Submitted by Daniel Hideki Mariano Watanabe null (danielw@zootecnista.com.br) on 2016-04-25T18:51:28Z No. of bitstreams: 1 007-2016 Daniel Hideki Mariano Watanabe+FR.pdf: 1725867 bytes, checksum: 66024c2dcf4b41501f5943eb4af31454 (MD5) / Rejected by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: A data informada na capa e contra-capa do documento está diferente da data de defesa que consta na ficha catalográfica. Corrija esta informação no arquivo PDF e realize uma nova submissão contendo o arquivo correto. Agradecemos a compreensão. on 2016-04-27T20:47:45Z (GMT) / Submitted by Daniel Hideki Mariano Watanabe null (danielw@zootecnista.com.br) on 2016-04-27T23:32:03Z No. of bitstreams: 1 007-2016 Daniel Hideki Mariano Watanabe+FR.pdf: 1625146 bytes, checksum: d1fbd0725047f84cb28be26a17d3b77a (MD5) / Approved for entry into archive by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br) on 2016-04-28T17:00:47Z (GMT) No. of bitstreams: 1 watanabe_dhm_me_dra.pdf: 1625146 bytes, checksum: d1fbd0725047f84cb28be26a17d3b77a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-28T17:00:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 watanabe_dhm_me_dra.pdf: 1625146 bytes, checksum: d1fbd0725047f84cb28be26a17d3b77a (MD5) Previous issue date: 2016-03-03 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O objetivo deste estudo foi avaliar os efeitos da duração do período de adaptação à dieta de alto teor de concentrado sobre o desempenho, comportamento ingestivo, características de carcaça, saúde do rúmen e digestibilidade do amido, FDN e MS em bovinos Nelore e ½ Angus/Nelore terminados em confinamento. Setenta e dois bovinos machos (com 313,5 kg ± 24,5 em média), não castrados, 36 da raça Nelore e 36 ½ Angus/Nelore, provenientes de sistema de recria em pasto, foram aleatorizados e mantidos em 24 baias (3 animais por baia) de chão batido (24 m² e 2,0 m de cocho por animal), de acordo com os tratamentos: bovinos Nelore adaptados por 9 dias, bovinos Nelore adaptados por 14 dias, bovinos ½ Angus/Nelore adaptados por 9 dias, e bovinos ½ Angus/Nelore adaptados por 14 dias, constituindo-se assim delineamento experimental em blocos casualizados em arranjo fatorial 2 × 2 (2 grupos genéticos e 2 durações do período de adaptação) com medidas repetidas no tempo, as quais foram tomadas de acordo com a variável analisada. Cada tratamento foi composto por 6 baias, as quais foram consideradas as unidades experimentais neste estudo. Após 9 ou 14 dias de adaptação, os animais receberam a ração final com 86% de concentrado. No início do período experimental e a cada 28 dias todos os animais foram pesados. A IMS foi medida todos os dias, para então calcular-se ganho de peso diário e conversão alimentar. Da mesma forma, os animais foram submetidos a avaliações de ultrassonografia no início e no final do período de confinamento para avaliação da deposição de músculos e gordura na carcaça, sendo abatidos em frigorífico comercial após 89 dias de alimentação, alcançando peso vivo final médio de 446,2 kg. Amostras de epitélio ruminal e ração, sobra e fezes foram coletadas para avaliações de saúde ruminal e digestibilidade dos nutrientes, respectivamente. Animais ½ Angus/Nelore apresentaram melhor (P<0,05) desempenho produtivo, eficiência alimentar e características de carcaça que os da raça Nelore. Foi observado (P<0,05) interação para escore de rumenites, onde animais Nelore adaptados por 14 dias apresentaram o maior escore. Bovinos adaptados em 14 dias apresentaram (P<0,05) seleção contra às partículas maiores que 19,0 mm e seleção a favor das partículas menores que 1,18 mm. Animais adaptados por 9 dias apresentaram flutuação da IMS maior (P<0,05) que os adaptados em 14 dias durante o período de adaptação. Conclui-se que o tempo de adaptação mais seguro para adaptar ambos genótipos foi de 14 dias e que o genótipo de melhor desempenho para confinamento foi o ½ Angus/Nelore. / The objective of this study was to evaluate the length of adaptation period to high concentrate diets on performance, feeding behavior, carcass traits, rumen health and starch, NDF and DM digestibility of Nellore and ½ Angus/Nellore cattle finished in feedlot. Seventy-two yearling bulls (313.5 kg ± 24.5 on the average), 36 Nellore and 36 ½ Angus/Nellore, backgrounded on pasture were randomly allocated and kept in 24 pens (3 animals/pen) with concrete floor (24 m² and 2,0 m bunk per animal) according to the treatments: Nellore adapted for 9 days, Nellore adapted for 14 days, ½ Angus/Nellore adapted for 9 days, and ½ Angus/Nellore adapted for 14 days, characterizing a randomized block design with a 2 x 2 factorial arrangement of treatments (2 genotypes and 2 lengths of adaptation period) with repeated measures over time according to the dependent variable measured. Each treatment was composed by 6 pens which was considered the experimental unit to this study. After 9 or 14 days of adaptation, yearling bulls received the finishing diet containing 86% concentrate. At the beginning of experimental period and every 28 days, yearling bulls were weighted. Dry matter intake was measure every day, and average daily gain and feed efficiency were calculate. Likewise, the deposition of muscle and fat were evaluate by ultrasound at the beginning and at the end of the study where the yearling bulls were slaughter in a commercial abattoir after 89 days of feed reaching average live body weight of 446.2 kg. Samples of rumen epithelium, diet, refusals and feces were collected for analysis of rumen health, and nutrients digestibility, respectively. Animals ½ Angus/Nellore presented better (P<0.05) performance, feed efficiency and carcass traits than the Nellore. Interaction (P<0.05) to rumenitis was observed, where Nellore adapted in 14 days presented the higher score. Yearling bulls adapted in 14 days presented (P<0.05) selection against particles higher than 19.0 mm and selection in favor of the particles lower than 1,18 mm. Animals adapted in 9 days showed higher DMI variation (P<0.05) than the adapted in 14 days during the adaptation period. Thus, it is possible to concludes that the most security adaptation length to both genotypes is the 14 days and the better genotype to feedlot performance is the ½ Angus/Nellore. / FAPESP: 2013/21666-7

Introdução: Estima-se que existam no mundo 200 milhões de pessoas infectadas pelo HCV, principal agente etiológico responsável por 90 a 95% dos casos de hepatite transfusional não A e não B. As altas percentagens de cronificação da doença, seu potencial evolutivo para cirrose e hepatocarcinoma tornam a hepatite C um sério problema de saúde pública. Dados da Organização Mundial da Saúde estimam que 2,5% a 4,9% da população brasileira esteja infectada pelo HCV, o que significa 3,9 a 7,6 milhões de pessoas com risco de desenvolver cirrose ou hepatocarcinoma. A co-infecção HCV e HIV é relativamente freqüente entre os usuários de drogas ilícitas e os hemofílicos, ocorrendo entre 50% e 75% dos casos. A presença de infecção pelo HIV pode acelerar a evolução da infecção crônica do HCV para cirrose e descompensação hepática bem como aumentar os níveis de viremia pelo HCV .Os genótipos do HCV constituem fator preditivo independente para a resposta ao tratamento anti-viral. As evidências indicam que o genótipo 1 e 4 estão associados a uma pobre resposta ao tratamento com interferon, seja em monoterapia ou em combinação com ribavirina, ao contrário dos genótipos 2 e 3. Os melhores resultados, medidos pelo parâmetro virológico para pacientes com genótipo 2 ou 3, são alcançados com períodos de 6 meses de tratamento, enquanto que pacientes com genótipo 1 necessitam prolongar o tempo de tratamento por um ano. Objetivos: Avaliar a proporção dos diferentes genótipos e subtipos entre os portadores de hepatite C que realizaram genotipagem na 11ª Coordenadoria Regional de Saúde (CRS) e a taxa desses pacientes que realizaram tratamento disponível no Sistema Único de Saúde (SUS). Avaliar a prevalência de co-infecção (hepatite A, B e HIV) entre os pacientes portadores de HCV e sua associação com genótipo do HCV. Descrever a prevalência de fatores de risco para infecção pelo vírus C na amostra. Avaliar a associação dos genótipos do HCV com idade, sexo e outros fatores de risco para infecção pelo HCV. Avaliar a taxa de pacientes com diagnóstico confirmado que recebem pelo menos uma dose de tratamento com interferon/ribavirina. Métodos: Estudo transversal, de pacientes com diagnóstico de HCV encaminhados para genotipagem em laboratório de referência no interior do estado do RS - Brasil. As informações foram obtidas dos registros do laboratório, do Sistema Nacional de Agravos e Notificação e dos prontuários dos pacientes. Os pacientes que receberam pelo menos uma dose do tratamento foram identificados através do registro da Assessoria de Medicamentos Especiais (AME) do estado do RS. A taxa de resposta foi identificada pela negativação do HCV por teste de PCR, 24 e 48 semanas após o término do tratamento. A identificação dos genótipos foi realizada pela técnica de Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) “in house”. Descreveram-se os dados através de medidas de freqüência e de tendência central, calculando-se intervalo de confiança de 95% quando cabível. Analisou-se a associação de fatores de risco com o genótipo através do teste Quiquadrado e Teste t de Student. As associações de co-infecção por HIV e de tratamento e resposta viral sustentada com o tipo de genótipo foram analisadas através do teste exato de Monte Carlo. Para identificação de fatores independentemente associados aos diferentes genótipos empregou-se regressão logística multinomial. Estimaram-se as razões de prevalência através de regressão de Poisson. Resultados: Foram incluídos 441 pacientes, de 41,1 ±12,0 anos, sendo 56,5% homens. A proporção de genótipo 1 foi de 41,5%, genótipo 2 de 19,3% e genótipo 3 de 39,2%. Três pacientes (0,7%; IC95% 0 - 1,5) apresentaram co-infecção HBV/HCV e 38 dos 237 pacientes com informação sobre HIV foram positivos (16% IC 95% 9.5-13.7). Não houve associação de co-infecção por HIV com genótipo. A taxa de pacientes tratados foi de 37,0%. De 52 pacientes avaliáveis, 63,5% apresentaram resposta viral sustentada (RVS), sendo 9 pacientes com genótipo 1 (64,3%), 14 com genótipo 2 (87,5%) e 10 com genótipo 3 (45,5%; P=0,026). Observou-se associação significativa entre sexo feminino e genótipo 2 e faixa etária maior para genótipo 2 (52,2 ±12,8 anos). Fatores de risco para infecção por HCV foram tratamento cirúrgico, uso de drogas injetáveis e inaláveis, tratamento dentário (p<0,05%). Dos pacientes estudados, 163 (37%) realizaram tratamento em algum momento do estudo e nestes a taxa de respondedores para genótipo 1, 2 e 3 foram de 64,3%, 87,5% e 45,% respectivamente. Conclusão: Observa-se maior proporção do genótipo 1, seguido do genótipo 3 o qual foi mais freqüente que o descrito em outros estudos realizados no RS e Brasil. A prevalência de co-infecção de hepatite C com hepatite B é baixa. Coinfecção com HIV é mais freqüente, mas inferior ao observado na literatura. A taxa de pacientes com diagnóstico confirmado que recebem pelo menos uma dose de tratamento com interferon/ribavirina através do SUS é menor que o esperado, enquanto que a menor resposta viral sustentada para pacientes portadores do genótipo 3 quando comparado ao genótipo 1 deve ser confirmada por novos estudos. Muitos pacientes que realizam genotipagem não foram tratados talvez por não atender aos critérios de tratamento ou por dificuldades de acesso ao sistema público gratuito de tratamento. Mas, entre os pacientes que foram tratados, a taxa de resposta ao tratamento foi maior em geral do que nos relatos da literatura. A base de dados do SINAN é uma importante ferramenta para coleta de dados, para implantação e avaliação de políticas de prevenção e tratamento na área de saúde pública. / Introduction: It is estimated that HCV has infected 200 million people in the world, since it is the main etiological agent responsible for 90 to 95% of the cases of transfusional hepatitis non A and non B. High percentage of chronification of the disease, its potential evolution to cirrhosis and hepatocarcinoma make hepatitis C a serious problem of public health. Data from World Health Organization estimate that 2.5% to 4.9% of Brazilian population is infected by HCV, which means 3.9 to 7.6 million people with risk of cirrhosis or hepatocarcinoma. Factors related to the virus, as viral load, may influence the evolution of chronic hepatitis to cirrhosis and hepatocarcinoma. HCV and HIV co-infection is relatively frequent among users of illicit drugs and hemophilic, occurring between 50% and 75% of the cases. Presence of HIV infection can accelerate the evolution of HCV chronic infection to cirrhosis and hepatic discompensation and increase the levels of HCV viremia as well. HCV genotype is an independent predictor of response to anti-viral treatment. Evidences indicate that genotypes 1 and 4 are associated to a poor response to the treatment with interferon, either in monotherapy or in combination with ribavirin, the opposite of genotypes 2 and 3. Best results, mesured by virological parameter for patients with genotype 2 or 3, are reached with periods of 6 months of treatment, whereas patients with genotype 1 need one year of treatment. Objectives: 1. To evaluate the proportion of different genotypes and subtypes among patients with hepatitis C referred to genotyping in 11ª Regional Center of Health (CRS) and the rate of these patients that under go treatment offered by Public Health System (SUS). 2. To evaluate the prevalence of co-infection (hepatitis A, B and HIV) among patients with HCV and its association with HCV genotype. 3. To describe the prevalence of risk factors for virus C infection in the sample and the association of HCV genotypes with age, sex and other risk factors for HCV infection. 4. To evaluate the rate of patients with confirmed diagnosis receiving at least one dose of treatment with interferon/ribavirin. Methods: Cross sectional study of patients with HCV diagnosis referred to genotyping in a reference laboratory in a small town of RS - Brazil. Data were collected from registers of the laboratory, registers of the National Disease Surveillance Data System (SINAN) and charts of the patients. Those patients who received at least one dose of the treatment were identified in the registers of Special Drugs Assessory (AME) of RS, Brazil. The rate of response was identified by the negativation of HCV through PCR test, 24 and 48 weeks after the end of the treatment. The identification of genotypes was done using Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) “in house”. Data were described with measures of frequency and central tendency, and 95% confidence interval was calculated when applicable. The association between risk factors and genotype was analyzed using Chi-square and T Student tests. Associations of HIV co-infection and of treatment and sustained viral response with genotype were analyzed with Monte Carlo test. To identify factors independently associated to different genotypes, we used multinomial logistic regression. We estimated prevalence ratio using Poisson regression. Results: 441 patients were subjected to genotyping, age 41,1 ±12,0 years, 56,5% males. Proportion of genotype 1 was 41,5%; genotype 2, 19,3% in genotype 3, 39,2%. Three patients (0,7%; IC95% 0 - 1,5) presented HBV/HCV co-infection and 38 of 237 patients with HIV information were positive (16% IC 95% 9.5-13.7). There was no association between HIV co-infection and genotype. The rate of treated patients was 37,0%. Of 52 patients evaluable, 63,5% presented SVR, 9 patients with genotype 1 (64,3%), 14 with genotype 2 (87,5%) and 10 with genotype 3 (45,5%; P=0,026). We observed genotype 2 was more prevalent among women and patients carrying genotype 2 were older (52,2 ±12,8 years). Among risk factors for HCV infection were surgical treatment, use of intravenous and inhalation drugs and dental procedures (p<0,05%). 163 patients (37%) were submitted to treatment in one moment of this study and, in this, rate of response for genotype 1, 2 and 3 were 64,3%, 87,5% and 45,0% respectively. Conclusion: We observed higher genotype 3 prevalence when in comparison with other studies in RS and Brazil. Prevalence of hepatitis C with hepatitis B coinfection is low. HIV co-infection is more frequent, but lower than observed in the literature. Rate of patients with confirmed diagnosis that receive at least one dose of treatment with interferon/ribavirin via SUS is lower than we could expect, and SVR is lower for patients with genotype 3 than genotype 1. But these data must be confirmed by new studies. A lot of patients submitted to genotyping did not receive treatment from public health system, maybe because they did not attend the criteria for treatment or because of low access to the treatment. However, among the patients submitted to treatment, the rate of response was greater than the one present in literature. SINAN data is an important tool to collect data, to implement and evaluate policies of prevention and treatment in public health.

O diagnóstico laboratorial do Vírus da Hepatite C (HCV) pode ser realizado através de análises sorológicas ou por técnicas de biologia molecular. Os testes moleculares são divididos em qualitativos, quantitativos e de genotipagem. Esses são utilizados para confirmação diagnóstica, escolha da terapia antiviral e monitoramento do tratamento. Diversos testes moleculares comerciais estão disponíveis no mercado, no entanto, limitações como o custo elevado, alta complexidade e falta de validação são impeditivos para sua ampla utilização no país. Em razão das dificuldades citadas, novos métodos moleculares têm sido propostos como alternativa. Sendo assim, o presente estudo teve como objetivo o aprimoramento de um método in house para extração e purificação do RNA de HCV, bem como sua detecção qualitativa e genotipagem, utilizando hibridização em microplacas do produto de PCR biotinilado, seguido de detecção colorimética. A região 5'-NCR do HCV foi escolhida para a amplificação. Para avaliar a eficiência do método colorimétrico de hibridização reversa (MCHR) proposto, os resultados foram comparados com os métodos de referência para detecção qualitativa e genotipagem do HCV. Entre as 85 amostras de plasma analisadas, a sensibilidade e especificidade do MCHR para detecção do RNA viral, quando comparado com Cobas Amplicor HCV Assay v2.0, foram de 100% (95% IC; 92,75% - 100%) e de 97,2% (95% IC; 85,48% -100%), respectivamente. Os valores preditivo positivo e preditivo negativo foram de 98% (95% IC; 89,36% - 99,95%) e de 100% (95% IC; 90,01% - 100%), respectivamente. O Kappa encontrado foi de 0,976 (p < 0,001), mostrando alto grau de concordância entre os dois métodos de detecção qualitativa. Para genotipagem do HCV, pôde-se observar 97,22% (35/36) de concordância entre o MCHR e o seqüenciamento de DNA. O Kappa encontrado foi de 0,976 (p < 0,001), mostrando alto grau de concordância entre os dois métodos de genotipagem. Sendo assim, o método proposto apresentou bons resultados de sensibilidade e especificidade, com alto grau de concordância com os métodos de referência, tanto para detecção qualitativa, como para genotipagem do HCV. / The tests for HCV diagnosis are divided into serological and molecular assays. The molecular assays are used to confirm viremia, choice of antiviral therapy and monitor the response to antiviral therapy. A variety of commercial molecular assays have been developed, however, limitations such as the high cost, high complexity and lack of validation impede its widespread use, especially in developing countries. Because of the difficulties cited above, new molecular biology techniques have been proposed as alternatives. Thus, this study aimed at the improvement of an in house method for extraction and purification of RNA from HCV as well as its qualitative detection and genotyping, using hybridization in microplates of biotin-labeled PCR products, followed by colorimetric detection. The region of HCV 5'-NCR was chosen for the amplification. To evaluate the efficiency of colorimetric microwell hybridization assay (CMHA), the results obtained were compared with the reference methods. Among the 85 plasma samples analyzed, the sensitivity and specificity of CMHA for viral RNA detection, when compared with Cobas Amplicor HCV assay v2.0, were 100% (95% CI, 92.75% - 100%) and 97.2% (95% CI, 85.48 % -100%), respectively. The positive predictive and negative predictive values were 98% (95% CI, 89.36% - 99.95%) and 100% (95% CI, 90.01% -100%), respectively. The calculated Kappa was 0.976 (p <0001), showing high correlation between the two methods. Similarly, it was observed 97.22% (35/36) of agreement between the DNA sequencing data and MCHR, for HCV genotyping. The Kappa values was 0.976 (p <0001), showing high correlation between the two methods. The proposed method showed good sensitivity and specificity, with a high degree of concordance between the reference methods for both qualitative detection and for genotyping of HCV.

O presente trabalho teve como objetivo geral caracterizar a variabilidade genética existente em um grupo de genótipos de arroz irrigado do banco de germoplasma disponível no programa de melhoramento do Instituto Rio Grandense do Arroz (IRGA) e como objetivos específicos identificar marcadores morfológicos que separem os dois grupos de arroz índica e japônica, avaliar a amplitude da base genética desse germoplasma e comparar o padrão de agrupamento obtido pelos marcadores morfológicos e moleculares.

Orientador: Mario Luiz Teixeira de Moraes / Resumo: O Cerrado é caracterizado como uma vegetação de savana e representa cerca dos 22% do território nacional ou 2 milhões de km2 e sua área original intacta está em torno de 35%. Assim, a formação de uma coleção de germoplasma com espécies arbóreas que ocorrem nesse bioma é importante para sua conservação. Entretanto, para obter sucesso na conservação é necessário métodos criteriosos para avaliar e selecionar árvores geneticamente superiores minimizando os efeitos negativos da interação genótipo x ambiente. O objetivo deste estudo foi estimar a interação genótipo x ambiente em quatro testes de progênies de polinização aberta visando a conservação em uma coleção de germoplasma na região da baixada Cuiabana no Município de Rosário Oeste-MT, com as espécies: Anadenanthera colubrina var. colubrina, Cedrella fissilis, Cordia trichotoma, Dipteryx alata. O delineamento experimental utilizado foi do tipo Sistemático “Nelder Linear” com 17, 19, 16 e 28 tratamentos (progênies) respectivamente, três repetições e uma planta por parcela em oito espaçamentos. Os caracteres avaliados aos 12 meses de idade foram: altura de plantas (m), diâmetro a 30 cm do solo (cm), diâmetro médio da copa (m) e os parâmetros genéticos foram obtidos pelo procedimento REML/BLUP. Foi detectado variação genética entre as progênies nas espécies estudadas e a interação genótipo x ambiente foi significativa apenas para a espécie Dipteryx alata. O melhor desempenho das progênies para altura de plantas foi observado no e... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The Cerrado is characterized as savanna vegetation in the international classification and is located predominantly in the central highlands of Brazil, represents about 22% of the Brazilian territory or 2 million km2 and its intact original area is around 35%. Thus, the formation of a germplasm collection with arboreal species that occur in this biome is important for its conservation. However, to be successful in conservation, careful methods are needed to evaluate and select genetically superior trees, minimizing the negative effects of the genotype x environment interaction. The objective of this study was to estimate the genotype x environment interaction in four open pollinated progenies tests for conservation in a collection of germplasm in the Cuiabana lowland region in the Municipality of Rosário Oeste-MT, with the species: Anadenanthera colubrina var. colubrina, Cedrella fissilis, Cordia trichotoma and Dipteryx alata. The experimental design was Nelder Linear with 17, 19, 16 and 28 treatments (progenies) respectively, three replications and one plant per plot in eight spacings. The characters evaluated at 12 months of age were: plant height (m), diameter at 30 cm soil (cm), crown diameter (m) and genetic parameters were obtained by REML / BLUP procedure. Genetic variation was detected among the progenies in the species studied and the interaction genotype x environment was significant only for the species Dipteryx alata. The best performance of the progenies for pla... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Danilo Domingues Millen / Resumo: O objetivo deste estudo foi avaliar os efeitos da duração do período de adaptação à dieta de alto teor de concentrado sobre o desempenho, comportamento ingestivo, características de carcaça, saúde do rúmen e digestibilidade do amido, FDN e MS em bovinos Nelore e ½ Angus/Nelore terminados em confinamento. Setenta e dois bovinos machos (com 313,5 kg ± 24,5 em média), não castrados, 36 da raça Nelore e 36 ½ Angus/Nelore, provenientes de sistema de recria em pasto, foram aleatorizados e mantidos em 24 baias (3 animais por baia) de chão batido (24 m² e 2,0 m de cocho por animal), de acordo com os tratamentos: bovinos Nelore adaptados por 9 dias, bovinos Nelore adaptados por 14 dias, bovinos ½ Angus/Nelore adaptados por 9 dias, e bovinos ½ Angus/Nelore adaptados por 14 dias, constituindo-se assim delineamento experimental em blocos casualizados em arranjo fatorial 2 × 2 (2 grupos genéticos e 2 durações do período de adaptação) com medidas repetidas no tempo, as quais foram tomadas de acordo com a variável analisada. Cada tratamento foi composto por 6 baias, as quais foram consideradas as unidades experimentais neste estudo. Após 9 ou 14 dias de adaptação, os animais receberam a ração final com 86% de concentrado. No início do período experimental e a cada 28 dias todos os animais foram pesados. A IMS foi medida todos os dias, para então calcular-se ganho de peso diário e conversão alimentar. Da mesma forma, os animais foram submetidos a avaliações de ultrassonografia no início e no... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objective of this study was to evaluate the length of adaptation period to high concentrate diets on performance, feeding behavior, carcass traits, rumen health and starch, NDF and DM digestibility of Nellore and ½ Angus/Nellore cattle finished in feedlot. Seventy-two yearling bulls (313.5 kg ± 24.5 on the average), 36 Nellore and 36 ½ Angus/Nellore, backgrounded on pasture were randomly allocated and kept in 24 pens (3 animals/pen) with concrete floor (24 m² and 2,0 m bunk per animal) according to the treatments: Nellore adapted for 9 days, Nellore adapted for 14 days, ½ Angus/Nellore adapted for 9 days, and ½ Angus/Nellore adapted for 14 days, characterizing a randomized block design with a 2 x 2 factorial arrangement of treatments (2 genotypes and 2 lengths of adaptation period) with repeated measures over time according to the dependent variable measured. Each treatment was composed by 6 pens which was considered the experimental unit to this study. After 9 or 14 days of adaptation, yearling bulls received the finishing diet containing 86% concentrate. At the beginning of experimental period and every 28 days, yearling bulls were weighted. Dry matter intake was measure every day, and average daily gain and feed efficiency were calculate. Likewise, the deposition of muscle and fat were evaluate by ultrasound at the beginning and at the end of the study where the yearling bulls were slaughter in a commercial abattoir after 89 days of feed reaching average live body weig... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

O estudo teve por objetivo determinar a eficácia do teste de ELISA para Giardia duodenalis e identificar os genótipos do protozoário em amostras fecais de crianças e cães na cidade de Lages, Santa Catarina. Foram avaliadas 1085 amostras fecais distribuídas em quatro grupos: crianças (Grupo I) matriculadas no ensino fundamental das Escolas Municipais de Ensino Básico (EMEB); amostras fecais de crianças obtidas em um laboratório particular da cidade (Grupo II); cães em ambientes domiciliados (Grupo III) e cães provenientes do Centro de Controle de Zoonoses (Grupo IV). Todas as amostras foram processadas pelos métodos coproparasitológicos de flutuação e sedimentação para determinar a presença de cistos de G. duodenalis. As amostras processadas pelos exames coproparasitológicos foram posteriormente analisadas pelo teste de ELISA e as amostras positivas genotipadas. A prevalência de amostras positivas para o parasito foi de 7,19% (78/1085). Das 430 amostras fecais de crianças e cães analisadas pelo teste de ELISA; 19,07% (82) foram positivas para G. duodenalis. A sensibilidade do teste de ELISA foi de 66%, 100% de especificidade, valor preditivo positivo (VPP) e negativo (VPN) de 100%, valor de Kappa = 0,93 e acurácia de 93%. Em relação às populações, o teste de ELISA para o diagnóstico de Giardia em amostras fecais de crianças apresentou sensibilidade de 60% e especificidade de 100%; para cães a sensibilidade foi de 73% e especificidade também de 100%. Conclui-se que o teste de ELISA apresentou alta especificidade, porém não apresentou boa sensibilidade em relação ao exame parasitológico, que aliado ao alto custo faz com que os exames de rotina laboratoriais na área humana e animais baseados na microscopia ainda são a opção mais eficaz para o diagnóstico de G. duodenalis. Em relação à identificação genotípica de isolados de G. duodenalis, através da PCR-RFLP usando o gene gdh, o genótipo (assemblage) A foi identificado nos Grupos I e II em 59,41% (22/39) das amostras com pequena prevalência para o subgenótipo AI (54,55%); o genótipo B foi diagnosticado em 43,59% (17/39) com maior prevalência para o subgenótipo BIV (58,82%). Nos grupos caninos III e IV o genótipo com características zoonóticas (A e B) foi diagnosticado em 64,10% (25/39), sendo diagnosticado AI com 53,85% e 10,26% de BIV. Em relação aos genótipos específicos de carnívoros (C e D) a prevalência foi de 35,90% (14/39) com predominância do genótipo C (71,43%) e 28,57% para o genótipo D. O estudo identificou uma variedade de genótipos em crianças e cães, com elevada prevalência de genótipos de características zoonóticas nos cães. / The study aimed to determine the efficacy of the ELISA test for G. duodenalis and identify the genotypes of the parasite in stool samples from children and dogs in the city of Lages, Santa Catarina. We evaluated 1085 faecal samples divided into four groups: Children (Group I) enrolled in basic public education; faecal samples obtained from children in a private laboratory in the city (Group II ) domiciled dogs ( Group III) and dogs from the Center for Zoonosis Control (Group IV). All samples were processed by the methods of faecal flotation and sedimentation to determine the presence of cysts of G. duodenalis. The samples processed by fecal examinations were subsequently analyzed by ELISA and positive samples genotyped. The prevalence of samples positive for the parasite was 7.19% (78/1085). Of the 430 stool samples from children and dogs analyzed by ELISA; 19.07% (82) were positive for G. duodenalis. The test sensitivity was 66%, specificity 100%, positive predictive value (PPV) and negative (NPV) of 100%, Kappa value = 0.93 and 93% accuracy. In relation to the population, the ELISA test showed sensitivity of 60% and specificity of 100%, for children and sensitivity was 73% and specificity of 100% for dogs. We conclude that the ELISA test is highly specific but less sensitivity to parasitological examination, so the routine tests in laboratory animals and human area-based microscopy are still the most efficient option for the diagnosis of G. duodenalis. Regarding the identification of G. duodenalis genotypes, by PCR-RFLP using the gdh gene, genotype (assemblage) A was identified in Groups I and II in 59.41% (22/39) samples with low prevalence to subgenotype Al (54.55%) , genotype B was diagnosed in 43.59% (17/39) with higher prevalence in subgenotype BIV (58.82%). Canine groups III and IV genotype with zoonotic characteristics (A and B) was diagnosed in 64.10% (25/39) was diagnosed with AI 53.85% and 10.26% of BIV. In specific genotypes of carnivorous (C and D) the prevalence was 35.90% (14/39) with predominant genotype C (71.43%) and 28.57% for genotype D. The study identified a variety of genotypes in children and dogs, with a high prevalence of genotypes characteristics zoonotic in dogs.

O tratamento da hepatite crônica C, uma combinação de interferon alfa peguilado e ribavirina (PEG-IFN/RBV), apresenta baixas taxas de resposta virológica sustentada (SVR) em pacientes portadores do vírus da hepatite C (HCV). Fatores como o genótipo do vírus, a carga viral e características do hospedeiro estão envolvidos com o sucesso da terapia. Os fatores do hospedeiro, especialmente os imunológicos e genéticos, parecem ter um papel importante no resultado do tratamento da hepatite C. Este estudo foi elaborado com o objetivo de investigar a associação entre polimorfismos de base única (SNP) nos genes da interleucina-28B (IL28B), interleucina-10 (IL10), fator de necrose tumoral alfa (TNFα) e proteína de resistência ao Myxovirus 1 (MxA) com a resposta virológica de pacientes com hepatite C crônica. No estudo foram incluídos 299 pacientes infectados com HCV genótipo 1, em tratamento com PEG-IFN/RBV, no centro de aplicação e monitorização de medicamentos injetáveis (CAMMI), em Porto Alegre, RS. A identificação dos SNPs foi realizada através da técnica de PCR, seguida de sequenciamento. Através da montagem de um banco de dados com informações epidemiológicas e genéticas, análises estatísticas foram realizadas comparando os SNPs analisados com resultados da terapia antiviral em 114 pacientes que tiveram SVR e em 149 que não responderam ao tratamento. As distribuições dos polimorfismos dos genes IL28B e TNFα, mas não dos outros, foram estatisticamente diferentes entre os grupos de resposta ao tratamento. Após o tratamento com PEG-IFN/RBV, o genótipo CC do gene IL28B foi associado com maior taxa de SVR e menor taxa de recidiva, quando comparado com os demais genótipos (CT e TT), 76% vs 38% e 17% vs 40%, respectivamente. Os alelos A dos dois polimorfismos estudados do gene TNFα foram significativamente associados à ausência de resposta virológica (51,3% vs 24,0% na posição -308, e 62,1% vs 23,9% na posição –238, P < 0.001). / Chronic hepatitis C treatment, a combination of pegylated alpha interferon and ribavirin (PEG-IFN/RBV), presents low rates of sustained virologic response (SVR) in patients infected with the hepatitis C virus (HCV). Factors such as the virus genotype, viral load and host characteristics are involved with successful therapy. Host factors, especially the immunological and genetic, seem to have an important role in the treatment outcome. This study was designed with the objective to investigate the association between single nucleotide polymorphisms (SNPs) in interleukin-28B (IL28B), interleukin-10 (IL10), tumor necrosis factor alpha (TNFα) and myxovirus resistance protein 1 (MxA) genes with the virologic response in chronic hepatitis C patients. The study included 299 infected patients with HCV genotype 1, in treatment with PEG-IFN/RBV. The SNPs identification of was performed by PCR, followed by DNA sequencing. In a database with informations genetic and epidemiological, statistical analyzes were performed comparing the SNPs analyzed with results of antiviral therapy in 114 patients who had SVR and 149 non responders. The distributions of IL28B and TNFα gene polymorphisms, but not the other, were statistically different between the groups of treatment response. After treatment with PEG-IFN/RBV the IL28B CC genotype was associated with higher rates of SVR and lower relapse rate when compared with other genotypes (CT and TT), 76% vs 38% and 17% vs. 40%, respectively. Carrying the A allele at one or both TNFα gene polymorphisms was significantly associated with a null virological response to treatment (51.3% vs. 24.0% at position -308 and 62.1% vs. 23.9% at position -238, P < 0.001).

Base teórica: O vírus da imunodeficiência humana (HIV) é responsável pela contaminação de mais de 38,6 milhões de pessoas no mundo, sendo que 4 a 5 milhões estão co-infectadas pelo vírus da hepatite C (HCV). No Brasil, estima-se que aproximadamente 0,5% da população brasileira adulta seja portadora do HIV. A prevalência de co-infecção é altamente variável, dependendo das prevalências das infecções pelo HCV, pelo HIV e de usuários de drogas nas populações estudada. O genótipo do HCV é um dos principais fatores prognósticos para a resposta viral sustentada após tratamentos com interferon e, consequentemente, determinante também da relação de custo-benefício do tratamento. Estudos realizados em diferentes partes do mundo mostraram prevalências distintas dos genótipos do HCV entre países e entre regiões de um mesmo país. Estudos envolvendo centros gaúchos têm mostrado prevalência elevada do genótipo 3 em relação à maioria dos estados brasileiros. Poucos dados sobre a genotipagem em pacientes co-infectados estão disponíveis em nosso meio. Na medida em que a sobrevida dos pacientes com AIDS aumenta, através do controle de infecções oportunistas e manutenção da imunidade, a hepatopatia crônica relacionada à infecção pelo HCV em portadores do HIV torna-se uma das importantes causas de morbimortalidade entre os portadores do HIV, exigindo, por parte dos gestores e serviços de saúde em todo mundo atenção crescente. Objetivos: Determinar a prevalência e os fatores associados à co-infecção HIV-HCV e aos genótipos do HCV em pacientes em atendimento em um centro de referência ambulatorial para tratamento do HIV/AIDS em Porto Alegre, Brasil. Verificar também a prevalência de resolução espontânea da hepatite C e características associadas. Métodos: Estudo Transversal: foram revisados todos os prontuários de pacientes registrados no serviço para determinação da prevalência de co-infecção. Estudo de Caso-Controle: foram consecutivamente incluídos como casos, os portadores de co-infecção HIV-HCV, e como controles, os pacientes com sorologia negativa para o HCV em atendimento com o mesmo médico. Pesquisa do HCV-RNA e genotipagem do HCV foi realizada em todos os casos. Resultados: Entre os 1313 pacientes em acompanhamento, foram anti-HCV positivos 357 (31,2%) dos 1143 pacientes para os quais se obteve sorologia para o HCV. Através de amostragem consecutiva foram incluídos 227 casos (63% homens; 40,3±8,7 anos) e 370 controles (44,6% homens; 38,9±9,8 anos). Após análise por regressão logística permaneceram associados à co-infecção sexo masculino, menor escolaridade, compartilhamento de objetos de higiene pessoal, uso de drogas injetáveis, uso de cocaína inalada, uso de crack, e consumo de maconha. Menor contagem de linfócitos CD4 e história de tuberculose também foi observada entre os pacientes co-infectados HIV-HCV. Entre os 207 indivíduos que realizaram pesquisa do HCV-RNA foi detectada viremia em 83,6% dos casos. Observou-se o genótipo 1 em 81,5%, genótipo 2 em 1,7% e genótipo 3 em 16,2%. Conclusão: Neste estudo identificaram-se fatores de risco para co-infecção pelo HCV em portadores do HIV. As características associadas à transmissão sexual não foram confirmadas. Acrescentou-se informação sobre um novo fator de risco - o compartilhamento de objetos de uso pessoal – ao conjunto de exposições associadas à co-infecção HIV-HCV. A alta prevalência de co-infecção encontrada e o amplo predomínio do genótipo 1 devem ter implicação direta sobre o planejamento de políticas públicas para a prevenção, o diagnóstico e o tratamento dos portadores do HIV. / Introdution: It has been estimated that 38.6 million people are infected by the human immunodeficiency virus (HIV) all over the world, being 4 to 5 million coinfected with hepatitis C virus (HCV). In Brazil, it is estimated that about 0.5% of the adult population is infected with HIV. The prevalence of HIV-HCV coinfection is directly associated with the characteristics of the population under study, particularly the use of injecting drugs, the source of the participants, and the frequency of each infection. Of the risk factors shared by HIV and HCV infections, injecting drug use (IDU) has been shown to be the most important, followed by exposure to contaminated blood at transfusions. However, 25-30% of individuals infected with HCV deny exposure to parenteral risk factors. The response rate to HCV infection treatment is lower than 50%, and treatments may have clinically important adverse effects. The response to HCV treatment depends on the genotype of the virus. Beside the prognostic importance, HCV genotype is a key factor for the cost-effectiveness of treatment. Study Aims: This study investigated the prevalence of HIV-HCV coinfection, HCV RNA carriers, and HCV genotypes in patients attending to an AIDS outpatient reference center in Southern Brazil. Independent risk factors for HIV-HCV coinfection using a hierarchical conceptual approach to multivariate analysis were detected. Methods: Cross Sectional Study: all registries from 3490 patients with HIV infection were reviewed. Case-Control Study: Cases were HIV infected subjects identified among 357 patients coinfected by HCV. Controls were selected among 786 patients with HIV infection and anti-HCV negative test. Results: The registry has 3490 patients recorded. Of this total, 1313 (37.6%) were currently under follow up, and 1143 were tested for anti-HCV. The prevalence of anti-HCV was 31.2% (95%CI 28.5-33.9%). Two hundred and twenty seven cases, out of 357, and 370 controls, out of 786, were interviewed, and 207 had RNA HCV testing performed. Genotype 1 was more frequent (81.5%; 95% CI 75.7-87.3), followed by genotype 3 (16.2%; 95% CI 10.7-21.7), and few genotype 2 cases (1.7%; 95% CI 0-3.6). HCV RNA was negative in 16.4% of the study participants. Male gender, being 30 to 49 years of age, elementary school education, family income lower than one minimum wage (approximately US$160), earlier age of the first sexual intercourse, higher number of sexual partners in the previous month, sharing of personal hygiene objects, using of injecting drugs, and the use of crack cocaine were associated to HIV-HCV coinfection even after adjustment for confounding factors. The practicing of anal sex became statistically associated with HIV-HCV coinfection only after multivariate analysis. Conclusion: About a third of the patients on treatment for HIV/AIDS in Porto Alegre present coinfection by HCV. The virus with genotype 1 is the most prevalent among the infected by HIV, but beside male gender, there is no apparent reason for this distribution. Despite the presence of infection by HIV, some patients have spontaneous clearing of the HCV. A small innoculum may favor the spontaneous negativation of RNA HCV. We identified a risky profile for HCV coinfection in patients with HIV. The risk of sharing personal hygiene objects is a novel finding and may explain part of the transmission of virus C even in non-AIDS patients. The high prevalence of coinfection by HCV in patients under treatment for HIV, with the predominance of genotype 1 virus, have direct implications for the planning of public health policies for the treatment of persons infected with HIV.

Orientador: Fernando Ferreira Costa / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-10T05:00:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Bezerra_MarcosAndreCavalcanti_M.pdf: 1651250 bytes, checksum: efe8b98a0acb6f960292cb82199b3ee2 (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: A talassemia ß é uma doença hereditária freqüente da Hb e tem sido encontrada em praticamente todas as populações estudadas. A ocorrência dessas síndromes no Brasil tem sido estudada ao longo do tempo, entretanto, por causa das limitações nas metodologias utilizadas em muitas pesquisas, os dados de prevalência e diversidade são incompletos. Além disso, como conseqüência da composição étnica do nosso país, miscigenada por elementos de origens européia, africana, asiática e indígena, e desigualmente distribuída, a incidência da talassemia pode variar de região para região. Este estudo tem como objetivo mostrar caracteríticas clínicas, bioquímicas e moleculares das síndromes talassêmicas em população do estado de Pernambuco. Foram estudados 117 pacientes não relacionados, sendo 11 diagnosticados com talassemia ß maior, 36 talassemia ß intermediária e 70 com a interação S/ß talassemia, acompanhados na Fundação HEMOPE. A caracterização molecular foi feita por técnicas de PCR e seqüenciamento. A caracterização dos alelos ß talassêmicos revelou 15 diferentes mutações, sendo que 4 delas correspondem a 84,3% dos alelos ß talassêmicos, nas seguintes proporções: 54,9% IVS-I-6 (T-»C), 15,2% IVS-I-5 (G-»C), 7,9% códon 39 (C-»T) e 6,1% IVS-I-1 (G-»A). Foram encontradas outras mutações raras, pela primeira vez descritas no Brasil: IVS-II-849 (A-»G), poli-A (T-»C), - 29 (A-»G), Códon 30 (A-»C), IVS-I-2 (T-»C), IVS-II-837 (T-»G), Códons 106/107 (+G), além das mutações IVS-I-5 (G-»A) e -88 (C-»T). Uma nova mutação foi descrita: códon 12 (-C). Foram encontrados 30 pacientes homozigotos IVS-I-6 (T-»C) e tal mutação mostrou uma forte associação com o haplótipo VI. A mutação IVS-I-5 (G-»C) esteve relacionada ao haplótipo I, diferentemente do encontrado em outras populações (haplótipo VII) em que esta mutação é prevalente, podendo sugerir uma origem diferente para esta mutação no Brasil. A deleção -a3.7 kb esteve presente em 4,2% dos pacientes homozigotos para talassemia ß e em 15,7% dos S/ß tal, enquanto a aaaanti 3.7kb foi encontrada em 5,7% dos S/ß tal. O polimorfismo XmnI esteve presente em 6,1% dos pacientes com ß tal homozigota e em apenas 1,4% dos S/ß tal. Com relação ao alelo UGT1A1, foi visto que pacientes com genótipos (TA)7 / (TA)7 e (TA)7 / (TA)8 apresentaram maiores níveis de bilirrubina não conjugada e parecem ter maior probabilidade de desenvolver colelitíase. No Brasil, embora a composição étnica da população seja heterogênea, as mutações mais comuns são de origem Mediterrânea; Pernambuco pode ser considerado uma exceção já que cerca de 16,0% da população talassêmica possui mutações de origem Asiática e 10,8% são de origem africana. A diversidade de mutações e suas respectivas freqüências diferem do encontrado em outras populações brasileiras já estudadas, como a do Sudeste, onde 4 mutações também respondem pela maioria (97%) dos casos, porém a mutação predominante é a ß039 (C-»T) / Abstract: ß Thalassemia is a frequent inherited disease of the Hb molecule found in the majority of populations and distributed worldwide. The prevalence of this syndrome in Brazil has been studied for a long time, but due to limitations in the methodology of some research, data on prevalence and clinical diversity are not fully complete. Furthermore, as a consequence of our ethnic composition, mixed with an uneven distribuition of European, African, Asian and Indian native populations, the incidence of thalassemia may vary greatly from one region to another. This study aims to show clinical features, and also biochemical and molecular data of our thalassemia syndromes in a population setting of thalassemia patients in the State of Pernambuco. We studied 117 non-related patients, 11 of them with ß thalassemia major, 36 ß with thalassemia intermedia and 70 with the S/ß thalassemia interaction, followed regularly at the Fundação HEMOPE ¿ Recife - Brazil. Molecular characterization was performed by PCR techniques and DNA sequencing. Characterization of ß thalassemia alleles showed 15 different mutations, 4 of which corresponded to 84.3% of the ß thalassemia alleles, in the following proportions: 54.9% IVS-I-6 (T-»C), 15.2% IVS-I-5 (G-»C), 7.9% codon 39 (C-»T) and 6.1% IVS-I-1 (G»A). Other rare mutations were found and for the first time in Brazil, such as: IVS-II-849 (A-»G), poly-A (T?C), -29 (A?G), codon 30 (A-»C), IVS-I-2 (T-»C), IVS-II-837 (T-»G), codons 106/107 (+G), as well as IVS-I-5 (G-»A) and -88 (C-»T) mutations. A new mutation is also described: codon 12 (-C). We found 30 homozygous patients for the IVS-I-6 (T-»C) mutation, which showed a strong association with the ß gene haplotype VI. The IVS-I-5 (G-»C) mutation was related to the ß gene haplotype I, differently from that found in other populations studied (ß haplotype VII) where it is more prevalent, suggesting a different origin for this mutation in Brazil. The -a3.7 kb deletion was present in 4.2% of ß thalassemia homozygous patients and in 15.7% of the S/ß thalassemia patients, whereas the aaaanti3.7kb was found in 5.7% of them. The XmnI polymorphism was present in 6.1% of the homozygous ß thalassemia patients and in only 1.4% of the S/ß thalassemia individuals. In relation to the UGT1A1 allele, we found that patients with genotypes (TA) 7 / (TA) 7 and (TA) 7 / (TA) 8 showed higher levels of non-conjugated bilirrubin and seem to be more prone to developing gall stones. In Brazil, although the ethnic composition is markedly heterogeneous, the most common mutations are of Mediterranean origin; Pernambuco may be a curious exception to this, since around 16.0% of the thalassemia population have mutations of Asian origin and 10.8% of African origin. In conclusion, the diversity of the mutations found and their frequencies greatly differ from those found in other Brazilian populations studied previously, for example in the Southeast where only four thalassemia mutations are responsible for the majority (97%) of the thalassemia cases, although the commonest mutation is the ß039 (C-»T) / Mestrado / Ciencias Basicas / Doutor em Clínica Médica