Το ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα (ΗΚΚ) είναι η πιο σημαντική πρωτοπαθής νεοπλασία του ήπατος παγκοσμίως. Πολλοί αιτιολογικοί παράγοντες έχουν συσχετιστεί με την ανάπτυξη του ΗΚΚ, όπως η κίρρωση, οι ιοί της ηπατίτιδας και το αλκοόλ. Χρόνια λοίμωξη με ηπατίτιδα Β (HBV) και C (HCV) συχνά καταλήγει σε κίρρωση και ενισχύει την πιθανότητα ανάπτυξης ΗΚΚ. Ωστόσο οι υποκείμενοι μηχανισμοί που οδηγούν στην κακοήθη εξαλλαγή των κυττάρων παραμένουν αδιευκρίνιστοι. Ο HBV είναι ένας DNA ιός που ενσωματώνεται στο γονιδίωμα του ξενιστή και θεωρείται ότι με τον τρόπο αυτό προκαλεί καρκινογένεση. Επιπρόσθετα, ο ιός κωδικοποιεί μία πρωτεΐνη 17 kDa,την HBx, η οποία είναι γνωστό ότι αποτελεί αιτιολογικό παράγοντα ανάπτυξης ΗΚΚ. Η παρούσα ανασκόπηση αναλύει το ρόλο της HBx στους μοριακούς μηχανισμούς που σχετίζονται με την παθογένεση της επαγόμενης από τον HBV ηπατικής καρκινογένεσης. / Hepatocellular carcinoma (HCC) is the most important primary hepatic cancer, being a common cancer type worldwide. Many aetiological factors have been related with HCC development, such as cirrhosis, hepatitis viruses and alcohol. Chronic infection with hepatitis B (HBV) and C viruses (HCV) often results in cirrhosis and enhances the probability of developing HCC. The underlying mechanisms that lead to malignant transformation of infected cells, however, remain unclear. HBV is a DNA virus that integrates into the host genome, and this integration is believed, in part, to be carcinogenic. Besides, the virus encodes a 17 kDa protein, HBx, which is known to be a causative agent in the formation of HCC. This review examines the role of HBx in the molecular mechanisms involved in the pathogenesis of HBV-induced hepatocarcinogenesis.

L'infection par le virus de l'hépatite B (VHB) est un problème de santé publique majeur avec plus de 257 millions de porteurs chroniques dans le monde ayant un risque important de développer une cirrhose et/ou un hépatocarcinome. L'histoire naturelle de l'infection est très différente selon l'âge auquel l'infection est contractée. Alors que chez l'adulte l'infection est spontanément résolutive dans la majorité des cas, la contamination materno-infantile ou en bas âge aboutit le plus souvent à une infection chronique. Le cccDNA est la forme de persistance du génome viral dans les hépatocytes infectés et la base de transcription de tous les ARN viraux. La protéine virale HBx joue un rôle crucial dans le recrutement des facteurs épigénétiques sur le cccDNA et favorise son activité transcriptionnelle. Les traitements actuels à base d'interféron et d'analogues nucléos(t)idiques ne permettent pas l'éradication du cccDNA et leur interruption est presque toujours suivie d'une réactivation de la réplication du virus. De nouvelles molécules thérapeutiques ciblant le cccDNA sont donc nécessaires pour espérer obtenir une cure fonctionnelle chez les patients chroniquement infectés. Il existe des liens étroits entre l'infection par le VHB et le métabolisme des acides biliaires (AB). Ainsi, notre équipe a précédemment montré que le récepteur nucléaire des acides biliaires, le farnesoid X receptor alpha (FXRalpha) se fixe sur deux éléments de réponse présents dans la région Enhancer II - promoteur de Core du génome viral et module son activité transcriptionnelle. De plus, le VHB et les AB entrent en compétition pour le même récepteur d'entrée hépatocytaire NTCP, modifiant la concentration cellulaire des AB avec des conséquences sur la fonction et l'expression de FXRalpha. Enfin, HBx interagit avec FXRalphaet modifie son activité. Au cours de cette thèse nous avons dans un premier temps identifié une régulation réciproque existante entre la réplication du VHB et FXRalpha. Puis nous avons montré in vitro, dans des cellules HepaRG différenciées et des hépatocytes primaires humains, que FXRalphaest un facteur proviral pour le VHB et que les agonistes de FXRalpha inhibent l'expression de l'ensemble des marqueurs viraux de manière dépendante ou indépendante de la protéine virale HBx. Enfin, dans un modèle in vivo de souris C3H/HeN transduites par un vecteur recombinant AAV2/8-VHB, nous avons obtenu l'effet inhibiteur des agonistes de FXRalphamais uniquement chez les souris adultes et pas chez les souris jeunes. Compte tenu de l'évolution de la flore intestinale avec l'âge et de son importance dans le métabolisme des AB, ces résultats suggèrent que le fort taux d'évolution chronique chez les jeunes enfants pourrait être lié à l'immaturité du métabolisme des AB. La mise en évidence d'un lien entre microbiote, métabolisme des AB et infection par le VHB contribuerait grandement à une meilleure compréhension de l'histoire naturelle de cette infection. De plus, l'identification de FXRalphacomme un facteur de l'hôte favorisant l'infection et l'existence de molécules capables de moduler l'activité de FXRalphasuggèrent que FXRalphapourrait constituer une cible thérapeutique intéressante ciblant le cccDNA et permettant d'améliorer le traitement des patients infectés par le VHB / Hepatitis B virus (HBV) infection is a major global health problem with more than 257 million chronic carriers worldwide that remain at significant risk for developing cirrhosis and/or hepatocellular carcinoma. The natural history of infection is very different depending on the age at which the infection is contracted. Whereas in adults most HBV infections spontaneously resolve, in infants and young children they usually result in chronic infection. cccDNA is the molecular form of viral persistence in infected hepatocytes and serves as a transcription template for all viral RNAs. The viral protein HBx plays a crucial role in the recruitment of epigenetic factors to the cccDNA and promotes its transcriptional activity. Currently, interferon and nucleot(s)ide analogues are the first-line agents in the treatment of chronic hepatitis B without allowing eradication of cccDNA and their interruption are almost always followed by a reactivation of the replication of the virus. New therapeutic molecules targeting cccDNA are therefore needed to hope for a functional cure in chronically infected patients. HBV infection and bile acid (BA) metabolism are tightly linked. Therefore, our team has previously shown that the bile acid nuclear receptor, the farnesoid X receptor alpha (FXRalpha) bind to two response elements present in the Enhancer II - Core promoter region of HBV genome and modulate its transcriptional activity. Moreover, HBV and BA compete for the same entry receptor of hepatocytes NTCP and modify BA cell concentration with consequences on the function and expression of FXRalpha. Finally, HBx interacts with FXRalpha and modify its activity. During my PhD. we have first identified a reciprocal regulation between HBV replication and FXRalpha. Second, we have showed in vitro, in HepaRG differentiated cells and in primary human hepatocytes, that FXRalpha is a proviral factor for HBV and that FXRalpha agonists inhibit the expression of all HBV markers in a dependent or independent manner of the viral protein HBx. Finally, in an in vivo model of C3H/HeN mice transduced with a recombinant AAV2/8-HBV vector, we obtained the inhibitory effect of FXRalpha agonists but only in adult and not in young mice. Considering the evolution of the gut flora with age and its importance in the metabolism of BA, these results suggest that the high rate of chronic progression in young children might be related to the immaturity of BA metabolism. The identification of a link between BA metabolism, gut microbiome composition and evolution of HBV infection will represent a big step toward the understanding of HBV natural history. Moreover, the identification of FXRalpha as a proviral factor for HBV and the capacity of FXRalpha ligands to modulate the transcriptional activity of cccDNA suggest that FXR ligands might represent a new class of molecules with the aim to obtain functional cure for HBV infected patients

p. 1-65 / Submitted by Santiago Fabio (fabio.ssantiago@hotmail.com) on 2013-04-11T18:53:45Z No. of bitstreams: 1 Amal Diss.pdf: 189412 bytes, checksum: 66fe881ad02c2dda6f62baa6cecb8485 (MD5) / Approved for entry into archive by Maria Creuza Silva(mariakreuza@yahoo.com.br) on 2013-04-11T19:20:49Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Amal Diss.pdf: 189412 bytes, checksum: 66fe881ad02c2dda6f62baa6cecb8485 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-04-11T19:20:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Amal Diss.pdf: 189412 bytes, checksum: 66fe881ad02c2dda6f62baa6cecb8485 (MD5) Previous issue date: 2009 / Este estudo tem como objetivo desenvolver um modelo teórico quantitativo dos riscos transfusionais de HIV, HBV e HCV capaz de orientar com base em informação a ação de Vigilância Sanitária de Sangue. A imensa maioria dos eventos adversos relativos ao campo da saúde ocorre em um ambiente de incerteza, o que confere as variáveis envolvidas no processo um caráter não determinístico ou aleatório. Nesse sentido, por mais informações que se possa coletar sobre fatores e procedimentos, não é possível prever com exatidão um determinado resultado. Este é o caso da transfusão sanguínea objeto do presente estudo, pois mesmo produzida e realizada em estrita aderência aos preceitos técnicos de captação, seleção, triagem clínica e epidemiológica, testagem do sangue, indicação e administração, não se pode afirmar, com exatidão, que o receptor esteja isento de risco de eventos adversos. Por outro lado, como área da Saúde Pública, a Vigilância Sanitária na sua função social de Estado ao minimizar ou reduzir os riscos transfusionais deve imprimir um caráter mais científico na sua função de lidar com a incerteza. Na prática, suas ações têm se referenciado no Paradigma do Risco, proposto pela National Academy of Science (NCR, 1983) nos EUA, marco na abordagem técnica de controle de riscos, que estima o risco relacionando a fonte de risco ao dano. Não obstante, as informações fornecidas por esse Paradigma, a Vigilância de Sangue como prática eminentemente preventiva (ex ante), ao controlar os riscos de HIV, HBV e HVC transfusionais se ressente de modelos quantitativos de controle dos riscos que relacionem os fatores de risco presentes na cadeia transfusional com o dano transfusional, em vez de ligar a fonte de risco com o dano. Para preencher essa lacuna, o presente estudo selecionou os principais fatores de risco que explicam as infecções de HIV, HBV e HCV transmissíveis por transfusão buscando sua relação com o risco de transmissão desses agravos. Para sua fundamentação procedeu à revisão das bases teóricas do risco na perspectiva das ciências sociais e da abordagem técnica (quantitativa). A partir dessa análise buscou compreender e classificar os fatores de risco associados à transmissão transfusional de HIV,HBV e HCV sob a forma de variáveis ou indicadores e definiu critérios para sua inclusão em uma rede causal. As variáveis explicativas do risco selecionadas foram: Índice de Desenvolvimento humano - IDH, prevalência de HIV, HBV e HCV na população doadora, período de janela, razão entre doador de repetição e doador de primeira vez, resultado falso negativo decorrente de erros laboratoriais, indicador de risco sanitário do Serviço de Hemoterapia. Esse modelo, após sua validação na prática, se presta a apoiar decisões informadas, todavia considerando a complexidade do controle de riscos transfusionais, este deve ser articulado a outros instrumentos de controle. / Salvador

Water is a basic necessity for sustaining life and development of society. Proper management, protection and exploitation of water resources are the challenges imposed by population growth, increasing pressure on the water and land resources by competing usage. A good amount of clean water exists on Earth although it is normally inadequate in supply because of anthropogenic activities such as deforestation and land use change. Like many other catchments that provide economic activities for the community’s livelihood, the Chalimbana river catchment in Zambia has been deforested heavily and most of the local communities believe that deforestation could be the main contributing factor to the drying up of Chalimbana River. The objective of this study was to analyse the impact of deforestation on the stream flow of Chalimbana River Catchment with the help of a conceptual hydrological model, HBV. There was a 24% reduction in the annual average rainfall amounts for the deforested period as compared to the period before deforestation. The Qrec/Qsim ratios had revealed that the annual stream flow generation for the period after deforestation (1987 to 1996) for the Chalimbana River had decreased by about 12% as compared to the period with enough forest cover (1975 to 1985). The ratio of annual Qrec/P had indicated that after a 30% forest loss in Chalimbana catchment, there was a 33% increase in the generation of the stream flow. Based on the results that were obtained, a number of recommendations aiming at improving the catchment management were made.

Soil properties affect the chemical composition of soil water. When studying transport of chemical substances through a basin, it is therefore important to know from which soil layer the main part of the runoff is generated. The aim of this study is to develop an HBV/PULSE model with merged soil moisture and response routines, which generates good approximations of groundwater levels. It should be possible to extend the model to simulate transport of substances and take into account which soil layer the groundwater level is currently in. The hydrological version of HBV/PULSE is used since there is no need to account for pH or alcalinity at this stage. Representation of runoff is changed to an equation analogous to that of HBV-96. The unsaturated and saturated zones in the response routines are merged by associating change in groundwater storage with change in the size of the unsaturated zone. Field capacity, which is expressed in mm in the existing model, is transformed from parameter to variable. Three models are compared in this study: HBV/PULSE without any modifications, HBV/PULSE with a response function similar to that of HBV-96 and finally a model with the same response function as model two, variable field capacity, groundwater level simulation and connected soil moisture and response compartments. Results show that runoff is simulated equally well by the two first model versions, and alomst as well by the third. Soil moisture simulations show the same patterns for all three models, but slightly different levels. Ground water storage is different in the first model compared to the others, mainly depending on the use of capillary flux andnegative storage values in the unmodified model. Groundwater simulations with the third model generated results which differed much from measurements. The main problem is the magnitude of the variations which is far too small in the simulations. Introduction of variable soil moisture in the unsaturated zone and variable soil porosity is suggested as a way of increasing the magnitude of fluctuations in groundwater storage and levels. It is also necessary to allow groundwater storage, and thereby groundwater levels, to vary equally in both directions from the initial values. If this is not possible to achieve with the new response function, it is necessary to change back to the old function despite the increase in parameters.

Le diagnostic et le suivi des infections par le VIH, VHB et VHC restent un défi dans les pays à faibles ressources qui sont par ailleurs les plus touchés. Il est urgent de pouvoir disposer d'outils de biologie simples, fiables et peu chers pour le contrôle de ces infections virales. Le défi est immense d'un point de vue clinique et politique de santé. L'objectif de ce travail de recherche effectué dans le cadre de la présente thèse est de développer et valider des stratégies et de nouveaux outils de biologie adaptés au diagnostic et au suivi des hépatites virales et de l'infection VIH dans les pays à ressources limitées. Dans un premier temps, nous avons investigué sur les résultats de sérologie VIH discordants, car en biologie et en pratique clinique, il est important d'établir le statut sérologique réel des personnes dépistées avec des résultats clairs pour une prise de décision adéquate à l'échelle individuelle. Dans ce travail, nous avons trouvé que les résultats discordants par l'algorithme de dépistage des femmes enceintes au Burkina Faso, étaient dans 94% des cas de faux positifs dus au test Determine™ HIV-1/2 et 4% de faux négatifs liés au test Genie II™ HIV-1/HIV-2. En matière de santé publique, les femmes présentant ce type de résultat peuvent être considérées comme séronégatives dans les centres où des investigations supplémentaires ne sont pas possibles, surtout dans les pays comme le Burkina Faso où la prévalence de l'infection est basse avec une faible diversité génétique. Dans un second temps, nous avons focalisé nos travaux sur la faisabilité d'une stratégie de dépistage qui combine la détection des trois infections (VIH, VHB et VHC) sur une seule carte DBS. Dans cette étude pilote, nous avons démontré que le DBS collecté en parallèle au test rapide VIH dans un centre de dépistage volontaire permet d'une part de faire la confirmation du VIH par immunoblot, et d'autre part de compléter par le diagnostic des hépatites B et C par ELISA suivi de western blot et PCR pour la confirmation pour le VHC. Cette stratégie peut servir de modèle pour promouvoir et vulgariser le dépistage des hépatites virales B et C dans les pays à ressources limitées. Le DBS peut servir de contrôle et de confirmation du diagnostic du VIH, VHB et VHC. Par la suite, nous avons évalué la performance de deux tests de 4ème génération immunoluminométriques (Elecsys® HIV Combi PT assay, Roche Diagnostics et Liaison® XL Murex HIV Ab/Ag test, DiaSorin) sur des échantillons séchés sur papier filtre en comparaison au test de diagnostic rapide et aux échantillons de sérum frais prélevés chez les patients en primo-infection VIH. Ces travaux ont clairement montré que les deux tests de 4ème génération réalisés sur papier filtre offrent de bonnes performances dans le diagnostic de la primo-infection par rapport aux tests de diagnostic rapide sur sérum frais. Cette méthode peut être utilisée pour détecter précocement le VIH chez les personnes difficiles à atteindre et les populations vivant dans des zones périphériques des pays à ressources limitées. Enfin, nous avons mis au point une technique de PCR en temps réel de détection et de quantification de l'ADN du VHB. A cet effet, nous sommes partis de deux PCR « maison » ciblant deux régions génomiques différentes (gène X pour la qPCR 1 et gène S pour la qPCR 2) en comparaison à un test commercial de charge virale (Cobas AmpliPrep/Cobas TaqMan HBV Test, version 2.0, Roche Diagnostics). La qPCR 2 avec un seuil de détection à 91 UI/ml (vs 104 UI/ml pour la qPCR 1) a montré une meilleure performance dans la quantification de l'ADN du VHB. Cette qPCR 2 peu chère est aujourd'hui produite sous forme de kit par une start-up appelée OMUNIS. Ce kit en développement fera l'objet d'une évaluation multicentrique en France, en Afrique et en Asie du Sud-Est à travers un réseau de laboratoires sous la promotion de l'ANRS. / Diagnosis and management of hepatitis B, hepatitis C and HIV infections are a real challenge in middle and low-income countries. There is an urgent need for simple, reliable and inexpensive tools to control these infections in high prevalence sittings like Africa and Asia. The challenge is immense in clinical and public health policy hands. The main goal of this research work performed for our PhD is the development and validation of strategies and tools to diagnose and monitor HIV, HBV and HCV infections in resource-constrained countries. At a first step, we investigated the results of HIV discordant results, since it is important to establish the real HIV status of people tested with clear results for appropriate decision-making in biological and clinical practice. This work show that discordant results obtained in the algorithm of HIV screening among pregnant women in Burkina Faso, are false positive results in 94% of cases due to the Determine™ HIV-1/2 immunochromatographic test and false negative results in 4% of cases due to the Genie II ™ HIV-1 / HIV-2 test. In public health practice, women with this type of result can be considered as negative for HIV testing in centers where additional investigations are not possible, especially in countries like Burkina Faso with a low incidence and a low genetic diversity of HIV.In a second step, we focused our work on the feasibility of a screening strategy that detects HIV, HBV and HCV infections into a single card of DBS. In this pilot study, we demonstrated that DBS collected in parallel to HIV rapid testing in a voluntary counseling and testing center allows HIV confirmation using immunoblotting, and an additional testing by diagnosing HBV and HCV using ELISA followed by immunoblotting and PCR for HCV confirmation. This strategy can serve as a model to promote and scale-up the screening of HBV and HCV in resource-limited countries. DBS can be served as control and confirmation of HIV, HBV and HCV diagnosis. Furthermore, we evaluated the performance of two 4th generation chemiluminescent immunoassays (Elecsys HIV Combi PT assay, Roche Diagnostics and Liaison XL Murex HIV Ab/Ag test, DiaSorin) tested on filter paper samples in comparison to rapid diagnostic test and fresh serum samples from patients with acute HIV infection. These studies have clearly shown that the two 4th generation tests performed on filter paper offer good performance in terms of sensitivity for the diagnosis of HIV infection in its early phases compared with rapid diagnostic tests. This approach may be used in combination with HIV rapid tests in hard-to-reach individuals and populations living in remote areas of when an early HIV infection is suspected since rapid tests do not offer appropriate performance in this case.Finally, we developed a real-time PCR for HBV DNA detection and quantification. In this study, we evaluated two in-house PCR targeting two different regions of HBV genome (X gene for qPCR 1 and S gene for qPCR 2) in comparison with a commercial Roche HBV DNA test (Cobas AmpliPrep / Cobas TaqMan HBV Test, version 2.0, Roche Diagnostics) as a gold standard. The qPCR 2 with a low detection limit of 91 IU/ml (vs 104 IU/ml for 1 qPCR) showed a better performance in HBV DNA quantification. This inexpensive qPCR with best performance characteristics is producing by a start-up called OMUNIS. This kit will be evaluated in France, in Africa and in South and East Asia in a research study funded by ANRS (France REcherche Nord & sud Sida-hiv Hépatites).

Le carcinome hépatocellulaire (CHC) est la principale forme de cancer primitif du foie. Le CHC présente des variations d'incidence géographique qui reflètent les variations de prévalence des infections chroniques par les virus de l'hépatite B (VHB) et/ou C (VHC), ainsi que l'exposition alimentaire aux aflatoxines. Dans les régions de haute incidence, une mutation spécifique au le codon 249 du gène TP53 est très fréquemment détectée dans les CHC et a été proposée comme un marqueur moléculaire de l'exposition aux aflatoxines. La protéine mutée correspondante, p.R249S, interagit avec l'oncogène viral HBx, qui module la réplication virale, la prolifération et la survie cellulaire. Des séquences HBX sont détectables dans l'ADN génomique de plus de 80% des CHC liés au VHB. Nous avons étudié les associations de mutation R249S avec les caractéristiques moléculaires de HBX et la progression du CHC en utilisant des spécimens obtenus dans deux études cas-témoins développées Thaïlande et en Gambie. Nos résultats démontrent (1) que la mutation R249S est préférentiellement associée aux CHC qui se développent en l'absence de cirrhose hépatique préexistante ; (2) que la mutation est associée à la présence de polymorphismes dans l'intron 1 de TP53, suggérant l'influence de facteurs de susceptibilité génétique sur la formation des mutations ; (3) que la mutation est généralement associée à la rétention dans les cancers de séquences de HBX complètes. Ces résultats suggèrent que la protéine mutée p.R249S coopère avec HBx pour favoriser le développement de CHC sans cirrhose, et que la susceptibilité à la formation de cette mutation est influencée par la structure polymorphique de TP53 / Hepatocellular carcinoma (HCC) is the main form of primary liver cancer. HCC presents geographical variations in incidence that reflect variations in the prevalence of chronic infections by hepatitis B virus (HBV) and / or C (HCV) and dietary exposure to aflatoxins. In areas of high incidence, a specific mutation at codon 249 of TP53 gene is frequently detected in HCC and has been proposed as a molecular hallmark of aflatoxin exposure. The corresponding mutated protein p.R249S, interacts with the viral oncogene HBx, which modulates viral replication, proliferation and cell survival. HBX sequences are detectable in the genomic DNA of more than 80% of HBVrelated HCC. We investigated the associations of mutation R249S with the molecular characteristics of HBX and progression of HCC using specimens obtained in two case-control studies developed in Thailand and in The Gambia. Our results demonstrate (1) that the mutation R249S is preferentially associated with HCC that develop in the absence of pre-existing liver cirrhosis, (2) that the mutation is associated with the presence of polymorphisms in intron 1 of TP53, suggesting influence of genetic susceptibility factors on the formation of mutations, (3) that the mutation is usually associated with the retention of cancers with complete HBX sequences. These results suggest that the mutated protein p.R249S cooperates with HBx to promote the development of HCC without cirrhosis, and that susceptibility to the formation of this mutation is influenced by the polymorphic structure of TP53

Les tests de laboratoire basés sur des techniques de biologie moléculaire sont des outils inestimables pour le suivi des patients, en particulier dans le cadre de l’infectiologie. Dans ce contexte clinique, ils peuvent permettre d’établir un diagnostic, un pronostic ainsi que de déterminer la stratégie thérapeutique antivirale la plus adaptée. Les virus hautement variables tel que le virus de l’immunodéficience humaine (VIH), de l’hépatite B (VHB) et de l’hépatite C (VHC) sont présents sous forme de quasi-espèces au sein de leur environnement réplicatif. Lorsque des pressions de sélection s’exercent telle que l’administration d’un antiviral, une redistribution des variants majoritaires est fréquemment observée en variants mutés pour mieux s’adapter à cet environnement. Nos travaux ont permis, dans ce contexte, de valider l’impact clinique des mutations majoritaires mais aussi minoritaires grâce à la mise en œuvre de plusieurs techniques de séquençage (pyroséquençage, séquençage à haut débit et PCR en allèle spécifique). Nous avons également validé l’utilisation d’un logiciel simple, fiable et utilisable en routine par le clinicien pour l’interprétation clinique de la masse de données générées par le séquençage à haut débit. Enfin dans le contexte du test diagnostique, nous avons cliniquement validé sur une cohorte de patients infectés par le VHB, l’utilisation du papier buvard (Dried Blood Spot) comme support de prélèvement alternatif non invasif de diagnostic, en particulier pour les populations n’ayant pas accès aux structures classiques de soins et pour les pays en voie de développement. / Molecular biology based assays are invaluable tools for the patients follow-up. They can help to establish the prognosis, guide for the treatment decisions and assess the virological response to therapy. Highly variable viruses like Human Immunodeficiency Virus (HIV), Hepatitis B Virus (HBV) and Hepatitis C virus (HCV) which have a quasispecies distribution. Selection pressure on viral replicative environment such as an antiviral drug treatment, generally lead to a redistribution of the viral quasispecies with an increasing of the best adapted viral mutant. Our work allowed in this context to validate the clinical impact of majority but also minority mutations through the implementation of several sequencing techniques (pyrosequencing, high-throughput sequencing and allele-specific PCR). We also validated the use of a simple, reliable and routinely software solution by clinician for clinical interpretation of the mass of data generated by high-throughput sequencing. Finally, in the context of the diagnostic testing, we clinically validated in a cohort of patients infected with HBV, use the Dried Blood Spot technique as a supporting noninvasive diagnostic alternative sampling, especially for populations that have no access to conventional health structures and developing countries.

Les cellules NK sont des lymphocytes de l’immunité innée qui ont un rôle majeur dans le contrôle précoce des infections virales et dans l’immunosurveillance des tumeurs. Cependant, en cas de stimulation chronique, un état d’anergie, où les cellules NK n’exercent plus leur fonction a été mis en évidence. Les mécanismes conduisant à cette perte de fonction demeurent mal caractérisés et s’il s’agit d’une cause ou d’une conséquence de la chronicité n’est pas non plus déterminé. Cibler les cellules NK constitue une perspective thérapeutique de choix mais nécessite une meilleure compréhension de ces aspects. L’objectif de ce travail de thèse s’articule autour de trois points. Premièrement, nous avons généré un modèle tumoral murin sensible aux cellules NK permettant l’étude de la réponse anti-tumorale et l’établissement d’une stimulation chronique. Deuxièmement, l’utilisation de ce modèle a permis d’investiguer les mécanismes conduisant à la perte de fonctionnalité des cellules NK et de tester des stratégies de restauration. Enfin, nous avons mené une étude parallèle, chez l’homme, par analyse d’une cohorte de patients chroniquement infectés par le virus de l’Hépatite B dans le but de déterminer le phénotype des cellules NK et d’identifier les causes conduisant à leur perte de fonction dans ce contexte / NK cells are innate lymphocytes which play a crucial role in the early control of viral infection and in tumor immunosurveillance. However, a state of tolerance, where NK cells are poorly functional, occurs in the context of chronic stimulation. The mechanisms leading to this process remain poorly understood and whether this is a cause, or a consequence of chronicity is unknown. Targeting NK cells appears to be a potent therapeutic strategy but requires further investigation. With the lack of clarity in the field this work had three main objectives. First, we engineered a tumoral mouse model that was strongly immunogenic for NK cells and thus allowed us to study the anti-tumoral response of NK cells and to trigger chronic stimulation. Then, we used this model to investigate the mechanisms driving NK cell loss of function and to test potential therapeutic strategies to reverse this state. Finally, in the context of human chronic infection we analyzed samples from HBV infected patients in order to determine the phenotype, function and signaling capacity of NK cells to identify the drivers of NK cell dysfunction

京都大学 / 0048 / 新制・課程博士 / 博士(生命科学) / 甲第21976号 / 生博第416号 / 新制||生||55(附属図書館) / 京都大学大学院生命科学研究科統合生命科学専攻 / (主査)教授 藤田 尚志, 教授 朝長 啓造, 教授 野田 岳志 / 学位規則第4条第1項該当 / Doctor of Philosophy in Life Sciences / Kyoto University / DFAM