O Brasil, maior produtor mundial de cana-de-açúcar, produzirá cerca de 642 milhões de toneladas em 9 milhões de hectares plantados da cultura na safra 2014/2015. A cana-de-açúcar, assim como a maioria das culturas semi-perenes, naturalmente perde produtividade ao longo dos cortes e o setor canavieiro se preocupa com a longevidade dos canaviais, que é limitado, entre outros fatores, por doenças bióticas. O raquitismo das soqueiras (Ratoon Stunting Disease - RSD) é considerada a doença mais importante da cultura por causar significativas perdas em produtividade. O agente causal do RSD é a bactéria Leifsonia xyli subsp. xyli (Lxx); o gênero é cosmopolita e apresenta inúmeras espécies. No entanto, a subespécie Lxx tem como único hospedeiro natural conhecido a cana-de-açúcar. O estudo de hospedeiros alternativos deste patógeno reveste-se de importância pela possibilidade de outras espécies servirem como fonte de inóculo para a cana-de-açúcar e também pela possibilidade da descoberta de um hospedeiro experimental que permita o estudo do RSD em condições experimentais mais favoráveis do que a cana-de-açúcar. O presente trabalho realizou um levantamento de possíveis hospedeiros alternativos de Lxx cultivados a partir de sementes ou coletados em áreas de cultivo de cana-de-açúcar empregando pares de primers desenvolvidos especificamente para a bactéria. O trabalho também objetivou analisar o desenvolvimento de três genótipos de sorgo após inoculações artificiais com Lxx. A bactéria não foi detectada em todos os vinte e sete hospedeiros analisados, sendo vinte e duas espécies de gramíneas, confirmando que seu único hospedeiro é a cana-de-açúcar. Por outro lado, Lxx infectou as três espécies de sorgo e causou significativa redução tanto em altura como em diâmetro das plantas comparado a plantas não infectadas. Conclui-se, portanto, que Lxx não coloniza naturalmente várias gramíneas, no entanto diferentes genótipos de sorgo podem ser usados como hospedeiros experimentais para estudos de RSD. / Brazil is the main world producer of sugarcane, with a predicted production of 642 million tons in approximately 9 million hectares in the 2014/2015 harvest. As most semi-perennial crops, its productivity is reduced along successive cropping (ratoons). Thus, increasing the longevity of sugarcane crops, which is limited by biotic diseases, is an important goal for Brazil´s sugar industry. Ratoon stunting disease (RSD) is considered the most important disease of sugarcane because it causes significant losses in productivity. RSD is caused by the bacteria Leifsonia xyli subsp. xyli (Lxx), a cosmopolitan genus with numerous species. However, to date sugarcane is the only known natural host of this pathogen. Identifying alternative hosts of Lxx is important not only because they might represent an additional source of inoculum but also because some might represent a better working model to the study of RSD than sugarcane. This study carried out a PCR-based screening of potential Lxx hosts with primers developed to specifically detect Lxx, using as source seeds or plant specimens collected in sugarcane fields. The effect of artificial inoculations of Lxx on the growth of three sorghum cultivars was also analyzed. Lxx was not detected in all twenty-seven alternative hosts tested, out of which twenty represented grass species, thus confirming the specificity of the Lxx-sugarcane relationship. In addition, Lxx infected the three sorghum genotypes and significantly reduced their height and diameter when compared to non-infected plants. It is concluded that Lxx does not infect other grass species; however sorghum genotypes can be used as experimental hosts in the study of RSD.

Johnsongrass mosaic virus (JGMV) é uma espécie do gênero Potyvirus. A sua distribuição geográfica, até o início da década de 1990, estava limitada à Austrália e aos Estados Unidos, onde causa doença em sorgo, milho e várias gramíneas. Em 2001, o JGMV foi detectado pela primeira vez no Brasil em amostras de híbridos e variedades de milho provenientes da região de Ribeirão Preto, SP mediante análise sorológica (DAS-ELISA), e em 2013 foi detectado mediante RT-PCR em amostras de Pennisetum purpureum provenientes do Estado da Bahia. Em Fevereiro de 2012 a Clínica Fitopatológica da ESALQ/USP recebeu amostras de Panicum maximum cv. Mombaça, com sintomas de mosaico, de São Luiz do Paraitinga, SP. Exames preliminares de contrastação negativa em microscópio eletrônico de transmissão indicaram a presença de partículas virais características de potyvirus. Diante disso, o principal objetivo deste trabalho foi caracterizar o agente etiológico associado às plantas doentes de capim Mombaça mediante testes biológicos, sorológicos e moleculares. Extratos foliares de plantas sintomáticas de capim Mombaça foram inoculados mecanicamente em 69 genótipos da família Poaceae. As avaliações foram feitas com base nos sintomas e por PTA-ELISA usando antissoro policlonal contra a proteína capsidial do potyvirus produzido nesse trabalho, após purificação do isolado viral. As espécies susceptíveis foram Brachiaria brizantha, B. decumbens, B. plantaginea, Cenchrus echinatus, Echinochloa colona, E. crus-galli, E. cruspavonis, Melinis minutiflora, Panicum maximum cv. Colonião, Pennisetum setosum, Rhynchelytrum repens, Rottboellia exaltata, Sorghum bicolor BRS 332, S. bicolor BRS 509, S. bicolor x S. sudanense BRS 802 e S. verticilliflorum. Espécies cultivadas como arroz, aveia, cana-de-açúcar, centeio, milho e trigo não foram infectadas com esse isolado. O peso molecular da proteína capsidial deste potyvirus foi estimado em cerca de 33 kDa por meio de Western blot. Sequência de nucleotídeos do genoma completo (9.885 nt) obtida neste estudo revelou identidade de 82,03% com a única sequência completa do genoma de um isolado do JGMV da Austrália, depositada no GenBank. A partir dessa sequência foram obtidos oligonucleotídeos iniciadores específicos para a detecção do isolado de SP do JGMV mediante RT-PCR. / Johnsongrass mosaic virus (JGMV) is a species of the genus Potyvirus. The geographical distribution, until the early 1990s, was limited to Australia and the United States, where it causes disease in sorghum, corn and various grasses. In 2001, JGMV was first detected in Brazil in samples of hybrids and varieties of corn from the region of Ribeirão Preto, São Paulo State by serological analysis (DASELISA), and in 2013 it was detected by RT-PCR in samples of Pennisetum purpureum from the State of Bahia. In February 2012, the Disease Diagnostic Clinic ESALQ/USP received samples of Panicum maximum cv. Mombaça, exhibiting mosaic symptoms, from the region of São Luiz do Paraitinga, SP. Preliminary examination of negatively stained sap in a transmission electron microscope indicated the presence of potyvirus-like particles. Therefore, the main objective of this study was to characterize the etiologic agent associated with P. maximum cv. Mombaça diseased plants by biological, serological and molecular tests. Leaf extract from Mombaça infected plants was mechanically inoculated in 69 genotypes of the Poaceae family. Evaluations were done based on symptoms expression and PTAELISA using polyclonal antiserum against the capsid protein of the potyvirus produced in the preset work virus purification. Susceptible species were Brachiaria brizantha, B. decumbens, B. plantaginea, Cenchrus echinatus, Echinochloa colona, E. crus-galli, E. crus-pavonis, Melinis minutiflora, Panicum maximum cv. Colonião, Pennisetum setosum, Rhynchelytrum repens, Rottboellia exaltata, Sorghum bicolor BRS 332, S. bicolor BRS 509, S. bicolor x S. sudanense BRS 802 and S. verticilliflorum. Cultivated species such as rice, oats, sugarcane, rye, corn and wheat were not infected with this isolate. The molecular weight of the coat protein of this potyvirus was estimated at about 33 kDa by Western blot. The nucleotide sequence of the complete genome (9885 nt) obtained in this study showed 82.03% identity with an unique sequence for the complete genome of an isolate of JGMV from Australia, deposited in GenBank. From this nucleotide sequence, specific pair of primers was designed for the detection of the São Paulo isolate of JGMV by RT-PCR.

Parasitic insects are known for their distinct life strategy: they necessarily kill their hosts in order to complete their life cycle. Eighty percent of parasitoids species belongs to the order Hymenoptera (bees, ants and wasps). Among parasitoid wasps Ichneumonidae stands out with more than 25 thousand species and a great diversity of habits and hosts. Despite the large number of species already described, there is a low representativeness of species in tropical regions, mainly due to the lack of taxonomical studies in those areas. The objective of the present study was to compile the information on the biology of Ichneumonidae through an extensive literature review and to conduct a taxonomic study of the species of Charops Holmgren, 1859 (Campopleginae) occurring in Brazil. It was observed that out of the 950 species of Ichneumonidae registered in Brazil, less than 10% present some host records. These records are mainly concentrated in the south and southeast of the Brazil where the relatively largest number of taxonomists are concentrated. In addition, most of the records relate to hosts of economic importance in corn, soybean and cotton crops. Little is known about the parasitoid / host interaction in natural Brazilian biomes. Also, thirty-three species with dubious occurrence in Brazil were found. Notwithstanding Campopleginae being one of the subfamilies with the highest number of host records, taxonomical studies on it are still scarce in Brazil. An example is the genus Charops, which despite having recorded for Brazil at genus level, has never been studied through a taxonomic point of view. The study of 614 specimens of this genus revealed 9 new species from Brazil, being the first described for South America. Its geographical distribution record is expanded and illustrated in distribution maps. High resolution images and a key for these species are also provided. / Insetos parasitoides são conhecidos pela sua distinta estratégia de vida, na qual para concluir o seu ciclo de vida necessariamente matam os seus hospedeiros. Oitenta por cento das espécies de parasitoides pertencem à ordem Hymenoptera (abelhas, formigas e vespas). Dentre as vespas parasitoides destaca-se a família Ichneumonidae, que possui mais de 25 mil espécies nominais e apresenta grande diversidade de hábitos e hospedeiros. Apesar do grande número de espécies já descritas, existe uma baixa representatividade de espécies conhecidas de regiões tropicais devido, principalmente, à escassez de estudos taxonômicos na região. O presente estudo teve por objetivo compilar as informações sobre a biologia de Ichneumonidae a partir de uma extensa revisão da literatura e realizar um estudo taxonômico das espécies de Charops Holmgren, 1859 (Campopleginae) que ocorrem no Brasil. Foi observado que cerca das 950 espécies de Ichneumonidae que ocorrem no Brasil, menos de 10% possuem algum registro de hospedeiro. Tais registros estão concentrados principalmente nas regiões sul e sudeste do Brasil aonde se concentra a maior quantidade de taxonomistas do país. Além disso, grande parte dos registros referem-se a hospedeiros de importância econômica nas culturas de milho, soja e algodão. Pouco se sabe sobre a interação entre parasitoides/hospedeiros em biomas naturais brasileiros. Foram encontradas 33 espécies que apresentam registro de ocorrência dúbio para o Brasil. Apesar de ser uma das subfamílias com maior número de registros de hospedeiro, Campopleginae permanece relativamente carente de estudos taxonômicos no Brasil. Um exemplo disso é o gênero Charops que apesar de apresentar registros para o Brasil (em nível de gênero), nunca foi estudado através de um viés taxonômico. O estudo de 614 exemplares deste gênero revelou 9 espécies novas para o Brasil, sendo estas as primeiras espécies descritas para a América do Sul. Sua distribuição geográfica conhecida foi ampliada e ilustrada em mapas de distribuição. Imagens de alta resolução e uma chave de identificação para essas espécies são fornecidas.

O estudo das fontes alimentares em culicídeos possui evidentes significados ecológicos e epidemiológicos, pois auxilia na identificação de animais possivelmente envolvidos na manutenção de surtos epidêmicos das doenças transmitidas por vetores, oferecendo informações para a indicação de potenciais reservatórios de patógenos. Entre os métodos utilizados para avaliar o possível grau de atração exercido por certas fontes de alimentação em relação às fêmeas de culicídeos, a técnica de Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) se destaca como sendo uma das técnicas mais eficientes na detecção de repastos sanguíneos devido à alta sensibilidade e especifidade. O objetivo desse estudo foi descrever o perfil alimentar das fêmeas de culicídeos capturadas nos parques Alfredo Volpi, Anhanguera, Carmo, Chico Mendes, Ibirapuera, Santo Dias e Shangrilá, situados na cidade de São Paulo, investigando possíveis associações entre as espécies de mosquitos e suas respectivas fontes alimentares, analisando assim o comportamento no âmbito alimentar dessas espécies em diferentes localidades da cidade, durante os meses de Fevereiro de 2011 à Fevereiro de 2012. A identificação do repasto sanguíneo foi realizada por meio da técnica de PCR para os seguintes hospedeiros: aves, cães, gatos, humanos, primatas ( não humanos) e roedores em 510 fêmeas ingurgitadas distribuídas em 14 espécies capturadas pleas técnicas de aspiração, CDC copa, CDC solo e armadilha de Shannon. Dos vertebrados, apenas o hospedeiro gato não foi encontrado como sendo fonte de repasto, as demais têm sido utilizadas como fontes de alimentação para os culicídeos nos parques estudados. Baseando-se em testes estatísticos não se encontrou nenhuma tendência de associação entre as espécies de culicídeos capturadas ingurgitadas e as fontes utilizadas para repasto, evidenciando assim, padrões aleatórios por parte dos mosquitos em se alimentarem de fontes sanguíneas mais abundantes ou mais fáceis de serem abordadas, reforçando a característica oportunista das fêmeas de culicídeos em busca das suas fontes de alimentação sanguíneas. Sendo de fundamental importância tais informações em contexto epidemiológico, afim de, identificar novos possíveis hospedeiros e reservatórios de patógenos em cadeias de transmissão de doenças transmitidas por culicídeos / The study of the blood meal sources in culicids has evident ecological and epidemiologic meanings, because assists in the identification the possible animals involved in maintenance of epidemic outbreaks of the vector-borne diseases, offering information to indicate the potential pathogen reservoirs. Among the methods used to evaluate the possible degree of attraction exercised by certain source of meals relative to culicid females, the Polymerase Chain Reaction (PCR) stands out, because it is a more efficient technique in blood meals detected, due to the high sensitivity and specificity. The aim of this study was to describe the food profile of culicid females captured in the Alfredo Volpi, Anhanguera, Carmo, Chico Mendes, Ibirapuera, Santo Dias and Shangrilá parks, located in São Paulo city, investiganting possible associations between mosquito species and their blood meal sources, analyzing the feeding behavior of these species in different localities of city, during the months February 2011 and February 2012. The identification of blood meals was realized by PCR technique for the following vertebrate hosts: avian, dogs, cats, humans, primates (non-human) and rodents in 510 engorged females distributed in 14 species captured by aspirator technique, cup CDC, soil CDC and Shannon trap. Of vertebrates, only cats were not found as source of meal, while the others have been used as blood meals for mosquitoes in the parks. Based in statistical tests, there was no trend of association between culicid engorged species captured and sources of meals, thus evidencing random patterns of mosquitoes to feed on the blood meal sources more abundant or easiest to the addressed, reiforcing the opportuinistc characteristic of the mosquito females in searching blood meals. Being of fundamental importance such information in epidemiological context, in order to identify new hosts and pathogen reservoirs in the chains of transmission of vector borne diseases

Para alimentar a população mundial crescente é necessário um aumento sustentável na produtividade agrícola. Nesse sentido, Rizobactérias Promotoras de Crescimento de Plantas (RPCPs) têm sido continuamente buscadas para formulações inoculantes por sua capacidade de incremento na produção vegetal aliado ao seu potencial de redução e/ou substituição do uso de fertilizantes minerais, insumos que causam grandes impactos ambientais, na saúde humana e econômicos. A RPCP Bacillus sp. RZ2MS9, um representante da biodiversidade amazônica brasileira, é uma forte candidata a bionoculante por seu efeito benéfico, previamente descrito, em uma ampla gama de culturas, incluindo milho e soja. Essas duas culturas representam mais de 80% da área cultivada com grãos no Brasil, de forma que incrementos relativamente modestos de crescimento e produtividade poderiam gerar ganhos significativos. Membros do gênero Bacillus apresentam vantagem em formulações inoculantes, principalmente devido a sua capacidade de formação de esporos resistentes ao calor e dissecação. Seus modos de ação são diversos, tornando o entendimento da sua interação com plantas bastante desafiador. Bacillus sp. RZ2MS9 apresentou, dentre os mecanismos envolvidos na promoção de crescimento vegetal, a produção de Ácido Indol Acético (AIA) e sideróforos, solubilização de fosfato e fixação biológica de nitrogênio, in vitro. No presente trabalho, foi buscado um entendimento detalhado dos mecanismos de ação dessa rizobactéria, explorando desde seu genoma até seu desempenho em condições de campo. O draft genômico (genoma parcial) bacteriano foi obtido utilizando a tecnologia de sequenciamento Illumina, o qual possibilitou a detecção de genes envolvidos nos mecanismos potencialmente relacionados ao efeito benéfico dessa bactéria, que vão desde sua formação de esporos, atração por exsudatos radiculares, motilidade e competição na rizosfera até mecanismos de solubilização de fosfato, produção de sideróforos, entre outros. As informações obtidas permitem uma exploração genética desses mecanismos, fornecendo uma oportunidade de maximizar essa interação e, futuramente, favorecer os benefícios em campo. Adicionalmente, foi demonstrado o potencial de quimiotaxia (atração) de RZ2MS9 em direção a raízes de milho. Um estudo filogenético dessa RPCP, utilizando um método de tipagem com o gene pycA (piruvato carboxilase), mostrou que o Bacillus sp. RZ2MS9 apresentou-se distante do clado altamente monomórfico de B. anthracis, patógeno humano, e se afiliou a um grupo composto por linhagens de B. thuringiensis (Bt) comercializadas como produtos biopesticidas há mais de 60 anos, o que sugere a potencial possibilidade de seu uso seguro no campo. Sabe-se que a maioria, se não todas, atividades fisiológicas das plantas é regulada por fitormônios como a auxina AIA, os quais podem ser sintetizados também por RPCPs. Com mais detalhamento, os genes envolvidos nas vias biossintéticas desse fitormônio foram detectados no draft genômico de RZ2MS9, indicando que sua produção ocorre através da via IPA (Indol-3-Piruvato). Além disso, plantas de tomate anão Micro-Tom (MT) e seu mutante Δdgt, defectivo na sensibilidade a auxinas, foram utilizadas para caracterizar especificamente o efeito do AIA produzido por Bacillus sp. RZ2MS9 na promoção de crescimento vegetal. A aplicação de RZ2MS9 causou inibição no crescimento de raízes primárias, aumento no comprimento de raízes laterais e na área superficial total de raízes de plantas MT, efeitos característicos daqueles proporcionados por auxinas. Esse incremento radicular refletiu, ainda, em aumento da biomassa da parte aérea de plantas MT. Os mesmos efeitos não foram observados em plantas Δdgt, insensíveis a auxinas, indicando que a elicitação de promoção de crescimento em MT por RZ2MS9 ocorre por meio desses fitormônios. Finalmente, foi demonstrado o efeito sobre o desenvolvimento e produtividade de milho e soja da aplicação de Bacillus sp. RZ2MS9 em condições de campo, sendo comparado com o desempenho de bioinoculantes comerciais. No milho, o efeito da inoculação bacteriana foi, ainda, associado à adubação nitrogenada para verificar a possibilidade de redução desses insumos. Bacillus sp. RZ2MS9 apresentou efeitos significativos sobre o desenvolvimento tanto da soja (comparáveis aos efeitos de rizóbios) quanto do milho, os quais, porém, não refletiram em aumento significativo de produtividade em ambas as culturas. No entanto, o potencial dessa rizobactéria é bastante claro pois, com um custo de produção inferior a R$1,00 por hectare, sua inoculação causou incremento de 16 sacas de milho por hectare com redução de 30% na adubação nitrogenada, assim como um incremento de 11 sacas de soja por hectare, ambos comparados ao controle não inoculado. Os resultados apresentados no presente trabalho vão, portanto, de encontro à grande expectativa na obtenção de linhagens microbianas promissoras visando sistemas agrícolas mais sustentáveis. / To feed the growing global population, a sustainable increase of agricultural production and crop yield is required. In this sense, Plant Growth Promoting Rhizobacteria (PGPR) have been continuously sought to inoculant formulation due to their capacity to increase plant yield along with their potential to reduce and/or replace the use of mineral fertilizers, inputs that cause serious impacts on environment, human health and economy. The PGPR Bacillus sp. RZ2MS9, a representative of the Brazilian Amazonian biodiversity, is a great candidate to bioinoculant because of its beneficial effect on a broad range of crops, including maize and soybean. These two crops represent more than 80% of the area planted with grains in Brazil, so relatively modest growth and yield increases could generate significant gains. Bacillus spp. have advantage in inoculant formulations, mainly due to their ability to form heat- and dissecation-resistant spores. Their modes of action are diverse, making the understanding of its interaction with plants quite challenging. Bacillus sp. RZ2MS9 displays, between the mechanisms involved in plant growth, Indole Acetic Acid (IAA) and siderophore production, phosphate solubilization and biological nitrogen fixation, in vitro. In the present work, we seek a detailed understanding of this rhizobacterium mechanisms of action, exploring from its genome to its performance in field conditions. The bacterial draft genome was obtained using Illumina sequencing technology, making possible the detection of genes involved in mechanisms potentially related to the beneficial effect of this bacterium, and range from its spore formation, attraction by root exudates, motility and competition in the rhizosphere to mechanisms of phosphate solubilization, siderophore production, among others. The information obtained allow a genetic exploration of these mechanisms, providing an opportunity to maximize this interaction and, in the future, favor benefits in field. Additionally, it was demonstrated the chemotaxis (attraction) potential of RZ2MS9 towards maize roots. A phylogenetic study of this PGPR, using a typing method with the pycA (pyruvate carboxylase) gene, showed that Bacillus sp. RZ2MS9 was distant from the highly monomorphic clade of B. anthracis, a human pathogen, and affiliated with B. thuringiensis (Bt) strains marketed as biopesticides for more than 60 years, suggesting the potential possibility of its safe use in the field. It is known that most, if not all, physiological activities of plants are regulated by phytormones such as the auxin IAA, which can also be synthesized by PGPRs. With more detail, genes involved in biosynthetic pathways of this phytormone were detected in the RZ2MS9 draft genome, indicating that its production occurs via the IPA (indole-3-pyruvate) pathway. In addition, plants of the dwarf tomato Micro-Tom (MT) and its mutant Δdgt, impaired in auxin sensibility, were used to specifically characterize the effects of IAA produced by Bacillus sp. RZ2MS9 in the plant growth promotion. The inoculation of RZ2MS9 caused inhibition in the primary roots growth, increase in lateral roots length and in roots total surface area of MT plants, characteristic effects of those provided by auxins. This root growth also reflected in an increase of MT plants shoot biomass. The same effects were not observed in Δdgt plants, insensitive to auxins, suggesting that the elicitation of growth promotion in MT by RZ2MS9 occurs through these phytormones. Finally, we demonstrated the effect of inoculation with Bacillus sp. RZ2MS9 on maize and soybean development and productivity under field conditions, being compared with the performance of commercial bioinoculants. In maize, the effect of bacterial inoculation was also associated with nitrogen fertilization to verify the possibility of reducing these inputs. Bacillus sp. RZ2MS9 showed significant effects on the development of both soybean (comparable to the effects of rhizobia) and maize, which, however, did not reflect a significant increase in productivity in both crops. However, the potential of this rhizobacterium is very clear because, with a cost of production of less than R$1.00 per hectare, its inoculation caused an increase of 16 sacks of maize per hectare with a 30% reduction in nitrogen fertilization, as well as an increase of 11 sacks of soybean per hectare, both compared to uninoculated control. The results presented in this study meet the great expectation of obtaining promising microbial strains aiming at more sustainable agricultural systems.

O estudo das fontes alimentares em culicídeos possui evidentes significados ecológicos e epidemiológicos, pois auxilia na identificação de animais possivelmente envolvidos na manutenção de surtos epidêmicos das doenças transmitidas por vetores, oferecendo informações para a indicação de potenciais reservatórios de patógenos. Entre os métodos utilizados para avaliar o possível grau de atração exercido por certas fontes de alimentação em relação às fêmeas de culicídeos, a técnica de Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) se destaca como sendo uma das técnicas mais eficientes na detecção de repastos sanguíneos devido à alta sensibilidade e especifidade. O objetivo desse estudo foi descrever o perfil alimentar das fêmeas de culicídeos capturadas nos parques Alfredo Volpi, Anhanguera, Carmo, Chico Mendes, Ibirapuera, Santo Dias e Shangrilá, situados na cidade de São Paulo, investigando possíveis associações entre as espécies de mosquitos e suas respectivas fontes alimentares, analisando assim o comportamento no âmbito alimentar dessas espécies em diferentes localidades da cidade, durante os meses de Fevereiro de 2011 à Fevereiro de 2012. A identificação do repasto sanguíneo foi realizada por meio da técnica de PCR para os seguintes hospedeiros: aves, cães, gatos, humanos, primatas ( não humanos) e roedores em 510 fêmeas ingurgitadas distribuídas em 14 espécies capturadas pleas técnicas de aspiração, CDC copa, CDC solo e armadilha de Shannon. Dos vertebrados, apenas o hospedeiro gato não foi encontrado como sendo fonte de repasto, as demais têm sido utilizadas como fontes de alimentação para os culicídeos nos parques estudados. Baseando-se em testes estatísticos não se encontrou nenhuma tendência de associação entre as espécies de culicídeos capturadas ingurgitadas e as fontes utilizadas para repasto, evidenciando assim, padrões aleatórios por parte dos mosquitos em se alimentarem de fontes sanguíneas mais abundantes ou mais fáceis de serem abordadas, reforçando a característica oportunista das fêmeas de culicídeos em busca das suas fontes de alimentação sanguíneas. Sendo de fundamental importância tais informações em contexto epidemiológico, afim de, identificar novos possíveis hospedeiros e reservatórios de patógenos em cadeias de transmissão de doenças transmitidas por culicídeos / The study of the blood meal sources in culicids has evident ecological and epidemiologic meanings, because assists in the identification the possible animals involved in maintenance of epidemic outbreaks of the vector-borne diseases, offering information to indicate the potential pathogen reservoirs. Among the methods used to evaluate the possible degree of attraction exercised by certain source of meals relative to culicid females, the Polymerase Chain Reaction (PCR) stands out, because it is a more efficient technique in blood meals detected, due to the high sensitivity and specificity. The aim of this study was to describe the food profile of culicid females captured in the Alfredo Volpi, Anhanguera, Carmo, Chico Mendes, Ibirapuera, Santo Dias and Shangrilá parks, located in São Paulo city, investiganting possible associations between mosquito species and their blood meal sources, analyzing the feeding behavior of these species in different localities of city, during the months February 2011 and February 2012. The identification of blood meals was realized by PCR technique for the following vertebrate hosts: avian, dogs, cats, humans, primates (non-human) and rodents in 510 engorged females distributed in 14 species captured by aspirator technique, cup CDC, soil CDC and Shannon trap. Of vertebrates, only cats were not found as source of meal, while the others have been used as blood meals for mosquitoes in the parks. Based in statistical tests, there was no trend of association between culicid engorged species captured and sources of meals, thus evidencing random patterns of mosquitoes to feed on the blood meal sources more abundant or easiest to the addressed, reiforcing the opportuinistc characteristic of the mosquito females in searching blood meals. Being of fundamental importance such information in epidemiological context, in order to identify new hosts and pathogen reservoirs in the chains of transmission of vector borne diseases

Submitted by JULIANA TEODORA DE ASSIS REGES null (juliana.teodora@bol.com.br) on 2016-10-21T00:48:25Z No. of bitstreams: 1 Reges-Tese-DR.pdf: 2852424 bytes, checksum: e86c4e7420b8cf40a8dcc1e723431082 (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-10-27T16:48:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 reges_jta_dr_jabo.pdf: 2852424 bytes, checksum: e86c4e7420b8cf40a8dcc1e723431082 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-27T16:48:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 reges_jta_dr_jabo.pdf: 2852424 bytes, checksum: e86c4e7420b8cf40a8dcc1e723431082 (MD5) Previous issue date: 2016-08-23 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Na primeira parte de nosso estudo descrevemos a associação de Pyricularia pennisetigena e P. zingibericola a gramíneas invasoras de áreas de trigo no centro-sul do Brasil. Desconhece-se, entretanto, qual o potencial de P. pennisetigena e P. zingibericola como patógenos de poáceas de interesse econômico para a agricultura brasileira. Dessa forma, objetivamos caracterizar o espectro de patogenicidade de P. pennisetigena e P. zingibericola a braquiária, cevada e trigo e compará-lo com P. grisea e com a espécie até recentemente descrita como P. oryzae patotipo Triticum, de ocorrência generalizada no agroecossistema brasileiro. Foram testados 20 isolados de Pyricularia spp. obtidos de amostras de folhas infectadas de plantas invasoras de campos de trigo. A classificação dos isolados em espécies distintas de Pyricularia foi efetuada usando-se filogenia molecular baseada nas sequencias parciais dos genes actina e calmodulina. Pyricularia pennisetigena e P. zingibericola inoculadas em folhas, foram patogênicas a braquiária, cevada e trigo, com diferenças na agressividade entre as espécies. Pyricularia zingibericola foi a espécie mais agressiva a braquiária e cevada, enquanto P. pennisetigena foi a espécie mais agressiva em plantas jovens de trigo. Por outro lado, P. grisea isolada de Digitaria sanguinalis ou de Urochloa spp. não infectou trigo. A análise filogenética das regiões ACT e CAL concatenadas reproduziu as relações filogenéticas e a magnitude das diferenças descritas entre Pyricularia zingibericola, P. pennisetigena, P. oryzae patotipo Triticum e P. grisea. Urochloa spp. provavelmente representam fonte permanente de inóculo inicial dos patógenos da brusone do trigo entre as épocas de cultivo. Na segunda parte desta pesquisa, foi estudado a estrutura genética de populações do patógeno da brusone do trigo, o fungo Ascomiceto Pyricularia graminis-tritici sp. nov., no centro-sul do Brasil. Os objetivos foram responder às seguintes perguntas: As populações geograficamente distintas de P. graminis-tritici do trigo eram geneticamente subdivididas? Como se distribuía a diversidade gênica e genotípica entre as populações regionais de P. graminis-tritici, cerca de 30 anos após as primeiras epidemias de brusone no Brasil? Qual o sistema reprodutivo predominante de P. graminis-tritici no país? Conclui-se que não houve subdivisão na maioria das populações geográficas contemporâneas de P. graminis-tritici do trigo, indicando mecanismo eficiente de fluxo gênico. A magnitude e a extensão do fluxo gênico entre populações geográficas de P. graminis-tritici do trigo, o sistema reprodutivo predominantemente sexual, aliados a alta diversidade genética do fungo, indicam um patógeno com alto potencial evolutivo no agroecossistema brasileiro. Outras espécies de poáceas hospedeiras com ampla distribuição geográfica no Brasil, como por exemplo, o capim-braquiária (Urochloa brizantha), podem ter importante papel no ciclo de vida e na biologia reprodutiva, na sobrevivência e na dispersão do inóculo de P. graministritici a curta e longa distâncias, mantendo as populações geográficas do patógeno conectadas. Os padrões de fluxo gênico e genotípico entre populações hospedeiro-distintas do patógeno reforçam a hipótese de que a brusone do trigo pode ter tido origem de novo a partir de populações endêmicas de P. graminis-tritici que infectam outras espécies de poáceas (nativas ou invasoras de áreas de trigo) no país. / In the first part of our study we described the association of Pyricularia pennisetigena and P. zingibericola with invasive grasses from wheat cropping areas in South-Central Brazil. However, the potential of P. pennisetigena and P. zingibericola as pathogens to poaceous plants of economic interest for Brazilian agriculture is still unknown. Therefore, this study aimed to characterize the pathogenicity spectrum of P. pennisetigena and P. zingibericola to signal grass, barley and wheat and compare with P. grisea and with the species until recently described as P. oryzae pathotype Triticum, of widespread occurrence in the Brazilian agroecosystem. Twenty isolates of Pyricularia spp. obtained from samples of infected leaves of weed species in wheat fields were tested. Classification of isolates into different species of Pyricularia was performed using molecular phylogeny based on the partial actin and calmodulin gene sequences. Pyricularia pennisetigena and P. zingibericola inoculated on leaves were pathogenic to signal grass, barley and wheat, with differences in aggressiveness between species. Pyricularia zingibericola was the most aggressive species to signal grass and barley, while P. pennisetigena was the most aggressive species to young plants of wheat. On the other hand, P. grisea isolated from Digitaria sanguinalis or Urochloa spp. did not infect wheat. Phylogenetic analysis of the concatenated regions ACT and CAL reproduced the phylogenetic relationships and the magnitude of the differences reported between Pyricularia zingibericola, P. pennisetigena, P. oryzae pathotype Triticum and P. grisea. Urochloa spp. probably represents a permanent source of initial inoculum of the wheat blast pathogens between growing seasons. In the second part of this research, we studied the genetic structure of populations of the wheat blast pathogen, the Ascomycete fungus Pyricularia graminis - tritici sp. nov., in the South-Central Brazil. The objectives were to answer the following questions: The geographically distinct populations of P. graminis-triticiwheat were genetically subdivided? How gene and genotypic diversity were distributed among regional populations of P. graminis-tritici about 30 years after the first outbreaks of wheat blast in Brazil? What is the predominant reproductive system of P. graminis-tritici in the country? We concluded that there was no subdivision among most of the contemporary geographical populations of Pyricularia graminis- tritici from wheat fields, indicating an efficient mechanism of gene flow. The magnitude and extent of gene flow among geographical populations of P. graminis-tritici, the predominantly sexual reproductive system, coupled with high genetic diversity of the fungus, indicated a pathogen with high evolutionary potential in the Brazilian agro-ecosystem. Other species of poaceous hosts with wide geographic distribution in Brazil, for example, signal grass (Urochloa brizantha) can play an important role in the life cycle and reproductive biology, survival and spread of inoculum of P. graminis- tritici at short and long distances, keeping the geographical populations of the pathogen connected. The patterns of gene and genotypic flow between host-distinct populations of the pathogen reinforce the hypothesis that the wheat blast may had a de novo origin from endemic populations of P. graminis-tritici infecting other poaceous species (native or invasive WRwheat areas) in the country.

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Somente no cinturão citrícola paulista mais de 45 milhões de plantas já foram erradicadas por causa do HLB. O objetivo deste trabalho foi investigar diferentes aspectos associados ao patossistema HLB, visando trazer informações que ajudem na contenção da doença. Foram estudados: 1) hospedeiros alternativos do inseto vetor e do patógeno; 2) ontogenia do broto vegetativo de citros e seu potencial em multiplicar D. citri; 3) requerimentos térmicos para o desenvolvimento do broto; e 4) influência do porta-enxerto na biologia de D. citri. No primeiro capítulo é apresentada revisão de literatura sobre os aspectos mais relevantes da citricultura e do patossistema em estudo e, nos demais, os resultados das pesquisas. No segundo é apresentada a importância Swinglea glutinosa (rutácea muito comum em certas regiões citrícolas) como fonte de Ca. Liberibacter asiaticus e criadouro de D. citri. A bactéria do HLB multiplicou na planta, porém atingiu populações consideravelmente menores do que em laranjeira ‘Valência’. Apresenta, portanto, baixo potencial como fonte de inóculo para os citros. Por outro lado, D. citri reproduziu abundantemente em S. glutinosa, tanto quanto nas principais variedades de laranjeiras doces e limoeiros do grupo ‘Siciliano’ cultivados no Brasil. No terceiro capítulo são apresentados detalhes do desenvolvimento do broto em laranjeira ‘Valência’ e como os diferentes estádios influenciam o potencial biótico de D. citri. O inseto completou seu ciclo de vida em todos os estádios, mas em diferentes intensidades, sendo maiores nos estádios iniciais. Com os dados criou-se um índice de favorabilidade à reprodução do inseto, que leva em consideração o peso relativo de cada estádio do broto na biologia do inseto. No quarto capítulo é apresentado o impacto da temperatura do ar sobre o broto, o que permitiu determinar os graus-dia necessários ao seu desenvolvimento (GDD) e, com base no GDD, estabelecer um modelo geral inovador de previsão de pulverizações. No quinto capítulo é demonstrado que o porta-enxerto (limoeiro Cravo, tangerineira Sunki e citrumeleiro Swingle), por mecanismos de antibiose e/ou antixenose, afetam D. citri. Mas esses fenômenos ocorrem somente na fase de seedlings, e nas copas neles enxertadas somente enquanto a planta é jovem (muda). Em plantas adultas, de maior porte, tais fenômenos não foram detectados. Podem ter sido mascarados por influência da variedade copa (laranjeira). / Huanglongbing (HLB), associated with insect-borne phloem bacteria (Candidatus Liberibacter spp), is the most destructive disease of citrus and many efforts have been made to reduce its spread in orchards, but not always well-succeeded. Only in the citrus belt of São Paulo state (Brazil), more than 45 million plants have already been eradicated because of HLB. The objective of this work was to investigate different aspects associated to the HLB pathosystem, aiming to bring information that helps in the management of the disease. We studied: 1) alternative vector insect and pathogen hosts; 2) ontogeny of the citrus vegetative shoot and its potential to multiply D. citri; 3) thermal requirements for shoot development; and 4) influence of the rootstock on the biology of D. citri. In the first chapter, a literature review on the most relevant aspects of citriculture and pathosystem in study is presented and, in the others, the results of the experiments. In the second one the importance of Swinglea glutinosa (a Rutaceae very common in certain citrus regions) as a source of Ca. Liberibacter asiaticus and host for D. citri is presented. The HLB bacteria multiplied in the plant, but reached populations considerably smaller than in 'Valencia' sweet orange. Therefore, it presents low potential as a source of inoculum for citrus. On the other hand, D. citri reproduced abundantly in S. glutinosa, as well as in the main sweet orange and lemon varieties of the 'Sicilian' group cultivated in Brazil. In the third chapter, it is presented details of the development of the 'Valencia' orange new shoot and how the different stages influence the biotic potential of D. citri. The insect completed its life cycle at all stages of new shoots, but at different intensities, being larger in the early stages. With the data, an insect reproduction index was created, which takes into account the relative weight of each shoot stage in the insect biology. In the fourth chapter, it is presented the impact of the air temperature on the shoot, which allowed to determine the degree-days required for its development (GDD) and, based on the GDD, to establish an innovative general model of spray forecasting. In the fifth chapter it is demonstrated that the rootstock (‘Rangpur’ lime, ‘Sunki’ mandarin and ‘Swingle’ citrumelo), by mechanisms of antibiosis and / or antixenosis, affect D. citri. But these phenomena occur only in the stage of seedlings, and in the scions grafted on them only while the plant is young (nursery tree). In larger adult plants, such phenomena were not detected. They may have been masked by the influence of the scion (orange) variety.

Orientador: Lucia Helena O'Dwyer de Oliveira / Resumo: Espécies do gênero Hepatozoon incluem um grupo diverso de parasitas com mais de 340 espécies descritas em anfíbios, répteis, aves e mamíferos. A hepatozoonose canina é uma hemoparasitose transmitida por carrapatos relatada em diversas regiões do mundo e pode estar relacionada às espécies Hepatozoon canis e Hepatozoon americanum. Em nosso país, diferentes estudos demonstraram que H. canis é a espécie envolvida na infecção dos cães e os relatos são comuns, principalmente, em áreas rurais. Trabalhos previamente conduzidos mostram que o vetor de H. canis em áreas rurais do Brasil permanece desconhecido, o que pode sugerir a existência de outros mecanismos de transmissão, como a predação de hospedeiros paratênicos. Assim, este trabalho teve como objetivo investigar a presença de Hepatozoon spp. em pequenos roedores silvestres capturados em fragmentos florestais nos arredores de propriedades rurais do município de Botucatu, São Paulo, Brasil, onde o parasita foi também estudado em cães domésticos. Foram analisadas 158 amostras sanguíneas de cães, pela reação em cadeia da polimerase (PCR) e pela técnica de extensão de sangue periférico. Amostras de sangue e tecidos de 67 roedores foram coletadas para pesquisa do parasita pela técnica de extensão sanguínea, histopatologia e também por diagnóstico molecular. Os resultados do presente estudo mostraram uma prevalência elevada de H. canis em cães de áreas rurais do município de Botucatu (66,45%). Além disso, as espécies de roedores silve... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Hepatozoon spp. belong to a diverse group of parasites with more than 340 species described in amphibians, reptiles, birds and mammals. Canine hepatozoonosis is a tick-borne disease reported throughout the world and can be related to Hepatozoon canis and Hepatozoon americanum. In our country, previously studies have shown that H. canis is the species involved in the infection of dogs and reports are common, especially in rural areas. Hepatozoon canis vectors in rural areas of Brazil remain unknown, which might suggest the existence of other transmission mechanisms, such as predation of paratenic hosts. Thus, this study aimed to investigate the presence of Hepatozoon spp. in wild rodents trapped in forest fragments surrounding rural areas of Botucatu, São Paulo, Brazil, where the prevalence of the parasite was also studied in domestic dogs. In dogs, the study was conducted in 158 blood samples using polymerase chain reaction (PCR) and peripheral blood extension technique. Blood samples and tissues from 67 rodents were collected for parasite blood extension technique, histopathology and for molecular diagnosis. The results showed a high prevalence of H. canis in dogs from rural areas of Botucatu (66.45%). In addition, species of Brazilian wild rodents are infected with Hepatozoon spp., other than H. canis. Additionally, the finding of monozoics cysts in the examined rodents may indicate that, in addition to intermediate hosts, small wild rodents may also act as paratenic hosts ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Maria Silvia Viccari Gatti / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-16T08:58:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Fregolente_MariaClaraDuarte_D.pdf: 7203529 bytes, checksum: acf60e6e770f96882a60213754fcb52d (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: Picobirnavírus (PBV) pertencem à família Picobirnaviridae, gênero Picobirnavirus e têm como espécie tipo Human picobirnavirus e Rabbit picobirnavirus. Estes pequenos vírus não envelopados, de dois segmentos genômicos de RNA dupla fita, são encontrados em amostras de fezes diarreicas ou não de diferentes hospedeiros mamíferos, incluindo o homem, aves e répteis. Os mecanismos da infecção por PBV e sua associação a gastroenterites ainda não estão esclarecidos, mas são colocados como agentes emergentes e oportunistas e seu potencial zoonótico foi sugerido. As técnicas utilizadas para a identificação desses vírus são: eletroforese em gel de poliacrilamida (EGPA) e RT-PCR. A primeira permite diferenciar os PBV pelas diferenças de migração dos seus segmentos genômicos. Já na RT-PCR são sete os pares de iniciadores descritos, incluindo aqueles que permitem sua diferenciação em genogrupo I ou II. Este projeto objetivou caracterizar genética e filogeneticamente PBV de diferentes hospedeiros naturais e as estratégias utilizadas foram o sequenciamento total e parcial dos segmentos genômicos de PBV e a definição de uma região conservada para o desenho de iniciadores capazes de diagnosticar todos os PBV por RT-PCR. Foram analisadas para a presença de PBV amostras de fezes de suínos, coelhos, ratos, cães, cobras, ratos silvestres, capivaras, cavalos e bovinos. Utilizando a EGPA, PBV foram identificados em todos os hospedeiros estudados e pela RT-PCR identificou-se genogrupo I de PBV em quase todos, com exceção de capivaras e bovinos. O genogrupo II não foi identificado. A circulação do genogrupo I em diferentes hospedeiros sugere que não existe especificidade genogrupo-espécie de hospedeiro. O sequenciamento parcial do segmento menor dos PBV identificados em cães, cobra e ratos mostrou uma relativa homologia principalmente com sequências de PBV identificados em humanos. A coexistência de duas ou mais populações de PBV em um mesmo hospedeiro foi identificada em cavalos, suínos, rato, rato silvestre e coelho a partir do sequenciamento parcial do segmento menor após clonagem, sugerindo um possível mecanismo de reassortment, o que pode levar a salto entre espécies. Esses resultados suportam o potencial emergente e zoonótico dos PBV. A heterogeneidade nas sequências de nucleotídeos verificada por esse sequenciamento sugere a presença de quasiespécies de PBV nesses hospedeiros. A menor variação observada nas sequências de nucleotídeos de PBV identificados em animais não confinados pode ser justificada pela tendência ao menor contato entre esses animais do que entre os de cativeiro, fazendo com que a transmissão viral também seja menor. Foi proposta uma padronização para a nomenclatura dos PBV, baseada em seu hospedeiro, país e ano de identificação. O atual sistema de classificação para os PBV não é apropriado, devido à identificação de PBV não pertencentes a nenhum dos genogrupos já descritos e à presença de heterogeneidade nas sequências de PBV do genogrupo I. Infelizmente, não foi possível sequenciar o genoma completo dos PBV estudados, não sendo identificada nenhuma sequência conservada que permitisse o desenho de iniciadores capazes de unificar o diagnóstico dos PBV. Estudos tentativos estão em andamento para que, a partir do sequenciamento completo e análise do genoma de diferentes PBV, seja possível definir as porcentagens de identidade mínimas para sua classificação em genogrupos e/ou genotipos / Abstract: Picobirnaviruses (PBV) belong to the Picobirnaviridae family, genus Picobirnavirus, and Human picobirnavirus and Rabbit picobirnavirus are the type species. These small non-enveloped viruses, with two genetic segments of double-stranded RNA, can be found in diarrheic or nondiarrheic fecal samples from different hosts like mammals, including humans, birds and reptiles. PBV infection and its association with gastroenteritis are still unknown, but they are considered opportunistic and emergent pathogens, and their zoonotic potential has also been suggested. Techniques for PBV identification include: polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) and RTPCR. The first one allows characterization of PBV according to the migration pattern of their genomic segments. In the RT-PCR, seven primers' pairs have been designed, including one that allows classification of PBV into genogroups I or II. The aim of this project was the genetic and phylogenetic characterization of PBV identified in fecal samples from different natural hosts by complete and partial sequencing of PBV genomic segments and set up of a conserved region for designing primers able to detect all PBV by RT-PCR. Fecal samples from pigs, rabbits, rats, dogs, snakes, wild rats, capybaras, horses and cattle were analyzed for PBV occurrence. PBV were identified in all studied hosts by PAGE and genogroup I was identified in the majority of them by RT-PCR, except in capybaras and cattle. Genogroup II was not identified. Genogroup I circulation in different hosts suggests that there is no genogroup-host species' specificity. Partial sequencing of small PBV's genomic segment identified in fecal samples from dogs, snake and rats showed homology mainly to human PBV sequences. Coexistence of two or more PBV population in the same host could be determined in fecal samples from horses, pigs, rat, wild rat and rabbit by partial sequencing of small PBV's genomic segment after cloning, suggesting that reassortment may occur in nature, allowing host species jump. These results support the emergent and zoonotic potential of PBV. The heterogeneity found in PBV's nucleotide sequences after cloning suggests the existence of PBV quasispecies in these hosts. The little variation in nucleotide sequences of PBV identified in hosts living in an open environment could be justified by a tendency of less contact among these animals, allowing less viral spread. The classification system used nowadays is cannot be considered appropriated as it doesn't consider the heterogeneity found in PBV's genogroup I sequences. Also, PBV that don't belong to any of the described genogroups, remain with no classification. Therefore, a new standard nomenclature for PBV, based on its host, country and year of identification was proposed. Unfortunately, it was not possible to sequence the complete genome of PBV found in this study. Also, no conserved sequence could be identified for primers' design, which would be capable of standardized PBV detection. Additional studies are ongoing to try to define nucleotide sequences identity percentages for genogroups and/or genotypes classification / Doutorado / Microbiologia / Doutor em Genetica e Biologia Molecular