Orientador: Claudio de Oliveira / Banca: Daniela Calcagnotto / Banca: Cristiano Rangel Moreira / Banca: Anderson Luís Alves / Banca: Flávio César Thadeo de Lima / Resumo: Entre os Ostariophysi, os Characiformes são peixes exclusivamente de água doce e encontram-se distribuídos nas Américas e na África, atingindo maior diversidade nas principais drenagens neotropicais. Esta ordem compreende cerca de 2000 mil espécies, dividida em 18 famílias, sendo quatro africanas e as demais neotropicais. A família Characidae é o grupo mais especioso entre os Characiformes, abrangendo cerca de 1100 espécies válidas, divididas em 14 subfamílias e com diversos gêneros considerados incertae sedis. Ao longo dos anos essa família vem sofrendo várias modificações na sua classificação, mas muito pouco se conhece sobre as relações filogenéticas de seus membros constituintes. A própria monofilia da família ainda é muito discutida. O objetivo principal do presente trabalho foi testar a hipótese segundo a qual a família Characidae é monofilética, através da análise de sequências de DNA mitocondrial (16S, Citocromo B e ATPase 8/6) e nuclear (Rag1, Rag2, Myh6, Sreb2 e Glyt) de representantes de cada uma das subfamílias de Characidae, de gêneros considerados incertae sedis em Characidae, de todas as demais famílias de Characiformes e de representantes de Cypriniformes (como grupo externo). O monofiletismo de Characiformes é confirmado no presente estudo, corroborando vários estudos anteriores. As 14 subfamílias reconhecidas em Characidae, não formam um grupo monofilético, em nenhuma das filogenias geradas (máxima verossimilhança, máxima parcimônia e análise Bayesiana), refutando a hipótese de monofilia de Characidae. Por outro lado, muitos grupos monofiléticos foram identificados em Characiformes, inclusive um grupo de caracídeos que é identificado como família Characidae, monofilética / Abstract: Among the Ostariophysi, Characiformes are exclusively freshwater fish distributed in the Americas and Africa, reaching the greatest diversity in the major drainages in the neotropics. This order comprises some 2,000 species, divided into 18 families, being four African and the remaining Neotropical. The family Characidae is the richest group among Characiformes, comprising about 1100 valid species, divided in 14 subfamilies and several genera considered incertae sedis. Over the years this family has suffering several modifications in its classification, but very little is known about the phylogenetic relationships of its members. Even the monophyly of the family is still debated. The main objective of this study was to test the hypothesis that the family Characidae is monophyletic, through of analysis of mitochondrial DNA sequences (16S, Cytochrome B, and ATPase 8/6) and nuclear sequences (RAG1, RAG2, Myh6, Sreb2, and Glyt) of representatives of all the subfamilies of Characidae, of genera considered incertae sedis in Characidae, of representatives of all remained families of Characiformes, and representatives of Cypriniformes, as outgroup. The monophyly of Characiformes is confirmed in this study, corroborating several previous studies. The 14 subfamilies recognized in Characidae do not form a monophyletic group in any the generated phylogenies (maximum likelihood-ML, maximum parsimony-MP and Bayesian analysis-B), refuting the hypothesis of monophyly of Characidae. On the other hand, many monophyletic groups were identified in Characiformes, including a group of characids which is identified as a monophyletic family Characidae / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-21Bitstream added on 2014-06-13T21:07:59Z : No. of bitstreams: 1 santos_gsa_dr_botib.pdf: 5276129 bytes, checksum: e8b76a4e6816319da11425a7e1026aa1 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Entre os Ostariophysi, os Characiformes são peixes exclusivamente de água doce e encontram-se distribuídos nas Américas e na África, atingindo maior diversidade nas principais drenagens neotropicais. Esta ordem compreende cerca de 2000 mil espécies, dividida em 18 famílias, sendo quatro africanas e as demais neotropicais. A família Characidae é o grupo mais especioso entre os Characiformes, abrangendo cerca de 1100 espécies válidas, divididas em 14 subfamílias e com diversos gêneros considerados incertae sedis. Ao longo dos anos essa família vem sofrendo várias modificações na sua classificação, mas muito pouco se conhece sobre as relações filogenéticas de seus membros constituintes. A própria monofilia da família ainda é muito discutida. O objetivo principal do presente trabalho foi testar a hipótese segundo a qual a família Characidae é monofilética, através da análise de sequências de DNA mitocondrial (16S, Citocromo B e ATPase 8/6) e nuclear (Rag1, Rag2, Myh6, Sreb2 e Glyt) de representantes de cada uma das subfamílias de Characidae, de gêneros considerados incertae sedis em Characidae, de todas as demais famílias de Characiformes e de representantes de Cypriniformes (como grupo externo). O monofiletismo de Characiformes é confirmado no presente estudo, corroborando vários estudos anteriores. As 14 subfamílias reconhecidas em Characidae, não formam um grupo monofilético, em nenhuma das filogenias geradas (máxima verossimilhança, máxima parcimônia e análise Bayesiana), refutando a hipótese de monofilia de Characidae. Por outro lado, muitos grupos monofiléticos foram identificados em Characiformes, inclusive um grupo de caracídeos que é identificado como família Characidae, monofilética / Among the Ostariophysi, Characiformes are exclusively freshwater fish distributed in the Americas and Africa, reaching the greatest diversity in the major drainages in the neotropics. This order comprises some 2,000 species, divided into 18 families, being four African and the remaining Neotropical. The family Characidae is the richest group among Characiformes, comprising about 1100 valid species, divided in 14 subfamilies and several genera considered incertae sedis. Over the years this family has suffering several modifications in its classification, but very little is known about the phylogenetic relationships of its members. Even the monophyly of the family is still debated. The main objective of this study was to test the hypothesis that the family Characidae is monophyletic, through of analysis of mitochondrial DNA sequences (16S, Cytochrome B, and ATPase 8/6) and nuclear sequences (RAG1, RAG2, Myh6, Sreb2, and Glyt) of representatives of all the subfamilies of Characidae, of genera considered incertae sedis in Characidae, of representatives of all remained families of Characiformes, and representatives of Cypriniformes, as outgroup. The monophyly of Characiformes is confirmed in this study, corroborating several previous studies. The 14 subfamilies recognized in Characidae do not form a monophyletic group in any the generated phylogenies (maximum likelihood-ML, maximum parsimony-MP and Bayesian analysis-B), refuting the hypothesis of monophyly of Characidae. On the other hand, many monophyletic groups were identified in Characiformes, including a group of characids which is identified as a monophyletic family Characidae

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Biologia, Departamento de Botânica, Programa de Pós-Graduação em Botânica, 2016. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2017-02-03T12:49:14Z No. of bitstreams: 1 2016_OsvandaSilvadeMoura.pdf: 9556040 bytes, checksum: bca731011a0a9bcd9d38079ca11a4b2b (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2017-02-10T20:35:58Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_OsvandaSilvadeMoura.pdf: 9556040 bytes, checksum: bca731011a0a9bcd9d38079ca11a4b2b (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-10T20:35:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_OsvandaSilvadeMoura.pdf: 9556040 bytes, checksum: bca731011a0a9bcd9d38079ca11a4b2b (MD5) / A família Hypnaceae pertence ao grupo dos musgos pleurocárpicos, ordem Hypnales. É uma família cosmopolita que coloniza diversos substratos e muitos de seus representantes exercem um papel ecológico importante. Estima-se que a família seja composta por 1.000 espécies e 40 gêneros, distribuídas em regiões tropicais e temperadas do mundo. O objetivo deste trabalho foi realizar uma revisão taxonômica dos gêneros Chryso-hypnum (in. prep.) e Mittenothamnium para o neotrópico; apresentar uma hipótese filogenética com uso de marcadores moleculares para esses dois gêneros a nível mundial e determinar quais são caracteres morfológicos informativos para separar os gêneros e espécies de Hypnaceae. Para tanto, a tese está subdividida em três capítulos. O primeiro aborda a filogenia molecular de Chrysohypnum e Mittenothamnium baseada em marcadores de cloroplasto e núcleo. Neste capítulo foram produzidas 43 novas sequências. Três regiões de dois genomas foram utilizadas: rps4, ITS e 26S. Em todas as análises foi possível observar o polifiletismo de Chryso-hypnum e o monofiletismo de Mittenothamnium. O segundo capítulo aborda a morfologia dos esporos e desenvolvimento das papilas em Chryso-hypnum e Mittenothamnium. Observa-se que as espécies pertencentes ao gênero Chryso-hypnum apresentam papilas em ambas as extremidades das células dos filídios, enquanto que Mittenothamnium apresentam espécies com papilas apenas no ápice da célula. Já os esporos de Chryso-hypnum apresentam ornamentação com grânulos de tamanho variável formados pela fusão de nanogrânulos. E em Mittenothamnium, os esporos apresentam disposição dos grânulos na superfície da parede que se dá de forma esparsa e irregular. E o terceiro capítulo refere-se à revisão taxonômica de Mittenothamnium para o neotrópico, onde foram estudadas exsicatas provenientes de diversos herbários nacionais e internacionais e o material-tipo de todas as espécies com seus registros de ocorrência. Neste capítulo estão sendo tratadas nove espécies de Mittenothamnium para o neotrópico. Duas novas ocorrências (uma para o Brasil e a outra para o Equador) são apresentadas. / The Hypnaceae family belongs to the pleurocarpous mosses and the Hypnales Order. It is a cosmopolitan family that colonizes a large tips of substrates, having an important ecological function in their environment. 1.000 species from 40 genus are worldwide estimated for the family distributed in tropical and temperate regions. This work objective is to realize a taxonomic revision of the Chryso-hypnum Hampe and Mittenothamnium Henn. genus for Neotropics; present a phylogenetic hypothesis by using molecular markers for the two genus in a worldwide level and determine wich are informative morphological characters to separate the genus and species of Hypnaceae. The thesis is dividing in three chapters. The first one is about a molecular phylogeny of Chryso-hypnum and Mittenothamnium based on nucleus and chloroplast markers. In this chapter 43 new sequences were produced. Three regions and two genomes were used: rps4, ITS and 26S. In all the analyzes was possible to identify the polyphyly of the Chryso-hypnum and the monophyly of the Mittenothamnium. The second chapter refers to morphology of the spores and development of leaf papillae (prorates cells) in the Chryso-hypnum and Mittenothamnium (Hypnaceae). It is observed that Chryso-hypnum has papillae on both ends of the leaf cells, while Mittenothamnium presents species with papillae only at the apex of the leaf cell. Chryso-hypnum spores presents ornaments with granules of variable size formed by the fusion of nanogranules. And in Mittenothamnium the spores present arrangement of the granules in the surface of the wall that is of sparse and irregular form. The third chapter refers to the taxonomic revision of Mittenothamnium to the Neotropic, where exsicates from several national and international herbariums were studied and the types material of all species with their occurrence records. Nine species have been included and an identification key for the genus has been made. Descriptions, nomenclature notes, distribution maps, illustrations and the conservation status have been constructed for each species. Two new occurrences (one for Brazil and the other for Ecuador) are presented.

Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2016-09-15T14:19:52Z No. of bitstreams: 2 07.Tese_Final_[TSC_040516]_CRC.pdf: 9288766 bytes, checksum: 2d306cbf52461fec570af84fa7c6d62f (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-15T14:19:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 07.Tese_Final_[TSC_040516]_CRC.pdf: 9288766 bytes, checksum: 2d306cbf52461fec570af84fa7c6d62f (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-04-20 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The present study aimed to integrate Amazonian species to the molecular phylogeny of the order Phallales using standard DNA sequences, and with this, to make inferences about the classification and evolution of the group. Specimens were collected along the main rivers of the Amazon basin: Negro, Madeira, Solimões, Amazonas and Tapajós. The specimens were herborized, deposited at the INPA herbarium, and small fragments of basidioma were excised for DNA extraction. ITS sequences were obtained from all specimens, and sequences from additional DNA regions were obtained depending on the group of study. Maximum Parsimony and Bayesian analyses were performed for molecular phylogenetic inferences, in addition to construction of species trees. This thesis is divided in four chapters. In the first chapter, one new species (Geastrum inpaense) and new records of gasteroid fungi are described: six species are new records for Central Amazonia (Geastrum lloydianum, G. schweinitzii, Phallus merulinus, Staheliomyces cinctus), one for Brazil (Phallus atrovolvatus) and one for South America (Mutinus fleischeri). In the second chapter, two new records of phalloid fungi are described for Brazil (Lysurus arachnoideus) and South America (Phallus cinnbarinus), with detailed morphological descriptions and images, in addition to ITS sequences. In the third chapter, the diversity observed in specimens of the monotypic genus Xylophallus was evaluated using morphological analysis allied to methods of species delimitation using five DNA regions. The analyses showed unexpected diversity in Xylophallus, by revealing three evolutionary units: one corresponds to X. xylogenus; another is a new species named X. clavatus; and the third corresponds to a cryptic species – the first record for phalloid fungi. In chapter four, the morphological and molecular diversity found in Amazonian specimens of Phallus indusiatus sensu lato was evaluated. The phylogenetic tree obtained with ITS sequences revealed four distinct clades, which agreed with morphological data. One clade corresponds to P. indusiatus Vent., The other three clades are morphologically different from P. indusiatus and any other species with white indusium, thus corresponding to three new species: P. amazonicus, which also has a new variety, P. amazonicus var. denigricans differentiated by the darker volva; P. squamulosus is characterized by the squamous surface of the volva and it was found in the Atlantic Rainforest; P. purpurascens is the most distinct and the largest among these new species, it has a pinkish volva, smaller reticulations on the receptaculum and smaller spores than the other species. Until 2012, there were only two records of Phallales for Brazilian Amazonia. Currently, 13 species are recorded, of which four species are new to science. These results show the importance of studying mycobiota from Neotropical forests, especially neglected groups such as phalloid fungi. It also demonstrates the importance of including molecular data in the study of systematics and evolution of fungi, and how these data should be explored. Testing different DNA regions other than ITS – the proposed barcode for fungi – and alternative species delimitation methods should also be considered. / O presente trabalho teve como objetivo principal integrar espécies amazônicas à filogenia molecular da ordem Phallales com sequências diagnósticas padrões, e com este conjunto de dados inferir sobre a classificação e evolução do grupo. Para isso, coletas foram realizadas ao longo dos rios Amazonas, Solimões, Negro, Madeira e Tapajós. Os basidiomas coletados foram herborizados, depositados no Herbário do INPA, e fragmentos foram retirados para extração de DNA genômico. Foram obtidas sequências de ITS de todos os espécimes e, dependendo do grupo em estudo, foram obtidas sequências de outras regiões gênicas. Análises de Máxima Parcimônia e Bayesiana foram utilizadas para inferência filogenética molecular dos grupos em estudo, além da construção de árvores de espécies. Esta tese encontra-se dividida em quatro capítulos. No primeiro capítulo, uma espécie nova (Geastrum inpaense) e novos registros de fungos gasteroides são descritos: seis espécies constituem novos registros para Amazônia Central (Geastrum lloydianum, G. schweinitzii, Phallus merulinus, Staheliomyces cinctus), uma para o Brasil (Phallus atrovolvatus) e uma para América do Sul (Mutinus fleischeri). O segundo capítulo, dois novos registros de fungos faloides são descritos para o Brasil (Lysurus arachnoideus) e América do Sul (Phallus cinnbarinus), com descrições morfológicas detalhadas e fotos, além de sequências da região ITS. No terceiro capítulo, a diversidade observada entre espécimes coletados do gênero monotípico Xylophallus foi avaliada por meio de análises morfológicas aliadas a métodos de delimitação de espécies utilizando sequências de cinco regiões gênicas. As análises mostraram uma diversidade inesperada dentro do gênero ao revelar a presença de três unidades evolutivas: uma corresponde a X. xylogenus; uma é uma espécie nova denominada X. clavatus; e a terceira corresponde a uma espécie críptica – o primeiro registro em fungos faloides. No quarto capítulo, foi avaliada a diversidade morfológica e molecular de Phallus indusiatus sensu lato coletada na Amazônia brasileira. A árvore filogenética obtida com sequências de ITS revelou quatro clados distintos que possuiam concordância com os dados morfológicos. Um clado corresponde a P. indusiatus Vent., cujos espécimes apresentam caracteres morfológicos iguais ou bem próximos à descrição original. Os outros três clados possuem características distintas de P. indusiatus e quaisquer outras espécies com indúsio branco, correspondendo portanto a três novas espécies: P. amazonicus possui também uma variedade nova, P. amazonicus var. denigricans, diferenciada principalmente pela coloração escura da volva; P. squamulosus é caracterizada pela volva com superfície escamosa e foi encontrada na Mata Atlântica; P. purpurascens é a espécie mais distinta, sendo a maior entre as espécies citadas, possui volva branca a lilás, reticulações do receptáculo estreitas e esporos menores que as demais espécies. Até 2012, haviam apenas dois registros de Phallales para a Amazônia brasileira. Atualmente podem ser contabilizadas 13 espécies de fungos faloides para a Amazônia brasileira, sendo quatro dessas espécies novas para a ciência. Esses resultados demonstram a importância de estudar a micobiota de florestas Neotropicais, principalmente de grupos negligenciados como os fungos faloides. Demostra também a importância da inclusão de dados moleculares no estudo de taxonomia e sistemática de fungos, e como esses dados podem ser explorados. Testar diferentes regiões gênicas além de ITS – o barcode proposto de fungos – e métodos alternativos de delimitação de espécies também devem ser levados em consideração.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:44Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-12-21Bitstream added on 2014-06-13T21:08:02Z : No. of bitstreams: 1 grazziotin_fg_dr_rcla.pdf: 876560 bytes, checksum: 3e4c47b55167b94d86962842d103f78a (MD5) / A relação filogenética entre os caenofídeos (serpentes avançadas) tem sido matéria de debate durante décadas. As principais questões para a sistemática eram representadas pela condição monofilética da família Colubridae, e a composição de sua subfamílias. Mais recentemente, novos métodos para inferir filogenias baseadas em critérios objetivos, bem como a utilização da biologia molecular, lançaram alguma luz sobre estas questões tradicionais. Aqui, são apresentados os resultados de duas análises filogenéticas moleculares das serpentes cenofídeas, focando principalmente nas serpentes neotropicais (subfamílias Xenodontinae e Dipsadinae). Otimização direta com base na máxima parcimônia, e homologia estática (alinhamento múltiplo), utilizando máxima parcimônia e máxima verossimilhança foram aplicados em uma matriz expandida de dados molecular. Os principais resultados de ambas as análises são: posicionamento de Acrochordus, Xenodermatideos e Pareatideos como grupos irmãos sucessivos de todos os caenofídeos restantes; viperídeos e homalopsideos são clados irmãos sucessivos de todos as demias serpentes, foram recuperados os seguintes clados monofiléticos dentro do crown-group Caenophidia: psammofídeos Afro-Asiaticos (incluindo Mimophis de Madagascar), Elapidae, Pseudoxyrhophiinae, Colubrinae, Natricinae, Dipsadinae e Xenodontinae. Homoroselaps está associada com os atractaspidídeos. Dois grupos taxonômicos superiores dentro de Caenophidia e uma nova subfamília dentro Dipsadidae foram nomeados. As análises filogenéticas sugerem mudanças taxonômicas dentro dos xenodontíneos; cinco novas tribos, oito novos gêneros foram criados e dois gêneros foram ressuscitados. Os gêneros Xenoxybelis e Pseudablabes foram sinonimizados com Philodryas; Liophis e Umbrivaga com Erythrolamprus e Lystrophis e Waglerophis com Xenodon / The phylogenetic relationship among the caenophidian (advanced) snakes has been a matter of debate for decades. The principal issues for the systematic were represented by the monophyletic condition of the large family Colubridae, and the composition of its subfamilies. More recently, new methods for infering phylogenies based on objective criteria, and the use of molecular biology, shed some light on these traditional issues. Here, two molecular phylogenetic analyses of caenophidian snakes focusing principally in the Neotropical snakes (subfamilies Xenodontinae and Dipsadinae) are presented. Direct optimization based on maximum parsimony, and static homology (multiple alignment) using maximum parsimony and maximum likelihood were applied on a expanded molecular data matrix. The major results of both analyses are: placement of Acrochordus, Xenodermatids, and Pareatids as successive outgroups to all remaining caenophidians; viperids and homalopsids are sucessive sister clades to all remaining snakes; the following monophyletic clades within crown group caenophidians: Afro- Asian psammophiids (including Mimophis from Madagascar), Elapidae, Pseudoxyrhophiinae, Colubrinae, Natricinae, Dipsadinae, and Xenodontinae. Homoroselaps is associated with atractaspidids. Two higher taxonomic clades within Caenophidia one new subfamily within Dipsadidae were nomed. The phylogenetic analyses suggest taxonomic changes within xenodontines, five new tribes, eight new genera were created and two genera were resurrected. The genera Xenoxybelis and Pseudablabes were synonymize with Philodryas; Liophis and Umbrivaga with Erythrolamprus; and Lystrophis and Waglerophis with Xenodon

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2018. / Submitted by Robson Amaral (robsonamaral@bce.unb.br) on 2018-05-09T21:31:32Z No. of bitstreams: 1 2018_AlineSuelendaSilva.pdf: 2028975 bytes, checksum: 83ed9830ce39fc10a92e668c1a9e81ae (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-06-07T12:07:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2018_AlineSuelendaSilva.pdf: 2028975 bytes, checksum: 83ed9830ce39fc10a92e668c1a9e81ae (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-07T12:07:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2018_AlineSuelendaSilva.pdf: 2028975 bytes, checksum: 83ed9830ce39fc10a92e668c1a9e81ae (MD5) Previous issue date: 2018-06-07 / Fundação de Apoio a Pesquisa do Distrito Federal (FAP-DF); Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES); Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) e Universidade de Brasília (UnB). / Os fungos cercosporoides são comumente associados a lesões foliares em várias espécies de plantas. Atualmente, existem mais de 2000 espécies, a maioria das quais é conhecida em um único hospedeiro. Este grupo de fungos é o mais representativo no Cerrado brasileiro, mas até agora a maioria das espécies foram descritas exclusivamente por meio de características morfológicas. A inclusão de dados moleculares na taxonomia de fungos cercosporoides revelou que o grupo é polifilético e demonstrou a necessidade de comparação de sequências para a identificação precisa das espécies. Portanto, este trabalho tem como objetivo epitipificar os espécimes de fungos cercosporoides associados às plantas do Cerrado e entender sua relação filogenética. Para identificação precisa, isolados foram obtidos a partir de lesões foliares em Piper aduncum (Piperaceae), Solanum sp. (Solanceae), Palicourea rigida (Rubiaceae), Smilax japecanga (Smilacaceae), Cybistax antisyphilitica, Handroanthus ochraeus, Handroanthus heptaphyllus, Handroanthus serratifolius, Tabebuia aurea, (Bignoniaceae), Passiflora setacea (Passifloraceae), Mauritia flexuosa (Arecaceae) e Vellozia squamata (Velloziaceae). Após a confirmação da identidade por comparações morfológicas, o DNA genômico foi extraído utilizando o kit Wizard® Genomic DNA Purification. As sequências de nucleotídeos da região do DNA ribossomal foram obtidas e comparadas com sequências de espécimes tipo e espécies disponíveis no GenBank. No total, 28 isolados foram obtidos de 12 plantas hospedeiras pertencentes a oito famílias botânicas. Os isolados obtidos pertencem à Mycosphaerellaceae e são agrupados em seis clados distintos. Este estudo confirma o relato de Pseudocercospora piperis associado à Piper aduncume Pseudocercopora rigidae associada à Palicourea rigida, com alto suporte filogenético. Os epitipos de Cercospora tabebuiae-impetiginosae, Passalora tabebuiae, Pseudocercospora passiflorae-setaceae, P. cybistacis, P. tabebuiae-caraibae e P. tabebuiae-ochraeae associadas a Handroanthus heptaphyllus, Handroanthus serratifolius, Passiflora setacea, Cybistax antisyphilitica, Tabebuia aurea e Handroanthus ochraceus, respectivamente, foram designados pela primeira vez e três prováveis espéciesnovas, sendo duas Pseudocercospora associadas à Solanum sp. e Mauritia flexuosa, respectivamente e Pseudocercosporella associada à Vellozia squamata, serão propostas seguindo as normas do Código Internacional de Nomenclatura para algas, fungos e plantas. Os espécimes examinados neste estudo representam uma pequena fração de fungos cercosporoides relatados no Cerrado e demonstram a necessidade de recoletar esses organismos para entender sua relação filogenética. / Cercosporoid fungi are commonly associated with leaf lesions in numerous plant species. Currently, there are over 2000 species, most of which are known in a single host. Although this group of fungi is the most representative in the Brazilian Cerrado, the majority of species have been described exclusively by morphological characteristics. The inclusion of molecular data in the taxonomy of cercosporoid fungi revealed that the group is polyphyletic and demonstrated the need for sequence comparison for accurate identification of species. Therefore, the objective this work was to epitypify specimens of cercosporoid fungi associated to Cerrado plants and to understand their phylogenetic relationships. For precise identification, isolates were obtained from leaf lesions on Piper aduncum (Piperaceae), Solanum sp. (Solanceae), Palicourea rigida (Rubiaceae), Smilax japecanga (Smilacaceae), Cybistax antisyphilitica, Handroanthus ochraeus, Handroanthus heptaphyllus, Handroanthus serratifolius, Tabebuia aurea, (Bignoniaceae), Passiflora setacea (Passifloraceae), Mauritia flexuosa (Arecaceae) and Vellozia squamata (Velloziaceae). After confirmation of identity by morphological comparisons, genomic DNA was extracted using the Wizard® Genomic DNA Purification kit. Nucleotide sequences from the ribosomal DNA region were obtained and compared to sequences of type specimens and species available from GenBank. In total, 28 isolates were obtained from 12 host plants belonging to eight botanical families. The isolates obtained belong to the Mycosphaerellaceae and are grouped into six distinct clades. This study confirms the report of Pseudocercospora piperis associated with Piper aduncum and Pseudocercopora rigidae associated to Palicourea rigida, with high phylogenetic support. The epitypes of Cercospora tabebuiae-impetiginosae, Passalora tabebuiae, Pseudocercospora passiflorae-setaceae, P. cybistacis, P. tabebuiae-caraibae, and P. tabebuiae-ochraceae associated with Handroanthus heptaphyllus, Handroanthus serratifolius, Passiflora setacea, Cybistax antisyphilitica, Tabebuia aurea and Handroanthus ochraceus, respectively, were designated for the first time and three probable new species, two Pseudocercospora associated with Solanum sp. and Mauritia flexuosa, respectively and a Pseudocercosporella associated with Vellozia squamata, will be proposed following the International Code of Nomenclature for algae, fungi and plants. The specimens examined in this study represent a small fraction of the fungi reported in the Cerrado and demonstrate the need to carry out re-inventory of cercosporoid fungi to understand their phylogenetic relationship.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Botânica, Programa de Pós-Graduação em Botânica, 2017. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2017-05-03T17:41:36Z No. of bitstreams: 1 2017_AnádriaStéphaniedaSilva.pdf: 13884408 bytes, checksum: 83ded509087e83b9be3a0990d7a785f8 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-05-08T22:40:47Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_AnádriaStéphaniedaSilva.pdf: 13884408 bytes, checksum: 83ded509087e83b9be3a0990d7a785f8 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-08T22:40:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_AnádriaStéphaniedaSilva.pdf: 13884408 bytes, checksum: 83ded509087e83b9be3a0990d7a785f8 (MD5) Previous issue date: 2017-05-08 / Mesosetum Steud. pertence à subfamília Panicoideae, tribo Paspaleae, subtribo Arthropogoninae. O gênero é Neotropical, com 25 espécies reconhecidas, que se distribuem desde o sul do México até o Nordeste da Argentina. O Brasil detém a maior riqueza de espécies do gênero, onde ocorrem 22 espécies, sendo 12 endêmicas. As espécies do gênero vêm sendo tradicionalmente incluídas em seções. Mesosetum pertence a um clado cujos membros possuem o número cromossômico básico x = 10, mas os primeiros relatos de contagens cromossômicas para o gênero citam x = 8. Recentemente foi descoberto x = 4 (2n = 8), além de espécies com x = 10 (2n = 20 e 2 n = 60). Mesosetum é caracterizado por apresentar inflorescências com um ramo racemiforme terminal, espiguetas com a primeira gluma adaxial à ráquis, gluma e/ou lema inferior com tufos de tricomas e cariopse com hilo linear. Todos esses caracteres são homoplásicos. O objetivo desta tese foi realizar um estudo filogenético para Mesosetum e seus gêneros relacionados, visando compreender as relações infragenéricas e a sua história evolutiva, e elaborar uma sinopse taxonômica baseada em informações dos conhecimentos disponíveis acerca do gênero e dados adicionais, incluindo novos caracteres taxonômicos e coletas. As inferências filogenéticas baseadas em marcadores plastidiais (matK, trnL, trnL-trnF, psbA-trnH) e nuclear (ITS) corrobora o monofiletismo de Mesosetum, se Tatianyx for incluído dentro gênero. Além disso, mostram três principais linhagens evolutivas para as espécies de Mesosetum, suportadas por características citológicas e morfológicas. A sinopse foi elaborada com base em uma ampla revisão de herbários e em novas coletas botânicas e propõe uma nova descrição para o gênero Mesosetum, que inclui a ampliação da sua circunscrição, uma nova chave de identificação para espécies de Mesosetum, com a adição de novos caracteres e estados de caráter, comentários taxonômicos e ilustrações. Uma nova espécie de Mesosetum endêmica da Guiana Francesa é descrita. A importância da ornamentação do antécio superior, analisada com o uso de Microscopia Eletrônica de Varredura, foi demonstrada para a taxonomia do gênero e corroboram com os dados filogenéticos. Além disso, foram compilados dados de distribuição geográfica atualizados, com registros de novas ocorrências no Brasil e na Bolívia. / Mesosetum Steud. belongs to subfamily Panicoideae, tribe Paspaleae, subtribe Arthropogoninae. The genus is Neotropical, with 25 species that occur from South Mexico to Northeast of Argentina. Brazil is the centre of diversity with 22 species, which 12 are endemic to the country. Traditionally, species of this genus have been included in sections. The genus Mesosetum is related to a clade recognized based on their basic chromosome numbers x = 10. However, the first reports of chromosome numbers in Mesosetum cited x = 8. The basic chromosome numbers x = 4 (2n = 8) and also x = 10 (2n = 20 and 2n = 60) have recently been reported. Mesosetum species are characterized by a raceme-like solitary terminal inflorescence, spikelets with the first glume adaxial to the rachis, the glume and lower lemma with tufts of hairs and the caryopsis with a linear hilum. All these characters are homoplasic. The aim of this thesis was to performe a phylogenetic study of Mesosetum, understanding the infrageneric relationships and the evolutionary history of the genus, and to elaborate taxonomic synopsis based on new data including the informations available to Mesosetum. Phylogenetic inferences based on plastid (matK, trnL, trnL-trnF, psbA-trnH) and nuclear (ITS) markers corroborate the monophyly of Mesosetum if Tatianyx is included within the genus. Furthermore, it was showed three major evolutionary lineages within Mesosetum, supported by cytological and morphological characteristics. The synopsis was elaborated based on a review of herbaria and new botanical collections, propose a new description for the genus Mesosetum, which includes the new circumscription, a new identification key for Mesosetum species, with addition of new characters and character states, taxonomic comments, and illustrations. A new species of Mesosetum endemic to French Guiana is described. The importance of the ornamentation of the upper anthecium, analyzed with Scanning Electron Microscopy, was demonstrated for the taxonomy of the genus, and corroborates with the phylogenetic data. Moreover, updated geographic distribution data were compiled, and new records from Brazil and Bolivia were documented.

O gênero Acestrorhynchus encontra-se amplamente distribuído na América do Sul, estando presente nas bacias do Paraná-Paraguai, Uruguai, no rio São Francisco, nos rios costeiros das Guianas, e nas bacias dos rios Amazonas e Orinoco, sendo as duas últimas, o local onde se encontra a maior diversidade desses peixes. Na ausência de estudos mais detalhados sobre as relações filogenéticas entre as espécies de Acestrorhynchus, as 14 espécies reconhecidas têm sido agrupadas com base no seu padrão de coloração. O primeiro trabalho focalizando as relações filogenéticas das espécies de Acestrorhynchus, foi desenvolvido recentemente e estabelece as relações de parentesco de 13 espécies do gênero com base na análise de 104 características osteológicas e de morfologia externa. No presente estudo, 2139 pares da região 16S e da ATPase, ambos do genoma mitocondrial, juntamente o primeiro íntron da proteína ribossomal S7 do genoma nuclear, foram analisados para as espécies A. microlepis, A. falcatus, A. heterolepis, A pantaneiro, A. falcirostris, A. altus, A. minimus, A. grandoculis, A. britskii, A. lacustris e A. nasutus. Os gêneros Roeboides, Rhaphiodon e Gephyrocharax foram utilizados como grupo externo. A análise de máxima parcimônia, com busca heurística e adição aleatória de seqüências com o algoritmo TBR resultou na obtenção de uma árvore mais parcimoniosa com 2.551 passos. Os índices de consistência e retenção foram, respectivamente, 0,633 e 0,533. Os resultados obtidos através da análise dos dados moleculares corroboram, assim como os resultados morfológicos, o monofiletismo dos agrupamentos propostos com base nos padrões de coloração. / Fishes of the Neotropical characiform genus Acestrorhynchus Eigenmann, comprise freshwater species widely distributed throughout South American rivers, being found in the Paraná, Paraguai, Uruguai, São Francisco and of Guyana rivers. However it is in the Amazonas and Orinoco river basins where the highest diversity of this group of fishes is present. In the absence of more detailed phylogenetic studies the 14 recognized species are grouped on the basis of their color patterns. The first specific study about the phylogenetic relationships of Acestrorhynchus species, was recently developed and it established the relationships of 13 species of the genus, based in the analysis of 104 osteological and external morphological characters. In the present study, simultaneous analysis of 2139 aligned base pairs from the mitochondrial 16S and ATPase and the nuclear first intron of the S7 ribosomal protein were analyzed for the species A. microlepis, A. falcatus, A. heterolepis, A pantaneiro, A. falcirostris, A. altus, A. minimus, A. grandoculis, A. britskii, A. lacustris e A. nasutus. The genera Roeboides, Rhaphiodon and Gephyrocharax were included in the analysis as outgroups. Maximum parsimony analysis, and heuristic searches with random taxon addition replicates and TBR branch swapping were performed resulting in one most parsimonious tree with 2,551 steps in length. The consistence index and retention index were 0,633 and 0,533, respectively. The results revealed with molecular data as well as the ones obtained with morphological characters corroborate, the monophyly of the genus and the grouping proposed based in the color pattern.

RESUMEN: “Susceptibilidad antifúngica y filogenia molecular de especies del género Fusarium de interés clínico” Fusarium solani, Fusarium oxysporum y Fusarium verticillioides, así como otras especies del género menos frecuentes, son importantes patógenos oportunistas para el hombre, para las cuales aún no existe un tratamiento eficaz. Además, la sensibilidad al tratamiento antifúngico varía en función de la especie, por lo que la identificación a nivel de especie de los aislados clínicos es de gran interés. Sin embargo, esta identificación resulta compleja en base a sus caracteristicas morfológicas. Las nuevas técnicas de biología molecular han permitido facilitar su identificación así como establecer criterios más adecuados para delimitar las diferentes especies del género. Por todo ello, en la presente tesis se ha pretendido: seleccionar los marcadores genéticos más adecuados para la identificación molecular de las especies del género; determinar la existencia de grupos filogenéticos diferenciados entre los aislados de cada una de las especies identificadas y evaluar la actividad in vitro de diferentes antifúngicos, frente a las especies de Fusarium de interés clínico y, averiguar si existen diferencias en cuanto a la sensibilidad antifúngica de los grupos filogenéticos obtenidos. El análisis multigénico realizado con aislados de F. solani ha confirmado que constituye un complejo de especies, que presenta una elevada resistencia frente a todos los antifúngicos ensayados. El análisis del gen del EF-1α ha confirmado la identificación de cuatro grupos filogenéticos dentro del complejo de F. oxysporum que han mostrado diferente sensibilidad antifúngica in vitro frente a la terbinafina. La región TUB del gen de la β-tubulina ha resultado ser un excelente marcador molecular para identificar el resto de especies de interés clínico que, en su mayoría, han mostrado sensibilidad frente a la terbinafina. / Summary: “Antifungal susceptibility and molecular phylogeny of the genus fusarium of clinical interest” Introduction. Fusarium solani, Fusarium oxysporum and Fusarium verticillioides, as well as other less frequent species of the genus, are important opportunists pathogenic to Man for which there is still no effective treatment. In addition, sensitivity to effective antifungal treatments varies depending on species, therefore identification of samples to species level is of primary interest. However, identification on the basis of morphological characteristics can be difficult. New techniques in molecular biology have made identification easier and allowed more adequate criteria to be established in order to delimit the species of the genus. Aims. To select better genetic markers for the molecular identification of the species of the genus, to determine the existence of phylogenetic groups that can delimit samples of each of the species identified, to evaluate the in vitro activity of different antifungals against species of Fusarium of clinical interest, and to find out if there are any differences with respect to the antifungal sensitivity of the phylogenetic groups obtained. Findings. Multigenetic analysis carried out with samples of F.solani have confirmed that it is a species complex that presents a high resistance against all the antifungals tested. The analysis of gene EF-1α has confirmed the identification of four phylogenetic groups within the F.oxysporum complex that have shown different antifungal sensitivity in vitro against terbinafine. The TUB region of the gene of β-tubulina has proven to be an excellent molecular marker for identifying the other species of clinical interest that have shown sensitivity primarily against terbinafine.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-04-20T16:21:18Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 793357 bytes, checksum: 132e6a66aa18a0a8340c44dbf2655f3c (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-20T16:21:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 793357 bytes, checksum: 132e6a66aa18a0a8340c44dbf2655f3c (MD5) Previous issue date: 2014-02-21 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Atractantha McClure é um pequeno gênero de bambus lignificados pertencentes à subtribo Arthrostylidiinae (Poaceae: Bambusoideae: Bambuseae), a qual compreende 13 gêneros. São conhecidas seis espécies descritas, quatro delas endêmicas do estado da Bahia, uma espécie amazônica e a última recentemente descrita para o estado do Espírito Santo. As espécies de Atractantha podem ser reconhecidas vegetativamente por apresentarem colmo delgado, sólido a oco, com pequenos canais de ar periféricos presentes em algumas espécies; complemento de ramo com três ramos principais e fimbrias proeminentes nas folhas do colmo e ramos. O presente trabalho teve por objetivo testar o monofiletismo do gênero Atractantha e suas relações de afinidade com os demais gêneros de Arthrostylidiinae, por meio de análises cladísticas de caracteres morfológicos e moleculares. Para tanto, foi delimitada uma amostragem com um total de 29 espécies de Bambuseae. A análise morfológica foi realizada a partir de uma matriz com 45 caracteres vegetativos e reprodutivos. Entretanto, a filogenia morfológica resultou em um cladograma com baixa resolução, cuja topologia foi insuficiente para inferir quaisquer relações de afinidade entre os táxons. Os estudos de filogenia molecular foram realizados com base em três marcadores do DNA cloroplastídico: o gene ndhF e os espaçadores intergênicos trnD-trnT e trnT-trnL. As sequências plastidiais foram obtidas a partir de técnicas usuais de biologia molecular e do banco de dados GenBank. Com as sequências alinhadas, foram analisados os marcadores separadamente e em combinação, usando dois métodos de inferência filogenética, máxima parcimônia e Bayesiana, os quais indicaram o monofiletismo das três subtribos amostradas e dos gêneros Alvimia, Merostachys, Arthrostylidium, Guadua e Chusquea. No entanto, o gênero Atractantha mostrou-se parafilético. / Atractantha McClure is a small genus of woody bamboo belonging to subtribe Arthrostylidiinae (Poaceae: Bambusoideae: Bambuseae), comprising 13 genera. Six described species, four of them endemic to the state of Bahia, an Amazonian species and the last recently described for the state of Espirito Santo are known. Atractantha species can be recognized vegetatively by presenting slender stem, solid or hollow, with small peripheral air channels present in some species; complement branch with three main branches and prominent fimbriae leaves on stems and branches. The present study aimed to test the monophyly of the genus Atractantha and its affinity relationships with other genera of Arthrostylidiinae, through cladistic analyzes of morphological and molecular characters. Therefore, it was bounded sampling with a total of 29 species of Bambuseae. Morphological analysis was performed from a matrix with 45 vegetative and reproductive characters. However, the morphological phylogeny resulted in a cladogram with low resolution, whose topology was insufficient to infer any affinity relationships among taxa. The studies were performed molecular phylogeny based on three DNA markers chloroplast: the ndhF gene and intergenic spacers trnT-trnd and trnT-trnL. The plastid sequences were obtained from standard techniques of molecular biology and the GenBank database. With the aligned sequences, the markers were analyzed separately and in combination, using two methods of phylogenetic inference, maximum parsimony and Bayesian, which indicated the monophyly of the three subtribes and genera sampled Alvimia, Merostachys, Arthrostylidium, Guadua and Chusquea. However, genus Atractantha proved paraphyletic.