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L'otite moyenne est une condition fréquente chez le veau et peut parfois être subclinique, rendant difficile son diagnostic à la ferme. L'objectif de cette étude est d’estimer la sensibilité et la spécificité de l'échographie des bulles tympaniques pour le diagnostic d'otite moyenne clinique et subclinique et de déterminer sa répétabilité. Quarante veaux âgés entre 19 et 50 jours ont été sélectionnés dans une ferme de veaux de grain, en fonction des résultats de l'échographie réalisée à la ferme (A). L'échographie a été réalisée une seconde fois par le même échographiste (A') et par un second échographiste (B), et le diagnostic noté pour chaque bulle tympanique comme étant négatif, suspect ou positif. Les images ont été enregistrées pour relecture et le diagnostic noté. Les veaux ont été euthanasiés, soumis en nécropsie et l'histologie a été utilisée comme méthode de référence. À l'histologie, 45 bulles tympaniques étaient atteintes d'otite moyenne et 35 bulles tympaniques étaient saines. Selon l'échographiste et la classification des bulles tympaniques suspectes, la sensibilité de l'échographie variait de 32% à 63% et la spécificité variait de 84% à 100%. La répétabilité était modérée, avec des valeurs de kappa de 0,53 entre A' et B, de 0,48 entre A et A', et de 0,58 et 0,75 pour la relecture de leurs images par A' et B respectivement. / Otitis media is a common disease in calves but can remain subclinical, making diagnosis challenging on the farm. The objective of this study is to estimate the sensitivity and specificity of the ultrasound imaging technique of tympanic bulla for the diagnosis of clinical and subclinical otitis media, and to determine its repeatability. Forty calves 19-50 days of age were selected from a veal calf farm, on the basis of results of ultrasound examination performed on the farm (A). Ultrasound examination was performed a second time by the same ultrasonographer (A') and by another ultrasonographer (B), and diagnosis was recorded for both tympanic bulla as negative, suspicious or positive. Images were recorded for further re-reading. Calves were euthanized and submitted for necropsy, and histopathologic diagnosis was used as gold standard. Based upon histology, 45 bullae were affected with otitis media and 35 bullae were unaffected. Depending on ultrasonographer and on classification of suspicious bullae, sensitivity varies from 32% to 63% and specificity varies from 84% to 100%. Repeatability is moderate, with kappa values of 0.53 for A'-B, 0.48 for A-A', and 0.58 and 0.75 for re-reading of A' and B, respectively.

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La gradation de lames de biopsie fournit des informations pronostiques essentielles pour le diagnostic et le traitement. La détection et le comptage manuel des mitoses est un travail fastidieux, sujet à des variations inter-et intra- observateur considérables. L'objectif principal de cette thèse de doctorat est le développement d'un système capable de fournir une détection des mitoses sur des images provenant de différents types de scanners rapides automatiques, ainsi que d'un microscope multispectral. L'évaluation des différents systèmes proposés est effectuée dans le cadre du projet MICO (MIcroscopie COgnitive, projet ANR TecSan piloté par notre équipe). Dans ce contexte, les systèmes proposés ont été testés sur les données du benchmark MITOS. En ce qui concerne les images couleur, notre système s'est ainsi classé en deuxième position de ce concours international, selon la valeur du critère F-mesure. Par ailleurs, notre système de détection de mitoses sur images multispectrales surpasse largement les meilleurs résultats obtenus durant le concours. / Digital pathology represents one of the major and challenging evolutions in modernmedicine. Pathological exams constitute not only the gold standard in most of medicalprotocols, but also play a critical and legal role in the diagnosis process. Diagnosing adisease after manually analyzing numerous biopsy slides represents a labor-intensive workfor pathologists. Thanks to the recent advances in digital histopathology, the recognitionof histological tissue patterns in a high-content Whole Slide Image (WSI) has the potentialto provide valuable assistance to the pathologist in his daily practice. Histopathologicalclassification and grading of biopsy samples provide valuable prognostic information thatcould be used for diagnosis and treatment support. Nottingham grading system is thestandard for breast cancer grading. It combines three criteria, namely tubule formation(also referenced as glandular architecture), nuclear atypia and mitosis count. Manualdetection and counting of mitosis is tedious and subject to considerable inter- and intrareadervariations. The main goal of this dissertation is the development of a framework ableto provide detection of mitosis on different types of scanners and multispectral microscope.The main contributions of this work are eight fold. First, we present a comprehensivereview on state-of-the-art methodologies in nuclei detection, segmentation and classificationrestricted to two widely available types of image modalities: H&E (HematoxylinEosin) and IHC (Immunohistochemical). Second, we analyse the statistical and morphologicalinformation concerning mitotic cells on different color channels of various colormodels that improve the mitosis detection in color datasets (Aperio and Hamamatsu scanners).Third, we study oversampling methods to increase the number of instances of theminority class (mitosis) by interpolating between several minority class examples that lietogether, which make classification more robust. Fourth, we propose three different methodsfor spectral bands selection including relative spectral absorption of different tissuecomponents, spectral absorption of H&E stains and mRMR (minimum Redundancy MaximumRelevance) technique. Fifth, we compute multispectral spatial features containingpixel, texture and morphological information on selected spectral bands, which leveragediscriminant information for mitosis classification on multispectral dataset. Sixth, we performa comprehensive study on region and patch based features for mitosis classification.Seven, we perform an extensive investigation of classifiers and inference of the best one formitosis classification. Eight, we propose an efficient and generic strategy to explore largeimages like WSI by combining computational geometry tools with a local signal measureof relevance in a dynamic sampling framework.The evaluation of these frameworks is done in MICO (COgnitive MIcroscopy, ANRTecSan project) platform prototyping initiative. We thus tested our proposed frameworks on MITOS international contest dataset initiated by this project. For the color framework,we manage to rank second during the contest. Furthermore, our multispectral frameworkoutperforms significantly the top methods presented during the contest. Finally, ourframeworks allow us reaching the same level of accuracy in mitosis detection on brightlightas multispectral datasets, a promising result on the way to clinical evaluation and routine.

Primary scalp alopecia is classically divided into cicatricial (scarring) and non-cicatricial (non-scarring). Challenging cases are assessed with a scalp biopsy. The use of both horizontal and vertical sections (HoVert sections) has dramatically improved the accuracy of histopathological diagnosis. In this work, we have used immunostaining to address diagnostic difficulties, which persist despite all currently available tools. We performed an immunostain panel (CD3, CD4, CD8 and CD20) in order to distinguish pattern hair loss from alopecia aerate in cases which do not have the usual peribulbar lymphocytic infiltrate and showed that CD3+ T-lymphocytes within the empty fibrous follicular tracts favor a diagnosis of alopecia areata. We performed CD123 in order to distinguish lichen planopilaris from alopecia lupus erythematosus in cases with only a superficial lymphocytic infiltrate and an uninvolved interfollicular epidermis and showed that clusters of CD123+ plasmacytoid dendritic cells favor a diagnosis of lupus erythematosus. We performed cytokeratin 15 in order to assess whether the loss of the follicular bulge stem cells has diagnostic value in cicatricial alopecia and demonstrated that the loss of cytokeratin 15+ bulge stem cells is identified in lichen planopilaris, frontal fibrosing alopecia, and lupus erythematous, so cytokeratin 15 has no diagnostic value. We have attempted to integrate the new concepts and our findings into the traditional classifications of alopecia and proposed a new diagnostic algorithm. In conclusion, immunostaining combined with HoVert grossing advances the accuracy of histopathological diagnosis of primary scalp alopecia. / L’alopécie primitive du cuir chevelu est habituellement classée en cicatricielle et non-cicatricielle. Dans les cas difficiles, la biopsie du cuir chevelu peut aider au diagnostic. L’utilisation de coupes, à la fois verticales et horizontales sur le même spécimen (technique HoVert), a radicalement amélioré le diagnostic histopathologique. Dans ce travail, nous avons utilisé l’immunohistochimie pour évaluer les difficultés diagnostiques qui persistent malgré tous les outils actuels. Nous avons utilisé les CD3, CD4, CD8 et CD20 pour différencier l’alopécie androgénique de la pelade dépourvue de l’infiltrat lymphocytaire péribulbaire habituel et nous avons démontré que la présence de lymphocytes CD3+ dans les travées folliculaires fibreuses est en faveur de la pelade. Nous avons utilisé le CD123 pour différencier le lichen plan pilaire du lupus érythémateux alopécie avec infiltrat lymphocytaire superficiel et sans atteinte de l’épiderme interfolliculaire et nous avons démontré que la présence d’amas de cellules dendritiques plasmacytoïdes CD123+ est en faveur du lupus érythémateux. Nous avons utilisé la cytokératine 15 pour évaluer si la perte des cellules souches du bulge a une valeur diagnostique dans l’alopécie cicatricielle et nous avons démontré que cette perte s’observait de manière identique dans le lichen plan pilaire, l’alopécie frontale fibrosante comme dans le lupus érythémateux et n’avait donc aucune valeur diagnostique. Nous avons tenté d’intégrer les nouveaux concepts et nos données dans les classifications traditionnelles des alopécies et nous avons élaboré un nouvel algorithme diagnostique. L’association des immunomarquages avec la technique HoVert ouvre de nouvelles perspectives dans le diagnostic histopathologique des alopécies primaires du cuir chevelu. / Doctorat en Sciences médicales (Médecine) / info:eu-repo/semantics/nonPublished

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Contexte : La pré-éclampsie (PE) est une pathologie ischémique placentaire se manifestant par un syndrome materno-fœtal pendant la grossesse, et dont seul l’accouchement peut interrompre la progression. La PE peut survenir dans le post-partum et cette forme atypique de PE n’est pas expliquée par notre compréhension actuelle de la maladie. L’objectif de ce travail est de formuler des hypothèses physiopathologiques et de les explorer par l’étude des facteurs de risques, des potentiels facteurs déclencheur et de les corréler à l’étude de l’histopathologie des placentas. Méthode : Il s’agit d’une étude cas-témoins, comparant les caractéristiques démographiques et obstétricales des cas de PE du post-partum (n=50), à celles des cas de PE ante-partum précoce (n=100) et tardive (n=100), et à des grossesses normotensives (n=100). Pour l’étude de l’histopathologie placentaire, 30 placentas par groupe ont été étudiés. Les patientes ont été recrutées sur la base de registres de patientes avec troubles hypertensifs, tenus par les centres participants et sur la base des codes diagnostiques issus de la classification internationale des maladies (CIM). Résultats : Aucune différence statistiquement significative n’a été observée entre les groupes en terme d’âge, d’indice de masse corporelle, de primiparité, de recours aux techniques de procréation médicalement assistée et de décès néonataux. La PE du post-partum est associée à l’ethnie afro-caribéenne (OR 3.0, IC 95% 1.3-6.7 ; p <0.01), l’hypertension artérielle (HTA) pré-gestationnelle (OR 46.3, IC 95% 7.4-∞; p <0.01), la gémellité (OR 7.7, IC 95% 1.4-78.7) ; p<0.01), un état infectieux péri-partum (OR 6.5, IC 95% 1.8-29.7 ; p<0.01), la provocation du travail (OR 6.0, IC 95% 1.8-21.4 ; p <0.01), et des valeurs de tension artérielle (TA) avant la sortie de la maternité normales-hautes, tant pour la valeur systolique (OR 10.2, IC 95% 4.3-25.4 ; p<0.01) que pour la valeur diastolique (OR 30.2, IC 95% 8.3-168.3 ; p<0.01). Au niveau placentaire, 40% des placentas des cas de PE post-partum présentaient une déciduite aiguë (PE précoce: 5.7% (2), p<0.01; PE tardive: 16.7% (5), p=0.046; normotendues: 3.2% (1), p<0.01), 39.4% (13) démontraient une anomalie de la maturité villositaire (PE précoce: 77.2% (27), p<0.01; PE tardive: 26.7% (8), p=0.3; normotendues: 3.2% (1), p<0.01), 18.2% (6) montraient une vasculopathie déciduale (PE précoce: 34.3% (12), p=0.13; PE tardive: 10% (3), p=0.35; normotendues: 9.7% (3), p=0.33) et 9.1% (3) présentaient des signes d’ischémie et d’infarctus (PE précoce: 51.4% (18), p<0.01; PE tardive: 13.3% (4), p=0.6; normotendues: 16.1% (5), p=0.4). Conclusions : Les résultats de nos travaux suggèrent que les patientes présentant une PE dans le post-partum ont un profil de risque similaire à celui de la PE typique de l’ante partum, en particulier des PE tardives survenant au delà de 34 SA. La modification de la date de l’accouchement par l’intervention médicale et la provocation du travail pourrait agir comme facteur déclencheur de la PE dans le post-partum, de même qu’une infection aiguë. Les premiers signes de PE post-partum peuvent être détectés par la mesure de la TA avant la sortie de la maternité. Aucune différence significative n’a été observée au niveau placentaire, en terme de vasculopathie déciduale et de signes d’ischémie placentaire. Le taux de déciduite aiguë était plus important dans la PE du post-partum. Au total, la PE du post-partum semble être une pathologie maternelle, survenant dans un contexte d’état inflammatoire accru, possiblement déclenchée par une infection aiguë, où la maladie ischémique placentaire joue peu ou aucun rôle. / Background: Pre-eclampsia (PE) is an ischemic placental disease that is clinically expressed by a maternal-fetal syndrome. Only delivery can stop the progression of the disease. PE can occur after delivery and this atypical from of PE is not explained by our current understanding of the physiopathology. The objective of this work was to formulate physiopathological hypotheses for post-partum PE, to explore them by identifying the risk factors, potential triggers and to correlate them to a histological study of the placenta of women who would later present with post-partum pre-eclampsia. Methods: This is a case-control study, comparing the demographic and obstetrical characteristics of cases of post-partum PE (n=50) with cases of early-onset PE (n=100), late-onset PE (n=100) and normotensive pregnancies (n=100). For the pathological study, 30 placentas per group were included. Patients were identified on a registry of hypertensive disorders of pregnancy and through the codification of the International Classification of Diseases (ICD). Results: There was no difference in term of age, body mass index, primiparity, use of reproductive technology and neonatal death between groups. Post-partum PE was associated with Afro-Caribbean ethnicity (OR 3.0, CI 95% 1.3-6.7; p <0.01), pre-gestationnal hypertension (OR 46.3, CI 95% 7.4-∞; p <0.01), twin pregnancies (OR 7.7, CI 95% 1.4-78.7); p<0.01), peri-partum infectious diseases (OR 6.5, IC 95% 1.8-29.7; p<0.01), induction of labor (OR 6.0, IC 95% 1.8-21.4; p <0.01), and normal-high blood pressure value before discharge of the maternity ward, for the systolic value (OR 10.2, IC 95% 4.3-25.4; p<0.01) as well as for the diastolic value (OR 30.2, IC 95% 8.3-168.3 ; p<0.01). Forty percent of placenta of post-partum PE had acute deciduitis (early PE: 5.7% (2), p<0.01; late PE: 16.7% (5), p=0.046; normal: 3.2% (1), p<0.01), 39.4% (13) had abnormal maturation of the villi (early PE: 77.2%(27), p<0.01; late PE: 26.7%(8), p=0.3; normal: 3.2 %(1), p<0.01), 18.2% (6) had decidual arteriolopathy (early PE: 34.3% (12), p=0.13; late PE: 10% (3), p=0.35; normal: 9.7% (3), p=0.33) and 9.1% (3) had villous ischemia and infarction (early PE: 51.4% (18), p<0.01; late PE: 13.3% (4), p=0.6; normal: 16.1% (5), p=0.4). Conclusions: Our work suggests that patients presenting with post-partum PE have similar risk profile than the typical antepartum PE, in particular with late-onset PE (after 34 weeks of gestation). Modification of the delivery date by medical intervention and induction of labor, might act as a trigger, as well as an acute infection. First signs of post-partum PE can be detected through measurement of blood pressure before discharge of the maternity. There were no significant differences in the placentas in terms of decidual arteriolopathy and villi ischemic changes between post-partum PE, late onset PE and the controls. There was a higher level of acute deciduitis in the placenta of post-partum PE. Altogether, our results suggests that post-partum preeclampsia is more of a maternal disease, characterized by an increased inflammatory state, potentially triggered by infection, and in which placental ischemic disease has little or no role to play.

La douleur éprouvée lors de trauma crânien est reliée à la sensibilisation du système nerveux central et aux maux de tête chroniques lorsque la douleur n’est pas traitée. Par contre, chez l’humain, l’utilisation d’analgésiques doit être faite avec précaution puisqu’ils sont associés à des déficits moteurs et cognitifs. La présente étude vise à évaluer l’efficacité du fentanyl pour le traitement de la douleur lors d’une hémorragie intracérébrale et les effets sur la motricité en utilisant un modèle induit d’hémorragie intracérébrale chez le rat. Pour ce faire, une hémorragie intracérébrale a été induite par injection stéréotaxique de 2 µL de collagénase (0.5 UI), injectée dans un noyau caudoputamen, chez vingt-et-un rats Sprague-Dawley mâles sous anesthésie générale. Le groupe contrôle (n=6) a reçu de la saline sous-cutanée (SC), et les groupe expérimentaux ont reçu respectivement des doses de 5 (n=6), 10 (n=6) et 20 (n=3) µg/kg de fentanyl SC, 2h suite à la chirurgie et ensuite 1 fois par jour pour les 2 jours suivants. Les animaux ont été évalués pendant les 5 jours suivants la chirurgie à l’aide d’une vidéo (grimace de la douleur), d’un examen neurologique, du test de la poutre et du rotarod. Le dernier jour, les animaux ont été euthanasiés, les cerveaux ont été prélevés et évalués pour déterminer le volume de l’hémorragie, l’astrocytose et le nombre de cellules nécrotiques. Comparé aux contrôles, le groupe ayant reçu 5 µg/kg de fentanyl a éprouvé un soulagement significatif de la douleur au jour 2 (p<0,01) tandis que le groupe 10 µg/kg a éprouvé un soulagement de façon significative au jour 1 (p<0,01), 2 (p<0,001) et 3 (p<0,01). Pour le rotarod, le groupe 10 µg/kg a démontré une diminution significative de sa performance aux jours 5 (p<0,05) et 6 (p<0,02). À l’examen neurologique, le sautillement a montré une piètre récupération pour les groupes de 5 et 10 µg/kg comparés au contrôle (p<0,01). À l’examen des cerveaux, aucune différence n’a été observée pour les 3 paramètres entre les groupes expérimentaux. En conclusion, le fentanyl à une dose de 10 µg/kg SC est efficace pour diminuer la douleur suite à une hémorragie intracérébrale; par contre il peut avoir un effet sur la motricité des animaux. / The pain associated with traumatic brain injury is linked with the central nervous system sensitization and chronic cephalalgia when pain is not treated. However, analgesics in human patient must be done with caution since they are associated with cognitive and motor deficits. The present study aims to assess the efficiency of fentanyl to treat pain and evaluate motor behaviors on a rat model of intracerebral hemorrhage (IH). Twenty-one male Sprague-Dawley rats underwent a stereotaxic surgery to produce a collagenase-induced IH with an injection of 2 µL of colagenase (0.5 UI) in the right caudoputamen nucleus. The control group (n=6) received saline subcutaneously (SC), and experimental groups received either 5 (n=6), 10 (n=6), or 20 (n=3) µg/kg of fentanyl SC, 2h following surgery and on the 2 subsequent days. The rat grimace scale, a neurological examination, balance beam test and rotarod test were performed for 5 consecutive days postoperatively to evaluate pain and motor performance. At the end of the experimentation, the animals were euthanized, the brains were collected and evaluated to determine hematoma volume, the number of reactive astrocytes and necrotic neurons. When compared to controls, the grimace scale has showed that 5 µg/kg fentanyl significantly alleviated pain on day 2 only (p<0.01) and that 10 µg/kg alleviated pain on days 1 (p<0.01), 2 (p<0.001), and 3 (p<0.01). For the rotarod test, only the 10 µg/kg group showed significant decreases in performance on days 5 (p<0.05) and 6 (p<0.02). The neurologic exam was not significantly different between groups, but only the hopping test showed a poor recuperation for the 5 and 10 µg/kg fentanyl group when compared to saline (p<0.01). During brains exams, no differences were found between groups for the results of the 3 parameters. Fentanyl, at a dose of 10 µg/kg SC, has provided a substantial analgesia following a collagenase-induced intracerebral hemorrhage in rats; however it can alter motor performance following analgesic treatments.