Objetivou-se no presente trabalho obter índices de diversidade genética para o SNP (single nucleotide polymorphism) 8514 do íntron quatro do gene OPN e analisar a associação entre esse polimorfismo e a produção de leite em animais participantes do Teste de Progênie da raça girolando, por meio da análise das variáveis de produção de leite em até 305 dias (P305) e capacidade prevista de transmissão (PTA) de leite. Para o estudo de diversidade genética, foram analisados 87 touros e 347 vacas (n = 434) e para a análise de associação foram avaliados 32 touros e 159 vacas (n = 204), os quais apresentavam dados fenotípicos disponíveis. Para amplificação dessa região gênica, foram utilizados os primers descritos para a raça holandesa e a diferenciação dos alelos C/T desse SNP foi obtida por meio da técnica de PCRRFLP. As frequências dos genótipos encontradas foram TT (52,53%), CT (38,71%) e CC (8,76%) e as frequências alélicas de T (71,9%) e C (28,1%) estando de acordo com o equilíbrio de Hardy-Weinberg (p > 0,05). Foi estimado um baixo nível de endogamia (Fis = 0,043), o que sugere que a população apresenta mais indivíduos homozigotos para o alelo T devido à provável herança deste alelo o da raça zebuína e não pela prática de endogamia realizada no rebanho. O estudo de associação entre o gene OPN e a produção de leite não detectou associação com as variáveis analisadas, P305 e PTA. Os resultados deste trabalho estão de acordo com os observados na raça holandesa, na qual não foi observado efeito aditivo dos alelos desse SNP com a produção de leite. Outros estudos devem ser conduzidos para se inferir com maior precisão a importância desse gene na produção de leite na raça girolando. / The objective of the present work to obtain indices of genetic diversity for the SNP (single nucleotide polymorphism) of the 8514 intron four of OPN gene and analyze the association between this polymorphism and milk production in animals participating in the Progeny Test Girolando through analysis of the yield of milk in 305 days (P305) and predicted transmitting ability (PTA) of milk. For the study of genetic diversity, we analyzed 87 bulls and 347 cows (n=434) and the association analysis were evaluated 32 bulls and 159 cows (n=204), which showed phenotypic data available. For amplification of this gene region, we used the primers described for the Holstein and differentiation of alleles C/T SNP that was obtained by PCR-RFLP. The frequencies of TT genotypes were found (52.53%), CT (38.71%) and CC (8.76%) and allele frequencies of T (71.9%) and C (28.1%) being according to the Hardy-Weinberg equilibrium (p>0.05). We estimated a low level of inbreeding (Fis=0.043), suggesting that the population has more individuals homozygous for the T allele likely due to the inheritance of this allele of the zebu breed and not held by the practice of inbreeding in the herd. The study of association between the OPN gene and milk production did not detect association with variables, P305 and PTA. These results are consistent with those observed in Holstein, which was not observed additive effect of alleles of this SNP with milk production. Other studies should be conducted to infer more precisely the importance of this gene in milk production in girolando breed.

Há algum tempo dados genéticos vêm sendo utilizados para inferências quanto à natureza do tráfico de escravos ocorrido no período colonial no Atlântico Sul e sobre a origem dos africanos que chegaram ao Brasil. A utilização de marcadores de linhagem mais específicos, como é o caso do DNA mitocondrial (mtDNA) e da região não-recombinante do cromossomo Y (NRY) pode se constituir em poderoso instrumento para o esclarecimento dessas questões. Este trabalho utilizou esses enfoques através do seqüenciamento da HVS-I do mtDNA (highly variable segment I) e de testes em 30 SNPs (single nucleotide polymorphisms) localizados na região não-recombinante do cromossomo Y, em uma amostra de 133 indivíduos classificados como derivados de africanos (preto e pardo) do estado do Rio Grande do Sul (Porto Alegre e região metropolitana), bem como 144 homens classificados do mesmo modo no estado do Rio de Janeiro (Rio de Janeiro e região metropolitana). Os dados do mtDNA indicaram que 89,5% e 78% das matrilinhagens encontradas, respectivamente, no Rio de Janeiro e em Porto Alegre eram de origem africana. Destas, 69% e 82% eram de origem da África Centro-oeste (região típica de povos que falam línguas Bantus), enquanto que a fração complementar teria uma origem no Oeste africano (não-Bantu). Estes resultados estão de acordo com os registros históricos. Os marcadores do cromossomo Y revelaram que 56% (Rio de Janeiro) e 36% (Porto Alegre) destes cromossomos tinham uma origem africana. No entanto, diferentemente do que aconteceu com o mtDNA, as análises não permitiram discriminar os locais de origem dentro do continente africano. Parece, portanto, haver maior estruturação nos dados obtidos com o mtDNA do que com o cromossomo Y, sugerindo uma maior taxa de migração dos homens do que das mulheres dentro do grande tronco lingüístico Niger-Congo. Porto Alegre e Rio de Janeiro quando comparadas em relação ao mtDNA, não apresentam diferenciação significativa, embora pudessem ser observadas algumas diferenças, em destaque a maior presença de linhagens mitocondriais de origem ameríndia em Porto Alegre (16,4%) do que no Rio de Janeiro (8,5%). Já a diferença entre Porto Alegre e o Rio de Janeiro foi significativa quanto aos dados do cromossomo Y. Especialmente notável, é a presença de cromossomos de origem indígena em Porto Alegre: haplogrupos Q* e Q3*, nas freqüências de 3,5% e 1,7%, respectivamente. Analisando somente os indivíduos tipados tanto para o mtDNA quanto para os marcadores do Y, nota-se que ~ 50% deles nas duas amostras apresentam linhagens mitocondriais e do cromossomo Y de origem africana, enquanto de forma complementar, o número de indivíduos com matrilinhagens africanas e cromossomos Y europeus e/ou asiáticos ou ameríndios foi de ~ 41% e ~ 35% para o Rio de Janeiro e Porto Alegre, respectivamente. As amostras estudadas, portanto, caracterizam-se como sendo amplamente mescladas, apenas metade dos genomas considerados sendo de origem completamente africana. / Genetic data have been used for some time now for inferences about the nature of the slave trade that occurred in South Atlantic in the Colonial Period, as well as about the origins of the Africans who arrived in Brazil. The use of lineage-specific markers, like mitochondrial DNA (mtDNA) and those of the non-recombining region of the Y chromosome (NRY), can constitute a powerful tool for elucidation of these questions. This work utilized this approach through sequencing of the mtDNA HVS-I (highly variable segment I), as well by testing 30 SNPs (single nucleotide polymorphisms) located in chromosome Y’s nonrecombining region in a sample of 133 individuals classified as African-derived (black or mulatto) from the state of Rio Grande do Sul (Porto Alegre and metropolitan region), as well as 144 men classified in the same manner in the state of Rio de Janeiro (Rio de Janeiro and metropolitan region). The mtDNA data indicated that 89.5% and 78% of the matrilineages found in Rio de Janeiro and Porto Alegre were of African origin. Of these, respectively, 69% and 82% were of Central-West African origin (region typically of people who speak Bantu languages), while the complementary fraction would have the West African origin (non-Bantu). These results are in accordance with the historical records. The Y chromosome markers revealed that 56% (Rio de Janeiro) and 36% (Porto Alegre) of these chromosomes should have an African origin. But differently of what occurred with the mtDNA results, the analyses did not allow a discrimination of the places of their origin within the African continent. It seems, therefore, that a higher structuration occurs in the mtDNA data as compared to the Y chromosome results, suggesting a higher male in relation to female migration rates within the large Niger-Congo linguistic family. Porto Alegre and Rio de Janeiro do not present significant mtDNA frequency differences, although the Amerindian mtDNA presence is higher in Porto Alegre (16.4%) than Rio de Janeiro (8.5%). On the other hand, Porto Alegre and Rio de Janeiro do show significant differences in the Y chromosome data. Especially notable is the presence of Amerindian chromosomes in Porto Alegre: frequencies of, respectively, 3.5% and 1.7% for haplogroups Q* and Q3*. Considering just the individuals simultaneously typed for mtDNA and the Y chromosome, it is verified that ~50% of then show mtDNA and Y chromosome lineages of African origin, while the number of individuals with African mtDNA but European and/or Asiatic or Amerindian lineages was ~41% for Rio de Janeiro and ~35% for Porto Alegre. The samples studied, therefore, can be characterized as amply admixed, only half of the genomes considered being completely of African origin.

Orientadores : Luiz Carlos Zeferino, Maria Salete Costa Gurgel / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-11-09T15:57:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Menezes_MarcusViniciusMartinsde_M.pdf: 4462397 bytes, checksum: 19e649c8f79ccdfab39e8019f7d69049 (MD5) Previous issue date: 2002 / Resumo: Este estudo teve como objetivo avaliar a associação entre a expressão das proteínas bcl-2, c-erbB-2 e p53 com o tecido mamário não-neoplásico, o carcinoma ductal in situ e o carcinoma invasivo da mesma mama, através da imuno-histoquímica, e verificar se há um padrão de variação identificável da expressão destas proteínas com a gravidade das lesões. Foram incluídas 56 mulheres que apresentaram na mesma mama carcinoma invasivo associado com carcinoma in situ. Foram utilizados anticorpos monoclocais específicos para bcl-2 (MxH, clone 124, DAKO, código M0887-1, diluição 1:40), c-erbB-2 (RxH, DAKO, código A0485-1, diluição 1 :300) e p53 (MxH, D0-7, DAKO, código M7001-1, diluição 1:100). Foi considerado como expressão positiva quando pelo menos 1% das células corou. A prevalência da expressão da proteína bcl-2 foi de 98%, 75% e 64%, respectivamente, no tecido não-neoplásico, carcinoma in situ e carcinoma invasivo e estas diferenças foram estatisticamente significantes. O odds ratio mostrou que a magnitude destas diferenças foi maior entre o tecido não-neoplásico e o carcinoma in situ. Não houve expressão da proteína c-erbB-2 no tecido não-neoplásico e a prevalência da expressão foi de 68% e 61%, respectivamente, para o carcinoma in situ e carcinoma invasivo. A diferença observada entre o tecido não-neoplásico e carcinoma in situ foi estatisticamente significante. A prevalência da expressão da proteína p53 foi de 2%, 18% e 16%, respectivamente, no tecido não-neoplásico, carcinoma in situ carcinoma invasivo e estas diferenças foram estatisticamente significantes entre os dois primeiros componentes. A expressão da proteína bcl-2 foi mais freqüente no carcinoma in situ do subtipo não-comedo e grau nuclear 1 ou 2 e no carcinoma invasivo grau nuclear 1 ou 2. A expressão da proteína c-erbB-2 foi mais freqüente no carcinoma in situ grau nuclear 3 e a expressão da proteína p53 foi mais freqüente no carcinoma invasivo grau nuclear 3. Sessenta e quatro porcento das mulheres apresentaram expressão da proteína bcl-2 nos três componentes e 23% apresentaram apenas no componente não-neoplásico. Sessenta e um porcento das mulheres apresentaram expressão da proteína cerbB- 2 apenas nos componentes carcinoma in situ e carcinoma invasivo e 32% não apresentaram expressão em nenhum dos componentes. Setenta e oito porcento das mulheres não apresentaram expressão da proteína p53 em nenhum dos componentes e 14% apresentaram apenas nos componentes in situe invasivo. Os resultados deste estudo permitem inferir que os genes Bcl-2, C-erbB-2 e P53 estão envolvidos nas fases mais iniciais da carcinogênese mamária, ou seja, na transformação do dueto não-neoplásico em carcinoma in situ. Uma vez instalada a lesão intra-epitelial, a progressão para a forma invasiva dependeria de outros genes / Abstract: The present study aims to evaluate the association among the expression of the proteins bcl2, c-erbB-2 and p53 and the non-neoplasic mammary tissue, the ductal carcinoma in situ and the invasive carcinoma of the same breast using the immunohistochemical technique. Through this evaluation it aims to find out if there is an identifiable pattern of variation of the expression of these proteins with the gravity of the lesions. Fifty six women were included in this study and ali of them had, in the same breast, the association between invasive carcinoma and carcinoma in situ. lt has been used specific monoclonal antibodies for bcl-2 (MxH, clone 124, DAKO, code M0887-1, dilution 1:40), cerbB- 2 (RxH, DAKO, code A0485-1, dilution 1:300) and p53 (MxH, D0-7, DAKO, code M7001-1, dilution 1:100). Positive expression has been considered when, at least 1% of the cells dyed. The prevalence of the expression of the protein bcl-2 was 98%, 75% and 64%, respectively in the non-neoplasic tissue, carcinoma in situ and invasive carcinoma and these differences were statistically significant. The odds ratio confirmed that the magnitude of these differences was higher between the non-neoplasic tissue and the carcinoma in situ. There was no expression of the protein c-erbB-2 in the non-neoplasic tissue and the prevalence of expression of this protein was 68% and 61%, respectively in carcinoma in situ and invasive carcinoma. The difference found between the non-neoplasic tissue and the carcinoma in situ was statistically significant. The prevalence of expression of protein p-53 was 2%, 18% and 16%, respectively in the non-neoplasic tissue, carcinoma in situ and invasive carcinoma and these differences were statistically significant between the two formers only. The expression of the protein bcl-2 was more frequent in carcinoma in situ noncomedo type, nuclear degrees 1 or 2 and in invasive carcinoma nuclear degrees 1 or 2. The expression of protein c-erbB-2 was more frequent in carcinoma in situ nuclear degree 3 and the expression of protein p53 was more frequent in invasive carcinoma nuclear degree 3. Sixty four per cent of women studied showed expression of protein bcl-2 in ali three components and 23% of women showed it only in the non-neoplasic component. Sixty one per cent of women showed expression of protein c-erbB-2 only in carcinoma in situ and invasive carcinoma and 32% did not show expression at ali. Sixty eight per cent of women did not show expression of protein p53 in none of the components and 14% showed it only in the components 'in situ' and 'invasive'. The results of the present study allow us to conclude that the genes Bcl-2, C-erbB-2 and P53 are linked to the initial stages of mammary carcinogenesis, in other words, they are linked to the transformation of the non-neoplasic duct in carcinoma in situ. Once the intra-epithelial lesion has started, the progression to invasive form would depend on other genes / Mestrado / Tocoginecologia / Mestre em Tocoginecologia

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Parkinsons disease (PD) is the second most common neurodegenerative disease after Alzheimers disease, affecting nearly 1% of people above 65 years of age. The major clinical symptoms of this disease are: resting tremor, bradykinesia, rigidity, postural instability and a positive response to dopamine replacement therapy. Pathological findings include selective degeneration of dopaminergic neurons within the substantia nigra, with proteinaceous Lewy body inclusions in surviving cells. The pathogenesis of PD is not yet completely understood, however, both genetic and environmental factors contribute to the disease phenotype. Mutations in the leucine-rich repeat kinase 2 gene (LRRK2; OMIM 609007) represent the most frequent genetic known cause of familial and sporadic PD. The LRRK2 gene encodes a protein, member of the ROCO protein family, that contains both GTPase (ROC) domain and kinase (MAPKKK) domain, as well as, other motifs. In this study, we have screened the main domains of the LRRK2 in a group of 204 PD Brazilian patients. The screening was performed by direct sequencing of the PCR products. By the analysis of 14 exons corresponding to ROC, COR and MAPKKK domains, we identified 31 sequence variations. The novel variants, p.C1770R and p.C2139S, may play a role in the PD pathogenesis. Three exonic alterations (p.R1398R, p.T1410M and p.Y2189C) and nine intronic variants (c.4317+16C>T, c.5317+59A>C, c.5509+20A>C, c.5509+52T>C, c.5509+122A>G, c.5657-46C>T, c.6382-36G>A, c.6382-37C>T and c.6576+44T>C) seem to be not pathogenic. A total of 17 exonic and intronic alterations were previously described in the literature as non-pathogenic polymorphisms (p.R1398H, p.K1423K, p.R1514Q, p.P1542S, c.4828-31T>C, p.G1624G, p.K1637K, p.M1646T, p.S1647T, c.5015+32A>G, c.5170+23T>A, c.5317+32C>T, p.G1819G, c.5948+48C>T, p.N2081D, p.E2108E and c.6381+30A>G). The frequency of pathogenic mutations or potentially pathogenic variants was 3.4% (including the p.G2019S mutation, previously described in our previous report: Pimentel et al., 2008; Abdalla-Carvalho et al., 2010). In familial cases (11.1%) this frequency was approximately six times higher than in sporadic cases (1.8%). Our results suggest that LRRK2 mutations have an important contribution to PD development among Brazilian population. / A doença de Parkinson (DP) é a segunda doença neurodegenerativa mais frequente depois da Doença de Alzheimer, afetando aproximadamente 1% da população com idade superior a 65 anos. Clinicamente, esta doença caracteriza-se pela presença de tremor em repouso, bradicinesia, rigidez muscular e instabilidade postural, os quais podem ser controlados com a administração do levodopa. As características patológicas da DP incluem a despigmentação da substância nigra devido à perda dos neurônios dopaminérgicos e a presença de inclusões proteicas denominadas corpos de Lewy nos neurônios sobreviventes. As vias moleculares envolvidas com esta patologia ainda são obscuras, porém a DP é uma doença complexa, resultante da interação entre fatores ambientais e causas genéticas. Mutações no gene leucine-rich repeat kinase 2 (LRRK2; OMIM 609007) constituem a forma mais comum de DP. Este gene codifica uma proteína, membro da família de proteínas ROCO, que possui, entre outros domínios, dois domínios funcionais GTPase (ROC) e quinase (MAPKKK). Neste estudo, os principais domínios do gene LRRK2 foram analisados em 204 pacientes brasileiros com DP por meio de sequenciamento dos produtos da PCR. Através da análise de 14 exons correspondentes aos domínios ROC, COR e MAPKKK foram identificadas 31 variantes. As alterações novas, p.C1770R e p.C2139S, possuem um potencial papel na etiologia da DP. Três alterações exônicas (p.R1398R, p.T1410M e p.Y2189C) e nove intrônicas (c.4317+16C>T, c.5317+59A>C, c.5509+20A>C, c.5509+52T>C, c.5509+122A>G, c.5657-46C>T, c.6382-36G>A, c.6382-37C>T e c.6576+44T>C) são potencialmente não patogênicas. Ao todo, dezessete variantes exônicas e intrônicas constituem polimorfismos já relatados na literatura (p.R1398H, p.K1423K, p.R1514Q, p.P1542S, c.4828-31T>C, p.G1624G, p.K1637K, p.M1646T, p.S1647T, c.5015+32A>G, c.5170+23T>A, c.5317+32C>T, p.G1819G, c.5948+48C>T, p.N2081D, p.E2108E e c.6381+30A>G). A frequência total de alterações potencialmente patogênicas ou patogênicas detectadas em nossa amostra foi de 3,4% (incluindo a mutação p.G2019S, anteriormente descrita em 2 artigos publicados por nosso grupo: Pimentel et al., 2008; Abdalla-Carvalho et al., 2010), sendo a frequência de mutações nos casos familiares (11,1%) cerca de seis vezes maior do que a encontrada nos casos isolados da DP (1,8%). Os resultados alcançados neste estudo revelam que mutações no gene LRRK2 desempenham um papel significativo como fator genético para o desenvolvimento da DP em pacientes brasileiros.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:56Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-10-23Bitstream added on 2014-06-13T19:19:39Z : No. of bitstreams: 1 leal_ddm_dr_botib.pdf: 1224687 bytes, checksum: a107e39c90387dc0cf8a5b2fc947fde8 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Hepatozoon spp. são parasitas que comumente infectam anfíbios anuros e artrópodes hematófagos. Possuem como uma das características a grande variabilidade morfológica e morfométrica e, devido a estas variações, a denominação correta da espécie é prejudicada. Assim, a visualização do ciclo esporogônico no vetor é a principal forma de resolver este problema. Recentemente, a utilização da genética molecular tem ajudado na denominação de espécies. Neste trabalho coletamos 145 anuros (68 Leptodactylus chaquensis e 77 Leptodactylus podicipinus) em dois diferentes locais de coleta, onde foram encontrados 18 (26,5%) L. chaquensis e 24 (31,3%) L. podicipinus positivos para o parasita. Além de gamontes, também foram observadas formas esquizogônicas nos órgãos dos animais. A diferença de prevalência entre os locais de coleta nas diferentes espécies de anuros não se mostrou estatíscamente significativa. Comparando os gamontes encontrados em cada espécie de anuro, observamos diferenças na morfologia. Infelizmente, não foi possível a comparação a nível molecular para L. podicipinus devido à pequena quantidade de sangue obtido, apenas L. chaquensis teve o DNA de seus parasitas sequenciados. Diante disso, vimos que embora a morfologia e morfometria do parasita em cada local coletado mostrassem diferenças, quando realizamos o sequenciamento, as amostras obtidas foram idênticas, ao passo que quando comparadas à espécies depositadas no GenBank, nossas amostras foram bem diferentes / Hepatozoon spp. are parasites that commonly infect frogs and arthropod vectors. This species has variability in morphological and morphometric characteristics. Due to these variations the name of the species is thus impaired and only by visualizing the sporogonic cycle in vector can be solved this problem. Recently the use of molecular genetics has helped the denomination of species. In this work we collected 145 frogs (68 Leptodactylus chaquensis and 77 Leptodactylus podicipinus) in different sampling sites, where they were found 18 (26.5%) L. chaquensis and 24 (31.3%) L. podicipinus positive for parasites. Besides of gamonts, schizogonic forms also were seen in organs of animals. The positivity difference between the sites for different frog species were not significant. Comparing gamonts found in each species of anuran, we observed differences in morphology. Unfortunately it was not possible in the molecular level comparation for L. podicipinus due to small amount of blood obtained, just L. chaquensis have had their DNA sequenced parasites.Therefore, we have seen that, although the morphology and morphometry of the parasite collected at each site showed differences, the sequencing of these samples revealed identical species of Hepatozoon, and different compared to those from GenBank. We also emphasize that the collection points did not influence the presence of this parasite, even located at a distance of approximately 76 km apart one of other

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:57Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-06-30Bitstream added on 2014-06-13T21:01:41Z : No. of bitstreams: 1 paneto_gg_dr_arafcf_parcial.pdf: 173215 bytes, checksum: 2ba141316e57f525b9ed10acf6c7e979 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / A identificação humana por meio da análise de DNA utiliza o perfil genético de um indivíduo baseado na combinação de diversos marcadores que são herdados de seus progenitores. Estes marcadores são geralmente diferenças nas sequências de DNA nuclear entre os indivíduos (polimorfismos). Em alguns casos, entretanto, a análise do DNA nuclear não pode ser aplicada. Isso ocorre quando o DNA da amostra apresenta-se degradado ou em casos onde o material biológico não apresenta o DNA nuclear. Nestes casos, a análise do DNA mitocondrial (DNA mt) é o método de escolha. Entretanto, em um mesmo indivíduo podem existir populações de DNA mt diferentes, fenômeno denominado heteroplasmia. Este trabalho teve como objetivo o estudo de polimorfismos presentes no DNA mt de indivíduos residentes na Grande São Paulo para aplicação na Identificação Humana. Para isso, foi sequenciada toda a região hipervariável do DNA mt de 160 indivíduos. Além disso, o SNP 3010 foi analisado por discriminação alélica (PCR em tempo real) para estudo do aumento do poder discriminatório quando os indivíduos não puderam ser diferenciados pela análise da região hipervariável. Foi desenvolvido, também, uma reação de SNaPshot em multiplex contendo 42 SNPs que permitiram a classificação das amostras em haplogrupos do DNA mt. Por fim, foram analisadas 100 amostras de cabelo dos mesmos indivíduos para o estudo da frequência de heteroplasmia na região HV3 do DNA mt. De um total de 160 amostras, 144 haplótipos diferentes foram encontrados quando analisamos toda a região hipervariável do DNA mt; 131 haplótipos foram únicos. O SNP 3010 foi suficientemente discriminatório para conseguir distinguir indivíduos que apresentavam o mesmo haplótipo em dois dos treze casos que apresentavam mais de um indivíduo com o mesmo haplótipo / The human identification by DNA analysis uses the genetic profile of an individual based on the combination of diverse markers that are inherited of its ancestors. These markers are generally differences in sequences of nuclear DNA between individuals (polymorphisms). In some cases, however, the analysis of the nuclear DNA cannot be applied. It occurs when the DNA sample is degraded or in cases which the biological material does not content nuclear DNA. In these cases, the mitochondrial DNA (mtDNA) analysis is the choice method. However, inside one individual can exist different mtDNA populations, phenomenon called heteroplasmy. The aim of this work was to study mtDNA polymorphisms in individuals residents in São Paulo metropolitan area for application in Human Identification. For this, we have sequenced the entire hypervariable region of mtDNA for 160 individuals. Furthermore, the SNP 3010 was analyzed by allelic discrimination (Real-Time PCR) to study the increase of the discriminatory power when individuals could not be differentiated by analysis of the hypervariable region. It was developed also, a SNaPshot multiplex reaction containing 42 SNPs that allowed the classification of samples in mtDNA haplogroups. Finally, 100 hair samples, from the same individuals, were analyzed for the study of heteroplasmy frequency in the HV3 region of mtDNA. Among 160 samples, 144 different haplotypes were found when the entire hypervariable region of mtDNA was analyzed; 131 haplotypes were unique. The SNP 3010 SNP was able to distinguish individuals who had the same haplotype in two of thirteen cases with more than one individual with the same haplotype. Our population was classified in 46.6% of African, 27.3% of European, 25.5% of Native American and 0.6% Asian origin using the SNaPshot panel of 42 SNPs in multiplex

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:59Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-07-18Bitstream added on 2014-06-13T18:41:15Z : No. of bitstreams: 1 pereira_ac_dr_sjc.pdf: 1357256 bytes, checksum: 54a1d7a83941d8216e3415116e38ca6e (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Para que ocorra a invasão das células epiteliais neoplásicas é necessário o rompimento da membrana basal, sendo que este processo depende, em grande parte, da ação enzimática realizada pela metaloproteinase-9 (MMP-9). O objetivo deste trabalho foi testar a hipótese que variações no gene da MMP-9 influenciam as características clínicas e histopatológicas do carcinoma espinocelular. Noventa e quatro camundongos hairless foram submetidos à carcinogênese química (DMBA 0,5%) induzida em pele, durante 16 semanas. Na 17ª semana, os animais foram sacrificados e as lesões fotografadas e avaliadas clinicamente (com relação ao tamanho e à presença de ulceração). As lesões foram então biopsiadas e fixadas em formaldeído 10%, para posterior avaliação histopatológica (padrão de invasão, estágio de invasão e diferenciação celular). No momento da biópsia, foi retirado 0,5 cm da cauda de cada animal, para extração do DNA e avaliação da presença de polimorfismos de repetição CA no promotor do gene da MMP-9. Foi utilizado o teste qui-quadrado (p<0,05) para avaliar a associação dos alelos e dos genótipos com as características clínicas e histopatológicas. Verificou-se uma associação entre o alelo com 25 repetições e o grau moderado de diferenciação celular. Concluiu-se que a presença de maior número de repetições CA no gene da MMP-9 pode estar relacionada com a redução na diferenciação celular do carcinoma espinocelular induzido quimicamente na pele de camundongos hairless. / The metalloproteinase-9 (MMP-9) is an important enzyme during the basement membrane degradation, an essential step for cancer invasion. The aim of this study was to test the hypothesis that the CA repeat polymorphism in the MMP-9 gene promoter interferes on clinical and histopathological features of the squamous cell carcinoma. Ninety-four hairless mice were submitted to chemically induced skin carcinogenesis (DMBA 0,5%), once a week, during 16 weeks. At 17 th week, the animals were photographed and the lesions were clinically evaluated (for size and ulceration presence). Then, the lesions were biopsed and, after the routine laboratorial processing, the histopathological evaluation (stage of invasion, pattern of invasion and differentiation grade) was performed. At the biopsy, 0.5cm of each animal tail was collected for DNA extraction and evaluation of the CA repeat polymorphism in the MMP-9 gene promoter. The data was analyzed by chi-square test to evaluate whether the MMP-9 alleles or genotypes were associated with clinical and histopathological features. There was an association of the allele with 25 CA repeats with moderately differentiated lesions. The data suggest that the MMP-9 gene polymorphism is related to the reduction on histological differentiation in squamous cell carcinoma induced by DMBA in hairless mice skin.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:31:00Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-07-22Bitstream added on 2014-06-13T19:01:10Z : No. of bitstreams: 1 avacacrusca_js_dr_araiq.pdf: 1227782 bytes, checksum: 71826e714e84f8d90d13d72683afcd0a (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O provável fator de início de tradução 5A (eIF5A) é altamente conservado de arqueas a mamíferos e sofre uma modificação pós-traducional única e essencial, em que uma lisina específica é convertida em um resíduo de hipusina. Este fator já foi relacionado ao transporte nucleocitoplasmático, à degradação de mRNA e à proliferação celular. Dados recentes restabelecem uma função para eIF5A na tradução e sugerem a sua atuação na etapa de elongação ao invés de início, como originalmente proposto. Uma vez que o envolvimento de eIF5A com o degradação de mRNA ainda não foi elucidado, tornou-se interessante estudar qual a natureza desta relação. O metabolismo de mRNA é um processo complexo que envolve as etapas da tradução (mRNAs nos polissomos), repressão da tradução (mRNAs acumulados em grânulos de estresse) e degradação de mRNA (mRNAs nos P bodies). Os componentes da maquinaria de degradação de mRNA acumulam-se nos P bodies e, neste trabalho, foi verificado que eIF5A não se localiza nestes corpúsculos. Ainda, foi avaliada a formação de P bodies no mutante tif51A-3, na temperatura não permissiva (38ºC), e foi verificada uma inibição na formação de P bodies. Outros mutantes com defeitos na elongação da tradução, como cca1-1 e eft2H699K, também apresentaram defeito na agregação dos P bodies. Foi avaliada a existência de interação genética sintética entre os mutantes tif51A-1 e tif51A-3 e mutantes de fatores envolvidos com a repressão da tradução e/ou degradação de mRNA. Foi revelada uma supressão parcial do fenótipo de termossensibilidade com nocautes dos genes SBP1, DHH1 e PAT1, que codificam fatores ativadores da remoção do capacete e repressores da tradução. Por outro lado, uma interação sintético doente entre os mutantes tif51A-1 e xrn1Δ foi... / The putative translation initiation factor 5A (eIF5A) is highly conserved from archaea to mammals and undergoes an unique and essential post-translational modification, in which a specific lysine residue is converted into a hypusine residue. This factor has been involved in several cellular processes such as nucleocytoplasmic transport, mRNA decay and cell proliferation. Recent data have re-established a function for eIF5A in translation and suggests a role in elongation rather than initiation as originally proposed. Since the involvement of eIF5A with mRNA decay has not been elucidated it has become interesting to study the aspects of this relationship. mRNA metabolism is a complex process that involves the steps of translation (mRNAs on the polysomes), translation repression (mRNAs accumulated in granules) and mRNA degradation (mRNAs in P bodies). The mRNA degradation machinery accumulates in P bodies and in this study we have verified that eIF5A is not localized inside them. P bodies assembly was evaluated in the tif51A-3 mutant at non-permissive temperature and this aggregation was inhibited. Other mutant strains with defects in translation elongation, such as cca1-1 e eft2H699K, also presented defective P body assembly. The existence of synthetic genetic interactions between the eIF5A mutants, tif51A-1 and tif51A-3, and translation repression and/or mRNA decay mutants was evaluated. A partial suppression of the temperature sensitive phenotype of the eIF5A mutants was revealed when SBP1, DHH1 and PAT1 genes were deleted. Since those proteins are decapping activators and translational repressors these interactions reveal a putative function for eIF5A as an inhibitor of translation repression. However, a synthetic sick phenotype between tif51A-1 and xrn1Δ mutants was observed. Finally, stress granules... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:31:04Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-06-15Bitstream added on 2014-06-13T19:40:53Z : No. of bitstreams: 1 balthazar_ea_dr_arafcf.pdf: 644870 bytes, checksum: ec0e6d8394bc755610e1c99cbf4f1415 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / A interação entre gene e meio ambiente tem sido apontada como responsável pelo aumento das doenças crônicas metabólicas, cujos fatores de risco vêm se manifestando nas populações humanas, em idades cada vez mais precoces. Objetivo: Analisar os efeitos dos polimorfismos -514C/T no gene da LIPC e CT84 no gene da ApoA1, bem como da mutação missense no gene da ApoE sobre os fatores de risco para doenças crônicas, numa amostra de adolescentes, de um município do interior do Estado de São Paulo, Brasil. Metodologia: Foi realizado um estudo transversal com 214 adolescentes de ambos os sexos com idade mínima de 10 anos. Na coleta de dados foram incluídos: questionário de freqüência alimentar e de atividades físicas especifico para adolescentes, antropometria, aferição da pressão arterial, dosagens bioquímicas (insulina, glicose, colesterol total e frações, triglicerídeos e Apoa1) e genotipagem por PCR-real time dos genes selecionados. Resultados: Os adolescentes portadores do alelo raro para o polimorfismo -514CT do gene LIPC apresentaram maior prevalência de síndrome metabólica. Em relação ao polimorfismo TC84 da ApoA1, os adolescentes com o genótipo TT apresentaram maior prevalência de hipertrigliceridemia e se encontraram mal adaptados à prática de atividade física e consumo de carboidrato. Analisando a mutação missense do gene da ApoE foi verificado que os adolescentes portadores do alelo ApoE4 apresentaram maior prevalência de fatores de risco para doenças crônicas e eram beneficiados pelo consumo de gordura em substituições aos carboidratos. Conclusão: Recomendações dietéticas e prática de atividades físicas direcionadas ao perfil genético do adolescente poderão prevenir o desenvolvimento de fatores de risco metabólico e o aparecimento de doenças crônicas na vida adulta / The interactions between genes and environment has been identified as responsible for the increase of chronic metabolic diseases, in which risk factors are positioning themselves in human populations at earlier years of age. Objective: To analyze the effects of the polymorphisms -514CT LIPC gene and CT84 ApoA1 gene, as well as, missense mutation ApoE gene on the outcome of risk factors for chronic diseases in a sample of adolescents from a city in the state of Sao Paulo, Brazil. Methods: It was conducted a cross-sectional study in 214 adolescents of both sexes with a minimum of 10 years of age. The data collection included: food frequency and physical activity questionnaire, anthropometry, blood pressure, biochemical measurements (insulin, glucose, Total cholesterol and fractions, triglycerides e Apoa1) and genotyping of the selected genes by PCR-real time. Results: The adolescents with the rare allele for the -514CT LIPC polymorphism had higher prevalence of metabolic syndrome. Regarding TC84 ApoA1 polymorphism, the adolescent’s carriers of the TT genotype had higher prevalence of hypertriglyceridemia and found themselves ill-suited to the practice of physical activity and carbohydrate consumption. Analyzing the missense mutation of the ApoE gene it was found that adolescents with the ApoE4 allele had a higher prevalence of risk factors for chronic diseases and were benefited by the consumption of fat to carbohydrate substitutions. Conclusion: A dietary and physical activity treatment targeted to the genetic profile of the adolescent may prevent the development of metabolic risk factors and the onset of chronic diseases in adulthood

Resumo: Na presente dissertação temos como objetivo analisar e compreender alguns problemas levantados pela Teoria do Conhecimento sobre a forma como um sujeito epistêmico universal organiza seu campo temporal. Estaremos preocupados em pensar sobre as condições de possibilidade presentes no aparato cognitivo humano que possibilitam a elaboração de um campo temporal e, principalmente, na discussão do tempo como uma noção a priori na Epistemologia Genética. Para tanto faremos um estudo dos trabalhos desenvolvidos por Immanuel Kant, essencialmente a primeira parte da “Crítica da Razão Pura”, intitulada “Estética Transcendental”, onde o autor se preocupa em analisar a noção de tempo. Juntamente com este texto estudaremos também o trabalho de Jean Piaget “A Noção de tempo na Criança” e desta análise em conjunto pretendemos mostrar as possibilidades de aproximação e distanciamento entre a proposta teórica destes dois autores para a compreensão da noção de tempo no ser humano. Concluímos que o tempo, para Kant é um aspecto formal a priori, portanto completamente independente da experiência; já para a Epistemologia Genética, o tempo não é dado a priori, já organizado no aparato cognitivo humano, ela o compreende como uma noção que precisa ser elaborada pelo sujeito no contato com a realidade e, portanto, o concurso da experiência é essencial para a construção desta noção. / Abstract: Not available. / Orientador: Adrian Oscar Dongo Montoya / Coorientador: Ricardo Pereira Tassinari / Banca: Marcelo Carbone Carneiro / Banca: Ubirajara Rancan de Azevedo Marques / Mestre