Orientador: Fábio Porto Foresti / Banca: Pedro Manoel Galetti Júnior / Banca: Fernanda Simões de Almeida / Banca: José Augusto Senhorini / Banca: Diego Teruo Hashimoto / Resumo: Níveis de diversidade e estruturação genética, assim como a investigação de eventos de hibridação interespecífica ou introgressiva em populações selvagens, estão entre as principais análises a serem consideradas em projetos de conservação. A hibridação entre espécies nativas de peixes, principalmente quando decorrente de ações humanas, tem levado a taxas crescentes de cruzamentos não naturais entre diferentes taxa, o que pode ocasionar impactos ecológicos e genéticos. As espécies de bagres Neotropicais, Pseudoplatystoma reticulatum e Pseudoplatystoma corruscans, têm sido afetadas pela produção induzida de híbridos na aquicultura e pelo contato destes híbridos com suas populações. Neste estudo foram desenvolvidos diferentes marcadores genéticos (genes e microssatélites) com o intuito de identificar a ocorrência de hibridação e introgressão em rios da América do Sul e para acessar a diversidade genética intra e interpopulacional destas espécies. Marcadores dos genes nucleares EF1 e 18S foram completamente diagnósticos na identificação das espécies e seus híbridos. Através de um pirosequenciamento Roche 454, foram desenvolvidos e caracterizados 16 microssatélites para P. reticulatum, os quais apresentaram 100% de transferabilidade em P. corruscans e alto polimorfismo para a maioria dos loci estudados. As análises populacionais utilizando estes microssatélites revelaram alta variabilidade para ambas espécies em todos os rios das bacias hidrográficas do Paraguai e Paraná. A diferenciação genética interpopulacional destas espécies dentro da bacia do Paraguai foi baixa ou inexistente, revelando um alto fluxo gênico e a possível existência de uma população panmítica resultante da migração e reprodução entre indivíduos de rios próximos. Porém, diferenças genéticas significativas foram observadas entre rios distantes geograficamente e entre bacias hidrográficas ... / Abstract: Levels of genetic diversity and structure, as well as the investigation of interspecific and introgressive hybridization events in wild populations, are amongst the major analyzes to be considered in conservation projects. Hybridization between native fish species, especially when caused by human actions, has led to increasing rates of non natural crosses between different taxa, which may cause ecological and genetic impacts. The Neotropical catfish species, Pseudoplatystoma reticulatum and Pseudoplatystoma corruscans, have been affected by the induced production of hybrids in aquaculture and by the contact of these hybrids with their populations. In this study, different genetic markers were developed (genes and microsatellites), in order to identify the occurrence of hybridization and introgression in South American rivers and to access the intra and inter populational genetic diversity of these species. EF1 and 18S nuclear gene markers were completely diagnostics in the identification of the species and their hybrids. Through a Roche 454 pyrosequencing, were developed and characterized 16 microsatellite loci for P. reticulatum, which presented 100% of transferability in P. corruscans and high polymorphism for the majority of the loci. Population analysis using these microsatellites revealed high variability for the both species in all rivers from Paraguay and Paraná hydrographic basins. The interpopulational genetic differentiation of these species within the Paraguay basin was low or absent, revealing a high gene flow and the possible existence of a panmitic population, resulting from the migration and reproduction of individuals from closely rivers. However, significant genetic differences were observed between geographically distant rivers and distinct hydrographic basins. In P. reticulatum, genetic differentiation was found between the Cuiabá and Miranda Rivers (Paraguai basin), and between Paraguay and Lower Paraná ... / Doutor

Orientador: Paulo Cezar Ceresini / Banca: Daniel Augusto Schurt / Banca: Alessandra Alvez de Souza / Banca: Antonio de Goes / Banca: Tiago Santana Balbuena / Resumo: No início dos anos 90, o fungo Rhizoctonia solani AG-1 IA emergiu como um patógeno importante associado à queima foliar e podridão do coleto em pastagens do gênero braquiária (Urochloa spp.), na América do Sul. Este fungo surgiu pela primeira vez na Colômbia em áreas onde o cultivo de arroz (um hospedeiro altamente suscetível ao fungo) foi substituído por Urochloa, em resposta ao aumento da demanda por pecuária extensiva. Urochloa é uma forrageira de extrema importância para a pecuária da América Latina tropical. Descrito na primeira parte de nosso estudo, um amplo levantamento foi realizado na Amazônia nos estados do Pará, Rondônia, Roraima, e nos Cerrados de Mato Grosso e em áreas de várzeas do Vale do Paraíba, em São Paulo, entre 2012 e 2013. Nossas descobertas revelaram que Rhizoctonia solani AG-1 IA predominou como patógeno associado à queima-da-folha da braquiária no bioma Amazônico Brasileiro, especialmente em Rondônia. Na segunda parte de nosso estudo, descrevendo a estrutura genética de populações de R. solani AG-1 IA que infectam braquiária, arroz ou soja, testou-se a hipótese de que a emergência desse patógeno ocorreu devido a troca ou pulo de hospedeiros, dada a sobreposição geográfica de espécies hospedeiras. Para estudar a estrutura genética das populações, um total de 335 isolados de R. solani AG-1 IA foram coletados de campos de U. brizantha, de Urochloa híbrido Mulato, de arroz ou de soja, na Colômbia ou no Brasil. Esses isolados foram genotipados usando nove loci microssatélites. Padrões históricos de migração entre populações hospedeiro-distintas indicaram a origem provável das populações atuais que infectam braquiária na Colômbia, a partir de população que originalmente infectava o arroz. No Brasil, em contraste, não foi possível estabelecer o mesmo padrão claro assimétrico de migração histórica, uma vez que a migração entre as populações brasileiras de... / Abstract: The fungus Rhizoctonia solani AG-1 IA emerged in the early 1990s as an important pathogen causing leaf blight and collar rot on pastures of the genus Urochloa (signalgrass) in South America. This pathogen first emerged in Colombia in areas where rice, a host highly susceptible to the fungus, was replaced with Urochloa in response to increased demand for extensive livestock farming. Urochloa is an extremely important forage grass crop for livestock farming in tropical Latin America. Described in the first part of our study, a broad survey was conducted in the Amazon in Pará, Rondônia, Roraima states and in Mato Grosso Cerrado areas, and paddy plains in the Paraíba Valley, in São Paulo, between 2012 and 2013. Our findings revealed that R. solani AG-1 IA was the predominant pathogen associated with the leaf blight on Urochloa in the Brazilian Amazon biome, especially in Rondônia. In the second part of our study, describing the population genetic structure of different host and regional populations of R. solani AG-1 IA infecting Urochloa, rice and soybean, we tested the hypothesis that the emergence of this pathogen occurred due to host shift or jump as a result of geographical overlapping of the host species. To study the genetic structure of populations, a total of 335 R. solani AG-1 IA isolates were sampled from fields of U. brizantha, Urochloa hybrid Mulato, rice and soybeans in Colombia and Brazil. These isolates were genotyped using nine microsatellite loci. The historical patterns of migration of populations from different hosts indicated that the populations currently infecting Urochloa in Colombia most likely originated from a population that originally infected rice. In contrast, in Brazil a similar clear asymmetric pattern of historical migration was not established because the migration rates among Brazilian R. solani AG-1 IA populations from Urochloa, soybean and rice were all symmetric in magnitude (average 20 migrants ... / Doutor

Orientador: Paulo Cezar Ceresini / Banca: Antonio de Goes / Banca: Daniel Augusto Schurt / Resumo: O complexo de manchas da bainha do arroz engloba três doenças causadas por diferentes espécies de Rhizoctonia: a queima-da-bainha (causada R. solani AG-1 IA), a mancha agregada da bainha (R. oryzae-sativae) e a mancha da bainha (R. oryzae). Distinguir os agentes causais é um passo crítico para manejá-los eficazmente. Em levantamento recente efetuado em cinco áreas de cultivo de arroz no Vale do Paraíba, Brasil, e nos Llanos na Colômbia, R. oryzae-sativae, o patógeno da mancha agregada da bainha, foi a espécie predominante em ambos os países. Neste estudo, nosso principal objetivo foi determinar a estrutura genética das populações de R. oryzae- sativae do arroz no agroecossistema da região do Vale do Paraíba e nos Llanos Colombianos. Inferiu-se sobre o fluxo gênico entre populações do patógeno, dentro e entre os países, e sobre o modo reprodutivo predominante. Nosso segundo objetivo foi determinar o potencial de duas populações brasileiras de R. oryzae-sativae em adaptar-se a espécies forrageiras do gênero Urochloa. Uma vez que essas espécies de forrageiras são cultivadas em áreas adjacentes ou em rotação com arroz, podem estar exercendo elevada pressão de seleção sobre as populações de R. oryzae- sativae. Análises da estrutura genética de populações foram baseadas na genotipagem de isolados de quatro populações do patógeno usando cinco marcadores microssatélites. Populações próximas e distantes apresentaram indícios de fluxo gênico. Evidências de reprodução sexuada nas populações do patógeno e a baixa fração clonal, indicaram a predominância de um sistema reprodutivo recombinante. É provável que basidiósporos desempenhem papel mais importante no ciclo da doença do que se supunha anteriormente. Isolados das duas populações brasileiras de R. oryzae-sativae foram patogênicos e apresentaram variação na agressividade à Urochloa spp., porém com baixos índices de herdabilidade,... / Abstract: The rice sheath-blight complex comprises three diseases caused by different Rhizoctonia species: sheath blight (caused by R. solani AG-1 IA), aggregated sheath spot (R. oryzae-sativae), and sheath spots (R. oryzae). To be able to distinguish among the causal agents is a critical step in order to manage them effectively. In a recent survey in five rice cropping areas from the Paraíba Valley region, Brazil, and from the Llanos in Colombia, R. oryzae-sativae (the aggregated sheath spot pathogen) was the predominant species on both countries. In this study, our primary objective was to determine the genetic structure of populations of R. oryzae-sativae from rice paddy fields sampled from the Paraiba Valley and the Colombian Llanos. We inferred about gene flow among populations within and between countries and the pathogen's main reproductive mode. The second objective was to infer the potential of the two brazilian populations of R. oryzae-sativae to adapt and become pathogen of forage pastures of the genus Urochloa. Once these forage species are intensively cropped in adjacent areas or under rotation with rice, they might be exerting strong selection pressure on R. oryzae-sativae populations. Population structure analyses were based on genotyping fungal isolates from four populations of the pathogen using five microsatellites markers. Gene flow was detected among geographically close and distant populations. Evidences of sexual reproduction and low clonal fraction found in the populations, indicated the predominance of a mixed reproductive system. It is plausible that basidiospores play a more important role on the disease cycle than previously thought. Isolates from the two brazilian populations of R. oryzae-sativae were pathogenic and varied on aggressiveness to Urochloa spp. However, low levels of heritability for aggressiveness were detected, indicating a yet limited adaptation to Urochloa spp / Mestre

Made available in DSpace on 2016-09-27T13:40:04Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-07-29. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-27T13:45:15Z : No. of bitstreams: 1 000868518.pdf: 4362952 bytes, checksum: f8782956d423a313439c04aba289df01 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Orientador: Fausto Foresti / Banca: Fernando F. Mendonça / Banca: Mário L. Orsi / Banca: Fernanda S. Almeida / Banca: Claudio Oliveira / Resumo: As raias da família Potamotrygonidae são importantes componentes da ictiofauna Neotropical, sendo completamente restritas aos principais sistemas fluviais da América do Sul. Quatro gêneros são relacionados nessa familia: Heliotrygon, Paratrygon, Plesiotrygon e Potamotrygon. Na Bacia do Rio Paraná, as espécies de maior frequência são Potamotrygon motoro e Potamotrygon falkneri. Ambas as espécies ocorriam somente na região do médio Paraná, a jusante de uma importante barreira geográfica natural, as Cachoeiras de Sete-Quedas. Porém, após a construção da Usina Hidrelétrica de Itaipu, muitas espécies antes existentes apenas na parte baixa da bacia hidrográfica, iniciaram um processo de dispersão e colonizaram o Alto Paraná, incluindo as raias, as quais passaram a desempenhar o papel de espécies invasoras. Atualmente, as raias estão estabelecidas até a região de Ilha Solteira-SP (alto Paraná), com possibilidade de já terem atingido pontos mais superiores nesta bacia. Com o objetivo de analisar o processo de invasão e colonização das espécies Potamotrygon motoro e P. falkneri na bacia do Rio Paraná, foram realizados estudos genéticos moleculares utilizando genes mitocondriais e nucleares. O gene Citocromo Oxidase C subunidade I (COI) foi utilizado primeiramente para a identificação molecular das espécies, posteriormente, sequências dos genes ATPase 6/8, Cyt-B e região controle D-loop foram obtidas para análises populacionais. A divergência genética encontrada para o gene COI entre as espécies foi de 2,0%, considerada baixa quando comparada com resultados obtidos em outras espécies de peixes. Nas análises populacionais em P. motoro, a diversidade intra-específica foi baixa para todos os genes, com vários indivíduos compartilhando os mesmos haplótipos. Em P. falkneri, os valores foram semelhantes aos detectados em P. motoro, porém com valores de diferenciação genética elevados mas não significativos... / Abstract: The stingrays Potamotrygonidae family are important components of Neotropical ichthyofauna, being completely restricted to the main river systems of South America four genera are related in that family: Heliotrygon, Paratrygon, and Plesiotrygon Potamotrygon. In Paraná River Basin, the species most frequently are Potamotrygon motoro and Potamotrygon falkneri. Both species occur only in the region of the middle Paraná, downstream of a major natural geographic barrier, the Waterfalls of Seven Falls. However, after the construction of the Itaipu Hydroelectric, many aquatic species colonized the high Paraná, including stingrays, which came to play the role of invasive species. Currently, the lanes are set up in the region Ilha Solteira - SP (high Paraná). Aiming to analyze the process of invasion and colonization of species Potamotrygon motoro and P. falkneri in the Paraná River Basin were carried out molecular genetic studies using mitochondrial and nuclear genes. The gene Cytochrome Oxidase subunit I (COI) was first developed for molecular identification of species. Gene sequences were subsequently ATPase 6/8, Cyt-B and D-loop control region were obtained for population analyzes. The genetic diversity found for the COI gene between species was 2.0%, considered low when compared to results obtained in other species of fish. In population analyzes in P. motoro, diversity intraspecific was very low for all genes with multiple individuals sharing the same haplotype. In P. falkneri values were similar to that detected in P. motoro, although the values of genetic differentiation elevated but not statistically significant. Diantes results mean that the low genetic differentiation detected for both species under study, may be related to the short time of colonization (under 30) or the fact that the marker is not sensitive enough to detect such genetic differences. With this, it was necessary to search for other markers to check more efficiently... / Doutor

Orientador: Fábio Porto Foresti / Coorientador: Paulino Martinez Portela / Banca: Daniela Cristina Ferreira / Banca: Fernanda Simões de Almeida / Banca: Fernando Fernandes Mendonça / Banca: Roberto Ferreira Artoni / Resumo: Astyanax altiparanae, é uma espécie de pequeno porte e de grande interesse econômico. É considerada uma ótima opção para a piscicultura brasileira por suas características biológicas favoráveis ao cultivo e produção. É amplamente distribuída na bacia do Alto rio Paraná, tanto em número de indivíduos, como também em biomassa. Além de comercialmente interessante, A. altiparanae é um excelente modelo para estudos ecológicos, genéticos e evolutivos. Este trabalho teve como objetivos isolar e caracterizar marcadores moleculares microssatélites para A. altiparanae; testar a transferabilidade dos marcadores desenvolvidos em espécies relacionadas; quantificar a variabilidade genética dentro e entre as populações; verificar a possível estruturação genética das populações e averiguar se a estruturação ou a falta dela pode estar relacionada com atividades antrópicas. O isolamento e a caracterização resultaram em 11 locos polimórficos, que foram testados em dez espécies da mesma família. Apenas para as espécies do mesmo gênero, a transferabilidade foi eficaz. Em etapa posterior, foram selecionados oito locos microssatélites para analisar 419 indivíduos de 13 localidades das principais bacias do Alto rio Paraná. As populações de A. altiparanae apresentaram uma elevada variabilidade genética, e as bacias que apresentaram maior diversidade genética foram a do Tietê, seguida do Paranapanema, Ivinhema e Grande, esta última com a menor diversidade genética encontrada. No geral, não foi detectada estruturação genética, e a distribuição das populações foi relacionada com a atividade antrópica que por vários anos vem misturando os estoques, por razões de repovoamento após a construção de hidrelétricas e por liberação indiscriminada de indivíduos em locais distantes de sua origem durante a pesca esportiva, ...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Astyanax altiparanae, is a small species and of large economic interest. It is considered a great option for Brazilian fish-farming by its biological characteristics favorable to the cultivation and production. It is widely distributed in the the Upper Paraná River basin, both in number of individuals, as well as biomass. In addition to commercially interesting A. altiparanae is an excellent model for ecological, genetic and evolutionary studies. This study aimed to isolate and characterize microsatellite markers for A. altiparanae, test the transferability of the markers developed in related species, to quantify the genetic variability within and among populations; verify the possible genetic structure of populations and determine whether the structure or the lack of it may be related to anthropic activities. The isolation and characterization resulted in 11 polymorphic loci, which were tested in 10 species of the same family. Just for the species of the same genus, transferability was effective. In a next step, we selected eight microsatellite loci in the analysis of 419 individuals from 13 localities of the Upper Paraná River main basin. The populations of A. altiparanae showed a high genetic variability in the Upper Paraná River basin, and the basin with the highest genetic diversity were Tietê, then the Paranapanema, Ivinhema, and Grande, the latter one with lower genetic diversity. Overall, it was not detected genetic structure and distribution of populations was related to human activity that for several years has been blending stocks for reasons of restocking after the construction of dams and indiscriminate release of individuals in far places from their origin during sport fishing, widely practiced in the rivers of the Upper Paraná basin. Only populations P3, P4, and G2 showed moderate genetic differentiation, probably because these three locations...(Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Márcia Ortiz Mayo Marques / Banca: Maria do Carmo Vieira / Banca: Marcos Nopper Alves / Banca: Alberto José Cavalheiro / Banca: Magnolia Aparecida Silva da Silva / Resumo: A espécie Baccharis dracunculifolia, popularmente conhecida como vassoura ou alecrim-do-campo, é amplamente utilizada na medicina caseira. A infusão de suas folhas é empregada para problemas hepáticos, disfunções estomacais e como anti-inflamatória. Estudos de literatura relatam o uso medicinal e religioso do "alecrim-do-campo" comercializado em mercados e feiras livres no Rio de Janeiro, assim como a utilização das folhas para feridas e o uso dos ramos, em decocto, como antifebril. Este trabalho objetivou a caracterização da composição química do óleo essencial e diversidade genética da Baccharis dracunculifolia D.C. (Asteraceae) nativa do bioma Cerrado. Foram coletados, em media, 30 indivíduos em quatro populações naturais, sendo uma em Botucatu, estado de São Paulo, uma em Delfinópolis, no estado de Minas Gerais e duas em Dourados e Itahum, estado de Mato Grosso do Sul. A composição química do óleo essencial, extraído por hidrodestilação, foi analisada por meio de cromatógrafo a gás acoplado a espectrômetro de massas. As substâncias majoritárias dos acessos coletados foram trans-nerolidol, cis-β-guaieno, germacreno-D, trans-cariofileno, limoneno, α-pineno, β-mirceno, delta-cadineno, β-pineno e espatulenol. Esses componentes perfizeram uma média geral de 80,97% da composição química dos óleos essenciais nas quatro localidades. De acordo com a análise dos resultados a substância trans-nerolidol foi a que mais se destacou dentre os compostos presentes no óleo essencial da B. dracunculifolia em todas as populações. Entretanto, os acessos coletados em Itahum tiveram como componente principal o espatulenol seguido do trans-nerolidol. O estudo da diversidade ... / Abstract: The species Baccharis dracunculifolia, popularly known as "rosemary-of-field", is widely used in folk medicine. The form of infusion of its leaves is used for liver problems, stomach disorders and as anti-inflammatory. Studies have reported the use of medical and religious "rosemary-of-field" sold in markets and fairs in Rio de Janeiro, as well as the use of leaves for wounds and the use of branches as decoction as antipyretic. This study aimed to characterize the chemical composition of essential oils and genetic diversity of native species B. dracunculifolia DC (Asteraceae) in the Cerrado biome. Were collected, on average, 30 individuals from four natural populations, one in Botucatu, in the state of São Paulo, a city of Delfinópolis in the state of Minas Gerais and two in Dourados and Itahum, state of Mato Grosso do Sul. The chemical composition of essential oil extracted by hydrodistillation, was analyzed by gas chromatography coupled with mass spectrometer. The majority of accessions collected substances were trans-nerolidol, cis-β-guaieno, germacrene-D, trans-caryophyllene, limonene, α-pinene, β-myrcene, delta-cadinene, β-pinene and spathulenol. These components amounted to an overall average of 80.97% of the chemical composition of essential oils in four locations. According to the analysis results of the substance trans-nerolidol was the most outstanding among which the present compounds in the essential oil of the species B. dracunculifolia in all populations. However, the accessions were collected in Itahum spathulenol as major components followed by the trans-nerolidol. The study of genetic diversity was performed by analyzing the DNA polymorphism using microsatellite markers. Five microsatellite loci were tested for the species revealed 48 alleles for the four populations ... / Doutor

Orientador: Adriana Coletto Morales Corrêa e Castro / Banca: Marcos Túlio de Oliveira / Banca: Maurício Martins da Rocha / Resumo: Cupins são insetos eussociais da infraordem Isoptera, que, atualmente, é composta por nove famílias com representantes vivos. Ecologicamente, os cupins desempenham um importante papel na ciclagem de nutrientes do solo, e são conhecidos como "super decompositores". A região Neotropical é a terceira em número de espécies de cupins conhecidas, com aproximadamente 600 descritas, que são divididas em cinco famílias, incluindo Termitidae, que abriga a espécie deste trabalho, Nasutitermes corniger. O presente trabalho se propôs a estudar as populações de N. corniger sob a perspectiva da genética de populações e da filogeografia. Essas duas áreas de estudo, aliadas, permitem que se trace a história evolutiva dos processos responsáveis pelo surgimento de padrões encontrados atualmente. De modo geral, esse foi o objetivo deste trabalho: encontrar e compreender os padrões e os processos que permitem traçar a história evolutiva da espécie N. corniger, distribuída ao longo da região Neotropical, utilizando-se o marcador molecular mitocondrial 16S rDNA. Foram utilizados 230 espécimes de N. corniger, provenientes de mais de 15 estados brasileiros, de países da América do Sul, América Central e Ilhas do Caribe. Após sequenciamento dos fragmentos de 16S rDNA, obteve-se 45 haplótipos, que puderam ser divididos em 6 agrupamentos. Com exceção de alguns haplótipos do agrupamento 1, considerado o mais antigo, os agrupamentos estão distribuídos de modo a relacionar áreas geográficas proximamente localizadas. A observação desse padrão, junto aos resultados da Análise de Variância Molecular (AMOVA), permitiu que se inferisse que as populações analisadas estão estruturadas ao longo da área amostrada. Os resultados da Nested Clade Phylogeografic Analysis (NCPA) frequentemente indicaram isolamento por distância como causa do padrão de distribuição de... / Abstract: Termites are eusocial insects of the infraorder Isoptera, which is currently composed of nine families with living representatives. Ecologically, termites have an important role in nutrient cycling of the soil, and are known as "super decomposers". The Neotropical region is the third in number of known species, with about 600 described species, that are divided in five families, including Termitidae, which involving the specie of this work, Nasutitermes corniger. This work proposed to study the populations of N. corniger by the approach of Populations Genetics and Phylogeography. Both study areas, together, allow to trace the evolutionary history of the processes responsible for the origin of currently found patterns. Overall, this was the aim of this work: to find and understand the patterns and processes which allow to trace the evolutionary history of the specie N. corniger, distributed along the Neotropics, using the mitochondrial molecular marker 16S rDNA. Have been used 230 specimens of N. corniger, from more than 15 Brazilian states, South and Central America countries and Caribbean Islands. After sequencing of 16S rDNA fragments, 45 haplotypes were obtained, which could be divided into six groupings. Except some haplotypes of grouping 1, considered oldest, the groupings are distributed to relate geographical areas most closely located. The observation of this pattern, together with the results of Analysis of Molecular Variance (AMOVA), allowed it to be deduced that populations are structured along sampled area. The results of Nested Clade Phylogeografic Analysis (NCPA) indicate, frequently, isolation by distance as cause of distribution pattern found, inference supported by Mantel's test. From the groupings which were observed at haplotypic network and the haplotype distribution pattern throughout the sampled region, it was still possible to infer a probable ... / Mestre

Orientador: Danillo Pinhal / Coorientador: Flávia Tores Presti / Banca: Diogo Teruo Hashimoto / Banca: Alexandra Sanches / Resumo: A arara-azul-grande (Anodorhynchus hyacinthinus), maior psitacídeo do mundo, é uma espécie considerada em vulnerabilidade de extinção (IUCN) principalmente devido à perda de habitat e ao tráfico ilegal. Para estabelecer estratégias que visem a conservação da espécie considerar a composição genética de suas populações é muito importante. Comumente para o estudo da diversidade genética e estrutura genética populacional são utilizados marcadores moleculares que podem ser prospectados no genoma, dentre os quais destacam-se os locos microssatélites. Atualmente, entretanto, não há locos microssatélites polimórficos espécie-específícos identificados em A. hyacinthinus. Esta espécie pode ser encontrada em três regiões possivelmente isoladas, o que evidencia a necessidade de medidas de manejo integradas para a preservação do pool gênico da espécie. Assim, os objetivos principais desse trabalho foram: (i) desenvolver primers para locos microssatélites em A. hyacinthinus, e (ii) analisar a diversidade e a estrutura genética populacional da espécie. Como resultado seis locos espécie-específicos foram prospectados (AnH6, AnH10, AnH17, AnH33, AnH23 e AnH34), dos quais cinco mostraram-se polimórficos em A. hyacinthinus. Além disso, os seis pares de primers mostraram potencial aplicabilidade para estudos populacionais em outras sete espécies de psitacídeos neotropicais. Nas análises populacionais, A. hyacinthinus apresentou um baixo índice de variabilidade genética em comparação à reportada para outros psítacídeos. Esse resultado indica que a baixa variabilidade encontrada não deve ter relação com a utilização restrita de locos heterólogos em trabalhos anteriores, pois foram utilizados tanto locos espécie-específicos quanto locos heterólogos nas análises do presente estudo, sugerindo que esta é uma característica intrínseca da espécie. Além disso, considerando-se a análise de estruturação ... / Abstract: Hyacinth macaw (Anodorhynchus hyacinthinus), the largest parrot in the world, is considered vulnerable to extinction (IUCN) mainly due to habitat loss and illegal trade. To establish strategies for the conservation of the species must be regarded the genetic makeup of their populations. Commonly for the study of genetic diversity and population genetic structure are used molecular markers, highlighting specially the microsatellite loci, which in turn need to be isolated for population studies. However, currently there is no polymorphic microsatellite loci identified in A. hyacinthinus. Additionally, the species is distributed in three apparently isolated areas, thus requiring integrated management in order to preserve the gene pool of the species. Thus, the main objectives of this study were: (i) the development of primers for microsatellite loci in Anodorhyncus hyacinthinus, and (ii) the analysis of the diversity and population genetic structure of all areas of occurrence of the species. Six loci species-specific prospected were obtained (AnH6, AnH10, AnH17, AnH23, AnH33 and AnH34) and five of these primers proved to be polymorphic. In addition, these six pairs of primers showed potential applicability for population studies after they were tested in seven Neotropical parrot species. Regarding the population analyzes using both specific and heterologous loci, A. hyacinthinus presented a low level of genetic variability compared to other parrots, thereby indicating that the low variability found should not be related to the use of only heterologous loci in previous studies, suggesting that this is an intrinsic characteristic of this species. Moreover, considering in the analysis of genetic structure by Bayesian clustering of microsatellite data it could not be found genetic structure between subpopulations of four regions [North Pantanal (NP), South Pantanal (SP), Para (PA) and northeast (NE)]. In contrast, Rst indices indicated ... / Doutor

Orientador: Fausto Foresti / Coorientador: Vanessa Paes da Cruz / Banca: Diogo Teruo Hashimoto / Banca: Fernanda Simões de Almeida / Banca: Jefferson Monteiro Henriques / Banca: Fernando Fernandes Mendonça / Banca: Fernando Yuldi Ashikaga / Banca: Guilherme José da Costa Silva / Banca:Cristiane Kioko Shimabukuro / Banca: Patrícia Elda Sobrinho Scuderler / Resumo: / Abstract: / Mestre