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Comparação genotípica e fenotípica de diferentes isolados clínicos de colonização e candidemia por Candida rugosa / Genotypic and phenotypic comparisons among different clinical isolates of colonization and candidemia by Candida rugosa

Terçarioli, Gisela Ramos [UNIFESP] 29 July 2009 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:45Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-07-29. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:25:26Z : No. of bitstreams: 1 Publico-00231.pdf: 1784115 bytes, checksum: 4dcd9596246858abd2e260995c2c0ab4 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Introdução: Candida rugosa é um patógeno emergente que merece destaque pela sua maior ocorrência em países da América Latina. Esta levedura tem o potencial de colonizar e causar infecções de corrente sanguínea no homem, bem como de apresentar resistência a diversos antifúngicos, principalmente aos azólicos. Objetivos: comparar caracteres fenotípicos, como atributos de virulência e sensibilidade antifúngica, além de realizar identificação e tipagem molecular de isolados clínicos de C. rugosa obtidos de pacientes que desenvolveram candidemia, com cepas isoladas de pacientes que foram somente colonizados por esta espécie, sem desfecho de candidemia na internação. Também foi de nosso interesse avaliar tais diferenças entre as cepas provenientes de pacientes internados ao longo de dois períodos avaliados: 1995/96 e 2001/02. Material e Métodos: As cepas foram caracterizadas fenotipicamente quanto a fatores de virulência, incluindo a produção de enzimas extracelulares (proteinase, fosfolipase e lipase) e a formação de biofilme. Foram realizados teste de susceptibilidade a cinco antifúngicos pelo método de microdiluição em caldo, sendo eles: anfotericina B, fluconazol, voriconazol, caspofungina e anidulafungina. Para confirmação de espécie e avaliação de variabilidade genotípica, foram utilizadas as técnicas moleculares de RAPD, microssatélite e sequenciamento da região ITS (rRNA). Resultados: Observou-se grande variabilidade nos resultados referentes à produção de enzimas hidrolíticas. A população foi classificada, no geral, como baixa produtora de proteinase, não produtora de fosfolipase e baixa e média produtora de biofilme. A produção de lipase foi o único fator de virulência expresso de maneira considerável pelos isolados clínicos, destacando-se a alta produção desta enzima por cepas isoladas de sangue, sugerindo a importância da mesma no estabelecimento de infecção por C. rugosa. Com relação à sensibilidade aos antifúngicos, os isolados mostraram-se sensíveis a todas as drogas, exceto ao fluconazol. A avaliação dos resultados obtidos por 3 diferentes métodos moleculares demonstrou alto relacionamento filogenético entre os isolados clínicos, exceto pela cepa de referência a qual foi sempre posicionada em diferente cluster. A análise genotípica revelou similaridade de 90,5% entre todos os isolados, e de 87% para a cepa de referência ATCC1051 pela técnica de RAPD, e uma similaridade de 92% entre os isolados clínicos e de 86,5% para a cepa controle pelo método de microssatélite. O seqüenciamento da região ITS identificou todos os isolados como sendo C. rugosa, apresentando uma identidade que variou de 89% a 93% para os isolados clínicos, e 99% para a cepa de referência ATCC10571. Conclusões: Não foi possível estabelecer uma correlação direta entre a expressão de todos os fatores fenotípicos avaliados e o desfecho clínico dos pacientes, embora haja evidências importantes da atividade de lipase influenciando candidemia por C. rugosa. Sugere-se que houve uma disseminação clonal dos isolados de C. rugosa no ambiente hospitalar avaliado ao longo de vários anos. Adicionalmente, as diferenças genéticas encontradas entre os isolados clínicos e a cepa de referência ATCC10571, juntamente com algumas diferenças fenotípicas observadas exclusivamente nesta cepa, tais como alta produção de biofilme, macromorfologia acentuadamente rugosa e baixa atividade de lipase, indicam a possibilidade de heterogeneidade do táxon C. rugosa. / Introduction: Candida rugosa is an emergent pathogen recognized by its higher occurrence in Latin American countries. This yeast has the ability to colonize and cause human bloodstream infections as well as to show resistance to several antifungal drugs, specifically to azoles. Objectives: To compare phenotypic properties such as virulence attributes and antifungal susceptibility, as well as to perform molecular identification and typing of C. rugosa clinical isolates obtained from patients who were either colonized or developed candidemia due to this species during the hospitalization period. We were also interested in evaluating such differences among strains isolated across two different periods: 1995/96 and 2001/02. Material and Methods: The strains were phenotypically characterized according to virulence factors, including the production of extra cellular enzymes (protease, phospholipase and lipase) and biofilm formation. We performed susceptibility testing to 5 antifungal drugs by using broth microdilution: amphotericin B, fluconazole, voriconazole, caspofungin and anidulafungin. To confirm identification to the species level and evaluate genetic variability, we have employed RAPD, microsatelite and rDNA ITS region sequencing. Results: Phenotypic properties varied considerably among the isolates, specifically regarding to hydrolytic enzymes production. Most of the isolates were low proteinase producers. The strains were phospholipase negative and showed a not very expressive biofilm formation in general. Nevertheless, lipase production was the only virulence factor considerably expressed by the clinical isolates, specifically by blood strains, suggesting the importance of this attribute in C. rugosa infection. The strains were sensitive to all the antifungal drugs tested, except fluconazole. The clinical isolates were highly related as determined by 3 different methods. However the control strain ATCC10571 was considered genotipically very different Our isolates were 90.5% similar among them and 87% similar to C. rugosa control strain as determined by RAPD, and 92% similar among them and 86,5% similar to ATCC10571, as determined by microsatelite. All the isolates were identified as C. rugosa by ITS region sequencing. The percentage of similarity ranged from 89% to 93% for the clinical isolates, and 99% to C. rugosa ATCC10571. Conclusions: It was not possible to establish a direct relationship between the expression of all virulence properties and patients clinical outcomes. However there is mounting evidence that lipase activity influences candidemia due to C. rugosa. It is possible that clonal dissemination in the hospital environment have occurred throughout several years. In addition, the genetic differences found between our isolates C. rugosa control strain ATCC10571, together with the phenotypic differences observed, such as higher biofilm formation and rough colony morphology, as well as low lipase activity for this control strain, suggest the genetic heterogeneity among the taxon C. rugosa. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações
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Infecções simples e múltiplas por HPV em mulheres brasileiras de diferentes faixas etárias com lesões cervicais escamosas ou glandulares = Single and multiple HPV infections in Brazilian women of different age strata with squamous or glandular cervical lesions / Single and multiple HPV infections in Brazilian women of different age strata with squamous or glandular cervical lesions

Resende, Leandro Santos de Araújo, 1980- 10 January 2013 (has links)
Orientadores: Sophie Françoise Mauricette Derchain, Silvia Helena Rabelo dos Santos / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-23T16:29:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Resende_LeandroSantosdeAraujo_M.pdf: 1302928 bytes, checksum: f506f4299bc449aaf95e8a2b34d89201 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: Introdução: O câncer do colo uterino é o terceiro tipo mais prevalente no mundo e representa a quarta causa de morte por câncer entre as mulheres. No Brasil, estima-se que 17,540 mulheres foram diagnosticadas com essa neoplasia no ano de 2012. A infecção persistente pelo Papillomavirus humano (HPV) de alto risco (hr-HPV) e é considerada fator causal e necessário para lesões precursoras e câncer invasor. Já foram identificados mais de 100 tipos de HPVs. Os HPVs 16 e 18 são reconhecidos, no mundo, como os maiores responsáveis pelo desenvolvimento dessa doença. Objetivos: Descrever a prevalência e a distribuição, por idade, de infecções simples e múltiplas por diferentes tipos de HPV em mulheres com lesões cervicais escamosas e glandulares. Sujeitos e métodos: 328 mulheres com lesões escamosas, ou glandulares intraepiteliais ou invasoras do colo uterino. Todas as amostras foram submetidas à genotipagem por hibridização reversa com sondas de 21 tipos de HPV de alto risco (hr-HPV) e 16 tipos de HPV de baixo risco (lr-HPV). A prevalência de infecções simples e múltiplas pelo HPV foi comparada de acordo com as faixas etárias. Resultados: 287 (87%) mulheres apresentaram infecção por pelo menos um tipo de HPV e 149 (52%) tinham infecção múltipla. O HPV16 foi o tipo de vírus mais prevalente na amostra, detectado em 142 casos (49% de todos os casos positivos para HPV), seguido dos outros tipos de HPV do grupo alfa-9: HPVs 58, 52, 31, 35 e 33. Infecção simples ou múltipla pelo HPV18 foi positiva em 23 casos (8% dos casos de infecção por HPV de alto risco). Praticamente todas as lesões glandulares foram associadas à infecção simples por HPVs 16 e 18. Infecções múltiplas foram, significativamente, mais prevalentes nas lesões escamosas do que nas glandulares pelos HPVs 16 e 18 (P=0,04 e 0,03, respectivamente). A prevalência de infecções múltiplas seguiu um modelo de distribuição bimodal, com pico em mulheres com menos de 29 anos e naquelas com idade entre 50 e 59 anos. Conclusão: Esta amostra sugere que a estratégia para prevenção de lesões pré-invasivas e invasivas, escamosas ou glandulares, deve ser direcionada para o HPV16 e alguns tipos virais do grupo alfa-9. Ficou claro, na amostra deste estudo, que em mulheres jovens, a prevenção de infecção pelo HPV deve cobrir os HPVs 16 e 18, principalmente / Abstract: Background: Cervical cancer ranks third in prevalence and fourth as cause of death in women worldwide. In Brazil, 17,540 women were diagnosed in 2012 with the disease. Persistent infection with high-risk HPV types is a necessary condition for the development of pre-invasive and invasive cervical neoplasia. Currently, over 100 HPV types have been identified, but HPV16 and 18 are recognized as the mayor culprits in cervical carcinogenesis. Objectives: to assess the relationships between single- (ST) and multiple-type (MT) HPV infection with patients' age and lesion pathological status. Materials and Methods: 328 patients with either squamous or glandular intraepithelial or invasive cervical lesion were selected. All subjects were tested for HPV genotypes with reverse hybridization for 21 high- (hr-HPV) and 16 low-risk (lr-HPV) probes. Prevalence of ST and MT HPV infections was compared across and age strata. Results: 287 (87%) women had at least one HPV type detected and 149 (52%) had MT infections. The most prevalent HPV type was HPV16, present in 142 cases (49% of all HPV-positive cases), followed by the alpha-9 group HPV58, 52, 31, 35 and 33, all of them from alpha-9 HPV group. ST or MT HPV18, single or in multiple infections occurred in 23 cases (8% of hr-HPV cases). Almost all glandular lesions were associated with HPV16 and 18 alone. Multiple infections were significantly more prevalent in squamous than in glandular lesion for HPV16 and 18 (P=0.04 and 0.03 respectively). The prevalence of MT infections followed a bimodal distribution; peaking in women younger 29 years and in those aged 50 to 59. Conclusions: our data indicate that prevention strategies for pre-invasive and invasive squamous lesions should be focused on HPV16 and a few alpha-9 HPV types. It is clear to us that in young women, prophylaxis must cover a large amalgam of HPV types beyond classic HPV16 and 18 / Mestrado / Oncologia Ginecológica e Mamária / Mestre em Ciências da Saúde
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Prevalência e diversidade de beta-papilomavírus em amostras anogenitais e orais de homens do estudo HIM / Prevalence and diversity of beta-papillomavirus in anogenital and oral samples of males from the HIM study

Nunes, Emily Montosa 18 May 2016 (has links)
O papilomavírus humano (HPV) é transmitido principalmente através do contato sexual e a infecção por estes vírus está fortemente associada ao desenvolvimento de tumores do colo do útero, da vulva e do ânus em mulheres, câncer do pênis e do ânus em homens, assim como tumores da cabeça e pescoço em ambos os sexos. Também há estudos em andamento para estimar a proporção de câncer de pele não-melanoma que podem ser atribuíveis às infecções por tipos virais pertencentes aos ramos cutâneos da filogenia do HPV. Os beta- (beta-) HPV vem sendo predominantemente isolados de tecidos cutâneos e sugere-se que façam parte da flora comensal humana. Entretanto, pouco se sabe sobre o papel destes nos sítios de detecção, seja em indivíduos imunosuprimidos como imunocompetentes. A fim de compreender a história natural dos HPV em homens, o Estudo da Infecção por HPV em homens (HIM Study) foi desenhado e conduzido entre 2005 e 2013 no Brasil, México e Estados Unidos (EUA). Em sua primeira triagem de amostras genitais, observou-se que 14,7% eram positivas para HPV, entretanto não correspondia a nenhuma das 37 sondas tipo-específicas para detecção dos principais beta- HPV. Após um protocolo de PCR fazendo uso de iniciadores genéricos, seguido por sequenciamento, observou-se um elevado número de tipos virais cutâneos nessas amostras. Perante isso, os objetivos deste trabalho foram (1) Determinar a prevalência de 43 tipos de beta-HPV em 729 homens participantes do estudo HIM que forneceram amostras anogenitais e orais em mesma visita de seguimento; (2) Identificar fatores demográficos e sexuais independentemente associados com a detecção de DNA destes tipos de HPV nos diferentes sítios anatômicos analisados. Para atingi-los, utilizou-se a metodologia Luminex atualmente bem estabelecida para genotipagem de beta-HPV. Dentre os homens genotipados, 557 (77,7%), 389 (54,3%) e 210 (29,3%) foram positivos para algum tipo de beta-HPV no região genital, do canal anal e da cavidade oral, respectivamente. Os tipos de beta-HPV mais prevalentes foram HPV-21, -22, -24 e -38 em todos os sítios anatômicos. Homens residentes no EUA (OR = 0,55, 95% intervalo de confiança [IC] de 0,38-0,80) e Brasil (OR = 0,49, 95% CI 0,33-0,73) foram significativamente menos propensos a serem detectados com algum beta-HPV no canal anal, comparado aos residentes no México. A idade foi marginalmente associada à maior prevalência de HPV na região do canal anal sendo que de homens mais velhos (31-44 anos, OR = 1,30, 95% CI 0,93-1,82; 45-70 anos, OR = 1,59, 95% CI 0,98-2,58) foram mais propensos a serem positivos para DNA de beta-HPV, comparado a homens mais jovens (18-30 anos). A prevalência de algum beta-HPV na cavidade oral também foi significativamente associada ao país de residência e idade. Fumantes (OR = 0,50, 95% CI 0.32-0.80) foram significativamente menos propensos a serem positivos para beta-HPV na cavidade oral do que os homens que nunca fumaram. A ausência de associação entre a detecção de beta-HPV e comportamentos sexuais específicos sugere o contato digital e auto-inoculação como rotas alternativas de transmissão desses vírus / HPV is primarily transmitted by sexual contact and infection by these viruses is strongly associated with the development of tumors in the cervix, vulva and anus in women, cancer of the penis and anus in men, as well as tumors in the head and neck in both genders. There are also ongoing studies ongoing to estimate the proportion of nonmelanoma skin cancer that may be attributable to infection by viral types from cutaneous branches of the phylogeny of HPV. Human beta papillomaviruses (beta-HPV) have been predominantly isolated from cutaneous tissues, and are thought to be part of the commensal flora. However, the role of beta-HPV detection in these sites is unknown, whether in immunosuppressed or immunocompetent individuals. In order to understand the natural history of HPV in men, the HPV Infection in Men Study (HIM Study) was designed and conducted between 2005 and 2013 in Brazil, Mexico and the United States (US). In a first screening of genital samples, it was observed that 14.7% were positive for HPV, but did not correspond to neither 37 type-specific probes for detection of major ?-HPVs. After a PCR protocol using of generic primers followed by sequencing, we observed a large number of cutaneous HPV types in these samples. For this reason, the objectives of this study were (1) To determine the prevalence of 43 types of beta-HPV in 729 male participants of the HIM study provided anogenital and oral samples in the same follow-up visit; (2) To identify demographic and sexual factors independently associated with DNA detection of these types of HPV in different anatomical sites analyzed. To achieve these objectives we used the currently well-established Luminex methodology for beta-HPV genotyping. Overall, 557 (77.7%), 389 (54.3%) and 210 (29.3%) men were positive for any beta-HPV type at the genital, anal canal and oral cavity, respectively. The most prevalent beta-HPV types were HPV-21, -22, -24 and -38 within all anatomic sites. Men from the US (OR= 0.55, 95% Confidence Interval [CI] 0.38-0.80) and Brazil (OR=0.49, 95% CI 0.33-0.73) were significantly less likely to have any beta-HPV at the anal canal than men from Mexico. Age was marginally associated with anal HPV prevalence with older men (31-44 years, OR=1.30, 95% CI 0.93-1.82; 45-70 years, OR=1.59, 95% CI 0.98-2.58) being more likely to have any beta-HPV at the anal canal compared to younger men (18-30 years). Prevalence of any beta-HPV at the oral cavity was also significantly associated with country of origin and age. Current (OR=0.50, 95% CI 0.32-0.80) smokers were significantly less likely to have beta-HPV at the oral cavity than men that never smoked. Lack of associations between beta- HPV detection and specific sexual behaviors suggests digital contact and autoinoculation as surrogate routes of transmission of these viruses
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Genotipagem do Papilomavírus Humano  (HPV) nos casos de câncer do colo uterino do Instituto do Câncer do Estado de São Paulo no período de 2008 a 2012 / Genotyping of Human Papillomavirus (HPV) in uterine cervical cancer patients of the Cancer Institute of the State of São Paulo in the period from 2008 to 2012

Maria Luiza Nogueira Dias Genta 30 August 2016 (has links)
INTRODUÇÃO: O câncer do colo uterino é a terceira neoplasia maligna que mais afeta as mulheres brasileiras e, quando não detectada precocemente, apresenta prognóstico reservado. O câncer do colo uterino é consequência da infecção pelo Papilomavírus humano (HPV). Pouco é conhecido sobre a influência dos genótipos do HPV na apresentação clínica e o seu impacto na taxa de sobrevida no câncer do colo uterino. Os objetivos do estudo foram identificar os genótipos de HPV no tecido tumoral da população atendida no Instituto do Câncer do Estado de São Paulo e associar os genótipos de HPV aos fatores de risco conhecidos para o câncer do colo uterino. MÉTODOS: Foram incluídas mulheres com diagnóstico de câncer do colo uterino atendidas no Instituto do Câncer do Estado de São Paulo (ICESP) entre maio de 2008 e junho de 2012. A análise do material tumoral parafinado confirmou histologicamente o diagnóstico de câncer do colo uterino. O DNA tumoral foi extraído de três fragmentos de 10?m de espessura do bloco de parafina de carcinoma do colo uterino e submetido ao ensaio clínico Onclarity (sistema automatizado da BD Viper LT) para detecção e genotipagem do HPV. Idade ao diagnóstico, estadiamento clínico, tipo histológico e tempo de sobrevida foram obtidos a partir de registros do prontuário até dezembro de 2015. RESULTADOS: Foram analisadas 414 pacientes. As frequências dos genótipos estudados foram HPV16 (54%) HPV18(9%), HPV33-­58 (6%), HPV45 (5%), HPV31 (3%), HPV39-­68-­ 35 (3%), HPV59-­56-­66(3%), HPV52 (2%) e HPVnegativo (14%). A idade da população estudada variou de 17 a 87 anos, com média etária de 50,8 (DP=13,8 anos). Os tipos histológicos foram carcinoma de células escamosas (75%), adenocarcinoma (21%) e outros tipos histológicos (4%). Conforme o estadiamento clínico adotado pela FIGO (2009), 35% foi classificado como 1A1, 1A2 e 1B1, 17% como 1B2 e 2A e 48% como 2B a 4B. O genótipo do HPV apresentou distribuição diferente quanto à idade ao diagnóstico, tipo histológico e estadiamento. A mediana do tempo de sobrevida global desta coorte de pacientes com câncer do colo uterino foi de 37 meses [12-­53 meses]. A sobrevida global acumulada em 5 anos após o diagnóstico de câncer do colo uterino foi de 55%. Ocorreram 119 (38%) óbitos no período e 133 (42%) recidivas subdivididas em três grupos: local (12%), regional (30%) e à distância (58%). Curvas de sobrevida de Kaplan-­Meier e estatística de Log-­rank demonstraram que os genótipos de HPV 16 e 18 (59%) não se relacionaram a um pior prognóstico em comparação com outros genótipos de HPV (41%) (P=0,17). Idade ao diagnóstico, estadiamento clínico, tipo histológico, invasão vascular, metástase linfonodal, tamanho do tumor e os genótipos HPV16, HPV18 e HPVoutros foram analisados individualmente em um modelo de regressão de Cox. O genótipo do HPV se associou a pior taxa de sobrevida global apenas quando detectado mais de um HPV no material tumoral analisado. CONCLUSÃO: Apesar das diferentes distribuições dos os genótipos do HPV quanto à idade ao diagnóstico, tipo histológico e estadiamento, o genótipo do HPV não se mostrou como fator prognóstico independente no câncer do colo uterino / INTRODUCTION: Uterine cervical cancer is the third most common malignant neoplasm affecting Brazilian women. Prognosis is poor when diagnosis is delayed. Cervical cancer is a consequence of human papillomavirus (HPV) infection. Little is known about the influence of HPV genotypes in Brazil and its impact on cancer survival rate The purpose of the present study were to identify HPV genotypes of tumoral tissue from the affected population and to examine the association between HPV genotype and traditional cervical cancer risk factors. METHODS: Women diagnosed with cervical cancer at the Cancer Institute of the State of São Paulo (ICESP) between May 2008 and June 2012 were included in the study. Tumor specimens were reviewed to confirm the diagnosis of cervical cancer. Tumor DNA was extracted from three 10?m-­thick paraffin block fragments of each subject. HPV genotype was detected using the Onclarity system (BD Viper LT automated system). Age at diagnosis, clinical staging, histological type and survival time were obtained from the hospital electronic data records until December 2015. RESULTS: 414 patients were analyzed. The HPV genotypes studied were HPV16 (54%) HPV18 (9%), HPV33-­58 (6%), HPV45 (5%), HPV31 (3%), HPV39-­68-­35 (3%), HPV59-­56-­ 66(3%), HPV52 (2%) and HPVnegative (14%). The age of the study population ranged from 17 to 87 years, mean age= 50.8 (SD=13.8 years). Histological types were classified as squamous cell carcinoma (75%), adenocarcinoma (21%) and other histological types (4%). According to the 2009 FIGO clinical staging, 35% were classified as 1A1, 1A2 and 1B1, 1B2 and 17% as 2A and 48% as 2B the 4B. HPV genotypes showed different distributions regarding age, histologic tumor types and clinical staging. The median overall survival time was 37 months [12-­53 months]. The cumulative overall survival at 5 years after diagnosis of cervical cancer was 55%. There were 119 (38%) deaths during the study period and 133 (42%) recurrences subdivided into three groups: local (12%), regional (30%) and distant (58%). Kaplan-­Meier survival curves and Log-­rank statistics showed that HPV 16/18 (59%) did not influence prognosis compared to other HPV subtypes (41%) (P=0.17). Age at diagnosis, clinical stage, histological type, vascular invasion, lymph node metastasis, tumor size and HPV16 genotypes, HPV18 and HPVothers were individually analyzed in a Cox regression model. HPV genotype was associated with poorer overall survival rate only when multiple HPV infection was detected in the tumoral specimen. CONCLUSION: Although HPV genotype showed different distribution regarding age at diagnosis, histological type and clinical staging, HPV genotype was not an independent prognostic factor of cervical cancer in the study population
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Genotipagem do Papilomavírus Humano  (HPV) nos casos de câncer do colo uterino do Instituto do Câncer do Estado de São Paulo no período de 2008 a 2012 / Genotyping of Human Papillomavirus (HPV) in uterine cervical cancer patients of the Cancer Institute of the State of São Paulo in the period from 2008 to 2012

Genta, Maria Luiza Nogueira Dias 30 August 2016 (has links)
INTRODUÇÃO: O câncer do colo uterino é a terceira neoplasia maligna que mais afeta as mulheres brasileiras e, quando não detectada precocemente, apresenta prognóstico reservado. O câncer do colo uterino é consequência da infecção pelo Papilomavírus humano (HPV). Pouco é conhecido sobre a influência dos genótipos do HPV na apresentação clínica e o seu impacto na taxa de sobrevida no câncer do colo uterino. Os objetivos do estudo foram identificar os genótipos de HPV no tecido tumoral da população atendida no Instituto do Câncer do Estado de São Paulo e associar os genótipos de HPV aos fatores de risco conhecidos para o câncer do colo uterino. MÉTODOS: Foram incluídas mulheres com diagnóstico de câncer do colo uterino atendidas no Instituto do Câncer do Estado de São Paulo (ICESP) entre maio de 2008 e junho de 2012. A análise do material tumoral parafinado confirmou histologicamente o diagnóstico de câncer do colo uterino. O DNA tumoral foi extraído de três fragmentos de 10?m de espessura do bloco de parafina de carcinoma do colo uterino e submetido ao ensaio clínico Onclarity (sistema automatizado da BD Viper LT) para detecção e genotipagem do HPV. Idade ao diagnóstico, estadiamento clínico, tipo histológico e tempo de sobrevida foram obtidos a partir de registros do prontuário até dezembro de 2015. RESULTADOS: Foram analisadas 414 pacientes. As frequências dos genótipos estudados foram HPV16 (54%) HPV18(9%), HPV33-­58 (6%), HPV45 (5%), HPV31 (3%), HPV39-­68-­ 35 (3%), HPV59-­56-­66(3%), HPV52 (2%) e HPVnegativo (14%). A idade da população estudada variou de 17 a 87 anos, com média etária de 50,8 (DP=13,8 anos). Os tipos histológicos foram carcinoma de células escamosas (75%), adenocarcinoma (21%) e outros tipos histológicos (4%). Conforme o estadiamento clínico adotado pela FIGO (2009), 35% foi classificado como 1A1, 1A2 e 1B1, 17% como 1B2 e 2A e 48% como 2B a 4B. O genótipo do HPV apresentou distribuição diferente quanto à idade ao diagnóstico, tipo histológico e estadiamento. A mediana do tempo de sobrevida global desta coorte de pacientes com câncer do colo uterino foi de 37 meses [12-­53 meses]. A sobrevida global acumulada em 5 anos após o diagnóstico de câncer do colo uterino foi de 55%. Ocorreram 119 (38%) óbitos no período e 133 (42%) recidivas subdivididas em três grupos: local (12%), regional (30%) e à distância (58%). Curvas de sobrevida de Kaplan-­Meier e estatística de Log-­rank demonstraram que os genótipos de HPV 16 e 18 (59%) não se relacionaram a um pior prognóstico em comparação com outros genótipos de HPV (41%) (P=0,17). Idade ao diagnóstico, estadiamento clínico, tipo histológico, invasão vascular, metástase linfonodal, tamanho do tumor e os genótipos HPV16, HPV18 e HPVoutros foram analisados individualmente em um modelo de regressão de Cox. O genótipo do HPV se associou a pior taxa de sobrevida global apenas quando detectado mais de um HPV no material tumoral analisado. CONCLUSÃO: Apesar das diferentes distribuições dos os genótipos do HPV quanto à idade ao diagnóstico, tipo histológico e estadiamento, o genótipo do HPV não se mostrou como fator prognóstico independente no câncer do colo uterino / INTRODUCTION: Uterine cervical cancer is the third most common malignant neoplasm affecting Brazilian women. Prognosis is poor when diagnosis is delayed. Cervical cancer is a consequence of human papillomavirus (HPV) infection. Little is known about the influence of HPV genotypes in Brazil and its impact on cancer survival rate The purpose of the present study were to identify HPV genotypes of tumoral tissue from the affected population and to examine the association between HPV genotype and traditional cervical cancer risk factors. METHODS: Women diagnosed with cervical cancer at the Cancer Institute of the State of São Paulo (ICESP) between May 2008 and June 2012 were included in the study. Tumor specimens were reviewed to confirm the diagnosis of cervical cancer. Tumor DNA was extracted from three 10?m-­thick paraffin block fragments of each subject. HPV genotype was detected using the Onclarity system (BD Viper LT automated system). Age at diagnosis, clinical staging, histological type and survival time were obtained from the hospital electronic data records until December 2015. RESULTS: 414 patients were analyzed. The HPV genotypes studied were HPV16 (54%) HPV18 (9%), HPV33-­58 (6%), HPV45 (5%), HPV31 (3%), HPV39-­68-­35 (3%), HPV59-­56-­ 66(3%), HPV52 (2%) and HPVnegative (14%). The age of the study population ranged from 17 to 87 years, mean age= 50.8 (SD=13.8 years). Histological types were classified as squamous cell carcinoma (75%), adenocarcinoma (21%) and other histological types (4%). According to the 2009 FIGO clinical staging, 35% were classified as 1A1, 1A2 and 1B1, 1B2 and 17% as 2A and 48% as 2B the 4B. HPV genotypes showed different distributions regarding age, histologic tumor types and clinical staging. The median overall survival time was 37 months [12-­53 months]. The cumulative overall survival at 5 years after diagnosis of cervical cancer was 55%. There were 119 (38%) deaths during the study period and 133 (42%) recurrences subdivided into three groups: local (12%), regional (30%) and distant (58%). Kaplan-­Meier survival curves and Log-­rank statistics showed that HPV 16/18 (59%) did not influence prognosis compared to other HPV subtypes (41%) (P=0.17). Age at diagnosis, clinical stage, histological type, vascular invasion, lymph node metastasis, tumor size and HPV16 genotypes, HPV18 and HPVothers were individually analyzed in a Cox regression model. HPV genotype was associated with poorer overall survival rate only when multiple HPV infection was detected in the tumoral specimen. CONCLUSION: Although HPV genotype showed different distribution regarding age at diagnosis, histological type and clinical staging, HPV genotype was not an independent prognostic factor of cervical cancer in the study population
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Prevalência e diversidade de beta-papilomavírus em amostras anogenitais e orais de homens do estudo HIM / Prevalence and diversity of beta-papillomavirus in anogenital and oral samples of males from the HIM study

Emily Montosa Nunes 18 May 2016 (has links)
O papilomavírus humano (HPV) é transmitido principalmente através do contato sexual e a infecção por estes vírus está fortemente associada ao desenvolvimento de tumores do colo do útero, da vulva e do ânus em mulheres, câncer do pênis e do ânus em homens, assim como tumores da cabeça e pescoço em ambos os sexos. Também há estudos em andamento para estimar a proporção de câncer de pele não-melanoma que podem ser atribuíveis às infecções por tipos virais pertencentes aos ramos cutâneos da filogenia do HPV. Os beta- (beta-) HPV vem sendo predominantemente isolados de tecidos cutâneos e sugere-se que façam parte da flora comensal humana. Entretanto, pouco se sabe sobre o papel destes nos sítios de detecção, seja em indivíduos imunosuprimidos como imunocompetentes. A fim de compreender a história natural dos HPV em homens, o Estudo da Infecção por HPV em homens (HIM Study) foi desenhado e conduzido entre 2005 e 2013 no Brasil, México e Estados Unidos (EUA). Em sua primeira triagem de amostras genitais, observou-se que 14,7% eram positivas para HPV, entretanto não correspondia a nenhuma das 37 sondas tipo-específicas para detecção dos principais beta- HPV. Após um protocolo de PCR fazendo uso de iniciadores genéricos, seguido por sequenciamento, observou-se um elevado número de tipos virais cutâneos nessas amostras. Perante isso, os objetivos deste trabalho foram (1) Determinar a prevalência de 43 tipos de beta-HPV em 729 homens participantes do estudo HIM que forneceram amostras anogenitais e orais em mesma visita de seguimento; (2) Identificar fatores demográficos e sexuais independentemente associados com a detecção de DNA destes tipos de HPV nos diferentes sítios anatômicos analisados. Para atingi-los, utilizou-se a metodologia Luminex atualmente bem estabelecida para genotipagem de beta-HPV. Dentre os homens genotipados, 557 (77,7%), 389 (54,3%) e 210 (29,3%) foram positivos para algum tipo de beta-HPV no região genital, do canal anal e da cavidade oral, respectivamente. Os tipos de beta-HPV mais prevalentes foram HPV-21, -22, -24 e -38 em todos os sítios anatômicos. Homens residentes no EUA (OR = 0,55, 95% intervalo de confiança [IC] de 0,38-0,80) e Brasil (OR = 0,49, 95% CI 0,33-0,73) foram significativamente menos propensos a serem detectados com algum beta-HPV no canal anal, comparado aos residentes no México. A idade foi marginalmente associada à maior prevalência de HPV na região do canal anal sendo que de homens mais velhos (31-44 anos, OR = 1,30, 95% CI 0,93-1,82; 45-70 anos, OR = 1,59, 95% CI 0,98-2,58) foram mais propensos a serem positivos para DNA de beta-HPV, comparado a homens mais jovens (18-30 anos). A prevalência de algum beta-HPV na cavidade oral também foi significativamente associada ao país de residência e idade. Fumantes (OR = 0,50, 95% CI 0.32-0.80) foram significativamente menos propensos a serem positivos para beta-HPV na cavidade oral do que os homens que nunca fumaram. A ausência de associação entre a detecção de beta-HPV e comportamentos sexuais específicos sugere o contato digital e auto-inoculação como rotas alternativas de transmissão desses vírus / HPV is primarily transmitted by sexual contact and infection by these viruses is strongly associated with the development of tumors in the cervix, vulva and anus in women, cancer of the penis and anus in men, as well as tumors in the head and neck in both genders. There are also ongoing studies ongoing to estimate the proportion of nonmelanoma skin cancer that may be attributable to infection by viral types from cutaneous branches of the phylogeny of HPV. Human beta papillomaviruses (beta-HPV) have been predominantly isolated from cutaneous tissues, and are thought to be part of the commensal flora. However, the role of beta-HPV detection in these sites is unknown, whether in immunosuppressed or immunocompetent individuals. In order to understand the natural history of HPV in men, the HPV Infection in Men Study (HIM Study) was designed and conducted between 2005 and 2013 in Brazil, Mexico and the United States (US). In a first screening of genital samples, it was observed that 14.7% were positive for HPV, but did not correspond to neither 37 type-specific probes for detection of major ?-HPVs. After a PCR protocol using of generic primers followed by sequencing, we observed a large number of cutaneous HPV types in these samples. For this reason, the objectives of this study were (1) To determine the prevalence of 43 types of beta-HPV in 729 male participants of the HIM study provided anogenital and oral samples in the same follow-up visit; (2) To identify demographic and sexual factors independently associated with DNA detection of these types of HPV in different anatomical sites analyzed. To achieve these objectives we used the currently well-established Luminex methodology for beta-HPV genotyping. Overall, 557 (77.7%), 389 (54.3%) and 210 (29.3%) men were positive for any beta-HPV type at the genital, anal canal and oral cavity, respectively. The most prevalent beta-HPV types were HPV-21, -22, -24 and -38 within all anatomic sites. Men from the US (OR= 0.55, 95% Confidence Interval [CI] 0.38-0.80) and Brazil (OR=0.49, 95% CI 0.33-0.73) were significantly less likely to have any beta-HPV at the anal canal than men from Mexico. Age was marginally associated with anal HPV prevalence with older men (31-44 years, OR=1.30, 95% CI 0.93-1.82; 45-70 years, OR=1.59, 95% CI 0.98-2.58) being more likely to have any beta-HPV at the anal canal compared to younger men (18-30 years). Prevalence of any beta-HPV at the oral cavity was also significantly associated with country of origin and age. Current (OR=0.50, 95% CI 0.32-0.80) smokers were significantly less likely to have beta-HPV at the oral cavity than men that never smoked. Lack of associations between beta- HPV detection and specific sexual behaviors suggests digital contact and autoinoculation as surrogate routes of transmission of these viruses
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Caracterização molecular de Trypanosoma cruzi em pacientes com doença de Chagas sem e com imunodepressão (infecção por HIV e transplante de órgãos) / Molecular characterization of Trypanosoma cruzi in patients with Chagas\' disease with and without immunesuppression (HIV infection and organ transplantation)

Silva, Sheila Cristina Vicente da 09 September 2015 (has links)
A doença de Chagas é caracterizada por um amplo espectro de manifestações clínicas, que vão desde a ausência de sintomas à doença grave com comprometimento cardíaco e/ou digestivo. A influência do parasito, Trypanosoma cruzi (T. cruzi), agente etiológico da doença, nessas apresentações clínicas têm sido largamente estudada, não se tendo demonstrado o papel da diversidade genética de populações de T. cruzi na determinação das diferentes formas clínicas em humanos. Este trabalho teve como objetivos: a) geral: analisar as características moleculares de T. cruzi em pacientes com doença de Chagas com e sem imunodepressão (infecção por HIV e transplante de órgãos com e sem reativação); b) específicos: 1. Analisar comparativamente isolados do parasito quanto à distribuição em DTU; 2. Relacionar os resultados obtidos pela análise molecular do gene ND7 com a forma clínica e origem; 3. Avaliar por LSSP-PCR a variabilidade da sequência do kDNA de T. cruzi diretamente de amostras biológicas assim como em isolados de T. cruzi obtidos pelos exames de hemocultura/xenodiagnóstico; 4. Comparar os padrões polimórficos obtidos por LSSP-PCR em amostras repetidas de um mesmo paciente no mesmo sítio ou distintos sítios biológicos. Foram incluídos, após aprovação do protocolo na CAPPesq e mediante assinatura de TCLE, 106 pacientes com doença de Chagas crônica ou com imunossupressão, provenientes dos ambulatórios e enfermarias do HCFMUSP, além de 75 indivíduos controle, com provas sorológicas e moleculares negativas. Foram analisadas 187 amostras isoladas de hemocultura/xenodiagnóstico e 236 diretamente de amostras sanguíneas de pacientes. Os seguintes grupos foram constituídos: Agudo-AG, Crônico-CR, Crônico Imunodeprimido-CRI (doenças autoimunes/neoplasias), Coinfecção-CO (infecção por HIV/T.cruzi), Coinfecção-CO/RE (infecção por HIV/T.cruzi e reativação da doença de Chagas), Transplantado-TX, Transplantado-TX/RE (Transplantado com reativação da doença de Chagas). Foram identificados DTU TcI, TcV, TcVI e em maior número TcII, por ensaios de tipagem molecular do parasito, com distribuição estatisticamente significantemente de acordo com a naturalidade dos pacientes (P=0,013). Quanto ao gene ND7, observou-se que a banda de ~900 bp ocorreu em 83,0% das amostras das regiões norte, nordeste, centro-oeste e Bolívia e a de ~400pb em 54% das amostras nas regiões sul e sudeste brasileiras sendo esta diferença estatisticamente significante (P < 0,001). A comparação dos perfis observados por LSSP-PCR a partir de amostras extraídas diretamente do sangue e de isolados obtidos de hemocultura/xenodiagnóstico mostrou maior variabilidade em amostras sanguíneas, confirmada pelo dendrograma. Adicionalmente, o estudo de amostras repetidas do mesmo paciente permitiu confirmar a maior variabilidade nas amostras diretamente extraídas do sangue, com mudança dos padrões durante e após o tratamento com reaparecimento de perfis antigos não presentes no período prétratamento imediato, além de presença de perfis diferentes em distintos sítios biológicos do mesmo paciente. O encontro de DTU diferentes de TcII nos grupos CR/CRI e AG enfatiza a necessidade de atentar para a diferença em limiares de reatividade segundo DTU na análise da parasitemia por PCRq (quantitativa), conforme registrado na literatura. Os dados observados por LSSP-PCR acrescentam informações adicionais não revelados por tipagem molecular, representando novos desafios para o entendimento da relação hospedeiro-parasito em pacientes com doença de Chagas sem e com imunossupressão, ao lado de fatores como nível de parasitemia e pressão seletiva de medicamentos antiparasitários e imunossupressores / Chagas\' disease is characterized by a broad spectrum of clinical manifestations, ranging from asymptomatic cases to severe cardiovascular and/or gastrointestinal involvement. The clinical presentations are thought to be determined primarily by genetic diversity of populations of Trypanosoma cruzi (T. cruzi), but no correlation was clearly demonstrated yet. This study aimed to: a) general: to analyze the molecular characteristics of T. cruzi in patients with Chagas\' disease with and without immunosuppression (HIV infection and organ transplantation with or without reactivation); b) specifics: 1.To analyze comparatively isolates from the parasite as for the distribution in DTU; 2. To describe the results obtained by molecular analysis of gene ND7 in relationship with the clinical form and origin; 3. To assess by LSSP-PCR the variability of the sequence of the T. cruzi kDNA directly from biological samples, as well as in T. cruzi isolates obtained by examination of blood culture/xenodiagnosis; 4. To compare the polymorphic patterns obtained by LSSP-PCR in repeated samples of the same patient on the same site or different biological sites. After approval of the protocol in CAPPesq and by signing an informed consent, 106 patients with chronic Chagas disease or immunosuppression, from the HCFMUSP\'s clinics and wards, and 75 control subjects with negative serological and molecular tests were included. They were analyzed 187 isolated samples from blood culture/xenodiagnosis and 236 directly from blood samples of patients. The following groups were formed: Acute-AC, Chronic-CR, Chronic immunocompromised-CRI (autoimmune diseases/ neoplasms), Coinfection-CO (HIV/T. cruzi infection), Coinfection-CO/RE (HIV/T. cruzi and reactivation of Chagas disease), Transplantation-TX, Transplantation-TX/RE (Transplantation/ with reactivation of Chagas\' disease). DTU TcI, TcV, TcVI and higher TcII number were identified for molecular typing assays of the parasite and the distribution of DTU was statistically significant according to patient´s naturality (P=0.013). As for ND7 gene, was observed that the band of ~ 900 bp was prevalent in 83% of the samples in the North, Northeast, Midwest regions and Bolivia and the band of ~400bp occurred in 54% of the samples of Brazilian\' South and Southeast regions, this distribution was statistically significant (P < 0.001). The comparison between the profiles observed by LSSP-PCR from samples taken directly from blood and isolates obtained from blood culture/xenodiagnosis showed greater variability in blood samples, confirmed by dendrogram. Additionally, the study of repeated samples from the same patient allowed to confirm the greater variability in blood samples taken directly, with changing patterns during and after the treatment with reappearance of old profiles not present in the immediate pre-treatment period, and the presence of different profiles at different biological sites in the same patient. The presence of other DTUs than TcII in chronic and chronic immunosuppressed patients and AC groups emphasizes the need to pay attention to the different reactivity thresholds for the various DTU in the analysis of parasitaemia by PCRq (quantitative), according to the data registered in the literature. The results observed by LSSP-PCR add further information not revealed by molecular typing, representing new challenges for the understanding of the host-parasite relationship in patients with Chagas\' disease with and without immunosuppression, alongside factors such as level of parasitaemia and selective pressure of antiparasitic drugs and immunosuppressive
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Reinfecção experimental de camundongos Balb/c por cepas geneticamente distintas de Toxoplasma gondii / Experimental reinfection of Balb/c mice by genetically distinct strains of Toxoplasma gondii

Santos, Talita Caroline Coelho dos 08 January 2018 (has links)
A infecção por Toxoplasma gondii, em hospedeiros imunocompetentes, resulta no desenvolvimento de anticorpos específicos e resposta imune celular que, frequentemente, induzem imunidade protetora e duradoura, prevenindo reinfecção. Entretanto, casos de toxoplasmose congênita em mulheres imunocompetentes em fase crônica de infecção indicam a possibilidade de reinfecção em humanos. Em modelos experimentais, reinfecção por T.gondii já foi descrita em casos de infecção por cepa de genótipo distinto ao da infecção primária e por cepas recombinantes, porém os estudos envolvendo genótipos clonais, em modelo murino, restringem-se à utilização de cepas do genótipo II na infecção primária, com desafio subsequente por cepas do mesmo genótipo, ou dos genótipos I e III, com ausência de informações sobre as cepas do tipo III, que correspondem ao genótipo de maior frequência e distribuição mundial. Procuramos explorar vários modelos de infecção sequencial com cepas clonais dos tipos I, II e III, buscando dados mais consistentes para compreensão dos seguintes questionamentos: (i) A infecção primária por um genótipo de T.gondii é capaz de proteger o hospedeiro da reinfecção por genótipo distinto? (ii) A imunidade induzida pela infecção primária pode prevenir a progressão da infecção causada pela cepa secundária, impedindo doença aguda e mortalidade dos animais? (iii) A imunidade da infecção primária previne a colonização do cérebro por cistos teciduais da cepa secundária? Nossos dados mostram que a imunidade induzida pela infecção primária por cepas clonais de T.gondii não protege o hospedeiro da reinfecção por cepa de genótipo distinto, já que foram detectados anticorpos contra as cepas das infecções primária e secundária em todos os modelos propostos. Somente a imunidade induzida pela infecção primária por cepa do tipo III foi capaz de prevenir a progressão da infecção secundária causada pelas cepas do tipo I e do tipo II, impedindo a mortalidade e colonização do cérebro dos animais por cistos teciduais da cepa secundária. Esses achados são extremamente importantes para auxiliar estudos vacinais e terapêuticos da toxoplasmose. / Toxoplasma gondii infection in immunocompetent hosts results in the development of specific antibodies and cellular immune responses that often induce protective and lifelong immunity, preventing reinfection. However, cases of congenital toxoplasmosis in immunocompetent women at a chronic phase of infection indicate the possibility of reinfection in humans. In experimental models, reinfection by T.gondii has been described in cases of infection by genotype distinct from that of primary infection and by recombinant strains, but studies involving clonal genotypes in the murine model are restricted to the use of type II genotype in primary infection, with subsequent challenge by strains of the same genotype, or genotypes I and III, without information about type III strains, which correspond to the genotype with the highest frequency and worldwide distribution. We explore several models of sequential infection with clonal strains of types I, II and III, looking for more consistent data to understand the following questions: (i) Primary infection by a T.gondii genotype is able to protect the host from reinfection by different genotype? (ii) Does the immunity induced by the primary infection prevent the progression of infection caused by the secondary strain, preventing acute disease and animal mortality? (iii) Does the immunity of primary infection prevent colonization of the brain by tissue cysts of the secondary strain? Our data show that the immunity induced by primary infection by T.gondii clonal strains does not protect the host from reinfection by a distinct genotype strain, since antibodies against the strains of primary and secondary infections were detected in all proposed models. Only the immunity induced by the primary infection by type III strain was able to prevent the progression of the secondary infection caused by type I and type II strains, preventing the mortality and colonization of the brains of the animals by tissue cysts of the secondary strain. These findings are extremely important to support vaccine and therapeutic studies of toxoplasmosis.
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Frequência alélica do polimorfismo de nucleotídeo único c.421G>T no gene ADAMTS2, responsável pela dermatosparaxia em ovinos White Dorper / Allelic frequency of single nucleotide polymorphism c.421G>T in the ADAMTS2 gene, responsible for dermatosparaxis in White Dorper sheep

Andrade, Danilo Giorgi Abranches de [UNESP] 09 February 2017 (has links)
Submitted by Danilo Giorgi Abranches de Andrade null (dgaandrade@fmvz.unesp.br) on 2017-02-23T14:17:39Z No. of bitstreams: 1 dissertacao_danilo_g_a_andrade.pdf: 2560202 bytes, checksum: d847a79e450a463626e2d953a46fcc54 (MD5) / Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-03-02T14:45:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 andrade_dga_me_bot.pdf: 2560202 bytes, checksum: d847a79e450a463626e2d953a46fcc54 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-02T14:45:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 andrade_dga_me_bot.pdf: 2560202 bytes, checksum: d847a79e450a463626e2d953a46fcc54 (MD5) Previous issue date: 2017-02-09 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Dermatosparaxia é uma enfermidade autossômica recessiva do tecido conjuntivo caracterizada clinicamente por fragilidade e hiperextensibilidade cutâneas. Estas características impedem que o animal seja mantido no sistema de criação, sendo descartado na maioria dos casos. Descrita em diversas espécies, a dermatosparaxia foi relatada também em algumas raças de ovinos. O polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) c.421G>T no gene ADAMTS2 (a disintegrin and metalloproteinase with thrombospondin type I motif, 2), em homozigose, é responsável pela enfermidade em ovinos da raça White Dorper. Recentemente a doença foi descrita no Brasil, contudo acredita-se que possa ter sido subdiagnosticada, uma vez que a enfermidade já foi descrita em diversos países. O objetivo desta pesquisa foi estimar a frequência alélica do SNP c.421G>T no gene ADAMTS2 em ovinos da raça White Dorper do estado de São Paulo a partir de uma metodologia diagnóstica que utilizasse a reação em cadeia da polimerase (PCR) seguida do sequenciamento direto da região desse SNP. Neste estudo, foram coletadas amostras de sangue para extração do DNA de 303 ovinos da raça White Dorper. Após a extração do DNA, realizou-se PCR para amplificar a região do SNP e, então, o sequenciamento genético para determinar sua presença no gene ADAMTS2. A frequência alélica do SNP na população estudada foi de 7,8%. Este resultado indica que as medidas de controle devem ser adotadas para prevenir a propagação do SNP c.421G>T no gene ADAMTS2 nos rebanhos de ovinos White Dorper brasileiros. / Dermatosparaxis is an autosomal recessive disorder of the connective tissue; the disorder is clinically characterized by skin fragility and hyperextensibility. These skin defects prevent affected animals from entering the breeding system because they are either discarded or removed from their usual activities. Described in several species, dermatosparaxis has also been reported in some sheep breeds. The single nucleotide polymorphism (SNP) c.421G>T in the ADAMTS2 (a disintegrin and metalloproteinase with thrombospondin type I motif, 2) gene, in homozygosity, is responsible for the disease in White Dorper sheep. Recently the disorder was described in Brazil, however, it might have been underdiagnosed since the disease has already been described in many countries. The aim of this study was to estimate the allelic frequency of SNP c.421G>T in the ADAMTS2 gene in the White Dorper herd of Sao Paulo state, Brazil using a diagnostic methodology with polymerase chain reaction (PCR) and then direct sequencing of the SNP region. In this study, we collected blood DNA samples from 303 White Dorper sheep and performed PCR to amplify the SNP region. The samples were sequenced to determine the presence of the SNP in the ADAMTS2 gene. The allelic frequency of the SNP in the studied population was 7.8%; this finding indicates that control measures should be adopted to prevent the inheritance of SNP c.421G>T in the ADAMTS2 gene in Brazilian White Dorper herds.
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Frequência alélica do polimorfismo de nucleotídeo único c.421G>T no gene ADAMTS2, responsável pela dermatosparaxia em ovinos White Dorper

Andrade, Danilo Giorgi Abranches de. January 2017 (has links)
Orientador: José Paes de Oliveira-Filho / Resumo: Dermatosparaxia é uma enfermidade autossômica recessiva do tecido conjuntivo caracterizada clinicamente por fragilidade e hiperextensibilidade cutâneas. Estas características impedem que o animal seja mantido no sistema de criação, sendo descartado na maioria dos casos. Descrita em diversas espécies, a dermatosparaxia foi relatada também em algumas raças de ovinos. O polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) c.421G>T no gene ADAMTS2 (a disintegrin and metalloproteinase with thrombospondin type I motif, 2), em homozigose, é responsável pela enfermidade em ovinos da raça White Dorper. Recentemente a doença foi descrita no Brasil, contudo acredita-se que possa ter sido subdiagnosticada, uma vez que a enfermidade já foi descrita em diversos países. O objetivo desta pesquisa foi estimar a frequência alélica do SNP c.421G>T no gene ADAMTS2 em ovinos da raça White Dorper do estado de São Paulo a partir de uma metodologia diagnóstica que utilizasse a reação em cadeia da polimerase (PCR) seguida do sequenciamento direto da região desse SNP. Neste estudo, foram coletadas amostras de sangue para extração do DNA de 303 ovinos da raça White Dorper. Após a extração do DNA, realizou-se PCR para amplificar a região do SNP e, então, o sequenciamento genético para determinar sua presença no gene ADAMTS2. A frequência alélica do SNP na população estudada foi de 7,8%. Este resultado indica que as medidas de controle devem ser adotadas para prevenir a propagação do SNP c.421G>T no gene ADAMTS2 nos ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre

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