Orientador: Regina Maria Barretto Cicarelli / Banca: Raquel Mantuaneli Scarel Caminaga / Banca: Celso Teixeira Mendes Júnior / Banca: Rogério Nogueira de Oliveira / Banca: Maria Leonor Rodrigues de Souza Botelho Gusmão / Resumo: Os marcadores STR são os mais utilizados na rotina de identificação humana e genética forense, entretanto, os marcadores INDEL s vem chamando a atenção dos pesquisadores desta área, pois sua análise pode ser uma ferramenta interessante por serem analisados com um fragmento menor que os STR e apresentarem baixa taxa de mutação, podendo ser utilizados na identificação de indivíduos e na avaliação de ancestralidade. Neste trabalho, caracterizamos as populações brasileiras dos estados de São Paulo e Espírito Santo pela análise de marcadores INDEL através de dois sistemas: 38 HID - INDELs, verificando a eficiência forense nas duas populações e comparando os dados com os d e STRs rotineiramente utilizados na população de São Paulo; e 46 AIM - INDELs, avaliando as proporções de ancestralidade nas duas populações, e comparando os dados com os de marcadores uniparentais na população do Espírito Santo. Ambos os métodos foram efici entes para suas respectivas finalidades, sendo que o sistema 38 HID - INDELs apresentou alto poder de discriminação, para Espírito Santo (PD = 0,9999999999999990) e para São Paulo (PD = 0,999999999999994) ; e o sistema 46 AIM - INDELs confirmou a miscigenação d as populações estudadas, e neste caso, com maior ancestralidade genética de europeus, em comparação a africanos e nativo - americanos. Além disso, inserimos o marcador amelogenina no sistema multiplex 38 HID - INDELs como uma ferramenta complementar para ident ificação de sexo de amostras degradadas. / Abstract: The STR markers are the most used in routine of human identification and forensic genetics, however, INDEL markers has attracted the attention of those researchers in this area, because their analysis can be an interestin g tool to be analyzed with a smaller fragment that STR and to present low mutation rate, may be used to identify individuals and evaluating a ncestry. In this work, we characterize d the Brazilian populations of the states of São Paulo and Espírito Santo by INDEL markers analysis thr ough two systems: 38 HID - INDEL s, checking the forensic efficiency in this two populations and comparing the data w ith STRs r outinely used in São Paulo population; and 46 AIM - INDELs, assessing the proportions of ancestry in this two populations, and comparing the data with uniparental markers in Espírito Santo population. Both methods were effectiv e for their respectiv e purposes, the 38 HID - INDEL s system showed high discrimi nation power to Espírito Santo ( PD = 0 .9999999999999990 ) and to São Paulo (PD = 0.999999999999994 ) ; and the 46 AIM - INDEL s system confirmed the mi xing of the populations studied, and in this case, with greater genetic ancestry of e uropeans, compared to af ricans and n ative a mericans. In addition, we insert the amelogenin ma rker in the 38 HID - INDEL s multiplex system as a complementary tool to identificate the sex of degraded samples. / Doutor

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias. Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais / Made available in DSpace on 2012-10-26T10:32:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 303742.pdf: 1242925 bytes, checksum: 72ac42983c7558f57074ca7eb4ac8054 (MD5) / As populações humanas influenciam os padrões biológicos observados atualmente através da manipulação das espécies e do ambiente. A heterogeneidade da paisagem no presente, por exemplo, é o reflexo também da relação entre pessoas, plantas e o ambiente que pode ser individualizada em unidades de paisagem. A definição de unidades de paisagem individualizadas pela ação humana possibilita delinear estudos de biologia de populações de plantas para comparação entre as áreas. Neste estudo avaliaram-se as características das populações de E.edulis em diferentes unidades de paisagem localizadas na comunidade de Ribeirão Taquaras, município de Ibirama, Estado de Santa Catarina. A espécie foi escolhida como indicadora entre as diferentes unidades de paisagem em virtude da sua importância material para as comunidades inseridas na Floresta Ombrófila Densa e pela sua abundância e distribuição neste ambiente. Desta maneira, identificamos alta relevância da espécie no passado e no presente para a comunidade, sendo indentificados alguns usos atuais associados ao consumo de palmito, extração de frutos para fabricação de açaí e cultivo da espécie em quintais. As unidades de paisagem identificadas onde a espécie está presente foram a floresta secundária e os quintais, estas foram comparadas com as populações do interior de uma Unidade de Conservação (FLONA) em que o uso humano é regulado. Nestas unidades de paisagem foram avaliadas e comparadas as características populacionais e genéticas de E.edulis e observou-se que as populações possuíram características distintas de densidade nas classes de tamanho, quantidade de infrutescências e distribuição diamétrica entre as unidades de paisagem, visto que a FLONA apresentou maiores densidades de regenerantes, os quintais maiores densidades de adultos e infrutescências e as florestas secundárias maior densidade de juvenis (JII). As unidades de paisagem apresentaram semelhanças quanto aos parâmetros de diversidade genética dos adultos na floresta secundária e para o total dos quintais em comparação com a FLONA. Assim, observamos diferentes potencialidades nas unidades de paisagem quintal, floresta secundária e na Unidade de Conservação para conservação genética e populacional de E.edulis na comunidade estudada.

Made available in DSpace on 2015-12-10T14:22:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-08-21. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-10T14:28:27Z : No. of bitstreams: 1 000851764.pdf: 2050790 bytes, checksum: 7e9ce71e56aca3f8626c05f19a371268 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A arara-azul-grande (Anodorhynchus hyacinthinus) é uma espécie considerada vulnerável à extinção em consequência, especialmente, da perda do seu habitat e do intenso tráfico ilegal. O número estimado de indivíduos em vida livre no Brasil é de 6.500 animais, distribuídos em três regiões: no Pará, no nordeste do país e no Pantanal Matogrossense, onde se encontra a maioria dos exemplares de A. hyacinthinus. Informações sobre a biologia, ecologia e variabilidade genética dessa espécie são fundamentais para subsidiar e elaborar estratégias de conservação de suas populações naturais e cativas. Desta forma, o presente trabalho teve como objetivo principal avaliar a estrutura genética de diferentes populações de A. hyacinthinus e investigar a dinâmica populacional entre as áreas de distribuição da espécie. Amostras de DNA foram obtidas de 100 exemplares de diferentes localidades e análises genéticas associadas ao primeiro domínio da região controladora do DNA mitocondrial foram realizadas em todos os indivíduos. Um segmento de 498 pares de bases desta região de DNA mitocondrial foi utilizado para caracterizar a estrutura genética populacional dos espécimes de A. hyacinthinus amostrados. As análises evidenciaram a existência de diferenciação genética significativa entre amostras do Pantanal Norte e as demais regiões de distribuição da espécie. Menor grau de diferenciação genética, embora significativo, foi evidenciado entre Pantanal Sul e Pará, Pantanal Sul e Nordeste e entre Nordeste e Pará. O nível de diversidade genética encontrado para a espécie estudada se mostrou similar ao descrito em trabalhos anteriores para A. hyacinthinus e mais baixo do que valores reportados para outras espécies de psitacídeos não ameaçados. A rede haplotípica gerada, em formato de estrela, sugere que a espécie tem passado por expansão recente, cenário também apontado pela curva unimodal obtida para... / Hyacinth macaw (Anodorhynchus hyacinthinus) is considered as a threatened species, classified as vulnerable, especially due to the habitat loss and intense illegal trade. The total estimated number of wild individuals in Brazil is around 6,500 animals, distributed in three regions: Pará State, Northeast Brazil, and Pantanal of Mato Grosso and Pantanal of Mato Grosso do Sul, where most of the hyacinth macaws can be found. Data about the biology, ecology, and genetic variability of this species are fundamental to support and develop conservation strategies of its natural populations. Therefore, the present study primarily aimed to analyze the genetic structure of different populations of A. hyacinthinus and examine the population dynamics among the distribution areas of the species. DNA samples were obtained from 100 individuals from distinct areas and genetic analyses associated to the first domain of the mitochondrial control region were performed for all samples. A segment of 498 base pairs of this mitochondrial DNA region was used to characterize the genetic population structure of the sampled hyacinth macaws. The analyses showed the existence of a significant genetic differentiation between samples of North Pantanal and the other distribution regions. A low differentiation level, although also significant, was evidenced between South Pantanal and Pará, between South Pantanal and Northeast, and between Northeast and Pará regions. The genetic diversity index for the studied species was similar to reported data in previous studies of hyacinth macaw and lower than those values described for other non-threatening species of parrots. The generated haplotype network, with a star shape, indicates a recent population expansion, a scenery that was also evidenced by the unimodal shape of the populations from Pará and Northeast. However, the obtained bimodal curve for the populations from North Pantanal and South Pantanal suggests that they ...

Made available in DSpace on 2016-03-07T19:21:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-08-28. Added 1 bitstream(s) on 2016-03-07T19:25:26Z : No. of bitstreams: 1 000858045.pdf: 980954 bytes, checksum: 6bcdb403af4689c3a8fd68979044e591 (MD5) / Huanglongbing (HLB) doença dos citros emergiu como a principal ameaça à produção de citros no mundo, associado com a bactéria (Candidatus Liberibacter asiaticus - Las) limitada ao floema e ao vetor (Diaphorina citri). No Brasil, o HLB foi relatado pela primeira vez em 2004 e rapidamente se espalhou para todas as regiões geográficas do Estado de São Paulo (SPS), Paraná (PR) e Minas Gerais (MG). No entanto, informações sobre a diversidade genética desta bactéria são pouco conhecidas. Aqui nós testamos a hipótese H0: ambas as regiões geográficas diferentes e espécies de citros não moldam a diversidade genética de populações de Las do Brasil. Para comprovar a hipótese, DNA de 199 amostras de plantas cítricas com sintomas de HLB foram amplificados com 9 conjuntos de iniciadores microssatélites, sendo os iniciadores diretos marcados com corantes fluorescentes. Níveis moderadamente baixos de diversidade genética (HNei = 0,11 - 0,26) foram observados em todas as populações desta bactéria. Com uso da estatística F de Wright (FST), nenhuma diferença estatística foi observada entre populações de Las de todas as sete subdivisões das regiões geográficas do SPS e de MG (FST <0,095). Mas, valores significativos de diferenciação entre populações (FST = 0,118 - 0,191) foram obtidos para populações de Las do PR comparado com as do SPS e MG. Também, valores ainda mais altos e significativos (FST = 0,275 - 0,445) foram observados comparando populações de Las em laranjeiras doce do SPS, MG e PR com as populações de diferentes espécies de citros cultivados na região Sudeste do SPS. Por meio de métodos de agrupamento realizados por estatística Bayesiana e de coordenada principal pode-se agrupar todos os isolados estudados em três populações geneticamente distintas: 1. Um grupo contempla todas as estirpes das regiões do SPS mais MG, 2. Um segundo contendo somente as estirpes de Las do PR, 3. E... / Citrus huanglongbing (HLB) disease emerged as a primary threat for citrus production worldwide, associated with the phloem and vectored (Diaphorina citri) limited - bacterium Candidatus Liberibacter asiaticus (Las). In Brazil, HLB was first reported in 2004 and quickly spread for all geographic regions of the States of Sao Paulo (SP), Parana (PR) and Minas Gerais (MG). However, information about genetic diversity of this bacterium is poorly known. Here we tested the hypothesis H0: different geographic regions and citrus species have no influence on genetic diversity of Las populations in Brazil. To test this hypothesis, total DNA from 199 samples from citrus plants with symptoms of HLB was amplified by 9 sets of forwardfluorescent microsatellites primers. Moderately low levels of genetic diversity (HNei = 0,11 to 0,26) were observed through all populations. By Wright's F-statistics (FST), no statistic difference was observed among Las populations from all the seven previously subdivided geographic regions of SP and MG (FST <0,095). But significant FST values (0,118 to 0,191) were obtained for Las population from PR compared to SP and MG. On the other hand, highest and significant values for FST index (0,275 to 0,445) were observed comparing Las populations from sweet orange trees from SP, MG, and PR and the populations from different citrus species grown at the Southeast region of SP. By Bayesian statistics and principal coordinate analysis all isolates studied were clustered in three genetically different populations: 1. a group that includes all strains from SP regions and MG, 2. A second composed only by Las strains from PR, and 3. a third where strains from different citrus species were grouped. In conclusion, after 10 years of the HLB first report in Brazil, that genetically homogeneous populations of Las infecting sweet orange are present at different geographic regions sampled, with the exception of the populations ...

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:25:19Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-02-24Bitstream added on 2014-06-13T18:26:17Z : No. of bitstreams: 1 baggio_mv_me_jabo.pdf: 512063 bytes, checksum: 11244a431e6c0f8cc5195b1c7d20e1bd (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Chrysoperla externa é uma espécie de crisopídeo encontrada em diversos agroecossistemas brasileiros, capaz de se alimentar de diferentes pragas agrícolas. Em cada ambiente em que for encontrada poderá sofrer diferentes pressões seletivas do ambiente. Para a verificação das mutações genéticas presentes nas populações de C. externa podem ser usados marcadores moleculares, em especial os genes mitocondriais, que são de fácil manipulação. C. externa é de fácil criação e a mais estudada para multiplicação massal, por isso se faz necessário estudar a resposta das populações quando liberadas em ambientes diferentes, visto que estas podem não sobreviver em áreas biogeográficas distintas, inviabilizando o seu papel como agente de controle de pragas. O objetivo deste trabalho foi caracterizar geneticamente as populações de C. externa nos municípios de Brotas (SP), Jaboticabal (SP), Rifaina (SP), São Carlos (SP), São José dos Campos (SP) e São Sebastião do Paraíso (MG). Para o gene COI foram verificados oito haplótipos, seis mutações e a maior diversidade haplotípica foi encontrada em Brotas e São Sebastião do Paraíso. Para o gene 16S foram observadas quatro mutações, seis haplótipos e a maior diversidade haplotípica ocorreu no município de São Sebastião do Paraíso. A distância genética encontrada entre as populações de C. externa não foi significativa para os dois genes analisados, evidenciando que provavelmente as populações são geneticamente compatíveis. O estudo da estrutura genética dessas populações de C. externa, de ambos os genes, mostrou que essas populações não apresentam um padrão de distribuição haplotípica. Então, talvez sejam necessários outros estudos com populações desta espécie oriundas de localidades mais distantes geograficamente dos que as utilizadas neste trabalho / Chrysoperla externa is a species of green lacewing found in several Brazilian agroecosystems able to feed on various agricultural pests. In each environment that is found may experience different environmental selective pressures. In order to verify genetic mutations in C. externa populations it may be used molecular markers, in particular mitochondrial genes, which are easy handling and extraction. C. externa is easy to create and the most studied for mass multiplication, so it is necessary to study on the response of populations when released in different environments, since they may not survive in different biogeographic areas, derailing its role as a pest controller. The objective of this study was to characterize genetically the populations of C. externa from the cities of Brotas (SP), Jaboticabal (SP), Rifaina (SP), São Carlos (SP), São José dos Campos (SP) and São Sebastião do Paraíso (MG). For the COI gene it was found eight haplotypes, six mutations and greater haplotype diversity in Brotas and São Sebastião do Paraíso. In the 16S there were four mutations, six haplotypes and haplotype diversity was higher in São Sebastião do Paraíso. The genetic distance among populations of C. externa was not significant for the two genes analyzed, showing that the populations are probably genetically compatible. The study of the genetic structure of populations of C. externa, showed for both genes that these populations do not show a pattern of haplotype distribution. So, it may need further study on populations of this species originating from geographically more distant locations of those used in this work

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:02Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-07-05Bitstream added on 2014-06-13T19:12:48Z : No. of bitstreams: 1 ribeiro_ao_me_botib.pdf: 1200014 bytes, checksum: e1f590cd087700ef38c4458945aa5242 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Impactos antropogênicos são uma ameaça crescente para a diversidade de peixes, especialmente em áreas próximas a grandes centros urbanos, e muitas ações efetivas de conservação dependem da identificação acurada de espécies. Considerando a utilidade do DNA barcoding como um sistema global de identificação e descoberta de espécies, o presente estudo intenta compilar uma biblioteca referência de sequências barcode para os peixes marinhos das regiões Sudeste e Sul do Brasil, com ênfase no estado de São Paulo. O fragmento barcode padrão de 652 pares de bases do gene citocromo c oxidase subunidade I (COI) foi amplificado por PCR e sequenciado bidirecionalmente para 875 indivíduos pertencentes a 156 espécies. A análise de neighbor-joining revelou que esta abordagem discrimina sem ambiguidade 93,6% das espécies analisadas. A maioria das espécies exibiu baixas distâncias genéticas intraespecíficas (0,40%), cerca de 30 vezes menor que a distância entre espécies congenéricas. Seis espécies apresentaram divergências intraespecíficas entre 2,03 e 12,63%, sugerindo diversidade subestimada. Notavelmente, apenas dois pares de espécies apresentaram divergência menor que 2% entre elas. Esta biblioteca é um primeiro passo para conhecer melhor a diversidade molecular das espécies de peixes marinhos do Sudeste e do Sul do Brasil, fornecendo subsídios para estudos posteriores sobre esta fauna — aumenta a capacidade de identificar as espécies a partir de todos os estágios de vida e mesmo a partir de fragmentos, abre caminhos para uma melhor compreensão acerca das interações entre espécies, auxilia na calibração das estimativas de composição e riqueza das espécies de um ecossitema, e fornece ferramentas para a autenticação de bioprodutos e para o monitoramento da exploração ilegal de espécies / Anthropogenic impacts are an increasing threat to the diversity of fishes, especially in areas around large urban centers, and many effective conservation actions depend on accurate species identification. Considering the utility of DNA barcoding as a global system for species identification and discovery, the present study aims to assemble a DNA barcode reference sequence library for marine fishes from the Southeast and South regions of Brazil, with emphasis on the São Paulo state. The standard 652 base-pair ‘barcode’ fragment of the cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene was PCR amplified and bi-directionally sequenced from 875 individuals belonging to 156 species. A neighbor-joining analysis revealed that this approach can unambiguously discriminate 93.6% of the species surveyed. Most species exhibited low intra-specific genetic distances (0.40%), about 30-fold less than the distance among species within a genus. Six species showed intra-specific divergences ranging from 2.03 to 12.63%, suggesting overlooked diversity. Notably, just two species-pairs exhibited barcode divergences of less than 2%. This library is a first step to better know the molecular diversity of marine fish species from the Southeast and South regions of Brazil, providing subsidies for further studies in this fauna ― extending the ability to identify these species from all life stages and even fragmentary remains, setting the stage for a better understanding of interactions among species, calibrating estimatives about species composition and richness in an ecosystem, and providing tools for authenticating bioproducts and monitoring illegal species exploitation

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-07-25Bitstream added on 2014-06-13T20:33:47Z : No. of bitstreams: 1 melo_bf_me_botib.pdf: 659115 bytes, checksum: d3257e8cc3843a61dc7ce69cb51f1e93 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O Rio São Francisco forma uma das maiores bacias hidrográficas sulamericanas e vem sofrendo grandes impactos causados por ações antrópicas. A bacia conta com uma rica fauna de peixes, muitos de elevada importância para a pesca comercial e de subsistência. O estado de Minas Gerais apresenta uma importante indústria pesqueira e a região de Três Marias representa a zona mais produtiva na bacia do São Francisco. Nesta região, duas espécies de peixes são encontradas abundantemente: Prochilodus argenteus (curimatã-pacu), responsável por até 50% do pescado, sendo a espécie de maior porte da família Prochilodontidae com alguns indivíduos alcançando 15 kg, e Prochilodus costatus (curimatã-pioa) que possui um importante papel ecológico e para a pesca de subsistência. Estudos prévios sugerem a existência de diferentes populações de P. argenteus na região de Três Marias e de apenas uma população de P. costatus na mesma área. No entanto, os níveis de estruturação e os padrões de migração das espécies não foram testados utilizando indivíduos pertencentes aos tributários de todo o médio São Francisco. No presente estudo, duas hipóteses foram testadas: (i) os peixes que nascem nas lagoas marginais dos tributários vivem, preferencialmente nesses próprios tributários, não migrando para o leito do São Francisco; (ii) os peixes que nascem nas lagoas dos tributários migram preferencialmente para o leito do São Francisco no período de alimentação, retornando aleatoriamente ou não para os tributários durante o período de reprodução. Nove amostragens de P. argenteus com um total de 273 espécimes e cinco de P. costatus com 156 espécimes foram coletadas em todo o médio São Francisco em dois períodos, chuvoso e seco. Utilizamos seis loci microssatélites altamente polimórficos e os resultados indicaram... / The São Francisco is one of the largest South America river basin and has suffered large impacts caused by human actions. The basin has a rich fish fauna, many of great importance for commercial fishing and for subsistence. The Minas Gerais State has a strong fishery activity and the Três Marias region is the most productive fishing region in the São Francisco basin. In this region, two fish species are abundantly found: Prochilodus argenteus (curimatã-pacu), representing almost 50% of the total catch, being the largest member of the Prochilodontidae family sometimes reaching a body weight of 15 kg and P. costatus (curimatã-pioa) that has an important ecological role and for subsistence fishing. Previous studies suggest the existence of distinct populations of P. argenteus and only one population of P. costatus in the Três Marias region. However, the structuring levels and migration patterns were not tested using individuals from tributaries of the middle São Francisco. Here we tested two hypotheses: (i) fishes recruited on marginal lagoons from tributaries live preferably in these tributaries; (ii) fishes recruited on marginal lagoons from tributaries preferentially migrate downstream to the main stream of the São Francisco River in the feeding season, returning upstream randomly or not to the tributaries for reproduction. Nine populations of P. argenteus with 273 specimens and five populations of P. costatus with 156 specimens were collected throughout middle São Francisco in the rainy and dry seasons. We used six highly polymorphic microsatellite loci and the results indicated high levels of variability within populations for both species. Additionally, low values of population differentiation were detected in P. argenteus (FST = 0,008, P < 0,008) and P. costatus (FST = 0,031, P < 0,008) with high values... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-02-24Bitstream added on 2014-06-13T20:14:46Z : No. of bitstreams: 1 ferrette_bls_me_botib.pdf: 603120 bytes, checksum: f2c62ecea9610761a773e52cb38c0d94 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Para o setor pesqueiro, a identificação e manutenção de estoques diferenciados são fundamentais, pela sua relação direta com a produtividade total e uso sustentável dos recursos, sendo um dos objetivos básicos para programas de controle e conservação de espécies em perigo, a conservação da variabilidade genética. Entre os tubarões mais explorados, as espécies pelágicas apresentam uma maior complexidade na avaliação e monitoramento de suas populações devido às suas distribuições em vastas áreas geográficas. Entre essas espécies, Pseudocarcharias kamoharai, popularmente conhecida como tubarão-crocodilo ou tubarão-cachorro, atinge tamanhos máximos em torno de 140 cm de comprimento total, habita profundidades máximas em torno de 600 metros e ocorre em todos os oceanos tropicais, sendo registrada no Brasil principalmente nas áreas oceânicas do Nordeste. A análise genética molecular realizada utilizando sequências da região controladora do DNA mitocondrial (D-loop) de 125 indivíduos capturados em quatro regiões distintas no Oceano Atlântico (Equatorial Oeste, Noroeste Africano, Golfo da Guiné e Sudoeste Africano) Permitiu identificar 22 haplótipos com diversidade haplotípica h=0.627 e diversidade nucleotídica π=0.00167. Estes índices são similares aos encontrados em outras espécies de tubarões pelágicos também do Atlântico e podem ser considerados dentro dos níveis médios de diversidade genética entre os tubarões. O índice de FST=0.00125 obtido nas comparações pode sugerir ausência de estruturação populacional entre os quatro grupos amostrados. Tendo em vista a contínua inclusão de espécies de tubarões na Lista Vermelha da União Internacional para a Conservação da Natureza e dos Recursos Naturais (IUCN), os resultados obtidos neste estudo podem auxiliar na gestão adequada da pesca e na conservação desta espécie no Oceano Atlântico / For the fishing sector, the identification and delimitation of the fishing stocks constitute fundamental information due to their direct relationship to the overall productivity and sustainable utilization of the resources. This constitutes a basic objective in terms of population management and conservation of endangered species that can be represented by the conservation of the genetic variability. Among the most exploited sharks, pelagic species have a greater complexity in terms of evaluation and monitoring due to their distributions along large geographical areas. One of these species is the crocodile shark, Pseudocarcharias kamoharai, which reaches maximum sizes of around 140 cm in total length, inhabits maximum depths of around 600 meters, and occurs in all tropical oceans including in Brazil, mainly in the Northeast region. The molecular genetic analysis using sequences of the mitochondrial DNA control region (D-loop) of 125 individuals captured in four distinct regions in the Atlantic Ocean (Western Equatorial, Northwest Africa, Gulf of Guinea and Southwest Africa), allowed the identification of 22 haplotypes which revealed a haplotype diversity of h=0627 and a nucleotide diversity of π=0.00167. These indices showed to be similar to those found in other species of pelagic sharks, also from the Atlantic sites and can be considered inside of the average levels of genetic diversity among the sharks. The value of FST=0.00125 index found in the comparisons may suggest the absence of population subdivision among the four sampled regions analyzed. Given the continued inclusion of shark species in the Red List of the International Union for Conservation of Nature and Natural Resources (IUCN), the results obtained in this study may be used to help a more sustainable management of fisheries and conservation programs of this species in the Atlantic Ocean

Made available in DSpace on 2015-05-14T16:53:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-12-12Bitstream added on 2015-05-14T16:58:59Z : No. of bitstreams: 1 000826564.pdf: 1316430 bytes, checksum: 3e3722dfa54f8e9617ce84d42c56ae16 (MD5) / Genipa americana L., popularmente conhecida como jenipapo, é uma espécie arbórea neotropical cuja sobrevivência encontra-se ameaçada devido aos processos de destruição, fragmentação e degradação de seus ambientes naturais. Visando contribuir para a conservação in situ e ex situ dessa espécie, o objetivo deste trabalho foi investigar a diversidade genética, a estrutura genética espacial intrapopulacional (EGE), o sistema de reprodução e o fluxo gênico contemporâneo de G. americana em um pequeno remanescente florestal (7,2 ha) localizado na Mata da Figueira, na Estação Ecológica de Mogi-Guaçu, Mogi-Guaçú (SP). Na população estudada foram encontradas 188 árvores adultas e sementes foram colhidas e amostradas hierarquicamente entre e dentro de frutos diretamente da copa de 15 árvores matrizes em dois eventos reprodutivos consecutivos. Trinta e dois locos microssatélites foram desenvolvidos e validados em 40 indivíduos de G. americana. Destes, dezessete foram polimórficos, revelando de três a sete alelos por loco. Utilizando os genótipos das árvores-matrizes e progênies, foi investigada a herança mendeliana, ligação genética e o desequilíbrio genotípico de seis locos isolados de G. americana, não sendo detectado desequilíbrio genotípico. No entanto, foram detectados desvios significativos da segregação mendeliana em 20,4% e 36,7% e ligação genética entre os locos em 53% e 68% dos testes realizados nos eventos reprodutivos de 2010 e 2011, respectivamente. A riqueza alélica média dos adultos foi de 8,8, para os juvenis de 7,0 e para as sementes de 2010 e 2011, de 7,2 e 8,4, respectivamente. A heterozigosidade média esperada para os adultos foi de 0,581, para os juvenis de 0,568 e para as sementes de 2010 e 2011, de 0,576 e 0,735, respectivamente. A heterozigosidade média observada para os adultos foi de 0,499, juvenis de 0,356 e sementes de 2010 e 2011, 0,476 e 0,542, respectivamente. O índice ... / Genipa americana L., popularly known as jenipapo is a neotropical tree species whose survival is threatened due to the processes of destruction, fragmentation and degradation of their natural habitats. To contribute to the conservation in situ and ex situ this species, the objective of this study was to investigate the genetic diversity, intrapopulation spatial genetic structure (SGS), the mating system and contemporary gene flow of G. americana in a small remnant forest (7.2 ha) located in the Mata da Figueira, in Mogi Guaçu Ecological Station, Mogi Guaçú (SP). In the population studied we found 188 adult trees and seeds were collected and sampled hierarchically within and among fruits directly from the tree canopy of 15 seed-trees on two consecutive reproductive events. Thirty-two microsatellite loci were developed and validated in 40 individuals of G. americana. Of these, seventeen were polymorphic, revealing of three to seven alleles per locus. Using the genotypes os seed-trees and progenies, was investigated Mendelian inheritance, genetic linkage and genotypic disequilibrium of six loci isolated of G. americana, not detecting genotypic disequilibrium. However, significant deviations from Mendelian segregation were found in 20.4% and 36.7 and genetic linkage between the loci in 53% and 68% of the tests performed in the reproductive events of 2010 and 2011, respectively. The average allelic richness of adults was of 8.8, for juvenile of 7.0 and seeds of 2010 and 2011, 7.2 and 8.4, respectively. The average expected heterozygosity for adults was of 0.581, for juvenile of 0.568 and seeds of 2010 and 2011, 0.576 and 0.735, respectively. The average observed heterozygosity for adults was of 0.499, for juvenile of 0.356 and seeds of 2010 and 2011, 0.476 and 0.542, respectively. The average fixation index was significantly different from zero for all samples, suggesting the occurrence of inbreeding. The multilocus crossing rate ( t m ) in ...

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:19Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-03-06. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:49:04Z : No. of bitstreams: 1 000829682_20180206.pdf: 236369 bytes, checksum: b2acf7e374d9880bda3a1d28b70c3a5b (MD5) Bitstreams deleted on 2018-02-16T12:28:19Z: 000829682_20180206.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2018-02-16T12:29:07Z : No. of bitstreams: 1 000829682.pdf: 2233866 bytes, checksum: 6e568d064401ca32d3b1185887d5f8c4 (MD5) / Utricularia L. é um gênero cosmopolita, ausente apenas nos desertos e regiões polares, rico em espécies e altamente polimórfico em hábitos, morfologia polínica, seminal e das armadilhas. Muitas espécies do gênero possuem genomas miniaturizados, resultado de uma drástica redução de regiões não-codificadoras, dentre outras características moleculares peculiares. Utricularia amethystina é descrita como uma das mais polimórficas espécies do gênero, possui um histórico taxonômico complexo (mais de 30 sinonímias) e distribuição ampla entre as Américas. Seu polimorfismo se reflete no tamanho da planta, tamanho e forma da corola, e também na pigmentação floral - U. amethystina pode apresentar flores púrpuras (em diferentes tonalidades), amarelas e brancas - dentre outras características. O polimorfismo da pigmentação floral pode afetar a interação com o polinizador e o fluxo gênico entre os morfotipos, sendo por este motivo alvo de nosso interesse. Exploramos se o polimorfismo em caracteres seminais estaria relacionado aos morfotipos florais e buscamos características úteis para a taxonomia U. amethystina e espécies próximas. Também descrevemos as estratégias reprodutivas de Utricularia, com ênfase nos polinizadores e estratégia de polinização de U. amethystina. Além disso, investigamos o fluxo gênico entre os morfotipos florais utilizando diferentes regiões do DNA cloroplastidial previamente reportados como ―barcodes‖. E exploramos a evolução das transições de cor de flores na família Lentibulariaceae e dos genes relacionados à via de síntese das antocianinas, a principal classe de pigmentos presentes em flores e frutos. Identificamos caracteres seminais úteis para a taxonomia de Utricularia e observamos alto polimorfismo intraespecífico em U. amethystina. Utricularia amethystina, é na verdade um complexo de espécies, dentre as quais é possível encontrar fluxo gênico entre morfotipos ... / Utricularia L. is a cosmopolitan genus from Lentibulariaceae and the richest genus in species among the carnivorous plants. Its species are highly polymorphic in many traits such as habit, pollen, seed and trap morphology. Many species has a compact genome resulted from the deletion of non-coding regions, and other peculiar molecular features. Utricularia amethystina is described as one of the most polymorphic species in the genus, it has a complex taxonomic history and is found across the American continents. Its polymorphism is reflected on plant height, corolla's size and shape, and floral pigmentation - U. amethystina might show many shades of purple, yellow and white flowers. However, the most remarkable trait is the polymorphism on pigmentation of flowers, because it might undermine the pollinator attraction, and by this way interrupt the gene flow among its morphotypes. With this in mind, we have surveyed the seed traits, looking for characters useful for taxonomic purposes for U. amethystina and related species. The reproductive strategies found on the genus are also described, focusing on U. amethystina and describing its pollinator. We also have investigated the gene flow among the U. amethystina morphotypes based on barcodes regions from cpDNA. Besides this, were evaluated the evolution of genes related with the transitions on pigmentation of flowers of the Lentibulariaceae. We identified useful seed characters for the genus' taxonomy. U. amethystina is a complex with distinct lineages related one each other with high support from molecular survey with cpDNA, from which only two populations from different floral phenotypes (purple and white) were clustered in all analyses. Some lineages also showed evidences for positive selection on matK gene. The pigmentation evolution showed the expected pattern with purple flowers as the ancestral state from which the transitions occurred. We also observed that the transitions are ...