Les écosystèmes lacustres sont de plus en plus soumis à de multiples perturbations mais leur réponse est encore trop rarement considérée de façon globale. En effet, au travers d'un jeu d'interactions complexes, chaque perturbation peut moduler l'intensité de l'impact des autres sur les lacs, et de ce fait, leur réponse. Dans ce contexte, ce travail doctoral est axé sur l'approfondissement de notre compréhension de la réponse des lacs à un contexte de perturbations multiples, sur le long terme. Pour cela, trois grands lacs profonds (le lac Léman, du Bourget et d'Annecy), soumis à une perturbation régionale similaire (i.e., le réchauffement climatique) et à deux perturbations locales (i.e., les changements dans le statut trophique et dans les pratiques de gestion piscicole) d'intensités différentes, ont été choisis. La réponse de ces lacs à ces changements a été abordée au travers d'une approche paléolimnologique, basée sur les cladocères. En effet, la capacité de ceux-ci à intégrer les changements temporels dans le réseau trophique pélagique en réponse aux trois perturbations environnementales en fait un modèle adéquat pour reconstruire les changements à l'échelle de la communauté pélagique. Plus précisément, nous avons abordé (i) les changements dans les communautés de cladocères, au cours du siècle dernier, en réponse aux trois perturbations environnementales et (ii) l'impact de ces perturbations sur les stratégies de reproduction des Daphnies. Cependant, le manque de connaissance dans les grands lacs profonds sur la représentativité des communautés sources de cladocères par les assemblages de restes archivés dans les sédiments a tout d'abord conduit à faire un point méthodologique. Ce dernier a abouti à la mise en évidence de différences dans le niveau de représentation de communautés sources de cladocères selon le type de restes utilisés. La composition taxonomique et la structure en taille des restes parthénogénétiques (i.e., exosquelettes) reflètent relativement bien celle des communautés sources. Quant aux éphippies (œufs de dormance), elles se révèlent des indicateurs fiables pour reconstruire les comportements de reproduction. Suite à ces résultats, les reconstructions paléolimnologiques des communautés de cladocères montrent que leur trajectoire écologique était contrôlée par des interactions complexes entre les trois pertubations différentes, selon les périodes de temps et entre les lacs. De plus, la réponse des communautés de cladocères au climat était différente entre les trois lacs comme une fonction de l'intensité des forçages locaux. Ces observations suggèrent qu'il est important d'inclure le rôle des perturbations locales dans la prédiction de l'impact futur des changements climatiques sur les lacs. L'impact des perturbations environnementales sur le comportement de reproduction des Daphnies est tel que des évènements d'hybridation interspécifique ont été observés. Cependant, ces évènements d'hybridation sont issus de sensibilité aux trois perturbations environnementales différentes entre les espèces de Daphnies. / Lake ecosystems are increasingly subjected to multiple perturbations but their response is too rarely considered in overall. But, though a complex set of interactions, each perturbation can modulate the intensity of the impact of each other on lakes, and thus their response. In this context, this work is focused on deepening our understanding of the response of lakes in a context of multiples perturbations, over the long-term. We studied this response performing a paleolimnological approach (based on cladoceran) on three large, deep lakes (Lakes Geneva, Bourget and Annecy) submitted to a similar regional perturbation (i.e., climate warming) and varying intensities of two local perturbations (i.e., changes in nutrient inputs and fisheries managment practices). The ability of cladoceran to integrate the temporal changes in the pelagic food web in response to three environmental perturbations makes them a suitable model to reconstruct changes in the whole pelagic community. Specifically, we addressed (i) changes in cladoceran communities, during the last century, in response to three environmental perturbations and (ii) the impact of these perturbations on reproductive behavior of Daphnia. However, the lack of knowledge in large, deep lakes on the representativity of source cladoceran communitites by fossil assemblages in sediments firstly led to a methodological calibration. This last showed that the represention level of source communities was different according to the type of remain. Parthenogenetic remain assemblages (i.e., exoskeleton) reflect accurately the taxonomical and size structure of source communities in contrast to ephippia which are reliable proxy to reconstruct reproductive behavior. Following these results, the paleolimnological reconstructions of cladoceran communities showed that their ecological trajectories are controlled by complex interactions between the three perturbations, according to time periods and lakes. Moreover, the response of cladoceran communties to climate was different between the three lakes as a function of the intensity of local forcings. These observations suggest that it is important to include the role of local perturbations in predicting the future impact of climate change on lakes. The impact of environmental perturbations on the reproductive behavior of Daphnia is such that interspecific hybridization events were observed. However, these hybridization events were the result of different sensitivity to perturbations among Daphnia species.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:31:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3434_Elementos pre-textuais.pdf: 238495 bytes, checksum: 038e364781dedc63c35cb9deef7e549c (MD5) Previous issue date: 2011-02-01 / Universidade Federal de Sao Carlos / The main objectives of this dissertation were to evaluate the risks of introduction of Euterpe oleracea in the Atlantic Rainforest and its influence over a native population of Euterpe edulis. We investigated the ecological and morphological features of these species also including pre-existing data about hybrids experimentally produced between them (Chapter 1). We did the populations sampling in two areas of Atlantic Rainforest, in southern São Paulo state: Carlos Botelho State Park (CBSP) and Ilha do Cardoso State park (ICSP). At CBSP, we sampled the co-occurring populations of E. edulis and E. oleracea and at ICSP we sampled the control population for E. edulis, which is free from E. oleracea introduction. We evaluated the characteristics of growth in diameter and height of these populations and its ontogenetic stages through the allometric relationships between diameter and height (Chapter 2). We also analyzed population ecology and distribution of these three species (Chapter 3). For the co-occurring populations we evaluated the fruit biometry and observed the frugivorous bird community (Chapter 3). Our results indicated that two Euterpe species may be well represented for the same ontogenetic stages and the three studied populations presented similar allometry. Concerning to population ecology we observed that E. edulis population at CBSP presents total individuals density lower that ICSP population. Both E. edulis populations do not show a significant aggregation. Population of E. oleracea shows a reduced N, high aggregated distribution and is also capable of dispersing itself outside the original range of plantation. We also observed that these species produce morphologically similar fruits but with different sizes, with bigger fruits from E. oleracea and smaller from hybrids. Finally, we detected that E. oleracea shares the same guild of frugivorous birds and may displace dispersers from E. edulis. We concluded that E. oleracea is capable to successfully establish, reproduce and disperse itself and, thus, it is an invasive species in Atlantic Rainforest. Its introduction affects ecological processes linked to pollination, gene fluxes and frugivore and seed dispersion. These changes may be related to genetic mixtures of populations and decreasing of population of E. edulis. Finally, the introduction of E. oleracea may perform one more threat to maintenance of E. edulis populations, which are already threatened by over exploitation. / Os objetivos principais desta dissertação foram avaliar os riscos da introdução de Euterpe oleracea na Floresta Ombrófila Densa Atlântica e sua influência sobre uma população nativa de Euterpe edulis. Para isso, levantamos as características morfológicas e ecológicas destas espécies, incluindo também dados pré-existentes sobre os híbridos produzidos experimentalmente entre elas (Capítulo 1). Realizamos a amostragem das populações em dois locais de Floresta Ombrófila Densa Atlântica, no sul do estado de São Paulo: O Parque Estadual Carlos Botelho (PECB) e o Parque Estadual Ilha do Cardoso (PEIC). No PECB, amostramos as populações co-ocorrentes de E. edulis e E. oleracea e no PEIC amostramos a população controle de E. edulis, que se encontra sem a presença de E. oleracea. Avaliamos as características de crescimento em diâmetro e em altura destas populações e de seus estádios ontogenéticos através das relações alométricas entre diâmetro e altura (Capítulo 2). Analisamos também a ecologia populacional e distribuição espacial das três populações. (Capítulo 3). Para as duas espécies co-ocorrentes avaliamos a biometria de frutos e a observação da comunidade de aves frugívoras (Capítulo 3). Nossos resultados indicaram que as duas espécies de Euterpe podem ser representadas pelos mesmos estádios ontogenéticos e as três populações estudadas apresentam relações alométricas similares. Quanto à ecologia populacional, observamos que a população de E. edulis do PECB apresenta menor densidade total de indivíduos do que a população do PEIC. Ambas não apresentam agregação significativa. A população de E. oleracea apresenta N reduzido, grande agregação e ainda é capaz de se dispersar além da área inicial do plantio. Observamos ainda que as espécies produzem frutos morfologicamente similares, mas com tamanhos maiores em E. oleracea e menores no híbridos. Finalmente, detectamos que E. oleracea compartilha a mesma guilda de aves frugívoras e pode deslocar dispersores de E. edulis. Concluímos que E. oleracea é capaz de se estabelecer, reproduzir e dispersar com sucesso e que, portanto, é uma espécie invasora na Floresta Atlântica. Sua introdução afeta os processos ecológicos locais ligados à polinização, aos fluxos gênicos e à frugivoria e dispersão de sementes. Tais alterações podem estar relacionadas à mistura gênica das populações e à diminuição de visitas das populações de E. edulis. Por fim, a introdução de E. oleracea pode constituir mais uma ameaça à manutenção das populações de E. edulis, que já se encontram ameaçadas pela exploração predatória.

Submitted by Alison Vanceto (alison-vanceto@hotmail.com) on 2017-01-26T10:20:58Z No. of bitstreams: 1 TeseDTR.pdf: 5686221 bytes, checksum: b836c587b2a3a8ef73d83716fc17704e (MD5) / Approved for entry into archive by Camila Passos (camilapassos@ufscar.br) on 2017-02-07T15:39:53Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseDTR.pdf: 5686221 bytes, checksum: b836c587b2a3a8ef73d83716fc17704e (MD5) / Approved for entry into archive by Camila Passos (camilapassos@ufscar.br) on 2017-02-07T15:42:54Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseDTR.pdf: 5686221 bytes, checksum: b836c587b2a3a8ef73d83716fc17704e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-07T15:43:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseDTR.pdf: 5686221 bytes, checksum: b836c587b2a3a8ef73d83716fc17704e (MD5) Previous issue date: 2013-10-09 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / The network of South American rivers network has experienced deep changes during Late Miocene through Pleistocene, including major marine transgressions, Andean uplift driving drainage changes, and changes in eustatic level. After a marine transgression during Late Miocene in northwest South America, the ancestor of freshwater stingrays (Potamotrygonidae) adapted to the freshwater environment. Since then, the group has diversified while colonizing new drainage networks, given rise to new phenotypes and diet preferences. There are currently 24 species described, a number that will certainly rise once new species already known are described and new geographical regions are sampled. In the present work, I present a phylogeny for the Potamotrygonidae family based on molecular markers, with estimates of age and statistical tests of changes in rates of diversification while also testing for the occurrence of hybridization among some species of the family. The pattern of diversification in time and space was interpreted in light of major paleogeographical events that shaped drainage networks in South America during the Neogene, Mitochondrial and nuclear data corroborate the hypothesis of family origin in northwest South America around 25 Million years ago (MYA), after a major marine transgression, in a time when the Andes was not a topographic barrier between the Caribbean Sea and coastal regions. After those hydrographic basins were differentially colonized, whereas lineages that given rise to the genera Heliotrygon and Plesiotrygon possibly originated in the Pebas System, the lineage that gave rise to Potamotrygon probably was restricted to the region that is now the upper Negro river/Orinoco/Essequibo. After the inversion of the proto-Amazonas direction from East-West to West-East and reorganization of drainages, the Potamotrygon stingrays colonized both West portions of the Amazon Basin, previously occupied by Pebas megawetlands, and an Eastern portion, previously isolated by the Purus Arch. Contrary to the more accepted hypothesis, the estimated speciation ages suggest that this reorganization occurred around 3 MYA. Alternatively, the inversion of proto- Amazonas may have occurred earlier but the Negro river basin was kept isolated from the Amazon Basin at least as long to prevent stingrays dispersion. Following the reorganization of the drainages, a group of Potamotrygon named spotocellated underwent an increase in speciation rate – a radiation – as new regions were colonized. Upstream colonization of Crystalline Shields probably occurred in periods of higher eustatic level at the end of Pliocene, followed by vicariance after reduction of water levels.The Paraguai-lower Paraná basin was probably colonized at this same time, after headwater capture between Paraguai and Amazon Basins driven by foredeep formation. During the radiation, extensive hybridization took place among species of the spot-ocellated group. / As redes de drenagem da América do Sul passaram por profundas transformações do Mioceno Tardio ao Pleistoceno, incluindo grandes transgressões marinhas, soerguimento dos Andes com consequente mudança nas redes de drenagem, e oscilações no nível eustático. Após transgressão marinha no final do Mioceno no noroeste da América do Sul, os ancestrais das arraias da família Potamotrygonidae adaptaram-se a água doce. Desde então o grupo vem se diversificando à medida que coloniza novas redes de drenagem, com o surgimento de novos fenótipos e adaptações a diferentes ambientes e dieta. Dado o conhecimento taxonômico atual, existem cerca de 24 espécies na família, número esse que certamente será elevado à medida que novas espécies já conhecidas forem descritas, e novas regiões geográficas forem amostradas. Neste trabalho, apresento hipótese filogenética baseada em marcadores moleculares para a família Potamotrygonidae, com estimativa de idade dos eventos cladogenéticos e testes de mudança das taxas de especiação. A ocorrência de hibridação entre algumas espécies da família também foi testada. O padrão geográfico e tempo de diversificação das arraias da família Potamotrygonidae foram interpretados à luz dos principais eventos paleogeográficos que influíram nas mudanças das redes de drenagem da América do Sul durante o Neógeno, eventos esses revisados aqui. Os dados corroboram a hipótese de origem da família no noroeste da América do Sul há aproximadamente 25 milhões de anos atrás, após grande transgressão marinha, época em que os Andes ainda não serviam de barreira topográfica entre o Mar do Caribe e as regiões costeiras dessa região. A partir daí as bacias hidrográficas foram diferencialmente colonizadas, sendo que as linhagens que deram origem aos gêneros Heliotrygon e Plesiotrygon possivelmente se originaram no sistema Pebas, enquanto que a linhagem que deu origem ao gênero Potamotrygon provavelmente ficou restrito à região compreendida hoje pelo alto Rio Negro/Oricono/Essequibo. Após a inversão do sentido do proto-Amazonas de Leste-Oeste para o sentido moderno Oeste-Leste e reorganização das bacias de drenagem que atingiram conformação próxima a atual, as arraias do gênero Potamotrygon colonizaram tanto a região a Oeste da Bacia Amazônica, anteriormente ocupada pelas megawetlands do Sistema Pebas, quanto a região Leste, anteriormente isolada pelo Arco do Purus. Diferentemente da hipótese mais difundida, as idades de especiação estimadas sugerem que essa reorganização ocorreu há aproximadamente 3 milhões de anos atrás. Alternativamente, a inversão do proto-Amazonas pode ter ocorrido antes, mas a bacia do rio Negro teria se mantido isolada da bacia do rio Amazonas, ao menos a ponto de evitar a dispersão das arraias. Seguindo essa reorganização das drenagens, um grupo do gênero Potamotrygon denominado roseta-ocelado sofreu um aumento na taxa de especiação – radiação – à medida que novas regiões foram colonizadas. A colonização sentido rio acima das drenagens dos Escudos Cristalinos provavelmente ocorreu em período de águas mais altas no final do Plioceno, com posterior vicariância devido ao rebaixamento das águas. A Bacia do Paraguai-baixo Paraná provavelmente foi colonizada nessa mesma época, possibilitada pela conexão entre as cabeçeiras do rio Paraguai e Bacia Amazônica, após subsidência do tipo foredeep desencadeada por soerguimento dos Andes. Durante o processo de radiação do grupo roseta-ocelado houve extensiva hibridação entre as espécies do grupo.

Submitted by Claudinei Pracidelli (cpracide@ipen.br) on 2015-06-11T18:00:50Z No. of bitstreams: 0 / Made available in DSpace on 2015-06-11T18:00:50Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Tese (Doutorado em Tecnologia Nuclear) / IPEN/T / Instituto de Pesquisas Energeticas e Nucleares - IPEN-CNEN/SP

Orientador: Maria Inês M. C. Pardini / Banca: Giovanni Faria Silva / Banca: Isabel Maria Vicente Guedes de Carvalho Mello / Resumo: A identificação dos diferentes genótipos e subtipos do VHC tem sido útil para o entendimento da evolução da doença e da epidemiologia do vírus em relação a fatores de risco. Atualmente, os métodos de genotipagem assim como a região do genoma viral a ser utilizada constituem temas de discussão. O presente trabalho teve por objetivo comparar a metodologia de hibridização reversa (kit comercial INNO-LiPAÒ v1.0) ao seqüenciamento direto das regiões 5'UTR, NS5B e core do genoma do VHC. Foram utilizadas 92 amostras de plasma de pacientes do Ambulatório de Hepatites da Disciplina de Gastroenterologia Clínica da Faculdade de Medicina de Botucatu (UNESP). Dentre as 92 amostras constituintes deste trabalho, 64 foram selecionadas aleatoriamente e 28 foram escolhidas segundo a genotipagem prévia realizada com o kit INNO-LiPAÒ v.1.0. Dentre estas 28 amostras escolhidas, 10 foram genotipadas como 1a/1b, 2 como 2, 2 como 5, 7 apenas como 1 e 7 foram inconclusivas para a genotipagem com o kit comercial. A genotipagem por seqüenciamento direto foi efetuada seguindo as etapas de: extração do RNA viral, transcrição reversa, amplificação das regiões 5'UTR, NS5B e 5'UTR-core por Nested-PCR, reação de marcação fluorescente e eletroforese em aparelho automático ABI 377 (Applied Biosystems). Todas as amostras puderam ser amplificadas para a região 5'UTR e 62 para NS5B. Para as 30 amostras que não puderam ser amplificadas para NS5B foi realizada a amplificação da região 5'UTR-core que se mostrou eficiente na amplificação de 28 (93%) das amostras. A análise de seqüência permitiu uma maior precisão na classificação viral. O seqüenciamento direto foi eficaz na solução de 100% dos resultados inconclusivos pela metodologia de hibridização reversa. Assim como já reportado na literatura o kit comercial INNO-LiPAÒ v.1.0 produziu resultados errôneos com... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The HCV genotypes and subtypes identification has been useful to understand the disease evolution and viral epidemiological regarding risk factors. Recently, the genotyping methods and viral genomic region used in viral typing have been very discussed in scientific community. The goal of this study was to compare the reverse hybridization methodology and sequencing of the HCV genomic regions 5'UTR, NS5B and core. Ninety-two plasma sample with viral RNA detected from patients assisted in the Department of Internal Medicine - Gastroenterology Division, Botucatu Medical School, University of São Paulo State - UNESP were used in this study. From these 92 samples, 64 were randomly selected and 28 choose according genotyping result by reverse hybridization. The genotyping by reverse hybridization were performed with INNO-LiPAÒ v.1.0, according manufacturer's instructions. To genotyping by sequencing viral RNA isolated from plasma samples was used as a source for RT-PCR amplification and automatic sequencing in ABI 377 sequencer (Applied Biosystems). All samples were amplified to 5'UTR genomic region and 62 to NS5B. From 30 samples that showed insucess in NS5B amplification, 28 (93%) were amplified to 5'UTR-core region with efficiency. The genotyping by sequencing allowed more precision in viral classification. The sequencing showed efficient in the resolution of the 100% of cases inconclusive by reverse hybridization. The genotyping by INNOLiPA Ò v.1.0 showed wrong results in relation of viral subtyping, corroborating previous results of the scientific literature. The sequencing also demonstrated at least a change of viral genotype when compared with INNO-LiPAÒ v.1.0, result that could influence the therapeutic decision, turning questionable the INNO-LiPAÒ v.1.0 efficiency to determine the viral genotypes, too. / Mestre

A riqueza e a diversidade de espécies forrageiras dos Campos Sulinos, pode propiciar a inserção de espécies nativas em programas de melhoramento. As gramíneas nativas do gênero Paspalum possuem grande variabilidade, que pode contribuir para seleção de genótipos adaptáveis às várias condições ecológicas de regiões tropicais e subtropicais. Dentre as espécies deste gênero destaca-se o Paspalum notatum com ecótipos que possuem superioridade produtiva quando comparados à cultivares comerciais, o que contribui para que esta espécie seja candidata ao lançamento de novas cultivares. Avaliações de plantas melhoradas submetidas a diferentes práticas de manejo, como fertilização ou consorciação, são fundamentais para gerar conhecimento acerca das características produtivas. O objetivo deste trabalho foi avaliar o potencial produtivo de uma progênie híbrida intraespecífica de P. notatum submetida a diferentes níveis de fertilização nitrogenada ou consorciação com leguminosas para serem empregados em sistemas de produção a pasto ou na recuperação de pastagens naturais degradadas. A produção de matéria seca e a densidade populacional de perfilhos dos genótipos de P. notatum respondem de forma positiva aos níveis de fertilização nitrogenada. O nível de fertilização 120 kg N ha-1ano-1 promove a maior eficiência de uso de nitrogênio nos genótipos de P. notatum. Os genótipos B26, C22, C9 e Bagual são indicados para serem utilizados em sistemas de consórcio com leguminosas de clima temperado. A produção de matéria seca de sistemas com genótipos de P. notatum consorciados com trevo branco mais cornichão é semelhante à produção de sistemas fertilizados com até 240 kg N ha-1ano-1, evidenciando a viabilidade do consórcio entre essas espécies. / The richness and diversity of forage species in the Campos Sulinos region may facilitate the inclusion of native species in breeding programs. Native grasses of the Paspalum genus show great variability which may contribute to the selection of adaptable genotypes to the various ecological conditions of tropical and subtropical regions. Within the genus, Paspalum notatum is a species with superiorly productive ecotypes compared to commercial cultivars, rendering this species a candidate for the release of new cultivars. The evaluation of bred plants submitted to different management practices, such as fertilization or consortium with legumes is fundamental to acquire knowledge about the productive features. The objective of the present work was to evaluate the productive potential of an intraspecific hybrid progeny of Paspalum notatum submitted to different nitrogen fertilization levels or intercropped with legumes, with the objective of being used in grazing systems or in the recovery of degraded natural pastures. The dry matter yield and tiller population density of Paspalum notatum genotypes respond positively to nitrogen fertilization levels. The 120 kg N ha-1year-1 fertilization level promotes the highest nitrogen utilization efficiency in Paspalum notatum. Genotypes B26, C22, C9 and Bagual are indicated for legume intercropped systems with temperate legumes. The dry matter production of intercropped systems between Paspalum notatum genotypes with white clover plus birdsfoot trefoil is similar to the production of systems fertilized with up to 240 kg N ha-1year-1, demonstrating the viability of the intercropped between these species.

Bromeliaceae é uma família importante entre as monocotiledôneas devido ao seu elevado número de espécies distribuídas no Neotrópico, e por uma riqueza de caracteres adaptativos a diferentes habitats. Flores de bromélias possuem uma grande variação morfológica, frequentemente negligenciada em estudos de morfoanatomia e de filogenia. Para uma melhor compreensão dos mecanismos de desenvolvimento que levam a essas variações, foram analisados aspectos moleculares e evolutivos do fator de transcrição MADS-box PISTILLATA (PI), a partir de sequências de transcritos isolados de inflorescências de bromélias nativas brasileiras. Sequências PI de Bromeliaceae foram comparadas com outras monocotiledôneas, com verificação de expressão em inflorescências de Tillandsia aeranthos (Loisel.) LB Sm. com o uso de hibridação in situ. Sequências de PI mostraram alta conservação, inclusive em um sítio de deleção encontrado para todos os membros analisados da família. Todos os membros da família se agruparam em um único clado em reconstruções filogenéticas. Entretanto, devido a características de taxas de mutações rápidas e divergência antiga do gene, não foi possível obter uma relação precisa entre diferentes famílias ou ordens. Todavia, PI mostrou ter potencial como ferramenta de análise filogenética para espécies proximamente relacionadas. Os transcritos de PI foram localizados principalmente em tecidos meristemáticos de regiões menos desenvolvidas de inflorescências de Tillandsia aeranthos. Flores mais desenvolvidas presentes nas inflorescências mostraram um padrão de acúmulo preferencial de transcritos PI em pétalas e sépalas, assim como esperado para flores com perianto diferenciado em sépalas e pétalas. De qualquer forma, Tillandsia aeranthos se mostrou eficiente para estudos morfoanatômicos com enfoque em desenvolvimento evolutivo. / Bromeliaceae is an important monocotyledon family due to its high number of species in the Neotropic, and a wealth of adaptive characters to different habitats. Bromeliad flowers have large morphological variations, often neglected in morpho-anatomy, floral development and phylogeny studies. For a better understanding of its floral developmental mechanisms that lead to morphological variations, molecular and evolutionary aspects of the transcription factor MADS-box PISTILLATA (PI) encoding gene isolated had been investigated in native bromeliad inflorescences. Bromeliaceae PI sequences were compared with other monocots, and the expression of these transcripts was detected in Tillandsia aeranthos (Loisel.) LB Sm. inflorescences using in situ hybridization. The PI sequences display high conservation, including a specific deletion site found in all family members. Likewise, all Bromeliaceae members grouped into a single clade in phylogeny reconstruction. However, due to rapid mutation rate and ancient divergence in PI, it was not possible to obtain a precise relationship between different monocot families and orders. Nevertheless, PI showed potential as a phylogenetic tool for analysis between closely related species. PI transcripts were located mainly in meristematic tissues from less developed regions of the inflorescences. More developed flowers showed a preferential PI transcripts accumulation in petals and stamens as expected for differentiated perianth, found in Bromeliaceae flowers. Anyway, Tillandsia aeranthos showed good potential skills for morpho-anatomy focused in evolutionary development.

A tese que aqui se apresenta pretende sugerir que a cultura escolar regula as modalidades de acesso dos indivíduos aos objetos da cultura científica, em contraposição à idéia de enculturação como objetivo do ensino de ciências. Para tanto, parte de uma longa discussão teórica em que o conceito de cultura, campo ou esfera é discutido. De mão desses conceitos, parte-se para definição do que seria cultura escolar uma relação pedagógica submetida a tempos, lugares e objetos específicos e cultura científica atividade humana com métodos e padrões historicamente contingentes que são avaliados em relação à sua meta e ao grau de sucesso obtido, na qual está inserida a biologia. Definidos esses campos, foi necessário, então, entender como se dá o diálogo entre essas esferas, para tanto se fez uso do conceito de hidridação, zona de encontro entre as linguagens típicas de cada um desses campos sociais. Com os conceitos construídos, escolheu-se a abordagem metodológica: tomar como objeto de análise dois textos de cientistas e dez textos de alunos sobre a mesma temática, a noção de que o DNA é a molécula portadora das informações hereditárias. Usou-se o padrão de Toulmin (1958/2006) e as marcas lingüísticas de Koch (2000) para identificar elementos dos argumentos e suas relações. A análise dos textos mostrou que os alunos fazem uso, preponderantemente, de argumentos substanciais, enquanto que cientistas constroem seus textos por meio de argumentos analíticos. A utilização diferenciada dos tempos verbais do discurso nos textos de cientistas e alunos permitiu sugerir a transformação de uma biologia funcional em uma narrativa histórica. A seleção lexical e o uso de qualificadores tornaram visível o deslizamento entre as modalidades aléticas e epistêmicas que assumiram funções diferenciadas nos dois tipos de produção textual. Essa análise nos permitiu discutir que o percurso realizado pelos estudantes para acessar as verdades científicas ou construir visões de ciências envolve etapas e processos diferenciados daqueles percorridos pelos cientistas nesses mesmos processos. Se, por um lado, não é suficiente que o objetivo do ensino de ciências seja o de propiciar a compreensão dos resultados e produtos produzidos na esfera científica, por outro lado, não são todas as regras do jogo que são acessíveis aos estudantes. Assim, o ensino de ciências deve ser visto como um processo de construção de uma visão idiossincrática de ciência que envolva a compreensão dos seus conceitos e linguagem, não para adotar essa nova cultura, mas para que se possa dialogar com ela. / The thesis presented here suggests that school culture regulates the access to objects of scientific culture, as opposed to the idea of enculturation. To pursue that, we begin with a long theoretical discussion in which the concepts of culture, field or sphere, school culture (a pedagogical relationship subject to time, specific places and objects) and scientific culture (human activity with standardized methods) are discussed. Finally, it is necessary to understand the dialogue between school culture and scientific culture. In other words, to examine their field of hybridization. After establishing the concepts, we chose as object two scientific texts and the answers of ten students, all on the same subject: the notion that the DNA molecule is the carrier of hereditary information. We use the Toulmins model of argumentation (1958/2006) and the linguistic categories of Koch (2000) to identify elements of the arguments and their relationship. The analysis of the texts have shown that students are using substantive arguments, while scientists construct their texts by means of analytical arguments. The difference between the use of verb tenses between scientific texts and those of the students suggests the transformation of a functional biology into a historical narrative. The lexical selection and use of qualifiers has made visible the interchange between the alethic and epistemic modalities which have different functions in both discourses. The analysis has allowed us to see that the path traveled by the students to access the scientific truths or to construct visions of science involves stages and processes different from those covered by the scientists. If, on the one hand, to provide an understanding of the results in the scientific sphere it is not sufficient goal for teaching science, on the other hand, not all the rules are accessible to students. Thus, the science teaching should be seen as a process of building a specific vision of science that involves the understanding of its concepts and language. Instead of inserting the students in this new culture, it should help them to exchange impressions with it.

Orientadores: Eliane Maria Ingrid Amstalden, Jose Vasallo / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-10T14:26:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lima_FranciscoPignataro_D.pdf: 4114475 bytes, checksum: 852f416deccb941fe4dc3e63c2553510 (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: Cerca de 20% a 40% dos linfomas não-Hodgkin (LNH) B são extranodais e caracterizam-se por comportamento biológico distinto, de acordo com o seu sítio de origem e variante histológica. Linfoma ósseo primário (LOP), uma forma extranodal rara, apresenta-se na maior parte dos casos como LNH B de alto grau e evolui com bom prognóstico. Os estudos sobre o LOP são escassos e suas características imunofenotípicas e citogenéticas ainda não estão bem definidas. Neste trabalho, foram analisados três grupos de linfomas difusos de grandes células B (LDGCB): a) ósseos primários, B) nodais e c) metastáticos (com envolvimento ósseo secundário). Foram investigados, nesses grupos, dados clínicos e de sobrevida, aspectos morfológicos, imunofenotípicos e citogenéticos. Na análise imunoistoquímica, foi verificado o estudo das moléculas envolvidas na apoptose e regulação do ciclo celular (Bcl-2, Bax, p53, Bcl-6, p21, pRB) moléculas envolvidas na adesão celular (CD29, CD62L, CD44, CD51) índice de proliferação celular (Ki-67) e expressão das subpopulações de células infiltrantes do sistema imune (CD3, CD4, CD5, CD8, CD57, CD68, Foxp3) com objetivo de melhor caracterizar o LOP. Foram selecionados no total 138 casos de LDGCB, provenientes dos departamentos de Anatomia Patológica FCM-UNICAMP, Hospital AC.-Camargo - Fundação Antônio Prudente, Instituto de Traumatologia e Ortopedia da USP e Centre Hospitalier Universitarie (CHU Purpan). Do total de 138, 76 casos eram linfomas ósseos primários, 46 casos linfomas nodais e 16 casos linfomas com envolvimento ósseo secundário. Nossos resultados demonstraram que o LOP possui características evolutivas que diferem dos demais LDGCB extranodais. Observamos que a maioria dos LDGCB ósseos primários (66%) pertenceram ao imunofenótipo centro germinativo (CG) e não exibiram diferenciação plasmacítica. Os três grupos de LDGCB analisados exibiram forte imunoexpressão das proteínas relacionadas à apoptose e ao ciclo celular enquanto que a imunoexpressão de moléculas de adesão foi fraca ou ausente, na maioria dos casos. O estudo da sobrevida, envolvendo a ausência da imunoexpressão das moléculas de adesão CD29, CD62L e CD51, nos três grupos, revelou-se significativamente associada com melhor sobrevida. O significado biológico deste achado ainda está para ser esclarecido. O CD44 foi o mais fortemente expresso nas células tumorais. As moléculas envolvidas na apoptose Bax e p53 foram relacionadas à pior evolução e o pRB à evolução favorável nos LOP. As proteínas Bcl-2 e Bcl-6 foram expressas nos três grupos de linfomas. Com a análise em 32 casos de LOP das principais translocações em LNH (MYC, BCL2/IGH, BCL6, ALK, IGH/CCND1 e PAX5), conseguimos caracterizar melhor esta entidade. Rearranjos, envolvendo o BCL2 e MYC foram encontrados, entretanto não ocorreram rearranjos do BCL6. Os demais genes não demonstraram translocações. Estes achados indicam que o LOP deve ser considerado uma categoria distinta de LDGCB extranodal, com aspectos genéticos e moleculares mais próximos dos nodais / Abstract: The incidence of extranodal lymphomas is increasing in the last decades. Around 20 to 40% of B-cell non-Hodgkin lymphomas (NHL) arise outside the lymph nodes and may present distinct biological behavior, as compared to the corresponding nodal counterpart of similar histological grade. The heterogeneity of large B-cell lymphomas (LBCL) has been matter of various studies, although morphology alone may be insufficient to separate groups of clinical relevance, immunophenotyping and molecular techniques have demonstrated that different variants of LBCL may present diverse clinical and prognostic features. Primary bone lymphoma (PBL) is rare form of extra nodal NHL, which generally presents a more favorable prognosis than the nodal counterpart. The reason for this is unclear. We selected a large series (n=138) of nodal NHL (N=46), primary (n=76) and metastatic (n=16) bone diffuse large cell lymphomas collected in tissue micro-arrays from several centers in France and Brazil. We investigated to be comparing clinical, morphological and immunophenotypic features. Immunohistochemical detection of proliferation markers, apoptosis related proteins and adhesion molecules was be marked. Our results demonstrated that primary bone LDGCB possesses peculiar clinical characteristics that you differ of the other extranodal LDGCB as the longest evolution and smaller recurrence tax. The three groups of LDGCB exhibited strong immunoexpression of the related proteins the apoptosis and cellular cycle while the immunoexpression of adhesion molecules was weak or absentee in most of the cases. These cases were classified according to the expression of antigens with germinal center (GC) (n=37/62) or non germinal center (non-GC) (n=26/62) stages of B-cell differentiation. The study of the survival involving the absence of the imunoexpressão of the adhesion molecules CD29, CD62L and CD51 in the three groups was revealed significantly associated with better outcome. The biological meaning of this discovery is still to be explained. CD44 was it more strongly expressed in the tumor cells and it demonstrated relationship away with inferior survival without statistical significance. The molecules involved in the apoptosis Bax and p53 were related the worst evolution and the pRB the favorable evolution in PBL. The proteins Bcl-2 and Bcl-6 were expressed in the three lymphomas groups and associated the worst evolution, however without significance. By fluorescence in situ hybridization, we found a substantial number of cases with a rearrangement of BCL2 (n=9/32) and MYC (n= 3/32) whereas PAX5, BCL6, BCL-1/Cyclin D1 and ALK genes were in germ line configuration. Interestingly, one case, with GC phenotype, showed a dual BCL2 and MYC rearrangement. We observed that the majority of the cases with rearrangements were of GC phenotype. These results, associated with the lack of BCL6 rearrangement, suggest that bone DLBCL represents a specific group within extranodal B-cell lymphomas. Keywords: diffuse large cell lymphoma, adhesion molecules, apoptosis, fluorescent in situ hybridization / Doutorado / Anatomia Patologica / Doutor em Ciências Médicas

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-09-19T13:03:22Z No. of bitstreams: 1 Robson da Silva Ramos.pdf: 2083261 bytes, checksum: a3bd5f9d9f715a880c77016b51a793ad (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-19T13:03:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Robson da Silva Ramos.pdf: 2083261 bytes, checksum: a3bd5f9d9f715a880c77016b51a793ad (MD5) Previous issue date: 2016-01-29 / The genetic variability of sugarcane is explored by genetic improvement from hybridizations between parents that presents high yield per si. However, parental recommendation has as a limiting factor the lack of floral synchronism between the genotypes and the lack of characterization of the accessions by the pollen viability, which may reflect on infertility or low fertility of caryopses. Informations about pollen viability of genotypes of sugarcane during the storage time, allow us to estimate the moment when pollen retains its germination power, vigor and genetic integrity to promote hybridizations between parents that have asynchronous flowering. This work aimed to study general aspects from hybridization in sugarcane, verify the existence of correlation between the pollen viability and the fertility of caryopsis, evaluate the viability of the pollen obtained from the upper and lower third of the panicles of tem genotypes, as well as pollen viability during the storage time of four varieties. The experiments were conducted at Estação de Floração e Cruzamento da Cana-de-açúcar de Devaneio. The pollen viability was tested by lugol solution and its conservation was made in a freezer at -18°C. The experimental design was completely randomized in a factorial design. Significant differences were identified among genotypes for all variables analyzed. The conservation method used in this study proved effective for maintaining the viability of three of the four genotypes. It was found a positive correlation between pollen viability and fertility of the caryopsis. / A variabilidade genética da cana-de-açúcar é explorada pelo melhoramento genético a partir de hibridações entre genitores que apresentam alto rendimento per si. Entretanto, a recomendação de parentais tem como fator limitante a falta de sincronismo floral entre os genótipos, bem como a falta de caracterização dos acessos quanto a viabilidade polínica, o que pode refletir em infertilidade ou baixa fertilidade das cariópses. Informações sobre a viabilidade polínica de genótipos da cana-de-açúcar no decorrer do tempo de conservação permite estimar o tempo no qual o pólen preserva seu poder germinativo, vigor e integridade genética para promover hibridações entre genitores que apresentam florescimento assíncronos. O presente trabalho objetivou estudar aspectos gerais da hibridação em cana-de-açúcar, verificar a existência de correlação entre a viabilidade polínica e a fertilidade da cariópse, avaliar a viabilidade de pólens obtidos do terço superior e inferior de panículas de dez genótipos, assim como a viabilidade polínica no decorrer do tempo de armazenamento de quatro variedades. Os experimentos foram conduzidos na Estação de Floração e Cruzamento da Cana-de-açúcar de Devaneio. A viabilidade polínica foi testada através da solução de lugol e a sua conservação foi feita em freezer a -18ºC. O delineamento experimental adotado foi o inteiramente casualizado em esquema fatorial. Foram identificadas diferenças significativas entre os genótipos para todas variáveis analisadas. A metodologia de conservação empregada no estudo mostrou-se eficiente para manutenção da viabilidade em três dos quatro genótipos avaliados. Foi verificada correlação positiva entre a viabilidade do pólen e a fertilidade da cariópse.