As doenÃas sÃo consideradas como o principal fator biolÃgico capaz de limitar e desestimular a carcinicultura no mundo. As viroses sÃo, invariavelmente, as que causam maior impacto e, por conseguinte, maiores prejuÃzos econÃmicos registrados no setor. O vÃrus da InfecÃÃo Hipodermal e Necrose HematopoiÃtica â IHHNV acomete os camarÃes silvestres e cultivados nas fases jovens e sub-adulta, mas nÃo causa danos à saÃde humana. Para a espÃcie Litopenaeus vannamei à considerado de baixo impacto, levando a uma enfermidade crÃnica denominada âsÃndrome da deformidade e do nanismoâ (RDS), que compromete a qualidade do produto com implicaÃÃes econÃmicas para a indÃstria camaroneira. O presente estudo teve por objetivo realizar testes de desafio com a espÃcie nativa do camarÃo Farfantepenaeus subtilis para verificar o comportamento da mesma frente ao vÃrus da IHHN. Foram utilizados 200 camarÃes jovens saudÃveis com peso corporal de 2,56  0,44g (mÃdia  desvio padrÃo; n = 200) mantidos em tanques individuais de 5,5L, em condiÃÃes monitoradas que reproduziram os parÃmetros ambientais de cultivo. Os animais foram desafiados de duas maneiras: um grupo por ingestÃo de tecido contaminado per os e outro por injeÃÃo intramuscular do extrato contendo o vÃrus, cada qual com seu grupo controle. Os grupos controles tiveram tratamentos semelhantes, porÃm um grupo ingeriu mÃsculo de camarÃo IHHNV negativo e outro recebeu extrato de mÃsculo de camarÃo livre de IHHNV. ApÃs trÃs dias de exposiÃÃo ao IHHNV, os animais foram alimentados com raÃÃo comercial duas vezes ao dia e observados quanto ao comportamento, mortalidade, muda e sintomas jà conhecidos em espÃcies susceptÃveis à doenÃa. O experimento teve duraÃÃo de 30 dias, quando foram colhidas aleatoriamente amostras de material biolÃgico para contagem total de hemÃcitos, anÃlise histolÃgica e molecular. O estudo demonstrou que a espÃcie nativa Farfantepenaeus subtilis capturada no EstuÃrio do Rio Pacoti no municÃpio de EusÃbio, Estado do Cearà à susceptÃvel à infecÃÃo pelo vÃrus da IHHN. / Diseases are the main biological factor that can limit and discourage the shrimp culture worldwide. Virus infection is the main cause of impact and economic losses registered in this sector. The Infectious Hypodermal and Hematopoietic Necrosis Virus (IHHNV) occurs in both wild and cultured shrimp, mainly in the juvenile and sub-adult phases, although it does not cause harm to human health. This pathogen is considered a low impact virus to Litopenaeus vannamei, causing a chronic disease called "Runt Deformity Syndrome" (RDS), which compromises the product quality and can have economic implications to shrimp industry. This study aimed at verifying response of the native species Farfantepenaeus subtilis in presence of the IHHN virus. The experiment utilized 200 healthy young shrimp weighing 2.56  0.44g (mean  standard deviation), kept in single 5.5L tanks, under monitored conditions similar to those found in shrimp culture farms. The animals have been challenged in two ways: âper osâ and by intramuscular injection, each one with its control group. After three days of exposition to the virus, the animals were fed with a commercial food two times a day, when were observed behavior, mortality, moulting and the signs for the characteristic symptoms in species susceptible to this disease. The experiment was conducted during 30 days. The shrimp were sample randomly for total hemocytes counting, histological and molecular analyses. This study showed that the native species F. subtilis caught in Pacoti River Estuary (EusÃbio - Cearà - Brazil) is susceptible to IHHNV infection.

Submitted by JÚLIO HEBER SILVA (julioheber@yahoo.com.br) on 2017-04-12T17:27:16Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Kassyo Lobato Potenciano da Silva - 2017.pdf: 3631765 bytes, checksum: debcde89ec6bb553c1b37cafd56ee370 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-04-13T11:21:48Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Kassyo Lobato Potenciano da Silva - 2017.pdf: 3631765 bytes, checksum: debcde89ec6bb553c1b37cafd56ee370 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-13T11:21:48Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Kassyo Lobato Potenciano da Silva - 2017.pdf: 3631765 bytes, checksum: debcde89ec6bb553c1b37cafd56ee370 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-02-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The polymorphic fungi Fonsecaea pedrosoi and Cladophialophora carrionii are the main etiological agents of Chromoblastomycosis (CBM), a chronic cutaneous mycotic infection, which occurs mainly in humid tropical regions. The scarcity of effective therapeutic protocols added to the clinical polymorphism of CBM leads to prolonged therapies and a high relapse rate. There are few data on the molecular biology of F. pedrosoi and C. carrionii, although some virulence factors have already been described, revealing the need to explore the mechanisms used by these pathogens during infection. Iron is a vital micronutrient for all organisms, with the exception of some bacteria, participating in essential cellular processes, such as: DNA replication, oxidative stress, cellular respiration, oxygen transport, energy production, among others. During the infection, the host decreases the availability of iron to the pathogen to contain the advancement of the infection; while the pathogen activates mechanisms for obtain and use the metal to survive in the infected tissues, revealing a scenario of intense dispute. In order to characterize the presence of these systems in F. pedrosoi and C. carrionii, in sílico analyzes were performed, revealing the presence of orthologs for proteins involved in reductive iron assimilation, siderophore mediated uptake and regulators of capture and utilization strategies of the metal, these sequences containing conserved domains consistent with the predicted functions. The expression profile of transcripts demonstrated the induction of iron reducing scavengers, siderophore biosynthesis intermediates and the hapX positive regulator during iron deprivation, in addition to repressing the negative regulatory sreA. The production of siderophores was observed after qualitative approaches, and the siderophore ferricrocine was subsequently identified intra- and extracellularly in F. pedrosoi and C. carrionii. These siderophores were able to restore the growth of a mutant strain of ΔsidA from A. nidulans. Preferred iron sources were observed after growth assays and, in addition, some of these sources were used by F. pedrosoi and C. carrionii during infection in macrophages, demonstrating that these pathogens may have strategies for remodeling iron homeostasis for survival. / Os fungos polimórficos Fonsecaea pedrosoi e Cladophialophora carrionii são os principais agentes etiológicos da Cromoblastomicose (CBM), uma infecção micótica cutânea crônica, que ocorre principalmente em regiões tropicais úmidas. A escassez de protocolos terapêuticos eficazes somada ao polimorfismo clínico da CBM, conduzem a terapias prolongadas e elevada taxa de recidiva. Poucos são os dados a respeito da biologia molecular de F. pedrosoi e C. carrionii, embora alguns fatores de virulência já tenham sido descritos, salientando a necessidade de se explorar os mecanismos utilizados por estes patógenos durante a infecção. O ferro é um micronutriente vital para todos os organismos, com exceção de algumas bactérias, participando de processos celulares essenciais, tais como: replicação do DNA, combate ao estresse oxidativo, respiração celular, transporte de oxigênio, produção de energia, dentre outros. Durante a infecção o hospedeiro diminui a disponibilidade de ferro para o agente patogênico para conter o avanço da infecção; enquanto o patógeno ativa mecanismos de obtenção e utilização do metal para sobreviver nos tecidos infectados, revelando um cenário de intensa disputa. Com o objetivo de caracterizar a presença destes sistemas em F. pedrosoi e C. carrionii, análises in sílico foram realizadas, revelando a presença de ortólogas para proteínas envolvidas na assimilação redutiva de ferro, captação mediada por sideróforos e reguladores das estratégias de captação e utilização do metal, contendo estas sequências domínios conservados consistentes com as funções preditas. O perfil de expressão de transcritos demonstrou a indução de captadores redutivos de ferro, intermediários da biossíntese de sideróforos e do regulador positivo hapX durante a privação de ferro, além da repressão do regulador negativo sreA. A produção de sideróforos foi observada após abordagens qualitativas, sendo posteriormente identificado o sideróforo ferricrocina intra e extracelularmente em F. pedrosoi e C. carrionii. Estes sideróforos mostraram-se capazes de restaurar o crescimento de uma linhagem mutante de ∆sidA de A. nidulans. Fontes preferenciais de ferro foram observadas após ensaios de crescimento e, além disso, algumas destas fontes foram utilizadas por F. pedrosoi e C. carrionii durante infecção em macrófagos, demonstrando que estes patógenos podem possuir estratégias de remodelamento da homeostase de ferro para sobrevivência.

Submitted by Ricardo Cedraz Duque Moliterno (ricardo.moliterno@uefs.br) on 2016-10-07T21:30:40Z No. of bitstreams: 1 INCID?NCIA, VARIABILIDADE MOLECULAR DE V?RUS E CULTIVO IN VITRO DE MERISTEMAS DE _20160429093320061.pdf: 1513731 bytes, checksum: b1a69730145b3f5bec766a5adb8b491c (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-07T21:30:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 INCID?NCIA, VARIABILIDADE MOLECULAR DE V?RUS E CULTIVO IN VITRO DE MERISTEMAS DE _20160429093320061.pdf: 1513731 bytes, checksum: b1a69730145b3f5bec766a5adb8b491c (MD5) Previous issue date: 2016-03-21 / Funda??o de Amparo ? Pesquisa do Estado da Bahia - FAPEB / The vine is grown in many countries, the berries being the main product with many uses, such as fresh grapes, juices and wines. The wine industry is an important economic activity in Brazil, highlighting the pole Petrolina, PE / Juazeiro, BA in sub middle of San Francisco Valley (SSFV), as the main producing region of fine table grapes in the country. The multiplication of vine cuttings is done mainly by vegetative propagation, facilitating the spread of pathogens, one of the main sources of the spread of the virus. This study aimed to evaluate the incidence of Grapevine virus A virus (GVA), Grapevine leafroll-associated virus 1 (GLRaV-1), Grapevine leafroll-associated virus 3 (GLRV-3), Grapevine fanleaf virus (GFLV) and Grapevine fleck virus (GFkV) by detecting by Double Antibody Sandwich ELISA (DAS-ELISA) in grapevines of SSFV in six municipalities located in the states of Bahia and Pernambuco, as well as analyze the regenerative capacity and in vitro development of 13 different tropical clones of vine obtained by cultivation of apical meristems and axillary buds, and finally, to analyze the variability of the fragments of the protein coat (PC) gene of the virus winding the sheet cultivars of tropical vines of the San Francisco Valley. Of the 490 samples evaluated, 320 are cultivars for table with and without seeds, 94 for wine and 76 rootstocks. Infections caused by viruses were detected in 79.4% of samples. The GLRaV-3 was the most widespread viruses, followed by GVA GFkV, GLRaV-1 and GFLV, respectively. Mixed infection was detected in 153 samples. Cultivars wine, fine table grapes and rootstocks showed total percentage of 93.2% infection, 52.6% and 31.9%, respectively. For the regenerative capacity and development in vitro, we analyzed the percentage of regeneration time and the numbers of buds, roots and leaves produced as well as the length of the internodal segments 30, 60 and 90 days of cultivation in culture medium 'MS' and 'Galzy', respectively. Of the 13 cultivars tested, four were regenerated with a percentage ranging between 7% and 47%. The occurrence of significant differences among cultivars showed different responses over time. 'Cabernet Sauvignon' presented the best regeneration response starting from apical meristem and axillary buds. 'IAC-572' stood out with the highest average height and bud and leaf numbers 30, 60 and 90. To determine the variability of the CP gene, samples of 28 BAG vines cultivars of the Embrapa Semiarid with and without of disease symptoms were analyzed by reverse transcriptase and polymerase chain reaction (RT-PCR). Of all the samples GLRaV -1, -2 and -3, zero, 10 and 19 presented infection, respectively, and eight had mixed infection. There was a high and low identity between isolates obtained from Brazilian and foreign isolated for both viruses, finding genetic divergence of the CP gene in some isolates. 13 isolates showed no significant homology with other isolates in the present study and available on GENBANK, to GLRaV-3. / A videira ? cultivada em v?rios pa?ses, sendo as bagas o produto principal com diversos usos, como uvas frescas, sucos e vinhos. A vitivinicultura ? uma atividade econ?mica importante no Brasil, destacando-se o polo Petrolina, PE/Juazeiro, BA no Subm?dio do Vale do S?o Francisco (SVSF), como a principal regi?o produtora de uvas finas de mesa do pa?s. A multiplica??o de mudas de videira ? feita principalmente por propaga??o vegetativa, facilitando a difus?o de pat?genos, sendo uma das principais fontes de dissemina??o dos v?rus. No presente estudo, objetivou-se avaliar a incid?ncia dos v?rus Grapevine virus A (GVA), Grapevine leafroll-associated virus 1 (GLRaV-1), Grapevine leafroll-associated virus 3 (GLRV-3), Grapevine fanleaf virus (GFLV), e Grapevine fleck virus (GFkV), atrav?s da detec??o por Double Antibody Sandwich ELISA (DAS-ELISA), em parreirais do SVSF, em seis munic?pios, localizados nos estados da Bahia e Pernambuco, como tamb?m analisar a capacidade regenerativa e desenvolvimento in vitro de 13 diferentes clones tropicais de videira obtidos pelo cultivo de meristemas apicais e de gemas axilares, e por fim, analisar a variabilidade dos fragmentos do gene da capa proteica (CP) do v?rus do enrolamento da folha de cultivares de videiras tropicais do Vale do S?o Francisco. Das 490 amostras avaliadas, 320 s?o cultivares para mesa com e sem sementes, 94 para vinho e 76 de porta-enxertos. Infec??es causadas por v?rus foram detectadas em 79,4% das amostras. O GLRaV-3 foi o v?rus mais disseminado, seguido por GVA, GFkV, GLRaV-1 e GFLV, respectivamente . Infec??o mista foi detectada em 153 amostras. Cultivares para vinho, uvas finas de mesa e porta-enxertos apresentaram porcentagem total de infec??o de 93,2%, 52,6% e 31,9%, respectivamente. Para a capacidade regenerativa e desenvolvimento in vitro, foram analisadas a porcentagem de regenera??o, altura, e os n?meros de gemas, ra?zes e folhas produzidas, bem como o comprimento dos segmentos internodais, aos 30, 60 e 90 dias de cultivo em meio de cultura ?MS? e ?Galzy?, respectivamente. Das 13 cultivares testadas, quatro foram regeneradas com porcentagem variando entre 7% e 47%. A ocorr?ncia de diferen?as significativas entre as cultivares revelaram respostas distintas ao longo do tempo. ?Cabernet Sauvignon? apresentou a melhor resposta de regenera??o de plantas partindo de meristema apical e de gemas axilares. ?IAC-572? destacou-se com as maiores m?dias de altura e n?meros de gemas e de folhas aos 30, 60 e 90. Para determinar a variabilidade do gene da CP, amostras de 28 cultivares de videiras do BAG da Embrapa Semi?rido com presen?a e aus?ncia dos sintomas da doen?a foram analisadas por Transcriptase Reversa e Rea??o em Cadeia da Polimerase (RT-PCR). De todas as amostras para GLRaV -1, -2 e -3, zero, 10 e 19 apresentaram infec??o, respectivamente, sendo que oito apresentaram infec??o mista. Observou-se alta e baixa identidade entre os isolados obtidos com isolados brasileiros e estrangeiros para ambos os v?rus, encontrando-se diverg?ncia gen?tica do gene da CP em alguns isolados. 13 isolados n?o apresentaram homologia significativa com outros isolados do presente estudo e dispon?veis no GENBANK, para GLRaV-3.

Submitted by Ricardo Cedraz Duque Moliterno (ricardo.moliterno@uefs.br) on 2017-10-04T22:20:39Z No. of bitstreams: 1 Tese Soniane Costa.pdf: 5470162 bytes, checksum: c446c8cec1a4893eca8260700896103a (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-04T22:20:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Soniane Costa.pdf: 5470162 bytes, checksum: c446c8cec1a4893eca8260700896103a (MD5) Previous issue date: 2017-03-24 / Funda??o de Amparo ? Pesquisa do Estado da Bahia - FAPEB / The decline of guava is a complex disease, which causes progressive galls in guava roots parasitized by Meloidogyne enterolobii. The objective of the present study is to study the genetic divergence in guava and ara?azeiros accessions by means of SNPs markers developed for Eucalyptus to serve as a subsidy for activities of genetic resources and improvement of guava, such as the broad genomic association and to estimate the number of genes involved in resistance to M. enterolobii, using F2 population of Psidium guajava and P. guineense hybrid.In the evaluation of the genetic diversity of Psidium accessions, presented in chapter I, the transferability of Eucalyptus SNPs to Psidium for application in analyzes of genetic divergence and other applications, including studies of genome association. The segregation results and broad sense heritability estimates in population F2, presented in chapter II, support dominance model controlled by two genes, with epistatic effects, and the presence of only one dominant allele conditions the resistance of the hybrid of P. guajava x P. guineense for M. enterolobii. New hybrids of P. guajava with other accessions of wild Psidium should be developed and evaluated in order to increase the sources of resistance to the pathogen, allowing effective control of the same in commercial areas of guava. Seven markers associated with resistance to Meloidogyne enterolobii in Psidium species presented in Chapter III were identified.The results also suggest the existence of different sources of resistance to the nematode, since several SNPs were identified on chromosome 3 of Eucalyptus. / O decl?nio da goiabeira ? uma doen?a complexa, que causa a podrid?o progressiva das ra?zes das goiabeiras parasitadas por Meloidogyneenterolobii. O objetivo do presente estudo ? estudar a diverg?ncia gen?tica em acessos de goiabeira e ara?azeiros por meio de marcadores SNPs (Polimorfismo de nucleot?deo ?nico) desenvolvidos para Eucalyptus, que servir?o de subs?dio as atividades de recursos gen?ticos e melhoramento da goiabeira, bem como a associa??o gen?mica ampla (GWAS), e estimar o n?mero de genes envolvidos na resist?ncia a M. enterolobii, tendo como refer?ncia a segrega??o em popula??o F2 de h?brido de Psidium guajava x P. guineense. Na avalia??o da diversidade gen?tica dos acessos de Psidium, apresentado no cap?tulo I, relata-se a transferibilidade de SNPs de Eucalyptus para Psidium, estes podem ser utilizados em an?lises de diverg?ncia gen?tica e outras aplica??es, incluindo estudos de associa??o do genoma. Os resultados de segrega??oe as estimativas de herdabilidade no sentido amplo em popula??o F2, apresentado no cap?tulo II, suportam modelo de resist?ncia dominante controlada por dois genes, com efeitos epist?ticos, sendo que, a presen?a de apenas um alelo dominante condiciona a resist?ncia do h?brido de P. guajava x P. guineensepara M.enterolobii. Novos h?bridos de P. guajava com outros acessos de Psidium silvestres devem ser desenvolvidos e avaliados de forma a aumentar as fontes de resist?ncia ao pat?geno, possibilitando efetivo controle do mesmo em ?reas comerciais de goiabeira. Foram identificados sete marcadores associados ? resist?ncia a Meloidogyne enterolobii em esp?cies de Psidium apresentado no cap?tulo III. Os resultados sugerem ainda a exist?ncia de diferentes fontes de resist?ncia ao nematoide, pois foram identificados v?rios SNPs no cromossomo 3 de Eucalyptus.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-06T15:57:09Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_CaracterizacaoMolecularVirus.pdf: 4581267 bytes, checksum: ee0162884ca679c7419566551d00aa4a (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2014-02-10T12:08:40Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_CaracterizacaoMolecularVirus.pdf: 4581267 bytes, checksum: ee0162884ca679c7419566551d00aa4a (MD5) / Made available in DSpace on 2014-02-10T12:08:40Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_CaracterizacaoMolecularVirus.pdf: 4581267 bytes, checksum: ee0162884ca679c7419566551d00aa4a (MD5) Previous issue date: 2010 / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / Poucas informações estão disponíveis até o momento sobre os vírus do sorogrupo Gamboa (Bunyaviridae, Orthobunyavirus), desta forma, foi realizado, neste trabalho, estudo filogenético dos membros do sorogrupo Gamboa entre si e com outros orthobunyavírus ao nível gene Gn (M-RNA), além de infecção experimental em pintos recém nascidos da espécie Gallus gallus domesticus com a cepa Be AN 439546 do Vírus Gamboa (VGAM), e estudo sorológico em aves, outros animais silvestres e humanos de Tucuruí – Pará. A análise filogenética dos vírus do sorogrupo Gamboa demonstrou que esses vírus são geneticamente mais relacionados com membros do grupo Turlock e menos com os do grupo Simbu, e foram distribuídos em dois clados distintos (I e II), que estão de acordo com a atual classificação sorológica, de modo que o clado I inclui o complexo Gamboa e o clado II o complexo Alajuela. A cepa Be AN 439546 do VGAM apresentou tropismo pelo pulmão e fígado de pintos recém nascidos experimentalmente infectados, sendo a replicação viral nesses órgãos confirmada por imunohistoquímica, o que demonstra que o VGAM replica-se nessa ave. A detecção de anticorpos inibidores da hemaglutinação contra o VGAM e a confirmação por teste de neutralização em plasma de aves silvestres reforça a hipótese de que esses animais constituem o principal hospedeiro de amplificação no ciclo de manutenção do VGAM. Estudos moleculares do genoma completo dos vírus do sorogrupo Gamboa, assim como sobre a ecoepidemiologia do vetor e dos hospedeiros (principalmente aves), para o ciclo de replicação dos vírus, são importantes para confirmar as informações já existentes sobre esses vírus. / Presently, little information on Gamboa serogroup viruses (Bunyaviridae, Orthobunyavirus) is available. Thus, in this work, it was performed a comparative phylogenetic study on the members of the Gamboa serogroup and with other orthobunyaviruses to the level of the gene Gn (M-RNA); an experimental infections in the domestic bird (Gallus domesticus) using the strain Be AN 439546 of the Gamboa Virus (GAMV); and a serologic study using the Hemagglutination Inhibition (HI) test in serum samples of wild animals and humans collected in Tucuruí - Pará. The phylogenetic analysis of Gamboa group viruses demonstrated that they are genetically closely related to group Turlock viruses and less related to the Simbu group viruses. The group Gamboa viruses were distributed in two clades (I and II), that it is in agreement with the current serologic classification; the clade I correspond to the Gamboa complex and the clade II to the Alajuela complex. The strain Be AN 439546 presented tropism for chikens lung and liver, with viral replication in this organs confirmed by detection of viral antigens by immunohistochemistry. These results, demonstrate that this bird species is a susceptible host for GAMV replication. The detection of HI antibodies against GAMV, confirmed by neutralization tests were found in wild bird plasmas and reinforces the hypothesis that these animals constitute the main amplification hosts in the maintenance cycle of GAMV. Full length genome studies of the Gamboa serogroup viruses, as well as on the ecoepidemiology of their vectors and potential vertebrate hosts are needed to generate new data and to reinforce the understanding of the information already existent on those viruses.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-06T16:48:24Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_CorrelacaoNiveisSericos.pdf: 2350716 bytes, checksum: b65d84de883c9922cf963257ddc6a7b0 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2014-02-12T12:41:12Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_CorrelacaoNiveisSericos.pdf: 2350716 bytes, checksum: b65d84de883c9922cf963257ddc6a7b0 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-02-12T12:41:12Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_CorrelacaoNiveisSericos.pdf: 2350716 bytes, checksum: b65d84de883c9922cf963257ddc6a7b0 (MD5) Previous issue date: 2010 / A hepatite B crônica apresenta amplo espectro de manifestações clínicas, resultante de diversos fatores, tais como o padrão de secreção e polimorfismo nos genes de citocinas. Este trabalho objetiva correlacionar os polimorfismos TNF-α -308G/A, INF-γ +874A/T, TGF-β1 -509C/T e IL-10 -1081A/G e os níveis séricos destas citocinas com a apresentação clínica da hepatite B. Foram selecionados 53 casos consecutivos de hepatite B, sendo divididos em grupo A (portador inativo= 30) e B (hepatite crônica/cirrose= 23). Como grupo controle, selecionaram-se 100 indivíduos com anti-HBc e anti-HBs positivos. Os níveis séricos das citocinas foram determinados por ensaios imunoenzimáticos, tipo ELISA (eBiosceince, Inc. Califórnia, San Diego, USA). A amplificação gênica das citocinas se realizou pela PCR e a análise histopatológica obedeceu à classificação METAVIR. Identificou-se maior prevalência do genótipo TNF-α -308AG (43,3% vs. 14,4%) no grupo B do que nos controles e a presença do alelo A se correlacionou com risco de infecção crônica pelo VHB (OR= 2,6). Os níveis séricos de INF-γ e de IL-10 foram maiores (p< 0,001) nos controles do que os demais grupos e, inversamente, as concentrações plasmáticas de TGF-β1 foram menores no grupo controle (p< 0,01). Observou-se, na histopatologia hepática, que atividade inflamatória > 2 se correlacionou com maiores níveis de TNF-α e de INF-γ (p< 0,05), assim como a fibrose > 2 com maiores níveis de INF-γ (p< 0,01). Na população pesquisada, menores níveis séricos de INF-γ e de IL-10 e maiores de TGF-β1 estiveram associados com a hepatite B crônica, bem como a presença do alelo A no gene TNF-α - 308 aumentou em 2,6 o risco de cronificação. / Chronic hepatitis B has a wide spectrum of clinical manifestations resulting from various factors, such as the pattern of secretion and polymorphism in cytokine genes. This work aims to correlate the TNF-α -308G/A, INF-γ +874A/T, TGF-β1 -509C/T e IL-10 -1081A/G polymorphisms and serum levels of these cytokines with the clinical presentation of hepatitis B. It was selected 53 consecutive cases of hepatitis B divided into group A (inactive carrier= 30) and B (chronic hepatitis / cirrhosis= 23). As a control, we selected 100 individuals anti-HBc and anti-HBs positives. Serum levels of cytokines were determined by enzyme immunoassays (eBiosceince, Inc. California, San Diego, USA). The gene amplification of cytokines was carried out by PCR and histopathological analysis followed by METAVIR classification. It was identified that genotype TNF-α -308GA was more prevalent among B group than controls and that presence of A allele increased the risk for chronic disease (OR= 2,6). The serum levels of INF-γ and IL-10 were higher (p <0,001) in controls than others groups A and B and the TGF-β1 levels were lower (p < 0,01) in controls. It was noted that inflammatory activity > 2 correlated with higher levels of TNF-α and IFN-γ (p<0.01) and fibrosis > 2 with higher levels of INF-γ (p <0.01). In the studied population, lower INF-γ and IL-10 levels and higher TGF-β1 level were associated with chronic hepatitis B, and that the presence TNF-α -308 A allele increased in 2,6 the risk for chronic disease .

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-10T11:50:07Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoGeneticaSalmonella.pdf: 1082470 bytes, checksum: d4f50ccaf2f923e015277838d622bfb8 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-04-01T12:22:32Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertacao_CaracterizacaoGeneticaSalmonella.pdf: 1082470 bytes, checksum: d4f50ccaf2f923e015277838d622bfb8 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-04-01T12:22:32Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao_CaracterizacaoGeneticaSalmonella.pdf: 1082470 bytes, checksum: d4f50ccaf2f923e015277838d622bfb8 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Previous issue date: 2010 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Um total de 110 amostras de Salmonella Panama, incluindo 84 amostras ambientais, 16 amostras humanas, 5 amostras de alimentos e 5 amostras de animal silvestre provenientes de municípios no Estado do Pará, Brasil, foi submetido ao teste de sensibilidade a agentes antimicrobianos e à tipagem genotípica por PFGE. Todas as amostras analisadas apresentaram multirresistência a, pelo menos, 5 antibióticos. O modelo de resistência mais freqüente abrangeu 85 (77,3%) das amostras de S. Panama e foi representado pelos antibióticos cefalotina, cefazolina, cefuroxima, cefoxitina, gentamicina e tobramicina. A tipagem PFGE de 89 isolados de S. Panama resultou em 54 perfis genotípicos diferentes, dentre os quais foi observada a ocorrência de 16 clones. O dendograma revelou a existência de 2 grupos PFGE, designados grupo A e grupo B, definidos com uma similaridade genética de 83,34% e 83,87%, respectivamente. O maior clone e mais prevalente com 8 isolados de S. Panama foi oriundo de ambientes aquáticos dos municípios de Belém e Barcarena. Um segundo clone com 5 isolados foi proveniente de diferentes igarapés da Floresta Nacional de Caxiuanã. Ambos os clones demonstraram persistir no ambiente aquático por pelo menos 2 anos. Os 5 clones de Salmonella Panama encontrados em ambientes aquáticos da Floresta Nacional de Caxiuanã, que se caracteriza por apresentar ação antrópica mínina, não foram detectados em municípios mais impactados pela ação do homem como Belém e Barcarena, sugerindo adaptação dos mesmos em relação não só aos respectivos ambientes mas, principalmente, à reservatórios diferentes. / A total of 110 isolates of Salmonella Panama, including 84 environmental isolates, 16 human isolates, 5 food isolates and 5 isolates of wild animal obtained from different cities in the state of Pará, Brazil, was submitted to antimicrobial susceptibility testing and genotypic typing by PFGE. All the isolates were multiresistant for at least 5 antibiotics. The most frequent resistance pattern involved 85 (77,3%) of isolates and was represented by cephalotin, cephazolin, cephuroxime, cephoxitin, gentamicin and tobramicin. PFGE typing of 89 isolates of S. Panama resulted in 54 distinct genotypic profiles, within them were detected 16 clones. The dendogram revealed 2 major PFGE clusters, designated cluster A and cluster B, that were defined with 83,34% and 83,87% of genetic similarity, respectively. The major and most prevalent clone with 8 isolates of S. Panama was detected in aquatic environments in Belém and Barcarena. Another clone with 5 isolates was detected in superficial waters in the Caxiuanã National Forest. Both clones persisted on the environment over the years. Salmonella Panama clones found in aquatic environments in the Caxiuanã National Forest, under environmental protection, were not detected in the cities with evidential antropic action like Belém e Barcarena, suggesting not only adaptation of clones to the different environments, but mainly to different reservoirs.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-10T11:58:49Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoMolecularCepas.pdf: 2326925 bytes, checksum: 34c54468e33256d6963a926ec2f920d3 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-04-01T12:50:19Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertacao_CaracterizacaoMolecularCepas.pdf: 2326925 bytes, checksum: 34c54468e33256d6963a926ec2f920d3 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-04-01T12:50:19Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao_CaracterizacaoMolecularCepas.pdf: 2326925 bytes, checksum: 34c54468e33256d6963a926ec2f920d3 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Previous issue date: 2007 / A raiva é uma das zoonoses mais antigas e temidas pelo homem devido a seu desfecho fatal. Os cães ainda são considerados os principais responsáveis pela manutenção e transmissão da raiva para o homem. Porém, nos últimos anos os morcegos hematófagos têm ganhado destaque como potenciais transmissores de raiva para animais e humanos nas Américas. Recentemente, várias epidemias de raiva humana transmitida por morcegos hematófagos foram relatados no estado do Pará, o que mostra uma grande alteração no ambiente natural destes animais. A amplificação parcial do gene N pela técnica de RT-PCR foi aplicada em 62 amostras positivas para o Vírus da raiva, pela imunofluorescência direta e prova biológica. As seqüências nucleotídicas obtidas foram comparadas entre si e com outras amostras de vírus rábico isoladas no Brasil, utilizando os métodos de análise filogenética máxima verossimilhança e Bayesiano. Estas análises permitiram traçar o perfil epidemiológico molecular das variantes virais circulantes no estado do Pará, observando a emergência da transmissão de casos associados à variante antigênica 3 (VAg3), comumente encontrada em morcegos hematófagos Desmodus rotundus em detrimento dos casos relacionados à variante antigênica 2 (VAg2) associada a cães domésticos, bem como a identificação de três linhagens genéticas relacionadas a VAg3 e uma relacionada a VAg2 e uma possível nova variante isolada de morcego frugívoro Uroderma bilobatum. / Rabies is the oldest zoonosis that has an important impact in public health due its high mortality. The dogs are main responsible for the rabies maintenance cycle and transmission for the humans, however, in the last years, the hematophagous bats have been winning prominence as potential transmitters of rabies for vertebrate animals and humans in the American continent. Recently, several outbreaks of human rabies transmitted by hematophagous bats were notified in the Para State showing an increased alteration of the natural environment of those animals. Partial amplification of gene N by RT-PCR technique of 62 positives samples for rabies virus diagnosed by direct fluorescence assay and viral isolation from different cities of Para State was performed. Nucleotide sequences were obtained and compared among themself and with other rabies virus stains isolated in Brazil, using maximum likelihood and Bayesian method. The phylogenetic analysis furnished the molecular epidemiologic profile of rabies virus variants found in Para State, in which was observed the emergence of cases associated to the antigenic variant 3 (AgV3) that is commonly found in the vampire bats Desmodus rotundus and loweemember of cases related to the antigenic variant 2 associated to domestic dogs, as well as it was recognized three diferent genetic lineages of AgV3, one lineage of AgV2 and a possible new rabies virus variant isolated from a frugivorous bat Uroderma bilobatum.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-10T13:46:45Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoMolecularFenotipica.pdf: 1040083 bytes, checksum: 48972a88ad6c49701dfcb31c811763bd (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-04-08T13:40:23Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertacao_CaracterizacaoMolecularFenotipica.pdf: 1040083 bytes, checksum: 48972a88ad6c49701dfcb31c811763bd (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-04-08T13:40:23Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao_CaracterizacaoMolecularFenotipica.pdf: 1040083 bytes, checksum: 48972a88ad6c49701dfcb31c811763bd (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Previous issue date: 2011 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A Salmonella Typhi é o agente etiológico da febre tifóide, uma doença infecciosa, sistêmica, que constitui importante problema de saúde pública principalmente nos países em desenvolvimento da África, Ásia, América Central e do Sul. Amostras de Salmonella Typhi isoladas de casos clínicos no período de 1970 a 2009 no Estado do Pará foram caracterizadas por meio da técnica de Eletroforese em Gel de Campo Pulsado (PFGE). O perfil de suscetibilidade aos antimicrobianos foi realizado através dos métodos manual e automatizado. Foi empregada a técnica de Reação em Cadeia Mediada pela Polimerase (PCR) para a pesquisa das integrases de classe 1 e 2 e do fator de virulência Vi. Em 151 amostras pôde-se observar 68 diferentes pulsotipos, sendo 66 deles agrupados em 5 clusters. As amostras independente de sua procedência, fonte de isolamento ou ano, apresentaram elevada similaridade genética que variou de 80 a 100%. Verificou-se resistência (1,99%) e resistência intermediária (6,62%) somente à nitrofurontoína, em nenhuma amostra foi detectado integrase de classe 1 e 2, demonstrando, que, no Estado do Pará, as cepas circulantes não apresentam multi-resistência como observado em várias regiões do mundo. Foram encontradas 4 (2,65%) amostras Vi-negativo, que pode ser devido ao longo período de armazenamento, pois a ilha de patogenicidade SPI-7 é geneticamente instável e pode ser perdida após sucessivos repiques. / Salmonella Typhi is the causative agent of typhoid fever, a systemic infectious disease which is an important public health problem mainly in developing countries from Africa, Asia, America Central and South. Samples of Salmonella Typhi isolated from clinical cases between the period from 1970 to 2009 in the state of Pará were characterized by the Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) technique. The profile of antimicrobial susceptibility has been performed using manual and automated methods. Also, Polymerase Chain Reaction (PCR) has been used to the detection of class 1 and 2 integrons and the virulence factor Vi. In 151 samples, we could observe 68 different pulse types, with 66 pulse types grouped into five clusters. The samples, regardless their origin, source of isolation or year, have shown high genetic similarity ranging from 80 to 100%. Resistance (1.99%) and intermediate resistance (6.62%) only against nitrofurantoin has been noticed, integrons have not been found in class 1 and 2 related to resistance, demonstrating that, in the State of Para, the phenomenon of resistance and multidrug resistance found in several regions of the world has not occurred yet. We found four (2.65%) Vi-negative samples, which may be so due to the long storage period, as the pathogenicity island SPI-7 is genetically unstable and may be lost after repeated subcultures.

Submitted by Luanna Matias (lua_matias@yahoo.com.br) on 2015-02-06T18:00:08Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Paula Francinete Faustino da Silva - 2014..pdf: 2636030 bytes, checksum: 541cdc7c62049af013a9e3343fd197d1 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-02-19T14:26:49Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Paula Francinete Faustino da Silva - 2014..pdf: 2636030 bytes, checksum: 541cdc7c62049af013a9e3343fd197d1 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-02-19T14:26:50Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Paula Francinete Faustino da Silva - 2014..pdf: 2636030 bytes, checksum: 541cdc7c62049af013a9e3343fd197d1 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-04-30 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Nearly 60% of the Paracoccidioides genes encode proteins annotated as hypothetical proteins or predicted proteins (HPs). Transcriptomes studies revealed 2364 HPs expressed in mycelium and yeast form; during the transition from mycelium to yeast; and under conditions that mimic the infection pathway. In this study, we describe a global detection and functional inference for the HPs in Paracoccidioides. For these analysis we used computational methods based on sequence similarity, search for targeting signals, presence of known protein domains and also a functional classification based on Gene Ontology. Our analysis allowed the HPs to be classified into different functional categories such as metabolism, organelle organization, cell communication, protein localization, cell cycle, signaling and cell differentiation. We also performed a functional enrichment analysis of the transcripts expressed under different growth conditions. The best represented functional domains are those involved in the regulation of gene expression, suggesting that these HPs may be involved in regulation of the gene response and adaptation. The transcriptional profiling of six HPs confirms that they are highly expressed in the presence of human blood and plasma and also during phase transition, a crucial event for establishment of the infection process. Additionally, we have cloned and expressed the gene encoding the hypothetical protein PAAG_08614 from Pb01. The transcript and protein expression were evaluated by qPCR e western-blot, respectively. PAAG_08614 is preferentially expressed in mycelium and during mycelium to yeast transition. This work constitutes the first large-scale characterization of the proteins of unknown functional from Paracoccidioides spp. and helps the functional assignment of hypothetical proteins, as well as the understanding of the data generated from structural and functional genome. / Aproximadamente 60% dos genes de Paracoccidioides ssp. codificam proteínas anotadas como proteínas hipotéticas ou proteínas preditas (HPs). Estudos Transcricionais revelaram 2.364 HPs foram expressas nas fases de micélio e levedura; durante a transição de micélio para levedura; e em condições que mimetizam as vias de infecção. Neste estudo, descrevemos uma detecção global e inferência funcional para as HPs de Paracoccidioides. Para essas análises foram utilizados métodos computacionais baseados na similaridade de sequência, procurar de peptídeos de sinais, presença de domínios de proteínas conhecidas e também uma classificação funcional baseada no Gene Ontology. Nossa análise permitiu a classificação das HPs em diferentes categorias funcionais, tais como o metabolismo, organização de organela, comunicação celular, localização de proteínas, ciclo celular, sinalização e diferenciação celular. Também realizamos uma análise de enriquecimento funcional dos transcritos expressos em diferentes condições de cultivo. Os domínios funcionais mais bem representados são os envolvidos na regulação da expressão gênica, o que sugere que estas proteínas estão envolvidas na regulação da resposta e adaptação do fungo às diferentes condições impostas pelo ambiente. A análise do perfil transcricional de seis HPs confirmou que elas são altamente expressas na presença de sangue e de plasma humano e também durante a fase de transição, um evento crucial para o estabelecimento do processo de infecção. Adicionalmente, o gene que codifica a proteína hipotética de PAAG_08614 de Pb01 foi clonado e expresso. A expressão dos transcritos e proteínas foram avaliadas por qPCR e western-blot, respectivamente. A PAAG_08614 é preferencialmente expressa na fase de micélio e durante a transição micélio para levedura. Este trabalho representa a primeira caracterização em grande escala das proteínas de função desconhecida de Paracoccidioides spp. e ajuda na atribuição funcional de proteínas hipotéticas, assim como uma melhor compreensão dos dados gerados a partir do genoma estrutural e funcional.