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Relações genéticas entre índices de biotipo animal e características de importância econômica em bovinos Nelore /Tramonte, Nicole Colucci. January 2018 (has links)
Orientador: Fernando Sebastian Baldi Rey / Coorientador: William Koury Filha / Coorientador: Claudio de Ulhoa Magnabosco / Coorientador: Rafael Lara Tonussi / Banca: Danísio Prado Munari / banca: Carina Ubirajara Faria / Resumo: O objetivo do presente estudo foi reunir as características morfológicas de estrutura (ES), precocidade (PS) e musculosidade (MS) ao sobreano em características únicas indicadoras de biotipo animal, estimar seus parâmetros genéticos e para características de importância econômica como peso ajustado aos 450 dias de idade (P450), área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura subcutânea na costela (EG), espessura de gordura subcutânea na garupa (EGP8), ES, PS, MS, perímetro escrotal ajustado aos 365 (PE365) e 450 (PE450) dias de idade, idade ao primeiro parto (IPP), probabilidade de parto precoce (PPP) e stayability(STAY), a fim de verificar a possibilidade da utilização das características indicadoras biotipo em programas de melhoramento genético de bovinos de corte da raça Nelore. Os dados analisados foram fornecidos pela Associação Nacional de Criadores e Pesquisadores (ANCP). O modelo utilizado para a estimativa de parâmetros genéticos incluiu o efeito aleatório genético aditivo direto e o efeito fixo de grupo de contemporâneos. Para as análises foi utilizada a metodologia ssGBLUP. Métodos multivariados foram empregados para análises de componentes principais pelo procedimento PROC PRINCOMP do software SAS. Foram utilizados dados de ES, PS, MS e P450. O primeiro e o segundo componentes da análise explicaram 82,08% da variabilidade dos dados de e foram utilizados como autovalores para obtenção dos índices de biotipo animal PCA1 e PCA2. A característica SAM foi formada pel... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study was to gather the morphological characteristics after yearling of body structure (BS), finishing precocity (FP) and muscling (MS) in unique traits indicative of animal biotype and estimate its genetic parameters and for the characteristics of economic importance of body weight at 450 days of age (W450), ribeye area (REA), backfat thickness (BF), rump fat thickness (RF), BS, FP, MS, scrotal circumference at 365 (SC365) and 450 (SC450) days of age, age at first calving (AFC), heifer pregnancy (HP) and stayability (STAY) in order to verify the possibility of using the animal biotype indicator characteristics in breeding programs for Nelore beef cattle. The data analyzed were provided by the National Association of Breeders and Researchers (ANCP). The model used for the estimation of genetic parameters included the additive genetic direct random effect and the fixed group effect of contemporaries. For the analyzes, the ssGBLUP methodology was used. Multivariate methods were used for principal component analyzes by the PROC PROCOMP procedure of the SAS software. Data from BS, FP, MS and W450 were used. The first and second components of the analysis explained 82.08% of the variability of the data and were used as eigenvalues to obtain the indices of animal biotype PCA1 and PCA2. The SAM characteristic was formed by the combination of BS, FP and MS scores, penalizing or subsidizing late or early animals, respectively. The animal biotype indexes presented high ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Diversidade cariológica de roedores de pequeno porte do estado do Tocantins, Brasil /Lima, José Fernando de Sousa. January 2000 (has links)
Orientador: Sanae Kasahara / Banca: Guaracy Tadeu Rocha / Banca: Ives José Sbalqueiro. / Banca: Orlando Moreira Filho / Banca: Alejo Mesa Larrambebere. / A data da defesa é 20/02/2006, sendo a entrega do original em dezembro de 2000 / Resumo: Foram coletados exemplares roedores de pequenos porte em diversas localidades do estado do Tocantins, distribuídas em 3 tipos de região de acordo a vegetação predominante: Norte sob a influência da Floresta Amazônica, Centro-Sul e Leste sob influência do Cerrado e Médio Araguaia constituído pelo complexo da Ilha do Bananal. As preparações cromossômicas foram submetidas à coloração convencional, assim como às técnicas de bandas G, C e RON. Diferenciação cromossômica foi produzida nos cromossomos de alguns indivíduos, após tratamento das células com brometo de etídio. Foram cariotipados um total de 102 exemplares distribuídos em 9 gêneros e 12 espécies: Bolomys lasiurus (2n=34 e NA=34), Calomys tener (2n=66 e NA=66), Calomys sp.n. (2n=46 e NA=66), Nectomys rattus (2n=52, 53 e NA=52, 54), Oligoryzomys flavescens (2n=64 e NA=66), Oligoryzomys sp.n. (2n=70 e NA=76), Oryzomys megacephalus (Cariótipo A com 2n=54 e NA=62; Cariótipo B com 2n=52/53 e NA=58/60), Oryzomys gr. subflavus (2n=46 e NA=56), Rhipidomys macrurus (2n=44 e NA=48), pertencentes à família Cricetidae; Proechimys roberti (2n=30 e NA=54), Trichomys apereoides (2n=30 e NA=54), pertencentes à família Echimyidae; e Rattus rattus (2n=38 e NA=58), pertencente a família Muridae. Da espécie Oecomys gr. concolor, não obtivemos preparações cromossômicas. A grande maioria das espécies tem ocorrência relatada para as regiões Norte e Centro-Oeste do Brasil e a respectiva cariologia já é conhecida. Observa-se que os cariótipos encontrados são, de maneira geral, similares ou idênticos àqueles descritos na literatura, com raros casos de polimorfismos cromossômicos. Alguns exemplares da (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Small rodents were collected at different sites in the state of Tocantins, distributed into three types of region according to the predominant vegetation: North, under the influence of the Amazon Forest, Mid-South and East under the influence of the Cerrado, and Middle Araguaia consisting of the complex of Bananal Island. The chromosomal preparations were submitted to conventional staining, as well as to G, C and NOR banding techniques. Chromosome differentiation was produced in the chromosomes of some individuals, after cell treatment with ethidium bromide. A total of 102 specimens were karyotyped, and they were distributed into 9 genera and 12 species: Bolomys lasiurus (2n=34 and NA=34), Calomys tener (2n=66 and NA=66), Calomys sp.n. (2n=46 and NA=66), Nectomys rattus (2n=52, 53 and NA=52, 54), Oligoryzomys flavescens (2n=64 and NA=66), Oligoryzomys sp.n. (2n=70 and NA=76), Oryzomys megacephalus (Karyotype A with 2n=54 and NA=62; Karyotype B with 2n=52/53 and NA=58/60), Oryzomys gr subflavus (2n=46 and NA=56), and Rhipidomys macrurus (2n=44 and NA=48), belonging to the family Cricetidae; Proechimys roberti (2n=30 and NA=54) and Trichomys apereoides (2n=30 and NA=54), belonging to the family Echimyidae, and Rattus rattus (2n=38 and NA=58), belonging to the family Muridae. Chromosome preparation from Oecomys gr. concolor were not obtained. The majority of the species have been reported to occur in the Northern and Mid-Western regions of Brazil and their karyology is already known. The...(Complete abstract click electronic access below) / Doutor
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Parâmetros genéticos para tempo em corridas de diferentes distâncias em cavalos de raça puro-sangue inglês /Abrahão, André Rodrigues, 1976 January 2004 (has links)
Orientador: Marcílio Dias Silveira da Mota / Resumo: Clicar acesso eletrônico abaixo. / Abstract: Click electronic access below. / Mestre
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Análise de sequências da região intergência ITS-1 do rDNA em espécies de Drosophila do cluster buzzatti, (complexo Buzzatti, subgrupo Mullerri, grupo Repleta). -Lucca Júnior, Marcos de. January 2006 (has links)
Orientador: Carlos Roberto Ceron / Banca: Cláudia Maria Aparecida Carareto / Banca: Maura Manfrin / Banca: Rogério Pincela Mateus / Banca: Ana Silvia Lapenda / Resumo: As espécies de Drosophila pertencentes ao cluster buzzatii se distribuem pelo território sul americano, na área compreendida desde a Amazônia brasileira até o chaco argentino. São espécies tipicamente cactofílicas, por utilizarem cladódios de cactos em decomposição para realizarem seu ciclo de vida. Neste trabalho investigamos as relações filogenéticas entre as seguintes espécies pertencentes ao cluster buzzatii: D. richardson (cluster stalkeri), D. koepferae (linhagem B26D2), D. seriema (linhagens D54M e D40F1M), D. serido (linhagens 1431.3 e H49F1M) e D. borborema (linhagem 1282.2). Dentre as 690 posições analisadas, foram encontrados 152 sítios conservados e 173 sítios informativos para parcimônia quando todas as seqüências foram alinhadas. O número médio total de nucleotídeos obtido para alinhamento foi de 493.4, sendo que nestes foi encontrada uma porcentagem superior no conteúdo de A-T, cerca de ~70%, em relação ao conteúdo de G-C, cerca de ~30%. Os métodos da máxima parcimônia e de distância foram utilizados para o estabelecimento das relações filogenéticas entre as seqüências analisadas e demonstraram topologias semelhantes. Nossos resultados mostram que as espécies analisadas do cluster buzzatii constituem um grupo monofilético, e que D. richardsoni (cluster stalkeri) apresenta-se como uma espécie irmã colocada Resumo em uma posição basal em relação às outras espécies. Ainda com base em nossos resultados verificamos que a análise das seqüências do espaçador intergênico ITS-1 forneceu relações filogenéticas resolvidas, sem quaisquer politomias, embora o grupo de espécies analisadas seja constituído por espécies com baixa divergência genética. / Abstract: Drosophila species belonging to cluster buzzatii are cactophilic species found in South América with a distribution from Amazonian region until Argentina. In this work we investigate the phylogenetic relationship among four species of the cluster buzzatii: D. koepferae (linhagem B26D2), D. seriema (linhagens D54M e D40F1M), D. serido (linhagens 1431.3 e H49F1M) e D. borborema (linhagem 1282.2) as well as D. richardsoni (stalkeri cluster), analised as outgroup species by comparison of intergenic ITS-1 sequences of ribosomal DNA. This spacer sequences presented a length of ~550 bp in all of analysed species. It was not found any restriction site for Eco RI, Alu I, Hind III, Sal I e Hae III inside ITS-1 amplified fragments, indicating a similarity among them. Higher proportion of A-T content (~70%) was found for all analysed ITS-1 fragments, as expected for non-coding sequences. In respect to phylogenetic relation among species belonging to cluster buzzatii our data suggest that this cluster is monophyletic. However, was observed that D. serido lineages presented polymorphism higher than other species. / Doutor
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Construção de um mapa comparativo preliminar do cromossomo 6 do búfalo de rio (Bubalus bubalis) utilizando um painel de células somáticas hídricas irradiadas /Stafuzza, Nedenia Bonvino. January 2007 (has links)
Orientador: Maria Elisabete Jorge Amaral / Banca: Eliana Morielle Versute / Banca: Humberto Tonhati / Resumo: Nesse trabalho apresentamos o primeiro mapa comparativo do cromossomo 6 do búfalo de rio (BBU6), desenvolvido a partir da utilização de um painel de células somáticas híbridas irradiadas búfalo-roedor com fragmentação de 5000 rads. O mapa preliminar construído é composto por 33 marcadores, os quais estão ordenados em dois grupos de ligação compostos por 12 microssatélites, 19 genes codificantes e duas ESTs. A freqüência de retenção observada entre os marcadores variou de 14.4% a 40%. A ordem dos marcadores dentro dos grupos de ligação do BBU6, em sua maioria, é consistente com o mapa RH bovino. Esse mapa preliminar do BBU6 é um ponto de partida para comparar a ordem dos genes entre as espécies, fornecendo uma oportunidade para estudar micro-arranjos nesse cromossomo, além de possibilitar a clonagem posicional em búfalo de rio. / Abstract: We present the first radiation hybrid map of BBU6 developed from a recently constructed river buffalo whole-genome radiation hybrid panel (BBURH5000). The preliminary map contains 33 cattle-derived markers, including 12 microsatellites, 19 coding genes and two ESTs, distributed in two linkage groups. The retention frequency of individual markers ranged from 14.4% to 40.0%. Most of the marker order within the linkage groups is consistent with the cattle RH maps. This preliminary BBU6 RH map is the starting point for comparing gene order between both species, presenting opportunity for examination of micro-rearrangements of these chromosomes and, thereby enhancing the possibility of positional candidate cloning in river buffalo. / Mestre
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Caracterização do padrão de esterases de espécies de Drosophila de grupo saltans (subgênero Sophophora) e sua aplicação ao estudo da filogenia e à identificação de espécies /Bernardo, Alessandra Augusta. January 2007 (has links)
Orientador: Hermione Elly Melara de Campos Bicudo / Banca: Lílian Castiglioni / Banca: Marcelo Ferreira Lourenço / Banca: Eduardo Alves de Almeida / Banca: Lilian Madi Ravazzi / Resumo: Os padrões de esterases de 19 linhagens de 10 espécies do grupo saltans foram analisados usando eletroforese em gel de poliacrilamida e α e β-naftil acetatos como substratos. Cinqüenta e uma bandas esterásicas foram detectadas e classificadas como 31 α-esterases, 18 β-esterases e duas α/β-esterases. Com base nos padrões de inibição usando Malathion e sulfato de eserina, 34 bandas foram classificadas como carboxilesterases, 14 como acetilesterases e três como colinesterases. Dez loci gênicos foram tentativamente estabelecidos com base nos dados de posição da banda no gel, preferência ao substrato e padrões de inibição. Vinte bandas foram espécie-específicas, as restantes foram compartilhadas por espécie de um mesmo ou diferentes subgrupos. Sete bandas α-esterásicas foram observadas exclusivamente em machos. Bandas com diferentes freqüências ou grau de expressão entre os sexos também foram detectadas. Nos géis preparados para análise da expressão dos genes nas partes do corpo (cabeça, tórax e abdome), o grau de expressão das β- esterases foi alto no tórax, enquanto as α-esterases expressaram-se predominantemente no abdome e tórax. Uma visão global dos dados, atualmente disponíveis, quanto às esterases das espécies do grupo saltans é apresentada neste trabalho. As hipóteses filogenéticas geradas à partir dos dados deste estudo foram comparadas com filogenias anteriores baseadas na morfologia, bioquímica e características moleculares. / Abstract: The esterase patterns of 19 strains from 10 species in the saltans group were analyzed using polyacrylamide gel electrophoresis and α- and β-naphthyl acetates as substrates. Fifty-one esterase bands were detected and classified as 31 α-esterases, 18 β-esterases and two α/β- esterases. On the basis of the inhibition patterns using Malathion and eserine sulfate, 34 bands were classified as carboxylesterases, 14 as acethylesterases and three as cholinesterases. Ten gene loci were tentatively established on the basis of data on band position in the gel, substrate preference and inhibition pattern. Twenty bands were species-specific, the remaining being shared by species from the same or different subgroups. Seven α-esterase bands were observed exclusively in males. Bands with a different frequency or degree of expression between sexes were also detected. In the gels prepared for analysis of gene expression in the body parts (head, thorax and abdomen), the degree of expression of the β- esterases was higher in the thorax, while the α-esterases were expressed predominantly in the abdomen and thorax. A global view of the data available at present on the esterases of species from the saltans group is presented. Phylogenetic hypotheses generated from data in this study are compared with prior phylogenies based on morphological, biochemical and molecular characteristics. / Doutor
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Espermatogênese e comportamento nucleolar em espécies da família pentatomidae (Heteroptera) de importância econômica /Souza, Hederson Vinícius de. January 2009 (has links)
Orientador: Mary Massumi Itoyama / Banca: Doralice Maria Cella / Banca: Maria Elisabete Jorge Amaral / Resumo: Os Heteroptera constituem um dos mais importantes grupos de insetos do ponto de vista econômico, pois a maioria, durante os estádios de ninfa e adulto, alimenta-se de plantações ou grãos armazenados para o consumo humano. As análises citogenéticas permitiram verificar que Antiteuchus tripterus possui um lobo composto (5/6), o qual pode estar envolvido na nutrição do lobo harlequin, evidência que pressões evolutivas ocorreram para a manutenção deste lobo, nesta espécie, o que demonstra a importância, desse lobo, para algumas espécies. Permitiram, ainda, verificar que todas as espécies apresentam sistema cromossômico do sexo XY e complemento cromossômico de 2n= 14 cromossomos. Além disso, as análises do comportamento nucleolar evidenciaram que há atividade metabólica diferenciada para os lobos 4, 5 e 6 em Antiteuchus tripterus e também em espécies não possuidoras do lobo harlequin, como Platycarenus umbractulatus, que apresentou marcações diferenciadas no lobo 5, a qual pode indicar a formação de espermatozóides não fecundantes. A espécie Euschistus heros não apresenta lobo harlequin, porém as análises da espermatogênese demonstraram que há diferenças significativas no tamanho das células dos lobos 4 e 6, os quais podem estar relacionados com a formação de espermátides não-fecundantes. Foi verificada a presença de corpos nucleolares na forma de "mushroom" nas espécies do gênero Oebalus, característica, ainda não descrita na literatura, além disso, foi observada, em P. umbractulatus, a presença de dois corpos escuros e dois mais claros, que podem demonstrar a participação dos cromossomos sexuais na formação e organização do nucléolo desta espécie. Assim, verifica-se a importância dessas análises para compreensão do cenário evolutivo da família Pentatomidae. / Abstract: The Heteroptera are the most important group of insect related with economic importance, because the most of them, during ninfal stage and adult stage, feed in plantations or stored grains to the human consumption. The cytogenetical analyses permitted verify that Antiteuchus tripterus has a compound lobe (5/6), which should be involved in the nutrition of harlequin lobe, evidences that evolutionary pressures occurred for the maintenance of this lobe in this species, which shows the importance of this lobe for some species. The analyses also permitted to evidence that all species analyzed have XY sexual chromossomic systems and a chromossomic complement 2n= 14 chromosomes. Furthermore, the analyses of the nucleolar behavior showed there are different metabolic activities in the lobes 4, 5 and 6 in Antiteuchus tripterus and in the species without the harlequin lobe, as Platycarenus umbractulatus, also had different marcation in lobe 5, which can indicate the formation of non-fertilizing sperm. The species Euschistus heros do not have harlequin lobe, but the analyses of spermatogenesis showed that there are significant differences in cell size in the lobes 4 and 6, which may be related to the formation of non-fertilizing spermatids. It was verified the presence of nucleolar bodies with morphology like "mushroom" in the species of the genus Oebalus, feature not yet observed. Moreover was observed in P. umbractulatus, the presence of two dark bodies and two lighter, which may demonstrate the participation of sex chromosomes in the formation and organization of the nucleolus in these species. Thus, this present work shows the importance of such analyses for understanding the evolutionary scenario of the family Pentatomidae. / Mestre
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Infecção experimental de ratos (Rattus norvegivus) da linhagem Lewis por Strongyloides venezuelensis : dinâmica da infecção, uso de PCR para detecção do parasita e caracterização da resposta imune humoral /Marra, Nelson Mendes. January 2009 (has links)
Orientador: Mônica R. V. Amarante / Banca: Alexandrina Sartori / Banca: Paulo Eduardo Martins Ribolla / Banca: Katia Denise Saraiva Bresciani / Banca: Maria Elisabete Jorge Amaral / Resumo: No presente estudo foram analisadas a dinâmica da infecção primária por Strongyloides venezuelensis em ratos Lewis, a influência do sexo do hospedeiro e sua resposta imune. Também foi comparada a sensibilidade da PCR com as técnicas histológica e parasitológica na caracterização desta infecção utilizando amostras de tecidos e fezes, respectivamente. No primeiro artigo, o número de ovos por grama de fezes (OPG) foi determinado pela técnica de McMaster modificada e o DNA foi extraído para análise por PCR. Comparou-se a sensibilidade de ambos os métodos para o diagnóstico do parasita em fezes de ratos inoculados com 40, 400 e 4000 larvas infectantes (L3) e essas infecções foram consideradas leve, moderada e grave, respectivamente. Na PCR dois pares de primers foram empregados, um foi desenhado a partir da seqüência parcial de rDNA de S. venezuelensis e o outro, amplifica o rDNA de diversas espécies deste gênero. Nas amostras oriundas dos animais com infecção leve o primer específico não detectou DNA, já o primer gênero apresentou maior sensibilidade que a quantificação de OPG. No segundo artigo foi analisada a influência do sexo dos hospedeiros na suscetibilidade às infecções leve, moderada e pesada. Machos com infecção moderada e pesada apresentaram maior média de OPG e de número de parasitas recuperados do intestino delgado em comparação com as fêmeas, porém esse fenômeno não foi observado nas infecções leves. No terceiro artigo, os animais foram inoculados com 4000 L3 para a avaliação da dinâmica da infecção e caracterização da resposta imune durante as fases aguda e de recuperação. A dinâmica da infecção foi monitorada, diariamente, por OPG durante 32 dias. A infecção apresentou período pré-patente de seis dias e picos de eliminação de ovos no oitavo e no 11º dias. Ambos os anticorpos específicos IgG1 e IgG2b apresentar... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: In the present study the dynamics of Strongyloides venezuelensis primary infection in Lewis rats, the host sex influence and its immune response were analyzed. We also compared the sensitivity between PCR, parasitological and histological techniques to characterize this infection using feces and tissue samples. In the first paper the number of eggs per gram of feces (EPG) using a McMaster modified technique was enumerated and DNA was extracted to do PCR analysis. Sensitivity of both methods to diagnosis the parasite in feces of rats inoculated with 40, 400 or 4000 infective larvae (L3) was compared. These infections were considered light, moderate and heavy, respectively. Two PCR primer pairs were employed, a specific one was designed from a S. venezuelensis rDNA partial sequence and the other one amplifies several species within this genus. In light infection, the specific primer did not detect DNA in any sample, in the other hand the genus primer presented higher sensitivity than EPG. The host sex influence in susceptibility to light, moderate and heavy infection was evaluated in the second experiment. The FEC means and the mean parasite infection intensity were higher in males than in females in animals with moderate and heavy infection. But this phenomenon was not observed in light infection. In the third paper, animals were inoculated with 4000 L3 to determine the kinetics infection and to characterize the immune response during acute and recovery phases. The kinetics of infection was daily measured by FEC during 32 days after infection. Parasite eggs were detected in the feces for the first time at day 6 post-infection, but the maximal egg number was observed at days 8 and 11 post-infection. Both IgG1 and IgG2b specific antibodies were elevated at the acute phase and there was a significant increase of IgG1 concentration in the recovery one. IgE and IL-10 also presented a high... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
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A regulação do elemento transponível Helena em Drosophila /Granzotto, Adriana. January 2011 (has links)
Orientador: Claudia Marcia Aparecida Carareto / Banca: Cristina Vieira / Banca: Ricardo de Marco / Banca: Vera Lúcia da Silva Valente Gaiesky / Banca: Fátima Pereira de Souza / Resumo: Os elementos de transposição (TEs) são sequências de DNA com a capacidade de catalisar seu próprio movimento e de se inserir em novas regiões do genoma. Desde que TEs são fonte de variação genética, os estudos da dinâmica dessas sequências permitem a compreensão da evolução do genoma do hospedeiro. Na presente Tese foi estudado o retroposon Helena, um LINE que se encontra em diferentes estágios do seu ciclo evolutivo e, portanto, um bom modelo para estudos da dinâmica evolutiva de TEs. Por meio de análises de Bioinformática de 12 espécies de Drosophila que têm o genoma sequenciado, verificou-se que Helena varia de estágios em que se encontra ao menos uma cópia completa e ativa (D. mojavensis), ou putativamente completas, mas inativas (D. simulans), a estados em que as cópias são altamente degeneradas (D. yakuba, D. erecta, D. ananassae e D. virilis) ou ausentes (D. pseudoobscura, D. persimilis, D. willistoni e D. grimshawi). As análises filogenéticas mostram que esse TE estava presente no ancestral comum do gênero Drosophila e tem sido transmitido verticalmente nas linhagens derivadas, e perdido em algumas. Desde que uma cópia completa, e altamente ativa, foi observada apenas no genoma de D. mojavensis, estudamos em detalhe a região 5' dessa cópia e verificamos, por meio de análises in vitro com o uso de um gene reporter, a presença de promotor interno para a Pol II que se encontra associado com modificações epigenéticas de histonas tanto permissivas, típicas de eucromatina, onde a transcrição pode ocorrer (H3K4me2), como repressivas, típicas de heterocromatina facultativa (H3K27me3). Esses "domínios bivalentes", juntamente com a baixa associação de H3K9me2 (típica de heterocromatina constitutiva) indicam que Helena pode ser expresso em resposta a estímulos adequados. Análises preliminares do estudo da atividade transposicional... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The transposable elements (TEs) are DNA sequences capable of catalyze its own movement and to enter into new regions of the genome. Since TEs are source of genetic variation, studies on their dynamics allow the understanding of the genome evolution. In the present study we studied Helena, a LINE element that is at different stages of its evolutionary cycle and therefore, it is a good model for studies of TEs evolutionary dynamics. Through bioinformatics analysis of 12 Drosophila species which have their genomes sequenced, we found Helena in different stages of its evolutionary cycle, that varies of at least one full active copy (D. mojavensis) an putatively complete copy, but inactive (D. simulans) to highly degenerate (D. yakuba, D. erecta, D. ananassae and D. virilis) or absent (D. pseudoobscura, D. persimilis, D. willistoni and D. grimshawi) sequences. Phylogenetic analysis showed that Helena was present in the common ancestor of the Drosophila genus and has been vertically transmitted in derived lineages, but lost on some of them. Since a complete highly active copy was observed only in D. mojavensis, we studied in more detail its 5' end region. Through in vitro assays using a reporter gene we verified the presence of internal promoter for Pol II that is associated with epigenetic histone modifications for permissive (could induce transcription (H3K4me2)) and repressive heterochromatin (facultative heterochromatin (H3K27me3)). These "bivalent marks" and poor association to H3K9me2 (constitutive heterochromatin) indicate that Helena can be expressed in response to specific stimulus. The preliminary analysis of Helena transposicional activity in vivo (by injection of complete copy in D. melanogaster) showed integration and activity of this TE in the transgenic lines. A study of BS element, a TE closely related to Helena, showed that the evolutionary dynamics of both... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
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Caracterização e funcionalidade das enzimas modificadoras de histona desacetilases (HDAC) e arginina peptidil deiminase 4 (PADI4) no desenvolvimento embrionário /Oliveira, Clara Slade. January 2012 (has links)
Orientador: Joaquim Mansano Garcia / Coorientador: Flavia Lombardi Lopes / Coorientador: Daniel Robert Arnold / Banca: Flávio Vieira Meirelles / Banca: Luiz Sérgio de Almeida Camargo / Banca: Gisele Zoccal Mingoti / Banca: Naiara Zoccal Saraiva / Resumo: Modificações pós-translacionais de histonas são importantes componentes do código epigenético, e contribuem para o controle da transcrição gênica de cada célula. O presente trabalho descreve a participação de duas modificações de histonas no desenvolvimento embrionário pré-implantacional: a acetilação de lisinas e a citrulinização de argininas. No capítulo 1, avaliamos a presença de duas modificações de histona H3, K9ac (permissiva) e K27me3 (repressiva) em embriões bovinos no ciclo de ativação do genoma embrionário (AGE), por imunofluorescência. Ambas as marcas estão presentes e apresentam alto coeficiente de correlação, e dois perfis de embriões (com alta e baixa variação dos níveis das modificações entre blastômeros) foram descritos. A acetilação de histonas está relacionada à ativação da expressão gênica, portanto no capítulo 2 hipotetizamos que a manipulação de seus níveis em embriões bovinos poderia influenciar a ativação do genoma embrionário, o desenvolvimento de blastocistos e a inativação do cromossomo X em fêmeas. Foram testadas concentrações do inibidor das histona desacetilases tricostatina A variando de 5 a 50nM, aplicadas por 12 a 144h, iniciando 70h após a FIV. Três protocolos foram selecionados: 5nM 48h, 5nM 144h e 15nM 48h. Após, foi utilizado sêmen sexado para estudar os efeitos da TSA sobre embriões fêmeas e machos separadamente. Por imunofluorescência para H3K9ac, foi observado aumento na acetilação de histonas em ambas as concentrações (5 e 15nM), sendo 5nM mais eficaz em fêmeas do que machos. O tratamento com 15nM 48h reduziu a produção de blastocistos em machos e fêmeas, e 5nM 144h em machos. A taxa de apoptose, avaliada pelo ensaio TUNEL, foi elevada em embriões fêmeas (grupos 5nM144h e 15nM48h), e em machos (grupo 15nM48h), mas tal aumento... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Histone post translational modifications are important components of the epigenetic code, and contribute to the control of gene transcription in each cell. This work describes the participation of two histone modifications in embryonic preimplantation development: acetylation of lysines and citrullination of arginines. In chapter 1, we evaluated the presence of two modifications of histone H3, K9ac (permissive) and K27me3 (repressive) in bovine embryos in the cycle of embryonic genome activation (EGA), by immunofluorescence. Both marks are present and show a high correlation coefficient, and two profiles of embryos were described, displaying high and low variation of modifications level between blastomeres. The acetylation of histones is related to gene expression activation, so in Chapter 2 we hypothesized that the manipulation of acetylation levels in bovine embryos could influence embryonic genome activation, blastocyst development and X chromosome inactivation in females. Five concentrations of the histone deacetylase inhibitor trichostatin A (TSA), ranging from 5 to 50nM beginning 70 hours after FIV were applied per 12 to 144h. Three protocols were selected: 5nM 48h, 5nM 144h and 15nm 48h. After, sexed semen was used to study the effects of TSA on male and female embryos separately. Immunofluorescence of H3K9ac showed increased histone acetylation at both concentrations (5 and 15nM). 5nM TSA was more effective in females than in males. Treatment with 15nM 48h reduced male and female blastocyst yield, and 5nM 144h reduced male blastocyst yield. Apoptosis rate was measured by the TUNEL assay. Female 5nM144h and 15nM48h groups, and male 15nM48h group displayed higher apoptosis levels, but this increase was not observed in low quality embryos. In female embryos, TSA did not affect... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
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