Orientador: Eduardo Maffud Cilli / Banca: Reinaldo Marchetto / Banca: Saulo Santesso Garrido / Banca: Pietro Ciancaglini / Banca: Luciana Malavolta Quaglio / Resumo: O vírus da dengue afeta milhões de pessoas a cada ano no mundo todo. O processo de infecção viral pela via endossomal é intermediada pela sequência 98 a 112 (DRGWGNGCGLFGKGG), conhecido como peptídeo de fusão, este segmento faz parte da glicoproteína E, localizado no envelope do vírus. Todos os flavivirus, incluindo os quatro sorotipos da dengue, apresentam esta sequência em regiões próximas, além de apresentarem alta identidade. Apesar de intensas pesquisas e o aumento da incidência de casos da dengue, não existem drogas antivirais específicas, até este momento, para o combate desta doença. Deste modo, a compreensão da interação do vírus com as células hospedeiras é importante na busca de novos fármacos. Neste sentido, este trabalho visou entender melhor o modo de ação do peptídeo de fusão da dengue e a importância de suas regiões laterais. O objetivo deste projeto teve por finalidade avaliar as contribuições das regiões laterais ao peptídeo de fusão, isto é, 88-97 e 113-123, em sua atividade, para os quatro sorotipos da dengue. A obtenção dos peptídeos foi realizada por meio da síntese em fase sólida. Os modelos de membrana utilizados foram micelas zwitteriônicas (LPC) e vesículas (PC ovo e POPG). Sabendo-se que a exposição desta sequência e, consequente, fusão da membrana é dependente do pH do meio, os estudos foram realizados em pHs 5,5 e 7,1. Nestes estudos, foram utilizadas as técnicas de Transferência de Energia de Ressonância de Föster (FRET), Dicroísmo Circular, Fluorescência, Monocamadas de Langmuir e BAM. O aminoácido triptofano foi usado como sonda para analisar a profundidade da inserção em miméticos de membrana. Os resultados mostraram que a SPFS foi útil, obtendo os materiais desejados. Avaliando a habilidade fusogênica dos 14 peptídeos estudados, observamos que cada sorotipo apresenta atividade diferente um do outro, sendo que os peptídeos do sorotipo 2 foram os que... / Abstract: Dengue virus affects millions of people worldwide every year. The process of viral infection via endosomal is mediated by the sequence 98-112 (DRGWGNGCGLFGKGG), known as the fusion peptide. This segment is part of the glycoprotein envelope of the virus. All flavivirus, including all four dengue serotypes, contain this fusion sequence and all serotypes present high sequence identity. Although intense researches, the dengue cases have increased and, up to date, there are no specific antiviral drugs to combat this disease. Thus, understanding the virus interaction with host cells is essential for the search and development of new drugs against the dengue virus. Therefore, this study craved a better understanding of the mode of action of the dengue fusion peptide sequence and the importance of its lateral regions. This project aimed to assess the contributions of the lateral regions of the fusion peptide (88-97 and 113-123 sequences) on its activity, for the four dengue serotypes. The synthesis of peptides was performed by solid phase peptide synthesis (SPPS). The membrane models used were zwitterionic micelles (LPC) and vesicles (egg PC and POPG). Since the exposure of this sequence and the resulting membrane fusion is dependent on pH, studies were performed in pH 5.5 and 7.1. In these studies, the techniques of Resonance Energy Transfer Föster (FRET), circular dichroism, fluorescence, Langmuir monolayers and BAM (Brewster angle microscopy) were used. The amino acid and natural fluorophore tryptophan was used as a probe to analyze the insertion depth of the fusion peptide in the membrane mimetic by fluorescence. The results showed that the SPPS was feasible, obtaining the desired materials. Assessing the fusogenic ability of 14 peptides studied, the data indicated that each serotype has different activity and the serotype 2 peptides presented the major interaction. The studies of interaction peptide/membrane mimetic indicated... / Doutor

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:47:36Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Objetivo: Estudar comparativamente as drogas fotossensíveis ftalocianina cloroalumínio tetrassulfonada e ftalocianina cloroalumínio incorporada a lipossomos. Método: A cinética de ambas as drogas foi realizada por meio de espectroscopia de fluorescência ao longo de 48 horas de acompanhamento em tumores colorretais induzidos quimicamente em ratos Wistar. Após esta etapa, animais com o mesmo tipo tumoral induzido, foram tratados com terapia fotodinâmica, associando-se a irradiação com um laser diodo em 660nm e cada um dos elementos fotossensíveis. A análise das amostras foi feita por histomorfometria e imunoistoquímica. Resultados: A cinética mostrou o melhor período de irradiação para cada uma das drogas, sendo este em ambas as drogas entre 22 e 26 horas. Apenas nos grupos da ftalocianina cloroalumínio tetrassulfonada houve necrose decorrente da terapia, sendo observada em maior proporção no grupo 72 horas. A imunoistoquímica realizada com o marcador de proliferação celular Ki67 comprovou os achados da histomorfometria. A ftalocianina cloroalumínio incorporada a lipossomos mostrou-se instável no tecido in vivo, o que pode explicar a não ocorrência do seu efeito. Conclusões: A ftalocianina cloroalumínio tetrassulfonada mostrou-se mais eficiente neste modelo experimental, porém ainda houve a permanência considerável de tecido tumoral no sítio irradiado, o que sugere a terapia fotodinâmica como terapia coadjuvante a outras técnicas convencionais. / Purpose: To compare the photosensitizers chloroaluminum phthalocyanine tetrasulfonate and chloroaluminum phthalocyanine incorporated into liposomes. Methods: The kinetics of both drugs was carried out by fluorescence spectroscopy for 48 hours of monitoring in chemically induced colorectal tumors in Wistar rats. After that, animals with the same tumors induction protocol were treated by photodynamic therapy using in each group a different type of drugs associated with diode laser irradiation at 660nm. Results: The kinetics showed the best period of irradiation for each drug between 22 and 26 hours. Necrosis caused by the therapy has just occurred in chloroaluminum phthalocyanine tetrasulfonate group and the greater areas have occurred in the 72 hours group. The immunohistochemical performed with the cell proliferation marker Ki67 has comproved the findings of histomorphometry. The chloroaluminum phthalocyanine incorporated into liposomes have seemed to be unstable in vivo, which may explain the not occurrence of its purpose. Conclusions: The chloroaluminum phthalocyanine tetrasulfonate proved to be more efficient in this experimental model, even though there was a considerable permanence of tumoral tissue suggesting the photodynamic therapy as a adjuvant therapy to other conventional techniques. / FAPESP: 2005/02304-0 / BV UNIFESP: Teses e dissertações

O perfil de ácidos carboxílicos, incluindo os ácidos graxos de cadeia longa, é um parâmetro importante em muitas disciplinas voltadas à saúde humana, à indústria alimentícia, ao estudo da expressão gênica em tecidos vegetais e muitos outros. Além disso, em muitas amostras biológicas, os ácidos graxos de cadeia longa ocorrem em baixas concentrações. Neste trabalho, o reagente 3-[4-(bromometil)fenil]-7-(dietilamino)cumarina (MPAC-Br) foi utilizado como reagente de derivatização para a análise de ácidos carboxílicos numa variedade de amostras. As reações de derivatização são sempre uma questão de preocupação nas análises de rotina, pois são vistas como uma etapa crítica e uma fonte de erros na química analítica. Algumas propriedades deste reagente foram estudadas no presente trabalho, incluindo a robustez da reação de derivatização, a estabilidade dos derivatizados, os limites de detecção e a repetibilidade dos resultados A versão otimizada do protocolo foi aplicada para determinar o conteúdo e perfis de ácidos graxos e ácidos graxos de cadeia longa em oito fontes de óleos e gorduras nas quais os resultados corresponderam ao que se encontra na literatura. O carbonato de propileno (CP) foi utilizado pela primeira vez como o principal solvente de derivatização para ácidos graxos. Os desvios padrões residuais (%) dos fatores de resposta relativos das corridas cromatográficas dos produtos das cinco reações de derivatização foram menores quando o CP foi utilizado (intervalo de 0,6 a 16,7%) em comparação com acetonitrila. A reação de derivatização com a etiqueta fluorescente proporcionou limites de detecção para os ácidos graxos na faixa de 0,68 a 2,87 nmol.L-1, o que representou um ganho considerável quando comparado aos métodos de detecção direta por absorção. O método proposto mostrou-se confiável, robusto, rápido e conveniente para a análise de ácidos graxos e ácidos graxos de cadeia longa. / The knowledge of fatty acid profiles, including long chain fatty acids, is an important parameter in many disciplines dedicated to human health, food sciences, the study of gene expression in plant tissues and many others. Moreover, in many biological samples, long chain fatty acids occur at low concentration. The 3-[4-(bromomethyl)phenyl]-7- (diethylamino)coumarin (MPAC-Br) reagent has been used as a derivatizing reagent for the analysis of carboxylic acids in a variety of samples. Derivatization reactions are always a matter of concern in routine analyses, because they are seen as a critical step and a source of errors in analytical chemistry. Some properties of this reagent were studied in the present work, including the robustness of the derivatization reaction, the stability of the derivatives, the limits of detection and repeatability of the results. The optimized version of the protocol was applied to determine the content and profiles of fatty acids and long chain fatty acids in eight sources of oils and fats in which the results corresponded to what is found in the literature. Propylene carbonate (PC) was used for the first time as major derivatization solvent for fatty acids. The residual standard deviations (%) of the relative response factors of chromatographic runs of the products of the five derivatization reactions were lower when PC was used (range of 0.6 to 16.7%) compared to acetonitrile. The fluorescence derivatization reaction provide detection limits for fatty acids in the range of 0.68 to 2.87 nmol L-1, which represented a considerable gain when compared to direct absorption detection methods. The proposed method proved to be reliable, robust, fast and convenient for the analysis of fatty acids and long chain fatty acids.

Made available in DSpace on 2016-08-29T15:38:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_5359_Clodoaldo Pinheiro.pdf: 2765165 bytes, checksum: b94206a49c5f4eb232110ea0e50be51c (MD5) Previous issue date: 2012-02-28 / Cattleya Lindl. (Orchidaceae) são ervas epífitas atuantes na regulação do equilíbrio dinâmico da biodiversidade neotropical e na manutenção de baixa entropia nos remanescentes florestais. O habitat fragmentado expõe estas espécies a condições de excesso de luz ou a pulsos de luz transientes. Neste sentido, aspectos ecológicos e biofísicos de Cattleya as tornam relevantes no que tange a estudos ecofisiológicos. As plantas adaptam-se à heterogeneidade do regime da luz, regulando a sua estrutura e estado fisiológico na tentativa de alcançar o seu estado funcional máximo. Portanto, a composição do aparato fotossintético é altamente sensível a alterações na quantidade e na qualidade espectral da energia luminosa. Assim, a emissão de fluorescência da clorofila a pode ser utilizada como um mecanismo eficiente para medições da eficiência fotossintética especialmente em ambientes que propiciam condições de estresse fisiológico ao vegetal. Este estudo buscou responder: Por que espécies de Cattleya parecem exibir eficientes mecanismos de resistência à fotoinibição fotoquímica frente à heterogeneidade do ambiente de luz de um habitat? Para isto foram testadas as hipóteses (1) de que processos ecofisiológicos do estresse de luz produzem distúrbios biofísicos e bioquímicos em unidades fotossintéticas que atenuam a fotoinibição, e (2) que mudanças estruturais e funcionais destas unidades fotossintéticas expressam diferentes padrões de resistência. Plantas de Cattleya amethystoglossa Linden & Rchb.f., C. guttata Lindl., C. granulosa Lindl. e C. walkeriana Gardner. foram expostas a pleno sol e medidas da fluorescência transiente da clorofila a (Handy-PEA, Hansatech) foram feitas em folhas previamente adaptadas ao escuro (30), às 5h (controle), 8h, 10h, 12h, 14h, 16h, 18h, 20h e 5h* do dia seguinte (recuperação). A intensidade de luz registrada foi de 0, 1386, 1892, 2350, 1899, 1301, 347, 0 e 0 μmol fótons m-2s-1, respectivamente (QSPAR, Hansatech). Plantas de C. warneri T. Moore, C. shofieldiana Rchb.f., e C. harrisoniana Batem. ex Lindl. foram expostas a pleno sol durante 5, 35 e 120 as 12h (2259 μmol m-2s-1). Depois de transferidas para local sombreado medidas foram feitas às 13h, 15h, 17h, 19h e 9h (recuperação) do dia seguinte (701, 270, 30, 0 e 154 μmol m-2s-1, respectivamente). A análise dos transientes O-L-K-J-I-P e dos parâmetros do teste JIP indicaram que evidências sobre a fotoinibição fotoquímica separaram plantas de C. amethystoglossa e C. granulosa (fotoinibição dinâmica) de plantas de C. gutatta e C. walkeriana (fotoinibição crônica). Foi comprovada a importância da plasticidade fisiológica em resposta ao estímulo de luz da mancha solar em plantas de C. schofieldiana. As expressões biofísicas do teste JIP sugerem a presença de centros de reação silenciosos atuando como eficientes dissipadores de energia fotoquímica. Neste contexto, distúrbios da modulção do aparato fotossintético para diferentes fluxos de fótons fotossintéticos foram acompanhados por ajustes funcionais e estruturais das unidades fotossintéticas. Desta forma o uso de análises da fluorescência da clorofila a pode ser uma ferramenta eficiente nas avaliações de respostas ecofisiológicas das espécies de Orchidaceae sob influência de excesso luz e manchas de sol, resignifando estratégias de manejo e conservação.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Programa de Pós-Graduação em Patologia Molecular, 2017. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-12-05T19:53:58Z No. of bitstreams: 1 2017_LorenaPereiradeAndrade.pdf: 1424019 bytes, checksum: d72d0cdae4788595afe7126188d2f9a4 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-01-31T19:32:15Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_LorenaPereiradeAndrade.pdf: 1424019 bytes, checksum: d72d0cdae4788595afe7126188d2f9a4 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-31T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_LorenaPereiradeAndrade.pdf: 1424019 bytes, checksum: d72d0cdae4788595afe7126188d2f9a4 (MD5) Previous issue date: 2018-01-31 / Fundação de Apoio à Pesquisa do Distrito Federal (FAP-DF); Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq). / Marcadores fluorescentes são amplamente empregados para a análise da biologia celular, permitindo investigar e monitorar biomoléculas e organelas durante os processos metabólicos relacionados à vida e a morte das células. Em particular a marcação de lipídios vem se tornando cada vez mais empregada, devido à importância destas moléculas na homeostase das células e dos organismos. Existem diversos marcadores comerciais disponíveis para atender esta demanda, no entanto esses marcadores apresentam uma série de desvantagens que tornam seu uso uma alternativa pouco atrativa. Nosso grupo de pesquisa tem buscado desenvolver novas moléculas fluorescentes visando seu emprego no imageamento celular, contornando as limitações impostas pelos agentes fluorescentes comerciais de referência atualmente empregados. Neste contexto, nosso grupo vem trabalhando com moléculas que apresentam o núcleo 2,1,3- benzotiadiazola (BTD) que possui um conjunto de características químicas desejáveis para o seu emprego na síntese de compostos fluorescentes. Este trabalho apresenta três moléculas inéditas derivadas do núcleo BTD (BJL16#unb1, BJL16#unb2 e BJL16#unb3), idealizadas para ter alta afinidade por lipídios sem perder sua propriedade de solubilidade em solução aquosa. Estas moléculas possuem estrutura molecular com características únicas e este trabalho procurou demonstrar a ótima relação entre a arquitetura molecular, sua solubilidade e seletividade ao alvo celular predito através de ensaios de imageamento celular in vitro e no modelo C. elegans N2 selvagem. Os resultados demonstraram a alta afinidade dos compostos por vesículas de lipídios, emitem um ótimo sinal fluorescente, no entanto apresentaram taxas de solubilidade variada. O composto BJL16#unb1 apesar de ser o de menor intensidade de fluorescência dentre os três compostos testados, foi o mais solúvel, com melhor desempenho de permeabilidade no ensaio com o modelo C. elegans. Comparados ao Bodipy® que é o marcador comercial de lipídios de referência, os compostos apresentaram melhor solubilidade, intensidade de fluorescência similar, sendo que o compostoBJL16#unb3 apresentou maior intensidade e marcação mais ampla, uma vez que marcou estruturas não marcadas pelo Bodipy®. Além disso, foi demonstrado para os compostos testados, ausência de citotoxicidade, estabilidade durante armazenamento e fotoestabilidade durante o uso, características também superiores às do Bodipy®. / Fluorescent probes are widely used to cellular biology analysis, allowing the investigation and monitoring of biomolecules and organelles during metabolic processes related to life and death of cells. In particular the lipid probes have becoming increasingly employed because of the importance of these molecules in the homeostasis of cells and organisms. There are many commercial probes available to meet this demand; however these probes have a number of disadvantages that make its use an unattractive choice. Our research group has sought to develop new enhanced fluorescent molecules targeting its use in cellular imaging, bypassing the limitations imposed by commercial fluorescent agents currently employed as reference probes. In this context, our group has been working with molecules that have the core 2,1,3 benzotiadiazola (BTD) that has a set of chemical characteristics desirable for its use in the synthesis of fluorescent compounds. In this work, was evaluated three new molecules derived from BTD core (BJL16 # unb1, BJL16 # unb2 and BJL16 # unb3), idealized to have high affinity for lipids without losing their solubility properties in aqueous solution. These molecules have molecular structure with unique characteristics and this work will seek to show the relationship between the molecular architecture, its solubility and selectivity to the predicted target cell organelles through cell imaging assays in vitro and in C. elegans model. The results show that the compounds have high affinity for lipid vesicles, and an intense fluorescent signal. However, the solubility rates were not constant to all compounds. The BJL16 # unb1 molecule shows the lowest intensity of fluorescent signal from the three tested compounds, but also was the most soluble among them, with the better permeability performance in the C. elegans model test as compared with the Bodipy® which is the commercial reference probe to lipids staining. Furthermore, the three compounds had shown better solubility, a similar fluorescence intensity, but the BJL16unb#3 exhibited a better solubility and wider staining profile to those obtained with Bodipy® which failed to staining lots of lipids structures. Finally, it was shown that the tested compounds, lack of cytotoxicity, was stable in stock solution and shows high photostability during its use, all these characteristics also were higher than those found in Bodipy®.

Dissertação de Mestrado apresentada ao Programa de Pós-Graduação em Ciência e Engenharia de Materiais da Universidade do Extremo Sul Catarinense - UNESC, como requisito à obtenção do título de Mestre em Ciência e Engenharia de Materiais. / Este trabalho descreve a síntese e caracterização de três compostos fotoluminescentes com conjugações π-estendidas com potencial aplicação em sensores ópticos entre outros dispositivos opto-eletrônicos. Estes compostos são constituídos da unidade 2,1,3-benzotiadiazol com extensão da conjugação π nas posições 4 e 7 e constituem um sistema (D-π-A-π-D). Todos os compostos sintetizados foram caracterizados por técnicas espectroscópicas de Ressonância Magnética Nuclear (RMN) de 1H e de 13C, Infravermelho (IV) e Espectroscopia de Massas. A rota sintética planejada apresentou bons rendimentos para todos os compostos intermediários e finais. As propriedades térmicas foram analisadas por Calorimetria Diferencial de Varredura (DSC) e as ópticas por espectroscopia de emissão de Fluorescência e absorção de UV-vis. Em solução estes compostos absorvem na região do violeta-azul (~ 440 nm) com absortividade molar (ε = 5,5x10-4 L mol-1 cm-1) referente a transições do tipo π→π*. Os compostos apresentam fluorescência ( ~ 560 nm) e deslocamento de Stokes em torno de 90 nm com rendimentos quânticos de = 0,14 e o “band gap” óptico de 2,6 eV.

Orientador: Lourdes Aparecida Martins dos Santos-Pinto / Banca: Vanderlei Salvador Bagnato / Banca: Cristina Kurachi / Banca: Fábio César Braga de Abreu e Lima / Banca: Antonio Carlos Pizzolitto / Doutor

O perfil de ácidos carboxílicos, incluindo os ácidos graxos de cadeia longa, é um parâmetro importante em muitas disciplinas voltadas à saúde humana, à indústria alimentícia, ao estudo da expressão gênica em tecidos vegetais e muitos outros. Além disso, em muitas amostras biológicas, os ácidos graxos de cadeia longa ocorrem em baixas concentrações. Neste trabalho, o reagente 3-[4-(bromometil)fenil]-7-(dietilamino)cumarina (MPAC-Br) foi utilizado como reagente de derivatização para a análise de ácidos carboxílicos numa variedade de amostras. As reações de derivatização são sempre uma questão de preocupação nas análises de rotina, pois são vistas como uma etapa crítica e uma fonte de erros na química analítica. Algumas propriedades deste reagente foram estudadas no presente trabalho, incluindo a robustez da reação de derivatização, a estabilidade dos derivatizados, os limites de detecção e a repetibilidade dos resultados A versão otimizada do protocolo foi aplicada para determinar o conteúdo e perfis de ácidos graxos e ácidos graxos de cadeia longa em oito fontes de óleos e gorduras nas quais os resultados corresponderam ao que se encontra na literatura. O carbonato de propileno (CP) foi utilizado pela primeira vez como o principal solvente de derivatização para ácidos graxos. Os desvios padrões residuais (%) dos fatores de resposta relativos das corridas cromatográficas dos produtos das cinco reações de derivatização foram menores quando o CP foi utilizado (intervalo de 0,6 a 16,7%) em comparação com acetonitrila. A reação de derivatização com a etiqueta fluorescente proporcionou limites de detecção para os ácidos graxos na faixa de 0,68 a 2,87 nmol.L-1, o que representou um ganho considerável quando comparado aos métodos de detecção direta por absorção. O método proposto mostrou-se confiável, robusto, rápido e conveniente para a análise de ácidos graxos e ácidos graxos de cadeia longa. / The knowledge of fatty acid profiles, including long chain fatty acids, is an important parameter in many disciplines dedicated to human health, food sciences, the study of gene expression in plant tissues and many others. Moreover, in many biological samples, long chain fatty acids occur at low concentration. The 3-[4-(bromomethyl)phenyl]-7- (diethylamino)coumarin (MPAC-Br) reagent has been used as a derivatizing reagent for the analysis of carboxylic acids in a variety of samples. Derivatization reactions are always a matter of concern in routine analyses, because they are seen as a critical step and a source of errors in analytical chemistry. Some properties of this reagent were studied in the present work, including the robustness of the derivatization reaction, the stability of the derivatives, the limits of detection and repeatability of the results. The optimized version of the protocol was applied to determine the content and profiles of fatty acids and long chain fatty acids in eight sources of oils and fats in which the results corresponded to what is found in the literature. Propylene carbonate (PC) was used for the first time as major derivatization solvent for fatty acids. The residual standard deviations (%) of the relative response factors of chromatographic runs of the products of the five derivatization reactions were lower when PC was used (range of 0.6 to 16.7%) compared to acetonitrile. The fluorescence derivatization reaction provide detection limits for fatty acids in the range of 0.68 to 2.87 nmol L-1, which represented a considerable gain when compared to direct absorption detection methods. The proposed method proved to be reliable, robust, fast and convenient for the analysis of fatty acids and long chain fatty acids.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2014. / Submitted by Jaqueline Ferreira de Souza (jaquefs.braz@gmail.com) on 2014-05-27T13:14:11Z No. of bitstreams: 1 2014_RayaneNunesLima_Parcial.pdf: 885295 bytes, checksum: 3a9506e71c4557a00fffa96f5fd2010f (MD5) / Approved for entry into archive by Patrícia Nunes da Silva(patricia@bce.unb.br) on 2014-06-05T13:45:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_RayaneNunesLima_Parcial.pdf: 885295 bytes, checksum: 3a9506e71c4557a00fffa96f5fd2010f (MD5) / Made available in DSpace on 2014-06-05T13:45:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_RayaneNunesLima_Parcial.pdf: 885295 bytes, checksum: 3a9506e71c4557a00fffa96f5fd2010f (MD5) / Groundnut ringspot virus (GRSV) pertence ao gênero Tospovirus, o único da família de arbovírus Bunyaviridae capaz de infectar vegetais, sendo transmitido por tripes (Thysanoptera: Thripidae) de maneira circulativa propagativa. O genoma dos tospovírus é constituído por três segmentos de RNA fita simples denominados RNA S (Small), RNA M (Medium) e RNA L (Large). O RNA L codifica uma RNA polimerase dependente de RNA (RdRp); o RNA S codifica a proteína do nucleocapsídeo (N) e a proteína supressora do silenciamento gênico (NSs); e o RNA M codifica a proteína precursora das glicoproteínas Gn e Gc e a NSm, proteína de movimento viral célula-a-célula. As interações proteicas entre N e NSm são importantes para a disseminação da infecção viral na planta. Para a movimentação viral em plantas infectadas é necessária a oligomerização da proteína NSm, que forma túbulos que penetram os plasmodesmas celulares e promovem a passagem dos ribonucleocapsídeos virais de uma célula a outra. Os ribonucleocapsídeos são formados pela RNA polimerase viral (RdRp) e pelos segmentos de RNA (S, M e L) envolvidos pela nucleoproteína (N), que se oligomeriza para encapsidar todo o RNA viral. O presente trabalho investigou, pela primeira vez, as interações entre a proteína N e NSm de GRSV através da técnica de Fluorescência Bimolecular Complementar, bem como evidenciou a localização subcelular citoplasmática de cada interação. Um modelo tridimensional para a proteína N de GRSV foi construído in silico, por modelagem estrutural por homologia molecular, a partir das estruturas secundária e terciária da proteína N de LACV (La Crosse virus; Orthobunyavirus), e os domínios funcionais para a interação N x N e interação N x RNA foram definidos. A proteína N de GRSV apresenta um braço N-terminal (aa 1-32), um braço C-terminal (aa 224-258) e uma região globular com uma cavidade contendo resíduos de aminoácidos hidrofóbicos e positivos para a interação com o RNA. O alinhamento de sequências de aminoácidos da proteína N de todos os Tospovírus já caracterizados mostrou que os resíduos de aminoácidos preditos como chave para a conformação e interação da proteína N são conservados entre as espécies. Juntas, essas evidências abrem caminho para novos estudos acerca das interações proteicas a fim de elucidar o movimento célula-a-célula do GRSV e de outros Tospovírus. / Groundnut ringspot virus (GRSV) belongs to the genus Tospovirus, the only plant-infecting genus of the family Bunyaviridae, being transmitted by thrips (Thysanoptera: Thripidae) in a circulative propagative manner. The genome of tospoviruses consists of three single stranded RNA segments, termed S RNA (small) M RNA (Medium) and L RNA (Large). The L RNA encodes an RNA dependent RNA polymerase (RdRp). The S RNA encodes the nucleocapsid protein (N) and a gene silencing suppressor protein (NSs). The M RNA encodes the precursor protein of the Gn and Gc glycoproteins and the NSm protein, a viral cell-to-cell movement protein. Protein interactions between N and NSm are important to the viral infection spread in the plant. The NSm oligomerizes to form tubules that penetrate through plasmodesmata allowing the passage of viral ribonucleocapsids promoting cell-to-cell viral movement. The ribonucleocapsids are formed by the viral RNA polymerase (RdRp) and the RNA segments (S, M and L) surrounded by the nucleoprotein (N), which oligomerizes to encapsidate the viral RNA. This study investigated for the first time, homotypic and heterotypic interactions between N and NSm of the GRSV by Bimolecular Fluorescence Complementation (BiFC) in planta and showed the cytoplasmic subcellular localization of each interaction. A three-dimensional model for N GRSV protein was constructed in silico, by molecular homology modeling, from secondary and tertiary protein structures of N LACV (La Crosse virus; Orthobunyavirus) and the functional domains for N x N interaction and N x RNA interaction were defined. N GRSV protein presents an N-terminal arm (aa 1-32), a C- terminal arm (aa 224-258) and a globular region with a groove containing hydrophobic and positive amino acid residues for interaction with RNA. The alignment of amino acid sequences of the N protein of all characterized tospoviruses has shown that the amino acid residues important to protein fold and interaction of the N protein are conserved among all species. Together, this evidence allows further studies about the protein interactions involved to the cell-to-cell movement for GRSV and for other tospoviruses.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Química, Programa de Pós-Graduação em Química, 2013. / Submitted by Jaqueline Ferreira de Souza (jaquefs.braz@gmail.com) on 2014-01-28T09:36:01Z No. of bitstreams: 1 2013_NatashaNeivaMoura_Parcial.pdf: 125679 bytes, checksum: 81428d8f64aab98b91ce00dfe3c77905 (MD5) / Approved for entry into archive by Patrícia Nunes da Silva(patricia@bce.unb.br) on 2014-01-28T10:01:58Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_NatashaNeivaMoura_Parcial.pdf: 125679 bytes, checksum: 81428d8f64aab98b91ce00dfe3c77905 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-01-28T10:01:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_NatashaNeivaMoura_Parcial.pdf: 125679 bytes, checksum: 81428d8f64aab98b91ce00dfe3c77905 (MD5) / A madeira é uma matéria prima utilizada para construir estruturas e para fins energéticos desde os primórdios da humanidade. Nesse sentido, a identificação e caracterização da madeira é de extrema importância, pois conforme suas características pode ser utilizada para diferentes fins. Os principais métodos de identificação e classificação são o anatômico convencional e os que utilizam métodos físico-químicos, tais como: determinação de propriedades físicas, espectroscopia no infravermelho ou fluorescência molecular. No entanto, os métodos tradicionais utilizam critérios subjetivos para avaliar a fluorescência. Medidas mais precisas para análises qualitativas e quantitativas da fluorescência molecular são pouco estudadas. Deste modo, esse trabalho teve como objetivo principal realizar um estudo exploratório de 16 espécies de madeiras tropicais através da fluorescência. A fluorescência foi adquirida em três diferentes condições: corpos-de-prova, serragem, e extrato de madeiras em diferentes solventes. Além da madeira, foram utilizados padrões de celulose e lignina para comparações e foram estudadas as influências da oxidação da superfície, da face da madeira utilizada (radial, tangencial e transversal) e da orientação da madeira em uma mesma face (vertical ou horizontal) na intensidade de fluorescência. Foram obtidos espectros de excitação (200 a 550 nm) e emissão (210 a 700 nm). A partir do método de resolução de curvas multivariadas (MCR) foram obtidas estimativas dos espectros de emissão e excitação dos componentes fluorescentes das madeiras estudadas. Alterando a face, a orientação da madeira ou ambos, as intensidades de fluorescência variaram, pois a distribuição dos componentes da madeira (celulose, lignina e extrativos) é diferente em cada face ou orientação. A utilização do MCR (Resolução de Curvas Multivariadas) possibilitou que fossem feitas comparações entre as espécies, pois estimou espectros de excitação e emissão da madeira que, em alguns casos, foram similares. Estas similaridades podem significar que os mesmos fluoróforos estejam presentes em diferentes espécies de madeira. Além disso, os extratos feitos com três solventes distintos (água, diclorometano e etanol) através do método de extração proposto permitiram comparações e a identificação de similaridades entre as espécies. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Wood is a raw material used to build structures and for energy purposes since the beginnings of humanity. For that reason, the identification and characterization of the wood is very important, since according to their characteristics it can be used for different purposes. The main identification and classification methods are the conventional anatomic characterization and physicochemical methods, such as determination of physico-chemical properties, infrared spectroscopy and molecular fluorescence. However, anatomic methods presents subjective criterions to evaluate the fluorescence. Accurate measurements for qualitative and quantitative analysis of the molecular fluorescence have received little attention. Therefore, this work expected to realize an exploratory study of the fluorescence of tropical woods. Fluorescence was acquired in three different conditions of wood: sawdust, small blocks and its extracts in different solvents. In addition, standards of lignin and cellulose were used for comparison. Additionally, the influence of the surface oxidation, the face used (radial, tangential and transverse) and the orientation of the wood surface in the same face (vertical or horizontal) in fluorescence intensity were also studied. Excitation (200 to 550 nm) and emission (210 nm to 700 nm) spectra were obtained. Excitation and emission spectra of the fluorescent wood components were studied by the method of multivariate curve resolution (MCR) estimations. Changing the face, the orientation of the wood or both, fluorescence intensities varied because the distribution of the wood components (cellulose, lignin and extractives) is different on each face or orientation. The use MCR (Multivariate curve resolution) enabled comparisons between species through the estimated excitation and emission spectra of the wood, which in some cases were similar. These similarities can mean that these fluorophores are present in different species of timber. Besides, extracts made with three different solvents (water, ethanol and dichloromethane) via the extraction method proposed allowed comparisons and identification of similarities between species.