Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 696310 bytes, checksum: 885479e14190b04344238aca73a62d1d (MD5) Previous issue date: 2007-02-28 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The Zabrotes subfasciatus Boheman (Coleoptera: Bruchidae) is a species probably originated from Central America. It became an agricultural pest since it was established and continually began to reproduce in stored seeds and later diffused throughout tropical and subtropical regions. In stores, those insects cause damages to the grains, by boring them and giving them an unpleasant flavor, therefore depreciating their commercial value. In seeds, the pest consumes the reserves of the cotyledons, therefore endangering germination. This study was conducted to estimate the genetic diversity in Z. subfasciatus populations, by using the molecular markers ISSR (Inter Simple Sequence Repeat). Twelve populations of Z. subfasciatus amostradas were sampled in eight Brazilian states as totaling 269 individuals, then they were evaluate. Five primers ISSR (UBC 807, UBC 808, UBC 809, UBC 811, UBC 891) were used, whereas a total of 51 polymorphic bands averaging 10 bands by each primer were amplified. The percent polymorphism within each population ranged from 74.51 to 92.16, with an average percentage of 83.82. The expected heterozygozite corrected by Nei in 1978 ranged from 0.2253 to 0.;3281 with some 0.2885 average, whereas the genetic diversity index by Shannon and Weaver (HE) ranged from 0.2908 to 0.4805, as averaging 0.4167. At species level, those two indexes showed the values 0.3636 and 0.5393 respectively. The FST values between the population pairs obtained by molecular variance analysis (AMOVA) ranged from 0.06804 to 0.6165. The genetic distance by Nei used in estimation of the genetic divergence among populations ranged from 0.0563 to 0.3250. The AMOVA allowed for the partition of the genetic variation into two levels: either inside and among populations. Higher genetic variation was observed inside population, with 66% of the total variation. Only 34% genetic variation were observed among populations. The Mantel` test showed low correlation between geographical distance and FST, genetic identity and FST, and between the Nei´genetic distance and FST. According to the results, the following conclusions were drawn: the genetic variability of the species is still considered as low in Brazil, probably due to the recent introduction of the pest; and those Zabrotes subfasciatus populations showed to be not geographically structured in Brazil. / Zabrotes subfasciatus Boheman (Coleoptera: Bruchidae), espécie originária provavelmente na América Central, se tornou uma praga agrícola quando se estabeleceu e passou a se reproduzir continuamente em sementes armazenadas, difundindo-se posteriormente pelas regiões tropicais e subtropicais. Em armazéns, esses insetos causam danos aos grãos, perfurando-os e conferindo-lhes sabor desagradável, depreciando o seu valor comercial. Nas sementes, a praga consome as reservas dos cotilédones, comprometendo a germinação. O objetivo deste trabalho foi estimar a diversidade genética de populações de Z. subfasciatus por meio de marcadores moleculares ISSR (Inter Simple Sequence Repeat). Foram avaliadas 12 populações de Z. subfasciatus, amostradas em oito estados brasileiros, totalizando 269 indivíduos. Cinco primers ISSR foram utilizados (UBC 807, UBC 808, UBC 809, UBC 811, UBC 891), sendo amplificadas um total de 51 bandas polimórficas com média de 10 bandas por primer. A porcentagem de polimorfismo dentro de cada população variou de 74,51 a 92,16, com porcentagem média de 83,82. A heterozigosidade esperada corrigida de Nei (HE), variou de 0,2253 a 0,3281, com média de 0,2885 e o índice de diversidade genética de de Shannon e Weaver (I) variou de 0,2908 a 0,4805, com média de 0,4167. Em nível de espécie, estes dois índices apresentaram valores de 0,3636 e 0,5393 respectivamente. Os valores de FST entre pares de populações obtidos pela análise de variância molecular (AMOVA) variaram de 0,06804 a 0,6165. A distância genética de Nei (1978), usada para estimar a divergência genética entre populações, variou de 0,0563 a 0,3250. A AMOVA permitiu uma partição da variação genética em dois níveis: dentro de populações e entre populações. Foi observada maior variação genética dentro da população, com 66% da variação total. Apenas 34% da variação genética foi observada entre populações. O teste de Mantel revelou baixa correlação entre distância geográfica e FST, identidade genética e FST e entre distância genética de Nei e FST. Pode-se concluir que a variabilidade genética da espécie ainda é considerada baixa no Brasil, provavelmente devido à introdução recente da praga. As populações de Zabrotes subfasciatus avaliadas não se apresentam geograficamente estruturadas no Brasil.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 623187 bytes, checksum: 351372d8fb2a6df46264f48e3ae8f0e5 (MD5) Previous issue date: 2007-03-02 / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Gerais / The soybean is attacked by many pathogens, spite of all the diseases the Asiatic rust caused by the fungus Phakopsora pachyrhizi has been considered one of the most important pathogens. The symptoms are characterized for small points darker than the healthy tissue, where it is observed a bulge, which it opens in small pore expelling some uredionospores. Hardly infected plants show premature fallen leave, compromising then the formation and filling of some string beans and also the final weight of some grains. The most effective controlling method is the use of some resistant varieties, however the pathogenic large variability has bothered the research of these resistant varieties. This research has aimed search the special and temporal distribution of the genetic diversity of the Phakopsora pachyrhizi, and infer about the developed relations between some Brazilian, African and Asiatic isolates. Uredionospores were collected in 20 Brazilian places and also in South African. The genomic DNA was extracted from and amplified with the PCR using specifics primers for the ITS region of the nuclear genome in the Phakopsora pachyrhizi. The ITS1 and ITS2 regions were cloned and sequenced of independent forms. Four clones of each ITS regions in samples were sequenced, aimed to verify whether it might have variability of the pathogens in same location. The sequences were lined up and compared each others and also with isolates sequences of the Phakopsora pachyrhizi from different countries in GenBank. Later, the TCS program was used to obtain haplotypes net, one for the ITS1 sequences and other for the ITS2 region. The program ARLEQUIN was used to conduct the analysis of molecular variables, calculating the diversities between and in located samples, and also to calculate the genetic and nucleotide diversity. The net based on the ITS1 sequences, was able to distinguish 21 haplotypes between 96 sequences, while the net based on ITS2 distinguished 17 haplotypes between 86 sequences, showing that spite of Phakopsora pachyrhizi was recently inserted in Brazil, the Brazilian isolates show a great genetic variability. This net shows that distributed haplotypes in Brazil were also found in Africa and Asia, showing an ancestors relation. Comparing the sequences, it was observed the presence of at least three haplotypes for each location, showing a large genetic diversity among the locations, and it was proved by variability molecular analysis. The results support the hypothesis that the origin of this fungus in Brazil has been brought through spores, probably by area transportation through the Atlantic Ocean from Africa and this migration happen more than once. / A soja é atacada por muitos patógenos, porém dentre todas as doenças a ferrugem asiática causada pelo fungo Phakopsora pachyrhizi tem sido considerada como uma das mais importantes. Os sintomas são caracterizados por minúsculos pontos mais escuros do que o tecido sadio, onde se observa uma protuberância, essa se abre em minúsculo poro, expelindo daí, os uredósporo. Plantas severamente infectadas apresentam desfolha precoce, comprometendo a formação e o enchimento de vagens e o peso final dos grãos. O método mais eficiente de controle é o emprego de variedades resistente, entretanto, a grande variabilidade patogênica tem dificultado a pesquisa de tais variedades resistentes. Esse estudo teve como objetivo investigar a distribuição espacial e temporal da atual diversidade genética de Phakopsora pachyrhizi, e inferir sobre as relações evolutivas entre os isolados de origem brasileira e de origem africana e asiática. Uredósporos foram coletados de 20 localidades brasileiras e de localidades na África do Sul. O DNA genômico foi extraído e amplificado por meio de PCR utilizando-se iniciadores específicos para a região de ITS do genoma nuclear de Phakopsora pachyrhizi. As regiões ITS1 e ITS2 foram clonadas e sequenciadas de forma independente. Foram sequenciados quatro clones de cada região ITS por amostra, com o objetivo de verificar se haveria variabilidade do patógeno dentro de uma mesma localidade. As sequências foram alinhadas e comparadas entre si e com sequências de isolados de Phakopsora pachyrhizi de diferentes países obtidas no GenBank. A seguir, o programa TCS foi utilizado para obter redes de haplótipos, uma para as sequências de ITS1, e outra para a região de ITS2. O programa ARLEQUIN foi utilizado para conduzir a análise de variância molecular, calculando a diversidade entre e dentro das localidades amostradas, como também para calcular a diversidade gênica e a diversidade nucleotídica. A rede, com base em sequências provenientes de ITS1, foi capaz de distinguir 21 haplótipos entre as 96 sequências, enquanto que a rede baseada em ITS2 distinguiu 17 haplótipos entre as 86 sequências, indicando que embora P. pachyrhizi tenha sido recentemente introduzida no Brasil, os isolados brasileiros apresentam uma grande variabilidade genética. Essa rede também mostrou que haplótipos amplamente distribuídos no Brasil também foram encontrados na África e Ásia, indicando uma relação de ancestralidade. Pela comparação das sequências, foi observada a presença de cerca de três haplótipos para cada localidade, indicando uma alta diversidade genética dentro da localidade, sendo esse indício comprovado pela análise de variância molecular. Os resultados dão suporte à hipótese de que, a origem desse fungo no Brasil tenha sido por meio de esporos trazidos, provavelmente, por correntes aéreas transoceânicas que tenham atravessado o Oceano Atlântico, vindos da África. E que essa migração ocorreu mais de uma vez.

Made available in DSpace on 2014-12-17T15:18:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 FladjuleRSS.pdf: 330062 bytes, checksum: 22e7d9836e1ea44b75c1f00b2ab22a60 (MD5) Previous issue date: 2008-03-28 / Bacterial meningitis (BM) is still an important infectious disease causing death and disability. Invasive bacterial infections of the central nervous systems (CNS) generate some of the most powerful inflammatory responses known, which contributes to neuronal damage. The DNA microarray technology showed alterations in the kynurenine (KYN) pathway that is induced in BM and other diseases associated with inflammation, leading to brain injury. Our main aim was to search SNPs previously described in the KYN path enzymes to investigate a putative association of this SNPs with imbalanced in this pathway in patients with BM. The patients included in this study were 33 males and 24 females, with ages varying from 02 months to 68 years. SNPs were located inside of the domain conserved in KYNU, IDO, KATI and KATII. Primers were designed for analysis of SNPs already described by PIRA-PCR followed by RFLP. The analysis of KYNU+715G/A SNP found a heterozygous frequency of 0.033. We did not found the variant allele of SNP KYNU+693G/A, KATI+164T/C, KATII+650C/T and IDO+434T/G. Despite of previews studies showing the importance of KYN pathway we did not found one association of these SNPs analyzed with susceptibility or severity of MB in study population. / A meningite bacteriana (MB) ? uma doen?a infecciosa que causa morte e deixa graves seq?elas. Infec??es bacterianas do sistema nervoso central (SNC) geram uma das mais poderosas respostas inflamat?rias conhecidas, a qual contribui para os danos neuronais. Atrav?s de an?lises por Microarray foi poss?vel observar altera??es na Rota da Quinurenina (RQ) que s?o induzidas na MB e em outras doen?as associadas com inflama??o, levando a inj?ria cerebral. A RQ tem um papel crucial na patog?nese da MB, produzindo neurotoxinas e esp?cies reativas de oxig?nio. Nosso principal objetivo foi buscar SNPs previamente descritos no banco de dados do NCBI em enzimas da RQ e investigar uma poss?vel associa??o destes SNPs com as altera??es da RQ em pacientes com MB. Os pacientes inclu?dos neste estudo foram 33 homens e 24 mulheres, com idades variando entre 02 meses a 68 anos. Os SNPs foram localizados dentro do dom?nio conservado da cadeia polipept?dica das enzimas KYNU, IDO, KATI e KATII. Primers foram desenhados para an?lises do SNPs atrav?s da t?cnica do PIRA-PCR seguido por RFLP. A an?lise do SNP KYNU+693G/A mostrou uma freq??ncia de heterozigosidade de 0,033. N?s n?o encontramos freq??ncia al?lica na popula??o estudada para os SNPs KYNU+693G/A, KATI+164T/C, KATII650C/T e IDO+434T/G. Apesar de estudos anteriores mostrarem a import?ncia da RQ, n?o foi encontrada uma associa??o dos SNPs estudados com a susceptibilidade ou a severidade das seq?elas da MB na popula??o em estudo.

Made available in DSpace on 2014-12-17T15:18:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 CintiaSB.pdf: 937978 bytes, checksum: a1a6cf722466de13f9b1ea03c48f4ba6 (MD5) Previous issue date: 2007-02-22 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / The gray mold, causal organism Amphobotrys ricini, is one of the major diseases of castor bean. Difficulties in managing plant disease arises form the limited understanding of the genetic structure of A. ricini, their complexity and variability make it difficult to control. Genetic structure can be used to infer the relative impact of different forces that influence the evolution of pathogen populations, that allow to predict the potencial for pathogen populations to envolve in agricultural ecosystems. Growers protect their crop by applying fungicides, but there aren t fungicides to provide significant control of gray mold of castor bean. The objectives of this work were use RAPD to determine the genetic structure of A. ricini subpopulations in Para?ba and assay the sensitivity of A. ricini isolates to azoxystrobin and carbendazim. To determine the genetic structure of A. ricini subpopulations in Para?ba, 23 isolates were colleted from two different geographic location (subpopulation). These isolates were analysed by RAPD using 22 random decamer primers, purchased from OPERON, produced a total of 80 markers polimorphics. The resulting matrixes were analysed using PopGene version 1.32. Sensitivity to azoxystrobin and carbendazim of 30 isolates, colleted form Para?ba and Alagoas, was estimated based on spore germination and colony growth inhibition. The stock solutions were added toV8 medium after sterilization to produce final concentrations of 0, 0.01, 0.1, 1, 10, and 100 ?g/ml of carbendazim and 0, 0.001, 0.01, 0.1, 1, and 10 ?g/ml of azoxystrobin. All statistical analyses were performed using SAS to estimate the dose that inhibited fungal growth by 50% (ED50 values). The genetic diversity within subpopulations (Hs=0,271) accounted for 92% of the total genetic diversity (Ht=0,293), while genetic diversity between subpopulations (Gst = 0,075) represented only 7,5%. The estimated number of migrants per generation (NM ) was 6,15. Nei s average gene identity across 80 RAPD loci was 0,9468. Individual ED50 values, for the 30 isolates screened for their sensitivity to azoxystrobin, ranged From a maximum of 0,168 ?g/ml to a minimum of 0,0036 ?g/ml. The ED50 values for carbendazim varied within the range of 0,026 to 0,316 ?g/ml / O mofo cinzento, causado pelo fungo Amphobotrys ricini, ? um dos principais problemas fitossanit?rios da cultura mamoneira. Esta doen?a causa preju?zos a cultura podendo levar ? perda total da produ??o caso medidas de controle n?o sejam implementadas a tempo. A determina??o da estrutura gen?tica de popula??es de pat?genos e o monitoramento sistem?tico das popula??es com o intuito de compreender a din?mica de seus aspectos gen?ticos ? importante para que programas de melhoramento visando a resist?ncia dur?vel tenham ?xito. O controle qu?mico do pat?geno tamb?m ? necess?rio, entretanto, n?o existem fungicidas registrados para o controle da doen?a. O objetivo deste trabalho foi determinar a variabilidade gen?tica entre e dentro de subpopula??es de A. ricini no estado da Para?ba, empregando marcadores moleculares do tipo RAPD e analisar a sensibilidade de isolados de A. ricini aos fungicidas carbendazim e azoxistrobina. Para a determina??o da estrutura gen?tica foram analisados 23 isolados de duas subpopula??es (SPs), sendo a SP1 formada por isolados coletados nos munic?pios de Campina Grande, Lagoa Seca e Esperan?a e a SP2 com isolados oriundos dos munic?pios de Areia, Rem?gio, Sol?nea e Alagoa Nova. Amostras de DNA purificadas dos isolados foram submetidas a rea??es RAPD com 22 oligonucleot?deos da s?rie OPERON, gerando 80 fragmentos polim?rficos que foram analisados pelo programa PopGene. Para verificar a sensibilidade a fungicidas, 30 isolados de duas popula??es, sendo uma da Para?ba e outra de Alagoas foram testados contra o Carbendazim avaliando-se o crescimento micelial em meio V8 acrescido do fungicida nas dosagens 0, 0.01, 0.1, 1, 10 e 100 ?g/ml; e azoxistrobina avaliando-se a germina??o de esporos. Os dados foram analisados pelo procedimento PROBIT do pacote estat?stico SAS que calculou a dosagem necess?ria para inibir 50% do crescimento micelial (DL50). A diversidade gen?tica total (Ht=0,293) ? devida ? diversidade gen?tica dentro das SPs (Hs=0,271). O n?mero de migrantes foi estimado em 6,15 indiv?duos a cada gera??o entre as subpopula??es. A fra??o da varia??o gen?tica distribu?da entre as subpopula??es Gst foi 0,075. Houve baixa diferencia??o entre as subpopula??es com base na m?dia de identidade gen?tica (Nei, 1973) entre as subpopula??es em todos os locos analisados (0,9468). Os valores de DL50 variaram entre 0,026 e 0,316 ?g/ml para carbendazim e 0,0036 e 0,168 ?g/ml para azoxistrobina. Neste estudo, h? evid?ncias de que a estrutura gen?tica da popula??o de A. ricini no estado da Para?ba seja clonal e que h? intensa migra??o e que os isolados da Para?ba e Alagoas s?o sens?veis a carbendazim e azoxistrobina

Made available in DSpace on 2014-12-17T15:18:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 LeonardoHGML.pdf: 763178 bytes, checksum: c568f24d89429cee54a6bd18443ef3bc (MD5) Previous issue date: 2007-02-28 / The germination of cotton seeds and the seedlings emergency are generally delayed and reduced by the salinity. Although the cotton is considered a tolerant culture, it can suffer substantial reductions in regarding its growth and production when exposed to salinity condition. The aims of this study went evaluate the effect of the saline stress in the germination phase to four cotton genotypes (BRS Rubi, BRS Safira, BRS 201 and CNPA 187 8H), using different osmotic potentials generated with increment of sodium chloride (NaCl). The saline stress was simulated using NaCl aqueous solutions in the potentials: 0.0 (Control); -0.2; -0.4; -0.6; -0.8 and -1.0 MPa. The treatments were monitored by means of tests for analysis of seeds, germination, first counting, speed germination index, length of shoot, radicle length, dry weigth of embrionic axis and shoot/radicle ratio. The tests for germination, first counting and index of germination speed were accomplished using 50 seeds for repetition and for the study of length of shoot, radicle length, dry weigth of embrionic axis and shoot/radicle ratio were used 20 seeds by repetition. For both tests four repetitions were accomplished by genotype for each one of the potentials. The seeds of each repetition were involved in papers Germitest humidified with NaCl solution corresponding to the potential. The repetitions of both tests were maintained in a germinator with saturated humidity. The analysis were initiate four days after the induction of the saline stress. The evaluations of the first three variables analyzed were accomplished daily; the seeds were remove and counted when its germinated. For the length tests just the repetitions corresponding to the potential of NaCl 0,0 MPa were analysis 4 days after the beginning of the induction of the saline stress. The analysis of the repetitions of the potentials -0,2 and -0,4 and of the potentials -0,6, -0,8 and -1,0 MPa they were accomplished with 12 and 20 days, respectively. For accomplishment of the analisis of this test the shoot of the 20 plantules of each repetition was separate from the radicle and both parts were measured. The statistical analyses were performed using the GENMOD and GLM procedures of the SAS. For the variable germination, the cultivates CNPA 187 8H and BRS Safira stood out for the potential -0.8 MPa, with averages of 89% and 81%, respectively. The test of speed germination index to cultivate BRS Safira presented the largest averages for the two higher saline potentials. It was observed that the increase of the saline potential reduces the germination percentage and speed germination index. For each day of evaluation it was verified that the increase of the saline potential causes a reduction of the length both of the shoot and of the radicle. The radicle tends to grow more than the shoot until the potential -0,4 MPa / A germina??o de sementes de algod?o e a emerg?ncia de pl?ntulas s?o geralmente retardadas e reduzidas pela salinidade. Embora o algod?o seja considerado uma cultura tolerante, pode sofrer redu??es substanciais no seu crescimento e na produ??o quando exposta ? condi??o de salinidade. O objetivo deste estudo foi avaliar o efeito do estresse salino na fase de germina??o em quatro gen?tipos de algod?o (BRS Rubi, BRS Safira, BRS 201 e CNPA 187 8H), empregando-se diferentes potenciais osm?ticos, gerados com acr?scimo de cloreto de s?dio (NaCl). O estresse salino foi simulado, utilizando-se solu??es aquosas de NaCl nos potenciais 0,0; -0,2; -0,4; -0,6; -0,8 e -1,0 MPa. Os tratamentos foram monitorados por meio de testes para an?lise de sementes: germina??o, primeira contagem, ?ndice de velocidade de germina??o (IVG), comprimento de parte a?rea, comprimento de rad?cula, peso seco de eixo embrion?rio e rela??o rad?cula/parte a?rea. Os testes para germina??o, primeira contagem e IVG foram realizados utilizando-se 50 sementes por repeti??o; para o estudo de comprimento de parte a?rea, comprimento de rad?cula, peso seco de eixo embrion?rio e rela??o rad?cula/parte a?rea, foram utilizadas 20 sementes por repeti??o. Para ambos os testes, foram realizadas quatro repeti??es por gen?tipo para cada um dos potenciais. As sementes de cada repeti??o foram envolvidas em pap?is Germitest umedecidos com a solu??o de NaCl correspondente ao potencial. As repeti??es de ambos os testes foram conduzidas em germinador e a umidade mantida ao ponto de satura??o. As leituras das tr?s primeiras vari?veis analisadas foram iniciadas quatro dias ap?s a indu??o do estresse salino. As avalia??es foram realizadas diariamente; as sementes foram retiradas e contabilizadas ? medida que ocorria a germina??o. Para os testes de comprimento, apenas as repeti??es correspondentes ao potencial de NaCl 0,0 MPa foram lidas, quatro dias ap?s o in?cio da indu??o do estresse. As leituras das repeti??es dos potenciais -0,2 e -0,4 e dos potenciais -0,6, -0,8 e -1,0 MPa foram realizadas, respectivamente, aos 12? e 20? dias. Para a realiza??o das leituras deste teste, a parte a?rea das 20 plantas de cada repeti??o foi separada da rad?cula e ambas mensuradas. As an?lises estat?sticas foram efetuadas, utilizando-se os procedimentos GENMOD e GLM do SAS. Para a vari?vel germina??o, as cultivares CNPA 187 8H e BRS Safira destacaram-se para o potencial -0,8 MPa, com m?dias de 89% e 81%, respectivamente. Foi observado que o aumento do potencial salino reduziu a porcentagem do IVG. Para cada dia de avalia??o, verificou-se que o aumento do potencial salino provoca uma redu??o do comprimento da parte a?rea e da rad?cula. A rad?cula tende a crescer mais que a parte a?rea at? o potencial -0,4 MPa

Made available in DSpace on 2014-12-17T15:18:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AntonioJMV.pdf: 40604 bytes, checksum: 837880de27f78652daed108818974b9f (MD5) Previous issue date: 2007-02-23 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / The Anguiliformes is constituted by 15 families, 141 sorts and 737 species. In this group eight families possess at least one karyotyped species, where a prevalence of karyotypes with 2n=38 is evidenced chromosomes and high NF, apparently basal for the Anguiliformes. The only family who shows a different karyotypic pattern from the others is the Muraenidae family. In this, of the eight species already described, all of them present 2n=42 chromosomes. Despite the dimension of this Order, few species present karyotypics descriptions. In the present work, a species of Ophichthidae, Myrichthys ocellatus (2n=38, 8m+14sm+10st+6a, NF=70) and three species of Muraenidae, Enchelycore nigricans (2n=42, 6m+8sm+12st+16a, NF=68), Gymnothorax miliaris (2n=42, 14m+18sm+10st, NF=84), Gymnothorax vicinus (2n=42, 8m+6sm+28a, NF=56) and Muraena pavonina (2n=42, 6m+4sm+32a, NF=52), collected in the coast of the Rio Grande do Norte state, Saint Peter and Paul Rocks and in the coast of Bahia state were analyzed. Mitotics chromosomes had been gotten through mitotic stimulation with yeasts. Among the analyzed species, it is observed the presence of characteristic large metacentric chromosomic pairs (≅10?m). As for the structural standard, heterochromatics regions in these species in centromeric position of the majority of the chromosomic pairs and simple ribosomal sites had been evidenced. For the Ophichthidae family, the gotten data corroborate the hypothesis of karyotypic diversification mediated by the occurrence of pericentrics inversions and robertsonians rearrangements, while in the Muraenidae, the identification of larger chromosomic values (2n=42), suggests derived karyotypes, possibly caused by possible chromosomic fissions / Os Anguiliformes s?o constitu?dos por 15 fam?lias, 141 g?neros e 737 esp?cies. Neste grupo oito fam?lias possuem pelo menos uma esp?cie cariotipada, onde ? evidenciada uma preval?ncia de cari?tipos com 2n=38 cromossomos e NF elevados, aparentemente basal para os Anguiliformes. A ?nica fam?lia que exibe um padr?o cariot?pico diferente das demais ? a fam?lia Muraenidae. Nesta, das oito esp?cies j? descritas, todas apresentam 2n=42 cromossomos. Apesar da dimens?o desta Ordem, poucas esp?cies apresentam descri??es cariot?picas. No presente trabalho, uma esp?cie de Ophichthidae, Myrichthys ocellatus (2n=38; 8m+14sm+10st+6a; NF=70) e quatro esp?cies de Muraenidae, Enchelycore nigricans (2n=42; 6m+8sm+12st+16a; NF=68), Gymnothorax miliaris (2n=42; 14m+18sm+10st; NF=84), Gymnothorax vicinus (2n=42; 8m+6sm+28a; NF=56) e Muraena pavonina (2n=42; 6m+4sm+32a; NF=52), coletadas no litoral do Rio Grande do Norte, Arquip?lago de S?o Pedro e S?o Paulo e litoral da Bahia, foram analisadas. Cromossomos mit?ticos foram obtidos atrav?s de prepara??es de curto termo, precedidas por estimula??o mit?tica com levedura. Entre as esp?cies observa-se a presen?a de grandes pares cromoss?micos metac?ntricos (≅10?m) caracter?sticos. Quanto aos padr?es estruturais nestas esp?cies foram evidenciadas regi?es heterocrom?ticas em posi??o centrom?rica da maioria dos pares cromoss?micos e s?tios ribossomais simples. Para a fam?lia Ophichthidae, os dados obtidos corroboram a hip?tese de diversifica??o cariot?pica mediada pela ocorr?ncia de invers?es peric?ntricas e rearranjos robertsonianos, enquanto que nos Muraenidae, a identifica??o de valores cromoss?micos maiores (2n=42), sugere cari?tipos mais derivados, possivelmente ocasionados por poss?veis fiss?es cromoss?micas

Submitted by Luanna Matias (lua_matias@yahoo.com.br) on 2015-05-15T19:59:02Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Vanessa Rafaela Milhomem Cruz Leite - 2014.pdf: 2374224 bytes, checksum: bbdd09c7a011fbfa20239423f0d7f3fb (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luanna Matias (lua_matias@yahoo.com.br) on 2015-05-19T14:14:18Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Vanessa Rafaela Milhomem Cruz Leite - 2014.pdf: 2374224 bytes, checksum: bbdd09c7a011fbfa20239423f0d7f3fb (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-19T14:14:18Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Vanessa Rafaela Milhomem Cruz Leite - 2014.pdf: 2374224 bytes, checksum: bbdd09c7a011fbfa20239423f0d7f3fb (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-03-13 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The fungi of the genus Paracoccidioides sp are etiologic agents of disease paracoccidioidomycosis (PCM), are termodimórficos and have the ability to move the saprobiótica form to yeast form at a temperature around 37 ° C. The uptake is essential for the growth and adaptation of the fungus in host tissue, where nitrogen-dependent pathways have close relationship with pathogenicity. Pathogenic organisms possess a regulatory system called Nitrogen Catabolic Represion which is induced when nitrogen availability is limiting in surround causing the expression of genes necessary for nutrient uptake when preferred sources such as glutamine and ammonia are scarce. This regulatory process comprises a complex system in the infectious process. This study aims to identify proteins regulated by nitrogen depletion, where the pathogenic fungus Pb01-like was analyzed as a proteomic response. Pb01-like was grown in minimal medium control MMcM (+N) and treated MMcM (-N) for 6 hours at 37 ° C, cytoplasmic proteins were extracted and subjected to tryptic digestion and quantification. The proteomic profile revealed an expression of 135 proteins, 40 proteins induced or identified the treaty, 58 repressed or identified control and 44 proteins were expressed constitutively. In silico analyzes showed that the gene is regulated by formamidase areA transcription factor that responds conditions of nitrogen depletion in Aspergillus nidulans and the surrounding medium the enzymatic activity for the gene of formamidase Pb01-like induced depletion of nitrogen during. The amino acid sequence of the regulatory gene areA important in the metabolism of nitrogen was aligned between Pb01-like, Pb18, Aspergillus nidulans and Neurospora crasssa where this alignment showed high identity and homology of conserved zinc finger domains and DUF 1752. Metabolic pathways such as fermentation, gluconeogenesis, protein synthesis, nitrogen metabolism were induced for the depletion of nitrogen, showing a possible modulation of the metabolism of the fungus in order to be able to adapt to environments with nitrogen limitation. / Os fungos do genêro Paracoccidioides sp são agentes etiológicos da doença paracoccidioidomicose (PCM), são termodimórficos e possuem a capacidade de transitar da forma miceliana para a forma de levedura à temperatura em torno de 37°C. A captação de nitrogênio é essencial para o crescimento e adaptação do fungo em tecido hospedeiro, onde vias dependentes de nitrogênio possuem estreita relação com a patogenicidade. Organismos patogênicos possuem um sistema regulatório conhecido como Nitrogen Catabolic Repression que é induzido quando a disponibilidade de nitrogênio é limitante no meio, ocasionando a expressão de genes necessários para a captação do nutriente quando fontes preferenciais como a glutamina e amônia estão escassas. Esse processo regulatório compõe um complexo sistema no processo infeccioso. Este trabalho tem o objetivo de identificar proteínas reguladas pela depleção de nitrogênio, onde o fungo patogênico Pb01-like foi analisado quanto sua resposta proteômica. Pb01-like foi cultivado em meio mínimo controle MMcM (+N) e tratado MMcM (-N) por 6 horas a 37°C, as proteínas citoplasmáticas foram extraídas e submetidas a quantificação e digestão triptica. O perfil proteômico revelou uma expressão 135 proteínas, sendo 40 proteínas induzidas ou identificadas apenas no tratado, 58 proteínas reprimidas ou identificadas apenas no controle e 44 foram expressas constitutivamente. Análises in silíco revelou que o gene da formamidase é regulado pelo fator de transcrição areA, em Aspergillus nidulans que responde as condições de depleção de nitrogênio do meio circundante sendo a atividade enzimática para o gene da formamidase de Pb01-like induzida durante a depleção de nitrogênio. A sequência de aminoácidos do fator de transcrição areA importante regulador do metabolismo de nitrogênio foi alinhado entre Pb01-like, Pb18, Aspergillus nidulans e Neurospora crasssa onde esse alinhamento demonstrou uma alta identidade e homologia dos domínios conservados dedo de zinco e DUF 1752. Vias metabólicas como a fermentação, gliconeogênese, síntese de proteínas, metabolismo de nitrogênio estavam induzidas durante a depleção de nitrogênio, demonstrando uma possível modulação do metabolismo do fungo afim de conseguir adaptar-se a ambientes com limitação de nitrogênio.

Submitted by Luanna Matias (lua_matias@yahoo.com.br) on 2015-05-15T20:30:37Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Sabrina Delgado Soares - 2014.pdf: 10379614 bytes, checksum: ee7ac2835c171b18d788cfc5e96ddd46 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luanna Matias (lua_matias@yahoo.com.br) on 2015-05-19T14:20:40Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Sabrina Delgado Soares - 2014.pdf: 10379614 bytes, checksum: ee7ac2835c171b18d788cfc5e96ddd46 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-19T14:20:49Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Sabrina Delgado Soares - 2014.pdf: 10379614 bytes, checksum: ee7ac2835c171b18d788cfc5e96ddd46 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-08-04 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The strong demand for hardwood drives selective logging and degradation of forests ecossystems in Brazil. Due to its wood value and predatory logging, Brazilian mahogany (Swietenia macrophylla) is at risk of extinction. Currently, its trees are protected and banned from logging by the Brazilian Institute of Environment (IBAMA). Monoculture of the Brazilian mahogany is proven unsuccessful due to the attack of the Hypsipyla grandella larvae. An alternative to Brazilian mahogany plantation is the African mahogany (Khaya ivorensis), a species with similar high valued wood properties. The Universidade Federal de Goiás in partnership with Mudas Nobres Company started a breeding program with Khaya ivorensis. The objective of this study was to evaluate the genetic diversity and divergence among 53 superior trees selected and cloned as part of the breeding strategies. Clones were selected from three different populations, planted in two farms in Pará state and originating from Ivory Coast and Tanzania populations. Twelve seedlings of Khaya senegalensis were also used as a control group in the analyses of genetic divergence. The individuals were genotyped with eight microsatellite loci developed for K. senegalensis, by capillary electrophoresis on the ABI-3100 (Applied Biosystems) platform. The software GeneMapper (Applied Biosystems) was used to genotype the alleles. The average number of alleles per locus was 5.875. The average expected heterozygosity was lower (HE = 0.563) than the average observed heterozygosity (HO = 0.738). Therefore, the average intrapopulation fixation index was negative (f = - 0.314) indicating that high inbreeding depression is decreasing the frequency of homozygous when compared to what would be expected under Hardy-Weinberg Equilibrium. The average fixation index between populations was estimated at θ = 0.008, indicating that only 0.8% of the genetic variability is due to differences between populations. The dendrogram generated from the matrix of Rogers’ genetic distance showed two distinct groups, separating the control group with K. senegalensis from the K. ivorensis selected trees. The group composed of K. ivorensis had nodes with weak bootstrap consistency indicating weak genetic structure among selected trees. The lack of genetic structure was confirmed by a Bayesian approach on the Structure (version 2.3.4) program. The genetic diversity observed within the selected breeding population is comparable to that of natural populations of African and Brazilian mahoganies. The genetic distance estimated with this work will guide the selection of divergent progenitors to be crossed. / A forte demanda por madeira nobre impulsiona o corte seletivo de árvores e a degradação das florestas brasileiras. Devido ao extrativismo predatório, o mogno brasileiro (Swietenia macrophylla) encontra-se em risco de extinção e proibido de corte pelo IBAMA. Uma alternativa ao extrativismo e às tentativas fracassadas de plantios do mogno brasileiro é o mogno africano (Khaya ivorensis). A Universidade Federal Goiás em parceria com a empresa Mudas Nobres iniciaram pesquisas para melhoramento genético do K. ivorensis. O objetivo do presente trabalho foi estimar a diversidade e a divergência genética em 53 árvores superiores selecionada no âmbito desse programa de melhoramento. Os clones foram selecionados em três populações diferentes, plantadas em fazendas no estado do Pará a partir de populações da Costa do Marfim e Tanzânia na Africa. Foram utilizadas 12 árvores de Khaya senegalensis como um grupo controle nas análises de divergência genética. Os genótipos dos indivíduos foram obtidos com oito locos microssatélites, desenvolvidos para K. senegalensis, através de eletroforese capilar na plataforma ABI- 3100 (Applied Biosystems). O programa GeneMapper (Applied Biosystems) foi utilizado para determinar os alelos. Todos os locos foram 100% polimórficos, com número médio de alelos por loco de 5,875. A heterozigosidade esperada média foi menor (HE = 0,563) que a heterozigosidade observada média (HO = 0,738). Com isso, o índice de fixação médio intrapopulacional foi estimado em f = -0,314, indicando que a depressão por endogamia pode estar diminuindo a frequência de homozigotos quando comparado com o que seria esperado sob Equilíbrio de Hardy-Weinberg. Já o índice de fixação médio entre as populações foi estimado em θ = 0,008, indicando que somente 0,8% da variabilidade genética está estruturada entre as populações. O dendograma gerado a partir da matriz de distância genética de Rogers demonstrou dois grupos bem distintos, separando o grupo controle com K. senegalensis do restante das árvores de K. ivorensis. O grupo composto pelos K. ivorensis apresentou fraca consistência entre os nós, nos bootstraps, evidenciando a pequena diferenciação genética entre as árvores selecionadas. A falta de estruturação foi confirmada por uma abordagem Bayesiana com o programa Structure. A população de melhoramento possui diversidade genética comparável com a de populações naturais de mogno africano e mogno brasileiro. Os resultados de distância genética entre os clones, estimados neste trabalho, serão utilizados para escolha de genitores divergentes em futuros cruzamentos.

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2015-10-22T16:02:34Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Maycon Carvalho Ribeiro - 2014.pdf: 1028131 bytes, checksum: 34ecaebcaac3768726bacc1c6c4f694b (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2015-10-22T16:03:56Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Maycon Carvalho Ribeiro - 2014.pdf: 1028131 bytes, checksum: 34ecaebcaac3768726bacc1c6c4f694b (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-10-22T16:03:56Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Maycon Carvalho Ribeiro - 2014.pdf: 1028131 bytes, checksum: 34ecaebcaac3768726bacc1c6c4f694b (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-08-04 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Cyclodextrin glycosyltransferase (CGTase, EC 2.4.1.19) is an important industrial enzyme for being the only one able to convert starch and related glucans in cyclic oligosaccharides called cyclodextrins (CDs). The arrangement of the glucose units in the formation of CD results in a molecule with the shape of a cone, with hydrophobic interior and hydrophilic surface. This arrangement of glucose molecules in CDs allows its use as a host molecule in the formation of inclusion complexes with organic and inorganic compounds. This mechanism is advantageous in protecting the guest molecule from light, heat and oxidizing conditions and also enable the "dissolution" of compounds of low solubility in aqueous media. Cyclodextrins are used from the food industry to the pharmaceutical, in controlled drug delivery systems and immobilization of toxic compounds for environmental protection. The CGTases are mainly produced by bacteria of the genus Bacillus, found degrading starch rich substrates. The aim of this study was to identify, isolate, select and characterize strains of CGTase-producing bacteria from soil samples from different regions of Brazil as well as calculate the enzymatic production of these bacteria on low-cost substrates. With this work, it was possible to identify 17 bacteria producing cyclodextrin glycosyltransferase enzyme, with nine of them had values above 1.5 for enzymatic production. Of these, all were characterized as gram positive Bacillus. Bioprospecting of bacteria in soils of different cultures led to the identification of bacteria that may be used in studies for the production of cyclodextrin glycosyltransferase and subsequent implementation by various industries. / Ciclodextrina glicosiltransferase (CGTase, EC 2.4.1.19) é uma enzima industrial importante, sendo a única capaz de converter o amido e glucanos afins em oligossacarídeos cíclicos chamados ciclodextrinas (CDs). O arranjo das unidades de glicose na formação da CD resulta em uma molécula com a forma de cone, com interior hidrofóbico e superfície hidrofílica. Este arranjo das moléculas de glicose permite seu uso como molécula hospedeira na formação de complexos de inclusão com compostos orgânicos e inorgânicos. Este mecanismo é vantajoso na proteção de moléculas contra luz, calor e condições oxidantes e também possibilita melhorar a solubilidade de compostos hidrofóbicos. Ciclodextrinas são utilizadas desde a indústria de alimentos até a farmacêutica, em sistemas de liberação controlada de drogasse e imobilização de compostos tóxicos para proteção ambiental. As CGTase são principalmente produzidas por bactérias do gênero Bacillus, encontradas degradando substratos ricos em amido. O objetivo deste estudo foi identificar, isolar, selecionar e caracterizar linhagens de bactérias produtoras de CGTase a partir de amostras de solo de diferentes regiões do Brasil bem como calcular o índice enzimático destas bactérias em substratos de baixo custo. Com a realização deste trabalho, foi possível identificar 17 bactérias produtoras da enzima ciclodextrina glicosiltransferase, sendo que nove delas apresentaram valores para índice enzimático acima de 1,5. Destas, todas foram caracterizadas como sendo Bacillus gram positivos. A bioprospecção de bactérias em solos de diferentes culturas possibilitou a identificação de bactérias que poderão ser usadas em estudos para a produção da ciclodextrina glicosiltransferase e posterior aplicação pelas mais diversas indústrias.

Conselho Nacional de Desenvolvimento CientÃfico e TecnolÃgico / FundaÃÃo de Amparo à Pesquisa do Estado do Cearà / A transformaÃÃo genÃtica de plantas atualmente representa uma importante ferramenta para investigaÃÃo da funÃÃo de genes de diversas origens como plantas, fungos, vÃrus, nematÃides e bactÃrias, sendo os de origem bacteriana os mais representativos. Dentro desse contexto, seqÃÃncias codificando para domÃnios contendo repetiÃÃes YD (tirosina- Ãcido aspÃrtico), que possuem similaridades com proteÃnas nematicidas, foram previamente detectadas no genoma de Chromobacterium violaceum estirpe ATCC 12472. Dentre essas seqÃÃncias, a ORF CV1887 (4.155 pb) foi selecionada para clonagem e expressÃo no sistema heterÃlogo, objetivando validar a atividade determinada in silico na anotaÃÃo do genoma de C. violaceum. A estratÃgia experimental consistiu em clonar as seqÃÃncias completa (4.155 pb) e parcial (2.642 pb) da ORF CV1887 no vetor binÃrio pBI121. Os vetores recombinantes foram introduzidos em cÃlulas de Agrobacterium tumefaciens estirpe LBA4404, por eletroporaÃÃo. Empregando-se o sistema de agroinfecÃÃo, segmentos foliares de Nicotiana tabacum var. Xanthi foram transformados e usados como propÃgulos para regeneraÃÃo dos transformantes primÃrios. A confirmaÃÃo da transformaÃÃo genÃtica foi feita por reaÃÃo da polimerase em cadeia (PCR), sendo usado como molde, o DNA genÃmico extraÃdo de clones selecionados em meio de cultura contendo canamicina. Pela visualizaÃÃo das bandas no gel de agarose, dos 19 clones selecionados de CV1887 parcial, 84% apresentaram bandas no tamanho aproximado de 2.642 pb e dos 13 clones selecionados de CV1887 completo, 78% apresentaram bandas no tamanho aproximado de 4.155 pb. Para a anÃlise da expressÃo, foram selecionados trÃs clones transformados com a seqÃÃncia CV1887 parcial, dois clones transformados com a seqÃÃncia CV1887 completa, trÃs clones transformados com o gene repÃrter gus, que codifica para a enzima β-glucoronidase, e dois clones de plantas controle nÃo transformadas. O RNA extraÃdo dos clones selecionados foi utilizado em uma reaÃÃo de RT-PCR para a sÃntese do cDNA e amplificaÃÃo das seqÃÃncias correspondentes. Os produtos da amplificaÃÃo foram analisados por meio de eletroforese em gel de agarose, constatando-se a presenÃa de bandas no tamanho aproximado de 2.642 pb para os trÃs clones transformados com a seqÃÃncia CV1887 parcial e no tamanho de 1.812 pb para os trÃs clones transformados com gus, confirmando-se a presenÃa dessas seqÃÃncias nas cÃlulas transformadas. NÃo foi confirmada a presenÃa, nos clones transformados, da seqÃÃncia CV1887 completa. / The genetic transformation of plants represents today an important tool to investigate the function of genes of diverse origins like plants, fungi, virus, nematodes and bacteria. Those that come from bacteria are the most representative ones. Within this context, sequences coding to domains containing YD (tyrosine - asparatate) repetitions, that have similarities with nematicide proteins, were detected in the Chromobacterium violaceum strain ATCC 12472 genome. Among these sequences, the ORF CV1887 (4.155 bp) was selected for cloning and expression in the heterologous system, in the attempt to validate its activity determined in silico in the C. violaceum genome's annotation. The experimental strategy consisted in cloning the complete (4.155 bp) and the partial sequence (2.642 bp) of the ORF in the binary vector pBI121. The recombinant vectors w ere introduced in Agrobacterium tumefaciens strain LBA4404 cells by electroporation. By utilizing agroinfection system, leaves segments of Nicotiana tabacum var. Xanthi were transformed and used as propagles for regeneration of the firsts transformants. Th e confirmation of the genetic transformation was achieved by PCR with the genomic DNA extracted from of the selected clones, followed of a PCR reaction. The visualization of bands in the agarose gel electrophoresis showed that from the 19 clones with the p artial sequence cv1887 that were selected, 84% showed bands with approximate size of 2.642 bp, and from the 13 clones with the complete sequence CV1887 that were selected, 78% showed bands with approximate size of 4.155 bp. For the expression analysis, the following were selected: three transformed clones with partial sequence CV1887, two transformed clones with complete sequence CV1887, three clones transformed with the reporter gene gus, which encodes for the enzyme b - glucoronidase, and two control clone s of non - transformed plants. The RNA from the selected clones was used in a RT - PCR reaction for cDNA synthesis and amplification of the corresponding sequences. The products of the amplification were analyzed in an agarose gel electrophoresis, showing the presence of bands with 2.642 bp for the three clones transformed with partial sequence CV1887 and 1.812 bp for the three clones transformed with gus and it is confirmed the presence of these sequences in the transformed cells. It was not confirmed the pres ence in transformed clones, the complete sequence CV1887.