolutiva quanto os processos ecológicos subjacentes. O principal objetivo é identificar e comparar os locais que conservam a maior informação sobre a diversidade taxonômica, filogenética e funcional quanto possível. Além disso, são indicadas as prioridades para a conservação para cada região biogeográfica da Mata Atlântica. Finalmente, em sua conclusão, são apresentadas as principais novidades da tese e discutidos os rumos para futuros trabalhos.

The present study aimed to evaluate bacterial isolates and the microbiome of dairies. The specific aims were: to characterize Staphylococcus spp. isolated from mastitic milk, to evaluate the presence of Lactococcus in mastitic milk as a potential causative agent of mastitis, to evaluate the association between microbiome and milk quality parameters, and to characterize Staphylococcus spp. isolated from production lines of Minas Frescal cheese. The detection of genes encoding virulence factors (enterotoxins (sea, seb, sec, sed, see, seg, seh, sei, selj, selk, sell, selm, seln, selo, selp, seIq, ser, ses, set, selu, selv, and selx), hemolysins (hla, hlb, hld, hlg, and hlgv), exfoliative toxins (eta, etb, and etd), Panton-Valentine leukocidin (pvl), and toxic shock syndrome toxin (tst)), genes encoding antibiotic resistance (resistance to tetracycline (tetK, tetL, and tetM), erythromycin (ermA, ermB, and ermC), methicillin (mecA and mecC), and tobramycin (ant(4\')-Ia)), molecular typing (spa, SCCmec, and agr types), and phenotyping regarding antibiotic resistance were performed in staphylococci isolates from mastitic milk, and from cheese processing plant samples. Staphylococcus aureus was identified in the majority of isolates from both origins. Several virulence factor genes were detected. The distribution of genes encoding staphylococcal enterotoxins (85.0% - 85.7% of isolates were positive for one or more enterotoxin gene) was highlighted and the gene related to H toxin was the most prevalent. Methicillin-resistant Staphylococcus aureus were identified in isolates from mastitic milk (4.1%) and cheese processing (6.0%); the genotyping and phenotyping of these isolates were described. t605 had the highest frequency in the S. aureus population studied. In mastitic milk, Lactococcus was suggested as the causative agent of an outbreak of mastitis in a dairy farm. Using next generation sequencing, the abundance of Lactococcus was observed in microbiome samples. Bacterial isolation and DNA sequencing confirmed the presence of Lactococcus lactis and Lactococcus garvieae. The microbiome of environmental samples and bulk tank milk from the dairy farm showed the Lactococcus genus among the most common bacterial taxa, suggesting other sources of this genus. Regarding milk quality parameters, the microbiome of bulk tank milk from several dairy farms was associated with somatic cell count and bacterial count. The core microbiome was described and many genera of importance were identified. Among the associations performed between microbiome and milk quality parameters, the identification of Streptococcus in samples classified with high somatic cell count and high bacterial count was highlighted. Several bacterial taxa with relative abundance significantly higher in samples classified as high and low cell count and bacterial count were shown. Real-time polymerase chain reaction was also performed associated with bacterial diversity, bacterial taxa, and bacterial count. These findings highlight the need to control and prevent bacterial contamination in the dairy industry, from herd to consumers. / O presente estudo apresentou como objetivo avaliar isolados bacterianos e microbioma de lácteos. Os objetivos específicos foram: caracterizar Staphylococcus spp. isolados de leite de vacas com mastite, avaliar a presença de Lactococcus em leite de vacas com mastite como um potencial agente causador de mastite, avaliar a associação entre microbioma de leite de tanque e parâmetros da qualidade de leite, e caracterizar Staphylococcus spp. isolados de linhas de processamento de queijo Minas frescal. A detecção de genes codificadores de fatores de virulência (enterotoxinas (sea, seb, sec, sed, see, seg, seh, sei, selj, selk, sell, selm, seln, selo, selp, seIq, ser, ses, set, selu, selv, e selx), hemolisinas (hla, hlb, hld, hlg, e hlgv), toxinas exfoliativas (eta, etb e etd), leucocidina de Panton-Valentine (pvl), toxina da síndrome do choque tóxico (tst)), genes codificadores de resistência a antibióticos (resistência a tetraciclina (tetK, tetL e tetM), eritromicina (ermA, ermB e ermC), meticilina (mecA e mecC) e tobramicina (ant(4\')-Ia)), tipagem molecular (spa, SCCmec e agr types), e fenotipagem quanto à resistência a antibióticos foram realizadas em estafilococos isolados de leite de vacas com mastite e de amostras de planta de processamento de queijo. Staphylococcus aureus foi identificado na maioria dos isolados de ambas as origens. Diversos genes de fatores de virulência foram detectados, com destaque para a distribuição de genes codificadores de enterotoxinas estafilocócicas (85,0%-85,7% dos isolados foram positivos para um ou mais genes codificadores de enterotoxinas), sendo o gene relacionado com a toxina H o mais frequente. Staphylococcus aureus meticilina resistente foram identificados em isolados de leite de vacas com mastite (4.1%) e em processamento de queijo (6.0%); o perfil genotípico e fenotípico destes isolados foram descritos. t605 foi o mais freqüente na população de S. aureus estudada. Em leite de vacas com mastite, Lactococcus foi sugerido como o agente causador de um surto de mastite numa fazenda leiteira. Usando sequenciamento de nova geração, a abundância de Lactococcus foi observada no microbioma das amostras. O isolamento e sequenciamento de DNA confirmaram a presença de Lactococcus lactis e Lactococcus garvieae. O microbioma de amostras ambientais e de leite de tanque da fazenda mostrou o gênero Lactococcus entre os mais comuns, sugerindo outras fontes deste gênero. Contemplando parâmetros da qualidade de leite, o microbioma de leite de tanque de várias fazendas leiteiras foi relacionado com contagem de células somáticas e contagem bacteriana. O core microbiome foi descrito e muitos gêneros bacterianos de importância foram identificados. Dentre as análises realizadas associando microbioma com parâmetros da qualidade de leite, foi destacada a identificação de Streptococcus em amostras classificadas com alta contagem de células somáticas e alta contagem bacteriana. Diversos táxons bacterianos com abundância relativa significativamente maior em amostras classificadas com alta e baixa contagem de células somáticas e contagem bacteriana foram mostrados. Reação em cadeia da polimerase em tempo real também foi realizada e associada com diversidade bacteriana, táxons bacterianos e contagem bacteriana. Estes levantamentos confirmam a necessidade de controlar e prevenir a contaminação bacteriana na indústria de lácteos, do rebanho leiteiro até os consumidores.

O coronavírus de perus (TCoV) é o agente etiológico associado a síndrome de mortalidade entérica das aves (PEMS). PEMS é uma enfermidade entérica, aguda e altamente contagiosa dos perus caracterizada por depressão, anorexia, diarréia e alta mortalidade em lotes de perus comerciais. A presença do coronavírus de perus (TCov) foi pesquisada em 29 amostras de conteúdo intestinal de perus entre 10 e 104 dias de idade que apresentaram enterite severa no período de 2004 a 2006. A detecção do TcoV foi realizada realizada através da técnica da transcriptase reversa e da reação em cadeia pela polimerase (RT-PCR), mediante a amplificação da região 3 UTR, seguida pela amplificação dos genes 3 e 5. A caracterização molecular dos vírus foi realizada mediante a amplificação dos genes 3 e 5, que mostrou similaridade genética entre as amostras, mas diferenças com as sequencias dos outros TCoVs publicados previamente. Em relação ao gene 3, as amostras apresentaram maior relação com o vírus da bronquite infecciosa das aves (IBV), enquanto que com o gene 5 houve maior identidade com os cronavírus de faisão (PhCoV). Nossos resultados sugerem que a estratégia de amplificação da região 3 UTR provou ser uma estratégia eficaz para a detecção do TcoV em conteúdo intestinal. / Turkey coronavirus (TCoV) is causative agent associated to Poult Enteritis and Mortality Syndrome (PEMS) in turkeys wideworld. The disease is characterized by an acute highly contagious enteric disease of turkeys characterized by depression, anorexia, diarrhea and high mortality in co mMercial turkey flocks. The presence of turkey coronavirus (TCoV) in 29 intestinal content samples from turkey flocks aged between 10 and 104 days with severe enteritis was monitored in the period of 2004 to 2006. TCoV detection was accomplished by the reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR), through amplification of the 3´UTR region, followed by amplification of genes 3 and 5. Molecular characterization of the viruses was done through amplification of genes 3 and 5, and showed evidence of genetic similarity between them, although they differed of sequences of other TCoVs described in the literature. In relation to gene 3, samples showed greater relationship with chicken infectious bronchitis virus (IBV), and while gene 5 showed greater identity with pheasant coronavirus (PhCoV). Our results suggest that the strategy of amplification of the 3´UTR region has proved to an effective means of detection of TCoV in intestinal contents.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:51:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 248917 bytes, checksum: 84bc05c660ca867229222e12c0fa08ec (MD5) Previous issue date: 2003-03-31 / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Gerais / Phylogenetic analysis of Lactobacillus UFV H2b20 based on the 16S rDNA sequence positions this isolate among the Lactobacillus delbrueckii subspecies. It confirms the classification by DNA/DNA hybridization. Comparisons of the substituted bases along the 16S rDNA sequence show that most are probably caused by 5-methylcytosine deamination that results in GC/AT transition. Presence of polymorphic copies of the 16S rRNA gene in Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20 were confirmed by PCR-DGGE. Five distinct bands of rDNA amplified sequences confirm at least five different copies of the gene. The intensity of one of the bands allows the inference of two identical copies. The DGGE profile of this isolate was different from those of other L. delbrueckii strains, providing a mean to distinguish it in mixed cultures. Analysis of the nucleotide sequences along the rDNA region revealed the presence of putative insertion sequences. One of them, 915 bp long, was characterized and denominated ISLdH2b20. It presents a single ORF that encodes a putative transposase with some homology to the one of ISL5 of L. delbrueckii subsp. bulgaricus. All the characteristic elements of an IS were located as well as the putative regulatory sequences of the transposase. / O estudo de filogenia baseado em seqüências de rDNA de Lactobacillus UFV H2b20 mostrou que esse microrganismo foi agrupado entre as subespécies de Lactobacillus delbrueckii. Este resultado confirma a nova classificação do isolado, baseada na hibridização DNA-DNA. A análise das substituições de bases mostra que a maioria é causada pela desaminação da 5-metilcitosina, o que causa uma transição GC/AT. A técnica PCR-DGGE de L. delbrueckii UFV H2b20 demonstrou resultados satisfatórios na análise de polimorfismos do operon rrn em microrganismos isolados. Foram encontradas cinco bandas diferentes para o L. delbrueckii UFV H2b20, confirmando a presença de cinco cópias distintas do rDNA 16S nesse microrganismo e possivelmente seis no total. O isolado L. delbrueckii UFV H2b20 apresentou um perfil de bandas diferente das outras linhagens de Lactobacillus, o que poderá ser utilizado para diferenciá-lo dos demais, uma vez que outros métodos baseados em PCR, como RAPD, mostram-se pouco discriminatórios. A análise das seqüências da região do rDNA 16S revelou uma seqüência de inserção putativa, de 915 pb, que foi caracterizada e denominada ISLdH2b20. Ela apresenta uma única ORF e codifica uma transposase putativa que apresenta homologia com a transposase de ISL5. Todos os elementos característicos de uma IS foram identificados bem como as seqüências regulatórias putativas da transposase.