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Ceratites por Fusarium spp no Brasil e Estados Unidos: avaliação por genotipagem, testes de sensibilidade a antifúngicos e resultados clínicos / Fusarium spp keratitis in Brazil and United States: analysis of genotyping, antifungal susceptibilities and clinical outcomes

Oechsler, Rafael Allan [UNIFESP] January 2013 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2015-12-06T23:46:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os objetivos deste estudo sao: 1) Estudar e comparar a diversidade filogenetica de cepas de Fusarium spp isoladas de casos de ceratites infecciosas no Sul da Florida u Estados Unidos da America (EUA) por meio de identificacao por genotipagem e metodos microbiologicos de analise fenotipica; 2) Analisar as especies de Fusarium isoladas de ceratites no Sul da Florida u EUA identificadas por genotipagem, seus perfis de susceptibilidade in vitro a antifungicos, bem como os dados clinicos dos pacientes; 3) Estudar e comparar a diversidade filogenetica de cepas de Fusarium spp isoladas de casos de ceratites infecciosas no Brasil, identificadas por genotipagem e metodos microbiologicos de analise fenotipica, os resultados dos testes de susceptibilidade in vitro a antifungicos e os dados clinicos dos pacientes; 4) Comparacao dos dados de identificacao de cepas de Fusarium spp de portadores de ceratites infecciosas nos EUA e no Brasil, avaliando tambem a susceptibilidade a antifungicos e os dados clinicos dos pacientes estudados. Para a identificacao das cepas provenientes de casos de ceratite por Fusarium spp nos EUA e no Brasil, utilizou-se a analise de sequencia de DNA da regiao Internal Transcribed Spacer (ITS), assim como a classificacao morfologica pela microbiologia tradicional, com o estudo macro e microscopico das cepas. Testes por microdiluicao em caldo foram efetuados para obter-se os perfis de susceptibilidade in vitro das cepas estudadas aos antifungicos natamicina, anfotericina B e voriconazol. Os prontuarios dos respectivos pacientes foram analisados e suas caracteristicas clinicas comparadas aos dados de genotipagem e testes de susceptibilidade a antifungicos. Nos EUA 58 isolados de ceratites foram classificados por genotipagem em: Fusarium solani (75%), F. oxysporum (16%), F. incarnatum-equiseti (5%), F. dimerum (2%) e um Fusarium spp (2%) que nao foi classificado dentro de nenhum complexo de especies. Isolados de F. solani tiveram valores de MIC90 de voriconazol significativamente mais elevados do que os F. nao-solani (16 e 4ug/ml, respectivamente). Os pacientes com isolados de F. solani tambem exibiram um tempo para cura mais longo (65 vs 40 dias), uma pior acuidade visual final media (20/118 vs 20/36), e um maior necessidade de ceratoplastia terapeutica (7 vs 0 cirurgias), quando comparados aos que tiveram infeccoes causadas por F. nao-solani. O uso de lentes de contato foi o fator de risco mais frequente entre os pacientes deste estudo (66%). No Brasil os 41 isolados de ceratites foram classificados genotipicamente em: F. solani (88%), F. oxysporum (5%), F. dimerum (2%) e dois Fusarium spp (5%) que nao foram classificados dentro de nenhum complexo de especies. O atraso para o inicio do tratamento foi de 19 dias em media, e o tempo para a cura foi em media 107 dias. A acuidade visual final dos pacientes variou de 20/20 a percepcao de luz e foi em media 20/800 (LogMAR 1,6). A historia de trauma foi o fator de risco mais frequente, estando presente em 20 pacientes (50%). Ceratoplastia terapeutica foi necessaria em 22 pacientes (54%). A anfotericina B teve os menores valores de MIC90 (2ug/ml) tanto no Brasil como nos EUA. Voriconazol teve os maiores valores (16ug/ml) em ambos paises. Os isolados foram um pouco mais resistentes a natamicina no Brasil (8 vs 4 ug/ml nos EUA), e neste pais tambem houve uma associacao entre cepas com maior MIC para natamicina e maior necessidade de ceratoplastia terapeutica. Pela comparacao dos resultados de identificacao, susceptibilidade a antifungicos e dados clinicos, obtidos de casos de ceratites por Fusarium spp nos EUA e no Brasil, e possivel concluir-se que: as acuidades visuais inicial e final foram piores no Brasil; um maior numero de homens e trauma estavam presentes no estudo brasileiro ao inves de mulheres e uso de lentes de contato (LC) nos EUA; um maior numero de ceratoplastias terapeuticas foram necessarias no Brasil; e um maior tempo para o diagnostico e para a cura foram encontrados no Brasil / BV UNIFESP: Teses e dissertações
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Caracterização fenotípica dos diferentes genótipos de Candida parapsilosis isolados de hemocultura / Phenotypic characterization of different genotypes of Candida parapsilosis isolated strains from hemocultura

Goncalves, Sarah Santos [UNIFESP] January 2007 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2015-12-06T23:46:53Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007 / Coordenação e Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Introdução: Isolados de C. parapsilosis sao fisiologicamente indistinguiveis, mas geneticamente heterogeneos. Em estudo recente, baseado em variacoes da sequencia de ONA observada entre os grupos, Tavanti et al. (2005) propuseram que cada um desses grupos fossem considerados especies distintas, C. parapsilosis, C. orthopsilosis e C. metapsilosis, respectivamente. Objetivos: 1) Avaliar, atraves da tecnica de RAPO, a prevalencia dessas especies em isolados de ICS de varias regioes do Brasil; 2) Verificar o comportamento fenotipico dessas especies, a fim de averiguar possiveis diferencas em relacao ao perfil metabolico, sensibilidade a antifungico e producao de biofilme. Material e Metodos: 141 cepas, identificadas previamente atraves de testes fenotipicos como C. parapsilosis, foram analisadas utilizando a tecnica de RAPO para identificacao de C. parapsilosis, C. orthopsilosis e C. metapsilosis utilizando o iniciador 1281. As cepas identificadas como C. orthopsilosis e C. metapsilosis tiveram a regiao ITS do rDNA sequenciada para confirmacao da identidade. Posteriormente, as amostras encontradas como C. orthopsilosis, C. metapsilosis e 24 cepas de C. parapsilosis foram avaliadas em relacao aos seguintes testes fenotipicos: i) micromorfologia, ii) crescimento em caldo hipertonico, iii) tolerancia a temperatura de 42° C, iv) perfil bioquimico utilizando o sistema 1032 C, v) teste de susceptibilidade a antifungicos (TSA) pelo metodo de microdiluicao em caldo, utilizando anfotericina B, fluconazol, itraconazol, voriconazol, 5-fluorocitosina e caspofungina, vi) producao e quantificacao de biofilme pelo metodo de coloracao com cristal violeta. Resultados: 124 (87,9 por cento) isolados foram identificados como C. parapsilosis, 13 (9,2 por cento) isolados como C. orthopsilosis e 4 (2,9 por cento) como C. metapsilosis. Nao foi possivel a identificacao de apenas 3 isolados pela tecnica de RAPO, porem sua identificacao foi confirmada como C. orthopsilosis atraves de sequenciamento da regiao ITS do rDNA. O comportamento dos isolados das 3 especies foi semelhante em relacao ao crescimento em alta temperatura e alta concentracao salina. Nao houve diferencas micromorfologicas relevantes entre as especies. Atraves do sistema de 1032 C, foi possivel observar que somente 3 isolados de C. metapsilosis (60 por cento), foram tolerantes a actidiona e 1 (20 por cento) assimilou o acucar ribose. Quanto ao TSA, a ocorrencia de resistencia entre os isolados foi vista somente para 2 cepas frente a 5-fluorocitosina. Em relacao ao biofilme, 60 por cento (15) das cepas de C. parapsilosis foram fortes produtoras de biofilme seguidas de 14,3 por cento (2) das cepas de C. orthopsilosis. Todos os isolados de C. metapsilosis deste estudo revelaram ser fracos produtores de biofilme. Conclusao: A tecnica de RAPO, empregando o iniciador 1281, apresentou-se como um metodo pratico, rapido e eficaz na diferenciacao das especies do complexo C. parapsilosis, identificando 97,9 por cento das cepas estudadas. C. parapsilosis foi a especie mais prevalente como patogeno de infeccao sistemica que as especies do complexo C. parapsilosis. Quanto as provas fenotipicas, podemos concluir que nao sao eficientes na identificacao de especies deste complexo, sendo necessario o uso de ferramentas moleculares para correta identificacao das mesmas. Tendo em vista poucas alteracoes em relacao a susceptibilidade a drogas entre as especies do complexo, o interesse maior na identificacao esta relacionado a estudos epidemiologicos / Introduction: Candida parapsilosis strains are physiologically similar but genetically different. Some studies based on molecular methods clearly divided C. parapsilosis into three different groups (I, II and III). Recently, Tavanti et al. (2005) detected coding genes polymorphisms and suggested the replacement of the old nomenclature of C. parapsilosis groups I, II and III into 3 new species: Candida parapsilosis, Candida orthopsilosis and Candida metapsilosis, respectively. Objectives: 1) To evaluate the prevalence of these species within blood stream isolates from different Brazilian geographic areas using RAPD (Randomly Amplified Polymorphic DNA); 2) To study phenotypic characteristic of these 3 species to evaluate possible differences on biochemical profile, susceptibility to antifungal drugs and biofilms production. Material and Methods: Species identification by RAPD using the primer 1281 was carried out for isolates previously identified as C. parapsilosis. RAPD identification confirmation of C. orthopsilosis e C. metapsilosis was done by sequencing the ITS region. Four C. metapsilosis, 13 C. orthopsilosis and 24 C. parapsilosis strains were subjected to the following phenotypic tests: i) micromorphology, ii) hypertonic broth growing, iii) tolerance to 42o C, iv) biochemical profiling using ID32 C system, v) microdilution broth susceptibility testing to amphotericin B, itraconazole, voriconazole, 5- fluorocitosine and caspofungin, vi) Production and quantification of biofilm formation by crystal violet method. Results: 124 (87.9%) isolates were identified as C. parapsilosis, 13 (9.2%) as C. orthopsilosis and 4 (2.9%) as C. metapsilosis. The RAPD technique was not able to identify three isolates as C. orthopsilosis, but this was possible by sequencing the ITS region. No differences were detected among the strains under the high temperature and saline concentration growing conditions. We did not verify major micromorphological differences among the species. Three (60%) C. metapsilosis isolates were tolerant to actidione and one (20%) of them assimilated ribose on ID32C system. Two strains were resistant to 5-fluorocitosine. Fifteen (60%) C. parapsilosis and 2 (14%) C. orthopsilosis strains were high biofilms producers. Conclusion: For strains belonging to the C. parapsilosis complex RAPD method using primer 1281 is a useful tool for species identification. C. parapsilosis had the highest prevalence among all the blood stream samples studied, followed by C. orthopsilosis and C. metapsilosis. Since phenotypic methods are not effective for these species identification, molecular methods should be used. Among the strains belonging to C. parapsilosis complex, minor differences or drug susceptibility were detected, therefore species identification is indicated for epidemiology studies only. / BV UNIFESP: Teses e dissertações
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Caracterização genética de rinovírus humano em amostras de populações distintas do Estado de São Paulo / Human rhinovirus genotyping in samples of distinct populations of São Paulo State, SP, Brazil

Watanabe, Aripuanã Sakurada Aranha [UNIFESP] 30 March 2012 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-03-30. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:26:02Z : No. of bitstreams: 1 Publico-12520a.pdf: 1207919 bytes, checksum: 1cbb5eb39525a466eede84c0b592aee7 (MD5). Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:26:02Z : No. of bitstreams: 2 Publico-12520a.pdf: 1207919 bytes, checksum: 1cbb5eb39525a466eede84c0b592aee7 (MD5) Publico-12520b.pdf: 1232945 bytes, checksum: dccb3be28a625e6fd226753518045ad3 (MD5) / Infecções causadas pelos rinovírus humanos (HRV) são responsáveis por 25-50% das doenças respiratórias entre indivíduos que apresentam doença semelhante à gripe (Influenza-Like Illness - ILI). Os HRVs podem ser classificados em pelo menos três espécies: HRV A, HRV B e HRV C. O HRV C tem sido frequentemente descrito entre crianças aparentemente levando a doenças mais graves e hospitalizações, no entanto a ocorrência dessa espécie entre adultos não é bem conhecida. O objetivo deste estudo foi avaliar a apresentação clínica e a distribuição das espécies de HRV que causam infecções em diferentes populações durante os anos de 2001 a 2005. Um total de 682 amostras foi coletado. As populações estudadas eram compostos por: 132 adultos da comunidade atendidos em pronto socorro e 198 adultos profissionais de saúde (2001-2003); 242 pacientes transplantados renais (2002-2004); 61 crianças portadoras de cardiopatia congênita (2005) e 49 idosos da cidade de Botucatu, São Paulo, Brasil (2003-2004). A amplificação dos genes do HRV foi realizada através da Reação em Cadeia da Polimerase precedida de Transcrição Reversa (RT-PCR), seguida de sequenciamenteo genético e análise filogenética. O HRV foi detectado em 24.05% das amostras (164/682), 15.2% (20/132) em adultos da comunidade, 29.8% (59/198) em profissionais da área da saúde, 23.6% (57/242) em transplantados renais, 22.9% (14/61) em crianças portadoras de cardiopatia congênita e 28.6% (14/49) em idosos. Um total de 85.5% (137/164) das amostras positivas foi seqüenciado, e 79.9% (131/164) foram analisadas através de filogenia. Foram identificadas 80 (61%) das amostras pertencentes à espécie A, 22 (16.8%) a espécie B e 29 (22.2%) pertencentes à espécie C. Foi encontrada uma alta taxa de ILI (38.9%) em pacientes infectados pelo HRV. A regressão logística mostrou um aumento de ILI de três vezes quando os indivíduos estavam infectados com HRV A em comparação ao HRV C. A infecção pelo HRV causa ILI em paciente adultos não hospitalizados. O HRV A foi associado à infecção mais intensa do que o resfriado comum. A dinâmica da infecção entre as diferentes espécies de HRV merece análise no futuro. / Infections caused by Human Rhinoviruses (HRVs) account for 25%-50% of respiratory illnesses among individuals presenting influenza-like illness (ILI). HRVs could be classified in at least three species: HRV-A, HRV-B, and HRV-C. The HRV-C species has frequently been described among children and apparently has led to severe illness resulting in hospitalization; however, the occurrence among adults is unknown. The aim of this study was to assess the clinical presentation and species distribution of HRV infections in different populations during 2001-2005. A total of 682 samples were collected. Subjects consisted of 132 adults from the general community and 198 health-care workers (2001-2003), 242 renaltransplanted outpatients (2002-2004), 61 children with congenital heart disease (2005) and 49 elderly persons from Botucatu city, Sao Paulo, Brazil (2003-2004). Amplification of HRV genes was performed by Reverse Transcriptase – Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) and followed by sequencing and phylogenetic analysis. HRV was detected in 24.05% of samples (164/682), 15.2% (20/132) among adults from general community, 29.8% (59/198) among health-care workers, 23.6% (57/242) among renal-transplanted outpatients, 22.9% (14/61) among children with congenital heart disease and 28.6% (14/49) among elderlies. A total of 85.5% (137/164) previously positive HRV samples were sequenced and 79.9% (131/164) were analyzed. We identified 80 isolates (61.0%) of the HRV A species, 22 (16.8%) of the HRV B species and 29 isolates (22.2%) of the HRV C species. High ILI rate (38.9%) was found among HRV infected patients. Logistic regression showed a three-fold increase in prevalence of ILI in individuals with HRV A infection compared with HRV C infected patients. HRV infections caused ILI among non-hospitalized patients. HRV specie A was associated with a disease more intense than a common cold. The dynamics of infection among different species deserve further analysis. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações
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Comparação genotípica e fenotípica de diferentes isolados clínicos de colonização e candidemia por Candida rugosa / Genotypic and phenotypic comparisons among different clinical isolates of colonization and candidemia by Candida rugosa

Terçarioli, Gisela Ramos [UNIFESP] 29 July 2009 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:45Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-07-29. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:25:26Z : No. of bitstreams: 1 Publico-00231.pdf: 1784115 bytes, checksum: 4dcd9596246858abd2e260995c2c0ab4 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Introdução: Candida rugosa é um patógeno emergente que merece destaque pela sua maior ocorrência em países da América Latina. Esta levedura tem o potencial de colonizar e causar infecções de corrente sanguínea no homem, bem como de apresentar resistência a diversos antifúngicos, principalmente aos azólicos. Objetivos: comparar caracteres fenotípicos, como atributos de virulência e sensibilidade antifúngica, além de realizar identificação e tipagem molecular de isolados clínicos de C. rugosa obtidos de pacientes que desenvolveram candidemia, com cepas isoladas de pacientes que foram somente colonizados por esta espécie, sem desfecho de candidemia na internação. Também foi de nosso interesse avaliar tais diferenças entre as cepas provenientes de pacientes internados ao longo de dois períodos avaliados: 1995/96 e 2001/02. Material e Métodos: As cepas foram caracterizadas fenotipicamente quanto a fatores de virulência, incluindo a produção de enzimas extracelulares (proteinase, fosfolipase e lipase) e a formação de biofilme. Foram realizados teste de susceptibilidade a cinco antifúngicos pelo método de microdiluição em caldo, sendo eles: anfotericina B, fluconazol, voriconazol, caspofungina e anidulafungina. Para confirmação de espécie e avaliação de variabilidade genotípica, foram utilizadas as técnicas moleculares de RAPD, microssatélite e sequenciamento da região ITS (rRNA). Resultados: Observou-se grande variabilidade nos resultados referentes à produção de enzimas hidrolíticas. A população foi classificada, no geral, como baixa produtora de proteinase, não produtora de fosfolipase e baixa e média produtora de biofilme. A produção de lipase foi o único fator de virulência expresso de maneira considerável pelos isolados clínicos, destacando-se a alta produção desta enzima por cepas isoladas de sangue, sugerindo a importância da mesma no estabelecimento de infecção por C. rugosa. Com relação à sensibilidade aos antifúngicos, os isolados mostraram-se sensíveis a todas as drogas, exceto ao fluconazol. A avaliação dos resultados obtidos por 3 diferentes métodos moleculares demonstrou alto relacionamento filogenético entre os isolados clínicos, exceto pela cepa de referência a qual foi sempre posicionada em diferente cluster. A análise genotípica revelou similaridade de 90,5% entre todos os isolados, e de 87% para a cepa de referência ATCC1051 pela técnica de RAPD, e uma similaridade de 92% entre os isolados clínicos e de 86,5% para a cepa controle pelo método de microssatélite. O seqüenciamento da região ITS identificou todos os isolados como sendo C. rugosa, apresentando uma identidade que variou de 89% a 93% para os isolados clínicos, e 99% para a cepa de referência ATCC10571. Conclusões: Não foi possível estabelecer uma correlação direta entre a expressão de todos os fatores fenotípicos avaliados e o desfecho clínico dos pacientes, embora haja evidências importantes da atividade de lipase influenciando candidemia por C. rugosa. Sugere-se que houve uma disseminação clonal dos isolados de C. rugosa no ambiente hospitalar avaliado ao longo de vários anos. Adicionalmente, as diferenças genéticas encontradas entre os isolados clínicos e a cepa de referência ATCC10571, juntamente com algumas diferenças fenotípicas observadas exclusivamente nesta cepa, tais como alta produção de biofilme, macromorfologia acentuadamente rugosa e baixa atividade de lipase, indicam a possibilidade de heterogeneidade do táxon C. rugosa. / Introduction: Candida rugosa is an emergent pathogen recognized by its higher occurrence in Latin American countries. This yeast has the ability to colonize and cause human bloodstream infections as well as to show resistance to several antifungal drugs, specifically to azoles. Objectives: To compare phenotypic properties such as virulence attributes and antifungal susceptibility, as well as to perform molecular identification and typing of C. rugosa clinical isolates obtained from patients who were either colonized or developed candidemia due to this species during the hospitalization period. We were also interested in evaluating such differences among strains isolated across two different periods: 1995/96 and 2001/02. Material and Methods: The strains were phenotypically characterized according to virulence factors, including the production of extra cellular enzymes (protease, phospholipase and lipase) and biofilm formation. We performed susceptibility testing to 5 antifungal drugs by using broth microdilution: amphotericin B, fluconazole, voriconazole, caspofungin and anidulafungin. To confirm identification to the species level and evaluate genetic variability, we have employed RAPD, microsatelite and rDNA ITS region sequencing. Results: Phenotypic properties varied considerably among the isolates, specifically regarding to hydrolytic enzymes production. Most of the isolates were low proteinase producers. The strains were phospholipase negative and showed a not very expressive biofilm formation in general. Nevertheless, lipase production was the only virulence factor considerably expressed by the clinical isolates, specifically by blood strains, suggesting the importance of this attribute in C. rugosa infection. The strains were sensitive to all the antifungal drugs tested, except fluconazole. The clinical isolates were highly related as determined by 3 different methods. However the control strain ATCC10571 was considered genotipically very different Our isolates were 90.5% similar among them and 87% similar to C. rugosa control strain as determined by RAPD, and 92% similar among them and 86,5% similar to ATCC10571, as determined by microsatelite. All the isolates were identified as C. rugosa by ITS region sequencing. The percentage of similarity ranged from 89% to 93% for the clinical isolates, and 99% to C. rugosa ATCC10571. Conclusions: It was not possible to establish a direct relationship between the expression of all virulence properties and patients clinical outcomes. However there is mounting evidence that lipase activity influences candidemia due to C. rugosa. It is possible that clonal dissemination in the hospital environment have occurred throughout several years. In addition, the genetic differences found between our isolates C. rugosa control strain ATCC10571, together with the phenotypic differences observed, such as higher biofilm formation and rough colony morphology, as well as low lipase activity for this control strain, suggest the genetic heterogeneity among the taxon C. rugosa. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações
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Caracterização de Genótipos de aceroleira por variáveis agronômicas e de pós-colheita em diferentes estações climáticas. / Characterization of acerola genotypes for agronomic traits and post-harvest in different seasons.

Bandeira, Alêssa Milena Paixão January 2012 (has links)
BANDEIRA, A. M. P. Caracterização de Genótipos de aceroleira por variáveis agronômicas e de pós-colheita em diferentes estações climáticas. 2012. 115 f. Dissertação (Mestrado em Agronomia/Fitotecnia) - Centro de Ciências Agrárias, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2012. / Submitted by José Jairo Viana de Sousa (jairo@ufc.br) on 2014-06-26T18:25:15Z No. of bitstreams: 1 2012_dis_ampbandeira.pdf: 1850815 bytes, checksum: ce3611d9fbd0c79e721c8e41b3fd61e4 (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa(jairo@ufc.br) on 2014-07-02T17:08:22Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_dis_ampbandeira.pdf: 1850815 bytes, checksum: ce3611d9fbd0c79e721c8e41b3fd61e4 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-07-02T17:08:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_dis_ampbandeira.pdf: 1850815 bytes, checksum: ce3611d9fbd0c79e721c8e41b3fd61e4 (MD5) Previous issue date: 2012 / Although several studies have developed the culture of acerola, there is still a large number of genotypes to be characterized in many ways, mainly genetic. Additionally, from genetic factors, the composition of acerola fruit can be affected depending on environmental conditions during development (season dry/wet). Giver the demand for new clones to postharvest developed in the years 1996 to 2007, a breeding program of acerola, launching in 2003, four clones recommended for the state of Ceará: BRS 235 (Apodi), BRS 236 (Cereja), BRS 237 (Roxinha) and BRS 238 (Frutacor), leading through the selection of garden seeds. The objective of this study was to characterize the genotypes of acerola garden seed through agronomic variables and post-harvest assessment of the existence of genetic diversity of this material. The experiment was installed in the field of experimental Pacajus (CE) under completely randomized design, 36 genotypes were evaluated for agronomc traits (morphology, phenology, and producyion) and 25 genotypes for post-harvest variables (weight, firmness, soluble solids, acidity, ratio ss/ta, pH of the pulp, vitamin C, anthocyanins, flavonoids, antioxidant activity and polyphenols) with three repetitions and the season dry of 2009 and wet and dry of 2010. Descriptive analysis was perfomed for agronomic traits in which it was found that the genotypes have height and diameter suitable for commercial plantation. Peaks were observed flowering in april, october and December and five fruiting peaks. As for productivity, the highlights were the clones 9, 14, 28, 37 and 38. We performed univariate and joint where we observed in variables during the post-harvest season with respect to weight, soluble solids, titratable acidity, vitamin C, anthocyanins, polyphenols and antioxidant activity, however, changes in texture, pH and flavonoids were significant. By multivariate analysis showed the existence of diversity among materials, especially clones 13 and 37. We used the selection index of Mulamba and Mock choice of materials to that presented a number of favorable attributes as the characteristics of post-harvest which highlights the clones 3, 13, 14, 27 and 38. / Apesar de vários estudos já desenvolvidos com a cultura da acerola, ainda existe um grande número de genótipos a ser caracterizados sob vários aspectos, principalmente os genéticos. Adicionalmente, além dos fatores genéticos, a composição dos frutos da aceroleira pode ser afetada em função das condições ambientais durante seu desenvolvimento (estação seca / úmida). Diante da demanda por novos clones a Embrapa Agroindústria Tropical desenvolveu, nos anos de 1996 a 2007, um programa de melhoramento genético da aceroleira, lançando no ano de 2003 quatro clones recomendados para o Estado do Ceará: BRS 235(Apodi), BRS 236 (Cereja), BRS 237 (Roxinha) e BRS 238 (Frutacor), originando através de seleção o Jardim de Sementes. Assim, o objetivo deste trabalho consistiu na caracterização dos genótipos de aceroleira do Jardim de Sementes por meio de variáveis agronômicas e de pós-colheita e avaliação da existência de diversidade genética desse material. O experimento foi instalado no campo Experimental de Pacajus (CE), sob delineamento inteiramente casualizado, avaliou-se 36 genótipos para variáveis agronômicas (morfologia, fenologia e produção) e 25 genótipos para as variáveis de pós-colheita (peso, firmeza, sólidos solúveis, acidez titulável, relação SS/AT, pH da polpa, vitamina C, antocianina, flavonóides, atividade antioxidante e polifenóis), com três repetições e nas estações seca de 2009 e úmida e seca de 2010, foi realizada análise descritiva para as variáveis agronômicas, na qual verificou-se que os genótipos apresentam altura e diâmetro adequados para plantios comerciais. Observaram-se picos de floração nos meses de abril, outubro e dezembro e cinco picos de frutificação. Quanto à produtividade, destacaram-se os clones 9, 14, 28, 37 e 38. Foram realizadas análises univariada e conjunta onde foram observadas mudanças nas variáveis de pós-colheita durante as estações com relação a peso, sólidos solúveis, acidez titulável, vitamina C, antocianinas, atividade antioxidante e polifenóis; entretanto, as mudanças na firmeza, pH e flavonóides não foram significativas. Através da análise multivariada verificou-se a existência de diversidade entre os materiais, destacando-se os clones 13 e 37. Utilizou-se do índice de seleção de Mulamba e Mock para escolha dos materiais que apresentassem uma série de atributos favoráveis quanto as características de pós-colheita onde destacaram-se os clones 3, 13, 14, 27 e 38.
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Evolução da dengue no estado de Pernambuco, 1987-2006: epidemiologia e caracterização molecular dos sorotipos circulantes / Development of dengue in the state of Pernambuco, Brazil, 1987-2006: epidemiology and molecular characterization of circulating serotypes

Cordeiro, Marli Tenório January 2008 (has links)
Made available in DSpace on 2012-05-07T14:40:38Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 000011.pdf: 3402351 bytes, checksum: 815d847349c1018a30585a34805422bf (MD5) Previous issue date: 2008 / Em Pernambuco, o primeiro surto de dengue ocorreu em 1987, pelo sorotipo 1. Em 1995, após sete anos sem notificação da doença, ocorreu nova epidemia causada pelo sorotipo 2. Em 2002, após a introdução do sorotipo 3, circularam simultaneamente os três sorotipos. Nesta tese são apresentados aspectos epidemiológicos, clínicos e laboratoriais das epidemias de dengue ocorridas no período de 1987 a 2006. Procedeu-se a caracterização molecular dos vírus dengue pelo seqüenciamento da junção dos genes E/NS1 para os sorotipos 1 e 2 e prM/M/E para o sorotipo 3. Análises filogenéticas realizadas identificaram os genótipos América/África, Sudeste Asiático e India Subcontinental para os sorotipos 1, 2 e 3, respectivamente. De 1987 a 2006 foram notificados 380.492 casos, com 612 casos confirmados de dengue hemorrágica e 33 óbitos. A taxa de incidência de casos aumentou de 134/100.000 para 1.438/100.000 habitantes, em 1995 e 2002, respectivamente. Adultos, entre 20 e 49 anos foram os mais atingidos inclusive pela dengue hemorrágica; a partir de 2003 aumentaram os casos entre menores de 15 anos. A razão entre casos do sexo masculino e feminino se manteve constante em 1:1,5. Dos casos notificados, 40,7 por cento eram do sexo masculino e 59,3 por cento do feminino (p0,0001). Casos de dengue hemorrágica foram registrados a partir de 1996. A razão entre dengue hemorrágica e dengue clássica foi 1:618 e a taxa de mortalidade de 5,4 por cento (1996 a 2006). Entre 225 casos de dengue hemorrágica analisados foram identificados 96/225 (42,7 por cento) casos de infecções primárias e 129/225 (57,3 por cento) de secundária (p0,05). A Região Metropolitana do Recife e o Agreste apresentaram as maiores taxas de incidência de casos de dengue. A análise laboratorial de 91.480 casos suspeitos confirmou 48.300 casos (52,8 por cento), por pelo menos um dos testes: isolamento de vírus, detecção do RNA viral, presença de anticorpos IgM e/ou aumento de quatro vezes no título de anticorpos inibidores da hemaglutinação. Os principais sinais e sintomas referidos pelos 48.300 casos confirmados foram: febre, cefaléia, dor retro-orbitária, mialgia e artralgia. As manifestações hemorrágicas mais freqüentes na forma grave da doença foram petéquias, metrorragia, sangramento gengival, epistaxe, melena e hematêmese. Trinta e dois pacientes apresentaram manifestações neurológicas sob a forma de encefalite, meningoencefalite e Guillian Barré. Formas graves e casos fatais foram observados pelos sorotipos 1, 2 e 3 e ocorreram tanto em casos de infecção primária como em secundária. Foi identificado apenas um genótipo para cada um dos três sorotipos que circularam no estado no período estudado
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Estudo clínico, laboratorial e epidemiológico da infecção por Toxoplasma gondii em animais silvestres, bovinos, suínos e comunidades rurais da região de Nhecolândia, Pantanal, Brasil

Dahroug, Magyda Arabia Araji January 2014 (has links)
Made available in DSpace on 2016-05-19T13:20:08Z (GMT). No. of bitstreams: 2 magyda_dahroug_ipec_dout_2014.pdf: 2498272 bytes, checksum: aefea87984dc2feeb3a24559c8628d4b (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A toxoplasmose, causada pelo Toxoplasma gondii é uma protozoose que acomete o homem e uma grande variedade de animais de sangue quente e aves. No Brasil, a prevalência pode variar de 20% a 90% dependendo da área estudada, clima, condição socioeconômica e cultural. A infecção se dá através da ingestão de oocistos, que podem ser encontrados no solo, água e alimentos ou através da manipulação e ingestão de carne crua ou mal cozida, além da infecção congênita, apresentando importância em saúde pública. Este trabalho objetivou estudar a ocorrência da infecção por Toxoplasma gondii em animais silvestres, bovinos, suínos, ovinos e comunidade rural da região de Nhecolândia, no Pantanal do Mato Grosso do Sul, utilizando métodos sorológicos (Hemaglutinação Indireta - HAI, Reação de Imunofluorescência Indireta - RIFI, Técnica de aglutinação modificada - MAT) e moleculares (Reação em cadeia pela polimerase \2013 PCR, PCR-RFLP). Foram feitas coletas de amostras de sangue de 73 indivíduos da comunidade rural, de 25 cães, 442 bovinos e 148 porco-monteiros. Observou-se que 47,95% (35/73) das pessoas eram sororreagentes. Destas, apenas um indivíduo sororreagente (2,9%) apresentou lesão ocular presumível da infecção pelo parasito. Nos animais, observou-se a ocorrência de anticorpos anti- T. gondii em 48% dos cães, 30,55% dos bovinos e 1,3% nos porco-monteiros. Relatos de várias partes do mundo têm demonstrado a importância do ciclo silvestre na epidemiologia da infecção por Toxoplasma gondii. No entanto, apesar do papel conhecido de alguns felinos selvagens como hospedeiros definitivos para manutenção e transmissão do parasita para outros predadores carnívoros, pouco se sabe sobre a incidência de Toxoplasma gondii nestes animais Os carnívoros foram capturados em armadilhas contendo iscas e após a contenção química as amostras biológicas (sangue de todos os animais e fezes dos felídeos) foram coletadas e armazenadas para análise posterior. No presente estudo, três espécies de carnívoros foram avaliadas: quati (Nasua nasua), lobinho ou cachorro do mato (Cerdocyon thous) e jaguatirica (Leopardus pardalis). Quarenta e dois roedores (Tricomys) também avaliados tiveram análises de PCR realizada em 42 tecidos (cérebro, pulmão e músculo). Através dos exames sorológicos (Hemaglutinação Indireta, Reação de Imunofluorescência Indireta, Técnica de aglutinação modificada) observou-se a ocorrência da infecção por Toxoplasma gondii em 29,16% (7/24) dos quatis, 47,82% (11/23) em lobinhos e 100% (2/2) nas jaguatiricas. No PCR observou-se positividade em 41,66% (10/24) dos quatis, 47,82 % (11/23) dos lobinhos e em 100% (2/2) das jaguatiricas. Em roedores, observou-se 23,80 % (10/42) de positivos pela PCR. Realizamos a caracterização molecular de amostras sanguíneas dos animais silvestres positivos pela PCR, onde utilizamos 12 marcadores genotípicos (SAG1, SAG2 (5\2019-SAG2 e 3\2019-SAG2), SAG3, GRA6, BTUB, c22-8, c29-2, L358, PK1, novo SAG2, Apico, CS3), onde observou-se a presença de um novo genótipo do parasito, circulando na região de forma homogênea entre as espécies / Toxoplasmosis, caused by Toxoplasma gondii is a protozoan infection that affects humans and a wide variety of war m - blooded animals and birds. In Brazil, the prevalence varies from 20% to 90% depending on the study area, climate, socioeconomic and cultural conditions. Infection occurs through ingestion of oocysts, which can be found in soil, food and water or through manipulation and ingestion of raw or undercooked meat, with public health significance. Collection of blood samples from 73 individuals from the rural community of 25 dogs, 442 cattle and 148 feral pig Nhecolândia the region were made. It was found that 47 .95% (35/73) were seropositive persons. Of these, only one sororreagente individual (2.9%) had presumed ocular injury from infection by the parasite. In animals, we observed the occurrence of 48% of dogs and 30.55% in cattle and 1.3% in feral pig. Reports from several parts of the world have demonstrated the importance of the sylvatic cycle in the epidemiology of Toxoplasma gondii infections. However, despite the known role of some wild felids as definitive hosts for maintenance and transmission of the para site to other carnivore predators, little is known about the incidence of Toxoplasma gondii in these animals. Therefore , one of the objective of this study was to detect exposure and occurrence of the T. gondii infection in wild carnivores and rodents of t he Pantanal techniques. The carnivores were captured in traps containing lures and after chemical restraint samples were harvested and preserved until further analyses. In the present study, three species of carnivores were evaluated : Ring - tailed coati ( Nasua nasua ), Crab - eating fox ( Cerdocyon thous ) and Ocelots ( Leopardus pardalis ). Forty two rodents also evaluated had PCR analyses performed in 42 tissues (brain, lung and muscle). Serological analyses demonstrated exposure to Toxoplasma gondii in 29.16% of the ring - tailed coati (7/24), 47.82% in crab - eating fox (11/23) and 100% in ocelots (2/2). The PCR analyses showed that 41.66% (10/24) of the ring - tailed coati were positive, comparing to 47.82% (11/23) in crab - eating fox and 100% (2/2) in ocelots. In small rodents, the positive results were 23.80% (10/42) by PCR. (sub - region subregion Nhecolândia), Brazil, using serologic and molecular . We performed the molecular characterization of blood samples from wild animals positive by PCR, where we use 12 genot ypic markers (SAG1, SAG2 (5' - and 3' - SAG2 SAG2), SAG3, GRA6, BtuB, c22 - 8, c29 - 2, L358 , PK1, new SAG2 and apical). Thus, we observed the presence of a new genotype of the parasite, never described before, circulating in the region evenly between species.
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Adaptabilidade e estabilidade fenotípica de cultivares de feijão de corda / ADAPTABILITY AND PHENOTIPIC STABILITY IN CULTIVARS OF COWPEA

Mano, Ana Raquel de Oliveira 18 August 2009 (has links)
MANO, Ana Raquel de Oliveira. Adaptabilidade e estabilidade fenotípica de cultivares de feijão de corda. 2009. 152f. Tese(Doutorado em Agronomia/Fitotecnia)- Centro de Ciências Agrárias, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2009. / Submitted by Maria Naires Souza (marianaires@ufc.br) on 2011-12-14T18:47:06Z No. of bitstreams: 1 2009-tese-aromano.pdf: 875027 bytes, checksum: 022f3ead1ca1bf8426ac46de4b7dafdc (MD5) / Approved for entry into archive by Aline Nascimento(vieiraaline@yahoo.com.br) on 2011-12-19T14:50:13Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009-tese-aromano.pdf: 875027 bytes, checksum: 022f3ead1ca1bf8426ac46de4b7dafdc (MD5) / Made available in DSpace on 2011-12-19T14:50:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009-tese-aromano.pdf: 875027 bytes, checksum: 022f3ead1ca1bf8426ac46de4b7dafdc (MD5) Previous issue date: 2009-08-18 / Cowpea (Vigna unguiculata (L.) Walp.), is very important crop for feeding the rural and urban populations of the tropical and subtropical areas of the world. The yield of that crop varies, mainly, because climate variations and of the use of low yield genetic materials with undesirable characteristics. Grains yield is influenced by the effects of environments (E), genotypes (G) and G × E interaction that into account the variabily of the genotypes in the several environments. The interaction G x E can be characterized by studying the adaptability and stability phenotipic using several techniques. This research aimed to verify the magnitude of the interaction G x E, their effects or the adaptability and the phenotipic stability of the productivity of grains of fifteen cultivate of cowpea. Four methodologies were used for this study (Eberhart and Russel, Cruz, Torres and Vencovsky, Lin and Binns and AMMI or “Additive Main effect and Multiplicative Interaction "). The experiments were carried out in five countries (“Alto Santo, Barreira, Crateús, Itapipoca and Limoeiro do Norte”) of the state of “Ceará”, Brasil, under rainfall conditions during the years of 2006 and 2007. A complete randomized design with 15 treatments and four replication were used. Each experimental unit were 3,0 m x 5,0 m, with four rows spaced by 0,75 m containing 20 plants 0,25 m apart. The two central rows were harvested for futher analysis. The extra plants in each experimental unit were thinning 15 days after sowing, leaving two plants per rows. The Eberhart and Russell linear regression did not classified the cultivars tested for general adaptation and stability; it means that all cultivars were considered unstable by this methodology. The bissegmented regression methodology proposed by Cruz, Torres and Vencovsky allowed to classify the cultivars as adaptable for favorable, unfavorable environment and for general adaptation, but all of than were considered unstable. The method of Lin and Binns classified the cultivars simultaneously for adaptability and stability with just a parameter in decreased order of sequence. The AMMI method made possible the explain most of the G x E interaction in the first two IPCA. This method classified the cultivars and environment in relation to the stability in two biplots in a pricise way. The f Spearman’s correlation indicated that some parameters used by the methodologies mentioned were associated and so they can not be used simultaneously. On the other hand, the one that were not associated be used as a complementarity. The list genotypes that showed highest adaptability and stability for grain yield were “Inhuma, BR 17 – Gurguéia, BRS-Marataoã, Sempre Verde-CE, BRS-Paraguaçu e BRS-Rouxinol” because they combined both parameters. / O feijão-de-corda (Vigna unguiculata (L.) Walp.), é uma espécie cultivada de grande importância para a alimentação das populações rurais e urbanas das regiões tropicais e subtropicais do mundo. A produtividade dessa espécie varia muito, em virtude, principalmente, das variações climáticas e da utilização de materiais genéticos pouco produtivos ou com características indesejáveis. A produtividade de grãos é influenciada por efeitos genotípicos (G), efeitos ambientais (E) e das interações genótipo x ambiente (G x E), que levam ao comportamento diferencial dos genótipos nos diversos ambientes. A interação G x E pode ser caracterizada por estudos sobre adaptabilidade e estabilidade fenotípica por meio de diversas técnicas. Com base nisso, esta pesquisa objetivou verificar a magnitude da interação G x E, e a sua conseqüência na adaptabilidade e a estabilidade fenotípica da produtividade de grãos de quinze cultivares de feijão-de-corda, por meio de quatro metodologias (Eberhart e Russell, Cruz, Torres e Vencovsky, Lin e Binns e AMMI ou “Additive Main effects and Multiplicative Interaction”). Os experimentos foram conduzidos em cinco municípios (Alto Santo, Barreira, Crateús, Itapipoca e Limoeiro do Norte) do estado do Ceará, em cultivo de sequeiro nos anos 2006 e 2007. O delineamento utilizado foi o de blocos casualizados com 15 tratamentos e quatro repetições. A parcela experimental teve dimensões de 3,0 m x 5,0 m, com quatro fileiras, espaçadas de 0,75 m entre, e 0,25 m dentro das fileiras. As duas fileiras centrais corresponderam à área útil. O desbaste foi feito aos 15 dias após plantio deixando-se em média duas plantas por cova. Os ambientes corresponderam à combinação de ano e local totalizando dez ambientes, dos quais foram utilizados oito para as análises estatísticas. O efeito de ambientes foi mais importante do que o efeito da interação genótipos x ambientes (G x E), e este mais importante do que o efeito de genótipos. A magnitude da interação G x E para a produtividade de grãos foi alta, indicando que este é um caractere instável. A regressão linear de Eberhart e Russell não classificou nenhum dos genótipos testados como de adaptação geral, nem estável nos ambientes avaliados. A regressão bissegmentada de Cruz, Torres e Vencovsky caracterizou os genótipos quanto à adaptabilidade em condições específicas de ambientes favoráveis, desfavoráveis ou de adaptação geral, mas todos instáveis. O método de Lin e Binns classificou simultaneamente os genótipos quanto à adaptabilidade e estabilidade com apenas um parâmetro, ordenando os genótipos em sequência decrescente. O método AMMI possibilitou a explicação da maior parte interação G x E nos dois primeiros CPIs. Esse método classificou os genótipos e ambientes quanto a estabilidade de forma precisa em dois biplots. A correlação de Spearman indicou que alguns parâmetros das diferentes metodologias utilizadas estão diretamente associados não devendo ser utilizados simultaneamente, enquanto outros não associados podem ser usados em complementaridade. Os genótipos que reuniram mais adaptabilidade com estabilidade para produtividade de grãos foram: Inhuma, BR 17 – Gurguéia, BRS-Marataoã, Sempre Verde-CE, BRS-Paraguaçu e BRS-Rouxinol, pela combinação de vários parâmetros.
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Determinação genotípica e antigênica de Giardia duodenalis em fezes de crianças, cães domiciliados e errantes na cidade de Lages, Santa Catarina, Brasil

Quadros, Rosiléia Marinho de January 2013 (has links)
O estudo teve por objetivo determinar a eficácia do teste de ELISA para Giardia duodenalis e identificar os genótipos do protozoário em amostras fecais de crianças e cães na cidade de Lages, Santa Catarina. Foram avaliadas 1085 amostras fecais distribuídas em quatro grupos: crianças (Grupo I) matriculadas no ensino fundamental das Escolas Municipais de Ensino Básico (EMEB); amostras fecais de crianças obtidas em um laboratório particular da cidade (Grupo II); cães em ambientes domiciliados (Grupo III) e cães provenientes do Centro de Controle de Zoonoses (Grupo IV). Todas as amostras foram processadas pelos métodos coproparasitológicos de flutuação e sedimentação para determinar a presença de cistos de G. duodenalis. As amostras processadas pelos exames coproparasitológicos foram posteriormente analisadas pelo teste de ELISA e as amostras positivas genotipadas. A prevalência de amostras positivas para o parasito foi de 7,19% (78/1085). Das 430 amostras fecais de crianças e cães analisadas pelo teste de ELISA; 19,07% (82) foram positivas para G. duodenalis. A sensibilidade do teste de ELISA foi de 66%, 100% de especificidade, valor preditivo positivo (VPP) e negativo (VPN) de 100%, valor de Kappa = 0,93 e acurácia de 93%. Em relação às populações, o teste de ELISA para o diagnóstico de Giardia em amostras fecais de crianças apresentou sensibilidade de 60% e especificidade de 100%; para cães a sensibilidade foi de 73% e especificidade também de 100%. Conclui-se que o teste de ELISA apresentou alta especificidade, porém não apresentou boa sensibilidade em relação ao exame parasitológico, que aliado ao alto custo faz com que os exames de rotina laboratoriais na área humana e animais baseados na microscopia ainda são a opção mais eficaz para o diagnóstico de G. duodenalis. Em relação à identificação genotípica de isolados de G. duodenalis, através da PCR-RFLP usando o gene gdh, o genótipo (assemblage) A foi identificado nos Grupos I e II em 59,41% (22/39) das amostras com pequena prevalência para o subgenótipo AI (54,55%); o genótipo B foi diagnosticado em 43,59% (17/39) com maior prevalência para o subgenótipo BIV (58,82%). Nos grupos caninos III e IV o genótipo com características zoonóticas (A e B) foi diagnosticado em 64,10% (25/39), sendo diagnosticado AI com 53,85% e 10,26% de BIV. Em relação aos genótipos específicos de carnívoros (C e D) a prevalência foi de 35,90% (14/39) com predominância do genótipo C (71,43%) e 28,57% para o genótipo D. O estudo identificou uma variedade de genótipos em crianças e cães, com elevada prevalência de genótipos de características zoonóticas nos cães. / The study aimed to determine the efficacy of the ELISA test for G. duodenalis and identify the genotypes of the parasite in stool samples from children and dogs in the city of Lages, Santa Catarina. We evaluated 1085 faecal samples divided into four groups: Children (Group I) enrolled in basic public education; faecal samples obtained from children in a private laboratory in the city (Group II ) domiciled dogs ( Group III) and dogs from the Center for Zoonosis Control (Group IV). All samples were processed by the methods of faecal flotation and sedimentation to determine the presence of cysts of G. duodenalis. The samples processed by fecal examinations were subsequently analyzed by ELISA and positive samples genotyped. The prevalence of samples positive for the parasite was 7.19% (78/1085). Of the 430 stool samples from children and dogs analyzed by ELISA; 19.07% (82) were positive for G. duodenalis. The test sensitivity was 66%, specificity 100%, positive predictive value (PPV) and negative (NPV) of 100%, Kappa value = 0.93 and 93% accuracy. In relation to the population, the ELISA test showed sensitivity of 60% and specificity of 100%, for children and sensitivity was 73% and specificity of 100% for dogs. We conclude that the ELISA test is highly specific but less sensitivity to parasitological examination, so the routine tests in laboratory animals and human area-based microscopy are still the most efficient option for the diagnosis of G. duodenalis. Regarding the identification of G. duodenalis genotypes, by PCR-RFLP using the gdh gene, genotype (assemblage) A was identified in Groups I and II in 59.41% (22/39) samples with low prevalence to subgenotype Al (54.55%) , genotype B was diagnosed in 43.59% (17/39) with higher prevalence in subgenotype BIV (58.82%). Canine groups III and IV genotype with zoonotic characteristics (A and B) was diagnosed in 64.10% (25/39) was diagnosed with AI 53.85% and 10.26% of BIV. In specific genotypes of carnivorous (C and D) the prevalence was 35.90% (14/39) with predominant genotype C (71.43%) and 28.57% for genotype D. The study identified a variety of genotypes in children and dogs, with a high prevalence of genotypes characteristics zoonotic in dogs.
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Estudo de polimorfismos genéticos e respostas ao tratamento com interferon-alfa/ribavirina em pacientes com o vírus da hepatite C

Grandi, Tarciana January 2012 (has links)
O tratamento da hepatite crônica C, uma combinação de interferon alfa peguilado e ribavirina (PEG-IFN/RBV), apresenta baixas taxas de resposta virológica sustentada (SVR) em pacientes portadores do vírus da hepatite C (HCV). Fatores como o genótipo do vírus, a carga viral e características do hospedeiro estão envolvidos com o sucesso da terapia. Os fatores do hospedeiro, especialmente os imunológicos e genéticos, parecem ter um papel importante no resultado do tratamento da hepatite C. Este estudo foi elaborado com o objetivo de investigar a associação entre polimorfismos de base única (SNP) nos genes da interleucina-28B (IL28B), interleucina-10 (IL10), fator de necrose tumoral alfa (TNFα) e proteína de resistência ao Myxovirus 1 (MxA) com a resposta virológica de pacientes com hepatite C crônica. No estudo foram incluídos 299 pacientes infectados com HCV genótipo 1, em tratamento com PEG-IFN/RBV, no centro de aplicação e monitorização de medicamentos injetáveis (CAMMI), em Porto Alegre, RS. A identificação dos SNPs foi realizada através da técnica de PCR, seguida de sequenciamento. Através da montagem de um banco de dados com informações epidemiológicas e genéticas, análises estatísticas foram realizadas comparando os SNPs analisados com resultados da terapia antiviral em 114 pacientes que tiveram SVR e em 149 que não responderam ao tratamento. As distribuições dos polimorfismos dos genes IL28B e TNFα, mas não dos outros, foram estatisticamente diferentes entre os grupos de resposta ao tratamento. Após o tratamento com PEG-IFN/RBV, o genótipo CC do gene IL28B foi associado com maior taxa de SVR e menor taxa de recidiva, quando comparado com os demais genótipos (CT e TT), 76% vs 38% e 17% vs 40%, respectivamente. Os alelos A dos dois polimorfismos estudados do gene TNFα foram significativamente associados à ausência de resposta virológica (51,3% vs 24,0% na posição -308, e 62,1% vs 23,9% na posição –238, P < 0.001). / Chronic hepatitis C treatment, a combination of pegylated alpha interferon and ribavirin (PEG-IFN/RBV), presents low rates of sustained virologic response (SVR) in patients infected with the hepatitis C virus (HCV). Factors such as the virus genotype, viral load and host characteristics are involved with successful therapy. Host factors, especially the immunological and genetic, seem to have an important role in the treatment outcome. This study was designed with the objective to investigate the association between single nucleotide polymorphisms (SNPs) in interleukin-28B (IL28B), interleukin-10 (IL10), tumor necrosis factor alpha (TNFα) and myxovirus resistance protein 1 (MxA) genes with the virologic response in chronic hepatitis C patients. The study included 299 infected patients with HCV genotype 1, in treatment with PEG-IFN/RBV. The SNPs identification of was performed by PCR, followed by DNA sequencing. In a database with informations genetic and epidemiological, statistical analyzes were performed comparing the SNPs analyzed with results of antiviral therapy in 114 patients who had SVR and 149 non responders. The distributions of IL28B and TNFα gene polymorphisms, but not the other, were statistically different between the groups of treatment response. After treatment with PEG-IFN/RBV the IL28B CC genotype was associated with higher rates of SVR and lower relapse rate when compared with other genotypes (CT and TT), 76% vs 38% and 17% vs. 40%, respectively. Carrying the A allele at one or both TNFα gene polymorphisms was significantly associated with a null virological response to treatment (51.3% vs. 24.0% at position -308 and 62.1% vs. 23.9% at position -238, P < 0.001).

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