Submitted by Évelyn Lira (costa_eve@yahoo.com.br) on 2018-11-03T15:34:17Z No. of bitstreams: 3 TESE_Évelyn Costa Lira.pdf: 5199119 bytes, checksum: 3542649866fd36a1d250872b70b7f22e (MD5) Carta de Encaminhamento.pdf: 120410 bytes, checksum: d948e19f5bae8bee2cb485c166efda6d (MD5) Diploma de Doutorado ou Ata de Defesa.pdf: 129558 bytes, checksum: 3cdafbe7ae427bf6a30e4dd767a402e5 (MD5) / Approved for entry into archive by PPGBIOTEC Biotecnologia (ppg_biotec.ufam@yahoo.com.br) on 2018-11-06T20:43:46Z (GMT) No. of bitstreams: 3 TESE_Évelyn Costa Lira.pdf: 5199119 bytes, checksum: 3542649866fd36a1d250872b70b7f22e (MD5) Carta de Encaminhamento.pdf: 120410 bytes, checksum: d948e19f5bae8bee2cb485c166efda6d (MD5) Diploma de Doutorado ou Ata de Defesa.pdf: 129558 bytes, checksum: 3cdafbe7ae427bf6a30e4dd767a402e5 (MD5) / Rejected by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br), reason: A carta anexada deve ser a "Carta de Encaminhamento para o Autodepósito" disponível em http://biblioteca.ufam.edu.br/servicos/teses-e-dissertacoes Dúvidas? ddbc@ufam.edu.br on 2018-11-07T12:20:35Z (GMT) / Submitted by Évelyn Lira (costa_eve@yahoo.com.br) on 2018-11-07T13:48:25Z No. of bitstreams: 3 TESE_Évelyn Costa Lira.pdf: 5199119 bytes, checksum: 3542649866fd36a1d250872b70b7f22e (MD5) Diploma de Doutorado ou Ata de Defesa.pdf: 129558 bytes, checksum: 3cdafbe7ae427bf6a30e4dd767a402e5 (MD5) Carta de Encaminhamento para Autodepósito.pdf: 146139 bytes, checksum: 0b1a55433f2ef8e007ce7d6045af2443 (MD5) / Approved for entry into archive by PPGBIOTEC Biotecnologia (ppg_biotec.ufam@yahoo.com.br) on 2018-11-07T14:13:03Z (GMT) No. of bitstreams: 3 TESE_Évelyn Costa Lira.pdf: 5199119 bytes, checksum: 3542649866fd36a1d250872b70b7f22e (MD5) Diploma de Doutorado ou Ata de Defesa.pdf: 129558 bytes, checksum: 3cdafbe7ae427bf6a30e4dd767a402e5 (MD5) Carta de Encaminhamento para Autodepósito.pdf: 146139 bytes, checksum: 0b1a55433f2ef8e007ce7d6045af2443 (MD5) / Rejected by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br), reason: O Documento anexado como "Carta de Autodepósito" não é o documento exigido. O documento que deve ser anexado é a "Carta de Encaminhamento para o Autodepósito" disponível em http://biblioteca.ufam.edu.br/servicos/teses-e-dissertacoes Dúvidas? ddbc@ufam.edu.br on 2018-11-07T14:56:48Z (GMT) / Submitted by Évelyn Lira (costa_eve@yahoo.com.br) on 2018-11-07T15:22:23Z No. of bitstreams: 3 TESE_Évelyn Costa Lira.pdf: 5199119 bytes, checksum: 3542649866fd36a1d250872b70b7f22e (MD5) Diploma de Doutorado ou Ata de Defesa.pdf: 129558 bytes, checksum: 3cdafbe7ae427bf6a30e4dd767a402e5 (MD5) Carta de Encaminhamento para Autodepósito.pdf: 33896 bytes, checksum: cbb2fa1f7645982868cec33dd021fd5d (MD5) / Approved for entry into archive by PPGBIOTEC Biotecnologia (ppg_biotec.ufam@yahoo.com.br) on 2018-11-12T19:17:48Z (GMT) No. of bitstreams: 3 TESE_Évelyn Costa Lira.pdf: 5199119 bytes, checksum: 3542649866fd36a1d250872b70b7f22e (MD5) Diploma de Doutorado ou Ata de Defesa.pdf: 129558 bytes, checksum: 3cdafbe7ae427bf6a30e4dd767a402e5 (MD5) Carta de Encaminhamento para Autodepósito.pdf: 33896 bytes, checksum: cbb2fa1f7645982868cec33dd021fd5d (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-11-12T20:47:54Z (GMT) No. of bitstreams: 3 TESE_Évelyn Costa Lira.pdf: 5199119 bytes, checksum: 3542649866fd36a1d250872b70b7f22e (MD5) Diploma de Doutorado ou Ata de Defesa.pdf: 129558 bytes, checksum: 3cdafbe7ae427bf6a30e4dd767a402e5 (MD5) Carta de Encaminhamento para Autodepósito.pdf: 33896 bytes, checksum: cbb2fa1f7645982868cec33dd021fd5d (MD5) / Made available in DSpace on 2018-11-12T20:47:54Z (GMT). No. of bitstreams: 3 TESE_Évelyn Costa Lira.pdf: 5199119 bytes, checksum: 3542649866fd36a1d250872b70b7f22e (MD5) Diploma de Doutorado ou Ata de Defesa.pdf: 129558 bytes, checksum: 3cdafbe7ae427bf6a30e4dd767a402e5 (MD5) Carta de Encaminhamento para Autodepósito.pdf: 33896 bytes, checksum: cbb2fa1f7645982868cec33dd021fd5d (MD5) Previous issue date: 2017-11-30 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / The role of the human microbiota in health and disease processes has received increased attention due to the ease of characterization of microbial communities using independent culture methods, which are based on the analysis of hypervariable regions of the gene 16S rRNA. The vaginal microbiota is inhabited by microbial communities that play a very important role in the maintenance of vaginal homeostasis and in the presence of colonization by pathogenic microorganisms, but the mechanisms by which they exert this influence are not yet so well defined. in this context, an understanding of their relative abundance and variations is necessary for the recognition of potential pathogenic microorganisms and the physiological processes of protection of this microbiota. This study evaluated the vaginal microbial diversity in four different conditions: I Microbiota Normal II Vaginal Candidosis Microbiota III Bacterial vaginosis microbiota IV microbiota presenting pre-malignant and malignant lesions of the cervix. Cervical samples from 187 women were collected, characterized and diagnosed at the molecular level for the presence of HPV, C. trachomatis, T. vaginalis e N. gonorrhoeae. HPV positive samples were genotyped at ABI 3500 and HPV co-infection were related to the presence of other pathogens and socio-economic and clinical factors obtained through the questionnaire filled out by the volunteers. Significance and association analyzes were performed using the Chi-square Test of Pearson, exact of Fischer’s Test and Kruskal-Wallis test using R 2.9.0. After the groups were composed, four libraries of amplicons of the regions V1-V2 of the gene 16S rRNA and, later sequenced on Ion PGM platform. The sequences generated were analyzed using the QIIME and classified by comparison in the Greengenes database. the prevalence found for HPV was 51.33%, and the most prevalent types were HPV 16, 58 and 33. The prevalence found for CT and TV were 6.42% and 12.83%, respectively, with co- HPV / CT infection in 5.20% and HPV / VT in 6.25% of the women. The DNA of N. gonorrhoeae were not found in samples. as to the estimation of microbial diversity, the number of samples sequenced was enough to guarantee coverage of the total diversity found. Overall abundancy revealed a predominance of the genus lactobacillus on the four study groups, followed by the genres Ureaplasma, Prevotella and Shuttleworthia, followed by the study groups. the greatest microbial diversity was found in the vaginosis group, with the most abundant genera Prevotella, Shuttleworthia and Megasphaera, followed by the lesion group, abundance of genders Ureaplasma, Prevotella e Shuttleworthia. The differences at the species level are extremely necessary for the understanding of the physiological role of the vaginal microbial in the maintenance of autochthonous balance and of pathogenic mechanisms in the development of diseases related to vaginal microbiota. In addition, an understanding of the functionality of the types of CST is necessary to complement what we already know about its structure. Studies are needed to investigate the changes and stability of this microbiota. / O papel da microbiota humana nos processos de saúde e doença tem recebido maior atenção devido à facilidade para a caracterização das comunidades microbianas utilizando os métodos independentes de cultivo, que se baseiam na análise das regiões hipervariáveis do gene 16S rRNA. A microbiota vaginal é habitada por comunidades microbianas que exercem papel importantíssimo para a manutenção da homeostase vaginal e prevenção da colonização por microrganismos patogênicos, mas os mecanismos pelos quais exercem essa influência ainda não são tão bem definidos. Neste contexto, uma compreensão quanto a sua abundância relativa e variações é necessária para o reconhecimento de microrganismos patogênicos potenciais e de processos fisiológicos de proteção dessa microbiota. Este estudo avaliou a diversidade microbiana vaginal em quatro condições distintas: I. microbiota autóctone; II. Microbiota apresentando candidose vaginal; III. microbiota apresentando vaginose bacteriana e; IV. microbiota apresentando lesões pré-malignas e malignas do colo do útero. Amostras cervicais de 187 mulheres foram coletadas, caracterizadas e diagnosticadas a nível molecular quanto à presença de HPV, C. trachomatis, T. vaginalis e N. gonorrhoeae. Amostras HPV+ foram genotipadas em ABI 3500 e a co-infecção do HPV foi relacionada à presença dos outros patógenos e fatores sócio-econômicos e clínicos obtidos através do questionário preenchido pelas voluntárias. Análises de significância e associação foram realizadas através dos Testes Qui-Quadrado de Pearson, Exato de Fischer e Kruskal-Wallis utilizando o R 2.9.0. Após a composição dos grupos, foram montadas quatro bibliotecas de amplicons das regiões V1-V2 do gene 16S rRNA e, posteriormente sequenciadas em plataforma Ion PGM. As sequências geradas foram analisadas utilizando o QIIME e classificadas por comparação no banco Greengenes. A prevalência encontrada para HPV foi de 51,33% sendo que os tipos mais prevalentes foram HPV 16, 58 e 33. As prevalências encontradas para CT e TV foram de 6,42% e 12,83%, respectivamente, sendo observadas co-infecção HPV/CT em 5,20% e HPV/TV em 6,25% das mulheres. O DNA de N. gonorrhoeae não foi encontrado nas amostras. Quanto à estimativa da diversidade microbiana, o número de amostras sequenciado foi suficiente para garantir a cobertura da diversidade total encontrada. A abundância geral revelou predominância do gênero Lactobacillus nos quatro grupos de estudo, seguido pelos gêneros Ureaplasma, Prevotella e Shuttleworthia entre os grupos estudados. A maior diversidade microbiana foi encontrada no grupo Vaginose, tendo como gêneros mais abundantes Prevotella, Shuttleworthia e Megasphaera, seguido pelo grupo Lesão, com abundância dos gêneros Ureaplasma, Prevotella e Shuttleworthia. As diferenças a nível de espécie são extremamente necessárias para o entendimento do papel fisiológico da microbiota vaginal na manutenção do equilíbrio autóctone e de mecanismos patogênicos no desenvolvimento de doenças relacionadas à microbiota vaginal. Além disso, uma compreensão da funcionalidade dos tipos de CST é necessária para complementar o que já sabemos sobre sua estrutura. Estudos são necessários para investigar as mudanças e a estabilidade desta microbiota.

Made available in DSpace on 2015-04-20T12:31:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Juliana Vianna Pereira.pdf: 4570056 bytes, checksum: c660fca0452deacfa10d23ee9bc79a2b (MD5) Previous issue date: 2009-08-26 / The complex microbiota of the oral cavity has been intensively studied and saliva is characterized by microorganisms which colonize different regions of mouth, such as tongue, supragengival and subgingival biofilm. Considering this, the purpose of this study was to evaluate the bacterial diversity of the saliva of patients with different levels of oral hygiene according to the Silness, Löe index. In this research, two genomic libraries of saliva source from 15 patients each were constructed. The pooled samples differ in the average index of Silness, Löe being considered as high or low index within the rate 1.0 to 3.0 and 0 to 0.5, respectively. The DNA saliva was extracted by phenol / chloroform method and 16S rRNA gene for the microorganisms of each sample were amplified and cloned. The sequences obtained were compared to those from sequences of the GenBank NCBI and RDP. The library resultant from saliva of patients with high level of dental biofilm showed 23 OTUs grouped as five known genus: Streptococcus, Granulicaella, Gemella, Peptostreptococcus and Veillonella besides 33.3% of uncultured bacteria. The Library made from saliva of patients with low level of dental biofilm, was significantly different from its counterpart (p = 0.000) and was composed by 42 OTUs, distributed among 11 known genus: Streptococcus, Granulicaella, Gemella, Veillonella, Oribacterium, Haemophilus, Escherichia, Neisseria, Prevotella, Capnocytophaga, Actinomyces, and 24.87% of uncultured bacteria. The genus Streptococcus was the more prevalent in the two libraries, constituting 79.08% of the first and 73.64% the second. In conclusion, patients with low dental biofilm index have saliva with higher bacterial diversity than patients with high dental biofilm index, and despite most uncultivated species aggregate with Steptococcus, they still are new and unknown microorganisms / A complexa microbiota da cavidade bucal tem sido intensivamente estudada e a saliva destaca-se por apresentar microrganismos de diferentes regiões, como a língua, biofilme subgengival e supragengival. Diante disto, o objetivo do presente estudo foi avaliar a diversidade bacteriana da saliva de pacientes com diferentes índices de higiene bucal e para isto, foram construídas duas bibliotecas genômicas da saliva, que foram constituídas por amostras de 15 pacientes cada uma, com a média de índice de biofilme de Silness; Löe diferenciado, sendo a primeira com índice de 1,0 a 3,0 (denominada alto índice) e a segunda, entre 0 a 0,5 (denominada baixo índice). O DNA da saliva foi extraído pelo método fenol/clorofórmio e o gene 16S rRNA para cada biblioteca foi amplificado e clonado. As sequências obtidas foram comparadas com aquelas armazenadas no GenBank do NCBI e RDP. A biblioteca composta pela saliva de pacientes com Alto índice de biofilme dental apresentou cinco Gêneros conhecidos: Streptococcus, Granulicaella, Gemella, Veillonella e Peptostreptococcus e 33,3% de bactérias não-cultivadas, agrupados em 23 OTUs. A Biblioteca, composta pela saliva de pacientes com Baixo índice de biofilme dental, foi diferente siguinificativamente da primeira (p=0,000) e foi composta de 42 OTUs, distribuídas em 11 Gêneros conhecidos: Streptococcus, Granulicaella, Gemella, Veillonella, Oribacterium, Haemophilus, Escherichia, Neisseria, Prevotella, Capnocytophaga, Actinomyces, alem de 24,87% de bactérias não-cultivadas. O Gênero Streptococcus foi o mais prevalente nas duas bibliotecas, constituindo 79,08% da primeira e 73,63% da segunda. Conclui-se que existe maior diversidade bacteriana na saliva de pacientes com Baixo índice de biofilme dental em relação à pacientes com Alto índice de biofilme dental e que apesar da maioria das espécies não-cultivadas agruparem-se com os Streptococcus, ainda contituem-se de microrganismos novos e desconhecidos

A simbiose desenvolvida entre seres vivos e microrganismos desempenha um importante papel na relação saúde-doença do hospedeiro. Neste sentido, o corpo humano abriga uma grande e diversa comunidade de microrganismos, sendo as mucosas vaginal, intestinal e oral as principais superfícies mucosas do corpo feminino que abrigam as comunidades bacterianas de fundamental importância para a mulher. Estes microrganismos atuam no desenvolvimento e modulação do sistema imune, na manutenção e otimização de vias metabólicas e competem por sítios de colonização, prevenindo que microrganismos patogênicos estabeleçam colonização. A composição da microbiota feminina varia com a idade, pH, secreção hormonal, ciclo menstrual, uso de anticoncepcional e atividade sexual. O presente estudo buscou caracterizar a composição da microbiota do corpo feminino durante o período gestacional, comparando os achados entre gestantes e não gestantes saudáveis, através de técnicas de biologia molecular. Foram selecionadas 60 mulheres saudáveis para o estudo e coletadas amostras de secreção vaginal, fezes e swab oral de cada participante. O DNA das amostras foi extraído e submetido à sequenciamento do gene 16S rRNA e quantificado através da técnica de PCR em tempo real. Das participantes selecionadas, 42 eram gestantes e 18 eram mulheres não gestantes em idade reprodutiva. Observamos que a quantificação total de bactérias na vagina não apresentou diferenças entre gestantes e não gestantes. Houve aumento na abundância de Lactobacillus no sítio vaginal, bactérias produtoras de butirato na microbiota intestinal e Streptococcus na microbiota oral de mulheres grávidas quando comparadas com mulheres não gestantes. Além disso, observamos que a composição e a disposição dos gêneros encontrados sofrem uma modificação, tal como aumento de gêneros relacionados com a manutenção da homeostase no grupo de mulheres gestantes. O período gestacional influencia positivamente na composição da microbiota, garantindo assim a prevalência de gêneros bacterianos responsáveis pela manutenção das condições ideais para o desenvolvimento da gestação saudável. / The symbiosis developed between living organisms and microorganisms plays an important role in the health-disease relationship of the host. In this sense, the human body harbor a large and diverse community of microorganisms, the vaginal, intestinal and oral mucosa are the main mucosal surfaces of the female body that harbor bacterial communities of fundamental importance for women. These microorganisms act in the development and modulation of the immune system, in the maintenance and optimization of metabolic pathways and compete for colonization sites, preventing pathogenic microorganisms from establishing colonization. The composition of the female microbiota varies with age, pH, hormonal secretion, menstrual cycle, contraceptive use and sexual activity. The present study aimed to characterize the microbiota composition of the female body during the gestational period, comparing the findings between healthy and non - pregnant women through molecular biology techniques. Sixty healthy women were selected for the study and samples of vaginal secretion, stool and oral swab from each participant were collected. The DNA of the samples was extracted and submitted to the 16S rRNA gene sequencing and quantified by the real-time PCR technique. Were select, 42 were pregnant and 18 were non-pregnant women of reproductive age. We observed that the total quantification of bacteria in the vaginal samples did not present differences between pregnant and non-pregnant women. There was an increase in the abundance of Lactobacillus in the vaginal site, butyrate producing bacteria in the intestinal microbiota and Streptococcus in the oral microbiota of pregnant women when compared to nonpregnant women. In addition, we observed that the composition and arrangement of the genera found undergo a modification, such as an increase in genera related to the maintenance of homeostasis in the group of pregnant women. The pregnancy influences the composition of the microbiota, thus ensuring the prevalence of bacterial genera responsible for the maintenance of the ideal conditions for the development of healthy pregnancy.

Submitted by Geyciane Santos (geyciane_thamires@hotmail.com) on 2015-07-09T14:19:32Z No. of bitstreams: 1 Tese - Marelis Margarita Ruiz.pdf: 48193021 bytes, checksum: 4e7e0fa3715216dbc1c8be5df2d8a197 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-09T14:27:06Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - Marelis Margarita Ruiz.pdf: 48193021 bytes, checksum: 4e7e0fa3715216dbc1c8be5df2d8a197 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-09T14:30:24Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - Marelis Margarita Ruiz.pdf: 48193021 bytes, checksum: 4e7e0fa3715216dbc1c8be5df2d8a197 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-09T14:30:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese - Marelis Margarita Ruiz.pdf: 48193021 bytes, checksum: 4e7e0fa3715216dbc1c8be5df2d8a197 (MD5) Previous issue date: 2014-02-02 / Não Informada / In the Amazon region, the Urucu Oil Province (Petrobras) has been disposing of hydrocarbon effluents into the surrounding aquatic environments since the beginning of its operations. The goal of this work was to analyze the bacterial biodiversity present in the dike of the effluents and in the stream before and after the disposal of hydrocarbon effluents. A study was conducted in two stages were carried out with the use of culture independent molecular techniques. The full genomic DNA of the sediment and water samples were extracted and used as templates in a PCR reaction with the use of specific oligonucleotides of the 16S rRNA gene bacteria domain. The PCR product was amplified and pyrosequenced, and the generated sequences were analyzed by the free software Mothur. The measurements of the physical-chemical and chromatographical parameters are within the measures established for these types of analyzed water bodies. In the first stage of the study, the taxonomic profiles of the samples have shown that the Proteobacteria phylum proved to be the most abundant together with the Deltaproteobacteria class and the gen known as Candidatus Solibacter. Similarly, in the second stage of the study, the Proteobacteria phylum proved to be the most abundant together with the Alphaproteobacteria class and the Geobacter gen predominant. Both genes are catalogued as bioremediators in contaminated environments, as well as 14% of the total genes. A large proportion of microorganisms were considered “Unclassified” (up to 30%). In first stage of the study the richness and the diversity of species in the Onça stream is greater following the disposal of hydrocarbon effluents, in second stage of the study the abundance and diversity of species in the natural stream (without a name in the region), is greater as compared to the same stream after the mixing of effluents. There is no significant statistical difference between the sample of the community in the natural stream and this effluent-mixed stream; and there is no difference in genetic structure among samples of each community analyzed, suggesting that the discharge of effluents in this body of water has no significant impact on the microbial biodiversity in this aquatic environment. This work, a pioneer in the taxonomic analysis of samples in dikes of effluents and streams with the disposal of effluents in the Urucu oil area, represents a challenge for understanding the relationship between the composition, abundance and diversity of microorganisms in this environment, and a rich source for the discovery of new taxonomic groups, as well as the huge potential for biotechnological exploration of such diversity. / Na região Amazônica, a Província Petrolífera de Urucu (Petrobras) realiza o despejo de efluentes de hidrocarbonetos em ambientes aquáticos ao redor, desde o início de suas operações. O objetivo deste trabalho foi analisar a biodiversidade bacteriana presente no dique de efluentes e no igarapé antes e depois do despejo de efluentes. Foi realizado um estudo em duas etapas, aplicando técnicas moleculares independentes de cultivo. O DNA genômico total das amostras de sedimento e água foi extraído e usado como molde em uma reação de PCR utilizando oligonucleotídeos específicos do gene 16S rRNA para o domínio Bactéria. O produto de PCR foi amplificado e pirosequenciado, e as sequências geradas foram analisadas pelo programa livre Mothur. As medidas dos parâmetros físico-químicos e cromatográficos estão dentro dos valores estabelecidos para os tipos de corpos de água analisados. Na primeira etapa do estudo, os perfis taxonômicos das amostras mostraram que o filo Proteobacteria foi o mais abundante com a classe Deltaproteobacteria e gênero conhecido o Candidatus Solibacter. Assim mesmo, na segunda etapa do estudo, o filo Proteobacteria foi o mais abundante; porém, com a classe Alphaproteobacteria e o gênero Geobacter como predominante. Ambos gêneros são catalogados como biorremediadores de ambientes contaminados, assim como 14% dos gêneros totais. Uma grande parte de microrganismos foram considerados “Não Classificados” (até 30%). Na primeira etapa do estudo a riqueza e diversidade de espécies no Igarapé da Onça, é maior depois do despejo de efluentes de hidrocarboneto, e na segunda etapa do estudo a riqueza e diversidade de espécies no igarapé natural (sem nome na região), é maior com relação a este mesmo igarapé depois da mistura com efluentes. Não existe diferença estatística significativa entre a comunidade do igarapé natural e entre este igarapé misturado com efluentes; e não existe diferença na estrutura genética entre as amostras de cada comunidade analisada, indicando que a descarga de efluentes neste corpo de água não tem impacto significativo na biodiversidade microbiana deste ambiente aquático. Este trabalho, pioneiro em análise taxonômica de amostras de um dique de efluentes e os igarapés com despejo de efluentes na área petrolífera de Urucu, representa uma oportunidade para a compreensão da relação entre a composição, abundância e diversidade dos microrganismos neste ambiente, e uma fonte rica para descoberta de novos grupos taxonômicos, assim como um enorme potencial para exploração biotecnológica desta diversidade.

As doenças respiratórias são responsáveis, na suinocultura, por grandes perdas econômicas e entre os agentes destacam-se os micoplasmas. Foram coletadas 126 amostras de muco nasal/tonsilar, e fragmentos de 78 pulmões, 2 de traquéia e 2 de tonsila. No isolamento foi utilizado o meio FRIIS modificado, na identificação, a Multiplex-PCR e na tipificação, a PFGE e sequenciamento do gene 16S rRNA. Foram obtidos 59 isolados identificados como M. hyopneumoniae (1,70%), M. flocculare (3,40%) e M. hyorhinis (94,90%). A PFGE dos isolados de M. hyorhinis, resultou em 10 e 9 perfis com a enzima AvaI e XhoI, respectivamente. O sequenciamento do gene 16S rRNA dos isolados M. hyorhinis apresentaram baixo polimorfismo quando comparados entre si e com a cepa de referência. A sequência do gene 16S rRNA do isolado de M. hyopneumoniae, quando comparada a seqüência da cepa J e os isolados 7448 e 232, resultaram em polimorfismo. O M. hyopneumoniae continua sendo o mais difícil de isolar. Os dendrogramas obtidos da PFGE resultaram em grande heterogeneidade entre os isolados de M. hyorhinis. O seqüenciamento do gene 16S rRNA permitiu o estudo de variabilidade interespecífica e intraespecífica dos isolados de micoplasmas. / Economic losses in swine production are common due the respiratory diseases in these animals. M. hyopneumoniae and M. hyorhinis are the most frequent microbial agents. The aim of this study was recover this isolates in FRIIS medium, indentify them by Multiplex PCR and detect their genotypic variations by PFGE and sequencing the 16s rRNA gene. One hundred twenty six swabs from tonsil and nasal mucus of swine with respiratory disturbances were analyzed. It was included 78 lungs, two trachea and two tonsils. It was obtained 59 isolates; 1.70% of M. hyopneumoniae, 3.40% of M. flocculare and 94.90% of M. hyorhinis. The PFGE of M. hyorhinis, allowed obtain 10 profiles with enzyme AvaI and nine profiles with XhoI. A low polymorphism of gene 16sRNS was detected in M. hyorhinis isolates when compared with the type strain at the GenBank. The M. hyopneumoniae isolates resulted in polymorphisms when comparated with strain J, 7448 and 232. M. hyopneumoniae is still the most difficult to isolate. M. hyorhinis isolates of different herds showed a large heterogenicity with enzymes AvaI e XhoI. The sequencing of gene 16S rRNA allowed analyse the interespecífic and intraespecífic variations of mycoplasmas isolated.

Compreender a ecologia microbiana durante a ensilagem é fundamental para neutralizar pontos críticos relacionados à produção de silagens de qualidade por meio da prevenção do crescimento de bactérias oportunistas que possam comprometer a segurança da cadeia alimentar animal e o rendimento da forragem ensilada. Ensilar GSR de milho possibilita a compra estratégica em momentos de baixa nos preços do grão. O objetivo deste estudo foi avaliar por meio de sequenciamento massivo do gene 16S rRNA o efeito da reconstituição da umidade do grão de milho na dinâmica da comunidade bacteriana para confecção dessa silagem. Foram amostrados milhos plantados em dois distintos locais. As plantas usadas no estudo incluíram dois híbridos contrastantes, \"dent\" (AG 1051) e outro \"flint\" (IAC 8390) ensilados de duas maneiras: grão úmido (GU), com a umidade original e grãos secos reconstituídos (GSR) à 30 % U, ambos ensilados por 0 ou 120 dias. Utilizando a plataforma de sequenciamento Ion Torrent, foi possível observar uma redução significativa (P < 0,05) no número de OTUs ao se comparar silagens GSR aos 0 dias em relação aos 120 dias em ambos os híbridos e locais de cultivo do milho. As PCoAs evidenciaram variação na estrutura da comunidade bacteriana em função do período de estocagem do grão com separação nítida das comunidades provenientes de amostras recém colhidas daquelas provenientes de silagens estocadas por 120 dias. Também foi revelado que Proteobacteria (41,8 %), Firmicutes (41,6 %) e Actinobacteria (13,2 %) foram os filos mais abundantes nas silagens, tendo sido evidenciado a ocorrência de sucessão de um microbioma dominado por Proteobacteria e Actinobacteria (aos 0 dias) para um microbioma dominado por Firmicutes, representado principalmente pela ordem Lactobacillales nas silagens terminais (120 dias). Observamos o mesmo efeito ao considerar a amostra local, híbrido e maturidade fisiológica. Os fatores que apresentaram maior influência na distribuição da comunidade bacteriana foram o período de estocagem (36,16 %) e o estágio de maturação do milho (13,3 %). A ordem Lactobacillales foi diferencialmente abundante no milho estocado por 120 dias (70 % da variação) e Enterobacteriales (45 % da variação) aos 0 dias. Em relação ao estágio de maturação do grão observamos variação significativa na abundância relativa de Enterobacteriales em GU (25 % da variação) e Actinomycetales em GSR (21 % da variação). Houve correlação (P = 0,002) do pH com a estrutura da comunidade das silagens, sendo que as maiores variações de pH se deram comparando as amostras no tempo 0 - 120 dias de estocagem. A ordem Lactobacillales foi negativamente correlacionada com o pH (r = - 0,85), enquanto que Enterobacteriales (r = 0,58) e Actinomycetales (r = 0,46) foram positivamente correlacionadas com o pH. A reconstituição do grão de milho não exerceu efeito negativo sobre a população bacteriana das silagens terminais, destacando a viabilidade desta técnica. Até o momento, não há trabalhos publicados apresentando a estrutura e composição da comunidade bacteriana de silagens de GSR por meio de sequenciamento massivo do gene 16S rRNA, confirmando a importância e o ineditismo deste trabalho. / Understanding microbial ecology during ensiling is critical to neutralize critical points related to optimal silage making by preventing the growth of opportunistic bacteria that may compromise the safety of the animal food chain and the yield of silage fodder. Ensiling GSR makes it possible to buy strategically at times of low grain prices. The objective of this study was to evaluate the effect of reconstitution of corn grain on the dynamics of the bacterial community aiming high moisture corn silage processing by means of a massive sequencing of the 16S rRNA gene. Harvest was performed in two different locations. The plants used in the study included two contrasting hybrids, dent (AG 1051) and another flint (IAC 8390) hybrids, ensiled in two ways: wet grain (GU), ensiled with the original moisture or rehydrated dry grains (GSR) ensiled with 30 % of moisture, both ensiled for 0 or 120 days. Using the Ion Torrent sequencing platform, a significant reduction (P <0.05) in the number of OTUs was observed when comparing GSR silages at day 0 versus 120 days in both hybrids and maize growing sites. The PCoAs evidenced variation in the structure of the bacterial community as a function of the storage period of the grain with clear separation of the communities coming from freshly harvested samples from silage stored for 120 days. It was also revealed that Proteobacteria (41,8 %), Firmicutes (41,6 %) and Actinobacteria (13,2 %) were the most abundant phyla in the silages, evidencing the occurrence of succession of a microbiome dominated by Proteobacteria and Actinobacteria (at 0 day) for a microbiome dominated by Firmicutes, represented mainly by the order Lactobacillales in the terminal silages (120 days). We observed the same effect when considering the local sample, hybrid and physiological maturity. The factors that had the greatest influence on the distribution of the bacterial community were the storage period (36,16 %) and the stage of maturity of the plant (13,3 %). The Lactobacillales order was differentially abundant in the corn stored for 120 days (70% of the variation) and Enterobacteriales (45 % of the variation) at day 0. In relation to the stage of maturity we observed a significant variation in the relative abundance of Enterobacteriales in GU (25 % of the variation) and Actinomycetales in GSR (21 % of the variation). There was a correlation (P = 0.002) of the pH with the community structure of the silages, and the highest pH variations were obtained by comparing the samples in the 0 - 120 days of storage. The order Lactobacillales was negatively correlated with pH (r = -0.85), while Enterobacteriales (r = 0.58) and Actinomycetales (r = 0.46) were positively correlated with pH. The reconstitution of the corn grain did not have a negative effect on the bacterial population of the terminal silages, highlighting the viability of this technique. To date, there are no published papers presenting the structure and composition of the bacterial community of GSR silages by means of massive sequencing of the 16S rRNA gene, confirming the importance and novelty of this work.

O gênero Yersinia compreende 12 espécies. Y. enterocolitica, Y. pseudotuberculosis e Y. pestis são patógenos de vários animais, incluindo os humanos. Y. aldovae, Y. bercovieri, Y. frederiksenii, Y. intermedia, Y. kristensenii, Y. aleksiciae, Y. mollaretti e Y. rhodei são encontradas sobretudo no meio ambiente e alimentos e consideradas, usualmente, como bactérias oportunistas não-patogênicas e Y. ruckeri é um importante patógeno de peixes. Usualmente, as linhagens de Yersinia são classificadas em espécies de acordo com suas características bioquímicas. O Laboratório Nacional de Referência em Yersinia spp. outras que Y. pestis recebeu mais de 700 linhagens que foram identificadas bioquimicamente. Entretanto, sete linhagens de Yersinia não puderam ser identificadas pelos testes bioquímicos convencionais em nenhuma das espécies até o momento conhecidas e, por esse motivo, foram denominadas Yersinia atípicas. Os objetivos desse trabalho foram identificar as linhagens atípicas de Yersinia spp. em espécies por técnicas moleculares como Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus PCR (ERIC-PCR), Eletroforese em Campo Pulsado (PFGE), sequenciamento do gene 16S rRNA e Multilocus Sequencing Typing (MLST) e definir dentre as metodologias empregadas a que mais contribui para a identificação precisa dessas linhagens. Foi estudado um total de 59 linhagens de Yersinia spp., sendo 52 linhagens representantes das diferentes espécies do gênero e sete as linhagens bioquimicamente atípicas de Yersinia. As técnicas de ERIC-PCR, sequenciamento do gene 16S rRNA e o MLST foram eficientes na identificação molecular do gênero Yersinia, uma vez que conseguiram reunir todas as espécies em ramos espécie-específicos, com exceção de algumas linhagens de Y. frederiksenii e Y. kristensenii. A técnica de PFGE, pelo contrário, não agrupou as linhagens estudadas em clusters espécie-específicos. Os dados de ERIC-PCR, sequenciamento do gene 16S rRNA e MLST, sugerem que as linhagens atípicas FCF 229 e FCF 231 pertençam à espécie Y. ruckeri. Os dados de ERIC-PCR e MLST sugerem que a linhagem atípica FCF 487 pertença à espécie Y. enterocolitica. Ademais, os dados de ERIC-PCR, sequenciamento do gene 16S rRNA e MLST sugerem que as linhagens atípicas FCF 216, FCF 465, FCF 457 e FCF 494 pertençam a espécie Y. massiliensis. Os resultados obtidos nesse trabalho fornecem dados importantes para a caracterização molecular de linhagens bioquimicamente atípicas de Yersinia e contribuem para uma melhor descrição do gênero quanto a sua diversidade e reforçam o MLST como uma técnica confiável e reprodutível a ser usada na identificação de bactérias pertencentes a esse gênero, sendo dentre as metodologias utilizadas nesse estudo a mais indicada para tipagem molecular de yersiniae. / The genus Yersinia comprises 12 species. Y. enterocolitica, Y. pseudotuberculosis and Y. pestis are pathogens of various animals, including humans. Y. aldovae, Y. bercovieri, Y. frederiksenii, Y. intermedia, Y. kristensenii, Y. aleksiciae, Y. mollaretti and Y. rohdei have been mostly found in the environment and food sources and are commonly considered to be opportunistic nonpathogenic bacteria and Y. ruckeri is an important fish pathogen. Usually, Yersinia strains are classified into species according to their biochemical characteristics. The Brazilian Reference Center on Yersinia spp. other than Y. pestis received more than 700 strains that were biochemically identified. However, seven strains that were typed as Yersinia could not be biochemically identified in any one of the currently known Yersinia species and for this reason they were named as atypical strains. The aims of this work were to identify into species the atypical Yersinia strains using molecular techniques as Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus PCR (ERIC-PCR), Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE), 16S rRNA gene sequencing and Multilocus Sequencing Typing (MLST) and to define which methodology better contribute to the identification of those strains. A total of 59 Yersinia spp. strains were studied, being 52 representative strains of the defined Yersinia species and seven atypical Yersinia strains. ERIC-PCR, 16S rRNA gene sequencing and MLST were efficient in molecular identifying the genera Yersinia once they grouped the strains into species-specific clusters, with exception of some Y. frederiksenii and Y. kristensenii strains. However, PFGE was not capable to cluster the defined Yersinia strains into species-specific clusters. The data obtained by ERIC-PCR, 16S rRNA gene sequencing and MLST suggest that the atypical strains FCF 229 and FCF 231 belong to Y. ruckeri species. The data obtained by ERIC-PCR and MLST suggest that FCF 487 belong to the Y. enterocolitica species. Additionally, ERIC-PCR, 16S rRNA gene sequencing and MLST suggest that the atypical strains FCF 216, FCF 465, FCF 457 and FCF 494 belong to the Y. massiliensis species. The results obtained provide important data for the molecular characterization of biochemically atypical strains and contribute for a better description of the genera regardless its diversity. Furthermore, the results reinforce MLST as a trustful and reproducible technique to be used in the identification of bacteria of this genus, being among the methodologies studied the most recommended one to molecular type yersiniae.

Submitted by Ana Damasceno (ana.damasceno@unipampa.edu.br) on 2017-06-07T18:12:48Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Baixa diversidade e sucessão microbiana anormal estão associadas à enterocolite necrosante em recém-nascidos prematuros.pdf: 1587508 bytes, checksum: c407e4cf94f25b2272a7d25213f72873 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-07T18:12:48Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Baixa diversidade e sucessão microbiana anormal estão associadas à enterocolite necrosante em recém-nascidos prematuros.pdf: 1587508 bytes, checksum: c407e4cf94f25b2272a7d25213f72873 (MD5) Previous issue date: 2017-04-07 / As múltiplas causas de Enterocolite Necrosante (NEC) e seus indicativos clínicos utilizados para o diagnóstico ainda se mantêm elusivos. Biomarcadores alternativos para o diagnóstico precoce de NEC em recém-nascidos prematuros e um melhor entendimento dos fatores de risco para o desenvolvimento de NEC são desafios emergentes. Em uma tentativa de contribuir para a solução deste problema, neste trabalho nós rastreamos as mudanças no microbioma dos recém-nascidos (diversidade microbiana, abundância e estrutura) com NEC, iniciando com a primeira evacuação (mecônio) e continuando até a liberação, e comparamos essas mudanças com os prematuros sem o diagnóstico de NEC. Um estudo metataxonomico foi conduzido usando 88 amostras fecais, a partir da primeira evacuação até a 5ª semana de vida, obtidas de 25 recém-nascidos prematuros (14 controles e 11 casos de NEC) selecionados de um grupo de 52 prematuros. Nossos dados revelaram que casos de NEC apresentaram baixa diversidade e uma transição anormal da comunidade microbiana até o diagnóstico de NEC. Um microrganismo pertencendo a família Enterobacteriaceae foi consistentemente mais abundante em prematuros com NEC do que nos controles, mesmo nas amostras de mecônio, e foi considerado um constituinte chave da comunidade microbiana correlacionada com a doença. Finalmente, nos também detectamos uma distorção na associação micróbio-micróbio nas amostras de mecônio dos casos de NEC. Portanto, nossos dados sugerem que a detecção precoce de elevada dominância de Enterobacteriaceae, baixa diversidade e associações micróbio-micróbio nos primeiros dias de vida poderiam ser utilizados como indicativo de risco de desenvolvimento de Enterocolite Necrosante nas UTIs neonatais brasileiras. / The multiple causes of Necrotizing Enterocolitis (NEC) as well as the clinical predictors used for diagnosis have remained elusive to date. Alternative biomarkers for early diagnosis of NEC in premature infants and a better understanding of risk factors for NEC development are emergent challenges. In attempt to contribute to solve this problem, in this work we tracked the changes in the newborn’s microbiome (microbial diversity, abundance and structure) with Necrotizing Enterocolitis beginning with the first stool (meconium) continuing until discharge and compare those changes with preterns without NEC diagnosis. A metataxonomy study was conducted using 88 fecal samples from the first stool (meconium) until the 5th week of life obtained from 25 preterm babies (14 controls and 11 NEC cases) selected from a cohort of 52 premature infants. Our data revealed low microbial diversity in NEC cases and an abnormal transition of the microbial community until NEC diagnosis. A microbial phylotype belonging to the Enterobacteriaceae family were consistently more abundant in NEC than in the controls even in meconium samples and was considered a key constituent of the microbial community that correlated with the disease. Finally, we also detected a disruption of microbial-microbial associations in the meconium samples of NEC cases. Thus, our data suggests that early detection of high dominance of Enterobacteriaceae, low diversity and altered microbial-microbial associations at the first days of life could be used as an indicative of risk of preterm development of Necrotizing Enterocolitis in Brazilian NICU’s.

A mastite bovina é considerada a doença de maior impacto nos rebanhos leiteiros, exercendo efeito econômico negativo sobre a produtividade e perdas significativas à indústria de laticínios. Tendo em vista os impactos na sanidade animal e os prejuízos econômicos acarretados, o objetivo deste estudo foi caracterizar de forma mais abrangente a comunidade microbiana presente em rebanhos leiteiros com mastite subclínica utilizado o sequenciamento parcial do gene 16S ribossomal RNA (rRNA). Especificamente, foram caracterizadas as comunidades bacterianas presentes em amostras de leite vindas de três fazendas comerciais, sendo que cada fazenda contribuiu com amostras com alta contagem de células somáticas (CCS > 200.000 cel./mL) e com baixa contagem (CCS < 200.000 cel./mL) perfazendo um total de 57 animais. O DNA total foi extraído e amplificado com os oligonucleotídeos iniciadores da região V3 e V4 do gene 16S rRNA. O sequenciamento foi realizado utilizando a tecnologia de sequenciamento de nova geração através do equipamento MiSeq (Illumina - San Diego, EUA). Para efeito de comparação, alíquotas de todas as amostras foram destinadas ao cultivo microbiológico para identificação de bactérias causadoras da mastite. Os fragmentos amplicons de todas as amostras foram submetidos a uma série de análises computacionais utilizando o programa QIIME. Após a avaliação adicional das sequências em nível de espécie, verificou-se que em geral as bactérias diagnosticadas por cultura geralmente não corresponderam com as sequências mais abundantes detectadas pelo sequenciamento. A análise da composição da microbiota de amostras de leite provenientes de animais saudáveis revelou a presença de uma grande diversidade de espécies bacterianas, mesmo que nenhuma bactéria tenha sido detectada por técnica de cultura. A espécie bacteriana mais abundante em todas as amostras foi Staphylococcus chromogenes. Staphylococcus aureus também foi detectada na grande maioria das amostras As diferenças na composição microbiana foram observadas entre as amostras quando a comparação foi feita de forma individual. Estas diferenças foram notórias em composição taxonômica e foram refletidas por intermédio das estimativas de alfa e beta diversidade. Quando a comparação foi realizada por separação de grupos com alta e baixa CCS, essa diferença não foi tão evidente. Com este estudo será possível compreender a diversidade dos microrganismos presentes na glândula mamária de animais saudáveis e com mastite subclínica. Essas informações podem ser úteis podendo contribuir no planejamento de medidas terapêuticas e preventivas mais eficazes da doença. / Bovine mastitis is considered the most impact disease in dairy herds, exerting negative economic effect on productivity and significant losses to the dairy industry. In view of the impact on animal health and carted economic losses, the objective of this study was to characterize more comprehensively the microbial community present in dairy herds with subclinical mastitis using the partial sequencing of 16S ribosomal RNA gene (rRNA). Specifically, the bacterial communities present in samples of milk coming from three commercial farms were identified, and each farm contributed samples with high somatic cell count (SCC> 200,000 cel./mL) and low count (SCC <200,000 cel./ml) for a total of 57 animals. Total DNA was extracted and amplified with primers of the V3 and V4 region of the 16S rRNA gene. Sequencing was performed using the new generation of sequencing technology through MiSeq equipment (Illumina - San Diego, USA). For comparison, aliquots of all samples were intended for microbiological culture for identification of bacteria which cause mastitis. The amplicon fragments of all samples were subjected to a series of computer analyzes using the QIIME program. After further evaluation of the sequences at the species level, it was found that in general the bacteria do not generally diagnosed by culture corresponded to the most abundant sequences identified by sequencing. The analysis of milk samples from microbial composition from healthy animals revealed the presence of a diversity of bacterial species, even though no bacteria have been detected by culture technique. The most abundant bacterial species in all samples was Staphylococcus chromogenes. Staphylococcus aureus was also detected in most samples differences in microbial composition were found between the samples when a comparison was made individually. These differences were noticeable in taxonomic composition and were reflected by means of the estimates of alpha and beta diversity. When comparison was performed by separation of high and low groups with CCS, this difference was not so evident. This study will be possible to understand the diversity of microorganisms present in the mammary gland of healthy animals and with subclinical mastitis. This information can be useful and can contribute in the planning of more effective therapeutic and preventive measures of the disease.

As doenças respiratórias são responsáveis, na suinocultura, por grandes perdas econômicas e entre os agentes destacam-se os micoplasmas. Foram coletadas 126 amostras de muco nasal/tonsilar, e fragmentos de 78 pulmões, 2 de traquéia e 2 de tonsila. No isolamento foi utilizado o meio FRIIS modificado, na identificação, a Multiplex-PCR e na tipificação, a PFGE e sequenciamento do gene 16S rRNA. Foram obtidos 59 isolados identificados como M. hyopneumoniae (1,70%), M. flocculare (3,40%) e M. hyorhinis (94,90%). A PFGE dos isolados de M. hyorhinis, resultou em 10 e 9 perfis com a enzima AvaI e XhoI, respectivamente. O sequenciamento do gene 16S rRNA dos isolados M. hyorhinis apresentaram baixo polimorfismo quando comparados entre si e com a cepa de referência. A sequência do gene 16S rRNA do isolado de M. hyopneumoniae, quando comparada a seqüência da cepa J e os isolados 7448 e 232, resultaram em polimorfismo. O M. hyopneumoniae continua sendo o mais difícil de isolar. Os dendrogramas obtidos da PFGE resultaram em grande heterogeneidade entre os isolados de M. hyorhinis. O seqüenciamento do gene 16S rRNA permitiu o estudo de variabilidade interespecífica e intraespecífica dos isolados de micoplasmas. / Economic losses in swine production are common due the respiratory diseases in these animals. M. hyopneumoniae and M. hyorhinis are the most frequent microbial agents. The aim of this study was recover this isolates in FRIIS medium, indentify them by Multiplex PCR and detect their genotypic variations by PFGE and sequencing the 16s rRNA gene. One hundred twenty six swabs from tonsil and nasal mucus of swine with respiratory disturbances were analyzed. It was included 78 lungs, two trachea and two tonsils. It was obtained 59 isolates; 1.70% of M. hyopneumoniae, 3.40% of M. flocculare and 94.90% of M. hyorhinis. The PFGE of M. hyorhinis, allowed obtain 10 profiles with enzyme AvaI and nine profiles with XhoI. A low polymorphism of gene 16sRNS was detected in M. hyorhinis isolates when compared with the type strain at the GenBank. The M. hyopneumoniae isolates resulted in polymorphisms when comparated with strain J, 7448 and 232. M. hyopneumoniae is still the most difficult to isolate. M. hyorhinis isolates of different herds showed a large heterogenicity with enzymes AvaI e XhoI. The sequencing of gene 16S rRNA allowed analyse the interespecífic and intraespecífic variations of mycoplasmas isolated.