Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2016-09-15T14:19:52Z No. of bitstreams: 2 07.Tese_Final_[TSC_040516]_CRC.pdf: 9288766 bytes, checksum: 2d306cbf52461fec570af84fa7c6d62f (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-15T14:19:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 07.Tese_Final_[TSC_040516]_CRC.pdf: 9288766 bytes, checksum: 2d306cbf52461fec570af84fa7c6d62f (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-04-20 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The present study aimed to integrate Amazonian species to the molecular phylogeny of the order Phallales using standard DNA sequences, and with this, to make inferences about the classification and evolution of the group. Specimens were collected along the main rivers of the Amazon basin: Negro, Madeira, Solimões, Amazonas and Tapajós. The specimens were herborized, deposited at the INPA herbarium, and small fragments of basidioma were excised for DNA extraction. ITS sequences were obtained from all specimens, and sequences from additional DNA regions were obtained depending on the group of study. Maximum Parsimony and Bayesian analyses were performed for molecular phylogenetic inferences, in addition to construction of species trees. This thesis is divided in four chapters. In the first chapter, one new species (Geastrum inpaense) and new records of gasteroid fungi are described: six species are new records for Central Amazonia (Geastrum lloydianum, G. schweinitzii, Phallus merulinus, Staheliomyces cinctus), one for Brazil (Phallus atrovolvatus) and one for South America (Mutinus fleischeri). In the second chapter, two new records of phalloid fungi are described for Brazil (Lysurus arachnoideus) and South America (Phallus cinnbarinus), with detailed morphological descriptions and images, in addition to ITS sequences. In the third chapter, the diversity observed in specimens of the monotypic genus Xylophallus was evaluated using morphological analysis allied to methods of species delimitation using five DNA regions. The analyses showed unexpected diversity in Xylophallus, by revealing three evolutionary units: one corresponds to X. xylogenus; another is a new species named X. clavatus; and the third corresponds to a cryptic species – the first record for phalloid fungi. In chapter four, the morphological and molecular diversity found in Amazonian specimens of Phallus indusiatus sensu lato was evaluated. The phylogenetic tree obtained with ITS sequences revealed four distinct clades, which agreed with morphological data. One clade corresponds to P. indusiatus Vent., The other three clades are morphologically different from P. indusiatus and any other species with white indusium, thus corresponding to three new species: P. amazonicus, which also has a new variety, P. amazonicus var. denigricans differentiated by the darker volva; P. squamulosus is characterized by the squamous surface of the volva and it was found in the Atlantic Rainforest; P. purpurascens is the most distinct and the largest among these new species, it has a pinkish volva, smaller reticulations on the receptaculum and smaller spores than the other species. Until 2012, there were only two records of Phallales for Brazilian Amazonia. Currently, 13 species are recorded, of which four species are new to science. These results show the importance of studying mycobiota from Neotropical forests, especially neglected groups such as phalloid fungi. It also demonstrates the importance of including molecular data in the study of systematics and evolution of fungi, and how these data should be explored. Testing different DNA regions other than ITS – the proposed barcode for fungi – and alternative species delimitation methods should also be considered. / O presente trabalho teve como objetivo principal integrar espécies amazônicas à filogenia molecular da ordem Phallales com sequências diagnósticas padrões, e com este conjunto de dados inferir sobre a classificação e evolução do grupo. Para isso, coletas foram realizadas ao longo dos rios Amazonas, Solimões, Negro, Madeira e Tapajós. Os basidiomas coletados foram herborizados, depositados no Herbário do INPA, e fragmentos foram retirados para extração de DNA genômico. Foram obtidas sequências de ITS de todos os espécimes e, dependendo do grupo em estudo, foram obtidas sequências de outras regiões gênicas. Análises de Máxima Parcimônia e Bayesiana foram utilizadas para inferência filogenética molecular dos grupos em estudo, além da construção de árvores de espécies. Esta tese encontra-se dividida em quatro capítulos. No primeiro capítulo, uma espécie nova (Geastrum inpaense) e novos registros de fungos gasteroides são descritos: seis espécies constituem novos registros para Amazônia Central (Geastrum lloydianum, G. schweinitzii, Phallus merulinus, Staheliomyces cinctus), uma para o Brasil (Phallus atrovolvatus) e uma para América do Sul (Mutinus fleischeri). O segundo capítulo, dois novos registros de fungos faloides são descritos para o Brasil (Lysurus arachnoideus) e América do Sul (Phallus cinnbarinus), com descrições morfológicas detalhadas e fotos, além de sequências da região ITS. No terceiro capítulo, a diversidade observada entre espécimes coletados do gênero monotípico Xylophallus foi avaliada por meio de análises morfológicas aliadas a métodos de delimitação de espécies utilizando sequências de cinco regiões gênicas. As análises mostraram uma diversidade inesperada dentro do gênero ao revelar a presença de três unidades evolutivas: uma corresponde a X. xylogenus; uma é uma espécie nova denominada X. clavatus; e a terceira corresponde a uma espécie críptica – o primeiro registro em fungos faloides. No quarto capítulo, foi avaliada a diversidade morfológica e molecular de Phallus indusiatus sensu lato coletada na Amazônia brasileira. A árvore filogenética obtida com sequências de ITS revelou quatro clados distintos que possuiam concordância com os dados morfológicos. Um clado corresponde a P. indusiatus Vent., cujos espécimes apresentam caracteres morfológicos iguais ou bem próximos à descrição original. Os outros três clados possuem características distintas de P. indusiatus e quaisquer outras espécies com indúsio branco, correspondendo portanto a três novas espécies: P. amazonicus possui também uma variedade nova, P. amazonicus var. denigricans, diferenciada principalmente pela coloração escura da volva; P. squamulosus é caracterizada pela volva com superfície escamosa e foi encontrada na Mata Atlântica; P. purpurascens é a espécie mais distinta, sendo a maior entre as espécies citadas, possui volva branca a lilás, reticulações do receptáculo estreitas e esporos menores que as demais espécies. Até 2012, haviam apenas dois registros de Phallales para a Amazônia brasileira. Atualmente podem ser contabilizadas 13 espécies de fungos faloides para a Amazônia brasileira, sendo quatro dessas espécies novas para a ciência. Esses resultados demonstram a importância de estudar a micobiota de florestas Neotropicais, principalmente de grupos negligenciados como os fungos faloides. Demostra também a importância da inclusão de dados moleculares no estudo de taxonomia e sistemática de fungos, e como esses dados podem ser explorados. Testar diferentes regiões gênicas além de ITS – o barcode proposto de fungos – e métodos alternativos de delimitação de espécies também devem ser levados em consideração.

Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2017-02-14T19:05:50Z No. of bitstreams: 2 Dissertação David Silva Nogueira - Entomologia.pdf: 12310486 bytes, checksum: af41d3b9eb2627f0576774058bda1648 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-14T19:05:50Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação David Silva Nogueira - Entomologia.pdf: 12310486 bytes, checksum: af41d3b9eb2627f0576774058bda1648 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-03-29 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Systematics of Scaura Schwarz, 1938 (Hymenoptera: Apidae: Meliponini), with biological notes. Scaura Schwarz 1938 is a neotropical little diverse and distributed genus. It’s widely composed of workers with hind basitarsus as wide as or wider than their tibia. The genus comprised five valid species, but with evidence that there was a complex of species to be described. It was obtained dry specimens, in various national and foreign collections, and studying this material, a taxonomic revision and a phylogenetic analysis of all species of the genus were proposed, resulting in a total of seven valid species: with three new species and synonymy of Scaura tenuis (Ducke, 1916) under Scaura latitarsis (Friese, 1900). An Illustrated worker identification key was proposed, and each species previously described was redescribed to have a standardized description with the addition of males and queens when possible. Every species had its geographic distribution updated, as well as a compilation of data on nesting biology and behavior. The phylogenetic analysis resulted in Scaura as a monophyletic genus, and Schwarzula Moure, 1946 as its sister group. It is noteworthy that the relationship between the Scaura species with short metasoma still needs to have phylogenetic relationships best established. The Scaura species with short metasoma needs more morphological caracteres and new phylogenetic analyses for suggest better relationships. / Scaura Schwarz, 1938 é um gênero neotropical pouco diversificado e amplamente distribuído, composto por operárias com basitarsos metatorácicos tão largos quanto ou mais largos que as respectivas tíbias. O gênero compreendia cinco espécies válidas, mas com indícios de que havia um complexo de espécies a serem descritas. Com a obtenção de espécimes, em via seca, de várias coleções nacionais e estrangeiras, e estudo desse material, foi proposta uma revisão taxonômica, bem como uma análise filogenética de todas as espécies do gênero, resultando assim, em um total de sete espécies válidas: com três novas e a sinonímia de Scaura tenuis (Ducke, 1916) sob Scaura latitarsis (Friese, 1900). Foi proposta uma chave ilustrada de identificação de operárias e cada espécie já descrita foi redescrita para haver uma padronização com a adição da descrição de machos e rainhas, quando possível. Cada uma dessas espécies propostas possui registros geográficos atualizados, bem como uma compilação de dados sobre a biologia de nidificação e comportamento. A análise filogenética constatou o monofiletismo do gênero, tendo como grupo irmão Schwarzula Moure, 1946. Entretanto, as espécies de Scaura com metassoma curto ainda precisam ter as relações filogenéticas melhores estabelecidas.

Orientador: Irani Quagio Grassiotto / Banca: Daniela Calcanhotto / Banca: Marco Aurélio Azevedo / Resumo: O gênero Moenkhausia é um dos mais especiosos em Characidae, com cerca de 65 espécies válidas, amplamente distribuídas nas bacias hidrográficas da América do Sul. Atualmente, este gênero é reconhecido como não monofilético e incertae sedis em Characidae. Os estudos taxonômicos e sistemáticos para o gênero são poucos e foram realizados com base em características morfológicas externa e interna e osteológicas. Sabe-se que as características reprodutivas podem conter sinais filogenéticos. Com o objetivo de contribuir para o entendimento das relações de parentesco do gênero Moenkhausia e outros tetragonopteríneos (sensu Géry, 1977), estudou-se o tipo de espermiogênese e os caracteres ultraestruturais dos espermatozóides de 21 espécies, sendo 17 pertencentes ao gênero Moenkhausia, e 1 espécie de Astyanax, Hasemania, Hemigrammus e Thayeria. Os dados obtidos das espécies de Moenkhausia foram comparados entre si e com a espécie-tipo, Moenkhausia xinguensis, na tentativa de se encontrar caracteres compartilhados que evidenciem uma maior relação destes. Além disso, os dados de M. xinguensis foram comparados com as espécies Hasemania nana, Hemigrammus bleheri, Thayeria boehlkei (este estudo), e Hemigrammus erythrozonus, Hyphessobrycon herbertaxelrodi, Tetratonopterus argenteus (dados da literatura) possivelmente relacionadas, de acordo com a literatura, com o intuito de identificar possíveis características compartilhadas entre os táxons estudados. Os espermatozóides das 21 espécies analisadas apresentam espermiogênese incompleta do tipo I. O processo de espermiogênese destas espécies apresenta variações com relação à rotação nuclear que permitem agrupar três grupos distintos dentro do gênero Moenkhausia: E1, o núcleo sofre uma rotação em relação ao eixo flagelar entre 70º e 80º e compreende as espécies M. chrysargyrea, M. collettii, M. comma... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The genus Moenkhausia is composed by 65 species and widely distributed in hydrographic basins of South America. Currenty, this genus cannot be recognized as a monophyletic unit. Taxonomic and phylogenetic studies that included the genus Moenkhausia are few and were realized based on morphological and osteological characters. Besides the traditional data, reproductive characters show potentially useful in the cladistics analysis. In attempt to contribute to knowledge of relationships of the genus Moenkhausia with others species of Tetragonopterinae (sensu Géry, 1977), the spermiogenesis and sperm ultrastructure from 17 species of Moenkhausia, 1 species of Astyanax, Hasemania, Hemigrammus, Thayeria (this study), and Hemigrammus erythrozonus, Hyphessobrycon herbertaxelrodi, Tetratonopterus argenteus (literature) were studied with the intention of diagnostic characters shared among them. Specimens were obtained from aquarious shop and mainly from zoological collections and were prepared and analyzed under Transmission Electron Microscopy. All species analyzed present spermiogenesis I with a variation on nuclear rotation. Based on nuclear rotation ranging the Moenkhausia species were grouped in three distinct patterns: E1, in which the nuclear rotation in relation to the flagellar axis is about 70º to 80º. This pattern is shared M. chrysargyrea, M. collettii, M. comma, M. cotinho, M. diktyota, M. doceana, M. cf. georgiae, M. latissima and M. sanctafilomenae. In the second pattern, herein termed E2, nuclear rotation is inferior to 50º. This pattern is subdivided in two subtypes E2-A and E2-B. In the subtype E2-A, as occurs in M. phaeonota and M. pyrophthalma, just after the accomplishment of the nuclear rotation, the nucleus slightly turns back and becomes strongly eccentric in relation to the flagellum. In subtype E2-B share by M. costae, M. grandisquamis, M. megalops, M. nigromarginata... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Submitted by Inácio de Oliveira Lima Neto (inacio.neto@inpa.gov.br) on 2018-07-13T19:08:13Z No. of bitstreams: 2 tese Patrik Barcelos e Silva.pdf: 15156108 bytes, checksum: b6a654c5255348fc8859fd81a64704a4 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-13T19:08:13Z (GMT). No. of bitstreams: 2 tese Patrik Barcelos e Silva.pdf: 15156108 bytes, checksum: b6a654c5255348fc8859fd81a64704a4 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2018-05-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Macronematinae is the second largest subfamily of Hydropsychidae with about 400 species being the Neotropical region with the largest number of recorded species (214 species). Currently with 16 genera it is divided in two tribes: Macronematini with developed palpi and Polymorphanisini with atrophied palpi. Even present in some studies investigating the phylogenetic relationships among subfamilies of Hydropsychidae, Macronematinae did not have their monophyly tested including all genera of the group in such a way that all their diversity was represented, and until now there is no proposal that tries to understand the relations among the genera of the subfamily. The aim of this study were: study the taxonomy of Neotropical genera, test the monophyly of Macronematinae, and propose a hypothesis of relationship among the subfamily genera. In the present work two new species of Leptonema and immature stages of Centromacronema, Leptonema and Synoestropsis collected in different Brazilian states were described. Phylogenetic analyzes were performed based on morphological data extracted from male adults and larvae as well as molecular data from the COI and 28S fragments. In all cases, five partitions of the independent and combined data were analyzed under the parsimony using the TNT program and Bayesian inference in the Mr. Bayes program methods. The results recovered the monophyly of Macronematinae but did not recover the monophyly of Macronematini and Polymorphanisini. Polymorphanisus was not recovered as monophyletic we suggested the description of a new genus to allocate the species of P. (ocularis): Magnocularis gen. nov., once that they were recovered in a separate clade of the species of P. (nigricornis). In order to adapt the current classification to the obtained results, the following changes were proposed: creation of Leptonemini trib. nov., including Leptonema and Neoleptonema stat. rev. and Macrostemini. trib. nov. including Aethaloptera (transferred from Polymorphanisini), Amphipsyche, Macrostemum [divided in two subgenera: M. (Macrostemum) e M.(Panmacrostemum) subgen.nov.]and Protomacronema. Macronematinae now includes only Baliomorpha, Centromacronema and Macronema, and Polymorphanisini includes Magnocularis gen. nov., Oestropsyche, Polymorphanisus and Synoestropsis. The position of Leptopsyche, Plectromacronema, Pseudoleptonema and Trichomacronema stat. rev. has been the subject of controversy and the addition new information on these genera is necessary to better establish their positions. A new classification is presented with all proposed changes and a key identification of the Macronematinae genera of the world is proposed for adults and larvae. / Macronematinae é a segunda maior subfamília de Hydropsychidae com cerca de 400 espécies, sendo a região Neotropical a com o maior número de espécies registradas (214 espécies). Atualmente com 16 gêneros, está dividida em duas tribos: Macronematini com palpos desenvolvidos e Polymorphanisini com palpos atrofiados. Mesmo presente em alguns estudos que investigaram as relações filogenéticas entre as subfamílias de Hydropsychidae, Macronematinae não teve seu monofiletismo testado incluindo todos os gêneros do grupo de forma que fosse representada toda sua diversidade. Além disso, não existe, até o momento, uma proposta que aborde as relações entre os gêneros da subfamília. Desta maneir os objetivos deste estudo foram estudar a taxonomia de gêneros Neotropicais, testar o monofiletismo de Macronematinae e propor uma hipótese de relacionamento entre os gêneros desta subfamília. No presente trabalho foram descritas duas espécies novas de Leptonema e estágios imaturos de espécies dos gêneros Centromacronema, Leptonema e Synoestropsis coletados em diferentes estados do Brasil. As análises filogenéticas foram realizadas com base em dados morfológicos,obtidos dos adultos machos e das larvas e dados moleculares de fragmentos dos genes COI e 28S. Ao todo foram analisadas cinco partições dos dados independentes e combinados sob os métodos de parcimônia usando o programa TNT e inferência bayesiana no programa Mr. Bayes. Os resultados recuperaram o monofiletismo de Macronematinae, mas não recuperaram o monofiletismo das tribos Macronematini e Polymorphanisini. Polymorphanisus não foi recuperado como monofiléticos, foi sugerido a descrição de um novo gênero para abrigar as espécies de P. (ocularis): Magnocularis gen. nov., uma vez que este foi recuperado em um clado separado das espécies de P. (nigricornis). Para adequar a classificação atual aos resultados obtidos foram propostas as seguintes mudanças: criação de Leptonemini trib. nov., incluindo Leptonema e Neoleptonema stat. rev. e Macrostemini. trib. nov. incluindo Aethaloptera (transferido de Polymorphanisini), Amphipsyche, Macrostemum [dividido em dois subgêneros: M. (Macrostemum) e M. (Panmacrostemum) subgen. nov.] e Protomacronema. Macronematinini passou a incluir apenas Baliomorpha, Centromacronema e Macronema e Polymorphanisini inclui Magnocularis gen. nov., Oestropsyche, Polymorphanisus e Synoestropsis. A posição de Leptopsyche, Plectromacronema, Pseudoleptonema e Trichomacronema stat. rev. foi alvo de controvérsias e a adição de novas informações sobre esses gêneros é necessária para melhor estabelecer seus posicionamentos. Uma nova classificação é apresentada com todas as alterações propostas e uma chave de identificação dos gêneros de Macronematinae do mundo foi proposta para adultos e larvas.

Ureases são enzimas níquel-dependentes que catalisam a hidrólise da ureia em amônia e dióxido de carbono. Além disso, apresentam diversas propriedades independentes da catálise, sendo consideradas proteínas moonlighting. São amplamente distribuídas na natureza, sendo encontradas em bactérias, arqueas, plantas e fungos, podendo se organizar em unidades funcionais compostas por uma, duas ou três subunidades. Sua ativação, que envolve a passagem da enzima de sua forma apo-urease a sua forma holourease, requer pelo menos três proteínas acessórias. Parte de suas propriedades não-catalíticas é associada à liberação de peptídeos internos da proteína nativa. Nesse contexto, a presente tese se dedicou ao estudo de diferentes aspectos da biologia estrutural de ureases. Ao elaborar uma narrativa filogenética, envolvendo varredura de bancos de dados em larga escala e diferentes algoritmos de reconstrução de árvores, foi possível propor uma rota evolutiva indicando a transição de três subunidades para uma única unidade funcional, sem passar por intermediários de duas cadeias. Quanto ao seu processo de ativação, por meio de múltiplos cálculos de atracamento baseados em dados experimentais prévios (especialmente SAXS), foram propostas estruturas para suas diferentes etapas, em resolução atomística. Finalmente, o comportamento dinâmico de diferentes peptídeos derivados de urease foram analisados computacionalmente por meio de simulações de longa duração (500 ns) e associados a outros dados obtidos in vitro, permitindo justificar efeitos diferenciais obtidos na aplicação destes peptídeos. De maneira geral, o trabalho empregou técnicas computacionais à análise de ureases, fornecendo bases para futuros estudos de suas propriedades, sejam catalíticas ou não, incluindo sua aplicação biotecnológica. / Ureases are nickel-dependent enzymes that catalyze the hydrolysis of urea into ammonia and carbon dioxide. They have many catalysis-independent properties, being considered moonlighting proteins. Ureases are found in bacteria, archaea, plants, and fungi, and may be organized in functional units composed by one, two, or three subunits. Their activation, involving the transition from apo to holourease, requires at least three accessory proteins. Some of their non-catalytic properties are related to the release of internal peptides from the native protein. In this context, this thesis was developed upon the study of different aspects of urease structural biology. By phylogenetical reconstruction, employing large-scale databank scans and different tree-building algorithms, we were able to propose an evolutionary route by which the transition from three to one functional subunits was possible, with no need for a two-chained intermediate. Regarding the activation mechanism, we have proposed structural models for the oligomeric intermediates of the process by multiple docking calculations, at atomistic resolution, based on previous experimental data (especially SAXS). Additionally, the dynamical behavior of different ureasederived peptides was analyzed by computational simulations at large time scales (500 ns) and correlated to in vitro results, allowing us to explain the variable effects observed after their application on test systems. In short, in this work we have employed computational techniques to the analysis of urease, providing working grounds for further studies of this enzyme and its properties (catalytical or not), including its biotechnological applicability.

El estudio de la variabilidad humana en América ha sido abordado aplicando técnicas de la antropometría, la lingüística, la etnografía y la historia. Otra técnica para evaluar similitudes y diferencias entre grupos humanos proviene de la biología molecular. El ADN mitocondrial (ADNmt) debido a su herencia exclusivamente materna no sufre recombinación y por ello permite la reconstrucción de filogenias a nivel subespecífico. Los estudios de ADNmt en poblaciones humanas han apoyado la hipótesis del origen africano de los humanos modernos y han contribuido a reconstruir las rutas migratorias de poblamiento. Los datos referidos a América confirman el origen asiático de sus primeros pobladores y contribuyen a discutir el tiempo y modo de dispersión. Sin embargo en este continente, la población actual incluye no sólo a los descendientes de los primeros pobladores, sino también a quienes arribaron al continente como consecuencia del ―descubrimiento‖ por parte de marinos europeos. Además de conquistadores y colonos europeos, en América se introdujo una gran cantidad de población proveniente de África subsahareana, traída como mano de obra esclava. En algunos países como la Argentina, la composición de la población se vio fuertemente alterada por el impulso de la inmigración europea durante los siglos XIX y XX. En virtud del balance desigual entre migrantes varones y mujeres, tanto en tiempos coloniales como estatales, tuvo lugar un mestizaje de tipo sexo-asimétrico entre mujeres locales y hombres foráneos, que resultó en la persistencia de linajes maternos nativos tanto en comunidades rurales como urbanas. Teniendo en cuenta estos antecedentes, esta tesis tiene como objetivo determinar el origen continental de los linajes maternos de la población actual del Noroeste y Centro-Oeste de Argentina (NOA y COA) y analizar desde una perspectiva filogeográfica la distribución de aquellos propios de América, tanto al interior de la región analizada como en un contexto sudamericano. / The study of human variability in America has been carried out using techniques from anthropometry, ethnography, linguistics and history. Another way to investigate similarities and differences between human groups comes from molecular biology. Mitochondrial DNA (mtDNA) has strictly maternal inheritance and so, it does not suffer recombination. This feature allows the reconstruction of intraspecific phylogenies. MtDNA studies in human populations have supported the African origin of modern humans and contributed to describe migratory routes. American data upholds the Asian origin of first settlers and takes part in the debate about time and mode of dispersion. Nevertheless, the contemporary American population includes not only the descendants of first settlers, but also those who arrive after the European ―discovery‖. Conquerors and colonizers from Europe were not the only ones that arrived; also many sub- Saharan people were brought as slaves. In some countries like Argentina, the population composition was strongly altered by an ultramarine immigration of XIX and XX centuries. Due to the unequal sex distribution between immigrants, an asymmetrical miscegenation took place; it involved local women and foreign men. This results in the persistence of native maternal lineages in the extant populations. In this context, the objective of this thesis consists in determining the continental origin of maternal lineages in the present population of Northwest and Center-West of Argentina (NWA and CWA). Then, the aim is to analyze the distribution of Native American lineages from a phylogeographical perspective.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:44Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-12-21Bitstream added on 2014-06-13T21:08:02Z : No. of bitstreams: 1 grazziotin_fg_dr_rcla.pdf: 876560 bytes, checksum: 3e4c47b55167b94d86962842d103f78a (MD5) / A relação filogenética entre os caenofídeos (serpentes avançadas) tem sido matéria de debate durante décadas. As principais questões para a sistemática eram representadas pela condição monofilética da família Colubridae, e a composição de sua subfamílias. Mais recentemente, novos métodos para inferir filogenias baseadas em critérios objetivos, bem como a utilização da biologia molecular, lançaram alguma luz sobre estas questões tradicionais. Aqui, são apresentados os resultados de duas análises filogenéticas moleculares das serpentes cenofídeas, focando principalmente nas serpentes neotropicais (subfamílias Xenodontinae e Dipsadinae). Otimização direta com base na máxima parcimônia, e homologia estática (alinhamento múltiplo), utilizando máxima parcimônia e máxima verossimilhança foram aplicados em uma matriz expandida de dados molecular. Os principais resultados de ambas as análises são: posicionamento de Acrochordus, Xenodermatideos e Pareatideos como grupos irmãos sucessivos de todos os caenofídeos restantes; viperídeos e homalopsideos são clados irmãos sucessivos de todos as demias serpentes, foram recuperados os seguintes clados monofiléticos dentro do crown-group Caenophidia: psammofídeos Afro-Asiaticos (incluindo Mimophis de Madagascar), Elapidae, Pseudoxyrhophiinae, Colubrinae, Natricinae, Dipsadinae e Xenodontinae. Homoroselaps está associada com os atractaspidídeos. Dois grupos taxonômicos superiores dentro de Caenophidia e uma nova subfamília dentro Dipsadidae foram nomeados. As análises filogenéticas sugerem mudanças taxonômicas dentro dos xenodontíneos; cinco novas tribos, oito novos gêneros foram criados e dois gêneros foram ressuscitados. Os gêneros Xenoxybelis e Pseudablabes foram sinonimizados com Philodryas; Liophis e Umbrivaga com Erythrolamprus e Lystrophis e Waglerophis com Xenodon / The phylogenetic relationship among the caenophidian (advanced) snakes has been a matter of debate for decades. The principal issues for the systematic were represented by the monophyletic condition of the large family Colubridae, and the composition of its subfamilies. More recently, new methods for infering phylogenies based on objective criteria, and the use of molecular biology, shed some light on these traditional issues. Here, two molecular phylogenetic analyses of caenophidian snakes focusing principally in the Neotropical snakes (subfamilies Xenodontinae and Dipsadinae) are presented. Direct optimization based on maximum parsimony, and static homology (multiple alignment) using maximum parsimony and maximum likelihood were applied on a expanded molecular data matrix. The major results of both analyses are: placement of Acrochordus, Xenodermatids, and Pareatids as successive outgroups to all remaining caenophidians; viperids and homalopsids are sucessive sister clades to all remaining snakes; the following monophyletic clades within crown group caenophidians: Afro- Asian psammophiids (including Mimophis from Madagascar), Elapidae, Pseudoxyrhophiinae, Colubrinae, Natricinae, Dipsadinae, and Xenodontinae. Homoroselaps is associated with atractaspidids. Two higher taxonomic clades within Caenophidia one new subfamily within Dipsadidae were nomed. The phylogenetic analyses suggest taxonomic changes within xenodontines, five new tribes, eight new genera were created and two genera were resurrected. The genera Xenoxybelis and Pseudablabes were synonymize with Philodryas; Liophis and Umbrivaga with Erythrolamprus; and Lystrophis and Waglerophis with Xenodon

Orientador: Siu Mui Tsai / Banca: Marco Aurelio Takita / Banca: Mauricio Bacci Junior / Resumo: Linhagens de Xylella fastidiosa de diferentes hospedeiros, incluindo citros, café, pêssego, videira entre outros, foram utilizadas para construir uma relação filogenética a partir da análise de seqüências completas de nucleotídeos do espaço intergênico 16S-23S rDNA. Dadas as dificuldades encontradas frente ao uso dos primers utilizados para o sequenciamento da região genômica em questão, fez-se necessária a construção de novos primers baseada em dados após alinhamento e comparação com as seqüências disponibilizadas pelo NCBI e com as obtidas neste trabalho. Os "primers" propostos previamente para amplificação da região 16S-23S em Xylella fastidiosa, foram também testados sem muito sucesso uma vez que produzem fragmentos muito extensos e, para a obtenção de seqüências adequadas seria necessário o uso de outras técnicas moleculares mais dispendiosas para obtenção da seqüência completa, o que levaria tempo e custo maiores. Os métodos utilizados tanto para alinhamento de seqüências bem como a construção da árvore filogenética são baseados no princípio cladístico. As seqüências completas do espaço intergênico obtidas, revelaram um nível de variação de bases maior do que a encontrada em seqüências do gene 16S do mesmo organismo (99,0 a 100%), com valores de similaridade que variam em torno de 80 a 100%. A linhagem originada de plantas de pêra, que apresentou uma maior discrepância nos valores, foi tomada como um grupo externo aos dos outros hospedeiros. Baseado no cladograma apresentado, os resultados revelaram que as linhagens de citros e café puderam ser separadas quando se usa o método cladístico de análise, já pela metodologia baseada em princípios fenéticos esta separação não foi possível. Foi possível também agrupar os isolados em três... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo). / Abstract: The phylogenetic relationships among Xylella fastidiosa isolates from different hosts were studied, using primers specific for the 16S-23S rDNA intergenic spacer region. Strains isolated from a wide range of host plants were studied - citrus, coffee, grapevine, elm, periwinkle, and others. Current methods for sequencing the 16S-23S spacer regions are laborious because of the large fragment obtained when using the specific primers. Nevertherless, the sequences obtained with this primers did not contribute with significant information, as only partial sequences were obtained. It's necessary other methods to complement in order to obtain a complete sequence of the spacer region. This methods include cloning and the use of internal primers. In order to establish an easier method to sequencing the spacer region, were constructed a new primer pair to facilitated the sequencing and the sequences obtained was complete. The 16S-23S intergenic spacer region analysis showed a higher level of variation than that found in 16S sequences, with similarity values ranging from 80% to 100%. The pear strain, that showed the most variable values, was used as the outgroup. The cladogram constructed by using cladistic methods allowed the grouping of three major clusters: the citrus-coffee-some grapevines- mulberry, the periwinkle-ambrosia, and the others hosts. The citrus and coffee strains could be phylogeneticly separated from this method while by the 16S sequences and the 16S-23S by the phenetic method they couldn't. A phenogram based on similarity data is useful for observing relationships based on share characters. However, its does not necessarily represent the evolutionary histry of the taxa. With the cladistic approach, hypothetical genealogical relationships among Xylella fastidiosa strains... (Complete abstract, click electronic address below). / Mestre

Orientador: Odair Correa Bueno / Banca: Maria Santina de Castro Morini / Banca: Ricardo Harakava / Resumo: As formigas da espécie Solenopsis invicta são nativas da América do Sul, mas elas foram introduzidas em novos ambientes e passaram a causar sérios danos à agricultura e pecuária bem como causar alguns transtornos ao ser humano. Muitos estudos sobre a biologia reprodutiva de S. invicta foram conduzidos com populações introduzidas; porém, poucos com as populações nativas. As ferramentas moleculares como microssatélties e mtDNA podem auxiliar na investigação sobre a biologia reprodutiva das espécies. Diferentes comportamentos sociais de S. invicta como a monoginia e a poliginia, podem interferir na biologia reprodutiva da espécie, e a utilização das ferramentas moleculares corretas pode evidenciar este comportamento. A expansão das populações nativas, assim como a introdução dessa formiga em outros ambientes, pode ter levado à interação com outros táxons de formigas e com outros tipos de organismos. Essa interação pode ter sido responsável pela aquisição da endobactéria Wolbachia. Ela é uma bactéria intracelular que pode causar distúrbios reprodutivos em seus hospedeiros. Este trabalho analisou 10 ninhos de S. invicta coletados em cinco cidades do Estado de São Paulo com o objetivo de inferir sobre a biologia reprodutiva de S. invicta, utilizando marcadores moleculares microssatélites e mtDNA e também verificar a presença de Wolbachia. A formação de quatro grupos filogeneticamente distintos para mtDNA sugerem linhagens divergentes de haplótipos dentro dos dez ninhos. Essa separação também pode indicar interferências na dispersão natural das fêmeas. A análise dos microssatélites revelou que alguns problemas moleculares podem interferir na investigação sobre a biologia reprodutiva. A análise específica de poliginia indica que todos os ninhos analisados são monogínicos, mas os resultados de microssatélites sugerem que ninhos de S. invicta ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The ants of Solenopsis invicta are native of South America, but they were introduced into new environments and began to cause serious damage to agriculture and livestock and cause some inconvenience to humans. Many studies on the reproductive biology of S. invicta were conducted with introduced populations, but few with the native populations. The molecular tools such as analysis of mtDNA and microsatellites can assist in research on the reproductive biology of the species.Different social behavior of S. invicta as monogyny and polygyny, can interfere in the reproductive biology of the species, and the use of the correct molecular tools may show this behavior.The expansion of the native populations, as well as the introduction of this ant in other environments may have led to the interaction with other taxa of ants and other types of organism. This interaction may have been responsible for the acquisition of endobacteria Wolbachia. This bacteria is intracellular and can cause reproductive disorders in their hosts. This study analyzed 10 nests of S. invicta collected in five cities of São Paulo aiming to infer the reproductive biology of S. invicta, using microsatellite markers and mtDNA and also verify the presence of Wolbachia. The formation of four groups phylogenetically distinct mtDNA suggests divergent lineages of haplotypes inside the ten nests. This separation can also indicate interference with the natural dispersal of females. Analysis of microsatellite revealed that some molecular problems may interfere in the research on the reproductive biology. The specific analysis of polygyny indicates that all nests that were analyzed are monogynous, but results of microsatellite suggest that nests of S. invicta have more than one reproductive queen. The Wolbachia presence analysis revealed two strains, the A from subgroup InvA of the S. invicta and the B strain characteristic of ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-graduação em Ecologia, Florianópolis, 2009 / Made available in DSpace on 2012-10-24T20:57:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 276208.pdf: 1155606 bytes, checksum: 02db951a03ba6e8a6371b3e60baa9e4f (MD5) / O presente estudo teve como objetivo caracterizar e analisar filogeneticamente bactérias anaeróbias oxidadoras de amônio (ANAMMOX) coletadas de bioreator de bancada de fluxo ascendente inoculado com lodo aclimatado proveniente de lagoa anaeróbia de um sistema de Lagoas de Tratamento de Dejetos de Suínos e padronizar técnica de Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) objetivando amplificação de uma região de 436 pares de base (pb) correspondente a subunidade menor (16S rRNA) do ribossomo de bactérias ANAMMOX. Visando a identificação dos organismos presentes no bioreator, foram utilizadas as técnicas de PCR, clonagem e sequenciamento da região 16S rRNA e dos fragmentos de 436 pb amplificados. Os iniciadores desenvolvidos foram avaliados quanto sua especificidade e limite de detecção. Foram obtidos 29 clones, dos quais 17 carregavam o gene 16S rRNA e 12 carregavam o fragmento de 436 pb. Entre os 17 clones obtidos, três apresentaram 97% de identidade com ANAMMOX Candidatus Jettenia asiática e Planctomycete KSU-1, 12 tiveram identidade com Janthinobacterium (99%) e dois apresentaram similaridade com clones não cultivados. Dos clones carregando o fragmento de 436 pb, oito apresentaram 96-100% de semelhança com ANAMMOX Candidatus Anammoxoglobus propionicus, Planctomycete KSU-1 e Candidatus Jettenia asiatica. Um clone teve 99% de similaridade com Pseudomonas sp. e outros três clones apresentaram semelhança com clones não cultivados. Embora os iniciadores tenham amplificado fragmentos genômicos de organismos não-ANAMMOX, o teste de limite de detecção mostrou que com a PCR foi possível amplificar a região alvo usando concentrações extremamente baixas (0,3 ng) de material genético. A utilização de tais ferramentas (extração de material genômico e execução de PCR com os novos iniciadores aqui desenvolvidos) mostrou-se eficiente, econômica e de fácil execução para caracterização de organismos ANAMMOX, abrindo uma gama de oportunidades para ampliar nosso conhecimento sobre estas bactérias e consequentemente melhorar o tratamento de dejeto de suíno.