Quatro gêneros compõem a tribo Callitrichini: Callibella (monotípico), Callithrix (com seis espécies), Cebuella (monoespecífico) e Mico (com 13 espécies, recentemente desmembrado de Callithrix por filogenias moleculares). As espécies da tribo ocorrem desde o sudeste do Brasil (estado de São Paulo), até o sul da Colômbia (departamento de Putumayo). Atualmente, morfologistas não reconhecem a validade de Mico, e Callibella não é reconhecido em algumas filogenias moleculares. Com o objetivo de testar a validade desses quatro gêneros, estabelecer hipóteses de relacionamento entre eles e entre as espécies que os compõem, realizei uma filogenia morfológica incluindo todas 21 espécies atualmente reconhecidas para o grupo. O grupo-externo é constituído por Callimico goeldii, Leontopithecus chrysomelas, L. chrysopygus, Saguinus fuscicollis weddelli, S. midas midas, Saimiri ustus e Callicebus moloch. Foram obtidos 80 caracteres, 34 considerados multiestado. Desse total, quatro são morfológicos quantitativos, 21 tegumentares e 51 osteológicos quantitativos, um cariológico e três vocais. Para comparar os caracteres osteológicos e tegumentares, duas análises utilizando somente caracteres desses sistemas foram realizadas. Na análise tegumentar, foram obtidas 72 árvores com comprimento (l) de 84 passos e um índice de consistência (IC) de 0,571. A análise osteológica resultou em 12 árvores (l = 104; IC = 0,635). Comparando os IC, os caracteres de pelagem se revelaram mais homoplásticos que os osteológicos. Ainda, os primeiros resolviam principalmente as relações em níveis taxonômicos menos inclusivos, i.e. relações interespecíficas, enquanto que os osteológicos recuperavam tribos e gêneros. Após uma busca exata, utilizando os 80 caracteres, obtive uma única árvore totalmente resolvida (l = 211, IC = 0,588 e índice de retenção = 0,787). O monofiletismo de Callitrichini foi evidenciado, e o clado apresentou suporte Bremer igual a 10 passos. O grupo irmão da tribo foi Leontopithecus. A topologia do grupo-interno foi a seguinte: (((((Mico argentatus + M. leucippe) M. emiliae) ((M.marcai + M. nigriceps) M. rondoni)) (M. acariensis + M. melanurus)) ((M. mauesi + M. humeralifer) Callibella humilis) ((M. intermedius + M. saterei) M. chrysoleucos)) Cebuella pygmaea) ((Callithrix jacchus + C. penicillata)((C. aurita + C. flaviceps)(C. geoffroyi + C. kuhlii))). Devido à posição de Callibella, considero o gênero como sinônimo júnior de Mico, sendo M. humilis um representante diminuto do gênero provavelmente por ocorrer em simpatria com M. marcai. Callithrix é altamente autapomórfico, com nove sinapomorfias e um alto suporte de Bremer (7 passos). A relação Cebuella + Mico é inédita em estudos morfológicos e o grupo foi unido por sete sinapomorfias (suporte de Bremer = 5). Devido ao alto número de autapomorfias em Callithrix, o considero um gênero adaptado à sazonalidade e ao ambiente floristicamente pobre do leste do Brasil. A dicotomia inicial de Mico corresponde aproximadamente à clássica separação taxonômica das espécies com tufo e sem tufo. As relações interespecíficas desse gênero revelam um grupo parafilético ocorrendo no interflúvio Madeira/Tapajós. Este trabalho, portanto, reconhece três gêneros em Callitrichini: Callithrix, Cebuella e Mico, sendo a primeira filogenia morfológica a obter (Cebuella + Mico) e a primeira a propor que M. humilis estaria inserido em um subclado de Mico. / The tribe Callitrichini is composed of four marmoset genera: Callibella (monotypic, described in 2003), Callithrix (six species), Cebuella (monospecific) and Mico (13 species, recently revalidated based on molecular phylogenies). These species occur from southeastern Brazil to southern Colombia. Presently, morphologists do not recognize Mico as valid, and Callibella is also not recognized in molecular phylogenies. Aiming to test the validity of these genera and formulate relationships hypotheses among them and their species, I carried out a morphological phylogeny including all 21 currently recognized species of marmosets. The outgroup was composed of Callimico goeldii, Leontopithecus chrysomelas, L. chrysopygus, Saguinus fuscicollis weddelli, S. midas midas, Saimiri ustus e Callicebus moloch. A total of 80 characters, 34 multistate, were obtained. From this number, four are quantitative morphological, 21 qualitative tegumentar and 51 osteological, a karyological and three vocal. In order to compare tegumentary and osteological character set, two analyses, using exclusively characters from these morphological systems were carried out. On the tegumentar analysis, 72 trees with a length (l) of 84 steps and consistency index (CI) of 0.571, were obtained. The osteological analysis resulted in 12 tress (l = 104; IC = 0.635). By comparing the CIs, the pelage characters revealed to be more homoplastic than the osteological ones. Still, the former were better at resolving relationship at less inclusive levels, taxonomically, i.e. interspecific relations, while osteological characters recovered tribes and genera. After an exhaustive search, including all 80 characters, a single completely resolved tree was obtained (l = 211, IC = 0.588, retention index = 0.787). Callitrichini turned out to be a monophyletic group, with a Bremer support of 10 steps. The lion-tamarin genus Leontopithecus was its sister group. The ingroup topology was as follows: (((((Mico argentatus + M. leucippe) M. emiliae) ((M.marcai + M. nigriceps) M. rondoni)) (M. acariensis + M. melanurus)) ((M. mauesi + M. humeralifer) Callibella humilis) ((M. intermedius + M. saterei) M. chrysoleucos)) Cebuella pygmaea) ((Callithrix jacchus + C. penicillata)((C. aurita + C. flaviceps)(C. geoffroyi + C. kuhlii))). Callibella was nested inside Mico, and thefore it is to be regarded as a junior synonym of it. The significantly smaller size of Mico humilis may be related to the fact that it occurs sympatrically with M. marcai. Callithrix is a highly autapomorphic genus, with nine characters supporting it and a Bremer support of seven steps. Due to this fact, the genus is herein considered to be an eastern Brazil specialist. The clade Cebuella +Mico, supported by seven synapomorphies (Bremer support = 5), is recovered for the first time in a morphological work. The first dichotomy in Mico corresponds roughly to the classical tufed and untufted division. The interspecific relations among this genus reveal a paraphyletic group inhabiting the Madeira/Tapajós interfluvium. This work therefore recognizes three marmoset genera: Callithrix, Cebuella and Mico, being the first morphological phylogeny to obtain (Cebuella + Mico) and the first one to propose that M. humilis is nested within Mico.

Embora haja diferentes formas de análise e descrição da diversidade biológica, são raros os trabalhos metodológicos comparativos sobre o mesmo conjunto de dados. Essas comparações permitem entender quais as ênfases consideradas por cada uma dessas diferentes abordagens, quais dessas análises podem ser redundantes ou complementares e talvez até quais podem ser classificadas como mais apropriadas a cada tipo de objetivo e escala de estudo. Este estudo objetiva testar a hipótese de que diferentes abordagens de se mensurar a diversidade biológica geram resultados diferentes na comparação entre as mesmas amostras. Compilou-se informações de levantamentos da anurofauna por meio de armadilhas de interceptação e queda em quatro localidades do sul do estado de Minas Gerais, Brasil. Foram registrados 572 indivíduos de 17 espécies e sete famílias. As abordagens incluíram índices clássicos de diversidade, curvas de rarefação e estimadores de riqueza, diversidade beta e diversidade filogenética. A hipótese de diferentes abordagens gerando diferentes resultados foi corroborada, e foi feita uma breve discussão sobre o enfoque de cada método. A sensibilidade das curvas de rarefação/estimadores de riqueza e diversidade filogenética foi considerada maior que os demais métodos analisados. / Although there are different analyses and forms of description of biological diversity, there are only a few comparative methodological work on the same data set. These comparisons allow us to understand which emphases considered by each of these different approaches, which of these analyzes can be redundant or complementary and perhaps even what can be classified as more appropriate for each goal and scale. This study aims to test the hypothesis that different approaches of measuring biological diversity generate different results when comparing the same samples. Information was compiled from surveys of the anurofauna collected by pitfall traps and fall in four localities in the Southern State of Minas Gerais, Brazil. 572 individuals of 17 species distributed in seven families were recorded. The material was analysed with classical diversity indices, rarefaction curves and richness estimators, beta diversity and phylogenetic diversity. The hypothesis that different analyses generate different results was confirmed, moreover we discuss briefly each one of the methods. The rarefaction curves / richness estimators and phylogenetic diversity was yielded more sensible results if compared with remaning methods.

A família Accipitridae compreende 67 gêneros e 256 espécies globalmente distribuídas e, representada por águias, gaviões e abutres do Velho Mundo, figura como uma das linhagens mais representativas de aves não-passeriformes atuais. O relacionamento filogenético entre os gêneros de Accipitridae consiste no assunto mais debatido em trabalhos dedicados à sistemática da família, com inúmeros esforços voltados ao reconhecimento de subgrupos que, em sua maioria, foram fundamentados em similaridade global entre os táxons. Apesar de haver diversos estudos sobre anatomia comparada do grupo, estudos morfológicos com base em metodologias cladistas estão restritos a uma única investigação, que resultou em uma compreensão limitada sobre a filogenia do grupo. Em contrapartida, na última década surgiram inúmeras hipóteses com base em dados moleculares, que trataram diversos níveis taxonômicos da família. Alguns destes estudos demonstraram que a grande maioria dos agrupamentos tradicionais não corresponde a grupos monofiléticos e propuseram um novo arranjo intrafamiliar para o grupo. Neste contexto, o presente estudo propõe uma hipótese filogenética para os Accipitridae, com base no estudo do esqueleto craniano e pós-craniano, utilizando-se de uma ampla representatividade taxonômica do grupo. Para tal, foram examinados 433 espécimes, pertencentes a coleções brasileiras e norte-americanas, os quais representaram 113 espécies e 59 gêneros de accipitrídeos, além de quatro táxons utilizados como grupos externos, pertencentes à ordem Accipitriformes. A partir do estudo comparado deste material, foram codificados 161 caracteres osteológicos, dos quais 116 são binários e 45 multiestados não-ordenados, atribuídos a 117 táxons terminais. A matriz de caracteres foi submetida às análises de parcimônia, o que resultou em 36 árvores igualmente parcimoniosas. A topologia de consenso estrito mostrou-se bem resolvida e consideravelmente congruente às hipóteses filogenéticas prévias sobre Accipitridae, com base em dados moleculares, uma vez que 11 das 14 subfamílias propostas naqueles estudos foram aqui recuperadas e apresentaram suporte significativo. Assim, com base na topologia obtida, bem como no conhecimento acumulado sobre a filogenia do grupo, foi proposto um rearranjo taxonômico para a família Accipitridae, composto por 10 subfamílias, duas das quais incluem três tribos cada: Gypaetinae (Gypaetini, Polyboroidini e Pernini), Macheiramphinae, Aegypiinae, Circaetinae, Elaninae, Harpiinae, Aquilinae, Haliaeetinae, Milvinae e Buteoninae (Buteonini, Circini e Accipitrini). Adicionalmente, foram feitas recomendações para a atualização da nomenclatura de alguns gêneros e espécies de Accipitridae. / The family Accipitridae comprises 67 genera and 256 species with a global distribution and, represented by hawks, eagles and Old World vultures, it figures as one of the largest lineages of non-passerine modern birds. Phylogenetic relationships among accipitrid genera have been a contentious issue in studies on the family systematics, with many efforts aimed at the recognition of subgroups, most of which have been founded on overall similarity between taxa. Although there have been several studies on the comparative anatomy of the group, morphological studies based on cladistic methods are restricted to a single investigation which provided only limited insights into the phylogeny of the group. In contrast, in the last decade, several hypotheses based on molecular data have been put forward that treat with various taxonomic levels the family. Some of these studies demonstrated that many of the traditional assemblages do not correspond to monophyletic groups, and they have proposed novel intrafamilial arrangements for the family. In this context, the present study presents a phylogenetic hypothesis for the Accipitridae based on a study of the cranial and post-cranial skeletal material from a large taxonomic representation of the group. Some 433 specimens were consulted, from Brazilian and North-American collections, and representing 113 species and 59 accipitrid genera, with an additional four used as outgroup taxa belonging to the order Accipitriformes. From the comparative study of the material, 161 osteological characters were coded, of which 116 were binary and 45 non-ordered multistate and attributed to 117 terminal taxa. The data matrix was submitted to parsimony analysis resulting in 36 equally most parsimonious trees. The strict consensus topology was well-resolved and largely congruent with the phylogenetic hypotheses for Accipitridae based on molecular data, with 11 of the 14 subfamilies proposed by those studies recovered in the present study, all with significant support. Based on the topology obtained, and known phylogenies of the group, a taxonomic rearrangement for the family Accipitridae was proposed comprising 10 subfamilies, two of which each include three tribes: Gypaetinae (Gypaetini, Polyboroidini and Pernini), Macheiramphinae, Aegypiinae, Circaetinae, Elaninae, Harpiinae, Aquilinae, Haliaeetinae, Milvinae and Buteoninae (Buteonini, Circini and Accipitrini). Additional recommendations were made for updating the nomenclature of some genera and species in the Accipitridae.

Este trabalho consiste em uma caracterização morfológica das espécies-tipo da maioria dos gêneros que compõem a subfamília Geoplaninae, e quatro espécies destinadas a servir como grupos externos (Pelmatoplanini, Anzoplanini, Caenoplanini, Bipaliinae). A estudo morfológico das espécies resultou em 69 caracteres morfológicos que foram inseridos em uma matriz de dados e preparados para análise filogenética. Quinze espécies adicionais de outros gêneros de Geoplaninae também foram incluídos na análise. Os resultados corroboram o monofiletismo da subfamília Geoplaninae. De acordo com a hipótese de Meixner, o clado formado pelos gêneros Enterosyringa e Xerapoa, que compartilha características morfológicas com espécies do grupo externo, é o grupo de irmãos de todas as demais espécies de Geoplaninae. Descobrimos que as características anatômicas do aparelho copulador, como a presença e o tipo de papila peniana mostraram possuir muitas reversões e não se mostraram filogeneticamente informativas. Caracteres do sistema muscular podem ser usados de forma mais efetiva para a definição de grupos taxonômicos dentro do Geoplaninae e como indicadores de suas relações evolutivas. Nenhum dos aspectos diagnóstico atuais de da Geoplaninae correspondeu a caracteres autopomórficos em nossa análise. Nossos resultados sugerem que vários gêneros de Geoplaninae representam grupos não naturais, i.e., Geoplana e Notogynaphallia, com alguns caracteres diagnósticos sendo homoplásicos. / This work consists of a morphological characterization of the type species of most of the genera that compose Geoplaninae, and four species intended to serve as outgroups (Pelmatoplanini, Anzoplanini, Caenoplanini, Bipaliinae). The morphological study of the species resulted in 69 morphological characters that were entered into a data matrix and prepared for phylogenetic analysis. Fifteen additional species from other Geoplaninae genera were also included in the analysis. The results corroborate the monophyletic status of the subfamily Geoplaninae. According with Meixner\'s hypothesis, the clade formed by Enterosyringa and Xerapoa species, sharing morphological characteristics with outgroup species, is the sister group of all other Geoplaninae species. We found that anatomical features of the copulatory apparatus, such as the presence and type of penis papilla showed many reversions and were not phylogenetically informative. Characters of the muscular system can be used much better for defining taxonomic groups within the Geoplaninae and as indicators of their evolutionary relationships. None of the present diagnostic features of the Geoplaninae formed autapomorphic characters in our analysis. Our results suggest that several genera of Geoplaninae represent unnatural groups, viz., Geoplana and Notogynaphallia, with some diagnostic characters being homoplasic.

Orientador: Reinaldo José Bertini / Banca: Marco Brandalise de Andrade / Banca: Herculano Marcos Feraz de Alvarenga / Banca: Roberto Goiten / Banca: Douglas Riff Gonçalves / Resumo: Crocodilomorfos são o grupo de vertebrados fósseis mais expressivo do Grupo Bauru, contando com 25 espécies formalmente descritas, distribuídas entre quatro principais agrupamentos: Notosuchia, Baurusuchidae, Peirosauridae e "Trematochampsidae". À luz dos novos morfótipos descritos se faz necessária uma análise filogenética, a fim de testar possíveis relações com os táxons estabelecidos. Adicionalmente nenhum trabalho traz uma abordagem metodológica a respeito da paleobiogeografia destes grupos. Deste modo, os objetivos desse trabalho foram realizar uma análise filogenética e utilizar seus resultados pela primeira vez em uma análise de Parcimônia de Brooks. O resultado da análise levou a 3 árvores de 2259 passos cada uma, gerando uma árvore de consenso também com 2270 passos. Mesoeucrocodylia foi recuperado, sendo composto por dois clados mais inclusivos: Neosuchia e Gondwanasuchia. Este último formado Sebecia e Notosuchia. Sebecia inclui um grupo monofilético formado por "Trematochampsidae", Peirosauridae e Itasuchidae, um clado que inclui Caririsuchus, Itasuchus, Barreirosuchus, Pepesuchus e MCT-1723-R. Este último táxon apresenta semelhanças morfológicas profundas com Pepesuchus e foi classificado como Pepesuchus sp. As relações dentro desse clado sempre formam politomias, foram resgatadas todas resolvidas. Notosuchia inclui um grupo de formas mais avançadas composto por dois clados. Um deles é Baurusuchia, que resgatas as subfamílias Pissarrachampsinae e Baurusuchinae, mas não encontra Baurusuchus pachecoi e Baurusuchus salgadoensis como táxons irmãos. O outro clado dentro de Notosuchia é formado por Notosuchidae como grupo irmão de um clado formado por Morrinhosuchus e Sphagesauridae, com Labidiosuchus e Adamantinasuchus no âmbito desta família. Mariliasuchus robustus compartilha diversas similaridades morfológicas com Mariliasuchus amarali, enquanto que as diferenças entre ambos os táxons... / Abstract: Crocodylomorphs are the most expressive group of vertebrate fossils from the Bauru Group, counting 25 formally described species, distributed among four main groups: Notosuchia, Baurusuchidae, Peirosauridae, Trematochampsidae. Facing the new morphotypes described it is necessary a phylogenetic analysis to test possible relationships with established taxa. Besides, none work brings a methodology regarding a biogeographic approach to these goups, thus the objectives of this study were to perform a phylogenetic analysis and use the results to a Brooks Parsimony analysis. The result of the analysis took to 3 trees of 2259 steps each, generating a consensus tree of 2270 steps. Mesoeucrocodylia was recovered, consisting of two more inclusive clades: Neosuchia and Gondwanasuchia. The latter is composed by Sebecia and Notosuchia, Sebecia includes a monophyletic group composed by "Trematochampsidae", Peirosauridae, and Itasuchidae, a clade comprising Caririsuchus, Itasuchus, Barreirosuchus, Pepesuchus, and MCT-1723-R. This last taxon showing large morphologic similarities with Pepesuchus and was classified like Pepesuchus sp. The relationships inside this clade always return polytomies, and they were recovered all solved. Notosuchia included a group of advanced forms comprising two clades, one of this is Baurusuchia, recovering the subfamilies Pissarrachampsinae and Baurusuchinae, but not finding Baurusuchus pachecoi and Baurusuchus salgadoensis like sister-taxa. The other clade inside Notosuchia is formed by Notosuchidae with a sister-group of a clade comprising by Morrinhosuchus and Sphagesauridae, with Labidiosuchus and Adamantinasuchus inside that family. Mariliasuchus robustus sharing several morphological similarities with Marliasuchus amarali,while the differences between both the taxa are resultants of sexual dimorphism. Therefore, M. robustus is a junior synonym of M. amarali. The results of Brooks Parsimony analysis is a General Area ... / Doutor

Submitted by Dominick Jesus (dominickdejesus@hotmail.com) on 2016-01-06T18:56:25Z No. of bitstreams: 2 Tese_ Rafael Boldrini.pdf: 27697112 bytes, checksum: 298451508db152ae44c72bdfc4564de7 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-06T18:56:25Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese_ Rafael Boldrini.pdf: 27697112 bytes, checksum: 298451508db152ae44c72bdfc4564de7 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2015-03-02 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The exemplars of the genus Camelobaetidius Demoulin, 1966 are common in lotic habitats, where the nymphs can be found above rocks, or on fallen trunks in areas of current. They posses a Pan American distribution, from Argentina to Canada. They are considered the sister group of the genus Corinnella Thomas & Dominique, 2006. The genus consists of 44 species, 25 of them are described based only on nymphs, five based on adults, 13 based on nymphs and male imago, and one based on nymph and femele imago. Many species have large area of distribution, with location and longitudinal variation in characters historically considered important for the taxonomy of Baetidae. The genus consists of three morphotypes, which were never tested by phylogenetic analyzes, based on a scientific method, to test if these morphotypes are related, as well as was also never tested the proposal that Dactylobaetis Traver & Edmunds, 1968 was a junior synonym of Camelobaetidius. The aim of this study were: adapt/redescribe descriptions of some species of Camelobaetidius; describe unknown stages of previously known species; inventory the species of Camelobaetidius from different areas of Brazil; present a hypotheses of phylogenetic relationship between species of Camelobaetidius; test the monophyly of the genus based on formal phylogenetic analysis; and develop an identification key to the nymphs of the genus. In this study, the genus Camelobaetidius was considered paraphyletic; was proposed the description of two new genera; where described seven species of Camelobaetidius and one new species of Corinnella; was tested the genetic variability of Camelobaetidius billi based on Cytochrome Oxidase (COI) mitochondrial gene; two adults of the genus Camelobaetidius where described; has been updated the distribution record of the genus; was adequated a methodology for transport and rearing nymhps of Baetidae, and proposed a key to the species of genus Corinnella, New Genus B and Camelobaetidius. / O exemplares do gênero Camelobaetidius Demoulin, 1966 são comuns em habitat de corredeiras, as ninfas podem ser encontradas sobre pedras ou em troncos caídos em regiões com corredeiras. Possui distribuição Pan Americana, sendo encontrado da Argentina até o Canadá. Atualmente é considerado grupo irmão do gênero Corinnella Thomas & Dominique, 2006. O gênero é composto por 44 espécies, destas, 25 são descritas com base apenas em ninfas, cinco com base em adultos, 13 com base em ninfas e imago macho e uma com base em ninfa e imago fêmea. Muitas espécies apresentam grande área de distribuição, com variação local e longitudinal em caracteres historicamente considerados importantes para a taxonomia de Baetidae. O gênero é composto por três morfótipos, sendo que nunca foram realizados análises filogenéticas que testassem, com base em um método científico, se esses morfótipos são relacionados, assim como nunca foi testada a proposta na qual Dactylobaetis Traver & Edmunds, 1968 foi considerado sinônimo júnior de Camelobaetidius. Os obejtivos desse estudo foram: Adequar/redescrever as descrições de algumas espécies de Camelobaetidius; descrever estágios desconhecidos de espécies previamente conhecidas; inventariar as espécies de Camelobaetidius de diversas áreas do Brasil; apresentar hipóteses de relacionamento filogenético entre as espécies de Camelobaetidius; testar a monofilia do gênero com base em análises filogenéticas formais; e elaborar uma chave de identificação para as ninfas das espécies do gênero. Nesse estudo, o gênero Camelobaetidius foi considerado parafilético; foi proposta a descrição de dois novos gêneros; foram descritas sete espécies de Camelobaetidius e uma espécie nova de Corinnella; foi testado a variabilidade genética de Camelobaetidius billi com base no gene mitocondrial Citocromo Oxidase I (COI); foram descritos dois adultos do gênero Camelobaetidius; foi atualizado o registro de distribuição das espécies do gênero; foi adequado um novo sistema de transporte e criação de espécies de Baetidae e foi proposta uma chave para as espécies do gêneros Corinnella, Gênero novo B e Camelobaetidius.

Submitted by Dominick Jesus (dominickdejesus@hotmail.com) on 2016-02-12T13:44:06Z No. of bitstreams: 2 Dissertação_Joel da Silva Cordeiro.pdf: 3200673 bytes, checksum: 312bd542cfc04a8d008964edbf17a151 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-12T13:44:06Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação_Joel da Silva Cordeiro.pdf: 3200673 bytes, checksum: 312bd542cfc04a8d008964edbf17a151 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2010-09-21 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas - FAPEAM / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Dengue virus (DENV) are the etiologic agent of the most important arbovirosis from Tropical and Subtropical region. They are classified as flaviviruses following their genetic and antigenic properties into four groups: DENV1, DENV2, DENV3 and DENV4. In the last decades, dengue fever has increased its virulence and several factors had been associated to this increasing. Secondary infection and viral factors are the main one implicated to increase of severe form of dengue fever. In this study, were analysed 80 samples of serum from patients with suspect of dengue infection from Boa Vista. We aim to identify the DENV serotypes and genotypes circulating in this city. Eighty samples were inoculated in C6/36 cells. The RNAs were extracted and viral identity was archieved using by Reverse Transcription – Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) method developed by Lanciotti et al. (1992). After viral type identification, cDNA was used to PCR with specific primers to gene E. The sequencing was performed on MEGABACE1000 platform. Maximum Likelihood dendrograms were constructed by PhyML 3.0. Branch confidences were calculated using approximated Likelihood Ratio Test (aLRT). Thirty four samples were isolated and identified: 23 DENV1 strains and 11 DENV2 strains, three of them were coinfection. After edition of sequences, 15 fragments with 962nt large of DENV1 and three fragments with 825nt large of DENV2 were used to analysis. DENV1 strains isolated in this study grouped with strains of genotype V, together with strains from Venezuela and Brazil, previously described. DENV2 strains were classified as american/asian genotype, together to Cuba and Taiwan strains. Data obtained shown strong relantionship between Roraima strains and Venezuelan and Caribbean strains. The results help future analysis about DENV evolution and gene flow in Brasil and its relationship with DENV isolated in other regions of American Continent. / Vírus Dengue (DENV) são agentes etiológicos da mais importante arbovirose das regiões tropical e subtropical do planeta. São flavivírus classificados, segundo suas propriedades genéticas e antigênicas, em quatro tipos virais: DENV1, DENV2, DENV3 e DENV4. Nas últimas décadas, o dengue tem aumentado sua virulência e muitos fatores têm sido associados a esse aumento. Infecção secundária e fatores virais são os principais apontados para aumento da ocorrência das formas graves do Dengue. Neste estudo foram analisadas 80 amostras de soros de pacientes com suspeita de infecção pelos vírus dengue, provenientes da cidade de Boa Vista, com intuito de identificar os sorotipos e genótipos circulantes. Oitenta amostras foram inoculadas em células C6/36 de Aedes albopictus. O RNA foi extraído e a identificação do tipo viral foi realizada por transcrição reversa seguida de reação em cadeia da polimerase (RT-PCR) desenvolvida por Lanciotti et al. (1992). Após identificar o tipo viral, o cDNA viral foi submetido à PCR com primers específicos para o gene E. O seqüenciamento das amostras foi realizado na plataforma MEGABACE1000. A reconstrução filogenética foi realizada no programa PhyML 3.0 utilizando o método de Máxima Verossimilhança. A confiabilidade dos ramos foi calculada pelo Teste de Razão de Verossimilhança (aLRT).Do total, 34 amostras foram isoladas e identificadas. Foram 23 cepas de DENV1 e 11 DENV2, sendo 03 casos de co-infecção. Após o seqüenciamento e edição das seqüências, foram obtidos 15 fragmentos de 962nt para DENV1 e 03 fragmentos de 825nt para DENV2. As cepas de DENV1 isoladas neste trabalho formaram clado com o genótipo V, junto com cepas da Venezuela, Brasil, previamente descritas. As cepas de DENV2 foram classificadas como genótipo “Americano/Asiático”, formando um clado com as cepas isoladas de Cuba e de Taiwan. Os dados demonstram uma forte relação entre as cepas isoladas em Roraima e cepas isoladas no Caribe e Venezuela. Os resultados obtidos abrem caminho para novas análises da evolução e fluxo gênico do DENV no Brasil e suas relações com DENV isolados em outras regiões do Continente Americano.

Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2016-08-22T20:44:34Z No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO LAÍS BENTES DE ALMEIDA.pdf: 1329940 bytes, checksum: a81526a00244527556b74aba58812323 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-22T20:44:34Z (GMT). No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO LAÍS BENTES DE ALMEIDA.pdf: 1329940 bytes, checksum: a81526a00244527556b74aba58812323 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2015-08-31 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas - FAPEAM / Colletotrichum species of the genus are widely distributed in temperate, tropical and subtrotropicais regions and cause a disease known as anthracnose in numerous genres of host plants. It is common to find several Colletotrichum species pathogenic to the same host, as it is a species common cause disease symptoms in various host plants. The cultivation of chillies and peppers are often attacked by several species of Colletotrichum and registers high losses in economic output due to damage caused by the disease. Thus, the correct identification of the causative agent is essential for defining control strategies and integrated management, so that the development of an effective management strategy depends, among other factors, the understanding of the etiology of disease, genetic diversity and structure the population of the pathogen. In order to identify the species of Colletotrichum responsible for causing anthracnose in the Capsicum plant fruits in the State of Amazonas, this study analyzed 94 isolates from fruits pepper, pepper and fragrant murupi pepper. The identification was based on multilocus sequencing and analysis of partial regions of the ACT gene, CHS, GAPDH, HIS and GS and allowed the identification of seven different species of Colletotrichum associated with anthracnose lesions in fruits of Capsicum plants (C. scovillei C. truncatum, C. brevisporum, C. siamense, C. fruticola, C. theobromicola and C. gloeosporioides). It was possible to confirm the predominance of C. scovillei in the municipalities of Presidente Figueiredo and Rio Preto da Eva, C. siamense in the city of Manacapuru, C. brevisporum in Manacapuru and C. truncatum exclusively in the municipality of Iranduba. The pathogenic species of Colletotrichum are widespread in the State of Amazonas affecting the health of plantations and causing economic losses to producers, confirming the cosmopolitan distribution, low pathogenic specificity and high evolutionary potential of the species belonging to this genre. / Espécies do gênero Colletotrichum são amplamente distribuídas por regiões temperadas, tropicais e subtrotropicais e causam uma doença conhecida como antracnose em numerosos gêneros de plantas hospedeiras. É comum encontrar várias espécies de Colletotrichum patogênicas a um mesmo hospedeiro, assim como é comum uma mesma espécie causar sintomas da doença em diversas plantas hospedeiras. O cultivo de pimentões e pimentas é frequentemente atacado por várias espécies de Colletotrichum e registra altas perdas no rendimento econômico devido aos danos gerados pela doença. Assim, a correta identificação do agente causal é primordial para definir as estratégias de controle e manejo integrado, de modo que o desenvolvimento de uma estratégia de gestão eficaz depende, entre outros fatores, do conhecimento sobre a etiologia da doença, da diversidade genética e estrutura da população do patógeno. Com o intuito de identificar as espécies de Colletotrichum responsáveis por causar antracnose em frutos de plantas do gênero Capsicum no Estado do Amazonas, neste trabalho foram analisados 94 isolados obtidos de frutos de pimentão, pimenta cheirosa e pimenta murupi. A identificação foi realizada com base no sequenciamento e análise multilocus de regiões parciais dos genes ACT, CHS, GAPDH, HIS e GS e permitiu a identificação de sete diferentes espécies de Colletotrichum associadas à lesões de antracnose em frutos de plantas de Capsicum (C. scovillei, C. truncatum, C. brevisporum, C. siamense, C. fruticola, C. theobromicola e C. gloeosporioides). Foi possível verificar a predominância de C. scovillei nos municípios de Presidente Figueiredo e Rio Preto da Eva, C. siamense no município de Manacapuru, C. brevisporum em Manacapuru e C. truncatum exclusivamente no município de Iranduba. As espécies patogênicas de Colletotrichum encontram-se amplamente difundidas no Estado do Amazonas afetando a sanidade dos plantios e causando prejuízos econômicos aos produtores, confirmando a distribuição cosmopolita, baixa especificidade patogênica e alto potencial evolutivo das espécies pertencentes a esse gênero.

Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2017-06-19T12:32:37Z No. of bitstreams: 2 EduardoPrata_Tese2017.pdf: 59763452 bytes, checksum: 7280d67b335a3969443e85d5e75212c8 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-19T12:32:37Z (GMT). No. of bitstreams: 2 EduardoPrata_Tese2017.pdf: 59763452 bytes, checksum: 7280d67b335a3969443e85d5e75212c8 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-10-14 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas - FAPEAM / Species complexes are groups in which species limits and hence species numbers are unclear. Untangling species limits within species complexes can be challenging, but is the basis for investigating the processes underlying species differentiation and the discovery of new species. The Pagamea guianensis species complex is one of the most widespread and common taxa in the Amazonian white-sand flora. Previous analysis suggested the occurrence of ten species within this group, but species limits remain unclear due to poor sampling, morphological overlap and low molecular resolution. Here we present the most comprehensive sampling of individuals across the geographical distribution of the P. guianensis complex in order to: test the monophyly of this species complex; clarify species limits within it; reconstruct the spatio-temporal history of the white-sand specialist Pagamea guianensis complex in order to investigate where, when and how diversification events took place. Using a high-throughput DNA sequencing approach, we sequenced 431 loci (>34 M bases) for 179 individuals. We applied phylogenetic and species tree analyses to resolve phylogenetic relationships among the sampled individuals. Species delimitation was estimated based on molecular data, and we subsequently tested whether these hypothesized species could be differentiated by morphological and/or NIR spectroscopy data, and whether they have different ecological niches. Ancestral habitat were reconstructed for the variables vegetation structure, flooding and annual precipitation. We run admixture analysis in order to analyze population structure within the most widely distributed species: Pagamea angustifolia, P. guianensis and P. pilosa. We also run an isolation-by-distance model to investigate the correlation between geographic distance and cophenetic distance among individuals of the clade P. angustifolia+P. guianensis distributed around the Guiana Shield in a ring-like distribution. Our results confirmed the monophyly of the P. guianensis complex and our integrative approach using evidences from independent datasets show 15 distinct and well-supported lineages, here circumscribed as 14 species and one subspecies (six species and one subspecies newly described and one species with new status). All diversification events took place during the Pleistocene (last 2.5 Ma). The ancestral area of the Pagamea guianensis complex was inferred in the Western Amazon around 2.5 Ma, from where it started to disperse eastward reaching the Atlantic Coast on the Guiana Shield around 1.3 Ma and the Northeastern Brazilian Atlantic Coast (Bahia State) the Last Interglacial (~130,000 years). The ancestor was in tall forests over dry soils, with subsequent diversification to lower or open vegetation and to moist or flooded soils. We found a gradient of species diversity following the west-east dispersal route, with higher diversity in the Western and Northwestern Amazon (7 and 5 spp), intermediate in Central Amazon (4) and few species in the Eastern Amazon and Atlantic Forest (1). Population structure analysis revealed more genetic structure in the North of the Amazonas River than in the South region. Populations from the P. angustifolia+P. guianensis clade in the Eastern Guiana Shield follow an isolation-by-distance model with strong correlation among cophenetic and geographical distances around the ring, a pattern never detect before for plants in the Amazon. Finally, in this work we were able to delimit and discover new species using advanced techniques of DNA sequencing and phylogenetic inferences from multiple markers, combining with independent analysis from morphological, spectral and ecological datasets. After species delimitation, we finally could reconstruct a more detailed and less uncertain biogeographic history for the P. guianensis complex. / Complexos de espécies são grupos onde os limites entre as espécies não são claros e, portanto, o número de espécies é incerto. Desvendar limites entre espécies em complexo de espécies é atualmente um dos maiores desafios da taxonomia moderna, especialmente a partir do uso de técnicas moleculares avançadas de seqüenciamento do DNA e de inferências filogenéticas e de árvores de espécies. Além disso, complexos de espécies são grupos ideais para o entendimento dos processos evolutivos geradores da diversidade de espécies na Amazônia. O complexo Pagamea guianensis é um dos táxons mais comuns e amplamente distribuídos em vegetação sobre solos arenosos na Amazônia, como as campinas, campinaranas e igapós. Trabalhos anteriores sugerem a ocorrência de dez espécies nesse grupo, mas o limite entre algumas espécies permanece incerto em função da baixa amostragem, da sobreposição morfológica e da baixa resolução na filogenia molecular. Neste trabalho, realizamos a mais completa amostragem de indivíduos ao longo da distribuição geográfica do complexo Pagamea guianensis com os objetivos de: testar a monofilia do grupo; resolver os limites entre as espécies e; reconstruir a história espaço-temporal do complexo Pagamea guianensis para entender onde, quando e como se deram os eventos de diversificação na Amazônia. Seqüenciamos 431 loci (>34 M bases) de um total de 179 indivíduos. A delimitação das espécies foi estimada a partir de árvores filogenéticas e de espécies e, em seguida, testamos se as espécies hipotetizadas podem ser diferenciadas a partir de variáveis morfológicas, ecológicas e espectrais. Reconstruímos a história evolutiva, o habitat ancestral e analisamos a estrutura genética populacional das espécies mais amplamente distribuídas Pagamea angustifolia, P. guianensis e P. pilosa. Para testar o efeito das terras altas do Escudo das Guianas como barreira para populações de P. angustifolia+P. guianensis, utilizamos um modelo de isolamento por distância. Nossos resultados confirmam a monofilia do complexo P. guianensis, e nossa abordagem utilizando evidências a partir de dados independentes revelou 15 linhagens distintas e bem suportadas, aqui circunscritas em 14 espécies e uma subespécie (sendo seis espécies e uma subespécie novas e uma espécie com novo status). Todos os eventos de diversificação se deram no Pleistoceno e a área ancestral do complexo P. guianensis foi inferida para o oeste da Amazônia há ca. 2.5 milhões de anos, de onde as populações começaram a dispersar em direção leste, alcançando a costa Atlântica do Escudo das Guianas por volta de 1.3 milhões de anos atrás. A divergência entre populações de P. guianensis da Amazônia e da Mata Atlântica do Nordeste do Brasil foi datada em aproximadamente 1 milhão de anos, mas é provável que as populações tenham alcançado a região costeira da Bahia passando pela região da Chapada Diamantina na Bahia, durante o último Interglacial há aproximadamente 130 mil anos. O ancestral provavelmente habitava florestas altas sobre solos arenosos não inundáveis no oeste da Amazônia. A riqueza de espécies segue um gradiente oeste-leste, com sete espécies no Oeste, cinco no Noroeste, quatro na Amazônia Central e uma espécie no Nordeste da Amazônia e Mata Atlântica. As populações ao norte do Rio Amazonas apresentaram maior estrutura genética em relação as do sul. Populações do clado P. angustifolia+P. guianensis do leste da Amazônia distribuídas ao redor do Escudo das Guianas seguiram um modelo de isolamento por distância com forte correlação entre a distância cofenética e a distância geográfica, seguindo um padrão de distribuição em anel, um padrão nunca detectado antes em plantas na Amazônia. Por fim, neste trabalho mostramos como o uso de técnicas avançadas de seqüenciamento do DNA e inferências filogenéticas a partir de múltiplos marcadores, combinado com análises de dados morfológicos, espectrais e ecológicos, possibilitaram a delimitação de espécies no complexo P. guianensis, incluindo a detecção e descrição de novas espécies. A partir da delimitação taxonômica, pudemos reconstruir uma história biogeográfica mais detalhada e com menos incertezas para o complexo P. guianensis.

The genus Pristimantis has 500 species of anurans with distribution in northwest South America, specially in the Andes. Due to the large number of species morphologically diverse, the genus was divided in 11 species groups, with 312 species not allocated in any of them. The great number of species not allocated in species groups is due to the lack of morphological characters to better define and diagnose these groups, and because most of the anteriorly recognized groups in the literature of 70, 80 and 90s decades of the last century were not recovered monophyletic in the most recent phylogenetic analyses. The present study aims to perform a phylogenetic analysis of Pristimantis, with phenotypic and genotypic characters, through total evidence with dynamic homology and parsimony. As a result, Pristimantis is not monophyletic and some of its species were reallocated in the genus Tachiramantis. The species groups within Pristimantis were reformulated with proposed diagnosis. In total, 25 species groups are here defined / O gênero Pristimantis possui 500 espécies de anfíbios anuros com distribuição no noroeste da América do Sul, concentrado principalmente nos Andes. Devido ao grande número de espécies, morfologicamente diversas, o gênero encontra-se atualmente dividido em 11 grupos de espécies, com 312 espécies não alocadas em grupos. O grande número de espécies não alocadas em grupos se deve especialmente pela falta de dados morfológicos para definir e diagnosticar esses grupos, e pelo fato dos grupos anteriormente reconhecidos nas décadas de 70, 80 e 90, serem em sua grande maioria não monofiléticos. O presente trabalho tem como objetivo uma análise filogenética do gênero Pristimantis, utilizando caracteres fenotípicos e genotípicos através de uma análise de evidência total utilizando homologia dinâmina e parcimônia. Pristimantis não resultou monofilético e algumas de suas espécies foram realocadas no gênero Tachiramantis. Os grupos de espécies em Pristimantis foram reformulados com diagnoses propostas. No total 25 grupos de espécies são reconhecidos