O gênero Cyphorhinus está alocado na família Troglodytidae, e seus representantes estão distribuídos desde Honduras, na América Central, até o norte de Mato Grosso, no Brasil, e norte da Bolívia. Atualmente o gênero abriga três espécies: C. thoracicus; C. phaeocephalus e C. arada. O complexo C. arada é endêmico da Amazônia e possui oito subespécies reconhecidas: C. a. arada, C. a. salvini, C. a. modulator, C. a. transfluvialis, C. a. interpositus, C. a. griseolateralis, C. a. urbanoi e C. a. faroensis. Este grupo apresenta um alto grau de variação geográfica tanto nos padrões de plumagem quanto nas vocalizações, mas nenhuma revisão taxonômica foi conduzida até o momento. Este gênero ainda apresenta outros oito táxons, seis em C. phaeocephalus e dois subordinados a C. thoracicus. Uma filogenia que englobasse o relacionamento das espécies deste gênero também nunca foi proposta. O objetivo deste trabalho foi revisar a taxonomia do complexo Cyphorhinus arada com base em caracteres morfológicos e vocais e, posteriormente, propor uma hipótese filogenética completa do gênero Cyphorhinus. Foram analisados 672 espécimes e 179 gravações de representantes do gênero. Na revisão taxonômica o complexo C. arada é dividido em seis espécies, sendo que, C. a. urbanoi e C. a. faroensis foram sinonimizados a Cyphorhinus arada; as demais subespécies (transfluvialis, modulator, salvini, interpositus e griseolateralis) apresentaram caracteres morfológicos e vocais que permitiram elevá-las a espécies plenas. O padrão de distribuição geográfico destas seis espécies seguiu aproximadamente o mesmo padrão das áreas de endemismo da Amazônia. Para as análises filogenéticas foram levantados 19 caracteres tegumentares (padrões de plumagem) e três vocais. Quatro árvores igualmente parcimoniosas foram obtidas. A topologia do consenso estrito não foi muito bem resolvida; nela o monofiletismo do gênero Cyphorhinus foi corroborado, C. t. thoracicus e C. t. dichrous formam um clado que é grupo irmão dos demais táxons do gênero Cyphorhinus e os complexos C. phaeocephalus e C. arada formam um grupo monofilético. A análise biogeográfica revelou que as relações entre as espécies de C. arada e suas áreas de endemismos correspondentes são pouco suportadas por estudos anteriores. Por isso, recomenda-se a utilização de outros dados de origens diversas, como molecular ou osteológica, para que uma melhor resolução das afinidades filogenéticas dos táxons reconhecidos neste estudo seja alcançada / The genus Cyphorhinus is a member of the Troglodytidae family, and their species range from Honduras, in Central America, to the North of Mato Grosso in Brazil and Northern Bolivia. Currently the genus comprises three species: C. thoracicus; C. phaeocephalus and C. arada. The C. arada complex is endemic form the Amazon forest and has eight recognized subspecies: C. a. arada, C. a. salvini, C. a. modulator, C. a. transfluvialis, C. a. interpositus, C. a. griseolateralis, C. a. urbanoi and C. a. faroensis. A large geographical variation has been detected in this group, both in plumage patterns and in the vocalizations; however, no extensive taxonomic review has been done so far. This genus also has eight other taxa, six in the C. phaeocephalus complex and two subordinates to C. thoracicus. A phylogeny encompassing the relationship of the three species of this genus has never been proposed. The objective of this project was to review the taxonomy of the Cyphorhinus arada complex based on morphological and vocal characters, as well as to propose a complete phylogenetic hypothesis of the Cyphorhinus genus. It has been analyzed 672 specimens and 179 tape-recordings of the entire genus. The taxonomic revision revealed that the C. arada complex could be divided into six diferent phylogenetic species; C. a. urbanoi and C. a. faroensis were synonymized into C. arada and the remaining subspecies (transfluvialis, modulator, salvini, interpositus and griseolateralis) had morphological and vocal characters that allowed us to consider them as a valid species. The geographic distribution pattern of these six species followed nearly the same pattern of the Amazonian areas of endemism. For the phylogenetic analyses, 19 integumentary (color patterns) and three vocal characters were assembled. Four equally parsimonious trees were obtained. The topology of strict consensus cladogram presented many polytomies; on it the monophyly of the genus was corroborated, C. t. thoracicus and C. t. dichrous form a clade that is the sister group of the remaining taxa as well as the C. phaeocephalus and C. arada complexes forms a monophyletic group together. The biogeographic analysis revealed that the relationship between the species of the C. arada complex and their corresponding areas of endemism are poorly supported by previous studies. Therefore, it is recommended to use other data from different sources, such as molecular and osteological, for a better understanding of the phylogenetic affinities of the valid taxa recognized in this study

A tribo Chauliognathini, na atual definicão, é composta por ca. 650 espécies em 14 gêneros: Chauliognathus, Daiphron, Microdaiphron, Malthesis, Psilorhynchus, Belotus, Maronius, Paramaronius, Maroniodes, Lobetus, Pseudolobetus, Macromalthinus, Malthoichthyurus e Malthinocantharis - estes dois últimos considerados incertae sedis. Caracteriza-se, principalmente, pela forte assimetria do abdômen e genitália dos machos, presença de sutura epistomal e ausência de esporões tibiais. Tradicionalmente, a classificação da subfamília Chauliognathinae e suas duas tribos era baseada principalmente no comprimento dos élitros: os gêneros de élitros longos eram agrupados em Chauliognathini, enquanto os de élitros curtos eram posicionados em Ichthyurini. Na atual classificação os gêneros foram redistribuídos e as tribos definidas com base na morfologia dos segmentos genitais e genitálias dos machos. Para testar a monofilia de Chauliognathini e verificar as relações entre seus gêneros foi feita uma análise cladística da tribo com 138 caracteres morfológicos envolvendo 45 espécies representantes de todos os gêneros de Chauliognathini e alguns de Ichthyurini, Silinae e Cantharinae. Foram encontradas 48 árvores igualmente mais parcimoniosas, com 341 passos de transformação. Demonstrou-se que Chauliognathini não é monofilética. Dois clados principais foram encontrados, agrupando os gêneros de acordo com a classificação tradicional de Chauliognathinae. O clado que representa a tribo Ichthyurini surge dentre os gêneros de Chauliognathini de élitros curtos. Os gêneros Chauliognathus, Daiphron, Malthesis, Belotus e Lobetus também são parafiléticos. Malthopterus pertence ao grupo formado pelos gêneros de élitros longos, enquanto Malthinocantharis deve ser excluído de Chauliognathini e posicionado em Silinae / The tribe Chauliognathini, in its current definition, is composed of approximately 650 species in 14 genera: Chauliognathus, Daiphron, Microdaiphron, Malthesis, Psilorhynchus, Belotus, Maronius, Paramaronius, Maroniodes, Lobetus, Pseudolobetus, Macromalthinus, Malthoichthyurus e Malthinocantharis - the two latter as incertae sedis. They are characterized by the strong asimmetry of the abdomen and male genitalia, presence of an epistomal suture and absence of tibial spurs. Traditionally, the classification of the subfamily Chauliognathinae and its two tribes were based mainly on elytral length: long-elytra genera were grouped in Chauliognathini, while short-elytra genera were classified in Ichthyurini. On present classification, the genera were redistributed and the tribes were defined based on the morphology of male genital segments and genitalia. To test the monophyly of Chauliognathini and to verify the relationships among its genera, it was conducted a cladistic analysis of the tribe with 138 morphological characters involving 45 species representative of all the genera of Chauliognathini, and some of Ichthyurini, Silinae and Cantharinae. The 48 equally most parsimonious trees (length=341) showed that Chauliognathini is not monophyletic. Two main clades were found, grouping the genera according to the traditional classification of Chauliognathinae. The clade that represents the tribe Ichthyurini is retrieved in a clade composed by the short-elytra genera of Chauliognathini. The genera Chauliognathus, Daiphron, Malthesis, Belotus and Lobetus are also paraphyletic. Malthopterus belongs to the group composed by long-elytra genera, while Malthinocantharis must be excluded from Chauliognathini and positioned in Silinae

O gênero Scrupocellaria senso lato (Família Candidae) compreende Ca. 92 espécies, 20 fósseis e 72 recentes. Muitas dessas espécies são morfologicamente semelhantes ou tratadas como tendo grande plasticidade morfológica, as quais consequentemente têm ampla distribuição mundial. Embora o gênero tenha uma longa história taxonômica e seus representantes sejam abundantes e comuns desde as regiões entremares até mais de 1,000 metros de profundidade, estudos taxonômicos do gênero são escassos. Os objetivos desse estudo são: (i) realizar o levantamento das espécies de Scrupocellaria, (ii) delimitar a variação morfológica intraespecífica das espécies, (iii) analisar a morfologia comparada de Scrupocellaria visando propor uma hipótese de relações filogenéticas entre as espécies do gênero. O estudo inclui colônias coletadas em vários pontos da costa brasileira, bem como espécimes depositados em coleções científicas nacionais e internacionais. Alguns espécimes foram selecionados para observação em Microscópio Eletrônico de Varredura. Entre os espécimes estudados foram incluídos 32 holótipos, sintipos de 22 espécies e 1 lectótipo. Várias estruturas morfológicas foram utilizadas pela primeira vez na distinção dos táxons, e.g. forma da superfície dos rizoides, tamanho dos vibraculários basais, tamanho e forma dos aviculários frontais e laterais. O lectótipo de Scrupocellaria reptans foi escolhido para redefinir a identidade dos espécimes descritos por Carolus Linnaeus, distintos de uma nova espécie descrita para o Mar do Norte pela forma do escudo, tamanho dos zooides e rizoides cilíndricos sem ganchos em sua superfície. Scrupocellaria jolloisii é relatada pela primeira vez no Atlântico e classificada no gênero Licornia, nome que é ressuscitado para incluir outras 9 espécies: Licornia annectens n. comb., Licornia cervicornis n. comb., Licornia cyclostoma n. comb., Licornia diadema n. comb., Licornia ferox n. comb., Licornia gaspari n. comb., Licornia longispinosa n. comb., Licornia macropora n. comb. e Licornia prolata n. comb. Um novo gênero, N.gen.1, é criado para acomodar Scrupocellaria bertholletii (Audouin, 1826). Outras 26 espécies, 19 das quais descritas como novas, são classificadas em N.gen.1, e uma chave dicotômica para as espécies do gênero é apresentada. Um estudo filogenético, baseado em 35 caracteres morfológicos de 84 espécies de Candidae, indica que o gênero Scrupocellaria compreende um táxon polifilético e que o gênero N.gen.1 é monofilético. Scrupocellaria \'sensu stricto\' é redefinido utilizando quatro características morfológicas: câmara vibracular com sulco do vibráculo curvo e obliquo, ectooécio com fenestra frontal, 2 vibraculários axiais e opérculo membranoso com margem distal distinta. Assim, Scrupocellaria \'sensu stricto\' inclui 10 espécies: Scrupocellaria aegeensis, Scrupocellaria delilii, Scrupocellaria harmeri, Scrupocellaria incurvata, Scrupocellaria inermis, Scrupocellaria intermedia, Scrupocellaria jullieni, Scrupocellaria minuta, Scrupocellaria scrupea, e Scrupocellaria scruposa. Cinco gêneros são criados para acomodar outras espécies classificadas anteriormente como Scrupocellaria, distintos pela forma do escudo e espinhos orais, forma do vibraculários e forma dos ovicelos. O presente estudo revelou uma diversidade ainda desconhecida para vários grupos de Candidae, e mostra a necessidade de mais estudos sobre a taxonomia e filogenia da família, para a melhor compreensão da distribuição, variação morfológica e relação filogenética entre os táxons / The genus Scrupocellaria sensu lato (Family Candidae) comprises about 92 species, 20 fossil and 72 Recent. Many of the species are morphologically similar or have been treated taxonomically as having a high degree of morphological plasticity, with distributions of many of the species being reported to be \"worldwide\". Despite the long taxonomic history of Scrupocellaria and its occurrence in habitats ranging from intertidal to deep water, taxonomic studies of the genus are scarce. Therefore the purpose of this study was: (i) to carry out a species survey of Scrupocellaria, (ii) to delimit the intraspecific morphological variations of species, (iii) to analyze the comparative morphology of Scrupocellaria in order to propose a hypothesis of phylogenetic relationships between species of the genus. This study included both colonies collected in various localities on Brazilian coast and material of non-Brazilian species deposited at scientific collections around the world. All specimens were studied by light microscopy. Some specimens were also chosen for study with the scanning electron microscope. Specimens studied included holotypes of 32 species, syntypes of 22 species and 1 lectotype. Some morphological characters were used for the first time to distinguish taxa, e.g. rhizoidal surface, size of abfrontal vibracula, and shape of lateral and frontal avicularia. The lectotype of Scrupocellaria reptans was selected to redescribe and define the identity of the type species of Scrupocellaria from specimens described by Carolus Linnaeus, and to show its distinction from a newly described species from North Sea by means of the shape of scuta, size of zooids and, occurence of rhizoids with retroussé hooks. Scrupocellaria jolloisii is reported by first time in the Atlantic Ocean and placed in the genus Licornia, a name resurrected to acommodate 9 species formerly placed in Scrupocellaria: Licornia annectens n. comb., Licornia cervicornis n. comb., Licornia cyclostoma n. comb., Licornia diadema n. comb., Licornia ferox n. comb., Licornia gaspari n. comb., Licornia longispinosa n. comb., Licornia macropora n. comb. e Licornia prolata n. comb. A new genus, N.gen.1, is described to include Scrupocellaria bertholletii. Twenty-six species, 19 of them described as new, are assigned to N.gen.1, and a taxonomic key for species of that genus is presented. A phylogenetic study using 35 morphological characters of 84 Candidae species suggests that the genus Scrupocellaria is a polyphyletic taxa and the genus N.gen.1 is a monophyletic taxa. Scrupocellaria \'sensu stricto\' is redefined according to four morphological features: vibracular chamber with curved setal groove, ooecium with a single ectooecial fenestra, two axillary vibracula and a membranous operculum with a distinct distal rim. Thus Scrupocellaria \'sensu stricto\' includes 10 species: Scrupocellaria aegeensis, Scrupocellaria delilii, Scrupocellaria harmeri, Scrupocellaria incurvata, Scrupocellaria inermis, Scrupocellaria intermedia, Scrupocellaria jullieni, Scrupocellaria minuta, Scrupocellaria scrupea, and Scrupocellaria scruposa. Five genera are erected to include other species previously assigned to Scrupocellaria; they are distinct in the shape of scuta and oral spines, the shape of vibracular chamber and the surface of ovicells. The study revealed a high diversity in some groups of Candidae and the necessity of additional studies on taxonomy and phylogeny of the family to provide a better understanding of distributions, morphological variation, and phylogenetic relationships between the taxa

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-03-17Bitstream added on 2014-06-13T18:41:09Z : No. of bitstreams: 1 hernandes_fa_dr_sjrp.pdf: 12326390 bytes, checksum: 590f8fc7266599e4600961fbb0d81684 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Tetranychidae é uma importante família de ácaros exclusivamente fitófagos, atualmente com 1.257 espécies, sendo que algumas delas causam os mais severos danos à agricultura. Em decorrência disso, muita atenção tem sido dada aos seus aspectos biológicos, mas poucos trabalhos enfocam sua história evolutiva e relações de parentesco. Diversos gêneros já foram incluídos na tribo Eurytetranychini, entretanto, baseando-se em especulações, e não em estudos filogenéticos abrangentes que demonstrassem a evolução e homologia entre diferentes estados de caráter. Faz-se necessária, portanto, uma análise cladística para as espécies dessa tribo, de modo a se desvendar a importância dos diversos caracteres morfológicos utilizados na separação de táxons desse grupo, tentando reconstituir as relações de parentesco entre suas espécies. Neste trabalho, apresentamos a primeira hipótese de relacionamento filogenético entre as espécies dos gêneros Aponychus, Paraponychus e Stylophoronychus. A análise forneceu apenas uma árvore mais parcimoniosa (L= 135; IC= 45; IR= 82). Embora o monofiletismo do grupo interno tenha sido confirmado, os gêneros deste grupo revelaram-se parafiléticos quanto às suas relações internas. A presença de algumas politomias no cladograma foi constante, mesmo após pesagem de caracteres. Com base nas análises morfológica, filogenética, de ocorrência geográfica e de hospedeiros, conclui-se que várias espécies desse grupo devem ser sinonimizadas: Aponychus aequilibris com A. corpuzae; Paraponychus incanus com P. corderoi; S. baghensis com S. nakaoi; A. bambusae e S. lalli com S. vannus. Outras espécies provavelmente devem ser sinonimizadas com A. rarus, mas isso não pôde ser confirmado porque a análise do material tipo de A. rarus não foi possível: A. expansus, A. grandidieri, A. lupus, A. parydrus e A. sulcatus. Muitas espécies... / Tetranychidae is an important family of strictly phytophagous mites, comprising currently of 1,257 species, some of which cause severe damage to crops. As a result, much attention has been paid to their biological aspects, meanwhile only a few papers emphasize their evolutionary history and relationships. Several genera have been included in the tribe Eurytetranychini, however, based on speculations rather than phylogenetical studies that depicted their evolution and homology between character states. Therefore, a thorough cladistic analysis is needed for the species of this tribe, throwing light into the evolution of morphological characters, and attempting to reconstruct the evolutionary history between these species. We present here the first hypothesis of phylogenetic relationship for species of the genera Aponychus, Paraponychus and Stylophoronychus. The analysis returned only a single most parcimonious tree (L= 135; CI= 45; RI= 82). Although the monophyly of the ingroup was confirmed, the genera within this group revealed paraphyletic for their internal relationships. Some polytomies were constantly found, even after character weighting. Basing on the morphology, phylogeny, geographical occurence and host association, we concluded that several species must be put into synonymy: Aponychus aequilibris with A. corpuzae; Paraponychus incanus with P. corderoi; S. baghensis with S. nakaoi; A. bambusae and S. lalli with S. vannus. Other species that probably should also be synonymyzed with A. rarus are A. expansus, A. grandidieri, A. lupus, A. parydrus and A. sulcatus; this hypothesis could not be confirmed because the analysis of the types of A. rarus was not possible. Several species were described based on a small number of specimens, and we concluded that their diagnosis merely reflects individual differences such as the relative length of some dorsal setae... (Complete abstract click electronic access below)

Resumo: A família gondwânica Anostostomatidae (Orthoptera, Ensifera, Stenopelmatoidea) foi até recentemente objeto de pouco entendimento taxonômico. Na Neotropica, ocorrem quatro subfamílias de Anostostomatidae (Orthoptera, Ensifera, Stenopelmatoidea), dentre as quais, Lutosinae, cujo gênero-tipo é Lutosa Walker, 1869. Espécies do gênero Lutosa provenientes de vários pontos da mata atlântica brasileira - sobretudo na região costeira - nos Estados da Bahia, Minas Gerais, Espírito Santo, Rio de Janeiro, São Paulo, Paraná, Santa Catarina e Rio Grande do Sul foram analisadas do ponto de vista taxonômico e filogenético com base na morfologia corporal externa, do complexo fálico e espermateca. Das vinte e nove espécies estudadas, três já haviam sido descritas, as demais receberam nomes provisórios para a facilidade de referência. Através do método cladístico, uma análise filogenética das espécies foi realizada. Uma chave dicotômica de identificação é proposta para todas as espécies examinadas e dados preliminares sobre hábitos, ecologia e comportamento de espécies de Lutosa são fornecidos / Abstract: The gondwanic family Anostostomatidae (Orthoptera, Ensifera, Stenopelmatoidea) has received, up to recent times, scanty taxonomic attention. In the new world tropics, four of its subfamilies are found, among which is the Lutosinae, erected for Lutosa Walker, 1869. Species of Lutosa from several localities of the Brazilian Atlantic Forestespecially from its coastal region- of the states of Bahia, Minas Gerais, Espírito Santo, Rio de Janeiro, São Paulo, Paraná, Santa Catarina and Rio Grande do Sul were analysed from the taxonomic and phylogenetic stand point based on external body morphology and phallic complex. Of the 29 species which were recognized, only 3 were previously described; the remaining are new to science and their descriptions are presented. A cladistic analysis of the assemblage was carried out using species of several new (undescribed) genera of neotropical Lutosinae as outgroup to polarize the characters. A dicotomic identification key for the species was elaborated and preliminary preliminary data on habits, ecology and behavior are offered / Orientador: Ricardo Cardoso Benine / Coorientador: Francisco de Assis Ganeo de Mello / Banca: Maria Katia Matiotti da Costa / Banca: Carmem Silvia Fontanetti Christofoletti / Banca: Silvio Shigueo Nihei / Banca: Isabela Maria Piovesan Rinaldi / Doutor

Submitted by Lizane Melo (melolizane@gmail.com) on 2018-12-03T18:12:00Z No. of bitstreams: 3 Dissertação final_Lizane Melo.pdf: 3727408 bytes, checksum: 95dc164133295e5c4c463507ad354409 (MD5) Ata de defesa_Lizane Melo.pdf: 391281 bytes, checksum: 8f504835fee8e1e23a4bc509da63a8fb (MD5) CartaEncaminhamentoAutodepósito.pdf: 70486 bytes, checksum: ae73e23eb4b8fe75bfbb535275f2f62a (MD5) / Approved for entry into archive by PPGZOOL Zoologia (ppgzoo.ufam@gmail.com) on 2018-12-06T15:40:02Z (GMT) No. of bitstreams: 3 Dissertação final_Lizane Melo.pdf: 3727408 bytes, checksum: 95dc164133295e5c4c463507ad354409 (MD5) Ata de defesa_Lizane Melo.pdf: 391281 bytes, checksum: 8f504835fee8e1e23a4bc509da63a8fb (MD5) CartaEncaminhamentoAutodepósito.pdf: 70486 bytes, checksum: ae73e23eb4b8fe75bfbb535275f2f62a (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-12-06T18:21:38Z (GMT) No. of bitstreams: 3 Dissertação final_Lizane Melo.pdf: 3727408 bytes, checksum: 95dc164133295e5c4c463507ad354409 (MD5) Ata de defesa_Lizane Melo.pdf: 391281 bytes, checksum: 8f504835fee8e1e23a4bc509da63a8fb (MD5) CartaEncaminhamentoAutodepósito.pdf: 70486 bytes, checksum: ae73e23eb4b8fe75bfbb535275f2f62a (MD5) / Made available in DSpace on 2018-12-06T18:21:38Z (GMT). No. of bitstreams: 3 Dissertação final_Lizane Melo.pdf: 3727408 bytes, checksum: 95dc164133295e5c4c463507ad354409 (MD5) Ata de defesa_Lizane Melo.pdf: 391281 bytes, checksum: 8f504835fee8e1e23a4bc509da63a8fb (MD5) CartaEncaminhamentoAutodepósito.pdf: 70486 bytes, checksum: ae73e23eb4b8fe75bfbb535275f2f62a (MD5) Previous issue date: 2018-07-17 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / The Amazon is home to a high biological diversity, which has attracted researchers since the 19th century. Although, the actual number of species occurring in the Amazon, and the processes responsible for the origin and maintenance of this great diversity, are still widely debated. Much of what is known of the Amazon herpetofauna is related to non-floodable forest areas; little is known about diversity in seasonally flooded environments. For amphibians a mode of dispersion in flooded forests can occur through macrophyte banks. These aquatic plant communities are considered to be the most densely populated habitats in the várzea water bodies. Generally, in amphibians, the dispersion movements are of short distances. Longdistance dispersions are not common, but important for population expansion, colonization of new habitats, and gene flow. Dendropsophus walfordi occurs in the central region and further north of the Amazon Basin in Brazil, in flooded environments associated with macrophytes. In this work we used morphometric data to evaluate if there are significant morphological differences between the sampled populations, as well as gene mtDNA 16S sequence data, to evaluate the distribution pattern of the genetic variability of the species. Considering that Dendropsophus walfordi occurs in macrophytic banks our null hypothesis is that populations are panmíticas throughout their distribution, since the dislocations of the macrophyte banks would facilitate the gene flow. To verify patterns of morphological divergence a PCA was performed. The mtDNA 16S gene was sequenced from 64 individuals distributed in 10 locations. Bayesian inferences were used to investigate the number of real populations. Population structure was obtained through the AMOVA and demographic events were investigated via Tajima D and Fu Fs. The index of genetic diversity was also calculated. In addition, considering the lack of phylogenetic relationships for the species of the group Dendropsophus microcephalus of which D. walfordi is a part, we incorporated this approach in the present work using as strategy the obtaining of all mtDNA 16S sequences deposited in GenBank for the species of the group, taking species of the group Dendropsophus leucophyllatus as an external group. The analysis of the main components showed that there are no apparent phenotypic differences among the populations of D. walfordi. Neutrality tests showed population expansion, and AMOVA revealed high levels of population structure. Although there is no relationship between genetic distance and geographic distance, some other factor such as river barriers may be contributing to these levels of structuring. Considering the database obtained, we also explore the phylogenetic relationships of D. walfordi with the other species of the group D. microcephalus. The results of the maximum likelihood analysis indicated little resolution (low support) for the confirmation of the monophyletic group D. microcephalus and, interestingly, the species D. walfordi and D. nanus showed to be paraphyletic and the brother group of D. coffea, the which suggests that D. walfordi is synonymous with D. nanus. / A Amazônia abriga uma alta diversidade biológica, que atrai pesquisadores desde o século XIX. Porém, o número real de espécies que ocorrem na Amazônia, e os processos responsáveis pela origem e manutenção dessa grande diversidade, ainda são amplamente debatidos. Muito do que se conhece da herpetofauna amazônica está relacionado às áreas de floresta não inundáveis; pouco se sabe sobre a diversidade nos ambientes sazonalmente alagados. Para os anfíbios um modo de dispersão nas florestas alagadas pode se dar através dos bancos de macrófitas. Essas comunidades de plantas aquáticas são consideradas os habitats mais densamente populosos nos corpos de água da várzea. Geralmente, em anfíbios, os movimentos de dispersão são de curtas distâncias. Dispersões em longa distância não são comuns, porém importantes para a expansão populacional, colonização de novos habitats e fluxo gênico. Dendropsophus walfordi ocorre na região central e mais ao norte da Bacia Amazônica no Brasil, em ambientes alagados associados às macrófitas. Nesse trabalho utilizamos dados morfométricos para avaliar se existem diferenças morfológicas significantes entre as populações amostradas, e também dados de sequência do gene mtDNA 16S, para avaliar o padrão de distribuição da variabilidade genética da espécie. Considerando que Dendropsophus walfordi ocorre nos bancos de macrófitas nossa hipótese nula é de que as populações são panmíticas ao longo de sua distribuição, uma vez que os deslocamentos dos bancos de macrófitas facilitariam o fluxo gênico. Para verificar padrões de divergência morfológica foi realizada uma PCA. Foi sequenciado o gene mtDNA 16S de 64 indivíduos distribuídos em 10 localidades. Foram utilizadas inferências Bayesianas para investigar o número de populações reais. A estrutura de populações foi obtida por meio da AMOVA e eventos demográficos foram investigados via testes D de Tajima e Fs de Fu. Também foi calculado o índice de diversidade genética. Adicionalmente, considerando a inexistência das relações filogenéticas para as espécies do grupo Dendropsophus microcephalus do qual faz parte D. walfordi, incorporamos essa abordagem no presente trabalho usando como estratégia a obtenção de todas as sequências de gene mtDNA 16S depositadas no GenBank para as espécies do grupo, tendo espécies do grupo Dendropsophus leucophyllatus como grupo externo. A análise dos componentes principais mostrou que não há diferenças fenotípicas aparentes entre as populações de D. walfordi. Os testes de neutralidade mostraram expansão populacional, e a AMOVA revelou níveis altos de estruturação populacional. Apesar de não haver relação entre a distância genética e distancia geográfica, algum outro fator como barreiras fluviais podem estar contribuindo para esses níveis de estruturação. Considerando o banco de dados obtidos, também exploramos as relações filogenéticas de D. walfordi com as outras espécies do grupo D. microcephalus. Os resultados da análise de Máxima Verossimilhança indicaram pouca resolução (baixo suporte) para a confirmação do monofiletismo do grupo D. microcephalus e, interessantemente, as espécies D. walfordi e D. nanus mostraram-se parafiléticas e grupo irmão de D. coffea, o que sugere que D. walfordi seja sinônimo de D. nanus. / Em anexar um novo arquivo e ter que refazer todas as etapas novamente para isso.

Neste trabalho, efetuamos uma revisão morfológica e sistemática das espécies do gênero Lepidotes Agassiz, 1832 do Mesozóico brasileiro, comparando-as com outras espécies de Lepidotes e outros Seminiotidae de diversas localidades estrangeiras. Apresentamos, ainda, a distribuição biogeográfica do gênero durante o Mesozóico, dando maior ênfase às ocorrências nas bacias sedimentares brasileiras, procurando estabelecer correlações entre as unidades estratigráficas. O material estudado consta, em sua maioria, de exemplares incompletos, escamas, dentes e/ou elementos ósseos desarticulados, provenientes das bacias sedimentares do Nordeste brasileiro. Lepidotes piauhyensis Roxo & löfgren, 1936 é a espécie que apresenta um maior número de espécimens completos ou, pelo menos, com complexos anatômicos passíveis de descrição. Este fato permitiu uma redescrição detalhada desta espécie, revelando estruturas anatômicas previamente desconhecidas, destacando-se os elementos do arco hióide e do suspensório mandibular, o que resultou na elaboração de uma diagnose com, pelo menos, uma autapomorfia e na proposta de uma sinapomorfia com Lepidotes gloriae Thies, 1989. Lepidotes roxoi Silva Santos, 1953, Lepidotes souzai Woodward, 1908 é uma espécie nova da Bacia de Sergipe-Alagoas também apresentam esqueletos parcialmente completos, permitindo uma descrição razoável de seus espécimens. Realizamos um minucioso estudo morfo-histológico das escamas articuladas e/ou isoladas. Duas microestruturas presentes nestas escamas, canalículos de Williamson e osteócitos, receberam um tratamento estatístico, indicando que os osteócitos representam, em termos quantitativos, uma caráter taxonômico diagnóstico. As escamas foram também analisadas no Microscópio Eletrônico de Varredura, com o objetivo de caracterizar os microtubérculos presentes na superfície da camada de ganoína. Esta análise revelou uma diferença mais significativa na densidade ) média destes microtubérculos entre as espécies estudadas. Como as escamas de Semionotidae são estruturas muito frequentes no registro fossilífero, consideramos relevante discutir, em detalhe, sua origem e estrutura. Tal discussão pode ser encontrada no Capítulo 15 desta Tese. Cerca de 21 dentes desarticulados de Lepidotes sp. (da Bacia do Recôncavo) foram analisados morfo-histologicamente, revelando detalhes interessantes na constituição mineralógica da camada de acrodina, que devem estar relacionadas a um tipo de dente triturador. Com base, principalmente, na dentição dos Seminotidae, elaboramos um estudo detalhado sobre hábitos alimentares do grupo (Capítulo 19). Para os exemplares inéditos aqui estudados, abrangendo escamas e dentes isolados e um crânio quase completo com parte da porção pós-cefálica, não foi proposto um status específico. A espécie Lepidotes llewellyni Silva Santos, 1953 foi aqui proposta como sinônimo de Lepidotes souzai, uma vez que foi descrita com base em material incompleto, constituído principalmente por escamas articuladas. Estas escamas são muito semelhantes às de Lepidotes souzai, quanto à morfologia e à ornamentação da camada de ganoína, representada por cristais e sulcos. As espécies Lepidotes mawsoni Woodward, 1888, Lepidote oliverai Silva Santos, 1969 e Lepidotes dixseptiensis Silva Santos, 1963 foram consideradas válidas, tendo como base não só morfologia externa das escamas, mas também sua microestrutura e as características dos tubérculos presentes na superfície externa da ganoína. A espécie Araripelepidotes temnurus (Agassiz, 1841), por não se tratar do objeto central desta Tese, não foi detalhadamente estudada. Porém, apresentamos, pela primeira vez, uma descrição de seu esqueleto caudal. Considerando a morfologia externa de algumas espécies de Semionotidae, Lepisosteidae e Amiidae, famílias cujas relações fologenéticas ainda não se encontram (continuação) estabelecidas e fazendo parte do antigo grupo \"Holostei\", realizamos um estudo de morfometria comparada, copm o objetivo de verificar se tais famílias poderiam ser discriminadas através de métodos de estatística multivariada. Os resultados deste estudo foram publicados em um artigo, cuja separata foi incluída no Apêndice 8 desta Tese. Devido à grande controvérsia que ainda existe sobre o posicionamento filogenético e as inter-relacões dos Semionotidae, sobretudo no que diz respeito ao Gênero Lepidotes, apresentamos uma proposta das relações fiologenéticas desta família, considerando preliminarmente 13 táxons. Esta proposta será ampliada e discutida em futuros trabalhos. / ln this work, we bring about a methodological and systematic revision of the species belonging to the genus Lepidotes Agassiz, 1832 from the Brazilian Mesozoic, comparing them to other species of Lepidotes and other Semionotidae from several foreign localities. We also present the geographic distribution of the genus during the Mesozoic, giving more emphasis to the occurrences in the Brazilian sedimentary basins, in an attempt to establish correlations among the stratigraphic units. The material studied consists mostly of incomplete specimens, scales, teeth, and/or disjointed bony elements, coming from the sedimentary basins of Northeastern Brazil. Lepidotes piauhyensis Roxo & Löfgren, 1936 is the species that presents the greatest number of complete specimens or at least anatomical complexes amenable to description. This fact allowed a detailed redescription of this species, unravelling previously unknown anatomical structures, especially the hyoid arch and the suspensorium, what resulted in the elaboration of a diagnosis with at least one autapomorphy and the presence of a synapomorphy with Lepidotes gloriae Thies, 1989. Lepidotes roxoi Silva Santos, 1953, Lepidotes souzai Woodward, 1908, and a new species of the Sergipe-Alagoas Basin also present partially complete skeletons, allowing a reasonable description of their specimens. We accomplished a meticulous histo-morphological study of the articulated and/or isolated scales. The microstructures present in these scales, canalicules of Williamson and osteocytes, received a statistical treatment, showing that the osteocytes represent, in quantitative terms, a diagnostic taxonomic character. The scales were also analyzed under the Scanning Electronic Microscope, with the aim of characterize the microtubercles present on the external surface of the ganoine layer. This analysis disclosed the average density of microtubercles as the most significant difference among the studied species. As the scales of Semionotidae are very frequent structures in the fossil record, we consider important to discuss in detail their origin and structure. Such a discussion can be found in Chapter 15 of this thesis. About 21 disarticulated teeth of Lepidotes sp. (from the Recôncavo Basin) were analyzed histo-morphologically, showing interesting details in the mineralogical constitution of the acrodin layer, that may be related to the crushing-type teeth. Mainly on the basis of the dentition of the Semionotidae, we elaborated a detailed study on the feeding habits of the group (Chapter 19). A specific status was not proposed for the new specimens here studied, comprising scales and isolated teeth, as well as an almost complete skull with part of the postcephalic region. The species Lepidotes llewellyni Silva Santos, 1953 has been proposed here as a synonym of Lepidotes souzai since it was described on the basis of incomplete material, consisting mainly of articulated scales. These scales are very similar to those of Lepidates souzai, regarding the morphology and ornamentation of the ganoine layer, represented by ridges and grooves. The species Lepidotes mawsoni Woodward, 1888, Lepidotes oliveirai Silva Santos, 1969 and Lepidotes dixseptiensis Silva Santos, 1963 were considered as valid, on the basis of not only the external morphology of the scales, but also their microstructure and the characteristics of the tubercles present on the external surface of the ganoine layer. The species Araripelepidotes temnurus (Agassiz, 1841) was not studied in detail, since it does not constitute the central focus of this thesis. However, we presente for the first time, a description of their caudal skeleton. Regarding the external morphology of some species of Semionotidae, Lepisosteidae, and Amiidae, families with not yet well-established phylogenetic relationships and that comprise the old group \"Holostei\", we performed a comparative morphometric study, with the aim of investigating if such families could be discriminated by means of multivariate statistical methods. The results of this study were published as a paper, a reprint of which was included in Appendix 8 of this thesis. Due to the great controversy that still persists in the phylogenetic position and the interrelationships of the Semionotidae, especially regarding the genus Lepidotes, we present a proposal for the phylogenetic relationships of this family, considering provisionally 13 taxa. This proposal will be expanded and discussed in future articles.

RESUMEN: “Susceptibilidad antifúngica y filogenia molecular de especies del género Fusarium de interés clínico” Fusarium solani, Fusarium oxysporum y Fusarium verticillioides, así como otras especies del género menos frecuentes, son importantes patógenos oportunistas para el hombre, para las cuales aún no existe un tratamiento eficaz. Además, la sensibilidad al tratamiento antifúngico varía en función de la especie, por lo que la identificación a nivel de especie de los aislados clínicos es de gran interés. Sin embargo, esta identificación resulta compleja en base a sus caracteristicas morfológicas. Las nuevas técnicas de biología molecular han permitido facilitar su identificación así como establecer criterios más adecuados para delimitar las diferentes especies del género. Por todo ello, en la presente tesis se ha pretendido: seleccionar los marcadores genéticos más adecuados para la identificación molecular de las especies del género; determinar la existencia de grupos filogenéticos diferenciados entre los aislados de cada una de las especies identificadas y evaluar la actividad in vitro de diferentes antifúngicos, frente a las especies de Fusarium de interés clínico y, averiguar si existen diferencias en cuanto a la sensibilidad antifúngica de los grupos filogenéticos obtenidos. El análisis multigénico realizado con aislados de F. solani ha confirmado que constituye un complejo de especies, que presenta una elevada resistencia frente a todos los antifúngicos ensayados. El análisis del gen del EF-1α ha confirmado la identificación de cuatro grupos filogenéticos dentro del complejo de F. oxysporum que han mostrado diferente sensibilidad antifúngica in vitro frente a la terbinafina. La región TUB del gen de la β-tubulina ha resultado ser un excelente marcador molecular para identificar el resto de especies de interés clínico que, en su mayoría, han mostrado sensibilidad frente a la terbinafina. / Summary: “Antifungal susceptibility and molecular phylogeny of the genus fusarium of clinical interest” Introduction. Fusarium solani, Fusarium oxysporum and Fusarium verticillioides, as well as other less frequent species of the genus, are important opportunists pathogenic to Man for which there is still no effective treatment. In addition, sensitivity to effective antifungal treatments varies depending on species, therefore identification of samples to species level is of primary interest. However, identification on the basis of morphological characteristics can be difficult. New techniques in molecular biology have made identification easier and allowed more adequate criteria to be established in order to delimit the species of the genus. Aims. To select better genetic markers for the molecular identification of the species of the genus, to determine the existence of phylogenetic groups that can delimit samples of each of the species identified, to evaluate the in vitro activity of different antifungals against species of Fusarium of clinical interest, and to find out if there are any differences with respect to the antifungal sensitivity of the phylogenetic groups obtained. Findings. Multigenetic analysis carried out with samples of F.solani have confirmed that it is a species complex that presents a high resistance against all the antifungals tested. The analysis of gene EF-1α has confirmed the identification of four phylogenetic groups within the F.oxysporum complex that have shown different antifungal sensitivity in vitro against terbinafine. The TUB region of the gene of β-tubulina has proven to be an excellent molecular marker for identifying the other species of clinical interest that have shown sensitivity primarily against terbinafine.

Pleurodema (Anura: Leiuperidae) es un género de anuros neotropical que incluye 14 especies reconocidas, distribuidas desde Panamá hasta el extremo austral de América del Sur. Este género resulta una unidad de estudio muy interesante porque presenta especies polimórficas (e.g. Pleurodema thaul, Pleurodema bufoninum) y especies crípticas, diferentes modalidades de amplexo y de oviposición, diferentes niveles de ploidía, etc. Al presente, no existe ningún análisis cladístico que sustente su monofilia ni proponga una hipótesis de relaciones entre sus especies. En el presente estudio se presenta, en primer lugar, una revisión histórica de las especies que incluye Pleurodema y de las relaciones que se han postulado a lo largo de su historia taxonómica. Luego, se realiza una descripción de la morfología externa de cada especie. Para abordar problemática de las especies crípticas (e.g. Pleurodema borellii- Pleurodema cinereum, Pleurodema kriegi-Pleurodema bibroni, Pleurodema guayapae-Pleurodema nebulosum) se realizaron análisis en base a 27 medidas morfométricas. Los resultados obtenidos mediante Análisis de Componentes Principales no permiten identificar variables que inequívocamente posibiliten la diferenciación de cada par de especies crípticas. La osteología frecuentemente es usada en estudios filogenéticos basados en morfología. En consecuencia, se ofrece una descripción detallada de la osteología de cada especie. Luego, se brinda una síntesis de los conocimientos sobre la biología reproductiva de cada especie. De la información obtenida de observaciones propias, sumada a datos bibliográficos, se construyó una matriz de datos para realizar el análisis filogenético de Pleurodema. La matriz incluyó, dentro del grupo interno, a las 14 especies de Pleurodema reconocidas más una entidad relacionada con Pleurodema bibroni pero aún no descripta formalmente. Las 19 especies que conformaron el grupo externos incluyeron 13 Leiuperidae, 2 Leptodactylidae, 3 Cycloramphidae y 1 Cerathoprhyidae, este último usado para enraizar el árbol (un total de 34 terminales). La matriz incluyó 125 caracteres, 84 binarios y 41 multiestado. Los caracteres provienen de las siguientes fuentes de información: 0-18 de morfología externa de adultos, 19-89 de osteología, 90-100 de biología reproductiva y caracteres sexuales secundarios, 101-102 de citogenética, 103-119 de morfología larval y 110-124 de musculatura. El análisis filogenético se realizó con pesos iguales y bajo pesos implicados (con valores de k entre 4 y 10). Las medidas se soporte calculadas corresponden a Soporte absoluto de Bremer, Soporte relativo de Bremer, “Parsimony jackknifing” y “Bootstrapping” para el análisis bajo pesos iguales y “Symmetric resampling” (P= 0,33) para el análisis bajo pesos implicados. En ambos análisis filogenéticos Pleurodema incluye a Somuncuria somuncurensis anidada en su interior. En los análisis con pesos implicados Somuncuria somuncurensis resultó ser la especie hermana de Pleurodema bufoninum, mientras que en los análisis bajo pesos resultó ser la especie basal. En consecuencia, se sugiere el cambio de género de Somuncuria somuncurensis, correspondiendo designarla Pleurodema somuncurensis comb. nov. Por otro lado, la posición filogenética de Pleurodema fuscomaculatum, especie recientemente transferida desde el género Physalaemus, no ha podido ser corroborada debido a la escasa información existente sobre la misma, en especial aquélla referida a los caracteres diagnósticos de Pleurodema. Por último, Se reconoce a Pleurodema borellii y Pleurodema cinereum como dos especies válidas en base a caracteres osteológicos y larvales. Finalmente, se realizó un Análisis Biogeográfico con el fin de conocer la posible área ancestral de Pleurodema y los eventos que generaron su distribución actual. De acuerdo con el método de Optimización de Fitch, el género Pleurodema se habría originado en la Patagonia de Argentina. El Análisis de dispersión-vicarianza (DIVA) explica, mediante una serie de eventos, cómo las especies del género fueron distribuyéndose hacia el norte, alcanzando una amplia distribución en América del Sur. Se describen los eventos que pudieron permitir esta expansión del género.

Made available in DSpace on 2015-04-09T12:28:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-08-01Bitstream added on 2015-04-09T12:48:23Z : No. of bitstreams: 1 000814103.pdf: 1452849 bytes, checksum: f707e4a021ff215d257253f7436bc0c8 (MD5) / As relações evolutivas da Ordem Carnivora são extensivamente estudadas e contraditórias, principalmente entre os caniformes. Embora as filogenias baseadas em dados moleculares tenham feito uma contribuição importante, elas também podem ser comparadas a reconstruções usando outros tipos de caracteres, como comportamentais. O comportamento vem conquistando espaço no cenário da biologia evolutiva, e entre os comportamentos exibidos pelos animais, a autolimpeza se apresenta como uma boa fonte de caracteres filogenéticos. Este estudo teve como objetivo reconstruir uma filogenia das principais Famílias de carnívoros caniformes usando o comportamento de autolimpeza como caractere. Foi criada uma reconstrução filogenética por meio de caracteres moleculares como forma de comparação e evidência adicional. Nas análises comportamentais, excetuando-se os representantes dos grupos externos, uma grande politomia é o resultado para os demais terminais analisados. Os terminais dentro dessa politomia, no entanto, apresentam algumas relações interessantes e com grande sustentação em verificações de bootstrap e jackknife. Os resultados com dados moleculares, nos quais foram empregados setores específicos do gene citocromo b mostraram uma filogenia clássica da Subordem, exceto no que diz respeito à posição do representante da Família Canidae, mas com baixo suporte em verificação bootstrap em alguns ramos, exceto no que diz respeito à posição do representante da Família Canidae. A rápida radiação adaptativa, bem como especiação recente e grande diversidade ecológica dos grupos do estudo representam dificuldades ao se tentar estabelecer o exato relacionamento entre as espécies, independente dos dados biológicos utilizados para reconstrução filogenética. / The evolutionary relationships inside the Order Carnivora are extensively studied and sometimes contradictory, especially among caniforms. Although phylogenies based on molecular data have made a significant contribution, they can also be compared to reconstructions using other types of characters, such as the behavioral ones. Behavior has aided space on the current state of evolutionary biology, and among the various possible behaviors exhibited by animals, grooming is a very good source of phylogenetic characters. Grooming has stereotyped patterns and it has been shown that differences in patterns of grooming are observable between closely related species, which makes it a good source of phylogenetic characters. Thus this study aimed to reconstruct a phylogeny of the major families of caniforms carnivores using the grooming behavior as character. A molecular phylogenetic reconstruction was created for comparison and also as further evidence. In the behavioral reconstruction, except for the representatives of the external groups, it resulted a large polytomy. Terminals within this polytomy, however, present some interesting and highly bootstrap and jackknife supported associations. The results with molecular data, in which specific sectors of the cytochrome b gene were employed, showed a classical phylogeny of the suborder, except for the position of the Canidae‟s representative, but with low bootstrap support in most branches. Rapid adaptive radiation, recent speciation and great ecological diversity of the studied group turn difficult to establish the exact relationship between the terminals, independent of the biological data used.