Thèse en cotutelle / Thesis under joint supervision / Les Peuples autochtones à travers le monde sont disproportionnellement touchés par le diabète. Parmi ces peuples, les Cris d’Eeyou Istchee et les Pekuakamilnuatsh, au Québec (Canada), ainsi que les Parikwene, en Guyane française (France), recourent à leur médecine locale pour soigner cette maladie. En 173 entrevues semi-dirigées, 208 participants venant de ces communautés et/ou travaillant dans leurs services de santé ont décrit ces médecines. Une méthode de recherche mixte, combinant des analyses thématiques à des statistiques multivariées, est développée pour analyser ces descriptions. Ces analyses ont montré que les participants cris, ilnu et parikwene décrivent leurs médecines en lien avec le diabète tant par les différents éléments du monde naturel, que les pratiques et coutumes locales qui en découlent, que les concepts les liant au territoire. Les pharmacopées à base animales et végétales font parties des thèmes les plus discutés. Plus de 381 espèces (109 animaux, 267 plantes, cinq lichens et champignons) lient les systèmes médicinales et alimentaires ensemble via des notions associées au bien-être ou aux propriétés organoleptiques. Au Québec, là où la population autochtone est plus impliquée dans les services de santé, il existe un rapprochement de la description des médecines locales entre le secteur de la santé et ses usagers. De façon générale, la place de l’alimentation dans les médecines locales ne peut être négligée dans le contexte du diabète. De plus, ces médecines sont indissociables du territoire qui offre un espace de guérison, de subsistance, et de continuité culturelle. Cela renvoie, in fine, à des questions importantes sur la reconnaissance des droits autochtones et des droits fonciers. / Indigenous Peoples around the world are disproportionately affected by diabetes. Amongst them, the Cree of Eeyou Istchee and the Pekuakamilnuatsh, from Québec (Canada), and the Parikwene, from French Guiana (France), resort to their local medicines to treat this disease. In 173 semi-structured interviews, 208 participants from these communities and/or working in their healthcare services described these medicines. A mixed-methods research approach, combining thematic analyses with multivariate statistics, was developed to analyse these descriptions. These analyses showed that Cree, Ilnu and Parikwene participants described their medicines related to diabetes through different elements of the natural world, the local practices and customs which result from them, as well as concepts linking them to the Land. Animal and plant-based pharmacopoeias are among the most discussed topics. In total, more than 381 species cited, including 109 animals, 267 plants, as well as five lichens and mushrooms, link the local dietary and medicinal systems together via notions associated with well-being or their organoleptic properties. In Québec, where Indigenous Peoples are more involved in their healthcare services, the representation of local medicines is much closer between healthcare workers and users. In general, the place of food in local medicines cannot be neglected in the context of diabetes. In addition, these medicines are inseparable from the Land which offers a space for healing, subsistence, and cultural continuity. This brings up important questions about the recognition of Indigenous rights and land rights.

La distribution de l'abondance des espèces en un site, et la similarité de la composition taxonomique d'un site à l'autre, sont deux mesures de la biodiversité ayant servi de longue date de base empirique aux écologues pour tenter d'établir les règles générales gouvernant l'assemblage des communautés d'organismes. Pour ce type de mesures intégratives, le séquençage haut-débit d'ADN prélevé dans l'environnement (" ADN environnemental ") représente une alternative récente et prometteuse aux observations naturalistes traditionnelles. Cette approche présente l'avantage d'être rapide et standardisée, et donne accès à un large éventail de taxons microbiens jusqu'alors indétectables. Toutefois, ces jeux de données de grande taille à la structure complexe sont difficiles à analyser, et le caractère indirect des observations complique leur interprétation. Le premier objectif de cette thèse est d'identifier les modèles statistiques permettant d'exploiter ce nouveau type de données afin de mieux comprendre l'assemblage des communautés. Le deuxième objectif est de tester les approches retenues sur des données de biodiversité du sol en forêt amazonienne, collectées en Guyane française. Deux grands types de processus sont invoqués pour expliquer l'assemblage des communautés d'organismes : les processus "neutres", indépendants de l'espèce considérée, que sont la naissance, la mort et la dispersion des organismes, et les processus liés à la niche écologique occupée par les organismes, c'est-à-dire les interactions avec l'environnement et entre organismes. Démêler l'importance relative de ces deux types de processus dans l'assemblage des communautés est une question fondamentale en écologie ayant de nombreuses implications, notamment pour l'estimation de la biodiversité et la conservation. Le premier chapitre aborde cette question à travers la comparaison d'échantillons d'ADN environnemental prélevés dans le sol de diverses parcelles forestières en Guyane française, via les outils classiques d'analyse statistique en écologie des communautés. Le deuxième chapitre se concentre sur les processus neutres d'assemblages des communautés.[...] / Integrative patterns of biodiversity, such as the distribution of taxa abundances and the spatial turnover of taxonomic composition, have been under scrutiny from ecologists for a long time, as they offer insight into the general rules governing the assembly of organisms into ecological communities. Thank to recent progress in high-throughput DNA sequencing, these patterns can now be measured in a fast and standardized fashion through the sequencing of DNA sampled from the environment (e.g. soil or water), instead of relying on tedious fieldwork and rare naturalist expertise. They can also be measured for the whole tree of life, including the vast and previously unexplored diversity of microorganisms. Taking full advantage of this new type of data is challenging however: DNA-based surveys are indirect, and suffer as such from many potential biases; they also produce large and complex datasets compared to classical censuses. The first goal of this thesis is to investigate how statistical tools and models classically used in ecology or coming from other fields can be adapted to DNA-based data so as to better understand the assembly of ecological communities. The second goal is to apply these approaches to soil DNA data from the Amazonian forest, the Earth's most diverse land ecosystem. Two broad types of mechanisms are classically invoked to explain the assembly of ecological communities: 'neutral' processes, i.e. the random birth, death and dispersal of organisms, and 'niche' processes, i.e. the interaction of the organisms with their environment and with each other according to their phenotype. Disentangling the relative importance of these two types of mechanisms in shaping taxonomic composition is a key ecological question, with many implications from estimating global diversity to conservation issues. In the first chapter, this question is addressed across the tree of life by applying the classical analytic tools of community ecology to soil DNA samples collected from various forest plots in French Guiana. The second chapter focuses on the neutral aspect of community assembly.[...]

Cette these etudie les effets de la conversion de la foret tropicale en parcelles agricoles, sur les emissions de n2o par les sols. Ce travail est realise a l’echelle du cycle cultural sur le dispositif experimental de combi (littoral guyanais), a l’aide de mesures in situ et de simulations (modele noe) des flux de n2o. La foret tropicale a ete comparee a des parcelles de foret converties en terres agricoles par la methode ‘chop-and-mulch’. La methode de deforestation ‘chop-and-mulch’ associe coupe mecanique de la vegetation, broyage puis enfouissement des residus forestiers dans le sol. Les terres agricoles etaient soient des parcelles de prairie non paturee soient des parcelles cultivees (maïs fertilise/soja) conduites en semis conventionnel (semis apres travail du sol, sans plante de couverture) ou en semis direct (sans travail du sol, avec plantes de couverture).Les principaux resultats de cette etude sont : le sol de la foret tropicale de combi est un faible emetteur de n2o ; la conversion par la methode ‘chop-and-mulch’ de cette foret en prairie ne conduit pas a une augmentation significative des emissions de n2o entre le 19eme et le 31eme mois suivant la conversion ; la conversion de la foret en parcelles cultivees induit une augmentation significative des emissions de n2o due a la fertilisation et a la modification des parametres edaphiques (densite apparente, temperature, humidite volumique) ; la technique sans travail du sol n’engendre pas de flux de n2o significativement plus eleves que la technique avec travail du sol ; l’introduction du phenomene d’hysterese hydrique dans le modele noe presente un reel potentiel pour l’estimation des emissions de n2o in situ. / This study investigates the effects of the conversion of tropical forest to cultivation on soil n2o emissions. The study was carried out over a complete crop cycle at the experimental site combi (french guianese coast). Nitrous oxide fluxes were obtained in the field and by conducting simulations with the noe model. Undisturbed tropical rainforest was compared to rainforest that had been converted to agricultural land using the ‘chop-and-mulch’ method. The ‘chop-and-mulch’ method is a fire-free method used for vegetation clearing combining the mechanical felling of trees with the mulching of small vegetation. Agricultural land included either mowed grassland or soybean/fertilised maize crop rotation. For croplands the two cultivation practices employed were: conventional seeding (using an offset disc harrow, without cover plants) or direct seeding (no till, with cover plants).The main results of this study are: rainforest soil at combi produced low n2o emissions; rainforest converted to mowed grassland using the 'chop-and-mulch’ method did not lead to a significant increase in n2o emissions between the 19th and 31st months after conversion; the conversion of rainforest to croplands induced a significant increase in soil n2o emissions due to the application of fertiliser and the modification of soil parameters (bulk density, temperature, volumetric moisture); n2o emissions from agricultural practices with no-till were no higher than those produced by conventional agricultural practices using an offset disc harrow; and, the introduction of an hydric hysteresis into the noe model constitutes a promising improvement to estimate in situ n2o emissions.

Dans la foulée de leur colonisation de l’Amérique aux XVIIe et XVIIIe siècles, les Français ont dressé des inventaires des ressources du territoire occupé ou convoité. Apte à décrire toute cette richesse, l’histoire naturelle devint ainsi un savoir colonial par excellence et l’un des rouages centraux de la « machine coloniale » française. Aussi, le legs textuel de cette activité est-il considérable et diverses perspectives s’y expriment : un entreprenant colon, par exemple, ne verra pas les ressources de la Louisiane de la même façon qu’un officiel métropolitain de passage ou qu’un botaniste en mission. Mais le regard colonisateur est largement partagé et tous ces textes, ou presque, font acte d’appropriation des plantes, minéraux et animaux américains. La place ménagée aux indigènes et aux esclaves – qu’ils soient d’origine autochtone ou afro-américaine – comme acteurs dans le processus de création de savoir est variable selon le contexte et l’auteur. Ce mémoire se penche sur un petit nombre de textes éloquents tirés du corpus de l’histoire naturelle des colonies d’Amérique continentales françaises. Sont étudiés de près quatre auteurs qui ont œuvré ou qui ont été de passage au Canada (Kalm), en Guyane française (Barrère) et en Louisiane (Le Page du Pratz et Dumont de Montigny). Nous examinons dans un premier temps les différents contextes d’acquisition de savoirs. Par la suite, l’analyse portera sur leurs inventaires respectifs des ressources coloniales, puis leur façon de traiter leurs sources. Finalement, nous concluons cette recherche sur les manières dont ces naturalistes-écrivains transmettront à leurs lecteurs européens leurs connaissances nouvellement acquises et la portée de la diffusion que leurs écrits connaîtront. / Following their colonization of America in the 17th and 18th centuries, the French drew up inventories for the resources of the occupied or coveted territory. Being able to describe all this wealth, natural history thus became the ultimate colonial knowledge and one of the central cogs of the French Colonial Machine. Also, the textual legacy of this activity is considerable and various points of view are taken into account: an enterprising settler, for example, will not see Louisiana’s resources in the same way as a travelling metropolitan official or a botanist on assignment. However, the colonial perspective is widely spread and all these texts, or almost all of them, are evidence of the appropriation of American plants, minerals and animals. The position of indigenous people and slaves – whether of indigenous or African-American origin – as actors in the process of knowledge creation depends on the context and the author’s stance. This thesis focuses on a small number of compelling texts from the natural history corpus of the French mainland colonies in America. Four authors who worked in or visited Canada (Kalm), French Guiana (Barrère) and Louisiana (Le Page du Pratz and Dumont de Montigny) are studied in depth. We first examine the different contexts of knowledge acquisition. Subsequently, we analyze the colonial resources inventories available at that time and how the sources are managed. Lastly, we conclude by looking at how these naturalist writers transmit to their European readers their newly acquired knowledge and the impact that their work will have.