Orientador: Reginaldo Bruno Gonçalves / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-03T16:11:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Klein_MarliseInez_M.pdf: 917669 bytes, checksum: d317b17fbe041f50859121aa604f6bed (MD5) Previous issue date: 2003 / Resumo: Os objetivos deste estudo foram avaliar, a partir do momento da colonização inicial da cavidade bucal de crianças por S. mutans e S. sobrinus, a diversidade e a estabilidade de genótipos destas espécies, assim como investigar a ocorrência de transmissão vertical de mãe para filho e/ou horizontal entre crianças que compartilham o mesmo ambiente. Os voluntários foram 16 pares mãe-filho, onde as crianças foram acompanhadas por 19,2 meses em média (menor e maior período de acompanhamento, foram, respectivamente 14,8 e 24,7 meses). Amostras foram coletadas bimestralmente de quatro sítios distintos: saliva, dorso da língua, rodete gengival e placa bacteriana (quando da presença de dentes). Amostras de saliva das mães foram coletada em uma única ocasião. As amostras foram cultivadas sob condições adequadas em meio de cultura MSB (mitis salivarius bacitracina). Em cada colheita foram isoladas colônias com morfologia típica, as quais foram identificadas pela técnica da reação em cadeia da polimerase (PCR). O perfil genético dos isolados identificados como S. mutans e S. sobrinus foi analisado pela técnica de reação em cadeia da polimerase usando primers arbitrários (AP-PCR), utilizando-se os primers arbitrários OPA-02 e OPA-13. Os resultados mostraram que no momento da aquisição, as crianças avaliadas estavam colonizadas por 1 a 4 genótipos distintos de S. mutans (n=16 crianças) e apenas 1 genótipo de S. sobrinus (n=12 crianças). Ocorreu transmissão vertical de S. mutans e de S. sobrinus em 13 e 5 dos 16 pares avaliados, respectivamente. Entretanto, não se detectou ocorrência de transmissão horizontal entre as crianças que compartilhavam o mesmo ambiente. Na avaliação longitudinal observou-se um aumento do número de genótipos que colonizavam a cavidade bucal das crianças, sendo que alguns genótipos de S. mutans e S. sobrinus permaneceram estáveis e outros, idênticos ou não aos da mãe, foram adquiridos. Concluí-se que ocorreu estabilidade e também rotatividade de genótipos de S. mutans e S. sobrinus na cavidade bucal de crianças durante o período avaliado; e que a principal fonte das espécies avaliadas foi a maternal, porém, rotas de transmissão alternativas parecem existir / Abstract: The aims of this study were to evaluate the genotypic diversity and stability of S. mutans and S. sobrinus strains isolated from children oral cavity at time of initial acquisition; and analyze the pattern of vertical transmission of these bacteria from mother to their child among children attending public nursery schools. The subjects were motherchild pairs, and the children were monitored through 19.2 mean months (the smaller and the higher follow-up examination time were 14.8 and 24.7 months, respectively). Samples of four different sites (saliva, tongue dorsum, gengiva, and dental plaque, if teeth were present) were collected bimonthly. Saliva samples from the mothers were collected once. The samples were isolated and cultivated in MSB medium (agar mitis salivarius with bacitracina). Typical morphotype colonies were isolated and submitted to amplification by the technique of polymerase chain reaction (PCR) for identification. The arbitrarily primed polymerase chain reaction (AP-PCR) method was performed with two arbitrary primers, OPA-02 and OPA-13, for the genotypic characterization of S. mutans and S. sobrinus. At the time of acquisition, the children harbored between 1 to 4 distinct genotypes of S. mutans (n=16 children) and only 1 genotype of S. sobrinus (n=12 children). The presence of matching genotypes of S. mutans and S. sobrinus in 13 and 5 from 16 mother-child pairs, respectively, suggested vertical transmission. No horizontal transmission has observed since no matching of S. mutans and/or S. sobrinus genotypes was observed between children attending the same nursery. This longitudinal study showed an increase in genotypic diversity in the oral cavity of children S. mutans and S. sobrinus genotypes, that were or not similar to the mothers have persisted during follow-up and newly strains were also acquired. In conclusion, S. mutans and S. sobrinus stability and turnover occur in children oral cavity during this study; and the major source of this microorganism was maternal, however alternative transmission sources may exist / Mestrado / Microbiologia e Imunologia / Mestre em Biologia Buco-Dental

O objetivo do presente trabalho foi a quantificação dos componentes da interação genótipo x ambiente, mais precisamente genótipo x ano, em progênies provenientes de cruzamentos biparentais de soja [Glycine max (L.) Merril] e suas implicações no melhoramento. Três populações denominadas 1, 2 e 3; oriundas dos cruzamentos BR 80-14853 x PI-165896, PI-123439 x PI-239235 e GAÚCHA x OC 79230 respectivamente; compostas de 60 linhagens homozigóticas aleatórias obtidas pelo método SSD (Single seed descente), foram avaliadas em relação ao caráter produtividade de grãos, em uma localidade (Piracicaba, SP/Brasil) durante três anos agrícolas: 1993/4, 1994/5 e 1995/6. Empregou-se um delineamento em blocos ao acaso modificado com três repetições e parcelas lineares de um metro de comprimento por 0,50 metro de largura, contendo 17 plantas após o desbaste. A população 3 foi em média superior quanto à produção de grãos, seguida pelas populações 1 e 2, respectivamente. Detectou-se variabilidade genética altamente significativa para as três populações, indicando a possibilidade de seleção de linhagens superiores. Detectou-se também uma interação genótipos x ambientes (progênie x anos) altamente significativa para todas as populações avaliadas. A análise dos componentes da interação fenotípicos e genéticos demonstrou que o componente complexo da mesma foi predominante em alto grau (média das três populações: 90,91% e 96,03% , para os componentes genéticos e fenotípicos, respectivamente). As implicações da predominância do componente complexo da interação nos programas de melhoramento foram estudados e discutidas em detalhe no presente trabalho / not available

Orientador: Katia Denise Saraiva Bresciani / Banca:Marcelo Vasconcelos Meireles / Banca: Suely Regina Mogami Bomfim / Banca: Jancarlo Ferreira Gomes / Banca: Milena Araúz Viol / Resumo: Giardia duodenalis é um protozoário flagelado que coloniza o trato intestinal de hospedeiros vertebrados. A caracterização molecular de G. duodenalis revolucionou a compreensão da taxonomia, diversidade genética e epidemiologia da giardíase em seres humanos e animais. Em nosso estudo, realizamos a caracterização molecular de G. duodenalis em bezerros bubalinos do Estado de São Paulo, Brasil. Assim, foram colhidas 183 amostras fecais de animais da raça Murrah, com até seis meses de idade. Estas amostras foram examinadas por meio da reação em cadeia pela polimerase tipo para amplificação da subunidade menor do gene do RNA ribossômico, todas as amostras positivas por esse gene, foram caracterizadas para amplificação parcial dos genes beta-giardina, glutamato desidrogenase e triosefosfato isomerase. G. duodenalis foi verificada em 6,56% das amostras fecais e por meio da análise das sequências, verificou-se 100% de similaridade genética com "assemblage" E. Esta foi a primeira detecção de G. duodenalis "assemblage" E em bezerros bubalinos no Brasil. / Abstract: Giardia duodenalis is a flagellated protozoan that colonizes the intestinal tract of vertebrate hosts. A molecular characterization of G. duodenalis revolutionized an understanding of the taxonomy, genetic diversity and epidemiology of giardiasis in humans and animals. In our stud, we performed the molecularly characterization of Giardia duodenalis in buffalo calves from State of São Paulo, Brazil. Then, 183 fecal samples of Murrah buffaloes were collected up to six months of age. These samples were examined by nested polymerase chain reaction for parcial amplification of the small subunit of the ribosomal RNA gene. All G. duodenalis-positive samples were characterized by beta-giardin, glutamate dehydrogenase and triosephosphate isomerase genes. G. duodenalis was detected in 6,56% of the faecal samples, and sequence analysis showed 100% genetic similarity with assemblage E. This was the first detection of G. duodenalis assemblage E in buffalo calves in Brazil. / Doutor

Introdução: Mais do que 50% dos pacientes infectados pelo vírus da hepatite crônica C (HCV) não respondem ao tratamento com interferon convencional (IFN) associado a ribavirina (RBV). O objetivo do nosso estudo foi avaliar a efetividade do retratamento com alfapeginterferona 2a ou 2b (PEG-IFN 2a ou 2b) concomitantemente com RBV, em pacientes com HCV, genótipo 2 e 3, que foram não-respondedores ou recidivantes ao primeiro tratamento convencional com IFN/RBV e identificar possíveis fatores preditivos de resposta virológica sustentada (RVS). Métodos: No período de setembro de 2003 a março de 2009 uma coorte de 216 pacientes portadores de hepatite C foram acompanhados em um serviço especializado, implementado no Sistema Único de Saúde-Rio Grande do Sul/Brasil. Todos os pacientes foram retratados com PEG-IFN 2a ou 2b, na dose de 180 mcg ou 1,5 mcg/Kg de peso corporal por semana, respectivamente, associado a RBV na dose de 1.000-1.250mg/dia por 48 semanas. O HCV-RNA foi testado por Polymerase Chain Reaction (PCR) nas semanas 12 (por PCR quantitativo), 48 e 72 (por PCR qualitativo). A resposta virológica (RV) nas 48 semanas e a RVS nas 72 semanas foram considerados para avaliação de eficácia do tratamento. As análises foram realizadas nos pacientes que receberam pelo menos 1 dose de PEG-IFN 2a ou 2b. Resultados: A taxa de RVS para os não-respondedores ao primeiro tratamento foi de 34,4% e para os recidivantes foi de 50% (P=0,031) através do teste exato de Fisher. Foram identificados como fatores preditivos que contribuem na melhora da RVS, a idade (P=0,005), ser recidivante ao tratamento anterior (P=0,023) e apresentar exame de biópsia hepática Metavir F0-F2 (P=0,004), os demais fatores avaliados não demonstraram diferença estatística significativa. Na avaliação do perfil de segurança 51 pacientes (23,6%) interromperam precocemente o tratamento. Destes, 18,5% por eventos adversos onde os mais freqüentes foram anormalidades laboratoriais (40%), óbito (20%) e cirrose descompensada (17,5%). Conclusões: Este é o primeiro estudo pragmático realizado no cenário da realidade do SUS brasileiro que avalia a efetividade do retratamento com PEG-IFN 2a ou 2b e RBV. Esta alternativa de retratamento para pacientes que falharam à terapias prévias anti-HCV, tem demonstrado uma promissora taxa de RVS, desde que seja feita uma seleção cuidadosa dos pacientes com fatores preditivos de resposta e monitorizados os eventos adversos.

Made available in DSpace on 2016-03-01T13:50:53Z (GMT). No. of bitstreams: 2 fernanda_nogueira_ioc_mest_2013.pdf: 11902421 bytes, checksum: a1e7a08b66fce8b693a1ccced0215385 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-04-14 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Este estudo apresenta a fiogenia e caracterização molecular baseados na análise do gene do envelope (E) (1.485 nucleotídeos) dos DENV-1 (n=48) e na região codificante completa (10.176 nucleotídeos) de seis representantes dentre as 48 amostras analisadas, isolados durante as epidemias ocorridas desde a introdução do sorotipo em 1986 até 2011. Possíveis eventos de recombinação genômica também foram analisados. Os resultados baseados na análise do gene E demonstraram que os DENV-1 isolados dos estados do Rio de Janeiro, Espírito Santo, Minas Gerais, Mato Grosso do Sul, Alagoas, Ceará, Piauí e Rio Grande do Norte pertencem ao genótipo V (América/África), mas agrupam-se em clades distintos. Três grupos foram identificados, um datando entre 1986-2002 (linhagem 1a), um segundo grupo representado por vírus isolados entre 2009 e 2011 e uma cepa isolada representativa do ano de 2002 (linhagem 2) e um grupo de cepas isoladas em 2010 e 2011 (linhagem 1b). A linhagem 2 apresentou um alto suporte de bootstrap garantindo a sua separação das outras linhagens. As linhagens 1a e 1b, apesar de se agruparem em ramos distintos, foram caracterizadas no mesmo grupo, com bootstrap acima de 75%. Além disso, as linhagens 1a e 1b foram mais relacionadas com as cepas americanas e a linhagem 2 com as cepas asiáticas. As substituições de aminoácidos (aa) foram observadas nos ectodomínios I e III da proteína E e foram associadas à separação das linhagens Uma substituição em E297 diferenciou a linhagem 1a das linhagens 1b e 2. As alterações observadas em E338, E394 (ectodomínio III), E428 e E430 (região \201Cstem\201D) diferenciaram as linhagens 1a, 1b e 2. A análise da região codificante completa apresentou um elevado número de substituições de aa (n=82), distribuídas entre as seis cepas estudadas, no entanto a cepa representante da linhagem 2 apresentou aproximadamente 50% do total observado. Com exceção do gene C, todos os outros genes analisados (prM/M, E, NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B e NS5) permitiram a classificação genotípica dos DENV-1. Os genes NS3 e NS5 permitiram a separação das linhagens 1 e 2, no entanto, apenas o gene E e a região codificante completa foram capazes de distinguir as linhagens em 1a, 1b e 2. Nenhum evento recombinante foi detectado dentre as amostras do estudo quando comparadas com amostras de referência disponíveis do Genbank, porém uma cepa da linhagem 1a, isolada no estado do Rio de Janeiro em 1988 foi considerada mais relacionada com uma cepa possivelmente recombinante isolada no estado do Paraná no ano de 2001 (amostra de referência AF513110/BR/2001) / This study presents the phylogeny and molecular characterization based on envelope gene (E) analysis of DENV-1 (n=48) isolated during epidemics occurred since this serotype introduction in 1986 to 2011. From those strains, six were fully sequenced (coding region) and possible genomic recombination events were analyzed. The results of the phylogenetic analysis based on the E gene showed that DENV-1 isolates from the states of Rio de Janeiro, Espírito Santo, Minas Gerais, Mato Grosso do Sul, Alagoas, Ceará, Piauí and Rio Grande do Norte belong to genotype V (America/Africa), but grouping in distinct clades. Three groups were identified, one dating from 1986 to 2002 (lineage 1a), a second group isolated between 2009 and 2011 and a representative strain isolated in 2002 (lineage 2) and a group of strains isolated in 2010 and 2011 (lineage 1b). Lineage 2 has a high bootstrap support ensuring their separation from the other lineages. The lineages 1a and 1b, despite in distinct branches, were characterized in a same group supported by a bootstrap of 75%. Furthermore, the lineages 1a and 1b were more closely related to the American strains, while lineage 2 to the Asian strains. Amino acids (aa) substitutions were observed in the ectodomains I and III of the E protein and were associated to the lineages separation. A substitution on E297 differentiated the lineage 1a from the lineages 1b and 2. Changes observed in E338, E394 (ectodomain III), E428 and E430 (stem region) differentiated lineages 1a, 1b and 2. The complete coding region analysis showed a large number of specific aa changes (n=82) distributed among the six strains studied, however lineage 2 presented approximately 50% of the total detected. With the exception of the C gene, all the others genes analyzed allowed the DENV-1 classification into the distinct genotypes. However, only the E gene and the entire coding region were able to group those into the distinct lineages. No recombinant event was detected but a sample belonging to lineage 1a was closely related to the known recombinant strain AF513110/BR/2001

Made available in DSpace on 2016-04-12T12:39:36Z (GMT). No. of bitstreams: 2 barbara_lago_ioc_dout_2014.pdf: 5383589 bytes, checksum: 322d0cf39449dd63d1f95fcc257a8530 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A infecção pelo vírus da hepatite B (HBV) representa um grave problema de saúde pública mundial, apesar da existência de uma vacina eficiente. Estima-se que cerca de 350 milhões de indivíduos no mundo estejam cronicamente infectados, dos quais a maior parte se encontra em países em desenvolvimento. A heterogeneidade das sequências dos isolados do HBV permite a sua classificação em oito genótipos, A a H, baseada na divergência do genoma completo de mais de 7,5%. A presente tese é composta principalmente de três manuscritos, sendo um trabalho publicado e dois outros em submissão, além de cinco trabalhos como colaboradora. Esses estudos se propuseram a investigar a evolução dos genótipos do HBV entre África e Brasil e associar a dispersão dos genótipos no Brasil com a rota de escravos. No primeiro trabalho, entitulado \201CAnalysis of Complete Nucleotide Sequences of Angolan Hepatitis B Virus Isolates Reveals the Existence of a Separate Lineage within Genotype E\201D, realizamos a caracterização filogenética viral dos isolados circulantes em Angola e sua associação com os perfis sorológicos e moleculares existentes naquela população. Através dessas análises, identificamos a separação das amostras angolanas como pertencentes a uma nova linhagem, composta por Angola, Namibia e Republica Democratica do Congo, provisoriamente denominada pela nossa equipe, SWL (Southwest African Lineage) No segundo trabalho, entitulado \201CHBV subgenotype A1: Relationships between Brazilian, African and Asian isolates\201D, fomos em busca das história evolutiva do HBV/A1, e suas suas rotas de dispersão entre África e Brasil durante o período do tráfico negreiro. Surpreendentemente, observamos que todas as amostras brasileiras estão geneticamente relacionadas às amostras da Ásia, ao invés da África. Esse fato sugere quer que o HBV/A1 possa ter sido introduzino no Brasil a partir dos portos de Moçambique, no sudeste africano, ou diretamente atravpés da Índia por navegantes portugueses. Estudos futuros utilizando amostras de Moçambique serão necessários para confirmar essa hipótese. No terceiro trabalho, entitulado \201CComparison of levels of HBV (subgenotype A1) antigens synthesis after transfection of Huh7 cells by HBV cccDNA and 1.28 mer HBV DNA construct\201D, objetivamos comparar os níveis de replicação do HBV entre dois modelos previamente descritos. Uma vez que HBV não é um vírus cultivável, estratégias que possam auxiliar na compreensão dos seus mecanismos biológicos e replicativos são particularmente importantes. Esses estudos visam contribuir para um maior entendimento das características biológicas, variabilidade genética e outras particularidades envolvidas na infecção pelo HBV / Hepatitis B virus (HBV) infection is one of the major global human health problems, despite the existence of an effective vaccine. It is estimated that around 35 0 million people worldwide are chronically infected; most of them is in developing countries. The sequence heterogeneity of HBV isolates has led to the classification of HBV into eight genotypes, A to H, based on full - length genomic divergence of more than 7.5% . This thesis is composed mainly of three manuscripts: One of them is already published and t wo others are in submission. Five other manuscripts are listed as complementary production. These studies have set out to understand the evolution of HBV geno types between Africa and Brazil and associate its dispersion with slave routes. In the first study, entitled " Analysis of Complete Nucleotide Sequences of Hepatitis B Virus Isolates Angolan Reveals the Existence of a Separate Linea ge Within Genotype E" , performed the phylogenetic characterization of viral isolates circulating in Angola and its association with serological and molecular profiles. Through these analyzes, we characterized a separated lineage composed by Angolan, Namibia and Democratic Republ ic of Congo, provisionally named by our team as SWL (Southwest African Lineage). In the second paper, entitled " Hepatitis B virus subgenotype A1: Relationships between Brazilian , African and Asian isolates " we aimed investigate the evolutionary history a nd migration patterns of HBV/A1 from Africa to Brazil during the slave trade. Surprisingly, was observed that all Brazilian samples are genetically related to Asian isolates, rather than the African ones. These finds suggest that Asia was the source of HBV /A1 infection in Brazil, probably through Moz ambique in southeastern Africa, or directly through India by Portuguese sailors. Further studies with samples from Mozambique will be needed to validate this hypothesis. The third paper, entitled "Comparison of levels of HBV (subgenotype A1) antigens synthesis after transfection of Huh7 cells by HBV cccDNA and HBV DNA construct 1.28 mer", aimed to compare HBV/A1 replication levels between two previously described systems. Since the absence of appropriate cell cul ture systems supporting an efficient in vitro HBV infection, strategies that can assist in understanding their biological and replicative mechanisms are particularly important. These studies aim to clarif y biological characteristics, genetic variability an d peculiarities of HBV infection.

Made available in DSpace on 2016-06-23T12:17:55Z (GMT). No. of bitstreams: 2 natalia_dias_ioc_mest_2016.pdf: 4003252 bytes, checksum: 334e10f558e216ed341689fe1059bbba (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016 / Made available in DSpace on 2016-07-05T23:56:04Z (GMT). No. of bitstreams: 3 natalia_dias_ioc_mest_2016.pdf.txt: 222890 bytes, checksum: 81d3dedcc21ce83748aed497edbbfd52 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) natalia_dias_ioc_mest_2016.pdf: 4003252 bytes, checksum: 334e10f558e216ed341689fe1059bbba (MD5) Previous issue date: 2016 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A infecção pelo vírus da hepatite B (HBV) representa um grave problema de saúde pública mundial. Dez genótipos (A a J) foram identificados e alguns deles foram ainda classificados em subgenótipos. O genótipo D (HBV/D) tem uma distribuição mundial e possui nove subgenótipos (D1 a D9) descritos. A história evolutiva do HBV/D nas Américas não é bem compreendida e poucas sequências de genoma completo HBV/D estão disponíveis. O objetivo deste estudo é analisar a proporção e a distribuição geográfica dos subgenótipos de D nas Américas, determinar as sequências genômicas completas do HBV/D isolados de diferentes regiões geográficas do Brasil e investigar a origem e a propagação dos subgenótipos de D nas Américas. Para identificar os subgenótipos circulantes nas Américas, foram obtidos do GenBank genomas completos e sequências dos genes pré-S/S e S (n = 609). Foram detectados no continente os subgenótipos HBV/D1-D4 e HBV/D7. O HBV/D1 foi encontrado na Argentina (83%), Brasil (2%), Cuba (3%) e no Canadá (18%), enquanto que HBV/D2 foi detectado na Argentina (4%), Brasil (17%), Canadá (18%), Chile (75%), Cuba (5%) e EUA (90%). O subgenótipo HBV/D3 foi o mais frequente no Brasil (56%) e foi encontrado em todos os países americanos, exceto na Venezuela e Groelândia. O HBV/D4 foi o subgenótipo mais frequente no Canadá (35%), Cuba (76%), Haiti (84%), Martinica (80%) e Venezuela (100%). O subgenótipo HBV/D7 foi observado apenas em Cuba (8%) Ademais, amostras de soro HBsAg positivas, coletadas de todas as cinco regiões geográficas brasileiras e caracterizadas como HBV/D foram selecionadas para o sequenciamento do genoma completo. Quarenta e cinco sequências de genoma completo foram determinadas (D1, n = 1; D2, n = 11; D3, n = 32; D4, n = 1). Para investigar a origem e a propagação do HBV/D nas Américas, foram criados diferentes arquivos contendo genomas completos dos subgenótipos D1 a D4, incluindo as sequências brasileiras sequenciadas neste trabalho, bem como sequências do GenBank de diferentes origens geográficas e data de coleta conhecida. As análises foram realizadas usando o pacote BEAST v.1.8.2. A análise filogeográfica sugeriu que o HBV/D1 foi introduzido no Brasil por isolados da Síria e, na Argentina por isolados da Turquia. As sequências HBV/D2 brasileiras e argentinas ficaram relacionadas a sequências da Europa Oriental e Rússia, de onde parece ter se originado os isolados circulantes nestes países. O HBV/D2 dos EUA parece ter se originado da Índia. Já o HBV/D3 não apresentou uma origem clara nas Américas, mas provavelmente foi introduzido pelos europeus. A análise do HBV/D4 sugeriu que este subgenótipo foi provavelmente introduzido pelos escravos africanos trazidos para trabalhar nas Américas. Nossos resultados sugerem que os subgenótipos de D tiveram diferentes introduções no continente americano e demonstram a utilidade de ferramentas computacionais desenvolvidas recentemente para investigar a história evolutiva do HBV / Hepatitis B virus (HBV) infection is a major global health problem. Ten genotypes (A to J) have been identified and some of them have been further divided into subgenotypes. Genotype D (HBV/D) has a worldwide distribution and nine subgenotypes (D1 to D9) have so far been described. The evolutionary history of HBV/D in the Americas is not well understood and few HBV/D complete genome sequences are available. The aim of this study is to examine the proportion and geographical distribution of D subgenotypes in the Americas, determine the full-length genomic sequences of HBV/D isolates from different Brazilian regions and investigate the origin and spread of D subgenotypes in the Americas. To identify the circulating subgenotypes, we downloaded American HBV/D complete and partial (pré-S/S or S gene) available in GenBank (n=609). It was detected in the Americas the subgenotypes HBV/D1-D4 and HBV/D7. HBV/D1 was found in Argentina (83%), Brazil (2%), Cuba (3%) and Canada (18%), while HBV/D2 was detected in Argentina (4%), Brazil (17%), Canada (18%), Chile (75%), Cuba (5%) and USA (90%).The subgenotype HBV/D3 was the most prevalent subgenotype in Brazil (56%) and was found in all American countries except Venezuela and Greenland. HBV/D4 was the most prevalent subgenotype in Canada (35%), Cuba (76%), Haiti (84%), Martinique (80%) and Venezuela (100%). HBV/D7 was observed only in Cuba (8%). In addition, HBsAg positive serum samples, collected from all five regions of Brazil and characterized as having HBV/D strains were selected for full genome sequencing. 45 full-length sequences were determined (D1, n=1; D2, n=11; D3, n=32; D4, n=1). To investigate the origin and spread of HBV/D in the Americas, we compiled different data sets of complete genomes for subgenotypes D1 to D4, using the Brazilian sequences as well as GenBank sequences from different geographic origins and known collection date The analyses were carried out by using BEAST v.1.8.2 software package. The phylogeoghaphic analysis suggested that HBV/D1 was introduced in Brazil by Syrian strains and in Argentina by Turkish strains. The Brazilian and Argentinian D2 sequences were closely related to Eastern Europe and Russian isolates, where are the most probable locations to be the source of this subgenotype in these countries. The HBV/D2 from from USA seems to have originated from India. HBV/D3 had no clear introduction in the Americas, but probably was brought by the Europeans. The analysis of HBV/D4 suggested that this subgenotype was probable introduced by African slaves brought to work in the Americas. Our results suggest that D subgenotypes had different introductions in the American continent and demonstrate the usefulness of recently developed computational tools for investigating the evolutionary history of HBV

LIMA, Valeska Portela. Impacto dos genes cag-pai (caga, cage e virb11) e vaca do helicobacter pylori na patogênese de adenocarcinomas gástricos. 2008. 103 f. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Médica) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2008. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2012-01-05T16:55:26Z No. of bitstreams: 1 2008_dis_vplima.pdf: 1267829 bytes, checksum: ea555f6f626c154a4f7cd7c6de490e95 (MD5) / Approved for entry into archive by Eliene Nascimento(elienegvn@hotmail.com) on 2012-02-01T15:58:14Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008_dis_vplima.pdf: 1267829 bytes, checksum: ea555f6f626c154a4f7cd7c6de490e95 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-02-01T15:58:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008_dis_vplima.pdf: 1267829 bytes, checksum: ea555f6f626c154a4f7cd7c6de490e95 (MD5) Previous issue date: 2008 / The gastric cancer is the fourth more frequent cancer, and the second cause of death for cancer in the world, recording approximately 934 thousand of new cases and 700 thousand of deaths a year. In Brazil, the gastric cancer is the sixth more frequent malignant tumor. In the Northeast area, it is the second more frequent cancer among the men and fourth among the women. In the state of Ceara, it is the third more frequent neoplasia. Among the infectious agents, the bacterium Helicobacter pylori (H. pylori), which is considered carcinogenic agent of the group I, has been pointed in the last decades because of the connection with activated chronic gastritis, with the development of peptic ulcers and duodenais, and the increase of the risk of gastric cancer. Besides the presence, genetic variation of the strains of H. pylori seems to influence in the seriousness of the disease caused by infection. The pathogenic character is given by the presence, in some cepas, of the called cag pathogenicity island, cag-PAI; one gene fragment of 35-40 Kb strain specific, which possess a series of genes associates to a virulent type IV secretion apparatus. Moreover, another gene, called vacA, it is presented as an important virulence factor. Despite these associations does not have still a direct relation enters the presence of these genes with the tumorigenic process. One of the possible explanations is the presence of other genes that contribute for fenotype more serious or malignant, mainly associates cag-PAI. In this context, the present study objectified to investigate the frequency of H. pylori genotyped how much the alelics variants of vacA the presence of the genes cagA, cagE and virB11 and its association with the clinic- pathological dates of gastric adenocarcinoma of one population of the Ceara State. For in such a way, 101 cases of gastric adenocarcinoma (68 men and 33 women), gotten of two hospitals of Fortaleza, had been analyzed by PCR how much to the presence of H. pylori and the studied genes. The distribution of the gastric cancer by sex, anatomical sites and the histopatologic analysis, in general way, had reproduced the trends of world-wide literature. The bacterium was present in 93% of the analyzed cases. The genes of H. pylori had presented the following frequencies: vacAs1m1 (75,5%), vacAs1m2 (13,8%), vacAs2m1 (4,6%), vacA s2m2 (6,5%), cagA (64,9%), cagE (53,2%) and virB11 (60,6%). These data are the first ones in world-wide literature citing the frequency of virB11 and as for the gene cagE in gastric cancer and indicate a circulating variation of strains how much the presence of these genes when compared these data with the ones of other gastric diseases. The most frequent combination was vacAs1m1cagA(+)cagE(+)virB11(+), found in 36,2% of the analyzed cases, being considered strain more pathogenic. The integrity of cag-PAI was verified in 38,3% of the cases, when considered the three studied markers, however, considering at least one marker of right side (cagA and/or cagE) and the marker of the left side (virB11), the frequency was of 56,4%. The distribution of the genotypes of H. pylori in groups demonstrated that the biggest frequency of strains considered more pathogenic was in tumors of the gastric antrum, did not have predilection of the genotypic variations for none of the histologic types, besides verifying it high frequency of more pathogenic strains in tumor stage II and IV, demonstrating to the participation of H. pylori in gastric carcinogenesis. / O câncer gástrico é a quarta neoplasia maligna mais freqüente e a segunda causa de morte por câncer no mundo, registrando-se aproximadamente 934 mil novos casos e 700 mil mortes por ano. No Brasil, o câncer gástrico é o sexto tumor maligno mais freqüente. Na região Nordeste é a segunda neoplasia mais freqüente entre os homens e a quarta entre as mulheres, sendo que no estado do Ceará é a terceira neoplasia mais freqüente. Dentre os agentes infecciosos, a bactéria Helicobacter pylori (H. pylori), considerada pela OMS agente carcinogênico do grupo I, tem sido destacada, nas últimas décadas, visto sua relação com a gastrite crônica ativa, com o desenvolvimento de úlceras gástricas e duodenais e aumento do risco de câncer gástrico. Além da presença, a variação genética das cepas de H. pylori parece influenciar na gravidade das doenças causadas pela infecção. O caráter patogênico é dado pela presença, em algumas cepas, da denominada ilha de patogenicidade, cag-PAI; um fragmento de DNA de 35-40 Kb cepa específico, a qual possui uma série de genes associados a um virulento aparato secretório. Além disso, outro gene, denominado vacA, também apresenta-se como um importante fator de virulência. Apesar dessas associações não há ainda uma relação direta entre a presença desses genes com o processo tumorigênico. Uma das possíveis explicações é a presença de outros genes que contribuam para o fenótipo mais grave ou maligno, principalmente associada a cag-PAI. Nesse contexto, o presente estudo objetivou investigar a freqüência de H. pylori genotipando quanto as variantes alélicas de vacA, a presença dos genes cagA, cagE e virB11 e sua associação com os dados clinico- patológicos de adenocarcinoma gástricos de uma população do Estado do Ceará. Para tanto, 101 casos de adenocarcinoma gástricos (68 homens e 33 mulheres), obtidos de dois hospitais de Fortaleza, foram analisados por PCR quanto à presença de H. pylori e os genes estudados. A distribuição do câncer gástrico por sexo, sítio anatômico do tumor e análise histopatológicas, de modo geral, reproduziram as tendências da literatura mundial. A bactéria esteve presente em 93% dos casos analisados. Os genes de H. pylori apresentaram as seguintes freqüências: vacAs1m1 (75,5%), vacAs1m2 (13,8%), vacAs2m1 (4,6%), vacA s2m2 (6,5%), cagA (64,9%), cagE (53,2%) e virB11 (60,6%). Esse dados são os primeiros na literatura mundial citando a freqüência virB11 e o segundo para o gene cagE em câncer gástrico e indicam uma variação de cepas circulantes quanto a presença desses genes quando comparado esses dados com os de outras doenças gástricas. A combinação mais freqüente foi vacAs1m1cagA(+)cagE(+)virB11(+), encontrada em 36,2% dos casos analisados, sendo considerada a cepa mais patogênica. A integridade de cag-PAI foi verificada em 38,3% dos casos, quando considerados os três marcadores estudados, entretanto, considerando-se pelo menos um marcador de lado direito (cagA e/ou cagE) e o marcador do lado esquerdo (virB11), a freqüência foi de 56,4%. A distribuição dos genótipos de H. pylori em grupos demonstrou que a maior freqüência das cepas consideradas mais patogênicas foi em tumores do antro gástrico, não houve predileção das variações genotípicas por nenhum dos tipos histológicos, além de verificar-se a alta freqüência das cepas mais patogênicas nos estadiamentos II e IV, demonstrando a participação de H. pylori na carcinogênese gástrica.

Introdução: Mais do que 50% dos pacientes infectados pelo vírus da hepatite crônica C (HCV) não respondem ao tratamento com interferon convencional (IFN) associado a ribavirina (RBV). O objetivo do nosso estudo foi avaliar a efetividade do retratamento com alfapeginterferona 2a ou 2b (PEG-IFN 2a ou 2b) concomitantemente com RBV, em pacientes com HCV, genótipo 2 e 3, que foram não-respondedores ou recidivantes ao primeiro tratamento convencional com IFN/RBV e identificar possíveis fatores preditivos de resposta virológica sustentada (RVS). Métodos: No período de setembro de 2003 a março de 2009 uma coorte de 216 pacientes portadores de hepatite C foram acompanhados em um serviço especializado, implementado no Sistema Único de Saúde-Rio Grande do Sul/Brasil. Todos os pacientes foram retratados com PEG-IFN 2a ou 2b, na dose de 180 mcg ou 1,5 mcg/Kg de peso corporal por semana, respectivamente, associado a RBV na dose de 1.000-1.250mg/dia por 48 semanas. O HCV-RNA foi testado por Polymerase Chain Reaction (PCR) nas semanas 12 (por PCR quantitativo), 48 e 72 (por PCR qualitativo). A resposta virológica (RV) nas 48 semanas e a RVS nas 72 semanas foram considerados para avaliação de eficácia do tratamento. As análises foram realizadas nos pacientes que receberam pelo menos 1 dose de PEG-IFN 2a ou 2b. Resultados: A taxa de RVS para os não-respondedores ao primeiro tratamento foi de 34,4% e para os recidivantes foi de 50% (P=0,031) através do teste exato de Fisher. Foram identificados como fatores preditivos que contribuem na melhora da RVS, a idade (P=0,005), ser recidivante ao tratamento anterior (P=0,023) e apresentar exame de biópsia hepática Metavir F0-F2 (P=0,004), os demais fatores avaliados não demonstraram diferença estatística significativa. Na avaliação do perfil de segurança 51 pacientes (23,6%) interromperam precocemente o tratamento. Destes, 18,5% por eventos adversos onde os mais freqüentes foram anormalidades laboratoriais (40%), óbito (20%) e cirrose descompensada (17,5%). Conclusões: Este é o primeiro estudo pragmático realizado no cenário da realidade do SUS brasileiro que avalia a efetividade do retratamento com PEG-IFN 2a ou 2b e RBV. Esta alternativa de retratamento para pacientes que falharam à terapias prévias anti-HCV, tem demonstrado uma promissora taxa de RVS, desde que seja feita uma seleção cuidadosa dos pacientes com fatores preditivos de resposta e monitorizados os eventos adversos.

Submitted by MONALLY CONCEIÇÃO COSTA DE AQUINO null (monallyaquino@yahoo.com.br) on 2018-03-07T16:42:09Z No. of bitstreams: 1 Tese 28_02_18.pdf: 668105 bytes, checksum: 3162eceaf16141ce03dfad0ffdb157e4 (MD5) / Approved for entry into archive by Isabel Pereira de Matos null (isabel@fmva.unesp.br) on 2018-03-08T14:08:56Z (GMT) No. of bitstreams: 1 aquino_mcc_dr_araca_int.pdf: 668105 bytes, checksum: 3162eceaf16141ce03dfad0ffdb157e4 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-08T14:08:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 aquino_mcc_dr_araca_int.pdf: 668105 bytes, checksum: 3162eceaf16141ce03dfad0ffdb157e4 (MD5) Previous issue date: 2018-02-28 / Outra / Giardia duodenalis é um protozoário flagelado que coloniza o trato intestinal de hospedeiros vertebrados. A caracterização molecular de G. duodenalis revolucionou a compreensão da taxonomia, diversidade genética e epidemiologia da giardíase em seres humanos e animais. Em nosso estudo, realizamos a caracterização molecular de G. duodenalis em bezerros bubalinos do Estado de São Paulo, Brasil. Assim, foram colhidas 183 amostras fecais de animais da raça Murrah, com até seis meses de idade. Estas amostras foram examinadas por meio da reação em cadeia pela polimerase tipo para amplificação da subunidade menor do gene do RNA ribossômico, todas as amostras positivas por esse gene, foram caracterizadas para amplificação parcial dos genes beta-giardina, glutamato desidrogenase e triosefosfato isomerase. G. duodenalis foi verificada em 6,56% das amostras fecais e por meio da análise das sequências, verificou-se 100% de similaridade genética com “assemblage” E. Esta foi a primeira detecção de G. duodenalis “assemblage” E em bezerros bubalinos no Brasil. / Giardia duodenalis is a flagellated protozoan that colonizes the intestinal tract of vertebrate hosts. A molecular characterization of G. duodenalis revolutionized an understanding of the taxonomy, genetic diversity and epidemiology of giardiasis in humans and animals. In our stud, we performed the molecularly characterization of Giardia duodenalis in buffalo calves from State of São Paulo, Brazil. Then, 183 fecal samples of Murrah buffaloes were collected up to six months of age. These samples were examined by nested polymerase chain reaction for parcial amplification of the small subunit of the ribosomal RNA gene. All G. duodenalis-positive samples were characterized by beta-giardin, glutamate dehydrogenase and triosephosphate isomerase genes. G. duodenalis was detected in 6,56% of the faecal samples, and sequence analysis showed 100% genetic similarity with assemblage E. This was the first detection of G. duodenalis assemblage E in buffalo calves in Brazil.