Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2017. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2017-03-31T20:04:12Z No. of bitstreams: 1 2017_BiancaSamayAngelinoBonfim.pdf: 1074842 bytes, checksum: 4d1edc3bbc2f110de3b7d9cb95124ed3 (MD5) / Rejected by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br), reason: Fernanda, Por favor, verificar os metadados (resumos e assunto). Obrigada! on 2017-04-20T12:51:44Z (GMT) / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2017-04-25T16:11:06Z No. of bitstreams: 1 2017_BiancaSamayAngelinoBonfim.pdf: 1074842 bytes, checksum: 4d1edc3bbc2f110de3b7d9cb95124ed3 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2017-04-27T23:19:42Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_BiancaSamayAngelinoBonfim.pdf: 1074842 bytes, checksum: 4d1edc3bbc2f110de3b7d9cb95124ed3 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-27T23:19:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_BiancaSamayAngelinoBonfim.pdf: 1074842 bytes, checksum: 4d1edc3bbc2f110de3b7d9cb95124ed3 (MD5) / O cultivo comercial da macieira no Brasil iniciou-se na década de 70 e atualmente constitui uma atividade econômica de grande importância para a região Sul, cuja produção corresponde a 99% do total produzido no país. Apesar dos altos índices de produção, a produtividade da cultura é reduzida devido a ocorrência de pragas e doenças. Entre as principais doenças, as podridões pós-colheita destacam-se pelas perdas mais elevadas em relação as ocorridas no campo, pois além dos custos de produção, são adicionadas despesas de colheita, classificação, embalagem, transporte, armazenamento e comercialização. A podridão olho de boi é uma doença pós-colheita causada por um complexo de espécies do gênero Neofabraea, sendo que a ocorrência de cada táxon varia de acordo com a região geográfica. Por exemplo, N. alba é a única espécie relatada no Chile enquanto que N. alba, N. kienholzii e N. perennans já foram registradas na Polônia. O primeiro relato da podridão olho de boi no Brasil ocorreu em 1995 e até 2016, o agente etiológico da doença foi identificado como N. perennans. A identificação foi baseada principalmente nas características morfológicas, no entanto, estudos recentes demonstram a importância da inclusão de dados moleculares para a diferenciação das espécies. Portanto, esse trabalho tem o objetivo de identificar e caracterizar morfomolecularmente as espécies de Neofabraea associadas a podridão olho de boi e avaliar a agressividade e o crescimento micelial dos isolados em diferentes temperaturas. Os isolados foram obtidos de frutos sintomáticos coletados em Campo Belo do Sul-SC, Fraiburgo-RS, São Joaquim-SC e Vacaria-RS para extração do DNA genômico e amplificação parcial do gene da β-tubulina. Entre os 92 isolados identificados, 10 espécimes provenientes de Fraiburgo (4) e Vacaria (6) pertencem a N. actinidiae e 82 isolados obtidos em Campo Belo do Sul (15), Fraiburgo (36), São Joaquim (12) e Vacaria (19) pertencem a Neofabraea sp., indicando que a podridão olho de boi no Brasil é causada por duas espécies do gênero Neofabraea. Para a identificação precisa, isolados representativos de cada espécie e localidade foram selecionados para sequenciamento das regiões ITS, LSU, e RPB2 e para a caracterização morfológica. Após a abordagem morfomolecular, conclui-se que Neofabraea sp. e N. actinidiae ocorrem na proporção 8:1, sendo que Neofabraea sp. ocorre em Campo Belo do Sul-SC, Fraiburgo-SC, São Joaquim-SC e Vacaria-RS enquanto N. actinidiae foi encontrada somente em Fraiburgo e Vacaria. Adicionalmente, esse é o primeiro relato de N. actinidiae causando a podridão olho de boi da maçã. Isolados representativos de cada espécie e localidade foram utilizados para avaliação da agressividade e do crescimento micelial a 5°C, 17°C e 25 ºC. A agressividade foi determinada pelo tamanho das lesões em frutos de maçãs ‘Fuji’ ocasionadas pela inoculação de uma suspensão de conídios e o crescimento micelial pelo tamanho do diâmetro das colônias cultivadas em extrato de malte ágar. Após os testes, verifica-se que Neofabraea sp. é mais agressiva que N. actinidiae e que existe uma variação fisiológica intraespecífica para o crescimento micelial e a agressividade dos isolados sob diferentes temperaturas. / The commercial cultivation of apple trees in Brazil began in the 1970's and it is currently an economic activity of great importance in the country´s southern region, which accounts for 99% of the total domestic production. Despite the high fruit yields, crop productivity is limited by the occurrence of pests and diseases. Among the main diseases, postharvest rot losses are higher than field losses, due to the associated costs of harvesting, sorting, packaging, transportation, storage and commercialization. The bull’s eye rot is a post-harvest disease caused by a complex of species of the genus Neofabraea, and the occurrence of each taxon varies according to geographic region. For example N. alba is the only species reported in Chile whereas N. alba, N. kienholzii and N. perennans have already been recorded in Poland. The first report of bull’s eye rot in Brazil was made in 1995 and, until 2016, the etiological agent of the disease was identified as N. perennans. The identification was mainly based on the morphological characters, however, recent studies demonstrate the importance of the inclusion of molecular data for species differentiation. Therefore, this work aimed to identify and characterize morphologically and molecularly the Neofabraea species associated with bull’s eye rot and to evaluate the aggressiveness and mycelial growth of the isolates at different temperatures. The isolates were obtained from symptomatic fruits collected in Campo Belo do Sul-SC, Fraiburgo-RS, São Joaquim-SC and Vacaria-RS for extraction of genomic DNA and partial amplification of the β-tubulin gene. Among the 92 isolates identified, 10 specimens from Fraiburgo (4) and Vacaria (6) were shown to belong to N. actinidiae, while 82 isolates obtained from Campo Belo do Sul (15), Fraiburgo (36), São Joaquim (12) and Vacaria (19) were determined to belong to Neofabraea sp., indicating that bull’s eye rot in Brazil is caused by two species of the genus Neofabraea. For the precise identification, representative isolates of each species and locality were selected for sequencing of the ITS, LSU, and RPB2 regions and for the morphological characterization. After the morphomolecular approach, we concluded that Neofabraea sp. and N. actinidiae occur in the ratio 8:1, and Neofabraea sp. occurs in Campo Belo do Sul-SC, Fraiburgo-SC, São Joaquim-SC and Vacaria-RS whereas N. actinidiae was found only in Fraiburgo and Vacaria. Furthermore, this is the first report of N. actinidiae causing apple bull’s eye rot. Representative isolates of each species and locality were used to evaluate aggressiveness and mycelial growth at 5 ° C, 17 ° C and 25 ° C. Aggressiveness was determined by the size of lesions on 'Fuji' apple fruits following inoculation of a conidial suspension. Mycelial growth rates were determined by the size of the colonies grown in agar malt extract. Neofabraea sp. was consistently more aggressive than N. actinidiae. Additionally, an intraspecific physiological variation was found for the mycelial growth rate and isolate aggressiveness to fruits under different temperatures.

Orientador: Hussam El Dine Zaher / Coorientador: Sandro Luis Bonatto / Banca: Taran Grant / Banca: Marcio Roberto Costa Martins / Banca: Giovanna Gondim Montigelli / Banca: Ricardo Jannini Sawaya / Resumo: A relação filogenética entre os caenofídeos (serpentes avançadas) tem sido matéria de debate durante décadas. As principais questões para a sistemática eram representadas pela condição monofilética da família Colubridae, e a composição de sua subfamílias. Mais recentemente, novos métodos para inferir filogenias baseadas em critérios objetivos, bem como a utilização da biologia molecular, lançaram alguma luz sobre estas questões tradicionais. Aqui, são apresentados os resultados de duas análises filogenéticas moleculares das serpentes cenofídeas, focando principalmente nas serpentes neotropicais (subfamílias Xenodontinae e Dipsadinae). Otimização direta com base na máxima parcimônia, e homologia estática (alinhamento múltiplo), utilizando máxima parcimônia e máxima verossimilhança foram aplicados em uma matriz expandida de dados molecular. Os principais resultados de ambas as análises são: posicionamento de Acrochordus, Xenodermatideos e Pareatideos como grupos irmãos sucessivos de todos os caenofídeos restantes; viperídeos e homalopsideos são clados irmãos sucessivos de todos as demias serpentes, foram recuperados os seguintes clados monofiléticos dentro do crown-group Caenophidia: psammofídeos Afro-Asiaticos (incluindo Mimophis de Madagascar), Elapidae, Pseudoxyrhophiinae, Colubrinae, Natricinae, Dipsadinae e Xenodontinae. Homoroselaps está associada com os atractaspidídeos. Dois grupos taxonômicos superiores dentro de Caenophidia e uma nova subfamília dentro Dipsadidae foram nomeados. As análises filogenéticas sugerem mudanças taxonômicas dentro dos xenodontíneos; cinco novas tribos, oito novos gêneros foram criados e dois gêneros foram ressuscitados. Os gêneros Xenoxybelis e Pseudablabes foram sinonimizados com Philodryas; Liophis e Umbrivaga com Erythrolamprus e Lystrophis e Waglerophis com Xenodon / Abstract: The phylogenetic relationship among the caenophidian (advanced) snakes has been a matter of debate for decades. The principal issues for the systematic were represented by the monophyletic condition of the large family Colubridae, and the composition of its subfamilies. More recently, new methods for infering phylogenies based on objective criteria, and the use of molecular biology, shed some light on these traditional issues. Here, two molecular phylogenetic analyses of caenophidian snakes focusing principally in the Neotropical snakes (subfamilies Xenodontinae and Dipsadinae) are presented. Direct optimization based on maximum parsimony, and static homology (multiple alignment) using maximum parsimony and maximum likelihood were applied on a expanded molecular data matrix. The major results of both analyses are: placement of Acrochordus, Xenodermatids, and Pareatids as successive outgroups to all remaining caenophidians; viperids and homalopsids are sucessive sister clades to all remaining snakes; the following monophyletic clades within crown group caenophidians: Afro- Asian psammophiids (including Mimophis from Madagascar), Elapidae, Pseudoxyrhophiinae, Colubrinae, Natricinae, Dipsadinae, and Xenodontinae. Homoroselaps is associated with atractaspidids. Two higher taxonomic clades within Caenophidia one new subfamily within Dipsadidae were nomed. The phylogenetic analyses suggest taxonomic changes within xenodontines, five new tribes, eight new genera were created and two genera were resurrected. The genera Xenoxybelis and Pseudablabes were synonymize with Philodryas; Liophis and Umbrivaga with Erythrolamprus; and Lystrophis and Waglerophis with Xenodon / Doutor

Submitted by Luiz Felipe Barbosa (luiz.fbabreu2@ufpe.br) on 2015-04-17T12:48:21Z No. of bitstreams: 2 Dissertação Ana Maria Felix.pdf: 1967506 bytes, checksum: 7df7f0db723450048879e801b4b93d80 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-17T12:48:21Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação Ana Maria Felix.pdf: 1967506 bytes, checksum: 7df7f0db723450048879e801b4b93d80 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2013 / FACEPE / Entre as plantas não comestíveis o pinhão-manso (Jatropha curcas L.) se apresenta como expressiva opção para a obtenção de óleo vegetal, muito demandado para finalidades industriais ou ainda como biocombustível. Apesar da importância de bancos genéticos eficientemente caracterizados para o estabelecimento de programas de melhoramento, os recursos disponíveis para o pinhão-manso ainda se encontram escassamente caracterizados. No presente trabalho foram testados e desenvolvidos marcadores moleculares para esta cultura, aplicados experimentalmente a acessos de pinhão-manso em comparação com espécies relacionadas. Os marcadores testados incluíram sete primers ISSR (Inter Simple Sequence Repeat) e treze iniciadores DAF (DNA Amplification Fingerprinting), além do sequenciamento de parte da região ITS-1 (Internal Transcribed Spacer 1). Após avaliação de uma subamostra com seis acessos de três espécies de Jatropha foram selecionados marcadores para aplicação a um número maior de acesso, sendo obtidos resultados para 12 deles. Os marcadores selecionados envolveram dois ISSR (UBC 808, UBC 809; polimorfismo médio de 78%)e dois DAF (OPL07, OPL11, com média de 44% polimórficos). Por sua vez, as regiões parcialmente sequenciadas de ITS-1 revelaram níveis de polimorfismo escassos entre 10 acessos de pinhão-manso, além de moderado polimorfismo interespecífico considerando outras espécies de Jatropha, indicando que tais marcadores são úteis apenas para comparações interespecíficas ou supragenéricas. Os marcadores desenvolvidos certamente serão úteis para análises de J. curcas envolvendo uma maior amostragem, podendo colaborar para a seleção de parentais contrastantes para análises de mapeamento genético, entre outras aplicações.

Submitted by Caroline Falcao (caroline.rfalcao@ufpe.br) on 2017-04-10T16:27:42Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) 2012-Dissertação-MarcoAntonioSantos.pdf: 3331059 bytes, checksum: 5771c8bf3db4a1328356c57da9a193b0 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-10T16:27:42Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) 2012-Dissertação-MarcoAntonioSantos.pdf: 3331059 bytes, checksum: 5771c8bf3db4a1328356c57da9a193b0 (MD5) Previous issue date: 2012-08-06 / Os Arthropoda formam o grupo animal mais abundante e diverso na terra, com mais de um milhão de espécies descritas, apresentando extrema importância econômica, ambiental e médica. Devido a grande diversidade e antiguidade do grupo, inúmeras hipóteses para explicar a história evolutiva dos Arthropoda foram sugeridas ao longo dos anos. No entanto, as relações entre e dentro dos quatro principais grupos do filo (Crustacea, Hexapoda, Myriapoda e Chelicerata) permanecem como uma das grandes questões em aberto na sistemática. Neste contexto, o genoma mitocondrial representa uma importante fonte de informação para a reconstrução filogenética de um grupo taxonômico tão diverso. Assim, esse trabalho teve como objetivo elucidar as relações filogeneticas do filo Arthropoda a partir dos genomas mitocondriais, completamente sequenciados e disponíveis em bancos de dados públicos, utilizando diferentes abordagens computacionais. As análises dos genomas mitocondriais sugerem, com altos valores de suporte, o monofilétismo dos grupos Pancrustacea (Hexapoda + Crustacea) eMandibulata (Pancrustacea + Myriapoda)indicando que o grupoirmãodos demais Arthropodaé Chelicerata. Além disso, a utilização da entropia de Shannon se mostrou altamente eficiente na seleção de regiões filogeneticamente informativas, sendo mais efetivaque outros métodos utilizados tradicionalmente na análise de genomas mitocondriais. A entropia também se mostrou como ótima fonte de informações para seleção de regiões conservadas destinadas à determinação de iniciadores degenerados para a amplificação de regiões homólogas. Esse trabalho representa um importante passo para a elucidação da história filogenética do filo Arthropoda. / Arthropodaare the most abundantand diverseanimal group on earth, with overa milliondescribed species.They havevery importanteconomicand medical, environmental. Giventhe great diversityand seniorityof the group,severalhypotheses to explainthe evolutionary history ofArthropodahave been suggestedover the years. The relationships between and within these four major lineagesof the phylum(Crustacea, Hexapoda,MyriapodaandChelicerata) lineages remain one of the most contentious issues in systematics.The mitochondrial genomerepresentsanimportant sourceof information forphylogeneticreconstructionsof ataxonomic groupas diverse. Thus, thisstudy aimed toelucidate thephylogeneticsrelationshipsof the phylumArthropodaby usethecompletelysequenced andavailable mitochondrial genomesinpublic databases, using differentcomputational approaches. Analyses ofmitochondrial genomessuggestwith high values supportthemonophyly ofgroupsPancrustacea(Hexapoda+Crustacea)and Mandibulata(Pancrustacea +Myriapoda)indicating that Chelicerata is sistergroupof otherArthropoda. Furthermore, the use of Shannon's entropyprovedhighly effectivein the selection ofphylogeneticallyinformativeregions. Shannon's entropy was more effective than other methods traditionally usedin the analysis ofmitochondrial genomes. The entropy alsos howed likegreat sourceof information forselection ofconserved regionsto determination ofdegenerate primers. Thiswork represents an important step to elucidate thephylogenetics historyof the phylum Arthropoda.

O gênero Acestrorhynchus encontra-se amplamente distribuído na América do Sul, estando presente nas bacias do Paraná-Paraguai, Uruguai, no rio São Francisco, nos rios costeiros das Guianas, e nas bacias dos rios Amazonas e Orinoco, sendo as duas últimas, o local onde se encontra a maior diversidade desses peixes. Na ausência de estudos mais detalhados sobre as relações filogenéticas entre as espécies de Acestrorhynchus, as 14 espécies reconhecidas têm sido agrupadas com base no seu padrão de coloração. O primeiro trabalho focalizando as relações filogenéticas das espécies de Acestrorhynchus, foi desenvolvido recentemente e estabelece as relações de parentesco de 13 espécies do gênero com base na análise de 104 características osteológicas e de morfologia externa. No presente estudo, 2139 pares da região 16S e da ATPase, ambos do genoma mitocondrial, juntamente o primeiro íntron da proteína ribossomal S7 do genoma nuclear, foram analisados para as espécies A. microlepis, A. falcatus, A. heterolepis, A pantaneiro, A. falcirostris, A. altus, A. minimus, A. grandoculis, A. britskii, A. lacustris e A. nasutus. Os gêneros Roeboides, Rhaphiodon e Gephyrocharax foram utilizados como grupo externo. A análise de máxima parcimônia, com busca heurística e adição aleatória de seqüências com o algoritmo TBR resultou na obtenção de uma árvore mais parcimoniosa com 2.551 passos. Os índices de consistência e retenção foram, respectivamente, 0,633 e 0,533. Os resultados obtidos através da análise dos dados moleculares corroboram, assim como os resultados morfológicos, o monofiletismo dos agrupamentos propostos com base nos padrões de coloração. / Fishes of the Neotropical characiform genus Acestrorhynchus Eigenmann, comprise freshwater species widely distributed throughout South American rivers, being found in the Paraná, Paraguai, Uruguai, São Francisco and of Guyana rivers. However it is in the Amazonas and Orinoco river basins where the highest diversity of this group of fishes is present. In the absence of more detailed phylogenetic studies the 14 recognized species are grouped on the basis of their color patterns. The first specific study about the phylogenetic relationships of Acestrorhynchus species, was recently developed and it established the relationships of 13 species of the genus, based in the analysis of 104 osteological and external morphological characters. In the present study, simultaneous analysis of 2139 aligned base pairs from the mitochondrial 16S and ATPase and the nuclear first intron of the S7 ribosomal protein were analyzed for the species A. microlepis, A. falcatus, A. heterolepis, A pantaneiro, A. falcirostris, A. altus, A. minimus, A. grandoculis, A. britskii, A. lacustris e A. nasutus. The genera Roeboides, Rhaphiodon and Gephyrocharax were included in the analysis as outgroups. Maximum parsimony analysis, and heuristic searches with random taxon addition replicates and TBR branch swapping were performed resulting in one most parsimonious tree with 2,551 steps in length. The consistence index and retention index were 0,633 and 0,533, respectively. The results revealed with molecular data as well as the ones obtained with morphological characters corroborate, the monophyly of the genus and the grouping proposed based in the color pattern.

Este estudo consta da análise filogenética de Anthurium seção Urospadix e grupos correlatos. O gênero tem sido considerado complexo taxonomicamente e tem sido considerado com pouca resolução interna. Nós realizamos análises de parcimônia com os dados morfológicos e moleculares e com os conjuntos de dados combinados. Caracteres anatômicos têm sido empregados em clássicos tratamentos para Araceae e a anatomia foliar pode prover vários caracteres para esclarecer as relações filogenéticas dentro de Anthurium. Com o intuito de averiguar os caracteres já descritos em um número maior de espécies de Anthurium, além de buscar novos caracteres, nós realizamos estudos anatômicos da folha de 77 espécies de Anthurium, sendo 35 da seção Urospadix. Especificamente, os dados foram obtidos de dissociações epidérmicas e secções transversais da porção mediana da nervura principal, limbo e pecíolo. Nós observamos 17 caracteres, nove dos quais são potencialmente informativos para a filogenia de Anthurium. Estudos palinológicos de 34 espécies de Anthurium também foram realizados e revelaram pólen 3-4-porado em todas as espécies. Grãos de pólen de todas as espécies examinadas são altamente similares quanto à forma e dimensões. Entretanto, o tipo de abertura e a ornamentação da exina exibem variações e podem ser úteis em estudos sistemáticos do grupo. Os três caracteres apresentados aqui aparecem como sinapomorfias para o gênero ou grupos dentro de Anthurium. Os resultados de 64 caracteres morfológicos (anatomia, morfologia externa e palinologia) e 177 caracteres moleculares (regiões trnC-ycf6, trnG e trnH-psbA do cloroplasto), ofereceram um arcabouço filogenético para avaliar os caracteres utilizados na sistemática destes grupos, bem como discutir questões da sistemática do grupo e os padrões evolutivos e biogeográficos envolvidos. Baseado nos conceitos tradicionais, a seção Urospadix contém 74 espécies e apresenta uma distribuição disjunta, com dois centros de diversidade: a América Central e Oeste da América do Sul e o leste do Brasil. Entretanto, baseado na nova circunscrição que aceitamos aqui, Anthurium seção Urospadix Engl., contém um menor número de espécies e, como tratado aqui, o grupo é restrito à Costa Atlântica Brasileira. / We present a phylogenetic analysis of Anthurium sect. Urospadix and related groups (Araceae). The genus has traditionally been considered taxonomically difficult and there has been little resolution of relationship within it. We performed parsimony analyses on morphological and molecular, and combined data sets. Anatomical characters have been used in classic taxonomic treatments of Araceae and it appears that leaf anatomy may provide several characters for addressing phylogenetic relationships within Anthurium. To verify these characters in a larger number of species and to examine new ones, we investigated the leaf anatomy of 77 Anthurium species, including 35 of section Urospadix. Specifically, we investigated the anatomy of the epidermis and traverse sections of the mid rib, leaf lamina, and petiole. We identified 17 characters, nine of which are potentially informative with respect to the Anthurium phylogeny. The palynological studies of 34 Anthurium species indicate that pollen is 3-4 porate in all species. Pollen grains from all examined species are highly similar in form and dimensions. However, the aperture type and the exine sculpturing are variable and may be useful for systematic studies of the group. The three characters presented here appear to provide synapomorphies for the genera or groups within Anthurium. The results of analyses on morphological (external morphology, palynology, and leaf anatomy; 64 characters), molecular (trnCycf6, trnG, and trnH-psbA regions of the chloroplast; 177 varied characters), and combined data sets, provide a phylogenetic framework for evaluating the characters used in systematic studies of the group, as well as for discussing evolutionary and biogeographic patterns. Based on the traditional concept sect. Urospadix contains 74 species and it had a disjunct distribution, with centers of diversity in Central America–western South America and in eastern Brazil. However, based on the new circumscription that we consider here, Anthurium sect. Urospadix Engl. contains a smaller number of species and, as treated here, the group is restricted to Atlantic Coast of Brazil.

Euryoryzomys, anteriormente reconhecido como Oryzomys do grupo nitidus, compreende um conjunto de sete espécies: E. emmonsae, E. lamia, E. legatus, E. macconnelli, E. nitidus, E. russatus e Euryoryzomys sp. SB (espécie reconhecida para o grupo com base em dados cariotípicos, porém ainda não descrita formalmente). Essas espécies estão distribuídas em regiões de elevada a baixa altitude, ocorrendo em zonas tropicais andinas, até as demais planícies. Com exceção de E. legatus, todas as outras espécies ocorrem no Brasil. Morfologicamente, os representantes desse gênero apresentam características semelhantes entre si, o que dificulta sua precisa identificação. Acredita-se que o número de espécies para o gênero esteja subestimado e, além disso, as relações entre as espécies permanecem pouco esclarecidas. Este trabalho teve como objetivo realizar estudos filogenéticos e filogeográficos em roedores do gênero Euryoryzomys, bem como avaliar o potencial do DNA barcoding na identificação de suas espécies. Para isso, foram utilizados os marcadores moleculares cyt-b, coxI e Interphotoreceptor Retinoid Binding Protein (IRBP), cujas análises enfocaram três perspectivas: sistemática molecular e as relações filogenéticas entre as espécies do gênero Euryoryzomys; teste de DNA barcoding na delimitação das espécies e filogeografia de E. russatus. O capítulo um traz uma revisão sobre a sistemática de roedores desde o nível de ordem até o gênero Euryoryzomys; o segundo capítulo abordou as relações filogenéticas entre as espécies de roedores do gênero Euryoryzomys e os padrões de diversificação, utilizando sequências dos genes mitocondriais (cyt-b, CoxI) e um nuclear IRBP. Os resultados evidenciaram que o gênero possui uma diversificação complexa devido à extensão geográfica que ocupa, e, além disso, está com sua diversidade subestimada - principalmente no bioma amazônico. É possível apontar para a ocorrência de pelo menos dois clados candidatos a novas espécies: Euryoryzomys sp. 1 (subclado de E. emmonsae); e Euryoryzomys sp. 2, originalmente descrita como espécimes pertencentes a E. nitidus. O terceiro capítulo investigou o potencial das sequências parciais do gene CoxI na identificação das espécies do gênero Euryoryzomys, por meio das estimativas de variabilidade intra e interespecíficas e também apontou diversidade subestimada do gênero, sendo possível observar, neste trabalho, a ocorrência de pelo menos oito espécies: Euryoryzomys sp. 3 (espécie irmã de E. macconnelli), E. macconnelli, Euryoryzomys sp. 1, E. emmonsae, Euryoryzomys sp. 2, E. legatus, Euryoryzomys sp. SB e E. russatus, além de E. lâmia e E. nitidus, que não compuseram a amostra do capítulo, totalizando 10 espécies para o gênero. Além disso, o método possibilitou a separação de espécies com números diplóides distintos, o que futuramente pode contribuir na identificação de amostras desconhecidas, provenientes principalmente da Amazônia. No quarto capítulo, foi realizado um estudo filogeográfico da espécie Euryoryzomys russatus e com o objetivo de investigar a sua diversidade genética ao longo da Mata Atlântica. Foi possível concluir que o principal processo responsável pela separação de linhagens de E. russatus pode ter sido isolamento por distância e que as linhagens estão separadas ao longo da MA principalmente em quatro grupos, sem entretanto, apresentam estruturação genética entre eles; o primeiro (grupo A) está restrito às regiões do RJ, ES e BA; o segundo (grupo B) entre PR, SC e norte do RS; o terceiro (grupo C) no RS; e o quarto (grupo D), ao longo de SP, RJ e PR. O intenso desmatamento na região compromete o entendimento da dinâmica do bioma em relação aos processos de diversificação das espécies, uma vez que a destruição de hábitats pode apagar assinaturas desses processos históricos. Dessa forma, medidas eficazes de conservação são necessárias / Euryoryzomys, previously recognized as Oryzomys nitidus group, heretofore comprises seven species: E. emmonsae, E. lamia, E. legatus, E. macconnelli, E. nitidus, E. russatus, and Euryoryzomys sp. (with 2n=76, recognized for the group based on karyotypic data, but it is not formally described until now). These species are widespread in Neotropics, occupying regions of high to low altitudes, including Andean areas and subtropical plains. Except for E. legatus, all the other species occur in Brazil. Morphologically, the representatives of this genus share similar traitsdifficulting accurate identification. The aim of this study is to conduct molecular studies based on molecular systematics and phylogenetic inferences, investigate the potencial of DNA barcoding in order to test the delimitation of the species of the genus Euryoryzomys, and also to develop phylogeographic studies in E. russatus, a species widespread in the Atlantic Forest. Based on this purpose, the present work encompasses four chapters: Chapter 1 contains a revision concerning the systematic position of the genus Euryoryzomys; Chapter 2 shows the investigation concerning phylogenetic relationships among species of the genus, and also inferences regarding patterns of diversification are discussed, using cyt-b, IRBP, and coxI sequences. According to these approaches the genus has a complex pattern of diversification due to its geographic distribution, moreover its diversity is underestimated, especially in the Amazon biome. We could point out at least two candidate clades as new species: Euryoryzomys sp. 1 (a subclade of E. emmonsae clade) and Euryoryzomys sp. 2, previously described as specimens belonging to E. nitidus. Chapter 3 investigates the potential of a partial sequence of the coxI for identification of the species of Euryoryzomys, and estimates intra- and interspecific variability, which revealed, once again, that the number of species is underestimated. At least eight species could be pointed out in this study: Euryoryzomys sp. 1, E. emmonsae, Euryoryzomys sp. 2, E. macconnelli, Euryoryzomys sp. 3 (sister species of E. macconnelli), E. legatus, Euryoryzomys sp. SB, and E. russatus (plus E. nitidus and E. lamia - not included in the analyses - and therefore resulting in at least 10 species for the genus). Moreover, the method was able to separatespecies with different diploid numbers, which can further contribute to the identification of unknown samples. Chapter 4 investigates the phylogeography of E. russatus, and also describes its genetic diversity over the Atlantic Forest (AF). The hypothesis of isolation by distance could be the main process responsible for the split of the lineages of E. russatus which were separated along the AF into four main groups: group A restricted to regions RJ, ES, and BA; group B encompasses PR, SC and northern of RS; group C composed of representatives from RS; and group D related to animals from SP, RJ, and PR. The massive deforestation in the Atlantic Forest undertakes the understanding concerning the dynamics of the biome and in relation to the processes of species diversification, since the destruction these historical processes, thus effective conservation measures are needed

O histórico da classificação das Scrophulariaceae inclui muitos tratamentos que diferem na delimitação da família. Algumas propostas incluíram grupos que atualmente correspondem a famílias, como Globulariaceae, Lentibulariaceae, Orobanchaceae, Plantaginaceae e Selaginaceae. A tribo Gratioleae, tradicionalmente incluída em Scrophulariaceae, nos últimos anos vem sendo considerada um grupo de Plantaginaceae. Contudo, em trabalho recente a tribo Gratioleae foi promovida para o nível de família (G ratiolaceae). Como até o momento o posicionamento dos gêneros em Gratiolaceae tem-se baseado somente em caracteres morfológicos, pretendeu-se neste trabalho estabelecer os relacionamentos de afinidade dentro da família com base em critérios da filogenia molecular. Outro objetivo foi avaliar a monofilia de seus gêneros constituintes. O estudo compreendeu a obtenção de sequências de DNA mitocondrial (NAD) e do cloroplasto (rps16 e trnL-trnL-F). Inferências filogenéticas foram realizadas com base nas sequências de DNA por meio dos critérios de máxima parcimônia e probabilidades posteriores (análise bayesiana). A congruência das topologias obtidas com análises filogenéticas de parcimônia baseadas em sequências de regiões de DNA individuais foi avaliada por meio do teste ILD. Os resultados apóiam propostas de estudos filogenéticos anteriores de exclusão de Gratiolaceae de quatro gêneros: Capraria, Limosella, Lindenbergia e Stemodiopsis. Com isso, Gratiolaceae assume a condição monofilética, sendo constituída pelos gêneros Achetaria, Bacopa, Conobea, Dopatrium, Gratiola, Hydrotriche, M ecardonia, Otacanthus, Philcoxia, Scoparia, Stemodia e Tetraulacium. Dentre eles, além de Tetraulacium (gênero monoespecífico), outros gêneros monofiléticos e bem sustentados são Gratiola,Mecardonia e Scoparia. Os resultados sugerem a combinação de Achetaria e Otacanthus num único gênero. Essa proposta foi também sugerida com base em caracteres morfológicos e palinológicos. No clado de Scoparia, observa-se uma correlação entre o posicionamento das espécies e sua distribuição geográfica. A espécie com posição basal no clado (S. dulcis) apresenta distribuição mais ampla, seguida de S. montevidensis com distribuição mais restrita, abrangendo os estados do sul e chegando ao Mato Grosso e parte da Amazônia. S. pinnatifida e S. ericacea, em posição mais derivada no clado, apresentam distribuição restrita ao sul do Brasil. Bacopa é um gênero parafilético, havendo necessidade de inclusão de Conobea scoparioides para se conseguir a monofilia. Conobea multifida é filogeneticamente relacionada a Scoparia e a um grupo de espécies de Stemodia. As análises não permitiram o estabelecimento confiável de relacionamentos entre Tetraulacium o os demais gêneros. Gratiola é um gênero monofilético e fortemente relacionado a Achetaria, Otacanthus e a um grupo de espécies de Stemodia. Stemodia mostrou-se polifilético nas análises, com as seguintes relações de afinidades filogenéticas: S. vandellioides -M ecardonia; S. stellata -Philcoxia; (S. durantifolia, S. glabra, S. maritima, S. microphylla, S. veronicoides) (Achetaria, Otacanthus); (S. foliosa, S. trifoliata e S. verticillata) (Scoparia, Conobea multifida). S. maritima é a espécie tipo do gênero e somente S. durantifolia e S. glabra emergiram no mesmo clado que S. maritima. S. microphylla e S. veronicoides formam um clado fortemente sustentado e apoiado também por sinapomorfias morfológicas. / The history of Scrophulariaceae has been characterized by different treatments regarding the circumscription of the family. Some proposals have included in the family groups currently recognized as belonging to families such as Globulariaceae, Lentibulariaceae, Orobanchaceae, Plantaginaceae e Selaginaceae. Tribe Gratioleae, traditionally included in Scrophulariaceae, inrecent yearshas been assumed as a member of Plantaginaceae. However, a recent study raised this tribe to family status (Gratiolaceae). Affinity relationships among Gratiolaceae genera have so far been established on bases of morphological characters. The aim of the present work was to establish affinity relationships inside the family on bases of molecular phylogeny criteria and to test the monophyly of the constituent G ratilaceae genera. Sequences of mitochondrial NAD and plastid rbcL and trnL-trnL-F were obtained. Phylogenetic inferences were obtained based on DNA sequences and maximum parsimony and bayesian analysis. The congruence of topologies based on individual DNA regions were evaluated by means of the ILD test. The results obtained give support to previous studies which proposed exclusion from Gratiolaceae of four genera: Capraria, Limosella, Lindenbergia e Stemodiopsis. In this way, family Gratiolaceae is monophyletic and comprises the genera Achetaria, Bacopa, Conobea, Dopatrium, Gratiola, Hydrotriche, M ecardonia, Otacanthus, Philcoxia, Scoparia, Stemodia e Tetraulacium. Among these, in addition to Tetraulacium (a monospecific genus), other monophyleti and strongly supported genera are Gratiola, Mecardonia e Scoparia. The results suggest merging Achetaria and Otacanthus into a single genus. The same treatment has been suggested based on morphologic and palynologic characters. In the Scoparia clade a correlation is apparent between the position of species and its geographic distribution. The species with basal position (S. dulcis) has wide distribution, followed by S. montevidensis, with narrower distribution, covering the southern states and reaching M ato Grosso and part of Amazon. S. pinnatifida and S. ericaceae, in more derived condition, have distributions restricted to the south of Brazil. Bacopa is a paraphyletic genus, inclusion of Conobea scoparioides being required to reach monophyly. Conobea multifida is phylogenetically related to Scoparia and a group of Stemodia. The analysis failed to allow a reliable establishment of relationships between Tetraulacium and other genera. Gratiola is monophyletic and strongly linked to Achetaria, Otacanthus and a group of Stemodia. The latter genus is polyphyletic, the following phylogenic links having been observed: Stemodia vandellioides -M ecardonia; S. stellata -Philcoxia; (S. durantifolia, S. glabra, S. maritima, S. microphylla, S. veronicoides) (Achetaria, Otacanthus); (S. foliosa, S. trifoliata e S. verticillata) (Scoparia, Conobea multifida). S. maritima is the type species in the genus and only S. durantifolia and S. glabra emerged in the same clade with S. maritima. S. microphylla and S. veronicoides comprise a strongly supported clade, which is further supported by.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Botânica, Programa de Pós-Graduação em Botânica, 2017. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-06-29T20:34:50Z No. of bitstreams: 1 2016_AllanLaidAlkimimFaria.pdf: 2365940 bytes, checksum: 5e315448f7e365841fefb439b9b9318c (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-08-03T21:41:57Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_AllanLaidAlkimimFaria.pdf: 2365940 bytes, checksum: 5e315448f7e365841fefb439b9b9318c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-03T21:41:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_AllanLaidAlkimimFaria.pdf: 2365940 bytes, checksum: 5e315448f7e365841fefb439b9b9318c (MD5) Previous issue date: 2017-08-03 / As ilhas oceânicas são formadas por vulcanismo e não estão conectadas ao continente. São importantes pois tratam-se de verdadeiros laboratórios e testemunhos bioevolutivos, bem como para estudos em ecologia e evolução, pontes de distribuição de muitas espécies e, em geral, com grande incidência de endemismos. Trindade é uma ilha oceânica brasileira localizada a cerca de 1.100 Km da cidade de Vitória (ES), erguida há aproximadamente 3 milhões de anos por vulcanismo na zona abissal do Atlântico. A flora da ilha é composta por 113 espécies vasculares e 32 espécies de briófitas. As populações de Campylopus (Bryophyta) e Cyathea (Monilophyta) da Ilha da Trindade apresentaram diferenças morfológicas quando comparados com seus pares continentais. Essa última era tida como espécie distinta das do continente e endêmica da Ilha, no entanto foi sinonimizada com C. delgadii Sternb. O objetivo desse trabalho é estudar as populações de Campylopus e Cyathea da Ilha da Trindade a fim de melhor entender a utilidade taxonômica das variações morfológicas encontradas entre as populações insulares e seus pares continentais. Para tanto a tese está subdividida em dois capítulos. O primeiro aborda a filogenia molecular de Campylopus Brid. da Ilha da Trindade baseada em Inferências filogenéticas dos espaçadores nucleares ribossômicos internos e três marcadores plastídiais, que mostram que as populações de Campylopus pilifer da ilha estão agrupadas com C. introflexus e as C. fragilliformis está agrupada com a espécies de C. occultus. A re-investigação de caracteres morfológicos confirma que as populações da Ilha da Trindade pertencem a estas espécies. Com base em relações filogenéticas, tanto C. introflexus e C. occultus provavelmente chegaram a Ilha da Trindade orinudos da América do Sul. O segundo capítulo refere-se à Cyathea Sm. A espécie insular possui pequenas diferenças morfológicas no indúsio e indumento, no entanto, essas distinções morfológicas que ocorrem nos táxons têm sido consideradas insignificantes no nível de endemismo. As inferências filogenéticas de três marcadores plastídiais junto com as análises morfométricas, observações dos esporos em microscopia eletrônica de varredura e características morfológicas mostram que são consistentes com o reconhecimento de uma única espécie. Porém, os espécimes do litoral e as do interior do Brasil apresentaram variações quanto às diferenças morfológicas. / Oceanic islands are formed by volcanism and are not connected to the mainland. They are important because they represent real laboratories and bioevolutive testimonies and also for studies in ecology and evolution, distribution of bridges and present many species with high rates of endemism. Trindade is a Brazilian oceanic island located about 1,100 km from the city of Vitória (ES), originated around 3 million years ago in the abyssal zone of the Atlantic. The flora of the island consists of 113 vascular species and 32 species of bryophytes. Populations of Campylopus (Bryophyta) and Cyathea (Monilophyta) from Trindade Island presented morphological differences when compared with their continental peers. The latter was regarded as a distinct species from the continent and endemic to the island, however, it was synonymized with C. delgadii Sternb. The aim of this work was to study populations of Campylopus and Cyathea from Trindade Island in order to better understand the taxonomic utility of morphological variations found between island populations and their continental peers and identify which populations of the continent are providing diaspores to Trindade. Therefore, the thesis is divided into two chapters. The first deals with the molecular phylogeny of Campylopus Brid. from Trindade Island based on phylogenetic inferences of internal ribosomal nuclear and three plastid markers, which show that the populations of Campylopus pilifer from island are grouped with C. introflexus, and C. fragilliformis is grouped with the species C. occultus. A reinvestigation of morphological characters confirms that the populations from Trindade Island belong to these species. Based on phylogenetic relationships, both C. introflexus and C. occultus probably reached Trindade from continental South America. The second chapter refers to Cyathea Sm. The island specimen has small morphological differences in indusium and indument, however, these morphological differences that occur in taxa have been considered insignificant in terms of endemism. Phylogenetic inference from three plastid markers along with the morphometric analysis, observations of spores in scanning electron microscopy and morphological characteristics show that these features are consistent with the recognition of a single species. However, specimen from the coast and the interior of Brazil showed variations in the morphological differences.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:56Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-04-12Bitstream added on 2014-06-13T19:28:27Z : No. of bitstreams: 1 scatena_mp_me_sjrp.pdf: 361046 bytes, checksum: 070147acd31974b26757d6f198b0f1d5 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O presente trabalho analisou a viabilidade da extração de DNA de tecidos fixados em formalina e sua aplicabilidade em experimentos de PCR e sequenciamento. Um total de 123 amostras de tecidos de 54 espécimes depositados em coleção científica (DZBSJRP) foram utilizados para a extração de DNA. Os tecidos passaram por pré-tratamentos antes da extração de DNA em diferentes temperaturas e pHs, na tentativa de minimizar os efeitos da fixação sobre os ácidos nucléicos. Os resultados demonstraram que o tratamento em soluções neutras à 37oC, por no mínimo quatro dias melhora a qualidade do DNA extraído e seu desempenho nas reações de amplificação e de sequenciamento. As seqüências geradas foram utilizadas em uma análise filogenética de parcimônia das espécies brasileiras de grandes Artibeus. Os alinhamentos das seqüências e as árvores produzidas apresentaram altos valores de bootstrap para a maioria dos clados, evidenciando que as seqüências obtidas de tecidos fixados também podem gerar dados confiáveis e que podem contribuir para o esclarecimento de aspectos evolutivos de muitos grupos animais que encontram-se bem representados em coleções científicas. / The present work analyzed the viability of the extraction of DNA of formalin fixed tissues and the applicability in PCR and sequencing experiments. A totality of 123 samples of tissues representing 54 specimens deposited in scientific collection (DZBSJRP) were used for the extraction of DNA. The tissues were exposed to different treatments before extraction of DNA involving different temperatures and pHs, in the attempt of minimizing the effects of the fixation on the nucleic acids. The results demonstrated that the treatment in neutral solutions at 37oC during at least four days improve the quality of extracted DNA and the conditions of amplification reactions and sequencing. The sequences obtained after amplifications were used in a phylogenetic analysis of parsimony involving Brazilian species of great Artibeus. The alignments of the sequences and the trees produced evidenced that the sequences of amplified of formalin-fixed tissue can also generate reliable data and than contribute to the explanation of evolutionary aspects of many animal groups that are archived in scientific collections.