Resumo não disponível

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2015. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-01-26T10:51:46Z No. of bitstreams: 1 2015_LarissaCamposAquino.pdf: 2726967 bytes, checksum: 51abca4084a9b1d6981087858e63bda6 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-01-27T20:57:40Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_LarissaCamposAquino.pdf: 2726967 bytes, checksum: 51abca4084a9b1d6981087858e63bda6 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-27T20:57:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_LarissaCamposAquino.pdf: 2726967 bytes, checksum: 51abca4084a9b1d6981087858e63bda6 (MD5) / Hemoplasmas são micoplasmas hemotrópicos que não possuem parede celular e crescem na superfície de eritrócitos podendo causar anemia infecciosa em diferentes espécies de mamíferos. Gatos são infectados por três espécies principais: Mycoplasma haemofelis (Mhf), ‘Candidatus Mycoplasma haemominutum’ (CMhm) e ‘Candidatus Mycoplasma turicensis’ (CMt) e em cães as espécies Mycoplasma haemocanis (Mhc) e ‘Candidatus Mycoplasma haematoparvum’ (CMhp) são as mais prevalentes. O presente estudo teve como objetivos determinar a ocorrência e a filogenia das espécies de hemoplasmas em gatos da capital do Brasil e cidades satélites e de cães da Nigéria, África, e verificar se há correlação com alterações hematológicas. Amostras de sangue foram coletadas de 451 gatos de diferentes origens de Brasília, DF e de 246 cães de Jos, Plateau State, Nigeria e submetidas a avaliação eritrocitária e extração de DNA para PCRs e sequenciamento. No estudo em gatos, hemoplasmas foram encontrados em 13.8% dos animais. CMhm foi a espécie mais prevalente (13.8% dos gatos), seguida pelo Mhf (11.1%) e CMt (4.4%). Mais de 80% dos gatos infectados por hemoplasmas estavam infectados por duas ou mais espécies: 7.1% estavam co-infectados com Mhf/CMhm, 0,4% com CMhm/CMt e 3,9% com Mhf/CMhm/CMt. O gênero masculino estava significativamente associado com infecção por hemoplasmas. Nenhuma associação entre o resultado da qPCR para hemoplasmas e parâmetros hematológicos foi encontrada, porém o número relativo de cópias de CMhm apresentou correlação com o número de eritrócitos e hematócrito. As sequencias do gene 16S rRNA (>1Kb) das espécies de hemoplasmas provenientes de gatos com co-infecções foram obtidos usando oligonucleotídeos espécie específicos, o que permitiu a obtenção de sequencias do gene 16S rRNA apesar do alto nível de co-infecções, que impossibilita o uso de oligonucleotídeos universais para o gene 16S rRNA. Dentro de cada espécie as sequencias de Mhf, CMhm e CMt apresentaram identidade de >99.8%, >98.5% e >98.8%,respectivamente. As sequencias de Mhf, CMhm e CMt apresentaram >99.2%, >98.4% e >97.8% de identidade, respectivamente, com sequencias do GenBank. A análise filogenética demonstrou todas as sequencias do Mhf em um único grupo, enquanto as sequencias de CMhm e CMt se agruparam em 3 subgrupos distintos. Estes achados filogenéticos sugerem a existência de diferentes cepas de CMhm e CMt. No estudo em cães, a qPCR espécie específica detectou infecção por Mhc em 18 dos 245 cães (7,3%) e CMhp em apenas um cão (0,4%). A qPCR de gênero de hemoplasmas foi positiva em 44 dos 245 (17,9%) dos cães. Vinte e cinco cães tiveram resultados discordantes nas qPCRs, nos quais foram positivos na qPCR de gênero de hemoplasmas, mas negativos na qPCR espécie específica. A avaliação desses cães discordantes por meio do sequenciamento do gene 16S rRNA gerou resultados limitados, mas em 5 cães confirmou-se a infecção por espécies diferentes de hemoplasmas: 2 Anaplasma phagocytophilum, 1 Anaplasma ovis, 1 Serratia marcescens e 1 Aerococcus spp. O sequenciamento do gene 16S rRNA dos Mhc mostrou >99,8% de identidade entre elas e >99,6% de identidade com sequencias disponíveis no GenBank e permaneceram no mesmo grupo de outras sequencias de Mhc e Mycoplasma haemofelis, indicando baixa variabilidade genética do gene 16S rRNA entre Mhc de diferentes origens. / Haemoplasmas are wall less haemotropic mycoplasmas that attach and grown in the surface of erythrocytes and cause anaemia in different mammals species. Cats are infected with three main species: Mycoplasma haemofelis (Mhf), ‘Candidatus Mycoplasma haemominutum’ (CMhm) and ‘Candidatus Mycoplasma turicensis’ (CMt), while in dogs the species Mycoplasma haemocanis (Mhc) and ‘Candidatus Mycoplasma haematoparvum’ (CMhp) are the most prevalent. The aims of the present study were to determine the occurrence and the phylogeny of haemoplasma species from cats in Brasilia and surrounding cities and from dogs in Nigeria, Africa; and assess weather any correlation existed between haemoplasma infection and haematological abnormalities. Blood samples were collected from 451 cats in different origins of Brasília, DF and from 246 dogs from Jos, Plateau State, Nigeria; submitted to erythrocyte evaluation and DNA extraction for PCR analysis and sequencing. In the cats study, haemoplasmas were found in 13.8% of 432 cats. CMhm was the most prevalent species (in 13.8% of cats), followed by Mhf (11.1%) and CMt (4.4%). Over 80% of haemoplasma-infected cats harboured two or more feline haemoplasma species: 7.1% of cats were co-infected with Mhf/CMhm, 0.4% with CMhm/CMt and 3.9% with Mhf/CMhm/CMt. Male gender was significantly associated with haemoplasma infections. No association was found between qPCR haemoplasma status and haematological variables, however CMhm relative copy numbers were correlated with red blood cell (RBC) numbers and packed cell volume (PCV). Haemoplasma 16S rRNA gene sequences (>1Kb) were derived from co-infected cats using novel haemoplasma species-specific oligonucleotides. This allowed 16S rRNA gene sequences to be obtained despite the high level of co-infection, which precluded the use of universal 16S rRNA gene oligonucleotides. Within each species, the Mhf, CMhm and CMt sequences showed >99.8%, >98.5% and >98.8% identity, respectively. The Mhf, CMhm and CMt sequences showed >99.2%, >98.4% and >97.8% identity, respectively, with GenBank sequences. Phylogenetic analysis showed all Mhf sequences to reside in a single clade, whereas the CMhm and CMt sequences each grouped into three distinct subclades. These phylogeny findings suggest the existence of different CMhm and CMt strains. In the dogs study, species-specific qPCR assays found Mhc infection in 18 of 245 dogs (7.3%), and CMhp infection in only one dog (0.4%). The generic haemoplasma qPCR assays were positive in 44 of 245 (17.9%) dogs. Twenty-five dogs had discordant qPCR results in that they were generic haemoplasma qPCR positive but species-specific qPCR negative. Further evaluation of these dogs by 16S rDNA sequencing gave limited results but 5 were confirmed to be infected with non-haemoplasma species: The 16S rRNA gene sequences from Mhc species showed >99.8% identity with each other and >99.6% identity with GenBank sequences, and resided in a single clade with other global Mhc and Mycoplasma haemofelis sequences, indicating low 16S rRNA genetic variability amongst this canine haemoplasma species.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2016. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2016-04-11T14:56:43Z No. of bitstreams: 1 2016_ElianeLuizFreitas.pdf: 3734175 bytes, checksum: 9f2f03e6b1acaf4ee103ce293df08789 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-04-11T16:57:27Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_ElianeLuizFreitas.pdf: 3734175 bytes, checksum: 9f2f03e6b1acaf4ee103ce293df08789 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-11T16:57:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_ElianeLuizFreitas.pdf: 3734175 bytes, checksum: 9f2f03e6b1acaf4ee103ce293df08789 (MD5) / A ordem Passeriformes agrupa cerca de 60% das espécies de aves. É uma das ordens com maior dificuldade na compreensão das relações filogenéticas entre os táxons devido às mínimas diferenças morfológicas, que estendem-se para famílias e gêneros. O gênero Elaenia é composto por 18 espécies e 38 subespécies, as quais apresentam morfologia uniforme, de coloração basicamente verde-oliva e com poucas variações entre cristas projetadas e pouca coloração branca ou amarela nestas cristas. Estas espécies estão amplamente distribuídas nas Américas sendo que muitas delas apresentam grande área de sobreposição de suas distribuições. A dificuldade de diferenciação morfológica entre alguns táxons deste gênero, torna a identificação destas espécies uma tarefa difícil em áreas de simpatria. Além disso, a possível ocorrência de híbridos pode dificultar ainda mais a diferenciação destes táxons. Diante disso, este trabalho teve por objetivo verificar o nível de diferenciação morfométrica e a existência de híbridos entre três espécies do gênero Elaenia: E. cristata, E. chiriquensis e E. flavogaster. Para as análises morfométricas, foram amostrados 636 indivíduos das três espécies alvo deste estudo. Foram coletadas seis medidas morfológicas de cada indivíduo. O nível de diferenciação morfométrico das espécies foi verificado pelos testes de variância multivariada – MANOVA, análise de variância – ANOVA seguida de teste de Tukey, análise discriminante linear – LDA e construção e validação do modelo de atribuição. Erros de identificação e possíveis híbridos foram investigados por meio da análise da variação de sequências do gene mitocondrial ND2. Para tanto, foram selecionados 99 indivíduos das três espécies alvo amostrados em campo. Morfometricamente, houve diferença estatística significativa quando E. chiriquensis foi comparada à E. cristata e E. flavogaster. O modelo de atribuição teve performance de acerto de 83% de atribuições corretas para a espécie E. chiriquensis, 81% para E. flavogaster e 76% para E. cristata. As reconstruções filogenéticas por Máxima Verossimilhança e por Inferência Bayesiana indicam que as três espécies constituem linhagens independentes. A estimativa do tempo de divergência entre as linhagens foi de aproximadamente 7,82 milhões de anos para E. cristata, 3,91 milhões de anos para E. flavogaster e 3,39 milhões de anos para E. chiriquensis. Alguns indivíduos identificados morfologicamente em campo como E. flavogaster e E. cristata, mostraram compartilhamento de haplótipos para o gene mitocondrial ND2 referente à linhagem de E. chiriquensis. Erros de identificação, ocorrência de híbridos ou possível dimorfismo sexual podem ser explicações para estes casos. _______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Passeriformes order has about 60% of all bird species. This order is one of the most difficult to understand the phylogenetic relationships among taxa due to minimal morphological differences, these difficulties extend to families and genera. The Elaenia genus composed of 18 species and 38 subspecies, which shown uniform morphology, characterized by olive coloring and little variation in the color of the crest, ranging from white to yellow. These species are widely distributed in the Americas, many of which has large area of overlap of their distributions. The difficulty of morphological differentiation between some taxa of this genus makes identification of these species a difficult task in areas of sympatric. Furthermore, the possible occurrence of hybrids can further complicate the differentiation of these taxa. This study aims to determine the level of morphometric and hybrid occurrence between three species of the genus Elaenia: E. cristata, E. chiriquensis and E. flavogaster. For morphometric analysis, we collected 636 individuals of the three species. Six morphological measurements of each individual were performed. The level of morphometric differentiation of species was identified by multivariate variance Tests - MANOVA, analysis of variance - ANOVA followed by Tukey's test, linear discriminant analysis - LDA, construction and validation of the attribution model. Misidentification and possible hybrids were investigated by analyzing the sequence variation of mitochondrial gene ND2, we selected 99 individuals from the three target species sampled in the field. There was a statistically significant morphometric difference between E. chiriquensis and E. cristata and E. flavogaster. The attribution model had 83% correct performance of correct assignments for E. chiriquensis, 81% for E. flavogaster and 76% for E. cristata. Phylogenetic reconstructions were created using maximum likelihood and Bayesian Inference. Results indicated independents lineages for all three species. The estimated time of divergence between the lineages was approximately 7.82 million years for E. cristata, 3.91 million years for E. flavogaster and 3.39 million years for E. chiriquensis. Some individuals morphologically identified in the field as E. flavogaster and E. cristata shared the same haplotype for E. chiriquensis lineage for mitochondrial gene ND2. Misidentification, hybrids occurrence or possible sexual dimorphism may be explanations for these cases.

Resumo: A família Rivulidae inclui atualmente 240 espécies válidas, sendo distribuídas desde o sul da Flórida (EUA) até o sul da Patagônia (Argentina). Dentro da família Rivulidae, o gênero de peixes anuais mais especioso é Simpsonichthys, compreendendo 56 espécies válidas. Devido sua ampla distribuição e a ocorrência de variação morfológica entre as espécies do gênero, foi sugerido a divisão deste grupo em cinco subgêneros: Xenurolebias, Ophthalmolebias, Simpsonichthys, Spectrolebias e Hypsolebias. Buscando levantar as primeiras informações genéticas para o gênero, o objetivo do trabalho foi inferir as relações filogenéticas do grupo na tentativa de testar a hipótese de divisão de Simpsonichthys em cinco subgêneros. Para tanto, indivíduos pertencentes ao gênero Simpsonichthys foram coletados ao longo de riachos costeiros da bacia do Leste do Brasil e tiveram seu DNA genômico extraído para a realização da reação de PCR, com o intuito de amplificar os genes de interesse (ATPase 8/6 e RAG-2). Os produtos de PCR obtidos com o gene mitocondrial (ATPase 8/6) foram sequênciados e as análises filogenéticas foram realizadas pelos métodos Neighbour-Joining e Máxima Parcimônia, com 1000 réplicas de bootstrap, utilizando o modelo evolutivo Kimura-2- Parâmetros. Os resultados obtidos permitem inferir que a hipótese de divisão de Simpsonichthys é válida, e que o gênero é subdividido em sete subgêneros distintos. A topologia obtida apresentou dois clados, sendo o clado I composto pelo subgênero Hypsolebias, grupo S. magnificus, e o II contendo os subgêneros Hypsolebias, grupos S. flammeus (IIA), S. notatus (IIB) e S. antenori (IID), Simpsonichthys (IIC), Spectrolebias (IIE) e Ophtalmolebias (IIF). As relações filogenéticas observadas foram: o clado I como grupo irmão de todo o clado II, e dentro do segundo clado... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The family Rivulidae currently comprises 240 valid species, being distributed from southern Florida (USA) to the southern Patagonia (Argentina). Within the family Rivulidae, the genus of annual fish that is more specious is Simpsonichthys, comprising 56 valid species. Due to the wide distribution and occurrence of morphological variation among species of the genus, it was suggested to divide this group into five subgenus: Xenurolebias, Ophthalmolebias, Simpsonichthys, Spectrolebias and Hypsolebias. Seeking to raise the first genetic information for the genus, the aim of this study was to infer the phylogenetic relationships of the group in order to test the hypothesis of the division of Simpsonichthys into five subgenus. So, individuals belonging to the genus Simpsonichthys were collected along coastal streams of the East Brazilian basin and had their genomic DNA extracted to perform the PCR reaction to amplify the genes of interest (ATPase 8/6 and RAG-2). The PCR products (ATPase 8/6) were subjected to sequencing and phylogenetic analysis were performed by methods Neighbour-Joining and Máximum Parcimony, with 1000 bootstrap replicates, using the evolutionary model Kimura-2-Parameters. The results obtained allow us to infer that the hypothesis of division of Simpsonichthys is valid, and that the genus is divided into seven distinct subgenus. The topology obtained showed two clades, the clade I is composed of the subgenus Hypsolebias, group S. magnificus, and the II containing the subgenus Hypsolebias groups S. flammeus (IIA), S. notatus (IIB) and S. antenori (IID), Simpsonichthys (IIC), Spectrolebias (IIE) and Ophtalmolebias (IIF). Phylogenetic relationships observed were: the clade I, composed by subgenus Hypsolebias (S. magnificus), appears as sister group of clade II, and within the... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Anderson Luis Alves / Coorientador: Patrícia P. Parise-Maltempi / Banca: Maria Rita de Cascia Barreto Netto / Banca: Marcio Cesar Chiachio / Mestre

Orientador: Hussam El Dine Zaher / Coorientador: Sandro Luis Bonatto / Banca: Giovanna Gondim Montingelli / Banca: Nelson Jurandi da Rosa Fagundes / Resumo: A diversidade das serpentes é ampla, com aproximadamente três mil espécies descritas. Esta diversidade é agrupada, tanto por evidências morfológicas como moleculares, em dois clados: Alethinophidia (~2660 espécies) e Scolecophidia (~400 espécies). Comparativamente aos Alethinophidia, poucos estudos foram realizados até o momento com Scolecophidia, estudos estes dificultados tanto pelos hábitos furtivos como pela raridade destas serpentes. O clado Scolecophidia é reconhecido por agrupar serpentes pequenas, com olhos vestigiais e hábito subterrâneo. Atualmente são reconhecidas cinco famílias: Anomalepididae, Gerrhopilidae, Leptotyphlopidae, Xenotyphlopidade e Typhlopidae. A família Typhlopidae possui ampla distribuição, ocorrendo em todos os continentes incluindo diversas formações insulares. Dos cinco gêneros que compõem a família, o genêro Typhlops é o mais especioso, com aproximadamente 145 espécies descritas que ocupam uma variedade de hábitats, desde desertos até florestas tropicais. Na América do Sul são reconhecidas oito espécies, sendo Typhlops brongersmianus a espécie que apresenta a maior distribuição, ocorrendo em diversos domínios morfoclimáticos. Em geral, vertebrados com estilo de vida subterrâneo são de difícil observação, e muitos aspectos de sua biologia evolutiva são mal compreendidos, incluindo o modo prevalente de especiação e os padrões de diversificação, bem como a estrutura geográfica da variabilidade genética e morfológica. Sendo assim, este trabalho visa dirimir estas lacunas tendo por objetivo estudar os padrões filogeográficos e demográficos, tentando contribuir para a elucidação da história evolutiva e taxonômica de T. brongersmianus bem como compreender as relações filogenéticas desta espécie com outras congêneres que ocorrem em... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The diversity of snakes is vast, with approximately three thousand described species. This diversity is grouped by both morphological and molecular evidence, in two clades: Alethinophidia (~2660 species) and Scolecophidia (~400 species). Compared to Alethinophidia, few studies have been conducted so far with Scolecophidia, these studies hampered both by furtive habits as the rarity of these snakes. The clade Scolecophidia group is recognized by small snakes with vestigial eyes and subterranean. Currently, five families are recognized: Anomalepididae, Gerrhopilidae, Leptotyphlopidae, and Xenotyphlopidade Typhlopidae. The family Typhlopidae has a wide distribution, occurring in all continents including several island formations. Of the five genera in the family, the genre is the most specious Typhlops, with about 145 described species that occupy a variety of habitats, from deserts to tropical rainforests. In South America are recognized eight species, Typhlops brongersmianus the species with the widest distribution, occurring in various areas morphoclimatic. In general, vertebrates with underground lifestyle are difficult to observe, and many aspects of their evolutionary biology are poorly understood, including the prevalent mode of speciation and diversification patterns and the geographical structure of genetic and morphological variability. Thus, this study aims to resolve these shortcomings have been studying the phylogeographic and demographic patterns, trying to contribute to the elucidation of evolutionary history and taxonomic T. brongersmianus well as understand the phylogenetic relationships of this species with other congeners that occur in sympatry in South America To do this, we performed an extensive analysis of morphological revision through a survey of meristic and morphometric characters, totaling... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:59Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-03-01Bitstream added on 2014-06-13T19:08:39Z : No. of bitstreams: 1 ponzetto_jm_me_rcla_parcial.pdf: 242120 bytes, checksum: 9ee242141ffd7b601c1d33861b554267 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-06-25T13:01:09Z: ponzetto_jm_me_rcla_parcial.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-25T13:03:26Z : No. of bitstreams: 1 000696856_20151201.pdf: 232016 bytes, checksum: 5f65468f370a6873831529b66b3a00d9 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-12-01T09:08:36Z: 000696856_20151201.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-01T09:09:26Z : No. of bitstreams: 1 000696856.pdf: 1828460 bytes, checksum: dd52594af21a629a302fead3bdf5696b (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A família Rivulidae inclui atualmente 240 espécies válidas, sendo distribuídas desde o sul da Flórida (EUA) até o sul da Patagônia (Argentina). Dentro da família Rivulidae, o gênero de peixes anuais mais especioso é Simpsonichthys, compreendendo 56 espécies válidas. Devido sua ampla distribuição e a ocorrência de variação morfológica entre as espécies do gênero, foi sugerido a divisão deste grupo em cinco subgêneros: Xenurolebias, Ophthalmolebias, Simpsonichthys, Spectrolebias e Hypsolebias. Buscando levantar as primeiras informações genéticas para o gênero, o objetivo do trabalho foi inferir as relações filogenéticas do grupo na tentativa de testar a hipótese de divisão de Simpsonichthys em cinco subgêneros. Para tanto, indivíduos pertencentes ao gênero Simpsonichthys foram coletados ao longo de riachos costeiros da bacia do Leste do Brasil e tiveram seu DNA genômico extraído para a realização da reação de PCR, com o intuito de amplificar os genes de interesse (ATPase 8/6 e RAG-2). Os produtos de PCR obtidos com o gene mitocondrial (ATPase 8/6) foram sequênciados e as análises filogenéticas foram realizadas pelos métodos Neighbour-Joining e Máxima Parcimônia, com 1000 réplicas de bootstrap, utilizando o modelo evolutivo Kimura-2- Parâmetros. Os resultados obtidos permitem inferir que a hipótese de divisão de Simpsonichthys é válida, e que o gênero é subdividido em sete subgêneros distintos. A topologia obtida apresentou dois clados, sendo o clado I composto pelo subgênero Hypsolebias, grupo S. magnificus, e o II contendo os subgêneros Hypsolebias, grupos S. flammeus (IIA), S. notatus (IIB) e S. antenori (IID), Simpsonichthys (IIC), Spectrolebias (IIE) e Ophtalmolebias (IIF). As relações filogenéticas observadas foram: o clado I como grupo irmão de todo o clado II, e dentro do segundo clado... / The family Rivulidae currently comprises 240 valid species, being distributed from southern Florida (USA) to the southern Patagonia (Argentina). Within the family Rivulidae, the genus of annual fish that is more specious is Simpsonichthys, comprising 56 valid species. Due to the wide distribution and occurrence of morphological variation among species of the genus, it was suggested to divide this group into five subgenus: Xenurolebias, Ophthalmolebias, Simpsonichthys, Spectrolebias and Hypsolebias. Seeking to raise the first genetic information for the genus, the aim of this study was to infer the phylogenetic relationships of the group in order to test the hypothesis of the division of Simpsonichthys into five subgenus. So, individuals belonging to the genus Simpsonichthys were collected along coastal streams of the East Brazilian basin and had their genomic DNA extracted to perform the PCR reaction to amplify the genes of interest (ATPase 8/6 and RAG-2). The PCR products (ATPase 8/6) were subjected to sequencing and phylogenetic analysis were performed by methods Neighbour-Joining and Máximum Parcimony, with 1000 bootstrap replicates, using the evolutionary model Kimura-2-Parameters. The results obtained allow us to infer that the hypothesis of division of Simpsonichthys is valid, and that the genus is divided into seven distinct subgenus. The topology obtained showed two clades, the clade I is composed of the subgenus Hypsolebias, group S. magnificus, and the II containing the subgenus Hypsolebias groups S. flammeus (IIA), S. notatus (IIB) and S. antenori (IID), Simpsonichthys (IIC), Spectrolebias (IIE) and Ophtalmolebias (IIF). Phylogenetic relationships observed were: the clade I, composed by subgenus Hypsolebias (S. magnificus), appears as sister group of clade II, and within the... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:59Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2003-05-22Bitstream added on 2014-06-13T19:28:40Z : No. of bitstreams: 1 martinati_ja_me_rcla.pdf: 362018 bytes, checksum: 52f2a691f2a1ec67ccf4b3cf6fda2d9e (MD5) / Linhagens de Xylella fastidiosa de diferentes hospedeiros, incluindo citros, café, pêssego, videira entre outros, foram utilizadas para construir uma relação filogenética a partir da análise de seqüências completas de nucleotídeos do espaço intergênico 16S-23S rDNA. Dadas as dificuldades encontradas frente ao uso dos primers utilizados para o sequenciamento da região genômica em questão, fez-se necessária a construção de novos primers baseada em dados após alinhamento e comparação com as seqüências disponibilizadas pelo NCBI e com as obtidas neste trabalho. Os primers propostos previamente para amplificação da região 16S-23S em Xylella fastidiosa, foram também testados sem muito sucesso uma vez que produzem fragmentos muito extensos e, para a obtenção de seqüências adequadas seria necessário o uso de outras técnicas moleculares mais dispendiosas para obtenção da seqüência completa, o que levaria tempo e custo maiores. Os métodos utilizados tanto para alinhamento de seqüências bem como a construção da árvore filogenética são baseados no princípio cladístico. As seqüências completas do espaço intergênico obtidas, revelaram um nível de variação de bases maior do que a encontrada em seqüências do gene 16S do mesmo organismo (99,0 a 100%), com valores de similaridade que variam em torno de 80 a 100%. A linhagem originada de plantas de pêra, que apresentou uma maior discrepância nos valores, foi tomada como um grupo externo aos dos outros hospedeiros. Baseado no cladograma apresentado, os resultados revelaram que as linhagens de citros e café puderam ser separadas quando se usa o método cladístico de análise, já pela metodologia baseada em princípios fenéticos esta separação não foi possível. Foi possível também agrupar os isolados em três... . / The phylogenetic relationships among Xylella fastidiosa isolates from different hosts were studied, using primers specific for the 16S-23S rDNA intergenic spacer region. Strains isolated from a wide range of host plants were studied - citrus, coffee, grapevine, elm, periwinkle, and others. Current methods for sequencing the 16S-23S spacer regions are laborious because of the large fragment obtained when using the specific primers. Nevertherless, the sequences obtained with this primers did not contribute with significant information, as only partial sequences were obtained. It's necessary other methods to complement in order to obtain a complete sequence of the spacer region. This methods include cloning and the use of internal primers. In order to establish an easier method to sequencing the spacer region, were constructed a new primer pair to facilitated the sequencing and the sequences obtained was complete. The 16S-23S intergenic spacer region analysis showed a higher level of variation than that found in 16S sequences, with similarity values ranging from 80% to 100%. The pear strain, that showed the most variable values, was used as the outgroup. The cladogram constructed by using cladistic methods allowed the grouping of three major clusters: the citrus-coffee-some grapevines- mulberry, the periwinkle-ambrosia, and the others hosts. The citrus and coffee strains could be phylogeneticly separated from this method while by the 16S sequences and the 16S-23S by the phenetic method they couldn't. A phenogram based on similarity data is useful for observing relationships based on share characters. However, its does not necessarily represent the evolutionary histry of the taxa. With the cladistic approach, hypothetical genealogical relationships among Xylella fastidiosa strains... (Complete abstract, click electronic address below).

Resumo: Andreninae compreende um grupo de abelhas de língua curta, morfologicamente heterogêneo, caracterizado pela presença de duas suturas subantenais e de fóveas faciais. A subfamília inclui aproximadamente 2700 espécies conhecidas, amplamente distribuídas na maioria dos continentes. O grupo apresenta maior diversidade de espécies nas regiões temperadas e xéricas da América do Norte e Sul. Os estudos que investigaram a monofilia e filogenia das principais linhagens de Andreninae apresentam resultados controversos principalmente quanto: a monofilia de Andrenini em relação à Aloncadrena, o posicionamento filogenético de Euherbstia e Orphana em relação aos demais Andrenini, a monofilia de Protandrenini e as relações filogenéticas dos gêneros atualmente reconhecidos na tribo, o posicionamento filogenético de Calliopsini, as relações filogenéticas de Neffapis, Perditini, Panurgini e Melitturgini e a monofilia de Panurgini e Melitturgini. Desta forma, o objetivo do presente trabalho consiste em reconstruir as relações filogenéticas das principais linhagens de Andreninae (Capítulo 1), bem como das linhagens internas de Calliopsini (Capítulo 2) e Protandrenini (Capítulo 3), no intuito de reconhecer os agrupamentos monofiléticos e fornecer suporte para uma classificação consistente. Em todos os três capítulos as análises filogenéticas foram baseadas em caracteres moleculares derivados de três genes nucleares: 28S rRNA, wingless e EF-1a, exceto no Capítulo 3, no qual também foram incluídos caracteres morfológicos. As relações filogenéticas foram investigadas sob os métodos de parcimônia, máxima verossimilhança e inferência bayesiana. Os resultados obtidos corroboram a monofilia da subfamília e apontam para as seguintes relações filogenéticas entre as tribos de Andreninae: (Andrenini + Euherbstiini) (Oxaeini (Nolanomelissini (Calliopsini (Protandrenini + Protomeliturgini) (Neffapini + Perditini + Melitturgini + Panurgini))))). Perditini, Melitturgini e Panurgini representam grupos muito heterogêneos, cujas relações permanecem sem resolução. Protandrenini mostrouse parafilética em relação a Protomelitturgini, sugerindo que a última não deveria ter status de tribo distinta. A análise filogenética de Calliopsini permitiu o reconhecimento da monofilia de todos os gêneros, exceto Calliopsis. A topologia obtida apresenta as seguintes relações filogenéticas: (Litocalliopsis (Acamptopoeum + Calliopsis em parte) (Callonychium (Calliopsis em parte (Arhysosage + Spinoliella)))). As análises do Capítulo 3 (sobre Protandrenini) corroboram a monofilia de Protandrenini, com a inclusão de Protomelitturgini e a exclusão de Neffapis. Os resultados obtidos reconheceram diversos agrupamentos monofiléticos e permite a discussão de uma nova proposta de classificação para a tribo. Os gêneros Austropanurgus, Heterosarus, Parasarus, Pseudosarus, Pterosarus e Xenopanurgus foram reconstruídos como linhagens independentes de Protandrena. O único gênero que se mostrou filogeneticamente relacionado à Protandrena s.str. foi Metapsaenythia. Os gêneros Cephalurgus, Rhophitulus e Heterosarus se mostraram agrupamentos heterogêneos e não monofiléticos.

Made available in DSpace on 2015-06-12T02:08:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000470330-Texto+Completo-0.pdf: 14650264 bytes, checksum: e9e557008f28c62060724d7bb7bbf370 (MD5) Previous issue date: 2015 / This work is a cladistic study of Philodromidae Thorell, 1870 at genera level. The family currently have 549 species in 30 genera. Its distribution covers the temperate and tropical regions. Although many authors have studied the family and proposing a systematic classification, no cladistic analysis yet studied the internal relations of the family with a wide sampling of genres. This study aims to analyze the relationship between the genera of Philodromidae and test its monophyly. In the analysis were included 73 species, with representatives of 22 genera of the 30 total family genera and seven species from four families included as outgroups, which were respectively Salticidae, Thomisidae and Sparassidae with two species and representatives for rooting was selected one spiceie of Selenopidae. Where analyzed 130 characters somatic at 80 terminals via heuristic search with equal weighing of characters. The analysis resulted in 61 maximally parsimonious trees of 720 steps, with equal weights. The results at the two analyses have found thath the family is monophyletic. The analysis also indicated three groups of genres that are proposed in this study as subfamilies: Pedinopisthinae, Thanatinae and Philodrominae. Two subfamilies (Thanatinae and Philodrominae) partially match tribes previously proposed in other studies. Many of the diagnostic characters of the show are homoplásicos genres. Cleocnemis and Philodromus shown to be paraphyletic and some monotypic genera were sinonimizados. This result allowed the development of a dichotomous key to genus, which is accompanied by the diagnosis and illustrations of the genera and species used in cladistic analysis. / Este trabalho é um estudo cladístico de Philodromidae Thorell, 1870 ao nível de gênero. A família atualmente agrupa 549 espécies em 30 gêneros. Sua distribuição abrange as regiões temperadas e tropicais. Apesar de vários autores terem estudado a família propondo uma sistemática, nenhuma análise cladistica até o momento estudou as relações internas da família com uma amostragem ampla dos gêneros. O presente trabalho visou analisar as relações entre os gêneros de Philodromidae. Na análise foram incluídas 73 espécies, com representantes de 22 gêneros, dos 30 gêneros da família, e sete espécies de quatro famílias incluídas como grupo externo, sendo elas respectivamente Salticidae, Thomisidae e Sparassidae com duas espécies representantes de cada família. Para o enraizamento foi selecionado uma espécie de Selenopidae. Foram analisados 130 caracteres somáticos em 80 terminais através de busca heurística com pesagem igual dos caracteres. A análise resultou em 61 árvores maximamente parcimoniosas de 720 passos, com pesos iguais dos caracteres. Os resultados recuperam a monofilia da família. A análise também indicou três agrupamentos de gêneros que são propostos neste estudo como subfamílias: Pedinopisthinae, Thanatinae e Philodrominae. Duas subfamílias (Thanatinae e Philodrominae) correspondem parcialmente a tribos propostas anteriormente por outros autores. Muitos dos caracteres diagnósticos dos gêneros demonstram serem homoplásicos. Cleocnemis e Philodromus demonstram ser parafiléticos e alguns gêneros monotípicos foram sinonimizados. Este resultado permitiu a elaboração de uma chave dicotômica ao nível de gênero, que é acompanhada da diagnose e ilustrações dos gêneros e das espécies que foram utilizadas na análise cladística.

Orientador: Claudio de Oliveira / Banca: Lurdes Foresti de Almeida Toledo / Banca: Adriane Pinto Wasko / Resumo: A família Callichthyidae apresenta cerca de 177 espécies distribuídas na região Neotropical e está dividida em duas subfamílias: Callichthyinae e Corydoradinae. Os peixes dessa família apresentam uma notável radiação evolutiva associada a muitos eventos de rearranjos cromossômicos, inclusive com exemplos de poliploidia. A subfamília Callichthyinae compreende os gêneros Callichthys, Dianema, Hoplosternum, Megalechis e Lepthoplosternum. As relações entre os cinco gêneros representantes de Callichthyinae foram estudadas com base em caracteres morfológicos e moleculares e, atualmente, duas hipóteses bastante conflitantes são disponíveis sobre suas relações. Com o objetivo de testar as hipóteses sobre as relações entre os gêneros e espécies da subfamília Callichthyinae e propor uma nova hipótese de consenso para o grupo, foram seqüenciados os genes mitocondriais 12S rRNA, 16S rRNA e ND4 e o gene nuclear Siah. Ainda que as diferentes filogenias obtidas pelos métodos de Neighbor-Joining, Máxima Parcimônia e Máxima Verossimilhança não tenham sido todas congruentes, foi confirmada a posição basal de Dianema em relação aos demais da subfamília discordando dos dados morfológicos existentes. Os dados sugerem uma possível relação mais estreita de parentesco entre Dianema e Hoplosternum. Exemplares de Hoplosternum encontrados na Venezuela diferem das amostras encontradas no Brasil, indicando a possível existência de novas espécies nesse gênero. A espécie Megalechis picta encontrada na Venezuela difere dos demais exemplares encontrados no Brasil, podendo sugerir a ocorrência de uma nova espécie na bacia do rio Orinoco. As espécies Megalechis picta e Lepthoplosternum pectorale formam um grupo monofilético e este é grupo irmão da espécie M. thoracata. Nas espécies do gênerol... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Não disponível. / Mestre