Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2015-05-28T14:19:03Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) TESE Lívia Christina Alves da Silva.pdf: 1170035 bytes, checksum: 96b18862f19b9793a3fc764d10ee4638 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-28T14:19:03Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) TESE Lívia Christina Alves da Silva.pdf: 1170035 bytes, checksum: 96b18862f19b9793a3fc764d10ee4638 (MD5) Previous issue date: 2015-03-04 / Aeromonas são habitantes nativos de ambientes aquáticos e, recentemente, têm sido considerados patógenos humanos emergentes. As gastroenterites são as infecções mais comumente relacionadas a esse gênero. Nesse estudo, 119 isolados clínicos e ambientais de Aeromonas, obtidos durante um surto de diarreia ocorrido em São Bento do Una, Pernambuco, foram avaliados quanto à prevalência das espécies, estrutura genética da população e potencial de virulência. A análise das sequências dos genes 16S rRNA e gyrB revelou a predominância de A. caviae (66,4%), seguida por A. veronii (14,2%); A. aquariorum (9,2%); A. hydrophila e A. trota (3,4%) e A. jandaei (1,7%). Dois isolados não foram identificados entre as espécies conhecidas de Aeromonas, sugerindo pertencerem a novas espécies. A rede filogenética construída com base no gene 16S rRNA revelou uma estrutura populacional epidêmica, envolvendo quase todos os isolados de A. caviae, sendo possível identificar um genótipo fundador e seus descendentes. Os genes de virulência alt, ast e hlyA foram detectados entre os isolados com frequências de 81,5%; 13,4% e 11,8%, respectivamente. Este estudo revelou que a análise filogenética de sequências concatenadas dos genes 16S rRNA e gyrB é um eficiente marcador taxonômico para o gênero Aeromonas. Foi detectado elevado potencial de virulência entre as espécies de Aeromonas identificadas, principalmente entre A. hydrophila, A. aquariorum e A. caviae. As características marcantes observadas sugerem que a espécie A. caviae teve importante participação nos casos de diarreia relatados em São Bento do Una, Pernambuco.

Submitted by Pedro Barros (pedro.silvabarros@ufpe.br) on 2018-09-25T22:34:11Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Maria do Céo Rodrigues Pessoa.pdf: 2139173 bytes, checksum: 6020beeb24a69f4529a47eaafdff4562 (MD5) / Approved for entry into archive by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-09-28T18:01:01Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Maria do Céo Rodrigues Pessoa.pdf: 2139173 bytes, checksum: 6020beeb24a69f4529a47eaafdff4562 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-09-28T18:01:01Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Maria do Céo Rodrigues Pessoa.pdf: 2139173 bytes, checksum: 6020beeb24a69f4529a47eaafdff4562 (MD5) Previous issue date: 2016-08-24 / CAPES / Chomelia Jaq., um dos gêneros neotropicais mais diversos de Rubiaceae, está subordinado a tribo Guettardeae, que apresenta delimitações genéricas controversas e é carente de tratamentos modernos para seus gêneros. Análises filogenéticas realizadas para a família, outras tribos e/ou gêneros, mostraram pouco elucidativas do ponto de vista intergenérico para Guettardeae. Chomelia apresenta uma grande variação morfológica intraespecífica tornando difícil a delimitação de suas espécies. Diante disso, este trabalho teve como principais objetivos investigar as relações filogenéticas de Chomelia e gêneros relacionados, bem como testar o seu monofiletismo, contribuindo para uma melhor compreensão da tribo Guettardeae, e também realizar o tratamento taxonômico das espécies brasileiras de Chomelia. A metodologia incluiu trabalhos de campo, revisão de material de herbários brasileiros e estrangeiros, análises morfológicas e nomenclaturais, bem como análises moleculares utilizando técnicas de Sequenciamento de Nova Geração (Next Generation Sequencing) e métodos de captura de sequências. Para o tratamento taxonômico foram analisados cerca de 4 mil espécimes de Chomelia e gêneros relacionados e estudados os tipos nomenclaturais e protólogos dos 177 binômios publicados. No estudo filogenético foram incluídos 92 acessos englobando as três subfamílias de Rubiaceae e todos os gêneros de Guettardeae. Os resultados estão apresentados na forma de três capítulos: 1) Ensaio filogenético para a tribo Guettardeae com ênfase em Chomelia; 2) Revisão Taxonômica do gênero Chomelia no Brasil; 3) Novo registro de uma espécie amazônica de Chomelia para o Brasil. No tratamento taxonômico são reconhecidas 15 espécies de Chomelia para o Brasil, incluindo uma nova ocorrência, e são propostas 17 sinonimizações e 11 lectotipificações. Os resultados do estudo filogenético molecular permitiram reconhecer Chomelia s. str. como um gênero monofilético e distinto de Guettarda, e irmão de Tournefortiopsis. / Chomelia Jacq., one of the most diverse Neotropical genera of Rubiaceae, is positioned within the tribe Guettardeae, which has controversial generic boundaries and is lacking modern treatments of its genera. Chomelia presents a large intraspecific morphological variation that difficults the delimitation of its species. Phylogenetic analyzes within the family, other tribes and/or genera, showed little intergeneric resolution to Guettardeae. Thus, this work had as main objectives investigate the phylogenetic relationship of Chomelia and related genera, test its monophyly, contributing to a better understanding of Guettardeae, and conduct the taxonomic revision of the Brazilian species of Chomelia. The methodology included field work, review of Brazilian and foreign herbaria material, morphological, nomenclatural and molecular analysis, the latter using Next Generation Sequencing techniques and methods of sequence capture. For the taxonomic treatment about 4000 specimens of Chomelia and related genera were analyzed and studied the nomenclatural types and protologues of 177 published binomials. The phylogenetic study included 92 accessions representing the three subfamilies of Rubiaceae and all genera of Guettardeae. The results are presented as three chapters: 1) A phylogenetic analysis of Guettardeae with emphasis on Chomelia; 2) The taxonomic treatment of Brazilian species of Chomelia; 3) A new record of a Brazilian Amazonian species of Chomelia. In the taxonomic treatment 15 species of Chomelia are recognized within Brazil, including the new reference, and 17 synonymous and 11 lectotypes are proposed. The results of the molecular phylogenetic study allowed recognizing Chomelia s. str. as monophyletic and distinct from Guettarda, and sister to Tournefortiopsis.

SILVA, Sandra Mendes da, também é conhecida em citações bibliográficas por: MENDES, Sandra / Submitted by Pedro Barros (pedro.silvabarros@ufpe.br) on 2018-09-25T22:28:25Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Sandra Mendes da Silva.pdf: 1785053 bytes, checksum: 5b5bfc796542e5749d56b1ff7e9fdac5 (MD5) / Approved for entry into archive by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-09-28T18:03:01Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Sandra Mendes da Silva.pdf: 1785053 bytes, checksum: 5b5bfc796542e5749d56b1ff7e9fdac5 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-09-28T18:03:02Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Sandra Mendes da Silva.pdf: 1785053 bytes, checksum: 5b5bfc796542e5749d56b1ff7e9fdac5 (MD5) Previous issue date: 2016-02-26 / FACEPE / Citrus é um gênero de grande importância econômica na fruticultura mundial. As espécies desse grupo apresentam 2n = 18, e embora seus cromossomos sejam pequenos e similares, o grupo é bem caracterizado citogeneticamente. Recentemente, o sequenciamento genômico total foi obtido para alguns de seus representantes. Assim como as análises citogenéticas realizadas no grupo, esses dados são importantes para entender as complexas relações entre suas espécies puras e híbridas e auxiliar no seu melhoramento. Com o objetivo de ancorar os dados genômicos com o mapa citogenético disponível para a tangerina Citrus reticulata Blanco, espécie considerada parental de diversos híbridos de importância econômica como, por exemplo, a laranja- azeda (Citrus aurantium L.) e a tangerina C. clementina Hort. ex Tan., 13 novos clones genômicos BACs (cromossomos artificiais de bactérias) foram mapeados por hibridização in situ fluorescente (BAC-FISH). Adicionalmente, sete BACs previamente mapeados foram ancorados nos scaffolds através de suas sequências. Assim, o presente trabalho apresenta a correlação entre os scaffolds e cromossomos de tangerina, permitindo aprofundar estudos comparativos e de genômica estrutural no grupo. Além disso, o presente trabalho também analisou a origem da laranja-azeda por meio dos BACs 28A07 e 32G14, previamente mapeados em seus parentais (C. reticulata e C. maxima), bem como verificou a variabilidade cariotípica em nove acessos dessa espécie e em C. natsudaidai, espécie proximamente relacionada, por meio de bandeamento CMA/DAPI e FISH com sondas de DNAr 5S e 45S. Os dados obtidos corroboram sua origem a partir de cruzamento de C. reticulata e C. maxima, porém indicam diversas alterações cromossômicas surgidas no híbrido após uma ou múltiplas origens. / Citrus is a genus of great economic importance in world horticulture. The species of this group have 2n = 18, and although their chromosomes are small and alike, the group is well characterized cytogenetically. Recently, the whole genome sequence of some of its representatives became available. As the cytogenetic analyses, these data are important for understanding the complex relationships between their pure and hybrid species and for assisting their breeding programs. Aiming to anchor the genomic data with the available cytogenetic map of the mandarin Citrus reticulata Blanco, a species considered ancestral to several hybrids of economic importance as, for example, sour orange (Citrus aurantium L.) and C. clementine Hort. Tan ex., 13 new genomic BAC clones (bacterial artificial chromosomes) were mapped by fluorescence in situ hybridization (BAC-FISH). In addition, seven previously mapped BACs were anchored in scaffolds through their sequences. Thus, this study shows the correlation between the mandarin scaffolds and chromosomes, allowing further comparative studies and structural genomics in the group. In addition, this study also examined the origin of sour orange using BACs 28A07 and 32G14, previously mapped in their ancestrals (C. reticulata and C. maxima), as well as the karyotype variability in nine accessions of this species and one of C. natsudaidai, a closely-related species, using CMA/DAPI banding and FISH with 5S and 45S rDNA probes. The data confirmed its origin from C. reticulata and C. maxima, but indicate various chromosomal changes arising in the hybrid after one or multiple origins.

Submitted by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-04-13T19:32:28Z No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO Karla Torres Lins de Sousa Freire.pdf: 955817 bytes, checksum: 797b4b52f98ea76917d7a2f7c23619d8 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-13T19:32:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO Karla Torres Lins de Sousa Freire.pdf: 955817 bytes, checksum: 797b4b52f98ea76917d7a2f7c23619d8 (MD5) Previous issue date: 2015-02-27 / CNPQ / Diante da crescente necessidade de um rigor taxonômico e do grande número de espécies de fungos que ainda existem para ser revisada e descrita, a identificação baseada apenas em características morfológicas não fornece dados suficientes para uma correta identificação de um grande número de espécies, inclusive aquelas pertencentes ao Complexo Cladosporium cladosporioides. Desta forma, estudos de biologia molecular vem sendo adicionados ao método tradicional com o intuito de fornecer dados mais precisos, auxiliando no processo de distinção de espécies morfologicamente próximas. Neste contexto, este estudo teve como objetivo caracterizar taxonomicamente espécies pertencentes ao Complexo Cladosporium cladosporioides depositadas na Micoteca URM da Universidade Federal de Pernambuco por abordagem morfológica e molecular. Para isso, foram utilizadas 40 culturas de fungos pertencentes às espécies C. cladosporioides (32) e C. tenuissimum (8) e realizadas análises das características macroscópicas dos fungos através do cultivo em meio de cultura BDA (Batata Dextrose Ágar), MEA (Extrato de Malte Ágar), SNA (Synthetic Nutrient-poor Agar) e AO (ágar aveia) por um período de 14 dias a 25ºC no escuro, e microscópicas através de culturas crescidas em meio SNA e BDA por 7 dias sob luz UVA contínua. Para as análises moleculares, foi realizado o sequenciamento parcial da região ITS, e dos genes actina (ACT) e do fator de alongamento da tradução (tef1). Através da ferramenta BLAST, todas as culturas de fungos utilizadas neste estudo apresentaram identidade igual ou superior a 97% com sequências de fungos do gênero Cladosporium depositadas no Banco de dados GenBank para as regiões ITS1-5,8S-ITS2, e os genes ACT e tef1. Outras sequências de referência foram utilizadas para o alinhamento nesse estudo e após a reconstrução filogenética mais parcimoniosa foi constatado que 30 culturas pertencem ao Complexo Cladosporium cladosporioides e 6 ao Complexo Cladosporium sphaerospermum. Sendo assim, os genes ACT e o tef1 foram considerados os marcadores moleculares com maior poder de resolução para as espécies pertencentes ao Complexo Cladosporium cladosporioides. Desta forma, foi possível atualizar o status taxonômico das culturas das espécies C. cladosporioides e C. tenuissimum depositadas na Micoteca URM da UFPE. / Given the growing need for taxonomic accuracy and the large number of fungal species that still exist to be reviewed and described, only identification based on morphological characteristics does not provide sufficient data for a correct identification of a large number of species, including those belonging to Cladosporium cladosporioides complex. Thus, molecular biology studies have been added to the conventional method in order to provide more accurate data, helping the process of morphologically distinguish closely related species. In this context, this study aimed to characterize taxonomically species of the Cladosporium cladosporioides complex deposited in the URM Culture Collection of the Federal University of Pernambuco by morphological and molecular approach. For this, we used 40 fungal cultures belonging species C. cladosporioides (32) and C. tenuissimum (8) and carried out analyzes of macroscopic characteristics of fungi by growing in PDA culture medium (Potato Dextrose Agar), MEA (Extract Malt agar), SNA (Synthetic Nutrient-poor agar) and AO (oatmeal agar) for a period of 14 days at 25 ° C in the dark and microscopic using SNA and cultures grown in PDA medium for 7 days under continuous UV light. For molecular analysis, we performed the partial sequencing of the ITS region, and actin genes (ACT) and the translation elongation factor (TEF1). Through BLAST tool, all cultures of fungi used in this study showed similarity equal to or greater than 97% with fungi of the genus Cladosporium sequences deposited in the GenBank database for ITS1-5.8S-ITS2 regions, and ACT genes and TEF1. Other reference sequences were used for this study alignment and phylogenetic reconstruction after most parsimonious 30 was found to belong to the crops Cladosporium cladosporioides complex and the 6 to Cladosporium sphaerospermum complex. Thus, the ACT and the TEF1 genes were considered molecular markers with higher resolution for the species belonging to Cladosporium cladosporioides Complex. Thus, it was possible to update the taxonomic status of the cultures of C. cladosporioides and C. tenuissimum deposited in the URM Culture Collection of UFPE.

Submitted by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-05-21T19:28:26Z No. of bitstreams: 1 TESE Edlley Max Pessoa da Silva.pdf: 10964474 bytes, checksum: 7e58248d0fa0f0dfa6a83ff16b086a0c (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-21T19:28:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TESE Edlley Max Pessoa da Silva.pdf: 10964474 bytes, checksum: 7e58248d0fa0f0dfa6a83ff16b086a0c (MD5) Previous issue date: 2017-02-20 / Sistemática e história evolutiva de Campylocentrum (Orchidaceae) – Este estudo se propôs a elucidar o complexo gênero Campylocentrum, utilizando diversas ferramentas como morfologia externa, anatomia, genética molecular, relógio molecular e biogeografia num ensaio à taxonomia integrativa. Os estudos desenvolvidos evidenciaram a necessidade de maior atenção com as coleções científicas visto que das oito novas espécies descritas cinco já tinham sido previamente coletadas. A análise de carateres anatômicos das raízes se mostrou importante para distinguir grupos taxonômicos dentro do gênero. O estudo filogenético baseado em dados moleculares nucleares (ITS e Xdh) e plastidiais (matK, rpl32-trnL, trnL-F e ycf1) mostrou que a classificação infra-generica previamente conhecida não se sustentava, e duas novas seções foram propostas, sendo reconhecidas cinco no total. A maioria dos caracteres amplamente utilizados na taxonomia de Orchidaceae foi indicada como homoplásicas em Campylocentrum, por outro lado outros sub-utilizados como raízes e cápsulas são apresentados como mais consistentes. Através de uma análise de datação, ficou evidente que Campylocentrum assim como seu gênero irmão Dendrophylax são recentes, e suas diversificações estão ligadas a eventos ocorridos principalmente no Plioceno e Pleistoceno. A análise biogeográfica indicou eventos sucessivos de dispersão a longa distancia. Embora apenas uma espécie tenha cito citada anteriormente como ameaçada, após análise das distribuições seguindo as normas da IUCN concluímos que Campylocentrum inclui três espécies ―quase ameaçadas‖ (NT), três vulneráveis (VU), uma ameaçada (EN) e duas criticamente ameaçadas (CR). O gênero compreende 72 espécies, sendo 37 da seção Campylocentrum, 13 da seção Dendrophylopsis, 15 da seção Laevigatum, uma da seção Pseudocampylocentrum e seis da seção Teretifolium. Considera-se o Brasil o país com maior diversidade onde podem ser encontradas 36 espécies. / Systematics and evolutionary history of Campylocentrum (Orchidaceae) – This study proposes elucidade the complex genus Campylocentrum, using different tools, such as external morphology, anatomy, molecular genetics, molecular clock and biogeography, in an assay to integrative taxonomy. Here is indicated the need of atention to scientific colections, since from eight new taxa described five were previously collected and deposided in herbaria. The analysis of anatomic features of roots shows importat characters to distinguish taxonomic groups under the genus. The phylogenetic study based in nuclear (ITS e Xdh) and plastidial datasets (matK, rpl32-trnL, trnL-F e ycf1) indicates that the previously known infra-generic classification is not suported, and two new sections were proposed, recognizing five in total. Majority of the characters widely used on orchid taxonomy were indicated as homoplasic to Campylocentrum, moreover underused features such as roots and capsules seems to have a better phylogenetic signal. The dating analysis revealed Campylocentrum and its sister genus Dendrophylax as relatively young, their diversifications are linked to events occured at Pliocene and Pleistocene. The biogeography analysis indicated succesive events of long-distance dispersal. Although only one species had been cited before as endangered, after the analysis of the distributions following the instructions of IUCN we concluded that Campylocentrum includes three species classified as near threatened (NT), three vunerable (VU), one endangered (EN) and two critically endangered (CR). The genus is composed by 72 species, 37 from C. sect. Campylocentrum, 13 from C. sect.. Dendrophylopsis, 15 from C. sect.. Laevigatum, one from C. sect. Pseudocampylocentrum and six from C. sect. Teretifolium. Brazil is pointed out with the greatest diversity with 36 species.

Submitted by Fernanda Rodrigues de Lima (fernanda.rlima@ufpe.br) on 2018-07-12T20:49:35Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Nádia Consuelo Aragão.pdf: 2319940 bytes, checksum: 16c19bc70cc74a5a157a7d19a1a3df58 (MD5) / Approved for entry into archive by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-07-18T17:26:44Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Nádia Consuelo Aragão.pdf: 2319940 bytes, checksum: 16c19bc70cc74a5a157a7d19a1a3df58 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-18T17:26:44Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Nádia Consuelo Aragão.pdf: 2319940 bytes, checksum: 16c19bc70cc74a5a157a7d19a1a3df58 (MD5) Previous issue date: 2017-02-23 / FACEPE / Lutzomyia longipalpis, vetor da leishmaniose visceral americana, está inserido em um complexo de espécies e diversas análises tem sido desenvolvidas para melhorar o conhecimento acerca desse vetor. Nesse trabalho, avaliou-se o uso da morfometria geométrica alar, da estruturação genética e da análise filognética do gene period na separação de machos das morfoespécies (1S e 2S) do Estado do Ceará. No primeiro estudo, foram analisados, 78 exemplares coletados em Sobral, em março/2012, e, 111 coletados em setembro/2012, em Caririaçu. Uma avaliação morfométrica geométrica para 12 landmarks com análises de tamanho centróide, componentes principais, variáveis canônicas e discriminantes conferiram uma distância de Mahalanobis entre 1S e 2S de 2,0198 e reclassificação com acertos de 80% dos 1S e 73,21% dos 2S. Dados do Genbank foram usados para construção de uma árvore filogenética por inferência bayesiana de um fragmento de 525 pb do gene period que separou corretamente os grupos 1S e 2S com 53% e 48% de suporte dos ramos. No segundo estudo, foram analisados 58 espécimes de Sobral, 59 de Caririaçu e 54 de Bodocó. O DNA foi sequenciado e anáilises estruturação e, filogenética, por máxima verossimilhança, para o gene period, foram feitas. Uma estruturação com K=2 correspondente aos morfotipos analisados e suporte de 55% foram obtidos. Todas as análises aplicadas, demonstraram tendência de separação das espécies crípticas de Lu. longipalpis do Estado do Ceará, conforme o padrão de manchas abdominais proposto por Mangabeira em 1969. / Lutzomyia longipalpis, a vector of American visceral leishmaniasis, is inserted in a complex of species, and several analyses have been developed to improve the knowledge about this vector. In this work, the use of the geometric morphometry, the genetic structuring and the phylogenetic analysis of the period gene in the males of morphospecies 1S and 2S from the state of Ceará was evaluated. In the first study, 78 specimens collected in Sobral, in March / 2012, and 111 collected in September / 2012, in Caririaçu, were analyzed. A geometric morphometric evaluation for 12 landmarks with centroid size analysis, main components, canonical and discriminant variables gave a Mahalanobis distance between 1S and 2S of 2.0198 and reclassification with 80% of the 1S and 73.21% of the 2S. Genbank data were used to construct a phylogenetic tree by Bayesian inference from a 525-bp fragment of the period gene that correctly separated the 1S and 2S groups with 53% and 48% support from the branches. In the second study, 58 Sobral, 59 Caririaçu and 54 Bodocó specimens were analyzed. The DNA was sequenced, and structure analysis and phylogenetic analysis for the period gene by maximum likelihood were generated. A structuring with K = 2, corresponding to analyzed morphotypes and support of 55% was obtained. All the applied analyses showed a tendency of separation of the cryptic Lu.longipalpisspecies of the State of Ceará, according to the pattern of abdominal spots proposed by Mangabeira in 1969.

COSTA, Géssica Anastácia Gomes da também é conhecida em citações bibliográficas por GOMES-COSTA, Géssica Anastácia conforme citações em publicações. / Submitted by Pedro Barros (pedro.silvabarros@ufpe.br) on 2018-07-12T20:50:45Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Géssica Anastácia Gomes da Costa.pdf: 6190261 bytes, checksum: 5abcf95651ca288299a921678e6a02c8 (MD5) / Approved for entry into archive by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-07-20T22:46:03Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Géssica Anastácia Gomes da Costa.pdf: 6190261 bytes, checksum: 5abcf95651ca288299a921678e6a02c8 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-20T22:46:03Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Géssica Anastácia Gomes da Costa.pdf: 6190261 bytes, checksum: 5abcf95651ca288299a921678e6a02c8 (MD5) Previous issue date: 2016-02-24 / CNPQ / Gurania (Schltdl.) Cogn. é um gênero Neotropical de trepadeiras da família Cucurbitaceae, que apresenta grande variação morfológica inter e intrapopulacional, e até no mesmo indivíduo. Ao longo do tempo, esta variação levou à publicação de várias espécies duvidosas e ao reconhecimento de complexos taxonômicos, notadamente para a costa leste brasileira. Desta forma, esta tese teve como objetivo, enfatizando as espécies da Floresta Atlântica, responder as seguintes questões: Gurania é um gênero monofilético? Quantas e quais espécies devem ser aceitas no gênero? A filogenia pode auxiliar na delimitação das espécies nos complexos taxonômicos previamente estabelecidos com base na morfologia? Para isto, foram analisados morfologicamente ca. 7 mil espécimes de Gurania de 74 herbários brasileiros e estrangeiros, estudados os tipos nomenclaturais e protólogos dos 115 nomes publicados para o gênero e realizadas coletas em 18 áreas ao longo da Floresta Atlântica brasileira. Adicionalmente, realizou-se um estudo filogenético utilizando seis regiões plastidiais (ndhF-rpl32, psbE-petL, psbM-trnD, rpoB-trnC, rps16-trnQ e trnS-trnG) e uma nuclear (s/t phos). Os resultados obtidos estão apresentados em seis capítulos: (1) No primeiro apresenta-se a descrição de uma nova espécie de Gurania do Brasil, endêmica da Floresta Atlântica, publicada no periódico Phytotaxa; (2) No segundo propõe-se uma hipótese filogenética para Gurania, baseada em 51 acessos do gênero, que junto aos dados morfológicos esclarece a delimitação de várias espécies; (3) O terceiro trata-se da revisão taxonômica de Gurania (Cucurbitaceae) da Mata Atlântica, baseada em dados morfológicos e moleculares, onde 10 espécies são aceitas; (4) No quarto apresenta-se uma recircunscrição dos complexos G. acuminata e G. bignoniacea, bem como sinonimizacões, tipificações e revalidações de quatro espécies; (5) No quinto registra-se novas ocorrências de Gurania no Brasil para a região Amazônica e o Cerrado; (6) No último capítulo apresenta-se descrições de duas novas espécies de Gurania para a América do Sul, publicadas no periódico Phytotaxa. Ao final, seis espécies foram reestabelecidas, duas novas ocorrências do gênero foram registradas para o Brasil e três novas espécies foram descritas. Foram designados 21 lectótipos, três neótipos e 23 novos sinônimos. / Gurania is a Neotropical genus of vines in the family Cucurbitaceae and exhibits great inter- and intra-populational morphological variation, as well as variability within a single individual. Over time, this variation resulted in the publication of doubtful species and the recognition of several species complexes, especially for the taxa found along Brazil’s Atlantic coast. This thesis has as its objectives, while emphasizing the Atlantic forest species, answering the following questions: Is Gurania a monophyletic genus? Which species should be accepted in the genus? Can a phylogeny help in the delimitation of species within the taxonomic complexes established using morphological criteria? To accomplish this, morphological analysis of ca. 6 thousand specimens of Gurania from 74 Brazilian and non-Brazilian herbaria, study of the nomenclatural types and protologues of 115 names published for the genus, and collections made in 18 localities along the extent of the Atlantic forest of Brazil. In addition, a phylogenetic study of the genus was carried out using six plastidial regions (ndhF-rpl32, psbE-petL, psbM-trnD, rpoB-trnC, rps16-trnQ, and trnS-trnG) and one nuclear (s/t phos). The results obtained are presented in six chapters: (1) The first is a description of a new species of Gurania endemic to Brazil’s Atlantic forest. (2) The second is a phylogenetic hypothesis for Gurania based on 51 samples of the genus which, together with morphological data, elucidate the delimitation of various species. (3) The third is a taxonomic revision of Gurania of the Atlantic forest of Brazil where, based on morphologial and molecular data, ten species are recognized. (4) The fourth provides a recircumscription of the G. acuminata and G. bignoniacea complexes, as well as synonymization and typification of names, and the revalidation of four species. (5) The fifth chapter presents new occurrences of Gurania species in Brazil, especially for the Amazon and the Cerrado. (6) The sixth and last chapter provides descriptions of two new species of Gurania for South America, published earlier in Phytotaxa. In all, six species have been re-established, two new occurrences of species for Brazil have been registered, three new species have been described, and 21 lectotypes, three neotypes, and 23 synonyms have been designated.

Submitted by Fernanda Rodrigues de Lima (fernanda.rlima@ufpe.br) on 2018-08-21T22:37:59Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Nelson Correia de Lima Júnior.pdf: 4273136 bytes, checksum: 4271b4fee1ae4a971ff8f1a57f0b2f9e (MD5) / Approved for entry into archive by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-08-28T22:41:07Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Nelson Correia de Lima Júnior.pdf: 4273136 bytes, checksum: 4271b4fee1ae4a971ff8f1a57f0b2f9e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-28T22:41:07Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Nelson Correia de Lima Júnior.pdf: 4273136 bytes, checksum: 4271b4fee1ae4a971ff8f1a57f0b2f9e (MD5) Previous issue date: 2016-02-25 / CNPq / Hymenochaetaceae Donk (Basidiomycota, Fungi) caracteriza-se por apresentar basidiomas ressupinados a pileados, reação xantocróica positiva, presença de setas himeniais (na maioria) e de hifas generativas sem grampos de conexão, além de reunir fungos causadoras de podridão branca. A circunscrição dos gêneros e espécies em Hymenochaetaceae é imprecisa, principalmente no âmbito da taxonomia tradicional, o que torna dúbia a identificação de espécies quando são utilizados exclusivamente dados morfológicos. Nessa perspectiva, estudos baseados em sequências de DNA das regiões ITS e LSU (rDNA) estão sendo responsáveis por significativos progressos na taxonomia do grupo, porém estudos com táxons neotropicais são escassos. No presente estudo foram utilizados espécimes de Hymenochaetaceae coletados em diferentes biomas brasileiros para extração de DNA genômico, amplificação das regiões ITS e LSU por meio de PCR e posterior sequenciamento. Foi observado o delineamento morfológico e/ou molecular de duas espécies de Fomitiporia, duas de Fulvifomes, quatro de Fuscoporia, seis de Hymenochaete, duas de Phellinotus, uma de Phellinus e uma de Tropicoporus. Dentre essas, são propostas: uma nova espécie de Fuscoporia; uma sinonimização em Phellinus, uma em Tropicoporus, uma em Hymenochaete e uma possível sinonimização em Fomitiporia; além da confirmação de combinação Fulvifomes rhytiphloeus a partir de evidências moleculares. São registradas ainda uma nova ocorrência de Fomitiporia e de Hymenochaete para o Brasil. De modo geral, observou-se que as sequências da região ITS e/ou LSU foram úteis no delineamento das espécies em estudo, principalmente em espécies morfologicamente semelhantes e próximas do ponto de vista evolutivo. / Hymenochaetaceae Donk (Basidiomycota, Fungi) is characterized by sessile or pileate basidiomes, positive xanthochroic reaction, occurrence of hymenial setae (frequent) and absence of clamps. Besides, species of this group are also known for producing white rot. The circumscription of genera and species within Hymenochaetaceae is inaccurate, especially under the traditional taxonomy, which makes dubious species identification when used exclusively morphological data. From this perspective, studies based on DNA sequences of the regions ITS and LSU (rDNA) are accounting for significant progress in the taxonomy of the group, but studies with Neotropical taxa are scarce. In this study, Hymenochaetaceae specimens were collected in different Brazilian biomes for DNA extraction, amplification of the regions ITS and LSU by PCR and subsequent sequencing. We observed the morphological and/or molecular delimitation of two species of Fomitiporia, two of Fulvifomes, four of Fuscoporia, seven of Hymenochaete, two of Phellinotus, one of Phellinus and one of Tropicoporus. Among these it is proposed: a new species of Fuscoporia; one synonymization in Phellinus, one in Tropicoporus, one in Hymenochaete and a possible synonymization in Fomitiporia; and a confirmation of the combination in Fulvifomes rhytiphloeus upon molecular data. We also report a new record of Fomitiporia and another of Hymenochaete from Brazil. In general, it was observed that sequences of ITS and/or LSU region are useful for species delimitation, particularly for those which are morphologically similar and evolutionarily close related.

Orientador: Irani Quagio-Grassiotto / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-06T15:34:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Franca_GisleineFernanda_M.pdf: 27880382 bytes, checksum: 2c083e9608530a6b5b98607828a387ad (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: Os peixes da ordem Gymnotiformes formam um grupo monofilético, dentre outras apomorfias, por compartilharem características como a detecção e emissão de campo elétrico, corpo em forma de cutelo e presença de nadadeira anal muito alongada. Inclui atualmente cinco famílias: Gymnotidae, Hypopomidae, Rhamphichthyidae, Sternopygidae e Apteronotidae. As hipóteses atuais sobre as relações entre as famílias de Gymnotiformes são baseadas em caracteres morfológicos, osteológicos, moleculares e fisiológicos. Vários estudos têm revelado que os caracteres ultraestruturais dos espermatozóides, bem como da espermiogênese em teleósteos, apresentam importantes implicações filogenéticas. Foi estudada a ultraestrutura da espermiogênese e dos espermatozóides, e 31 caracteres foram extraídos e utilizados na análise filogenética. Para tanto foram utilizados representantes das famílias Gymnotidae (Gymnotus cf. anguillaris), Hypopomidae (Brachyhypopomus cf. pinnicaudatus), Rhamphichthyidae. (Rhamphichthys cf. hahni), Apteronotidae (Apteronotus cf. albifrons) e Sternopygidae (Eigenmannia cf. virescens (1) e Eigenmannia cf. virescens (2)). Os dados obtidos foram utilizados para obtenção de uma matriz de caracteres, utilizada na elaboração de hipóteses filogenéticas de relacionamento entre as espécies estudadas. As análises filogenéticas, conduzidas com este conjunto de dados, mostram algumas semelhanças e incongruências com hipóteses já propostas na literatura. É discutida a importância das características da espermiogênese e do espermatozóide no estudo das relações entre famílias de Gymnotiformes / Abstract: Fishes of the order Gymnotiformes compose a monophyletic group, among other characteristics, by the production and detection of electric fields. They have a knife-like appearance and an elongate anal fin. The order includes five families: Gymnotidae, Hypopomidae, Rhamphichthyidae, Sternopygidae, and Apteronotidae. Recent hypothesis about the relationships among the families of Gymnotiformes were established based on morphological, molecular, and physiological data. Several studies have suggested that the spermatozoa ultrastructure characters and spermiogenesis in the Teleostei have significant phylogenetic implications. Spermiogenesis and spermatozoa ultrastructure were study, and Thirty-one characters was extract and usage in the analysis phylogenetic. For this purpose, representatives of each Gymnotiformes family were utilized: Gymnotidae (Gymnotus cf. anguillaris), Hypopomidae (Brachyhypopomus cf. pinnicaudatus), Rhamphichthyidae (Rhamphichthys cf. hahni), Apteronotidae (Apteronotus cf. albifrons) e Sternopygidae (Eigenmannia cf. virescens (1) and Eigenmannia cf. virescens (2)). The data obtained were employed in the construction of a character matrix, used in the elaboration of a phylogenetic hypothesis of the relationships among the species. Phylogenetic analysis conducted with these data, resulted in some similarities and some dissimilarities regarding to the currently accepted hypothesis of relationship among Gymnotiformes. The importance of spermiogenesis and spermatozoa characteristics in the study of relationship among families of Gymnotiformes is discussed. / Mestrado / Biologia Celular / Mestre em Biologia Celular e Estrutural

Orientador: Yoko Bomura Rosato / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-26T00:37:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Goncalves_EdmilsonRicardo_D.pdf: 4945807 bytes, checksum: 544d58fa30e767d46b4b6b2ce24871d6 (MD5) Previous issue date: 2000 / Doutorado