Made available in DSpace on 2013-08-07T19:12:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000426215-Texto+Completo-0.pdf: 1203023 bytes, checksum: a4c95024eb4a04a350ac7a3aeb621944 (MD5) Previous issue date: 2010 / Population size reduction currently constitutes a real problem for several natural populations, and many studies have focused on the identification and management of adequate protected areas for threatened species. The conservation of natural areas aims to guarantee good-quality habitats to keep populations at a viable size, which includes an avoidance of potentially deleterious effects of inbreeding. Additionally, conservation plans aim to keep dispersal corridors and consequently to maintain gene flow among populations that were originally connected. Large carnivores, due to their need for large home ranges and frequent persecution by hunters, are extremely vulnerable to habitat fragmentation. Since they are top-predators, their local elimination may cause the alteration of the whole ecosystem, while their protection might impact the persistence and demography of several co-occurring species. Carnivores usually cause major challenges to conservation managers, since considerably large areas are necessary to encompass the home range of a single individual and even larger regions are required to comprise an entire population. The jaguar is the largest predator in the Americas, and currently persists in less than 50% of its original distribution. Also, many remnant areas do not contain sufficient habitat and prey base to hold viable populations in the long term. In Brazil, the Amazon Basin and the Pantanal are the largest areas of the current distribution of the species, and where populations with high probability of long-term survival are still found. However, little is known about the dynamics of jaguar populations in these biomes, and thus population-genetic analyses are extremely necessary. The present study aimed to analyze 52 individuals sampled in the southern Pantanal from 2001 and 2008 to make genetic inferences on jaguar populations, as well as to compare them to previously investigated fragments in the Atlantic Forest biome, where high levels of structuring had been found. We estimated genetic differentiation among populations using an AMOVA approach to generate Fst and Rst indices. Population structuring analyses were also performed with the Bayesian approach implemented in the software STRUCTURE. Variability indices were quite high, and comparable to those found for the species when analyzed under on a phylogeographic scale. When Pantanal populations were assessed separately, a single genetic cluster was inferred, supporting the expectation of demographic connectivity throughout this area. However, when Atlantic Forest jaguars were also included in the analysis, the Pantanal population was divided into two groups, probably due to relatedness among some of the sampled individuals, combined with complex historical admixture with respect to transitional areas between the two biomes. One such area was likely the region adjacent to Porto Primavera dam, on the bank of the upper Paraná river, whose population has already been extirpated due to human activities. Results obtained in the present study support the idea that, in the past, there was genetic connectivity between populations from the Pantanal and the Upper Paraná region, which helps provide baseline data to aid in the design of adequate management actions that may reconnect these biomes. Moreover, the data shown here represent the first jaguar sampling of a genetically healthy local population, and may be used as a comparative reference for the evaluation and monitoring of the observed variability in fragmented regions. / Atualmente, a redução do tamanho populacional constitui um problema real para muitas populações selvagens e cativas, e muitos estudos têm sido realizados nesse contexto com o intuito de identificar áreas de manejo e proteção de espécies ameaçadas. O manejo de populações naturais tem como objetivo assegurar hábitats adequados para manter populações em tamanhos viáveis evitando assim que os efeitos do endocruzamento se pronunciem, além de manter corredores para facilitar a dispersão dos organismos e consequentemente o fluxo gênico entre populações. Os grandes carnívoros, por necessitarem de grandes áreas de vida e serem usualmente perseguidos por caçadores, são bastante vulneráveis à fragmentação de hábitats Devido ao fato de serem predadores-topo, sua extinção local geralmente leva à alteração de todo o ecossistema. Desta forma, sua conservação afeta, de maneira direta e indireta, muitos outros organismos. Os carnívoros estão entre os organismos que causam maiores desafios e preocupações às autoridades referentes à conservação. Áreas consideravelmente grandes são necessárias para englobar a área de vida de um único individuo, e territórios ainda maiores são necessários para abranger uma comunidade inteira deste grupo. A onça-pintada, o maior felídeo das Américas, encontra-se atualmente em menos de 50% da sua distribuição original e muitas áreas remanescentes não apresentam tamanho e disponibilidade suficiente de presas para manter uma população saudável em longo prazo. No Brasil, a Bacia Amazônica e o Pantanal são as maiores áreas de distribuição da espécie onde ainda se encontra populações grandes o suficiente para uma viabilidade por um longo período de tempo. No entanto, pouco se sabe sobre a dinâmica das populações de onça-pintada nesses biomas, havendo assim uma extrema necessidade de análises em nível genético-populacional da espécie. O presente trabalho teve como objetivo analisar 52 indivíduos provenientes do Pantanal brasileiro amostrados no período de 2001 a 2008, e fazer inferências genéticas sobre esta população, bem como compará-la com uma área previamente estudada na Mata Atlântica, onde altos níveis de estruturação foram encontrados. Foram analisados índices de diversidade genética intra-populacional e calculados índices de estruturação (Fst e Rst) assim como análise Bayesiana de estruturação no programa STRUCTURE. Os níveis de variabilidade foram bastante altos e comparáveis com aqueles encontrados para a espécie quando analisada de uma forma mais ampla (em escala filogeográfica). Quando as amostras do Pantanal foram analisadas em relação à sua estruturação, os dados indicaram a presença de apenas uma população, sugerindo que a região amostrada (Pantanal sul) consiste de uma só unidade genética. No entanto, quando as populações da Mata Atlântica foram incluídas na análise, as amostras do Pantanal foram alocadas em duas unidades genéticas incompletamente diferenciadas, devido provavelmente à influência de parentesco entre alguns dos indivíduos desta região, em combinação à provável miscigenação histórica com áreas transicionais entre os dois biomas. Este parece ter sido o caso da população amostrada na área de influência da UHE Porto Primavera (MS/SP), situada no limite interior do bioma Mata Atlântica e que atualmente encontra-se extinta por ação humana. Os resultados obtidos apóiam a inferência de que, no passado, havia conectividade genética entre populações do Pantanal e da Mata Atlântica de Interior, embasando o delineamento de possíveis ações de manejo a fim de retomar a conexão entre estes dois biomas. Além disso, os dados do Pantanal representam a primeira amostragem de uma população geneticamente saudável de onças-pintadas, podendo servir como base para a avaliação e monitoramento da variabilidade observada nesta espécie em regiões fragmentadas.

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:13:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000424376-Texto+Completo-0.pdf: 455274 bytes, checksum: 2831ccc2e363014a1dadea0477137da7 (MD5) Previous issue date: 2009 / The maned wolf (Chrysocyon brachyurus) is the largest species among the Neotropical canids. Its distribution, morphology, ecology and behavior are closely associated to open vegetation environments, especially the Brazilian Cerrado. This savanna-like biome is a large and complex environment, presenting highly heterogeneous vegetational composition and many geographic elements, such as rivers and mountains. Moreover, this is one of the most human-disturbed biomes in South America, undergoing a high rate of habitat loss and fragmentation. These natural and human-induced factors can lead to different degrees of population structuring of native fauna and flora, depending on ecological and behavioral characteristics of each species. A broad investigation of such patterns is justified, once it is very important in terms of conservation to know possible historical geographic subdivisions of a species, and/or to identify processes of population isolation caused by humans. Once the maned wolf presents many ecological interactions with other Cerrado-dwelling species, it can be considered a keystone species in this ecosystem, which highlights the need to characterize its population structure in the context of adequately conserving and managing the Cerrado biota. For such purposes, molecular markers are a widely utilized tool, and the associated analytical methods are becoming increasingly broad and robust. Thus, this study aimed to investigate the population structure of the maned wolf and to analyze it in the context of the species’ natural history, through the utilization of fast evolving molecular markers that allow inferences on even recent demographic processes.To do that, tissue samples of 144 maned wolves were obtained through the capture of free living animals, captive animals with known geographic origin and roadkilled individuals. Four local populations were sampled in addition to individual collection from many geographic points, resulting in a broad coverage of the species’ distribution. The individuals were genotyped for 14 microsatellite loci, originally developed for the domestic dog and selected for use in this species after an initial screening for amplification efficiency and polymorphism. Analyses were performed to assess genetic variability, population pairwise Fst and Rst, structure analyses with the software STRUCTURE, and demographic tests to check for bottleneck events, population expansion and effective number of individuals (Ne). The diversity levels verified were quite high (mean He = 0. 75) when compared to other canid species. Furthermore, no clear-cut population subdivision was detected, leading to the conclusion that the maned wolf exists as an almost panmictic population throughout a large portion of its distribution. The results of the demographic analyses corroborated previous analyses based on mtDNA data that had inferred a population expansion in this species, and Ne estimated numbers were high. Jointly, these results are compatible with a scenario where maned wolves underwent a population growth in the last few thousand years, maintaining a large number of individuals since then and not presenting any geographic subdivision.Lack of population structure can be, at least in part, explained by the generalist dietary habits and the great dispersal capability of the maned wolf, also implying that so far the anthropic habitat matrix has been permeable to a certain degree for the individuals of this species. However, habitat loss and fragmentation cannot be discarded as a threat for the maned wolf. The isolation process can be too recent to be detected even with microsatellites, and the still large effective size of regional populations may also delay the ability to detect ongoing processes of genetic fragmentation. In case such process continues and becomes even more intense, our present data set should provide a baseline for comparison with future genetic assessments of the maned wolf, allowing the detection of population-level trends of loss of variation and human-induced geographic differentiation. / O lobo-guará (Chrysocyon brachyurus) é o maior canídeo dentre as espécies Neotropicais. Sua distribuição, morfologia, ecologia e comportamento estão intimamente associados a ambientes campestres, especialmente ao Cerrado brasileiro. Este bioma de vegetação aberta é um ambiente vasto e complexo, sendo extremamente heterogêneo em sua composição vegetacional e apresentando muitos acidentes geográficos como rios e chapadas. Além disso, este é um dos biomas com maiores taxas de perda e fragmentação de habitat na América do Sul devido à atividade humana. Todos estes fatores podem levar elementos nativos da fauna e flora a apresentarem algum grau de estruturação populacional, dependendo também de características da biologia de cada espécie. Nesse caso, uma investigação de tais padrões se justifica, uma vez que para fins de conservação é de suma importância conhecer eventuais subdivisões geográficas históricas de uma espécie e/ou identificar processos de isolamento populacional causados pela ação humana. Uma vez que o lobo-guará apresenta inúmeras relações tróficas e ecológicas dentro do Cerrado pode-se dizer que esta é uma espécie-chave para esse ambiente, e um estudo acerca da sua estruturação populacional é assim importante para fins de conservação da espécie e do Cerrado como um todo. Nesse sentido, marcadores moleculares têm sido amplamente utilizados, e os métodos de análise associados têm-se aprimorado e permitido inferências cada vez mais amplas e robustas. Assim, este trabalho se propôs a estudar a estrutura populacional do loboguará e discutir suas causas à luz da história natural da espécie, para isso utilizando marcadores moleculares de evolução rápida, que assim permitam inferências mesmo sobre processos demográficos recentes.Para tal, amostras de tecido de 144 indivíduos de lobo-guará foram obtidas através de captura de animais de vida livre, animais de cativeiro com procedência conhecida e indivíduos atropelados. Foram amostradas quatro populações, além de indivíduos de diversos pontos distintos, resultando em uma ampla cobertura da distribuição da espécie. As amostram foram genotipadas para 14 locos de DNA microssatélite, originalmente descritos para o cão doméstico e escolhidos através de testes de eficiência e polimorfismo para utilização no lobo-guará. Foram conduzidos testes de variabilidade genética, Fst e Rst entre populações, análises de estruturação através do programa STRUCTURE e análises demográficas testando eventos Gargalo de Garrafa, expansão populacional e número efetivo da espécie (Ne). Os níveis de variabilidade foram significativamente altos (He média = 0,75) quando comparados a outras espécies de canídeos. Além disso, não se observou nenhum indício de subdivisão populacional, resultado que sugere que o lobo-guará se comporta como uma população praticamente panmítica na maior parte da sua distribuição. As análises demográficas corroboram estudos anteriores baseados em DNAmt que sugerem um evento de expansão populacional, e os valores de Ne estimados são altos. Em conjunto, tais resultados são compatíveis com um cenário em que a espécie passou por um crescimento populacional nos últimos milhares de anos, mantendo-se grande desde então, e sem apresentar subdivisões geográficas.A falta de estruturação populacional pode em parte ser explicada pela dieta generalista e grande capacidade de dispersão do lobo-guará, sendo a matriz antropizada permeável em algum grau até o presente momento para os indivíduos. Contudo, não se pode desconsiderar a perda de habitat e fragmentação do Cerrado como uma ameaça ao lobo-guará. O processo de isolamento pode ser muito recente para ser detectado até mesmo por microssatélites, e o alto Ne das populações pode estar tornando a detecção difícil. Caso este processo continue e se intensifique, os presentes resultados podem servir como base para comparação com futuros estudos genéticos da espécie, possibilitando a detecção e monitoramento de uma possível perda de variabilidade e diferenciação geográfica induzida pelo homem.

Made available in DSpace on 2014-07-23T02:01:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000459622-Texto+Completo-0.pdf: 7068084 bytes, checksum: 30b184abdf871f7ee7438f18072e7ddb (MD5) Previous issue date: 2014 / Mitochondrial genomes (mitogenomes) are usually obtained through DNA sequencing produced by a set of conserved PCR primers that are designed to generate overlapping segments, thus completing the whole mitochondrial DNA. This may be a good strategy for some organisms. However, the translocation of cytoplasmic mitochondrial DNA (cymtDNA) into the nuclear genome (numt) is known to be a frequent phenomenon in many taxa, including the felid genus Panthera. Some strategies have been developed to avoid the unwanted amplification of numt, such as mitochondrial isolation followed by PCR or long-PCR. Recently, next-generation sequencing (NGS) approaches have begun to be extensively used in this field. Among these, RNA sequencing (RNAseq) seems to be extremely useful to generate mitogenomes and to avoid numts, as it allows the efficient capture at high coverage of mtDNA transcripts, avoiding pseudogenized nuclear copies. When we initiated this study, mitochondrial genomes of all species of the Panthera genus except the jaguar (P. onca) were available in public databases such as GenBank. Given the importance of this molecular marker for jaguar population studies and for phylogenetic analyses within the Panthera genus, the goals of this project were to (i) characterize the Panthera onca mitogenome, eliminating the possibility of erroneous amplification of numt; and (ii) to conduct the first mitogenomic analysis of the Panthera genus. We have characterized the mitochondrial genome of the jaguar employing RNA-seq data. The transcripts covered about 95% of the mitogenome, with the remaining gaps being complemented by PCR-based DNA sequencing, using specific primers designed for this purpose. All mitogenomic phylogenetic analyses (Maximum Likelihood, Maximum Parsimony, Neighbor-Joining and Bayesian Inference) supported a congruent topology (((N. nebulosa ((P. tigris (P. onca (P. uncia, (P. leo, P. pardus))))). This topology is unprecedented for the genus, but our results indicate that it correctly reflects the evolutionary history of mitochondrial DNA in this group. This study demonstrated that, with RNA-seq approach, almost the entire mitochondrial genome from an individual can be quickly characterized. Furthermore, this approach holds great promise especially in the case of groups plagued by the presence of large and recent numts, as is the case of Panthera species. / Genomas mitocondriais (mitogenomas) geralmente são obtidos através do sequenciamento de DNA realizado com uma série de primers conservados desenhados de maneira a se sobreporem, completando assim todo o DNA mitocondrial. Esta estratégia é bastante eficaz para alguns organismos. Entretanto, a translocação de segmentos do DNA mitocondrial citoplasmático (cymtDNA) para o genoma nuclear (numt) é um fenômeno conhecido para muitos táxons, incluindo os felinos pertencentes ao gênero Panthera. Algumas estratégias foram desenvolvidas para evitar a amplificação indesejada do numt, como por exemplo o isolamento de DNA mitocondrial seguido de PCR ou de PCR longo. Recentemente, as técnicas de sequenciamento de alto desempenho vêm sendo amplamente utilizadas. Dentre estas, o sequenciamento de RNA (RNA-seq) parece ser extremamente útil para gerar mitogenomas e evitar numts, uma vez que captura com alta cobertura apenas DNA mitocondrial transcrito, evitando as cópias nucleares pseudogenizadas. Quando este estudo foi iniciado, genomas mitocondriais de todas as espécies do gênero Panthera exceto P. onca estavam disponíveis em bases de dados como o GenBank. Tendo em vista a importância deste marcador molecular para estudos populacionais de onça-pintada (Panthera onca) e para estudos filogenéticos entre as espécies do gênero Panthera, os objetivos deste trabalho foram (i) caracterizar o mitogenoma de Panthera onca de forma a eliminar a possibilidade de amplificação errônea de numt e (ii) realizar a primeira análise mitogenômica do gênero Panthera. O genoma mitocondrial da onça-pintada foi caracterizado utilizando dados de RNA-seq. Os transcritos cobriram cerca de 95% do mitogenoma, sendo os demais segmentos cobertos por sequenciamento de DNA baseado em PCR, através da utilização de primers específicos desenhados para esta finalidade. Todos os quatro tipos principais de análises filogenéticas do mitogenoma (Maximum Likelihood, Máxima Parcimônia, Neighbor- Joining e Inferência Bayesiana) suportaram uma topologia congruente (((N. nebulosa ((P. tigris (P. onca (P. uncia, (P. leo, P. pardus))))). Esta topologia é inédita para o gênero, porém os resultados indicam ser esta a verdadeira história evolutiva do DNA mitocondrial dentro deste grupo. Neste trabalho, demonstrou-se que através de RNA-seq é possível obter-se praticamente todo o genoma mitocondrial de um indivíduo. Além disso, esta abordagem parece ser bastante promissora especialmente em casos onde grandes e recentes numts ocorrem, como é o caso das espécies pertencentes ao gênero Panthera.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Programa de Pós-Graduação em Saúde Animal, 2014. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2014-05-23T15:55:20Z No. of bitstreams: 1 2014_MarcelaCorreaScalon.pdf: 1292990 bytes, checksum: 02039d6ef8f52df7bb4708611d60b905 (MD5) / Rejected by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br), reason: on 2014-05-23T16:00:09Z (GMT) / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2014-05-23T16:12:22Z No. of bitstreams: 1 2014_MarcelaCorreaScalon.pdf: 1292990 bytes, checksum: 02039d6ef8f52df7bb4708611d60b905 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2014-05-26T11:30:24Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_MarcelaCorreaScalon.pdf: 1292990 bytes, checksum: 02039d6ef8f52df7bb4708611d60b905 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-05-26T11:30:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_MarcelaCorreaScalon.pdf: 1292990 bytes, checksum: 02039d6ef8f52df7bb4708611d60b905 (MD5) / A doença renal policística (DRP) de caráter autossômico dominante é a doença genética mais prevalente em gatos, principalmente das raças persas e derivadas. A mutação pontual (transversão C→A) no exon 29 do gene PKD1 é conhecida por contribuir para o desenvolvimento da DRP e pode ser usada como um alvo para o diagnóstico molecular específico desta doença. Neste trabalho foi desenvolvido o ensaio de PCR (reação em cadeia de polimerase) capaz de detectar essa única mutação associada ao desenvolvimento da DRP, além disso, os achados clínicos dos animais testados foram correlacionados aos resultados do teste genético. Foram avaliados 334 felinos (188 animais provenientes do Hospital Veterinário de Pequenos Animais da UnB e 146 de outras regiões do Distrito Federal) com prevalência da DRP de 9% em toda a amostragem, 33% em animais da raça persa e 7% em animais sem raça definida. Não houve correlação da prevalência com gênero e idade. O grupo de animais positivos apresentou hiperglobulinemia (p=0,020), média de contagem de linfócitos mais baixa (p=0,043) e média de contagem de plaquetas mais alta (p=0,027). O aparecimento de sinais clínicos relacionados a doenças do trato urinário foi associado à idade e ocorrem com mais frequência em animais com mais de seis anos (p=0,001). Nem sempre o animal portador do gene mutante apresentou sinais clínicos da DRP no momento da análise diagnóstica. A comparação feita entre PCR, achados clínicos e achados laboratoriais demonstrou que foi possível detectar a mutação em animais de qualquer idade, com apresentação ou não de sinais clínicos. Este estudo demonstrou que a mutação não se limita somente a animais da raça persa, além disso, proporcionou melhor conhecimento relacionado a testes moleculares que auxiliam de forma mais eficiente para o diagnóstico precoce de portadores. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Autosomal-dominant polycystic kidney disease (ADPKD) is the most prevalent inherited genetic disease of cats, affecting Persian and Persian related cats. The point mutation (C→A transversion) in exon 29 of the PKD1 gene contributes to ADPKD development and is a specific molecular target for its molecular genetic diagnosis in cats. This research developed a polymerase chain reaction (PCR) to detect this single mutation linked to ADPKD development; furthermore, clinical outcomes of tested animals were correlated to genetic test. The authors tested 334 cats (188 animals from Veterinary Hospital of Small Animal at University of Brasilia – UnB, and 146 from other areas of Distrito Federal) with 9% prevalence among samples, 33% between Persian and 7% between Brazilian long and short hair cats. There was no correlation between prevalence, age and gender. Positive animals showed hyperglobulinemia (p=0,020), lower lymphocytes mean count (p=0,043) and higher platelets mean count (p=0,027) than negative animals. Clinical signs associated to urinary tract disease are age related and occur more often in animals older than six years (p=0,001). Not always the animal carrying the mutant gene shows symptoms of ADPKD and comparison between PCR, clinical and laboratory finds shown that it is possible to detect the mutation in animals of any age, presenting symptoms or not. This research explained the mutation may occur not only in Persian and Persian-related cats, in addition provided a better knowledge to molecular analysis that allows more efficient early diagnosis of carriers.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Veterinária, 2014. / Submitted by Larissa Stefane Vieira Rodrigues (larissarodrigues@bce.unb.br) on 2014-11-06T17:18:06Z No. of bitstreams: 1 2014_NatáliaMartinsDeToledo.pdf: 1632413 bytes, checksum: b047cf6ecb4820b6901844d7a9043076 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2014-11-10T15:57:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_NatáliaMartinsDeToledo.pdf: 1632413 bytes, checksum: b047cf6ecb4820b6901844d7a9043076 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-11-10T15:57:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_NatáliaMartinsDeToledo.pdf: 1632413 bytes, checksum: b047cf6ecb4820b6901844d7a9043076 (MD5) / Brasil possui diversas raças ovinas no seu territótio que surgiram em consequência tanto de múltiplas introduções desde o período da colonização bem como de eventos genéticos e demográficos. De forma a aumentar a compreensão da formação desses grupos genéticos, o objetivo dessa dissertação foi analisar a distribuição da diversidade genética de 721 indivíduos de 30 raças por meio do ovine SNP50 BeadChip. Foram utilizados oito grupos genéticos brasileiros, cinco deslanados e três lanados. Além disso, mais 22 raças foram analisadas como possíveis fundadoras das raças brasileiras. A partir dos resultados das distâncias genéticas geradas pelo índice Fst foi possível identificar que existem duas fontes de variação principais para as raças brasileiras: uma de origem Africana e outra com origem na região Mediterrânea da Europa. As raças lanadas Crioula e Bergamácia apresentaram maior proximidade genética com raças coletadas nas Américas (Corriedale, Gulf Coast Native, Ille de France, Hampshire e Suffolk) e Caribe (St.Elizabeth) do que com raças européias mediterrâneas. A análise de componentes principais (PCA) confirmou a proximidade genética entre as populações de Santa Inês e Bergamácia, e de Morada Nova com Rabo Largo observadas anteriormente com marcadores microssatélites. Além disso, a raça Somalis apresentou uma maior homogeneidade genética e diferenciação entre as raças localmente adaptadas. O grupo genético Pantaneiro apresentou relativa diferenciação genética da raça Crioula bem como uma maior proximidade da raça Bergamácia Brasileira. Os resultados desse estudo serão usados para direcionar o enriquecimento do Banco de germoplasma existente, bem como fornecer subsídios para as associações de criadores sobre a diversidade genética existente dentro de cada raça. ________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Brazil has several sheep breeds in their territory that arose as a result of multiple introductions from the period of colonization as well as genetic and demographic events. In order to increase the understanding of the formation of these genetic groups, the goal of this dissertation was to analyze the distribution of genetic diversity of 721 individuals of 30 breeds through the ovine SNP50 BeadChip. . Five Brazilian hair sheep breeds and three wool sheep breeds were used. In addition another 22 breeds were analyzed as possible founders of Brazilian breeds. Based on the results of genetic distances generated by Fst, two sources of variation for Brazilian breeds were found: one African and an other Mediterranean. The Crioula Lanada and Bergamacia showed greater genetic proximity breeds collected in the Americas (Corriedale, Gulf Coast Native, Ille de France, Hampshire e Suffolk) and the Caribbean (St.Elizabeth) than Mediterranean European breeds. Principal Components Analysis (PCA) detected close genetic relationships among populations of Santa Ines and Bergamacia , and Morada Nova with Rabo Largo, previously observed with microsatellite markers. In addition, the Somalis showed greater integrity and genetic differentiation between the locally adapted breeds. The analyzes are indicative of differentiation between Pantaneiro and Crioula Lanada, but are not conclusive to the general understanding of the sheep group Pantaneiro. The results of this study will be used to direct enrichment of the Bank of germplasm and to give subsidies to breeders associations on the genetic diversity within each breed.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2012. / Submitted by Jaqueline Ferreira de Souza (jaquefs.braz@gmail.com) on 2012-07-06T15:50:59Z No. of bitstreams: 1 2012_PauladeAragaoCostaVicentiniJotta.pdf: 5683544 bytes, checksum: f4d2a6b2d82a34ed4514722dd976cfae (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2012-07-06T15:51:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_PauladeAragaoCostaVicentiniJotta.pdf: 5683544 bytes, checksum: f4d2a6b2d82a34ed4514722dd976cfae (MD5) / Made available in DSpace on 2012-07-06T15:51:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_PauladeAragaoCostaVicentiniJotta.pdf: 5683544 bytes, checksum: f4d2a6b2d82a34ed4514722dd976cfae (MD5) / O lobo-guará (Chrysocyon brachyurus) é um animal ameaçado de extinção e apresenta comportamento noturno. Há poucos estudos sobre a sua fisiologia e nenhuma análise da percepção das cores. Com relação à visão, os receptores sensoriais, bastonetes e cones, convertem a imagem visual em impulsos nervosos e estão localizados na retina. O número de tipos de cones, responsáveis pela visão de cores, permite classificar os animais em monocromatas, dicromatas ou tricromatas, sendo a maioria dos mamíferos caracterizada como dicromata. Assim, esta pesquisa teve como objetivo avaliar a capacidade de discriminação de cores da espécie Chrysocyon brachyurus, por meio de um estudo comportamental, fundamentado em aprendizagem discriminativa com dois elementos (realizado em uma fêmea) e da análise genética dos éxons 3 e 5, que codificam opsinas na faixa vermelho-verde do espectro (realizado em dois machos e duas fêmeas). Todos os animais pertencem ao Jardim Zoológico de Brasília. Na primeira etapa do trabalho, foram utilizados papéis de Munsell como estímulos, colocados em janelas de um aparato de madeira. A intensidade luminosa foi mensurada e utilizaram-se pedaços de frango como reforço. Na fase de modelagem, foi escolhido um par laranja e preto. Nos testes, foram disponibilizados pares laranja e azul, de fácil discriminação por dicromatas e, posteriormente, laranja e verde, considerado de difícil discriminação por dicromatas. Houve variação aleatória de brilho dos matizes laranja, azul e verde, e a posição do estímulo discriminativo também variou ao acaso, de acordo com a tabela de Gellerman. Para identificar possíveis pistas não visuais, foi realizado um teste de discriminação impossível, no qual a cor laranja foi pareada com ela própria. O animal apresentou um alto percentual de respostas corretas nos testes com laranja e azul e com laranja e verde. No teste impossível, houve porcentagem de acertos menor que 50%, validando os outros dois testes. Na segunda etapa da pesquisa, foi realizada a coleta de sangue para a extração de DNA, a amplificação dos genes das opsinas por reação em cadeia da polimerase e o sequenciamento genético. O experimento comportamental apontou para reações compatíveis com a visão tricromática. Embora a análise genética por meio do sequenciamento do éxon 5 tenha sugerido dicromatismo na espécie, o éxon 3 não foi sequenciado devido a problemas técnicos. Esta lacuna torna a análise genética inconclusiva e abre duas vertentes: ou a fêmea é dicromata e apresentou comportamento tricromata, ou ela é tricromata e o comportamento evidenciado foi compatível com sua carga genética. Para a primeira suposição, são discutidos casos na literatura onde fenômenos ou características visuais (por exemplo, presença de gotas de óleo nos fotorreceptores, interação de campo estendido e interação cone-bastonete) podem gerar resultados comportamentais e genéticos discordantes no que diz respeito à dimensionalidade da visão de cores. De acordo com a segunda vertente, pode-se inferir que o animal manifesta características perceptuais e genéticas típicas do tricromatismo, que o distingue dos demais canídeos estudados. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The maned wolf (Chrysocyon brachyurus) is an endangered species that presents nocturnal behavior. There are few studies about its physiology and no analysis of its color vision capability. Regarding vision, sensory receptors – rod and cone cells – convert visual images into nervous impulses and are located on the retina. The number of cone cell types, responsible for color vision, allows animals to be categorized as monochromatic, dichromatic or trichromatic, the majority of mammals being characterized as dichromatic. Hence, this research had the purpose of evaluating the ability of the Chrysocyon brachyurus to perceive colors, by means of a behavioral study, based on discriminative learning with two elements (accomplished in a female) and of the genetic analysis of the exons 3 and 5, that codify opsins in red-green band of the spectrum (accomplished in two males and two females). All animals belong to the Brasilia Zoo. In the first stage of the work, Munsell papers have been used as stimuli, placed on windows of a wooden device. Luminous intensity has been measured and small pieces of cooked chicken meat were offered as reinforcement. In the modelling phase, black and orange pairs were chosen. During tests, orange and blue pairs, considered to be easily discriminated by dichromats have been provided, and afterwards, green and orange, considered to be of difficult perception by dichromats. Brightness variations of blue, green and orange hues were presented randomly to the animal. The position of the discriminative stimulus has also changed often, in accordance with Gellerman’s chart. In order to identify possible non visual cues, an impossible discrimination test was performed, in wich the orange color was used against itself. The animal showed a high percentage of correct answers on tests with blue and orange and with orange and green. In the impossible test, the percentage of right answers was lower than 50% and validates the other two tests. In the second stage of the research, blood was taken from animals to extract DNA, which was amplified for opsin genes by polymerase chain reaction, giving up the genetic sequence. The behavioral study showed trichromatic vision compatible discriminations. Although the genetic analysis through the exon 5 sequencing might suggest dichromatism, the exon 3 was not sequenced due to technical problems. This lack failed to provide any conclusive evidence in the genetic analysis and opens two streams: the female is dichromat and presented trichromat behavior, or it is actually trichromat and the behavior observed was compatible with its genetic charge. In case of the first supposition, there are some visual phenomena (for example, photoreceptors oil droplets, large-field interaction and cone-rod interaction) that can generate opposite behavioral and genetic results about the dimensionality of the color vision. In accordance with the second stream, it would be possible to infer that the animal presents a behavioral and genetic trichromacy that distinguishes it from the other studied canids.

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / Esta memoria tuvo por objeto evaluar el resultado del cruzamiento bovinos de la raza Belga Azul, de gran conformación y rendimiento carnicero, con la raza lechera Holstein. En este manejo genético, muy común en la Unión Europea, se utilizan vacas adultas con menores índices productivos, de las cuales no es conveniente obtener reemplazos para el rebaño lechero. En lecherías cercanas a Los Ángeles, VIII Región, Chile, se inseminaron vacas Holstein con semen de toros Belga Azul, importado desde Bélgica. Los terneros machos fueron criados, castrados y engordados en las mismas lecherías hasta que se enviaron a una planta faenadora (Carnes Ñuble, Chillán, Chile), junto a los novillos Holstein controles. A un grupo de novillos Holstein puros (controles) se les aplicó un implante hormonal, normalmente utilizado en la engorda de novillos lecheros. Se evaluó el rendimiento a la vara, al desposte y las características de la canal de los novillos híbridos Belga Azul x Holstein y de los novillos Holstein Friesian puros, engordados en las mismas lecherías, con y sin implante hormonal. Se produjo un aumento estadísticamente significativo (p ≤ 0,05) para los híbridos Belga Azul x Holstein sobre ambos grupos de novillos Holstein con y sin implante hormonal, en las siguientes características: Peso de la canal (20 Kg. y 63 Kg. respectivamente), rendimiento en vara (casi 13% en ambos), rendimiento al desposte (7,55% y 6,59% respectivamente), siendo de mayor magnitud en los cortes mas valorados comercialmente, que a su vez son los de mayor demanda para exportación. En cuanto a las características cualitativas de la canal, se observó un aumento significativo (p ≤ 0,05) a favor del híbrido para el área del ojo del lomo de 38%, buen indicador de carnosidad de la canal

Orientador: Roberto Carvalheiro / Coorientador: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Lúcia Galvão de Albuquerque / Banca: Rúsbel Raúl Aspilcueta Borquis / Resumo: A seleção genômica tem sido apontada como uma tecnologia que propiciará aumentos expressivos nas taxas de progresso genético em programas de melhoramento animal. Um dos fatores limitantes para a aplicação da seleção genômica é o custo associado à necessidade de genotipagem de um número grande de animais, com painéis de alta densidade, para a obtenção de boa habilidade de predição dos valores genéticos. Uma alternativa para reduzir custos seria genotipar parte dos animais com painéis menos densos e utilizar técnicas de imputação de genótipos. Em bovinos da raça Nelore, ainda não há consenso quanto à densidade dos painéis a serem utilizados e quanto à estratégia de genotipagem e imputação. Assim, objetivou-se com o presente projeto avaliar a habilidade de predição da seleção genômica utilizando painéis de marcadores moleculares de diferentes densidades, assim como o efeito da utilização de genótipos imputados na habilidade de predição da seleção genômica, em bovinos da raça Nelore. A característica considerada foi precocidade de terminação. Um total de 2035 animais geneticamente avaliados para essa característica e genotipados com o chip Ilumina ® HD Bovina (780k) foram utilizados nas análises, simulando uma situação em que os animais teriam sido genotipados com chips de densidade mais baixa. Análises de seleção genômica também foram executadas utilizando parte dos marcadores do painel de 780k , disponibilizando apenas os SNPs em comum com as seguintes painéis: Illumina® BovineLD (7K), Illumina® BovineSNP50 v2 (50K) e GeneSeek® Genomic Profiler 20K e 75K para Bos indicus. A imputação dos genótipos foi feita com o uso do programa FImpute e as predições genômicas foram conduzidas utilizando os métodos GBLUP e LASSO Bayesiano. Ambas análises, de imputação e de predição genômica, foram conduzidas de forma repetida, seguindo um esquema de validação cruzada, com a formação ... / Abstract: Genomic selection has been considered as a technique that will allow significant increase in the genetic progress of animal breeding programs. A constrain for genomic selection application is the cost of genotyping several animals with high density chips in order to obtain a good prediction equation. An alternative to reduce costs is to genotype part of the animals with a lower density chip and to impute the unobserved genotypes. In Nelore cattle, there is no consensus about which chip and genotyping strategy should be adopted. Therefore, the aim of the present study was to evaluate the predictive ability of genomic selection in Nelore cattle using chips with different densities, and also to assess the effect of using imputed genotypes. The trait considered was finishing precocity. A total of 2,035 animals genetically evaluated for this trait and genotyped with the Illumina® Bovine HD chip (780K) were used in the analyses, mimicking a situation where the animals would have been genotyped with lower density chips. Genomic selection analyses were also run masking part of the 780K genotypes, making available just the SNPs in common with the following chips: Illumina® BovineLD (7K), Illumina® BovineSNP50 v2 (50K), GeneSeek® Genomic Profiler 20K and 75K for Bos indicus. Genomic prediction analyses were run with or without imputing the masked genotypes, using the software FImpute, and under the GBLUP and Bayesian LASSO methods. A 5- fold cross-validation scheme was adopted to perform the analyses, randomly assigning the groups. Results showed that the 50K and 75K chips presented the same predictive ability as the 780K chip. The results also indicated that if the 780K was considered as the target chip for applying genomic selection in the Nelore breed, its cost effectiveness could be improved with the strategy of genotyping part of the animals with a lower density chip (7K or 20K) and imputing their 780K missing genotypes. Further studies ... / Mestre

Orientador: Roberto Carvalheiro / Banca: Renata Helena Branco Arnandes / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Aníbal Eugênio Vercesi Filho / Banca: Fernando Sebastian Baldi Rey / Resumo: Biotécnicas reprodutivas e cruzamento constituem importantes ferramentas para o aumento da eficiência econômica e produtiva em bovinos de corte. A determinação da intensidade do uso dessas biotécnicas e o cruzamento, nas diferentes condições ambientais, de manejo e mercado, são fundamentais para otimizar a relação custo-benefício de sua adoção, visando aumentar a rentabilidade do sistema produtivo. Objetivou-se com este estudo estimar o ganho genético e econômico da utilização de diferentes biotécnicas reprodutivas e cruzamento, em um sistema produtivo de bovinos de corte, usando simulações determinísticas. O estudo foi baseado em um sistema de produção com capacidade para 1000 UA (UA = 450kg de peso vivo), adotando pastejo contínuo e taxa de lotação variável. O primeiro cenário foi caracterizado pela inseminação artificial (IA) (sêmen Nelore) e repasse com monta natural (MN) com touros Nelore. Os outros cenários envolveram o uso de ao menos uma dessas técnicas: inseminação artificial em tempo fixo (IATF), fertilização "in vitro" (FIV) e cruzamento de vacas Nelore com touros Angus (sêmen). Os parâmetros econômicos foram extraídos de instituições da região central do Brasil. Foi estimada a porcentagem de produção de animais superiores e o ganho genético, e calculado para o curto (5 anos), médio (10 anos) e longo (15 anos) prazos. Indicadores econômicos como quantidade de progênie produzida, custo total estimado a desmama e ao abate, lucro estimado a desmama e ao abate e taxa d... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: - Reproductive biotechniques and crossbreeding are important tools for increasing economic and productive efficiency in beef cattle. The determination of the intensity of use of these biotechniques and the crossbreeding, in the different environmental, management and market conditions, are fundamental to certify a better cost-benefit relation of its adoption, in order to increase the profitability of the production system. The objective of this study was to estimate the genetic and economic gain using different reproductive biotechniques and crossbreeding for a production system of beef cattle by means of deterministic simulations. The study was based on a production system with capacity for 1000 AU (AU = 992,08 pounds of body weight), adopting the continuous grazing and variable stocking rate. The first scenario was characterized by artificial insemination (AI) (Nellore) and natural mating (NM) with Nellore bulls. The other scenarios involved the use of at least one of these techniques: fixed-time artificial insemination (FTAI), in vitro fertilization (IVF), and crossbreeding of Nellore cows with Angus bulls. The economic values were extracted from institutions of the central region of Brazil. The percentage of production of superior animals and genetic gain were calculated in the short (5 years), medium (10 years) and long (15 years) time. Economic indicators such as amount of progeny produced, estimated total cost of weaning and slaughter, estimated profit of weaning and s... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Gerardo Alves Fernandes Júnior / Banca: Ricardo Vieira Ventura / Banca: Joslaine Noely dos Santos Gonçalves / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Diercles Francisco Cardoso / Resumo: O uso intensivo de biotecnologias reprodutivas tem feito com que se eleve a taxa de nascimento de progênies com maior grau de parentesco (maior taxa de nascimento de meio-irmãos e irmãos completos). Assim, o conhecimento sobre o coeficiente da endogamia média do rebanho torna-se relevante para a eficiência do sistema de produção. Com o advento da genômica, o coeficiente de endogamia (F) pode ser estimado com base na informação de milhares de marcadores do tipo polimorfismos de base única (SNPs), espalhados por todo o genoma. No presente estudo, informações de 3.785 animais da raça Nelore (1,760 machos e 2,025 fêmeas) genotipados para 777.962 SNPs do BovineHD BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA) foram utilizadas com o objetivo de avaliar a taxa de endogamia em rebanhos comerciais da raça Nelore, bem como investigar o seu efeito (depressão endogâmica) sobre a expressão fenotípica de características reprodutivas (idade ao primeiro parto (IPP), ocorrência de prenhez precoce (OPP) e reconcepcão de novilhas (REC)). A estimativa do valor de F, bem como da depressão endogâmica, foi feita utilizando diferentes metodologias: (i) matriz de parentesco genômica com frequências alélicas obtidas da população base (FG); (ii) matriz de parentesco genômica com frequências alélicas fixadas em 0,5 (FGRM); (iii) com base no excesso de SNPs em homozigose (FSNP); e (iv) corrida de homosigose (FROH). Os resultados da corrida de homosigose também foram utilizados para identificar os padrões (... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The intensive use of reproductive biotechnologies has increased the birth rate of progenies with high degree of relationships (higher birth rate of half- and full-sibs). Thus, the control of herd inbreeding becomes relevant for the efficiency of the production system. With genomics, the inbreeding coefficient can be estimated using thousands of single nucleotide polymorphisms (SNPs), spread throughout the genome. In the present study, information of 3,785 Nelore animals (1,760 males and 2,025 females) genotyped with 777,962 SNP markers of BovineHD BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA) was used with the objective of evaluating the inbreeding rates of Nelore commercial herds, as well as to investigate the effects of inbreeding (inbreeding depression) on the phenotypic expression of reproductive traits (age at first calving (AFC), heifer early pregnancy (EP), and heifer rebreeding (HR)). The inbreeding coefficient (F) and inbreeding depression were estimated based on (i) genomic relationship matrix considering allele frequencies estimated from the base population (FG); (ii) genomic relationship matrix considering allele frequencies fixed at 0.5 (FGRM); (iii) excess of homozygous SNPs (FSNP); and (iv) runs of homozygosity (FROH). The runs of homozygosity results were also used to identify the pattern (size and distribution) of ROH segments as well as to identify ROH islands (ROH segments shared by more than 50% of the population). In total, there were identified 210,636 RO... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor