SOARES, V. V. M. Identificação, validação e anotação funcional de marcadores microssatélites em genótipos de cajueiro anão-precoce (Anacardium occidentale var. nanum) utilizando dados de rna-seq. 2015. 95 f. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Campus de Sobral, Universidade Federal do Ceará, Sobral, 2015. / Submitted by Djeanne Costa (djeannecosta@gmail.com) on 2016-09-30T14:34:22Z No. of bitstreams: 1 2015_dis_vvmsoares.pdf: 1959028 bytes, checksum: 71e697529ecc61bc7b79b34b119f8fb9 (MD5) / Approved for entry into archive by Djeanne Costa (djeannecosta@gmail.com) on 2016-09-30T14:35:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_dis_vvmsoares.pdf: 1959028 bytes, checksum: 71e697529ecc61bc7b79b34b119f8fb9 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-30T14:35:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_dis_vvmsoares.pdf: 1959028 bytes, checksum: 71e697529ecc61bc7b79b34b119f8fb9 (MD5) Previous issue date: 2015 / The cashew tree is a native plant from Brazil with high market value. This contributes to the generation of thousands direct and indirect jobs, especially in the Northeast region, during dry season. Breeding programs have been selecting cashew cultivars that best adapt to semi-arid environment in order to fit it in the increasingly competitive market. The search for microsatellite markers can assist breeding programs regarding to access to genetic diversity of the species. This study aims to identify SSR markers in the cashew tree based on seeds and leaves transcriptome, as well as assess its validation by PCR technique in different commercial genotypes. Using bioinformatics tools, SSRs motifs from types di- tri- tetra- penta- and hexanucleotides were found. Trinucleotide-type motif was the most representative in transcripts both from dwarf cashew CCP 76 and common cashew, ranging from 60 to 65%, respectively. Transcripts from common cashew and dwarf cashew CCP 76 share a total of 298 SSR markers. 29 of these were selected for amplification by PCR, in which 9 showed polymorphism in genotypes tested. The sequences located near to the SSR markers encode proteins, which mostly belong to gene families. It can be concluded that regions containing SSRs markers were found in the transcribed region of nine cashew genotypes, and can be a useful tool in genetic analysis and open up prospects for endogenous role of SSRs in protein function / O cajueiro (Anacardium occidentale L.) é uma planta nativa do Brasil com grande valor comercial. Isso contribui com a geração de milhares de empregos diretos e indiretos, especialmente na Região Nordeste, em época de estiagem. Programas de melhoramento genético vem selecionando cultivares de cajueiro melhores adaptados ao ambiente semiárido a fim de colocá-lo em um mercado cada vez mais competitivo. A busca por marcadores microssatélites pode auxiliar os programas de melhoramento no que diz respeito ao acesso à diversidade genética da espécie. O presente trabalho tem como objetivo a identificação de marcadores SSR em cajueiro com base no transcriptoma de sementes e folhas, bem como sua validação por PCR em diferentes genótipos comerciais. Utilizando ferramentas de bioinformática foram encontrados motivos SSRs do tipo di- tri- tetra- penta- e hexanucleotídeos, onde o motivo do tipo trinucleotídeo foi o mais representativo nos transcritos do cajueiro anão CCP 76 e comum variando de 60 a 65%, respectivamente. Os transcritos de cajueiro comum e anão CCP 76 compartilham um total de 298 marcadores SSR, destes, 29 foram escolhidos para amplificação por PCR, os quais 9 mostraram polimorfismo nos genótipos testados. As sequências situadas próximas aos marcadores SSR codificam proteínas, que em sua maioria pertencem a famílias gênicas. Pode-se concluir que foram encontrados regiões contendo marcadores SSRs na região transcrita de nove genótipos de cajueiro, podendo ser uma ferramenta útil nas análises genéticas e abrindo perspectivas para o papel endógeno dos SSRs na função proteica

A avaliação de linhagens avançadas de trigo em diferentes ambientes e anos em ensaios de VCU é fundamental para a escolha das melhores para lançamento comercial como cultivares. Esta parte final do programa de melhoramento é uma das mais caras de todo o programa e a identificação dos melhores locais de teste aumenta a eficiência e permite a redução de custos. Assim, os objetivos do presente trabalho foram avaliar os efeitos da interação genótipo com ambiente (GE) no germoplasma elite do programa de melhoramento genético da OR Melhoramento de Sementes Ltda.; determinar o número de ambientes e quais são os mais adequados (essenciais) para a condução de ensaios de VCU para a região Sul do Brasil e, testar a metodologia GGE Biplot para a identificação dos melhores ambientes para teste. Para tanto foi avaliado os dados de rendimento de grãos (kg/ha) dos anos de 2011 a 2015, referentes aos ensaios de VCU dos ambientes localizados nos estados do Sul do Brasil. As análises foram realizadas por ano e separados em dois grupos: 1) os locais do estado do Paraná e 2) os locais de Santa Catarina e Rio Grande do Sul. Os genótipos apresentam grande variabilidade de adaptação aos diferentes ambientes de teste do Sul do Brasil. Apesar das variações nos ambientes subtropicais do Brasil foi possível identificar locais essenciais para a correta classificação dos genótipos com padrões similares ao longo dos diferentes anos, tanto para os ambientes do estado do Paraná como para os ambientes dos estados de Santa Catarina e Rio Grande do Sul, ambientes estes que estão de acordo com a classificação proposta para condução de ensaios de VCU. Os resultados indicam que a empresa estava testando mais locais que os necessários para a correta identificação de genótipos superiores e estáveis e o modelo GGE Biplot mostrou-se adequado para a análise da importância dos diferentes locais de teste. / The evaluation of advanced wheat lines in different environments and years in VCU trials is fundamental for the choice of the best ones for commercial launching as cultivars. This final part of the breeding program is one of the most expensive of the entire program and identifying the best test sites increases efficiency and allows cost reduction. Thus, the objectives of the present work were to evaluate the effects of the interaction genotype with environment (GE) on the elite germplasm of the breeding program of the OR Melhoramento de Sementes Ltda.; to determine the number of environments and which are the most adequate (essential) for the conduction of VCU trials for the southern region of Brazil and to test the GPL Biplot methodology to identify the best environments for testing. For that, the grain yield data (kg/ha) from the years 2011 to 2015 were evaluated for the VCU assays of the environments located in the southern states of Brazil. The analyzes were carried out per year and separated into two groups: 1) Paraná state sites and 2) Santa Catarina and Rio Grande do Sul sites. The genotypes present great variability of adaptation to the different test environments of the South of Brazil. In spite of the variations in the subtropical environments of Brazil, it was possible to identify essential sites for the correct classification of genotypes with similar patterns throughout the years, both for the environments of the state of Paraná and for the environments of the states of Santa Catarina and Rio Grande do Sul, environments that are in accordance with the classification proposed for conducting VCU trials. The results indicate that the company was testing more sites than necessary for the correct identification of superior and stable genotypes and the GPL Biplot model was adequate for the analysis of the importance of the different test sites.

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:44:36Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Introdução: A infecção pelo vírus da hepatite C (HCV) apresenta alta prevalência entre pacientes em hemodiálise, sendo uma importante causa de morbi-mortalidade nesta população. A aquisição do HCV continua a ocorrer em unidades de hemodiálise e está relacionado principalmente com a transmissão nosocomial. O tratamento da hepatite C, com interferon em monoterapia, entre pacientes em hemodiálise, apresenta resultados satisfatórios. Entretanto, um número considerável de pacientes apresenta resposta não-sustentada à terapia. Objetivo: Avaliar se a resposta não sustentada em pacientes infectados pelo HCV em hemodiálise, corresponde a uma recidiva da infecção ou a uma reinfecção com outras cepas virais. Materiais E Métodos: Foram avaliados 15 pacientes em hemodiálise, que eram soronegativos para HBV e HIV, sem história de alcoolismo e uso de drogas injetáveis. Foram incluídos os pacientes que foram tratados com IFN-alfa 3 MU, 3 x/sem por 12 meses e que apresentaram resposta não sustentada (HCV-RNA negativo no 12o mês e positivo no 6o mês pós-tratamento). Quatro pacientes foram incluídos com infecção aguda pelo HCV. Amostras de soro foram coletadas antes do tratamento (T0), ao final do tratamento (T12) e 6 meses após o seu término (T18). A análise da genotipagem foi realizada no T0 e T18 usando o Inno-LiPA HCV II e o seqüenciamento da região NS5B. Uma árvore filogenética foi construída usando os programas Mega e Treeview. Resultados: Antes do tratamento, os respondedores não sustentados apresentavam: genótipo 1a em 8 pacientes (53%), 1b em 4 (27%), 3a em 2 (13%) e 4a em 1 (7%). No período T18, 5 pacientes (33%) mudaram de genótipo: de 1b para 3a (1 caso), 1b para 1a (1), 4a para 1a (1), 1b para 2a (1) e 1a para 2a (1). Um resultado discordante entre o Inno-LiPA e o sequenciamento do NS5B foi encontrado em um paciente. A infecção pelo HCV1a foi detectada com Inno-LiPA em T0 e T18, enquanto a análise filogenética da região NS5B demonstrou uma alteração do HCV1b em T0 para HCV1a em T18. Conclusões: Este estudo permitiu demonstrar, por meio da mudança de genótipo em 5 de 15 pacientes hemodialisados com resposta não sustentada ao tratamento da infecção crônica pelo HCV, que existe possibilidade de reinfecção após o tratamento, uma vez que os pacientes permanecem expostos a ambiente de risco de transmissão da infecção. Estudos futuros de clonagem viral devem ser feitos para complementar estes achados, no sentido de avaliar a real magnitude da reinfecção e dimensionar adequadamente as medidas a serem adotadas para evitar este tipo de ocorrência. / Background/Aims: Hepatitis C virus (HCV) infection remains common among hemodialysis (HD) patients and its occurrence is mainly related to nosocomial spread. Although dialysis patients with HCV infection respond well to Interferon-based therapy, relapse is frequent. Our study aimed at a selected group of HCV-HD patients under interferon therapy who achieved end-of-treatment virological response but became HCV-RNA positive again 6 months after end-of-treatment. We evaluated whether de novo HCV-RNA positivity in these non-sustained responders occurred due to lack of clearance of HCV after the initial response to interferon-alpha (relapse) or due to re-infection with a new strain (re-infection). Methods: Genotyping by Inno-LiPA and by phylogenetic tree analysis using partial HCV-NS5B sequences at two evaluation points: pre-treatment (T0) and 6 months after end-of-treatment (T18). Results: Non-sustained responders (n=15) carried subtypes 1a (8 patients), 1b (4 patients), 3a (2 patients) and 4a (1 patient) before treatment. Identical subtypes were detected in 10 patients at T18. Five patients changed genotypes at T18, suggesting nosocomial re-infection. To our knowledge, these findings have never been reported before in HD patients during HCV treatment. Conclusions: This study emphasizes the importance of epidemiologic measures to control the re-exposure of HD patients previously treated for HCV infection. / BV UNIFESP: Teses e dissertações

SOARES, V.V.M Identificação, validação e anotação funcional de marcadores microssatélites em genótipos de cajueiro anão-precoce (Anacardium occidentale var. nanum) utilizando dados de rna-seq. 2015. 97 f. Dissertação (MESTRADO EM BIOTECNOLOGIA) - Campus de Sobral, Universidade Federal do Ceará, Sobral, 2015. / Submitted by Djeanne Costa (djeannecosta@gmail.com) on 2017-09-04T11:10:32Z No. of bitstreams: 1 2015_dis_vvmsoares.pdf: 1959028 bytes, checksum: 71e697529ecc61bc7b79b34b119f8fb9 (MD5) / Approved for entry into archive by Djeanne Costa (djeannecosta@gmail.com) on 2017-10-03T15:08:40Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_dis_vvmsoares.pdf: 1959028 bytes, checksum: 71e697529ecc61bc7b79b34b119f8fb9 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-03T15:08:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_dis_vvmsoares.pdf: 1959028 bytes, checksum: 71e697529ecc61bc7b79b34b119f8fb9 (MD5) Previous issue date: 2015 / The cashew tree is a native plant from Brazil with high market value. This contributes to the generation of thousands direct and indirect jobs, especially in the Northeast region, during dry season. Breeding programs have been selecting cashew cultivars that best adapt to semi-arid environment in order to fit it in the increasingly competitive market. The search for microsatellite markers can assist breeding programs regarding to access to genetic diversity of the species. This study aims to identify SSR markers in the cashew tree based on seeds and leaves transcriptome, as well as assess its validation by PCR technique in different commercial genotypes. Using bioinformatics tools, SSRs motifs from types di- tri- tetra- penta- and hexanucleotides were found. Trinucleotide-type motif was the most representative in transcripts both from dwarf cashew CCP 76 and common cashew, ranging from 60 to 65%, respectively. Transcripts from common cashew and dwarf cashew CCP 76 share a total of 298 SSR markers. 29 of these were selected for amplification by PCR, in which 9 showed polymorphism in genotypes tested. The sequences located near to the SSR markers encode proteins, which mostly belong to gene families. It can be concluded that regions containing SSRs markers were found in the transcribed region of nine cashew genotypes, and can be a useful tool in genetic analysis and open up prospects for endogenous role of SSRs in protein function / O cajueiro (Anacardium occidentale L.) é uma planta nativa do Brasil com grande valor comercial. Isso contribui com a geração de milhares de empregos diretos e indiretos, especialmente na Região Nordeste, em época de estiagem. Programas de melhoramento genético vem selecionando cultivares de cajueiro melhores adaptados ao ambiente semiárido a fim de colocá-lo em um mercado cada vez mais competitivo. A busca por marcadores microssatélites pode auxiliar os programas de melhoramento no que diz respeito ao acesso à diversidade genética da espécie. O presente trabalho tem como objetivo a identificação de marcadores SSR em cajueiro com base no transcriptoma de sementes e folhas, bem como sua validação por PCR em diferentes genótipos comerciais. Utilizando ferramentas de bioinformática foram encontrados motivos SSRs do tipo di- tri- tetra- penta- e hexanucleotídeos, onde o motivo do tipo trinucleotídeo foi o mais representativo nos transcritos do cajueiro anão CCP 76 e comum variando de 60 a 65%, respectivamente. Os transcritos de cajueiro comum e anão CCP 76 compartilham um total de 298 marcadores SSR, destes, 29 foram escolhidos para amplificação por PCR, os quais 9 mostraram polimorfismo nos genótipos testados. As sequências situadas próximas aos marcadores SSR codificam proteínas, que em sua maioria pertencem a famílias gênicas. Pode-se concluir que foram encontrados regiões contendo marcadores SSRs na região transcrita de nove genótipos de cajueiro, podendo ser uma ferramenta útil nas análises genéticas e abrindo perspectivas para o papel endógeno dos SSRs na função proteica.

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:46:56Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Introdução: Trichosporon tem sido descrito como patogeno oportunista emergente relacionado as infeccoes disseminadas em pacientes imunocomprometidos, sobretudo em individuos apresentando neutropenia intensa. E bastante evidente que ha poucas informacoes disponiveis sobre as caracteristicas das infeccoes por este patogeno principalmente nos hospitais brasileiros, sendo necessaria a realizacao de estudos que permitam a caracterizacao do seu perfil epidemiologico. Objetivos: 1) Identificar por metodos fenotipicos e genotipicos as especies de Trichosporon isoladas de hemoculturas obtidas de pacientes hospitalizados; 2) Adaptar a metodologia do CLSI para a avaliacao da sensibilidade a antifungicos de isolados de Trichosporon spp.; 3) Avaliar Etest® para predizer a sensibilidade a anfotericina B; 4) Avaliar o perfil de sensibilidade de diferentes especies do genero Trichosporon, em relacao a seis antifungicos. Material e Metodos: Foram utilizadas 23 cepas de Trichosporon spp. isoladas de hemoculturas provenientes de dois hospitais terciarios da cidade de São Paulo e coletadas entre os anos de 1995 e 2004. As leveduras foram identificadas em nivel de especie atraves de caracteristicas morfologicas e bioquimicas, sendo esta identificacao confirmada por estudos moleculares. Para tanto, foi amplificada a regiao 18S do rDNA para a confirmacao da identificacao do genero e realizado o sequenciamento da regiao IGS 1 para confirmacao da identificacao de especie. A avaliacao da sensibilidade aos antifungicos foi realizada por dois diferentes metodos: microdiluicao em caldo e difusao em agar por Etest®. Resultados: A identificacao fenotipica foi comparada com a genotipica demonstrando algumas incongruencias quanto as duas metodologias. Tres isolados foram erroneamente identificados como: T asteroides (identificacao molecular: T asahii varo asahil); T inkin (identificacao molecular: Tasahii var. asahii) e T asahii (identificacao molecular: T asteroides), enquanto que quatro isolados nao foram identificados em nivel de especie pelo metodo fenotipico. Houve 61 por cento de concordancia entre as duas metodologias, sendo T asahii a especie mais frequentemente identificada na presente serie. Anfotericina B foi o unico antifungico testado pelas duas metodologias. As CIMs da microdiluicao em caldo apresentaram-se distribuidas em menor espectro de diluicoes, enquanto que no Etest@ as CIMs apresentaram-se num largo espectro. Os isolados de T asahii apresentaram CIMs mais elevadas e menores indices de sensibilidade a anfotericina B, por ambos os metodos, quando comparados com isolados de T nao-asahii. Houve elevada sensibilidade aos azolicos. Em contrapartida, 5-fluorocitosina e caspofungina nao apresentaram atividade in vitro contra estes isolados. Conclusao: O sequenciamento da regiao IGS1 foi suficiente para a identificacao de todos os isolados clinicos incluindo especies geneticamente relacionadas. Mesmo utilizando numero limitado de cepas, observamos que os triazolicos apresentaram melhor padrao de atividade antifungica contra os isolados de Trichosporon spp / Introduction: The genus Trichosporon has been described as an emergent opportunistic pathogen related to disseminated infections in immunocompromised patients, specifically those individuals with intense neutropenia. It is highly evident that there is not enough information available about the characteristics of the infection caused by this pathogen, mainly in Brazilian hospitals. Therefore, it is important to investigate trichosporonosis epidemiology. Objectives: 1) To identify strains isolated from blood cultures using phenotypic and genotypic methods. 2) To adapt CLSI methodology for the evaluation of Trichosporon spp. sensitivity to antifungal drugs. 3) To evaluate Etest® for predicting sensitivity to Amphotericin B. To evaluate the sensitivity profile of different Trichosporon species to 6 antifungal drugs. Material and methods: We analyzed 23 strains of Trichosporon spp. recovered from blood cultures of two tertiary hospitals in São Paulo and collected between 1995 and 2004. The yeasts were identified to species level based on their morphological and biochemical characteristics and subsequently by molecular biology. For those purposes, we amplified the18S rDNA region to confirm genus identification and sequenced the IGS1 region of rDNA to confirm species phenotypic identification. We used two different methods to investigate sensitivity to antifungal drugs: broth microdilution and agar-diffusion disk test using Etest®. Results: We observed some incongruences between the phenotypic and genotypic methods used for identification. Three isolates were misidentified as T. asteroids (molecular identification: T. asahii var. asahii). T. inkin (molecular identification: T. asteroids), while four isolates could not be identified to species level using phenotypic methods. The two different methods agreed on 61% of the cases. T. asahii was the most commonly isolated species in the present study. Amphotericin B was the only antifungal drug tested with both methodologies. Broth microdilution MICs were less variable within different dilutions, while Etest® MICS showed broader variation. T. asahii isolates had higher MICs values and were less susceptible to Amphotericin B for both methods than Non-Asahii Trichosporon. The isolates were highly sensitive to azoles. Nevertheless, 5-fluorocitosin and caspofungin had no in vitro activity against the clinical isolates analyzed. Conclusion: The IGS1 region sequencing was enough to identify all the clinical isolates, including closely related species. Although the number of strains tested was small, we observed that triazoles had better antifungal activity against Trichosporon spp. isolates. / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2015-05-27T13:34:59Z (GMT). No. of bitstreams: 2 172.pdf: 4084743 bytes, checksum: a14b960291b86dfd51452b5c15a760c6 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2013 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil / Dengue (DENV) é a arbovirose de maior prevalência em humanos no mundo. Estudos moleculares são necessários para melhor entendimento de sua origem e história evolucionária. Análises filogenéticas e epidemiológicas sugerem que genótipos mais virulentos estão substituindo os de menor impacto epidemiológico. O presente trabalho teve como objetivo caracterizar geneticamente os sorotipos 1, 2 e 3 do DENV isolados no estado de Pernambuco, de 1995 a 2010, através do sequenciamento e análise de variações do genoma completo do vírus. Os isolados de DENV-1 foram incluídos no genótipo V e três linhagens foram observadas: a linhagem I se relacionou com a cepa BR-90, oriunda do Rio de Janeiro; a linhagem II com isolados da Colômbia e Venezuela; a linhagem III mostrou relação com cepas das Ilhas Virgens e de Cingapura, sugerindo possível origem a partir do Caribe e/ou Ásia. Para o DENV -2 foi identificado o genótipo Sudeste Asiático/Americano. Duas linhagens foram observadas, a linhagem I teve sua origem provável a partir da Venezuela e foi substi tuída pela linhagem II, que possivelmente se originou da Jamaica. Os isolados de DENV-3 foram incluídos no genótipo III cuja origem possivelmente se deu pela introdução de uma cepa do Rio de Janeiro, oriunda das ilhas do Caribe. Substituições em nucleotídeos e aminoácidos foram encontradas ao longo dos genomas, as quais podem estar envolvidas em importantes alterações em funções das proteínas virais, mas nenhuma associação com a forma clínica da doença ou tipo de infecção foi identificada. Apenas alterações nucleotídicas em 5´UTR de DENV-3 previu estrutura secundária diferente. Alterações nucleotídicas e estruturais em 3´UTR não se relacionaram com a gravidade da doença. A pressão evolucionária observada foi seleção purificadora. Foram identificadas mutações que são específicas dos isolados e/ou linhagens de Pernambuco, que podem ser elementos virais genéticos que contribuem para sua contínua circulação na região e seu potencial epidêmico

MARTINS, Michelle Freitas. Caracterização clínica, hematológica e molecular dos adultos com β talassemia no Ceará. 2010. 84 f. Dissertação (Mestrado em Patologia) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2010. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2011-12-22T15:45:29Z No. of bitstreams: 1 2010_dis_mfmartins.pdf: 2051486 bytes, checksum: 4814e2ffcebed41f58aba297f0cf6f41 (MD5) / Approved for entry into archive by Eliene Nascimento(elienegvn@hotmail.com) on 2012-02-01T14:22:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2010_dis_mfmartins.pdf: 2051486 bytes, checksum: 4814e2ffcebed41f58aba297f0cf6f41 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-02-01T14:22:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2010_dis_mfmartins.pdf: 2051486 bytes, checksum: 4814e2ffcebed41f58aba297f0cf6f41 (MD5) Previous issue date: 2010 / Background: Beta thalassemia is a group of disorders, each resulting from a genetic defect in the rate of synthesis of one or more globin chains of hemoglobin (Hb). The imbalance in the production of globin chains can result in ineffective erythropoiesis, insufficient production of hemoglobin, hemolysis and anemia of varying degree. Beta thalassemia is more common in countries bordering the Mediterranean Sea, reflecting the participation of these peoples in the formation of the Brazilian population. The predominant mutations in Brazil are the IVS-I-1, IVS-I-6, IVS-I-110 and CD 39, which are associated with different clinical conditions and are mostly regionally specific. Objective: To characterize the clinical, hematological and molecular adults with beta thalassemia of the University Hospital Cantídeo Walter and followed at a referral center for Hematology of the state of Ceará (Hemoce). Methods: We analyzed 22 individuals with beta thalassemia, 7 intermediate and 15 minor, in both sexes, from February 2008 to September 2009. Clinical data and laboratory tests: blood count, levels of Hb A2 and Hb F, serum iron, total capacity and latent iron binding (CTLFe, CLLFe), ferritin and transferrin saturation index (IST) were obtained from medical records, diagnosis. About 5 mL of venous blood was collected in tubes containing EDTA anticoagulant for molecular study. The analysis of mutations was performed using the technique of chain reaction mediated by allele specific polymerase (PCR-AE), where we analyzed the following mutations: IVS-I-1, IVS-I-6, IVS-I-110 and CD 39. Statistical analysis was carried out in software R (version 2.7.0) and the level of significance was 5%. Results: Of 22 patients studied, 15 were patients with β thalassemia minor and seven intermediate. The age ranged 18-68 years with a mean of 44.7 years. 18.2% male and 81.8% female. The mutations were characterized in 68.2% of cases, which had the most frequent IVS-I-6, followed by the codon 39. The mutation IVS-I-1 was found in one patient and IVS-I-110 was not found. There was no significant clinical differences between the hematological and biochemical parameters. There was a discrepancy between phenotype and genotype in some patients, but no significant difference between mutations and clinical manifestations. Conclusions: The results of this study reinforce the dominance of the mutation IVS-I-6 in northeastern Brazil. Are recommended further studies to investigate the co-inheritance with α-thalassemia in these patients to justify the discrepancy between genotypes and phenotypes. / Introdução: A beta talassemia é um grupo de distúrbios, cada um resultando de um defeito genético, na velocidade de síntese de uma ou mais cadeias globínicas da hemoglobina (Hb). A desproporção na produção das cadeias globínicas pode resultar em eritropoese ineficaz, produção insuficiente de Hb, hemólise e anemia de grau variado. A beta talassemia é mais frequente nos países banhados pelo mar Mediterrâneo, refletindo a participação desses povos na formação da população brasileira. As mutações predominantes no Brasil são a IVS-I-1, IVS-I-6, IVS-I-110 e o CD 39, as quais estão associadas a diversos quadros clínicos e são, em sua maioria, regionalmente específicas. Objetivo: Caracterizar o perfil clínico, hematológico e molecular dos indivíduos adultos com beta talassemia do Hospital Universitário Walter Cantídeo, em acompanhamento no centro de referência de Hematologia e Hemoterapia do estado do Ceará (HEMOCE). Metodologia: Foram analisados 22 indivíduos portadores de beta talassemia, sendo 7 intermediária e 15 menor, de ambos os sexos, no período de fevereiro de 2008 a setembro de 2009. Os dados clínicos e laboratoriais: hemograma, níveis de Hb A2 e de Hb F; ferro sérico; capacidade total e latente de ligação do ferro (CTLFe, CLLFe), ferritina e índice de saturação da transferrina (IST), foram obtidos dos prontuários, ao diagnóstico. Cerca de 5 mL de sangue venoso foi coletado em tubo contendo o anticoagulante EDTA para o estudo molecular. A análise das mutações foi realizada por meio da técnica da reação em cadeia mediada pela polimerase alelo específico (PCR-AE), onde foram analisadas as seguintes mutações: IVS-I-1, IVS-I-6, IVS-I-110 e o CD 39. As análises estatísticas foram desenvolvidas no software livre R (versão 2.7.0) e o nível de significância estabelecido foi 5%. Resultados: Dos 22 pacientes estudados, 15 eram portadores de β talassemia menor e sete intermediária. A idade variou de 18 a 68 anos, com média de 44,7 anos. 18,2 % do sexo masculino e 81,8% do sexo feminino. As mutações foram caracterizadas em 68,2% dos casos, que teve como mais frequente a IVS-I-6, seguida do códon 39. A mutação IVS-I-I foi caracterizada em um paciente e a IVS-I-110 não foi encontrada. Não houve diferença clínica significante entre os parâmetros hematológicos e bioquímicos. Houve discrepância entre o fenótipo e o genótipo em alguns pacientes, porém não houve diferença significativa entre as mutações e as manifestações clínicas. Conclusões: Os resultados do presente estudo reforçam o predomínio da mutação IVS-I-6 no nordeste do Brasil. Recomendam-se estudos posteriores para investigação da co-herança com a α talassemia nesses pacientes para justificar a discrepância entre genótipos e fenótipos.

A avaliação de linhagens avançadas de trigo em diferentes ambientes e anos em ensaios de VCU é fundamental para a escolha das melhores para lançamento comercial como cultivares. Esta parte final do programa de melhoramento é uma das mais caras de todo o programa e a identificação dos melhores locais de teste aumenta a eficiência e permite a redução de custos. Assim, os objetivos do presente trabalho foram avaliar os efeitos da interação genótipo com ambiente (GE) no germoplasma elite do programa de melhoramento genético da OR Melhoramento de Sementes Ltda.; determinar o número de ambientes e quais são os mais adequados (essenciais) para a condução de ensaios de VCU para a região Sul do Brasil e, testar a metodologia GGE Biplot para a identificação dos melhores ambientes para teste. Para tanto foi avaliado os dados de rendimento de grãos (kg/ha) dos anos de 2011 a 2015, referentes aos ensaios de VCU dos ambientes localizados nos estados do Sul do Brasil. As análises foram realizadas por ano e separados em dois grupos: 1) os locais do estado do Paraná e 2) os locais de Santa Catarina e Rio Grande do Sul. Os genótipos apresentam grande variabilidade de adaptação aos diferentes ambientes de teste do Sul do Brasil. Apesar das variações nos ambientes subtropicais do Brasil foi possível identificar locais essenciais para a correta classificação dos genótipos com padrões similares ao longo dos diferentes anos, tanto para os ambientes do estado do Paraná como para os ambientes dos estados de Santa Catarina e Rio Grande do Sul, ambientes estes que estão de acordo com a classificação proposta para condução de ensaios de VCU. Os resultados indicam que a empresa estava testando mais locais que os necessários para a correta identificação de genótipos superiores e estáveis e o modelo GGE Biplot mostrou-se adequado para a análise da importância dos diferentes locais de teste. / The evaluation of advanced wheat lines in different environments and years in VCU trials is fundamental for the choice of the best ones for commercial launching as cultivars. This final part of the breeding program is one of the most expensive of the entire program and identifying the best test sites increases efficiency and allows cost reduction. Thus, the objectives of the present work were to evaluate the effects of the interaction genotype with environment (GE) on the elite germplasm of the breeding program of the OR Melhoramento de Sementes Ltda.; to determine the number of environments and which are the most adequate (essential) for the conduction of VCU trials for the southern region of Brazil and to test the GPL Biplot methodology to identify the best environments for testing. For that, the grain yield data (kg/ha) from the years 2011 to 2015 were evaluated for the VCU assays of the environments located in the southern states of Brazil. The analyzes were carried out per year and separated into two groups: 1) Paraná state sites and 2) Santa Catarina and Rio Grande do Sul sites. The genotypes present great variability of adaptation to the different test environments of the South of Brazil. In spite of the variations in the subtropical environments of Brazil, it was possible to identify essential sites for the correct classification of genotypes with similar patterns throughout the years, both for the environments of the state of Paraná and for the environments of the states of Santa Catarina and Rio Grande do Sul, environments that are in accordance with the classification proposed for conducting VCU trials. The results indicate that the company was testing more sites than necessary for the correct identification of superior and stable genotypes and the GPL Biplot model was adequate for the analysis of the importance of the different test sites.

Submitted by Gábia Leite (gabya.leite@gmail.com) on 2016-07-04T13:49:17Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Agnelo Weber de O. Rocha.pdf: 804396 bytes, checksum: ab8a49ed46a108b738c5454b146f68bd (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-07-18T12:54:32Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Agnelo Weber de O. Rocha.pdf: 804396 bytes, checksum: ab8a49ed46a108b738c5454b146f68bd (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-07-18T12:58:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Agnelo Weber de O. Rocha.pdf: 804396 bytes, checksum: ab8a49ed46a108b738c5454b146f68bd (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-18T12:58:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Agnelo Weber de O. Rocha.pdf: 804396 bytes, checksum: ab8a49ed46a108b738c5454b146f68bd (MD5) Previous issue date: 2015-08-27 / Some studies show that the alpha-actinin 3 (ACTN3) and angiotensin-converting enzyme (ACE 1) polymorphisms are strong indicators of candidates for high power and performance in sports. However, in the north region, specifically on the Amazon state, this studies are very rare. Acoording to that, this study presents an evaluation of th polymorphism R577X of the gene ACTN3 and the polymosphism I/D of the gene ECA I in the sports performance of athletes in the Amazon state. For that, blood samples were extracted form 127 athletes of both sexes and divided in two groups: G1 for primaly aerobic sports and G2 for primaly anaerobic sports. The DNA extraction was made by the Kit QIAamp® QIAGEN. While the quantification of the extracted DNA was done by the Nanodrop® ND-1000 Thermo Scientific machine. Postpone, a second quantification was realized with agarose gel at 0,8% flushed with ethidium bromide. The identification of the polymorphisms was done by the PCR-RFLP (ACTN3) technique with the restriction enzyme Ddel and PCR (ACE I). After all the procedures, the gene amplification occurred in 96 samples of 127 that were collected. The results did not show any significantly difference of p<0,05 in the aerobic group (RR = 31%, RX = 31% e XX = 38%). However, the G2 group had a significant difference of p<0,05 to the RR group compared to the others (RR = 10%, RX = 53% e XX = 37%). Besides that, it was verified that both the G1 and G2 groups had a high presence of the alpha-actin 3 gene, and less homozygous mutations. The genotype incidence of the gene ECA I did not show any difference between the genotypes of G1 (II = 35%, ID = 61% e DD = 44%) and G2 (II = 47%, ID = 47% e DD = 6%). After the grouping of the genotypes (RR+RX+DD ou XX+ID+II), it was identified that from the 37 subjects that obtained one of both combinations and 3 subjects ( 8%), showed a variation RR+RX+DD which is considered the best for power/strength sports, while 34 subjects (92%) of the subjects presented a variation XX+II+ID classified as the most indicated for endurance sports. For that so, it can be concluded that the incidence of the polymorphism R577X of the ACTN3 gene, was found to be very different from other experiments. However, the genotype of the gene ECA I was very similar to some studies realized in the asian country, despite being different from other studies done in the south and southeast regions of Brazil, as in Europe. / Evidências indicam que os polimorfismos nos genes da alfa-actinina-3 (ACTN3) e da enzima conversora de angiotensina I (ECA I) são fortes candidatos para modalidades de altas performances e força muscular. No entanto, no estado do Amazonas, esses estudos ainda são escassos. Dessa maneira, esta pesquisa se propôs a investigar a influência do polimorfismo R577X do gene ACTN3 e o polimorfismo I/D do gene da ECA I no desempenho esportivo de atletas do estado do Amazonas. Para tal, amostras de sangue de 127 atletas de ambos os sexo foram coletadas e divididas em dois grupos: G1 de modalidades predominantemente aeróbias e G2 de modalidades predominantemente anaeróbias. A extração do DNA foi realizada com o Kit QIAamp® QIAGEN. Enquanto que a quantificação do DNA extraído foi realizada no equipamento Nanodrop® ND-1000 Thermo Scientific, e em seguida por meio de eletroforese em gel de agarose a 0,8% e com coloração por brometo de etídeo. A identificação dos polimorfismos foi feita através das técnicas de PCR-RFLP (ACTN3) com a enzima de restrição DdeI e PCR (ECA I). Após todos os procedimentos experimentais a amplificação dos genes ocorreu em 96 amostras das 127 coletadas. Os resultados não apontaram diferença significativa de p<0,05 quando avaliados os genótipos encontrados em modalidades aeróbias (RR = 31%, RX = 31% e XX = 38%). Porém, no G2 houve significância de p<0,05 do grupo RR em relação aos demais (RR = 10%, RX = 53% e XX = 37%). Além disso, foi verificado que tanto em G1, quanto em G2 houve maior frequência dos portadores da proteína alfa-actinina-3 em relação dos homozigotos com mutação. A frequência genotípica do gene da ECA I não apontou diferenças entre os genótipos do G1 (II = 35%, ID = 61% e DD = 44%) e nem nos do G2 (II = 47%, ID = 47% e DD = 6%). Após o agrupamento dos genótipos (RR+RX+DD ou XX+ID+II) identificou-se que 37 sujeitos que obtiveram uma das duas combinações, sendo que 3 (8%) apresentaram a variação RR+RX+DD que é considerada ótima para as modalidades de força/potência, enquanto que 34 (92%) sujeitos apresentaram a variação XX+II+ID classificada como a mais indicada para modalidades de endurance. Portanto, conclui-se que a frequência do polimorfismo R577X do gene ACTN3 neste estudo se apresentou bem diferente que em outros experimentos. Porám, a genotipagem do gene da ECA I se assemelhou bastante com investigações realizadas no continente asiático, apesar de diferir de outros estudos realizados no sul e sudeste do Brasil, bem como na Europa.

Made available in DSpace on 2016-04-15T12:56:11Z (GMT). No. of bitstreams: 2 juliana_andrade_ioc_mest_2013.pdf: 2734146 bytes, checksum: 7430ee31960a9248ee0ab399f4659502 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2013 / Os vírus do gênero Norovirus pertencem à família Caliciviridae e são divididos em cinco genogrupos (G) e 35 genótipos, sendo GI, GII e GIV capazes de infectar humanos e o genótipo GII.4 com suas variantes o de maior impacto epidemiológico. Os norovirus (NoV) são os principais agentes de surtos de gastroenterite aguda (GA) em todo o mundo, infectando indivíduos de todos os grupos etários. No Brasil, a importância destes vírus em casos esporádicos e de surtos de GA tem sido demonstrada pela prevalência e diversidade dos vírus circulantes em alguns estados, embora ainda não exista um sistema de vigilância rotineiro que investigue a prevalência desses vírus em todo o país. A ausência de dados sobre a caracterização molecular dos NoV no estado do Rio Grande do Sul (RS) chama atenção pelo número de surtos de GA relatados nos últimos anos. O objetivo desta dissertação foi realizar um estudo de epidemiologia e caraterização molecular de NoV provenientes de casos de GA decorrentes de surtos ocorridos no RS no período de 2004 a 2011, contribuindo para o estabelecimento da vigilância epidemiológica e molecular desses vírus. Com esta finalidade, foram analisadas 2265 amostras de fezes enviadas pelo Laboratório Central do Rio Grande do Sul (LACEN-RS) do estado ao Laboratório de Virologia Comparada e Ambiental (LVCA) provenientes de 741 surtos ocorridos neste período. Para detecção simultânea dos NoV GI e GII foi realizada a reação em cadeia da polimerase precedida de transcrição reversa (RT-PCR), tendo como alvo de amplificação a região da RNA polimerase viral RNA dependente (RdRp), conhecida como região B NoV foi detectado em 36,1% (817/2265) das amostras estudadas, sendo associado a 327 (44,1%) surtos, dos quais 60,5% (109/180) ocorridos no ano de 2006. A analise dos aspectos epidemiológicos revelou uma tendência no aumento da taxa de infecção de acordo com o aumento do grupo etário, assim como uma sazonalidade dos virus nos meses de primavera e inverno, com taxas de detecção de 41,9% e 43%, respectivamente. Em relação aos aspectos clinicos, vômito e dor abdominal foram as manifestações mais observadas nos indivíduos infectados. Para a caracterização molecular dos vírus, de cada um dos oito anos de estudo, foram selecionados aleatoriamente 142 vírus representativos das sete mesorregiões que compõem o estado. A caracterização em GI e GII foi realizada pelo seqüenciamento parcial dos nucleotideos pela amplificação genomica de duas regiões que codificam a proteína do capsideo viral (VP1), denominadas região C e D. Deste total, 110 vírus foram caracterizados como GII (77,4%) e duas como GI (1,4%), sendo o GII.4 (72,3%) o genótipo mais detectado, seguido pelo GII.6 (9,8%). Em menor número também foram caracterizados GII.2, GII.3, GII.4, GII.6, GII.12, GII.13, GII.14, GII.15, GII.17, GII.21, GI.1 e GI.3. Com o subsequente sequenciamento da região P2, também localizada na VP1, foram identificadas cinco variantes do GII.4 circulando no estado, nomeadas: 2003, 2004, 2006a, 2006b e 2010. A variante 2006b foi detectada em 47,8% (22/46) das amostras, seguida da variante 2010 com 41,3% (19/46) de detecção entre os GII.4. A grande diversidade de genótipos encontrados e alta prevalência do genótipo GII.4 e suas variantes corrobora a necessidade de se manter uma vigilância epidemiológica e molecular desses vírus no país, principalmente devido a associação do surgimento de novas variantes a surtos de de NoV de dimensões globalizadas / Viruses of the genus Norovirus belongs to the family Caliciviridae and are divided into five genogroups (G) and 35 genotypes, GI, GII and GIV able to infect humans and the genotype GII.4 and its variants has the highest epidemiological impact. The norovirus (NoV) are the main agents of outbreaks of acute gastroenteritis (AG) worldwide, infecting individuals of all age groups. In Brazil, the importance of these viruses in sporadic cases and outbreaks of AG has been demonstrated by the prevalence and diversity of circulating viruses in some states, although there is no system of routine surveillance to investigate the prevalence of these viruses across the country. The absence of data on the molecular characterization of NoV in the state of Rio Grande do Sul (RS) stands out by the number of outbreaks of AG reported in recent years. The aim of this dissertation was perform a study of the epidemiology and molecular characterization of NoV from cases of AG due to outbreaks in the RS state from 2004 to 2011, contributing to the establishment of epidemiological and molecular surveillance of these viruses. For this purpose, we analyzed 2265 stool samples sent by the Central Laboratory of RS (LACEN-RS) of the state to Virology Laboratory Comparative and Environmental (LVCA) from 741 outbreaks in this period. For simultaneous detection of GI and GII NoV was performed polymerase chain reaction reverse transcription (RT-PCR), aiming the target amplification the region of viral RNA dependent RNA polymerase (RdRp), known as Region B. NoV was detected in 36,1% (817/2265) of the samples studied, and linked to 327 (44,1%) outbreaks, of which 60,5% (109/180) occurred in 2006 The analysis of epidemiological revealed a tendency in the increased rate of infection in accordance with increasing in the age, as well as seasonality of virus in the months of spring and winter, with detection rates of 41,9% and 43%, respectively. Regarding clinical aspects, vomiting and abdominal pain were the most observed manifestations in infected individuals. For the molecular characterization of the viruses, each of the eight years of the study, were randomly selected 142 representative viruses of the seven mesoregions belonging to state. The characterization in GI and GII was performed by partial sequencing of genomic amplification of nucleotides by two regions that encodes viral capsid protein (VP1), termed region C and D. Of this total, 110 viruses were characterized as GII (77,4%) and two as GI (1,4%), being the GII.4 (72,3%) genotype mostly detected, followed by GII.6 (9,8%). In lower number were also characterized GII.2, GII.3, GII.4, GII.6, GII.12, GII.13, GII.14, GII.15, GII.17, GII.21, and GI.1 GI.3. With the subsequent sequencing of the P2 region, also located in VP1, we identified five variants of GII.4 circulating in the state, namely: 2003, 2004, 2006a, 2006b and 2010. The variant 2006b was detected in 47,8% (22/46) samples, then the variant 2010 with 41,3% (19/46) between the GII.4 detection. The great diversity of genotypes found and high prevalence of genotype GII.4 and its variants supports the need to maintain a molecular and epidemiological surveillance of these viruses in the country, mainly due to the association of the emergence of new variants of NoV with outbreaks of globalized dimensions