Orientadores: Gilson Paulo Manfio, Yoko Bomura Rosato / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-26T02:39:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marques_LyriamLoboRosa_D.pdf: 9497226 bytes, checksum: 42897b7a8589db5c3b96f01d72740670 (MD5) Previous issue date: 2000 / Doutorado

Orientadores : Mary Anne Heidi Dolder, Sonia Nair Bao / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-27T21:19:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 LinoNeto_Jose_D.pdf: 12301596 bytes, checksum: a694c954b0c7c97afd944dad5bdff183 (MD5) Previous issue date: 2001 / Resumo: A enorme diversidade morfológica dos espermatozóides tem levado a um extensivo número de estudos taxonômicos e filogenéticos feitos a partir da ultra-estrutura dessas células em diversos grupos animais. Os insetos constituem o maior e mais diverso grupo do reino animal. Sua diversidade está também expressa na morfologia de seus espermatozóides, os quais apresentam um número de variações ultra-estruturais não observado em nenhum outro grupo. Por isso a análise filogenética a partir da morfologia dessas células tem despertado o interesse também de entomologistas sistematas e muitos trabalhos têm sido produzidos em vários grupos de insetos usando esta nova fonte de caracteres. Além da alta diversidade, dados morfológicos a partir dos espermatozóides assume uma maior importância em estudos filogenéticos e taxonômicos por serem de natureza mais conservativa do que aqueles considerados tradicionais. O presente trabalho tem como objetivo fornecer informações morfológicas dos espermatozóides de algumas espécies dessa ordem. Para tanto usamos a microscopia de luz e eletrônica para descrever a estrutura e ultra-estrutura dos espermatozóides de três espécies de Trichogrammatidae, uma de Eurytomidae e duas de Scelionidae. Também fornecemos novos dados ultra-estruturais da região de transição núcleo-flagelo do espermatozóide de Apis Mellifera. Embora, o total de famílias de Hymenoptera cujos espermatozóides estão descritos ainda seja muito pequeno para se fazer uma análise filogenética, nós acreditamos que este estudo confirma a presença de uma variedade de caracteres nestas células que poderão contribuir para o. entendimento das relações evolutivas dos Hymenoptera / Abstract: The almost unlimited morphological diversity of the spermatozoa has led to many taxonomic and phylogenetic studies based on the ultrastructure of these cells in various animal groups. The insects constitute the largest and most diverse group of the animal kingdom and their diversity is also very well expressed by their spermatozoa, which present ultrastructural variations not found in any other group. For this reason, a phylogenetic analysis based on the morphology of these cells has called the attention of systematic entomologists and many studies have been produced in the various insect groups, using this new source of characters. Besides their great diversity, the morphologic data obtained from spermatozoa is particularly important in phylogenetic and taxonomic studies, since in these cells their ultrastructure is more highly conserved than the morphologic characters traditionally considered. In an attempt to contribute to the understanding of hymenopteran phylogeny, the present thesis aims to fumish morphological information of the spermatozoa of some species of this order. Considering this objective, we used the light and electron microscopes to describe the sperm structure and ultrastructure ofthree species ofTrichogrammatidae, one ofEurytomidae and two ofScelionidae. We also fumish new ultrastructural data of the nucleus-flagellum transition zone of Apis mellifera spermatozoa. Although the total number of hymenopteran spermatozoa as yet described is still toa small to permit a phylogenetic study, we believe that this research demonstrates the large variety of characters found in these cells, which will surely contribute towards the understanding of evolutionary relationships ofthe Hymenoptera / Doutorado / Biologia Celular / Doutor em Biologia Celular e Estrutural

Orientador: Yoko bomura Rosato / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-12T01:28:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Mehta_Angela_M.pdf: 3685163 bytes, checksum: 2bf34c4f678301082357bdbb51ae77dc (MD5) Previous issue date: 2000 / Resumo: Xylella fastidiosa é uma bactéria Gram-negativa associada a doenças em culturas de grande importância econômica corno videira, citros, café e ameixa, entre outras. Neste estudo, as relações genéticas de linhagens de X fastidiosa isolada de citros de diferentes regiões geográficas no Brasil foram investigadas. Linhagens de café, videira, ameixa e pêra foram também incluídas para comparação. A diversidade genética foi determinada através de técnicas moleculares, incluindo amplificação de DNA utilizando os primers ERIC, REP e BOX (rep PCR), RFLP do gene RNAr 16S e da região espaçadora DNAr 16S-23S, RAPD e SDS-PAGE de proteínas. Na análise RFLP de DNAr 16S e região espaçadora DNAr 16S-23S, um baixo nível de polimorfismo foi observado. As técnicas de rep-PCR e RAPD revelaram um maior nível de polimorfismo e, além da relação com os hospedeiros, variação entre as linhagens de citros também foi encontrada. linhagens de citros isoladas da região sul, compreendendo os estados do Rio Grande do Sul, Santa Catarina e Paraná formaram um grupo, enquanto que as linhagens isoladas de São Paulo e Sergipe formaram outro grupo. Na análise do perfil de proteínas obtido por SDS-P AGE, uma relação com os hospedeiros também foi revelada. A linhagem de pêra permaneceu distantemente relacionada às demais linhagens de XyleUa em todas as análises. A hibridização DNA:DNA revelou uma homologia acima de 80% para as linhagens de videira, ameixa, citros e café. indicando que essas linhagens pertencem a uma mesma espécie genômica. A linhagem de pêra apresentou uma homologia abaixo de 20%, indicando que esta linhagem não pertence à espécie X fastidiosa. As relações filogenéticas foram determinadas através do sequenciamento de DNAr 165 e região espaçadora DNAr 16S-23S de linhagens de diferentes hospedeiros. As árvores filogenéticas obtidas revelaram dois grupos principais, sendo que as linhagens de citros, café e ameixa formaram um grupo separado das linhagens de videira / Abstract: Xylella fastidiosa is a Gram-negative bacterium associated to diseases in many economically important crops such as grapevine, citrus, coffee and plum. In this study, the genetic relationships among X. fastidiosa strains isolated from citrus in different geographic regions of Brazil was investigated. Strains isolated from coffee, grapevine, plum and pear were also included for comparison. The genetic diversity was investigated using molecular techniques including amplification of DNA using the primers ERIC, REP and BOX (rep-PCR), RFLP of the 16S rDNA and 16S-235 intergenic spacer, RAPD and SDS-PAGE of proteins. RFLP of the 16S rDNA and 165-235 intergenic spacer revealed a low levei of polymorphism. The RAPD and rep PCR techniques showed a higher level of polymorphism, demonstrating the relationships of strains with the hosts and the variation among the citrus strains. Citrus strains isolated from the Southern States including Rio Grande do Sul, Santa Catarina and Paraná, formed one group, whereas strains isolated from the States of São Paulo and Sergipe formed another group. The analysis of the protein profiles obtained by SDS-P AGE also showed a relationship between strains and their hosts. The pear strain was distantly related to the other strains of X. fastidiosa in all the techniques used. DNA:DNA hybridization revealed a homology above 80% for the strains solated from grapevine, plum, citrus and coffee, showing that these strains belong to the same genomic species. The pear strain presented a homology leveI below 20%, indicating that this strain does not belong to the genomic species X. fastidiosa. The phylogenetic relationships among strains from different hosts was assessed by sequence analysis of the 165 rDNA and 16S-23S intergenic spacer. The phylogenetic trees obtained revealed two major c1usters: the citrus, coffee and plum strains formed one cluster, distinct from that formed by the grapevine strains / Mestrado / Genetica de Microorganismos / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Orientador: Maria do Carmo E. do Amaral / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-01T01:50:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Koehler_Samantha_M.pdf: 13470539 bytes, checksum: b362695713c165c10b1e4eae5582aea2 (MD5) Previous issue date: 2001 / Resumo: O complexo Bifrenaria constitui os gêneros sul-americanos Adipe (=Stenocoryne), Bifrenaria (sensu stricto), Cydoniorchis e Rudolfiella, e pode ser caracterizado pela presença de pseudobulbos tetrangulares e unifolados, folhas plicadas, e por flores com um esporão preminente, com um estipe bifurcado. Os objetivos deste estudo foram investigar o monofiletismo do complexo Bifrenaria assim como dos gêneros Adipe (=Stenocoryne), Bifrenaria, Cydoniorchis e Rudolfiella, com base em caracteres morfológicos e macromoleculares; determinar as relações filogenéticas do complexo Bifrenaria; e reavaliar carateres morfológicos tradicionalmente utilizados para delimitar taxa. Dezesseis espécies referentes ao complexo Bifrenaria e seis gêneros relacionados foram amostrados. As matrizes foram analisadas sob o critério de parcimônia. As análises dos conjuntos de caracteres em separado resultaram em árvores com topologias ligeiramente distintas e, por este motivos, nós combinamos os diferentes conjuntos de dados. Os resultados suportam o monofiletismo do complexo Bifrenaria, excluindo-se Rudoljiella, que constitui um gênero distinto e monofilético. Nós consideramos Bifrenaria como um gênero monofilético englobando os gêneros Adipe (=Stenocoryne), Cydoniorchis e Bifrenaria (sensu stricto). Dentro de Bifrenaria, seus dois clados basais são altamente suportados: o clado referente às espécies amazônicas e o clado referentes às espécies do sul-sudeste brasileiro. O gênero Adipe é parafilético. Apesar do gênero Cydoniorchis ser monofilético e apresentar várias sinapomorfias morfológicas, seu reconhecimento demanda muitas mudanças nomenc1aturais e, por isso é proposto o reconhecimento amplo do gênero Bifrenaria. Os resultados também sugerem a origem amazônica do gênero Bifrenaria. A segunda parte deste estudo apresenta o estudo taxonômico do gênero Bifrenaria. Os principais objetivos foram apresentar uma sinopse taxonômica para o gênero Bifrenaria, determinando quais taxa devem ser reconhecidos, as distribuições e quais caracteres tradicionalmenete utilizados para reconhecer espécies são taxonomicamente informativos. São apresentadas chaves de identificação, descrições, mapas de distribuição e ilustrações / Abstract: The Bifrenaria complex constitutes the South American genera Adipe (=Stenocoryne), Bifrenaria (sensu stricto), Cydoniorchis and Rudolfiella, which are characterized by four-angled, unifoliate pseudobulbs, plicate leaves, and by flowers bearing a conspicuous spur and a forked stipe. The aims of the present study were to investigate the monophyly of the Bifrenaria complex as well as the genera Adipe (=Stenocoryne), Bifrenaria, Cydoniorchis and Rudolfiella, based on morphology and DNA sequence data; to determine phylogenetic relationships within the Bifrenaria complex; and to reevaluate morphological characters traditionally used to delimit taxa. Sixteen species ITom the Bifrenaria complex and six related genera were sampled. Matrices were analysed using maximum parsimony. Separa te analyses of data partitions resulted in slight1y different topologies, therefore we combined alI the data sets. The results support the monophyly of the Bifrenaria complex, excluding Rudolfiella, which constitutes a monophyletic and distinct genus. Therefore we consider Bifrenaria a monophyletic genus comprising Adipe (=Stenocoryne), Cydoniorchis and Bifrenaria (sensu stricto). Within Bifrenaria, two clades are strongly supported: the Amazonian species clade and the southem Brazilian clade. The genus Adipe is a paraphyletic grade. Although the genus Cydoniorchis is monophyletic and presents many morphological synapomorphies, the acceptance of this genus would demand many nomenclatural changes. The results also suggest an Amazonian origin for Bifrenaria. In the second part of the study a taxonomic study for the genus Bifrenaria is presented. The main goals of this study were to present a taxonomic synopsis for the genus Bifrenaria, detennining which taxa should be recognized, their distributions and which characters traditionally used to discriminate species are taxonomically informative. Identification keys, descriptions, distribution maps, and illustrations of the species are also provided. / Mestrado / Biologia Vegetal / Mestre em Ciências Biológicas

Orientador : Wanderley Dias da Silveira / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-01T15:56:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lancellotti_Marcelo_M.pdf: 4540941 bytes, checksum: f7f267d28889964ef924c0fe2faf34f0 (MD5) Previous issue date: 2002 / Mestrado

Orientador: Marcos Antonio Machado / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-01T23:04:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Araujo_EdsonFreitasde_D.pdf: 5068256 bytes, checksum: fa4d942ae673b5bdc426571f503d0c31 (MD5) Previous issue date: 2002 / Doutorado

Orientador : Ana Maria Goulart de Azevedo Tozzi / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-02T14:01:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Mansano_VidaldeFreitas_D.pdf: 8569915 bytes, checksum: 599859853e99aaec184eabf74414d338 (MD5) Previous issue date: 2002 / Resumo: O gênero Zollernia Wied.-Neuw. & Nees pertence a família Leguminosae, subfamília Papilionoideae e está situado dentro da tribo Swartzieae, um grupo basal dentro das Papilionoideae. As análises cladísticas sugerem que este gênero esteja situado no ramo Lecointea juntamente com Exostyles, Harleyodendron, Holocalyx, Lecointea e Uribea. O objetivo geral do projeto foi o de revisar a circunscrição das espécies de Zol/ernia e avaliar as relações entre estas e as dos demais gêneros do ramo Lecointea com base nos estudos de morfologia, ontogenia floral e seqüenciamento de DNA. O presente trabalho consiste de três partes: 1) revisão taxonômica do gênero Zollernia, incluindo avaliação da nomenclatura e tipificação, descrição, delimitação e chave de identificação dos táxons infragenéricos.Foram examinados materiais botânicos pertencentes a herbários nacionais e estrangeiros e foram feitas observações de campo. O gênero Zollernia Wied.-Neuw. & Nees caracteriza-se por apresentar espécies arbóreas ou arbustivas, com coro Ias zigomorfas, com 5 pétalas, androceu com 10 estames e hipanto ausente. Tais espécies estão distribuídas ao longo da América do Sul, nas Guianas, Venezuela e no Brasil, onde são encontradas desde o Amazonas até Santa Catarina. Os 20 binômios e as duas variedades foram reduzidos a 10 espécies, sendo uma delas nova. Foram feitas duas sinonimizações e ainda foram registradas duas novas ocorrências para o Brasil. 2) ontogenia floral nos gêneros Exostyles, Harleyodendron, Lecointea e Zol/ernia do ramo Lecointea, com o objetivo de comparar as ontogenias como base para o estudo da evolução floral de Zollernia e de gêneros afins. Foram observados botões florais em diferentes estádios de desenvolvimento em microscópio eletrônico de varredura. Os 4 gêneros aqui estudados apresentam em comum: iniciação das sépalas unidirecional, iniciação dos estames unidirecional em cada verticilo (exceto os estames antepétalos de Exostyles e Lecointea), sobreposição no tempo de iniciação dos dois verticilos de estames e início do carpelo concomitantemente com as pétalas. Características significativas incluem: estivação das pétalas variável de flor para flor em Exostyles, Harleyodendron e Lecointea; formação dos óvulos antes das margens do carpelo se fundirem em Exostyles; início dos estames antepétalos antes dos antisépalos em Exostyles e Lecointea. A última seqüência não foi encontrada em nenhuma outra Leguminosae antes. As seguintes características de desenvolvimento distinguem os quatro gêneros: indumentos abundantes que unem as anteras dando a elas um aspecto de cúpula na antese em Harleyodendron; zigomorfia em Zollemia resultante de três pétalas reflexas ou patentes e duas envolvendo o androceu e gineceu; o desenvolvimento de um hipanto em Exostyles, Lecointea e Holocalyx; sépalas reflexas em Exostyles, Harleyodendron e Zollemia. Os gêneros estudados aqui mostram mais semelhanças com os táxons de Sophoreae do que das demais Swartzieae já estudadas. 3) análise cladística com o objetivo de estudar as relações filo genéticas do ramo Lecointea sensu Herendeen em 1995 e de verificar se este grupo é monofilético. Nós investigamos dados morfológicos e de seqüenciamento de DNA para 30 táxons representando 14 gêneros, incluindo todos os membros do ramo Lecointea e algumas espécies dos gêneros Ateleia, Bocoa, Luetzelburgia, Myrocarpus, Sweetia, Vatairea e Vataireopsis. Duas espécies do gênero Acosmium foram incluídas como grupo externo. As matrizes foram analisadas usando o máximo de parcimônia. Os dados morfológicos, os do seqüenciamento do trnL, e as análises dos dados morfológicos e moleculares combinados resultaram em topologias similares. O ramo Lecointea com a inclusão de Uribea é monofilético. Exostyles e Harleyodendron fazem parte do ramo Lecointea e não do ramo Vatairea como foi recentemente proposto por Pennington et al. em 2001. Os resultados da análise filogenética são comparados com os resultados de ontogenia floral / Abstract: The genus Zollernia Wied.-Neuw. & Nees belongs to the family Leguminosae, subfamily Papilionoideae and is inc1uded in the tribe Swartzieae, a basal group in the Papilionoideae. The c1adistic analysis suggest that this genus is situated in the Lecointea clade with the genera Exostyles, Harleyodendron, Holocalyx, Lecointea e Uribea.The major aim of the present study was to revise the genus Zollernia. We also evaluated the phylogenetic relationships between the genera of the Lecointea c1ade based on morphological, floral ontogenetic and DNA sequencing studies. The present study consists of three parts: 1) A taxonomic survey ofthe genus Zollernia, including an evaluation ofnomenc1ature, descriptions, delimitation and an identification key to the infrageneric taxa. Botanical material belonging to national and foreign herbaria was examined and some field observations made. The genus Zollernia Wied-Neuw. & Nees includes trees and shrubs with a zygomorphic corolla with five petals, an androecium with 10 stamens. The species of Zollernia are distributed in Guiana, Venezuela and Brazil, where it is found from Amazonas to Santa Catarina. A hypanthium is lacking. The 20 binomials and two varieties already described were reduced to 10 species, one of them new. We made two synonymizations and registred two new occurences to Brazil.2) A study of the floral ontogeny in the genera Exostyles, Harleyodendron, Lecointea and Zollernia, with the aim of analysing floral evolution in Zollernia and related genera. Floral buds of different sizes and ages of the members of Lecointea c1ade were observed using scanning electron microscopy. Common features inc1ude: unidirectional sepal initiation, unidirectional initiation of each stamen whorl, overlap in time of initiation of the two stamen whorls, and initiation of the carpel concurrent1y with petals. Significant developmental features inc1ude: variable petal aestivation from flower to flower in Exostyles, Harleyodendron and Lecointea, ovule initiation before the carpel margins are fused in Exostyles, initiation of the antepetalous stamens before the antesepalous ones in Exostyles and Lecointea. The latter sequence has never been found in any other legume before. The following late developmental process distinguish the four genera: copious hairs hold the anthers together as a domelike structure at anthesis in Harleyodendron; zygomorphy in Zollernia results from three petals reflexing and two c1asping the androecium and gynoecium; the late development of a hypanthium in Exostyles, Lecointea and Holocalyx; sepallobes reflexed in Exostyles, Harleyodendron, and Zollernia but not in Holocalyx and Lecointea. The genera studied here are ontogenetically more similar to taxa of Sophoreae than to other Swartzieae that have been investigated. 3) A cladistic analysis of the Lecointea clade with the aim of studying the phylogenetic relationships of the Lecointea c1ade sensu Herendeen (1995) and testing its monophyly which was challenged by Pennington et al. (2001). We investigated morphological and DNA sequence data of 30 taxa representing 14 genera, inc1uding all members of the Lecointea c1ade and some species of the genera Ateleia, Bocoa, Luetzelburgia, Myrocarpus, Sweetia, Vatairea and Vataireopsis. Two species of the genus Acosmium were inc1uded as outgroups. Matrices were analyzed using maximum parsimony. The morphological data, trnL sequence data, and the analyses of the combined data resulted in similar tree topologies. The Lecointea c1ade with the inc1usion of Uribea is monophyletic. Exostyles and Harleyodendron are part of the Lecointea c1ade and not of the Vatairea c1ade as was recent1y proposed by Pennington et al. in 2001. The results of the phylogenetic analyses are compared with those of a study on floral ontogeny / Doutorado / Doutor em Biologia Vegetal

Orientadores: Sonia Nair Bao, Guarino Rinaldi Colli / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-03T17:57:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Teixeira_RuscaiaDias_D.pdf: 17531780 bytes, checksum: 016a58d00cf880db59332986a7801fe0 (MD5) Previous issue date: 2003 / Resumo: Vários estudos têm sido realizados entre os lagartos da família Teiidae, utilizando diversas linhas de evidência morfológicas, sem resolver as relações filogenéticas entre os gêneros dentro das subfamílias Teiinae e Tupinambinae. A utilização de conjuntos de dados morfológicos tradicionais ainda não utilizados (hemipênis, língua e escamas), e dados morfológicos não tradicionais (a ultra-estrutura de espermatozóide) pode dar subsídio para a construção de uma árvore filogenética mais resolvida e provável para o grupo. A proposta do presente trabalho é buscar uma melhor compreensão das relações de parentesco entre os gêneros de teiídeos, avançar os conhecimentos do novo conjunto de dados morfológicos não tradicionais, a ultra-estrutura de espermatozóide, e avaliar a utilidade filogenética desta nova fonte de caracteres no nível genérico. Os estudos comparativos da ultra-estrutura de espermatozóide indicam altos níveis de variabilidade inter e intra-genérica, sugerindo o uso de espécies como táxons terminais, a fim de melhorar as estimativas da filogenia da família. Apesar da filogenia derivada dos conjuntos de dados morfológicos tradicionais e ultraestrutura de espermatozóide apresentar muitas incongruências com os estudos prévios, ela reflete uma melhor estimativa da história filogenética da família devido ao grande número de caracteres empregados. Comparações do grau de congruência entre as filogenias derivadas pelo conjunto de dados morfológicos tradicionais e a ultra-estrutura de espermatozóide, indicam que a ultra-estrutura de espermatozóide é um bom indicador de filogenia da farm1ia Teiidae, apresentando poucas regiões conflitantes e de pouco suporte com a topologia baseada nos conjuntos de dados morfológicos tradicionais / Abstract: Several studies have attempted to clarify the relationship among the teiid genera, based on several types of morphological data sets. Therefore, the relationships among teiid genera are not completely solved. Increase the number of characters, using new sources of characters, the sperm ultrastructure, and additional traditional morphological characters such as hemipenis, scales, and tongue were included to possibly improve the resolution of Teiidae phylogenetic hypotheses. The proposals of this work are (1) to clarify the phylogenetic relationships of teiids, (2) to expand the knowledge on the new data set, sperm ultrastructure, investigating the level of variability in sperm ultrastructure, in order to reveal intergeneric stability of characters, and (3) to evaluate the usefulness of sperm ultrastructure characters in phylogenetic reconstruction at the generic level. Comparative studies among teiid genera indicate high levels of inter and intra generic levels of variability in sperm ultrastructure characters, suggesting a spliting of genera in species as terminals, in order to give more accurate estimates of phylogeny. Despite the fact that phylogeny derived from the combined data show high levels of incongruence with those of previous studies, it reflects favorably the evolutionary history of the family due to the high number of characters applied (those data sets used in the previous hypotheses, combined with meristic, tongue, hemipenis and sperm ultrastructural data), surely improving the estimates of teiid relationships. Sperm ultrastructure may be a good indicator of phylogeny, producing topologies with major areas in congruence with the traditional morphological phylogeny, having on1y few incongruent areas weak1y supported by the traditional topology / Doutorado / Biologia Celular / Doutor em Biologia Celular e Estrutural

Orientador: Maria do Carmo Estanislau do Amaral / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-03T19:28:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Faria_AparecidaDonisetede_D.pdf: 1906918 bytes, checksum: 44432cce15246294f42667e2c9b38a1a (MD5) Previous issue date: 2004 / Doutorado

Orientador : Michael Georges Albert Vincentz / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-03T21:57:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Correa_LuizGustavoGuedes_M.pdf: 1325278 bytes, checksum: f7f714047563af533df52eaada63e5bd (MD5) Previous issue date: 2004 / Resumo: O Crescimento e desenvolvimento de todos os organismos dependem de uma regulação adequada da expressão gênica. A expressão gênica diferencial resulta do controle da taxa de iniciação da transcrição por fatores de transcrição. Os fatores de transcrição do tipo bZIP foram descritos em todos os eucariotos. Seu domínio conservado é constituído de uma região rica em aminoácidos básicos que se ligam às bases do DNA, e o zíper de leucinas, responsável pela dimerização. Análises genéticas, moleculares e bioquímicas indicam que os bZIPs são importante reguladores de processos específicos de angiospermas. A identificação de possíveis grupos de genes ortólogos (PoGOs) a partir de diferentes linhagens evolutivas permite racionalizar estudos funcionais. Dentro deste contexto, o presente trabalho visa um melhor conhecimento sobre a evolução e função dos fatores de transcrição do tipo bZIP em angiospermas. Identificamos um conjunto não redundante de 77 bZIPs no genoma de Arabidopsis e 113 no genoma de Oryza sativa. Análises filogenéticas entre o conjunto de Oryza e Arabidopsis permitiram identificar 11 grupos de genes homólogos. Análises mais detalhadas levaram à identificação de 33 PoGOs, que possivelmente representam 33 funções ancestrais de angiospermas, além de um PoGO exclusivo a monocotiledôneas e um possível grupo de parálogos exclusivo a Arabidopsis. Baseado no conjunto de resultados apresentado, propomos uma classificação atualizada das bZIP de angiospermas e um modelo evolutivo das mesmas. Esta abordagem está abrindo novas perspectivas para o estudo funcional de bZIPs. Ensaios de expressão transiente de fusões traducionais de AtbZIP76 e AtbZIP78 com RFP em células de cebola mostram que estes bZIPs são direcionados ao núcleo, apesar de possuírem um domínio básico defectivo / Abstract: Growth and development of all organisms depend on proper regulation of gene expression. Differential gene expression is the result of the control of transcription initiation rates by transcription regulation factors. bZIP transcription factors were described in all eukaryotes. Their conserved domain is constituted by a basic aminoacids rich region that bond to DNA bases, and a leucine zipper, responsible for dimerization. Genetic, molecular and biochemical analysis indicate that bZIP factors are important regulator of specific angiosperm processes. Identification of possible groups of orthologous genes (PoGO) from different evolutionary lineages allows rationalizing functional studies. Within this context, the present work aims a better knowledge of the evolution and function of bZIP transcription factors in angiosperms. We identified a non-redundant set of 77 bZIP factors in the Arabidopsis genome and 113 bZIP in Oryza sativa genome. Phylogenetic analysis of Oryza and Arabidopsis sets of bZIP allowed identifying 11 groups of homologue genes. More detailed analysis led to the identification of 33 PoGOs, that possibly correspond to 33 ancestral functions in angiosperms, a exclusive monocot PoGO and a possible groups of paralogous genes in Arabidopsis. Based on the results presented here, we propose an updated bZIP classification and a model of their evolution. This approach is revealing new perspectives on bZIP functional studies. Transient expression essays of traductional fusions of AtbZIP76 and AtbZIP78 with RFP in onion cells show that these bZIPs do target the nucleus, despite their defective basic domain / Mestrado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Mestre em Genética e Biologia Molecular