Submitted by Franciele Moreira (francielemoreyra@gmail.com) on 2018-04-16T17:42:56Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Andrezza Arantes Castro - 2018.pdf: 2625041 bytes, checksum: 5c588cc8e4644fe3bfa34ba8e1dd05a9 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-04-17T10:54:33Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Andrezza Arantes Castro - 2018.pdf: 2625041 bytes, checksum: 5c588cc8e4644fe3bfa34ba8e1dd05a9 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-17T10:54:33Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Andrezza Arantes Castro - 2018.pdf: 2625041 bytes, checksum: 5c588cc8e4644fe3bfa34ba8e1dd05a9 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2018-03-12 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / The ease access to Next Generation Sequence methodologies has improved the development of several projects, once it makes possible the de novo assembly of DNA sequences, creating a great amount of data and giving access to unknown genomes of different organisms. The anuran species Ololygon centralis belong to Hylidae family. It is considered as endemic of Cerrado Biome and little is known about its genomics. The aim of this work was to realize a draft of the genome of O. centralis in order to identify, to characterize, to quantify repetitive elements and to predict possible genes. Also, we aimed to develop microsatellite markers for the species. The genome draft assembled in 13989 scaffolds, which correspond to 4926069 bp with N50 = 336. The repetitive elements found in the O. centralis genome (1795 transposons, 957, microsatellite, one satellite DNA and 25 small nuclear RNAs) comprised 531337 bp. Between the retrotransposons, the LINE element (49,83%) was the most abundant, followed by LTR (48,66%) and SINE (1,56%). It was possible to identify coding genes for the 5S, 18S and 28S subunits of ribosomes. Also, 18 types of coding regions for tRNA and 26 putative genes were found in the O. centralis genome. From the microsatellite regions, it was possible to design 87 pairs of primers for the flanking sites. There were found 47 regions composed of tetranucleotides, 39 dinucleotides and on trinucleotide on the microsatellite sites. From them, 31 pairs of primers were selected for amplification and 18 showed good results. The annealing temperatures varied from 50° e 60° C. Seven markers showed polymorphism. From them, only 5 markers (PCE05, OCE11, PCE20, OCE21, OCE26) were used to characterize the genotype of 30 individuals. The medium number of alleles was 10, the allelic amplitude varied from 148 bp (OCE20) to 318 bp (OCE21). The Expected Heterozygosity was 0,7 and the observed was 0,5. The probability of parentage exclusion (Q) was 0,993 and the probability of combined identity (I) was 1,13x10-6. The global value of the fixation index (FST) was significant and equal to 0,2 (p<0.05). The data obtained from the NGS Illumina platform represent one important step for the knowledge of genomics of this species and of the anuran in general. / A facilidade para o acesso às metodologias de Sequenciamento de Segunda Geração (Next Generation Sequence) tem impulsionado o desenvolvimento de diversos projetos, uma vez que possibilita a montagem de novo de sequências, gerando uma grande quantidade de dados e permitindo o acesso a genomas de diversos organismos ainda pouco conhecidos. A espécie de anuro Ololygon centralis (Pombal e Bastos 1996) pertence à família Hylidae, considerada endêmica do Bioma Cerrado e que ainda não dispõe de nenhuma informação genômica. O objetivo desse trabalho foi realizar uma montagem parcial do genoma de Ololygon centralis a fim de identificar, caracterizar, quantificar elementos repetitivos e predizer genes nas sequências genômicas, além de desenvolver marcadores microssatélites para a espécie. O genoma parcial montado resultou em 13.989 scaffolds, que correspondem a 4.926.069 pb com N50 de 336. Os elementos repetitivos encontrados no genoma de O. centralis (1.795 elementos transponíveis, 957 microssatélites, um DNA satélite e 25 pequenos RNAs nucleares) totalizaram 531.337 pb. Entre os retrotransposons, o elemento LINE (49,83%) foi o mais abundante, seguido do LTR (48,66%) e SINE (1,56%). Foram identificados os genes que codificam as subunidades 5S, 18S e 28S de ribossomos, 18 tipos de tRNAs no genoma e 26 genes. A partir das sequências foi possível desenhar 87 pares de primers flanqueando regiões microssatélites. Dentre elas, 47 foram regiões compostas de tetranucleotídeos, 39 dinucleotídeos, e um trinucleotídeo. Deste total, 31 pares de primers foram selecionados para padronização em gel de poliacrilamida (6%) e 18 deles apresentaram produto de amplificação adequado. Durante a padronização, as temperaturas de anelamento variaram entre 50° e 60° C e sete marcadores apresentaram polimorfismo. Dos sete, apenas cinco marcadores (OCE05, OCE11, OCE20, OCE21, OCE26) foram padronizados e utilizados para caracterização em 30 indivíduos de O. centralis no analisador automático ABI3500. O número médio de alelos foi igual a 10, a amplitude alélica variou entre 148pb (OCE 20) a 318 pb (OCE 21). A Heterozigosidade média esperada foi 0,7 e a observada igual a 0,5. A probabilidade de exclusão de paternidade (Q) foi igual a 0,993 e a probabilidade combinada de identidade (I) igual a 1,13x10-6. O valor global para o índice de fixação (FST) foi significativo e igual a 0,2 (p <0,05). Os dados obtidos a partir do NGS plataforma Illumina representam um importante passo para o conhecimento genômico dessa espécie e dos anfíbios em geral, o desenvolvimento de primers contribuirá para o estudos genéticos-populacionais de Ololygon centralis e espécies correlacionadas por meio da transferibilidade.

Este trabalho descreve a aplicação da Programação Genética, uma técnica de Computação Evolucionária, ao problema da Síntese de Fala automática. A Programação Genética utiliza as técnicas da evolução humana para descobrir programas bem adaptados a um problema específico. Estes programas, compostos de instruções, variáveis, constantes e outros elementos que compõe uma linguagem de programação, são evoluídos ao longo de um conjunto de gerações. A Síntese de Fala, consiste na geração automática das formas de ondas sonoras a partir de um texto escrito. Uma das atividades mais importantes, é realizada através da conversão de palavras e letras para os sons da fala elementares (fonemas). Muitos sistemas de síntese são implementados através de regras fixas, escritas por programadores humanos. Um dos mais conhecidos sistemas de síntese é o FESTIVAL, desenvolvido pela Universidade de Edimburgh, usando a linguagem de programação funcional LISP e um número fixo de regras. Neste trabalho, nós exploramos a possibilidade da aplicação do paradigma da Programação Genética, para evoluir automaticamente regras que serão adotadas para implementação do idioma Português na ferramenta FESTIVAL, desenvolvido no projeto SPOLTECH (CNPq – NSF cooperação entre UFRGS e Universidade do Colorado). A modelagem do problema, consiste na definição das regras de pronúncia do Português Brasileiro, que a implementação do sistema FESTIVAL pronuncia erradamente, já que o mesmo foi implementado primariamente para o idioma Inglês. A partir destas regras, o sistema de Programação Genética, desenvolvido neste trabalho, evolui programas que constituem boas soluções para a conversão de letras para fonemas. A descrição dos resultados obtidos, cobre detalhes sobre a evolução das soluções, complexidade e regras implementadas, representadas pelas soluções mais bem adaptadas; mostrando que a Programação Genética, apesar de ser complexa, é bastante promissora.

O uso da tecnologia de DNA recombinante abre portas para um estudo detalhado da estrutura e função de proteínas, e a produção de proteínas recombinantes em sistema procarioto apresenta várias vantagens. A presente tese propõe a expressão heteróloga das proteínas aSFP, proteína ácida do fluido seminal bovino de 14 kDa, e osteopontina (OPN) de 55 kDa, relacionadas à congelabilidade do sêmen. Foram construídas bibliotecas de cDNA de vesícula seminal, próstata e glândula bulbouretral. Oligonucleotideos iniciadores foram sintetizados baseados nas seqüências disponíveis no GenBank (aSFP: número de acesso NM_174616, OPN: número de acesso M66236). Os amplicons resultantes das reações de PCR foram clonados em pET23a(+). Os plasmidios pET-aSFP e pET-OPN foram transformados em linhagens eletrocompetentes de E. coli BL21, BL21 (DE3), BL21 Star, BL21 Codon Plus e BL21 pLysS. Para expressão das proteínas recombinantes foram testadas diferentes concentrações de indutor de expressão IPTG, e diferentes tempos e temperaturas de indução. A expressão recombinante foi avaliada por SDS-PAGE, usando como controle cultivo não induzido. Das cinco linhagens transformadas com pET-aSFP, somente E. coli BL21 pLysS induzida com 0,5 mM de IPTG por 3 horas a 37°C apresentou uma banda de aproximadamente 15 kDa, compatível com o tamanho esperado de aSFPr-6xHis. Por cromatografia de afinidade com metal imobilizado em condições desnaturantes foi possível um rendimento de purificação de 2,5mg/mL de aSFPr-6xHis por 10 mL de cultura bacteriana. Contudo, a expressão de OPNr-6xHis, também obtida com a linhagem de E. coli BL21 pLysS, foi de baixa eficiência, o que não permitiu sua purificação. A produção recombinante de proteínas do plasma seminal é uma das mais novas ferramentas para o estudo de suas funções. O aperfeiçoamento dos processos de expressão e purificação é fundamental no desenvolvimento desta biotecnologia, que possui grande potencial terapêutico e diagnóstico. / The use of recombinant DNA technology makes possible a deeper investigation on protein structure and function. Also the production of recombinant proteins has several advantages. The present thesis presents the recombinant expression of the 14 kDa acidic seminal fluid protein (aSFP) and osteopontin (55 kDa), both associated with bovine semen freezability. cDNA libraries from prostate, seminal vesicle and bulbouretral gland were constructed, and primers were designed based on data available on Genebank (aSFP: access number NM_174616; OPN: access number M66236). Amplicons of the target genes were cloned into pET23a(+), and the constructs pET-aSFP and pET-OPN were transformed into electrocompetent E. coli strains: BL21, BL21 (DE3), BL21 Star, BL21 Codon Plus e BL21 pLysS. For the expression trials, different concentrations of IPTG were tested, as well several different expression induction conditions. The recombinant expression was analyzed by SDS-PAGE and western blotting. The best expression for aSFPr-6xHis (15 kDa) was obtained with the strain BL21 pLysS, induced with 0.5 mM IPTG in 3 hours at 37°C. The target protein was purified by immobilized metal ion chromatography in denaturing conditions with a yield of 2.5 mg/mL per 10 mL of bacterial culture. The recombinant expression of OPNr-6xHis was also possible with the pLysS strain, however in a lower efficiency. The low amount of recombinant OPN did not allow its purification. The production of seminal plasma recombinant proteins is a new tool for the study of its functions. The improvement of expression and purification processes is important for this biotechnology which has a great potential for therapeutic and diagnose applications.

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:51:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 383074.pdf: 317111 bytes, checksum: 586824978be7b33eb0edbe3378f0449d (MD5) Previous issue date: 2006-09-12 / Introdu??o Devido a sua estrutura mineralizada e inerte, ao seu tamanho e a sua localiza??o, dentes molares e pr?-molares s?o considerados boas fontes para obten??o do DNA necess?rio para a identifica??o molecular de pessoas. V?rias metodologias t?m sido empregadas para obten??o de DNA a partir dos dentes, sendo que o uso do equipamento de pulveriza??o criog?nica Freezer mill ? para a pulveriza??o e da coluna concentradora MicroconTM-100 s?o procedimentos padr?o mais utilizados e difundidos. O uso conjunto dessas duas metodologias ?, por?m, demorado e de custo elevado. N?s desenvolvemos este trabalho com o objetivo de testar e padronizar um novo m?todo econ?mico e r?pido para a obten??o de DNA de dentes para estudos forenses. O resultado deste trabalho vem a atender aos interesses do Conv?nio de Coopera??o entre o Programa de P?s-Gradua??o em Biologia Celular e Molecular da PUCRS (PPGBCM-PUCRS) e o Instituto-Geral de Per?cias (IGP-RS) da Secretaria da Justi?a e da Seguran?a P?blica do Rio Grande do Sul (SJS-RS), o qual visa desenvolver pesquisas que atendam ?s necessidades de avan?o na linha de investiga??o da Biologia Forense. Material Foram utilizados dentes molares ou pr?-molares provenientes de 26 cad?veres n?o identificados previamente, depositados no DML-RS. Para cada cad?ver avaliado foi registrado seu estado geral de apresenta??o, o tempo estimado de morte, a idade e o local onde o cad?ver foi encontrado. Os dentes foram retirados dos cad?veres, armazenados por no m?nimo 24 horas a 80?C e, posteriormente, utilizados nos testes. A escolha dos corpos foi aleat?ria, abrangendo v?rios est?gios de decomposi??o, tempo de morte e locais onde foram encontrados. Metodologia Material Foram utilizados dentes molares ou pr?-molares provenientes de 26 cad?veres n?o identificados previamente, depositados no DML-RS. Para cada cad?ver avaliado foi registrado seu estado geral de apresenta??o, o tempo estimado de morte, a idade e o local onde o cad?ver foi encontrado. Os dentes foram retirados dos cad?veres, armazenados por no m?nimo 24 horas a 80?C e, posteriormente, utilizados nos testes. A escolha dos corpos foi aleat?ria, abrangendo v?rios est?gios de decomposi??o, tempo de morte e locais onde foram encontrados. Metodologia Para a economia: (I) foi usado o moinho mineral?gico IKA (Ika do Brasil RJ- Brasil), de baixo custo em compara??o ao uso do Freezer mill?; (II) foi usado precipita??o do DNA com o uso de isopropanol, de baixo custo em compara??o ao uso do MicroconTM-100. Para a rapidez: foi testado o tempo de duas horas para a incuba??o do tecido no tamp?o de lise celular em compara??o ao tempo padronizado de 12 horas. Procedimentos: N?s usamos o moinho mineral?gico IKA para obten??o de tecido pulverizado dos dentes a fim de extrair DNA na quantidade e qualidade necess?rias para a obten??o de perfil gen?tico. Cada amostra foi mo?da e separada em quatro subamostras, nas quais foi avaliado o tempo de incuba??o (2 ou 12 horas de incuba??o) e o m?todo de precipita??o final do DNA (MicroconTM 100 ou isopropanol). A quantidade e a qualidade do DNA obtido foram testadas. A viabilidade de uso do DNA nuclear e do DNA mitocondrial obtido foi verificada pela capacidade de amplifica??o por t?cnica de Polymerase Chain Reaction (PCR) das amostras atrav?s do uso dos kits apropriados. Resultados e Discuss?o: A utiliza??o do moinho mineral?gico IKA para pulveriza??o de tecido foi eficaz em todas as amostras testadas. As amostras processadas com MicroconTM-100 n?o apresentaram diferen?as significativas na quantidade de DNA obtido quando incubadas por 2 ou 12 horas, o que permite aceitar que uma incuba??o de duas horas ? suficiente para o procedimento padr?o. O mesmo foi verificado nos subgrupos, nos quais, a precipita??o foi realizada com isopropanol. Com o uso do MicroconTM-100 obteve-se uma concentra??o superior de DNA quando comparado ao uso do isopropanol (p<0,001). No entanto, a precipita??o por isopropanol obteve um DNA de pureza superior ao do DNA processado com MicroconTM-100 (p<0,001). Dos 26 casos avaliados, dentes de 20 corpos tiveram seu DNA nuclear autoss?mico identificado com sucesso e, em dois dos 20 casos, foi tamb?m utilizada com sucesso a an?lise do cromossomo Y, n?o excluindo v?nculo patril?neo. Os seis demais casos apenas foram identificados pela an?lise do DNA mitocondrial, n?o excluindo o v?nculo matril?neo. A menor concentra??o de DNA derivada da precipita??o realizada com isopropanol parece ter sido compensada pela maior pureza do material uma vez que houve similaridade do n?meros de loci analisados com sucesso quando se comparam MicroconTM-100 e isopropanol. O estado geral do cad?ver, o tempo estimado de morte, a idade e o local onde o cad?ver foi encontrado n?o foram significativamente associados com a quantidade ou a qualidade do DNA obtido, bem como com o n?mero de loci analisados com sucesso. Conclus?o: A utiliza??o do moinho mineral?gico IKA para pulveriza??o de tecido foi eficaz e pode substituir o uso do Freezer mill? reduzindo o custo dos procedimentos. A precipita??o com isopropanol foi eficaz e pode substituir o uso do MicroconTM-100 reduzindo ainda mais o custo dos procedimentos. Um tempo de duas horas para a incuba??o do tecido no tamp?o de lise celular foi eficaz para reduzir o tempo dos procedimentos. Os experimentos desenvolvidos neste trabalho testaram e padronizaram um novo m?todo r?pido e econ?mico para a obten??o de DNA de dentes para estudos forenses, que pode ser empregado em outros caso de identifica??o de cad?veres humanos. O resultado deste trabalho poder? atender aos interesses do Conv?nio de Coopera??o entre o PPGBCM-PUCRS e o IGP-RS no desenvolvimento e no avan?o na linha de investiga??o da Biologia Forense.

A leucemia linfóide aguda de células T (LLA-T) é um tipo agressivo de câncer hematológico que surge a partir da transformação maligna de progenitores de células T. Apesar do progresso significativo no tratamento atual, os desafios concentram-se na morbidade após os regimes de quimioterapia convencionais e na sobrevida pós-recaída. Além disso, os pacientes com LLA-T apresentam pior prognóstico quando comparados àqueles com precursores de células B, consequentemente, novas abordagens terapêuticas ainda se fazem necessárias para aprimorar os resultados naquele subtipo. YM-155 é um derivado imidazólico originalmente classificado como supressor transcricional de survivina e tem demonstrado potente efeito antiproliferativo sobre uma grande variedade de tumores humanos, porém a atividade desse composto ainda é pouco explorada em linhagens de células T. Dessa forma, o objetivo deste trabalho foi avaliar os efeitos de YM-155 no crescimento e morte celular em linhagens de LLA-T infantil. O presente estudo demonstrou que YM-155 exibiu atividade antiproliferativa e potente efeito indutor de apoptose nessas células, na qual a linhagem JURKAT mostrou ser mais sensível ao tratamento em relação a CCRF-CEM, apresentando o valor de CI50, respectivamente, 73,11 ± 7,65 nM e 2,17 ± 0,08 μM. Além disso, YM-155 diminuiu significativamente a capacidade de formação de colônias e induziu o bloqueio do ciclo celular da CCRF-CEM na fase S e, na linhagem JURKAT, diminuiu substancialmente a população em G2/M e aumentou a fração Sub-G1. No entanto, em ambas, não foi observada a inibição da expressão de survivina após tratamento com YM-155, assim como a inibição da expressão dos genes VEGF e Bcl-xL, o que sugere que esse composto, em linhagens LLA-T mutadas para TP53, esteja atuando de forma independe da inibição de survivina e do fator de transcrição SP-1. Conclui-se que YM-155 é eficaz na redução do crescimento e aumento de morte celular, portanto representa um agente antitumoral promissor em linhagens de leucemia linfóide aguda de células T. / T-cell acute lymphoblastic leukemia (T-ALL) is an aggressive hematological cancer that arises from the malignant transformation of T-cell progenitors. Despite the significant progress in current treatment, challenges remain the lifelong morbidity after present chemotherapy regimens and post-relapse survival. Additionally, patients with T-ALL have poor prognosis compared to those with B-cell precursor, consequently, novel therapeutic approaches are still needed to improve the outcome in this cohort. YM-155 is an imidazolium derivative originally discovered as supressant of survivin transcription and has potent antiproliferative effects on a variety of human cancer, but, YM-155 effect in T-ALL cell line is underexplored. Based on this information, the present study aimed to evaluate YM-155 effect on cell lines derived from pediatric T-ALL. The drug exhibited antiproliferative activity and induced apoptosis. JURKAT cells (IC50 value: was 73.11 ± 7.65 nM) was more sensitive to treatment than CCRF-CEM (IC50 value: 2.17 ± 0.08 uM). Moreover, YM- 155 decreased clonogenic capacity and affected cell cycle dynamic. In CCRF- CEM, the treatment induced S phase arrest and, in JURKAT cells, decreased G2/M population and increased sub-G1 fraction. However, in both cell line, inhibition of survivin expression was not observed after treatment with YM-155, as well as the inhibition of VEGF and Bcl-xL genes expression, suggesting that this compound, in p53-deficient T-ALL cell line, is acting independently of survivin and SP-1 transcription factor inhibition. This results reinforcing the likelihood of using YM-155 as a therapeutic approach to combat leukemia and increase knowledge about mechanisms in vitro.

Submitted by Hellen Luz (hellencrisluz@gmail.com) on 2017-07-24T16:22:21Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_PerfilMolecularGenes.pdf: 1048037 bytes, checksum: d0479df3122ed434a7a26c2cbc4534bf (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-07-25T13:09:26Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_PerfilMolecularGenes.pdf: 1048037 bytes, checksum: d0479df3122ed434a7a26c2cbc4534bf (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-25T13:09:26Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_PerfilMolecularGenes.pdf: 1048037 bytes, checksum: d0479df3122ed434a7a26c2cbc4534bf (MD5) Previous issue date: 2014-01-23 / Nos últimos anos, novos anticoagulantes têm sido desenvolvidos com o objetivo de minimizar as dificuldades encontradas no manejo clínico das drogas convencionais, porém não existem dados publicados sobre a sua farmacogenética. Diante da hipótese de que os polimorfismos relacionados à sua metabolização possam ser fonte de variabilidade genética, o presente estudo objetiva realizar inferências de epidemiologia molecular dos polimorfismos nos genes CyP3a4 (rs2246709) e CyP2j2 (rs890293), relacionados ao metabolismo do Rivaroxaban, um novo inibidor direto do fator Xa. São analisadas 136 amostras de indivíduos saudáveis de uma população do Norte do Brasil que apresenta um elevado grau de mistura interétnica. Para alcançar o objetivo farmacogenético foi realizada, em paralelo, análise de ancestralidade genômica nos indivíduos investigados. Os resultados demonstraram diferenças significativas entre os genótipos do CyP3a4 observados no estudo, quando comparados a todas as populações ancestrais para o polimorfismo 99365719 a>G (P<0,05). a população miscigenada do Norte do Brasil, portanto, apresentou diferença na distribuição das frequências genotípicas em relação aos grupos ancestrais, formadores de nossa população. O mesmo achado não é observado para polimorfismo do gene do CyP2j2. Destaca-se que o polimorfismo no gene do CyP3a4, na amostra investigada, sofre influência da contribuição étnica européia individual. Considerando, a elevada miscigenação que caracteriza a população local e o avanço da Farmacogenômica na medicina atual, os dados podem contribuir para a melhor compreensão da farmacogenética do novo anticoagulante. / In recent years, new anticoagulants have been developed with the purpose of minimizing the difficulties encountered in the clinical management of conventional dru- gs, but there are no published data on its pharmacogenetics. Considering the hypothe- sis that polymorphisms related to its metabolism may be the source of genetic variability, this study aims to make inferences on molecular epidemiology of polymorphisms in CyP3a4 (rs2246709) and CyP2j2 (rs890293) genes related to the metabolism of Rivaroxaban, a new direct factor Xa inhibitor. 136 samples from healthy individuals in a population of northern Brazil with a high degree of inter-ethnic mix, so as to guarantee that the pharmacogenetic goal was achieved, have been subjected to a parallel analysis of genomic ancestry for the individuals investigated. The results sho- wed significant differences among genotypes for CyP3a4 observed in the study com- pared to all ancestral populations for a polymorphism 99,365,719 a> G ( P < 0.05). The mixed population of northern Brazil, therefore, showed differences in the distribution of genotype frequencies in relation to ancestral groups, forming our population. The same finding was not observed for the CyP2j2 gene polymorphism. It is noteworthy that the polymorphism in the CyP3a4 gene in the investigated sample is influenced by indivi- dual ethnic European contribution. Considering the high miscegenation featuring local people, and the advancement of Pharmacogenomics in current medicine, such data can contribute to a better understanding of the pharmacogenetics of that new anticoagulant.

Submitted by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-04-20T13:22:20Z No. of bitstreams: 1 CarolinedeAndradeBezerraTese2013.pdf: 3627255 bytes, checksum: 986d1d31944191fff8eaee68ee8ef653 (MD5) / Approved for entry into archive by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-04-20T13:22:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 CarolinedeAndradeBezerraTese2013.pdf: 3627255 bytes, checksum: 986d1d31944191fff8eaee68ee8ef653 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-20T13:22:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 CarolinedeAndradeBezerraTese2013.pdf: 3627255 bytes, checksum: 986d1d31944191fff8eaee68ee8ef653 (MD5) Previous issue date: 2013-12-18 / Coffee is in international and Brazilian economical scenery as the second most important natural commodity. Despite that, coffee crops suffer great damage due to the coleopteran coffee borer (Hypothenemus hampei) attack leading to around US$ 500 million loss. In order to control the coffee borer, one strategy is the inhibition of the insect digestive enzyme ??-amylase by Phaseolus vulgaris amylase inhibitor 1 (??AI1). In this context, the research group of Plant-pest Molecular Interaction Laboratory developed GM coffee (Coffea arabica) plants expressing the P. vulgaris ??AI1 gene. This is a promising event to be used in coffee borer control by inhibiting starch insect digestion. However, releasing a GM crop for commercialization and human consumption is possible only after assessing food and environmental safety status, based on international and national procedures. This work is divided in two chapters. In the first chapter is presented the isolation of an amylase cDNA from H. hampei, designated AmyHha. The highest transcript levels of this amylase coincide with the feeding stages of insect, the second instar and adult stage. The Southern blot analysis showed the presence of only one copy of the AmyHha in the H. hampei genome. Finally, was carried out the construction of a structural model based on the AmyHha predicted protein sequence. In the second chapter, food safety of GM coffee crops expressing P. vulgaris ???-AI1 was evaluated. First, the evaluation of allergenic potential of GM coffee grains expressing ???-AI1 and the study of hemolytic effect and thermostability using coffee grains suggest absence of feeding risks concerning cytotoxic effects and inhibition of ???-AI1 after heat treatment. Otherwise, in vitro resistance to digestibility and in silico analysis suggest an allergenic risk of GM coffee grains due to ???-AI1 expression. Thus more investigation must be carried out in order to clarify allergenicity risks and in vivo consequences of this GM coffee grain consumption. / O caf?? destaca-se no cen??rio econ??mico nacional e internacional como a segunda maior ???commodity??? natural. No entanto, a cultura cafeeira apresenta grandes perdas monet??rias em torno de US$ 500 milh??es por ano devido ao ataque da broca-do-caf?? (Hypothenemus hampei). Uma estrat??gia para o controle do H. hampei ?? a inibi????o da enzima digestiva ???-amilase deste inseto pelo inibidor de ???-amilase 1 (???-AI1) de Phaseolus vulgaris. Assim, o grupo de pesquisa do Laborat??rio de Intera????o Molecular Planta-Praga desenvolveu plantas de caf?? Coffea arabica geneticamente modificadas (GM) expressando o gene para o ???-AI1 de P. vulgaris. Entretanto, a libera????o de plantas GM para comercializa????o e consumo humano s?? ?? poss??vel ap??s avalia????es de seguran??a alimentar e ambiental. Esta tese ?? dividida em dois cap??tulos. No primeiro cap??tulo ?? apresentado o isolamento de um cDNA de uma amilase de H. hampei ??? AmyHha. Os maiores n??veis de transcritos desta amilase coincide com as fases de alimenta????o do inseto, o segundo instar larval e a fase adulta. A an??lise por Southern blot demonstrou a presen??a de apenas uma c??pia de AmyHha no genoma do inseto, por fim realizou-se uma constru????o do modelo estrutural com base na sequencia proteica predita de AmyHha. No segundo cap??tulo que trata da avalia????o de seguran??a alimentar de plantas C. arabica GM expressando o inibidor de ???-AI1 de P. vulgaris, o estudo de efeito hemol??tico e termoestabilidade com os gr??os de caf?? GM sugerem a aus??ncia de risco alimentar quanto aos efeitos citot??xicos e inibi????o pelo ???-AI1 ap??s tratamento t??rmico. J?? a resist??ncia ?? digestibilidade in vitro e as an??lises in silico sugerem um potencial risco alerg??nico dos gr??os de caf?? GM devido ?? express??o do ???-AI1. Entretanto, mais investiga????es devem ser realizadas para maiores esclarecimentos quanto ao risco de alergenicidade dos gr??os de caf?? GM expressando ???-AI1 e as consequ??ncias de seu consumo in vivo.

Submitted by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-06-05T17:52:22Z No. of bitstreams: 1 LianaCostaPereiraDissertacao2014.pdf: 1788731 bytes, checksum: aaf1eef40e98ed7a21c08304f7dce33b (MD5) / Approved for entry into archive by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-06-05T17:54:37Z (GMT) No. of bitstreams: 1 LianaCostaPereiraDissertacao2014.pdf: 1788731 bytes, checksum: aaf1eef40e98ed7a21c08304f7dce33b (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-05T17:54:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 LianaCostaPereiraDissertacao2014.pdf: 1788731 bytes, checksum: aaf1eef40e98ed7a21c08304f7dce33b (MD5) Previous issue date: 2014-05-29 / Viral infections affect every living organism. Health care programs and vaccines have been developed to control and prevent those infections, but there is still the occurrence of severe diseases and with great social-economic importance, whose only alternative is the treatment with antivirals drugs. Those compounds possess different mechanisms of action and are specific for each virus. Nevertheless, with many viruses resistant strains rise, a growing interest in novel antivirals development or in the improvement of existing drugs have been observed. In the last few years, antimicrobial peptides have shown antiviral activities making them candidates for antiviral drugs. The present study aimed to evaluate the possible antiviral activities of synthetic peptides clavanin MO, LL-37, Cn-AMP1 and variants of the Pa-MAP1 against HSV-1 and the Aichivirus replication. The peptides cytotoxic effects against Vero cells were evaluated by MTT method, whereas the clavanin MO, the Pa-MAP 1.8 and Pa-MAP 18br showed more cytotoxicity, with concentrations higher than 15,4 ??M and 12 ??M, respectively. Considering the antivirals assays, it was observed that the peptide Pa-MAP 1 causes 90 % of HSV-1 replication, with a SI higher than 4.8 and a virucidal mechanism of action, but null against the Aichivirus. Futhermore LL- 37 presented 90 % of Aichivirus inhibition, with a SI of 3.4. Others peptides tested showed percentages below 41 %. Future studies are need in order to elucidate which HSV-1 structure does Pa-MAP1 interacts and futher extend to in vivo tests. In summary, this study it is the first one to describe antiviral tests for the treatment of the Aichivirus infection. / As infec????es virais acometem todos os organismos vivos. Para o controle e preven????o dessas infec????es, programas de sa??de p??blica e vacinas t??m sido desenvolvidos, mas ainda h?? a ocorr??ncia de doen??as graves e de grande impacto socioecon??mico cuja ??nica alternativa ?? o tratamento com antivirais. Estes possuem diferentes mecanismos de a????o e s??o espec??ficos para cada tipo viral. Entretanto, o surgimento de variantes resistentes de muitos tipos virais tem levado h?? um crescimento no interesse de desenvolver novos antivirais ou at?? mesmo melhorar os existentes. Nos ??ltimos anos, estudos sobre pept??deos antimicrobianos relatam a atividade antiviral desses compostos, tornando-os candidatos a medicamentos antivirais. O presente estudo teve como objetivo avaliar a poss??vel atividade antiviral dos pept??deos sint??ticos clavanina MO, LL-37, Cn-AMP1 e variantes da Pa-MAP contra o Herpes v??rus humano 1 e Aichiv??rus. O efeito citot??xico dos pept??deos em c??lulas Vero foi avaliado pelo m??todo do MTT, sendo que a clavanina MO, a Pa- MAP 1.8 e Pa-MAP 18br demonstraram maior citotoxicidade em concentra????es maiores que 15,4 ??M, e 12 ??M, respectivamente. Considerando os ensaios antivirais, observou-se que o pept??deo Pa-MAP1 apresentou 90 % de inibi????o da replica????o do HHV-1, com um IS maior que 4,8, sendo que seu mecanismo de a????o foi definido como virucida, por??m contra o Aichiv??rus o PI foi nulo. Al??m disso, LL-37 apresentou 90 % de inibi????o do Aichiv??rus com um IS de 3,4. Os outros pept??deos testados apresentaram percentuais abaixo de 41 % contra ambos os v??rus. Futuros estudos moleculares s??o necess??rios para se determinar com qual estrutura do HHV-1 a Pa-MAP1 interage e para estender os testes para modelos in vivo. Este estudo ?? o primeiro a relatar testes antivirais para o tratamento do Aichiv??rus.

Submitted by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-06-21T18:44:08Z No. of bitstreams: 1 FernandadeAraujoCarneiroDissertacao2014.pdf: 3295341 bytes, checksum: ae61848c5cda4564d3f875fdf8b3d387 (MD5) / Approved for entry into archive by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-06-21T18:44:32Z (GMT) No. of bitstreams: 1 FernandadeAraujoCarneiroDissertacao2014.pdf: 3295341 bytes, checksum: ae61848c5cda4564d3f875fdf8b3d387 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-21T18:44:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 FernandadeAraujoCarneiroDissertacao2014.pdf: 3295341 bytes, checksum: ae61848c5cda4564d3f875fdf8b3d387 (MD5) Previous issue date: 2014-09-05 / Of all the different activities related to agricultural industry worldwide, coffee agribusiness is among the most important ones, both economically and socially, being the main livelihood for more than 125 million people in more than 60 countries. Commercial coffee production is mostly based on two species, Coffea arabica and C. canephora. The high genetic variability of C. canephora, due to its level of allogamy, is of great importance for breeding programs of coffee as a source of novel alleles and co-evolved genetic combinations. The molecular analysis of genetic diversity has become increasingly efficient, necessary and refined, as molecular techniques have evolved and morphological traits do not supply sufficient information to fully describe an individual. An important tool in the study of genetic diversity is the use of SNP (Single Nucleotide Polymorphism) based molecular markers. In the case of C. canephora diversity studies may benefit breeding programs in selecting individuals to optimize mating schemes or assess the diversity and relatedness of clonal varieties. This study aimed to (i) evaluate and characterize the diversity and the genetic structure of C. canephora Conilon individuals belonging to a population located at Embrapa Cerrados, by nextRAD genotyping (reductively-amplified Nextera tagmented-DNA); (ii) identify potential parents of these individuals and (iii) validate genotyping technique in genomic scale. A total of 11,230 SNPs were obtained for C. canephora Conilon individuals by technique nextRAD, of these, 573 markers were selected for the diversity analysis, kinship and genetic structure using the Cervus, adegenet and Structure. The genetic diversity (0.405) and the mean observed heterozygosity (0:41) were high considering the bi-allelic markers and more than 64% of the SNPs showed PIC values higher than 0.3. In terms of population, the two methodologies used (Bayesian method and DAPC) identified different numbers of groups formed for the same set of data. In kinship analysis some parents are more frequent in the population. The data generated for the population will be useful in upcoming association studies the development of genomic prediction models. / Dentre as diferentes atividades ligadas ao neg??cio agr??cola em n??vel mundial, o agroneg??cio cafeeiro est?? entre as de maior import??ncia econ??mica e social, sendo o principal meio de subsist??ncia para mais de 125 milh??es de pessoas e produzido em mais de 60 pa??ses. A produ????o cafeeira comercial baseia-se principalmente em duas esp??cies: Coffea arabica e Coffea canephora. A grande variabilidade gen??tica do C. canephora devido sua alogamia, ?? um fator de grande import??ncia para os programas de melhoramento do cafeeiro, pois fornece uma fonte de novos genes. O estudo molecular da diversidade gen??tica vem se demonstrando cada vez mais eficiente, necess??rio e refinado, uma vez que as t??cnicas moleculares est??o evoluindo e os descritores morfol??gicos est??o se tornando insuficientes para a descri????o de um indiv??duo. Uma ferramenta muito importante no estudo da diversidade gen??tica ?? o uso dos marcadores moleculares SNPs (Single Nucleotide Polymorphism), estes consistem na varia????o de sequ??ncia de DNA, podendo ser identificados em praticamente todos os genes. No caso de C. canephora, estudos de diversidade podem facilitar a orienta????o dos programas de melhoramento na escolha de genitores para cruzamentos ou de gen??tipos para composi????o de variedades clonais. Este trabalho objetivou (i) avaliar e caracterizar, por meio da t??cnica de genotipagem nextRAD (Nextera-tagmented reductively-amplified DNA), a diversidade e a estrutura gen??tica de indiv??duos de C. canephora Conilon, pertencentes a uma popula????o localizada na Embrapa Cerrados; (ii) identificar os poss??veis genitores desses mesmos indiv??duos e (iii) validar a t??cnica de genotipagem em escala gen??mica utilizada nesse estudo. Um total de 11.230 SNPs foram identificados em indiv??duos de C. canephora Conilon por meio da t??cnica de genotipagem nextRAD, destes, 573 marcadores foram selecionados para as an??lises de diversidade, parentesco e estrutura gen??tica utilizando os software Cervus, adegenet e Structure. A diversidade gen??tica (0.405) e a m??dia da heterozigosidade observada (0.41) foram altas considerando marcadores bial??licos e mais de 64% dos SNPs apresentaram valores de PIC superiores a 0.3. Em termos de popula????o foi poss??vel verificar que as duas metodologias utilizadas (m??todo Bayesiano e DAPC) identificaram n??meros diferentes de grupos formados para o mesmo conjunto de dados. Na an??lise de parentesco foi poss??vel identificar alguns genitores bastante frequentes na popula????o. Os dados gerados para a popula????o ser??o ??teis em estudos futuros de associa????o e no desenvolvimento de modelos de predi????o gen??mica.

Submitted by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-06-21T19:19:36Z No. of bitstreams: 1 MichelleFlaviane SoaresPintoDissertacao2017.pdf: 7287359 bytes, checksum: 734fa9e17653c77cb914268a7214d6fd (MD5) / Approved for entry into archive by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-06-21T19:19:48Z (GMT) No. of bitstreams: 1 MichelleFlaviane SoaresPintoDissertacao2017.pdf: 7287359 bytes, checksum: 734fa9e17653c77cb914268a7214d6fd (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-21T19:19:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 MichelleFlaviane SoaresPintoDissertacao2017.pdf: 7287359 bytes, checksum: 734fa9e17653c77cb914268a7214d6fd (MD5) Previous issue date: 2015-10-20 / Cancer consists of a generic term applied to various diseases, presenting an uncontrolled growth of cells capable of invading tissues and organs and spread to other parts of the body. These cells tend to be very aggressive, uncontrolled, dividing rapidly and determining the tumors formation. Since cancer is one of the major causes of mortality and morbidity worldwide, it is necessary to discover new ways of treatment and new molecules that are less harmful than conventional therapies. Many alternatives aimed for screening anticancer peptides, seeking molecules in nature that can serve as new medicine. Among them are cyclotides, a multifunctional family of peptides characterized by C- to N-termini connection and for presenting a characteristic arrangement named cyclic cystein knot (CCK) stabilized by three bridges sulfide. In this work, we extracted and characterized the parigidinbr2 cyclotide, belonging to the family of the bracelets isolated from Palicourea rigida leaves, which unlike other cyclotides present its C- and N-termini free. The parigidin-br2 showed anticancer activity against both cell lines, MCF-7 (breast cancer) and CACO2 (colorectal adenocarcinoma) at concentrations of 10.5 ??M and 5.25 ??M, with no hemolytic activity at these concentrations. Additionally, the kalata B2 and parigidin-br1 cyclotides were nanostructured using polymers Eudragit?? L 100-55 and RS 30 D (3: 1 w: w). Dynamic light scattering analysis show nanoparticles of 91 nm in diameter kalata B2 and 188 nm in diameter parigidin-br1. Furthermore, the encapsulation rate was 95% for both cyclotides. In vitro assays showed that the nanostructured cyclotides were capable of control the MCF-7 and CACO2 growth. Data here reported indicated that nanoformulated cyclotides showed anticancer activity, exhibiting sustained drug release, indicate that Eudragits?? nanocapsules can be successfully utilized cyclotides delivery, generating delivery systems for cancer control. / C??ncer consiste em um termo gen??rico aplicado a v??rias doen??as, apresentando um crescimento desordenado de c??lulas capazes de invadir tecidos e ??rg??os e espalhar-se para outras regi??es do corpo. Estas c??lulas tendem a ser muito agressivas e incontrol??veis, dividindo-se rapidamente e determinando a forma????o de tumores. Uma vez que o c??ncer consiste em uma das grandes causas de mortalidade e morbidade em todo mundo, faz-se necess??ria a descoberta de novas formas de tratamento e novas mol??culas que sejam menos danosas que as terapias convencionais. Muitas alternativas visam ?? prospec????o de pept??deos antic??ncer, buscando mol??culas na natureza que possam servir como novos medicamentos. Dentre estes, podem ser observados os ciclot??deos, uma fam??lia multifuncional de pept??deos caracterizada pela uni??o do C- com o N-terminal e por apresentarem um arranjo caracter??stico, o cyclic cystein knot (CCK), estabilizado por tr??s pontes dissulfeto. Neste trabalho foi extra??do e caracterizado de folhas de Palicourea rigida o ciclot??deo parigidinabr2, pertencente a fam??lia dos braceletes, que diferente dos outros ciclot??deos, apresenta seu C- e N-terminal livres. A parigidina-br2 apresentou atividade antic??ncer contra duas linhagens de c??lulas, a MCF-7 (c??ncer de mama) e CACO2 (adenocarcinoma do colorretal) nas concentra????es de 10.5 ??M e 5.25 ??M, com aus??ncia de atividade hemol??tica nestas concentra????es. Adicionalmente os ciclot??deos kalata B2 e parigidina-br1 foram nanoc??psulados usando pol??meros Eudragit?? L 100-55 e RS 30 D (3: 1 w: w). An??lise de espalhamento de luz din??mico mostraram nanopart??culas com 91 nm de di??metro para kalata B2 e 188 nm de di??metro para parigidin-br1. Al??m disso, a taxa de encapsula????o foi de 95% para ambos os ciclot??deos. Os ensaios in vitro mostraram que os ciclot??deos nanoestruturados foram capazes de controlar o desenvolvimento de c??lulas de MCF-7 e CACO2. Os dados aqui relatados indicam que ciclot??deos nanoformulados apresentaram atividade antic??ncer, exibindo libera????o sustentada, indicando que nanoc??psulas empregando os Eudragits?? podem ser utilizados com sucesso na entrega de ciclot??deos, gerando um sistema de entrega para o controle do c??ncer.