Orientador: João Meidanis / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-04T09:01:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Quitzau_JoseAugustoAmgarten_M.pdf: 2854625 bytes, checksum: 4e3e9cbba583ca76e69b4835f14dd8db (MD5) Previous issue date: 2005 / Resumo: A relação evolutiva entre especies de seres vivos e normalmente representada atraves de um diagrama conhecido como arvore filogenetica. Embora existam inumeros metodos de construção deste tipo de diagrama, com base nos mais variados tipos de dados biologicos, nenhum deles garante obter a arvore que melhor representa a relação evolutiva entre as especies de um conjunto. Alguns metodos ainda podem produzir varias arvores distintas para um mesmo conjunto, sendo incapazes de decidir qual a que melhor explica a relação entre os seres representados. Cabe então aos biologos comparar as arvores e decidir qual a melhor entre elas. Uma maneira de estudar semelhanças entre arvores construidas sobre um mesmo conjunto de especies e a utilização de um consenso entre as arvores. Atualmente existem diversos metodos de consenso, cada um enfatizando características diferentes do conjunto de arvores. Esta dissertação destaca a possibilidade de uso de metodos de consenso como metodos de construção, apresentando um teste bastante simples que ressalta a qualidade das arvores consenso em relação a arvores criadas pelos metodos tradicionais de construção de arvores filogeneticas. Alem disso, apresenta um novo metodo de consenso focado não na comparação de arvores, mas na construção de uma arvore filogenetica capaz de se aproximar mais da arvore correta do que a maior parte das arvores presentes no conjunto utilizado para construi-la / Abstract: The evolutionary relationship between species is usually represented by a diagram known as phylogenetic tree. Despite of the existence of a huge number of different methods for building such a diagram, based on the most diverse sorts of biological data, none of these methods guarantees that the reconstructed tree is the tree which represents better the evolutionary relationship between the species in a given set. Some of the methods may even build different trees for the same input set of species. In these cases, they are unable to decide which of the trees represents better the relationship between the considered beings. In such cases, the task of comparing the produced trees and choosing the best one is left to biologists. One way to study the similarity of phylogenetic trees is to build a consensus between them. Nowadays there are different consensus methods, each of them exploring a different characteristic of the set of trees. This work focus on the possibility of use of consensus methods as reconstruction methods, presenting a very simple test, which points out the quality of consensus trees compared to trees built by traditional phylogeny reconstruction methods. After this, we present a consensus method dedicated to reconstructing trees, instead of just comparing them. We also show that trees built by this method are usually closer to the true tree than most trees used to build them / Mestrado / Ciência da Computação / Mestre em Ciência da Computação

Ureases são enzimas níquel-dependentes que catalisam a hidrólise da ureia em amônia e dióxido de carbono. Além disso, apresentam diversas propriedades independentes da catálise, sendo consideradas proteínas moonlighting. São amplamente distribuídas na natureza, sendo encontradas em bactérias, arqueas, plantas e fungos, podendo se organizar em unidades funcionais compostas por uma, duas ou três subunidades. Sua ativação, que envolve a passagem da enzima de sua forma apo-urease a sua forma holourease, requer pelo menos três proteínas acessórias. Parte de suas propriedades não-catalíticas é associada à liberação de peptídeos internos da proteína nativa. Nesse contexto, a presente tese se dedicou ao estudo de diferentes aspectos da biologia estrutural de ureases. Ao elaborar uma narrativa filogenética, envolvendo varredura de bancos de dados em larga escala e diferentes algoritmos de reconstrução de árvores, foi possível propor uma rota evolutiva indicando a transição de três subunidades para uma única unidade funcional, sem passar por intermediários de duas cadeias. Quanto ao seu processo de ativação, por meio de múltiplos cálculos de atracamento baseados em dados experimentais prévios (especialmente SAXS), foram propostas estruturas para suas diferentes etapas, em resolução atomística. Finalmente, o comportamento dinâmico de diferentes peptídeos derivados de urease foram analisados computacionalmente por meio de simulações de longa duração (500 ns) e associados a outros dados obtidos in vitro, permitindo justificar efeitos diferenciais obtidos na aplicação destes peptídeos. De maneira geral, o trabalho empregou técnicas computacionais à análise de ureases, fornecendo bases para futuros estudos de suas propriedades, sejam catalíticas ou não, incluindo sua aplicação biotecnológica. / Ureases are nickel-dependent enzymes that catalyze the hydrolysis of urea into ammonia and carbon dioxide. They have many catalysis-independent properties, being considered moonlighting proteins. Ureases are found in bacteria, archaea, plants, and fungi, and may be organized in functional units composed by one, two, or three subunits. Their activation, involving the transition from apo to holourease, requires at least three accessory proteins. Some of their non-catalytic properties are related to the release of internal peptides from the native protein. In this context, this thesis was developed upon the study of different aspects of urease structural biology. By phylogenetical reconstruction, employing large-scale databank scans and different tree-building algorithms, we were able to propose an evolutionary route by which the transition from three to one functional subunits was possible, with no need for a two-chained intermediate. Regarding the activation mechanism, we have proposed structural models for the oligomeric intermediates of the process by multiple docking calculations, at atomistic resolution, based on previous experimental data (especially SAXS). Additionally, the dynamical behavior of different ureasederived peptides was analyzed by computational simulations at large time scales (500 ns) and correlated to in vitro results, allowing us to explain the variable effects observed after their application on test systems. In short, in this work we have employed computational techniques to the analysis of urease, providing working grounds for further studies of this enzyme and its properties (catalytical or not), including its biotechnological applicability.

Orientador: Maria de Fatima Aleixo Pereira / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-17T07:21:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lagoa_AnaMariaMagalhaesAndrade_M.pdf: 4505655 bytes, checksum: 5acffcdefb50091ffd20b68682793c53 (MD5) Previous issue date: 1983 / Resumo: Pouco é conhecido a respeito da germinação de sementes de Ricinus communis , apesar da importância econômica destas sementes O objetivo deste trabalho, foi estudar alguns fatores que afetam a germinação desta espécie. As sementes de R. communis (mamona) cv. guarani são fotoblásticas negativas, sendo que esta sensibilidade à luz é dependente da temperatura, pois a ¿20 GRAUS¿ as sementes germinam igualmente na luz e no escuro. O tegumento destas sementes também afeta o fotoblastismo , uma vez que sementes nuas atingem altas porcentagens de germinação na luz. O tegumento das sementes de mamona afeta a germinação impedindo, em parte a protrusão da radicula. A carúncula,outro tipo de tegumento das sementes, retarda a germinação, sendo este efeito mais evidente em sementes mais velhas. Supõe-se que o efeito da carúncula de deva à presença de substâncias fenólicas, que utilizariam parte do oxigênio do meio, diminuindo a disponibilidade deste gás para o embrião. A lixiviação das sementes de mamona inibe a germinação. Acredita-se que este efeito de deva a modificações nos níveis de substâncias com atividade giberelinica e de substâncias inibidoras, causadas pela lixiviação.Em extratos de frações ácidas de sementes não lavadas ocorrem substâncias com atividade giberelinica cujo nível é bem menor em sementes lavadas. Nestas últimas encontra-se um pico de inibição não encontrado em sementes não lavadas. ...Observação: O resumo, na íntegra, poderá ser visualizado no texto completo da tese digital / Abstract: Not informed. / Mestrado / Biologia Vegetal / Mestre em Ciências Biológicas

No description available.

Anyphaenidae apresenta 56 gêneros e 525 espécies e compreende aranhas com pequeno a médio porte, que habitam diversos ambientes. Anyphaenidae foi dividida em Amauroboidinae e Anyphaeninae sendo esta última caracterizada pelas quelíceras com mais de quatro dentículos na retromargem, espiráculo traqueal aproximadamente no meio do ventre ou entre o meio do ventre e o sulco epigástrico. Atualmente Anyphaeninae compreende 33 gêneros e 346 espécies na região Neotropical, dentro as quais se destaca o grupo Aysha, sendo o mais diversificado com 10 gêneros. Estes gêneros são caracterizados por possuir como característica diagnóstica importante, o processo embólico no palpo dos machos. O gênero Tafana Simon é diagnosticado por apresentar distinta projeção na base do êmbolo e processo tegular ventral distal próximo a apófise média no palpo dos machos e margem anterior esclerotizada e septo atrial no epígino das fêmeas. O presente trabalho teve por objetivo revisar e analisar filogeneticamente o gênero Tafana e ver as relações de parentesco com as espécies do grupo Aysha. As análises cladística foram realizadas a partir de uma matriz com 21 terminais e 71 caracteres provenientes de estudo morfológico comparado. Utilizamos como critério de optimilidade a parcimônia. A obtenção de inferências filogenéticas resultou em duas árvores mais parcimoniosas, apresentando 147 passos (IC= 53; IR=62). De acordo com a árvore de consenso o gênero Tafana é monofilético apresentando alça mediana do ducto espermático na região distal do tégulo, projeção na base do êmbolo laminar ou cônica e borda lateral sinuosa. Sendo assim o gênero Tafana pertence ao grupo Aysha, por apresentar processo embólico no palpo dos machos. Além disso o gênero Tafana Simon foi revisado e redescrito machos e fêmeas de Tafana quelchii, T. silhavyi e T. straminea. Descrevemos onze espécies novas. Nove espécies mantem sua distribuição para o norte da América do Sul, no Equador, Venezuela, Colômbia, Peru e Bolívia, e duas espécies, Tafana sp. nov. 6 e Tafana sp. nov. 7 com distribuição para o norte da Argentina / Anyphaenidae includes 56 genera and 525 species and comprises small to medium sized spiders that inhabit different environments. Anyphaenidae is divided into Amauroboidinae and Anyphaeninae, the latter characterized by chelicerae with more than four denticles in the retromargin, tracheal spiracle approximately in the middle of the abdomen or near the epigastric furrow. Currently Anyphaeninae comprises 33 genera and 346 species in the Neotropical region, in which the Aysha group stands out as the most diverse with 10 genera. These genera are characterized by having an important diagnostic characteristic, the embolic process in the male palpi. The genus Tafana Simon is recognized by a distinct projection at the base of the embolus, a distal ventral tegular process near the median apophysis in the male palpi and an anterior sclerotized margin and atrial septum in female epigina. The present work had as objective to review and analyze phylogenetically the genus Tafana and to see the relations of kinship with the species of the Aysha group. The cladistic analyzes were performed from a matrix with 21 terminals and 71 characters from a comparative morphological study. We use parsimony as the criterion of optimality. Obtaining phylogenetic inferences resulted in two most parsimonious trees, with 147 steps (CI = 53; RI = 62). According to the consensus tree, the genus Tafana is monophyletic presenting a median loop of the spermatic duct in the distal region of the tegulum, projection at the base of the embolus laminar or conical and the sinuous lateral border. Thus, the genus Tafana belongs to the Aysha group, because it presents an embolic process in the male palpi. In addition the genus Tafana Simon was reviewed and redescribed males and females of Tafana quelchii, T. silhavyi and T. straminea. We describe eleven new species. Nine species maintain their distribution to the north of South America, in Ecuador, Venezuela, Colombia, Peru and Bolivia, and two species, Tafana sp. nov. 6 and Tafana sp. nov. 7 with distribution to the north of Argentina

Leiodidae é a segunda maior família de besouros de Staphylinoidea, com mais de 4100 espécies e 374 gêneros abrigados em seis subfamílias. Com representantes em terras tropicais e temperadas, Cholevinae é a mais diversa, compreendendo cerca de 2050 espécies agrupadas em sete tribos e 17 subtribos. Esta tese tem como propósito testar a unidade de Cholevinae, lançar luz sobre suas relações supragenéricas internas, e fornecer evidências morfológicas para futuras inferências sobre o relacionamento de grandes grupos de Leiodidae. O capítulo 1 explora o potencial da morfologia do pretarso e margem distal do tarsômero terminal como fonte de caracteres para a sistemática de Cholevinae. Diversas características são descritas e documentadas pela primeira vez, e suas implicações filogenéticas são discutidas. No capítulo 2 examinamos em detalhes, e pela primeira vez, os componentes morfológicos cefálicos, internos e externos, de um representante de Cholevinae. Comparações com outras linhagens de Staphyliniformia sugerem que a anatomia cefálica é altamente conservada no grupo. Um modelo tridimensional da cabeça é apresentado, e diversas estruturas são descritas e discutidas de um ponto de vista filogenético. Este trabalho oferece bases para pesquisas subsequentes interessadas em investigar as relações entre grandes grupos de Leiodidae tendo por base caracteres da cabeça. Os dados fornecidos nesses estudos são empregados no capítulo 3, que trata diretamente da análise filogenética de Cholevinae, não apenas com base na morfologia pretarsal e cefálica, mas também lançando mão de uma série de novos caracteres obtidos através do estudo de outras partes do corpo. Uma hipótese filogenética para a subfamília é apresentada, a mais completa até então, e a primeira fundamentada em caracteres morfológicos. No capítulo 4, Cholevinae é colocado em um espectro mais amplo. Neste estudo, analisamos o valor informativo das cerdas tarsais sexuais para a sistemática de Leiodidae como um todo. Quatro tipos morfológicos principais dessas cerdas foram reconhecidos com base em variações na forma e disposição dessas estruturas. A distribuição desses caracteres é discutida tendo em vista as relações supragenéricas da família, demonstrando que várias das estruturas em questão suportam o monofiletismo de alguns grupos. Uma ampla compilação de dados da literatura envolvendo as cerdas estudadas é fornecida / Leiodidae is the second most species-rich family of staphylinoid beetles, with more than 4100 species and 374 genera organized in six subfamilies. With representatives in tropical and temperate lands, Cholevinae is the most diverse subfamily and comprises more than 2000 species grouped into seven tribes and 17 subtribes. This contribution aims to test the monophyly of Cholevinae, to shed light on its internal suprageneric relationships, and to provide morphological evidences for future inferences on higher-level relationships within Leiodidae. Chapter 1 explores the potential of the pretarsal morphology and distal margin of terminal tarsomere as a source of characters for the systematics of Cholevinae. Several features are described and documented for the first time, and their phylogenetic implications are discussed. In chapter 2, we examine the internal and external components of the cephalic morphology of a representative of Cholevinae. Comparisons with other Staphyliniform lineages suggest that the cephalic anatomy is highly conserved in this group. A three-dimensional model of the head is presented, and various structures are described and discussed from a phylogenetic point of view. This study offers the bases for future works interested in the investigation of higher-level relationships in Leiodidae using cephalic structures as a source of characters. The data provided by these investigations are employed in chapter 3, which deals directly with the phylogenetic analysis of Cholevinae not only based on the pretarsal and head morphology, but also on the study of other characters from different body structures. A phylogenetic hypothesis for the subfamily is presented, the most comprehensive so far, and the first based on morphology. In chapter 4, Cholevinae is placed in a broader spectrum. In this chapter, we analyzed the informative value of the tenet setae for the systematics of Leiodidae as a whole. Four morphological types of tenent setae were recognized based on variation of shape and arrangement. The distribution of characters within Leiodidae is discussed, demonstrating that many of the structures under consideration support the monophyly of different groups. Additionally, a broad literature review on the studied characters is presented

Orientador: Mary Massumi Itoyama / Banca: Maria Izabel Camargo Mathias / Banca: Luis Gustavo da Conceição Galego / Banca: Eliana Morielle Versute / Banca: Hermione Elly Melara de Campos Bicudo / Resumo: Os Heteroptera apresentam particularidades, como a variação entre as espécies no número de lobos testiculares e colorações diferentes da bainha peritoneal. Além destas características, algumas espécies da família Pentatomidae possuem um dos lobos testiculares com características morfológicas e celulares diferentes dos demais lobos, levando à formação de espermatozoides com funções diversificadas. Embora apresentem inúmeras características peculiares, como as tratadas anteriormente, o modo como evoluem necessita de análises aprofundadas. Assim, o presente trabalho objetivou analisar a evolução dos caracteres números de lobos, pigmentação da bainha peritoneal, espermatozoides não fertilizantes e cariótipo, baseando-se nas reconstruções filogenéticas. Foram utilizados, como marcadores, moleculares os genes mitocondriais COI, 16S e o nuclear 18S. Foi feito o sequenciamento de parte desses genes de 25 espécies de Heteroptera, sendo 12 da Família Coreidae e 13 da família Pentatomidae. Verificou-se que sozinhos estes genes não forneceram uma inferência segura nas análises evolutivas. Com tais genes concatenados, as informações puderam se somar, porém devido à baixa consistência nos ramos, as inferências evolutivas devem ser vistas com cautela. Desse modo, esta pesquisa evidenciou a complexidade das distribuições das características testiculares e citogenéticas relatadas através da filogenia molecular. Tornando-se necessário ampliar estes estudos com novas abordagens, como a utilização de caracteres morfológicos ou outros marcadores moleculares para elucidar sua evolução / Abstract: Heteroptera have peculiarities, including varying numbers of testicular lobes and different coloration of the peritoneal sheath between species. In addition to these features, some species in the Pentatomidae family have testicular lobes with morphologies and cells that are differentiated from the others, leading to the formation of spermatozoa with diversified functions. Although Heteroptera have many peculiar features, such as those previously reported, the study of their evolution requires detailed analysis. Thus, this study aimed to analyze the evolution of the characteristic number of lobes, peritoneal sheath pigmentation, production of non-fertilizing sperm and karyotype based on phylogenetic reconstructions using molecular markers, such as the COI, 16S and nuclear 18S mitochondrial genes. Thus, portions of genes from 25 Heteroptera species, including 12 from the Coreidae family and 13 from the Pentatomidae family, were sequenced. These genes alone did not provide reliable inference for evolutionary analyzes. With such concatenated genes, information could be added, but due to low consistency in the branches, the resulting evolutionary inferences must be viewed with caution. Thus, this research demonstrated the complexity of the distributions of the testicular and cytogenetic characteristics inferred by molecular phylogeny, and it is necessary to extend these studies with new approaches, such as the use of morphological or other molecular markers to elucidate evolution / Doutor

Orientador: José Maurício Barbanti Duarte / Banca: Susana González / Banca: Mercival Roberto Francisco / Banca: Marcos Tulio Oliveira / Banca: Jesus Aparecido Ferro / Resumo: O gênero Mazama (Mammalia: Cervidae) engloba as espécies de cervídeos neotropicais de pequeno porte e chifres simples. A alta taxa de convergência morfológica e diversificação rápida e recente dificultam a resolução das lacunas na sua história evolutiva. Estudos envolvendo análises moleculares indicaram que Mazama é um gênero polifilético, com uma subdivisão das suas espécies em dois clados (veados vermelhos e cinza). No presente estudo foram inferidas as relações filogenéticas e o tempo de divergência das espécies de veados cinza M. gouazoubira e M. nemorivaga, utilizando dois genes mitocondriais (Cytb e COI) e dois genes nucleares (IL16 e MGF). A análise de coalescência corroborou com os resultados anteriores, separando essas duas espécies do restante das espécies de Mazama. Além disso, as duas espécies são alocadas em clados separados e monofi léticos, representando diferentes gêneros. Os resultados obtidos indicaram que as duas espécies representam complexos de linhagens crípticas, com ambas as diversificações tendo iniciado no final do Pleistoceno (1,62-1,65 Myr). A espécie M. gouazoubira foi subdividida em cinco clados de distribuição simpátrica em grande parte da sua ocorrência. A espécie M. nemorivaga foi separada em três clados, com distribuições biogeográficas distintas e correspondentes às áreas de endemismo da Amazônia. O grande número de linhagens identificadas no presente estudo indica o caráter emergencial de uma delimitação e revisão sistemática acurada para as espécies desse gênero. Essas linhagens detectadas representam hipóteses taxonômicas a serem testadas utilizando outras metodologias de análise complementares como, citogenética, morfometria, ecologia, comportamento e reprodução / Abstract: The genus Mazama includes neotropical deer species of small sizes and simple antlers. Morphological convergences, in addiction to rapid and recent diversification, make the resolution of gaps in their evolutionary history difficult. Initial molecular analyses indicated that Mazama is a polyphyletic genus with species subdivided into two clades (gray and red deer). In this study we inferred the phylogenetic relationships and divergence time of the gray brocket deer species M. gouazoubira and M. nemorivaga using two mitochondrial genes (Cytb and COI) and two nuclear genes (IL16 and MGF). The coalescence analysis corroborated the previous results, separating these two species from the remaining Mazama species. Moreover, the two species were allocated into separate monophyletic clades, representing different genera. These results indicate that the two species represent complexes of cryptic lineages, whose diversifications started in the Late Pleistocene (1.62 to 1.65 Myr). The M. gouazoubira species was subdivided into five clades with sympatric distribution. The M. nemorivaga species was separated into three distinct clades, corresponding to areas of Amazon biogeographical endemism. The large number of lineages identified in this study indicates need for an accurate delimitation and systematic review for the Mazama species. These findings may represent hypotheses of taxonomic lineages to be tested using other analysis methods, such as cytogenetics, morphology, ecology, behavior and reproduction strategies / Doutor

Análise Cladística de Dendryphantinae (Araneae: Salticidae) Gustavo R.S. Ruiz Resumo Salticidae (jumping spiders) é a família de aranhas mais diversa, contendo 5.245 espécies descritas (Platnick, 2010). A família é um dos poucos clados inquestionáveis dentro das aranhas, sendo caracterizada pelo par de olhos medianos anteriores bem desenvolvidos, que lhes permitem visão acurada e propiciam a evolução de comportamentos sexuais e estratégias de predação complexos. Apesar de sua monofilia, não há consenso sobre que grupo de aranhas seria o grupo-irmão dos salticídeos. Entretanto, espera-se que a posição filogenética das famílias do polifilético grupo Dionycha seja determinada em breve através dos estudos moleculares do projeto AToL. Embora pouco seja conhecido sobre as relações na base de Salticidae, trabalhos recentes sobre sua filogenia mostram que mais de 90% das espécies formam um único grande clado, os Salticoida, facilmente reconhecidos morfologicamente pela perda da unha tarsal dos palpos, entre outros caracteres. Dentro dos Salticoida, são reconhecidos atualmente três grandes clados. Um deles inclui os Astioida, as subfamílias Baviinae e Ballinae e os Marpissoida. O clado Marpissoida inclui as subfamílias Dendryphantinae, Marpissinae, Synagelinae e alguns gêneros pouco compreendidos, como Itata Peckham & Peckham. Dentre todos os salticídeos, a subfamília Dendryphantinae é um dos poucos grupos com limites bem estabelecidos, incluindo centenas de espécies com carenas na face retrolateral das quelíceras dos machos e palpos dos machos com êmbolos espirais reduzidos. Em geral, os machos também têm faixas longitudinais nas laterais da carapaça e abdômen, enquanto as fêmeas têm o dorso do abdômen marcado por pares de manchas escuras. As quelíceras e o primeiro par de pernas dos machos também são frequentemente robustos e alongados. Apesar de ser uma das maiores subfamílias de Salticidae, Dendryphantinae apresenta uma grande homogeneidade morfológica ao longo de todos seus subgrupos. A falta de caracteres diagnósticos para seus gêneros causou a descrição de um número indiscriminado de novos gêneros com limites pouco estabelecidos. Devido a isso, a classificação atual da subfamília encontra-se em um nível caótico e precisa ser revisada sob um ponto de vista filogenético. Em 2001, foi conduzida uma análise filogenética para a subfamília, utilizando dados moleculares, para investigar sua filogenia e evolução. A amostragem usada, entretanto, não permitiu muitas conclusões, e a posição de cerca de 30 gêneros de Dendryphantinae não incluídos nessa análise ainda é incerta. Baseando-se em uma filogenia mais inclusiva, problemas sobre a sistemática do grupo poderiam ser resolvidos; grupos naturais de gêneros poderiam ser revisados, permitindo sua simplificação e fácil reconhecimento. Devido à morfologia extremamente conservativa no grupo, dados moleculares são necessários para a reconstrução de sua filogenia. Os principais objetivos deste trabalho foi o seqüenciamento de quatro regiões de DNA (os nucleares 28S e Actina e os mitocondriais 16S e ND1) para dendrifantíneos ainda não amostrados em estudos anteriores, permitindo a reconstrução filogenética da subfamília inteira, bem como uma revisão preliminar dos gêneros da subfamília e estudos preliminares sobre biogeografia e evolução de caracteres no grupo. Neste estudo, tentamos amostrar a maior diversidade possível de linhagens de dendrifantíneos, incluindo quase todos os gêneros descritos, algumas espécies incertae sedis e linhagens de espécies não descritas. No total, 85 espécies inétidas de dendrifantíneos tiverem seu DNA sequenciado neste estudo. Desses táxons, a maioria provém da América Central e do Sul, mas alguns são de regiões do Velho Mundo, suplementando dados moleculares já acumulados para táxons da América do Norte. Além dos terminais de Dendryphantinae, utilizamos 40 terminais como grupo-externo, limitando a amostragem ao clado que inclui os Astioida, Baviinae, Ballinae e Marpissoida. No total, as análises contaram com 160 terminais. Para enraizar as árvores, utilizamos terminais de Astioida e Baviinae, nesta ordem de preferência, devido a sua próxima relação com o clado Marpissoida + Ballinae. Análises Bayesianas foram conduzidas utilizando o programa MrBayes (modelo GTR+I+). Foi permitida uma variação dos parâmetros do modelo entre partição de dados. Utilizamos dois conjuntos de partições, um com 8 e um conjunto com 4 partições. No primeiro, tratamos dados nucleares e mitocondriais independentemente. No segundo, tipos similares de DNA, nuclear ou mitocondrial, foram tratados como tendo padrões de evolução similares. Também inferimos árvores utilizando a Parcimônia Máxima para todos os genes independentemente e para a mesma matriz complete usada nas Análises Bayesianas. Análises de parcimônia foram conduzidas utilizando o programa TNT, tratando estados de caracteres como não-ordenados e gaps como missing data. Como resultado das Análises Bayesianas, os clados Ballinae, Marpissoida, Marpissinae, Synagelinae e Dendryphantinae foram recuperados como monofiléticos. A topologia geral encontrada pela Parcimônia Máxima para todos os genes concorda com as Análises Bayesianas: (Astioida (Baviinae (Ballinae (Synagelinae (Marpissinae (Dendryphantinae)))))). Dentro dos Dendryphantinae, o gênero Hentzia Marx é o grupo-irmão do restante da subfamília. Espécies deste gênero, juntamente com os gêneros Anicius Chamberlin, Macaroeris Wunderlich, Phanias F.O.P.-Cambridge, Homalattus White, Mabellina Chickering e Rudra Peckham & Peckham, são os únicos grupos de dendrifantíneos com fúsulos epiândricos. A perda desses fúsulos caracteriza um grande clado que inclui a maioria das espécies da subfamília. O clado dos dendrifantíneos infusulados inclui três grandes clados. O primeiro é representado pelo gênero Zygoballus Peckham & Peckham; o Segundo, tratado aqui como os Alcmenomorfos, é um grande clado que inclui Metaphidippus F.O.P.-Cambridge e vários gêneros sul-americanos, como Chirothecia Taczanowski, Ashtabula Peckham & Peckham, Lurio Simon, Alcmena C.L. Koch e Admirala Peckham & Peckham; o terceiro clado, tratado aqui como os Dendrifantomorfos, inclui os gêneros Ramboia Mello-Leitão, Parnaenus Peckham & Peckham, o grupo Bagheera (Bagheera Peckham & Peckham, Gastromicans Mello-Leitão, Selimus Peckham & Peckham e espécies do grupo limbata de Messua), o grupo Bellota (Bellota Peckham & Peckham, Paradamoetas Simon e Sassacus Peckham & Peckham, entre outros gêneros) e um grande clado da América do Norte. O clado da América do Norte inclui Ghelna Maddison, Terralonus Maddison, Dendryphantes C.L. Koch, Tutelina Simon, Phidippus C.L. Koch, Paraphidippus F.O.P.-Cambridge, Beata Peckham & Peckham, Eris C.L. Koch, Nagaina Peckham & Peckham e Pelegrina Franganillo. Apesar de a subfamília parecer ter tido sua origem no continente Americano, onde ela apresenta uma grande diversificação, os dendrifantíneos colonizaram o Velho Mundo pelo menos três vezes independentemente. Duas dessas invasões são provavelmente mais antigas e foram feitas por linhagens com fúsulos epiândricos (Macaroeris e Homalattus), enquanto a terceira parece ser mais recente, consuzida por um grupo infusulado, o gênero Dendryphantes, que ainda tem membros na América do Norte. Além de estudos biogeográficos, outros aspectos da evolução dos dendrifantíneos, como dimorfismo sexual secundário, mimetismo e evolução de estruturas sexuais, poderão ser inferidos com base na topologia apresentada. Esperamos que este trabalho aumente o interesse de aracnólogos no grupo e propicie revisões, novos trabalhos sobre filogenia e a descrição das centenas de espécies novas de Dendryphantinae que permanecem desconhecidas nas coleções aracnológicas. / The subfamily Dendryphantinae includes many hundreds of species with a carina on the retrolateral surface of the male chelicerae and male palps with a reduced spiral embolus. Despite being one of the largest subfamilies of jumping spiders, dendryphantine lineages present an unusual morphological homogeneity across the entire group. The lack of diagnostic characters for genera has caused the indiscriminate proposal of many genera with loose boundaries. Because of that, current classification of the group is chaotic and needs to be revised under a phylogenetic scope. Since morphology is especially conservative in Dendryphantinae, molecular data are of extreme importance for phylogenetic reconstructions in the group. The main goal of this work was to sequence four gene regions the nuclear 28S and Actin and the mitochondrial 16S and ND1 of dendryphantines in order to reconstruct the phylogeny of the entire subfamily, allowing future revisions of its systematics and the understanding of such large biodiversity. During this study, we tried to sample as great a diversity of dendryphantine lineages, including almost all described genera, some problematic incertae sedis species and some lineages of undescribed species. We sampled over 85 dendryphantine species that had never been used in molecular studies. These taxa are mostly from South and Central America, but also from regions in the Old World, supplementing previously gathered molecular data from North American taxa. In addition to the dendryphantine terminals, we used 40 terminals as outgroups, limiting sampling to the large clade that includes the Astioida, Baviinae, Ballinae and Marpissoida. In total, analyses counted with 160 terminals. To root the trees, we used terminals of Astioida and Baviinae, in this order of preference, due to their close relationship to the Marpissoida + Ballinae clade. 11 Bayesian analyses were done using MrBayes (GTR+I+ model). Model parameters were permitted to differ among data partitions. We had two sets of partitions, one set with 8 and one set with 4 partitions. For the first set, we treated nuclear data independently from mitochondrial. For the second set of partitions, similar DNA types, nuclear or mitrochondrial, were treated as having similar evolution patterns. We also inferred trees using Maximum Parsimony for all the genes independently and for the same complete matrix used in the Bayesian analyses. Parsimony analyses were done using TNT, treating character states as unordered and gaps as missing data. As the result of the Bayesian analyses, the clades Ballinae, Marpissoida, Marpissinae, Synagelinae and Dendryphantinae were recovered as monophyletic. The general topology found by Maximum Parsimony for the All-Genes matrix agrees with the Bayesian analyses: (Astioida (Baviinae (Ballinae (Synagelinae (Marpissinae (Dendryphantinae)))))). Within the Dendryphantinae, the genus Hentzia Marx is the sister to the rest of the subfamily. Species of this genus, along with those of Anicius Chamberlin, Macaroeris Wunderlich, Phanias F.O.P.-Cambridge, Homalattus White, Mabellina Chickering and Rudra Peckham & Peckham, are the only groups of dendryphantines that have epiandrous fusules. The loss of these fusules characterizes a large clade that includes most dendryphantines. The clade of the infusulate dendryphantines includes three major lineages. The first is the genus Zygoballus Peckham & Peckham; the second, treated here as the Alcmenomorphs (nom. nov.), is a huge clade that includes Metaphidippus F.O.P.-Cambridge and several South American genera, such as Chirothecia Taczanowski, Ashtabula Peckham & Peckham, Lurio Simon, Alcmena C.L. 12 Koch and Admirala Peckham & Peckham; the third lineage, treated here as the Dendryphantomorphs (nom. nov.), includes the genera Ramboia Mello-Leitão, Parnaenus Peckham & Peckham, the Bagheera group (Bagheera Peckham & Peckham, Gastromicans Mello-Leitão, Selimus Peckham & Peckham and species of the Messua limbata group), the Bellota group (Bellota Peckham & Peckham, Paradamoetas Simon and Sassacus Peckham & Peckham, among other genera) and a huge clade from North America. The North American clade includes Ghelna Maddison, Terralonus Maddison, Dendryphantes C.L. Koch, Tutelina Simon, Phidippus C.L. Koch, Paraphidippus F.O.P.-Cambridge, Beata Peckham & Peckham, Eris C.L. Koch, Nagaina Peckham & Peckham and Pelegrina Franganillo. Despite the fact that the subfamily seems to be a group originated on the American continent, where it presents a great diversification, dendryphantines have reached the Old World at least three times independently. Two of these invasions are probably older and were carried out by lineages with epiandrous fusules, namely Macaroeris and Homalattus (former Rhene Thorell), while the third seems to be a very recent invasion by an infusulate group, the genus Dendryphantes, who still has members in North America. Besides biogeographical studies, many other aspects of their evolution can be inferred based on this topology, such as the evolution of sexual secondary dimorphism (e.g. the chelicerae), mimicry (beetles/ants) or the evolution of male palp/epigynum structures. Based on this phylogenetic hypothesis, we will be able to revise natural groups of genera with criticism, allowing their taxonomic simplification and easier recognition. We hope that this work increases the interest of other arachnologists on the group and propitiates the description of the several hundred new species that remain unknown and unnamed.

O gênero Scyliorhinus pertence a família Scyliorhinidae, a mais diversa dentre os tubarões, e a subfamília Scyliorhininae, juntamente com Cephaloscyllium e Poroderma. Há atualmente 16 espécies válidas para Scyliorhinus, embora muitas questões sejam levantadas sobre a definição e composição do gênero, principalmente a respeito da identidade de S. canícula. Além disso, o longo histórico taxonômico de rearranjos e descrições inacuradas de muitas espécies tem contribuído para identificações errôneas dos espécimes e falta de informação sobre a distribuição geográfica e os caracteres diagnósticos de muitas espécies. Este estudo teve como objetivo revisar a taxonomia do gênero e estimar a distribuição geográfica de todas as suas espécies. Adicionalmente, as relações de parentesco das espécies de Scyliorhinus dentro da subfamília Scyliorhininae foram investigadas. Espécimes de todas as espécies de Scyliorhinus foram examinados bem como espécimes de quatro espécies de Cephaloscyllium spp., duas espécies de Poroderma spp. e representantes de quase todos os demais gêneros de cações-gato. Um estudo morfológico detalhado, incluindo morfologia externa, anatomia interna, morfometria e dados merísticos, foi realizado. A partir deste estudo, 77 caracteres morfológicos e três merísticos foram compilados em uma matriz. Análise de parcimônia foi empregada para gerar hipóteses de relações de parentesco usando o programa TNT 1.1. Asymbolus analis foi usado para enraizar o cladograma. As análises de relações de parentesco baseadas em buscas com pesagem implícita (k = 3; 500 réplicas e 100 árvores salvas por repl.) resultaram em sete cladogramas igualmente mais parcimoniosos com 231 passos, com um CI de 0,42 e um RI de 0,69. A monofilia da subfamília Scyliorhininae é suportada com base na ausência do músculo depressor palpebrae nictitans assim como de uma bifurcação na borda anterior da cartilagem basihial e de uma cartilagem marginal dorsal acessória nos clásperes, um número inferior de cartilagens extrabranquiais ventrais, uma cobertura dérmica terminal mais longa no clásper e sifões do clásper curtos. A monofilia de Scyliorhinus é suportada pela presença de uma aba projetada sobre o lábio superior assim como por um apron pélvico e uma maior extensão deste. Scyliorhinus é proposto como grupo-irmão de Cephaloscyllium, hipótese sustentada pela presença de processos rastriformis iguais em tamanho e uma projeção medial da barra coracoide bem desenvolvida. As relações de parentesco entre todas as espécies de Scyliorhinus são apresentadas pela primeira vez. Neste estudo, 16 espécies são reconhecidas: Scyliorhinus boa, S. cabofriensis, S. canicula, S. capensis, S. cervigoni, S. comoroensis, S. duhamelli, S. garmani, S. haeckelii, S. hesperius, S. meadi, S. retifer, S. stellaris, S. torazame, S. torrei, e S. ugoi. As principais mudanças taxonômicas incluem a revalidação de S. duhamelii e a sinonimização de S. tokubee com S. torazame. A informação sobre a distribuição geográfica foi atualizada para a maioria das espécies, especialmente para aquelas com distribuições amplas (S. canicula, S. haeckelii, S. retifer e S. stellaris). Coloração, contagens de vértebras, morfologia do clásper, tamanho de maturidade e configuração das abas nasais consistem nos caracteres mais úteis para a distinção entre essas espécies / The genus Scyliorhinus belongs to the family Scyliorhinidae, the most diverse family of sharks, and to the subfamily Scyliorhininae, with Cephaloscyllium and Poroderma. There are currently 16 valid species for Scyliorhinus, however many questions are raised concerning the definition and composition of the genus, mainly regarding the identity of S. canicula. Furthermore, the long history of taxonomic rearrangements and inaccurate descriptions of many species have contributed to misidentification of specimens and lack of information on the distribution range and diagnostic characters of many species. This study aimed to review the taxonomy of the genus and to estimate the geographic distribution of all its species. In addition, the phylogenetic relationships of the Scyliorhinus species within the subfamily Scyliorhininae was investigated. Specimens of all Scyliorhinus species were examined as well as specimens of four species of Cephaloscyllium spp., two species of Poroderma spp. and representatives of almost all other catshark genera. A detailed morphological study, including external morphology, internal anatomy, morphometry and meristic data, were performed. From this study, a total of 77 mophological and three meristic characters were compiled into a matrix. Parsimony analysis was employed to generate hypotheses of phylogenetic relationships using the TNT 1.1 computer program. Asymbolus analis was used to root the cladogram. The analysis of the phylogenetic relationships based on implied weighting (k = 3; 500 replications and 100 trees saved per repl.) resulted in seven equally most parsimonious cladograms with 231 steps, with a CI of 0.42 and an RI of 0.69. The monophyly of the subfamily Scyliorhininae is supported on the basis of the absence of the muscle depressor palpebrae nictitans as well as of the bifurcation on the leading edge of basihial cartilage and accessory marginal cartilage on the claspers, a lower number of ventral extra branchial cartilages, a greater extension of the dermal terminal cover on the clasper and short clasper siphons. The monophyly of Scyliorhinus is supported on the basis of the presence of a projecting tab at upper lip margin as well as of a pelvic apron and a greater extension of it. Scyliorhinus is proposed as the sister group of Cephaloscyllium, based on the presence of processus rastriformis similar in length and a welldeveloped medial projection of the coracoid bar. The phylogenetic relationships among Scyliorhinus species are presented for the first time. In this study, 16 species are recognized: Scyliorhinus boa, S. cabofriensis, S. canicula, S. capensis, S. cervigoni, S. comoroensis, S. duhamelli, S. garmani, S. haeckelii, S. hesperius, S. meadi, S. retifer, S. stellaris, S. torazame, S. torrei, and S. ugoi. The main taxonomic decisions include the resurrection of S. duhamelii and the synonimization of S. tokubee with S. torazame. The information of the geographic distribution was updated for most species, especially for those with wide ranges (S. canicula, S. haeckelii, S. retifer and S. stellaris). Coloration, vertebral counts, clasper morphology, maturity size and configuration of nasal flaps are the most useful characters to distinguish among species