Euryoryzomys, anteriormente reconhecido como Oryzomys do grupo nitidus, compreende um conjunto de sete espécies: E. emmonsae, E. lamia, E. legatus, E. macconnelli, E. nitidus, E. russatus e Euryoryzomys sp. SB (espécie reconhecida para o grupo com base em dados cariotípicos, porém ainda não descrita formalmente). Essas espécies estão distribuídas em regiões de elevada a baixa altitude, ocorrendo em zonas tropicais andinas, até as demais planícies. Com exceção de E. legatus, todas as outras espécies ocorrem no Brasil. Morfologicamente, os representantes desse gênero apresentam características semelhantes entre si, o que dificulta sua precisa identificação. Acredita-se que o número de espécies para o gênero esteja subestimado e, além disso, as relações entre as espécies permanecem pouco esclarecidas. Este trabalho teve como objetivo realizar estudos filogenéticos e filogeográficos em roedores do gênero Euryoryzomys, bem como avaliar o potencial do DNA barcoding na identificação de suas espécies. Para isso, foram utilizados os marcadores moleculares cyt-b, coxI e Interphotoreceptor Retinoid Binding Protein (IRBP), cujas análises enfocaram três perspectivas: sistemática molecular e as relações filogenéticas entre as espécies do gênero Euryoryzomys; teste de DNA barcoding na delimitação das espécies e filogeografia de E. russatus. O capítulo um traz uma revisão sobre a sistemática de roedores desde o nível de ordem até o gênero Euryoryzomys; o segundo capítulo abordou as relações filogenéticas entre as espécies de roedores do gênero Euryoryzomys e os padrões de diversificação, utilizando sequências dos genes mitocondriais (cyt-b, CoxI) e um nuclear IRBP. Os resultados evidenciaram que o gênero possui uma diversificação complexa devido à extensão geográfica que ocupa, e, além disso, está com sua diversidade subestimada - principalmente no bioma amazônico. É possível apontar para a ocorrência de pelo menos dois clados candidatos a novas espécies: Euryoryzomys sp. 1 (subclado de E. emmonsae); e Euryoryzomys sp. 2, originalmente descrita como espécimes pertencentes a E. nitidus. O terceiro capítulo investigou o potencial das sequências parciais do gene CoxI na identificação das espécies do gênero Euryoryzomys, por meio das estimativas de variabilidade intra e interespecíficas e também apontou diversidade subestimada do gênero, sendo possível observar, neste trabalho, a ocorrência de pelo menos oito espécies: Euryoryzomys sp. 3 (espécie irmã de E. macconnelli), E. macconnelli, Euryoryzomys sp. 1, E. emmonsae, Euryoryzomys sp. 2, E. legatus, Euryoryzomys sp. SB e E. russatus, além de E. lâmia e E. nitidus, que não compuseram a amostra do capítulo, totalizando 10 espécies para o gênero. Além disso, o método possibilitou a separação de espécies com números diplóides distintos, o que futuramente pode contribuir na identificação de amostras desconhecidas, provenientes principalmente da Amazônia. No quarto capítulo, foi realizado um estudo filogeográfico da espécie Euryoryzomys russatus e com o objetivo de investigar a sua diversidade genética ao longo da Mata Atlântica. Foi possível concluir que o principal processo responsável pela separação de linhagens de E. russatus pode ter sido isolamento por distância e que as linhagens estão separadas ao longo da MA principalmente em quatro grupos, sem entretanto, apresentam estruturação genética entre eles; o primeiro (grupo A) está restrito às regiões do RJ, ES e BA; o segundo (grupo B) entre PR, SC e norte do RS; o terceiro (grupo C) no RS; e o quarto (grupo D), ao longo de SP, RJ e PR. O intenso desmatamento na região compromete o entendimento da dinâmica do bioma em relação aos processos de diversificação das espécies, uma vez que a destruição de hábitats pode apagar assinaturas desses processos históricos. Dessa forma, medidas eficazes de conservação são necessárias / Euryoryzomys, previously recognized as Oryzomys nitidus group, heretofore comprises seven species: E. emmonsae, E. lamia, E. legatus, E. macconnelli, E. nitidus, E. russatus, and Euryoryzomys sp. (with 2n=76, recognized for the group based on karyotypic data, but it is not formally described until now). These species are widespread in Neotropics, occupying regions of high to low altitudes, including Andean areas and subtropical plains. Except for E. legatus, all the other species occur in Brazil. Morphologically, the representatives of this genus share similar traitsdifficulting accurate identification. The aim of this study is to conduct molecular studies based on molecular systematics and phylogenetic inferences, investigate the potencial of DNA barcoding in order to test the delimitation of the species of the genus Euryoryzomys, and also to develop phylogeographic studies in E. russatus, a species widespread in the Atlantic Forest. Based on this purpose, the present work encompasses four chapters: Chapter 1 contains a revision concerning the systematic position of the genus Euryoryzomys; Chapter 2 shows the investigation concerning phylogenetic relationships among species of the genus, and also inferences regarding patterns of diversification are discussed, using cyt-b, IRBP, and coxI sequences. According to these approaches the genus has a complex pattern of diversification due to its geographic distribution, moreover its diversity is underestimated, especially in the Amazon biome. We could point out at least two candidate clades as new species: Euryoryzomys sp. 1 (a subclade of E. emmonsae clade) and Euryoryzomys sp. 2, previously described as specimens belonging to E. nitidus. Chapter 3 investigates the potential of a partial sequence of the coxI for identification of the species of Euryoryzomys, and estimates intra- and interspecific variability, which revealed, once again, that the number of species is underestimated. At least eight species could be pointed out in this study: Euryoryzomys sp. 1, E. emmonsae, Euryoryzomys sp. 2, E. macconnelli, Euryoryzomys sp. 3 (sister species of E. macconnelli), E. legatus, Euryoryzomys sp. SB, and E. russatus (plus E. nitidus and E. lamia - not included in the analyses - and therefore resulting in at least 10 species for the genus). Moreover, the method was able to separatespecies with different diploid numbers, which can further contribute to the identification of unknown samples. Chapter 4 investigates the phylogeography of E. russatus, and also describes its genetic diversity over the Atlantic Forest (AF). The hypothesis of isolation by distance could be the main process responsible for the split of the lineages of E. russatus which were separated along the AF into four main groups: group A restricted to regions RJ, ES, and BA; group B encompasses PR, SC and northern of RS; group C composed of representatives from RS; and group D related to animals from SP, RJ, and PR. The massive deforestation in the Atlantic Forest undertakes the understanding concerning the dynamics of the biome and in relation to the processes of species diversification, since the destruction these historical processes, thus effective conservation measures are needed

O histórico da classificação das Scrophulariaceae inclui muitos tratamentos que diferem na delimitação da família. Algumas propostas incluíram grupos que atualmente correspondem a famílias, como Globulariaceae, Lentibulariaceae, Orobanchaceae, Plantaginaceae e Selaginaceae. A tribo Gratioleae, tradicionalmente incluída em Scrophulariaceae, nos últimos anos vem sendo considerada um grupo de Plantaginaceae. Contudo, em trabalho recente a tribo Gratioleae foi promovida para o nível de família (G ratiolaceae). Como até o momento o posicionamento dos gêneros em Gratiolaceae tem-se baseado somente em caracteres morfológicos, pretendeu-se neste trabalho estabelecer os relacionamentos de afinidade dentro da família com base em critérios da filogenia molecular. Outro objetivo foi avaliar a monofilia de seus gêneros constituintes. O estudo compreendeu a obtenção de sequências de DNA mitocondrial (NAD) e do cloroplasto (rps16 e trnL-trnL-F). Inferências filogenéticas foram realizadas com base nas sequências de DNA por meio dos critérios de máxima parcimônia e probabilidades posteriores (análise bayesiana). A congruência das topologias obtidas com análises filogenéticas de parcimônia baseadas em sequências de regiões de DNA individuais foi avaliada por meio do teste ILD. Os resultados apóiam propostas de estudos filogenéticos anteriores de exclusão de Gratiolaceae de quatro gêneros: Capraria, Limosella, Lindenbergia e Stemodiopsis. Com isso, Gratiolaceae assume a condição monofilética, sendo constituída pelos gêneros Achetaria, Bacopa, Conobea, Dopatrium, Gratiola, Hydrotriche, M ecardonia, Otacanthus, Philcoxia, Scoparia, Stemodia e Tetraulacium. Dentre eles, além de Tetraulacium (gênero monoespecífico), outros gêneros monofiléticos e bem sustentados são Gratiola,Mecardonia e Scoparia. Os resultados sugerem a combinação de Achetaria e Otacanthus num único gênero. Essa proposta foi também sugerida com base em caracteres morfológicos e palinológicos. No clado de Scoparia, observa-se uma correlação entre o posicionamento das espécies e sua distribuição geográfica. A espécie com posição basal no clado (S. dulcis) apresenta distribuição mais ampla, seguida de S. montevidensis com distribuição mais restrita, abrangendo os estados do sul e chegando ao Mato Grosso e parte da Amazônia. S. pinnatifida e S. ericacea, em posição mais derivada no clado, apresentam distribuição restrita ao sul do Brasil. Bacopa é um gênero parafilético, havendo necessidade de inclusão de Conobea scoparioides para se conseguir a monofilia. Conobea multifida é filogeneticamente relacionada a Scoparia e a um grupo de espécies de Stemodia. As análises não permitiram o estabelecimento confiável de relacionamentos entre Tetraulacium o os demais gêneros. Gratiola é um gênero monofilético e fortemente relacionado a Achetaria, Otacanthus e a um grupo de espécies de Stemodia. Stemodia mostrou-se polifilético nas análises, com as seguintes relações de afinidades filogenéticas: S. vandellioides -M ecardonia; S. stellata -Philcoxia; (S. durantifolia, S. glabra, S. maritima, S. microphylla, S. veronicoides) (Achetaria, Otacanthus); (S. foliosa, S. trifoliata e S. verticillata) (Scoparia, Conobea multifida). S. maritima é a espécie tipo do gênero e somente S. durantifolia e S. glabra emergiram no mesmo clado que S. maritima. S. microphylla e S. veronicoides formam um clado fortemente sustentado e apoiado também por sinapomorfias morfológicas. / The history of Scrophulariaceae has been characterized by different treatments regarding the circumscription of the family. Some proposals have included in the family groups currently recognized as belonging to families such as Globulariaceae, Lentibulariaceae, Orobanchaceae, Plantaginaceae e Selaginaceae. Tribe Gratioleae, traditionally included in Scrophulariaceae, inrecent yearshas been assumed as a member of Plantaginaceae. However, a recent study raised this tribe to family status (Gratiolaceae). Affinity relationships among Gratiolaceae genera have so far been established on bases of morphological characters. The aim of the present work was to establish affinity relationships inside the family on bases of molecular phylogeny criteria and to test the monophyly of the constituent G ratilaceae genera. Sequences of mitochondrial NAD and plastid rbcL and trnL-trnL-F were obtained. Phylogenetic inferences were obtained based on DNA sequences and maximum parsimony and bayesian analysis. The congruence of topologies based on individual DNA regions were evaluated by means of the ILD test. The results obtained give support to previous studies which proposed exclusion from Gratiolaceae of four genera: Capraria, Limosella, Lindenbergia e Stemodiopsis. In this way, family Gratiolaceae is monophyletic and comprises the genera Achetaria, Bacopa, Conobea, Dopatrium, Gratiola, Hydrotriche, M ecardonia, Otacanthus, Philcoxia, Scoparia, Stemodia e Tetraulacium. Among these, in addition to Tetraulacium (a monospecific genus), other monophyleti and strongly supported genera are Gratiola, Mecardonia e Scoparia. The results suggest merging Achetaria and Otacanthus into a single genus. The same treatment has been suggested based on morphologic and palynologic characters. In the Scoparia clade a correlation is apparent between the position of species and its geographic distribution. The species with basal position (S. dulcis) has wide distribution, followed by S. montevidensis, with narrower distribution, covering the southern states and reaching M ato Grosso and part of Amazon. S. pinnatifida and S. ericaceae, in more derived condition, have distributions restricted to the south of Brazil. Bacopa is a paraphyletic genus, inclusion of Conobea scoparioides being required to reach monophyly. Conobea multifida is phylogenetically related to Scoparia and a group of Stemodia. The analysis failed to allow a reliable establishment of relationships between Tetraulacium and other genera. Gratiola is monophyletic and strongly linked to Achetaria, Otacanthus and a group of Stemodia. The latter genus is polyphyletic, the following phylogenic links having been observed: Stemodia vandellioides -M ecardonia; S. stellata -Philcoxia; (S. durantifolia, S. glabra, S. maritima, S. microphylla, S. veronicoides) (Achetaria, Otacanthus); (S. foliosa, S. trifoliata e S. verticillata) (Scoparia, Conobea multifida). S. maritima is the type species in the genus and only S. durantifolia and S. glabra emerged in the same clade with S. maritima. S. microphylla and S. veronicoides comprise a strongly supported clade, which is further supported by.

Este estudo consta da análise filogenética de Anthurium seção Urospadix e grupos correlatos. O gênero tem sido considerado complexo taxonomicamente e tem sido considerado com pouca resolução interna. Nós realizamos análises de parcimônia com os dados morfológicos e moleculares e com os conjuntos de dados combinados. Caracteres anatômicos têm sido empregados em clássicos tratamentos para Araceae e a anatomia foliar pode prover vários caracteres para esclarecer as relações filogenéticas dentro de Anthurium. Com o intuito de averiguar os caracteres já descritos em um número maior de espécies de Anthurium, além de buscar novos caracteres, nós realizamos estudos anatômicos da folha de 77 espécies de Anthurium, sendo 35 da seção Urospadix. Especificamente, os dados foram obtidos de dissociações epidérmicas e secções transversais da porção mediana da nervura principal, limbo e pecíolo. Nós observamos 17 caracteres, nove dos quais são potencialmente informativos para a filogenia de Anthurium. Estudos palinológicos de 34 espécies de Anthurium também foram realizados e revelaram pólen 3-4-porado em todas as espécies. Grãos de pólen de todas as espécies examinadas são altamente similares quanto à forma e dimensões. Entretanto, o tipo de abertura e a ornamentação da exina exibem variações e podem ser úteis em estudos sistemáticos do grupo. Os três caracteres apresentados aqui aparecem como sinapomorfias para o gênero ou grupos dentro de Anthurium. Os resultados de 64 caracteres morfológicos (anatomia, morfologia externa e palinologia) e 177 caracteres moleculares (regiões trnC-ycf6, trnG e trnH-psbA do cloroplasto), ofereceram um arcabouço filogenético para avaliar os caracteres utilizados na sistemática destes grupos, bem como discutir questões da sistemática do grupo e os padrões evolutivos e biogeográficos envolvidos. Baseado nos conceitos tradicionais, a seção Urospadix contém 74 espécies e apresenta uma distribuição disjunta, com dois centros de diversidade: a América Central e Oeste da América do Sul e o leste do Brasil. Entretanto, baseado na nova circunscrição que aceitamos aqui, Anthurium seção Urospadix Engl., contém um menor número de espécies e, como tratado aqui, o grupo é restrito à Costa Atlântica Brasileira. / We present a phylogenetic analysis of Anthurium sect. Urospadix and related groups (Araceae). The genus has traditionally been considered taxonomically difficult and there has been little resolution of relationship within it. We performed parsimony analyses on morphological and molecular, and combined data sets. Anatomical characters have been used in classic taxonomic treatments of Araceae and it appears that leaf anatomy may provide several characters for addressing phylogenetic relationships within Anthurium. To verify these characters in a larger number of species and to examine new ones, we investigated the leaf anatomy of 77 Anthurium species, including 35 of section Urospadix. Specifically, we investigated the anatomy of the epidermis and traverse sections of the mid rib, leaf lamina, and petiole. We identified 17 characters, nine of which are potentially informative with respect to the Anthurium phylogeny. The palynological studies of 34 Anthurium species indicate that pollen is 3-4 porate in all species. Pollen grains from all examined species are highly similar in form and dimensions. However, the aperture type and the exine sculpturing are variable and may be useful for systematic studies of the group. The three characters presented here appear to provide synapomorphies for the genera or groups within Anthurium. The results of analyses on morphological (external morphology, palynology, and leaf anatomy; 64 characters), molecular (trnCycf6, trnG, and trnH-psbA regions of the chloroplast; 177 varied characters), and combined data sets, provide a phylogenetic framework for evaluating the characters used in systematic studies of the group, as well as for discussing evolutionary and biogeographic patterns. Based on the traditional concept sect. Urospadix contains 74 species and it had a disjunct distribution, with centers of diversity in Central America–western South America and in eastern Brazil. However, based on the new circumscription that we consider here, Anthurium sect. Urospadix Engl. contains a smaller number of species and, as treated here, the group is restricted to Atlantic Coast of Brazil.

Diversos estudos filogenéticos moleculares em Iridaceae confirmam o monofiletismo de Trimezieae. Entretanto, a tribo é pobremente caracterizada e carece de sinapomorfias morfológicas que a sustentem. Por outro lado, o gênero Pseudotrimezia, apesar de morfologicamente bem caracterizado, nunca teve seu monofiletismo investigado. Estudos envolvendo a tribo Trimezieae demonstram que caracteres anatômicos podem contribuir para a taxonomia do grupo além de auxiliar na sua reconstrução filogenética. No presente estudo foram realizados estudos filogenéticos envolvendo caracteres morfológicos e moleculares, separadamente e em análise de evidência total. Foram levantados 50 caracteres morfológicos, incluindo anatomia foliar, em Pseudotrimezia e nos gêneros relacionados, Neomarica e Trimezia. Os caracteres moleculares foram obtidos de três regiões plastidias (trnG, trnH-psbA e trnK) e uma nuclear (ITS). A análise de parcimônia com os dados morfológicos resultou em uma filogenia com Pseudotrimezia monofilético, sem sustentação, enquanto Neomarica e Trimezia emergem como polifiléticos. Assim, os caracteres morfológicos mostraram-se insuficientes para a compreensão da história evolutiva do grupo. A análise de evidência total apresenta Pseudotrimezia monofilético em um clado bem caracterizado morfologicamente sustentado por 10 sinapomorfias homoplásticas. Não obstante, Trimezia e Neomarica emergem agrupados em quatro clados distintos, a maioria sem sustentação, revelando que os gêneros reconhecidos na tribo Trimezieae não correspondem a grupos monofiléticos. As análises filogenéticas fornecem um arcabouço para discutir a sistemática de Pseudotrimezia, gênero endêmico dos campos rupestres da porção mineira da Cadeia do Espinhaço. Apesar de sua distribuição restrita e morfologia floral relativamente uniforme, 24 nomes surgiram desde sua criação em 1945, e muitas das espécies são endêmicas de localidades restritas. É apresentada a revisão de 16 espécies reconhecidas, respectivos mapas de distribuição, ilustrações e chave de identificação / Several molecular phylogenetic studies focusing on Iridaceae contribute to confirm Trimezieae as a monophyletic group. Despite that, the tribe is poorly characterized and lacks morphological synapomorphies as support. On the other hand, Pseudotrimezia is morphologically well characterized, but its monophyly has never been investigated. Anatomical studies carried out with tribe Trimezieae indicates that this kind of data can be a good source for taxonomic and phylogenetic analyses. This study performed phylogenetic analysis using morphological and molecular data, separately and combined in a total evidence approach. Molecular data were obtained from three plastid regions (trnG, trnH-psbA and trnK), and one nuclear (ITS). Fifty morphological characters, including leaf anatomy, were selected within Pseudotrimezia and the related genera Neomarica and Trimezia. Parsimony morphological analysis results in a monophyletic Pseudotrimezia with no support, and, Neomarica and Trimezia aspolyphyletic; therefore, morphological characters were insufficient to help understand the evolutionary history of this group.The total evidence analysis shows Pseudotrimezia monophyletic in a morphologically well-characterized clade, suppported by 10 homoplastic synapomorfies. Nevertheless, Trimezia and Neomarica arise mixed together in four distinct clades, most of them with no support, suggesting that tradicionally recognized genera in the tribe do not correspond to monophyletic groups. Neverthless, phylogenetic analyses provide an important framework for systematic studies of Pseudotrimezia (Iridaceae), an endemic genus from \"campos rupestres\" in Espinhaço Range, Minas Gerais State, Brazil. Despite its restricted distribution and quite uniform morphology, 24 names have been created since the genus was first described in 1945, and many species are endemic of particular localities. The revision of 16 recognized species, their distribution maps, illustrations, and identification key are presented.

Recentes análises filogenéticas, baseadas em dados moleculares, indicaram que Didiereaceae s.s. é filogeneticamente relacionada a gêneros tradicionalmente pertencentes à Portulacaceae s.l.. Sendo incluídos os gêneros Ceraria, Portulacaria e Calyptrotheca em Didiereaceae e essa dividida em três subfamílias: Didieroideae (11 espécies), Portulacarioideae (7 espécies) e Calyptrothecoideae (1espécie). Análises moleculares apresentaram alto suporte para o monofiletismo da família e circunscrição das três subfamílias, contudo, nenhuma dessas análises elucidou completamente as relações entre os gêneros. Com a expansão de sua circunscrição, a família se tornou mais heterogênea, surgindo assim, a necessidade da investigação de características para o estabelecimento de sinapomorfias ou para corroborar suas relações dentro de Portulacineae. Diante disso, o presente trabalho realizou análises de Inferência Bayesiana e Máxima Parcimônia para sete sequências diferentes do DNA do cloroplasto, trnA-trnB, trnL-trnF, trnT-trnL, trnS-trnG, trnQUUG-rps16, rps16 e rpl16, para todas as 19 espécies de Didiereaceae e investigou a ontogênese foliar e da região de sua axila para Didieroideae e Portulacarioideae. Os resultados das análises filogenéticas corroboraram o monofiletismo da família e de suas três subfamílias, além de elucidar as relações internas em Didieroideae e Portulacarioideae. Os dois gêneros de Portulacarioideae, Portulacaria e Ceraria, não são monofiléticos e as espécies de Ceraria foram transferidas para Portulacaria. Também foi caracterizado o desenvolvimento dos diferentes padrões de variações morfológicas da folha e das folhas modificadas em espinhos e profilos. A partir dos resultados do desenvolvimento e da filogenia molecular, foi feita uma análise de reconstrução da região da axila foliar para o ancestral de Didiereaceae, que indicou a presença de braquiblastos portadores de profilos na axila foliar do ancestral comum. Como consequência, foram estabelecidas homologias entre esses profilos e os profilos de Talinaceae e espinhos de Cactaceae / Recent phylogenetic analysis, based on molecular data, indicated that Didiereaceae s.s. is phylogenetic related to former Portulacaceae s.l. genera. The genera Ceraria, Portulacaria and Calyptrotheca were included in Didiereaceae and the family was divided in three subfamilies: Didieroideae (11 species), Portulacarioideae (7 species) and Calyptrothecoideae (1specie). Molecular analyses presented high statistical support to the monophyletism of the Didiereaceae and its division in three subfamilies, however, none of these analyses elucidated the relations among genera. With the expansion of its circumscription, the family became rather heterogenic, resulting in the need to investigate characteristics to the establishment of synapomorphies to the family or corroborate its relations inside Portulacineae. Therefore, we performed Bayesian Inference and Maximum Parsimony analyses for seven different chloroplast DNA regions, trnA-trnB, trnL-trnF, trnT-trnL, trnS-trnG, trnQUUG-rps16, rps16 and rpl16, for all 19 species of Didiereaceae and investigated the leaf and leaf axil region ontogenesis for Didieroideae and Portulacarioideae. Our analyses corroborated the monophyly of the Didiereaceae and of its three subfamilies and elucidated internal relationships between the Didieroideae and the Portulacarioideae. The two genera of the Portulacarioideae, Portulacaria and Ceraria, are not monophyletic and the 5 accepted species for Ceraria are transferred to Portulacaria. Also, the ontogenesis for different morphological patterns of leaf and spines and prophyll were characterized. Based on the ontogenetical results and the molecular phylogeny, was made the reconstruction to the ancestor character for the leaf axil of Didiereaceae. This analysis indicated the presence of brachyblasts bearing prophylls in the leaf axil of the common ancestor. As a consequence, homologies between these prophylls and Talinaceae prophylls and Cactaceae spines were established

As planárias terrestres (Platyhelminthes, Geoplanidae) são vermes de vida livre, hermafroditas e predadores que habitam principalmente florestas úmidas. A subfamília Geoplaninae, restrita à região neotropical, compreende cerca de 270 espécies. Geoplana Stimpson, 1857, seu gênero-tipo, é atualmente composto por três espécies (Geoplana vaginuloides (Darwin, 1844), Geoplana chita Froehlich, 1956 e Geoplana pulchella Schultze & Müller, 1857), todas da mata Atlântica brasileira. A espécie-tipo do gênero, G. vaginuloides, foi descrita por Darwin a partir de um único espécime que coletou no Rio de Janeiro (RJ) em 1832. Darwin baseou-se apenas em caracteres de morfologia externa e o paradeiro do material tipo é desconhecido. Posteriormente, outros autores estudaram a espécie e atribuíram-na sete padrões de coloração dorsal, mas um estudo filogenético recente com dois indivíduos de coloridos dorsais distintos indicou que a espécie é polifilética, justificando a necessidade de sua circunscrição para estabilizar a taxonomia da subfamília. Este trabalho tem por objetivo fazer uma revisão taxonômica do gênero utilizando dados fenotípicos e genotípicos. Todo o material disponível das espécies de Geoplana citado na literatura foi analisado, além de outros espécimes disponíveis em coleção ou coletados para este propósito. As principais características morfológicas que permitiram distinguir as espécies são: cor do dorso, forma e desenvolvimento do bulbo peniano, região de encontro dos ductos eferentes, região do átrio masculino em que se assenta a papila peniana, comprimento relativo da papila peniana e distribuição das secreções associadas, espessura da musculatura do ducto ejaculatório, e tipo de epitélio de revestimento do átrio feminino. As análises filogenéticas moleculares foram realizadas a partir de sequências do gene mitocondrial Citocromo Oxidase I (COI) e do gene nuclear Fator de Elongação 1-alfa (EF-1-), isolados e concatenados, usando parcimônia e máxima verossimilhaça como critérios de optimalidade. Os resultados moleculares e morfológicos são congruentes e revelaram que G. pulchella é monofilética, mas G. chita e G. vaginuloides são polifiléticas. As relações entre as espécies variam em função do gene e do critério de optimalidade utilizados. 13 clados são constantes, cada um composto por indivíduos homogêneos morfologicamente. Esta congruência permite reconhecer 13 espécies, dez delas com aspecto compatível com G. vaginuloides, incluindo membros propostos por outros autores como coespecíficos: Geoplana vaginuloides (Darwin, 1844), G. apua Almeida & Carbayo, nom. nov., G. mogi Almeida & Carbayo, nom. nov., G. piratininga Almeida & Carbayo, nom. nov., G. paranapiacaba Almeida & Carbayo, sp. n., G. caraguatatuba Almeida & Carbayo sp. nov., G. ibiuna Almeida & Carbayo sp. nov., G. cananeia Almeida & Carbayo, sp. n., G. cambara Almeida & Carbayo sp. nov., G. iporanga Almeida & Carbayo sp. nov., G. pulchella Schultze & Müller, 1857, G. chita Froehlich, 1956, e G. boraceia Almeida & Carbayo, nom. nov. Estas espécies apresentam musculatura parenquimática longitudinal, característica incomum em Geoplaninae (conhecida apenas em Imbira) e ausente por definição em Geoplaninae. Propomos, então, emenda a diagnose de Geoplana e da subfamília. / Land planarians (Platyhelminthes, Geoplanidae) are hermaphroditic, free-living and predatory organisms, that inhabit humid forests. The subfamily Geoplaninae is restricted to the Neotropical region, and includes ca. 270 species. Currently, Geoplana Stimpson, 1857, the type-genus of the subfamily, comprises three species, Geoplana vaginuloides (Darwin, 1844), Geoplana chita Frohelich, 1956 e Geoplana pulchella Schultze & Müller, 1857, all of them found in the Brazilian Atlantic forest. The original description of the type-species of the genus, G. vaginuloides, was described from a single individual collected by Darwin in Rio de Janeiro (Brazil) in 1832. He described only the external aspect of the specimen and its location remains unknown. Subsequently, other authors studied this species and provided up to seven chromatic patterns of the dorsum, but in a recent paper, a polyphyletic condition of the species was demonstrated by means of molecular data. This situation entails the need to circumscribe the species in order to stabilize the txonomy of the subfamily. This works aims at achieving a taxonomic revision of the genus by using phenotypic and molecular data. All available material of Geoplana mentioned in literatute was studied, besides additional specimens from other collections or here collected for this purpose. Phenotypic examination enabled us to recognize up to 13 morphospecies, which differ each other mainly by means of these features: color of the dorsum, shape and relative development of the penis bulb; position of the junction of the sperm ducts with each other; region of the male atrium from which the penis papilla projects; relative length of the penis papilla; distribution of the secretions within the papilla; relative thickness of the musculatura wrapping the ejaculatory duct; and type of epithelium lining the female atrium. Molecular phylogenetic analyses were performed with sequences of the mitochondrial region of the cytochrome oxidase I gene and the nuclear region of the elongation factor 1-alpha, both separately and concatenated. Parsimony and maximum likelihood were used as optimality criteria. Morphological and molecular data are congruent with each other and revealed a monophyletic condition of G. pulchella, but a polyphyletic condition of G. chita and G. vaginuloides. Interrelationships among internal branches varied depending on the gene and the optimality criterion and have relatively low support. However, the external branches are constituted by morphologically homogeneous individuals. This congruence enabled us to recognize 13 species; the external aspect of ten species compares well with G. vaginuloides, including members considered conspecific in the literature. These results lead us to recognize the following taxonomic entities: Geoplana vaginuloides (Darwin, 1844), G. apua Almeida & Carbayo, nom. nov., G. mogi Almeida & Carbayo, nom. nov., G. piratininga Almeida & Carbayo, nom. nov., G. paranapiacaba Almeida & Carbayo, sp. n., G. caraguatatuba Almeida & Carbayo sp. nov., G. ibiuna Almeida & Carbayo sp. nov., G. cananeia Almeida & Carbayo, sp. n., G. cambara Almeida & Carbayo sp. nov., G. iporanga Almeida & Carbayo sp. nov., G. pulchella Schultze & Müller, 1857, G. chita Froehlich, 1956, and G. boraceia Almeida & Carbayo, nom. nov. All these species possess longitudinal parenchymatic musculature, an uncommon characteristic in Geoplaninae (only unknown from Imbira), which is, by definition, absent in the subfamily. Accordingly, we suggest to emend the diagnoses of the Geoplana and Geoplaninae.

Currently, the genus Thraupis Boie, 1826 is a monophyletic group with seven species, all of which have high molecular and morphological support. Nevertheless, the phylogenetic relationship of the species still unclear: T. abbas is the sister species of T. ornataT. palmarum clade, and a second group within the genus is composed by the T. episcopusT. sayaca clade. Furthermore, in the remaining species group, one of the species, T. glaucocolpa, has not been included in any of the previous molecular studies, even it was believed to be close related with T. sayaca. Moreover, the last species within the genus, T. cyanoptera, has an uncertain position in the genus phylogenetic tree. The T. episcopusT. sayacaT. galucocolpa species complex includes 18 subspecies and a high morphological variation and a wide distribution which includes overlapping zones of T. episcopus and T. sayaca, makes taxa identification almost impossible. Nonetheless, previous molecular studies had only used samples from two individuals of T. episcopus and one of T. sayaca. Furthermore, the group does not have taxonomic stability, as shown by the multiple changes, which occur at different levels: moving from one genus to another or from species to subspecies level etc. To check the genus, I analyze 1171 specimens. The morphometric analysis outcomes show the weight as the most variable and important measure and T. cyanoptera as the only clearly different species within taxonomic units. Finally, I did a phylogenetic analysis based on two mitochondrial genes (Cyt- and ND2), in addition to three nuclear introns (intron 3 of MUSK gen, intron 5 of TGFB2 gen and a piece of the intron 5 of the BF5 gen). I performed the extractions from tissues collected at different localities around the natural distribution of the species, with emphasis on T. episcopus and T. sayaca. I ran independent locus RAxML analysis and haplotypes networks and used to group the samples on genetic taxonomic units. RAxML and haplotypes analysis shows a close relationship between T. episcopus and T. sayaca with high probably introgression process within. Furthermore, exposed a genetic structure within T. episcopus. I used this genetic taxonomic units to ran a multilocus species tree with a calibrated molecular clock. The species tree suggests that the origin of the genus Thraupis was between 5.5 and 7.5 million years before present, in the Messinian age. Also recovers T. glaucocolpa is the oldest linage in the genus and shows a relation between the morphological traits with the genetic structure within T. episcopus. Finally, I suggest synonymizing several subspecies and elevating to species level the subspecies T. episcopus cana, based on the morphological and molecular data. / O gênero Thraupis Boie, 1826 é um grupo monofilético composto por sete espécies. Entretanto, as relações entre estas espécies continuam obscuras. Thraupis abbas é a espécie irmã do clado T. ornataT. palmarum. Um segundo grupo é composto pelo clado T. episcopusT. sayaca. Por outro lado, T. glaucocolpa não foi incluída em nenhum dos trabalhos que utilizou dados moleculares, enquanto que a posição de T. cyanoptera continua ainda não é clara. O complexo de espécies T. episcopusT. sayacaT. glaucocolpa inclui 18 subespécies e uma grande variação morfológica, além de uma ampla distribuição de várias delas, com áreas de sintopia entre T. episcopus e T. sayaca, onde a identificação destas duas espécies é muito difícil. Estudos moleculares prévios só incluíram amostras de dois indivíduos de T. episcopus e uma de T. sayaca. Este complexo de espécies ainda apresenta uma grande instabilidade taxonômica. Na revisão deste gênero foram analisados 1.171 espécimes. As análises morfométricas mostraram que a massa é o parâmetro que apresenta a maior variação e que T. cyanoptera é a única mais claramente diferençável dentre as unidades taxonômicas. Foi também realizada uma análise filogenética com base em dois marcadores mitocondriais (Cyt- e ND2), além de três íntrons nucleares (íntron 3 do gen MUSK, íntron 5 do gen TGFB2 e uma parte do íntron 5 do gen BF5). Foi realizada uma análise RAxML e das redes de haplótipos independentemente para cada lócus, e esta informação foi utilizada para agrupar as amostras em unidades taxonômicas genéticas. O RAxML e as redes de haplótipos mostraram uma relação próxima entre T. episcopus e T. sayaca, além de uma alta probabilidade de um processo de introgressão entre as espécies. Há também uma evidente estruturação genética em T. episcopus. As unidades taxonômicas genéticas foram utilizadas em uma análise multilocus de árvore de espécies, com um relógio molecular calibrado. A árvore de espécies sugere que a origem do gênero Thraupis se deu entre 5.5 e 7.7 milhões de anos. Thraupis glaucocolpa é a linhagem mais antiga do gênero e a estrutura genética dentro de T. episcopus possui uma relação com as características morfológicas dessa espécie. Finalmente, são sinonimizadas várias subespécies e T. episcopus cana é elevada à espécie com base nos dados morfológicos e moleculares.

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As planárias terrestres (Platyhelminthes, Geoplanidae) são vermes de vida livre, hermafroditas e predadores que habitam principalmente florestas úmidas. A subfamília Geoplaninae, restrita à região neotropical, compreende cerca de 270 espécies. Geoplana Stimpson, 1857, seu gênero-tipo, é atualmente composto por três espécies (Geoplana vaginuloides (Darwin, 1844), Geoplana chita Froehlich, 1956 e Geoplana pulchella Schultze & Müller, 1857), todas da mata Atlântica brasileira. A espécie-tipo do gênero, G. vaginuloides, foi descrita por Darwin a partir de um único espécime que coletou no Rio de Janeiro (RJ) em 1832. Darwin baseou-se apenas em caracteres de morfologia externa e o paradeiro do material tipo é desconhecido. Posteriormente, outros autores estudaram a espécie e atribuíram-na sete padrões de coloração dorsal, mas um estudo filogenético recente com dois indivíduos de coloridos dorsais distintos indicou que a espécie é polifilética, justificando a necessidade de sua circunscrição para estabilizar a taxonomia da subfamília. Este trabalho tem por objetivo fazer uma revisão taxonômica do gênero utilizando dados fenotípicos e genotípicos. Todo o material disponível das espécies de Geoplana citado na literatura foi analisado, além de outros espécimes disponíveis em coleção ou coletados para este propósito. As principais características morfológicas que permitiram distinguir as espécies são: cor do dorso, forma e desenvolvimento do bulbo peniano, região de encontro dos ductos eferentes, região do átrio masculino em que se assenta a papila peniana, comprimento relativo da papila peniana e distribuição das secreções associadas, espessura da musculatura do ducto ejaculatório, e tipo de epitélio de revestimento do átrio feminino. As análises filogenéticas moleculares foram realizadas a partir de sequências do gene mitocondrial Citocromo Oxidase I (COI) e do gene nuclear Fator de Elongação 1-alfa (EF-1-), isolados e concatenados, usando parcimônia e máxima verossimilhaça como critérios de optimalidade. Os resultados moleculares e morfológicos são congruentes e revelaram que G. pulchella é monofilética, mas G. chita e G. vaginuloides são polifiléticas. As relações entre as espécies variam em função do gene e do critério de optimalidade utilizados. 13 clados são constantes, cada um composto por indivíduos homogêneos morfologicamente. Esta congruência permite reconhecer 13 espécies, dez delas com aspecto compatível com G. vaginuloides, incluindo membros propostos por outros autores como coespecíficos: Geoplana vaginuloides (Darwin, 1844), G. apua Almeida & Carbayo, nom. nov., G. mogi Almeida & Carbayo, nom. nov., G. piratininga Almeida & Carbayo, nom. nov., G. paranapiacaba Almeida & Carbayo, sp. n., G. caraguatatuba Almeida & Carbayo sp. nov., G. ibiuna Almeida & Carbayo sp. nov., G. cananeia Almeida & Carbayo, sp. n., G. cambara Almeida & Carbayo sp. nov., G. iporanga Almeida & Carbayo sp. nov., G. pulchella Schultze & Müller, 1857, G. chita Froehlich, 1956, e G. boraceia Almeida & Carbayo, nom. nov. Estas espécies apresentam musculatura parenquimática longitudinal, característica incomum em Geoplaninae (conhecida apenas em Imbira) e ausente por definição em Geoplaninae. Propomos, então, emenda a diagnose de Geoplana e da subfamília. / Land planarians (Platyhelminthes, Geoplanidae) are hermaphroditic, free-living and predatory organisms, that inhabit humid forests. The subfamily Geoplaninae is restricted to the Neotropical region, and includes ca. 270 species. Currently, Geoplana Stimpson, 1857, the type-genus of the subfamily, comprises three species, Geoplana vaginuloides (Darwin, 1844), Geoplana chita Frohelich, 1956 e Geoplana pulchella Schultze & Müller, 1857, all of them found in the Brazilian Atlantic forest. The original description of the type-species of the genus, G. vaginuloides, was described from a single individual collected by Darwin in Rio de Janeiro (Brazil) in 1832. He described only the external aspect of the specimen and its location remains unknown. Subsequently, other authors studied this species and provided up to seven chromatic patterns of the dorsum, but in a recent paper, a polyphyletic condition of the species was demonstrated by means of molecular data. This situation entails the need to circumscribe the species in order to stabilize the txonomy of the subfamily. This works aims at achieving a taxonomic revision of the genus by using phenotypic and molecular data. All available material of Geoplana mentioned in literatute was studied, besides additional specimens from other collections or here collected for this purpose. Phenotypic examination enabled us to recognize up to 13 morphospecies, which differ each other mainly by means of these features: color of the dorsum, shape and relative development of the penis bulb; position of the junction of the sperm ducts with each other; region of the male atrium from which the penis papilla projects; relative length of the penis papilla; distribution of the secretions within the papilla; relative thickness of the musculatura wrapping the ejaculatory duct; and type of epithelium lining the female atrium. Molecular phylogenetic analyses were performed with sequences of the mitochondrial region of the cytochrome oxidase I gene and the nuclear region of the elongation factor 1-alpha, both separately and concatenated. Parsimony and maximum likelihood were used as optimality criteria. Morphological and molecular data are congruent with each other and revealed a monophyletic condition of G. pulchella, but a polyphyletic condition of G. chita and G. vaginuloides. Interrelationships among internal branches varied depending on the gene and the optimality criterion and have relatively low support. However, the external branches are constituted by morphologically homogeneous individuals. This congruence enabled us to recognize 13 species; the external aspect of ten species compares well with G. vaginuloides, including members considered conspecific in the literature. These results lead us to recognize the following taxonomic entities: Geoplana vaginuloides (Darwin, 1844), G. apua Almeida & Carbayo, nom. nov., G. mogi Almeida & Carbayo, nom. nov., G. piratininga Almeida & Carbayo, nom. nov., G. paranapiacaba Almeida & Carbayo, sp. n., G. caraguatatuba Almeida & Carbayo sp. nov., G. ibiuna Almeida & Carbayo sp. nov., G. cananeia Almeida & Carbayo, sp. n., G. cambara Almeida & Carbayo sp. nov., G. iporanga Almeida & Carbayo sp. nov., G. pulchella Schultze & Müller, 1857, G. chita Froehlich, 1956, and G. boraceia Almeida & Carbayo, nom. nov. All these species possess longitudinal parenchymatic musculature, an uncommon characteristic in Geoplaninae (only unknown from Imbira), which is, by definition, absent in the subfamily. Accordingly, we suggest to emend the diagnoses of the Geoplana and Geoplaninae.

Submitted by Alison Vanceto (alison-vanceto@hotmail.com) on 2017-02-01T10:30:20Z No. of bitstreams: 1 TeseJLRM.pdf: 6417864 bytes, checksum: 533196c58789b808d650a9caa133729c (MD5) / Approved for entry into archive by Camila Passos (camilapassos@ufscar.br) on 2017-02-01T10:36:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseJLRM.pdf: 6417864 bytes, checksum: 533196c58789b808d650a9caa133729c (MD5) / Approved for entry into archive by Camila Passos (camilapassos@ufscar.br) on 2017-02-01T10:39:18Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseJLRM.pdf: 6417864 bytes, checksum: 533196c58789b808d650a9caa133729c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-01T10:40:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseJLRM.pdf: 6417864 bytes, checksum: 533196c58789b808d650a9caa133729c (MD5) Previous issue date: 2015-04-30 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / The family Anostomidae has approximately 150 species, belonging to 14 genera. Several attempts to define the subfamilies were unsuccessful. Within the family, the Leporinus genus is the most specious (approx. 90 valid species). A ZZ/ZW sex chromosomes system has been described for seven species of Leporinus, which would constitute a monophyletic group. Another ZW sex chromosomes system has been described only for Leporinus geminis. The ZW Leporinus species presents an interesting distribution, being distributed in almost every major South American basins. The aim of this study was to reconstruct the phylogenetic relationships of family Anostomidae and several species of Leporinus genus. Also, evaluate the monophyly of species with ZZ/ZW sex chromosomes, as well as de novo origin of the sex chromosomes described for Leporinus geminis. Additionally, It will be evaluated the functionality of the DNA barcodes for the family Anostomidae. Another aim was to evaluate the phylogeographic distribution pattern of ZZ/ZW Leporinus species. For the barcode was analyzed the Cytochrome Oxidase subunit I of 430 individuals (122 lineages). Distance analyzes were performed using the K2P model. For the molecular phylogeny were amplified two mitochondrial genes (Cytochrome B and Cytochrome Oxidase I) and three nuclear markers (recombination activating gene 1 and 2, and Myosin, heavy chain 6, cardiac muscle, alpha gene) from 104 lineages (69 nominal species). Phylogenetic trees were constructed using methods of maximum parsimony, maximum likelihood and Bayesian species tree. For the phylogeographic analysis, was constructed a calibrated tree, including the 15 recovered linages for the ZW group. The dataset was calibrated using the rise of the Eastern Cordillera, about 12 million years ago. The DNA barcode is a powerful tool for the linage identification of the family Anostomidae. The average intraspecific distance was 0.106%. The lowest interspecific distance was 0.479%. The genetic distances founded show that the threshold to separate lineages is lower than traditionally suggested for fishes (1% and 2%). The family Anostomidae is monophyletic, being found twenty-two clades within it. The subfamilies Anostominae sensu Winterbottom (1980) and Leporellinae were recovered as valid, while a more inclusive Leporininae has to be redescribed. The Leporinus genus was recovered as paraphyletic, requiring several taxonomic changes. The ZZ/ZW Leporinus species were recovered as a monophyletic group. Sex chromosomes of Leporinus geminis were confirmed as an evolutionary convergence. The evolutionary history of ZZ/ZW Leporinus species proved to be complex. The lineage speciation of the proto-Amazon-Orinoco was given by paleogeographic processes, while the lineage diversification in the Eastern Brazilian Shield was predominantly hydrogeological and by dispersion through paleo-basins in low sea level period. / A família Anostomidae possui aproximadamente 150 espécies, distribuídas em 14 gêneros. Diversas tentativas de delimitar as subfamílias não têm tido muito sucesso. Na família o gênero Leporinus é o mais especioso (aprox. 90 espécies válidas). Um sistema de cromossomos sexuais ZZ/ZW foi descrito para sete espécies de Leporinus, que formariam um grupo monofilético. Outro sistema de cromossomos sexuais ZW foi descrito unicamente para Leporinus geminis. As espécies de Leporinus com cromossomos ZW apresentam uma interessante distribuição, estando distribuídas praticamente em todas as grandes bacias hidrográficas sul-americanas. O intuito do estudo é reconstruir as relações filogenéticas da família Anostomidae e das distintas espécies do gênero Leporinus. Avaliar a monofilia do grupo de espécies com cromossomos sexuais ZZ/ZW, assim como a origem de novo dos cromossomos sexuais descritos para Leporinus geminis. Será avaliada também a funcionalidade dos códigos de barras de DNA para as espécies da família Anostomidae. Outro objetivo será avaliar o padrão de distribuição filogeográfica das espécies do gênero Leporinus que possuem sistemas de cromossomos sexuais ZZ/ZW. Para o barcode foi analisado o Citocromo oxidase I de 430 indivíduos (122 linhagens). Foram realizadas análises de distância, usando o modelo K2p. Para a filogenia molecular foram amplificados dois genes mitocondriais (Citocromo B e Citocromo oxidase I) e três nucleares (o gene de ativação da recombinação 1 e 2 e a cadeia pesada 6 da miosina, isoforma alfa do músculo cardíaco) para 104 linhagens (69 espécies nominais). Foram construídas árvores filogenéticas usando os métodos de máxima parcimônia, máxima verossimilhança e bayesian species tree. Para a análise filogeográfica, construiu-se uma árvore calibrada, incluídos as 15 linhagens recuperadas para o grupo ZW. O evento de calibração foi o surgimento da Cordilheira Oriental há 12 Milhões de anos. O DNA barcode é uma ferramenta eficiente para a identificação das linhagens da família Anostomidae. A média da distância intraespecífica foi de 0,106%. O menor valor de distância interespecífica foi de 0,479%. As distâncias genéticas encontradas mostram que o limiar para separar linhagens é mais baixo que os sugeridos para peixes (1% ou 2%). A família Anostomidae é monofilética, sendo encontrados vinte e dois clados dentro dela. As subfamílias Anostominae sensu Winterbottom (1980) e Leporellinae foram recuperadas como válidas, enquanto que um mais abrangente Leporininae precisa ser redescrito. O gênero Leporinus foi recuperado como parafilético, sendo necessárias várias mudanças taxonômicas. As espécies de Leporinus com cromossomos sexuais ZZ/ZW foram recuperadas dentro de um grupo monofilético. Os cromossomos sexuais de Leporinus geminis foram confirmados como uma convergência evolutiva. A história evolutiva das espécies de Leporinus com cromossomos sexuais ZZ/ZW mostrou-se complexa. Sendo que a especiação na linhagem do proto-Amazonas-Orinoco foi dada por processos paleogeográficos, enquanto que o processo de diversificação na linhagem do leste do Escudo Brasileiro foi predominantemente hidrogeológico e por dispersão por meio de paleo-bacias no período de baixo nível do mar.