Orientador: Humberto Tonhati / Banca: Henrique Braga Nunes / Banca: Francisco Araujo Neto / Resumo: É de extrema importância saber a natureza das variâncias e como essas afetam as característias produtivas e estimativas. Foram utilizadas aproximadamente 3500 bufálas em lactação, predominantemente da raça Murrah, genotipadas através do chip "Illumina Infinium bovine HD bead Chip" , obtidos do banco de dados do campus de Jaboticabal da UNESP, para se avaliar a produção de leite acumulada aos 305 dias(PL), produção de proteína(PPRO) e produção de gordura(PGOR) neste animais, estimando-se parâmetros de herdabilidade e variâncias Foi utilizado um modelo misto com duas propostas distintas, uma tradicional e outra onde é considerada a heterogeneidade das variâncias, tanto aditiva quanto residual, dividindo os animais em dois grupos de acordo com o nível de produção. Dentro de ambos os modelos, foram utilizadas informações de genotipagem. As estimativas de herdabilidade foram moderadas e dentro do que se encontra na literatura para todos os modelos, entretanto nos modelos onde se considera a heterogeneidade das variâncias foram encontradas diferentes estimativas. As herdabilidades encontradas para os modelos tradicionais foram de 0,22(sem genômica) e 0,23(com genômica) para PL, 0,32(sem genômica) e 0,30(com genômica) para PGOR e 0,27(sem genômica) e 0,34(com genômica) para PPRO. Ao se considerar heterogeneidade residual, as herdabilidades para os níveis alto e baixo de produção foram, respectivamente: 0,28 e 0,17 para PL, 0,28 e 0,35 para PGOR e 0,30 e 0,42 para PPRO. Quando também se considerou a heterogeneidade aditiva, as herdabilidades para os níveis alto e baixo de produção, respectivamente, foram de: 0,38 e 0,25 para PL, 0,29 e 0,31 para PGORD e 0,33 e ... / Abstract: Is extreme important knowing the variability natures and how those affect production characteristics and population estimations like heritability and correlations. It was used in this research proximally 3500 buffaloes in lactation, most being murrah, genotyped with IlluminaInfiniumbovineHDbeadChip, taken from the database of Jaboticabal Campus, UNESP for the evaluation of milk yield at 305 days(MY), protein yield(PY) and fat yield(F), estimating heritability and variances effects on it. It was used a mixed model with two different approaches, one where doesn't account the heterogeneity of variances, and another where is accounted these variances, both residual and additive, splitting the animals in two groups for production levels. In both models were included genomic informations. And by replacing the relationship matrix with matrix H, including genomic informations, the same results were studied but in models accounting genomic information. The heritability found, all of them, were moderate and between the intervals estimated in other studies. However in the models where different variances are in consideration, were found different heritabilitys for all characteristics. For the tradicional models the heritabilities found, without and with genomic information, were: 0.22 and 0.23 for MY, 0.32 and 0.30 for FY and 0.27 and 0.34 for PY. When take in account only the residual heterogeneity, the heritability for high and low level of production, were: 0.28 and 0.17 for MY, 0.28 and 0.35 for FY and 0.30 and 0.42 for PY. When the additive heterogeneity was also taken in account, the heritabilitys for high and low level of production were: 0.28 and 0.17 for MY, 0.29 and 0.31 for FY and 0.33 and 0.37 for PY. By the results of this studies is possible to concluded that taking in account ... / Mestre

Orientador: Luis Artur Loyola Chardulo / Coorientador: Rogério Abdallah Curi / Banca: Luciana Correia de Almeida Regitano / Banca: Gabriel de Menezes Yazbeck / Banca: Danísio Prado Munari / Banca: Josineudson Augusto II de Vasconcelos Silva / Resumo: O objetivo desta pesquisa foi identificar, por meio da utilização e análise de painéis de genotipagem de SNPs de alta densidade e da aplicação das estatísticas homozigose relativa do haplótipo estendido (REHH), uma extensão da análise EHH, e índice de fixação (FST), regiões do genoma selecionadas na linhagem de trabalho da raça Quarto de Milha de forma divergente em relação à de corrida. Foram utilizados 188 cavalos de ambos os sexos, nascidos entre 1985 e 2009, registrados na Associação Brasileira de Criadores de Cavalo Quarto de Milha (ABQM), sendo 68 da linhagem de trabalho e 120 da de corrida. A partir de 36 regiões do genoma, consideradas assinaturas de seleção por ambas as estatísticas utilizadas, foi feita a anotação funcional de genes a fim de identificar aqueles que possam ter sido importantes ao longo do processo de formação da linhagem de trabalho. Quarenta e cinco genes foram identificados em processos biológicos relacionados aos sistemas muscular, esquelético, cardiovascular, respiratório e nervoso, neurotransmissão, metabolismo energético muscular, atividade motora, visão, audição, e função cognitiva. Os genes relacionados aos últimos quatro processos, merecem destaque pelo fato de que, em confluência, podem estar relacionados ao cow sense ou habilidade de apartação, característica de grande importância para a utilização do equino no manejo de bovinos de corte / Abstract: The objective of this study was to identify genomic regions selected in cutting line of Quarter Horses divergently in relation to racing line using high-density SNP genotyping arrays and the relative extended haplotype homozygosity (REHH) test, an extension of EHH analysis, and the fixation index (FST) as statistical methods. A total of 188 horses of both sexes, born between 1985 and 2009 and registered with the Brazilian Association of Quarter Horse Breeders (ABQM), were used. Of these, 68 horses were from the cutting line and 120 from the racing line. On the basis of 36 genomic regions classified as selection signatures by the two statistical methods, functional annotation of genes was performed in order to identify those that might have been important during formation of the cutting line. Forty-five genes were found to be involved in biological processes related to the muscle, skeletal, cardiovascular, respiratory and nervous systems, neurotransmission, muscle energy metabolism, motor activity, vision, hearing, and cognitive function. The genes related to the last four processes are particularly interesting because these genes together may be involved in cow sense or cutting ability, an important characteristic for the management of beef cattle / Doutor

Orientador: Rogério Abdallah Curi / Banca: Luciana Correia de Almeida Regitano / Banca: Mauricio de Alvarenga Mudadu / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Josineudson Augusto II de Vasconcelos Silva / Resumo: Caracterizada por sua grande versatilidade em várias modalidades equestres, a raça Quarto de Milha se destaca mundialmente, representando 52% de toda população equina no mundo. Dentro da raça há subdivisão em diferentes segmentos de aptidão, provenientes de distintos objetivos de seleção, consideradas linhagens, entre elas corrida e trabalho. Objetivou-se com este estudo avaliar as diferenças morfológicas e genômicas que ocorrem entre as linhagens de corrida e trabalho como resultado da seleção para diferentes objetivos, a identificação de regiões genômicas que tenham sido alteradas pela seleção na formação da linhagem de corrida em relação à linhagem de trabalho e realizar dois estudos, independentes, de associação ampla do genoma (GWAS) para identificar regiões cromossômicas e genes candidatos posicionais associados com características de desempenho na linhagem de corrida e com características morfométricas na raça como um todo. Para as análises foram utilizados 120 animais de corrida e 64 animais de trabalho de ambos os sexos registrados na Associação Brasileira de Criadores de Cavalo Quarto de Milha. As características morfométricas avaliadas foram: peso, altura à cernelha, comprimentos corporal, da canela, da quartela, da garupa, da cabeça, e do pescoço, perímetros torácico, da canela e do casco e a característica de desempenho índice de velocidade. A análise das diferenças morfológicas foi realizada por meio do procedimento GLM do programa SAS utilizando-se modelo que incluiu os efeitos de sexo e linhagem e a covariável idade à mensuração. Para a análise das diferenças genômicas, 54.602 SNPs foram genotipados utilizando-se o painel de marcadores Illumina Equine SNP50 BeadChip. Os resultados obtidos revelaram mudanças significativas entre as linhagens para todas as características morfométricas avaliadas. Animais de corrida apresentaram maiores pesos, alturas, comprimentos ... / Abstract: Characterized by its versatility in several sporting activities, the Quarter Horse breed excels globally, representing 52% of the entire equine population in the world. The Quarter Horse breed is subdivided into different lines according to skills resulting from distinct selection objectives, including cutting and racing horses. The aims of the present study were to investigate the morphological and genomic difference, between cutting and racing lines as a result of selection for different objectives; identification of the genomic regions divergently selected in racing line in relation to cutting line and to perform two genome-wide association studies, independently, to identify chromosomal regions and positional candidate genes associated with performance trait in the racing line and morphometric traits in the breed as a whole. To perform the analyses 120 racing animals and 64 cutting animals of both sexes and registered at the Brazilian Association of Quarter Horse Breeders were used. The evaluated morphometric traits were: weight; height at withers; length of the body, shank, pastern, rump, head, and neck; circumference of the chest, shank, and hoof and speed index performance trait. Morphological differences analysis was performed using a model that included the fixed effects of sex and line, and age at recording as covariate. The GLM procedure of the SAS program was used for statistical analysis. To perform genomic differences analysis, 54,602 SNPs were genotyped by the Illumina Equine SNP50 BeadChip array. The results showed significant changes in the morphometric traits of the animals. Racing animals were heavier and taller and presented greater body lengths and perimeters than cutting horses. The number of informative SNPs and the SNP density found in the genome of cutting and racing animals suggest that the Equine SNP50 BeadChip can be used for different purposes in the Quarter Horse breed. To identify genomic regions ... / Doutor

Orientador: Carlos Roberto Ceron / Banca: Ana Maria Bonetti / Banca: Lilian Madi Ravazzi / Resumo: Os camarões do gênero Macrobrachium (Crustacea, Decapoda, Palaemonidae), encontrados em ambientes de água doce, são amplamente distribuídos pelas regiões tropicais e subtropicais do mundo, inclusive em locais próximos ao litoral. Algumas espécies desse gênero, como por exemplo M. rosenbergii, apresentam valor econômico, sendo cultivadas e comercializadas como alimento. Na região Noroeste do Estado de São Paulo, são encontradas as espécies classificadas como M. amazonicum e M. jelskii, as quais são espécies exóticas de camarões dulcícolas recentemente introduzidas e amplamente disseminadas em reservatórios de usinas hidrelétricas desta região. Essas espécies possuem hábitos crípticos e noturnos, sendo predadores de larvas de peixes e também presas de peixes adultos e outros organismos. M. amazonicum e M. jelskii apresentam grande similaridade interespecífica em termos de caracteres morfológicos, o que pode dificultar a classificação taxonômica desses organismos. O objetivo deste estudo foi conduzir análises morfométricas, ultraestruturais, isoenzimáticas e moleculares em M. amazonicum e M. jelskii, na tentativa de obter-se novos dados para distinguí-los. Os camarões foram coletados das populações dos reservatórios de Sales/SP e Mendonça/SP. As análises morfométricas englobaram as medidas do télson, dos espinhos caudais internos e do rostro. As análises por microscopia eletrônica de varredura foram realizadas nas estruturas do télson, nos espinhos caudais internos e no apêndice masculino. As análises isoenzimáticas, realizadas por eletroforese em gel de poliacrilamida, abrangeram as enzimas álcool desidrogenase, octanol desidrogenase, glicose-6-fosfato desidrogenase, lactato desidrogenase, amilase e esterases do hepatopâncreas e tecido muscular. Análises moleculares envolveram a amplificação do espaçador intergênico interno ITS-1 (Internal Transcribed Spacer 1) do rDNA. Os fragmentos ... / Abstract: Prawns of the genus Macrobrachium (Crustacea, Decapoda, Palaemonidae) can be found in freshwater environments, widely distributed throughout tropical and subtropical regions of the world, including regions near the coast. Some species of this genus, for example Macrobrachium rosenbergii, present economic value, which are reared and traded as food. In the northwest region of São Paulo State two exotic freshwater prawn species are found, classified as M. amazonicum and M. jelskii, which were recently introduced to the aquatic reservoirs of hydroelectric power plants and then, disseminated throughout reservoirs in this region of the State. These species have cryptic and overnight habits, being predators of fish larvae and also being prey to adult fishes and other organisms. M. amazonicum and M. jelskii present high rates of interspecific similarity in terms of morphological characters, which are generally used to distinguish them, what may induce mistakes in taxonomic identification. The objective of this study was to conduct morphometric, ultrastructural, isoenzymatic and molecular analyses of M. amazonicum and M. jelskii, in order to obtain more data about their differentiation. The prawns were collected in reservoirs of Sales/SP and Mendonça/SP. Morphometric analyses were performed involving the structures of telsons, internal caudal spines and rostrums. Scanning electron microscopy analyses were performed on structures of telsons, internal caudal spines and male appendices. Isoenzymatic analyses by polyacrylamide gel electrophoresis included the enzymes alcohol dehydrogenase, octanol dehydrogenase, glucose-6-phophate dehydrogenase, lactate dehydrogenase, amylase and esterases of hepatopancreas and muscle tissue. Molecular analyses were performed by amplification and sequencing of ITS-1(Internal Transcribed Spacer 1) intergenic spacer from rDNA. The amplificated fragments were used for analyzing length polymorphism restriction fragments ... / Mestre

Orientador: Odair Correa Bueno / Coorientador: Vanderlei Geraldo Martins / Banca: Maria Santina de Castro Morini / Banca: Priscila Cintra Socolowski / Resumo: Wasmannia auropunctata é uma espécie de formiga generalista e nativa da região Neotropical que tem se dispersado mundialmente. Quando introduzida em novas áreas, muitas vezes por ação antrópica, pode causar problemas ambientais, econômicos e de saúde pública. Diferenças encontradas entre populações introduzidas e nativas, ou sexuais e clonais tem aumentado o interesse por essa espécie, assim como alternativas para seu controle. O endossimbionte Wolbachia, além de ser amplamente distribuído entre os artrópodes e ser responsável por causar alterações reprodutivas em seus hospedeiros, tem sido considerado como um possível agente de controle para diversas espécies. Buscando compreender melhor a relação existente entre esses dois organismos e aumentar os perfis moleculares de populações na América do Sul, operárias de W. auropunctata de 31 pontos de coleta provenientes do Brasil e da Colômbia foram analisadas através da amplificação por PCR e sequenciamento de Sanger dos genes nuclear (28S rDNA) e mitocondrial (COI, IGS, tRNA e COII), assim como do gene wsp e coxA do endossimbionte. Através da caracterização molecular das operárias e de seus endossimbiontes e da análise das redes de haplótipos para ambos, observou-se que há evidências de que: o Leu-tRNA e o IGS entre o COI e COII podem ser utilizados para auxiliar na diferenciação inter e intraespecífica, respectivamente; o fragmento do gene 28S rDNA utilizado neste trabalho não deve ser utilizado sozinho para a identificação dessas formigas; amostras que apresentam IGS menor representam uma linhagem mais antiga; dispersão natural e por ação antrópica podem ter ocorrido entre as amostras analisadas; o gene coxA é o mais indicado para a detecção de Wolbachia nessas formigas do que o gene wsp; transmissão vertical e horizontal do endossimbionte são passíveis de estarem ocorrendo; dois dos alelos encontrados para o gene coxA podem estar envolvidos na / Abstract: Wasmannia auropunctata is a generalist ant, native of the Neotropical region that has being spread in worldwide scale and when introduced in new areas, many times by human transportation, can cause environmental, economics and health service troubles. Control alternatives and differences between introduced and native populations as well as between clonal and sexual colonies, has increased the interest about this species. The endosymbiont Wolbachia, the most widespread between arthropods, is responsible for many reproductive manipulations in its hosts and has been considered as a possibility of control agent for several species. Thus, the aim of this work was better understand the relationship between these two organisms and increase the molecular profiles of populations in South America. For this purpose, workers of 31 collection points were analyzed by PCR amplification and Sanger’s sequencing of the nuclear (28S rDNA) and mitochondrial (COI, IGS, tRNA e COII) genes, as well as wsp and coxA genes from the endosymbiont. The molecular characterization of workers and their endosymbionts and the Network analysis from both showed that there is evidences for believe that: the Leu-tRNA and the IGS between the COI and COII genes could be used to help in the inter and intraspecific distinction of these ants, respectively; the region of 28S rDNA should not be used alone as a marker to the identification of these ants; the samples that presented shorter IGS could represent ancient populations; natural dispersal and human transportation are likely to be occurring between the samples screened; the coxA gene is more appropriate than the wsp gene for detection of Wolbachia in this ants; vertical and horizontal transmission of the endosymbiont can be occurring; two of the alleles found in this work may be involved in ants specialization. Although this work brings new data and interesting hypothesis, more studies are needed to achieve a better... / Mestre

Orientador: Maria Elisabete Jorge Amaral / Coorientador: Nedenia Bonvinos Stafuzza / Banca: Rodrigo Pelicioni Savegnago / Banca: Paola Jocelan Scarin Provazzi / Resumo: Dentre as proteínas do leite, as caseínas (alfa-s1, alfa-s2, beta- e kapa-caseína) assumem papel de destaque devido ao alto valor nutritivo e às características físico-químicas que favorecem a fabricação de derivados do leite. Essas proteínas são codificadas pelos genes CSN1S1, CSN1S2, CSN2 e CSN3. A fim de realizar análise comparativa dos genes das caseínas de búfalo, o presente trabalho teve como objetivo a identificação, caracterização e sequenciamento de clones da biblioteca genômica de búfalo, visando analisar a estrutura molecular de genes das caseínas. Dentre os 33.792 clones avaliados, foram identificados dois clones positivos para genes das caseínas, um para o gene CSN1S1 (clone A/2) e outro para o gene CSN3 (clone L/8). Na sequência de DNA obtida a partir do clone A/2, foram identificados os genes CSN1S1 inteiro e CSN2 parcial, enquanto que nas sequências de DNA do clone L/8 identificou-se o gene CSN3 partial. O gene CSN1S1 apresentou 17.008 bp organizados em 19 éxons com tamanhos variando de 24 bp a 380 bp e 18 íntrons com tamanhos de 90 bp a 1.710 bp. As análises comparativas revelaram que os éxons e íntrons desse gene apresentaram conservação acima de 85% entre búfalo e boi. As porções do gene CSN2 identificadas incluíram o éxon 9 e parte do íntron 8, os quais mostraram conservação acima de 98% com as sequências correspondentes em boi. Já as sequências parciais do gene CSN3 abrangeram parte dos íntrons 2 e 3 e o íntron 4 completo, além dos éxons 3, 4 e 5. Estas sequências apresentaram conservação acima de 94% com as correspondentes em boi. As análises de identificação de sequências repetitivas mostraram que 43,83% e 44,98% das sequências de DNA do clone A/2 e L/8, respectivamente, são representadas por elementos retrotransposons. Nas análises comparativas, tanto o gene CSN1S1 quanto o gene CSN3 parcial apresentaram sequências repetitivas búfalo específicas. A sequência... / Abstract: Among milk proteins, the caseins (alpha-s1, alpha-s2, beta- and kappa-casein) play a crucial role considering their high nutritional value and physicochemical characteristics which contribute to the manufacture of dairy products. These proteins are encoded by the CSN1S1, CSN1S2, CSN2 and CSN3 genes, respectively. In order to analyze the buffalo casein genes and compare the sequences with other species, the goal of the present study was to identify, characterize and sequence clones from a buffalo genomic library. A total of 33,792 clones were evaluated, and two clones were identified as positive, one for the CSN1S1 gene (clone A/2) and other for the CSN3 gene (clone L/8). The DNA sequence from clone A/2 identified the whole CSN1S1 and a partial sequence from the CSN2 genes. The DNA sequence from clone L/8 revealed a partial sequence from the CSN3 gene. The CSN1S1 gene presented a total of 17,008 bp organized in 19 exons ranging from 24 bp to 380 bp and 18 introns ranging from 90 bp to 1,710 bp. Comparative analysis showed sequence conservation higher than 85% on exons and introns of the CSN1S1 gene when compared with the cattle gene sequence. The partial sequence from the CSN2 gene included exon 9 and part of intron 8, with conservation higher than 98% when compared with the cattle sequence. The partial sequences of the CSN3 gene included parts of the introns 2 and 3, the whole sequence of intron 4 and exons 3, 4 and 5. These sequences showed conservation higher than 94% with cattle. The identification of repetitive sequences showed that 43.83% of DNA sequence from clone A/2 and 44,98% from clone L/8 were represented by retrotransposable elements. Further comparative analysis showed buffalo specific repetitive sequences in the CSN1S1 gene and the partial CSN3 gene with when compared with other bovids species. The coding sequence of the buffalo CSN1S1 gene showed 98%, 93%, and 90% of identity with the correspondent sequences in cattle ... / Mestre

Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Claudia Cristina Paro de Paz / Coorientador: Clara Díaz Martín / Banca: Nedenia Bonvino Stafuzza / Banca: Roberto Carvalheiro / Banca: Adriana Mercia Guaratini Ibelli / Banca: Adriana Santana do Carmo / Resumo: CNVs (copy number variation - variação no número de cópias) são segmentos de DNA de tamanho igual ou maior a 1 Kb e estão presentes em número variável de cópias em comparação com um genoma referência e podem estar associadas com a expressão gênica e variâncias fenotípicas. Assim, esse trabalho teve como objetivo identificar regiões com variações no número de cópias nos segmentos de DNA em um total de 366 indivíduos de 5 raças bovinas autóctones de corte espanholas, distribuídos em 25 famílias formadas por pai-mãe-progênie, denominados trios. Os animais pertencentes às raças Asturiana de los Valles (75 indivíduos, 25 trios), Avileña-Negra Ibérica (74 indivíduos, 24 trios completos, um trio com pai repetido), Morucha (Mo, 75 indivíduos, 25 trios), Pirenaica (74 indivíduos, 24 trios completos, um trio com pai repetido) e Retinta (68 indivíduos, 18 trios completos, 7 trios com pais repetidos) foram genotipados com o painel Illumina BovineHD Beadchip de 777K A identificação das CNVs foi realizada por meio do modelo das cadeias ocultas de Markov implementado no software PennCNV. As regiões de CNV (copy number variation region - CNVR) foram determinadas pela sobreposição de agrupamentos das CNVs identificados em diferentes animais. Genes candidatos localizados nas CNVR encontradas foram investigados por meio de análises nas plataformas NCBI e Ensembl. Foram detectadas 8061 CNVs, sendo 2852 cópias e 5592 deleções e 1293 regiões, sendo 876 deleções e 314 cópias, cobrindo 3,6% do genoma autossômico bovino. Foram encontrados dentro dessas regiões 1.263 genes, com alguns deles fazendo parte de processos biológicos como crescimento e sistema imune. Encontrou-se um grande número de CNVs sendo compartilhadas entre as raças Asturiana de los Valles e Morucha, o que sugere proximidade entre essas raças durante seu... / Abstract: Copy number variation (CNV) are DNA segments that are present at variable copy number compared to a reference genome. Classes of CNVs include insertions, deletions, duplications and inversions. CNVs can be associated with gene expression and phenotypic variation, providing genetic variability among individuals and, thus, are an important tool to production and healthy traits selection. The goal of this study was to identify regions with copy number variation in a total of 366 individuals from 5 autochthonous Spanish breeds of beef cattle, distributed into 25 families for breed, composed of sire-dam-offspring, called trios. The animals belonged to Asturiana de los Valles (75 individuals, 25 trios), Avileña-Negra Ibérica (74 individuals, 24 complete trios, one sire-repeated trio), Morucha (Mo, 75 individuals, 25 trios), Pirenaica (74 individuals, 24 24 complete trios, one sire-repeated trio) e Retinta (68 individuals, 18 complete trios, 7 sire-repeated trios) and were genotyped with the Illumina BovineHD Beadchip. The PennCNV software performed the CNVs identification. The CNV regions (CNVR) were determined by the overlapping of the CNVs. Candidates genes placed within the found CNVRs were investigated by analysis into the NCBI and Ensembl data platform. It has been detected a total of 8,061 CNV, which 2852 are gain and 5592 are loss of a DNA segment. A great amount of sharing CNVs between Asturiana de los Valles and Morucha breeds had been observed, which suggests a proximity during their formation process. We found also 1,293 regions of CNVs, spanning 3.6% of the autosomal bovine genome and 1,263 genes were present within these regions, and were involved in biological processes such as growth and immune system / Doutor

Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Mônica Correa Ledur / Coorientador: Jane de Oliveira Peixoto / Banca: Nedenia Bonvino Stafuzza / Banca: Humberto Tonhati / Banca: Adriana Mercia Guaratini Ibelli / Banca: Claudia Cristina Paro de Paz / Resumo: Em programas de melhoramento de frangos de corte, as aves são selecionadas principalmente para características de desempenho e carcaça, acarretando em mudanças no tamanho, forma e função dos órgãos, o que implica em alterações fisiológicas importantes durante o desenvolvimento das aves. A seleção intensa dos frangos de corte resultou em problemas locomotores, diminuição da resistência óssea dos animais e aumento da mortalidade. Com isso, técnicas de biologia molecular podem ser utilizadas na seleção assistida por marcadores com o intuito de identificar genes candidatos para auxiliar no processo de seleção de características relacionadas às desordens ósseas. Os objetivos do presente trabalho foram estimar os parâmetros genéticos para características relacionadas à integridade óssea do fêmur e peso aos 42 dias de idade e estudar as associações dos genes RUNX2 ("Runt-related transcription factor 2") e TNFSF11 ("Tumor necrosis fator (ligand) superfamily, member 11") com características de importância econômica em frangos de corte no intuito de fornecer suporte para o programa de melhoramento genético de aves e direcionar o processo de seleção visando a redução dos problemas relacionadas às desordens ósseas. Estimativas de parâmetros genéticos, fenotípicos e ambientais foram obtidas para características associadas à integridade óssea do fêmur e peso aos 42 dias de idade (P42) pelo método de máxima verossimilhança restrita utilizando modelo animal multicaracterística, com efeito fixo de grupo (sexo e incubação) e os efeitos aleatórios genéticos aditivos e residuais. Análises de associações genéticas entre o SNP g.57.397A>G (RUNX2) e SNP g.14.614A>G (TNFSF11) com características de desempenho, composição de carcaça, órgãos e integridade óssea do fêmur foram realizadas com o propósito de avaliar os efeitos desses polimorfismos sobre esse grupo de características, por... / Abstract: In the broiler breeding programs, the broilers are selected primarily for performance and carcass traits, resulting in changes in the size, shape and function of organs which implies important physiological changes during the development of the broilers. Intense selection of broilers resulted in locomotors problems, decreased bone strength of animals and increased mortality. Thus, molecular screening techniques began to be used in order to identify candidate genes to assist in the selection of related traits to bone disorders. The objective of this study was estimate genetic parameters for traits related to femoral integrity bone and weight at 42 days and association study of RUNX2 ("Runt-related transcription factor 2") and TNFSF11 ("Tumor necrosis factor (ligand) superfamily, member 11") genes with economical traits in broilers in order to provide support for the broiler breeding program and direct the selection process to reduce problems related to bone disorders. Estimates of genetic parameters were obtained for traits associated with the femur bone integrity and weight at 42 days of age by the restricted maximum likelihood method using multi-trait animal model with the fixed group effect (sex and incubation), and the random effects and additives residuals. The investigation of polymorphisms in association RUNX2 genes and TNFSF11 and the association study of polymorphisms found and their respective SNPs (Nucleotide single polymorphism) of RUNX2 genes (SNP g.57.397A>G) and TNFSF11 (SNP g.14.614A> g) with the performance, carcass composition, parts and femoral bone integrity in order to evaluate the effects of these polymorphisms about this group of traits to maximum likelihood method. We used the TT reference population database with about 1,500 broilers belonging to Embrapa Swine and Poultry Breeding Program in Concordia/SC, Brazil. Heritability coefficients estimated for weight at 42 days of age (W42) and the related traits to ... / Doutor

Orientador: Flávia Thomaz Verechia Pereira / Banca: Márcia Rita Fernandes Machado / Banca: Ricardo da Fonseca / Resumo: Para o crescimento placentário e a nutrição fetal, altas taxas de crescimento e diferenciação celular são necessárias para um balanço adequado entre proliferação e morte celular das células placentárias. Estas células possuem propriedades específicas em relação a suas funções metabólicas, endócrinas e angiogênicas, sendo fundamentais para o desenvolvimento do concepto ao longo da prenhez. Neste estudo, foi avaliada a ocorrência de proliferação celular em placentônios provenientes de conceptos bovinos transgênicos clonados (n=5) e de inseminação artificial (IA) (n=18), nos períodos de 60 e 90 dias de gestação, que tiveram seu desenvolvimento interrompido e houve a recuperação do útero gestante. As amostras de placentônio foram recortadas e fixadas em solução aquosa de paraformoldeído a 4% em tampão fosfato de sódio (PBS) a 0,1M pH 7.4, para verificação da morfologia, e realização da técnica de imuno-histoquímica. Os resultados obtidos foram comparados entre bovinos clonados transgênicos e de IA. Em todos os grupos e períodos gestacionais, o epitélio fetal apresentou marcação positiva para proliferação celular. Aos 60 dias a marcação positiva no epitélio uterino das gestações manipuladas foi pouco evidente em relação às de gestações naturais. Por sua vez aos 90 dias a imunorreatividade dos placentônios dos conceptos clonados, foi muito intensa não só no epitélio, mas também no tecido conjuntivo fetal, fato não observado na gestação natural, onde a reação positiva foi pouco evidente no tecido conjuntivo fetal. Neste estudo foi demonstrado um possível desequilíbrio nos padrões de proliferação celular nos conceptos bovinos clonados transgênicos, pois no início da gestação (60 dias) apresentaram menor atividade proliferativa e aos 90 dias um aumento, podendo ser este fato um dos fatores que levam às anormalidades placentárias. Desse modo os resultados da verificação.. / Abstract: For the placental growth and fetal nutrition, high rates of growth and differentiation are necessary for a proper balance between proliferation and cell death of placental cells. These cells have specific properties in relation to its metabolic, endocrine and angiogenic function and they are fundamental to the development of the fetus throughout pregnancy. In this study, the occurrence of cell proliferation was assessed in placentomes by cloned transgenic bovine conceptuses (n=5) and by artificial insemination (AI), in the 60 and 90 days of gestation, and they development were interrupted and recovering the pregnant uterus. The samples were cut and fixed in paraformaldehyde 4% aqueous solution in sodium phosphate buffer (PBS) 0.1M at pH 7.4, for verification of the morphology and performing immunohistochemistry. The results were compared with bovine cloned and AI. The reults obtained were compared between transgenic cloned bovine conceptuses and AI. In all groups and gestational periods, the fetal epithelium presents positive labeling to cell proliferation. In 60 days gestation the positive labeling of the manipulated gestations was less evident in relation to the natural gestations. On the other hand, in 90 days gestation the immunoreactivity of the placentomes of the cloned conceptuses was more intense, not just in the epithelium, but also in the fetal connective tissue, fact not observed in the natural gestation, were the positive reaction was less evident in the fetal connective tissue. In this study was noted a possible imbalance in the patterns of the cell proliferation in the transgenic cloned bovine conceptuses, because in the early gestation (60 days) they presented a lesser proliferative activity, and in the 90 days a increase, may be this fact one of the factors leading to placental abnormalities. Therefore, the results of verification of cell proliferation and understanding are important for the understanding of possible fails... / Mestre

Orientador: Diogo Teruo Hashimoto / Banca: Rafael Yutaka Kuradomi / Banca: George Shigueki Yasui / Resumo: No presente estudo avaliou-se a eficiência da indução à triploidia em duas espécies (pacu Piaractus mesopotamicus e tambaqui Colossoma macropomum) e seu respectivo híbrido interespecífico tambacu (♀ tambaqui x ♂ pacu). O principal objetivo foi avaliar a indução por choque de temperatura quente e frio e a forma de identificação da ploidia dos peixes. Além disso, foi padronizado um protocolo de obtenção de cromossomos mitóticos a partir de larvas (citogenética de larvas). Nas avaliações de quantidade e qualidade das metáfases, observaram-se melhores resultados para o protocolo de citogenética de larvas utilizando a concentração de colchicina a 0,007% (4 h). Inicialmente, nos experimentos pilotos, foram avaliados choque quente e frio em pacu e tambaqui, os quais apresentaram melhores resultados de taxa de eclosão e índice de triploides nos tratamentos quentes. Dessa forma, apenas tratamentos quentes foram avaliados nos experimentos seguintes. Na indução do pacu, foram detectados 11,8% de triploides por citogenética em juvenis no choque a 43 ºC (2 min), 2 min após a fertilização. Para o tambaqui, em análise por citogenética de larvas, foram detectados 80% de triploides no choque a 43 °C (2 min), 2 min após a fertilização; entretanto, quando analisado na fase juvenil, este tratamento apresentou 29,4% de triploides. Já para o híbrido tambacu, foram detectados 33,3% de triploides na fase larval no choque a 43 °C (2 min), 2 min após a fertilização; e 8,7% na fase de juvenil. Entretanto, no choque a 41°C (2 min), 1 min após na fertilização, foram detectados 57,8% de triploides na fase juvenil. Quando o nível de ploidia foi analisado por meio da análise das Regiões Organizadoras do Nucléolo (NOR) nos cromossomos metafásicos, verificou-se variação intra-individual (NORs múltiplas) para o pacu, tambaqui e tambacu, assim como na análise dos núcleos interfásicos do tambaqui, inviabilizando essa... / Abstract: In the present study, we evaluated the triploidy induction efficiency in two species (pacu Piaractus mesopotamicus and tambaqui Colossoma macropomum) and their respective interspecific hybrid tambacu (♀ tambaqui x ♂ pacu). The main objective was to evaluate the heat and cold shock temperatures and the form of identification of the fish ploidy. Furthermore, a protocol has been standardized to obtain mitotic chromosomes from larvae (larvae cytogenetics). In the evaluations of quantity and quality of metaphases, we observed better results for larvae cytogenetics using the concentration of 0.007% (4 hours). Initially, in the pilot experiments, we analyzed heat and cold shock treatments in pacu and tambaqui, which showed better results from hatching rate and triploid index in heat temperatures. Thus, only heat shocks were evaluated in the final experiments. In pacu, 11.8% of triploid juveniles were detected by cytogenetic method in the shock induction at 43 °C (2 min), 2 min after fertilization. For tambaqui, 80% of triploid were detected in larvae cytogenetic analysis for the shock at the 43 °C (2 min), 2 min after fertilization; however, when analyzed in the juvenile stage, we observed 29.4% of triploids. For the hybrid tambacu, we detected 33.3% of triploids in the larval stage at the shock at 43 °C (2 min), 2 min after fertilization; and 8.7% in the juvenile stage. However, in the shock at 41 °C (2 min), 1 min after fertilization, we detected 57.8% of triploid in the juvenile stage. When the ploidy level was analyzed by Nucleolar Organizer Regions analysis (NOR) on metaphase chromosomes, intra-individual variation was found (multiple NOR) for pacu, tambaqui and tambacu, as well as the analysis of interphase nuclei tambaqui, preventing this technique for verification of ploidy. In conclusion, although this study did not reach 100% triploidy, this work enables the triploid production for future studies and identifies them in the ... / Mestre