Submitted by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-09-08T13:51:47Z No. of bitstreams: 1 OtavioHenriqueB.PintoDissertacao2017.pdf: 3191289 bytes, checksum: b7b005d77190f465fe0685851ff5f090 (MD5) / Approved for entry into archive by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-09-08T13:52:01Z (GMT) No. of bitstreams: 1 OtavioHenriqueB.PintoDissertacao2017.pdf: 3191289 bytes, checksum: b7b005d77190f465fe0685851ff5f090 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-08T13:52:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 OtavioHenriqueB.PintoDissertacao2017.pdf: 3191289 bytes, checksum: b7b005d77190f465fe0685851ff5f090 (MD5) Previous issue date: 2017-03-29 / Acidobacteria is one of the most abundant phyla in soil; however, it is not yet known the reasons for their success in terrestrial habitats. This characteristic may be due to mechanisms of resistance as well as the large amount of glycosyl hydrolases and transferases present in Acidobacteria. Therefore, this study aimed to investigate mechanisms of resistance that may contribute to the abundance of Acidobacteria in soil. In addition, the degradation of cellulose was investigated, to understand its participation in processes of plant biomass degradation. In this study, a member of subdivision 1 of Acidobacteria, Occallatibacter savannae AB23 was used as model. This isolate was taxonomically characterized and cellulose degradation and carotenoid production were evaluated. The degradation of cellulose was evaluated using carboxymethylcellulose (CMC). The pigments were identified since this bacterium produced several carotenoids under different environmental stimuli. The results showed that the isolate AB23 can assimilate CMC, however in a very slow way, requiring 2 months for the visualization of colonies and 1 year to visualization of biomass in liquid medium. For this isolate, endoglucanases were found associated with the cell fraction of culture. In addition, cellobiose has been shown to be a repressor and lactose an inducer of endoglucanases expression. It was possible to observe the production of carotenoids in AB23. By mass spectrometry, it was possible to find ions related to carotenoids: ?? -carotene, neurosporene, lycopene, ??-carotene, ??-carotene, phytoene and phytofluene. These carotenoids might be used as a resistance mechanism since they are produced in response to stress caused by light. However, the presence of vitamins, oxygen and trace elements are essential for carotenoid production. The characteristics found in this work may be one of the mechanisms of persistence and / or resistance that confer abundance for Acidobacteria in soil. / Acidobacteria ?? um dos filos mais abundantes no solo, entretanto, n??o se conhece as raz??es que levam a essa abund??ncia. Estudos indicam que essa caracter??stica pode ser devido a mecanismos de resist??ncia e a grande quantidade de glicosil hidrolases e transferases presentes em Acidobacteria. Assim, esse estudo teve como objetivo investigar mecanismos de resist??ncia que podem contribuir para a abund??ncia de Acidobacteria no solo. Al??m disso, foi investigada a degrada????o de celulose em Acidobacteria, procurando entender sua participa????o em processos de degrada????o de material originado de plantas. Neste estudo foi utilizado como modelo Occallatibacter savannae AB23. Este isolado foi caracterizado taxonomicamente e foram avaliadas a degrada????o de celulose e produ????o de caroten??ides. A degrada????o de celulose foi avaliada utilizando-se carboximetilcelulose (CMC). Para os pigmentos, foram identificados quais carotenoides essa bact??ria produz e os est??mulos que levam a sua produ????o. Os resultados mostraram que o isolado AB23 consegue assimilar CMC, no entanto de uma forma muito lenta, sendo necess??rios 2 meses para a visualiza????o de col??nias. Para este isolado, as endoglucanasases foram encontradas associadas ?? fra????o celular da cultura. Al??m disso, celobiose mostrou ser um repressor e a lactose um indutor da express??o de endocglucanases. Foi poss??vel observar a produ????o de pigmentos em AB23. Por espectrometria de massa, foi poss??vel encontrar ??ons relacionados aos carotenoides: ??-caroteno, neurosporeno, licopeno, ??-caroteno, ??-caroteno, fitoeno e fitoflueno. Estes devem estar sendo empregados como um mecanismo de resist??ncia, uma vez que eles s??o produzidos em resposta ao estresse causado pela luz. No entanto a presen??a de vitaminas, oxig??nio e elementos tra??o s??o essenciais para produ????o desses pigmentos. As caracter??sticas encontradas neste trabalho podem ser um dos mecanismos de persist??ncia e/ou resist??ncia que conferem abund??ncia para Acidobacteria no solo.

Submitted by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-09-08T17:37:16Z No. of bitstreams: 1 RenataHenriqueSantanaTeseParcial2017.pdf: 1215291 bytes, checksum: cc35f4b9a014e3e823968429c1849485 (MD5) / Approved for entry into archive by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-09-08T17:37:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 RenataHenriqueSantanaTeseParcial2017.pdf: 1215291 bytes, checksum: cc35f4b9a014e3e823968429c1849485 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-08T17:37:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 RenataHenriqueSantanaTeseParcial2017.pdf: 1215291 bytes, checksum: cc35f4b9a014e3e823968429c1849485 (MD5) Previous issue date: 2017-03-31 / Termites are well known for their ability to cause agricultural losses and building damage through their ability to digest lignocellulose; however, termites provide important ecosystem services, such as soil bioturbation and nutrient cycling. Microorganisms in the digestive tract of termites are responsible for several of these functions. Syntermes wheeleri (Syntermitinae) is a litter-feeding termite species of the Termitidae family that is abundant in the Brazilian Cerrado. In this work, we characterized the gut microbiota of S. wheeleri, aiming to better understand the ecosystem function of termite-microbe symbiosis and its evolutionary history. First, the gut microbiota composition of worker termites was described by pyrosequencing phylogenetic markers (amplicons), specifically 16S rRNA (archaea and bacteria) and 18S rRNA (fungi). The resulting bacterial taxonomic profile was then compared with the gut microbiota of several other termite species and feeding guilds. To identify the functional groups and activity of the microbiota in the whole gut and the largest proctodeal segments (P1 and P3), the metagenome and metatranscriptome were sequenced by next-generation sequencing (NGS). Amplicon sequences revealed a high abundance of Firmicutes in S. wheeleri, which was not observed in the other termite species. Most archaea belonged to the methanogen orders, and the most abundant fungal classes were Dothideomycetes, Sordariomycetes, and Eurotiomycetes, which have saprophytic species. Ordination analysis of the relative abundance of bacterial taxa showed that the S. wheeleri gut microbiota did not cluster with the microbiota of termites of different clades and feeding guilds. This finding suggests that both variables are important in microbial assembly in termites. The taxonomic profile generated by NGS analysis of the metagenome was similar to the results of amplicon analysis, with higher Firmicutes abundance in P1 and higher Spirochaetes abundance in P3. Additionally, alignment of ribosomal protein S3 identified possible compartment-specific bacterial lineages of Firmicutes, Spirochaetes, Actinobacteria, Bacteroidetes, and Tenericutes. The results of our study revealed a vast metabolic repertoire of termite gut microbes, which supplies nutrients for the host. Differences identified in the P1 and P3 metabolic pathways are likely caused by differences in O2 concentration. As for biomass conversion, the most abundant glycosyl hydrolases (necessary for lignocellulose digestion) detected in the S. wheeleri gut microbiota are a mixture of those that are most abundant in litter-feeding species (fungus growers), as well as wood-, soil-, and dung-feeding species. In addition, putative bacterial laccases (involved in lignin degradation) were detected. Besides the known function of the termite gut microbiota in carbon and nitrogen cycling, we found evidence of its possible involvement in arsenic cycling. This study adds information about microbial establishment in the termite gut, with functional groups selected based on feeding substrate, instead of specific microbial lineages. In addition, our results show that the metagenome can be used to identify molecules with potential industrial applications, such as enzymes useful in biofuel production. / Os cupins s??o conhecidos por causar perdas agr??colas e danos a edifica????es devido a sua capacidade de digerir celulose. No entanto, os cupins tamb??m fornecem importantes servi??os ecossist??micos como a modifica????o do solo e a ciclagem de nutrientes. Os micro-organismos do trato digestivo dos cupins s??o respons??veis por muitas dessas fun????es. Syntermes wheeleri (Syntermitinae) ?? uma esp??cie de cupim da fam??lia Termitidae, comedora de serapilheira e muito abundante no Cerrado. Neste trabalho caracterizamos a microbiota intestinal de Syntermes wheeleri, buscando esclarecer a fun????o ecossist??mica da simbiose entre cupins e micro-organismos e sua hist??ria evolutiva. Inicialmente, a composi????o da microbiota dos oper??rios foi descrita por meio de pirosequenciamento dos marcadores filogen??ticos (amplicons) 16S rRNA (arqueia e bact??ria) e 18S rRNA (fungo). Em seguida, o perfil taxon??mico de bact??rias foi comparado com o apresentado por diferentes esp??cies de cupins e h??bitos alimentares. Finalmente, para identificar os grupos funcionais presentes e ativos da microbiota no intestino inteiro e em seus compartimentos mais volumosos (primeiro - P1 e terceiro - P3 proctodeo) o metagenoma e metatranscriptoma foram submetidos a sequenciamento de alto rendimento (NGS). As sequ??ncias de amplicons revelaram alta abund??ncia de Firmicutes, n??o observada em outras esp??cies de cupins. A maioria das arqueias pertence ??s ordens de metanog??nicas e as classes de fungos mais abundantes foram Dothideomycetes, Sordariomycetes, e Eurotiomycetes, que possuem membros saprof??ticos. Uma an??lise de ordena????o da abund??ncia relativa dos t??xons de bact??ria mostrou que a microbiota de S. wheeleri n??o agrupou com nenhum clado de cupins da fam??lia Termitidae nem com outras guildas alimentares. Esse resultado indica que ambas as vari??veis afetam a composi????o da microbiota. An??lises do metagenoma apontaram perfil taxon??mico semelhante ao obtido pelas an??lises das sequ??ncias de DNA dos marcadores filogen??ticos, com abund??ncia de Firmicutes maior em P1 e de Spirochaetes maior em P3. Adicionalmente, o alinhamento das prote??nas ribossomais S3, mostrou poss??veis linhagens de bact??rias compartimento-espec??ficas de Firmicutes, Spirochaetes, Actinobacteria, Bacteroidetes e Tenericutes. Os resultados deste estudo revelaram vasto repert??rio metab??lico da microbiota, que fornece nutrientes ao hospedeiro. As diferen??as identificadas nas vias metab??licas de P1 e P3 s??o provavelmente causadas por diferen??as na concentra????o de O2. Em rela????o ?? convers??o de biomassa, as fam??lias de glicosil hidrolases (necess??rias para digest??o da lignocelulose) mais abundantes detectadas na microbiota de S. wheeleri s??o uma mistura daquelas mais abundantes na microbiota de cupins comedores de madeira, de esterco e de cultivadores de fungos. Tamb??m foram detectadas lacases putativas (envolvidas na degrada????o de lignina) de origem bacteriana. Al??m da conhecida fun????o da microbiota de cupins no ciclo do carbono e do nitrog??nio, encontramos evid??ncias de sua poss??vel participa????o no ciclo do ars??nio. Este estudo adiciona informa????o sobre o estabelecimento da microbiota no intestino de cupins, com sele????o de grupos funcionais baseados no alimento, ao inv??s de linhagens microbianas espec??ficas. Adicionalmente, os dados aqui gerados podem ser explorados na produ????o de biocombust??veis e em outros processos biotecnol??gicos.

Submitted by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-09-08T18:11:30Z No. of bitstreams: 1 OrzenilBonfimdaSilvaJuniorTeseParcial2017.pdf: 781918 bytes, checksum: 8eef627ca550957f6bfa1f46e54c687c (MD5) / Approved for entry into archive by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-09-08T18:11:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 OrzenilBonfimdaSilvaJuniorTeseParcial2017.pdf: 781918 bytes, checksum: 8eef627ca550957f6bfa1f46e54c687c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-08T18:11:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 OrzenilBonfimdaSilvaJuniorTeseParcial2017.pdf: 781918 bytes, checksum: 8eef627ca550957f6bfa1f46e54c687c (MD5) Previous issue date: 2017-07-11 / In the last twenty-five years, we have witnessed the wide adoption of DNA markers for the study of genetic variation in many organisms. A DNA marker must have two or more identifiable allelic DNA sequences to be useful. It usually does not have a biological effect, but instead functions as a traceable landmark in the genome, found in a specific location, and transmitted by the standard laws of inheritance from one generation to the next. Its application goes beyond genetic mapping and includes the analysis of genetic diversity, marker-trait association studies, marker assisted selection and, more recently, with the advent of wholegenome sequencing, whole-genome association and genomic selection. Among the several types of DNA sequence polymorphisms that can be used as DNA marker, Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) are the most powerful for large-scale variation analysis. There are vast numbers of SNPs in every genome and they can be typed by methods that have been proven easy to automate. Detection of alternative alleles is rapid and effortless because it is based on well-known polymerase chain reaction and DNA oligomer hybridization assays. Various strategies have been devised to discriminate alleles at a SNP, including fixed DNA arrays technologies, solution hybridization techniques and many sequencing-based genotyping. In our study, we have developed high-throughput DNA marker systems for non-model, highly heterozygous, diploid tree species. We took advantage of the combined power of Next Generation Sequencing (NGS) technologies, well-established highly automated methods of SNP typing and bioinformatics algorithms to perform genome-wide DNA variation analysis. We used whole genome resequencing of pooled individuals to develop a high-density 60K SNP chip for Eucalyptus species (EucHIP60k) providing a 96% genome-wide coverage with 1 SNP/12???20 kbp, and 47,069 SNPs at ??? 10 kb from 30,444 of the 33,917 genes in the Eucalyptus genome. We then used high-density SNP data and whole-genome pooled resequencing to examine the landscape of population recombination (??) and theta (??), assess the extent of linkage disequilibrium (r2) and build the highest density linkage maps for Eucalyptus to date. Chromosome-wide ancestral recombination graphs allowed us to date the split of Eucalytpus grandis (1.7???4.8 million yr. ago) and identify a scenario for the recent demographic history of the species. In a final set of studies, we built the first genome assembly for a Neotropical forest tree, the Pink Ip?? (Handroanthus impetiginosus), a highly-valued keystone timber species. Genome sequence was screened for the development of a targeted-capture sequencing system for SNP genotyping consisting of nearly 24,000 probe sequences. This genotyping system showed flexibility as it allowed the identification of SNPs across different populations of the species in moderate sample sizes. The good genome coverage, consistent Ts/Tv ratio estimated across samples and fair technical reproducibility between replicates, in terms of recall and precision of the SNP calling and accuracy on genotypes, indicate that this genotyping platform can be confidently used to estimate population genetics parameters and carry out population genomics investigations at the genome-wide scale / ***

Submitted by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-11-09T10:26:59Z No. of bitstreams: 1 NicoleBerwangerCobachoDissertacao2017.pdf: 2681393 bytes, checksum: 06c28d06b89b63056ccfd84351dd8d36 (MD5) / Approved for entry into archive by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-11-09T11:17:54Z (GMT) No. of bitstreams: 1 NicoleBerwangerCobachoDissertacao2017.pdf: 2681393 bytes, checksum: 06c28d06b89b63056ccfd84351dd8d36 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-11-09T11:17:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 NicoleBerwangerCobachoDissertacao2017.pdf: 2681393 bytes, checksum: 06c28d06b89b63056ccfd84351dd8d36 (MD5) Previous issue date: 2017-08-22 / UCB / The resistance of microorganisms to commonly used antibiotics has increased dramatically in recent years, suggesting that we will soon enter a post-antibiotic era where no therapy currently used will be effective in the fighting against infection. Thus, the search and study of new drugs and models of action of compounds that prevent or reduce the development of pathogens is essential. In this context, antimicrobial peptides (PAMs) appear as a new generation of compounds that demonstrate a great therapeutic potential. These molecules present themselves in low concentration in the organism of origin, making their isolation from natural sources an expensive and often impracticable process. In order to obtain a greater quantity of these peptides, recombinant expression via the heterologous system can be considered an efficient alternative in terms of time, cost and productivity. In 2009, Mandal et al. isolated three coconut water (Coco nucifera) peptides, called Cn-AMP1-2 and -3. Among them, Cn-AMP1 presented better activity against bacteria and fungi of medical importance. Subsequently, Lopez-Abarrategui et al. in 2012 isolated peptides with antimicrobial activity from the mollusk Cenchritis muricatus called Cm-p1 and Cm-p2. From these, a series of variant peptides were theoretically proposed in silico and evaluated against Candida albicans and the peptide named Cm-p5 demonstrated, among them, better antifungal activity. In this work, several constructs containing the peptides Cm-p5 and Cn-AMP1 were drawn in tandem and inserted into the pETSUMO (Life Technologies) vector. Genes were expressed in large quantities in strains derived from Escherichia coli BL21 (DE3) and after affinity column purification, they were evaluated, still fused with SUMO protein, against pathogenic microorganisms. However, none of the expressed peptides demonstrated bactericidal activity against the strains evaluated. / A resist??ncia dos microrganismos aos antibi??ticos que s??o comumente utilizados vem aumentando drasticamente nos ??ltimos anos, sugerindo que brevemente, entraremos em uma era p??s-antibi??ticos onde terapias utilizadas atualmente n??o ser??o mais eficientes no combate a infec????es. Desta forma, a procura e o estudo de novas drogas e modelos de a????o de compostos que impe??am ou reduzam o desenvolvimento de pat??genos ?? essencial. Neste contexto, os pept??deos antimicrobianos (PAMs) surgem como uma nova gera????o de compostos que demonstram um grande potencial terap??utico. Essas mol??culas apresentam-se em baixa concentra????o no organismo de origem, tornando o seu isolamento a partir de fontes naturais um processo dispendioso e, por muitas vezes, invi??vel. Para a obten????o de maior quantidade desses pept??deos, a express??o recombinante via sistema heter??logo pode ser considerada uma alternativa eficiente em rela????o ao tempo, custo e produtividade. Em 2009, Mandal e colaboradores isolaram tr??s pept??deos da agua de coco (Coco nucifera), denominados Cn-AMP1 -2 e -3. Dentre eles, o Cn-AMP1 apresentou melhor atividade contra bact??rias e fungos de import??ncia medica. Posteriormente, Lopez-Abarrategui e colaboradores em 2012 isolaram pept??deos com atividade antimicrobiana do molusco Centrichis muricatus denominados Cm-p1 e Cm-p2. A partir destes, uma serie de pept??deos variantes foram teoricamente propostos in silico e avaliados contra C. albicans sendo que o pept??deo nominado o Cm-p5 demonstrou, entre todos, melhor atividade antif??ngica. Neste trabalho, v??rias constru????es contendo os pept??deos Cm-p5 e Cn-AMP1 foram desenhadas em tandem e inseridas no vetor pETSUMO (Life Technologies). Os genes foram expressos em grandes quantidades em cepas derivadas de Escherichia coli BL21(DE3) e ap??s purifica????o em coluna de afinidade, os mesmos foram avaliados, ainda fusionados com a prote??na SUMO, contra microrganismos patog??nicos. No entanto, nenhum dos pept??deos expressos demonstrou atividade bactericida contra as cepas avaliadas.

Os Enterococcus spp. apresentam natureza ubiquitária e são encontrados no trato gastrointestinal de diversos animais. Entretanto, estudos desses microorganismos associados a tartarugas marinhas são escassos. Os objetivos deste estudo foram: isolar enterococos a partir de amostras fecais de tartarugas marinhas encontradas no Litoral Norte do Rio Grande do Sul; determinar a prevalência das espécies; avaliar seu perfil de suscetibilidade antimicrobiana; verificar a presença de genes relacionados à resistência e à virulência e; analisar sua diversidade genética. Um total de 158 enterococos foram identificados como E. faecalis (55,7%), E. faecium (23,4%), E. hirae (15,2%) e E. casseliflavus (5,7%). A maioria dos isolados foi suscetível aos antimicrobianos testados, no entanto, fenótipos de resistência foram encontrados para eritromicina (34,2%), rifampicina (32,9%) e tetraciclina (0,63%). O gene de resistência à eritromicina msrC foi encontrado em todos os E. faecium resistentes, já o gene erm(B), não foi detectado. Somente um isolado foi resistente à tetraciclina, e este não apresentou nenhum dos genes testados. Os genes de virulência, gelE e ace (98,86%), asa (68.18%) e cylA (40,90%) foram detectados somente em E. faecalis. A atividade de gelatinase e citolisina foi verificada em 87 e 19 isolados, respectivamente. A maioria dos enterococos não foi capaz de formar biofilme. A análise dos perfis gerados por PFGE revelou um grande número de clones. Em conclusão, diferentes espécies de enterococos compõem a microbiota do trato gastrointestinal das tartarugas marinhas e a presença de determinantes de resistência e virulência nestes animais pode estar relacionada a fatores antropogênicos ou, ainda, ter origem no resistoma ambiental. / Enterococcus spp. shows an ubiquitous nature and are found in the gastrointestinal tract of several animals. However, studies of enterococus in sea turtles are scarce The aims of this study were: to isolate Enterococcus spp. from fecal samples of sea turtle found on the North coast of Rio Grande do Sul; to determine the prevalence of species; to evaluate their antimicrobial susceptibility profile; to check the presence of resistance and virulence related genes and; to analyse their genetic diversity. A total of 158 enterococci were identified as E. faecalis (55.7%) E. faecium (23.4%), E. hirae (15.2 %) and E. casseliflavus (5.7%). Most of the isolates were susceptible to the tested antimicrobials, however, resistance phenotypes were found for erythromycin (34.2%), rifampicin (32.9%) and tetracycline (0.63%). The erythromycin resistance gene msrC was detected in all E. faecium erythromycin resistant; moreover, the gene erm (B) was not detected. Only one sample was resistant to tetracycline, although it did not show any of the tetracycline resistant genes tested. Virulence genes gelE and ace (98.86%), asa (68.18%) and cylA (40.90%) were detected only in E. faecalis. The cytolysin and gelatinase activity was observed in 19 and 87 strains, respectively. Most enterococci were not able to form biofilm. The profile analysis generated by PFGE revealed a large number of clones. In conclusion, different species of enterococci were found in the microflora of sea turtle gastrointestinal tract and the presence of resistance and virulence determinants in these animals might be related to anthropogenic factors or even to an environmental resistome origin.

Orientador: Eliana Aparecida Varanda / Banca: Valéria Valente / Banca: Cleslei Fernando Zanelli / Banca: Fabio Vieira dos Santos / Banca: Raquel Alves dos Santos / Resumo: Atualmente, muitos estudos que envolvem produtos naturais são contínuos e focalizados em descobrir drogas para as mais diversas áreas terapêuticas. Grande parte dos compostos sintéticos presentes no mercado atual tem origem de produtos naturais, em especial de plantas. O nemorosone é o constituinte majoritário da resina floral de Clusia rósea Jacq., Clusiaceae, e da própolis cubana. Estudos in vitro relataram atividade citotóxica dessa substância contra várias linhagens de células tumorais incluindo aquelas resistentes a diversas drogas citostáticas, além de apresentar uma baixa citotoxicidade sobre células não-tumorais. Portanto, visando à caracterização da atividade biológica do nemorosone, uma substância com potencial atividade antitumoral e a importância dos testes de toxicidade para a avaliação da segurança pré-clínica de compostos candidatos a drogas, os objetivos desse trabalho se fundamentaram em estudar a influência do nemorosone sobre danos ao DNA pelo teste do Cometa em células mamárias normais (MCF10A) e tumorais (MCF-7 BUS), assim como a sua atividade mutagênica e antimutagênica por meio do teste de Ames, utilizando diferentes linhagens de Salmonella typhimurium. Além disso, foi caracterizada sua atividade estrogênica e antiestrogênica através do Ensaio de E-Screen, o qual determina o efeito proliferativo da substância em células MCF-7 sensíveis a estrógenos e também pelo modelo experimental que utiliza leveduras recombinantes (Recombinant Yeast Assay). Posteriormente, foi avaliada sua influência sobre o ciclo celular de MCF-7 BUS através de citometria de fluxo e análise de expressão de diferentes genes nessa mesma linhagem celular pela técnica de PCR Array, para a elucidação de possíveis mecanismos de ação do nemorosone, a fim de contribuir para sua recomendação como agente terapêutico... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Currently, a wide range of research involving natural products is focused on the discovery of new drugs in many different therapeutic areas. A great number of the synthetic compounds on the market were derived from natural products, especially plants. Nemorosone is the major constituent of the floral resin of Clusia rosea Jacq., Clusiaceae, and in Cuban propolis. In vitro studies have shown cytotoxic activity in this substance against various tumor cell lines, including those resistant to various cytotoxic drugs, whereas it has low cytotoxicity to non-tumoral cells. Therefore, in order to characterize the biological activity of nemorosone, a substance with potential antitumor activity, and in view of preclinical testing of the toxicity of drug candidate compounds, the aim of this study was to determine the nemorosone capacity to induce DNA damages in normal breast cells (MCF10A) and breast cancer cells (MCF-7 BUS) by Comet Assay, as well as the mutagenic and antimutagenic activity by Ames test. Moreover, to characterize the estrogenic and antiestrogenic activity by E-Screen Assay, wich determines the proliferative effect of the compound in MCF-7 cells sensitive to estrogen and by experimental recombinant yeast model (Recombinant Yeast Assay).Subsequently, nemorosone influence on MCF-7 BUS cell cycle was assessed by flow cytometry analysis and the expression of different genes in the same cell line was evaluated by PCR Array for identification of possible mechanisms of action of the compound, in order to contribute to its recommendation as a therapeutic agent. The nemorosone did not induce damages in normal or cancer breast cells DNA after treatment during 3 and 24 hours, when evaluated by Comet Assay. The compound showed higher citotoxicity to cancer cells than to normal breast cells. In the Ames test, nemorosone presented no mutagenic potencial... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Hermione Elly Melara de Campos Bicudo / Banca: Carlos Roberto Ceron / Banca: Marluci Monteiro Guirado / Banca: Maurício Roberto Viana Sant'Anna / Banca: Fabio de Melo Sene / Resumo: Mecanismos de isolamento reprodutivo são agentes que impedem ou diminuem a troca de genes entre duas espécies ou populações de uma mesma espécie que se encontram em processo de especiação. Esses mecanismos são compreendidos por uma serie de processos que atuam em diferentes níveis da reprodução, incluindo desde barreiras pré-zigóticas até barreiras pós-zigóticas. Nas ultimas décadas, muitos estudos têm indicado que a ausência de híbridos pode também ser promovida por interações entre microorganismos simbiontes e seus hospedeiros. Um dos principais simbiontes capazes de interagir com os insetos, levando a modificações do processo reprodutivo, são as alfaproteobactérias do gênero Wolbachia. No presente estudo, foram analisados os efeitos da infecção pela Wolbachia causados no parâmetro produtividade (número de descendentes), em intra e intercruzamentos de linhagens de Drosophila. saltans, D. prosaltans (espécies próximas pertencentes ao subgrupo saltans) e mais duas linhagens, obtidas por introgressão a partir de híbridos F1 do intercruzamento dessas duas espécies. Análises preliminares para detecção da infecção pela Wolbachia nas linhagens de Drosophila mostraram que cada uma das seis linhagens estava infectada com uma linhagem do simbionte. Os resultados quanto à produtividade foram obtidos de intra e intercruzamentos das linhagens nas condições infectadas e não infectadas A eliminação do simbionte foi realizada por tratamento com o antibiótico tetraciclina. O principal mecanismo resultante da interação simbionte-hospedeiro mencionado na literatura é chamado incompatibilidade citoplasmática (IC) e ocorre nos intercruzamentos de fêmeas não infectadas com machos infectados. Considera-se que nos machos infectados ocorrem alterações nos espermatozoides que somente os ovócitos de fêmeas infectadas podem reverter, reestabelecendo a produtividade. Os resultados obtidos, neste trabalho, sobre a... / Abstract: Reproductive isolation mechanisms are agents that prevent or decrease the exchange of genes between species or populations of the same species that are in process of speciation. These mechanisms are comprised of a series of processes operating at different levels of reproduction, ranging from pre-zygotic to post-zygotic barriers. In recent decades, studies have indicated that the absence of progeny can also be promoted by interactions of symbiont microorganisms and their hosts. Presently, the most known endosymbionts capable of interact with the insects, interfering in the reproductive process, are the alphaproteobacteria of the genus Wolbachia. In the present study, we investigated the Wolbachia effects on reproduction, focusing the parameter productivity (number of progeny) in crosses involving four strains of Drosophila saltans and D. prosaltans (close species belonging to the saltans group, Sophophora subgenus) and two introgressed strains started with F1 hybrids of these two species. Preliminary tests for screening Wolbachia showed that each of the six strains was infected with one strain of the symbiont. The results on productivity were obtained from intra and intercrosses of the strains in the conditions infected or uninfected. The elimination of Wolbachia was performed by treatment of the strains with the antibiotics tetracycline. The main mechanism resulting from the interaction symbiont-host described in the literature is called cytoplasmatic incompatibility (CI) and occurs in the intercrosses of uninfected females with infected males. It is considered that, in infected males, there are changes in the sperm that only the oocytes of infected females are able to correct, reestablishing the productivity. The present results on Wolbachia infection of the species from the saltans group were variable. In several crosses of the strains, the combinations that are sterile or almost sterile when CI effect occurs, were the most productive ... / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-08-02Bitstream added on 2014-06-13T19:48:30Z : No. of bitstreams: 1 barros_hsd_me_botfca.pdf: 826236 bytes, checksum: cd20846df22ba9435ee761cb9ff93e7b (MD5) / Parkia gigantocarpa Ducke é uma espécie com potencial para projetos de reflorestamento, devido seu rápido crescimento, assim como, para produção de celulose e construção em geral. O objetivo do presente estudo foi realizar a caracterização biométrica de frutos e sementes de P. gigantocarpa e avaliar o potencial germinativo das sementes e o desenvolvimento inicial das plântulas oriundas de diferentes matrizes. Para isso, avaliou-se a massa, comprimento, largura e espessura dos frutos, assim como, o número de sementes intactas, sementes vazias, sementes danificadas e o total de sementes presentes em cada fruto. Das sementes intactas foi avaliada a massa, comprimento, largura e espessura. Durante o teste de germinação foi determinado o número de dias para início da emergência, as porcentagens de emergência e o índice de velocidade de emergência de plântulas, além das porcentagens de germinação, de plântulas anormais e de sementes mortas. O desenvolvimento das plântulas jovens foi avaliado mediante avaliação do crescimento e da massa seca. A semeadura foi realizada em vasos contendo areia como substrato, com quatro repetições de 25 sementes para cada matriz. Predominaram frutos com massa, comprimento, largura e espessura que variaram de 101,0 a 115,0 g (22,6 %), de 590,0 a 653,0 mm (35,1%), 61,0 a 66,0 mm (34,1%) e 10,0 a 11,0 mm (52,7%), respectivamente. O número total de sementes por fruto variou de 13 a 38, com 28,9 % dos frutos apresentando de 31 a 34 sementes. Em relação ao número de sementes intactas, 2 danificadas e vazias, a maioria dos frutos apresentou 18,7 % (16 a 20), 35,0 % (4 a 8), 78,4 % (2 a 4), respectivamente. As sementes apresentaram grandes variações em relação à biometria, com variação da massa de 0,7 a 1,6 g; o comprimento de 19,9 a 27,0 mm; a largura... / Parkia gigantocarpa Ducke is a species that has potential for reforestation projects, due to its rapid growth, as well as for pulp production and construction in general. The aim of this study was to characterize biometrics of fruits and seeds of P. gigantocarpa and evaluate seed germination and early seedling development from different matrices. For this, we evaluated the mass, length, width and thickness of the fruit, as well as the number of intact seeds, empty seeds, damaged seeds and the total number of seeds present in each fruit. Of the intact seeds was evaluated mass, length, width and thickness. During the germination test were determined number of days to the beginning of the emergency, the percentages of emergence and speed index of seedling emergence. In addition, we evaluated the percentages of germination, abnormal seedlings and dead seeds. The development of young seedlings was evaluated by evaluation of growth and dry mass. The seeds were sown in pots containing sand as substrate, with four replicates of 25 seeds from each matrices. The fruit mass, length, width and thickness varying from 101.0 to 115.0 g (22.6%), 590.0 to 653.0 mm (35.1%), 61.0 to 66 0 mm (34.1%) and 10.0 to 11.0 mm (52.7%), respectively. The total number of seeds varied from 13 to 38, 28.9% of the fruits presenting 31 to 34 seeds. Regarding the number of seeds intact, undamaged and empty, most of the fruits presented 18.7%... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-03-11Bitstream added on 2014-06-13T18:48:50Z : No. of bitstreams: 1 000752466.pdf: 1219268 bytes, checksum: 46a6451baf87c6f487174495f002af34 (MD5) / Sementes de Solanum lycocarpum, lobeira, apresentam resistência mecânica ao crescimento do embrião causada por polissacarídeos da parede celular presentes no endosperma micropilar. Para que a germinação ocorra é necessário que haja a hidrólise desses polissacarídeos para promover enfraquecimento do endosperma, permitindo crescimento do embrião. Assim, enzimas associadas com o crescimento do embrião e enfraquecimento do endosperma podem ser importantes durante a germinação. O condicionamento fisiológico é uma técnica que aumenta a velocidade e a uniformidade da germinação e promove a superação da dormência de algumas espécies. Logo, o objetivo deste estudo foi avaliar o efeito do hidrocondicionamento na qualidade fisiológica das sementes e estudar a expressão de genes associados com o crescimento do embrião e degradação do endosperma micropilar em sementes de Solanum lycocarpum. As sementes de lobeira foram submetidas ao hidrocondicionamento e condicionamento com PEG (-0,2 MPa) e avaliadas com relação a sua qualidade fisiológica, determinando-se; porcentagem de germinação, índice de velocidade de germinação (IVG), tempo médio de germinação e frequência relativa da germinação. A expressão gênica foi realizada usando a técnica de PCR em tempo real. Para isso, o RNA foi extraído e cDNA foi confeccionado. Os genes estudados no embrião foram expansina (EXP8 e EXP10), α-galactosidase (LeaGal) e poligalacturonase(XOPG1), e no endosperma micropilar foram a α-galactosidase (LeaGal), β-manosidase (LeMside1), endo-β-mananase (LeMAN2) e poligalacturonase... / Priming is a technique that increases the speed and uniformity of germination and promotes the break of dormancy in some species. Therefore, the aim of this study was to evaluate the effect of priming on seed quality and to study the expression of genes associated with embryo growth and degradation of the micropylar endosperm of seeds of Solanum lycocarpum. The seeds were subjected hydropriming and osmoprimig conditioning with PEG (-0.2 MPa ). There were evaluated the germination percentage, the germination speed index (GSI ), the average time to germination and relative frequency of germination. The gene expression was performed using the real-time PCR technique. For this, RNA was extracted and cDNA synthesis was performed. The genes studied in the embryo were expansins (EXP8 and EXP10 ), α-galactosidase (LeaGal) and polygalacturonase ( XOPG1 ), and in the micropylar endosperm were α - galactosidase(LeaGal), β- mannosidase (LeMside1) , endo-β- mannanase ( LeMAN2 ) and polygalacturonase(XOPG1). The highest speed, lowest average time to germination and ...

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-11T15:52:21Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EstudoSusceptibilidadeInfeccao.pdf: 951084 bytes, checksum: 4337cfaa53ff878a5aceb1fc8fb8c54a (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2014-02-13T15:50:20Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EstudoSusceptibilidadeInfeccao.pdf: 951084 bytes, checksum: 4337cfaa53ff878a5aceb1fc8fb8c54a (MD5) / Made available in DSpace on 2014-02-13T15:50:20Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EstudoSusceptibilidadeInfeccao.pdf: 951084 bytes, checksum: 4337cfaa53ff878a5aceb1fc8fb8c54a (MD5) Previous issue date: 2004 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / As baixas concentrações séricas de Lecitina Ligante de Manose (MBL) estão associadas com a presença das variantes alélicas Mbl-*B, Mbl-*C e Mbl-*D, e resultam em um aumento na susceptibilidade a infecções recorrentes. No presente estudo foi investigada a associação entre o polimorfismo no gene Mbl e a susceptibilidade à infecção pelo HIV-1. Um fragmento de 349 pb do exon 1 do gene Mbl foi amplificado por PCR e, posteriormente, submetido à análise de restrição com as endonucleases BanI e MboII, para a identificação dos alelos. A avaliação de 145 pacientes soropositivos e de 99 controles mostrou a presença dos alelos Mbl-*A, Mbl-*B e Mbl-*D, cujas freqüências foram de 69%, 22% e 9% no grupo de pacientes e de 70,2%, 13,6% e 16,2% entre os controles. A análise das freqüências genotípicas mostrou uma maior prevalência dos genótipos com a variante alélica Mbl-*B entre os pacientes soropositivos quando comparadas à do grupo controle. Ademais, o genótipo B/B foi seis vezes mais freqüente no grupo de pacientes infectados (χ2=4,042; p=0,044). A média da carga viral plasmática foi menor nos pacientes HIV-1 soropositivos, portadores do alelo Mbl-*A, quando comparado aos pacientes soropositivos apresentando a variante alélica Mbl-*B (5.821 cópias/mL x 52.253 cópias/mL; p= 0,05). Ademais os pacientes portadores do alelo Mbl-*A apresentaram uma significativa redução da viremia plasmática (p<0,001), o que não foi observado para os portadores da variante Mbl-*B (p=0,999). Esses resultados sugerem a importância do polimorfismo no gene Mbl na evolução clínica do paciente infectado pelo HIV-1 e que a identificação do perfil genético do gene Mbl, em portadores da infecção pelo HIV-1, pode ser importante na avaliação da evolução e do prognóstico da doença. / The low serum concentration of Mannose-Binding Lectin (MBL) is associated to the presence of variant alleles Mbl-*B, Mbl-*C and Mbl-*D, and it results in an increased susceptibility to recurrent infections. The present study investigated the association between the Mbl gene polymorphism and the susceptibility to HIV-1 infection. A fragment of 349 bp from the exon 1 of the Mbl gene was amplified by PCR and then submitted to RFLP analysis using the endonucleases BanI and MboII, aiming the identification of the variant alleles. The study of 145 seropositive patients and 99 healthy controls showed the presence of alleles Mbl-*A, Mbl-*B and Mbl-*D, with frequencies of 69%, 22% and 9% among patients and 70.2%, 13.6% and 16.2% among healthy controls, respectively. The analysis of the genotype frequencies showed a high prevalence of the genotypes carriers of variant Mbl-*B among patients seropositive as compared to the healthy controls. Furthermore, the genotype B/B was six times more frequent among patients than the observed to the healthy controls (χ2=4.042; p=0.044). The mean viral load was lower in HIV-1 seropositive patient carrying the Mbl-*A allele than those carrying the variant Mbl-*B allele (5,821 copies/mL vs. 52,253 copies/mL; p= 0.05). Furthermore, patients carrying the allele Mbl-*A showed a significant reduction of the viral load (p<0.001), that was not observed among those carrying the variant Mbl-*B (p=0.999). The results suggest the importance of the Mbl gene polymorphism on the clinical evolution of the patients infected by HIV-1 and that the identification of the Mbl genetic profile, among HIV-1 infected patients, may be an important tool to monitor the evolution and the prognosis of diseases.